Introdução: Enterococcus resistente à vancomicina (VRE do inglês Vancomycin Resistant Enterococcus) é uma importante causa de infecção relacionada a assistência à saúde com alta morbidade e mortalidade principalmente nos pacientes imunocomprometidos sendo a segunda causa mais comum de infecções hospitalares nessa população de pacientes em alguns centros. O uso prolongado da terapia antimicrobiana com vancomicina e outras drogas, são fatores de risco associados com a disseminação desse patógeno. Além disso, espécies de enterococos podem apresentar fatores de virulência tais como: substância de agregação (asa1), gelatinase (gelE), citolisina (cylA), proteína de superfície enterococo (esp) e hidrolase glicosil (hylefm). Entretanto, o papel da virulência na colonização e infecção por VRE é controverso. Objetivos: Avaliar o perfil clonal, virulência e resistência de 86 isolados de VRE (80 E. faecium e 06 E. faecalis) de infecção e colonização de 76 pacientes com doenças hematológicas e/ou submetidos a transplante de Medula Óssea (TMO) internados no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP) no período de 10 anos (2005-2014). Material e Métodos: Foram realizadas concentração inibitória mínima para: vancomicina, teicoplanina, linezolida, gentamicina e estreptomicina em alta concentração (HLAR); Avaliação da clonalidade por eletroforese em campo pulsado (PFGE); Detecção dos mecanismos de resistência (vanA e vanB) e de virulência (esp, asa1, gelE, cylA e hylefm) pela técnica de PCR e sequenciamento total do genoma de dezoito isolados selecionados de acordo com a clonalidade. Foi criado um banco de dados no programa Epiinfo (CDC) com variáveis clinicas e demográficas dos pacientes. A proporção de isolados de colonização portadores de genes de virulência foi comparada com os isolados de infecção assim como a proporção de isolados de infecção portadores de genes de virulência que evoluíram para óbito. O valor de p < 0,005 foi considerado significativo. Resultados: Trinta e quatro pacientes eram colonizados e 42 infectados por VRE (28 eram infecção de corrente sanguínea), 48 pacientes eram transplantados dos quais 32 eram alogênicos. A mortalidade em 14 dias foi de 21.0% e durante a hospitalização de 53.9%. Todos os isolados foram resistentes à vancomicina e 87,3% à teicoplanina. Resistência a gentamicina e estreptomicina em alta concentração (HLAR) foi observada em 08 e 59 isolados respectivamente. Um isolado apresentou resistência a linezolida identificado pela primeira vez na unidade. O gene vanA foi detectado em todos os isolados. Quanto aos genes de virulência, 96,5% de isolados foram positivos para o gene esp e 69,8% para os genes gelE e asa1. Isolados de infecção de E. faecium carrearam mais genes de virulência: esp (100%), gelE (80,0%) e asa1 (75,5%) e o gene gelE foi significativamente mais frequente entre isolados de infecção que de colonização (p=0,008). Infecções causadas por isolados de E. faecium positivos para o gene asa1 foram significantemente associadas com maior mortalidade (p < 0,05). Quinze diferentes Pulsed field type (PFT) foram observados entre os isolados de E. faecium e 06 entre os isolados de E. faecalis. Dezessete E. faecium foram sequenciados e diferentes sequencias tipo (ST) foram observadas (ST412, ST478, ST78 e ST896) já descritas em outros estudos no Brasil. O isolado resistente a linezolida apresentou mutação no domínio V do gene 23S rRNA com um perfil alélico diferente, caracterizando um novo ST (ST987) descrito pela primeira vez no Brasil. Todos os ST observados nos isolados de E. faecium pertencem ao complexo clonal 17, dos quais dois STs (ST963, ST792) foram descritos pela primeira vez no país. O isolado de E. faecalis sequenciado pertencia ao ST9 e ao complexo clonal 9 já descrito por outros autores. Conclusão: Nosso estudo observou que E. faecium foi predominante em nosso hospital e os ST circulantes pertenciam ao CC17. Os isolados de infecção foram mais virulentos que os isolados de colonização e o gene gelE foi significativamente mais frequente nos isolados de infecção. Infecções causadas por isolados de E. faecium positivos para o gene asa1 foram associadas com a alta mortalidade. Este achado pode ser útil para controlar a disseminação de E. faecium no ambiente hospitalar e em pacientes hematológicos / Introduction: Vancomycin Resistant Enterococcus (VRE) is a important cause of health care-associated infection with high morbidity and mortality, mainly in immunocompromised patients, being the second most common cause of hospital infections in this population of patients in some centers. Prolonged use of antimicrobial therapy with vancomycin and other drugs are risk factors associated with the spread of this pathogen. In addition, enterococcal species may present virulence factors such as: aggregation substance (asa1), gelatinase (gelE), cytolysin (cylA), enterococcal surface protein (esp) and glycosyl hydrolase (hylefm). However, the role of virulence on VRE colonization and infection is controversial. Objectives: To evaluate the clonal profile, virulence and resistance of 86 isolates of VRE (80 E. faecium and 06 E. faecalis) from infection and colonization of 76 patients with hematological diseases and / or submitted to bone marrow transplantation (BMT) at Hospital das Clinics of the Medical School of the University of São Paulo (HC-FMUSP) in the period of 10 years (2005-2014). Material and Methods: Minimum inhibitory concentration to vancomycin, teicoplanin, linezolid, gentamicin and streptomycin in