Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-30Bitstream added on 2015-04-09T12:47:47Z : No. of bitstreams: 1 000814629.pdf: 620669 bytes, checksum: 55c45e6890c124d8c36422d936178543 (MD5) / A próstata canina pode desenvolver espontaneamente lesões proliferativas, associadas com a idade, inflamação e os hormônios, tais como: a hiperplasia prostática benigna (HPB), a atrofia inflamatória proliferativa (PIA) e o carcinoma prostático (CaP). Consequentemente, o cão pode ser usado para o estudo do processo carcinogênico da próstata no homem. Alterações na expressão gênica, proteica e na função do PTEN e TP53 foram detectadas nas lesões pré-neoplásicas e neoplásicas da próstata humana. A super-expressão da oncoproteína MDM2 e a perda de marcação nuclear do receptor andrógeno (AR) foram correlacionados com progressão tumoral e ineficiência ao tratamento anti-andrógeno do CaP no homem. Neste contexto, o objetivo deste estudo foi avaliar a expressão proteica de PTEN, MDM2, p53 e AR para determinar seu papel no processo carcinogênico da próstata canina e validar os resultados obtidos pelo grupo de pesquisa com a técnica de hibridação genômica comparativa (CHG) nesses genes. Com isso, foi construído um microarranjo de tecido (TMA), com 74 amostras da glândula prostática canina, divididas em 18 HPB, 22 PIA, 19 CaP e 15 próstatas de tecido normal. A técnica de imuno-histoquímica para os anticorpos PTEN, MDM2, p53, e AR, foi realizada pelo método de peroxidase e DAB. O PTEN, p53 e AR apresentaram perda de marcação nuclear nos carcinomas prostáticos quando comparados com o tecido prostático normal. Na oncoproteína MDM2, o tecido normal obteve marcação nuclear e citoplasmática discreta enquanto no CaP, mais de 85% das amostras apresentaram super-expressão citoplasmática/nuclear. A perda de marcação nuclear do PTEN, p53 e AR, e o ganho da expressão de MDM2 também foi relatado no CaP do homem, sugerindo que existem semelhanças nas alterações moleculares da rede PTEN/MDM2/p53 e AR em ambas as espécies no processo de carcinogênese prostática. Por conseguinte, a espécie cão é um ... / The canine prostate may spontaneously develop prostatic proliferative lesions, associated with aging, inflammation and hormones, such as: benign prostatic hyperplasia (BPH), proliferative inflammatory atrophy (PIA) and prostatic carcinoma (PCa). Consequently, the dog can be used for the study of carcinogenesis process in the prostate of men. Changes in PTEN and TP53 gene and protein expression and function were detected in preneoplasic and neoplasic lesion of human prostate. MDM2 oncoprotein overexpression and loss of nuclear staining of androgen receptor (AR) were correlated with tumor progression and inefficiency antiandrogen treatment of PCa in men. In this context, the aim of this study was to evaluate PTEN, MDM2, p53 and AR protein expression to determine their role in carcinogenic process of the canine prostate. We built a tissue microarray (TMA), with 74 samples of canine prostate, divided into 18 BPH, PIA 22, 19 PCa and 15 prostates of normal tissue. The immunohistochemistry was carried for PTEN, MDM2, p53, and AR antibodies with peroxidase method and DAB. The PTEN, p53 and AR showed loss of nuclear staining in canine prostate carcinoma compared with normal prostate tissue. MDM2 oncoprotein, in normal tissue was discrete cytoplasmic and we observed nuclear staining in CaP, while more than 85% of the samples showed cytoplasmic/nuclear overexpression. The loss of nuclear staining of PTEN, p53 and AR, and the gain of MDM2 expression was also reported in human PCa, suggesting that there are similarities in the molecular alterations of PTEN/MDM2/p53 network and AR in both species in the process prostate carcinogenesis. Therefore, the dog is a potential model for the study of molecular signaling pathways as PTEN/MDM2/p53 and AR involved in human PCa

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:18Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-05-30Bitstream added on 2015-04-09T12:47:45Z : No. of bitstreams: 1 000814554.pdf: 1036461 bytes, checksum: d283821ec198dc606a55ae773016ef83 (MD5) / Tumores mamários são muito comuns em cadelas e apresentam comportamento biológico semelhante aos que ocorrem nas mulheres, tornando a cadela um excelente modelo de estudo comparativo. A transição epitélio-mesênquima (EMT) facilita a migração celular, favorecendo a ocorrência de metástases, fator que tem influência direta no prognóstico das pacientes com neoplasia mamária. Assim, este estudo objetivou avaliar, pela técnica de imuno-histoquimica, marcadores de EMT em tumores mamários caninos (E-caderina, β-catenina, Vimentina e Citoceratina), além da expressão gênica e protéica de dos genes WNT5A e APC pelas técnicas de RT-qPCR e imuno-histoquímica. Para isto foram utilizadas 98 cadelas, sem predileção por raça ou idade, além de glândulas mamárias normais. Quatro grupos foram formados: (G1) 5 amostras de mamas normais sem alterações histopatológicas; (G2) 28 alterações mamárias benignas; (G3) 56 carcinomas mamários sem metástase e (G4) 14 carcinomas mamários com metástase. Ambos os genes (APC e WNT5A) mostraram maior expressão entre as mamas normais, sem diferença entre neoplasias benignas e malignas (com e sem