Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-02-26T19:06:42Z No. of bitstreams: 1 Ana Paula Almaieda de Sousa Pacheco.Polimorfismo....pdf: 1010282 bytes, checksum: f4a4e5b7a1d104836ad86d4461a78dd5 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-26T19:06:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ana Paula Almaieda de Sousa Pacheco.Polimorfismo....pdf: 1010282 bytes, checksum: f4a4e5b7a1d104836ad86d4461a78dd5 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina. Salvador, BA, Brasil / A variabilidade clínica descrita na doença falciforme (DF) tem sido associada ao efeito epistático de vários genes, a exemplo do gene Klotho (Kl), cujos polimorfismos interferem na regulação de canais de potássio (K+), cálcio (Ca2+) e fósforo, na expressão de vitamina D (VitD) e paratormônio (PTH), e na supressão do estresse oxidativo. Com isto, o presente estudo teve por objetivos investigar a frequência de SNPs no Kl em indivíduos com hemoglobinopatia SC (HbSC), associando-os a marcadores de gravidade e subfenótipos da doença e investigar associações entre os níveis de K+, Ca2+, fósforo, VitD e PTH com tais marcadores de gravidade. Foi desenvolvido um estudo de corte transversal com 113 indivíduos com HbSC provenientes da Fundação HEMOBA, Salvador-Ba. As análises hematológicas foram realizadas em contador eletrônico de células; o perfil de hemoglobinas foi confirmado pela cromatografia líquida de alto desempenho; os marcadores lipídicos, de hemólise, de função hepática e renal, Ca2+ e fósforo foram avaliados por método colorimétrico, assim como o K+, por eletrodo de íon seletivo; as concentrações de VitD e PTH foram investigadas por quimioluminescência e de anti-estreptolisina-O (ASLO) e proteína C reativa (PCRe) por nefelometria; os SNPs no Kl (rs1207568, rs9527025, rs564481 e rs648202) foram genotipados pelo ensaio de discriminação alélica pelo sistema TaqMan; os haplótipos dos genes da globina beta foram investigados pela reação da polimerase em cadeia - com restrição dos fragmentos com endonucleases de restrição (PCR-RFLP). Os dados clínicos foram coletados em prontuários médicos. O SNP rs1207568 foi associado à ocorrência de infecções (P=0,0170) e a níveis séricos elevados de albumina (P=0,0370), o SNP rs648202 foi associado ao uso de medicações (P=0,0208) e o SNP rs9527025 a níveis elevados de fósforo e bilirrubina direta (BD) (P=0,0044 e P=0,0092, respectivamente). O K+ foi positivamente correlacionado com os leucócitos (r=0,2916, P=0,0034), linfócitos típicos (r=0,2644, P=0,0082), monócitos (r=0,2370, P=0,0182), plaquetas (r=0,4889, P<0,0001), colesterol total (r=0,2521, P=0,0118), colesterol LDL (Col-LDL) (r=0,2953, P=0,0030), fósforo (r=0,2447, P=0,0277), proteínas totais (PTs) (r=0,2415, P=0,0160), ferritina (r=0,2263, P=0,0283), PCRe (r=0,2369, P=0,0222) e HbS (r=0,2474, P=0,0135). O K+ teve correlação negativa com hemácias (r=-0,2076, P=0,0392) e Hb fetal (r=-0,2328, P=0,0204). O Ca2+ apresentou correlação positiva com PTs (r=0,2991, P=0,0028) e albumina (r=0,3242, P=0,0011) e negativa com o ASLO (r=-0,2216, P=0,0309). O fósforo foi negativamente correlacionado com Hb (r=-0,3083, P=0,0051), hematócrito (r=-0,2610, P=0,0186), bilirrubina indireta (r=-0,2685, P=0,0154) e creatinina (r=-0,3844, P=0,0004). Houve correlação positiva entre fósforo e eosinófilos (r=0,4383, P<0,0001), linfócitos típicos (r=0,2560, P=0,0211), plaquetas (r=0,3598, P=0,0010), as transaminases AST (r=0,3088, P=0,0050) e ALT (r=0,2203, P=0,0481) e com a fosfatase alcalina (r=0,5185, P<0,0001). A VitD foi correlacionada negativamente com ferro (r=-0,3459, P=0,0006), volume corpuscular médio (r=-0,2071, P=0,0441), BD (r=-0,2629, P=0,0101) e PTH (r=-0,3689, P=0,0004), e positivamente com reticulócitos (r=0,2361, P=0,0220), linfócitos típicos (r=0,2306, P=0,0245) e PCRe (r=0,2113, P=0,0420). O PTH teve correlação negativa com leucócitos (r=-0,2618, P=0,0143), linfócitos