Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-04-16T20:00:48Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepas.pdf: 978407 bytes, checksum: abc230b0a9261c1fd0c377d2f4c3770a (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-04-18T14:36:47Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepas.pdf: 978407 bytes, checksum: abc230b0a9261c1fd0c377d2f4c3770a (MD5) / Made available in DSpace on 2013-04-18T14:36:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepas.pdf: 978407 bytes, checksum: abc230b0a9261c1fd0c377d2f4c3770a (MD5) Previous issue date: 2006-06 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As doenças do trato respiratório são as principais queixas nos serviços de atendimento médico, sendo as infecções respiratórias agudas (IRA) as manifestações mais comuns, principalmente em crianças menores de cinco anos de idade. Em países em desenvolvimento as IRA constituem um sério problema de saúde pública. Em todo mundo estima-se que ocorram cerca de dois milhões de mortes devido as IRA a cada ano. Dentre os agentes causais das mesmas, destaca-se o Vírus Respiratório Sincicial (VRS), especialmente por causar doença grave em crianças menores de dois anos. Com o objetivo de gerar dados sobre a epidemiologia molecular deste vírus, foram analisadas amostras colhidas de pacientes com IRA no período de 2000 a 2006 na cidade de Belém, Pará. Foram utilizados testes de imunofluorescência indireta (IFI) para caracterização antigênica dos vírus isolados e RT-PCR para os genes codificadores das proteínas G e F, que foram em seguida parcialmente seqüenciados. Dentro do período estudado, 153 amostras positivas para VRS foram detectadas. A faixa etária de 0-4 anos foi a que concentrou maior número de casos (n=138; 90,19%). Em relação ao perfil sazonal, o pico de atividade do VRS ocorreu nos primeiros seis meses do ano, estando associado principalmente ao período de troca da estação chuvosa para um período de menor pluviosidade. Houve co-circulação dos subgrupos A e B nos anos de 2001 e 2003. Em 2000, 2005 e 2006 somente o subgrupo A circulou. Entretanto no ano de 2004 foi registrada a ocorrência somente do subgrupo B. Dentro do período estudado, genótipos distintos da proteína G do subgrupo A (GA2 e GA5) e do subgrupo B (SAB1 e SAB3) foram detectados, indicando o primeiro relato da circulação do genótipo SAB1 na América do Sul. Em 2004, um cluster diferenciado dos demais genótipos circulantes foi encontrado, sendo este denominado BRB1. A análise do gene codificador da proteína F permitiu a identificação de mutações na sequência nucleotídica resultando em trocas na cadeia aminoacídica da mesma. Este estudo representa o primeiro relato sobre dados da epidemiologia molecular do Vírus Respiratório Sincicial na região Norte do Brasil. / The diseases of respiratory tract are the main complaints in the services of medical consultations, acute respiratory infections (ARI) are the most common manifestations, mainly in children under five years old. In developing countries ARI represent a serious problem of public health. Every year, ARI are responsible by about 2 million deaths all over the world. Among the infectious agents the Respiratory Syncytial virus (RSV) is the most important pathogen in infants and young children because of severe bronchiolitis and pneumonia that it may cause. With the objective to generate data on the molecular epidemiology of this virus, patients' clinical samples with ARI were analyzed during the period 2000 - 2006 in the city of Belém, Pará. Test of Indirect immunofluorescence (TIF) was used for antigenic characterization of isolated viruses and the RT-PCR for the genes encoders of the proteins G and F, that were partially sequenced. In the total period, 153 positive samples of RSV were analyzed. The age group 0-4 years showed the larger number of cases (90,19%). In relation to the seasonal profile, the pick of activity of RSV happened in the first six months of the year, being associated mainly to the period of change of the rainy season to a less rainy period. There was a co-circulation of the subgroups A and B in the years of 2001 and 2003. In 2000, 2005 and 2006 just the subgroup A was detected. However in the year of 2004 was only registered the occurrence of subgroup B. Inside the studied period, were detected different genotypes from the protein G of the subgroup A (GA2 and GA5) and of the subgroup B (SAB1 and SAB3) , indicating the first report about circulation of the genotype SAB1 in South America. In 2004, was found a differentiated cluster of the other circulating genotypes, being denominated BRB1. The analysis from gene encoder of the protein F allowed identification of mutations in the nucleotidic sequence that resulted in changes in the aminoacídica chain. This study represents the first report about the molecular epidemiology of the Respiratory Syncytial Virus in the North region of Brazil.