Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Le parasite Plasmodium falciparum, responsable des formes graves du paludisme chez l'homme, est transmis par Anopheles gambiae, son principal vecteur en Afrique sub-saharienne. Les nouvelles stratégies de lutte contre la maladie visent à limiter ou à interrompre le développement du parasite chez le moustique vecteur, et il est donc nécessaire d'améliorer notre compréhension des interactions entre le vecteur, son environnement et le parasite. L'objectif de ce projet de thèse a été de caractériser la flore microbienne du vecteur An. gambiae en conditions naturelles de transmission, d'étudier le rôle des principales espèces bactériennes colonisant l'estomac du moustique sur le développement de P. falciparum et de mesurer l'influence des bactéries sur la réponse immunitaire des moustiques femelles et leur capacité à transmettre le parasite. Pour mener à bien ce projet, nous avons collecté des populations de moustiques sauvages au Cameroun pour la caractérisation de la flore microbienne, nous avons ensuite exposé des moustiques de la colonie de laboratoire Ngousso à des cultures bactériennes puis infecté ces moustiques avec des isolats naturels de P. falciparum. Notre étude a montré que les souches bactériennes naturelles de l'intestin du moustique Serratia, Pseudomonas et Escherichia réduisaient la prévalence et l'intensité de l'infection et que le degré d'inhibition variait selon les taxons bactériens et les porteurs de gamétocytes. L'analyse des flores bactériennes des différents épithéliums de l'insecte par pyroséquençage a révélé des similarités entre la flore intestinale et celles retrouvées dans les ovaires et les glandes salivaires pour un même moustique. Les analyses d'expression suggèrent que la régulation de l'expression des gènes l'immunité par les bactéries intestinales pourrait participer à la modulation de la réponse antiplasmodiale. Les mécanismes impliqués dans les interactions bactéries-Plasmodium-vecteur sont complexes et multifactorielle et la modélisation de l'ensemble des interactions qui permettent à P. falciparum d'accomplir son cycle chez le moustique vecteur sera nécessaire pour envisager de nouvelles méthodes de lutte efficaces et durables. / Plasmodium falciparum, the parasite responsible for the severe form of malaria, is transmitted by Anopheles gambiae, its major vector in sub-Saharan Africa. Novel strategies for malaria control envision interrupting the sporogonic development in An. gambiae, then it is important to better understand vector*environment*parasite interactions that underlie parasite transmission. The aim of this project was to characterize the microbial flora of An. gambiae in natural conditions, to study the role of the main bacterial strains on sporogonic development using natural isolates of parasites and to measure the influence of bacterial exposure on the mosquito immunity and its successive ability to transmit P. falciparum. To carry out this project, we used wild mosquito populations from Cameroon to characterize the mosquito microbial flora, next we challenged female mosquitoes of the Ngousso colony to bacterial strains and then infected the mosquitoes with natural isolates of P. falciparum. Our study showed that Serratia, Pseudomonas and Escherichia isolated from the mosquito midgut reduced infection prevalence and intensity and that the effect of the bacterial exposure on parasite infection levels varied between bacterial strains and gametocyte carriers. The analysis of the 454 sequencing of the different mosquito epithelia revealed intriguing similarities between bacterial communities in the midgut, ovaries and salivary glands of a single mosquito. Expression analyses suggested that immune gene regulation by midgut bacteria could help the mosquitoes to mount an effective antiplasmodial response. Mechanisms involved bacteria-Plasmodium-vector interactions are complex and rely on multiple factors. Deeper investigations on these interactions that allow P. falciparum to complete its cycle in the mosquito vector will be necessary for modeling parasite transmission in the field and for developing new methods for effective malaria control.

