O gênero Pestivirus da família Flaviviridae, compreende vírus de genoma RNA fita simples e polaridade positiva que comumente estão associados a infecções em ruminantes e suídeos. Possui quatro espécies reconhecidas: o vírus da diarreia viral bovina tipo 1 (BVDV-1), o BVDV-2, o vírus da doença da fronteira (BDV) e o vírus da peste suína clássica (CSFV). Além disso, possui possíveis espécies atípicas, sendo o vírus ‘HoBi’-like a mais reconhecida na literatura. Com o objetivo de gerar mais informações acerca da epidemiologia molecular de pestivírus no País e dos mecanismos na evolução de vírus do gênero, o presente trabalho será apresentado sob a forma de seis artigos científicos. Os trabalhos visam a caracterização de pestivírus detectados em bovinos e javalis no Rio Grande do Sul, a identificação de cepas resultantes de provável recombinação homóloga, a análise das variantes virais intrahospedeiro (quasispécies) de animais infectados pelo vírus ‘HoBi’-like, e a comparação da multiplicação in vitro de diferentes cepas de pestivírus em cultivos celulares oriundos de diferentes raças bovinas. No primeiro trabalho, amostras de soro bovino de animais do Rio Grande do Sul foram obtidas junto ao serviço veterinário oficial e submetidas a RT-PCR para detecção de pestivírus seguida de sequenciamento e análise filogenética das amostras positivas, onde 57,6% foram classificadas como BVDV-1 e 42,4% como BVDV-2, sendo constada frequência elevada de BVDV-2 quando comparada a outras regiões no mundo. No segundo trabalho, 40 amostras de javalis cativos obtidas de abatedouro foram testadas utilizando metodologia semelhante a anteriormente mencionada, e foi possível a detecção de uma amostra positiva, que foi classificada como BVDV-2, sendo a primeira evidência molecular do BVDV em javalis na literatura. No terceiro artigo científico, foi pesquisado a ocorrência de recombinação homóloga, utilizando metodologia in silico, em sequências de pestivírus presentes em banco de dados públicos, onde foram descritos novos possíveis eventos de recombinação entre BVDV-1a e BVDV-1b, BVDV-2a e BVDV-2b e CSFV-2.2 com outro genogrupo indefinido. No quarto e quinto trabalhos, animais persistentemente infectados com o vírus ‘HoBi’-like foram gerados experimentalmente e, utilizando RT-PCR seguida de clonagem, sequenciamento e análises in silico, a composição e variações intrahospedeiro das quasispécies virais em circulação foram avaliadas, onde foi possível observar que características individuais do hospedeiro são importantes na seleção de variantes virais e que a nuvem de mutantes aumenta com o passar do tempo, não havando quasispécie dominante. Por fim, no sexto artigo científico, a multiplicação de cepas de BVDV-1a e 1b, BVDV-2a e vírus ‘HoBi’-like foram avaliadas in vitro em células de cultivo primário obtidas de gado europeu, zebuíno e raça mista e comparadas utilizando modelos estatísticos, onde foi possível a observação de ausência de diferenças entre as raças (P=0,88), mas presença de diferença entre indivíduos da mesma raça (P˂0,05). Os resultados aqui apresentados somam informações acerca da epidemiologia molecular, biologia e evolução dos pestivírus, sendo importantes para embasar futuras campanhas de controle e erradicação das doenças causadas por pestivírus. / The genus Pestivirus of the family Flaviviridae, comprises single stranded RNA-viruses that are commonly associated with infections in ruminants and swine. It has four recognized species: bovine viral diarrhea virus 1 (BVDV-1), BVDV-2, border disease virus (BDV) and classical swine fever virus (CSFV). It also has putative atypical species where the ‘HoBi’-like virus is the most highlighted in the literature. In order to generate more information about molecular epidemiology of pestiviruses and important mechanisms in the evolution of the virus genus, this work will be presented in six scientific articles form. The works aimed in the characterization of pestivirus detected in cattle and wild boar in Rio Grande do Sul state, identification of strains resulting from putative homologous recombination, analysis of intrahost viral variants (quasispecies) of animals infected with ‘HoBi’-like viruses, and the comparison of in vitro growth of different pestivirus strains in cell cultures derived from different cattle breeds. In the first study, bovine serum samples of cattle from Rio Grande do Sul state were collected by the official veterinary service and submitted to RT-PCR for detection of pestivirus followed by DNA sequencing and phylogenetic analysis of the positive samples, where 57.6% were classified as BVDV-1 and 42.4% as BVDV-2, which revealed high frequency of BVDV- 2 when compared to other regions worldwide. In the second work, 40 captive wild boar lung samples obtained from slaughterhouse were tested using similar methodology described above, and one sample resulted positive and was classified as BVDV-2, which represented the first molecular evidence of BVDV in wild boars. In the third scientific article, the occurrence of homologous recombination was investigated using in silico methods applied to sequences available in public databases, which are described putative new events between BVDV-1a and BVDV-1b, BVDV-2a and 2b and CSFV-2.2 and undetermined genogroup. In the fourth and fifth studies, animals persistently infected with the ‘HoBi’-like viruses were experimentally generated and using RT-PCR followed by cloning, sequencing and in silico analysis, the composition and intrahost variations of viral quasispecies in circulation were evaluated, where it was observed that individual characteristics of the host are important in the selection of viral variants and the mutant clouds increased overtime. Finally, in the sixth scientific article, the growth of BVDV-1a and 1b, and BVDV-2b, ‘HoBi’-like virus strains were evaluated in vitro using primary cell cultures obtained by taurine, indicine and mixed breed cattle using statistical models, it was possible to observe the absence of differences between cattle breeds (P=0.88), but presence of difference between individuals within the breed (P˂0.05). The results presented herein add information about the molecular epidemiology, biology and evolution of pestiviruses, being important to support future control and eradication programs of diseases caused by pestiviruses.