high concentration (HLAR) was performed; Clonality of isolates by pulsed field electrophoresis (PFGE) was evaluated; Detection of resistance (vanA and vanB) and virulence (esp, asa1, gelE, cylA and hylefm) genes by PCR technique and whole genome sequencing of eighteen isolates selected based on clonality. Results: All isolates were resistant to vancomycin and 87.3% to teicoplanin. Resistance to gentamicin and streptomycin in high concentration (HLAR) was observed in 08 and 59 isolates respectively. One isolate presented resistance to linezolid observed for the first time in the unit. The vanA gene was detected in all isolates. Regarding virulence genes, 96.5% of isolates were positive for the esp gene and 69.8% for the gelE and asa1 genes. Isolates of E. faecium infection carried more virulence genes: esp (100%), gelE (80.0%) and asa1 (75.5%) and gelE gene was significantly more frequent among infection isolates than colonization (p = 0.008). Infections caused by E. faecium isolates carrying the asa1 gene were significantly associated with higher mortality (p < 0.05). Fifteen different Pulsed field type (PFT) were observed among the isolates of E. faecium and 06 among E. faecalis isolates. Seventeen E. faecium were sequenced and the following sequences type (ST) were observed (ST412, ST478, ST78 and ST896) all of them already described in Brazil. The linezolid-resistant isolate showed the 23S gene Vdomain mutation with a different allelic profile, characterizing a new ST (ST987) described for the first time in our study. All STs observed in E. faecium isolates belong to clonal complex 17. Two other STs (ST963, ST792) were identified for the first time in the country. The E. faecalis isolate belong to ST9 and clonal complex 9 already described by other authors in Brazil. Conclusion: Our study observed that E. faecium was predominant in our hospital and the circulating STs belonged to CC17 a virulent lineage. E. faecium infection isolates were more virulent than colonization isolates and harbored significantly more gelE gene. It appears that infections caused by E. faecium isolates carrying asa1 gene evolved more frequently to death. This finding may be useful to control the spread of E. faecium in the hospital environment and in haematological patients

Clostridium perfringens é um importante patógeno envolvido em doenças entéricas dos animais domésticos e quadros de toxinfecção alimentar em humanos. Embora as infecções causadas por C. perfringens biotipo C e A em suínos sejam amplamente estudadas, existem poucos relatos que descrevem as reais correlações genéticas existentes na cadeia epidemiologia das clostridioses para esta espécie animal, assim como a transmissão do agente através da fêmea lactante, e a eliminação e perpetuação do agente no momento do abate. O presente estudo teve como objetivo o isolamento e a caracterização genotípica através da eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) de cepas de C. perfringens isoladas a partir de fezes e de carcaças de suínos no momento do abate, fezes de fêmeas suínas e seus leitões e de amostras de farinha de carne e ossos. Foi ainda realizada a comparação dessas cepas com cepas isoladas a partir de leitões com enterite. A freqüência de isolamento do agente em carcaças, em fezes de leitões terminados e a partir de farinha de carne e osso foram, 44,2%, 52,5%, e 32,2% respectivamente. De acordo com a reação em cadeia pela polimerase (PCR) foram detectadas somente as toxinas alfa e beta 2, sendo esta ultima detectada somente nos casos de enterite. Por meio da PFGE as amostras foram caracterizadas em 97 perfis genéticos com um alto índice discriminatório. As amostras isoladas de carcaça apresentaram alta similaridade em relação às de origem fecal, os isolados de farinha de carne apresentaram perfis similares aos obtidos em isolados de fezes de fêmeas, leitões sadios e leitões com enterite. E os isolados de leitões com e sem enterite apresentaram baixa similaridade em relação aos isolados de fêmeas. / Clostridium perfringens is an important enteric disease pathogen of domestic animals and foodborne diseases of human beings. Although infections caused by C. Perfringens type C and A in swine are well studied, just few reports describe genetic relationship among strains in the epidemiological chain of Swine Clostridioses, as well as the transmission of the microorganism by the nursing female its elimination and maintenance at slaughterhouses. The aim of the present study was the isolation and genotypic characterization by Pulsed-Field gel eletrophoresis (PFGE), of C. Perfringens strains from feces and carcasses from at slaughterhouse pigs, feces from sows and their piglets, and samples of meat and bone meal. The microorganism isolation frequencies in carcasses, finishing pig feces, and meat and bone meal were 44.2%, 52.5%, 32.2%, respectively. According to Polymerase Chain Reaction (PCR) assay, only the alfa and beta 2 toxins were detected; whereas beta 2 toxin was detected barely in cases of enteritis. By means of the PFGE assay techinique the samples were characterized in 97 genetic profiles with a high discriminatory level. Strains from carcasses samples presented high similarity to strains from fecal origin. strains from meat and bone meal samples showed similar profiles to strains from sow feces samples; of sows, assimptomatic piglets and piglets with enteritis. And strains isolated from piglets (assimptomatic and with enteritis) presented low similarity to strains from sow feces samples.

