O objetivo geral deste trabalho foi avaliar aspectos fenotípicos e genéticos de características de crescimento, temperamento e repelência em bovinos da raça Nelore. As características analisadas neste trabalho foram peso ao nascer (PN, N=13.374), peso a desmama (PD, N=19.835), peso ao sobreano (P18M, N=15.291), ganho de peso da desmama ao sobreano (GP345, N=12.873), ganho de peso da desmama ao sobreano diferenciado (GP345DIF, N=12.873), temperamento (TEMP, N=13.253) e repelência (REP, N=1.859). O arquivo de pedigree foi constituído por 30.233 animais. Os componentes de variância, (co)variância, parâmetros genéticos, bem como as predições dos valores genéticos foram estimados por máxima verossimilhança restrita (REML). As estimativas de herdabilidade observadas para PN, PD, P198M, GP345, GP345DIF, TEMP e REP foram 0,22, 0,34, 0,34, 0,12, 0,12, 0,15 e 0,18, respectivamente. As estimativas de correlação genéticas verificadas foram 0,50 (PD e PN), 0,96 (PD e P18M), 0,49 (PD e GP345), 0,55 (PD e GP345DIF), 0,41 (PD e TEMP) e 0,20(PD e REP). As tendências fenotípicas para as características avaliadas foram todas negativas (P<0,01), a exceção de PD (P>0,05). As tendências genéticas para as características avaliadas foram todas positivas (P<0,01), a exceção de REP (P<0,01) que apresentou tendência negativa. As taxas de endogamia individual, paterna e materna apresentaram comportamento crescente (P<0,01) ao longo do período de estudo. Foram verificados efeitos significativos dos coeficientes de endogamia individuais sobre todas as características avaliadas, a exceção de TEMP. Os coeficientes de endogamia paternos influenciaram significativamente as características P18M, GP345 e GP345DIF. Por outro lado, a endogamia materna influenciou significativamente as características PD, GP345 e GP345DIF. / The general aim of this study was evaluated phenotypic and genetic aspects to growth traits, temperament and resistance in Nelore beef cattle. The traits analyzed in this study were birth weight (BW, N=13,374), weaning weight (WW, N=19,835), weight to over year (W18M, N=15,291), weight gain from weaning to over year (WG345, N=12,873), differentiated weight gain from weaning to over year (WG345DIF, N=12,873), temperament (TEMP, N=13,253) e resistance (RES, N=1,859). The pedigree information was composed by 30,233 animals. Variance and (co)variance components, genetic parameters, as well as predict breeding values were estimated using restricted maximum likelihood analyses (REML). Heritability estimates for BW, WW, W18M, WG345, WG345DIF, TEMP and RES were 0.22, 0.34, 0.34, 0.12, 0.12, 0.15 e 0.18, respectively. The genetics correlations verified were 0.50 (WW and BW), 0.96 (WW and W18M), 0.49 (WW and WG345), 0.55 (WW and WG345DIF), 0.41 (WW and TEMP) and 0.20 (WW and RES). All phenotypic trends to the evaluated traits were negatives (P<0.01), except for WW (P>0.05). All genetic trends to the evaluated traits were positives (P<0.01), except for RES (P<0.01) which presented negative trend. The individual, paternal and maternal inbreeding rates showed increasing behavior (P<0.01) along the study period. Were verified significant effects of individual inbreeding coefficients in all evaluated traits, except for TEMP. The paternal inbreeding coefficients affected significantly the W18M, WG345, WG345DIF traits. Even so, the maternal inbreeding coefficients affected significantly the WW, WG345, WG345DIF traits.

