Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Físicas e Matemáticas. Programa de Pós-Graduação em Química. / Made available in DSpace on 2012-10-23T05:48:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Na primeira do trabalho, a geração química de vapor acoplada à ETV-ICP-MS foi usada para a determinação de elementos traço em amostras de sedimento e carvão mineral, preparadas na forma de suspensão. Foram determinados As, Se, Hg e Sn e a exatidão do método foi avaliada pela análise de materiais certificados usando a calibração externa com padrões aquosos e a calibração por diluição isotópica. Dois sistemas diferentes foram usados para esta investigação: um sistema de injeção em fluxo em linha, FI-CVG-ICP-MS e um sistema em batelada, CVG-ETV-ICP-MS. Também foi desenvolvido um método para se determinar As, Ge, Sb, Se, Sn, Hg e Pb em materiais de referência de carvão preparados na forma de suspensão, por CVG e usando diferentes técnicas de calibração. A exatidão do método foi verificada pela análise de materiais certificados de referência de carvão. Na segunda parte do trabalho, a CV-AAS baseada na redução fotoquímica pela exposição à radiação UV foi empregada para a determinação de Hg total e de metilmercúrio em amostras biológicas. Dois modos de preparo de amostras foram investigados com ácido fórmico e TMAH. A eficiência da redução fotoquímica foi estimada em 95% através da comparação da resposta com o sistema de redução química usando o SnCl2. A exatidão do método foi validada pela análise de diversos materiais biológicos de referência certificados, usando a calibração externa com padrões aquosos de Hg2+. A metodologia proposta é sensível, simples, além de promover a "química verde". Uma potencial extensão para aplicação em outros tipos de amostras e analitos é evidente.

MARINHO, E. S. Cristalização, análise preliminar de difração de raios X, determinação da massa molecular e seqüência protéica por espectrometria de massa de uma lectina de sementes de Dioclea virgata. 2010. 64 f. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2010. / Submitted by Francisco Lacerda (lacerda@ufc.br) on 2015-01-19T19:17:02Z No. of bitstreams: 1 2010_tese_esmarinho.pdf: 1037591 bytes, checksum: 659d554dd8028c979ff303a1d60e3841 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2015-01-20T14:14:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_tese_esmarinho.pdf: 1037591 bytes, checksum: 659d554dd8028c979ff303a1d60e3841 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-01-20T14:14:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_tese_esmarinho.pdf: 1037591 bytes, checksum: 659d554dd8028c979ff303a1d60e3841 (MD5) Previous issue date: 2010 / The lectin from Dioclea virgata (Dvir) was purified and subjected to crystallization experiments, determination of protein molecular weight and sequence by mass spectrometry. The crystals of the protein complexes were obtained by X-man and using the vapor diffusion method at a constant temperature of 293 K and grew in a condition containing 0.5 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 1.0 M lithium sulphate monohydrate. A complete data set was collected at 1.8 Å resolution using a synchrotron radiation source. Dvir The crystal belongs to a centered orthorhombic space group I222, with unit cell parameters a = 647.5 Å, b = 86.6 Å, c = 90.2 Å and angles α = 90.0 ° β = 90 ° γ = 90.0 °. The best solution for the detection of molecular replacement had a correlation coefficient of 77.1% and 44.6% of rfactor. The lectin has a molecular mass of 25 412 Da ± 2 (α chain) at pH 6.5 or higher, is in a tetrameric arrangement and presents as a dimer in the asymmetric unit suggests a crystal packing similar to other lectin subtribe Diocleinae, D. guianensis, D. rostrata, regarding the carbohydrate-binding site and contacts dimeric. / A lectina de sementes de Dioclea virgata (Dvir) foi purificada e submetida a experimentos de cristalização, determinação da massa molecular e sequência protéica por espectrometria de massa Os cristais da proteína foram obtidos complexados com X-man e utilizando o método de difusão de vapor a uma temperatura constante de 293 K, e cresceu em uma condição contendo 0,5 M de sulfato de amônio, 0,1 M de citrato de sódio tribásico dihidratado pH 5,6 e 1,0 M de sulfato de lítio monohidratado. Um completo conjunto de dados foi coletado em 1,8 Å de resolução usando uma fonte de radiação síncrotron. O cristal de Dvir pertence a um grupo espacial I222 ortorrômbico centrado, com parâmetros de célula unitária a = 647.5 Å, b = 86.6 Å, c = 90.2 Å e os ângulos α = 90 0° β = 90° γ = 90.0°.A melhor solução para a pesquisa de substituição molecular teve um coeficiente de correlação de 77,1% e um Rfactor de 44,6%. A lectina possui massa molecular de 25412 Da ± 2 (cadeia α) em pH 6,5 ou superior, se encontra em um arranjo tetramérico e se apresenta como dímero na unidade assimétrica sugerindo um empacotamento cristalino similar a outra lectina da subtribo Diocleinae, D. guianensis, D. rostrata, a respeito do sítio de ligação a carboidrato e os contatos diméricos.