O objetivo deste trabalho é estudar a movimentação de imigrantes no Porto do Rio de Janeiro e na Hospedaria da Ilha das Flores entre os anos de 1883 e 1907, procurando relacioná-la com as políticas públicas de incentivo ao fluxo migratório e as mudanças na dinâmica organizacional da referida hospedaria. A ideia é demonstrar através dos relatórios do Ministério da Agricultura, Comércio e Obras Públicas e, posteriormente da Indústria, Viação e Obras Públicas que as oscilações no número de entrada de imigrantes no território brasileiro acompanharam as políticas imigratórias favoráveis ou desfavoráveis a vinda de trabalhadores estrangeiros. Assim, pretende-se demonstrar que a Hospedaria da Ilha das Flores foi uma construção integrada à estrutura dos movimentos imigratórios e que, portanto, sua manutenção esteve sujeita a agenda política do governo imperial e republicano. Nesse sentido, em 1891, após a adoção do sistema federalista, transferiu-se para os estados a responsabilidade pelos serviços referentes à imigração e à colonização, o que reduziu gradativamente o fluxo de imigrantes na Hospedaria da Ilha das Flores, fazendo com que a instituição perdesse a importância que tinha na década anterior. Somente em 1907, diante da dificuldade dos estados em promover a imigração, o poder central retomou as políticas imigratórias e a Hospedaria da Ilha das Flores tornou a florescer. / This work aims at studying the movement of immigrants in the Port of Rio de Janeiro and in the Immigrants Hostel Flores Island between the years of 1883 and 1907, relating it with the public policies which stimulated the migratory stream and the changes in the dynamic organizational of the referred hostel. The idea is to demonstrate through reports of the Department of the Agriculture, Commerce and Public Works and, subsequently the Industry, Viaduct and Public Works that the shifts in the Immigrants Entrance Number in the Brazilian territory were accompanied by migratory policies favorable or unfavorable to the coming of foreign workers. Therefore, it intends to show that the Immigrants Hostel of Flores Island was a construction integrated to the structure of the immigration movements and that, therefore, its maintenance depended on the political agenda of the Republican and Imperial government. In that sense, in 1891, after the adoption of the Federalist system, the responsibility of regarding immigration and colonization services was transferred to the states, which reduced gradually the stream of immigrants in the hostel, which made this institution lose the importance it had had in the previous decade. Only in 1907, when it faced difficulty in promoting immigration, that the central power went back to the migratory policies and the Hostel for Immigrants Hostel of Flores Island started blossoming.

Certaines souches de bifidobactéries entrent dans la composition de laits infantiles. Leurs propriétés (modulation du microbiome, régulation de la translocation bactérienne, maturation de cellules dendritiques) sont liées à la capacité de sécrétion de composés de haut poids moléculaire lors de la fermentation bactérienne. Les objectifs de ce travail sont, dans un premier temps, de caractériser les molécules issues de la fermentation de la souche de référence B.breve C50, et de déterminer si d’autres bifidobactéries peuvent sécréter des molécules de propriétés similaires. Les analyses associant chromatographie gazeuse (GC), spectrométrie de masse (MS), électrophorèse, séquençage protéique montrent que les composés fermentaires de B.breve C50 sont des agrégats (>600kDa) associant des unités lipoprotéiques de la paroi cellulaire contenant un domaine CHAP et des sucres, en majorité du glucose. Ces agrégats sont reconnus par le TLR6, indiquant une structure lipoprotéique di-acylée. Ils sont également ligand de la galectine 1, ce qui suggère que les hexosamines et le galactose détectés par GC sont exposés à l’extérieur des agrégats. L’analyse in silico des homologies avec le gène codant pour la séquence protéique révèle la proximité du gène de B.longum avec B.breve. Par contre, il est peu probable que B.bifidum sécrète des agrégats semblables, la séquence du gène homologue étant dépourvu de lipobox. Les agrégats (>600 kDa), isolés après fermentation de la souche B.longum CBi0703 dans le milieu lacté de référence, montrent une composition similaire (unités lipoprotéique associées à des sucres, en majorité du glucose et du mannose), une reconnaissance par la Galectine 1 mais non par le TLR6. La différence de composition en lipide et l’hydrophobicité de la séquence protéique semble prévenir la reconnaissance de la structure lipoprotéique par le récepteur TLR6. Les agrégats de B.longum ayant montré des propriétés anti-inflammatoires, l’hypothèse d’une phagocytose a été explorée dans un deuxième temps. Les agrégats marqués par des marqueurs fluorescents ne sont pas détectés dans les cellules après contact direct (ex-vivo) ou gavage des animaux (in vivo). Une capture des agrégats par les cellules présentatrices d’antigènes est donc peu probable. La reconnaissance