Orientador: Mario Luiz Teixeira de Moraes / Resumo: O êxito dos programas de melhoramento florestal requer que a predição do progresso genético seja proporcional ao progresso genético real. Para isso, é possível unir a genética quantitativa com ferramentas moleculares, que permitem estimar parâmetros com maior acuidade para seleção. O objetivo foi verificar a diversidade genética, o sistema de reprodução e as relações de parentesco em populações de polinização aberta de Eucalyptus urophylla, para selecionar cruzamentos e genitores. Para tanto, foram utilizados dois Pomares de Sementes por Mudas (PSM) e uma amostra de indivíduos adultos em um teste de progênies (PCPN). Para compor um teste de progênies de segunda geração (TP2G) foram coletadas sementes em 23 árvores matrizes em um dos PSM. As populações estão localizadas na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão, em Selvíria-MS. Os indivíduos do TP2G (722) e os adultos (467) foram genotipados com 12 marcadores microssatélites (SSR) e os locos avaliados para verificar se são marcadores genéticos. Os caracteres silviculturais foram mensurados nos PSM e no TP2G. Os marcadores SSR formaram um conjunto consistente de marcadores genéticos. A diversidade genética das populações foi elevada e a redução foi pequena entre as gerações. O índice de fixação foi significativo para todas as populações e maior nos descendentes, a indicar a presença de endogamia. A taxa de cruzamento indicou que a reprodução ocorreu predominantemente por cruzamentos (0,964). Houve cruzamentos entre parentes, co... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The success of forest breeding programs requires that the prediction of genetic progress be proportionate to actual genetic progress. For this, it is possible to join the quantitative genetics with molecular tools, which allow to estimate parameters with greater acuity for selection. The main was to verify the genetic diversity, mating system and kinship relationships in open pollinated populations of Eucalyptus urophylla, to select crosses and parents. In order to do, two seedlings seed orchards (SSO) and an adult sample of individuals were used in a progeny test (PCPN). To compose a second generation progenies test (2GPT) seeds were collected in 23 mother trees in one of the SSO. The populations are located in the Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão, in Selvíria-MS. The individuals from 2GTP (722) and adults (467) were genotyped with 12 microsatellite markers (SSR) and the loci evaluated for genetic markers. Silvicultural traits were measured in the SSO and 2GPT. SSR markers formed a consistent set of genetic markers. The genetic diversity of the populations was high and the reduction was small between generations. The fixation index was significant for all populations and higher in the offspring, indicating the presence of inbreeding. The multilocus estimate of outcrossing rate indicated that reproduction occurred predominantly by crosses (0.964). There were crosses between relatives, crosses correlated and self-fertilization. As a result, inbreeding in the progenies wa... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Silvelise Pupin null (silvelise.pupin@gmail.com) on 2018-02-26T14:04:43Z No. of bitstreams: 1 Tese_SilvelisePupin_VersãoFinal.pdf: 4478878 bytes, checksum: e608d55d4107cfa94a50f52defea2fad (MD5) / Approved for entry into archive by Cristina Alexandra de Godoy null (cristina@adm.feis.unesp.br) on 2018-02-26T14:25:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 pupin_s_dr_ilha.pdf: 4478878 bytes, checksum: e608d55d4107cfa94a50f52defea2fad (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-26T14:25:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 pupin_s_dr_ilha.pdf: 4478878 bytes, checksum: e608d55d4107cfa94a50f52defea2fad (MD5) Previous issue date: 2018-02-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O êxito dos programas de melhoramento florestal requer que a predição do progresso genético seja proporcional ao progresso genético real. Para isso, é possível unir a genética quantitativa com ferramentas moleculares, que permitem estimar parâmetros com maior acuidade para seleção. O objetivo foi verificar a diversidade genética, o sistema de reprodução e as relações de parentesco em populações de polinização aberta de Eucalyptus urophylla, para selecionar cruzamentos e genitores. Para tanto, foram utilizados dois Pomares de Sementes por Mudas (PSM) e uma amostra de indivíduos adultos em um teste de progênies (PCPN). Para compor um teste de progênies de segunda geração (TP2G) foram coletadas sementes em 23 árvores matrizes em um dos PSM. As populações estão localizadas na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão, em Selvíria-MS. Os indivíduos do TP2G (722) e os adultos (467) foram genotipados com 12 marcadores microssatélites (SSR) e os locos avaliados para verificar se são marcadores genéticos. Os caracteres silviculturais foram mensurados nos PSM e no TP2G. Os marcadores SSR formaram um conjunto consistente de marcadores genéticos. A diversidade genética das populações foi elevada e a redução foi pequena entre as gerações. O índice de fixação foi significativo para todas as populações e maior nos descendentes, a indicar a presença de endogamia. A taxa de cruzamento indicou que a reprodução ocorreu predominantemente por cruzamentos (0,964). Houve cruzamentos entre parentes, correlacionados e autofecundação. Em função disso, a endogamia nas progênies foi superior a população parental e a principal razão foi o cruzamento entre parentes, o que resultou em maior endogamia. Além disso, as relações de parentesco foram superiores no TP2G. Houve fluxo de pólen entre as populações e o número de doadores de pólen foi elevado pela análise de paternidade, que permitiu determinar o provável candidato a pai de 713 indivíduos do TP2G. Com isso foi possível estudar o teste de progênies de polinização aberta como um teste de irmãos completos, permitindo estimar as capacidades gerais e específicas de combinação. Para o diâmetro a altura do peito o ganho genético baseado no valor genotípico do cruzamento