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-10T16:44:47Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirus.pdf: 1170321 bytes, checksum: da4e03bfc36fd6fcd133e64edcce5f7d (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-13T17:24:06Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirus.pdf: 1170321 bytes, checksum: da4e03bfc36fd6fcd133e64edcce5f7d (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-13T17:24:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirus.pdf: 1170321 bytes, checksum: da4e03bfc36fd6fcd133e64edcce5f7d (MD5) Previous issue date: 2006 / A distribuição geográfica da infecção pelo Vírus Linfotrópico de Células T HTLV 1/2 humanas 1 e 2 é ampla, porém existem áreas de maior endemicidade e também particularidades de acordo com o tipo de HTLV. O HTLV-1 apresenta maior soroprevalência no sudoeste do Japão, no Caribe, na América Central, nas diferentes regiões da América do Sul e nas porções centrais e ocidentais da África e Melanésia. Enquanto o HTLV-2 parece acometer grupos populacionais distintos, como as populações nativas de indígenas das Américas do Norte, Central e Sul, pigmeus da África Central, mongóis na Ásia e também usuários de drogas injetáveis. O trabalho realizado teve como objetivo descrever a epidemiologia molecular do HTLV em três populações distintas do estado do Amapá, que foram: pacientes HIV/AIDS infectado, população afro-descendente e finalmente indivíduos atendidos no Laboratório Central de Saúde Pública do Amapá (LACEN-AP), encaminhados para diagnóstico de HTLV. As amostras foram avaliadas para a presença do vírus por métodos sorológicos (ELISA e Western blot) e moleculares (amplificação gênica e caracterização de segmentos das regiões pX e env pela análise de polimorfismo de fragmentos de restrição por ação de endonuclease. Os resultados obtidos nas diferentes populações foram na população de indivíduos infectados pelo HIV/AIDS, todas as amostras foram negativas, na população afro-descendente, apenas uma amostra apresentou positividade na sorologia pelo método de ELISA, porém foi negativa no Western blot e quando submetida ao método molecular, não houve amplificação. No entanto, entre os indivíduos encaminhados para diagnóstico de HTLV, 06 (seis) amostras foram positivas, e dessas, 05 (cinco) foram confirmadas por Western blot e pelo método molecular. O resultado molecular demonstrou a presença de HTLV-1. / The geographical distribution of the infection by human T-cell lymphotropic virus 1/2 – HTLV 1 / 2 is extensive, nevertheless, there are areas that are more endemic and have more particularities depending on the HTLV type. The HTLV 1 shows a bigger occurrence in south west of Japan, Caribbean, Central America, in different regions of South America and in parts of Central, as well as in western Africa, while HTLV-2, seems to assault distinct groups of people, such as Indians native people from North, Central and South America, Pigmies from Central Africa, Mongols in Asia as well as in infecting drug users. The present work had as objective describing HTLV molecular epidemiology, in three different populations the State of Amapá, they are: HIV/IDS positive patients, Afro-descenig population and individuals assisted of Public Health Center Laboratory of Amapá – LACEN-AP, directed for diagnosis of HTLV. The samples were tested for the presence of virus using serological (ELISA and Western blot) and molecular assays (gene amplification and restriction fragment length polymorphism from pX and env for the analysis of polimorfismo o restriction fragments for endonuclease action. The obtained results in different populations are In the population of HIV infected people, all the samples were negative; in the Afro-desceding population, only one sample was positive confirmed by serological test (ELISA), but negative according to western blot test and submitted to the molecular analysis, there wast not amplification. However, among samples of individuals directed for diagnosis of HTLV, 06 (six) were positive, 5(five) out of 6/them were confirmed by western blot test. The molecular result demonstrated the presence of HTLV-1.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-10T16:52:38Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusImunodeficiencia.pdf: 630679 bytes, checksum: 39ccd5ebcb2c01cce8610d34e719a8d8 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-03T16:57:07Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusImunodeficiencia.pdf: 630679 bytes, checksum: 39ccd5ebcb2c01cce8610d34e719a8d8 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-03T16:57:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusImunodeficiencia.pdf: 630679 bytes, checksum: 39ccd5ebcb2c01cce8610d34e719a8d8 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2007 / Uma das principais características do Vírus da imunodeficiência humana (HIV) é sua grande diversidade genética. O presente trabalho tem como objetivo descrever a epidemiologia molecular do HIV-1 circulante na cidade Macapá, Amapá, assim como os fatores associados à aquisição da infecção e correlacionar estes com os subtipos virais encontrados e as informações epidemiológicas da população examinada. Amostras de sangue de 48 indivíduos portadores do HIV foram colhidas no Serviço de Assistência Especializada (SAE) da cidade de Macapá, no período de junho de 2003 a junho de 2004. Após a extração do DNA, foi realizada a amplificação de 297 pb da protease (gene pro) por meio da técnica de Nested PCR, sendo seqüenciadas, posteriormente, para a determinação dos subtipos virais. Foram identificados os subtipos B (93,7%) e F (6,3%) na cidade de Macapá, que são os mais prevalentes no Brasil, não tendo sido observada