Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, 2017. / Texto parcialmente liberado pelo autor. Conteúdo liberado: Resumos. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-08-29T18:56:24Z No. of bitstreams: 1 2017_DaianeGonzagaRibeiro_PARCIAL.pdf: 394211 bytes, checksum: c5898d56209637851120f6d5c127c642 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-08-31T17:14:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_DaianeGonzagaRibeiro_PARCIAL.pdf: 394211 bytes, checksum: c5898d56209637851120f6d5c127c642 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-31T17:14:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_DaianeGonzagaRibeiro_PARCIAL.pdf: 394211 bytes, checksum: c5898d56209637851120f6d5c127c642 (MD5) Previous issue date: 2018-08-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq). / A palma de óleo é uma planta oleaginosa de relevante importância econômica, pois os seus frutos são ricos em óleo vegetal. A espécie possui um único meristema apical e não apresenta formas convencionais de propagação vegetativa, sendo a propagação realizada apenas por sementes. Desta forma, o método mais utilizado para a propagação vegetativa da palma de óleo é a embriogênese somática (ES). Entretanto há relativamente poucos trabalhos que mostram a expressão de proteínas relacionadas a esse processo. O objetivo do presente estudo foi identificar as proteínas diferencialmente abundantes entre genótipos de palma de óleo contrastantes quanto à aquisição de competência embriogênica, por meio da proteômica Shotgun, além de avaliar a expressão de genes candidatos envolvidos nesse processo por RT-qPCR. Foram utilizadas folhas aclorofiladas de dois genótipos obtidos do cruzamento interespecífico entre Elaeis oleifera x E. guineensis, contrastantes ao processo embriogênico. O material foi coletado em triplicata biológica nos tempos 14 e 90 dias durante a etapa de indução de calos em cada genótipo. Proteínas totais foram extraídas com fenol e precipitadas com acetato de amônio em metanol. Para análise LC-MS/MS, as proteínas extraídas foram analisadas no equipamento ESI- LC-MS/MS (Thermo Scientific). A análise de dados foi realizada por meio do software Progenesis® QI for proteomics (Nonlinear Dynamics) e a identificação das proteínas por meio do software Peaks® (Bioinformatics Solutions). Posteriormente a expressão dos genes (proteínas) candidatos foram avaliadas por RT-qPCR. O estudo revelou no estádio inicial um total de 2177 proteínas, sendo 130 diferencialmente abundantes. Já no estádio intermediário, foram identificadas 2518 proteínas, sendo 97 diferencialmente abundantes. Na análise de expressão gênica 14 genes que codificam as proteínas candidatas foram avaliados. De acordo com os resultados obtidos pode-se destacar que o controle do estresse e a regulação do ciclo celular são processos indispensáveis para o sucesso do desenvolvimento embriogênico. Portanto, sugere-se como potenciais biomarcadores da aquisição de competência embriogênica proteínas antioxidantes que foram aumentadas no genótipo responsivo, como a peroxidase 12, a 1-Cys peroxirredoxina e glutatione-S-transferase, proteínas envolvidas na divisão celular como a proteína associada a microtúbulos, a proteína 14-3-3 e a proteína patellin-3-like, além de proteínas envolvidas na via de ubiquitinação como a Plant UBX domain-containing protein e 26S proteasome regulatory subunit. / Oil palm is an oleaginous plant of relevant economic importance since its fruits are rich in vegetable oil. The species has a single apical meristem and does not have conventional forms of vegetative propagation, so propagation is carried out only by seeds. Currently, the only method used for vegetative propagation of oil palm is somatic embryogenesis (SE). The aim of this study was to identify differentially abundant proteins from oil palm genotypes contrasting in the capacity of embryogenic competence acquisition, using Shotgun proteomics, besides evaluating the expression of candidate genes by qRT-PCR. Oil palm leaves were submitted to callus induction. The material was collected in biological triplicates at 14 and 90 days during callus induction (DDI) in each genotype. Total proteins were extracted with phenol and precipitated with ammonium acetate in methanol. For LC-MS/MS analysis, the proteins were solubilized with ammonium bicarbonate and digested with trypsin. The peptide mixture was injected into the ESI-LC-MS/MS (Thermo Scientific) equipment. Data analysis was performed using Progenesis® QI (Nonlinear Dynamics) and Peaks® (Bioinformatics Solutions). The expression of candidate genes encoding the proteins identified was performed by qRT-PCR. The study revealed a total of 4695 proteins. Responsive and non-responsive genotypes were compared at 14 and 90 DDI and revealed 227 differentially abundant proteins. In the gene expression analysis 14 genes encoding the candidate proteins were evaluated. The data analysis revealed several proteins mainly related to energy metabolism, stress response and regulation of cell cycle, which seem important for a successful embryogenic development. We suggest some proteins as potential biomarkers for the acquisition of embryogenic competence, including antioxidant proteins that have been increased in the responsive genotype, such as peroxidase 12, 1-Cys peroxiredoxin and glutathione-S-transferase. Proteins involved in cell division also seem important, such as the protein associated with microtubules, the 14-3-3 protein and the patellin-3-like protein. Proteins involved in the ubiquitination pathway, such as Plant UBX domain-containing protein and 26S proteasome regulatory subunit may also be key factors in the success of callus formation in oil palm.