foi elevado (> 20%), assim como a seleção clonal, que indicou ganhos consideráveis (> 65%). Assim, é possível dar continuidade ao Programa de Melhoramento, indicando cruzamentos e genótipos promissores de E. urophylla. / The success of forest breeding programs requires that the prediction of genetic progress be proportionate to actual genetic progress. For this, it is possible to join the quantitative genetics with molecular tools, which allow to estimate parameters with greater acuity for selection. The main was to verify the genetic diversity, mating system and kinship relationships in open pollinated populations of Eucalyptus urophylla, to select crosses and parents. In order to do, two seedlings seed orchards (SSO) and an adult sample of individuals were used in a progeny test (PCPN). To compose a second generation progenies test (2GPT) seeds were collected in 23 mother trees in one of the SSO. The populations are located in the Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão, in Selvíria-MS. The individuals from 2GTP (722) and adults (467) were genotyped with 12 microsatellite markers (SSR) and the loci evaluated for genetic markers. Silvicultural traits were measured in the SSO and 2GPT. SSR markers formed a consistent set of genetic markers. The genetic diversity of the populations was high and the reduction was small between generations. The fixation index was significant for all populations and higher in the offspring, indicating the presence of inbreeding. The multilocus estimate of outcrossing rate indicated that reproduction occurred predominantly by crosses (0.964). There were crosses between relatives, crosses correlated and self-fertilization. As a result, inbreeding in the progenies was higher than in the parental population and the main reason was cross between relatives. In addition, kinship relations were higher in 2GPT. There was pollen flow among the populations and the number of pollen donors was higher by paternity analysis, which allowed to determine the probable candidate father of 713 individuals of the 2GPT. Thus, it was possible to study the open pollinated progeny test as a full sib test, allowing the estimation of general and specific combining abilities. For the diameter at breast height, the genetic gain based on the genotypic value of the cross was high (> 20%), as well as the clonal selection, which indicated considerable gains (> 65%). Thus, it is possible to continue the Breeding Program, indicating promising crosses and genotypes of E. urophylla. / FAPESP: 2014/03407-7

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The objective of this study was to evaluate, through simulation of data, different selection strategies adopted in a breeding program of swine and their impacts on levels of inbreeding and genetic gains. In addition to specifically estimating the impact of restrictions on the maximum number of sons and daughters by male or female and the impact of rates and productive losses on levels of inbreeding and genetic gain. Data from real populations A, composed of Pietrain pigs, and B, by Landrace pigs, used in this study, came from two genetic lines located on farms in the west of the Santa Catarina state. To generate the simulated populations, a Fortran language simulator was used in which the information of the real populations was used: two main input files, one containing the pedigree of the last 10 years, with 21,906 animals in population A and 251,343 animals in population B, And another one containing the estimated breeding values for age, backfat and feed conversion, all adjusted to 110 kg of live weight, for both populations, as well as depth of the longissimus dorsi muscle adjusted for 110 kg of live weight - only for population A, and number of live piglets at the 5th day of life, per farrowing, only for population B, of the selected animals in 2014 (Generation 0). In addition to the (co)variances of estimated breeding values, rates and productive and reproductive averages, number of mating and number of animals selected per generation. In each article, three scenarios were simulated: in article 1 the scenarios varied in the restrictions on the number of full siblings and half-siblings selected, for males and females, already in article 2 the variations in the scenarios were in the mortality rate in the lactation and farrowing rate. Ten generations were simulated, with 30 repetitions each generation and scenario. The results of the simulation of data in a breeding program of swine allow to conclude that: there is an increase in the inbreeding levels in a closed nucleus independent of the selection strategy used; the rate of inbreeding are larger in populations of smaller effective size; restrictions on the number of full siblings and half-siblings selected are efficient to reduce the rates of inbreeding, with the restriction of a maximum of two full-siblings and three half-siblings for males and three full-siblings for females, for having obtained the highest genetic gains, is indicated as a selection strategy to be adopted in these populations; there is an increase in the levels of consanguinity in a closed nucleus with an increase in productive and reproductive losses; the productive and reproductive losses reduce the variances of the estimated breeding values and, mainly, the intensities of selection, reducing the genetic gains; actions that maximize farrowing rates are preponderant to those that minimize mortality rates in the lactation, since the reduction in simulated farrowing rate has resulted in greater losses in genetic gains. / O objetivo deste estudo foi avaliar, através de simulação de dados, diferentes estratégias de seleção adotadas em programa de melhoramento genético de suínos e seus impactos nos níveis de consanguinidade e ganhos genéticos. Além de, especificamente, estimar o impacto de restrições no número máximo de filhos e filhas por macho ou fêmea e o impacto de taxas e perdas produtivas nos níveis de consanguinidade do plantel e no ganho genético. Os dados das populações reais A, composta por suínos da raça Pietrain, e B, por suínos da raça Landrace, utilizados