associação entre os subtipos do HV-1 circulantes nesta cidade e a preferência sexual. No entanto, uma parcela significativa da população examinada possui um baixo grau de escolaridade, característica esta que reflete a maior parcela população infectada pelo HIV no Brasil. / One of the main characteristics of Human immunodeficiency virus (HIV) is its great genetic diversity. The present work has as main objective the description of the molecular epidemiology of HIV-1 circulating in the city of Macapa, Amapa, as well as the factors associated with the infection and to correlate these with the viral subtypes found and the epidemiological data of the investigated population. Blood samples from 48 subjects bearers of the HIV were collected in the Service of Specialized Assistance (SSA) in the city of Macapa, in the mean time of June 2003 to June 2004. After the DNA extraction, was performed an amplification of 297 bp from the protease (gene pro) y means of the Nested PCR assay, being sequenced, afterwards, for the determination of the viral subtypes. Were identified the subtypes B (93.7%) and F (6.3%) in the city of Macapa which are the most prevalent in Brazil, and was not observed an association between the subtypes of HIV-1 circulating in this city with sexual preferences. Although, a significant part of the population examined has a low degree of scholarity, characteristic which reflects the majority of the population infected with HIV in Brazil.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-11T11:37:30Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusImunodeficienciaHumana.pdf: 1061765 bytes, checksum: c96996ccb795b170dce7b4547e3ceccd (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-08T14:58:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusImunodeficienciaHumana.pdf: 1061765 bytes, checksum: c96996ccb795b170dce7b4547e3ceccd (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-08T14:58:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusImunodeficienciaHumana.pdf: 1061765 bytes, checksum: c96996ccb795b170dce7b4547e3ceccd (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2009 / A transmissão vertical é a principal fonte de infecção pelo HIV em crianças, e pode ocorrer antes, durante e depois do nascimento, dessa forma sendo um grande problema de saúde pública mundial. O presente trabalho teve como objetivo descrever a epidemiologia molecular e o perfil de susceptibilidade/resistência das cepas de HIV-1 identificadas em mulheres nos estados do Acre e do Tocantins. Coletou-se amostra de sangue de 36 mulheres, sendo 9 grávidas e 16 mães de Palmas (Tocantins) e 1 grávida e 10 mães do Rio Branco (Acre) entre abril de 2007 a outubro de 2008. Realizou-se a técnica molecular Reação em Cadeia mediada pela Polimerase (PCR) Nested, para a amplificação de duas regiões genômicas (pro e tr) do DNA proviral, seguido de sequenciamento nucleotídico e análise filogenética. No Acre, tanto em relação ao segmento da protease quanto da transcriptase reversa, todas as amostras foram do subtipo B. Em Tocantins, quanto ao segmento da protease, todas as amostras pertenceram ao subtipo B, já em relação ao segmento da transcriptase reversa 87,5% foram do subtipo B e 12,5% pertencente ao subtipo F. No estado do Acre, todas as cepas analisadas foram suscetíveis aos inibidores de protease (IP) e apenas uma grávida de Tocantins (4,7%) apresentou cepa com resistência aos IP utilizados atualmente. Além disso, verificou-se uma baixa prevalência de cepas com mutações de resistência aos inibidores de transcriptase reversa nucleosídicos (ITRN) e não nucleosídicos (ITRNN), sendo que a resistência as três classes desses ARV foi observada em apenas uma amostra proveniente do estado do Tocantins. Dessa forma, a maioria das cepas de HIV isoladas mostrou susceptibilidade aos ARV utilizados, indicando que há baixa circulação de cepas do HIV resistentes a estes medicamentos nesses estados. / The vertical transmission is the main source of the HIV infection in children, and it may occur before, during, of after birth and thus a big world public health problem. The present work had as objective to describe the molecular epidemiology and the profile of susceptibility/resistance of HIV-1 strains identified in women from the States of Acre and Tocantins. Samples were collected from 36 women, being 9 pregnants and 16 mothers from Palmas (Tocantins) and 1 pregnant and 10 mothers from Rio Branco (Acre) between April 2007 and October 2008. The molecular technique of Polimerase Chain Reaction was performed mediated by Nested Polimerase, to the amplification of two genomic regions (pro and tr) from proviral DNA, followed by nucleotidic sequencing and phylogenetic analysis. In the Acre, both in relation to the segment of protease and reverse transcriptase, all samples were subtype B. In the Tocantins, the segment of the protease, all samples belonged to subtype B, as compared to the reverse transcriptase segment of 87.5% were subtype B and 12.5% belonging to subtype F. In the State of Acre, as the strains analyzed showed susceptibility to the protease inhibitors (PI) and only ne pregnant from Tocantins (4,7%) showed a strain with resistance to current used PI. Beyond that, was verified a low prevalence of strains with resistance mutations to the nucleosidic reverse transcriptase inhibitor (NRTI) and non nucleosidic (NNRTI), being that the resistance to the three classes of these ARV was observed in only one sample from the State of Tocantins. So the majority of HIV isolated strains showed susceptibility to the ARV used, suggesting that there is low circulation of HIV resistant strains to these drugs in these states.