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Físicas e Matemáticas, Programa de Pós-Graduação em Química, Florianópolis, 2016. / Made available in DSpace on 2017-05-31T14:08:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 345681.pdf: 3192043 bytes, checksum: 52204e1cf0d8404b3e10f9861fd69fa1 (MD5) Previous issue date: 2016 / Os propósitos deste estudo foram a aplicação da técnica deinjeções múltiplas para a construção e comparação entre curvas analíticas e introdução de uma nova variação de padronização interna: o padrão interno em plugue externo (OPIS), que é o próprio analito sequencialmente injetado em um plugue externo à amostra. Para os estudos com injeções múltiplas foi desenvolvido um método isocrático para determinação de cloridrato de clindamicina, eritromicina estolato e azitromicina em formulações farmacêuticas por LC-ESI-MS/MS. Foram estatisticamente comparadas 60 curvas analíticas pertencentes a cinco diferentes estratégias de calibração: calibração externa simples, calibração externa por MISER (Multiple Injection in a Single Experimental Run), calibração externa simples com OPIS, e calibração externa por MISER com OPIS. Como resultados, a cromatografia MISER possibilitou a construção de curvas de calibração confiáveis em menos decinco minutos, triplicando a frequência analítica e reduzindo consumo de solventes e geração de resíduos frente ao método convencional de calibração. Além disso, a técnica de injeções múltiplas demonstrou-se valiosa em permitir a adição do OPIS em substituição aos padrões internos clássicos para correção de erros espectrais.<br> / Abstract : The goal of this study was the application of the multiple injections technique for calibration curves elaboration and the introduction of a brand-new type of internal standardization: the Outer Plug Internal Standard (OPIS), which is the very analyte sequentially injected in a external plug. For the multiple injections studies an isocratic LC-ESIMS/MS method for determining clindamycin hydrochloride, erythromycin estolate and azithromycin in pharmaceuticals was developed. Statistical comparison was applied to 48 calibration curves belonging to four different calibration strategies: simple external calibration, MISER (Multiple Injection in a Single Experimental Run) external calibration, simple external calibration with OPIS, and MISER external calibration with OPIS. As results, MISER chromatography has turned possible the construction of trustworthy calibration curves in less than five minutes, tripling the analytical throughput and reducing solvente consumption and waste production opposite the conventional calibration method. Besides, the multiple injections technique proved to be valuable in allowing the addition of OPIS in replacement to classic internal standardization to correct spectral errors.

Programa de Pós-Graduação em Engenharia Ambiental. PROÁGUA, Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto. / Submitted by Oliveira Flávia (flavia@sisbin.ufop.br) on 2015-01-05T17:26:41Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22190 bytes, checksum: 19e8a2b57ef43c09f4d7071d2153c97d (MD5) DISSERTACAO_CaracterizaçãoProdutosDegradação.pdf: 1945737 bytes, checksum: 9abcfbaaa6a379e7b26f7d8bf151367b (MD5) / Approved for entry into archive by Gracilene Carvalho (gracilene@sisbin.ufop.br) on 2015-01-15T17:21:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22190 bytes, checksum: 19e8a2b57ef43c09f4d7071d2153c97d (MD5) DISSERTACAO_CaracterizaçãoProdutosDegradação.pdf: 1945737 bytes, checksum: 9abcfbaaa6a379e7b26f7d8bf151367b (MD5) / Made available in DSpace on 2015-01-15T17:21:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22190 bytes, checksum: 19e8a2b57ef43c09f4d7071d2153c97d (MD5) DISSERTACAO_CaracterizaçãoProdutosDegradação.pdf: 1945737 bytes, checksum: 9abcfbaaa6a379e7b26f7d8bf151367b (MD5) Previous issue date: 2014 / Produtos farmacêuticos de diferentes classes terapêuticas são encontrados no meio ambiente, tornando-se um grande problema ambiental. Dentre estes, se destaca o captopril, o qual é um fármaco da classe dos anti-hipertensivos, utilizado mundialmente no tratamento de pacientes com hipertensão arterial, insuficiência cardíaca, infarto do miocárdio e nefropatia diabética. Processos oxidativos avançados são alternativas para aumentar a remoção e a mineralização dos microcontaminantes em águas. Este trabalho tem como objetivo caracterizar os produtos de degradação do captopril por Espectrometria de Massas de Alta Resolução, após a fotocatálise heterogênea utilizando TiO2/UV-C e avaliação da toxicidade dos produtos da degradação. Foram realizados ensaios de fotocatálise heterogênea com TiO2 suspenso, fotólise, hidrólise e adsorção e dessorção do fármaco em escala de bancada, utilizando um aparelho de Jar-Test. As determinações e as análises semi-quantitativas captopril