típicos (r=-0,2966, P=0,0053), monócitos (r=-0,2723, P=0,0107), colesterol total (r=-0,2282, P=0,0335), Col-LDL (r=-0,2470, P=0,0211), BD (r=- 0,2462, P=0,0443) e AST (r=-0,2274, P=0,0342). Neste estudo, o K+, fósforo, VitD, PTH e 8 os SNPs no Kl se mostraram úteis para a avaliação da gravidade clínica em indivíduos com HbSC. / The clinical variability described in sickle cell disease (SCD) has been linked to epistatic effect of various genes, such as Klotho (Kl), whose polymorphisms affect the potassium (K+), calcium (Ca2+) and phosphorus channels regulation, the vitamin D (VitD) and parathyroid hormone (PTH) expression, and oxidative stress suppression. With this, the present study aims to investigate the Kl SNPs frequency in hemoglobinopathy SC (HbSC) individuals, associating them with markers of severity and disease sub-phenotypes, and to investigate associations between K+, Ca2+, phosphorus, VitD and PTH levels with such gravity markers. We developed a cross-sectional study of 113 individuals with HbSC from HEMOBA Foundation, Salvador - Ba. The hematological values were determined in electronic cell counter; the hemoglobin (Hb) profile were confirmed by high performance liquid chromatography; the lipid, hemolysis, liver and kidney markers, Ca2+ and phosphorus were evaluated by colorimetric method, as well as the K+ by ion selective electrode; the VitD and PTH concentrations were investigated by chemiluminescence and the anti-streptolysin O (ASO) and C-reactive protein (PCRe) by nephelometry; the Kl SNPs (rs1207568, rs9527025, rs564481 and rs648202) were genotyped by allelic discrimination assay by TaqMan system for genotyping; the beta globin genes haplotypes were investigated by polymerase chain reaction - restriction fragment length polimorphism (PCR-RFLP). Clinical data were collected from medical records. The SNP rs1207568 was associated with the infection occurrence (P=0.0170) and raised serum albumin levels (P=0.0370), the SNP rs648202 was associated with the medications use (P=0.0208) and the SNP rs9527025 with raised direct bilirubin (BD) and phosphorus levels (P=0.0044 and P=0.0092, respectively). The K+ was positively correlated with leukocytes (r=0.2916, P=0.0034), typical lymphocytes (r=0.2644, P=0.0082), monocytes (r=0.2370, P=0,0182), platelets (r=0.4889, P<0.0001), total cholesterol (r=0.2521, P=0.0118), LDL cholesterol (Col-LDL) (r=0.2953, P=0.0030), phosphorus (r=0.2447, P=0.0277), total proteins (PTs) (r=0.2415, P=0.0160), ferritin (r=0.2263, P=0.0283), PCRe (r=0.2369, P=0.0222) and Hb (r=0.2474, P=0.0135). The K+ had a negative correlation with red blood cells (r=-0.2076, P=0.0392) and fetal Hb (r=-0.2328, P=0.0204). The Ca2+ was positively correlated with PTs (r=0.2991, P=0.0028) and albumin (r=0.3242, P=0.0011) and negatively with the ASO (r=-0.2216, P=0,0309). The phosphorus was negatively correlated with Hb (r=-0.3083, P=0.0051), hematocrit (r=-0.2610, P=0.0186), indirect bilirubin (r=- 0.2685, P=0.0154) and creatinine (r=-0.3844, P=0.0004). There was a positive correlation between phosphorus and eosinophils (r=0.4383, P<0.0001), typical lymphocytes (r=0.2560, P=0.0211), platelet count (r=0.3598, P=0.0010), the transaminases AST (r=0.3088, P=0.0050) and ALT (r=0.2203, P=0.0481) and with the alkaline phosphatase (r=0.5185, P<0.0001). The VitD was negatively correlated with iron (r=-0.3459, P=0.0006), mean corpuscular volume (r=-0.2071, P=0.0441), BD (r=-0.2629, P=0.0101) and PTH (r=-0.3689, P=0.0004), and positively with reticulocytes (r=0.2361, P=0.0220), typical lymphocytes (r=0.2306, P=0.0245) and PCRe (r=0.2113, P=0.0420). The PTH had a negative correlation with leukocytes (r=-0.2618, P=0.0143), typical lymphocytes (r=-0.2966, P=0.0053), monocytes (r=-0.2723, P=0.0107) and total cholesterol (r=-0.2282, P=0.0335), Col-LDL (r=- 0.2470, P=0.0211), BD (r=-0.2462, P=0.0443) and AST (r=-0.2274, P=0.0342). In this study, 10 the K+, phosphorus, VitD, PTH and the Kl SNPs evaluated proved useful parameter for evaluating the clinical severity in individuals with HbSC.