metástase). O fenótipo de EMT foi identificado pela análise multivariada, pois neoplasias benignas foram fortemente associadas à β-catenina em membrana, escore elevado de citoceratina e negatividade para vimentina nas células epiteliais, enquanto os carcinomas metastáticos foram associados à β-catenina nuclear, baixo escore de E-caderina e positividade para vimentina em suas células epiteliais neoplásicas. Como a presença de β-catenina nuclear é característica da ativação da via de sinalização do Wnt/β-catenina, é possível concluir que esta via está ativada entre as neoplasias mamárias caninas e que o processo de EMT está ocorrendo visto a transformação das células epiteliais das neoplasias benignas em um fenótipo mesenquimal como o observado nas neoplasias ... / Mammary tumors are very common in bitches and have a very similar biological behavior to the ones that occur in women, turning it an excellent model for comparative studies. Epithelial-mesenchymal transition (EMT) facilitate migration and the occurrence of metastasis, factor that have direct influence on prognosis. Thus, this study aimed to evaluate, by immunohistochemistry (IHC), EMT markers in canine mammary tumors (e-cadherin, β-catenin, vimentin and cytokeratin). In addition, gene and protein expressions of two genes WNT5A and APC were evaluated by qRT-PCR and immunohistochemistry. To this, 98 bitches with no breed or age predilection, besides normal mammary glands without neoplastic lesions were used to form four groups: (G1) 5 normal mammary samples; (G2) 28 benign mammary lesions; (G3) 56 non-metastatic mammary carcinomas and (G4) 14 metastatic carcinomas. Both genes, APC and WNT5A show higher expression between normal mammary samples and no difference among benign and malignant tumors (metastatic and non-metastatic). EMT phenotype was identified by multivariate analysis, because benign tumors were stongly associated with membranous β-catenin, high scores of Cytokeratin and no vimentin expression in epithelial cells and metastatic carcinomas were strongly associated to nuclear β-catenin, low E-cadherin expression and vimentin positivity in neoplastic epithelial cells. As nuclear localization of β-catenin is characteristic of Wnt/β-catenin signaling pathway aberrant activation, we can conclude that Wnt/β-catenin signalling pathway is activated among canine mammary tumors and EMT is occuring since benign epithelial cells have been transformed in mesenchymal cells in metastatic tumors. Those findings provide data for a better understanding of cancer progression and open new perspectives about research not only in mammary tumors, but also in other neoplastic types in dogs, facilitating to identify new prognostic factors and ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-12-19. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:47:25Z : No. of bitstreams: 1 000827647.pdf: 518493 bytes, checksum: 3c0ed8f6246b2af2e53424e679ca76be (MD5) / O entendimento da reabsorção do rebordo residual (RRR) pode fornecer uma base científica importante para melhorar tratamentos restauradores e terapêuticos de pacientes edêntulos. O presente estudo teve como objetivo principal buscar marcadores moleculares envolvidos com a remodelação óssea no tecido ósseo proveniente de mandíbulas que sofreram a extração dos dentes remanescentes em período inferior a dois meses (no qual a RRR é mais intensa). O grupo de amostras analisadas no estudo foi composto por cinco indivíduos que sofreram extração dentária na área operada há menos de dois meses e por um paciente que sofreu extração dentária na área operada há mais de cinco anos, que foi usado como calibrador. Todos os pacientes tiveram os seus dados clínicos anotados e a radiografia panorâmica dos pacientes foi utilizada para realização de traçados para avaliação de características anatômicas previamente relacionadas com RRR. O RNA das amostras foi extraído e apresentaram pureza entre 1,8 e 2,0. A síntese de cDNA foi realizada pela técnica do qRT-PCR. Para as análises quantitativas, todas as reações foram realizadas em placas customizadas de 96 poços específicas para PCR em tempo real, utilizando iniciadores de 40 genes envolvidos no metabolismo ósseo. Levando-se em consideração o nível de expressão e a menor variação entre os genes de referência, HPRT1 foi o gene escolhido como normalizador. A média da idade dos indivíduos foi de 53,8 ± 5,6 anos e apenas um dos sujeitos da pesquisa era do gênero feminino. Em todas as amostras analisadas, ocorreu maior presença de genes-alvo sub-expressos (em verde), seguidos dos super-expressos (em vermelho) e dos moderadamente expressos (em preto). Foi observada intensa atividade de remodelação óssea nos pacientes com remodelação óssea inicial, os quais apresentavam grande heterogeneidade individual na expressao de genesde formação e reabsorção óssea. No.... / The understanding of residual ridge resorption (RRR) can provide an important scientific basis for improving restorative and therapeutic treatments of edentulous patients. The present study aimed to seek molecular markers involved in bone remodeling in bone tissue from jaws that suffered the extraction of remaining teeth in less than two months period (in which the RRR is more intense).The group of