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Departamento de Biologia Celular, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2018. / Submitted by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-09-03T20:38:24Z No. of bitstreams: 1 2018_ThiagoRodriguesdeOliveira.pdf: 3205780 bytes, checksum: 3bcc450ab74953bdffd4e6c59d584dc0 (MD5) / Approved for entry into archive by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-09-11T16:56:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_ThiagoRodriguesdeOliveira.pdf: 3205780 bytes, checksum: 3bcc450ab74953bdffd4e6c59d584dc0 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-11T16:56:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_ThiagoRodriguesdeOliveira.pdf: 3205780 bytes, checksum: 3bcc450ab74953bdffd4e6c59d584dc0 (MD5) Previous issue date: 2018-09-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). / A presença de uma camada proteica de superfície (camada S) é comum em organismos procarióticos. As proteínas que compõem essa camada apresentam a propriedade de se auto-organizar em arranjos simétricos estáveis, que as confere um alto potencial biotecnológico. Apesar de presente em quase todas as archaeas, existem poucos relatos do uso de proteínas de camada S desses organismos em estudos aplicados. Além disso, os estudos descrevendo a estrutura de proteínas desse tipo são escassos. Assim, esse trabalho tem o objetivo de caracterizar estruturalmente as proteínas de camada S da archaea halófila Haloferax volcanii, utilizá-las para a construção de envelopes celulares biomiméticos para o estudo de membranas e a expressão dessa proteína em E. coli para construção de fusões gênicas de interesse. As proteínas foram obtidas a partir da cultura de células de H. volcanii e caracterizadas por ensaios de espalhamento de luz dinâmico, dicroísmo circular e espectroscopia de fluorescência. Microscopia eletrônica de transmissão foi utilizada para observar a formação do arranjo cristalino das proteínas purificadas, bem como de envelopes celulares de H. volcanii. Foram produzidas monocamadas lipídicas por Langmuir-Blodgett utilizando os lipídios DPPE, DPPC e DPhPE. A estrutura secundária da proteína é afetada pelo pH, de maneira que uma maior quantidade de folhas beta foi detectada em valores mais altos. Esse mesmo fator influencia também a sua estrutura terciária, de maneira que em valores mais alcalinos as regiões próximas aos resíduos de triptofano da proteína interagem mais com o meio. No entanto, ensaios de espalhamento de luz dinâmico indicaram formação de oligômeros em todos os pHs testados, havendo picos monodispersos, indicando a capacidade de cristalização da proteína em todas as condições. No entanto, imagens de microscopia revelam que os arranjos formados nessas condições não estão de acordo com o normalmente observado na superfície celular desse organismo, algo que foi somente possível em condições de alta salinidade. A concentração de íons de sódio, magnésio e cálcio no meio afeta a estrutura secundária e terciária da proteína, influenciando assim a sua propriedade de auto-arranjo. Nos ensaios de Langmuir-Blodgett, foi observada a cristalização das proteínas sobre as diferentes superfícies lipídicas, sugerindo assim um possível potencial no uso dessas proteínas para produção de envelopes celulares artificiais. Foi também possível a expressão de proteínas de camada S de H. volcanii em E. coli. / The presence of a protein surface layer, known as the S-layer, is commonly found in prokaryotic cell envelopes. This layer is composed of proteins that self-assemble into a paracrystalline surface structure, a property that has been extensively used in biotechnological research. Despite its detection in almost all archaea described to date, there are very few reports in the literature using these proteins for applied purposes. Furthermore, studies describing structural aspects of these proteins are scarce. Thus, the objective of the present study was to investigate the structural properties of the Haloferax volcanii S-layer protein, use them for production of biomimetic S-layer supported lipid platforms and heterologous expression of S-layer fusion proteins in E. coli. The S-layer proteins were purified directly from H. volcanii cells and their structural properties were evaluated through dynamic light scattering, circular dichroism and fluorescence spectroscopy. Transmission electron microscopy was used for analyses of the protein’s self-assembly properties as well as H. volcanii cell envelope preparations. Lipid monolayers using DPPE, DPPC and DPhPE were produced through Langmuir-Blodgett. The protein’s secondary structure is affected by pH values in the medium, with higher beta sheet detection in more alkaline values. This factor also affects the protein’s tertiary structure, with higher tryptophan exposure to the environment in higher pH. Dynamic light scattering essays revealed oligomer formation in all pH values evaluated, indicating that the protein’s self-assembly process occurs in these conditions. However, micrograph images showed that these oligomers do not resemble the lattice found on the H. volcanii cell surface, and correct lattice formation was only achieved in higher salt concentrations. The concentrations of sodium, magnesium and calcium ions in the environment affect the protein’s secondary and tertiary structures, which influences the protein’s functional properties. On the Langmuir-Blodgett essays, an increase of surface pressure was detected on all lipid monolayers tested, indicating a potential use of the H. volcanii S-layer proteins in artificial lipid platform production. It was also possible to isolate the protein’s encoding gene and heterologous protein expression was successful in E. coli cells.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-08-15Bitstream added on 2014-06-13T19:49:46Z : No. of bitstreams: 1 virgilio_s_me_araiq_parcial.pdf: 346426 bytes, checksum: b52f7a11a59780ad34a571ead7eb48c6 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-06-03T11:42:46Z: virgilio_s_me_araiq_parcial.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-03T11:44:11Z : No. of bitstreams: 1 000713098_20150815.pdf: 331522 bytes, checksum: 24d4cb0ce1bd6719c247a8fd735ff6d2 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-08-17T11:07:13Z: 000713098_20150815.