Orientador: Maria Clara Padovese / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas. Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-16T10:51:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Leite_GleiceCristina_M.pdf: 1716360 bytes, checksum: 2b5c8037802c8dcf2b8ce4fd235a1089 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Staphylococcus aureus é reconhecido como um dos principais patógenos humanos capazes de causar uma grande variedade de infecções. As infecções causadas pelo Staphylococcus aureus resistentes a meticilina (MRSA) tiveram grande aumento na última década. MRSA é capaz de produzir uma proteína ligadora de penicilina (PBP) específica, chamada PBP2a ou PBP2' que possui baixa afinidade de ligação aos antibióticos _-lactâmicos. Esta proteína é codificada pelo gene mecA, o qual é carreado por um elemento genético móvel, denominado cassete cromossômico estafilocócico (SCCmec) e está integrado ao cromossomo dos MRSA. Foram descritos cinco tipos de SCCmec, sendo eles tipo I, II, III, IV e V e seus variantes, onde o tipo IIIA é característico do clone endêmico brasileiro. Os objetivos do presente estudo foram identificar o perfil de SCCmec de um conjunto de amostras de MRSA obtidas de pacientes atendidos no Hospital das clínicas da Unicamp (HC-Unicamp), descrever sua distribuição nas diversas unidades do HC e comparar o perfil de SCCmec utilizando-se as técnicas de reação em cadeia da polimerase (PCR-multiplex) com o perfil genômico definido por meio de eletroforese em campo pulsado - Pulsed Field Gel Eletrophoresis (PFGE). Foram estudadas 99 amostras obtidas, por razões clínicas, no período de 1999 a 2004. Todas as amostras foram submetidas ao teste de difusão em disco para confirmação da resistência a oxacilina. Como resultados, foram identificados 26 diferentes perfis de PFGE e seus respectivos perfis relacionados. Os perfis genômicos apresentaram uma distribuição temporal, podendo ser agrupados em conjuntos clonais que foram substituídos ao longo do período, com exceção de uma única cepa, que apresentou ocorrências esporádicas durante o período do estudo. Dentre os 99 isolados, 92% apresentaram SCCmec tipo IIIA, característico do clone endêmico brasileiro e 7% apresentaram SCCmec tipo IV. A revisão de prontuários não indica fatores que possam sugerir aquisição extra-hospitalar das cepas estudadas / Abstract: Staphylococcus aureus has been recognized as an important human pathogen capable of causing a wide variety of infections. Infections caused by methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) had greatly increased over the past decade. MRSA is capable of produce a specific penicillin-binding protein (PBP) called PBP2a or PBP2' that hold reduced affinities for binding to _-lactam antibiotics. This protein is encoded by the mecA gene, which is carried by a mobile genetic element, called staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) and is integrated to the chromosome of MRSA. It has been described five types of SCCmec, which are type I, II, III, IV and V and its variants, where the type IIIA is characteristic of Brazilian endemic clone. The goals of the study were to identify the SCCmec type from a set of MRSA samples obtained from patients seeking assistance at Hospital das Clínicas da Unicamp (HC-Unicamp), to describe its distribution in various units of HC and to compare the SCCmec profile with the genomic profile defined using the polymerase chain reaction (PCR-multiplex) techniques and pulsed-field electrophoresis (PFGE), respectively. It was studied 99 samples collected for clinical reasons during a period that extended from 1999 to 2004. All the samples have been submitted to the disk diffusion test for oxacilina resistance confirmation. It was carried through PFGE for genomic evaluation and PCR-multiplex for SCCmec type detection. It have been found 26 different PFGE profiles and their respective related profiles which have presented a temporal distribution, showing clonal groups of strains that have been substituted throughout the period, except of only one strain that was present sporadically during all the period of the study. Among 99 isolated, 92% have shown SCCmec type IIIA, characteristic of Brazilian endemic clone and 7% have shown SCCmec type IV, in a way that all strains seem to have been acquired in the hospital environment / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica

Orientador: Sandra Cecilia Botelho Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-15T04:01:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Anjos_EmanuelBorgesVitor_M.pdf: 3213507 bytes, checksum: e3dcff33af728ca20ad8aaf6a15893b6 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: A infecção pelo HIV está entre as principais causas de inaptidão definitiva para doação de sangue. A dinâmica natural da epidemia do HIV no Brasil levou-nos a avaliar os subtipos presentes do HIV-1 em doações de sangue com infecção pelo HIV. Doadores de sangue representam um amplo e melhor corte transversal da população do que em grupos selecionados de alto risco e, portanto, podem fornecer uma visão mais ampla das cepas circulantes do HIV-1 no Brasil. Os números de indivíduos infectados e a importância da infecção pelo HIV tornam esse vírus um importante problema de saúde pública no Brasil. O objetivo deste trabalho é estudar a epidemiologia molecular do HIV-1 em candidatos a doadores de sangue da Fundação Hemope (Pernambuco), a partir da confirmação da infecção pelo HIV-1 de doadores com status sorológico positivo ou indeterminados pela Reação em Cadeia da Polimerase (PCR). Também avaliar a co-infecção do HIV-1 com outros patógenos que são avaliados na triagem sorológica. Dos 328 doadores de sangue com sorologia positiva ou inconclusiva coletados, foram confirmados 46 (14,02%) como positivos para HIV. Destas 46 amostras, foi possível realizar a subtipagem do HIV-1 em 40 amostras, sendo 35 (87.50%) amostras do subtipo B, 4 (10%) do subtipo C e 1 (2.50%) da forma recombinante CRF02_AG. Investigação por métodos moleculares indica ser decisiva na interpretação definitiva do diagnóstico para o HIV. Estudos de epidemiologia molecular do HIV-1 junto com o entendimento de sua biologia são necessários para estudar a dinâmica da infecção e para guiar políticas sanitárias para controlar a expansão do vírus e reduzir a incidência mundial da AIDS. / Abstract: HIV infection is among the leading causes of permanent