Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2017-05-05T19:00:03Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Winnie Castro Amorim e Albuquerque - 2017.pdf: 2279498 bytes, checksum: 160e4a276e405c6393dd5bb7742b106b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-10T13:37:01Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Winnie Castro Amorim e Albuquerque - 2017.pdf: 2279498 bytes, checksum: 160e4a276e405c6393dd5bb7742b106b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T13:37:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Winnie Castro Amorim e Albuquerque - 2017.pdf: 2279498 bytes, checksum: 160e4a276e405c6393dd5bb7742b106b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-03-31 / Outro / Bovine papillomavirus is the etiological agent of bovine papillomatosis, a disease that triggers warts throughout the skin, udder, roofs, genitalia and in more severe cases can develop extensive papillomas, cause neoplasia in the digestive tract and bladder, weaken the animal's health and cause losses in the Productivity and losses for livestock. The present study aims to detect and typify bovine Papillomavirus present in bovine tissue and blood samples with papillomatosis, to sequence the isolated viral types, to analyze the nucleotide sequences and the phylogeny of the detected viral types. As a result, amplification was obtained in five tissue samples (papilloma) from different bovines, not being successful in the amplification of blood samples. PCR reactions revealed the presence of BPV-1 in 60%, BPV-5 in 40%, BPV-9, BPV-10, BPV-13 and BPV-14 in 20% and BPV-12 in 40% of the analyzed samples. The presence of coinfection was verified in 60% of the lesions analyzed, with up to four viral types infecting the same sample. Alignments of viral type sequences 1, 5 and 14 were validated with identity ranging from 74% to 95%. The phylogenetic diagram showed a genetic approximation between viral types 1 and 14, both belonging to the genus Deltapapillomavirus, and distancing between nucleotide sequences of viral types 5, 9 and 14. Papillomaviruses of types 5 and 9 belong to different genera, Epsilonpapillomavirus and Xipapillomavirus, Respectively, the phylogenetic distance between these viral types, verified in the diagram, is justified. / Papilomavírus bovino é o agente etiológico da papilomatose bovina, doença que desencadeia verrugas por toda pele, úbere, tetos, genitália e em casos mais graves pode desenvolver papilomas extensivos, causar neoplasia no trato digestivo e bexiga, debilitar a saúde do animal e provocar perdas na produtividade e prejuízos para a pecuária. O presente estudo possui como objetivo detectar e tipificar Papilomavírus bovino presentes em amostras de tecido e sangue de bovinos com papilomatose, sequenciar os tipos virais isolados, analisar as sequências nucleotídicas e a filogenia dos tipos virais detectados. Como resultado, obteve-se amplificação em cinco amostras de tecido (papiloma) de diferentes bovinos, não obtendo sucesso na amplificação das amostras de sangue. As reações de PCR revelam a presença do BPV-1 em 60%, BPV-5 em 40%, BPV-9, BPV-10, BPV-13 e BPV-14 em 20% e BPV-12 em 40% das amostras analisadas. A presença de coinfecção foi verificada em 60% das lesões analisadas, com até quatro tipos virais infectando a mesma amostra. Os alinhamentos das sequencias do tipo viral 1, 5 e 14 foram validados com identidade variando de 74% a 95%. O diagrama filogenético demonstrou aproximação genética entre os tipos virais 1 e 14, ambos pertencentes ao gênero Deltapapillomavirus, e distanciamento entre as sequências nucleotídicas dos tipos virais 5, 9 e 14. Os papilomavírus dos tipos 5 e 9 pertencem a gêneros diferentes, Epsilonpapillomavirus e Xipapillomavirus, respectivamente, justifica-se dessa forma, a distância filogenética entre esses tipos virais, verificada no diagrama.

O gênero Sargassum C. Agardh (Sargassaceae) constitui um dos mais representativos dentre os 41 gêneros da ordem Fucales (Phaeophyceae, Heterokontophyta), é amplamente distribuído nas regiões tropicais e subtropicais do globo e é considerado um importante componente da flora marinha. Devido ampla variabilidade fenotípica é considerado um dos gêneros de taxonomia mais complexa dentre as algas pardas, como são popularmente conhecidos os representantes da classe Phaeophyceae. A filogenia da ordem Fucales é bastante discutida para gêneros do hemisfério norte, mas ainda pouco elucidada. Os estudos de filogenia referentes ao gênero Sargassum são escassos, limitando-se a poucos marcadores moleculares, com baixa resolução no âmbito inter-específico e limitados à espécies de ocorrência nos oceanos Indo-Pacífico e Atlântico Norte. Nenhum estudo filogenético incluí espécies do Atlântico Sul para este gênero. Este estudo é pioneiro na análise de seqüências de diferentes marcadores moleculares para espécies do Atlântico Sul. Neste estudo, foram seqüenciados completamente os marcadores moleculares nucleares SSU rDNA e ITS2 para os táxons infra-genéricos Sargassum cymosum var. cymosum, S. cymosum var. nanum, S. furcatum, S. stenophyllum e S. vulgare. Todas as seqüências obtidas para ambos os marcadores apresentaram 100% de identidade entre os táxons analisados. Foram feitas seqüências também para o marcador molecular plastidial rbcL (parcial) e espaçador rbcLS para as espécies S. filipendula, S. stenophyllum e S. vulgare que resultaram também em 100% de identidade. Análises filogenéticas de cada um dos marcadores moleculares, incluindo nossas seqüências e aquelas disponíveis no Genbank e geradas pelos métodos de inferência \"Neigbour-joining\", máxima parcimônia e máxima verossimilhança se apresentaram robustas e corroboram outros resultados descritos na bibliografia referente a ordem Fucales e ao gênero Sargassum. Entretanto, tais resultados fornecem um forte indício da necessidade de busca de marcadores moleculares eficientes, devidamente respaldados por estudos de hibridação in vitro, dados ecológicos e de biogeografia para um melhor