Nós aplicamos uma nova rotina de busca da geometria do estado fundamental de aglomerados de Silício. Este procedimento baseia-se no uso de conhecimento prévio para reduzir drasticamente o espaço de busca. Análise detalhada da geometria de aglomerados pequenos indica a presença freqüente de certos elementos estruturais. Tal investigação levou a criação do Cluster Assemble Procedure (CAP). Iniciando o trabalho a partir de estruturas otimizadas de pequenos aglomerados, nós aplicamos um ou mais CAP's para gerar aglomerados maiores. Esse procedimento foi testado em estruturas de tamanho médio de Silício (Sin, 7 < n < 10 e 14 < n < 18) em virtude de evidência experimental da co-existência de dois padrões: um prolato e outro mais esférico. Nesse trabalho obtivemos duas famílias que podem representar essa coexistência. Realizamos também uma busca sistemática pela geometria do estado fundamental de aglomerados neutros de SinGem (n+m = 3-7,12). Uma variedade de geometrias isômeras de baixa energia foi otimizada usando cálculos de energia total ab-initio através do método híbrido B3LYP. Análise vibracional harmônica foi feita para assegurar que as geometrias otimizadas eram estáveis. Devido ao seu maior tamanho, a substituição de um átomo de Silício por um de Germânio gera uma força que afeta a configuração atômica. Nossos resultados indicam que o mecanismo de "bond stretching" é o efeito dominante que determina a geometria do aglomerado. Nossos cálculos mostraram que com o aumento do número de átomos de Ge ocorre um aumento linear da distância interatômica média no aglomerado. Tal comportamento pode ser entendido como um análogo para aglomerados da lei de Vegard para as ligas.

Neste trabalho aplicamos a dinâmica molecular (MD), baseada na dinâmica de Langevin ou movimento Browniano, em alguns problemas de Física de superfície. Primeiramente, estudamos a difusão de uma partícula Browniana em um potencial periódico em duas dimensões. Consideramos dois tipos de potenciais. Para um potencial separável, o estudo da constante de difusão ao longo da direção de simetria, reduziu-se a dois problemas de uma dimensão, e nossos estudos em MD concordam com os resultados analíticos na dependência da temperatura e atrito da constante de difusão. Para um potencial não separável, nossos estudos preveram uma dependência alternativa no regime de atritos baixos. O segundo problema refere-se à transição reconstrutiva do W(100), da fase (1 x 1) a altas temperaturas para a fase c(2 x 2) em baixas temperaturas. Estudamos a reconstrução dinâmica da superfície do W(100) frente a um rápido aumento da temperatura, e obtivemos uma estimativa do tempo de relaxação. No outro problema investigamos a estabilidade de uma monocamada tensionada sobre um substrato em função do descasamento levando-se em conta um tipo particular de desordem no sistema. Um modelo atômico simplificado em duas dimensões com um potencial de interação do tipo Lennard-Jones e ainda um potencial diluído de aprisionamento foi usado para modelar o sistema. Fizemos também algumas investigações sobre o comportamento de uma camada adsorvida sobre a influência de uma força externa. Para estudar este problema introduzimos um modelo simples para o atrito de escorregamento baseado na versão bidimensional do modelo de Frenkel-Kontorova, onde as partículas são acopladas umas as outras por molas em um potencial periódico.