samples analyzed in this study was composed of five individuals who underwent tooth extraction operated in less than two months by area and one patient who underwent tooth extraction operated in the area for more than five years , which was used as calibrator. All patients had their recorded clinical data and panoramic radiographs of patients was used to perform set for evaluation of anatomical features previously related to RRR. The RNA samples were extracted and presented purity between 1.8 and 2.0. The preparation of cDNA was performed by qRT-PCR. For quantitative analysis, all reactions were performed at optical plates 96 wells for specific real-time PCR using primers of 40 genes involved in bone metabolism. Taking into account the level of expression and the lowest variation among the reference genes, HPRT1 was chosen as the normalizing gene. The mean age of subjects was 53.8 ± 5.6 years and only one of the subjects were female. In all samples, the greater presence of target genes underexpressed (green), followed by overexpressed (red) and moderately expressed (black) occurred. Intense activity of bone remodeling was observed in patients with initial bone remodeling, which had great individual heterogeneity in gene expression of bone formation and resorption. However, no significant correlations between clinical and laboratory findings for this group of patients

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-11-25. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:46:55Z : No. of bitstreams: 1 000828055.pdf: 2608706 bytes, checksum: c40774912b037cd6397b7453dba9d22e (MD5) / INTRODUÇÃO: Estudos moleculares do carcinoma de mama, baseados na identificação do perfil de expressão gênica por meio do cDNA microarray, permitiram definir subtipos distintos: luminal (A, B e híbrido), superexpressão de HER2 e triplo negativo. Painéis imunoistoquímicos têm sido propostos para a identificação destes subtipos, buscando reproduzir com certa aproximação os perfis de expressão gênica. A ultrassonografia é uma importante modalidade de imagem na caracterização dos tumores de mama e, consequentemente, na morfologia das lesões malignas. OBJETIVO: Diferenciar os subgrupos moleculares descritos quanto às suas características morfológicas ultrassonográficas. SUJEITOS E MÉTODOS: Este trabalho constitui-se em estudo clínico, de caráter analítico e prospectivo. Foram avaliadas 279 lesões mamárias com o diagnóstico de carcinoma ductal invasivo no Centro de Avaliação em Mastologia (CAM) do Departamento de Ginecologia, Obstetrícia e Mastologia da Faculdade de Medicina de Botucatu - UNESP no período de 2010 a 2013. RESULTADOS: As principais características ultrassonográficas associadas aos subtipos moleculares foram: a) luminal - pleomórficos, tecido ao redor do tumor espessado, margem não circunscrita, ausência de microcalcificações em seu interior, efeito acústico posterior ausente ou presença de sombra, presença de halo ecogênico e orientação não paralela a pele; b) triplo negativo - ovais e circunscritos, tecido ao redor do tumor normal, ausência de microcalcificações em seu interior, efeito acústico posterior ausente ou presença de reforço, limites abruptos e orientação mais paralela a pele; c) HER2 - pleomórficos, apresentarem tecido ao redor do tumor normal, margem não circunscrita, presença de microcalcificações em seu interior, serem heterogêneos, ausência de efeito acústico posterior, limites abruptos e orientação não paralela a pele; c) HER2 - pleomórficos, ... / INTRODUCTION: Breast cancer molecular studies are usefull to define distinct subtypes based on the identification of gene expression by cDNA microarray profile: luminal (A, B and hybrid), HER2 overexpression and triple negative. Immunohistochemical panels have been reported for identification of these subtypes with similarity with profiles of gene expression. Ultrasonography is an important imaging procedure in the characterization of breast tumors by the morphology of malignant lesions. OBJECTIVE: Differentiate the molecular subgroups described through sonographic morphologic characteristics. SUBJECTS AND METHODS: The present study is clinical, analytical and prospective. It was performed in the period from 2010 to2013 - 279 breast lesions were diagnosed with invasive ductal carcinoma at Centro de Avaliação em Mastologia (CAM) of the Department of Obstetrics, Gynecology and Breast Unit, Faculty of Medicine of Botucatu. RESULTS: The main sonographic features associated with molecular subtypes were: a) luminal - pleomorphic, thickened tissue around the tumor, no circumscribed margins, absence of microcalcifications, absent posterior acoustic shadowing effect, presence of echogenic halo and no parallel orientation to the skin; b) triple negative - oval and circumscribed lesions, normal tissue around the tumor, absence of microcalcifications, absence of posterior acoustic enhancement effect, sharp boundaries and parallel orientation the skin; c) HER2 - pleomorphic, normal tissue around the tumor, no circumscribed margins, presence of microcalcifications, heterogeneous, absent posterior acoustic effect, sharp boundaries and no parallel orientation to the skin. CONCLUSION: Statistically significant differences were found between distinct sonographic features and immunohistochemical subtypes studied

