Nous avons exploré dans la présente étude la diversité de la flore fermentaire indigène libanaise de Saccharomyces cerevisiae en collectant des échantillons de moûts de raisins en cours de fermentations naturelles de diverses localités dispersées sur le territoire libanais. Une grande diversité moléculaire de la flore libanaise a été mise en évidence, que ce soit entre différentes localités géographiques, au sein des caves ou au sein des fermentations naturelles. En dépit de cette diversité, plusieurs cas de dominance et de pérennité de souches ont été observés dans les caves vinicoles où les fermentations semblent être conduites par des lignées de souches apparentées. Une telle parenté a aussi été observée dans des zones géographiques restreintes, mais plus la zone s'élargissait moins apparente était la parenté entre souches. La flore libanaise, en dépit de sa diversité, pourrait être dotée d'une certaine spécificité en comparaison aux autres flores vinicoles. L'influence du milieu de fermentation sur la parenté des isolats semble en outre plus importante que l'effet géographique. Nous avons aussi évalué les méthodes moléculaires utilisées pour l'exploration de la diversité ; deux méthodes déjà mises au point auparavant (amplifications de séquences entre deux éléments delta et de loci microsatellites) et une nouvelle méthode que nous avons testé, le MLST. Les deux premières méthodes se sont avérées très utiles pour le typage vu la grande variabilité de leurs marqueurs et par conséquent leur grande capacité de discrimination. Par contre le schéma MLST a montré une capacité de discrimination inférieure à celle des deux autres méthodes. Il pourrait néanmoins être amélioré par l'utilisation de loci plus variables. Mais contrairement aux deux autres méthodes, le MLST est apparu plus utile pour l'inférence des relations phylogéniques, particulièrement pour les souches peu apparentées. La diversité phénotypique accompagnant la diversité moléculaire a été examinée elle aussi en vue d'une potentielle sélection de souches et pour envisager son éventuelle congruence avec la diversité moléculaire. Les souches étudiées de S. cerevisiae ont présenté des capacités fermentaires différentes ce qui pourrait être exploité pour pousser la sélection entamée dans cette étude en vue de futures utilisations oenologiques, notamment dans l'industrie vinicole libanaise. La diversité phénotypique qui a accompagné la diversité moléculaire a montré une certaine congruence avec elle. Cette congruence a été particulièrement reliée à la production élevée d'acétaldéhyde de certains profils moléculaires et elle pourrait éventuellement aider à prédire la production d'acétaldéhyde pour certaines souches.

Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2004. / Titre de l'écran-titre (visionné le 29 novembre 2004). Bibliogr.

Les oligosaccharides non digestibles (OND) occupent aujourd'hui une place de choix parmi les ingrédients fonctionnels du fait de leur potentielles propriétés prébiotiques. Les transgalacto-oligosaccharides (TOS), oligomères linéaires de galactose obtenus par fermentation du lactose, appartiennent à la famille des OND. L'objectif de ce travail, réalisé en étroite collaboration avec la société Blédina, était de caractériser les effets induits par la consommation de TOS sur la fonction intestinale. Ce travail incluait une première partie dédiée aux effets des TOS sur la muqueuse intestinale, une deuxième partie visant à étudier les conséquences de la consommation de TOS sur la composition de la flore fécale et les paramètres des réponses immunitaires innées et adaptatives au niveau intestinal et périphérique, et la troisième partie a consisté en une étude des effets des TOS sur les signes cliniques et biologiques d'allergie à l'arachide. Nous avons établi que la consommation de TOS induit une forte augmentation de la quantité de protéines totales contenues dans la muqueuse intestinale. Cependant, cet effet ne semble pas dû à une augmentation de la production des mucines, ni à un effet trophique des TOS. Par ailleurs, nous avons confirmé l'effet prébiotique des TOS en montrant que le nombre de bifidobactéries était augmenté après 4 semaines de consommation de TOS. Une analyse plus fine par DGGE nous a également permis de montrer que la diversité de la flore lactobacille est augmentée par la consommation de TOS, même si, d'un point de vue quantitatif, les lactobacilles sont très peu augmentés par les TOS. Certains paramètres immunitaires périphériques, et notamment la proportion de cellules CD4+ dans la rate, sont également modifiés lorsque les animaux consomment les TOS. Nous n'avons en revanche pas constaté d'effets au niveau intestinal. Enfin, lors de notre étude sur animaux sensibilisés à l'arachide, nous avons établi que la consommation de TOS permet de diminuer les immunoglobulines IgG1 spécifiques, tout en augmentant la prolifération des splénocytes cultivés en présence d'un mitogène non spécifique et leur production de cytokines. Cependant, si certains signes biologiques d'allergie sont diminués par la consommation de TOS, les signes cliniques d'allergie à l'arachide ne sont pas affectés. Nos résultats ont donc prouvé que les TOS induisent de réelles modifications de l'écosystème intestinal, mais aussi du système immunitaire périphérique. Des travaux supplémentaires seraient nécessaires afin de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents.