Estão sendo apresentados, neste trabalho, estudos estruturais e magnéticos do composto de [CuBr2(fdmp)2] utilizando as técnicas de difração de Raio-X e espectroscopia de EPR. a complexo cristaliza no grupo espacial P21/n com a=8.1653(47)&#197, b=10.432(3)&#197, c=13.385(4)&#197, &#946=100.12(4)&#176 e Z=2. Os íons de Cu(II), que estão em coordenação quadrado-planar trans ligando-se a dois Nitrogênios e dois Bromos, se encontram em centros de inversão. Somente urna linha de EPR e observada, proveniente do colapso das ressonâncias relativas aos dois íons de Cu(II) magneticamente não equivalentes, causado pela interação de troca. Devido a diferença significativa entre os pesos atômicos do Nitrogênio e Bromo, não e esperada urna simetria axial para o tensor g como é comum ocorrer em vários complexos de Cu(II); de fato, a decomposição de g cristalino para os dois g moleculares revela três autovalores distintos. Alem disso, a direção de maior g não coincide exatamente com a normal ao quadrado-planar, como é comum nesses complexos: se encontra rodada de &#8764 5&#176 em direção ao Bromo, caracterizando um estado fundamental do tipo dx2-y2 com mistura de dyz. Outro fato incomum verificado foi a dependência do fator g com a freqüência e a presença de contribuições não-seculares, característicos de sistemas em que a freqüência de troca é próxima a freqüência de Larmor. Uma analise da variação angular da largura de linha de ressonância foi utilizada para a determinação do parâmetro de troca &#8204J&#8204. Está também incluído, neste trabalho, um método numérico de decomposição de g cristalino em g moleculares e sua comparação com métodos da literatura. / In the present work, we discuss the structural and magnetic properties of the [CuBr2(fdmp)2] compound deduced from studies of X-ray diffraction and EPR spectroscopy. This complex crystallizes in the spatial group P21/n with a=8.1653(47)&#197, b=10.432(3)&#197, c=13.385(4)&#197, &#946=100.12(4)&#176 and Z=2. The copper ions, Cu (II), are in a square-planar coordination bound to two nitrogen and two bromine atoms. They are localized in inversion centers. Only one EPR line has been observed due to the collapse of the resonances of the two magnetically inequivalent Cu (II) ions caused by a strong exchange interaction between them. Since nitrogen and bromine have significantly different atomic weights we may not expect an axially symmetric g-tensor as is commonly found in many Cu (II) complexes. In fact, the decomposition of the experimental crystalline g-tensor into two molecular tensors reveals three distinct eigen-values. Furthermore, the axis of the largest molecular eigen-value does not exactly coincide with the normal of the square plane: it is rotated by &#8764 5&#176 toward the bromine atom which characterizes a dx2-y2 ground state with some contribution from a dyz state. Another unusual fact that has been revealed in our studies is the frequency dependence of the g-factor, due to the presence of non-secular contributions to Hamiltonian, which are characteristic for systems with a exchange frequency near the Larmor frequency. In order to determine the exchange factor &#8204J&#8204, we analyzed the angular dependence of the line broadening. In the present work we also included a numerical method for the decomposition of the crystalline g-tensor into molecular ones and compared it with other methods found in the literature.

Made available in DSpace on 2013-08-07T18:41:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000416220-Texto+Completo-0.pdf: 5780942 bytes, checksum: 72898bdecabb1e0a005cf610ebdcc238 (MD5) Previous issue date: 2009 / Cervix cancer is a worldwide problem, increasingly affecting women all over the globe which could lead to high mortality rates when not diagnosed in early stages. Virtually all cervical cancers has Human Papillomavirus (HPV) as a necessary cause. World Health Organization (WHO) estimates around 660 million people infected each year by the virus, besides being the most common viral Sexually Transmitted Disease (DST). HPVs are subdivided by type and subtype, carcinogenic risk (high or low