Mon premier objectif spécifique était de déterminer le niveau de structure génétique et les éléments du paysage du Sud du Québec qui sont susceptibles d'affecter cette structure génétique chez les moufettes rayées. J'ai aussi évalué s'il existe des effets spécifiques au sexe en comparant la structure génétique entre les mâles et les femelles. Pour ce faire, j'ai genotypé à 9 loci microsatellites 289 individus capturés dans les régions de la Montérégie et de l'Estrie, au Québec. Mes résultats montrent que la présence des rivières à fort débit et possiblement aussi des autoroutes provoquent une augmentation de la structure génétique surtout chez les femelles de cette espèce. Ces résultats suggèrent aussi que les mâles de la moufette rayée seraient potentiellement des vecteurs plus actifs dans la propagation de la variante de la rage du raton laveur que les femelles, puisqu'ils ne semblent pas limités autant que les femelles par les éléments du paysage. Finalement, puisque les mâles ne semblent que très peu limités par les barrières potentielles du paysage, celles-ci ne peuvent pas être utilisées pour contrôler efficacement la propagation de la maladie.Mon deuxième objectif spécifique était de déterminer s'il existe une différence de diversité et/ou de structure génétique entre des ratons laveurs testés positifs et des ratons laveurs testés négatifs pour la rage. Une telle différence serait un indice d'un comportement de déplacement différent entre ces deux groupes. Ceci peut entre autres me permettre de vérifier la validité des résultats obtenus en étudiant des individus sains d'une espèce vectrice de la maladie pour tenter d'inférer le patron de propagation de la rage du raton laveur. Mes résultats montrent que la structure génétique ne diffère pas entre les ratons laveurs sains et les ratons laveurs rabiques, indiquant un comportement de déplacement probablement similaire entre les deux groupes. Donc, les éléments du paysage auraient possiblement un effet similaire sur les ratons laveurs rabiques et sains. Les études sur la structure génétique chez des ratons laveurs sains pourraient donc fort probablement nous informer sur les couloirs de propagation potentiels de la rage du raton laveur. Ensuite, j'ai tenté de déterminer si la diversité génétique pouvait influencer l'infection par la rage en comparant la diversité génétique à différents loci entre les animaux rabiques et sains. Une différence de diversité génétique entre les deux groupes pourrait indiquer un plus grand taux d'immigration provenant de populations adjacentes chez un des groupes. Par ailleurs, une grande diversité génétique pourrait être un élément pouvant potentiellement limiter la propagation de la rage du raton laveur. Or, mes résultats ne supportent pas que la diversité génétique puisse influencer la probabilité d'un individu d'être infecté par la rage.--Résumé abrégé par UMI.

En utilisant comme cas d’étude le mouflon Méditerranéen (Ovis gmelini musimon × Ovis sp.), les objectifs de cette thèse étaient de mieux comprendre comment sont liés diversité génétique, comportement des individus, flux de gènes et dynamique parasitaire. Au travers d’approches de génétique des populations et de génétique du paysage, nous avons pu mettre en évidence que la structure génétique spatiale de la population étudiée était impactée par son histoire d’introduction, sa structure socio-spatiale et le paysage dans lequel elle évolue. Etant donné l’impact de ces divers éléments sur les flux de gènes des mouflons, nous nous attendions à ce qu’ils déterminent également les flux de parasites dans la population. Nos résultats ont, au contraire, révélé que les parasites circulent mieux que les gènes de mouflons dans la population. Enfin, nous avons montré que les capacités de résistance des hôtes face à leurs parasites dépendaient de la diversité génétique neutre et adaptative, notamment de l’hétérozygotie d’un gène lié à l’immunité. Les résultats de ce travail décrivent avec précision la distribution de la variabilité génétique et son lien avec les risques sanitaires dans la population d’étude, apportant ainsi des informations cruciales pour la mise en place de stratégies de gestion et de conservation des populations de mouflons dans le contexte actuel de changements globaux et de réémergences de maladies. / Using as a case study the Mediterranean mouflon (Ovis gmelini musimon × Ovis sp.), we aimed at better understanding how are linked genetic diversity, individual behaviour, gene flows and parasitic dynamic. Using population and landscape genetics approaches, we showed that the spatial genetic structure of the studied population was determined by its introduction history, its socio-spatial structure and the landscape in which it evolves. Given the impact of these elements on mouflon gene flow, we expected them to also determine parasite transmission in the population. Our results nevertheless evidenced that parasite are better dispersed than mouflon genes. Finally, we showed that host resistance to parasites depends on neutral and adaptive genetic diversity, and more specifically on heterozygosity at a immunity-linked locus. Our results precisely describe genetic variability spatial distribution and its link with sanitary risks in the studied population, bringing crucial information for wild sheep population management and conservation in the current context of global changes and disease reemergence.