disability for donation of blood. The natural dynamics of the HIV epidemic in Brazil has led us to evaluate the present subtypes of HIV-1 in blood donations with HIV infection. Blood donors represent a wide cross section of the population than selected groups of high risk and therefore may provide a broader view of circulating strains of HIV-1 in Brazil. The numbers of infected individuals and the importance of HIV infection make this virus an important public health problem in Brazil. The objective of this work is to study the molecular epidemiology of HIV-1 candidate in the blood donors of the Foundation Hemope (Pernambuco), from the confirmation of HIV-1 serological status of donors with positive or indeterminate by the Polymerase Chain Reaction (PCR). Also assess co-infection of HIV-1 with other pathogens that are evaluated in serological screening. Of the 328 blood donors with positive serology or inconclusive collected, 46 were confirmed (14.02%) as positive for HIV. Of these 46 samples, it was possible to subtyping of HIV-1 in 40 samples, and 35 (87.50%) samples of subtype B, 4 (10%) of subtype C and 1 (2.50%) of the form recombinant CRF02_AG. Research shows by molecular methods be decisive in the interpretation of the final diagnosis for HIV. Studies of molecular epidemiology of HIV-1 with the understanding of its biology are needed to study the dynamics of infection and to guide health policies to control the spread of the virus and reduce the incidence of AIDS worldwide. / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica

A bronquite infecciosa das galinhas (BIG) é uma doença altamente contagiosa causada por múltiplos genotipos/sorotipos do vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV), um coronavirus do grupo 3. Embora classicamente associado ao trato respiratório, alguns tipos de IBV têm sido descritos com tropismo pelos rins e pelos tratos reprodutivos e entéricos, o IBV pode ser detectado em diversos tipos de tecidos, e também pode acometer aves de todas as idades. Este estudo tem como objetivo verificar a freqüência do IBV em amostras de diversos órgãos e conteúdo entérico de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, genotipar as amostras detectadas e estudar a diversidade molecular entre as amostras brasileiras de IBV. Um total de 844 pools de diversos órgãos e conteúdos entéricos provenientes de 200 lotes de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, das regiões Sul, Sudeste, Centro-oeste e Nordeste do Brasil, colhidas durante o período de 2007 a 2009 foram testadas para a presença de IBV com um RT-PCR dirigido à região não traduzida 3′(3′UTR). As aves amostradas apresentaram sinais clínicos compatíveis com a BIG. Todas as amostras de IBV detectadas foram tipificadas utilizando uma RT-PCR dirigida ao gene de espícula do vírus. Dezenove amostras tipificadas como variante foram submetidas ao seqüenciamento parcial da região codificadora da subunidade S1 e à análise genealógica. Considerando os pools de órgãos e de conteúdo entérico, 45,50% foram positivos para a presença de IBV, dos quais, 84,63% pertencem ao genotipo Variante e 9,89% ao sorotipo/genotipo Massachusetts. Considerando os lotes, 73,50% foram positivos para IBV, sendo 77,55% variantes e 6,12% Massachusetts. A análise genealógica revelou quatro linhagens virais, todas agrupadas em um exclusivo grupamento de genotipo brasileiro. Estes resultados demonstram que o IBV está disseminado em todas as regiões avícolas brasileiras, com um predomínio massivo de genotipos não Massachusetts e uma elevada diversidade molecular, que deve ser levada em consideração para desenvolver medidas preventivas contra o IBV. / Infectious bronchitis (IB) is a highly contagious disease of poultry caused by multiple geno/serotypes of avian infectious bronchitis virus (IBV), a group 3 coronavirus. Though classically associated to the respiratory tract, IBV strains also have been described which harbor tropism for the kidneys and the reproductive and enteric tracts, and might be detected in multiple tissues and can also affect birds of all ages. This survey aimed to assess the frequency of in multiple organs and enteric content samples from grandparents, breeders, layers and broilers, to genotype the IBV strains detected and to study the molecular diversity amongst Brazilian IBV strains. A total of 844 pools of multiple organs and enteric contents from 200 flocks of grandparents, breeders, layers and broilers from the Southern, Southeastern, Central-Western and Northeastern Brazilian regions collected between 2007 and 2009 was screened for the presence of IBV with an RT-PCR target to the 3 untranslated region (UTR). The sampled birds presented symptoms compatible with IB. All IBV strains detected were then typed using an RT-PCR target to the spike gene of the virus. Nineteen strains type as variants were submitted to partial sequencing of the S1 coding region and genealogic analysis. Regarding the organs and enteric content pools, 45.50% were positive for the presence of IBV, from which 84.63% were variant and 9.89% Massachusetts. Taking into account the flocks, 73.50% were positive for IBV, being 77.55% variants and 6.12% Massachusetts. Genealogic analysis revealed four viral lineages, all grouped in an exclusive Brazilian genotype cluster. This results shown that IBV is widespread in all Brazilian poultry regions, with a massive predominance of non-Massachusetts genotypes and a high molecular diversity, which must be taken into account in order to develop preventive measures against IB.