Cette thèse s’inscrit dans le cadre de la thématique du Laboratoire de Pharmacognosie de l’UFR Pharmacie, au sein de l’Université de Bourgogne. Elle vise essentiellement la recherche de molécules d’origine végétale principalement des saponines biologiquement actives issues de la biodiversité tropicale. Dans ce contexte l’étude de plantes malgaches, Polycarpaea corymbosa Lamk. (CARYOPHYLLACEAE), Pittosporum verticillatum Bojer subsp. verticillatum (PITTOSPORACEAE), Solanum incanum L. et S. heteracanthum Dunal. (SOLANACEAE) a conduit à l’isolement de quinze glycosides naturels par les techniques de chromatographie solide-liquide, de chromatographie liquide à moyenne pression, de flash chromatographie, et de chromatographie liquide sous vide. Les structures ont été élucidées principalement par les techniques spectroscopiques de RMN-1D et -2D, et de spectrométrie de masse. Il s’agit de neuf saponines triterpéniques de type oléanane, parmi lesquelles sept sont des nouveaux composés naturels, ainsi que cinq saponines stéroïdiques de type spirostane et furostane, dont une nouvelle, et un glycoalcaloïde stéroïdique connu. Treize molécules isolées ont été testées en vue d’évaluer leurs activités cytotoxiques sur six lignées cellulaires cancéreuses humaine et animale. Nos résultats montrent que quatre d’entre elles possèdent une cytotoxicité significative sur les lignées HT-29, HCT 116, SW480, DU145, EMT6, et H9c2. / This thesis was carried out in the Laboratory of Pharmacognosy, in the Pharmacy section of the University of Burgundy. The principal theme of this laboratory is the research of natural compounds from tropical biodiversity, mainly saponins. In this context, the study of Malagasy plants, Polycarpaea corymbosa Lamk. (CARYOPHYLLACEAE), Pittosporum verticillatum Bojer subsp. verticillatum (PITTOSPORACEAE), Solanum incanum L. and S. heteracanthum Dunal. (SOLANACEAE) led to the isolation of fifteen natural glycosides by column chromatography, medium pressure liquid chromatography, flash chromatography, and vacuum liquid chromatography. The structures were elucidated mainly by the use of spectroscopic techniques, NMR-1D and -2D, and mass spectrometry. The compounds were characterized as nine triterpene saponins of the oleanane type, among them seven are new natural compounds, five steroid saponins of the spirostane or furostane type, among them one new, and one known steroid glycoalkaloid. Thirteen of compounds were tested for cytotoxicity against six human and animal cancer cell lines. Our results show that four of them have significant cytotoxicity on cell lines HT-29, HCT 116, SW480, DU145, EMT6, and H9c2.