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-11T12:04:23Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusOropouche.pdf: 8072606 bytes, checksum: 4583fd996c0fca9e376db310de118adb (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-08T15:49:26Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusOropouche.pdf: 8072606 bytes, checksum: 4583fd996c0fca9e376db310de118adb (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-08T15:49:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusOropouche.pdf: 8072606 bytes, checksum: 4583fd996c0fca9e376db310de118adb (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2009 / O Virus Oropouche (VORO; Bunyaviridae, Orthobunyavirus) é um dos mais importantes arbovírus que infecta humanos na Amazônia brasileira, e é causador da febre do Oropouche. Entre 1961 e 2009, um grande número de epidemias foi registrado em diferentes centros urbanos dos Estados Brasileiros do Acre, Amapá, Amazonas, Maranhão, Pará, Rondônia e Tocantins, e também no Panamá, Peru e Trinidad & Tobago. Este trabalho teve por objetivo desenvolver um estudo retrospectivo dos aspectos epidemiológicos e moleculares do VORO enfatizando sua distribuição, a dinâmica das epidemias ocorridas no período, bem como a dispersão de diferentes genótipos na América Latina e no Brasil como contribuição à epidemiologia molecular do VORO. Para tanto 66 isolamentos do VORO pertencentes ao acervo do Instituto Evandro Chagas foram propagados em camundongos e em cultura de células VERO, seguida da extração do RNA viral e obtenção do cDNA por RTPCR; os amplicons foram purificados e submetidos ao sequenciamento nucleotídico para análises moleculares e evolução, incluindo o rearranjo genético, estudo de relógio molecular e análise de dispersão viral. Foi demonstrada a presença de quatro linhagens distintas do VORO na Amazônia brasileira (genótipos I, II, III e IV), sendo os genótipos I e II, respectivamente os mais frequentemente encontrados em áreas da Amazônia ocidental e oriental. Esses e o genótipo III estão constantemente evoluindo, mediante o mecanismo “boom and boost” que resulta na emergência seguida de substituição das sublinhagens (subgenótipos) circulantes por outras mais recentes. O genótipo III do VORO, previamente encontrado somente no Panamá, foi descrito na Amazônia e Sudeste do Brasil. Os dados obtidos pela análise filogenética comparativa das topologias para os segmentos PRNA e MRNA sugerem que o VORO utiliza o rearranjo genético como mecanismo de geração de biodiversidade viral, sendo o genótipo I o mais estável e o II o mais instável e, portanto, mais sensível às pressões evolutivas; foi reconhecido um novo genótipo do VORO neste estudo em amostras isoladas em Manaus no ano de 1980, que foi denominado de genótipo IV. O estudo do relógio molecular mostrou que a emergência do VORO se deu no Estado do Pará provavelmente há 223 anos e daí ao longo dos anos se dispersou pela PanAmazônia bem como para o Caribe, sendo que o genótipo I foi o que originou os demais genótipos do VORO. / Oropouche Virus (OROV; Bunyaviridae, Orthobunyavirus) is one of most important arbovirus which infects humans in the Brazilian Amazon, and is also the causal agent of Oropouche fever. Between 1961 and 2009, dozens of epidemics were registered in several urban centers of the Brazilian states of Acre, Amapá, Amazonas, Maranhão, Pará, Rondônia and Tocantins, and also in Panama, Peru and Trinidad & Tobago. This work aimed to develop a retrospective epidemiologic and molecular study of OROV emphasizing its distribution, epidemic dynamics in the period, as well as the dispersion of the OROV genotypes in Brazil and other Latin American countries as a contribution to understanding of the molecular epidemiology of it. A total of 66 OROV isolates of the Instituto Evandro Chagas collection were growth into VERO cells and suckling mice; then, RNA was extracted and cDNA prepared by RT-PCR; the amplicons were purified and submitted to nucleotide sequencing to further molecular and evolution analyzes including genetic reassortment, molecular clock and viral dispersion. It was demonstrated the circulation of four different genetic lineages of OROV in the Brazilian Amazon (genotypes I, II, III, and IV); the genotypes I and II were respectively the most distributed OROV genotypes in Occidental and Oriental Amazon areas. These and the genotype III have been continuously under evolution pressure and changing by the mechanism “boom and boost” which result in an emergence of new OROV sub-genotypes that replace the older circulating sub-lineages in an area. The genotype III which was previousouly recognized in Panama it was identified in the Amazon and Southeast regions. The results obtained by the comparative phylogenetic analyses of the SRNA and MRNA topologies suggest that OROV uses the genetic reassortment as mechanism to further generate its viral biodiversity, and the genotype I is the most stable, while the genotype II is the most unstable, and therefore under higher evolutionary pressure; it was recognized a new OROV genotype in this study, the genotype IV. The molecular clock analysis showed that OROV emerged in Pará State approximately 223 years ago, and along of the years did its dispersal and evolution through the Pan- Amazon as well as to the Caribbean and Central America regions, and the genotype I was responsible by the emergence of all other OROV genotypes.