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-17T11:07:57Z : No. of bitstreams: 1 000713098.pdf: 1996543 bytes, checksum: 874f4dd2c6c18ce24b3770e47bc254d6 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O fungo filamentoso Neurospora crassa é um organismo modelo utilizado na compreensão de diversos aspectos da biologia dos eucariotos, e tem sido usado, em nosso laboratório, para estudos celulares básicos, como os mecanismos bioquímicos e moleculares envolvidos na regulação do metabolismo de glicogênio. Uma análise sistemática realizada com uma coleção de linhagens mutantes em genes codificadores de fatores de transcrição permitiu identificar várias proteínas potencialmente envolvidas na regulação do metabolismo do glicogênio neste organismo. Algumas linhagens mutantes apresentaram alterações no perfil de acúmulo de glicogênio e na expressão dos genes que codificam as enzimas glicogênio sintase (gsn) e glicogênio fosforilase (gpn) quando comparadas à linhagem selvagem. Dentre estas, duas linhagens mutantes em genes que codificam para a proteína RCO-1 (regulator of conidiation-1) e para uma proteína hipotética foram selecionadas para o presente estudo, levando em consideração que ambas linhagens também apresentaram variações na progressão do ciclo celular quando analisadas por citometria de fluxo. Como a proteína RCO-1 é uma provável parceira da proteína RCM-1 (regulator of conidiation and morphology-1), então a linhagem mutante no gene codificador de RCM-1 foi incluída neste trabalho. Portanto, foi feita a caracterização de um fator de transcrição anotado como proteína hipotética e de dois cofatores transcricionais RCO-1 e RCM-1, ortólogos ao complexo corepressor Tup1-Ssn6 de Saccharomyces cerevisiae. As proteínas RCO-1, RCM-1 e a codificada pela ORF NCU09739 estão envolvidas na regulação do metabolismo do glicogênio, atuando na regulação da expressão dos genes gsn e/ou gpn. Estas mesmas proteínas também são necessárias para o crescimento e desenvolvimento normal do... / The filamentous fungus Neurospora crassa is a model organism used to understand various aspects of eukaryotic biology. It has been used, in our laboratory, in basic cellular studies, such as the biochemical and molecular mechanisms involved in the regulation of glycogen metabolism. A systematic analysis performed with a collection of mutant strains in genes encoding transcription factors led to the identification of proteins likely involved in the regulation of glycogen metabolism in this organism. Some mutant strains showed changes in the glycogen accumulation profile and in the expression of the genes encoding the enzymes glycogen synthase (gsn) and glycogen phosphorylase (gpn) when compared to the wild-type strain. Among these, two mutant strains in the genes encoding RCO-1 (regulator of conidiation-1) and a hypothetical proteins were selected for the present study. Both strains presented variations in cell cycle progression when analyzed by flow cytometry. RCO-1 protein is likely a partner of RCM-1 (regulator of conidiation and morphology-1) protein, thus the mutant strain in the gene encoding RCM-1 was included in this work. Therefore, we performed the characterization of a transcription factor annotated as a hypothetical protein and the two transcriptional cofactors RCO-1 and RCM-1, orthologs of the Saccharomyces cerevisiae corepressor complex Tup1-Ssn6. RCO-1, RCM-1 and the product of the ORF NCU09739 are involved in the regulation of glycogen metabolism, acting in the regulation of gsn and/or gpn gene expression. The same proteins are necessary for growth and normal development of the fungus, since the mutant strains showed changes in hyphae length, pigmentation and conidiation. Gene expression analysis showed that the NCU09739 gene was highly expressed at the beginning of the conidia germination, showing the importance... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:47Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-18Bitstream added on 2014-06-13T18:20:01Z : No. of bitstreams: 1 badial_pr_me_botfmvz.pdf: 583023 bytes, checksum: 32f4c9e3526cb647c9f301ae256b559c (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A hepcidina é uma proteína que faz parte do sistema imune inato e desempenha um papel fundamental na regulação da homeostase do ferro. Este peptídeo foi previamente caracterizado em várias espécies, entretanto, até agora, não em ovinos. O objetivo deste estudo foi de determinar a sequência do RNAm codificante da hepcidina, bem como caracterizar e realizar a análise da expressão gênica deste peptídeo em diferentes tecidos de ovinos saudáveis. A região codificante da hepcidina consiste em 249 pares de base, as quais codificam um peptídeo contendo 82 aminoácidos. Este precursor, da forma bioativa da hepcidina, apresenta maior homologia com as sequências de Bos taurus e Bubalus bubalis. A hepcidina foi expressa predominantemente no fígado dos ovinos, contudo foram observados altos níveis de expressão no abomaso e baixos níveis nos outros tecidos. Estes resultados ampliam o conhecimento comparativo deste peptídeo, mostrando a relação da hepcidina ovina com a de outras espécies de mamíferos e será útil para estudos futuros sobre o metabolismo de ferro e do processo inflamatório nos ovinos. / Hepcidin is part of the innate immune system, and plays a central role in the regulation of iron homeostasis. This peptide has been previously characterized in several species but not in sheep until now. The aim of this study was to sequence, characterize and perform hepcidin gene expression analysis in different tissues of healthy sheep. The resulting ORF consisted of 249 bp predicted to encode an 82 amino acids peptide. The deduced precursor was mostly homologous to Bos taurus and Bubalus bubalis. Hepcidin was predominantly expressed in liver, although high expression was present in abomasum and lower level expression occurred in other tissues. These findings extend our comparative knowledge of this peptide, showing the relationship between sheep hepcidin and other mammalian hepcidins and might be helpful for additional studies on iron metabolism and inflammatory process in sheep.