O gênero Yersinia pertence à família Enterobacteriaceae e compreende 17 espécies. Y. pestis, Y. pseudotuberculosis e Y. enterocolitica são reconhecidamente patógenos de humanos e animais. Y. pestis cause a peste. Y. pseudotuberculosis e Y. enterocolitica são agentes causadores, sobretudo, de gastroenterites transmitidas por água e alimentos. As demais 14 espécies são, usualmente, consideradas não-patogênicas, com exceção de Y. ruckeri sorogrupo O:1 que causa infecções em peixes. Nas últimas décadas, a tipagem molecular tornou-se uma importante ferramenta nos estudos filogenéticos de numerosos micro-organismos e o desenvolvimento de sistemas de tipagem rápidos e baratos pode facilitar os estudos epidemiológicos de infecções bacterianas. No presente estudo objetivou-se desenvolver um método de genotipagem de Yersinia spp. baseado em high-resolution melting analysis (HRMA) para diferenciar os single-nucleotide polymorphisms (SNPs) presentes nas sequências dos genes 16S rRNA, glnA, gyrB, hsp60 e recA e aplicá-lo na tipagem de 40 linhagens de Y. pseudotuberculosis e 50 linhagens de Y. enterocolitica, bem como separar por HRMA as espécies Y. pseudotuberculosis e Y. enterocolitica. Os SNPs foram determinados nas sequências dos loci acima citados a partir de um conjunto de 119 linhagens de Yersinia spp. depositadas no GenBank/EMBL/DDBJ. Foram encontrados nas sequências dos genes analisados de Y. pseudotuberculosis, Y. enterocolitica, Y. bercovieri, Y. rohdei, Y. intermedia, Y. mollaretii e Y. ruckeri 10, 10, 9, 6, 4, 1 e 1 SNPs, respectivamente. Nenhum SNP foi encontrado nas sequências analisadas de Y. pestis e um grande número de SNPs foi encontrado nas sequências analisadas de Y. frederiksenii, Y. kristensenii e Y. massiliensis, o que impossibilitou a genotipagem dessas espécies por HRMA. As demais espécies não foram analisadas. Foram desenhados pares de primers para flanquear os SNPs encontrados em cada espécie de Yersinia testada. Usando um conjunto de primers espécie-específicos, a diversidade genética de cada espécie de Yersinia foi determinada por HRMA e a análise filogenética foi baseada na sequência concatenada composta pelos nucleotídeos identificados em cada fragmento analisado. O agrupamento foi realizado com o software BioNumerics usando o método UPGMA com 1.000 replicatas de bootstrap. A árvore filogenética ii construída para Y. pseudotuberculosis agrupou as linhagens em clusters bio-sorogrupo específicos. As linhagens do bio-sorogrupo 1/O:1 foram agrupadas em um cluster e as linhagens do bio-sorogrupo 2/O:3 em outro. A árvore filogenética construída para Y. enterocolitica agrupou as linhagens em três grupos. As linhagens altamente patogênicas, do biotipo 1B, foram agrupadas em um cluster, as linhagens de média patogenicidade, dos biotipos 2, 3, 4 e 5, foram agrupadas em um segundo cluster e as linhagens consideradas nãopatogênicas, do biotipo 1A, foram agrupadas em um terceiro cluster. O agrupamento encontrado em Y. pseudotuberculosis e Y. enterocolitica foi consistente com o perfil patogênico característico dessas duas espécies. Nenhuma correlação epidemiológica significativa foi encontrada no agrupamento de Y. bercovieri, Y. rohdei, Y. intermedia, Y. mollaretii e Y. ruckeri de acordo com os resultados de HRMA. Ademais, o método de HRMA aqui desenvolvido foi capaz de separar as espécies Y. pseudotuberculosis e Y. enterocolitica. O método de HRMA desenvolvido nesse estudo pode ser usado como uma alternativa para a genotipagem e para a diferenciação de Y. pseudotuberculosis de Y. enterocolitica. Esse método também pode complementar os métodos baseados em sequências e facilitar os estudos epidemiológicos dessas duas espécies de Yersinia. / The genus Yersinia belongs to the family Enterobacteriaceae and comprises 17 species. Y. pestis, Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica are well recognized human and animal pathogens. Y. pestis causes plague. Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica are, usually, causative agents of food-waterborne gastroenteritis. The other 14 Yersinia species are considered to be non-pathogenic, with the exception of Y. ruckeri serogroup O:1 which causes infections in fishes. In the last few decades, molecular typing has become an important tool in phylogenetic studies of several microorganisms and the development of fast and inexpensive typing systems can facilitate epidemiological studies of bacterial infections. The present study aimed to develop a method of Yersinia spp. genotyping based on high-resolution melting analysis (HRMA) in order to differentiate the single-nucleotide polymorphisms (SNPs) present in the 16S rRNA, glnA, gyrB, hsp60 and recA sequences and apply it in the typing of 40 Y. pseudotuberculosis strains and 50 Y. enterocolitica strains, as well as, to separate by HRMA the Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica species. The SNPs were determined in the sequences of the aforementioned loci using a set of 119 Yersinia strains deposited in the GenBank/EMBL/DDBJ database. It were found in the gene sequences analyzed of Y. pseudotuberculosis, Y. enterocolitica, Y. bercovieri, Y. rohdei, Y. intermedia, Y. mollaretii and Y. ruckeri 10, 10, 9, 6, 4, 1 and 1 SNPs, respectively. No SNPs was found in the analyzed sequences of Y. pestis and a large number of SNPs were found in the analyzed sequences of Y. frederiksenii, Y. kristensenii and Y. massiliensis what prevented their genotyping by HRMA. The remaining Yersinia species were not analyzed. It was designed primer pairs to flank the SNPs found in each Yersinia species tested. Using a specie-specific set of primers, the genetic diversity of each Yersinia species used was determined by HRMA and the phylogenetic analysis was based on the concatenated sequence composed by the nucleotides identified in each fragment analyzed. Clustering was performed with the software package BioNumerics using UPGMA method and 1,000 bootstrap replicates. The phylogenetic tree constructed for Y. pseudotuberculosis grouped the strains into bio-serogroups specific clusters. The strains of 1/O:1 bio-serogroup were grouped into one cluster and the strains of 2/O:3 bio-serogroup into iv other cluster. The phylogenetic tree constructed for Y. enterocolitica grouped the strains in three clusters. The highly pathogenic strains, of biotype 1B, were grouped into one cluster, the moderate pathogenic strains, of biotypes 2, 3, 4 and 5, were grouped into a second cluster and, the non-pathogenic strains, of biotype 1A, were grouped into a third cluster. The clusterization of Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica were consistent with the pathogenic profile characteristic of these two Yersinia species. No significant epidemiological correlation was found in the grouping of Y. bercovieri, Y. rohdei, Y. intermedia Y. mollaretii and Y. ruckeri according to HRMA results. Moreover, the HRMA-based method develop here was able to separate the Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica species. The HRMA assay developed in this study can be used as an alternative for the genotyping and the differentiation of Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica. This method can also complement sequence-based methods and facilitate epidemiological studies of these two Yersinia species.