Um total de 107 S. aureus isolados de casos de mastite, glândulas portadoras, pele do úbere, ordenhadores e insufladores, em rebanhos de São Paulo e Pernambuco, foram tipados por técnicas moleculares PCR-RFLP do gene coa e PCR de spa distinguiram seis perfis. Todas as amostras amplificaram genes coa, spa, icaA e 69% produziram biofilme glicose-induzido in vitro. PFGE identificou 31 perfis e 12 linhagens. Uma linhagem foi predominante (P < 0,0001) e amplamente disseminada em ambas as regiões. Um mesmo perfil foi isolado de mastite clínica, subclínica e portadoras. Houve heterogeneidade genética entre isolados de fazenda. Isolados de origem humana e animal constituíram populações distintas. Poucos isolados de leite, insufladores e pele do úbere tiveram igual perfil. Uma amostra extramamária, 77% dos isolados de leite e. 99% de S. aureus de portadoras produziram biofilme. Não foi detectada correlação entre produção de biofilme e CCS. O isolamento sucessivo do mesmo perfil de PFGE de glândulas assintomáticas por mais de 16 dias caracterizou o estágio de portador. / A total of 107 S. aureus isolated from bovine milk, udder skin, milkers and milking machine, from São Paulo and Pernambuco herds was typed by molecular techniques. PCR-RFLP coa gene and PCR spa gene distinguished six amplicons. All strains amplified coa, spa, icaA genes and, 69% produced in vitro glucose-induced biofilm. PFGE identified 31 pulsotypes, 12 lineages. One of the lineages was predominantly isolated (P<0.0001) and widely disseminated. A same pulsotype was isolated from clinical and, subclinical mastitis as well as from carriers. There was genetic heterogeneity among isolates from the herds. Strains from human and animal origin were genetically different. Few isolates from milk, milking machine and udder skin showed similar pulsotype. An extramammary strain, 77% of the milk isolates and, 99% of the S. aureus isolated from carriers produced biofilm. It was not detected any correlation between SCC and biofilm production. The successive isolation during more than 16 days of a same pulsotype from the asymptomatic glands characterized the carrier status.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-09-27T14:58:36Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaMolecularPapilomavirus.pdf: 748543 bytes, checksum: 8fb56af8f45b619331af136ea0661282 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-09-28T15:22:06Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaMolecularPapilomavirus.pdf: 748543 bytes, checksum: 8fb56af8f45b619331af136ea0661282 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-28T15:22:06Z (GMT). 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Considerando a capacidade dos pólipos evoluírem para neoplasia este estudo teve como objetivo verificar a prevalência do HPV em pólipos gástricos e colorretais. Foram analisadas 135 amostras de blocos parafinados de pólipos gástricos e colorretais em pacientes maiores de 18 anos de idade residentes no estado do Pará, divididos em três grupos: pólipos hiperplásicos gástricos (PHG), pólipos hiperplásicos de colón (PHC) e pólipos adenomatosos de colón (PAC). As amostras foram coletadas durante procedimentos de endoscopia ou colonoscopia. Para a detecção da presença do HPV foi utilizada a técnica da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR). As amostras infectadas pelo HPV foram tipadas para os subtipos de HPV 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 52 e 58 utilizando sondas específicas em PCR em tempo real. O estudo foi aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa do Núcleo de Medicina Tropical da Universidade Federal do Pará. Os dados obtidos foram armazenados em planilha eletrônica e a análise estatística foi realizada pelo programa SPSS versão 20.0. Dos 135 pólipos coletados, 87 eram de mulheres e 48 em homens, a maioria dos indivíduos participantes do estudo tinha de 50 a 69 anos de idade. Os resultados encontrados indicaram a presença de HPV em 57 amostras (42,2% dos casos). Cinco amostras foram positivas para HPV 18, duas amostras foram positivas para HPV 16 e HPV 35. Uma amostra foi reagente para HPV 31, outra para HPV 33 e para HPV 52 isoladamente. Duas amostras de PAC estavam coinfectadas pelos HPVs 18 e 35. Nenhuma amostra (82,5%) foi positiva para os demais tipos testados. A presença de HPV não apresentou diferença estatisticamente significante entre os grupos (p= 0,306), contudo foi observada significância estatística entre as faixas etárias estudadas (p=0,004). A prevalência do HPV nos pólipos gástricos e colorretais encontrada no presente estudo sugere que a presença do HPV pode ser um fator etiológico importante no desenvolvimento das lesões neoplásicas. Diante disso mais estudos são necessários para afirmar a relação do HPV com o câncer gástrico e de cólon. / The word “polyp” refers