Orientador : Prof. Dr. Ricardo Lehtonen R. de Souza / Co-orientadoras : Profª Drª Enilze M. S. Ribeiro e Profª Drª Valéria Maria Sperandio Roxo / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 24/03/2014 / Inclui referências / Área de concentração : Genética / Resumo: O câncer de mama é o segundo tipo de neoplasia mais frequente no mundo e o mais incidente entre as mulheres. Mais de 90% das mortes relatadas por câncer de mama, não são causadas pelo tumor primário e sim por suas metástases mamárias. Tais células migratórias são as manifestações mais agressivas do processo do câncer. Embora muitos estudos estejam sendo realizados, não há marcadores moleculares disponíveis para predizer o estadiamento dos cânceres de mama. A proteína Ciclina D1 têm sido amplamente estudada ao longo das últimas décadas, por seus diversos papéis nos processos fisiológicos de células normais e cancerosas. Suas funções, que incluem o controle do ciclo celular e a coregulação da transcrição gênica de sequências específicas, tem se mostrado associadas à tumorigênese. Diante disso, o objetivo deste trabalho foi avaliar a importância do gene CCND1 como potencial marcador de progressão tumoral em carcinomas mamários. Foram utilizadas 41 amostras parafinizadas de carcinomas mamários do subtipo ductal invasor. Estas amostras foram subdivididas em tumores metastáticos e não-metastáticos de acordo com a informação sobre a presença de metástases em linfonodos axilares regionais. Foram realizadas análises de expressão gênica (mRNA), através da PCR quantitativa em tempo real, e proteica, por imunohistoquímica. Não foram identificadas diferenças nos níveis de mRNA de CCND1 e da proteína Ciclina D1 entre os tumores mamários metastáticos e não-metastáticos, sugerindo que, nesta amostra, a expressão gênica de CCND1, ao nível de mRNA e proteína, não influenciou significativamente no processo metastático. Na literatura, a Ciclina D1 apresenta valor diagnóstico e prognóstico bem definido em linfomas, onde é um critério diagnóstico no Linfoma de Células do Manto. Para a maioria dos cânceres sólidos, porém, ainda é controverso, com alguns autores diferenciando o significado biológico da amplificação gênica e da superexpressão da proteína, desde que estas não são interdependentes. Devido a estas controvérsias, mais estudos devem ser realizados, na tentativa de esclarecer o valor diagnóstico e prognóstico da Ciclina D1, bem como os vários mecanismos que desencadeiam sua superexpressão em tumores. PALAVRAS-CHAVE: Câncer de mama. Expressão gênica. CCND1. Metástases. Progressão tumoral. / Abstract: Breast cancer is the second most common cancer worldwide and the most frequent among women. Over 90% of reported deaths from breast cancer are not caused by the primary tumor, but by their mammary metastases. These migratory cells are the most aggressive manifestations of the cancer process. Although many studies are being conducted, there are no molecular markers available to predict the staging of breast cancers. The Cyclin D1 protein has been extensively studied over the past decades by its many roles in the physiological processes of normal and cancer cells. Its functions, ranging from cell cycle control to the specific sequences of gene transcription co-regulation, have been associated with tumorigenesis. Therefore, the aim of this study was to evaluate the importance of CCND1 gene as a potential marker of tumor progression in breast carcinomas. Forty-one paraffin embedded samples of invasive ductal breast carcinomas subtype were used. These samples were subdivided into metastatic and non-metastatic tumors according to the information about the presence of regional metastases in the axillary lymph nodes. Gene expression analyses (mRNA) were performed by quantitative real-time PCR, and protein expression by immunohistochemistry. No differences were observed in mRNA levels of CCND1 and Cyclin D1 protein between metastatic and non-metastatic breast tumors, suggesting that, in this sample, the gene expression of CCND1 no significantly influenced the metastatic process. In literature, the diagnostic and prognostic value of Cyclin D1 is well defined in lymphomas, which is a diagnostic criterion in Mantle Cell Lymphoma. For most cancers, however, it is still controversial, with some authors distinguishing between the biological significance of gene amplification and protein overexpression, since these are not interdependent. Because of these controversies, further studies should be conducted in an attempt to clarify the value of Cyclin D1 as a marker in breast cancer, as well as the various mechanisms which trigger its overexpression in tumors. KEYWORDS: Breast cancer. Gene expression. CCND1. Metastases. Tumor progression.