Clostridium perfringens é um importante patógeno envolvido em doenças entéricas dos animais domésticos e quadros de toxinfecção alimentar em humanos. Embora as infecções causadas por C. perfringens biotipo C e A em suínos sejam amplamente estudadas, existem poucos relatos que descrevem as reais correlações genéticas existentes na cadeia epidemiologia das clostridioses para esta espécie animal, assim como a transmissão do agente através da fêmea lactante, e a eliminação e perpetuação do agente no momento do abate. O presente estudo teve como objetivo o isolamento e a caracterização genotípica através da eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) de cepas de C. perfringens isoladas a partir de fezes e de carcaças de suínos no momento do abate, fezes de fêmeas suínas e seus leitões e de amostras de farinha de carne e ossos. Foi ainda realizada a comparação dessas cepas com cepas isoladas a partir de leitões com enterite. A freqüência de isolamento do agente em carcaças, em fezes de leitões terminados e a partir de farinha de carne e osso foram, 44,2%, 52,5%, e 32,2% respectivamente. De acordo com a reação em cadeia pela polimerase (PCR) foram detectadas somente as toxinas alfa e beta 2, sendo esta ultima detectada somente nos casos de enterite. Por meio da PFGE as amostras foram caracterizadas em 97 perfis genéticos com um alto índice discriminatório. As amostras isoladas de carcaça apresentaram alta similaridade em relação às de origem fecal, os isolados de farinha de carne apresentaram perfis similares aos obtidos em isolados de fezes de fêmeas, leitões sadios e leitões com enterite. E os isolados de leitões com e sem enterite apresentaram baixa similaridade em relação aos isolados de fêmeas. / Clostridium perfringens is an important enteric disease pathogen of domestic animals and foodborne diseases of human beings. Although infections caused by C. Perfringens type C and A in swine are well studied, just few reports describe genetic relationship among strains in the epidemiological chain of Swine Clostridioses, as well as the transmission of the microorganism by the nursing female its elimination and maintenance at slaughterhouses. The aim of the present study was the isolation and genotypic characterization by Pulsed-Field gel eletrophoresis (PFGE), of C. Perfringens strains from feces and carcasses from at slaughterhouse pigs, feces from sows and their piglets, and samples of meat and bone meal. The microorganism isolation frequencies in carcasses, finishing pig feces, and meat and bone meal were 44.2%, 52.5%, 32.2%, respectively. According to Polymerase Chain Reaction (PCR) assay, only the alfa and beta 2 toxins were detected; whereas beta 2 toxin was detected barely in cases of enteritis. By means of the PFGE assay techinique the samples were characterized in 97 genetic profiles with a high discriminatory level. Strains from carcasses samples presented high similarity to strains from fecal origin. strains from meat and bone meal samples showed similar profiles to strains from sow feces samples; of sows, assimptomatic piglets and piglets with enteritis. And strains isolated from piglets (assimptomatic and with enteritis) presented low similarity to strains from sow feces samples.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:26:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AlessandraMarques2009.pdf: 692808 bytes, checksum: 9a7b1bde8039039ba579f8e25c59ead5 (MD5) Previous issue date: 2009-12-03 / In recent years the number of infections caused by microbacteria non-tuberculous mycobacteria (NTM) has increased mainly due to opportunistic infections in individuals imunocompormetidos and improvement of farming techniques and identification of MTN. Mycobacterium massilienese is an emerging body associated with wound infections, abscesses and pneumonia. An outbreak of infection after videoscopy occurred between 2005 and 2007 in seven hospitals in Goiânia-GO, in central Brazil. The objective of this study was to identify NTM isolated from patients with infection after arthroscopy and lararoscopia by PCR followed by analysis of fragment length polymorphism restrção (PRA-hsp65), compared by gel electrophoresis pulsed-field gel (PFGE), sequencing of the partial rpoB gene and determination of antimicrobial susceptibility in vitro. NTM were recovered from samples (exudate abscess subcutâneio) of 18 patients involved in the outbreak. In the period leading up to this study there was no reported case of infection after videoscopy caused by MTN in Goiania. The 18 isolates were identified as M, massiliene and genotyped as a single clone, indicating that they had a common origin, suggesting a common source of infection for the patients involved in the outbreak. The epidemic isolates were susceptible to amikacin (MIC90 4 micrograms / ml) and clarithromycin (MIC90 <1 ug / ml), but resistance to ciprofloxacin (MIC90 <128g/ml), tobramycin (MIC90 32 micrograms / ml) and intermediate susceptibility to cefoxitin (MIC90 64 ug / ml). In conclusion this study demonstrated the clonality of strains of M. massiliense involved in infections after procedures videoscopes and that they are susceptible to drugs indicated for the treatment / Durante os últimosd anos o número de infecções causadas por microbactérias não-tuberculosas (MNT) tem aumentado principalmente devido às infecções oportunistas em indivíduos imunocompormetidos e ao aprimoramento das técnicas de cultura e identificação das MTN. Mycobacterium massilienese é um organismo emergente, associado a infecções de feridas, formação de abscessos e pneumonias. Um surto de infecção após videoscopias ocorreu entre 2005 e 2007 em sete hospitais privados de Goiânia-GO, na região central do Brasil. O objetivo deste estudo foi identificar MNT isoladas de amostras de pacientes com infecção após artroscopia e lararoscopia por PCR seguida de análise de polimorfismo de fragmentos de restrção (PRA-hsp65), comparação por eletroforese em gel em campo pulsado (PFGE), sequenciamento parcial do gene rpoB e determinação da suscetibilidade antimicrobiana in vitro. MNT foram recuperadas das amostras (exsudato de abscesso subcutâneio) de 18 pacientes envolvidos no surto. No período antecedente a esse estudo não houve nenhum relato de caso de infecção após videoscopias causada por MTN em Goiânia. Os 18 isolados foram identificados como M, massiliene e genotipados como um único clone, indicando que tiveram uma origem em comum, o que sugere uma fonte comum de infecção para os pacientes envolvidos no surto. Os isolados epidêmicos apresentaram sensibilidade a amicacina (CIM90 4 ug/ml) e claritromicina (CIM90 < 1 ug/ml), porém resistência a ciprofloxacina (CIM90 < 128g/ml), tobramicina (CIM90 32 ug/ml), e sensibilidade intermediária a cefoxitina (CIM90 64 ug/ml). Em conclusão este estudo evidenciou a clonalidade de cepas de M. massiliense envolvidas em infecções após procedimentos de videoscopia e que as mesmas são suscetíveis às drogas indicadas para o tratamento