to a macroscopically visible lesion or to a tumor that protrudes from a epithelial surface. The polyps can be classified as neoplastic or non-neoplasic cells. In Brazil, cancer in general is set as a public health problem of national dimensions. With the life expectancy increase of brazillian people, the growing industrialization and globalization, neoplasms have acquired a larger importance in the country’s mortality profile, raking second place with cause of death. Gastric, colon and rectal cancers are among the most prevalent ones in brazillian population. Human papillomavirus (HPV) has been listed as a risk factor associated with the presence of many kinds of cancers. Considering the capacity of the polyps to evolve into neoplasia, this study aimed to verify the prevalence of HPV in gastric and colorectal polyps. It has been analyzed 135 samples of paraffined blocks of gastric and colorectal polyps in patients over 18 years old residents in the state of Pará, divided into three groups: gastric hyperplastic polyps (GHP), colon hyperplastic polyps (CHP) and colon adenomatous polyps (CAP). The samples were collected during endoscopy or colonoscopy procedures. For detecting the presence of HPV it was used the technique of Polymerase Chain Reaction (PCR). The samples infected by HPV have been typed to HPV subtypes 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 52 and 58 using specific probes in PCR in real time. This study was approved by the Research Ethics Committee of the Tropical Medicine Center of the Federal University of Pará (UFPA). The obtained data were compiled in a spreadsheet and the statistical analysis was performed by the software SPSS 20.0. 135 polyps were identified (87 in women and 48 in men), the majority of the study participants were between 50 and 69 years old. The obtained results indicate the presence of HPV in 57 samples (42.2% of cases). Five samples were positive for HPV 18, two samples were positive for HPV 16 and HPV 35. One sample was reagent for HPV 31, another for HPV 33 and another isolated for HPV 52. Two samples were co-infected by HPV 18 and 35. No sample (82.5%) was positive for the other tested types. The presence of HPV had no statistically significant difference between the groups (p = 0,306), whereas statistical significance has been found between the studied age groups (p = 0,004). The prevalence of HPV in the gastric and colorectal polyps found in this study suggests that HPV's presence might be an important etiological factor in the development of neoplastic lesions. Therefore further studies are needed to affirm the HPV relationship with gastric and colon cancer.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2015-06-18T18:42:57Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseEpidemiologicaCaracterizacao.pdf: 1457955 bytes, checksum: c55bbad106665e33b0b60f36f8673b9d (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-06-23T14:09:36Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseEpidemiologicaCaracterizacao.pdf: 1457955 bytes, checksum: c55bbad106665e33b0b60f36f8673b9d (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-23T14:09:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseEpidemiologicaCaracterizacao.pdf: 1457955 bytes, checksum: c55bbad106665e33b0b60f36f8673b9d (MD5) Previous issue date: 2012 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / As doenças do trato respiratório são as principais queixas nos serviços de atendimento médico, sendo as infecções respiratórias agudas (IRA) as manifestações mais comuns, principalmente em crianças menores de cinco anos de idade. Em países em desenvolvimento, as IRA constituem um sério problema de saúde pública. Em todo mundo estima-se que ocorram cerca de 2 milhões de mortes devido as IRA a cada ano. Dentre os agentes causais de IRA, destaca-se o Metapneumovírus Humano (HMPV), especialmente por causar doença grave em crianças menores de 5 anos. Com o objetivo de gerar dados sobre a epidemiologia molecular deste vírus, foram analisadas amostras colhidas de pacientes com IRA no período de Janeiro de 2009 a Dezembro de 2011 oriundas da Região Norte (Pará, Amazonas, Acre, Amapá e Roraima). Foi utilizado a técnica de RT-PCR em Tempo Real (qRT-PCR) para a detecção do vírus através da amplificação do gene N e RT-PCR para o gene codificador da proteína F, que foi em seguida parcialmente sequenciado. Dentro do período de estudo, foram testadas 2966 amostras, das quais 129 positivas para HMPV. A faixa etária de 0-4 anos foi a que concentrou maior número de casos (n=84; 65,89%) em toda a região Norte. Na identificação viral, constatou-se a co-circulação dos subgrupos A2 e B2 durante os três anos do estudo. Os subgrupos A1 e B1 não circularam na região durante o período estudado. Este estudo representa o primeiro relato sobre dados da epidemiologia molecular do Metapneumovírus Humano na região Norte do Brasil. / Diseases of the respiratory tract are the main complaints in health care services, and acute respiratory infections (ARI) the most common manifestations, especially in children under five years of age. In developing countries the ARI are a serious public health problem. Throughout the world is estimated to occur in approximately 2 million deaths each year by ARI. Among the causative agents of ARI, we highlight