e seus subprodutos formados foram realizadas por Espectrometria de Massas e Cromatografia Líquida de Ultra Eficiência. O acompanhamento da mineralização foi realizado através da técnica de medida de carbono orgânico total. O teste de Ames e Artemia salina foram empregados para avaliação da toxicidade dos subprodutos. Como resultado, obteve-se, através da fotólise (UV-C) e fotocatálise (TiO2/UV-C), a remoção quase completa do captopril (93,5% para a fotólise e 99,86% para fotocatálise), as taxas de mineralização obtidas para os processos de fotodegradação foram de 9,09% para TiO2/UV-C e 2,92% para a fotólise para o tempo de exposição de 120 min. Foram identificados 11 subprodutos de degradação do fármaco e elucidadas suas respectivas estruturas químicas e também proposta a possível rota química de degradação. O teste de ecotoxicidade utilizando Artemia salina não apresentou diferença de toxicidade entre o fármaco e os subprodutos. Já no teste de Ames, o fármaco foi considerado mais tóxico do que os seus produtos da degradação. ______________________________________________________________________________________________ / ABSTRACT: Pharmaceuticals of different therapeutic classes are found in the environment, making this a major environmental problem. Among the pharmaceuticals, the captopril, which is a drug from the class of antihypertensive, is used worldwide in the treatment of patients with hypertension, heart failure, myocardial infarction and diabetic nephropathy. Advanced oxidation processes are alternatives to increase removal and mineralization of organic microcontaminants in waters. The aim of this work is to characterize the heterogeneous photocatalysis (TiO2/UV-C) degradation byproducts of captopril by High-Resolution Mass Spectrometry and to evaluate the toxicity of its degradation byproducts. The photodegradation assays were performed with suspended TiO2, photolysis, hydrolysis, adsorption and desorption of the drug in a bench scale apparatus, using a jar-test. Measurements and semi-quantitative analysis of the captopril and its by-products were performed by Mass Spectrometry and Ultra Performance Liquid Chromatography. The mineralization was monitored using the total organic carbon analysis. The Ames test and Artemia salina were used to evaluate the toxicity of by-products. As results, after 120 min light exposure, there was obtained almost the complete removal of captopril, 93.5% at photolysis(UV-C) and 99.86% at photocatalysis (TiO2/UV-C). At these conditions, the rate of mineralization obtained 2,92 and 9.09%, respectively. 11 by-products of captopril photodegradation processes were identified and their respective chemical structures elucidated. It was also proposed a possible chemical degradation pathway. The ecotoxicity test using Artemia salina showed no difference in toxicity between the drug and its by-products. The Ames test show that captopril seems to be more toxic than its degradation byproducts.

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:25:50Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-03-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:46:30Z : No. of bitstreams: 1 000846057_20170327.pdf: 263652 bytes, checksum: 108c987b7002f95370d568dcefddbd17 (MD5) Bitstreams deleted on 2017-03-31T12:19:18Z: 000846057_20170327.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-03-31T12:20:21Z : No. of bitstreams: 1 000846057.pdf: 955739 bytes, checksum: c0b1f415f6242a93590cb11b950f1198 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A Candida albicans, presente nos biofilmes orais, é a principal responsável pela estomatite protética. Normalmente essa infecção é assintomática, porém, quando os sinais e sintomas estão presentes podem causar sangramento das mucosas, edema local, ardor ou outras sensações dolorosas. Os medicamentos tópicos, como a nistatina e o miconazol, têm sido utilizados, entretanto, o efeito diluente da saliva, movimentação da língua e da musculatura bucal reduzem a dose desses agentes a concentrações subterapêutica, além do alto índice de recorrência da infecção. Assim, é importante a procura por novos antifúngicos, que sejam eficientes e não tóxicos. A cavidade bucal é constantemente banhada de saliva, um fluido biológico com potente atividade antifúngica e bacteriana. Com o recente progresso na análise do proteoma salivar, o número de proteínas salivares identificado aumentou consideravelmente. A Histatina 5 gerada proteoliticamente a partir de Hst-3, durante a maturação dos grânulos nas glândulas salivares das parótidas tem sido extensivamente estudada devido a sua maior ação fungicida sua notável ação contra a C. albicans. Métodos baseados em medidas da atividade metabólica e viabilidade celular, como o ensaio de redução do sal XTT (hidróxido de 2,3-bis (2-metoxi-4-nitro-5-sulfofenil) -5 - [(fenilamino) carbonil] -2H-tetrazólio ) e contagem de unidades formadoras de colônia (UFC) tem sido utilizados para a avaliação de novos medicamentos capazes de inibir a formação do biofilme. Por serem feitos separadamente, esses ensaios demandam tempo, alto custo e variabilidade entre as amostras. Assim, este estudo teve como objetivo avaliar inicialmente, i) os efeitos do sal XTT e os demais compostos utilizados para realizar o ensaio de redução de XTT, sobre a viabilidade celular dos biofilmes de C. albicans e S. Mutans; ii) avaliar o potencial da histatina...