L'infection par le virus de l'hépatite B (VHB) est un problème de santé publique majeur avec plus de 257 millions de porteurs chroniques dans le monde ayant un risque important de développer une cirrhose et/ou un hépatocarcinome. L'histoire naturelle de l'infection est très différente selon l'âge auquel l'infection est contractée. Alors que chez l'adulte l'infection est spontanément résolutive dans la majorité des cas, la contamination materno-infantile ou en bas âge aboutit le plus souvent à une infection chronique. Le cccDNA est la forme de persistance du génome viral dans les hépatocytes infectés et la base de transcription de tous les ARN viraux. La protéine virale HBx joue un rôle crucial dans le recrutement des facteurs épigénétiques sur le cccDNA et favorise son activité transcriptionnelle. Les traitements actuels à base d'interféron et d'analogues nucléos(t)idiques ne permettent pas l'éradication du cccDNA et leur interruption est presque toujours suivie d'une réactivation de la réplication du virus. De nouvelles molécules thérapeutiques ciblant le cccDNA sont donc nécessaires pour espérer obtenir une cure fonctionnelle chez les patients chroniquement infectés. Il existe des liens étroits entre l'infection par le VHB et le métabolisme des acides biliaires (AB). Ainsi, notre équipe a précédemment montré que le récepteur nucléaire des acides biliaires, le farnesoid X receptor alpha (FXRalpha) se fixe sur deux éléments de réponse présents dans la région Enhancer II - promoteur de Core du génome viral et module son activité transcriptionnelle. De plus, le VHB et les AB entrent en compétition pour le même récepteur d'entrée hépatocytaire NTCP, modifiant la concentration cellulaire des AB avec des conséquences sur la fonction et l'expression de FXRalpha. Enfin, HBx interagit avec FXRalphaet modifie son activité. Au cours de cette thèse nous avons dans un premier temps identifié une régulation réciproque existante entre la réplication du VHB et FXRalpha. Puis nous avons montré in vitro, dans des cellules HepaRG différenciées et des hépatocytes primaires humains, que FXRalphaest un facteur proviral pour le VHB et que les agonistes de FXRalpha inhibent l'expression de l'ensemble des marqueurs viraux de manière dépendante ou indépendante de la protéine virale HBx. Enfin, dans un modèle in vivo de souris C3H/HeN transduites par un vecteur recombinant AAV2/8-VHB, nous avons obtenu l'effet inhibiteur des agonistes de FXRalphamais uniquement chez les souris adultes et pas chez les souris jeunes. Compte tenu de l'évolution de la flore intestinale avec l'âge et de son importance dans le métabolisme des AB, ces résultats suggèrent que le fort taux d'évolution chronique chez les jeunes enfants pourrait être lié à l'immaturité du métabolisme des AB. La mise en évidence d'un lien entre microbiote, métabolisme des AB et infection par le VHB contribuerait grandement à une meilleure compréhension de l'histoire naturelle de cette infection. De plus, l'identification de FXRalphacomme un facteur de l'hôte favorisant l'infection et l'existence de molécules capables de moduler l'activité de FXRalphasuggèrent que FXRalphapourrait constituer une cible thérapeutique intéressante ciblant le cccDNA et permettant d'améliorer le traitement des patients infectés par le VHB / Hepatitis B virus (HBV) infection is a major global health problem with more than 257 million chronic carriers worldwide that remain at significant risk for developing cirrhosis and/or hepatocellular carcinoma. The natural history of infection is very different depending on the age at which the infection is contracted. Whereas in adults most HBV infections spontaneously resolve, in infants and young children they usually result in chronic infection. cccDNA is the molecular form of viral persistence in infected hepatocytes and serves as a transcription template for all viral RNAs. The viral protein HBx plays a crucial role in the recruitment of epigenetic factors to the cccDNA and promotes its transcriptional activity. Currently, interferon and nucleot(s)ide analogues are the first-line agents in the treatment of chronic hepatitis B without allowing eradication of cccDNA and their interruption are almost always followed by a reactivation of the replication of the virus. New therapeutic molecules targeting cccDNA are therefore needed to hope for a functional cure in chronically infected patients. HBV infection and bile acid (BA) metabolism are tightly linked. Therefore, our team has previously shown that the