Orientadora : Profª. Drª. Anna Raquel Silveira Gomes / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Educação Física. Defesa: Curitiba, 11/12/2015 / Inclui referências : f. 90-106 / Área de concentração: Exercício e esporte / Resumo: Os exercícios de alongamento são frequentemente recomendados para a pessoa idosa e têm-se mostrado como uma técnica capaz de melhorar a amplitude de movimento, o equilíbrio, padrão da marcha, capacidade funcional e diminuir o risco de quedas. Porém, ainda não se sabe quais os efeitos agudos histológicos e moleculares no músculo esquelético, decorrentes dos exercícios de alongamento em idosos. Dessa forma, o objetivo da presente pesquisa foi avaliar os efeitos agudos do alongamento passivo estático na histomorfometria muscular, imunomarcação e expressão gênica no músculo sóleo de ratas idosas. Foram utilizadas 15 ratas idosas, com 26 meses, divididas em grupo alongamento e grupo controle. O protocolo de alongamento consistiu em alongamento mecânico passivo do músculo sóleo esquerdo, composto de uma série de 4 repetições de 1 minuto, com intervalo de 30 segundos entre as repetições, realizado 3 vezes por semana, durante uma semana. Para realização do protocolo, as ratas foram sedadas por via inalatória com isoflurano, inclusive as pertencentes ao grupo controle. No 6º dia do experimento, as ratas foram anestesiadas para a retirada do músculo sóleo esquerdo e posteriormente eutanasiadas. Foi realizada pesagem da massa corporal inicial e final e massa absoluta do músculo sóleo. A massa muscular relativa ao peso corporal foi estimada. A morfologia do músculo sóleo foi avaliada com microscopia de luz, em cortes histológicos transversais, corados com hematoxilina e eosina. A área de secção transversa das fibras musculares foi mensurada por meio do Programa Image J versão 1.45q. Foi realizada imunohistoquimica para análise da marcação de TNF?, TIMP-1, TGF?-1, Colágeno tipo I e tipo III no músculo sóleo. A expressão dos genes TGF?, Colágeno tipo I e tipo III foram analisados pela técnica de PCR em Tempo Real. Para a comparação entre a massa corporal inicial e final foi utilizado o teste t pareado. Para a comparação entre os grupos foi aplicada ANOVA one way para dados paramétricos e para não paramétricos o Kruskall-Wallis. Verificou-se menor área de secção transversa das fibras musculares quando se comparou o grupo alongamento com o controle (4148 ± 1568 ?m2 vs 5032 ± 2125 ?m2; p=0,001, Kruskall Wallis); menor porcentagem de imunomarcação do colágeno tipo I por área de fibra muscular (1,41±1,21% vs 1,67±1,91% p=0,01, Kruskal-wallis), maior porcentagem de imunomarcação de TNF? (0,12±0,11% vs 0,07±0,08%, p=0,04, Kruskall Wallis)e colágeno tipo III (7,06±6,88% vs 4,92±5,30%, p=0,01, Kruskal Wallis). O TGF?-1 apresentou menor porcentagem de imunomarcação (1,60±1,69% vs 1,90 ± 2,85%, p=0,04, Kruskal-wallis) e expressão gênica (0,83±0,89 vs 4,47±5,65 UA, p=0,0001,ANOVA one way) em relação ao grupo controle. Não foi encontrada diferença significativa na massa muscular absoluta e relativa, marcação imunopositiva de TIMP-1 e expressão gênica de Colágeno I e III entre os grupos. Os efeitos agudos do exercício de alongamento causaram hipotrofia muscular esquelética, no entanto, fatores envolvidos com o remodelamento da matriz extracelular indicaram efeito anti-fibrótico, no músculo esquelético de ratas idosas. Palavras-chave: Exercício de alongamento muscular, sarcopenia, envelhecimento, matriz extracelular, ratas, expressão gênica, histomorfometria. / Abstract: The muscle stretching exercises are usually recommended to elderly people, and it has been seen as able to improve the balance, gait pattern, increase range of motion and functional capacity and decrease the risk of falls. Considering that stretching exercise induces skeletal muscle and connective tissue adaptation we aimed to evaluate the effect of acute passive stretch on aged soleus muscle on muscle histomorphometry, immunohistochemistry and gene expression. Fifteen old female rats, with 26 months, were separated in stretching group and control group.The stretching protocol consisted of 4 repetitions each of 1 minute with 30 seconds interval between sets, 3 times a week during 1 week, on the left soleus muscle. The rats were anesthetized with isoflurane inhalation, including the control group. At the 6th day of the experiment, the rats were anesthetized to remove soleus muscle and then euthanized. Initial and final body weight and absolute weight of the soleus muscle were evaluated. The relative muscle mass was also identified. The soleus muscle was stained with hematoxylin and eosin and was analyzed morphologically by light microscope. The cross sectional area of muscle fiber was assessed by Image J 1.45q software. Immunohistochemistry for quantification of TNF?, TGF-?1, type I and type III collagen and TIMP-1 and gene expression by PCR Real Time for quantification of TGF?-1, type I Collagen and type III Collagen were performed. The statistical analysis was the paired t-test, ANOVA one way test for parametric and Kruskal-Wallis test for nonparametric data.The stretching group showed smallest cross-sectional area of muscle fibers when compared to the control group (4148 ± 1568 ?m2 vs 5032 ± 2125 ?m2; p=0,001, Kruskall Wallis), less type I collagen percentage of immunostain (1,41±1,21% vs 1,67±1,91% p=0,01, Kruskal-wallis), largest TNF? percentage of immunostain (0,12±0,11% vs 0,07±0,08%, p=0,04, Kruskall Wallis) and type III collagen percentage of immunostain (7,06±6,88% vs 4,92±5,30%, p=0,01, Kruskal Wallis), and lower TGF-?1 percentage of immunostain per soleus muscle fiber area (1,60±1,69% vs 1,90 ± 2,85%, p=0,04, Kruskal-wallis) and gene expression (0,83±0,89 vs 4,47±5,65 UA, p=0,0001,ANOVA one way). There was no significant difference in relative and absolute muscle mass, TIMP percentage of immunostain and gene expression of collagen I and III between groups. The acute effect of muscle stretching was muscle atrophy, however, the factors involved in the extracellular matrix remodeling showed anti-fibrotic effect in muscle of aged rats. Key words: Muscle stretching exercise, sarcopenia, aging, extracellular matrix, rats, gene expression, histo morfometry