the human metapneumovirus (HMPV), especially by causing severe illness in children under 5 years. Aiming to generate data on the molecular epidemiology of this virus, we analyzed samples taken from patients with ARI in the period January 2009 to December 2011 arising from the Northern Region (Pará, Amazonas, Acre, Amapá and Roraima). It was used the technique of real time PCR (qRT-PCR) to detect the virus by the N gene and RT-PCR for the gene encoding the F protein, which was then partially sequenced. Within the study period, were tested in 2966 samples, 129 of which were positive for HMPV. The age group of 0-4 years was the one that focused more cases (n = 84, 65.89%) across the North. The identification of viruses was found to co-circulation of subgroups A2 and B2 during the three years of the study. Subgroups A1 and B1 not circulated in the region during the study period. This study represents the first report of data on molecular epidemiology of Human Metapneumovirus in northern Brazil.

O Vírus Sincicial Respiratório (RSV) é reconhecido como agente causador de infecção nosocomial entre receptores de pacientes de células-tronco hematopoéticas causando morbidade e mortalidade consideráveis nesses pacientes. O objetivo desse estudo foi caracterizar as cepas do RSV isoladas de receptores de transplante de células-tronco hematopoéticas (TCTH) do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo durante sua estação. As cepas do RSV foram tipadas (em grupo A ou B) e genotipadas. Das sete cepas analisadas dos receptores de TCTH durante o ano de 2001, somente duas pertenciam ao grupo B, as outras cinco eram pertencentes ao grupo A. Dessas sete cepas, três eram altamente relacionadas e haviam infectados pacientes que freqüentavam o ambulatório. Em 2002, das doze cepas analisadas, três pertenciam ao grupo A e as outras nove pertenciam ao grupo B. Sete cepas eram altamente relacionadas entre elas e eram também de pacientes de ambulatório sugerindo que a transmissão em hospital-dia era mais provável. Enfim, múltiplços genótipos do RSV co-circularam nas unidades de TCTH (ambulatório e enfermaria) do Hospital das Clínicas entre 2001 e 2002. A transmissão nosocomial foi mais provável ocorrer no ambulatório da unidade de TCTH quando comparada à enfermaria. Políticas de controle de infecção devem ser também implementadas em ambulatórios para evitar transmissão nosocomial do RSV e outros vírus respiratórios em pacientes de ambulatório. / Respiratory Syncytial Virus is recognized as the leading cause of nosocomial respiratory infection among recipients of hematopoietic stem cell transplant (HSCT) causing considerable morbity and mortality among theses patients. The aim this study was characterize the strains of Respiratory Syncytial Virus in recipients Hematopoietic Stem Cell Transplant Unit (HSCT) at Hospital das Clínicas, University of São Paulo Medical School during RSV season in symptomatic HSCT recipients at Hospital das Clínicas. The strains of RSV was typed (in group A or B) and genotyped. Of the seven strains analyzed from HSCT recipients during 2001, only two belonged to group B, the other five belonged to group A. Of these seven strains, three were closely related and were from outpatients. In 2002 , of the twelve strains analyzed, three belonged to group A and the other nine belonged to group B. Seven strains were closely related and were also from outpatients suggesting that nosocomial transmission in hospital-day was more likely. In conclusion, multiples genotypes of RSV co-circulated in the Hematopoietic Stem Cell Transplant units (ward and dayhospital) of Hospital das Clínicas between 2001 and 2002. Nosocomial transmission was more likely to occur at the HSCT Day-hospital as compared to the HSCT ward. Infection control practices should be also implemented at Day-hospital Units to avoid nosocomial transmission of RSV and other respiratory viruses in outpatient units.

Objetivo: i) Estudar os casos de tuberculose (TB) por transmissão recente em brasileiros e migrantes sul-americanos, quantificar a transmissão cruzada recente entre ambas as populações e estudar seus fatores associados; ii) Avaliar, isoladamente, os fatores associados à transmissão recente da TB e o impacto da migração e de outras vulnerabilidades nos casos da doença no município. Métodos: Estudo transversal em indivíduos brasileiros e migrantes de origem sul-americana, residentes de distritos centrais do município de São Paulo (MSP) com grande proporção de populações vulneráveis e elevada presença recente de migrantes. Estudaram-se os casos de TB pulmonar por M. tuberculosis (Mtb) notificados entre 2013 e 2014, confirmados por meio de cultura de escarro. Foram utilizados os dados do Sistema Estadual de Notificação (SINAN-TB), de unidades de saúde e do laboratório central do Instituto Adolfo Lutz. Analizaram-se as variáveis sociodemográficas, clínicas e a presença de clusters simples e mistos, obtidos pelo agrupamento dos isolados de Mtb por RFLP-IS6110. i) Descreveu-se a distribuição dos clusters mistos e outras variáveis em brasileiros e migrantes sul-americanos e, investigou-se os fatores independentemente associados à presença de clusters mistos na amostra por meio de regressão logística simples e múltipla; ii) Investigaram-se os fatores independentemente