bile acid nuclear receptor, the farnesoid X receptor alpha (FXRalpha) bind to two response elements present in the Enhancer II - Core promoter region of HBV genome and modulate its transcriptional activity. Moreover, HBV and BA compete for the same entry receptor of hepatocytes NTCP and modify BA cell concentration with consequences on the function and expression of FXRalpha. Finally, HBx interacts with FXRalpha and modify its activity. During my PhD. we have first identified a reciprocal regulation between HBV replication and FXRalpha. Second, we have showed in vitro, in HepaRG differentiated cells and in primary human hepatocytes, that FXRalpha is a proviral factor for HBV and that FXRalpha agonists inhibit the expression of all HBV markers in a dependent or independent manner of the viral protein HBx. Finally, in an in vivo model of C3H/HeN mice transduced with a recombinant AAV2/8-HBV vector, we obtained the inhibitory effect of FXRalpha agonists but only in adult and not in young mice. Considering the evolution of the gut flora with age and its importance in the metabolism of BA, these results suggest that the high rate of chronic progression in young children might be related to the immaturity of BA metabolism. The identification of a link between BA metabolism, gut microbiome composition and evolution of HBV infection will represent a big step toward the understanding of HBV natural history. Moreover, the identification of FXRalpha as a proviral factor for HBV and the capacity of FXRalpha ligands to modulate the transcriptional activity of cccDNA suggest that FXR ligands might represent a new class of molecules with the aim to obtain functional cure for HBV infected patients

O objetivo deste trabalho é estudar a movimentação de imigrantes no Porto do Rio de Janeiro e na Hospedaria da Ilha das Flores entre os anos de 1883 e 1907, procurando relacioná-la com as políticas públicas de incentivo ao fluxo migratório e as mudanças na dinâmica organizacional da referida hospedaria. A ideia é demonstrar através dos relatórios do Ministério da Agricultura, Comércio e Obras Públicas e, posteriormente da Indústria, Viação e Obras Públicas que as oscilações no número de entrada de imigrantes no território brasileiro acompanharam as políticas imigratórias favoráveis ou desfavoráveis a vinda de trabalhadores estrangeiros. Assim, pretende-se demonstrar que a Hospedaria da Ilha das Flores foi uma construção integrada à estrutura dos movimentos imigratórios e que, portanto, sua manutenção esteve sujeita a agenda política do governo imperial e republicano. Nesse sentido, em 1891, após a adoção do sistema federalista, transferiu-se para os estados a responsabilidade pelos serviços referentes à imigração e à colonização, o que reduziu gradativamente o fluxo de imigrantes na Hospedaria da Ilha das Flores, fazendo com que a instituição perdesse a importância que tinha na década anterior. Somente em 1907, diante da dificuldade dos estados em promover a imigração, o poder central retomou as políticas imigratórias e a Hospedaria da Ilha das Flores tornou a florescer. / This work aims at studying the movement of immigrants in the Port of Rio de Janeiro and in the Immigrants Hostel Flores Island between the years of 1883 and 1907, relating it with the public policies which stimulated the migratory stream and the changes in the dynamic organizational of the referred hostel. The idea is to demonstrate through reports of the Department of the Agriculture, Commerce and Public Works and, subsequently the Industry, Viaduct and Public Works that the shifts in the Immigrants Entrance Number in the Brazilian territory were accompanied by migratory policies favorable or unfavorable to the coming of foreign workers. Therefore, it intends to show that the Immigrants Hostel of Flores Island was a construction integrated to the structure of the immigration movements and that, therefore, its maintenance depended on the political agenda of the Republican and Imperial government. In that sense, in 1891, after the adoption of the Federalist system, the responsibility of regarding immigration and colonization services was transferred to the states, which reduced gradually the stream of immigrants in the hostel, which made this institution lose the importance it had had in the previous decade. Only in 1907, when it faced difficulty in promoting immigration, that the central power went back to the migratory policies and the Hostel for Immigrants Hostel of Flores Island started blossoming.