(Resumo completo clicar acesso eletrônico) / Candida albicans, present in oralbiofilms, is primarily responsible for denture stomatitis. Usually the infection is asymptomatic, but when signs and symptoms are present it can cause mucosal bleeding, swelling, burning or other painful sensations. Topical drugs such as miconazole and nystatin have been used, however, the diluent effect of saliva, the tongue and oral muscles movements reduce the dose of these agents to subtherapeutic concentrations, besides the high rate of recurrence of the infection. Thus, it is important to search for new antifungals, which are efficient and non-toxic. The oral cavity is constantly in presence of saliva, a biological fluid with potent antifungal and bacterial activity. With the recent progress in analysis of saliva proteome, the number of identified salivary proteins has increased considerably. The histatin-5 generated proteolytically from Hst-3, during maturation of the granules in the salivary glands of the parotid has been extensively studied due to their greater fungicidal action his remarkable action against C. albicans. Methods based on measurements of metabolic activity and cell viability as reduction assay salt XTT (2,3-bis hydroxide (2-methoxy-4-nitro-5-sulfophenyl) -5 - [(phenylamino) carbonyl] - 2H-tetrazolium) and counting of colony forming units (CFU) have been used for the exploration of new drug potential on inhibitory development of biofilm. The associations between the metabolic activities experiments with counting CFU are labor-intensive processes that need to be done separately. This study aimed to evaluate initially i) the effects of XTT salt and other compounds used to make the XTT reduction assay on cell viability of biofilms of C. albicans and S. mutans; ii) evaluate the potential of histatin 5 in protecting the human oral epithelium against C. albicans and iii) identify the heterotypic complexes formed between the histatin 5, a natural...(Complete abstrat electronic access below)

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2016. / Submitted by Aline Mequita (alinealmeida@bce.unb.br) on 2016-06-24T18:27:56Z No. of bitstreams: 1 2016_LucasFerreiraLimaSobreiraRolim.pdf: 1375633 bytes, checksum: 7877d3b06fc8444119945fdaabed81ff (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-06-29T23:00:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_LucasFerreiraLimaSobreiraRolim.pdf: 1375633 bytes, checksum: 7877d3b06fc8444119945fdaabed81ff (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T23:00:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_LucasFerreiraLimaSobreiraRolim.pdf: 1375633 bytes, checksum: 7877d3b06fc8444119945fdaabed81ff (MD5) / A região do Cerrado é uma das mais importantes quanto ao cultivo da soja (Glycine max) no Brasil. Em 2014/2015, 28 milhões de hectares foram cultivados com esse grão no Cerrado. Um dos fatores responsáveis pela expansão da soja é a sua capacidade de nodular e fixar nitrogênio eficientemente em simbiose com bactérias do gênero Bradyrhizobium que foram recomendadas na forma de inoculantes contendo ao menos uma de quatro estirpes (CPAC7, CPAC15, SEMIA 587 e 29W), resultando em uma economia anual de cerca de 8 bilhões de dólares. Ao serem introduzidas e estabelecidas nos solos do Cerrado, essas bactérias podem competir pelos sítios de infecção nodular nas raízes com as estirpes utilizadas no inoculante. As populações estabelecidas podem ser mais competitivas e menos eficientes na fixação biológica de nitrogênio (FBN). Essa competição com populações estabelecidas capazes de nodular a soja pode gerar dúvidas quanto ao benefício da reinoculação. Portanto, estudos que elucidem a ocupação por diferentes estirpes vêm sendo desenvolvidos utilizando ferramentas analíticas em nível molecular, incluindo a espectrometria de massa por ionização e dessorção a laser assistida por matriz - tempo de voo (MALDI-TOF MS). Dessa forma, o objetivo do presente estudo foi implementar uma biblioteca de MALDI-TOF MS, no intuito de aplicar uma metodologia rápida e eficaz para identificação diferenciada das estirpes capazes de nodular a soja. Após a construção dessa Biblioteca foi realizado foi realizado um estudo no sexto ano de um ensaio de longa duração que consistiu na introdução de bradirizobios em um solo de primeiro cultivo. Avaliando a capacidade competitiva e a ocupação nodular nesse experimento. A biblioteca suplementar foi validada estatisticamente e se mostrou eficaz na distinção das estirpes de Bradyrhizobium. A técnica de MALDI-TOF MS foi bem