Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-17T13:17:37Z No. of bitstreams: 1 Hugo Leonardo2 OK.docx.pdf: 1727936 bytes, checksum: 9b422dec3434e2e337a66ba7ab57e26b (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-17T13:17:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Hugo Leonardo2 OK.docx.pdf: 1727936 bytes, checksum: 9b422dec3434e2e337a66ba7ab57e26b (MD5) Previous issue date: 2012-08-30 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os enterovírus humanos ( Picornaviridae ) são vírus de transmissão predominantemente ent érica, possuem distribuição cosmopolita, estando entre os agentes mais prevalentes como causadores de patogenias em humanos. Atualmente, já foram descritos mais de 100 sorotipos para os enterovírus humanos e em grande parte dos casos as infecções associada s são assintomáticas. Surtos e casos esporádicos de enteroviroses são frequentemente notificados em diversas regiões do mundo causando conjuntivite hemorrágica aguda, meningite asséptica, doença de mão pé e boca e poliomielite. A poliomielite é uma doença infecciosa de caráter agudo, que pode assumir desde formas assintomáticas até formas paralíticas (paralisia flácida aguda ou PFA), causada em geral por um dos três sorotipos de poliovírus (PV). O PV selvagem está eliminado do Brasil desde 1989, atualmente sendo restrito a apenas quatro países (Nigéria, Afeganistão, Paquistão, Índia). Entretanto surtos de PFA associados à PV de origem vacinal e a enterovírus não pólio recombinantes tem sido notificados. A caracterização de EVNP é de extrema importância para a investigação da diversidade de vírus co - circulantes, e para relacionar os sintomas clínicos com o sorotipo viral envolvido, incluindo a investigação de vias de transmissão de enterovírus, durante a ocorrência de surtos, além de contribuir para estudos ep idemiológicos e com a evolução de enterovírus. Neste estudo foram analisadas amostras relacionadas à PFAs, utilizando RT - PCR e PCR com o objetivo de identificar quais são as espécies de enterovírus humanos associadas. Os membros da espécie C foram sequenci ados para a identificação de sorotipo. De um total de 190 amostras, 79 eram da espécie C, 78 da espécie B, 32 da espécie A e 1 amostra era correspondente as espécies A e C,não sendo encontradas amostras da espécie D. Entre as amostras da espécie C,58 cor respondiam a PV.Os dados obtidos apresentam similaridades com estudos similares na Europa e Ásia, cobrindo um aspecto pouco observado na epidemiologia dos enterovírus em território brasileiro. / The human enterovirus es (Picornaviridae) are predominantly enteric virus transmission, have a cosmopolitan distribution, being among the most prevalent agents as causing pathogens in humans. Currently, have been described more than 100 serotypes for human enteroviruses and in mo st cases associated infections are asymptomatic. Outbreaks and sporadic cases of enteroviruses are frequently reported in several regions of the world causing acute hemorrhagic conjunctivitis, aseptic meningitis, hand foot and mouth disease and poliomyelit es. Poliomyelites is an infectious disease of acute character, which may take from asymptomatic to paralytic form (acute flaccid paralysis or PFA), usually caused by one of three poliovirus serotypes (PV). The PV is eliminated wild in Brazil since 1989, cu rrently restricted to only four countries (Nigeria, Afghanistan, Pakistan and India). However PFA outbreaks associated with PV source vaccine and recombinant Non - polio enteroviruses has been reported. The characterization of EVNP is extremely important to investigate the diversity of co - circulating viruses, and to correlate clinical symptoms with viral serotype involved, including the investigation of routes of transmission of enteroviruses, during outbreaks, besides contributing for epidemiological studies and the evolution of enteroviruses. We analyzed samples related to AFP, using RT - PCR and PCR in order to identify which species of human enteroviruses associated. Members of the species C were sequenced for identification of serotype. From a total of 190 samples, 79 were of type C, 78 type B, 32 type A and one sample was corresponding for A and C, were not found samples of type D. Among the samples of species C, 58 corresponded to PV.Os data show similarities with similar studies in Europe and Asia, coveri ng a little noticed aspect of the epidemiology of enteroviruses in Brazilian territory.

Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-24T15:20:53Z No. of bitstreams: 1 DIOCRECIANO MATIAS BERO.pdf: 1601651 bytes, checksum: 383c1a12bee6df697cbcafb8f19017c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-24T15:20:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIOCRECIANO MATIAS BERO.pdf: 1601651 bytes, checksum: 383c1a12bee6df697cbcafb8f19017c7 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os enterovírus humanos (HEV) são espécies do gênero Enterovirus, família Picornaviridae. Existem cerca de 120 sorotipos de HEV que são divididos em quatro espécies, designadas de HEV-A a D. Estes agentes infectam anualmente, milhões de pessoas no mundo, resultando em uma grande variedade de quadros clínicos que vão desde infecções inaparentes à febres inespecíficas, resfriado comum, à doenças graves, tais como meningite e poliomielite paralítica. As crianças são mais susceptiveis à infecção. A transmissão ocorre tanto pela via entérica e por via respiratória. O vírus pode ser excretado nas fezes por várias semanas. Este estudo teve como objectivo isolar e identificar os sorotipos de HEVs circulantes, a partir de amostras de fezes de crianças menores de 15 anos de idade, com quadros compatíveis a infecção por esses agentes, no Hospital Geral de Mavalane na Cidade de Maputo, em Moçambique. Neste trabalho, foram utilizadas 178 amostras de fezes obtidas entre novembro de 2011 a fevereiro de 2012. As amostras foram inoculadas em culturas de células e os enterovírus isolados foram identificados através de metódos moleculares, nas amostras negativas foi pesquisado o adenovírus. Das 45 amostras positivas em cultivos celulares, os enterovírus foram isolados e identificados em 26 (14,6 %). A proporção sexo masculino e feminino foi de 1,8: 1. O isolamento dos enterovírus diminuiu à medida que a idade aumentou. O sequenciamento gênomico revelou uma grande diversidade de enterovírus humanos. Entre os 26 enterovírus isolados, o Echovírus 29 foi o agente mais identificado com 19,2 %, seguido pelo Enterovírus 99 (11,5%). Foram identificados também Coxsackievírus A5, Echovírus sorotipos 11, 13 e Enterovírus C com 7,7 % de cada ; Coxsackievírus sorotipos A10, A13, A20, B4 e B6 com 3,85 % cada; Echovírus sorotipos 7, 21 e 25, com 3,85 % cada um, e Poliovírus sorotipos 2 e 3 com 3,85 %, respectivamente. Adenovírus foram isolados em 20 amostras, representando 11,2 % do total (20/178). Duas amostras apresentaram co-infecção enterovírus/adenovírus. Os resultados deste trabalho evidenciam a circulação de uma grande diversidade enterovírus humanos na cidade de Maputo, sendo os echovírus mais frequentes, mas também mostra a circulação de adenovírus humanos. Outros testes laboratoriais seriam necessários, para se relacionar inequivocamente a participação desses agentes virais na etiologia dos quadros clínicos observados. / The human enteroviruses (HEV) are species of the genus Enterovirus, family Picornaviridae. There are about 120 serotypes of HEV divided into four species, designated HEV- A to D. These agents infect millions of people worldwide each year, resulting in a wide variety of clinical conditions ranging from unapparent infection, undifferentiated fevers, and common cold to serious diseases such as meningitis and paralytic poliomyelitis. Children are more susceptible to infection. Transmission occurs by the fecal-oral and respiratory tract. The virus can be excreted in the feces for several weeks. The aim of this study was to isolate and identify human enteroviruses from stool samples of children less than 15 years of age presenting enterovirus compatible symptoms in Mavalane General Hospital in Maputo City, Mozambique. In this study, we used 178 stool samples from children under 15 years of age, obtained from November, 2011 to February, 2012. Samples were inoculated onto cell culture and the enterovirus isolates were identified by molecular methods, the negative samples was screened adenovirus. Twenty-six out of the 45 cell-culture positive samples were constituted by enteroviruses (14.6 %). The ratio between male and female was 1.8:1. Isolation of enterovirus decreases as the age increased. The genomic sequencing showed a diversity of human entrovirus. Among the 26 isolates, Echovirus serotype 29 was the most identified with 19.2 %; Coxsackievirus 99 was identified in 11.5 %, while Coxsackievirus A5, Echovirus serotypes 11, 13 and Enterovirus C, were identified in 7.7 % each. Coxsackievirus serotypes A10, A13, A20, B4 and B6 were present in 3.85 % each; Echovirus serotypes 7, 21 and 25, at 3.85 %, and poliovirus serotypes 2 and 3 in 3.85 %, respectively. Adenoviruses were isolated from 20 samples, 11.2 % (20/178). Two samples showed were co-infected with both enterovirus and adenoviruses. The results of this study showed a great diversity of enterovirus serotypes in the city of Maputo and echovirus was the most prevalent enterovirus found. We also showed the circulation of adenoviruses. However other laboratorial tests would be necessary in order to unequivocally correlate the participation of these viral agents in the etiology of the observed clinical findings.