entendimento acerca das espécies ocorrentes na costa brasileira. / The genus Sargassum C. Agardh (Sargassaceae) is one of the most conspicuous among the 41 genera of the order Fucales (Phaeophyceae, Heterokontophyta). The genus has a broad distribution in the tropical and subtropical regions of the world, and is considered an important component of the marine flora. Due to a high phenotipic variation, the taxonomy of the genus is considered of the most complex among the brown seaweeds, as are known the representatives of the class Phaeophyceae. The phylogeny of the order Fucales was studied for the North Hemisphere genera, but is still not well understood. The phylogenetic studies of the genus Sargassum are scarce and limited to a few molecular markers, presenting low resolution for inter-specific analysis and are available only for species from the Indo-Pacific and the North Atlantic. There are no phylogenetic studies including species from the South Atlantic for the genus. This study is the first to analyze sequences from different molecular markers for species from the South Atlantic. In this study, the nuclear SSU rDNA and ITS2 were completely sequenced for the infra-generic taxa Sargassum cymosum var. cymosum, S. cymosum var. nanum, S. furcatum, S. stenophyllum and S. vulgare. All the sequences for both markers presented 100% identity among analyzed taxa. Sequences were also obtained for the chloroplast marker rbcLS, including parcial rbcL and the spacer region rbcLS for the species S. filipendula, S. stenophyllum and S. vulgar. These sequences also presented 100% identity among analyzed taxa. Phylogenetic analysis of each of the molecular markers, including our sequences together with other sequences available in the Genbank and generated by the inference methods Neigbour-joining, maximum parsimony and maximum likelihood were robust and similar to other results described in the literature for the order Fucales and the genus Sargassum. Nonetheless, these results are an indicative of the need for more efficient molecular markers, associated with data from in vitro hibridization, ecology and biogeography for a better understanding about the taxa occurring on the brazilian coast.

Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-05-10T15:57:55Z No. of bitstreams: 1 robertodeoliveiramarchesini.pdf: 5108455 bytes, checksum: bcc95fb0d9a2ba10b89dacc6905623d6 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-05-11T13:29:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 robertodeoliveiramarchesini.pdf: 5108455 bytes, checksum: bcc95fb0d9a2ba10b89dacc6905623d6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-11T13:29:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 robertodeoliveiramarchesini.pdf: 5108455 bytes, checksum: bcc95fb0d9a2ba10b89dacc6905623d6 (MD5) Previous issue date: 2015-02-23 / FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / O presente trabalho amplia o conhecimento acerca da filogenia de microeucariotos ciliados (Alveolata, Ciliophora) da subclasse Peritrichia Stein, 1859 baseada em análises de sequências de 18S-rDNA e compara sistemática tradicional do grupo com a filogenia baseada em dados moleculares. A proposta apresenta ainda a caracterização multidisciplinar de uma espécie de ciliado peritríqueo epistilídeo com dados morfológicos, ecológicos e moleculares. A dissertação está dividida em dois capítulos (seções). No capítulo 1 foi realizado um estudo filogenético de representantes da subclasse Peritrichia, com inclusão de 12 novas sequências de 18S-rDNA (11 espécies e quatro gêneros - Epistylis, Opercularia, Orborhabdostyla, Rhabdostyla) obtidas de organismos coletados em ecossistemas na região Sudeste do Brasil, mais precisamente no estado de Minas Gerais. Neste capítulo foi discutida a validade de algumas famílias da subclasse Peritrichia e investigado se as principais características morfológicas usadas para definir a sistemática do grupo refletem genuína divergência evolutiva. As principais contribuições deste estudo foram: a subclasse Peritrichia está dividida em dois grandes clados; a família Operculariidae parece ser um grupo natural; a família Epistylididae é um grado e não um clado natural e, portanto, necessita de importante revisão sistemática, havendo representantes desta família se agrupando em distintos ramos da subclasse Peritrichia, os epistilídeos Rhabdostyla e Orborhabdostyla não se agruparam em mesmo clado tal como estabelecido na sistemática atual, baseado em similaridades morfológicas, 5a família Zoothamniidae é parafilética, e 6os “vorticelídeos” não constituem um agrupamento natural, necessitando de importante revisão das principais características morfológicas usadas atualmente como sinapomorfias morfológicas. No capítulo 2 (seção 2) foi realizada caracterização multidisciplinar de uma população de Rhabdostyla inclinans epibionte de anelídeos Aeolosomatidae coletada em tanques de bromélia. Neste estudo foi discutida pela primeira vez a posição filogenética de um representante do gênero Rhabdostyla dentro da subclasse Peritrichia e apresentado dados detalhados da morfologia desta população, bem como informações ecológicas sobre a relação epibiótica. As duas sequências de 18S-rDNA de R. inclinans obtidas se agruparam entre representantes da família Vorticellidae, o que refuta a classificação tradicional deste gênero como um epistilídeo (Epistylididae) baseada em caracteres morfológicos. Os resultados moleculares ressaltam necessidade de se ampliar número de sequências de espécies do gênero Rhabdostyla nos bancos de dados genéticos para melhor entendimento da filogenia de peritríqueos epistilídeos¸ / This work extends the knowledge of the phylogeny of ciliated micro-eukaryote (Alveolata, Ciliophora) of Peritrichia Stein, 1859 subclass based on analysis of 18S-rDNA sequences and compares traditional systematics of the group to the phylogeny based on molecular data. The proposal also presents a multidisciplinary characterization of Rhabdostyla inclinans (Peritrichia, Epistylididae) with