sucedida na identificação de isolados de campo em nível de estirpes. A reinoculação garantiu a persistência na ocupação nodular das estirpes CPAC 7 e CPAC 15 avaliadas. A estirpe CPAC 15 é mais competitiva que as demais. A ausência de reinoculação abre espaço para a infecção de bactérias oportunistas que não são provenientes dos inoculantes. __________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Cerrado region is one of the most important in the production of soybeans (Glycine max) in Brazil. In 2014/2015, 28 million hectares were planted with this crop in the Cerrado. One of the factors responsible for the expansion of soybean is its ability of nodulating and fixing nitrogen efficiently in symbiosis with Bradyrhizobium that was recomended as 4 strains (CPAC 7, CPAC 15, SEMIA 587 and 29W), resulting in annual savings of about 8 billion dollars. To be introduced and established in Cerrado soils, these bacteria can compete for nodular infection sites in the roots with the strains used in the inoculant. Established populations can be more competitive and less efficient in biological nitrogen fixation (BNF). This competition with established populations that nodulates soybean may raise doubts as to the benefit of re-inoculation. Therefore, studies elucidating the occupation by different strains have been developed, using analytical tools in molecular level, including mass spectrometric ionization and desorption by matrix assisted laser - time of flight ( MALDI-TOF MS ). Thus the objective of this work was to build, implement and validate an additional library of MALDI-TOF MS, in order to ensure the differentiated identification of strains capable of nodule soybeans and identify through this technique strains from the soybean nodules, originating in the sixth year of a long-term trial that introduce bradirhizobias on a soil. In order to assess the competitiveness and nodular occupation in this experiment seeking to determine their impact on the response of these crops to re-inoculation. The additional library was statistically validated and proved effective in distinguishing strains of Bradyrhizobium. MALDI-TOF MS technique was successful in identifying field level isolated strains. The re-inoculation ensures persistence in nodular occupation of strains CPAC 7 and CPAC 15. The strain CPAC 15 is more competitive than the others. The absence of re-inoculation makes room for the infection of opportunistic bacteria that are not from the inoculants.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, Programa de Pós-Graduação em Química, 2016. / Submitted by Marianna Gomes (mariannasouza@bce.unb.br) on 2016-12-13T14:06:52Z No. of bitstreams: 1 2016_LaísdeSousaBarbosa.pdf: 4154597 bytes, checksum: 4c2a3096358cece8e1b4913003b10033 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-01-28T15:33:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_LaísdeSousaBarbosa.pdf: 4154597 bytes, checksum: 4c2a3096358cece8e1b4913003b10033 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-28T15:33:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_LaísdeSousaBarbosa.pdf: 4154597 bytes, checksum: 4c2a3096358cece8e1b4913003b10033 (MD5) / Neste trabalho foi explorado, a partir de uma análise químico-quântica, o rearranjo do tipo McLafferty – modelo mecanístico bastante aplicado na interpretação de surgimento de intermediários no espectro de massa – para os sistemas do 1-nitropropano, 2-pentanona e butirofenona. Esta exploração teórica, através da combinação dos métodos M06/6-311G(d,p)//UHF/LanL2MB, permitiu a construção de um perfil termodinâmico, cinético e eletrônico do referido rearranjo, onde constatou-se que o rearranjo clássico é improvável, cinética e termodinamicamente, quando comparado ao mecanismo em etapas. Através de análises QTAIM foi verificado que o processo de fragmentação depende diretamente da natureza do substituinte X, onde quanto maior a natureza retiradora do grupo, mais instável é o intermediário formado. Esta tendência topologicamente observada, reflete no comportamento cinético e termodinâmico do rearranjo do tipo McLafferty. / In this work we explored, from a quantum-chemical analysis, a McLafferty rearrangement type - mechanistic model widely applied in the interpretation of intermediate rises in the mass spectrum – for systems 1-nitropropane, 2-pentanone and butyrophenone. This theoretical exploration, through the M06/6-311G(d, p)//UHF/LanL2MB, allowed the thermodynamical, kinetical and electronic profile of the rearrangement, where it was found that the classical rearrangement is unlikely, thermodynamically and kinetically, compared to the stepwise mechanism. Through the QTAIM analysis it was found that the fragmentation process depends directly of the substituent X nature, where the higher withdrawing nature of the group, lead to the more unstable intermediate. This topological observed trend reflects the kinetic and thermodynamic behavior of the type McLafferty rearrangement.