Introdução: Enterococcus resistente à vancomicina (VRE do inglês Vancomycin Resistant Enterococcus) é uma importante causa de infecção relacionada a assistência à saúde com alta morbidade e mortalidade principalmente nos pacientes imunocomprometidos sendo a segunda causa mais comum de infecções hospitalares nessa população de pacientes em alguns centros. O uso prolongado da terapia antimicrobiana com vancomicina e outras drogas, são fatores de risco associados com a disseminação desse patógeno. Além disso, espécies de enterococos podem apresentar fatores de virulência tais como: substância de agregação (asa1), gelatinase (gelE), citolisina (cylA), proteína de superfície enterococo (esp) e hidrolase glicosil (hylefm). Entretanto, o papel da virulência na colonização e infecção por VRE é controverso. Objetivos: Avaliar o perfil clonal, virulência e resistência de 86 isolados de VRE (80 E. faecium e 06 E. faecalis) de infecção e colonização de 76 pacientes com doenças hematológicas e/ou submetidos a transplante de Medula Óssea (TMO) internados no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP) no período de 10 anos (2005-2014). Material e Métodos: Foram realizadas concentração inibitória mínima para: vancomicina, teicoplanina, linezolida, gentamicina e estreptomicina em alta concentração (HLAR); Avaliação da clonalidade por eletroforese em campo pulsado (PFGE); Detecção dos mecanismos de resistência (vanA e vanB) e de virulência (esp, asa1, gelE, cylA e hylefm) pela técnica de PCR e sequenciamento total do genoma de dezoito isolados selecionados de acordo com a clonalidade. Foi criado um banco de dados no programa Epiinfo (CDC) com variáveis clinicas e demográficas dos pacientes. A proporção de isolados de colonização portadores de genes de virulência foi comparada com os isolados de infecção assim como a proporção de isolados de infecção portadores de genes de virulência que evoluíram para óbito. O valor de p < 0,005 foi considerado significativo. Resultados: Trinta e quatro pacientes eram colonizados e 42 infectados por VRE (28 eram infecção de corrente sanguínea), 48 pacientes eram transplantados dos quais 32 eram alogênicos. A mortalidade em 14 dias foi de 21.0% e durante a hospitalização de 53.9%. Todos os isolados foram resistentes à vancomicina e 87,3% à teicoplanina. Resistência a gentamicina e estreptomicina em alta concentração (HLAR) foi observada em 08 e 59 isolados respectivamente. Um isolado apresentou resistência a linezolida identificado pela primeira vez na unidade. O gene vanA foi detectado em todos os isolados. Quanto aos genes de virulência, 96,5% de isolados foram positivos para o gene esp e 69,8% para os genes gelE e asa1. Isolados de infecção de E. faecium carrearam mais genes de virulência: esp (100%), gelE (80,0%) e asa1 (75,5%) e o gene gelE foi significativamente mais frequente entre isolados de infecção que de colonização (p=0,008). Infecções causadas por isolados de E. faecium positivos para o gene asa1 foram significantemente associadas com maior mortalidade (p < 0,05). Quinze diferentes Pulsed field type (PFT) foram observados entre os isolados de E. faecium e 06 entre os isolados de E. faecalis. Dezessete E. faecium foram sequenciados e diferentes sequencias tipo (ST) foram observadas (ST412, ST478, ST78 e ST896) já descritas em outros estudos no Brasil. O isolado resistente a linezolida apresentou mutação no domínio V do gene 23S rRNA com um perfil alélico diferente, caracterizando um novo ST (ST987) descrito pela primeira vez no Brasil. Todos os ST observados nos isolados de E. faecium pertencem ao complexo clonal 17, dos quais dois STs (ST963, ST792) foram descritos pela primeira vez no país. O isolado de E. faecalis sequenciado pertencia ao ST9 e ao complexo clonal 9 já descrito por outros autores. Conclusão: Nosso estudo observou que E. faecium foi predominante em nosso hospital e os ST circulantes pertenciam ao CC17. Os isolados de infecção foram mais virulentos que os isolados de colonização e o gene gelE foi significativamente mais frequente nos isolados de infecção. Infecções causadas por isolados de E. faecium positivos para o gene asa1 foram associadas com a alta mortalidade. Este achado pode ser útil para controlar a disseminação de E. faecium no ambiente hospitalar e em pacientes hematológicos / Introduction: Vancomycin Resistant Enterococcus (VRE) is a important cause of health care-associated infection with high morbidity and mortality, mainly in immunocompromised patients, being the second most common cause of hospital infections in this population of patients in some centers. Prolonged use of antimicrobial therapy with vancomycin and other drugs are risk factors associated with the spread of this pathogen. In addition, enterococcal species may present virulence factors such as: aggregation substance (asa1), gelatinase (gelE), cytolysin (cylA), enterococcal surface protein (esp) and glycosyl hydrolase (hylefm). However, the role of virulence on VRE colonization and infection is controversial. Objectives: To evaluate the clonal profile, virulence and resistance of 86 isolates of VRE (80 E. faecium and 06 E. faecalis) from infection and colonization of 76 patients with hematological diseases and / or submitted to bone marrow transplantation (BMT) at Hospital das Clinics of the Medical School of the University of São Paulo (HC-FMUSP) in the period of 10 years (2005-2014). Material and Methods: Minimum inhibitory concentration to vancomycin, teicoplanin, linezolid, gentamicin and streptomycin in high concentration (HLAR) was performed; Clonality of isolates by pulsed field electrophoresis (PFGE) was evaluated; Detection of resistance (vanA and vanB) and virulence (esp, asa1, gelE, cylA and hylefm) genes by PCR technique and whole genome sequencing of eighteen isolates selected based on clonality. Results: All isolates were resistant to vancomycin and 87.3% to teicoplanin. Resistance to gentamicin and streptomycin in high concentration (HLAR) was observed in 08 and 59 isolates respectively. One isolate presented resistance to linezolid observed for the first time in the unit. The vanA gene was detected in all isolates. Regarding virulence genes, 96.5% of isolates were positive for the esp gene and 69.8% for the gelE and asa1 genes. Isolates of E. faecium infection carried more virulence genes: esp (100%), gelE (80.0%) and asa1 (75.5%) and gelE gene was significantly more frequent among infection isolates than colonization (p = 0.008). Infections caused by E. faecium isolates carrying the asa1 gene were significantly associated with higher mortality (p < 0.05). Fifteen different Pulsed field type (PFT) were observed among the isolates of E. faecium and 06 among E. faecalis isolates. Seventeen E. faecium were sequenced and the following sequences type (ST) were observed (ST412, ST478, ST78 and ST896) all of them already described in Brazil. The linezolid-resistant isolate showed the 23S gene Vdomain mutation with a different allelic profile, characterizing a new ST (ST987) described for the first time in our study. All STs observed in E. faecium isolates belong to clonal complex 17. Two other STs (ST963, ST792) were identified for the first time in the country. The E. faecalis isolate belong to ST9 and clonal complex 9 already described by other authors in Brazil. Conclusion: Our study observed that E. faecium was predominant in our hospital and the circulating STs belonged to CC17 a virulent lineage. E. faecium infection isolates were more virulent than colonization isolates and harbored significantly more gelE gene. It appears that infections caused by E. faecium isolates carrying asa1 gene evolved more frequently to death. This finding may be useful to control the spread of E. faecium in the hospital environment and in haematological patients