risk) and by infection site (cutaneous, genital, etc). The high-risk HPV (HR-HPV) types 16 and 18 are responsible together for approximately 70% of the cervical cancer cases in the world, showing some prevalence differences among regions. Studies have provided increasing knowledge on HPV infection and oncogenic capacity, but some aspects are still to be elucidated, mainly due to technical and experimental difficulties. An important recent focus of HPV research has been the search for defining the structure and function of E6 and E7 viral oncoproteins and their molecular targets, aiming to find new targets and methodologies for the development of vaccines or drugs against HPV. In this work, our goal is to complement the available research on the tridimensional structure modeling of HPV 16 E6 protein, which interacts with tumor suppressor p53 as a main target, among others, leading to its degradation. The model on this work was developed by homology modeling, using the partial mutated experimental C-terminal model published by Nominé et al (2006) as template. The model we generated is a protein with two partially independent domains (N- and Cterminal) connected by a central linker that lacks a secondary structure. In spite the high tendency the protein has to intrinsic disorder, each domain of the final model maintained most of its topology throughout the aqueous solution simulation, indicating the good quality of our suggested model. / O câncer cervical é um problema que vem afetando cada vez mais mulheres de todo o mundo e, se não detectado em tempo, pode resultar em alta taxa de letalidade. Virtualmente todos os cânceres cervicais têm como agente causal essencial o Papilomavírus Humano (HPV). A Organização Mundial da Saúde (OMS) estima que cerca de 660 milhões de pessoas são infectadas todos os anos, além de ser o vírus que causa Doenças Sexualmentes Transmissíveis (DST) mais comum do trato genital. Os HPVs são subdivididos em várias categorias, sendo classificados por tipo e subtipo, grau de risco (alto e baixo risco) e pelo sítio preferencial de infecção (cutâneo, genital, etc). Os HPV genitais de alto risco (HR-HPV) dos tipos 16 e 18 são responsáveis por aproximadamente 70% dos casos de câncer cervical no mundo, com alguma diferença de prevalência dependendo da região. Estudos têm aumentado muito o conhecimento acerca destes vírus nos últimos anos, mas algumas questões ainda ficam em aberto devido a dificuldades técnicas e experimentais. Um foco recente importante dos estudos sobre estes vírus tem sido buscar o entendimento sobre a estrutura e funções das oncoproteínas E6 e E7 e seus alvos moleculares, com intuito de buscar novos alvos ou metodologias para o desenvolvimento de vacinas ou fármacos contra o HPV. Neste trabalho, buscamos complementar os trabalhos já desenvolvidos na área de modelagem estrutural da proteína E6 de HPV 16, que tem como principal função a condução de p53, proteína celular supressora de tumores, à degradação. O trabalho foi desenvolvido através de modelagem por homologia utilizando como molde o modelo experimental parcial mutado publicado por Nominé et al (2006). O modelo obtido apresenta dois domínios parcialmente independentes (N- e C-terminal) ligadas por um conector central (linker) sem estrutura secundária definida. Apesar de a proteína apresentar grande tendência à desordem intrínseca, os domínios mantiveram a maior parte de suas topologias ao longo da simulação em meio aquoso, indicando boa qualidade do modelo sugerido.

Orientador: Ricardo Egydio de Carvalho / Banca: Emanuel Fernandes de Lima / Banca: Luiz Antônio Barreiro / Resumo: O objetivo deste trabalho é estudar a dinâmica e o controle da fotodissociação de uma molécula diatômica submetida a um potencial rugoso, o qual é aplicado em diversas áreas da ciência para modelar processos naturais, através da introdução de uma perturbação dependente do tempo e de um termo dissipativo. O estudo faz uma análise inicial das alterações que ocorrem na dinâmica de uma molécula submetida ao potencial de Morse rugoso, em seguida o sistema é perturbado através da introdução de um campo elétrico, é