par la galectine 1 des deux types d’agrégats bifides nous fait privilégier la piste d’un mécanisme de régulation de la translocation du microbiome par l’intermédiaire des structures hexosamines et galactose exposées à la surface des agrégats. Dans un troisième temps, l’implication des agrégats bifides dans la prévention du diabète de type 1 a été explorée. En effet, le lait de femme prévient la survenue du diabète chez les souris NOD. La recherche par PCR du gène codant pour la lipoprotéine d’intérêt a permis la détection de B.longum dans 21 échantillons de lait maternel sur 33 (soit 12 mamans parmi 16). A l’inverse, B.breve est rarement isolé (2 mamans parmi 16). Comme l’analyse transcriptomique indique que les lipoprotéines sont synthétisées de façon continue, elles peuvent donc être sécrétées par les bifidobactéries dans le lait de femme. Aussi le choix s’est porté sur les agrégats de B.longum, testés à une dose anti-inflammatoire en prévention anti-diabétique. Si l’administration de lait maternel réduit l’incidence du DT1 chez des souris NOD âgées de plus de 18 semaines (p < 0.001), c’est au contraire une protection précoce mais qui ne persiste pas qui est observée sous agrégats bifides. L’effet protecteur est observé en absence de bifidobactéries intestinales. Les agrégats bifides à la dose anti-inflammatoire ne modulent pas à la même vitesse les bactéries intestinales sensibles au lait de femme, ce qui pourrait expliquer le retard d’apparition des premiers diabètes lors du traitement. / Some bifidobacterial strains are used to ferment infant formulas. Their properties (modulation of microbiome, regulation of bacterial translocation, dendritic cells maturation) are related to their ability to secrete high molecular weight compounds during the bacterial fermentation. The first objective of the study was to characterize the molecules secreted by the strain B.breve C50 used as a reference, and to determine whether other bifidobacteria can secrete molecules with similar properties. Analysis using gas chromatography (GC), mass spectrometry (MS), electrophoresis, protein sequencing showed that the B.breve C50 fermentation compounds are constituted of aggregates (>600kDa) combining units of a cell wall lipoprotein with a CHAP domain and sugars moities, mostly glucose. The aggregates are recognized by TLR6, indicating that the protein was diacetylated. They are also ligand of the galectin 1, suggesting that the hexosamine and galactose moieties detected by GC surrounded the aggregates. In silico analysis showed that a B.longum gene exhibiting a high homology with the B.breve C50 gene, coded for a lipoprotein, which was secreted during fermentation, and formed aggregates with sugars. B.bifidum species likely does not secrete similar aggregates since the sequence of the homologous gene is deprived of lipobox. B.longum CBi0703 and B.breve C50 aggregates shared the same global structure (lipoproteins with CHAP domain bordered by sugars primarily constituted of glucose and mannose). Remarkably, the CBi0703 aggregates were also able to bind Gal-1 but were lacking binding capacities to TLR6. It is likely that the hydrophobicity of the protein sequence, as well as the lipid and sugar compositions prevented the recognition of the lipoprotein structure by the TLR6 receptor. Secondly, a putative phagocytosis of aggregates was investigated. Fluorescent-labeled aggregates are not detected within cells after direct contact (ex-vivo) or oral challenge in animals (in vivo). Capture of the aggregates by antigen presenting cells seemed improbable. The two types of aggregates being recognized by galectin-1, regulation of the intestinal bacterial translocation by the aggregates likely involves the hexosamines and galactose surrounding their surface. In a third step, the possible involvement of the bifidobacterial aggregates in the prevention of type 1 diabetes was investigated. Actually, breast milk was previously shown to prevent diabetes onset in old NOD mice. Detection of bifidobacteria using amplification of the gene encoding the B.longum lipoprotein was positive in 21 human milk samples out of 31 (i.e. 12 mothers out of 16). Conversely, B.breve is rarely isolated (2/16 mothers). Since transcriptomic analysis showed that the lipoproteins were continuously synthesized, we hypothesized that the bifidobacterial aggregates were secreted by the bifidobacteria harbored in human milk. To ensure that B.longum aggregates play a role in the protection induced by human milk, they were assayed at an anti-inflammatory dose. Contrary to breast milk which reduced the incidence of T1D in NOD mice older than 18 weeks (p <0.001), only early but not persistent protection is observed during bifidobacterial aggregates intake. The protective effect was observed in the absence of intestinal bifidobacteria. Variation in intestinal bacterial colonization did not match in groups drinking human milk or bifidobacterial aggregates at an inflammatory dose. The difference in kinetics could support the delay in diabetes onset induced by the bifidobacterial aggregates.