neste estudo, foram provenientes de duas linhagens localizadas em granjas no oeste do estado de Santa Catarina. Para gerar as populações simuladas foi desenvolvido um simulador em linguagem Fortran no qual utilizou-se as informações das populações reais: dois arquivos de dados iniciais, um contendo o pedigree dos últimos 10 anos, sendo 21.906 animais na população A e 251.343 animais na população B, e outro contendo os valores genéticos para idade, espessura de toucinho e conversão alimentar, todos ajustados para 110 kg de peso vivo, para ambas as populações, além de profundidade do músculo longissimus dorsi ajustada para 110 kg de peso vivo – somente para a população A e número de leitões vivos ao 5º dia de vida, por parto, somente para a população B, dos animais selecionados em 2014 (Geração 0), além das (co)variâncias dos valores genéticos, as taxas e médias produtivas e reprodutivas, restrições de número de coberturas e número de animais selecionados por geração. Em cada artigo foram simulados três cenários: no artigo 1 os cenários variaram nas restrições no número de irmãos completos e meios-irmãos selecionados, para machos e fêmeas, já no artigo 2 as variações nos cenários foram na taxa de mortalidade na lactação e taxa de parto. Foram simuladas dez gerações, com 30 repetições cada geração e cenário. Os resultados da simulação de dados em programa de melhoramento genético de suínos permitem concluir que: há incremento dos níveis de consanguinidade em núcleo de produção fechado independente da estratégia utilizada; os incrementos de consanguinidade são maiores em populações de tamanho efetivo menor; restrições no número de irmãos completos e meios-irmãos selecionados são eficientes para reduzir os incrementos de consanguinidade, sendo que a restrição de, no máximo, dois irmãos-completos e três meios-irmãos, para machos, e três irmãs-completas, para fêmeas, por ter obtido os maiores ganhos genéticos, é indicado como estratégia de seleção a ser adotada nestas populações; há incremento dos níveis de consanguinidade em núcleo de produção fechado com o aumento das perdas produtivas e reprodutivas; as perdas produtivas e reprodutivas reduzem as variâncias dos valores genéticos e, principalmente, as intensidades de seleção, reduzindo os ganhos genéticos; ações que maximizem as taxas de parição são preponderantes àquelas que minimizem as taxas de mortalidade na lactação, tendo em vista que a redução na taxa de parição simulada, resultou em maiores perdas nos ganhos genéticos.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 205468 bytes, checksum: 88389728ebe8628dfada4221324a292d (MD5) Previous issue date: 2006-02-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The pedigree and production database of Gyr cattle selected for milk production, stored at Embrapa had been employed in this research work. There were studied population s genetic structure, inbreeding effects on productive and reproductive traits and a comparative genetic evaluation regarding a complete and selected genetic basis. The ENDOG program has used 27,610 animals to obtain the individual coefficients of inbreeding (F) and average relatedness (CR), the effective number of animals (Ne), founders (fe) and ancestors (fa) and generation intervals (IG). The average F and AR coefficients of population were 2.82 % and 2.10 %, respectively. The Ne ranged from 16.1 to 125.3 for complete generations. The estimated fe and fa were, respectively, 146 and 75, with only 28 ancestors being the source of 50 % of the populations genes. The total IG was 8.41 years, being higher for males than for females. Data from 24,045 lactations ended between 1960 and 2004, from 8,879 cows distributed in 26 herds, were used for verifying the effects of inbreeding over the productive traits: productions of milk (PL), fat (PGOR), protein (PPRO), lactosis (PLAC), total solids (PSOL) and length of lactation (DLAC); and reproductive traits: age at first calving (ID1P) and calving interval (INTP). The variance and regression analysis used SAS procedures. The variance analysis for productive traits and calving intervals considered as fixed effects the herd, year-season of calving, generation class (CG) nested in herd, inbreeding class (CF) and age of the cow at calving, as covariate, with linear and quadratic terms. For age at first calving there were considered in the model the fixed effects of herd-year of birth, birth season, CF and CG-herd. The productive traits were affected (p<0.05) by all sources of variation. The age of the cow at calving and birth season did not affect (p>0.05) the calving interval and age at first calving, respectively. A regression study of the traits, adjusted for others variation sources, was carried out considering the average inbreeding coefficient of each class, weighted by the number of observations of the class. The linear and quadratic regression terms were significant (p<0.01) for productive traits, in which the higher production levels were associated to inbreeding coefficients between 10 and 12 %. Only the linear regression term was significant (p<0.05) for ID1P. The proposed regression model did not explain INTP. The genetic evaluation for milk production was performed by MTDFREML system, applying the production database plus information of cow s parents and two different pedigree structures. The complete genetic basis (BGC) considered all available information and the selected genetic basis (BGS) used a subset with only pedigree information of progeny test bulls. The employment of BGS, on average, underestimated the breeding values. High Pearson and Spearman correlations between predicted breeding values by the utilization of both genetics basis were obtained. However, the selection of different animals based on of the genetic basis could reduce the genetic gains, mainly in males, which are more influenced by relative s information. / Os arquivos de pedigree e produção da raça Gir selecionada para produção de leite, armazenados na Embrapa Gado de Leite, foram utilizados para análise da estrutura genética da população, estudo do efeito da endogamia sobre características