mostrado um estudo no potencial sem a rugosidade que consiste na criação de um mecanismo para gerar trajetórias estáveis em regiões de transição de energia, faz-se uma aplicação deste resultado visando o controle do processo de fotoassociação. Para o potencial de Morse rugoso forçado estuda-se a dinâmica do sistema, a qual revela o aparecimento de novas regiões de estabilidade na vizinhança do mínimo de potencial, a probabilidade de fotodissociação molecular para este sistema é analisada com ênfase no controle dos parâmetros (constantes do termo rugoso). Por fim introduz-se a dissipação e é feito um estudo da convergência das diversas condições iniciais para regiões específicas do espaço de fase o que mostra que a rugosidade pode ser utilizada como um mecanismo de atração de trajetórias / Abstract: The objective of this work is to study the dynamics and the control of the photodiscitation of a molecule submitted to a rough potential, which has been shown to be applied in diverse areas of science to model natural processes, through the introduction of a time and time dependent perturbation Dissipative. The study makes an initial analysis of the changes that occur in the dynamics of a molecule subjected to the rough Morse potential, then the system is disturbed by the introduction of an electric field, a study is shown in the potential without the roughness consisting in the creation of A mechanism to generate stable trajectories in regions of energy transition is made an application of this result aiming the control of the photoassociation process. For the forced roughness morse potential, we study the dynamics of the system, which reveals the appearance of new stability regions in the vicinity of the minimum potential, the probability of molecular photodissociation for this system is analyzed with emphasis on the control of the parameters Of the rough term). Finally the dissipation is introduced and an analysis is made of the convergence of the various initial conditions for specific regions of the phase space which shows that the roughness can be used with a trajectory attraction mechanism / Mestre

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciencias Fisicas e Matematicas / Made available in DSpace on 2012-10-16T10:11:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0Bitstream added on 2016-01-08T20:36:43Z : No. of bitstreams: 1 105508.pdf: 3147202 bytes, checksum: b5a14126a4e3157fadcac8c3504426a8 (MD5) / Estudos potenciométricos de equilibrio foram realizados para determinar o grau de associação dos substratos orto-diaminas aromáticas com o complexo binuclear de Co(II)-OBISDIEN em ausência e em presença de oxigênio. Dessa maneira, as constantes de associação obtidas para esses sistemas ternários, em presença de oxigênio, correlacionam linearmente com o pKa do substrato coordenado ao centro metálico na cavidade do complexo binuclear. Os espectros UV-VIS para o sistema µ-peroxo--Co-OBISDIEN em presença do substrato coordenado ao complexo binuclear revelam uma banda intensa de transferência de carga com um máximo de absorção próximo a 370 nm e um ombro próximo a 290 nm. Ainda, as cinéticas de degradação do complexo p-peroxo-Co-OBISDIEN em presença do 1,2-diaminobenzeno mostraram um comportamento de primeira ordem. O produto da reação, a 2,3-diaminofenazina, foi caracterizado por espectrometria de massa, RMN1H e 13C. Assim, um mecanismo para reação foi sugerido, onde a formação do complexo, µ-peroxo-µ-1,2-cliaminobenzeno-Co-OBISDIEN é um intermediário importante na oxidação do substrato.