Orientador: Maria Clara Padovese / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas. Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-16T10:51:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Leite_GleiceCristina_M.pdf: 1716360 bytes, checksum: 2b5c8037802c8dcf2b8ce4fd235a1089 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Staphylococcus aureus é reconhecido como um dos principais patógenos humanos capazes de causar uma grande variedade de infecções. As infecções causadas pelo Staphylococcus aureus resistentes a meticilina (MRSA) tiveram grande aumento na última década. MRSA é capaz de produzir uma proteína ligadora de penicilina (PBP) específica, chamada PBP2a ou PBP2' que possui baixa afinidade de ligação aos antibióticos _-lactâmicos. Esta proteína é codificada pelo gene mecA, o qual é carreado por um elemento genético móvel, denominado cassete cromossômico estafilocócico (SCCmec) e está integrado ao cromossomo dos MRSA. Foram descritos cinco tipos de SCCmec, sendo eles tipo I, II, III, IV e V e seus variantes, onde o tipo IIIA é característico do clone endêmico brasileiro. Os objetivos do presente estudo foram identificar o perfil de SCCmec de um conjunto de amostras de MRSA obtidas de pacientes atendidos no Hospital das clínicas da Unicamp (HC-Unicamp), descrever sua distribuição nas diversas unidades do HC e comparar o perfil de SCCmec utilizando-se as técnicas de reação em cadeia da polimerase (PCR-multiplex) com o perfil genômico definido por meio de eletroforese em campo pulsado - Pulsed Field Gel Eletrophoresis (PFGE). Foram estudadas 99 amostras obtidas, por razões clínicas, no período de 1999 a 2004. Todas as amostras foram submetidas ao teste de difusão em disco para confirmação da resistência a oxacilina. Como resultados, foram identificados 26 diferentes perfis de PFGE e seus respectivos perfis relacionados. Os perfis genômicos apresentaram uma distribuição temporal, podendo ser agrupados em conjuntos clonais que foram substituídos ao longo do período, com exceção de uma única cepa, que apresentou ocorrências esporádicas durante o período do estudo. Dentre os 99 isolados, 92% apresentaram SCCmec tipo IIIA, característico do clone endêmico brasileiro e 7% apresentaram SCCmec tipo IV. A revisão de prontuários não indica fatores que possam sugerir aquisição extra-hospitalar das cepas estudadas / Abstract: Staphylococcus aureus has been recognized as an important human pathogen capable of causing a wide variety of infections. Infections caused by methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) had greatly increased over the past decade. MRSA is capable of produce a specific penicillin-binding protein (PBP) called PBP2a or PBP2' that hold reduced affinities for binding to _-lactam antibiotics. This protein is encoded by the mecA gene, which is carried by a mobile genetic element, called staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) and is integrated to the chromosome of MRSA. It has been described five types of SCCmec, which are type I, II, III, IV and V and its variants, where the type IIIA is characteristic of Brazilian endemic clone. The goals of the study were to identify the SCCmec type from a set of MRSA samples obtained from patients seeking assistance at Hospital das Clínicas da Unicamp (HC-Unicamp), to describe its distribution in various units of HC and to compare the SCCmec profile with the genomic profile defined using the polymerase chain reaction (PCR-multiplex) techniques and pulsed-field electrophoresis (PFGE), respectively. It was studied 99 samples collected for clinical reasons during a period that extended from 1999 to 2004. All the samples have been submitted to the disk diffusion test for oxacilina resistance confirmation. It was carried through PFGE for genomic evaluation and PCR-multiplex for SCCmec type detection. It have been found 26 different PFGE profiles and their respective related profiles which have presented a temporal distribution, showing clonal groups of strains that have been substituted throughout the period, except of only one strain that was present sporadically during all the period of the study. Among 99 isolated, 92% have shown SCCmec type IIIA, characteristic of Brazilian endemic clone and 7% have shown SCCmec type IV, in a way that all strains seem to have been acquired in the hospital environment / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica

Orientador: Domingos da Silva Leite / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-08T19:24:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Peroto_MariaClaudia_M.pdf: 1526611 bytes, checksum: 77aa753a6b4be729c0ff45854cf7bdcf (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: A toxina citoletal distensora, CDT, é uma citotoxina termolábil identificada em um grande número de enteropatógenos, entre eles Escherichia coli. Os genes de CDT são designados de cdtA, cdtB e cdtC e estão arranjados em um operon e, até o momento, já foram descritos cinco diferentes alelos: I, II, III, IV e V. Cepas de Escherichia coli podem ser classificadas em quatro grupos filogenéticos ECOR: A, B1, B2 e D, nos quais as cepas pertencentes aos grupos A e B1 são consideradas comensais e patógenos oportunistas e as cepas agrupadas como B2 e D, como cepas patogênicas. Os objetivos deste trabalho foram relacionar os alelos da CDT e alguns fatores de virulência associados aos grupos filogenéticos ECOR e estudar três conjuntos de cepas por eletroforese de campo pulsado (PFGE). Foram utilizadas 80 cepas de E. coli cdt-positivas isoladas de suínos, bovinos, ovinos, humanos, água e carne. Os alelos da CDT e os grupos filogenéticos foram identificados através da reação de polimerase em cadeia (PCR). Vinte e cinco cepas dos sorotipos O91:H21, O113:H21 e O116:H21 foram estudadas por PFGE para avaliação da diversidade genética. Os resultados demonstraram que o alelo V da CDT foi o mais freqüente, presente em 45% das cepas, mostrando forte associação com VT2 (97%); o alelo III foi observado em 36,2% das cepas, mostrando associação com VT1 em 79,0% das cepas. O alelo I da CDT foi detectado em 8,7% das cepas e o alelo IV em 5,0% das cepas. No estudo filogenético, 45 cepas (56,0%) foram agrupadas em B1, 15 cepas em B2 (18,7%), 13 cepa em D (16,2%) e