Le diabète de type 2 (DT2) progresse dans le monde entier de manière alarmante. Les complications sont graves et les traitements sont souvent inefficaces et donnent beaucoup d'effets indésirables. Le resvératrol (RSV) et la curcumine (Cur), des polyphénols naturels, sont connus pour leurs différentes activités pharmacologiques, y compris antidiabétiques. Les objectifs de cette étude ont été d'évaluer les effets de la combinaison de ces deux polyphénols sur l'amélioration de la tolérance au glucose. Nos résultats montrent que chez des souris soumises à un régime riche en graisse (HFD), le RSV améliore la tolérance au glucose alors que la Cur n'a pas d'effet significatif. De manière surprenante, lorsque les deux polyphénols sont administrés simultanément, la Cur inhibe l'effet du RSV sur l'amélioration de la tolérance au glucose. Pour expliquer cet antagonisme, nous avons évalué l'effet de ces polyphénols associés ou pas sur le métagénome. Nos résultats indiquent que la Cur et le RSV normalisent la flore intestinale altérée par le HFD. Lors d'une association de ces polyphénols, la Cur inhibe aussi l'effet du RSV sur la croissance de certaines espèces bactériennes. Ainsi, la Cur bloque l'effet inhibiteur du RSV sur Alistipes putredinis. Nos données indiquent que ces polyphénols sont en général anti-inflammatoires mais leur association peut être synergique in vitro ou bien, à l'opposé, antagoniste in vivo pour l'expression de certaines cytokines. Afin d'évaluer l'effet physiologique de la modification de la flore intestinale par les polyphénols, nous avons étudié le métabolome. Parallèlement au métagénome, chacun des polyphénols améliore le profil métabolomique altéré par le HFD. Cependant, la Cur s'oppose à l'effet du RSV. Les données de ce travail indiquent que la Cur n'est pas associable au RSV pour améliorer la tolérance au glucose. / Each year, the worldwide impact of type 2 diabetes (T2D) increases significantly. The complications are serious and treatments are often ineffective and provide a lot of side effects. Resveratrol (RSV) and curcumin (Cur) are natural polyphenols known for their different pharmacological activities, including anti-diabetic. The objectives of this study were to evaluate the effects of the combination of these polyphenols on glucose tolerance improvement. Our results show that in animals fed with a high fat diet (HFD), RSV improved glucose tolerance while Cur displayed no significant effect. Surprisingly, when both polyphenols were administered simultaneously, Cur inhibited the effect of RSV on glucose tolerance improvement. To explain this antagonism between both polyphenols on glucose tolerance, we have evaluated the effect of these compounds on the metagenome associated or not. Our results indicate that RSV and Cur normalized gut flora altered by HFD. When Cur and RSV were administrated simultaneously, Cur inhibited the effect of RSV on the growth of some bacterial species. Thus, Cur blocked the inhibitory effect of RSV on Alistipes putredinis. Our data indicate that these polyphenols displayed generally anti-inflammatory effects, but their combination may be either synergistic in vitro or antagonistic in vivo on the expression of some cytokines. To evaluate the physiological effect of the gut flora changes induced by polyphenols, we have drawn a parallel between metagenome and metabolome data. Each of the polyphenols improved by itself the metabolomic profile altered by HFD. However, Cur hindered the effect of RSV. In a whole, this study indicates that combination of Cur with RSV is not successful to further enhance the RSV-induced improvement of glucose tolerance.

Ce travail avait pour objectif la caractérisation des galeries forestières d'une mosaïque forêt-savane en région guinéenne d'Afrique de l'Ouest. Il est fondé sur une description détaillée de la composition floristique et des structures verticales et horizontales de quelques stations implantées d'amont en aval d'une galerie forestière. Les méthodes développées ont permis de caractériser la variabilité architecturale des forêts, mais aussi la zonation de la végétation le long de transects établis depuis les lisières de la galerie avec la savane jusqu'au thalweg. Elles s'appuient sur des approches graphiques (profils architecturaux, cartographies et diagrammes de la distribution des individus), mais aussi sur des approches numériques (calcul des limites optimales fondé sur la théorie de l'information). <br />Cette étude a ainsi permis de définir des séries structurales en fonction de l'évolution de l'architecture forestière depuis les stades pionniers de conquête sur la savane jusqu'à la forêt mature. Les surfaces terrières, les densités en tiges et en jeunes individus, la nature de la régénération forestière de chacun de ces stades sont renseignées. L'importance des stratégies d'occupation de l'espace par les ligneux (port ripicole notamment) dans la dynamique des lisères est mis en évidence.