morphological, ecological and molecular data. The dissertation is divided into two chapters (sections). In Chapter one (section 1) a phylogenetic study of representatives of Peritrichia subclass was performed with inclusion of 12 new sequences of 18S-rDNA (11 species and four genera - Epistylis, Opercularia, Orborhabdostyla, Rhabdostyla) obtained from organisms collected in ecosystems in the Southeast region Brazil, more precisely in the state of Minas Gerais. In this chapter was discussed the validity of some families of peritrichs and investigated whether the main morphological characteristics used to define the systematics of the group reflect genuine evolutionary divergence. The main contributions of this study were: 1Peritrichia subclass is divided in two major clades; 2Operculariidae family seems to be a natural group; 3There are representatives of the Epistylididae family grouping in different branches of the subclass Peritrichia. This fact suggests that Epistylididae family is a grade and not a natural clade and therefore requires systematic review. ; 4The Rhabdostyla and Orborhabdostyla epistilids did not grouped in the same clade as set out in the current system based on morphological similarities; 5Zoothamniidae family is paraphyletic; 6vorticelids did not formed a natural group requiring major review of the main morphological features currently used as morphological synapomorphies. In chapter two (section 2) was performed a multidisciplinary characterization of epibionts population of Rhabdostyla inclinans on Aeolosomatidae collected in bromeliad tanks in Brazil. This study discusses for the first time phylogenetic placement of the Rhabdostyla genus within peritrich subclass and presents detailed morphology data for this population. Data about information of Epibiotic relationship are presented too. The two 18S-rDNA sequences of Rhabdostyla inclinans obtained clustered with representatives of Vorticellidae family, which refutes the traditional classification of this genus as a epistilid (Epistylididae) based on morphological characters. The molecular results highlight the need to expand the number of sequences of Rhabdostyla genus in genetic databases to better understand the phylogeny of epistilids peritrichs and instigate review and search for new morphological characters to be used as synapomorphy of clades that constitute Peritrichia subclass.

O gênero Porphyra (Rhodophyta) apresenta uma considerável importância econômica, sendo extensivamente cultivado e consumido como alimento. O gênero é representado por mais de 70 espécies e apresenta ampla distribuição geográfica, desde regiões tropicais até polares. Sua taxonomia, baseada em poucos caracteres da fase macroscópica do seu ciclo de vida, é ainda bastante problemática. Para tentar entender melhor a taxonomia e a história evolutiva de Porphyra foram utilizadas metodologias de biologia molecular e características da fase conchocelis do ciclo de vida. Verificou-se que caracteres da fase microscópica podem ser utilizados para complementar os conhecimentos taxonômicos tradicionais. Para tentar elucidar a posição filogenética do gênero Porphyra na divisão Rhodophyta e, dentro do gênero, entre espécies do Atlântico, o gene nuclear que codifica para o RNA ribossomal da subunidade pequena do ribossomo (rDNA 18S) foi amplificado através de PCR, clonado e completamente sequenciado. Foram utilizadas três espécies de Porphyra da Nova Escócia (Canadá) e duas de São Paulo (Brasil). As sequências obtidas foram alinhadas com as de alguns eucariontes e de outras algas vermelhas, incluindo uma sequência publicada de \"Porphyra umbilicalis\" da França. As árvores filogenéticas foram construídas através dos métodos de parcimônia, distancia e máxima verossimilhança. As analises mostraram que o gênero Porphyra é monofilético para as cinco espécies estudadas e constitui um dos ramos mais antigos dentro das algas vermelhas já analisados. O gênero Porphyra, subclasse Bangiophycidae, apresentou uma diferença substancial em relação aos gêneros da subclasse Florrideophycidae, sustentando assim, a divisão de Rhodophyta em duas subclasses pela taxonomia tradicional. Entre os eucariontes, Porphyra divergiu ao mesmo tempo que o nuclemorfo de Cryptomonas. O alto grau de divergência genética encontrada entre espécies de Porphyra, além de indicações do registo fóssil, na literatura, sugerem que o gênero é bastante primitivo dentro das algas vermelhas. Surpreendentemente, a sequência publicada para \"Porphyra umbilicalis\" apresentou mais de 99% de identidade com uma espécie de Palmaria que pertence à subclasse Florideophycidae; neste caso, a biologia molecular serviu para comprovar a identificação errônea do exemplar cuja sequência foi publicada. Durante a análise filogenética, verificou-se a ocorrência de um intron do grupo ICI nos genes rDNA 18S de Porphyra spiralis var. amplifolia. Esse intron ocorre na mesma posição que os introns do grupo IC1 nos rDNA 18S dos fungos Pneumocystis carinii, Protomyces inouyei e da alga verde Chlorella ellipsoidea, e apresenta identidade de sequências nos domínios P1 e P2, fora da região conservada, com o intron de Pn. Carinii. Três variantes, diferindo do tamanho da seqüencia do domínio P1, foram observados em três populações com distribuição geográfica diferente. O variante maior pode se auto-processar (\"self-splice\") in vitro. Quadros abertos de leitura estão presentes nos introns, mas não correspondem a nenhum gene conhecido. Introns estão presentes no rDNA 18S de outras espécies de Porphyra, que também podem apresentar variantes do rDNA 18S sem introns / The red algas genus Porphyra has considerable economic importance, and some species are extensively cultivated for human food. The genus is represented by more than 70 species, and occurs worldwide. Its taxonomy, based mainly on morphological characters of the macroscopic phase of its life-cycle is still unsettled. Alternatives to try to understand better the taxonomy and evolutive history of the genus were