Ce projet vise à comprendre comment la structure génétique intra-spécifique d'espèces végétales tropicales emblématiques et de l’espèce humaine a été affectée par les variations spatio-temporelles de l’environnement actuel et passé. Nous avons développé une approche d’inférence génétique basée sur la théorie de la coalescence pour évaluer l’influence potentielle des changements climatiques passés sur l’évolution de la distribution géographique et de la diversité génétique neutre et/ou adaptative d’Amborella trichopoda Baill. en Nouvelle-Calédonie (espèce-sœur des angiospermes, données NGS et microsatellites), de Coffea canephora Pierre ex A. Froehn en Afrique tropicale (caféier Robusta, données NGS) et de populations européenne et africaine (Luhya, Kenya) d’humains anatomiquement modernes (données NGS issues du Projet 1000 Génomes). Nos travaux suggèrent que les fluctuations climatiques du Pleistocène tardif ont joué un rôle majeur sur l’évolution de la diversité génétique des espèces étudiées de milieux tropicaux et tempérés, avec une empreinte remarquable du Dernier Maximum Glaciaire (DMG, 21 000 ans avant le présent). Les contractions démographiques associées à la glaciation planétaire ont vraisemblablement conduit à la divergence entre les lignées génétiques d’Amborella et participé à l’accumulation des différences génétiques entre les lignées de C. canephora. Nos résultats suggèrent que les événements de glaciation planétaire ont probablement entraîné une différenciation génétique idiosyncratique dans les forêts tropicales humides mais l’intensité de cette réponse semble avoir varié entre espèces. Nous avons également identifié de nombreux événements passés de sélection dans les génomes de la population humaine européenne qui ont été vraisemblablement provoquées par les conditions environnementales au cours du DMG. Les adaptations phénotypiques associées ont probablement assuré le maintien de l’expansion démographique en dépit des pressions de sélection nouvelles auxquelles les populations étaient confrontées au cours du dernier âge glaciaire en Europe. / This project aims at understanding how the structure of the intra-specific genetic diversity in emblematic tropical plant species and in the human species was shaped by the spatiotemporal variation of current and past environments. We developed a genetic inference approach based on the coalescent theory to assess the potential impact of past climatic change onto the evolution of the geographic range and of the neutral and/or adaptive genetic diversity in Amborella trichopoda Baill. in New Caledonia (sister-species of all extant angiosperms, NGS and microsatellite datasets), in Coffea canephora Pierre ex A. Froehn in tropical Africa (Robusta coffee, NGS dataset) and in North-Western European and African (Luhya, Kenya) human populations (NGS dataset 1000 Genomes Project). We found that the climatic fluctuations of the Late Pleistocene influenced the evolution of genetic diversity in these species distributed in temperate and tropical environments. The environmental conditions during the Last Glacial Maximum (LGM, 21.000 years before present) appear as an important factor. The demographic contraction associated with the last global glaciation influenced the divergence between Amborella genetic lineages and contributed to the accumulation of genetic differences between C. canephora lineages. Our results suggest that global glaciation events likely drove idiosyncratic genetic differentiation in tropical rain forests but the intensity of this response varied between species. We also identified multiple events of selection in the genomes of the European human population which were likely triggered by the environmental conditions during the LGM. The associated phenotypic adaptations probably allowed the paleo-populations to maintain their demographic expansion despite the new kinds of selective pressure they faced during the last glacial age in Europe.