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 marcelacristinabygermini_dissert.pdf: 1767156 bytes, checksum: 3ac31a5282ff9f5d13908111e0e281cb (MD5) Previous issue date: 2012-07-31 / Introduction Childhood acute infectious diarrhea is one of the biggest health problems faced by developing countries and its incidence has been increased in children who attend daycare. Objective To evaluate the possible relation between bacterial and viral enteropathogens with diarrhea in a children population of a public daycare in São José do Rio Preto city São Paulo state. Material and methods The group of Microorganisms Investigation Center (CIM) of the Medicine College of São José do Rio Preto (FAMERP) collected and processed 100 fecal samples of 50 healthy children (control group) and other 50 children who presented fecal material with compatible aspect to diarrheic clinic. Stool samples were transported in Cary Blair transport media for bacterial analysis. All specimens were examined on the day of collection according to standard bacteriologic procedures. Briefly, suggestive bacterial colonies were isolated from McConkey, Salmonella Shigella, brilliant green (after enrichment in tetrathionate broth), and Columbia agar. Isolates identified by biochemical tests were serotyped by standard techniques (EPM-Milli and Oxidase stripes plus commercially available antisera; PROBAC, Brazil). For a viral analysis, an aliquot of the obtained fecal material was frozen under -70 degrees Celsius and, afterwards, conducted to the Virology Section of the Institute Evandro Chagas, Ananindeua, Pará state. The identification of the astrovirus and calicivirus was done by RT-PCR (Polymerase chain reaction, through reverse transcriptase). Polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) was carried out in Tris glycine buffer and rotavirus genome profile was defined following electrophoresis of extracted dsRNA through vertical 5% acrylamide bisacrylamide gels. Results and discussion There was no difference concerning the gender between the two groups, with a slight higher representation of female 52 (52,0%). The age group ranged from 6 months to 7 years old (an average of 1,6 years). The most frequent bacteria in the population was 38 strains of E.coli (38%), distributed like this: EPEC (12%), EIEC (3%), Pseudomonas spp. (2%) and E.coli O157 (1%). Fourteen children presented mixed colonization of Enterobacter and E.coli (14,1%). The circulating of enteric viruses in the children population are the Norovirus (2%) and Astrovirus (1%). The presence of Norovirus and Astrovirus is traditionally associated with the urban area inhabitants. The food intake out of the daycare and home indicated the presence of enteropathogens. The bacterial and viral agents detected are not associated with the diarrhea occurrence in the studied population. Conclusion: The results obtained in this study demonstrated that the children who attend daycare are asymptomatic carriers of potential pathologic agents, this fact deserves further investigation in this area, as well as in other country areas. This study will be useful for creating effective strategies of prevention, control and treatment, in order to improve the life condition of the group in this work. / Introdução: A diarreéia infecciosa aguda infantil