ascertained. It was verified that characters of the microscopic, filamentous phase, of the life-cycle of Porphyra may be used to complement the traditional taxonomic studies. To try to elucidate the phylogenetic position of Porphyra relative to the other red algae, and within the genus, among isolates from different locations, nuclear-encoded small-subunit ribosomal RNA genes (18S rDNAs) were PCR-amplified, cloned and completely sequenced. Three species of Porphyra from Nova Scotia and two species from Brasil were aligned with 18S sequences of other eukaryotes, including one published sequence of \"Porphyra umbilicalis\" from France. Phylogenetic trees were constructed by parsimony, distance and maximum-likelihood procedures. Analysis of our data revealed that these Porphyra species represented one of the deepest branches so far discovered within red algae. There was a great degree of primary sequence difference between Porphyra (subclass Bangiophycidae), and the other red algae belonging to the subclasses Florideophycidae. These results support the division of red algae into two subclasses by traditional taxonomy. Among eukaryotes Porphyra diverges at the same point as the Cryptomonas nucleomorph. The great among of sequence divergence, and the fossil record suggest that Porphyra, my indeed, be a very primitive red alga. Surprisingly, the 18S RNA sequence of the French \"Porphyra umbilicalis\" does not fit in our Porphyra category; instead, it has more than 99% identity with a species of Palmaria belonging to the subclass Florideophycidae. Therefore it was concluded that \"P. umbilicalis\" with the published sequence was actually a Palmaria palmate that was misidentified. During the phylogenetic analysis it was found that a group IC1 intron occurs in nuclear 18S rRNA genes of Porphyra spiralis var. amplifolia. This intron occurs at the same position of the group IC1 introns in 18S rDNAs of the fungus Pneumocystis carinii, Protomyces inouyei and the green alga Chlorella ellipsoidea, and shares primary-structural identity with the Pn. Carinii intron in domains P1 and P2, outside the conserved core. Three size-variants, differing in amount of optimal sequence in P1, exist and are differentially distributed in geographically distinct populations. The largest variant can self-splice in vitro. Open reading frames are present, but do correspond to known genes. Introns are present in the 18S rDNAs of several other Porphyra species, that may also have intronless rDNA copies

En este trabajo se realiza una revisión taxonómica y nomenclatural de las especies del género Dasya presentes en la península Ibérica y las islas Baleares. Dasya es un género complejo, en el que existe una gran confusión nomenclatural y taxonómica. Nuestro estudio ha permitido resolver estas cuestiones para las especies de la zona geográfica considerada. En primer lugar, se ha comprobado la validez de los nombres y precisado las sinonimias y tipificaciones para cada uno de los táxones citados en el área de estudio; varias de estas revisiones ya han sido publicadas recientemente (Pena-Martín et al., 2007, 2008, 2010). Como resultado se han tipificado tres especies, seleccionándose un lectotipo, un neotipo y un nuevo tipo conservado, entre otras precisiones nomenclaturales. Ha sido recopilada y estudiada toda la información accesible en la bibliografía sobre las especies del género Dasya en el marco de la península Ibérica y las islas Baleares. Esto, junto al estudio del material conservado en diversos herbarios nacionales e internacionales, ha permitido concretar la presencia de ocho especies en dicho territorio: D. baillouviana, D. corymbifera, D. hutchinsiae, D. ocellata, D. patentissima, D. rigidula, d. rigescens y D. sessilis. De este modo se ha descartado D. punicea, taxon citado en alguna ocasión para estas costas, y se aporta la descripción provisional de una nueva especie: D. patentissima. Con todos estos datos, junto con los obtenidos a partir de las prospecciones llevadas a cabo en el presente trabajo, se ha realizado una revisión corológica y se ha diseñado la fenología tentativa para cada especie. La información bibliográfica también ha sido utilizada como punto de partida para el estudio morfológico de las especies, aunque son escasos los trabajos encontrados que aportan descripciones. Gracias a esta revisión, y comparando todos los datos de autores anteriores con los obtenidos en este trabajo, se ha evaluado la validez de los caracteres utilizados habitualmente para la identificación de estas especies, comprobándose que algunos de ellos no resultan diagnósticos e incluso algunos son contradictorios. Sin embargo, se han encontrado nuevos caracteres claramente diagnósticos, y que junto a los tradicionales que sí han resultado útiles, facilitan la identificación taxonómica de estas especies. Los estudios morfológicos además han permitido completar las descripciones existentes de los táxones estudiados, muchas de ellas muy escuetas o incompletas. Con ello, en el caso de D. baillouviana se ha comprobado la existencia de diferencias morfológicas entre las poblaciones del Atlántico y las del Mediterráneo, lo que probaría la existencia de al menos táxones bajo ese nombre. No obstante, se requieren estudios moleculares que permiten confirmar esta hipótesis. Asimismo, se han realizado estudios moleculares a partir de la región plastidial rbcL, que han permitido obtener una filogenia preliminar de las especies ibero-baleares de Dasya. A partir de los resultados obtenidos se ha podido conocer la evolución de los caracteres morfológicos e identificar los que pueden ser considerados conservativos. Con todo ello se corroboran además las propuestas de autores anteriores, basadas sólo en la morfología, sobre la estructuración del género Dasya en dos grupos. Éstos ya habían sido reconocidos previamente por Kützing en el rango de género, con los nombres Eupogonium y Dasya. Sin embargo, para comprobar esta afirmación resulta necesario un estudio molecular y morfológico más amplio.