Orientadora : Profª Drª Maria Luiza Petzl-Erler / Sem cópia digital / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 27/07/2015 / Inclui referências / Resumo: O pênfigo foliáceo (PF) é uma doença autoimune da pele, caracterizada pela presença de anticorpos principalmente contra a desmogleína 1, uma molécula presente nos desmossomos. O PF ocorre de forma esporádica no mundo todo, mas é endêmico no Brasil. No PF, ocorre o rompimento da ligação entre os queratinócitos, processo conhecido por acantólise, que ocorre na camada mais superficial da epiderme, levando à formação de bolhas. Em outra forma de pênfigo, o pênfigo vulgar (PV), as bolhas ocorrem numa camada mais profunda da epiderme e também em mucosas. No presente trabalho o objetivo foi estudar a importância de variantes de genes que codificam moléculas coestimuladoras de linfócitos na susceptibilidade diferencial ao PF endêmico (PFE). Os genes em questão são BAFF, APRIL, BAFFR, BCMA e TACI. A molécula BAFF tem expressão elevada em diversas doenças autoimunes, inclusive no PFE. BAFF e a proteína homóloga APRIL compartilham os receptores BCMA e TACI, enquanto que BAFFR é receptor exclusivo de BAFF. Além de procurar associações de variantes destes genes com a susceptibilidade ao PFE, também investigamos sua expressão em células mononucleares de sangue periférico (PBMC) de pacientes de PFE, pacientes de PV e indivíduos clinicamente saudáveis. Níveis dos autoanticorpos anti-desmogleína (anti-DSG) 1 e 3 também foram verificados em pacientes de PF e de PV e em indivíduos controle. Foram genotipados 51 SNPs, dos quais quatro estão associados com a susceptibilidade diferencial ao PFE: rs11552708 (APRIL), rs13332630 (BCMA), rs12938073 (TACI) e rs4421862 (BAFF). Apenas rs11552708 já havia sido encontrado associado com outras doenças autoimunes, sendo que para os outros três esta é a primeira descrição de uma associação. A expressão dos genes em PBMC, feita por PCR quantitativa (qPCR), mostrou pequenas variações para os genes APRIL, BCMA e BAFFR, mas as diferenças de expressão não puderam ser explicadas pelos genótipos dos SNPs associados. Os níveis de autoanticorpos foram medidos por ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) no soro de 68 pacientes de PFE, 20 pacientes de PV e 48 indivíduos controle. Como esperado, anti-DSG1 foi mais comum em PFE e anti-DSG3 mais comum em PV. Pacientes em remissão e um indivíduo controle que habitava área endêmica foram positivos, indicando que deve haver cautela na utilização destes anticorpos no diagnóstico. No presente trabalho evidenciamos a importância da variabilidade genética de coestimuladores de linfócitos na susceptibilidade ao PFE. Palavras-chave: pênfigo foliáceo; autoimunidade; coestimuladores de linfócitos; BAFF; APRIL; BCMA; TACI; BAFFR. / Abstract: Pemphigus foliaceus (PF) is an autoimmune disease, characterized by skin blisters caused by acantholysis, the detachment between keratinocytes. Sporadic cases of PF occur worldwide, but in Brazil PF is endemic (EPF). Patients have auto antibodies specially against desmoglein 1, a protein found in desmosomes. In PF, the blisters are found in a superficial layer of the epidermis, while in another form of pemphigus, pemphigus vulgaris (PV), blisters are found in the suprabasal layer of the epidermis, as well as in mucous membranes. In the present work, we aimed at analyzing genetic variants of genes encoding lymphocyte costimulators regarding the differential susceptibility to EPF. The chosen genes were: BAFF, APRIL, BAFFR, BCMA and TACI. BAFF expression is elevated in many autoimmune diseases, including EPF. BAFF and the homologous protein APRIL share the receptors BCMA and TACI, and BAFFR is an exclusive receptor for BAFF. Additionally to searching for association of genetic variants of these genes with EPF, their expression in peripheral blood mononuclear cells (PBMC) was analyzed in EPF and PV patients, and in clinically healthy individuals. Anti-desmoglein (anti-DSG) 1 and 3 levels were also measured in EPF and PV patients and in controls. Of the 51 SNPs genotyped, four were associated with differential susceptibility to EPF: rs11552708 (APRIL), rs13332630 (BCMA), rs12938073 (TACI) and rs4421862 (BAFF). Previous associations have been described only for rs11552708, while for the other three this is the first report of association with a disease. Small differences were observed in the expression of APRIL, BCMA and BAFFR, as analyzed by quantitative PCR (qPCR) in PBMC. However, the differences in the expression could not be related to the genotypes of the respective genes associated with EPF. Antibody levels were measured by ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) in the serum o 68 EPF patients, 20 PV patients and 48 controls. As expected, anti-DSG1 was more prevalent among EPF patients, while anti-DSG3 was more prevalent among PV patients. Patients under remission as well as one control individual from the endemic area were positive, indication that caution should be taken when using these antibodies for diagnosis. In the present work, we highlighted the importance of genetic variants of lymphocyte costimulators in the differential susceptibility to EPF. Key-words: pemphigus foliaceus; autoimmunity; lymphocyte costimulators; BAFF; APRIL; BCMA; TACI; BAFFR.