sete cepas em A (8,7%). Nos ensaios de PFGE foi possível identificar, entre as cepas de um mesmo sorotipo, desde clones até cepas não relacionadas entre si. Os dados obtidos permitem concluir que no conjunto de cepas estudado o alelo CDT-V está associado ao grupo filogenético B1 enquanto o alelo CDT-III está associado aos grupos B2 e D / Abstract: Cytolethal distending toxin, CDT, is a termolabile cytotoxin found in a great number of enteropathogens, including Escherichia coli. The CDT genes are called cdtA, cdtB and cdtC and they are placed in an operon and five alleles (I, II, III, IV and V) were described until the moment. E. coli strains may be classified in four ECOR phylogenetic groups: A, B1, B2 and D; strains belonging to A and B1 groups are called commensal or opportunist pathogens and strains grouped as B2 and D, as pathogenic strains. The goals of this work were to relate the CDT alleles and some virulence factors associated to four ECOR phylogenetic groups and analyze three strain sets by pulsed field gel electrophoresis (PFGE). This study used 80 cdt-positive E. colistrains isolated from swines, bovines, ovines, humans, water and meat. CDT alleles and phylogenetic groups were identified using polymerase chain reaction (PCR). Twenty-five strains belonging to O91:H21, O113:H21 and O116:H21 serotypes were studied by PFGE for evaluation of genetic diversity. The results show that CDT-V was the most frequent allele, present in 45,0% of strains, and showing strong association with VT2 (97%); CDT-III was observed in 36,2% of strains, showing association with VT1 in 79,0% of strains. CDT-I was detected in 8,7% of strains and CDT-IV, in 5,0%. In the phylogenetic studies, 45 strains (56,0 %) was grouped in group B1, 15 strains (18,7%) was grouped in B2, D grouped 13 strains (16,2%) and the group A congregate 7 strains (8,7%). In PFGE studies it was possible to identify, in the same serotype, since clones until non-related strains. For the studied strains, data allows to conclude that CDT-V is associated to phylogenetic group B1 and CDT-III is associated to B2 and D groups / Mestrado / Microbiologia / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Maria Luiza Moretti / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-13T02:52:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Kuboyama_RogerioHakio_D.pdf: 1899697 bytes, checksum: 863826cd141f1e5f89eb90d272c0c330 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Os objetivos do presente estudo, conduzido retrospectivamente, utilizando cepas isoladas de espécimens clínicos obtidos de pacientes internados em dois hospitais brasileiros entre fevereiro de 2001 e junho de 2004 foram descrever: a presença de cepas de Klebsiella pneumoniae produtoras de beta-lactamases de espectro estendido (ESBLs), o melhor método e o substrato preferido para os testes de triagem e de confirmação da produção de ESBLs, a relação epidemiológica das cepas obtidas e analisar os fatores de risco para infecção por cepa produtora de ESBLs. A fim de investigar a relação genética das cepas, foram utilizadas as análises do DNA plasmidial e do DNA cromossômico por eletroforese em campo pulsátil (PFGE). Um total de 89 cepas de K. pneumoniae foram coletadas de diversos sítios anatômicos. Os espécimens clínicos mais comuns dos quais foram isoladas cepas produtoras foram urina (12,4%) e sangue (10,1%). Utilizando os critérios estabelecidos pelo CLSI (testes de triagem), 35 (39,3%) cepas de K. pneumoniae foram consideradas possivelmente produtoras de ESBLs, enquanto que o teste de aproximação de discos (DDAT) revelou distorções características nas zonas de inibição produzidas pela molécula do clavulanato em 96, 62,5, 50, 18,8 e 12,5% das cepas ao redor dos discos contendo aztreonam, cefotaxima, ceftazidima, ceftriaxona e cefpodoxima, respectivamente. Das 89 cepas, 32 (36%) foram consideradas produtoras de ESBLs baseadas no teste confirmatório pelo método Oxoid de discos-combinados. O disco contendo cefotaxima foi capaz de confirmar 100 % dos produtores de ESBLs enquanto que o disco contendo ceftazidima deixou de confirmar 2 cepas produtoras. Dez e 32 diferentes perfis plasmidiais foram observados dentre as cepas de K. pneumoniae produtoras e não produtoras, respectivamente. A PFGE demonstrou melhor poder discriminatório fornecendo 15 e 55 perfis de DNA cromossômico dentre as cepas ESBLs-positivas e ESBLs-negativas, respectivamente. Da análise univariada, as variáveis significativamente associadas com infecção por cepas de K. pneumoniae produtoras de ESBLs foram: uso de cefalosporinas de quarta geração, de lincosamida, de carbapenêmicos, de glicopeptídeos, cirurgia recente, traqueostomia, idade, dias em uso de lincosamida, dias em uso de glicopeptídeos, número total de antibióticos e duração da terapia antimicrobiana. Ao realizar a análise multivariada, utilizando um modelo de regressão logística que incluía as variáveis estatisticamente significantes da análise univariada (P < 0,05), número total de antibióticos permaneceu como única variável independente para infecção por cepa de K. pneumoniae produtora de ESBLs (OR, 1,60; IC95%, 1,194-2,145.; P = 0,0017). Os dados obtidos revelam: uma taxa relativamente alta da produção de ESBLs em cepas de K. pneumoniae obtidas de pacientes das instituições estudadas; a insuficiência da análise plasmidial na elucidação da relação genética dentre as cepas produtoras de ESBLs; aztreonam como melhor substrato indicador da produção presuntiva de ESBLs e cefotaxima como o melhor substrato no teste confirmatório pelo método Oxoid de discoscombinados / Abstract: The objectives of this study conducted restrospectively using strains isolated from clinical specimens obtained from patients hospitalized in two Brazilian hospitals between February 2001 to June 2004 were to describe the presence of extended-spectrum b-lactamase (ESBL)-producing Klebsiella pneumoniae strains, the best method and the preferred substrate for screening and confirming ESBL production and the epidemiological relatedness of ESBL-producing strains and analyse the risk factors for infection due to ESBL-producing K. pneumoniae. To investigate the genetic relatedness of the strains, plasmid analysis and chromosomal DNA analysis by pulsed-field gel electrophoresis were used. A total of 89 K. pneumoniae were collected from diverse body sites. The most commom specimens yielding ESBL-producing strains were urine (12.4%) and blood (10.1%). Using CLSI criteria (ESBL screening breakpoints), 35 K. pneumoniae (39.3%) had presumptive ESBL phenotype, while using the double-disk approximation test (DDAT) characteristic clavulanate-induced distortions of inhibition zones were found in 96, 62.5, 50, 18.8 and 12.5% of the strains around the disks containing aztreonam, cefotaxime, ceftazidime, ceftriaxone and cefpodoxime, respectively. Of 89 isolates, 32 (36%) produced ESBL based on the confirmatory Oxoid combination disk method. The disk containing cefotaxime was able to confirm 100% of the ESBL producers