SOBREIRA, Aline Cavalcante Mesquita. Estudo químico e citotóxico de metabólitos secundários isolados de fungos endofíticos de Aroeira-do-Sertão (Myracrodruon urundeuva Fr. All.): Pseudofusicoccum stromaticum e Lasiodiplodia theobromae. 2016. 173 f. Dissertação (Mestrado em química)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2016. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-06-03T18:46:17Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_acmsobreira.pdf: 10703965 bytes, checksum: a2d1061f921ba2a7339fb3d8bee947e3 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-07-20T20:46:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_acmsobreira.pdf: 10703965 bytes, checksum: a2d1061f921ba2a7339fb3d8bee947e3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-20T20:46:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_acmsobreira.pdf: 10703965 bytes, checksum: a2d1061f921ba2a7339fb3d8bee947e3 (MD5) Previous issue date: 2016 / Endophytic fungi have been identified as a promising source of biologically active substances,including compounds with potential anticancer activity. In this context, this paper describes the first study of chemical prospecting and cytotoxicity two endophytic fungi isolated from Aroeira -do-Sertão(Myracrodruon urundeuva Fr.ll.):Pseudofusicoccum stromaticum (MUB-58) and Lasiodiplodia theobromae (MUB - 65). The ethylacetate extracts MUB-58 and MUB-65 were obta ined by liquid-liquid partition broth these fungal strains which were cultured for 21 days on BD and malt extract , respectively. The fungal extracts were first analyzed by liquid chromatography of ultraefficiency coupled to spectrometry, high resolution mass (CLUE -MS) and subsequently subjected to chromatography on Sephadex LH - 20, followed by liquid chromatography of high efficiency with diode array detector. CLUE - MS analysis allowed to determine the prese nce of metabolites in seven MUB 58 extract: cholin - O - sulfate, xanthofusin, 7-hidroxy -1-isochromanone, multico licacid, djalonensone, 8 - methoxycarbonyl-1-hidroxy-9-oxo-9H-xanthene-3-carboxylix acidand cyclo-Phe-Leu-Val-Leu-Leu. In addition, were isolated four metabolites:cycloL-Phe-D-Leu1-L-Leu2-L-Leu 3-L-Ile (FC1), 5-hidroxy-methilfurfural (FC2), rotenolone (FC3) and tephrosin (FC4).The compound FC1 is unprecedented in the literature, while FC3 and FC4 compounds are being reported for the first time in en dophytic fungi. Likewise, a CLUE - MS analysis the MUB - 65 extract led to characterization of eight chemical compounds already reported in the species L. theobromae:4-hidroxymelein; Mellein;(3R,5R)-5-hidroxyl-de-O-methyl-lasiodiplodin;(3 R,5 R)- hydroxyla siodiplodin; 2,4,6-trimethyloct-2-enoic acid-1,2,6,8a-tetrahydro-7-hydroxy-1-8a-dimethyl-6-oxo-2- naphtalenyl-ester;lasiodiplodin;lasiojasmonate A and lasiojasmonates B ou C. Additionally, two metabolites w ere isolated: lasiodiplodin(LT1) and rel-11-12-(7'R* 4'R*, 2 'R*-tetrahydrofuro [1', 2'] pyranyl)-lasiodiplodin (LT2). The compound LT2 being first reported in the literature. The chemical structures of all isolated compounds were elucidated by spectrometries Nuclear Magnetic Resonance 1 H and 13C, IR and CLUE-MS. The extracts and their isolated metabolites were subjected to the cytotoxicity assay to evaluate their antiproliferative effects against a colorectal cancer cell line (HCT-116). The MUB-58 extract showed significant activity (75%) corresponding to an IC50of 10.40 μg.mL -1, while the MUB65 extract was inactive. The LT1 isolated metabolites (IC5011.24 μg.mL-1), FC3(IC50 5.59 μg.mL-1) and FC4(IC500.51 μg.mL-1) showed activity in the range of 11.24 to 0.51 μg.mL-1. / Fungos endofíticos têm sido apontados como uma fonte promissora de substâncias biologicamente ativas, entre as quais compostos com potencial atividade anticâncer. Neste contexto, o presente trabalho descreve o primeiro estudo de prospecção química e citotoxicidade de dois fungos endofíticos isolados de Aroeira-do-sertão (Myracrodruon urundeuva Fr. All.): Pseudofusicoccum stromaticum (MUB58) e Lasiodiplodia theobromae (MUB65). Os extratos de acetato de etila MUB58 e MUB65 foram obtidos através de partição líquido-liquido do caldo destas cepas fúngicas, as quais foram cultivadas por 21 dias em extrato de BD e malte, respectivamente. Os extratos fúngicos foram inicialmente analisados por cromatografia líquida de ultraeficiência acoplada a espectrometria de massas de alta resolução (CLUE-EM) e posteriormente submetidos a cromatografia em Sephadex LH-20, seguida de cromatografia líquida de alta eficiência com detector de arranjo de diodo. Análise de CLUE-EM permitiu caracterizar a presença de sete metabólitos no extrato MUB-58: O-sulfato de colina, xantofusina, 