Orientadora : Profa. Dra. Cyntia M.T. Fadel Picheth / Co-orientadores : Profa. Dra. Leda S. Chubatsu, Prof. Dr. Luciano Huergo / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas. Defesa: Curitiba, 01/03/2012 / Bibliografia: fls. 59-68 / Área de concentração: Análises clínicas / Resumo: Aeromonas spp. são bactérias capazes de causar uma série de infecções em humanos, variando de diarréia não complicada até meningite e septicemia. Escherichia coli fazem parte da microbiota intestinal de humanos, onde são benéficas para o hospedeiro. No entanto existem estirpes patogênicas capazes de causar infecções intestinais, denominadas E. coli diarreiogênicas (DEC), e extra-intestinais (ExPEC) como as E. coli uropatogênicas (UPEC). O objetivo desse trabalho foi caracterizar estirpes de Aeromonas spp. e E. coli através de Espectrometria de Massa MALDI-TOF. Foram analisadas 99 estirpes de Aeromonas spp. e 143 estirpes de E.coli, incluindo comensais isoladas da microbiota intestinal, patotipos, e estirpes de referência. As bactérias foram cultivadas em ágar MacConkey por 18 horas, a 36±1°C, ao ar. O extrato celular preparado a partir de ~10 colônias foi utilizado para análise. O ácido ?-ciano-4-hidroxicinâmico (10 mg/ml) dissolvido em acetonitrila:ácido trifluoroacético 2,5% (1:1) foi utilizado como matriz. Alíquotas dos extratos foram analisadas em espectrômetro de massa MALDI-TOF-MS (Autoflex; Bruker Daltonics) equipado com um laser de nitrogênio (337nm) (Bruker Daltonics). Os íons positivos foram obtidos utilizando uma aceleração de 20Hz no modo linear. Os espectros resultaram da soma dos íons obtidos de 100 tiros do laser em 10 posições diferentes da amostra. A aquisição dos espectros foi realizada de forma manual com uma resolução mínima de 600 arb e máxima de 1500 arb e analisados em uma faixa de relação carga/massa (m/z) de 3.000 a 20.000 Da.O processamento dos espectros foi realizado utilizando o software Flex Analysis v. 3.0 (Bruker Daltonics).Para E. coli os ensaios foram feitos em triplicata, e para Aeromonas spp em triplicata e em duas datas diferentes. Os espectros gerados foram analisados com o software Speclust gerando a lista de picos em comum e um dendrograma. Os picos m/z 4259, 5051, 6304 foram detectados em todas as estirpes de Aeromonas analisadas, o que indica que podem ser marcadores para bactérias deste gênero. O pico m/z 9180 foi observado em Aeromonas spp e E. coli, mas é importante para a identificação de Aeromonas. A espectrometria de massa MALDI-TOF foi capaz de diferenciar as espécies de Aeromonas. Dois picos, m/z 5380 e 7271, foram encontrados em todas as estirpes de E. coli analisadas. Os picos m/z 4364, 5095, 6253, 6314, 9060 e 9532 foram observados em 92 a 99% das E. coli. Estes picos são importantes para identificar E. coli. Foi possível diferenciar o grupo das E. coli comensais e das UPEC das demais categorias dessa bactéria. A metodologia de MALDI-TOF tem capacidade para distinguir as bactérias estudadas, no entanto é necessário otimizar a metodologia para distinguir maior número dos grupos de E. coli. / Abstract: Aeromonas spp are bacteria associated with human infections varying from diarrhea to meningitis and septicemia. Escherichia coli are part of intestinal microbiota of humans where are beneficial to host. However there are several pathogenic strains able to cause intestinal infections, called diarrheagenic E. coli (DEC), and extra-intestinal infections (ExPEC), as uropathogenic E. coli (UPEC). The aim of this work was to characterize Aeromonas and E. coli strains using MALDI-TOF Mass Spectrometry. We analyzed 99 Aeromonas strains, and a total of 143 E. coli including commensal, pathotypes and reference strains. Bacteria were grown overnight on MacConkey agar at 36±1°C, under air. Cells extracts were prepares with ~10 colonies. Alpha-cyano-4-hydroxycinnamic acid (10mg/ml) in acetonitrile:2,5% trifluoroacetic acid (1:1) was used as matrix. Aliquots of extracts were analyzed in a MALDI-TOF mass spectrometer (Autoflex, Bruker Daltonics) equipped with a nitrogen laser (337 nm). The positive ions were obtained with a 20 Hz acceleration in linear mode. The spectra were obtained from the sum of 100 laser shots in 10 different positions of sample. Acquisition of spectra was performed manually with a minimum resolution of 600 and maximum of 1500 arb, in a range of 3000 - 20000 Da. Processing of spectra was done with Flex Analysis v.3 (Bruker Daltonics). For E.coli tests were realized in triplicates, and for Aeromonas spp in triplicates and at 2 different days. The spectra were analyzed with software SPECLUST which generated lists of common peaks and a dendrogram. Peaks m/z 4259, 