The general objectives of this thesis were: (i) to determine the etiological and molecular profile of clinical mastitis (CM) in 20 dairy herds of Southeast, Brazil; and (ii) to quantify antimicrobial used for treatment of CM in the study population. To achieve this goals, four studies were performed. In the Study 1, we characterized the pathogen frequency and severity of CM in dairy herds. In addition, we determined the incidence rate of clinical mastitis (IRCM) and its association with the following herd-level descriptors: bulk milk somatic cell count (BMSCC), bulk milk total bacterial count (BMTBC), herd size (number of lactating cows), milk yield, housing system and season. The association between herd-level descriptors and IRCM were determined by two groups of mixed regression models: one based on the overall IRCM, and five based on the following specific-pathogen groups: contagious, other Gram-positive, Gram-negative, other (composed of yeast and Prototheca spp), and negative culture. A total of 5,957 quarter-cases of CM were recorded and the most frequently isolated pathogens were Escherichia coli (6.6% of total cultures), Streptococcus uberis (6.1%), and Streptococcus agalactiae (5.9%). The majority of CM cases were mild (60.3%), while 34.1% were moderate and 5.6% severe. Overall, the IRCM was 9.7 quarter-cases per 10,000 quarter-days at risk (QDAR), and the only herd-level parameter associated with overall IRCM was BMSCC, in which the highest IRCM was observed for herds with BMSCC >600.000 × 103 cells/mL. In the models evaluating the specific-pathogen groups, IRCM with isolation of major contagious pathogens was associated with BMSCC, milk yield and housing system. For the evaluation of other Gram-positive pathogens, the IRCM was higher in the rainy season of 2015 in comparison with the other seasonal categories. In addition, for the model evaluating the Gram-negative group, the IRCM was highest in herds with BMTBC >30 × 103 cfu/mL. The Study 2 aimed to characterize the treatment profile and quantify the antimicrobial consumption for treatment of CM in dairy herds; and to determine the association of antimicrobial use (AMU) and the same herd-level descriptors as described in the Study 1. Data on treatment practices and AMU were obtained from 19 dairy herds for a period of 12 months per herd. The AMU for treatment of CM was quantified monthly in units of defined daily dose (DDD) and expressed as antimicrobial treatment incidence (ATI; number of DDD per 1,000 lactating cows-day). The overall monthly mean ATI was 17.7 DDD per 1,000 lactating cow-days (15.4 for intramammary compounds, and 2.2 for systematically administered antimicrobials). Among intramammary drugs, aminoglycosides had the highest ATI (11.7 DDD per 1,000 lactating cow-days), while for systematically administrated antimicrobials, fluoroquinolones (4.2 DDD per 1,000 lactating cow-days) were the most frequently used antimicrobials. Herd size and BMSCC were positively associated with ATI. In addition, herd-level ATI was higher in freestall herds than in compost bedded-pack barns. In the Study 3, we determined the phylogeny of E. coli strains isolated from CM in dairy cows and the association of most frequent phylogroups with antimicrobial susceptibility. A total of 100 E. coli isolates recovered from CM cases described in the Study 1 were categorized according to their phylogenetic group using a quadruplex PCR method; antimicrobial susceptibility pattern was also evaluated. Most isolates were assigned to phylogenetic group A (52%), followed by B1 (38%), B2 (2%), C (4%), D (3%), and E (1%). Resistant isolates were observed for all evaluated antimicrobials. Overall, more than 96% of E. coli isolates were resistant to ampicillin, and more than 23% were resistant to cephalothin, sulphadimethoxine or tetracycline. High levels of resistance (>70%) were also found to erythromycin, oxacillin, penicillin, penicillin associated with novobiocin, and pirlimycin. In contrary, high susceptibility was observed to ceftiofur (96.8%) among E. coli isolates. Difference in the antimicrobial susceptibility among phylogenetic groups was observed only for cephalothin, in which E. coli strains belonging to the phylogroup A were inhibited at lower antimicrobial concentrations than strains assigned to the phylogroup B1. In Study 4, we evaluated the genotypic diversity among Strep. agalactiae and Strep. uberis isolates recovered from CM in dairy cows; in addition, the study evaluated the association of genotypes clustered by genetic similarity with antimicrobial susceptibility pattern. Isolates were subtyped using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. A great genotypic diversity was found for both Strep. agalactiae (45 subtypes out of 89 isolates) and Strep. uberis (56 subtypes out of 88 isolates). For evaluation of antimicrobial susceptibility, subtypes of Strep. agalactiae were clustered into three groups (Ia, Ib and II), while Strep. uberis subtypes were clustered into two groups (I and II) according to their genetic similarity. Overall, Strep. agalactiae isolates showed high susceptibility to most antimicrobials, except to tetracycline and erythromycin. Differences in the antimicrobial susceptibility among clusters of Strep. agalactiae were observed for ampicillin, ceftiofur, erythromycin, pirlimycin, sulphadimethoxine and tetracycline. In contrary, Strep. uberis isolates were categorized as resistant to most antimicrobials, except to cephalothin and penicillin+novobiocin. No differences were observed among clusters for all antimicrobials in the analysis of Strep. uberis. In conclusion, the results of this thesis indicated a high IRCM in the evaluated herds, and although environmental pathogens were the most common cause of CM in these herds, contagious pathogens such as Strep. agalactiae and Staph. aureus, are still a concern in some dairy herds of Brazil. Furthermore, high frequencies of AMU and off-label protocols were observed among the evaluated herds. The non-judicious use of antimicrobials can become a risk factor for the development of antimicrobial resistance, which was even observed for isolates belonging to the three most prevalent bacterial species identified from CM cases in our study (E. coli, Strep. agalactiae and Strep. uberis). Finally, because there were some herd-level descriptors associated with the IRCM and AMU in our study, there may be opportunity for management strategies aiming to improve the control of CM in dairy herds of southeastern Brazil. / Os objetivos gerais desta tese foram: (i) determinar o perfil etiológico e molecular da mastite clínica (MC) em 20 rebanhos leiteiros do Sudeste do Brasil; e, (ii) quantificar os antimicrobianos usados para tratamento da MC na população estudada. Para alcançar esses objetivos, quatro estudos foram realizados. No Estudo 