Les modalités de flux de gènes à différentes échelles taxonomiques et spatiales représentent une des questions-clé en biologie évolutive. En effet, l'analyse des flux géniques entre espèces ou entre populations permet de mieux comprendre la mise en place des barrières intrinsèques mais également environnementales responsables de la divergence ou de la différenciation entre groupes. Nous avons étudié les barrières au flux de gènes à l'échelle macro- et microévolutive chez deux espèces d'amphibiens : le triton palmé Lissotriton helveticus et le triton ponctué L. vulgaris. Les amphibiens sont en effet un objet de choix à la fois pour l'étude des mécanismes de spéciation et de différenciation neutre ou adaptative. Premièrement, nous avons étudié ici l'introgression et le maintien de l'intégrité de ces deux espèces largement sympatriques. Malgré un taux d'hybridation faible, la majorité des populations témoignent d'événements d'introgression. Nous avons mis en évidence un déplacement de caractère reproducteur et démontré que la reconnaissance des partenaires sexuels est sans doute la barrière qui participe le plus à l'isolement reproducteur. Des facteurs exogènes influençant le sex-ratio, le ratio de taille ou la transmission du signal de reconnaissance spécifique pourraient cependant affecter la probabilité de choisir un partenaire hétérospécifique et donc la probabilité d'hybridation. Toutefois, la fréquence des événements d'hybridation ne permet sans doute pas de compenser la perte de gènes hétérospécifiques par dérive génétique d'une population à l'autre. Deuxièmement, à l'échelle intraspécifique, l'étude de la structure des populations du triton palmé a permis de mettre en évidence une différenciation globale faible aux locus microsatellites mais significative sur une région fortement drainée : la vallée de la Loire. Cette structure en métapopulation est façonnée par certains éléments paysagers jouant le rôle de barrière (cours d'eau) ou de corridor de dispersion (vallée alluviale). La structure et la variabilité des populations influencent directement les potentialités d'adaptation locale. Pour étudier les potentialités d'adaptation chez le triton palmé, nous avons étudié le polymorphisme à l'exon 2 d'un gène du CMH classe II. L'analyse du flux de gènes à l'échelle régionale n'a pas permis la détection d'un signal de sélection à ce locus. Cependant, à l'échelle européenne, une sélection positive à ce locus indique fortement que des communautés de pathogènes différentes structurent les populations méridionales, d'une part, et septentrionales, d'autre part, de l'aire de répartition.

Le lagopède alpin (Lagopus muta) et la perdrix grise (Perdix perdix) atteignent dans les Pyrénées les limites méridionales de leurs aires de répartition mondiale. Les populations pyrénéennes de ces deux sous-espèces (Lagopus muta pyrenaica et Perdix perdix hispaniensis) sont donc en situation d'isolat biogéographique. Les deux espèces sont d'excellents bio-indicateurs de l'évolution des milieux ouverts d'altitude. Sous la pression conjuguée des contraintes environnementales et anthropiques, ces milieux connaissent actuellement une évolution sensible caractérisée par un relèvement altitudinal des étages de végétation et donc un rétrécissement de l'habitat disponible pour les espèces d'altitude. La régression des activités agro-pastorales accentue ce phénomène généralisé de reforestation des milieux. Une conséquence attendue de ces bouleversements est l'augmentation du degré de fragmentation des habitats notamment pour les populations d'altitude. Au-delà de l'influence du paysage sur la structuration des populations, un autre facteur pourrait structurer les populations de perdrix grise : les lâchers d'individus d'élevage dans des populations sauvages. Dans cette thèse, nous nous intéressons à la structuration génétique du lagopède alpin des Pyrénées et de la perdrix grise en France afin d'aider à la décision des plans de conservation.

Les activités d'origines anthropiques entraînent des modifications profondes du paysage : dans ce contexte, le succès de dispersion revêt une grande importance pour la persistance à long terme des populations animales et végétales. La génétique du paysage est une discipline récente qui permet de détecter et de modéliser les flux de dispersion de manière indirecte par le biais de l'identification des flux de gènes dans l'espace. Bien qu'il ait été suggéré delongue date qu'un échantillonnage individu-centré pouvait permettre de s'affranchir de certains biais liés à unedélimitation a priorides populations, les études portant sur des organismes présentant une distribution spatiale discontinue restent malgré tout le plus souvent basées sur un échantillonnage réalisé à l'échelle populationnelle. C'est sur cette thématique qu'ont porté mes travaux de thèse. Des résultats obtenus par simulations montrent qu'augmenter le nombre de points échantillonnés dans l'espace au détriment du nombre d'individus par agrégat peut permettre une meilleure détection de l'influence de la matrice sur les flux de gènes, quelque soit le régime de dispersion et le contexte paysager considérés. Appliqué à l'étude de la dispersion du triton alpestre Ichthyosaura alpestris, d'une part en paysage fragmenté par des infrastructure linéaires de transport (isolation par barrières aux flux de gènes IBB) et d'autres part en paysage agricole (isolation par résistance de la matrice paysagère IBR), l'échantillonnage individu-centré apparaît comme une alternative flexible et efficace à l'échantillonnnage populationnel classique.