5051, 6304 were found in all Aeromonas strains, indicating that may be markers for the genera. Peak m/z 9180 was found in Aeromonas spp and also in E. coli, but is also important to identification of Aeromonas. MALDI-TOF mass spectrometry allowed to distinguish Aeromonas species. In E. coli, peaks m/z 5380 and 7271 were found in all strains. Peaks m/z 4364, 5095, 6253, 6314, 9060 and 9532 were detected in 92 to 99% of E. coli. All these peaks are important to identify E. coli strains. In addition, commensal E. coli strains and UPEC strains were distinguished from other categories of these bacteria. The MALDI-TOF metodology has the ability to distinguish the bacteria studied, however it should be optimized to achieve this objective.

Submitted by MARIANA FURTADO ZORZETTO (mary-zorze@hotmail.com) on 2017-05-30T20:52:06Z No. of bitstreams: 1 Tese Mariana Zorzetto.pdf: 1032812 bytes, checksum: 6bf6fb1f8c4f684c7b15d0acf665a4cb (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-05-31T18:03:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 zorzetto_mf_dr_bot.pdf: 1032812 bytes, checksum: 6bf6fb1f8c4f684c7b15d0acf665a4cb (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-31T18:03:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 zorzetto_mf_dr_bot.pdf: 1032812 bytes, checksum: 6bf6fb1f8c4f684c7b15d0acf665a4cb (MD5) Previous issue date: 2016-07-01 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A composição dos lipídeos da membrana espermática e do plasma seminal estão entre os fatores que podem influenciar a capacidade fecundante do sêmen. Desta maneira, este estudo objetivou analisar as diferenças do perfil lipídico do ejaculado de bovinos da raça Nelore, resistentes e sensíveis à criopreservação. Foram utilizados 15 touros da raça Nelore para colheitas de sêmen utilizando eletroejaculador. Os ejaculados foram diluídos com meio convencional na concentração de 25x106 espermatozoides/palheta. Os animais foram divididos em dois grupos conforme a resistência pós-criopreservação, grupo A (Bad freezer, touros sensíveis à criopreservação) e grupo B (Good freezer, touros resistentes à criopreservação). O sêmen fresco foi analisado quanto morfologia realizada por microscopia de interferência diferencial (DIC), cinética espermática e integridade da membrana. Na pós-descongelação as amostras foram avaliadas quanto a cinética espermática, integridade das membranas plasmáticas e acrossomal, caspase ativa, peroxidação lipídica. A análise do perfil de lipídios foi realizada por espectrometria de massa MALDI-MS. Foi possível observar diferença no perfil lipídico dos espermatozoides e do plasma seminal entre os grupos, com maior abundância relativa dos íons m/z 704,59; m/z 804,59 e m/z 943,77 no grupo A nos espermatozoides. No plasma seminal houve maior abundância relativa de 34 íons lipídicos nos touros do grupo B. Assim sendo, conclui-se que existe diferença no perfil de lipídios dos espermatozoides e no plasma seminal de touros sensíveis ou resistentes à criopreservação. / Lipid compositions of the sperm membrane are among the factors that can influence the semen fertilizing capacity. Likewise, the lipid composition of seminal plasma can interfere in sperm quality. In this sense, this study aimed to analyze differences between lipid profile of the ejaculate and sperm parameters from bulls (Nelore breed) wich are resistant and susceptible to cryopreservation. In the study 15 Nelore bulls were used for semen collection by electroejaculation. The samples were diluted with yolk egg-based extender (Botu-Bov®). The animals were divided into two groups according to semen quality after cryopreservation: group A (Bad freezer, bulls sensitive to cryopreservation) and group B (Good freezer, bulls resistant to cryopreservation). Fresh semen was analyzed for sperm morphology by differential interference contrast microscopy (DIC), kinetic parameters by CASA and by plasma membrane integrity by epifluorescence microscopy. In post-freezing the samples were evaluated for kinetic parameters by CASA, sperm viability by flow cytometry (plasma and acrosomal membrane integrity, lipid peroxidation and active caspase) and plasma mebrane integrity by epifluorescence microscopy. Analysis of lipid profile were carried out by mass spectrometry MALDIMS of the sperm membrane lipids (Experiment 1) and from seminal plasma (Experiment 2). In Experiment 1 was observed difference in sperm lipid profile between the groups. The group A showed highest relative abundance of ions m/z 704.59; m/z 804.59 e m/z 943.77 on spermatozoa. In seminal plasma, here was a greater relative abundance of 34 lipid ions in bulls than group B. Therefore, in conclusion there are differences in the sperm lipid profile and seminal plasma lipid profile between sensitive or resistant bulls to semen cryopreservation.