Lithophylloideae é uma subfamília de algas calcárias que inclui tanto gêneros articulados quanto os não articulados, que por sua vez compreende gêneros incrustantes e um moniliforme. Pela primeira vez a diversidade específica de Amphiroa, Lithophyllum, Paulsilvella e Titanoderma para o Brasil é investigada de maneira somatória e comparativa, quanto a uma variedade de aspectos que incluíram os morfológicos/anatômicos, ecológicos e moleculares (incluindo a própria avaliação das ferramentas moleculares e das características taxonomicamente importantes). Encontramos 26 espécies, sendo quinze Amphiroa, oito Lithophyllum, uma Paulsilvella e duas Titanoderma: Amphiroa rigida, A. vanbosseae, Amphiroa sp. 1, Amphiroa sp. 2, Amphiroa sp. 3, Amphiroa sp. 4, seis espécies para o Complexo A. fragilíssima, três espécies para o Complexo A. beauvoisii, Lithophyllum atlanticum, L. corallinae, Lithophyllum cf. depressum, Lithophyllum sp. 1, Lithophyllum sp. 2, Lithophyllum sp. 3, Lithophyllum sp. 4, Lithophyllum cf. margaritae, Paulsilvella huveorum, Titanoderma pustulatum e T. Prototypum. Para a caracterização molecular utilizamos quatro marcadores principais: UPA, COI-5P, psbA e rbcL-3P, atendendo a dois objetivos: a delimitação de espécies e a avaliação destes diferentes marcadores como DNA Barcodes para as espécies de Lithophylloideae dentro do contexto da variabilidade encontrada na costa brasileira. Para isto utilizamos cinco métodos de agrupamento: Taxas de Divergência, ABGD, MDS, PTP e SPN. A decisão final quanto à quantidade de espécies presentes é um consenso dos resultados encontrados para todos os marcadores e para todos os métodos de análise. Os casos conflitantes também foram observados quanto aos valores de divergência e de barcoding gap. Os quatro marcadores testados são confiáveis para a delimitação de espécies em Lithophylloideae, proporcionando ótimos valores de suporte para as espécies e valores significativos de barcoding gap. Apesar disto, dada a possibilidade de usar o rbcL-3P também para para fins filogenéticos, ressaltamos a aplicabilidade deste marcador, sendo o indicado caso exista a necessidade de se indicar um único marcador como DNA Barcode para este grupo de algas. A inferência das relações filogenéticas dentro de Lithophylloideae inclui os primeiros dados moleculares para Paulsilvella, através do psbA, do rbcL -3P e também do SSU rDNA. As análises indicam que Amphiroa é monofilético, enquanto que Lithophyllum e Titanoderma provavelmente são polifiléticos. Adicionalmente, é possível que Paulsilvella represente a primeira forma morfológica da subfamília. A distribuição de Amphiroa, Lithophyllum e Titanoderma ao longo da costa brasileira embasou a discussão quanto à distribuição das macroalgas marinhas bentônicas na costa, adicionando ao cenário o papel das correntes costeiras e do Giro do Atlântico Sul. Os dados moleculares possibilitaram ainda a observação do panorama de ocorrência das 26 espécies de Lithophylloideae quanto a sua ocorrência na coluna d\'água (profundidade). Para Amphiroa a maior diversidade está no mesolitoral, enquanto que para Lithophyllum e Titanoderma a maior diversidade se encontra no infralitoral. Oito espécies são restritas ao mesolitoral, enquanto que dez (incluindo P. huveorum) são restritas ao infralitoral. Estes fatos chamam a atenção da necessidade de se incluir diferentes técnicas de coleta nos trabalhos de diversidade em Florideophycideae, do contrário podemos negligenciar uma diversidade inexplorada / Lithophylloideae is a subfamily within Corallinaceae including both articulated and non-articulated genera. This work is the first effort to access the specific diversity for Amphiroa, Lithophyllum, Paulsilvella and Titanoderma for Brazil based on a sum of morphological anatomical, ecological and molecular data, including also the tools applicability evaluation. From the 26 species found, are Amphiroa, eight are Lithophyllum, two are Titanoderma and one is the first register for Paulsilvella for Atlantic waters: Amphiroa rigida, A. vanbosseae, Amphiroa sp. 1, Amphiroa sp. 2, Amphiroa sp. 3, Amphiroa sp. 4, six criptic species for the A. fragilissima Complex, three cryptic species for the A. beauvoisii Complex, Lithophyllum atlanticum, L. corallinae, Lithophyllum cf. depressum, Lithophyllum sp. 1, Lithophyllum sp. 2, Lithophyllum sp. 3, Lithophyllum sp. 4, Lithophyllum cf. margaritae, Titanoderma pustulatum, T. prototypum and Paulsilvella huveorum. For the molecular characterization four markers were used: UPA, COI-5P, psbA and rbcL-3P, which have attended to two the delimitation of species and also to the evaluation of these markers as DNA Barcodes for the species of Lithophylloideae within the context of variability found on the Brazilian coast. For these two purposes we have applied five clustering methods, based on the Divergence Rates, ABGD, MDS, PTP and SPN. Conflicting cases were also observed for values of barcoding gap. The four molecular markers are reliable for species delimitation within the Lithophylloideae, providing good support values for the species and significant amounts of barcoding gap. Nevertheless, given the possibility of using the rbcL marker also for phylogenetic purposes, we emphasize the applicability of rbcL-3P as the most appropriate marker, in case there is a need to indicate a single marker as DNA Barcode for this group alga. A phylogenetic inference for the Lithophylloideae included the first sequences for Paulsilvella and used psbA, rbcL-3P and SSU rDNA. We found that Amphiroa is monophyletic while Lithophyllum and Titanoderma are probably polyphyletic. Additionally, Paulsilvella may represent the first morphological form of the subfamily. Amphiroa, Lithophyllum and Titanoderma distribution along the Brazilian coast have allowed a new discussion concerning the benthic macroalgae distribution to the country, adding two new factors to this scenario: the coastal currents movement and the South Atlantic Gyre. The molecular data have also allowed accessing the preferences according to the depth on the water column for the 26 species. The major diversity for Amphiroa grows at the intertidal, while Lithophyllum and Titanoderma diversity is higher at the subtidal and Paulsilvella is restricted to the subtidal. There are eight species restricted to the intertidal and ten restricted to the subtidal (including P. huveorum), what addresses to a need to include these both environments on diversity studies for the Florideophycideae otherwise it will imply the existence of an unexplored diversity