Orientador: Maurício Bacci Júnior / Banca: Klaus Hartmann Hartfelder / Banca: Claudio José Von Zuben / Resumo: As associações de mutualismo afetam a vida de todos os organismos vivos. Um modelo biológico muito útil para estudos sobre o mutualismo são as formigas da tribo Attini, cuja nutrição depende da associação com fungos basidiomicetos. Estes fungos produzem despolimerases que degradam a matéria vegetal, gerando açúcares simples que são essenciais para a sobrevivência das formigas. Estudos bioquímicos sugerem que pode haver vias metabólicas mutualistas, iniciando com passos catalisados por enzimas fúngicas e terminando com passos catalisados por enzimas das formigas. Estudos genômicos indicam que as formigas podem não ser capazes de sintetizar alguns aminoácidos, que seriam supridos pelos fungos. Estudos em microbiologia sugerem que as formigas utilizam antibióticos microbianos para proteção contra eventuais entomopatógenos. Desta forma, caracteriza-se uma dependência nutricional e de metabólitos microbianos pelas formigas. Para avaliar a extensão desta dependência, na presente dissertação de mestrado nós anotamos o transcriptoma da formiga Attini Atta sexdens rubropilosa em busca das vias metabólicas com elementos mais expressos. Foram avaliadas a presença e expressão de genes a partir de dados de transcriptômica de nova... / Abstract: Mutualistic associations affect all living organisms. A useful biological model for studies of mutualism are Attini ants, whose nutrition depends on the association with basidiomycete fungi. These fungi produce depolymerases that act on degrading plant material, producing simple sugars that are essential for the survival of ants. Biochemical studies suggest that may be metabolic pathways, starting with steps catalyzed by fungal enzymes and ending with steps catalyzed by enzymes of the ants. Genomic studies indicate that the ants may not be able to synthesize some amino acids that would be supplied by the fungi, thus characterizing nutritional mutualistic dependence. To assess the extent of this metabolic dependence, in this thesis we aimed to annotate the transcriptome of Attine ant Atta sexdens rubropilosa in search of metabolic pathways. The presence and expression of genes from transcriptomics data of next generation sequencing were evaluated / Mestre

Orientador: Daisy Maria Fávero Salvadori / Coorientador: Glenda Nicioli da Silva / Banca: Luís Fernando Barbisan / Banca: Denise Crispim Tavares / Resumo: Devido a propriedades terapêuticas, várias plantas e seus constituintes químicos vêm sendo muitas vezes utilizados como o primeiro recurso para o tratamento de diversas doenças. Nesse contexto, compostos isolados de plantas têm sido alvos de inúmeros estudos que avaliam, além da atividade, seus possíveis mecanismos de ação. Dentre os compostos com potencial quimioprotetor, o citral e o eugenol merecem atenção devido suas estruturas químicas de monoterpeno e de composto fenólico, respectivamente, e por seus potenciais anti-inflamatório, antiparasitário e antioxidante. Considerando que mutação no DNA pode ser a primeira etapa de várias doenças, e que lesões induzidas nessa molécula podem ser prevenidas ou moduladas por compostos naturais, este estudo objetivou avaliar, pelo teste do cometa, o potencial genotóxico do citral (25, 50 e 100 Tg/mL) e do eugenol (0,31, 0,62, 1,24 e 2,48 Tg/mL), após diferentes tempos de tratamento (6, 10, 24 e 30 h) e, também, seus possíveis efeitos moduladores sobre danos induzidos no DNA pela doxorrubicina (DOX), em diferentes protocolos de tratamento (pré, pós e simultaneamente à DOX) e momentos de análise (12, 24 e 36 h), em macrófagos peritoneais de camundongos. Além disso, foi avaliado o potencial toxicogenômico do citral e do eugenol por meio da modulação da expressão dos genes NF-kB1, COX-2 e TNF-α (relacionados a processos inflamatórios) em macrófagos ativados ou não por lipopolissacarideo de bactéria (LPS). Os resultados mostraram que ambos os compostos apresentaram potencial genotóxico. No caso do citral, a genotoxicidade foi observada para as duas maiores concentrações, mas apenas no tempo de 6h; para o eugenol, o aumento de danos no DNA foi detectado para todas as concentrações, em pelo menos um momento de análise. Com relação ao potencial... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Because of the therapeutic properties, several plants and their chemical constituents have been used for treatment of various diseases. Therefore, isolated compounds from plants have been targets of numerous studies that evaluate their activity and mechanisms of action. Among compounds with chemopreventive potential, citral and eugenol have gain attention because of their chemical structures, monoterpene and phenol,respectively, and for their anti-inflammatory, antioxidant and antiparasitic potentials. Since DNA mutation is the first step for some diseases, and since the lesions induced in this molecule can be prevented or modulated by natural compounds, aim of the present study was first to evaluate the genotoxic potential of citral (25, 50 and 100 Tg/mL) and eugenol (0.31, 0.62, 1.24 and 2.48 Tg/mL) at different times after exposure (6, 10, 24 and 30 h), and then, their ability to modulate DNA damage induced by doxorubicin (DOX) at different treatment protocols (pre, post and simultaneous with DOX) and times (12, 24 and 36 h) in mice peritoneal macrophages. In addition, the toxicogenomic potential of citral and eugenol by modulating the expression of NF-KB1, COX-2 and TNF-α (related to inflammatory processes) genes in macrophages activated or not by bacterial lipopolysaccharide (LPS) was also investigated. The results showed that both compounds have genotoxic potential. In the case of citral, genotoxicity was observed for the two major concentrations, but only 6h after the exposure. For eugenol, increased DNA damage was detected for all concentrations, in at least one moment of analysis. Related to the antigenotoxicity, both citral and eugenol presented protective effects at different concentrations and treatment protocols, and the more effective activities were detected at simultaneous and pre-treatment... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