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:24:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-14. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:48:22Z : No. of bitstreams: 1 000846657_20170814.pdf: 327624 bytes, checksum: 7ef206fbad82624c5b13293820611818 (MD5) Bitstreams deleted on 2017-08-18T12:37:00Z: 000846657_20170814.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-08-18T12:37:50Z : No. of bitstreams: 1 000846657.pdf: 655179 bytes, checksum: a3015379981e83babb9b5ebdeb18615d (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / GPC3 (Glipican-3) é membro de uma família de proteoglicano de heparina sulfatada (HSPG). O GPC3 pode atuar controlando a migração celular, regulação negativa do crescimento celular e indução de apoptose. Esse gene é relatado por estar hipoexpresso em vários tipos de cânceres, o que pode resultar no crescimento celular descontrolado e contribuir para o fenótipo maligno de alguns tumores. O objetivo desse estudo foi analisar o mecanismo de ação do gene GPC3 em carcinoma renal de células claras (CCRCC). Primeiramente, foi construído o vetor de expressão e transfectado nas linhagens celulares de carcinoma renal ACHN e 786-O. A expressão de GPC3 foi analisada usando qRT-PCR e imunohistoquímica. A proliferação celular foi avaliada usando o MTT e o ensaio de formação de colônia. Análises de apoptose e ciclo celular foram avaliadas por citometria de fluxo. Foi observado que o gene GPC3 estava com baixa expressão em amostras de carcinoma renal de células claras e nas linhagens celulares quando comparado com amostras renais normais. Foi observado que a expressão de RNAm e os níveis de proteína GPC3 aumentaram após a transfecção com o vetor de expressão contendo a ORF de GPC3 nas linhagens celulares. A taxa de proliferação celular diminuiu nas células superexpressando GPC3 em ambas as linhagens, ACHN e 786-O (p<0,01). A apoptose não foi observada nas linhagens celulares de carcinoma renal superexpressando GPC3 (p > 0,05); entretanto, ocorreu um aumento na população de células na fase G1 do ciclo celular (p< 0,05). Esses resultados sugerem que o gene GPC3 reduz a taxa de proliferação celular por meio da parada do ciclo celular na fase G1 em carcinoma renal / Background: GPC3 (Glypican 3) is a member of the family of glypican heparan sulfate proteoglycans (HSPG). The GPC3 gene may play a role in controlling cell migration, negative regulation of cell growth and induction of apoptosis. This gene is reported to be downregulated in several cancers, which can result in uncontrolled cell growth and which can also contribute to the malignant phenotype of some tumors. The purpose of this study was to analyze the mechanism of action of the GPC3 gene in clear cell renal cell carcinoma (CCRCC). Methods: First, we constructed the expression vector and transfected renal carcinoma cell lines. GPC3 expression was analyzed using qRT-PCR and immunohistochemistry. We evaluated cell proliferation using MTT and colony formation assays. Apoptosis and cell cycle analyses were evaluated using flow cytometry. Results: We observed that the GPC3 gene was downexpressed in the clear cell renal cell carcinoma samples and in cell lines, which were both compared to normal renal samples. We observed that GPC3 mRNA expression and protein levels increased after the transfection into ACHN and 786-O cell lines. We found that the cell proliferation rate decreased in cells overexpressing GPC3 in both cell lines, ACHN and 786-O (p < 0.01). Also, apoptosis in the renal cell carcinoma cell line was not observed in cells overexpressing GPC3 (p > 0.05), but there was an increase in the cell population during the G1 phase in the cell cycle (p< 0.05). Conclusion: We suggest that the GPC3 gene reduced the cell proliferation rate through cell cycle arrest during the G1 phase in renal cell carcinoma

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:24:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-05-19. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:47:53Z : No. of bitstreams: 1 000846322_20151201.pdf: 248574 bytes, checksum: 6755b57b4d6797c9a4f5d72763bc6e05 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-12-01T09:08:34Z: 000846322_20151201.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-01T09:09:26Z : No. of bitstreams: 1 000846322.pdf: 1137761 bytes, checksum: bbe9bfb094663aef56d7a432ede431ba (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Estamos vivendo uma época onde os avanços das áreas ligadas a biologia são rotineiros, nos levando cada vez mais a nos habituar a experimentos com um grande número de variáveis. A tecnologia de sequenciamento de RNA (RNA-Seq) e parte deste quadro e as abordagens computacionais aplicadas neste âmbito não estão totalmente estabelecidas e necessitam de análises mais detalhadas. A partir da tabela de contagens, que sumariza cada biblioteca em uma condição experimental, propõe-se a utilização de um método variacional chamado de Suvrel, baseado na minimização de uma função custo que penaliza grandes distâncias entre elementos de mesma classe e favorece pequenas distâncias entre elementos de classes diferentes, para inferência de expressão diferencial. A