é um dos maiores problemas de saúde enfrentado pelos países em desenvolvimento e tem sua incidência aumentada em crianças que frequentam creches. Objetivo: Avaliar a possível associação de enteropatógenos bacterianos e virais com a diarreéia em uma população infantil de uma creche pública do município São José do Rio Preto SP. , pela equipe do Centro de Investigação de Microrganismos (CIM) da Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP). Material e Método: A equipe do Centro de Investigação de Microrganismos (CIM) da Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP) efetuou a coleta e o processamento de Foram analisadas 100 amostras fecais, provenientes de sendo 50 crianças sadias no (grupo controle) e de outras 50 crianças que apresentaram material fecal com aspecto compatível à clínica diarreéica. Para análise bacteriológica, parte do material fecal foi utilizado meio detransportadoenviado em meio de transporte Cary Blair, com imediata semeadura as amostras foram semeadas em meio Ágar MacConkey (DIFCO), Ágar SS (DIFCO), em caldo Tetrationato, anterior à semeadura em em Ágar Verde Brilhante (DIFCO) e em Àgar Columbia (DIFCO) com carvão ativado. A técnica de aglutinação a partir de uma suspensão bacteriana foi utilizada para a identificação tipagem sorológica das enterobactérias. Para análise viral, uma alíquota do material fecal obtido foi congelada a -70 graus Ccelsius e, posteriormente, encaminhada ao Setor de Virologia do Instituto Evandro Chagas, Ananindeua, Estado do Pará. APara detecção dos Astrovírus e Calicivírus foram foi realizadas por RT-PCR (Reação em Cadeia da Polimerase via transcriptase reversa). Já Aa detecção dos rotavírus foi realizada efetuada por meio de eletroforese em gel de poliacrilamida (PAGE) em tampão Tris-glicina, e oseu perfil do genômico do rotavírus foi definido após eletroforese do RNA fita dupla (dsRNA) extraído em géis verticais de bisacrilamida-acrilamida a 5%. Resultados e Discussão?: Não houve diferença quanto ao gênero entre os dois grupos, com ligeira maior representação maior frequencia do sexo feminino 52 (52,0%). A faixa etária variou de seis meses a sete anos de idade (média de 1,6 anos). As bactérias mais frequentes na população são foram 38 cepascasos de E. coli (38%), assim distribuídas: sendo EPEC (- 12%), EIEC - (3%), Pseudomonas spp. - (2%) e E. coli O157 (- 1%). Houve tambémCatorze 14 crianças apresentaram casos de colonizaçãoção mista por mista de Enterobacter e E. coli (14,1%). Os vírus entéricos circulantes nessas população infantil crianças são o Norovírus (2%) e o Astrovírus (1%). A presença de Norovírus e Astrovírus está tradicionalmente associada com àa população residente em área urbana. O consumo de alimentos fora da creche e do domicílio foi indicativo dae presença de enteropatógenos. Os agentes bacterianos e virais detectados não estão associados aos casos de diarréeia na população estudada. Conclusão: Os dados obtidos neste estudo demostram que as crianças que frequentam creches são portadores assintomáticas de potenciais agentes patogênicos, fato este merece investigação adicional nesta região área, bem como em outras regiõesdo país. Este estudo contribuirá para a criação de estratégias efetivas de prevenção, controle e tratamento, melhorando assim a condição de vida do grupo em estudo.