O cultivo da soja (Glycine max (L.) Merr.) em áreas de várzea surgiu como alternativa à monocultura de arroz, uma vez que cultivares com diferentes níveis de tolerância ao alagamento do solo foram identificadas. As tecnologias de sequenciamento de nova geração apresentam como vantagens o elevado volume de informações obtidas e uma visão direta na variação do DNA. Assim, é possível identificar polimorfismos e diferenciar genótipos quanto à característica de interesse. O objetivo deste trabalho foi ressequenciar e montar o genoma de duas cultivares de soja contrastantes para o caráter tolerância ao alagamento do solo, avaliar a expressão de genes candidatos e identificar alterações não sinônimas nas sequências gênicas. O DNA total das cultivares Introdução 27 (tolerante) e BRS 154 (sensível) foi extraído de folhas jovens. Ao DNA fragmentado e purificado foram adicionados indexadores e adaptadores conhecidos. Fragmentos com ~300pb foram selecionados e então realizado o sequenciamento pareado. As leituras de sequenciamento foram submetidas à verificação de qualidade das bases e a montagem foi realizada com os montadores ABySS, SOAPdenovo e a combinação Velvet e SSPACE. Para análise de RTqPCR foram escolhidos como candidatos à tolerância ao encharcamento do solo genes relacionados a rotas de captação de energia (ENO, ADH1, ALAT2 e GLB1), formação de estruturas associadas ao estresse (XETP e LBD41) e detoxificação celular (APX2). O alinhamento dos scaffolds gerados pelo montador AbySS e o genoma de referência da cv. Williams 82 foi realizado para reconstruir a sequência destes genes e as alterações não sinônimas foram identificadas. O sequenciamento gerou em média 111 milhões de leituras pareadas. A distribuição da qualidade das bases nas leituras foi elevada (e≥28) e adaptadores residuais não foram identificados. O programa ABySS mostrou maior eficiência na montagem dos genomas das cultivares Introdução 27 e BRS 154, gerando scaffolds maiores, com tamanho total de 1,024Gb e 1,020Gb, respectivamente. A taxa de alinhamento global das leituras com o genoma de referência foi de 97%. De maneira geral, a cultivar Introdução 27 apresentou maior expressão relativa de todos os genes avaliados. Alteração não sinônima entre os genótipos estudados foi constatada apenas no gene APX2 e diferenças na região promotora associada ao estresse foi constatada apenas no gene ALAT2. Dessa forma, não foi possível explicar as diferenças de expressão observadas, sugerindo uma maior complexidade do caráter estudado. / Soybean (Glycine max (L.) Merr.) in lowland areas emerged as alternative to rice monoculture, since cultivars with different levels of soil flooding tolerance have been identified. The next generation sequencing technologies generates high volume of data and a direct view of DNA variation. So, it is possible to identify polymorphisms and differentiate genotypes for traits of interest. The objective of this work was to resequence and assemble the genome of two contrasting soybean cultivars to soil flooding, to evaluate the expression of candidate genes and to identify non-synonymous changes in these gene sequences. Whole DNA of Introduction 27 and BRS 154 cultivars was extracted from young leaves. Indexers and adapters were added to fragmented and purified DNA. Fragments with ~300bp were selected and then pair-end sequencing was performed. Reads of sequencing were submitted to bases quality check and the assembly was performed with the ABySS, SOAPdenovo assemblers and the combination of Velvet and SSPACE. Candidate genes to soil flooding tolerance were submitted to RT-qPCR analysis. These genes were related to energy uptake routes (ENO, ADH1, ALAT2 and GLB1), formation of stress-associated structures (XETP and LBD41) and cell detoxification (APX2). The alignment of the scaffolds generated by the AbySS assembler and the cv. Williams 82 was performed to reconstruct the sequence of these genes and the non-synonymous changes were identified. Sequencing generated on average 111 million pair-end reads. The distribution of base quality in the reads was high (e≥28) and residual adapters were not identified. The ABySS program showed higher efficiency in assembling the genomes of Introduction 27 and BRS 154 cultivars, generating larger scaffolds, with a total size of 1.024Gb and 1.020Gb, respectively. The overall rate of alignment to reads with reference genome was 97%. In general, Introduction 27 cultivar presented the highest relative expression of all evaluated genes. Non-synonym alteration among the studied genotypes was observed only in the APX2 gene and differences in the promoter region associated with stress were found only in the ALAT2 gene. This way, was not possible to explain the differences in expression observed, suggesting a larger complexity in the studied trait.