Mesoclemmys vanderhaegei Bour, 1973 pertence à família Chelidae, que apresenta maior riqueza de espécies de Testudines no Brasil. Apesar de não se suspeitar do monofiletismo da família, há muitas dúvidas sobre as relações entre os táxons de Chelidae, com a possibilidade de vários grupos se revelarem parafiléticos. Mesoclemmys vanderhaegei tem uma ampla distribuição no centro-sul do continente sul-americano, havendo sido estudada mais especificamente sob uma temática ecológica. Seus aspectos taxonômicos e filogenéticos, porém, ainda necessitam de uma investigação mais detalhada, visto que o grupo pode representar um complexo de espécies. O presente trabalho visa, portanto, estudar as populações de M. vanderhaegei sob um ponto de vista taxonômico e filogenético, buscando identificar e caracterizar as populações através das divergências evolutivas que venham a ser reveladas, justificando assim um eventual desmembramento da espécie. Sendo assim, as populações de M. vanderhaegei foram investigadas por meio de técnicas de morfometria tradicional, morfometria geométrica, e uma filogenia molecular foi proposta para o gênero. Para a morfometria tradicional foram analisadas medidas lineares do plastrão, carapaça e cabeça; enquanto que para a morfometria geométria foram selecionados landmarks nos vértices dos escudos do casco e na linha média dorsal e ventral de cada espécime. Para o estudo de filogenia molecular, foram sequenciados três genes nucleares (RAG-2, R35 e c-mos), e dois mitocondriais (12S e NADH) de representantes da maioria das populações da espécie, e de todas as espécies do gênero. A análise discriminante tanto para os dados de medidas lineares quanto para os de landmarks separa a população do sul da Bacia do Paraguai (próxima à localidade tipo da espécie) das demais populações brasileiras. As análises morfométricas diferenciam outras duas populações: uma população composta por espécimes da Chapada dos Guimarães (MT), região de Cuiabá e um exemplar de Bonito (MS); enquanto a outra população é representada por espécimes de São João da Ponte (MG), na Bacia do São Francisco. A topologia resultante da análise de máxima verossimilhança aponta M. vanderhaegei como um grupo polifilético, com a possibilidade de ser dividida em quatro espécies: uma com os espécimes do sul da Bacia Amazônica; outra com os espécimes de Montes Claros (MG), na Bacia do São Francisco; uma terceira com os espécimes de São João da Lagoa e do interior de São Paulo (Bacia do Paraná, sub Bacia do Tietê); além daquela formada pelos espécimes próximos à localidade tipo. Sugere-se, portanto, (1) que a distribuição de Mesoclemmys vanderhaegei seja restringida ao norte da Argentina, Paraguai, e oeste do Mato Grosso do Sul até que novos estudos venham a elucidar o quanto a espécie adentra o território brasileiro; (2) que as populações da região da Chapada dos Guimarães e do interior de Minas Gerais sejam elevadas ao nível de espécie; (3) e que se façam novos estudos para elucidar a relação das populações da Bacia do Tocantins-Araguaia e Paraná com os outros grupos do complexo.! / Mesoclemmys vanderhaegei Bour, 1973 belongs to the family Chelidae, which presents the greatest variety of species of Testudines in Brazil. In spite of theories that suggest that the family might be monophyletic, there are still areas of doubt over the relationships between the taxa that belong to the Chelidae, and the possibility that various groups might prove to be paraphyletic. Mesoclemmys vanderhaegei has a large distribution range along the central and southern regions of the South American continent, and has been most specifically studied through an ecological perspective. A more detailed investigation of its taxonomic and phylogenetic characteristics is still both relevant and necessary, since the complex might represent multiple species. The present work aims, therefore, to study the populations of M. vanderhaegei from a phylogenetic and taxonomic perspective, looking to identify and characterize the populations in accordance with the evolutionary divergences that may be observed, thus justifying the subdivision of the complex into mutiple species. With this in mind, the populations of M. vanderhaegei were investigated using techniques of traditional and geometric morphometry, and a molecular phylogeny was proposed for the genus. The traditional morphometric data accounted for linear measurements of the plastron, carapace and head whilegeometric morphometric data were chosen as landmarks on the vertices of the scutes of the shells and on the dorsal and ventral midline of each specimen. Using samples of the majority of the populations of the species, and of all the species of the genus, three nuclear (RAG-2, R35 and c-mos) and two mitochondrial genes (12S and NADH) were sequenced for the study of the molecular phylogeny. Both the discriminant analysis of the linear measurements data and that of the landmarks separate the population found in the South of the Paraguay Basin (near the type locality of the species) from other Brazilian populations. The morphometric analyses show two other distinct populations: a population composed of specimens from Chapada dos Guimarães (MT), in the region of Cuiabá and one specimen from Bonito (MS); while the other population is represented by specimens taken from São João da Lagoa (MG), in the Basin of São Francisco. The resulting tree topology of theMaximum-Likelihood analysis derived from the molecular data suggests that M. vanderhaegei should be considered a polyphyletic group, that can be divided into four species: one species represented by the specimens from the South of the Amazonian Basin; another represented by the specimens from Montes Claros (MG), in the Basin of São Francisco; a third represented by the specimens from São João da Lagoa and the interior of São Paulo (Paraná Basin, sub Basin of the river Tietê); in addition to the one formed of the specimens close to the type locality. This would suggest, therefore, (1) that the distribution of Mesoclemmys vanderhaegei is restricted to the North of Argentina, Paraguay, and the West of Mato Grosso do Sul, until further studies are made to elucidate the extent to which the species has spread into Brazilian territory; (2) that the population of the Chapada dos Guimarães region and of the interior of Minas Gerais should be elevated to the category of species; (3) and that new studies must be carried out to determine the relationship between the populations of the Basin of Tocantins-Araguaia and Paraná with the other groups of the complex.!