1, foi caracterizada a frequência de patógenos causadores de MC e a gravidade das infecções nos rebanhos leiteiros. Além disso, foi determinada a taxa de incidência de mastite clínica (TIMC) e sua associação com as seguintes variáveis em nível de rebanho: contagem de células somáticas em leite de tanque (CCSLT), contagem bacteriana total em leite de tanque (CBTLT), tamanho (número de vacas em lactação), produção de leite, sistema de alojamento e estação do ano. A associação entre as variáveis em nível de rebanho e a TIMC foi determinada por dois grupos de modelos de regressão logística multivariada: um baseado na TIMC geral, e cinco baseados nos seguintes grupos específicos de patógenos: contagiosos, outros Gram-positivos, Gram-negativos, outros patógenos (composto de leveduras e Prototheca spp.), e cultura negativa. Um total de 5.957 casos de MC em nível de quarto mamário foi registrado e os patógenos mais prevalentes foram Escherichia coli (6,6% de todas as culturas), Streptococcus uberis (6,1%), e Streptococcus agalactiae (5,9%). A maioria dos casos de MC foi de gravidade leve (60,3%), enquanto 34,1% dos casos foram moderados e 5,6% foram graves. A TIMC geral foi de 9,7 casos por 10.000 quartos-dia em risco (QDR), e o único parâmetro em nível de rebanho associado com a TIMC geral foi a CCSLT, em que a TIMC mais alta foi observada em rebanhos com CCSLT >600.000 × 103 células/mL. Nos modelos que avaliaram os grupos específicos de patógenos, a TIMC de patógenos contagiosos foi associada com a CCSLT, produção de leite e sistema de alojamento. Na avaliação de outros patógenos Gram-positivos, a TIMC foi maior na estação chuvosa de 2015 em comparação com as outras categorias referentes à estação do ano. Adicionalmente, para o modelo avaliando o grupo de patógenos Gram-negativos, a TIMC foi mais alta em rebanhos com CBTLT >30.000 × 103 ufc/mL. O Estudo 2 teve como objetivo caracterizar o perfil de tratamento e o consumo de antimicrobianos em rebanhos leiteiros; e determinar a associação de uso de antimicrobianos (UAM) e as mesmas variáveis em nível de rebanho descritas no Estudo 1. Dados sobre as práticas terapêuticas e UAM foram obtidos de 19 rebanhos leiteiros durante um período de 12 meses por rebanho. A frequência de UAM para tratamento da MC foi quantificada mensalmente em unidades de doses definidas diárias (DDD) e expressa como incidência de tratamento antimicrobiano (ITA: número de DDD por 1.000 vacas em lactação-dia). A média de ITA mensal foi de 17,7 DDD por 1.000 vacas em lactação-dia (15,4 para compostos intramamários, e 2,2 para compostos sistêmicos). Entre os produtos intramamários, os aminoglicosídeos tiveram a ITA mais alta (11,7 DDD por 1.000 vacas em lactação-dia), enquanto que para os compostos administrados pela via sistêmica, as fluoroquinolonas (4,2 DDD por 1.000 vacas em lactação-dia) foram os antimicrobianos mais frequentemente usados. O tamanho do rebanho e CCSLT foram positivamente associados com a ITA. Além disso, a ITA foi mais alta em rebanhos com freestall do que em rebanhos com sistema tipo compost barn. No Estudo 3, determinou-se a filogenia de cepas de E. coli isoladas de casos de MC em vacas leiteiras, e a associação dos filogrupos mais frequentes com a susceptibilidade aos antimicrobianos. Um total de 100 isolados de E. coli identificados nos casos de MC descritos no Estudo 1 foram categorizados de acordo com os grupos filogenéticos por meio de um método de PCR quadruplex; o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos também foi avaliado. A maioria dos isolados pertenceram ao grupo A (52%), seguido dos grupos B1 (38%), B2 (2%), C (4%), D (3%), e E (1%). Foram encontrados isolados resistentes para todos os antimicrobianos avaliados. De forma geral, mais de 96% dos isolados de E. coli foram resistentes a ampicilina, e mais de 23% foram resistentes a cefalotina, sulfadimetoxina ou tetraciclina. Altos níveis de resistência (>70%) foram encontrados também para eritromicina, oxacilina, penicilina e penicilina associada a novobiocina. Ao contrário, foi observado alta susceptibilidade ao ceftiofur (96.8%) entre os isolados de E. coli. Diferenças na susceptibilidade entre os grupos filogenéticos foi observada apenas para a cefalotina, em que os isolados de E. coli pertencentes ao filogrupo A foram inibidos em concentrações de antimicrobianas mais baixas que isolados pertencentes ao filogrupo B1. No Estudo 4, avaliou-se a diversidade genotípica entre isolados de Strep. agalactiae e Strep. uberis identificados em casos de MC em vacas leiteiras; adicionalmente, o estudo avaliou a associação dos genótipos agrupados de acordo com a similaridade genética com o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos. Os isolados foram genotipados por meio do método de amplificação randômica de DNA polimórfico (RAPD). Grande diversidade genotípica foi observada tanto para o Strep. agalactiae (45 subtipos de 89 isolados) quanto para Strep. uberis (56 subtipos de 89 isolados). Para a avaliação de susceptibilidade aos antimicrobianos, os subtipos de Strep. agalactiae foram agrupados em três clusters (Ia, Ib e II), enquanto que os subtipos de Strep. uberis foram agrupados em dois clusters (I e II) de acordo com a similaridade genética. De forma geral, os isolados de Strep. agalactiae apresentaram alta susceptibilidade à maioria dos antimicrobianos, exceto para tetraciclina e eritromicina. Diferenças na susceptibilidade aos antimicrobianos entre os clusters de Strep. agalactiae foram observadas para ampicilina, ceftiofur, eritromicina, pirlimicina, sulfadimetoxina e tetraciclina. Por outro lado, os isolados de Strep. uberis foram resistentes à maioria dos antimicrobianos, exceto para cefalotina e penicilina + novobiocina. Não foram encontradas diferenças entre os clusters para todos os antimicrobianos na análise de Strep. uberis. Em conclusão, os resultados desta tese indicaram alta TIMC nos rebanhos avaliados, e apesar de os patógenos ambientais serem a causa mais comum de MC nestes rebanhos, patógenos contagiosos como Strep. agalactiae e Staph. aureus, ainda são uma preocupação em alguns rebanhos do Brasil. Além disso, observaram-se altas frequências de UAM e de terapias não recomendadas em bula entre os rebanhos avaliados. O uso não judicioso de antimicrobianos pode se tornar um fator de risco para o desenvolvimento da resistência bacteriana aos antimicrobianos, o que foi inclusive observado para isolados pertencentes as três espécies bacterianas mais prevalentes nos casos de MC no nosso estudo (E. coli, Strep. agalactiae e Strep. uberis). Finalmente, pelo fato de algumas variáveis em nível de rebanho terem sido associadas com a TIMC e com o UAM em nosso estudo, é possível que hajam oportunidades para implementação de estratégias de manejo com o objetivo de melhorar o controle da MC em rebanhos leiteiros do sudeste do Brasil.