Les écosystèmes marins sont soumis à des changements environnementaux rapides sous l’impact des pressions anthropiques croissantes qui menacent la persistance des espèces et des populations locales. Comprendre les effets de la variabilité génétique et des capacités de dispersion sur la persistance des espèces marines, est donc un enjeu majeur pour la conservation de la biodiversité. Mes travaux de doctorat répondent ainsi à deux objectifs principaux : (i) évaluer la distribution spatiale et les déterminants de la variation génétique de populations de poissons marins côtiers (ii) estimer les réponses des populations aux changements climatiques afin de mieux comprendre leur capacité de persistance.J’ai d’abord montré, à partir d’une synthèse bibliographique réalisée sur 31 espèces de poissons méditerranéens, que les traits écologiques liés à la mobilité et à la taille des populations influencent fortement le niveau de diversité génétique intra-populationnelle des espèces. Ensuite, j’ai étudié les déterminants de la variation génétique spatiale à partir des données récoltées sur 727 individus de rouget de roche (Mullus surmuletus) issus de 72 sites autour la Mer Méditerranée et regroupés en 47 groupes génotypés pour 1153 marqueurs SNP. Des analyses de génétique du paysage ont montré que la dispersion larvaire structure la variation génétique de l’espèce à moyenne et petite échelle spatiale (<1 000km), alors que l’isolement géographique, possiblement dû à l’histoire démographique des populations ou à l’adaptation, est le principal facteur structurant à plus large échelle. Finalement, l’étude de la variation génétique adaptative de M. surmuletus réalisée à l’aide d’un criblage génomique a mis en évidence une potentielle réponse adaptative de l’espèce au gradient Est-Ouest de salinité en Méditerranée.Dans un second temps, un modèle démo-génétique simulant la dynamique et la résilience des populations de coraux dans l’Indopacifique a montré qu’un mécanisme de « sauvetage évolutif » permet aux génotypes adaptés aux eaux les plus chaudes de diffuser entre les populations grâce à la connectivité larvaire. Ce mécanisme favorise la persistance des populations en permettant leur adaptation à des changements environnementaux qui conduiraient sans cela à des déclins, voir des extinctions locales.Finalement, l’ensemble de ces travaux ont mis en évidence la nécessité de considérer la connectivité et le potentiel évolutif des espèces dans les stratégies de conservation, afin de maximiser leur capacité de résilience et de persistance à long terme en dépit des crises environnementales de plus en plus prononcées. / World marine ecosystems are experiencing unprecedented anthropic pressures inducing rapid environmental changes that threaten the persistence of wild species and their local populations. Hence, understanding the effects of genetic variability and dispersal capacities on marine population persistence is a key issue for the conservation of biodiversity. My PhD work had two main objectives: (i) evaluate the spatial distribution and drivers of genetic variation across coastal marine fish populations, and (ii) estimate the response of populations to climate changes in order to better understand their ability to persist.First, by performing a synthesis of published literature on 31 Mediterranean fish species, I showed that ecological traits related to mobility and population size strongly influence the level of within-population genetic diversity across species. Then, I studied the drivers of spatial genetic variation using genetic data from 727 individuals of the stripped red-mullet (Mullus surmuletus) collected in 72 sites around the Mediterranean Sea, and grouped into 47 pools genotyped for 1153 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. Seascape genetic analyses showed that larval dispersal predominantly structures M. surmuletus genetic variation at intermediate and local spatial scales (<1000 km), whereas geographic isolation, due to population demographic history or adaptation, is the main driver at larger spatial scale. Lastly, studying the adaptive genetic variation of M. surmuletus using genome scan revealed a potential adaptive response of this species to the East-West gradient in salinity across the Mediterranean Sea.Subsequently, using a demo-genetic model to simulate coral population dynamics and resilience across the Indo-pacific corals, I showed that the process of ‘evolutionary rescue’ can help genotypes adapted to warm ocean waters to move and migrate between populations thanks to larval connectivity. Evolutionary rescue can thus promote the persistence of populations by allowing them to adapt to environmental changes that would otherwise lead to population declines or even local extinctions.Finally, all of these results highlighted the need to better consider connectivity and the evolutionary potential of species in conservation strategies, in order to maximize their resilience capacity and long-term persistence in the face of more severe environmental crises.