produtivas e reprodutivas, e avaliação genética comparativa entre base genética completa e selecionada. O programa ENDOG utilizou 27.610 animais no cálculo dos coeficientes individuais de endogamia (F) e de relação médio (CR), número efetivo de animais (Ne), de fundadores (fe) e de ancestrais(fa), e do intervalo de gerações (IG). Os coeficientes F e CR médios da população foram 2,82% e 2,10%, respectivamente. O Ne variou de 16,1 a 125,3 entre as gerações completas. O fe estimado foi 146 e o fa foi 75, sendo que apenas 28 ancestrais foram responsáveis pela origem de 50% dos genes da população. O IG total foi de 8,41 anos, sendo maior para machos e menor para fêmeas. Registros de 24.045 lactações ocorridas entre 1960 e 2004, de 8.879 vacas distribuídas em 26 rebanhos, foram utilizados para verificação do efeito da endogamia sobre as características produtivas: produções de leite (PL), de gordura (PGOR), de proteína (PPRO), de lactose (PLAC) e de sólidos totais (PSOL) e duração da lactação (DLAC); e reprodutivas: idade ao primeiro parto (ID1P) e intervalo de partos (INTP). As análises de variância e de regressão utilizaram procedimentos do SAS. A análise de variância para as características produtivas e intervalo de partos considerou os efeitos fixos de rebanho, ano-estação do parto, classe de geração (CG) aninhado em rebanho, classe de endogamia (CF) e idade da vaca ao parto, como covariável, nos termos linear e quadrático). Para idade ao primeiro parto, o modelo incluiu os efeitos fixos de rebanho-ano do nascimento, época de nascimento, CF e CG-rebanho. As características produtivas foram afetadas por todas as fontes de variação (p<0,05). A idade da vaca ao parto e estação de nascimento não afetaram (p>0,05) o intervalo de partos e idade ao primeiro parto, respectivamente. Realizou-se um estudo de regressão das características, ajustadas para as outras fontes de variação, em função do coeficiente médio de endogamia de cada classe, ponderando-se pelo número de observações de cada classe. Os termos linear e quadrático do modelo de regressão foram significativos (p<0,01) para as características produtivas, cujas maiores produções estiveram associadas a coeficientes de endogamia entre 10 e 12%. Somente o termo linear foi significativo (p<0,05) para ID1P. O modelo de regressão proposto não explicou (p>0,05) a característica INTP. As avaliações genéticas para produção de leite foram realizadas pelo sistema MTDFREML e utilizaram como base o arquivo de produção, acrescido de pai e mãe da vaca. Variou-se somente a informação de pedigree, ora utilizando toda informação disponível, ou base genética completa (BGC), ora utilizando apenas as informações de pedigree dos touros submetidos ao teste de progênie, ou base genética selecionada (BGS). A utilização da BGS, em média, subestimou os valores genéticos dos animais. Altas correlações de Pearson e Spearman entre os valores genéticos preditos pela utilização das duas bases foram obtidas. Contudo, a seleção de animais diferentes quando se utiliza uma base genética ou outra poderia incorrer em redução nos ganhos genéticos, sobretudo nos machos, mais influenciados pela informação de parentes.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 638012 bytes, checksum: 143afe25e153d825390dde7f6f4bd48c (MD5) Previous issue date: 2011-07-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Superior inbred clones selected in S1 families can integrate a reciprocal recurrent selection program of sugarcane by eliminating the genetic load of the population and explorating superior hybrid combinations. Molecular markers can be used for reliable identification of true selfing-derived clones in S1 populations. The objective of this study was to confirm true selfs in sugarcane families using microsatellite markers. The eight SSR primers chosen generated a total of 62 polymorphic markers, with the number of alleles recorded per SSR marker across the 8 cultivars tested ranged between 6 and 15 with an average of 7. Three loci were found to reveal highly informative bands and were used to assess the level of selfing in five S1 families. Levels ranged from 20 to 58,1 % which would be as a result of subestimated values due to a limited number of samples in the final analysis. The SSR loci provide a reliable and accurate identification of S1 progenies in sugarcane crossings and can be used as a tool to assist selection strategies in sugarcane breeding programs. / Indivíduos endógamos superiores selecionados em famílias S1 podem integrar um programa de seleção recorrente recíproca em cana-de-açúcar, eliminando a carga genética da população e explorando combinações híbridas superiores. A identificação confiável dos indivíduos verdadeiramente provenientes de autofecundação nas populações S1 pode ser realizada por meio de marcadores moleculares. O objetivo desse estudo foi empregar marcadores microssatélites na confirmação de progênies resultantes de autofecundação em cana-de-açúcar. Oito locos selecionados produziram 62 alelos em oito cultivares testadas, com número de alelos por marcador variando de 6 a 15 e média de 7 alelos por loco. Três locos foram altamente informativos e utilizados no acesso dos níveis de autofecundação em cinco famílias S1. As proporções de autofecundação encontradas variaram de 20 a 58,1%, embora acredita-se que haja uma subestimação dos valores, devido ao número de amostras eliminadas da análise final. Os locos microssatélites possibilitam uma identificação confiável de indivíduos S1 em cruzamentos de cana-de-açúcar e podem ser empregados em estratégias de seleção em um programa de melhoramento de cana-de-açúcar.