En este trabajo se ha estudiado el género Androcymbium (Colchicaceae) a dos niveles: macro- y micro- evolutivo. A nivel microevolutivo se ha obtenido que para las especies de Sudáfrica oriental la componente interpoblacional es muy importante para explicar la distribución de la variabilidad genética, igual que en Sudáfrica occidental. Para las especies de Namibia, la componente mas importante es la intrapoblacional, igual que en el norte de África. A nivel macroevolutivo se ha obtenido que el origen del género se sitúa en Sudáfrica occidental, datándose en 11,22 ma. Este género ha resultado ser parafilético, dada la aparición conjunta en un mismo clado de especies de Androcymbium y Colchicum, y las especies del norte de África derivan de un taxa de Namibia que llegó a la cuenca Mediterránea a principios del Plioceno gracias a la formación de un corredor árido entre las zonas áridas del suroeste y este de África. / In this study the genus Androcymbium (Colchicaceae) has been studied at two levels: macro- and micro- evolutive. At the microevolutive level it has been obtained that in the western south African species, the inter-populational component is very important to explain the distribution of the genetic variability, the same case like in western South Africa. In the Namibian species, the main component in the intra-populational, the same case as in north Africa. At the macroevolutive level it has obtained that the origin of the genus is located in western South Africa and it has been dated in 12.22 mya. This genus is paraphyletic because of the inclusion of some species of Colchicum within Androcymbium, and the origin of the northern Africa taxa are related with a Namibian taxa that colonized the Mediterranean basin at the beginning of Pliocene thanks to the formation of an arid corridor between the arid areas of south-western and eastern Africa.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-03-23T19:08:09Z No. of bitstreams: 1 fernandasampaio.pdf: 1013409 bytes, checksum: a971117fc3bdd9c19272fe04cac30974 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-03-24T12:55:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 fernandasampaio.pdf: 1013409 bytes, checksum: a971117fc3bdd9c19272fe04cac30974 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T12:55:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 fernandasampaio.pdf: 1013409 bytes, checksum: a971117fc3bdd9c19272fe04cac30974 (MD5) Previous issue date: 2009-02-13 / O gênero Lippia é um dos principais da família Verbenaceae e em sua maior parte está concentrado no Brasil, México, Paraguai e Argentina com poucas espécies endêmicas na África. O objetivo deste trabalho foi a construção de uma hipótese filogenética para 39 espécies do gênero Lippia ocorrentes no Brasil, Argentina, Bolívia, Paraguai e Uruguai com base em dados moleculares das regiões ITS, Waxy, TrnL-F e trnQ-rps16. As sequências foram amplificadas e purificadas para posterior seqüenciamento. As análises foram feitas utilizando-se Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana. O presente trabalho revelou, pela primeira vez, aspectos filogenéticos de espécies do gênero Lippia com base em caracteres moleculares. De modo geral, as árvores filogenéticas baseadas nas diferentes regiões gênicas estudadas revelaram questões importantes como é o caso do monofiletismo da seção Goniostachyum. Outro ponto importante envolve a falta de resolução das seções Dipterocalix, Rhodolippia e Zapania. Dentre elas destaca-se a seção Zapania que constitui em vários aspectos estudados, a seção mais diversa. Embora o presente trabalho tenha mostrado aspectos inéditos com relação à organização filogenética de espécies e seções do gênero Lippia, a questão da especiação no gênero permanece em aberto. É possível que para resolver este problema sejam necessários estudos populacionais e filogeográficos, embasados por uma análise filogenética com maior número de genes e principalmente, envolvendo um maior número de espécies. / Lippia is one of the most important genus of the Verbenaceae family. It is mainly concentrated in Brazil, Mexico, Paraguay and Argentina with few endemic species in Africa. The present study was done in order to construct a phylogenetic hypothesis for 39 species of the genus Lippia from Brazil, Argentina, Bolivia, Paraguay and Uruguay based on molecular data of regions ITS, Waxy, TrnL-F and rps16-trnQ. The sequences were amplified and purified for subsequent sequencing. The phylogenetic analyses were done using the Maximum Likelihood and Bayesian Inference. It was possible to show for the first time, phylogenetic aspects of the genus Lippia based on molecular data. In general, the phylogenetic trees based on different gene regions revealed important points such as the monophyly of Goniostachyum section. Another important point involves the lack of resolution of the sections Dipterocalix, Rhodolippia and mainly Zapania which is the most diverse among them. Although this work has shown new aspects about the phylogenetic organization of sections and species of the genus Lippia, the speciation process of the genus remains an open question. To resolve this problem, additional studies using phylogeographic and population genetics approaches, based on a phylogenetic analysis with greater numbers of genes and mainly involving a great number of species should be necessary.