Les activités d'origines anthropiques entraînent des modifications profondes du paysage : dans ce contexte, le succès de dispersion revêt une grande importance pour la persistance à long terme des populations animales et végétales. La génétique du paysage est une discipline récente qui permet de détecter et de modéliser les flux de dispersion de manière indirecte par le biais de l'identification des flux de gènes dans l'espace. Bien qu'il ait été suggéré delongue date qu'un échantillonnage individu-centré pouvait permettre de s'affranchir de certains biais liés à unedélimitation a priorides populations, les études portant sur des organismes présentant une distribution spatiale discontinue restent malgré tout le plus souvent basées sur un échantillonnage réalisé à l'échelle populationnelle. C'est sur cette thématique qu'ont porté mes travaux de thèse. Des résultats obtenus par simulations montrent qu'augmenter le nombre de points échantillonnés dans l'espace au détriment du nombre d'individus par agrégat peut permettre une meilleure détection de l'influence de la matrice sur les flux de gènes, quelque soit le régime de dispersion et le contexte paysager considérés. Appliqué à l'étude de la dispersion du triton alpestre Ichthyosaura alpestris, d'une part en paysage fragmenté par des infrastructure linéaires de transport (isolation par barrières aux flux de gènes IBB) et d'autres part en paysage agricole (isolation par résistance de la matrice paysagère IBR), l'échantillonnage individu-centré apparaît comme une alternative flexible et efficace à l'échantillonnnage populationnel classique. / Anthropogenic activitites lead to profound landscape alterations : dispersal success thus holds a paramount importance for long-term persistence of populations. Landscape genetics is a recent discipline aiming to detect and describe dispersal patterns through indirect estimations of gene flow. Although the use of an individual-based sampling scheme has been proposed for a ;ong time to get round the issue of an a priori delimitation of population boundaries, most landscape gentic studies are still based on a population-based sampling scheme. results from simulations showed that decreasing the sampling coverage on individuals within populations in favour of a better sampling coverage of aggregates through space allowed a better detection of the impacts of landscape on gene flow, whatever the individual dispersal behaviour or the landscape configuration. when considering the dispersal patterns in the alpine newt Ichthyosaura alpestris, both in the vicinity of large transport infrastructures (Isolation-by-barrier IBB) and in agricultural landscape (Isolation-by-landscape-resistance IBR), the individual-based sampling scheme proved to be a flexible and efficient methodological alternative to the more conventional population-based sampling scheme.

Un des objectifs majeurs de l'Ecologie est de comprendre les mécanismes qui facilitent la coexistence des espèces. L'hypothèse de la complémentarité des niches prédit qu'afin de coexister, deux espèces sympatriques doivent différer dans les conditions nécessaires à leur survie pour une des trois principales dimensions écologiques, la dimension spatiale, la dimension temporelle et la dimension alimentaire. Les mécanismes qui permettent la syntopie chez les mammifères terrestres sont complexes et variés et, parmi les méso-carnivores, la sélection d'habitat différentielle est un phénomène très répandu permettant la coexistence. La martre Européenne (Martes martes) et la fouine (Martes foina) sont les deux espèces carnivores sympatriques les plus similaires en termes de phylogénie, morphologie, régime alimentaire et rythme d'activité. Dans une région rurale française (la Bresse) où les deux espèces sont présentes en sympatrie, nous avons montré une sélection de l'habitat différentielle qui pourrait expliquer leur coexistence. En utilisant des suivis télémétriques, nous avons montré que les deux espèces diffèrent dans leur patron d'utilisation des gîtes de repos diurnes (nombre de gîtes, surface couverte par les gîtes, principal habitat utilisé pour le gîte). De plus, à partir d'un nombre important d'individus génotypés, nous avons montré que les différences dans l'utilisation de l'habitat n'ont que de faibles conséquences sur les éléments du paysage qui influent sur les flux de gènes. En effet, alors que nous avons montré un impact négatif de la pression de piégeage plus important pour la fouine que pour la martre, la connectivité pour les deux espèces est principalement assurée par le couvert végétal alors que les routes, le bâti humain et le milieu ouvert la réduisent partiellement. Ces résultats, collectivement avec une comparaison morphométrique et une approche en dynamique de population, fournissent des éléments de réponse quant à ce patron de coexistence et ses conséquences sur ces deux espèces sympatriques / One of the major goals of ecology is to understand the mechanisms which promote