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:54:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1478559 bytes, checksum: bfcc6768887b41929d22a869a9f654ab (MD5) Previous issue date: 2010-02-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / This study aimed to evaluate genetic groups using multivariate analysis, and to study the association between carcass and ham traits using canonical correlation analysis in a pig population for the production of dry cured ham. The genetics groups were: DULL= Duroc x (Landrace x Large White), DULA= Duroc x Landrace, DUWI= Duroc x Large white, WIWI= Large White, DUDU= Duroc. Carcass traits were obtained: hot carcass weight (HCW), backfat thickness (BT) and loin depth (LD), and ham traits were obtained: gross ham weight (GHW), trimmed ham weight (THW), ham inner layer fat thickness (HIFT), ham outer layer fat thickness (HOFT), pH (PH), and color (COL), with animals slaughtered at 130 kg and at 160 kg weights. In the genetic lines evaluation study, the first and the second canonical variables explained 97.51 %, 93.55% and 88.81% of the total variation of the carcass traits at 130 kg and 160 kg, and ham traits at 130 kg, respectively. In the dispersion graph concerning the canonical means, it was observed significant distance between the genetic groups DUDU and WIWI relative to the carcass traits at 130 kg and 160 kg, and ham traits at 130 kg. Pigs with 50% Duroc were little dispersed relative to the carcass traits at 130 kg and 160 kg and were not divergent to the genetic group DUDU relative to the ham traits 130 kg. In the clustering analysis using the single linkage method DULL, DULA and DUWI were grouped with a high similarity level, relative to the carcass traits with at 130 kg and 160 kg, and ham traits with at 130 kg. In the Tocher optimization method, pigs with 50% Duroc and 100% Duroc were grouped relative to the ham traits at 130 kg, suggesting that 50% Duroc pig s ham traits are similar to the 100% Duroc one. In this context, the utilization of the genetic groups Duroc x Large White, Duroc x Landrace and Duroc x (Landrace x Large White) production of dry cured ham should be recommended. In the study of association between carcass and ham traits it was observed that they were not independent. The canonical correlations (r) between the carcass and ham traits with slaughter weight at 130 kg were 0.77; 0.24; and 0.20 for the first, second and third canonical pair, respectively and all were significant using Wilks test (P<0.01). The canonical correlation between the three canonical variate pairs for the carcass and ham traits with slaughter weight at 160 kg was 0.88; 0.42; 0.14, respectively. All the canonical correlations were significant, except the third, that correspond to third canonical variate pair using Wilks test (P>0.05). The hot carcass weight (HCW) was the higher correlation with the first canonical variate pair relative to carcass traits with slaughter weight at 130 kg and 160 kg. The ham traits gross ham weight (GHW) and trimmed ham weight (THW) were the higher canonical correlation values for slaughter weights 130 kg and 160 kg, relative to the first canonical variate pair. The carcass traits backfat thickness (BT) and loin depth (LD), the last one with negative values,were the higher canonical correlation, for slaughter weights at 130 kg and at 160 kg, relative to the second canonical variate pair. In the ham traits group, ham outer layer fat thickness (HOFT) was the higher canonical correlation values for slaughter weights at 130 kg and 160 kg, relative to the second canonical variate pair. The correlations between the traits and the canonical variates showed an association among hot carcass weight (HCW), gross ham weight (GHW) and trimmed ham weight (THW), as well an association between backfat thickness (BT) and ham outer layer fat thickness (HOFT). These results allows to conclude that the carcass traits group should be used to cull pigs that are not suitable to the dry cured ham production. / O objetivo desse estudo foi avaliar grupos genéticos utilizando-se técnicas de análise multivariada, e estudar a associação entre características de carcaça e de pernil com utilização da análise de correlações canônicas, em uma população de suínos para produção de presuntos maturados. Os seguintes grupos genéticos foram utilizados: DULL= Duroc x (Landrace x Large White), DULA=Duroc x Landrace, DUWI= Duroc x Large White, WIWI= Large White, DUDU= Duroc. Foram obtidas as seguintes medidas de carcaça: peso da carcaça quente (PCQ), espessura do toucinho (ET) e profundidade do músculo Longissimus (PM); e as seguintes medidas de pernil: peso bruto do pernil (PB), peso refilado do pernil (PR), espessura de gordura da borda interna do pernil (EIN), espessura de gordura da borda externa do pernil (EEX), pH do músculo Semimembranosus (pH) e cor superficial do músculo Semimembranosus (COR). Na avaliação de grupos genéticos, observou-se no diagrama de dispersão em relação às médias canônicas uma considerável distância entre os grupos genéticos DUDU e WIWI referente às características de carcaça, com abate aos 130 kg e aos 160 kg, e de pernil, com abate aos 130 kg. Os animais com 50% Duroc situaram-se próximos nas características de carcaça com abate aos 130 kg e 160 kg e foram pouco divergentes em relação ao grupo DUDU nas características de pernil com abate aos 130 kg. Na análise de agrupamento pelo método do vizinho mais próximo os animais DULL, DULA e DUWI foram agrupados com um nível de similaridade alto, em relação às características de carcaça, com abate aos 130 kg e aos 160 kg, e às características de pernil com abate aos 130 kg. No método de otimização de Tocher, os animais 50 % Duroc foram agrupados com os animais puros Duroc, nas análises relativas às características de Pernil, com abate aos 130 kg, o que indica que os animais 50 % Duroc são próximos dos animais puros Duroc com relação às características de pernil. Com base nos resultados obtidos pode-se recomendar a utilização de animais produtos de cruzamento Duroc x Large White, Duroc x Landrace e Duroc x (Landrace x Large White) para a produção de presunto maturado. No estudo da associação entre as características de carcaça e de pernil foi observado que as características de carcaça e de pernil não são independentes. As correlações canônicas (r) entre os conjuntos de características de carcaça e de pernil com abate aos 130 kg foram 0,77; 0,24 e 0,20 para o primeiro, segundo e terceiro par canônico respectivamente, sendo todas consideradas significativas pelo teste de Wilks (P<0,01). Para os grupos de características de carcaça e