aplicação do método foi realizada em uma tabela de contagens produzida após o sequenciamento, alinhamento e sumarização de 5 replicatas técnicas de RNA de referência humano juntamente com a mistura ERCC 1 e 5 replicatas técnicas de RNA de referência do cérebro humano juntamente com a mistura ERCC 2. Utilizando curvas ROC produzidas com os dados do projeto do MAQC-II, de nindo os transcritos analisados pelo projeto com log2 do fold-change maior que um limiar que varia de 0,5 a 2,0 como os verdadeiros positivos e os restantes como verdadeiros negativos, e poss vel concluir que o m etodo Suvrel tem maiores valores abaixo das curvas ROC na maior parte dos limiares. Utilizando curvas ROC produzidas com os dados do ERCC, geradas utilizando o logs das mudan cas das propor c~oes prede nidas das misturas ERCC 1 e 2 de 92 oligonucleot dios, e poss vel concluir que o m etodo Suvrel tem a maior area abaixo da curva ROC. Embora as a reas abaixo das curvas ROC sejam compar aveis as de outros pacotes (como por exemplo o edgeR), e importante ressaltar que elas foram produzidas usando um m etodo que não faz nenhum tipo de suposição quanto a distribuição associada aos reads... / We are living in a time where advances in areas related to biology are routine, taking us to accustom to experiments with large number of variables. The RNA sequencing technology (RNA-Seq) is part of this framework and computational approaches applied in this context are not fully established and require more detailed analysis. Generally, in a experiment of analysis of di erential expression, total RNA samples or messengers (mRNA) is extracted, puri ed, fragmented, sequenced, mapped, and nally counted, generating an count table that relates how many reads was aligned to a given gene in a experimental condition. From this stage, it is proposed to use a variational method, called Suvrel (Supervised Variational Relevance), based on the minimization of a cost function that penalizes large distances between the same class of elements and favors small distances between di erent classes of elements to make the inference of relevance of each gene. The application of the method was performed on count table produced after of sequencing, alignment and summarization of 5 technical replicates containing Strategene Universal Human Reference RNA (UHRR) (part of Sequencing Quality Control Consortium, SEQC) together with ERCC 1 mix, and 5 technical replicates containing Ambion's Human Brain Reference RNA (HBRR) (part of SEQC also) together with the ERCC 2 mix. Using the ROC (Receiver Operating characteristic) curves generating from data of MAC-II project, setting the transcripts with log of fold-change greater than a cuto (from 0.5 to 2.0) as true positive and the others as true negative, the curves 6.2 and 6.4 were generated. From these graphs it is possible to conclude that the Suvrel method has higher AUCs in most of cuto s. It is appropriate to note that conclusions were obtained using a method that does not make any assumption about the distribution associated with the reads, using a simple normalization (divide the counts of a gene by its standard ...

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:48Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-12-18Bitstream added on 2014-08-13T18:00:29Z : No. of bitstreams: 1 000758930_20150818.pdf: 1212662 bytes, checksum: b031bf1d8704df644dfe9adcd8ac1f68 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-08-20T11:58:35Z: 000758930_20150818.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-20T11:59:12Z : No. of bitstreams: 1 000758930.pdf: 3771682 bytes, checksum: 5c0fc2cb3bf6c39b641b63aa4f2b4bee (MD5) / O câncer de mama (CM) é uma doença heterogênea em relação às alterações moleculares, composição celular e evolução clínica. Pacientes com características clínicas e histopatológicas semelhantes podem apresentar prognósticos distintos. Análises de alterações genômicas em larga escala têm contribuído para identificar regiões e genes associados com os vários estágios da tumorigênese mamária. O presente estudo teve como objetivo avaliar o perfil de alterações no número de cópias genômicas por Hibridação Genômica Comparativa baseada em arrays (aCGH), utilizando a plataforma 4x180K (Agilent Technologies) em 53 carcinomas ductais invasivos (CDI) primários. Os CDI apresentaram 3.849 alterações genômicas, com semelhante proporção de perdas e ganhos genômicos (1.622 e 1.731, respectivamente), 444 ganhos em alto nível (12%) e 52 perdas homozigotas (1%). Foram identificadas 19 alterações genômicas significativamente recorrentes presentes em mais de 20% dos tumores. Foram detectadas perdas em 1p36.32, 8p23.3, 8p23.1, 8p11.23, 11q25, 14q11.1-q11.2, 16q23.3, 16q24.1 e 18q23; e ganhos em 1q21.1, 1q21.2, 1q22, 1q32.1, 1q42.3, 1q44, 8q24.21 e 15q11.2. As alterações mais prevalentes foram ganhos em 8q24.21 (36%) e 1q44 (32%), e a perda em 8p11.23 (28,3%). Ganhos em 1q21.1-1q21.2 foram associados com tumores negativos para o receptor de estrógeno (ER-) (P=0,016). Perda em 8p23.1 foi associada com um maior tempo de sobrevida livre de doença (P=0,027) e perda em 8p23.3 com tumores HER2+ (P= 0,033) e Ki67 alto (P= 0,036). Ganho em 8q24.21 foi associado com menor risco de acometimento de linfonodos (P=0,0199). A perda em 14q11.1-q11.2 associou-se com características de maior agressividade tumoral, como grau III (P=0,0147), Ki67 alto (P=0,0096) e pior evolução clínica, desenvolvimento de metástase (P=0,0375). Perda em 18q23 foi associada com tumores negativos para o receptor de progesterona (PR-) (P=0,0065). A ... / Breast cancer (BC) is a heterogeneous both at molecular and clinical level. Patients with similar clinical and histopathological findings can present different prognosis. Analysis of large scale genomic changes have helped to identify regions and genes associated with the various stages of mammary tumorigenesis. The present study aimed to evaluate the genomic profile by Comparative Genomic Hybridization array-based (aCGH), using the platform 4x180K (Agilent Technologies) in 53 primary invasive ductal carcinomas (IDC). The IDC showed 3849 genomic alterations, with similar proportion of genomic gains and losses (1,622 and 1,731, respectively), 444 alterations were found with high copy number gains (12%) and 52 homozygous losses (1%). We were identified 19 significantly recurrent genomic alterations in more than 20% of tumors. Losses were detected at 1p36.32, 8p23.3, 8p23.1, 8p11.23, 11q25, 14q11.1-q11.2, 16q23.3, 16q24.1 and 18q23, and gains at 1q21.1, 1q21.2, 1q22, 1q32.1, 1q42.3, 1q44, 8q24.21 and 15q11.2. The most frequent alterations were gains at 8q24.21 (36%) and 1q44 (32%), and losses at 8p11.23 (28.3%). Gains in 1q21.1-1q21.2 were associated with negative estrogen receptor (ER-) (P = 0.016) tumors. Loss on 8p23.1 was associated with longer disease-free survival (P = 0.027). Losses on 8p23.3 were associated with HER2 + tumors (P = 0.033) and high level of Ki67 (P = 0.036). Gain at 8q24.21 was associated with lower risk of lymph node involvement (P = 0.0199). Loss at 14q11.1-q11.2 was associated with more aggressive tumor characteristics such as grade III (P = 0.0147), high level of Ki67 (P = 0.0096) and worse clinical outcome, with metastasis development (P = 0.0375). Loss at 18q23 was associated with progesterone receptor negative (PR-) (P = 0.0065) tumors. The comparison of the genomic alterations according to receptor status ER, PR and HER2, lymph node involvement (LN) and development of distant metastases (DM) revealed ...

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:50Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-17Bitstream added on 2014-08-13T18:00:21Z : No. of bitstreams: 1 000761591.pdf: 654448 bytes, checksum: 81dc07eca2bdfb73c1933089f1b5ed3c (MD5) / Estudos sobre o desenvolvimento dos adipócitos têm se tornado importante, devido ao fato da diferenciação deste tipo celular estar associado a diversas doenças crônicas e/ou degenerativas, tais como hipertensão, diabetes, doenças cardiovasculares e câncer, as quais possuem vínculo com a obesidade, devido, em parte, à expansão do tecido adiposo. A vitamina D tem demonstrado relação com a obesidade e, portanto, estudar suas bases moleculares, vias metabólicas e interação com tecidos, como o tecido adiposo, é necessário para auxiliar futuramente as ações práticas e clínicas do controle das doenças que acometem grande parte da população. Assim, o presente estudo objetiva estudar essas interações in vitro utilizando pré adipócitos humanos SGBS para a avaliação da expressão dos genes VDR, GR e PPARγ. Para este estudo foram feitas três repetições biológicas independentes e separado por tempo de tratamento (4 horas, 12 horas, 24 horas, 4 dias, 8 dias e 12 dias) e pré-adipócitos as células do tempo 0 hora. Em todos os tempos avaliados as células foram divididas em dois grupos: controle (etanol) e tratado (1,25(OH)2D3). Realizou-se extração de RNA total com posterior análise de expressão gênica via RT-qPCR. Ao se comparar a expressão relativa dos genes alvo com o pré-adipócito não tratado (0h), para ambos os grupos e tempos, o gene GR apresentou diferença estatisticamente significativa (p<0,001) para o grupo tratado com vitamina D nos tempos 12 e 24h, 4, 8 e 12 dias, e para o grupo controle os tempos 12 e 24h, 4 e 8 dias. Encontrou-se diferença significativa para o gene PPARɣ no grupo tratado para os tempos 8 e 12 dias, resultado semelhante ao grupo controle, quando comparados com o préadipócito (0h). A expressão basal do gene VDR não apresentou diferença estatisticamente significativa quando comparado com o pré-adipócito. No entanto, no que tangue o fold change, o gene VDR foi o único a... / Studies on the development of adipocytes have become important due to the fact that differentiation of this cell type is associated with several chronic and or degenerative diseases such as hypertension, diabetes, cardiovascular disease and cancer, which have link with obesity due in part to the expansion of adipose tissue. Vitamin D has shown relationship with obesity and their molecular bases, pathways and interaction with tissues, such as adipose tissue, therewise studies are necessary to support future clinical practices and actions to control of diseases that affecs large populations. This research aims to study these interactions in vitro using SGBS human adipocytes to assess the expression of VDR, GR and PPARɣ genes. For this study, three independent biological replicates were made separate at