La Nouvelle-Calédonie est considérée comme une zone prioritaire pour la préservation de la biodiversité à l'échelle mondiale en raison de sa flore riche, originale et menacée. Pour mieux comprendre l'histoire de cette flore, une étude a été menée sur la famille des Cunoniaceae, qui compte dans l'archipel 88 espèces et 7 genres d'arbres et d'arbustes, dont le « faux-tamanou » et le « chêne rouge ». Quatre nouvelles espèces dans le genre Codia et deux dans le genre Cunonia ont été mises en évidence. Une phylogénie moléculaire des genres Acsmithia et Spiraeanthemum suggère qu'ils devraient être considérés comme un seul genre : Spiraeanthemum, car le genre Acsmithia est paraphylétique. Sur un plan biogéographique, les affinités des Cunoniaceae et de la flore de Nouvelle-Calédonie sont plus fortes avec l'Australie. Néanmoins, une analyse comparative globale à l'échelle de l'ensemble des plantes à fleurs montre que certaines lignées sont surreprésentées en Nouvelle-Calédonie, et d'autres sont sous-représentées, et ceci ne peut pas être entièrement expliqué par la biogéographie. Il semblerait que certaines lignées possèderaient une exaptation (« pré-adaptation ») aux sols ultramafiques (terrains miniers) qui aurait pu faciliter leur installation et leur diversification sur l'archipel. C'est notamment le cas du clade COM (Celastrales, Oxalidales et Malpighiales) auquel appartiennent les Cunoniaceae. L'histoire évolutive du genre Codia a été reconstruite à l'aide de marqueurs moléculaires et indique que l'adaptation aux terrains miniers est potentiellement ancestrale dans ce genre. L'hybridation a joué un rôle important dans la diversification du genre, et plusieurs espèces d'origine hybride présentent des caractères morphologiques absents chez les espèces parentales (phénotypes transgressifs). Certaines espèces qui se sont hybridées ont des distributions clairement distinctes aujourd'hui, suggérant des changements dans la répartition de ces espèces pouvant être liés aux périodes glaciaires du Quaternaire. Chez le genre Spiraeanthemum, des différences génétiques nettes ont été observées au sein de S. ellipticum et S. pubescens entre les populations du sud de la Grande Terre sur sol ultramafique et les populations du nord sur sol non¬ultramafique, suggérant l'existence d'espèces cryptiques. La flore de l'archipel possède également de nombreuses lignées reliques qui représentent une importante diversité phylogénétique. Chez les Cunoniaceae, une corrélation significative a été trouvée entre la position systématique et l'activité biologique des espèces. La diversité phylogénétique serait ainsi corrélée positivement à la valeur potentielle de la biodiversité, ce qui justifierait sa conservation. Face aux menaces qui pèsent sur la flore de la Nouvelle-Calédonie, notamment les feux, les espèces envahissantes, l'exploitation minière et le réchauffement climatique, il est important d'employer la meilleure stratégie pour la préservation de la biodiversité. Ainsi, il semble urgent de protéger les lignées reliques, mais aussi de préserver les processus qui permettent l'apparition de nouvelles espèces. Il s'agit notamment de protéger les sites qui présentent une mosaïque de sols où la cohabitation et l'hybridation d'espèces différant par leurs écologies deviennent possibles.

RESUME Titre : Etudes écologique, floristique, phytosociologique et ethnobotanique de la forêt marécageuse de Lokoli (Zogbodomey – Bénin) Mots clés : forêt marécageuse, écologie, flore, groupements végétaux, PFNL, atouts de conservation, Lokoli, Zogbodomey-Bénin La forêt marécageuse de Lokoli, située dans le sud du Bénin est une formation non protégée, bien qu’elle soit la seule forêt marécageuse avec un cours d’eau permanent connue en Afrique de l’Ouest. Pour envisager une prise de décision de conservation et de protection de cet écosystème forestier, il est important de disposer d’une meilleure connaissance de sa flore, de sa végétation et de son fonctionnement. C’est dans ce cadre que la présente étude a été envisagée. Les données collectées concernent le milieu naturel, la structure de la forêt, la régénération naturelle des espèces et les usages faits des Produits Forestiers Non Ligneux (PFNL). Le milieu naturel se compose d’un substratum acide (pH variant de 3,5 à 5,5) et argilo-sableux. Le cortège floristique de cette forêt est composé de 241 espèces réparties en 185 genres et 70 familles dont des espèces endémiques (Uapaca paludosa) ou en danger (Hallea ledermannii), Nauclea xanthoxylon, etc. Sept groupements végétaux ont été identifiés (forêt primaire inondée à Alstonia congensis et Xylopia rubescens, forêt secondaire inondée à Ficus trichopoda et Spondianthus preussii et raphiale à Raphia hookeri et Anthocleista vogelii en forêt ; forêt ripicole à Alchornea cordifolia et Mitragyna inermis, savane marécageuse à Ficus asperifolia et Paullinia pinnata ; prairie marécageuse à Cyclosorus gongylodes et Polygonum pulchrum et enfin prairie marécageuse à Rhynchospora corymbosa et Ludwigia abyssinica en lisière) avec des précisions sur leurs caractéristiques floristiques, biologiques, phytogéographiques et écosociologiques. Les mésophanérophytes sont abondants en forêt alors qu’en lisière, ce sont les microphanérophytes qui sont les plus nombreux. Ces groupements constituent un refuge pour de nombreuses espèces animales dont Barboides britzi, poisson déterminé pour la première fois en 2006. D’après cette étude, on note une bonne