Enterovírus (HEV), herpesvírus 1 e 2 (HHV-1 e HHV-2) e adenovírus (HAdV) são importantes agentes de infecções do SNC. Neste trabalho, técnicas moleculares foram aplicadas para a detecção destes vírus em quadros de infecção do SNC. Amostras de líquor foram colhidas de pacientes atendidos no HU-USP entre agosto e novembro/2010 e fevereiro/2012 a janeiro/2013. Através da Nested-PCR HEV foram detectados em 9,8% das amostras, HAdV em 2,5% e HHV-1 e 2 em 1,1%, além de 3 casos de coinfecção, 2 entre HEV e HHV, e 1 entre HEV e HAdV. O material genético viral foi extraído através dos métodos Qiaamp DNA Blood (Qiagen®) e MagMAXTM Viral RNA Isolation (Ambiom), e este último pareceu mais adequado à aplicação na rotina clínica. A análise quimiocitológica do líquor mostrou-se importante no direcionamento da conduta clínica, mas a detecção do vírus é fundamental para a conclusão do diagnóstico. A PCR em tempo real, cuja padronização foi iniciada neste trabalho, consiste em importante ferramenta para a utilização futura no diagnóstico complementar das infecções virais do SNC. / Enteroviruses (HEV), herpesviruses 1 and 2 (HHV-1 and HHV-2) and adenoviruses (HAdV) are important causative agents of infections of the CNS. In this study, molecular techniques were applied to the detection of these viruses. CSF samples were collected from patients treated at the University Hospital of USP, between August and November, 2010, and February 2012 and January 2013. By the Nested-PCR reaction, HEV were detected in 9.8% of the samples, HAdV in 2.5% and HHV-1 and 2 in 1.1%. There were 3 cases of coinfection: 2 with HEV and HHV and other with HEV and HAdV. The viral genetic materials were extracted by QIAamp DNA Blood kit (Qiagen®) and MagMAXTM Viral RNA Isolation (Ambiom), and the second one showed to be more suitable for the application in clinical diagnosis. The CSF chemocytologic analysis proved to be important in directing the clinical conduct, but the detection of viruses is essential for the diagnosis. The real time PCR, which standardization was initiated in this work, will be an important tool for complementary diagnosis of viral infections of the CNS.

Diversos agentes virais são causadores de meningites e meningoencefalites. Neste estudo, técnicas moleculares foram utilizadas para detecção de HEV, HHV e HAdV em amostras de líquor colhidas de janeiro de 2005 a março de 2007. Dos três métodos de extração de DNA e RNA testados, o kit DNA Qiablood Qiagen® se mostrou o mais sensível e específico. A nested PCR detectou HEV em 28% das amostras, HSV em 4%, HHV-3 em 1%; HHV-4 em 0,3%, HHV-5 em 0,3%, HHV-6 em 0,7% e HAdV em 13%. Através da PCR em tempo real os HEV foram detectados em 23,3% e HSV em 5,1%. Por neutralização, somente duas amostras foram sorotipadas (Echovirus 6 e Coxsackievirus B). Os HEV detectados foram então seqüenciados para a determinação do sorotipo. Os sorotipos Echovirus 18 (53%) e Coxsackievirus B5 (26%) foram os mais freqüentes. As técnicas de biologia molecular aplicadas na detecção de HEV, HHV e HAdV no líquor trazem grandes vantagens ao diagnóstico de doenças do SNC graças à rapidez no diagnóstico, alta sensibilidade e especificidade. / Several viruses are etiological agents of meningitis and meningoencephalitis. In this study, molecular techniques were used for the detection of HEV, HHV and HAdV in liquor samples, collected from January 2005 to March 2007. Among the three methods tested for the extraction of DNA and RNA, the DNA Qiablood kit - Qiagen® was the most sensible and specific. HEV (28%), HSV (4%), HHV-3 (1%), HHV-4 (0.3%), HHV-5 (0.3%), HHV-6 (0.7%) and HAdV (13%) were detected by Nested PCR in the samples. By real time PCR, HEV were detected in 23.3% and HSV in 5.1%. Only two HEV could be serotyped by neutralization (Echovirus 6 and Coxsackievirus B). All detected HEV were then sequenced to determine the serotype. The serotypes echovirus 18 (53%) and Coxsackievirus B5 (26%) were the most frequent. Molecular biology techniques applied in the detection of HEV, HAdV and HHV in CSF bring major benefits to the diagnosis of meningitis thanks to the rapid diagnosis, high sensibility and specificity.