species coexistence. The niche-complementarity hypothesis predicts that two sympatric species must differ in their requirements for one of the three main ecological dimensions, i.e. habitat use, diet and activity time, to coexist. Mechanisms that allow for synthopy in terrestrial mammals are complex and varied and, among mesocarnivores, differential habitat selection is a widespread evidenced phenomenon facilitating coexistence. Plus, this differential habitat selection must have consequences on the landscape elements influencing gene flow. It is thus important to gather information on species life history traits in terms of habitat use and selection and in terms of demographic and genetic responses to environmental perturbations. The European pine marten (Martes martes) and the stone marten (Martes foina) are the most similar sympatric carnivores in Europe taking into account phylogenetic relationships, morphology, foraging behaviour, and activity pattern. In a French rural region (Bresse, eastern France) where both species are present in sympatry, we evidenced differential habitat use which could theoretically explain their sympatry. Using telemetry data set, we shown that both species differed in their resting site patterns (number of resting sites, area over which they are distributed, main habitat type used for resting). Additionally, using large data set of genotyped individuals, we found that these habitat use differences have slight consequences on the landscape elements influence on gene flow. Indeed, while we shown a differential negative impact of the trapping pressure on the spatial genetic variation, connectivity in both species is mainly provided by vegetation cover while roads human buildings and open area partially impede it. These results, collectively with morphometric comparison and population dynamics approaches, provided better insights on the pattern and the consequences of the coexistence of the two sympatric species

Le campagnol roussâtre Myodes glareolus est le réservoir principal de l'hantavirus Puumala (PUUV) responsable de la néphropathie épidémique (NE) en Europe. L'objectif de cette thèse est de décrire la variabilité de la résistance / tolérance de M. glareolus à PUUV et d'explorer son rôle dans la distribution et la transmission de ce virus. Nous émettons l'hypothèse que la tolérance à PUUV favorise sa persistance et sa transmission, ce qui devrait accroître le risque d'émergence de la NE. Nous avons développé une approche gène candidat pour déterminer le rôle de trois gènes de l'immunité dans la résistance / tolérance à PUUV. L'existence d'associations positives entre les allèles du gène Drb et l'infection par PUUV d'une part et les relations négatives détectées entre le niveau d'expression du gène Tnf-α et la prévalence en PUUV d'autre part corroborent l'évolution d'une tolérance en zones d'endémie de la NE. Elle pourrait être sélectionnée en réponse au coût de la réponse inflammatoire développée contre PUUV. L'approche de génétique des populations a démontré le rôle de la dynamique des réservoirs dans l'épidémiologie de PUUV. La comparaison du polymorphisme des gènes Drb et Tnf-α et des patrons génétiques neutres semble cependant indiquer une faible influence de la sélection dans le polymorphisme de ces gènes. Ce résultat suggère un effet potentiellement important de la plasticité phénotypique dans les niveaux de résistance/tolérance observés. L'étude de la communauté d'helminthes a confirmé cette hypothèse en révélant l'impact de certaines espèces sur le risque d'infection à PUUV. / The bank vole Myodes glareolus is the main reservoir of Puumala hantavirus (PUUV), the agent of nephropathia epidemica (NE) in Europe. This work aims at describing the variability of M. glareolus resistance / tolerance to PUUV and at exploring its role in the distribution and transmission of the virus. We hypothesized that tolerance to PUUV should favour its persistence and transmission, what could increase the risk of NE emergence.We developed a candidate gene approach to determine the role of three immune genes in the resistance / tolerance to PUUV. Both the detection of positive associations between Drb alleles and PUUV infection and the negative relationship observed between Tnf-α gene expression and PUUV prevalence corroborated the evolution of tolerance in NE endemic areas. The costly inflammatory response activated against PUUV infection could mediate this evolution.Using landscape population genetics, we revealed the role of M. glareolus population dynamics in PUUV epidemiology. The comparison of Drb and Tnf-α genetic differentiation with the neutral pattern detected at microsatellites indicated that selection weakly acted on these immune genes. This result suggested the potential effect of phenotypic plasticity in the balance of resistance/tolerance to PUUV. The study of helminth communities confirmed this hypothesis as it revealed the impact of two nematode species on the risk of PUUV infection