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, 2009. / Submitted by Allan Wanick Motta (allan_wanick@hotmail.com) on 2010-03-10T18:47:46Z No. of bitstreams: 1 2009_DanielLimaLogrado.pdf: 4716490 bytes, checksum: 5cc801a6d076dff66b230bb9caddb891 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-05-11T18:33:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_DanielLimaLogrado.pdf: 4716490 bytes, checksum: 5cc801a6d076dff66b230bb9caddb891 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-11T18:33:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_DanielLimaLogrado.pdf: 4716490 bytes, checksum: 5cc801a6d076dff66b230bb9caddb891 (MD5) Previous issue date: 2009-06 / Visando o desenvolvimento de uma metodologia analítica rápida e econômica orientada para estudos de sistemas moleculares formados por proteínas, o presente trabalho teve como objetivo primordial a associação entre duas poderosas técnicas para análise de proteínas, a microscopia de força atômica (AFM) e a espectrometria de massa (MS). Tendo como perspectiva principal para a associação AFM-MS o estudo do interatoma. A microscopia de força atômica é uma importante técnica para análise de sistemas supramoleculares, dentre outras informações, permite à obtenção da topografia desses sistemas possibilitando que as dimensões das estruturas que o compõe sejam mensuradas, sendo assim, essa ferramenta de análise fornece informações importantes no que diz respeito a estruturas quaternárias formadas por proteínas, sugerindo como as subunidades interagem para formação de complexos moleculares. A determinação precisa da massa molecular por espectrometria de massa possibilita a solução de diversos problemas relacionados às questões bioquímicas, como a determinação direta das estruturas primária e quaternária de proteínas, determinação de modificações pós traducionais, identificação de proteínas e etc. Graças a sua versatilidade e sensibilidade, a espectrometria de massa vem se destacando como ferramenta indispensável para a análise de proteínas. O presente trabalho propõe a associação da microscopia de força atômica com a espectrometria de massa objetivando análises rápidas nas quais uma mesma amostra é submetida às duas ferramentas analíticas, identificando, também, em quais aspectos essas duas técnicas se complementam na investigação de sistemas protéicos. Nos experimentos, proteínas adsorvidas em superfície de mica, suporte frequentemente utilizado nas análises por AFM, tiveram sua morfologia estudada por AFM e, em seguida, foram analisadas por MALDI-MS na mesma superfície, adaptada a placa do MALDI por meio de uma fita dupla face. Em outras circunstâncias, a amostra adsorvida em mica foi submetida a reações para caracterização e identificação das proteínas por MALDI-MS. __________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Aiming the development of analytical methodology oriented for rapid analysis of protein supramolecular systems, we present in this work the association between two powerful techniques for protein analysis: atomic force microscopy (AFM) and mass spectrometry (MS). The AFM-MS prospects are mainly directed to the interactome study. Atomic force microscopy is a powerful analytical technique for supramolecular systems. Among other information, it provides the system topography and enables the measurement of subunits dimensions. So, it deals about an analytical tool which provides important information regarding the quaternary protein structure, giving a track about how subunits interact to each other in molecular complexes formation. The precise molecular weight determination by mass spectrometry allows the solution of various problems related to biochemical issues, such as determining proteins primary and quaternary structure, characterization of their post-translational modifications, proteins identification and so on. Thanks to its versatility and sensitivity, mass spectrometry has been highlighting as an indispensable analytical tool for protein analysis. This work suggests the association of atomic force microscope and mass spectrometry for rapid analysis of a single sample. We identified the aspects in which these techniques are complementary for investigation of protein systems. For the first time, proteins adsorbed onto mica surface (support often used in AFM analysis) were identified by MALDI-MS, after having their topography examined by AFM. Samples adsorbed on mica were also subjected to reactions for protein characterization and identification by MALDI-MS.