pernil com abate aos 160 kg, as correlações canônicas (r) entre os três pares canônicos foram 0,88; 0,42; 0,14, respectivamente, sendo a última, correspondente ao terceiro par, a única não significativa pelo teste de Wilks (P >0,05). Ao examinar o primeiro par canônico, observou-se que a variável PCQ obteve maior correlação com as variáveis canônicas dentro do grupo de características de carcaça com abate aos 130 kg e aos 160 kg. Nas características de pernil, com relação ao primeiro par canônico, as características PB e PR obtiveram as maiores correlações com as variáveis canônicas nos dois pesos de abate, 130 kg e 160 kg. Com relação ao segundo par canônico, as variáveis com maiores valores de correlação com as variáveis canônicas foram ET e PM, sendo o último com valores negativos, para as características de carcaça com abate aos 130 kg e 160 kg. Dentro do conjunto de características de pernil, com abate aos 130 kg e 160 kg, em relação ao segundo par canônico, a característica com maior valor de correlação foi a espessura de gordura da borda externa do pernil (EEX). As correlações entre as características e as variáveis canônicas possibilitaram observar que existe associação entre o peso da carcaça quente (PCQ), o peso bruto do pernil (PB) e o peso refilado do pernil (PR), bem como entre a espessura de toucinho (ET) e a espessura de gordura da borda externa do pernil (EEX). Deste modo, é possível concluir que o grupo de características de carcaça pode ser usado para descarte prévio de animais que não se enquadrem nos padrões estabelecidos para produção de presunto maturado.

It has been sought to evaluate the population structure and the genetic progress observed in Santa Ines breed sheep, distributed in 51 selection nucleus herds which are part of the ASCCO/USP Genetic Breeding Program. Also the usage of genetic algorithms to find the optimal genetic contribution to the next generation of animals that are part of this nucleus herds with structured pedigree and genetic value for traits of economic relevance estimated by Best Linear Unbiased Predictors (DEP-BLUP). Information about and genetic ancestry and genetic values at 60 days weight from ASCCO/USP Santa Ines Breed Genetic Breeding Program database were used, the analysis were been made by the EVA program, developed by NORDGEN, of open usage. The population data described were the number of animals born, the number of inbred animals, the average inbreeding coefficient, the average rate of coancestry, the effective population size, the expected difference in average progeny breeding value for the trait weight at 60 days (DEP P60) and the level of pedigree completeness. Results suggest a decrease in effective population size, increment in coancestry and high level of pedigree completeness. Also, the results indicate low use of reproduction techniques such as artificial insemination and a suboptimal rate of genetic gain. The mathematical optimization use genetic algorithms contained in the EVA program, where its usefulness was demonstrated to optimize the genetic gain with inbreeding control, in nucleus herds with mid-sized databases. Minimum computer requirements grow exponentially with the number of candidates for selection which can become a serious restriction to their use in large databases. The results were additionally compared to the breeding results from DEP-BLUP selection with a truncation point and to random breeding. The number and distribution of selected males varies according to a penalty attributed to inbreeding in the objective function. The results proved the effectiveness of the method for better genetic gains than random mating and better control over inbreeding compared to selection by DEP-BLUP. / Procurou-se avaliar a estrutura populacional e o progresso genético observado em ovinos da raça Santa Inês, distribuídos em 51 núcleos de seleção que fazem parte do Programa de Melhoramento Genético da Raça Santa Inês ASCCO/USP. Bem como o uso de algoritmos genéticos para encontrar a contribuição genética ótima, para a próxima geração, de animais componentes de núcleos de seleção que tenham pedigree estruturado e valores genéticos para características de importância econômica, estimados através de Preditores Lineares Não Viesados (DEP-BLUP). Foram utilizadas informações de ascendência e valores genéticos para peso aos 60 dias do banco de dados do Programa de Melhoramento Genético da Raça Santa Inês ASCCO/USP, e as análises foram realizadas utilizando o programa EVA, desenvolvido pela NORDGEN, de uso livre. Os dados populacionais descritos foram o número de animais nascidos, o número de animais consanguíneos, o coeficiente de consanguinidade médio, a coancestralidade média, o tamanho efetivo da população, a diferença esperada da progênie média para a característica Peso aos 60 dias (DEP P60) e o grau de completude do pedigree. Os resultados encontrados indicam valores de efetivo populacional decrescente, aumento na coancestralidade e alto índice de completude do pedigree. Apontam ainda para o baixo uso das técnicas de reprodução, a exemplo da inseminação artificial, e uma taxa de ganho genético não otimizada. A otimização matemática utiliza algoritmos genéticos contidos no programa EVA, em que foi constatada a utilidade do uso do programa EVA para otimizar o ganho genético com controle da consanguinidade em núcleos de seleção com banco de dados de tamanho médio. Os requisitos computacionais mínimos crescem exponencialmente em relação à quantidade de candidatos a seleção, podendo se tornar um sério empecilho à sua utilização em banco de dados de maior tamanho. Os valores obtidos também foram comparados com os resultantes de acasalamentos a partir da seleção pelas DEP-BLUP com um ponto de truncamento, bem como com os de acasalamentos ao acaso. O número e a distribuição dos machos selecionados variaram de acordo com a penalidade atribuída à consaguinidade na função objetivo. Os resultados obtidos comprovaram a eficácia do método para obter melhores ganhos genéticos em relação ao acasalamento ao acaso e melhor controle sobre a consanguinidade comparativamente a seleção pelas DEP- BLUP.