Enterovírus (HEV), herpesvírus 1 e 2 (HHV-1 e HHV-2) e adenovírus (HAdV) são importantes agentes de infecções do SNC. Neste trabalho, técnicas moleculares foram aplicadas para a detecção destes vírus em quadros de infecção do SNC. Amostras de líquor foram colhidas de pacientes atendidos no HU-USP entre agosto e novembro/2010 e fevereiro/2012 a janeiro/2013. Através da Nested-PCR HEV foram detectados em 9,8% das amostras, HAdV em 2,5% e HHV-1 e 2 em 1,1%, além de 3 casos de coinfecção, 2 entre HEV e HHV, e 1 entre HEV e HAdV. O material genético viral foi extraído através dos métodos Qiaamp DNA Blood (Qiagen®) e MagMAXTM Viral RNA Isolation (Ambiom), e este último pareceu mais adequado à aplicação na rotina clínica. A análise quimiocitológica do líquor mostrou-se importante no direcionamento da conduta clínica, mas a detecção do vírus é fundamental para a conclusão do diagnóstico. A PCR em tempo real, cuja padronização foi iniciada neste trabalho, consiste em importante ferramenta para a utilização futura no diagnóstico complementar das infecções virais do SNC. / Enteroviruses (HEV), herpesviruses 1 and 2 (HHV-1 and HHV-2) and adenoviruses (HAdV) are important causative agents of infections of the CNS. In this study, molecular techniques were applied to the detection of these viruses. CSF samples were collected from patients treated at the University Hospital of USP, between August and November, 2010, and February 2012 and January 2013. By the Nested-PCR reaction, HEV were detected in 9.8% of the samples, HAdV in 2.5% and HHV-1 and 2 in 1.1%. There were 3 cases of coinfection: 2 with HEV and HHV and other with HEV and HAdV. The viral genetic materials were extracted by QIAamp DNA Blood kit (Qiagen®) and MagMAXTM Viral RNA Isolation (Ambiom), and the second one showed to be more suitable for the application in clinical diagnosis. The CSF chemocytologic analysis proved to be important in directing the clinical conduct, but the detection of viruses is essential for the diagnosis. The real time PCR, which standardization was initiated in this work, will be an important tool for complementary diagnosis of viral infections of the CNS.

Diversos agentes virais são causadores de meningites e meningoencefalites. Neste estudo, técnicas moleculares foram utilizadas para detecção de HEV, HHV e HAdV em amostras de líquor colhidas de janeiro de 2005 a março de 2007. Dos três métodos de extração de DNA e RNA testados, o kit DNA Qiablood Qiagen® se mostrou o mais sensível e específico. A nested PCR detectou HEV em 28% das amostras, HSV em 4%, HHV-3 em 1%; HHV-4 em 0,3%, HHV-5 em 0,3%, HHV-6 em 0,7% e HAdV em 13%. Através da PCR em tempo real os HEV foram detectados em 23,3% e HSV em 5,1%. Por neutralização, somente duas amostras foram sorotipadas (Echovirus 6 e Coxsackievirus B). Os HEV detectados foram então seqüenciados para a determinação do sorotipo. Os sorotipos Echovirus 18 (53%) e Coxsackievirus B5 (26%) foram os mais freqüentes. As técnicas de biologia molecular aplicadas na detecção de HEV, HHV e HAdV no líquor trazem grandes vantagens ao diagnóstico de doenças do SNC graças à rapidez no diagnóstico, alta sensibilidade e especificidade. / Several viruses are etiological agents of meningitis and meningoencephalitis. In this study, molecular techniques were used for the detection of HEV, HHV and HAdV in liquor samples, collected from January 2005 to March 2007. Among the three methods tested for the extraction of DNA and RNA, the DNA Qiablood kit - Qiagen® was the most sensible and specific. HEV (28%), HSV (4%), HHV-3 (1%), HHV-4 (0.3%), HHV-5 (0.3%), HHV-6 (0.7%) and HAdV (13%) were detected by Nested PCR in the samples. By real time PCR, HEV were detected in 23.3% and HSV in 5.1%. Only two HEV could be serotyped by neutralization (Echovirus 6 and Coxsackievirus B). All detected HEV were then sequenced to determine the serotype. The serotypes echovirus 18 (53%) and Coxsackievirus B5 (26%) were the most frequent. Molecular biology techniques applied in the detection of HEV, HAdV and HHV in CSF bring major benefits to the diagnosis of meningitis thanks to the rapid diagnosis, high sensibility and specificity.