Lithophylloideae é uma subfamília de algas calcárias que inclui tanto gêneros articulados quanto os não articulados, que por sua vez compreende gêneros incrustantes e um moniliforme. Pela primeira vez a diversidade específica de Amphiroa, Lithophyllum, Paulsilvella e Titanoderma para o Brasil é investigada de maneira somatória e comparativa, quanto a uma variedade de aspectos que incluíram os morfológicos/anatômicos, ecológicos e moleculares (incluindo a própria avaliação das ferramentas moleculares e das características taxonomicamente importantes). Encontramos 26 espécies, sendo quinze Amphiroa, oito Lithophyllum, uma Paulsilvella e duas Titanoderma: Amphiroa rigida, A. vanbosseae, Amphiroa sp. 1, Amphiroa sp. 2, Amphiroa sp. 3, Amphiroa sp. 4, seis espécies para o Complexo A. fragilíssima, três espécies para o Complexo A. beauvoisii, Lithophyllum atlanticum, L. corallinae, Lithophyllum cf. depressum, Lithophyllum sp. 1, Lithophyllum sp. 2, Lithophyllum sp. 3, Lithophyllum sp. 4, Lithophyllum cf. margaritae, Paulsilvella huveorum, Titanoderma pustulatum e T. Prototypum. Para a caracterização molecular utilizamos quatro marcadores principais: UPA, COI-5P, psbA e rbcL-3P, atendendo a dois objetivos: a delimitação de espécies e a avaliação destes diferentes marcadores como DNA Barcodes para as espécies de Lithophylloideae dentro do contexto da variabilidade encontrada na costa brasileira. Para isto utilizamos cinco métodos de agrupamento: Taxas de Divergência, ABGD, MDS, PTP e SPN. A decisão final quanto à quantidade de espécies presentes é um consenso dos resultados encontrados para todos os marcadores e para todos os métodos de análise. Os casos conflitantes também foram observados quanto aos valores de divergência e de barcoding gap. Os quatro marcadores testados são confiáveis para a delimitação de espécies em Lithophylloideae, proporcionando ótimos valores de suporte para as espécies e valores significativos de barcoding gap. Apesar disto, dada a possibilidade de usar o rbcL-3P também para para fins filogenéticos, ressaltamos a aplicabilidade deste marcador, sendo o indicado caso exista a necessidade de se indicar um único marcador como DNA Barcode para este grupo de algas. A inferência das relações filogenéticas dentro de Lithophylloideae inclui os primeiros dados moleculares para Paulsilvella, através do psbA, do rbcL -3P e também do SSU rDNA. As análises indicam que Amphiroa é monofilético, enquanto que Lithophyllum e Titanoderma provavelmente são polifiléticos. Adicionalmente, é possível que Paulsilvella represente a primeira forma morfológica da subfamília. A distribuição de Amphiroa, Lithophyllum e Titanoderma ao longo da costa brasileira embasou a discussão quanto à distribuição das macroalgas marinhas bentônicas na costa, adicionando ao cenário o papel das correntes costeiras e do Giro do Atlântico Sul. Os dados moleculares possibilitaram ainda a observação do panorama de ocorrência das 26 espécies de Lithophylloideae quanto a sua ocorrência na coluna d\'água (profundidade). Para Amphiroa a maior diversidade está no mesolitoral, enquanto que para Lithophyllum e Titanoderma a maior diversidade se encontra no infralitoral. Oito espécies são restritas ao mesolitoral, enquanto que dez (incluindo P. huveorum) são restritas ao infralitoral. Estes fatos chamam a atenção da necessidade de se incluir diferentes técnicas de coleta nos trabalhos de diversidade em Florideophycideae, do contrário podemos negligenciar uma diversidade inexplorada / Lithophylloideae is a subfamily within Corallinaceae including both articulated and non-articulated genera. This work is the first effort to access the specific diversity for Amphiroa, Lithophyllum, Paulsilvella and Titanoderma for Brazil based on a sum of morphological anatomical, ecological and molecular data, including also the tools applicability evaluation. From the 26 species found, are Amphiroa, eight are Lithophyllum, two are Titanoderma and one is the first register for Paulsilvella for Atlantic waters: Amphiroa rigida, A. vanbosseae, Amphiroa sp. 1, Amphiroa sp. 2, Amphiroa sp. 3, Amphiroa sp. 4, six criptic species for the A. fragilissima Complex, three cryptic species for the A. beauvoisii Complex, Lithophyllum atlanticum, L. corallinae, Lithophyllum cf. depressum, Lithophyllum sp. 1, Lithophyllum sp. 2, Lithophyllum sp. 3, Lithophyllum sp. 4, Lithophyllum cf. margaritae, Titanoderma pustulatum, T. prototypum and Paulsilvella huveorum. For the molecular characterization four markers were used: UPA, COI-5P, psbA and rbcL-3P, which have attended to two the delimitation of species and also to the evaluation of these markers as DNA Barcodes for the species of Lithophylloideae within the context of variability found on the Brazilian coast. For these two purposes we have applied five clustering methods, based on the Divergence Rates, ABGD, MDS, PTP and SPN. Conflicting cases were also observed for values of barcoding gap. The four molecular markers are reliable for species delimitation within the Lithophylloideae, providing good support values for the species and significant amounts of barcoding gap. Nevertheless, given the possibility of using the rbcL marker also for phylogenetic purposes, we emphasize the applicability of rbcL-3P as the most appropriate marker, in case there is a need to indicate a single marker as DNA Barcode for this group alga. A phylogenetic inference for the Lithophylloideae included the first sequences for Paulsilvella and used psbA, rbcL-3P and SSU rDNA. We found that Amphiroa is monophyletic while Lithophyllum and Titanoderma are probably polyphyletic. Additionally, Paulsilvella may represent the first morphological form of the subfamily. Amphiroa, Lithophyllum and Titanoderma distribution along the Brazilian coast have allowed a new discussion concerning the benthic macroalgae distribution to the country, adding two new factors to this scenario: the coastal currents movement and the South Atlantic Gyre. The molecular data have also allowed accessing the preferences according to the depth on the water column for the 26 species. The major diversity for Amphiroa grows at the intertidal, while Lithophyllum and Titanoderma diversity is higher at the subtidal and Paulsilvella is restricted to the subtidal. There are eight species restricted to the intertidal and ten restricted to the subtidal (including P. huveorum), what addresses to a need to include these both environments on diversity studies for the Florideophycideae otherwise it will imply the existence of an unexplored diversity