while the disk containing ceftazidime was not able to confirm 2 ESBL-positive strains. Ten and 32 different plasmid profiles were observed among the ESBL-producing K. pneumoniae and non ESBL producers, respectively. Pulsed-field gel electrophoresis showed the best discriminatory power giving 15 and 55 different chromosomal DNA profiles among the ESBL-positive and ESBL-negative K. pneumoniae, respectively. From univariate analysis, variables significantly associated with infection by an ESBL-producing strain of K. pneumoniae included the following: use of 4st-generation cephalosporins, lincosamide, carbapenems, glycopeptides, recent surgery, tracheostomy, age, days in using of lincosamide, days in using of glycopeptides, total number of antibiotics and duration of the antimicrobial therapy. The only variable that remained independent risk factor for acquiring infection due to ESBL-producing K. pneumoniae after multivariable analysis using a logistic regression model, which included the variables associated with acquiring infection by ESBL-producing K. pneumoniae by univariate analysis (P < 0.05), was total number of antibiotics (OR, 1.60; 95%CI, 1.194-2.145; P = 0.0017). In summary, these data indicate that ESBL-producing K. pneumoniae occur at a relatively high incidence at our institutions and the plasmid analysis is not sufficient to identify relationships between ESBL-producing strains of K. pneumoniae. The ESBL screening breakpoints and DDAT with aztreonam appear to be good indicators in presumptive detection of ESBL-producing strains and the cefotaxime used in the Oxoid combination disk method constituted the best substrate in the confirmatory test / Doutorado / Ciencias Basicas / Doutor em Clínica Médica

Nas duas últimas décadas, várias espécies de Candida têm surgido como importantes patógenos hospitalares, no mundo e no Brasil. A identificação da origem da infecção tem importância na definição de estratégias de prevenção e controle. As estratégias para a prevenção de candidíase endógena podem focar, parcialmente, em métodos para redução da colonização de mucosas, por exemplo, a restrição ao uso de antibióticos de largo espectro. Entretanto, nos casos nos quais está envolvida uma fonte exógena, um expressivo reforço, na melhoria da qualidade das práticas de assistência à saúde, é prioritário para prevenção da transmissão. O objetivo deste estudo foi avaliar diferentes sítios de colonização por Candida como potenciais fontes de candidemia. O estudo foi desenvolvido em 3 hospitais no Brasil: Instituto Central do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de São Paulo, hospital universitário de nível terciário de complexidade, com mil leitos; o Instituto de Infectologia Emílio Ribas, um hospital com 200 leitos, referência para todo o Estado de São Paulo; e o Hospital Geral de Itapecerica da Serra, hospital de cuidados secundários da Grande São Paulo. Foram incluídos no estudo os pacientes com isolamento de Candida em hemocultura obtida de veia periférica após 48 horas de admissão hospitalar. As culturas de vigilância para Candida foram colhidas dos seguintes sítios: urina, reto, cavidade oral, pele (virilha e axila), pele ao redor do cateter e ponta de cateter caso disponível. A tipagem molecular foi realizada quando a mesma espécie de Candida (C. albicans, C. parapsilosis, C. tropicalis and C. glabrata) foi isolada no sangue e nos sítios de vigilância do mesmo paciente. A eletroforese em campo pulsado foi realizada para os isolados de C. albicans, C. parapsilosis e C. glabrata. A amplificação de segmentos polimórficos do DNA foi realizada para C. albicans e C. tropicalis. No total 63 pacientes consecutivos com candidemia foram incluídos no estudo no período de maio de 2004 a outubro de 2005. C. albicans foi isolada em 42% das hemoculturas, C. parapsilosis em 35%, C. tropicalis em 16%, C. guilliermondii, C. krusei, C. glabrata, e C. holmii, em 2% cada uma. Unicamente seis dos 10 isolados de ponta de cateter apresentaram perfil eletroforético idêntico aos isolados de C. parapsilosis do sangue. Os isolados de C. albicans do sangue e de culturas de vigilância do trato gastrintestinal correspondentes, oriundos de 12 pacientes, apresentaram genótipos idênticos. Os resultados sugerem que a colonização do trato gastrintestinal é a provável fonte de candidemia por C. albicans e que a candidemia por C. parasilosis é de origem exógena. / In the last two decades, Candida spp. have emerged as important nosocomial pathogens in the world and in Brazil. The identification of the source of infection is important in approaching prevention and control strategies. Strategies for the prevention of endogenous candidiasis may focus, to a certain extent, on methods for reducing mucosal colonization, for example limitation use of wide-spectrum antibiotics. However, in cases in which an exogenous source is involved, the aggressive reinforcement of adequate healthcare practices is mandatory to prevent transmission. The objective of this study was to evaluate different Candida colonization sites as potential sources for Candida fungemia. The study was done in 3 hospitals in Brazil: the Central Institute of Hospital das Clinicas, a 1000-bed tertiary-care hospital affiliated to the University of São Paulo; the Institute Emilio Ribas, a 200-bed infectious diseases hospital, reference for all the state of São Paulo; and the General Hospital of Itapecerica da Serra, a secondary-care community hospital located in area of the greater São Paulo. The patients with a positive blood culture for Candida, collected from a peripheral vein, were included in the study if they had to be hospitalized for 48 hours or more before candidemia. The following surveillance cultures for Candida were collected from: urine, rectum, oropharynx, skin (groin and axilla), skin around the catheter and catheter tip if available. Molecular typing was performed when the same species of Candida (C. albicans, C. parapsilosis, C. tropicalis and C. glabrata) was isolated from the blood and from surveillance sites of a single patient. Pulsed-field gel electrophoresis was performed for C. albicans, C. parapsilosis and C. glabrata isolates. Randomly amplified polymorphic DNA was performed for C. albicans and C. tropicalis. A total of 63 consecutive patients with candidemia were included in the period from May 2004 to October 2005. C. albicans comprised 42% of the blood isolates, C. parapsilosis 35%, C. tropicalis 16%, C. guilliermondii, C. krusei, C. glabrata, and C. holmii, 2% each. Six of the 10 isolates from catheter tips presented identical electrophoretic profiles to corresponding C. parapsilosis blood cultures and no other surveillance sites were related. C. albicans isolates from blood and from corresponding gastrointestinal surveillance sites from 12 patients presented identical genotypes. In conclusion, our results suggest that tract gastrointestinal colonization is the probable source of C. albicans candidemia and that C. parapsilosis candidemia is not endogenous.