La période des 1000 premiers jours de vie constitue une fenêtre de sensibilité au cours de laquelle l’environnement peut moduler le développement du foetus et du nourrisson, et conditionner la santé tout au long de la vie. Les conséquences à long terme de l’environnement périnatal sur le risque de maladies intestinales sont toutefois encore peu connues. L’objectif de ce travail était de montrer l’impact de l’environnement nutritionnel précoce sur la maturation intestinale et la santé intestinale à long terme.Un retard de croissance postnatal (RCPN) était induit chez la souris FVB/NRj par augmentation de la taille des portées. Le RCPN était responsable d’un retard de maturation de l’intestin chez la souris au sevrage, en particulier de la barrière intestinale, caractérisé par une augmentation de la perméabilité intestinale, concomitante d’une désorganisation des protéines des jonctions serrées. Le microbiote intestinal était moins riche en espèces bactériennes chez la souris au sevrage en cas de RCPN et sa composition était différente, avec en particulier une proportion anormalement élevée de Parabacteroides spp, Enterococcus spp, Erysipelatoclostridium spp, Eubacterium coprostanoligenes spp, Staphylococcus spp, et Escherichia-Shigella spp, et une plus faible proportion d’espèces productrices de butyrate. L’absence de barrière intestinale efficace et la dysbiose induites par le RCPN, étaient associées à une altération de la réponse inflammatoire de l’intestin à l’âge adulte, caractérisée par une augmentation des réponses immunitaires Th1, Th17 et Treg et une plus grande susceptibilité à la colite chimiquement induite.Ce travail démontre l’importance de l’environnement nutritionnel précoce dans la programmation de la santé intestinale au cours de la vie, et conforte l’hypothèse d’une origine développementale des maladies intestinales chroniques. / The first thousand days of life are a critical time for the development of both the fetus and the infant, and can modify the risk profile for diseases in later life. However, the longterm consequences of the perinatal environment on the susceptibility to intestinal disorders have not yet been assessed. The aim of the present study was to investigate the impact of the early nutritional environment on intestinal maturation and gut health in later life.Postnatal growth restriction (PNGR) was induced in FVB/NRj mice during the suckling period by adjusting the litter size. PNGR delayed intestinal maturation in pups at weaning. PNGR was associated with a maturation delay of the intestinal barrier, characterized by an increased intestinal permeability and impaired tight junctions. At the same time, PNGR affected gut bacterial colonization. Pups with PNGR harbored a decreased bacterial diversity, higher Parabacteroides spp, Enterococcus spp, Erysipelatoclostridium spp, Eubacterium coprostanoligenes spp, Staphylococcus spp, and Escherichia-Shigella spp, and lower butyrate producers. The lack of an efficient intestinal barrier and the dysbiosis induced by PNGR were associated with an altered intestinal inflammatory response in adult mice, characterized by an increase of Th1, Th17 and Treg immune responses, and a higher susceptibility to chemically induced colitis.Our data emphasize the importance of the early nutritional environment in programming of gut health in later life, and support the hypothesis of the developmental origin of chronic intestinal disorders.

Le déoxynivalénol (DON) est une mycotoxine issue du métabolisme secondaire de moisissures, et se retrouve fréquemment comme contaminant naturel de nombreuses denrées d’origine végétale. Les objectifs de nos travaux ont été d’évaluer les propriétés toxiques du DON chez le porc en croissance, sain ou porteur d’agent pathogène, car cette espèce est connue pour sa sensibilité envers la toxine. Nous avons dans un premier temps étudié in vitro les effets du DON sur la réponse immunitaire non spécifique des animaux. Dans un deuxième temps, l’impact de l’ingestion d’un aliment naturellement contaminé sur les performances et la flore intestinale des porcs a été étudié. Enfin, le modèle de portage asymptomatique de salmonelles a été choisi pour caractériser l’effet de l’intoxication sur l’excrétion de ce pathogène. En fonction de la dose de DON utilisée (0,5 - 5µM), la pré-exposition des macrophages à la toxine a entraîné une inhibition de leur activation par l’IFN-? à travers une diminution de l’expression de leurs récepteurs transmembranaires