Um total de 107 S. aureus isolados de casos de mastite, glândulas portadoras, pele do úbere, ordenhadores e insufladores, em rebanhos de São Paulo e Pernambuco, foram tipados por técnicas moleculares PCR-RFLP do gene coa e PCR de spa distinguiram seis perfis. Todas as amostras amplificaram genes coa, spa, icaA e 69% produziram biofilme glicose-induzido in vitro. PFGE identificou 31 perfis e 12 linhagens. Uma linhagem foi predominante (P < 0,0001) e amplamente disseminada em ambas as regiões. Um mesmo perfil foi isolado de mastite clínica, subclínica e portadoras. Houve heterogeneidade genética entre isolados de fazenda. Isolados de origem humana e animal constituíram populações distintas. Poucos isolados de leite, insufladores e pele do úbere tiveram igual perfil. Uma amostra extramamária, 77% dos isolados de leite e. 99% de S. aureus de portadoras produziram biofilme. Não foi detectada correlação entre produção de biofilme e CCS. O isolamento sucessivo do mesmo perfil de PFGE de glândulas assintomáticas por mais de 16 dias caracterizou o estágio de portador. / A total of 107 S. aureus isolated from bovine milk, udder skin, milkers and milking machine, from São Paulo and Pernambuco herds was typed by molecular techniques. PCR-RFLP coa gene and PCR spa gene distinguished six amplicons. All strains amplified coa, spa, icaA genes and, 69% produced in vitro glucose-induced biofilm. PFGE identified 31 pulsotypes, 12 lineages. One of the lineages was predominantly isolated (P<0.0001) and widely disseminated. A same pulsotype was isolated from clinical and, subclinical mastitis as well as from carriers. There was genetic heterogeneity among isolates from the herds. Strains from human and animal origin were genetically different. Few isolates from milk, milking machine and udder skin showed similar pulsotype. An extramammary strain, 77% of the milk isolates and, 99% of the S. aureus isolated from carriers produced biofilm. It was not detected any correlation between SCC and biofilm production. The successive isolation during more than 16 days of a same pulsotype from the asymptomatic glands characterized the carrier status.

O presente estudo teve por objetivos caracterizar os vírus Influenza circulantes na cidade de São Paulo e verificar a variabilidade genética do gene da neuraminidase (NA) dos Influenzavírus A. Um total de 3009 amostras de crianças internadas no Hospital Universitário da USP, no período de 1995 a 2006, foram submetidas à duplex RT-PCR para detecção dos Influenzavírus A e B (IA e IB). As amostras positivas para IA foram submetidas à subtipagem pela multiplex RT-PCR. Cento e trinta e três amostras (4,4%) foram positivas, sendo 88,0% (117/133) IA e 12,0% (16/133) IB. Entre as amostras IA, 94 eram H3N2, 7 H1N1 e 16 não foram subtipadas pela multiplex. Um total de 74 amostras (71 H3N2 e 3 H1N1) tiveram o gene da neuraminidase sequenciado (total ou parcialmente). As sequências obtidas foram submetidas à análise filogenética, sendo verificado o agrupamento das cepas circulantes em clusters por ano de isolamento, demonstrando sua evolução temporal. Quando comparadas com as cepas vacinais utilizadas no período, foi verificada uma boa similaridade. / The aim of this study was to characterize Influenza virus circulating in São Paulo city and the neuraminidase (NA) gene sequence of Influenzavirus A in 3009 samples from children hospitalized at USP University Hospital, from 1995 to 2006. Samples underwent duplex RT-PCR for detection and typing of Influenza virus A and B (IA and IB) and also were submitted to multiplex PCR for subtyping of IA. Among 3009 samples, 4.4% were Influenza virus, being 88.0% IA (117/133) and 12.0% IB (16/133). Among samples of IA, 94 were characterized as H3N2, 7 H1N1 and 16 were not subtyped. A total of 74 samples (71 H3N2 and 3 H1N1) had the NA gene sequenced (total or partially). Sequences obtained were compared to sequences of the world and sequences of vaccine strains. Brazilian samples were grouped in clusters with samples isolated in the same year. It was also found a good similarity between circulating strains and vaccine strains.

Objetivo: i) Estudar os casos de tuberculose (TB) por transmissão recente em brasileiros e migrantes sul-americanos, quantificar a transmissão cruzada recente entre ambas as populações e estudar seus fatores associados; ii) Avaliar, isoladamente, os fatores associados à transmissão recente da TB e o impacto da migração e de outras vulnerabilidades nos casos da doença no município. Métodos: Estudo transversal em indivíduos brasileiros e migrantes de origem sul-americana, residentes de distritos centrais do município de São Paulo (MSP) com grande proporção de populações vulneráveis e elevada presença recente de migrantes. Estudaram-se os casos de TB pulmonar por M. tuberculosis (Mtb) notificados entre 2013 e 2014, confirmados por meio de cultura de escarro. Foram utilizados os dados do Sistema Estadual de Notificação (SINAN-TB), de unidades de saúde e do laboratório central do Instituto Adolfo Lutz. Analizaram-se as variáveis sociodemográficas, clínicas e a presença de clusters simples e mistos, obtidos pelo agrupamento dos isolados de Mtb por RFLP-IS6110. i) Descreveu-se a distribuição dos clusters mistos e outras variáveis em brasileiros e migrantes sul-americanos e, investigou-se os fatores independentemente associados à presença de clusters mistos na amostra por meio de regressão logística simples e múltipla; ii) Investigaram-se os fatores independentemente associados à ocorrência de clusters mediante regressão logística simples e múltipla e estimou-se o impacto da transmissão recente da TB por meio da Fração Atribuível Populacional (PAF). Resultados: Foram amostrados 347 indivíduos, 19 por cento dos casos na área estudada. Desses, 76 por cento eram brasileiros e 24 por cento migrantes sul-americanos. O primeiro estudo mostrou que a proporção de clusters foi de 40,5 por cento , sendo 28 por cento desses compartilhados por brasileiros e migrantes sul-americanos (clusters mistos). Clusters mistos foram mais frequentemente encontrados em migrantes sul-americanos do que em brasileiros (OR=6,05), porém sugeriu-se transmissão cruzada em ambas as direções. A análise de sensibilidade, removendo usuários de drogas, HIV positivos e alcóolicos, teve pouco efeito no número de clusters mistos porém reduziu o de clusters simples em vi brasileiros, sugerindo maior transmissão recente do Mtb entre indivíduos brasileiros e migrantes não pertencentes a esses grupos de risco. O segundo estudo sugeriu que o uso de drogas está independentemente e diretamente associados a clusters sugestivos de transmissão recente (ORaj=3,18) e o alcoolismo (ORaj=0,30) está inversamente associado à transmissão recente. Foi encontrada baixa prevalência de comorbidades e outros fatores de risco entre migrantes sul-americanos, tanto em clusters