Nas duas últimas décadas, várias espécies de Candida têm surgido como importantes patógenos hospitalares, no mundo e no Brasil. A identificação da origem da infecção tem importância na definição de estratégias de prevenção e controle. As estratégias para a prevenção de candidíase endógena podem focar, parcialmente, em métodos para redução da colonização de mucosas, por exemplo, a restrição ao uso de antibióticos de largo espectro. Entretanto, nos casos nos quais está envolvida uma fonte exógena, um expressivo reforço, na melhoria da qualidade das práticas de assistência à saúde, é prioritário para prevenção da transmissão. O objetivo deste estudo foi avaliar diferentes sítios de colonização por Candida como potenciais fontes de candidemia. O estudo foi desenvolvido em 3 hospitais no Brasil: Instituto Central do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de São Paulo, hospital universitário de nível terciário de complexidade, com mil leitos; o Instituto de Infectologia Emílio Ribas, um hospital com 200 leitos, referência para todo o Estado de São Paulo; e o Hospital Geral de Itapecerica da Serra, hospital de cuidados secundários da Grande São Paulo. Foram incluídos no estudo os pacientes com isolamento de Candida em hemocultura obtida de veia periférica após 48 horas de admissão hospitalar. As culturas de vigilância para Candida foram colhidas dos seguintes sítios: urina, reto, cavidade oral, pele (virilha e axila), pele ao redor do cateter e ponta de cateter caso disponível. A tipagem molecular foi realizada quando a mesma espécie de Candida (C. albicans, C. parapsilosis, C. tropicalis and C. glabrata) foi isolada no sangue e nos sítios de vigilância do mesmo paciente. A eletroforese em campo pulsado foi realizada para os isolados de C. albicans, C. parapsilosis e C. glabrata. A amplificação de segmentos polimórficos do DNA foi realizada para C. albicans e C. tropicalis. No total 63 pacientes consecutivos com candidemia foram incluídos no estudo no período de maio de 2004 a outubro de 2005. C. albicans foi isolada em 42% das hemoculturas, C. parapsilosis em 35%, C. tropicalis em 16%, C. guilliermondii, C. krusei, C. glabrata, e C. holmii, em 2% cada uma. Unicamente seis dos 10 isolados de ponta de cateter apresentaram perfil eletroforético idêntico aos isolados de C. parapsilosis do sangue. Os isolados de C. albicans do sangue e de culturas de vigilância do trato gastrintestinal correspondentes, oriundos de 12 pacientes, apresentaram genótipos idênticos. Os resultados sugerem que a colonização do trato gastrintestinal é a provável fonte de candidemia por C. albicans e que a candidemia por C. parasilosis é de origem exógena. / In the last two decades, Candida spp. have emerged as important nosocomial pathogens in the world and in Brazil. The identification of the source of infection is important in approaching prevention and control strategies. Strategies for the prevention of endogenous candidiasis may focus, to a certain extent, on methods for reducing mucosal colonization, for example limitation use of wide-spectrum antibiotics. However, in cases in which an exogenous source is involved, the aggressive reinforcement of adequate healthcare practices is mandatory to prevent transmission. The objective of this study was to evaluate different Candida colonization sites as potential sources for Candida fungemia. The study was done in 3 hospitals in Brazil: the Central Institute of Hospital das Clinicas, a 1000-bed tertiary-care hospital affiliated to the University of São Paulo; the Institute Emilio Ribas, a 200-bed infectious diseases hospital, reference for all the state of São Paulo; and the General Hospital of Itapecerica da Serra, a secondary-care community hospital located in area of the greater São Paulo. The patients with a positive blood culture for Candida, collected from a peripheral vein, were included in the study if they had to be hospitalized for 48 hours or more before candidemia. The following surveillance cultures for Candida were collected from: urine, rectum, oropharynx, skin (groin and axilla), skin around the catheter and catheter tip if available. Molecular typing was performed when the same species of Candida (C. albicans, C. parapsilosis, C. tropicalis and C. glabrata) was isolated from the blood and from surveillance sites of a single patient. Pulsed-field gel electrophoresis was performed for C. albicans, C. parapsilosis and C. glabrata isolates. Randomly amplified polymorphic DNA was performed for C. albicans and C. tropicalis. A total of 63 consecutive patients with candidemia were included in the period from May 2004 to October 2005. C. albicans comprised 42% of the blood isolates, C. parapsilosis 35%, C. tropicalis 16%, C. guilliermondii, C. krusei, C. glabrata, and C. holmii, 2% each. Six of the 10 isolates from catheter tips presented identical electrophoretic profiles to corresponding C. parapsilosis blood cultures and no other surveillance sites were related. C. albicans isolates from blood and from corresponding gastrointestinal surveillance sites from 12 patients presented identical genotypes. In conclusion, our results suggest that tract gastrointestinal colonization is the probable source of C. albicans candidemia and that C. parapsilosis candidemia is not endogenous.