treatment times (4 hours, 12 hours, 24 hours, 4 days , 8 days and 12 days) and pre- adipocyte cells from time 0 hour. At all times the cells were evaluated divided into two groups: control (ethanol) and treated (1,25(OH)2D3). Total RNA extraction with subsequent analysis of gene expression by RT-qPCR were performed. When comparing the relative expression of target genes with untreated pre-adipocyte (0h) for both groups and times, the GR gene showed a statistically significant difference ( p < 0.001 ) for the group treated with vitamin D in 12 hours, 24 hours, and, 4, 8 and 12 days for the control group and the times 12 and 24 hours, 4 and 8 days. There was significant difference for PPARɣ gene in the group treated at times 8 and 12 days, similar to the control group results, when compared with the pre-adipocyte (0h). The basal expression of the VDR gene showed no statistically significant difference when compared with the preadipocyte. However, for the fold change, the VDR gene was the only to show expression statistically different at time 0h having a negative expression of 2.87 (p <0.05) at time 4 days. The values of fold change found in...

Made available in DSpace on 2014-12-02T11:16:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-18Bitstream added on 2014-12-02T11:21:06Z : No. of bitstreams: 1 000773336_20190218.pdf: 311514 bytes, checksum: 3013fb73613f9ad6df44d3e85824afe7 (MD5) / O fungo filamentoso Neurospora crassa é um organismo modelo amplamente utilizado para estudos de diversos aspectos da biologia dos eucariotos. Nosso laboratório tem utilizado este fungo para estudar os mecanismos moleculares e bioquímicos envolvidos na regulação do metabolismo de glicogênio. A avaliação de uma coleção de linhagens mutantes individualmente nocauteadas em genes que codificam fatores de transcrição permitiu identificar várias proteínas potencialmente envolvidas na regulação do metabolismo de glicogênio do fungo N. crassa. Dentre as proteínas, o fator de transcrição FLBC foi identificado como uma possível proteína regulatória do metabolismo de glicogênio. A linhagem mutante apresentou alterações no perfil de acúmulo de glicogênio e na expressão do gene gsn em relação à linhagem selvagem, quando submetidas a estresse térmico. Estudos preliminares realizados anteriormente em nosso laboratório mostraram severas alterações morfológicas na linhagem flbCKO, como reduzida capacidade de conidiação, com a presença de poucos microconídios, formação de hifas aéreas reduzidas, morfologia das extremidades das hifas alterada, aspecto e morfologia alterados das colônias e produção acentuada do pigmento melanina, indicando que a proteína FLBC desempenha importante papel no desenvolvimento do fungo. O fator de transcrição FLBC, objeto de estudo deste trabalho, é uma proteína homóloga às proteínas FlbC e FLE1 dos fungos Aspergillus nidulans e Podospora anserina, respectivamente, ambas envolvidas nos processos de conidiação e desenvolvimento dos fungos. O objetivo deste trabalho foi realizar uma caracterização funcional detalhada deste fator de transcrição em N. crassa. Análises de expressão gênica mostraram níveis elevados do transcrito flbC durante o crescimento vegetativo do fungo e após a indução do desenvolvimento assexual. A linhagem nocaute mostrou uma desregulação... / The filamentous fungus Neurospora crassa is a model organism widely used for studies of several aspects of the biology in eukaryotes. We have been studying the molecular and biochemical mechanisms involved in glycogen metabolism regulation in this fungus. The screening of a knocked-out strains set in genes encoding transcription factors has identified many proteins likely involved in the regulation of glycogen metabolism in the fungus N. crassa. Among the proteins, the transcription factor FLBC was identified as a regulatory protein of the glycogen metabolism. The mutant strain showed changes in the glycogen accumulated and in the gsn gene expression when compared to the wild-type strain under heat stress. Preliminary studies carried out in our laboratory showed severe morphological changes in the strain flbCKO, such as reduced ability to conidiate, presence of a few microconidia, reduced production of aerial hyphae, altered morphology of hyphae tips, changes in the colonies morphology and high production of the pigment melanin, suggesting that FLBC plays an important role in the fungus development. The transcription factor FLBC, object of study in this work, is the Aspergillus nidulans and Podospora anserina FlbC/FLE1 homologous protein, respectively, both involved in conidiation and fungal growth. The purpose of this study was to perform functional characterization of this transcription factor in N. crassa. Analysis of gene expression showed high levels of the transcript flbC during vegetative growth and after induction of asexual development. The knockout strain presented a misregulation in the accumulation of reserve carbohydrate (glycogen and trehalose) during vegetative growth accumulating higher levels of both carbohydrates as compared to the wildtype strain. Analysis of gene expression in the strains wild-type and flbCKO showed that gdn (encoding for debranching enzyme) and gpn (encoding glycogen phosphorylase) genes are...