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O objetivo geral deste trabalho foi avaliar aspectos fenotípicos e genéticos de características de crescimento, temperamento e repelência em bovinos da raça Nelore. As características analisadas neste trabalho foram peso ao nascer (PN, N=13.374), peso a desmama (PD, N=19.835), peso ao sobreano (P18M, N=15.291), ganho de peso da desmama ao sobreano (GP345, N=12.873), ganho de peso da desmama ao sobreano diferenciado (GP345DIF, N=12.873), temperamento (TEMP, N=13.253) e repelência (REP, N=1.859). O arquivo de pedigree foi constituído por 30.233 animais. Os componentes de variância, (co)variância, parâmetros genéticos, bem como as predições dos valores genéticos foram estimados por máxima verossimilhança restrita (REML). As estimativas de herdabilidade observadas para PN, PD, P198M, GP345, GP345DIF, TEMP e REP foram 0,22, 0,34, 0,34, 0,12, 0,12, 0,15 e 0,18, respectivamente. As estimativas de correlação genéticas verificadas foram 0,50 (PD e PN), 0,96 (PD e P18M), 0,49 (PD e GP345), 0,55 (PD e GP345DIF), 0,41 (PD e TEMP) e 0,20(PD e REP). As tendências fenotípicas para as características avaliadas foram todas negativas (P<0,01), a exceção de PD (P>0,05). As tendências genéticas para as características avaliadas foram todas positivas (P<0,01), a exceção de REP (P<0,01) que apresentou tendência negativa. As taxas de endogamia individual, paterna e materna apresentaram comportamento crescente (P<0,01) ao longo do período de estudo. Foram verificados efeitos significativos dos coeficientes de endogamia individuais sobre todas as características avaliadas, a exceção de TEMP. Os coeficientes de endogamia paternos influenciaram significativamente as características P18M, GP345 e GP345DIF. Por outro lado, a endogamia materna influenciou significativamente as características PD, GP345 e GP345DIF. / The general aim of this study was evaluated phenotypic and genetic aspects to growth traits, temperament and resistance in Nelore beef cattle. The traits analyzed in this study were birth weight (BW, N=13,374), weaning weight (WW, N=19,835), weight to over year (W18M, N=15,291), weight gain from weaning to over year (WG345, N=12,873), differentiated weight gain from weaning to over year (WG345DIF, N=12,873), temperament (TEMP, N=13,253) e resistance (RES, N=1,859). The pedigree information was composed by 30,233 animals. Variance and (co)variance components, genetic parameters, as well as predict breeding values were estimated using restricted maximum likelihood analyses (REML). Heritability estimates for BW, WW, W18M, WG345, WG345DIF, TEMP and RES were 0.22, 0.34, 0.34, 0.12, 0.12, 0.15 e 0.18, respectively. The genetics correlations verified were 0.50 (WW and BW), 0.96 (WW and W18M), 0.49 (WW and WG345), 0.55 (WW and WG345DIF), 0.41 (WW and TEMP) and 0.20 (WW and RES). All phenotypic trends to the evaluated traits were negatives (P<0.01), except for WW (P>0.05). All genetic trends to the evaluated traits were positives (P<0.01), except for RES (P<0.01) which presented negative trend. The individual, paternal and maternal inbreeding rates showed increasing behavior (P<0.01) along the study period. Were verified significant effects of individual inbreeding coefficients in all evaluated traits, except for TEMP. The paternal inbreeding coefficients affected significantly the W18M, WG345, WG345DIF traits. Even so, the maternal inbreeding coefficients affected significantly the WW, WG345, WG345DIF traits.