régénération des espèces forestières malgré une recrudescence des trouées liées à l’installation de champs de Colocasia esculenta. Parmi les 75 espèces, source de PFNL recensées, les produits et sous-produits issus de Raphia hookeri sont les plus exploités car ils constituent pour les populations riveraines d’importantes sources de revenus. Ces PFNL sont exploités à Lokoli pour plusieurs usages à savoir l’alimentation, l’emballage, boisson alcoolisée, recettes médicinales, construction, etc. Le nombre de pieds de Raphia hookeri saignés par an est de 15.452 par 320 exploitants dont 148 cueilleurs, 81 transformateurs et 91 commerçants ; ce qui fournit aux exploitants des revenus de l’ordre de 28.000 à 159.000 FCFA (42,7 à 242,4 euros) par mois et par exploitant, sans oublier les autres activités menées par les riverains dans cet écosystème. On note une forte pression anthropique sur cette formation qu’il est donc urgent de protéger. En effet, elle dispose d’importants atouts qui militent en faveur de sa conservation. Elle abrite des espèces végétales et animales rares, endémiques, vulnérables et en danger (inscrites sur la liste rouge de l’UICN), telles que : Hallea ledermannii, Uapaca paludosa, Nauclea xanthoxylon, Cercopithecus erythrogaster erythrogaster, Cercopithecus mona, Colobus vellerosus, Ceriagrion citrinum Campion, Barboides britzi, etc. La forêt marécageuse de Lokoli joue un rôle de refuge pour toutes ces espèces qui y trouvent leur niche écologique. Sur le plan socio-économique, la FML fournit aux populations riveraines des revenus pour leur subsistance. Toutes ces potentialités font d’elle une Forêt à Haute Valeur pour la Conservation (FHVC) et elle pourrait constituer une véritable réserve de biosphère dans le Sud-Bénin. SUMMARY Title: Ecological, floristic, phytosociological and ethnobotanical studies of the swamp forest of Lokoli (Zogbodomey - Benin) Key words: swamp forest, ecology, flora, vegetation classification, NTFP, conservation assessments, Lokoli, Zogbodomey-Benin. The swamp forest of Lokoli, located in the south of Benin, is a non-protected area, although it is the only swamp forest in West Africa accompanied by a river which always contains water. To be able to make decisions concerning the conservation and protection of this forest ecosystem, it is important to have a better knowledge of its flora, its vegetation and its ecology and dynamics. It is within this framework that the present study was considered. The data that were collected relate to the natural environment, the structure of the forest, the natural regeneration of the species and the uses of the Non Timber Forest Products (NTFP). The natural environment is composed of a substratum which is acid (pH varying from 3.5 to 5.5) and loamy-sandy. The floristic composition of this forest is composed of 241 plant species from 185 genera and 70 families. Seven vegetation types were identified: 1. Inundated primary forest with Alstonia congensis and Xylopia rubescens; 2. Inundated secondary forest with Ficus trichopoda and Spondianthus preussii; 3. Raphia forest with Raphia hookeri and Anthocleista vogelii; 4. Riparian forest with Alchornea cordifolia and Mitragyna inermis; 5. Marshy savanna with Ficus asperifolia and Paullinia pinnata; 6. Marshy savanna with Cyclosorus gongylodes and Polygonum pulchrum; and 7. Marshy savanna with Rhynchospora corymbosa and Ludwigia abyssinica. Precise details are given on their floristic, biological, phytogeographical and phytosociological characteristics. The mesophanerophytes are abundant in forest whereas at forest edges the microphanerophytes are most numerous. These vegetation types constitute a refuge for many animal species, for example Barboides britzi, a species of fish first identified in 2006. This study noted a good regeneration of forest species, in spite of disturbance related to the installation of fields of Colocasia esculenta. About 75 investigated NTFP are exploited in Lokoli for many purposes, among which food, packaging, alcoholic drinks, medicines, construction, etc. Among the listed NTFP, the products and by-products made from Raphia hookeri are the most important because they are important sources of revenue for the inhabitants of the area. The number of stems of Raphia used per year for palm wine production is 15.452 by the 320 inhabitants, including 148 gatherers, 81 transformers and 91 tradesmen. This provides to the inhabitants an income of about 28,000 to 159,000 FCFA per month and per inhabitant, without forgetting the other activities undertaken by these inhabitants. This results in a strong human pressure on the vegetation of the area which is therefore in urgent need of protection. The vegetation of the Lokoli forest has important values which indicate its conservation concern. It shelters plant and animal species that are endemic and/or endangered or vulnerable according to the red list of the IUCN, such as: Hallea ledermannii, Uapaca paludosa, Nauclea xanthoxylon, Cercopithecus erythrogaster erythrogaster, Cercopithecus mona, Colobus vellerosus, Ceriagrion citrinum Campion, Barboides britzi, etc. The swamp forest of Lokoli is a refuge for all these species who find here their ecological niche. On the socio-economic level, the Lokoli forest provides to the inhabitants an income for their subsistence. The Lokoli forest in southern Benin is a forest with a high conservation value and it has the potential to become a “biosphere reserve”.