CD14, CD54, CD119 et HLA-DP/DQ/DR, impliqués dans les fonctions de coopération et de signalisation des macrophages. En revanche, le DON n’a pas eu d’effet particulier sur des macrophages préalablement activés par l’IFN-?. L’exposition au DON n’a pas altéré la capacité de phagocytose des neutrophiles. Cependant, le DON (10 - 50 µM) réduit les propriétés de migration de ces cellules, et diminue la production d’IL-8 par les neutrophiles stimulés par du lipopolysaccharide. Nos résultats suggèrent que la diminution de la production d’IL-8 serait due à une inhibition de l’expression de la sous-unité p65 des facteurs de transcription-kB (NF-kB). Dans les études in vivo, nous avons observé une diminution transitoire de la croissance de tous les porcs après une semaine d’ingestion d’un aliment contaminé par le DON (2,7 mg DON/kg d’aliment). Des modifications de profils de flore bactérienne intestinale ont également été mises en évidence par CE-SSCP (Capillary Electrophoresis Single-Stranded Conformation Polymorphism) après 28 jours d’intoxication chronique. Comme attendu, aucun signe clinique ou physiologique important n’a été observé suite à l’inoculation des porcs avec 106 UFC de Salmonella Typhimurium, hormis une augmentation immédiate de la concentration sérique des immunoglobulines A. Une légère accélération de la séroconversion des animaux infectés par Salmonella Typhymurium et exposés au DON a été observée, ainsi qu’une perturbation passagère de la population de coliformes thermotolérants des fécès, deux jours après l’infection. Aucun autre effet synergique de l’intoxication et de l’infection n’a été observé sur la persistance et l’excrétion de la bactérie par les porcs infectés. En conclusion, nos résultats montrent qu’in vitro, le DON diminue les fonctions des cellules phagocytaires (neutrophiles et macrophages) et qu’in vivo, aux doses de DON et de salmonelles administrés, cette mycotoxine altère la flore intestinale des porcs, mais ne semble pas être un facteur aggravant du portage asymptomatique de salmonelles. / Deoxynivalenol (DON), is a mycotoxin produced by several Fusarium species. It is a secondary metabolite and can contaminate all the stages of the food chain. DON is commonly detected in cereal grains and pigs remain the most sensitive animal specie. The aim of the present study was to evaluate the toxicological properties of DON in grower pigs using pathogen-free pigs. In the first place, in vitro studies were performed to evaluate DON effects on the no-specific immune response. In the second place, the impact of the ingestion of naturally DON contaminated food on the performance and pig’s microbiota was explored. Finally, a Salmonella asymptomatic model was used to characterize the effect of DON on pathogen excretion. Depending on the DON dose used (0.5 -5 µM) the preliminary exposition of macrophages with increased concentration of DON inhibited their IFN-y activation, through a decrease in the clusters of differentiation CD14, CD54, CD119, and HLA-DP/DQ/DR, which are implicated in cellular cooperation and signalization of macrophages. However, no DON effect was observed on the preliminary IFN-y activated macrophages. High DON dose (10 - 50 µM) did not affect polymorphonuclear cells (PMNs) phagocytosis but reduced significantly the migration capacity and the IL-8 production of LPS-induced PMNs. Results therefore suggested that IL-8 decrease is due to the inhibition of the p65-NFKB subunit expression. In the in vivo study, consumption of DON-contaminated feed (2.8 mg DON/kg of feed) reduced the animal weight gain during the first week of experiment. Changes in the intestinal microflora were observed by Capillary Electrophoresis Single-Stranded Conformation Polymorphism (CE-SSCP) in DON exposed animals, suggesting an impact of this toxin on the dynamics on the intestinal bacterial communities. In pigs inoculated with Salmonella enterica Typhimurium, DON did not increase the asymptomatic pathogenicity of the bacteria when these animals were fed with the contaminated diet. Only a slight increase of the seroconversion was seen, but no synergistic effects on colonization or excretion of the bacteria was observed during the experiment. It was concluded that low doses of DON have a negative impact on different phagocytics cells functions and could modify the gastrointestinal associated microflora. In contrast, this toxin did not seem to increase an asymptomatic infection of Salmonella enterica Typhimurium in pigs.