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-05-16Bitstream added on 2015-01-26T13:30:32Z : No. of bitstreams: 1 000795987.pdf: 998188 bytes, checksum: e6159c6f35ebfadfb6dd641749093a52 (MD5) / A Mancha Preta dos Citros (MPC), causada pelo fungo Phyllosticta citricarpa, é uma das mais importantes doenças da citricultura brasileira. No entanto, muito pouco se sabe sobre os mecanismos de patogenicidade deste patógeno na interação com seus hospedeiros. Além disso, P. citricarpa é morfologicamente muito semelhante a P. capitalensis, espécie endofítica também em citros, o que dificulta a diferenciação entre elas, gerando evidentes barreiras fitossanitárias à exportação de frutos in natura. Do mesmo modo, pouco ainda é conhecido sobre seus genomas, ainda não completamente sequenciados, assim como seus transcriptomas em diferentes condições. Assim, o objetivo geral desse trabalho foi avaliar e comparar os genomas e transcriptomas de P. citricarpa e P. capitalensis. O sequenciamento genômico com tecnologia Illumina gerou 179.880.616 reads para P. citricarpa que foram montados em 19.143 contigs, e 148.831.020 reads de P. capitalensis contidos em 11.080 contigs. Foram preditas 16.267 ORFs para a espécie patogênica e 14.813 para a espécie endofítica. Ambos os genomas são similares, com quantidades semelhantes de genes na maioria das categorias analisadas. Os transcriptomas por sua vez geraram em média 74 bilhões de reads por repetição biológica para ambas as espécies, com 3.074 transcritos diferencialmente expressos, sendo 2.637 mais expressos em P. citricarpa e 1.097 em P. capitalensis, com expressiva diferença qualitativa em ambas. P. citricarpa apresentou maior quantidade de genes expressos que P. capitalensis em quase todas as vias analisadas. A espécie endofítica apresentou maior número de genes expressos nas vias de sinalização e adesão. Além disso, os genes envolvidos na interação planta-patógeno foram também mais expressos na espécie endofítica. Os resultados obtidos dos genomas e transcriptomas de P. citricarpa e de P. capitalensis contribuem para maior compreensão da biologia dessas espécies / Citrus black spot (CBP), caused by Phyllosticta citricarpa, is one of the most important citrus disease in the Brazilian citrus industry. However, the mechanisms of pathogenicity of this pathogen during the interactions with their hosts are poorly understood. P. citricarpa is frequently associated with P. capitalensis, which is morphologically similar to the endophytic specie. This feature difficults the differentiation of both species resulting in phytossanitary barriers for in natura fruit exportation. Moreover, their genomes were not fully sequenced yet and there is a lack of knowledge of their transcriptomes in different conditions. Thus, the overall objectives of this work were to evaluate and compare the genome and transcriptome of both species. The total genome sequence was 179,880,616 reads for P. citricarpa and 148,831,020 reads for P. capitalensis assembled in 19,143 and 11,080 contigs, respectively. There were predicted 16,267 ORFs for the pathogenic specie and 14,813 for the endophytic specie. P. citricarpa and P. capitalensis presented very similar amounts of genes. The transcriptomic sequence generated on average 74 billion of reads per biological repeat for each species. There were obtained 3,074 differential expressed transcripts, 2,637 were more expressed in P. citricarpa and 1,097 in P. capitalensis. Transcriptional differences between these species were observed. P. citricarpa showed more expressed genes than P. capitalensis in most analyzed categories. The endophytic specie presented more expressed genes on signaling pathway and adhesion than the pathogenic specie. Additionally, plant-pathogen interaction genes were expressed on P. capitalensis. Thus, the results of genomic and transcriptomic analyses of the P. citricarpa and P. capitalensis contribute to the biology comprehension of these species