quanto em perfis únicos. A transmissão recente entre usuários de drogas foi atribuída a cerca de 15 por cento dos casos de TB em brasileiros. Conclusões: Verificou-se que a transmissão recente, tanto entre brasileiros quanto entre migrantes sul-americanos, desempenha um papel importante nas regiões centrais do MSP. No entanto, sugere-se que a migração possa desempenhar um papel menos importante na transmissão/reativação da TB do que o uso de drogas e outras condições de vulnerabilidade. Dessa forma, no contexto dos crescentes movimentos migratórios para grandes cidades de países de média e baixa renda, a migração se soma à vulnerabilidade social, reforçando a necessidade de políticas intersetoriais para controle da TB. / Objective: i) to study recent tuberculosis (TB) transmission in Brazilians and South-American migrants, to estimate the proportion of recent cross-transmission occurring between both populations and to study potential associated factors to cross-transmission; ii) to study associated factors to cross-transmission and to estimate the impact of South-American migration and other vulnerabilities on TB cases. Methods: we conducted a cross-sectional study with TB patients in a central area of São Paulo (MSP) with a strong presence of South-American migrants and vulnerable populations. We selected notified pulmonary TB (PTB) cases confirmed by sputum culture between 2013 and 2014 among Brazilians and South-American migrants. We used the Tuberculosis State Notification System (SINAN-TBWEB), health facilities and the State Reference Laboratory (Instituto Adolfo Lutz) as data sources. We typed M. tuberculosis isolates by IS6110-RFLP, which were clustered by similarity. Clusters were considered mixed when isolates from at least one Brazilian and one South-American migrant were similar; and were considered simple when the cluster contained isolates from patients of only one nationality. We study demographic and clinical variables from TB patients and the presence of clusters within the sample. i) We described the distribution of simple and mixed clusters and other variables amongst Brazilians and South-American migrants and study associated factors to cross-transmission using logistic regression; ii) we estimated the proportion of recent transmission in the sample and investigated the factors associated with the presence of clusters by multiple logistic regression. Results: We sampled 347 individuals, 19 per cent of cases that occurred in the study area. Nearly 76 per cent were Brazilians and 24 per cent South-Americans. The first study demonstrated that 40.5 per cent of cases were clustered, of which approximately 30 per cent were mixed. South-American migrants were more likely to have mixed clusters than Brazilians (OR=6.05) and the results suggest that TB transmission occurred in both directions. We conducted a sensitivity analysis removing drug users, HIV positive and alcoholics, which suggested higher transmission amongst Brazilian and migrants outside these groups. In the second study we demonstrated that drug users were more likely to viii belong to clusters (ORadj=3.18) while individuals who abuse alcohol were more likely to belong to unique profiles (ORadj=0.30). South American migrants had lower prevalence of comorbidities and other risk factors. Nearly 15 per cent of PTB cases among Brazilians were attributed to recent transmission among drug users. Conclusions: We conclude that general recent transmission of TB and cross-transmission between Brazilian and South American migrants play an important role in the central regions of MSP. Nevertheless, we suggest that social vulnerability and drug use in TB transmission may be more important than migration status itself. In the context of increasing migration to large cities of low- and middle-income countries, our findings add migration to other social vulnerabilities, reaffirming the need for inter-sectoral policies on TB control.

O Vírus Sincicial Respiratório (RSV) é reconhecido como agente causador de infecção nosocomial entre receptores de pacientes de células-tronco hematopoéticas causando morbidade e mortalidade consideráveis nesses pacientes. O objetivo desse estudo foi caracterizar as cepas do RSV isoladas de receptores de transplante de células-tronco hematopoéticas (TCTH) do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo durante sua estação. As cepas do RSV foram tipadas (em grupo A ou B) e genotipadas. Das sete cepas analisadas dos receptores de TCTH durante o ano de 2001, somente duas pertenciam ao grupo B, as outras cinco eram pertencentes ao grupo A. Dessas sete cepas, três eram altamente relacionadas e haviam infectados pacientes que freqüentavam o ambulatório. Em 2002, das doze cepas analisadas, três pertenciam ao grupo A e as outras nove pertenciam ao grupo B. Sete cepas eram altamente relacionadas entre elas e eram também de pacientes de ambulatório sugerindo que a transmissão em hospital-dia era mais provável. Enfim, múltiplços genótipos do RSV co-circularam nas unidades de TCTH (ambulatório e enfermaria) do Hospital das Clínicas entre 2001 e 2002. A transmissão nosocomial foi mais provável ocorrer no ambulatório da unidade de TCTH quando comparada à enfermaria. Políticas de controle de infecção devem ser também implementadas em ambulatórios para evitar transmissão nosocomial do RSV e outros vírus respiratórios em pacientes de ambulatório. / Respiratory Syncytial Virus is recognized as the leading cause of nosocomial respiratory infection among recipients of hematopoietic stem cell transplant (HSCT) causing considerable morbity and mortality among theses patients. The aim this study was characterize the strains of Respiratory Syncytial Virus in recipients Hematopoietic Stem Cell Transplant Unit (HSCT) at Hospital das Clínicas, University of São Paulo Medical School during RSV season in symptomatic HSCT recipients at Hospital das Clínicas. The strains of RSV was typed (in group A or B) and genotyped. Of the seven strains analyzed from HSCT recipients during 2001, only two belonged to group B, the other five belonged to group A. Of these seven strains, three were closely related and were from outpatients. In 2002 , of the twelve strains analyzed, three belonged to group A and the other nine belonged to group B. Seven strains were closely related and were also from outpatients suggesting that nosocomial transmission in hospital-day was more likely. In conclusion, multiples genotypes of RSV co-circulated in the Hematopoietic Stem Cell Transplant units (ward and dayhospital) of Hospital das Clínicas between 2001 and 2002. Nosocomial transmission was more likely to occur at the HSCT Day-hospital as compared to the HSCT ward. Infection control practices should be also implemented at Day-hospital Units to avoid nosocomial transmission of RSV and other respiratory viruses in outpatient units.