La datte Deglet-Nour est traditionnellement récoltée et consommée au stade de maturité complet Tamar caractérisée par une faible activité en eau (aw< 0,76). Cette datte est stable dans des conditions ambiantes. En revanche, à un stade de maturité précoce (Routab), la Deglet-Nour est intéressante sur le plan organoleptique, mais susceptible de développement microbien en raison de son activité en eau intermédiaire (aw = 0,80−0,85). Ce travail s'est intéressé à d'une part, réduire la charge microbienne initiale des dattes par une opération de traitement thermique de surface post-récolte, puis d'autre part, à prolonger la durée de vie des dattes en inhibant le développement fongique par l'effet (seul ou combiné) de trois facteurs environnementaux que sont la température, l'aw et l'atmosphère enrichie en CO2 (emballage sous atmosphère modifiée). Les souches fongiques présentent à la surface des dattes ont été isolées et identifiées sur des dattes collectées dans trois régions du sud algérien ; il s'agit d'Aspergillus niger, d'Alternaria alternata et de Candida apicola. La charge fongique varie entre 2,4 et 5,8 10^2 UFC/g et est localisée uniquement à la surface des dattes. Un modèle d'inactivation thermique des souches a été développé. La thermosensibilité des souches a été évaluée avec un D_50 de 2,3 ± 0,4 min et 22,1 ± 2,1 min, pour C. apicola et Asp. niger respectivement. Les valeurs de sont 9,4 ± 2,6°C et 9,6 ± 0,1°C, pour C. apicola et Asp. niger, respectivement. Ce modèle cinétique a été validé en condition de traitement thermique instationnaire. Un modèle numérique de transfert d'énergie en 2D axisymétrique a été conçu et résolu par la méthode des éléments finis. Il prend notamment en compte, les diverses parties d'une datte (pulpe, lame d'air, noyau) et permet d'estimer la réduction de charge des levures et l'impact sur la qualité. Ces informations ont permis de rationaliser les barèmes de pasteurisation en surface des dattes tout en limitant le brunissement non-enzymatique. Les effets de la température (10−40°C), de l'aw (0,993−0,818) et de la concentration en CO2 (9,4−55,1%, v/v) sur les vitesses de croissance des deux souches ont été quantifiées et modélisées par un modèle primaire linéaire à deux phases et le modèle secondaire du γ-concept. Il inclue les interactions entre l'aw et le CO2. Les limites de croissance/non-croissance ont été prédites par une approche déterministe, et l'évaluation de la performance du modèle a été menée sur une pâte de datte. Asp. niger manifeste une plus grande vitesse de croissance et tolérance aux faible aw que Alt. alternata, tandis que Alt. alternata est plus tolérantes aux fortes concentrations en CO2 et aux basses températures (respectivement pour Asp. niger et Alt. alternata : µ_opt = 28,6 et 12,1 mm jour^–1 ; aw_min= 0,786 et 0,808 ; CO2_max= 79,8 et 95,1% ; T_min = 4,4°C et 1,6°C). Le modèle γ-concept surestime les vitesses de croissance sur la pâte de datte, en revanche le modèle reste optimiste avec des prédictions conservatrices. Cette étude a mis en évidence l'intérêt d'un traitement thermique pour pasteuriser la surface des dattes tout en limitant le brunissement non-enzymatique ; de plus l'effet inhibiteur CO2 sur la croissance des deux moisissures est très efficace et un conditionnement enrichi en CO2 semble pertinent pour la conservation de ces dattes immatures. / The Deglet-Nour date is traditionally harvested and consumed at full ripeness stage (Tamar) characterized by a reduced water activity (aw<0.76). This date is stable under ambient storage conditions. In contrast, unripe Deglet-Nour (Routab stage) has interesting organoleptic properties, but is prone to microbial contamination due to its intermediate water activity levels (aw = 0.80−0.85). On the one hand, this work focused on the reduction of the initial microbial load by post-harvest surface heat treatment operation and, on the other hand, extending the shelf life of the dates by the inhibition of fungal growth using three environmental factors: temperature, aw and CO2-enriched atmosphere (modified atmosphere packaging). The fungal strains initially present on the Deglet-Nour dates surface were isolated from three districts in Algeria (Biskra, Tolga and Doucen). These strains were identified at the molecular level as Aspergillus niger, Alternaria alternata and Candida apicola. The fungal load ranged from 2.4 to 5.8 10^2 CFU/g. A thermal inactivation model for these strains was developed. Decimal reduction times at 50°C (D_50) were 22,1 ± 2,1 min and 2.3 ± 0.4 min for A. niger and C. apicola, respectively. The z-values were 9.6 ± 0.1°C and 9.4 ± 2.6°C for A. niger and C. apicola, respectively. This kinetic model was validated in unsteady heat treatment conditions. In parallel, a 2D axial-symmetric model of heat transfer was designed and solved by the finite element method. It takes into account the various sub-domains of date (pulp, air layer and pit) and assesses the yeast inactivation rate and the impact on quality. These data allowed for streamlining pasteurization schedules on dates surface. The effect of temperature (10−40°C), aw (0.993−0.818) and CO2 concentrations (9.4-55.1%, V/V) on the growth rates of Asp. niger and Alt. alternata have been quantified and modeled using the two-phase linear model and the γ-concept. The boundary between growth/no-growth was predicted using a deterministic approach and the model performance evaluation was conducted on pasteurized date past. A significant effect of the environmental factors on the growth of both strains has been found. Asp. niger displayed a faster growth rate and higher tolerance to low aw than Alt. alternata, which in turn proved more resistant to CO2 concentration and low temperature (respectively for Asp. niger and Alt. alternata: µ_opt = 28.6 and 12.1 mm day^–1; aw_min= 0.786 and 0.808; CO2_max= 79.8 and 95.1% ; T_min = 4.4°C and 1.6°C). The γ-concept model overestimated growth rates on date past; however, it is optimistic and provides somewhat conservative predictions. This study highlights the benefit of heat treatment to pasteurize dates surface while minimizing the color date degradation. In addition, the inhibitory effect of CO2 on the growth of both molds is very efficient, and CO2-enriched atmosphere seems relevant for the preservation of unripe dates.