associados à ocorrência de clusters mediante regressão logística simples e múltipla e estimou-se o impacto da transmissão recente da TB por meio da Fração Atribuível Populacional (PAF). Resultados: Foram amostrados 347 indivíduos, 19 por cento dos casos na área estudada. Desses, 76 por cento eram brasileiros e 24 por cento migrantes sul-americanos. O primeiro estudo mostrou que a proporção de clusters foi de 40,5 por cento , sendo 28 por cento desses compartilhados por brasileiros e migrantes sul-americanos (clusters mistos). Clusters mistos foram mais frequentemente encontrados em migrantes sul-americanos do que em brasileiros (OR=6,05), porém sugeriu-se transmissão cruzada em ambas as direções. A análise de sensibilidade, removendo usuários de drogas, HIV positivos e alcóolicos, teve pouco efeito no número de clusters mistos porém reduziu o de clusters simples em vi brasileiros, sugerindo maior transmissão recente do Mtb entre indivíduos brasileiros e migrantes não pertencentes a esses grupos de risco. O segundo estudo sugeriu que o uso de drogas está independentemente e diretamente associados a clusters sugestivos de transmissão recente (ORaj=3,18) e o alcoolismo (ORaj=0,30) está inversamente associado à transmissão recente. Foi encontrada baixa prevalência de comorbidades e outros fatores de risco entre migrantes sul-americanos, tanto em clusters quanto em perfis únicos. A transmissão recente entre usuários de drogas foi atribuída a cerca de 15 por cento dos casos de TB em brasileiros. Conclusões: Verificou-se que a transmissão recente, tanto entre brasileiros quanto entre migrantes sul-americanos, desempenha um papel importante nas regiões centrais do MSP. No entanto, sugere-se que a migração possa desempenhar um papel menos importante na transmissão/reativação da TB do que o uso de drogas e outras condições de vulnerabilidade. Dessa forma, no contexto dos crescentes movimentos migratórios para grandes cidades de países de média e baixa renda, a migração se soma à vulnerabilidade social, reforçando a necessidade de políticas intersetoriais para controle da TB. / Objective: i) to study recent tuberculosis (TB) transmission in Brazilians and South-American migrants, to estimate the proportion of recent cross-transmission occurring between both populations and to study potential associated factors to cross-transmission; ii) to study associated factors to cross-transmission and to estimate the impact of South-American migration and other vulnerabilities on TB cases. Methods: we conducted a cross-sectional study with TB patients in a central area of São Paulo (MSP) with a strong presence of South-American migrants and vulnerable populations. We selected notified pulmonary TB (PTB) cases confirmed by sputum culture between 2013 and 2014 among Brazilians and South-American migrants. We used the Tuberculosis State Notification System (SINAN-TBWEB), health facilities and the State Reference Laboratory (Instituto Adolfo Lutz) as data sources. We typed M. tuberculosis isolates by IS6110-RFLP, which were clustered by similarity. Clusters were considered mixed when isolates from at least one Brazilian and one South-American migrant were similar; and were considered simple when the cluster contained isolates from patients of only one nationality. We study demographic and clinical variables from TB patients and the presence of clusters within the sample. i) We described the distribution of simple and mixed clusters and other variables amongst Brazilians and South-American migrants and study associated factors to cross-transmission using logistic regression; ii) we estimated the proportion of recent transmission in the sample and investigated the factors associated with the presence of clusters by multiple logistic regression. Results: We sampled 347 individuals, 19 per cent of cases that occurred in the study area. Nearly 76 per cent were Brazilians and 24 per cent South-Americans. The first study demonstrated that 40.5 per cent of cases were clustered, of which approximately 30 per cent were mixed. South-American migrants were more likely to have mixed clusters than Brazilians (OR=6.05) and the results suggest that TB transmission occurred in both directions. We conducted a sensitivity analysis removing drug users, HIV positive and alcoholics, which suggested higher transmission amongst Brazilian and migrants outside these groups. In the second study we demonstrated that drug users were more likely to viii belong to clusters (ORadj=3.18) while individuals who abuse alcohol were more likely to belong to unique profiles (ORadj=0.30). South American migrants had lower prevalence of comorbidities and other risk factors. Nearly 15 per cent of PTB cases among Brazilians were attributed to recent transmission among drug users. Conclusions: We conclude that general recent transmission of TB and cross-transmission between Brazilian and South American migrants play an important role in the central regions of MSP. Nevertheless, we suggest that social vulnerability and drug use in TB transmission may be more important than migration status itself. In the context of increasing migration to large cities of low- and middle-income countries, our findings add migration to other social vulnerabilities, reaffirming the need for inter-sectoral policies on TB control.