Résumé Les recherches menées dans cette thèse ont porté sur la réactualisation des données sur la flore et la végétation de deux grandes zones agro-écologiques du Sénégal (les Niayes et le Bassin arachidier) en utilisant l’approche terroir pour mieux envisager la gestion conservatoire des ressources ligneuses. Dans les zones de savanes et de végétations sub-guinéennes respectivement du Bassin arachidier et des Niayes au Sénégal, 288 relevés ont été réalisés par stratification basée sur les villages ou groupes ethniques (Peul, Sérer et Wolof), les systèmes d’utilisation des terres et la topographie dans 6 terroirs villageois et 25 dans les sites de référence. Dans ces terroirs, la connaissance, la priorisation à la conservation des espèces, leur utilisations, comme préalables à la gestion durable de la biodiversité des agrosystèmes, ont aussi été abordées sur 124 espèces ligneuses par enquête ethnobotanique auprès de 216 répondants équitablement répartis entre les ethnies, âges et genres. Ces informants ont aussi évalué la dynamique des formations végétales suivant leur position sur la toposéquence. Les informations sur la dynamique d’occupation des terres ont été obtenues par la cartographie multi-date à partir de photo-aériennes (1954, 1989) et d’image Google earth 2006. Une expérimentation factorielle à trois facteurs (espèces, hauteur et diamètre de coupe) avec 15 répétitions, a été conduite dans le Bassin arachidier sur la régénération des souches des deux principales Combretaceae de la zone (Combretum glutinosum et Guiera senegalensis). Les données obtenues ont été soumises à des analyses multi et uni-variées. Les résultats phytosociologiques ont montré l’individualisation de onze groupements (G) dont d’une part, deux de savane (G4 et G8), un de forêts secondaires (G10) et deux autres issus des végétations semi-aquatiques (G1 et G5) qui sont les plus proches des situations naturelles, et d’autre part deux de milieux perturbés (G6 et G7) et quatre de milieux cultivés et post-culturaux (G2, G3, G9 et G11). Les premiers groupements sont progressivement envahis par les espèces des milieux perturbés, et les seconds par les espèces rudérales et nitrophiles. La position synsystématique de ces groupements a été donnée. 336 espèces ont été recensées : 260 dans les Niayes et 176 dans le Bassin arachidier. La richesse des critères de naturalités des terroirs peuls n’est pas toujours supérieure à celle des autres terroirs dans les deux zones. Les résultats d’enquête montrent une subdivision des espèces en quatre classes de priorité à la sauvegarde. Les plus prioritaires sont à usages multiples. En outre, les résultats ethnobotaniques montrent clairement que les villages des Niayes sont globalement séparés de ceux du Bassin arachidier mais aussi que les villages homologues sont différents. L’évaluation ethnobotanique de la diversité végétale est plus importante dans la zone du Bassin arachidier comparée aux Niayes. Elle augmente avec la densité dans les Niayes comme dans le Bassin arachidier excepté dans le terroir wolof de ce dernier. Les villages du Bassin arachidier ne présentent aucune restriction dans le choix des espèces destinées à satisfaire leurs différents besoins. Ce manque de sélectivité y est total et renseigne sur le niveau de rareté des ressources ligneuses. Les résultats cartographiques montrent que les zones des Niayes et du Bassin arachidier connaissent une transformation importante du paysage essentiellement due au processus de création ou d’agrégation des champs en vigueur partout. Cela s’est fait au détriment des formations végétales : suppression des savanes arborées dans les deux zones, suppression et agrégation des savanes arbustives dans les Niayes, fragmentation et dissection dans le Bassin arachidier. Dans le régime de taillis à courte rotation du Bassin arachidier, il serait plus indiqué de pratiquer une coupe sélective suivant les classes de diamètre et les espèces afin de concilier productivité et durabilité en favorisant le développement des rejets proventifs. Une extension de l’approche terroir dans les autres zones éco-géographiques du pays devrait être testée pour vérifier les tendances obtenues dans ce travail et recenser et suivre les groupements végétaux, les intégrer dans la classification moderne afin de faciliter le suivi de leur évolution spatio-temporelle. Elle permettrait sans doute l’évaluation de la variabilité locale de l’importance des espèces. Abstract Researches carried out in this thesis about updating flora and vegetation data from two major agroecological regions of Senegal (Niayes and Peanut Basin) used village-scale based methodology in order to better consider ligneous resources conservation. In savannas and sub-guinean vegetations of respectively Peanut Basin and Niayes, 288 records were realized upon stratification method based on ethnic groups (Wolof, Peul and Sérer), land use systems and topography in 6 villages and 25 records in the reference sites. In these villages, knowledge, priorisation and uses, prior to sustainable agrobiodiversity management, were also addressed on 124 ligneous species by ethnobotanic survey with 216 