Dans une ère où les moustiques modifiés commencent à être utilisés ou envisagés pour contrôler les épidémies de Dengue ou malaria, le manque de connaissance sur l’immunité des insectes vecteurs envers certains pathogènes se fait cruellement ressentir. Pourtant la possibilité de changements de vecteurs, dû à un changement de leur immunité, provoquée par l’Homme est réelle. Pour déterminer la contribution de l’immunité dans différents compartiments du vecteur contre divers pathogènes avons étudié la réponse antivirale dans la première barrière de transmission chez le moustique vecteur de la malaria après une infection par un repas sanguin. Nous montrons que les réponses antivirales sont différentes entre compartiments, et proposons un modèle où des interactions tripartites entre le virus, l’immunité du moustique et la flore entérique interagissent pour contrôler l’infection précoce du moustique après le repas sanguin. De façon surprenante, nous avons également montré que la voie de l’ARN interférence n’a pas d’effet antiviral dans ce compartiment. Nous suggérons que cette voie est utilisée par le parasite Plasmodium pour détourner la réponse antiparasitaire médiée par Toll, grâce à un facteur de virulence de nature ARN double brin. Nous avons également montré que des biais expérimentaux lors de l’infection des insectes ont conduit à l’élaboration d’un dogme disant que la voie de l’ARN interférence est la voie antivirale principale des insectes, mais nos resultats suggèrent que malgré l’importance de cette voie pour controler l’intensité de la réplication virale lors de l’infection disséminée, cette voie n’a aucune fonction antivirale lors de l’infection initiale du tube digestif. Néanmoins, le séquençage des produits de cette voie permet d’assembler de-novo des génomes de virus commensaux. Les résultats de ces travaux montrent très clairement qu’il faut évaluer le rôle et l’impact de toute modification d’insectes vecteurs pour plusieurs classes de pathogènes. Cela ouvre également de nombreux nouveaux champs de recherches et pose de nombreuses nouvelles questions. / In an era where modified mosquitoes are starting to be used in nature for controlling malaria and Dengue, lack of knowledge about immunity of mosquito vectors to some pathogen classes are becoming more evident. The risks for human-provoked vector shifts of pathogens transmission have not been examined. To fill these gaps, we assessed the antiviral immunity of the malaria vector, Anopheles gambiae, in the strongest mosquito bottleneck for pathogens, the midgut infection barrier after an infective bloodmeal. This work shows that the antiviral responses are different and highly compartmentalized between the midgut and systemic immunity. We propose a model where tripartite interactions between virus, mosquito immunity and enteric flora control early arboviral infection in the midgut. Surprisingly, we showed that while the siRNA pathway had no evident anti-arbovirus activity in the midgut, it was used by Plasmodium to evade mosquito immunity. A virus-like elicitor of double strand RNA nature is transferred from the parasite at the ookinete stage to the mosquito midgut cells, resulting in a shift of immune balance from anti-parasite response to an antiviral-like response. Importantly, our work shows that biases in experimental infection methods led to the misconstruction of a dogma stating that siRNA is the main antiviral pathways in insects, at least in the midgut compartment. And that the use of the pathway products can be successfully used to de-novo assemble previously unknown viruses from the virome. This work indicates that immune modifications in vectors need to be evaluated for changes of vectorial competence to different pathogens. It also opens numerous avenues of research and raises a lot of interesting questions that will need to be investigated in the future.