7-hidroxi-1-isocromanona, ácido multicólico, djalonensona, 3-ácido carboxílico-8-metoxicarbonila-1-hidroxi-9-oxo-9H-xantona e ciclo-Phe-Leu-Val-Leu-Leu. Além disso, foram isolados quatro metabólitos ciclo-L-Phe-D-Leu1-L-Leu2-L-Leu3-L-lle (FC1), 5-hidroxi-metilfurfural (FC2), rotenolona (FC3) e tefrosina (FC4). O composto FC1 é inédito na literatura, enquanto os compostos FC3 e FC4 estão sendo relatados pela primeira vez em fungos endofíticos. Da mesma forma, a análise CLUE-EM do extrato MUB-65 levou à caracterização química de oito compostos já relatados na espécie L. theobromae: 4-hidroximeleina; meleina; (3R, 5R)- 5-hidroxila-de-O-metil-lasiodiplodina; (3R,5R)-hidroxilasiodiplodina; 2,4,6-trimetiloct-2-enoato,1,2,6,8a- tetrahidro-7-hidroxi-1-8a-dimetil-6-oxo-2-naftalenila; lasiodiplodina; lasiojasmonato A e lasiojasmonatos B ou C. Adicionalmente, dois metabólitos foram isolados: lasiodiplodina (LT1) e rel-11-12- (7’R*, 4’R*, 2’R*- tetrahidrofuro[1’,2’] piranil)- lasiodiplodina (LT2). O composto LT2 está sendo relatado pela primeira vez na literatura. As estruturas químicas de todas as substâncias isoladas foram elucidadas por espectrometrias de Ressonância Magnética Nuclear de 1H e 13C, infravermelho e CLUE-EM. Os extratos e seus respectivos metabólitos isolados foram submetidos ao ensaio de citotoxicidade para avaliação dos seus efeitos antiproliferativos frente a uma linhagem celular de câncer colorretal (HCT-116). O extrato de MUB58 apresentou significativa atividade (75%) correspondendo a um IC50 de 10,40 µg.mL-1, enquanto o extrato de MUB65 foi inativo. Os metabólitos isolados LT1 (IC50 11,24 µg.mL-1), FC3 (IC50 5,59 µg.mL-1) e FC4 (IC50 0,51 µg.mL-1) apresentaram atividades na faixa de 11,24 a 0,51 µg.mL-1.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:31Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-05-11Bitstream added on 2014-06-13T19:26:21Z : No. of bitstreams: 1 ceccatto_dt_me_rcla.pdf: 430985 bytes, checksum: ddb443f01c4c37aefcfe96f1b3f9fc91 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Compostos contendo alumínio foram observados em envelopes de estrelas em estágios avançados de evolução. Os principais processos químicos responsáveis pela formação dessas espécies em tais ambientes são pobremente conhecidos. Um dos possíveis mecanismos de formação é a associação radiativa, cujos coeficientes de taxa de formação são desconhecidos. Nesse sentido, foram calculados os coeficientes de taxa de formação dos compostos AlO, AlF, AlCl e AlN. Para tanto, foi utilizado o método semi-clássico de Bates, aplicado a colisões que envolvem reagentes pesados. Dentre os compostos analisados, a formação do AlF por associação radiativa tende a ser mais rápido que a dos demais, enquanto que a formação do AlN é a mais lenta / Aluminum-containing compounds were observed in envelopes of stars in advanced stages of evolution. The main chemical processes responsible for formation of these species in such environments are poorly known. One possible formation mechanism is the radiative association, whose rate coefficients of formation are unknown. Accordingly, we calculated the rate coefficients of formation of AlO, AlF, AlCl and AlN compounds. For this purpose, we used Bates semi-classical method, applied to collisions involving heavy reagents. Among the compounds analyzed, the formation of AlF by radiative association tends to be faster than the others, while the formation of AlN is the slowest

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:24:50Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-12-17. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:47:10Z : No. of bitstreams: 1 000845615.pdf: 1621839 bytes, checksum: d411f961cd8a6c19a32552c8a3730a0c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Na presente dissertação investigamos a dissociação de moléculas diatômicas heteronucleares sujeitas a pulsos de laser. O estudo foi realizado utilizando o modelo do oscilador de Morse forçado unidimensional. O modelo foi investigado tanto por meio de uma abordagem da mecânica clássica quanto da mecânica quântica. Sob o ponto de vista da mecânica clássica, o modelo apresenta dinâmica caótica associada à anarmonicidade do potencial internuclear e ao acoplamento do dipolo permanente da molécula com o campo elétrico oscilante do laser. A solução das equações de movimento da mecânica quântica foram obtidas combinando a solução em uma grade de pontos com a expansão na base das auto-estados do oscilador. Consideramos os parâmetros referentes às moléculas de Óxido Nítrico (NO) e Brometo de Iodo (IBr) e estudamos o efeito de diferentes momentos de dipolo na dissociação clássica. Além disso, investigamos o impacto da variação da temperatura na dissociação molecular, fazendo um estudo comparativo entre os resultados clássicos e quânticos. Encontramos algumas situações em que os resultados clássicos e quânticos mostram concordância no comportamento do limiar da dissociação / In this work we investigate the dissociation of heteronuclear diatomic molecules subjected to laser pulses. The study was performed using the one-dimensional driven Morse oscillator model. The investigation was carried out by both classical and quantum mechanics. In the classical point of view, the model presents chaotic dynamics associated with the internuclear potential anharmonicity and with the permanent dipole coupling with the laser electrical field. The solutions for the quantum equations of motion were obtained combining the solution on a spatial grid along with an expansion in the oscillator eigenstate basis. We consider the parameters relative to Nitric Oxide (NO) and Iodine Bromide (IBr) molecules and we study the effect of distinct dipole moment in the classical dissociation. Furthermore, we investigate the dependence of the dissociation probability on the temperature, making a comparative study between classical and quantum results. We found some situation where the classical and quantum results exhibit certain agreement in the behavior of the dissociation threshold

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-05-04T18:30:54Z No. of bitstreams: 1 2017_LuisJanssenMaia.pdf: 1744454 bytes, checksum: 5d3e4add2c64e65f580db3e08b18a8cf (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-06-05T20:49:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_LuisJanssenMaia.pdf: 1744454 bytes, checksum: 5d3e4add2c64e65f580db3e08b18a8cf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T20:49:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_LuisJanssenMaia.pdf: 1744454 bytes, checksum: 5d3e4add2c64e65f580db3e08b18a8cf (MD5) Previous issue date: 2017-06-05 / A paracoccidioidomicose é uma micose sistêmica causada por fungos termodimórficos do gênero Paracoccidioides. Embora seja uma das micoses sistêmicas de maior importância na América Latina, tanto por número de ocorrências quanto pela morbidade causada pela forma crônica da doença, trata-se de uma doença negligenciada e, portanto, vários aspectos relevantes à clínica da micose e à biologia do fungo não estão bem elucidados. A despeito dos registros de ocorrência da micose, o diagnóstico dessa é de difícil execução, pela dificuldade de se isolar o fungo a partir de hospedeiros infectados e pela relativa falta de padronização e elevada ocorrência de reações cruzadas em testes de imunodiagnóstico. Assim, dentre as estratégias para a melhoria do diagnóstico da doença, está o uso de proteínas expressas de forma heteróloga para servirem como alvos mais específicos e padronizáveis nestes testes. Já em relação à biologia de fungos, é sabido que poucas espécies fúngicas são capazes de infectar organismos homeotérmicos, em relação ao número de espécies capazes de infectar organismos pecilotérmicos. Em face disso, alguns trabalhos na literatura sugerem que a temperatura dos hospedeiros representa uma barreira importante para a infecção fúngica e que os mecanismos moleculares de termotolerância dos fungos patogênicos são fatores de virulência importantes. Recentemente, a proteína TCTP foi encontrada em trabalhos de proteoma em ambas as fases micelial e leveduriforme de Paracoccidioides lutzii, além de possuir estrutura primária idêntica à TCTP de Paracoccidioides brasiliensis, fazendo dessa proteína