respondants equally distributed to ethnic groups, ages and gender. Respondants also addressed vegetation dynamics a long topographic position. Informations on land occupation trends were gained by air-photography cartography and Google earth 2006 image. Factorial experimentation on 3 factors (species, high and diameter of sprouting) with 15 repetitions was implemented on stump regeneration dynamics of the 2 principal Combretaceae in the Peanut Basin region (Combretum glutinosum and Guiera senegalensis). Multivariate and univariate analysis were performed on the data. Phytosociological results showed discrimination of 11 vegetation groups (G). Two of them (G4 and G8) are savannas samples, one secondary forest (G10), two from semi-aquatic vegetation (G1 and G5); in the other hand, two groups of disturbed situations (G6 and G7) and four cultivated and postcultural groups were found (G2, G3, G9 and G11). The first groups were progressively invaded by cultural and poscultural species and the second groups by ruderary and adventitious species. Systematic position of these groups was indicated. 336 species were recorded: 260 in the Niayes and 176 in the Peanut Basin). Richness in wilderness criterion was not always superior in peul villages. Ethnobotanical results showed subdivision of species diversity in 4 classes of conservation priority. Most conservation priority species were multipurpose trees. A clear separation between Niayes villages and Peanut basin ones, and also between counterparts’ villages was found. Ethnobotanical valuation of species was higher in the Peanut Basin area. It grows with human density a part from wolof village of the Peanut basin. Villages of the Groundnut Basin showed no selectivity in the choice of species to meet their different needs. This lack of selectivity is complete and translates woody resources scarcity. Cartographic results show an important landscape transformation in Niayes and Peanut basin areas due to fields creation or aggregation processes running everywhere. This occurred against vegetation formations : attrition of woody savanna in the two zones, attrition and aggregation of shrubby savanna in Niayes area, fragmentation and dissection in Peanut basin. In short term cutting system of the Peanut Basin, it should be better to practise a selective logging method according to species and diameter classes in order to reconcile productivity and sustainability by ensuring stumps’ low-stem resprouting. An extension of terroir approach methodology in other local eco-geographical zones of Senegal should be tested in order to complete the identification and monitoring of the dynamics of plant communities, their integration into modern classification to facilitate the monitoring of their spatio-temporal evolution. It should allow the assessment of species local importance variability.

La forêt boréale renferme plusieurs espèces d'insectes forestiers caractérisés par des dynamiques de population éruptives. Ces insectes peuvent affecter le paysage en influençant la mortalité et la croissance des arbres. La livrée des forêts est un ravageur majeur du peuplier faux-tremble, la plus importante espèce d'arbre feuillu de la forêt boréale de l'Amérique du Nord et une essence qui connaît une importance économique grandissante. Cette étude a pour but d'établir une relation entre les caractéristiques de la végétation forestière et les dynamiques de défoliation de la livrée des forêts lors de l'épidémie de 1999-2002 en Abitibi-Témiscamingue. La végétation forestière est caractérisée par le type d'habitat (forestier, non-forestier), l'âge et le type de couvert de peuplements ainsi que la diversité des types de couverts et l'abondance des milieux de bordure dans le paysage. Ces caractéristiques sont évaluées localement et contextuellement à de multiples étendues spatiales. Les dynamiques de défoliation sont classées en trois catégories de persistance: absence de défoliation, la défoliation modérée ou sévère sur un an et la défoliation modérée ou sévère sur plus d'un an (2-4 ans). Un échantillonnage stratifié aléatoire a été effectué à l'aide d'un système d'information géographique (SIG) à partir d'une base de données géoréférencées contenant les cartes de défoliation et les cartes écoforestières. Des analyses de régressions logistiques nominales ont été utilisées afin de déterminer les probabilités d'incidence des différentes dynamiques de défoliation en fonction des caractéristiques locales et de paysage de la végétation forestière. Les résultats révèlent que les paysages contenant une grande concentration d'essences feuillues où l'âge du peuplement central est de 50 ans sont les plus probables de subir des dynamiques de défoliation prolongées. La diversité des types de couverts dans le paysage augmente la probabilité que les défoliations ne durent qu'une seule année. Une augmentation de l'abondance des milieux de bordure dans le paysage réduit de la persistance de défoliation. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Livrée des forêts, Dynamique de défoliation, Épidémie, Composition forestière, Hétérogénéité, Régression logistique, Abitibi, Boréal.