um candidato para imunodiagnóstico. Além disso, a proteína TCTP foi apontada em outros organismos como uma chaperona molecular de importância em situações de estresse térmico. Assim, o presente trabalho objetiva avaliar estas duas vertentes para os fungos do gênero Paracoccidioides. Propiedades relevantes para o imunodiagnóstico foram preditas in silico e apontam para a presença de fosforilações na proteína, bem como um alto grau de conservação de estrutura primária em eucariotos e, particularmente, em fungos. A proteína foi produzida em quantidades apreciáveis e com pureza considerável por meio de expressão heteróloga em Escherichia coli. Ensaios de ELISA e Western Blot utilizando a TCTP indicam que a proteína não foi reconhecida pela maioria dos soros oriundos de camundongos infectados com P.brasiliensis. Já em relação às propriedades de chaperona, ensaios de dicroísmo circular indicam que a proteína nativa é termoestável. Além disso, a expressão da TCTP em culturas de E.coli as tornaram mais resistentes a estresse térmico. Como perspectivas a esse trabalho estão a aplicação de sub-regiões da proteína como alvos em imunodiagnóstico e aplicações no desenvolvimento de vacinas contra a micose, além de se caracterizar as propriedades de chaperona propriamente ditas da TCTP. / Paracoccidioidomycosis is a systemic mycosis caused by thermodimorphic fungi of the Paracoccidioides genus. Even though it is one of the most important systemic mycosis in Latin America, as a consequence of the number of its occurrences and the morbidity caused by the chronic phase of the disease, it is a neglected disease and, as such, many relevant aspects of its clinical approach and of the fungal biology are yet to be characterized. Despite the high occurrence records, the diagnostic of this mycosis is hard to be executed, because of the difficulty of isolating the fungus from infected hosts and because of the high cross-reaction occurrences in immunodiagnostic tests. In order to improve the diagnostics, one of the strategies being employed is the use of heterologously expressed proteins as targets of the immunodiagnostic tests, as they can be more precise and standardisable targets. As for the fungal biology, it is known that few fungal species are able to infect homeotherm hosts, in comparison to the number of species able to infect poikilotherm hosts. In face of this, some studies in the literature suggest the host temperature as an important barrier to the fungal infection and molecular mechanisms associated with the fungal thermotolerance as important virulence factors. Recently, the TCTP protein was found in proteome studies of both the mycelial and yeast forms of Paracoccidioides lutzii, in addition of having identical primary protein structure with the Paracoccidioides brasiliensis form of TCTP, properties which make this protein an interesting target for immunodiagnostics. In addition, the TCTP protein was identified as a molecular chaperone with significant importance in thermal stress situations. Therefore, the present study aims to evaluate these two aspects for the fungi of the Paracoccidioides genus. Relevant properties for the immunodiagnosis using this protein were predicted in silico and point to a considerable amount of phosphorilations in it as well as a high conservation of it among eukariotes and, particularly, in fungi. The protein was produced in considerable amounts and purity through heterologous expression in Escherichia coli.Immunodiagnostic tests of ELISA and Western Blot assays using the TCTP indicate this protein as not being recognized by most mice sera experimentally infected with P.brasiliensis. As in relation to the chaperone properties of the protein, circular dichroism assays indicate the native protein as thermally stable. Moreover, TCTP expression in E.coli cultures made them more resistant to thermal stress. The perspectives of this study are the application of sub-regions of the protein as targets in immunodiagnostic assays, as well as applications in vaccine development against the mycosis and the evaluation of the chaperone properties themselves of TCTP.