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-06T16:21:39Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 310928 bytes, checksum: 5e1c57fc1c6f578018f8a7f6ec87de43 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-06T16:21:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 310928 bytes, checksum: 5e1c57fc1c6f578018f8a7f6ec87de43 (MD5) Previous issue date: 2003-05-06 / Os dados disponíveis para avaliação genética são invariavelmente originados de várias gerações de seleção. Entretanto, o BLUP, que é o método escolhido para predizer valores genéticos, assume que a seleção não ocorreu. Se as avaliações genéticas são conduzidas ignorando as mudanças nas médias e variâncias devido a seleção, as predições provavelmente serão viesadas e sem variância mínima e consequentemente, alterações no ordenamento dos animais podem ocorrer. A classificação errada dos animais reduz o ganho genético por geração e causa perdas econômicas para empresas de melhoramento e criadores. O problema da seleção na avaliação genética, e essencialmente, um problema de dados perdidos. Se todos os dados utilizados para tomar as decisões de seleção são incluídos na análise as inferêrencias podem ser feitas ignorando a seleção, caso contrário, as predições não são obtidas da distribuição correta. Para verificar o impacto da inclusão da informação de genes para recuperar a informação perdida e diminuir os efeitos da seleção na avaliação genética, foi conduzido um estudo de simulação. Peso a desmama e peso aos 550 dias foram simulados. A primeira característica foi controlada por 20 genes e a segunda por 40 genes, em que os primeiros vinte genes eram compartilhados entre as duas características. As avaliações genéticas foram sempre realizadas para peso aos 550 dias sem o efeito de genes no modelo e com 20, 10, 5 e 2 genes incluídos como efeitos fixos. Cada análise foi conduzida na presença ou ausência de pre-seleção no peso a desmama. Os critérios usados para avaliar a técnica foram: ganho genético e viés. Os resultados mostraram que, de modo geral, a inclusão da informação de genes identificados como efeitos fixos no modelo de avaliação genética não contribuíram para a redução do viés devido a seleção. Em algumas gerações o viés devido a seleção foi maior quando genes identificados foram usados na avaliação genética. Essa situação ocorreu nas gerações em que 20 e 10 genes foram incluídos como efeitos fixos no modelo, não sendo observada nos casos em que 5 e 2 genes foram utilizados. Para os dois últimos casos, não se observou efeito significativo da inclusão da informação genética para quase todas as gerações. / Data available for genetic evaluation are invariably originated from several generations of selection. However, BLUP, the usual method for predict ge- netic values, assumes that selection has not occurred. If genetic evaluations are performed ignoring changes in variances and means due to selection, predictions are likely to be biased and not minimum variance and ranking alterations may occur. Misclassification of animals reduce the genetic gain per generation and causes economic losses to breeding companies and farm- ers. The selection problem in genetic evaluations is, essentially, a problem of missing data. If all data used to take selection decisions are included in the analysis, selection can be ignored, otherwise, predictions are not obtained from the correct distributions. In order to verify the impact of including sin- gle genes information to recover missing data and to reduce selection bias in the genetic evaluation, a simulation study was carried out. Weaning weight and weight at 550 days were simulated. The first trait was controlled by 20 genes and the second by 40 genes where the first twenty were shared between the traits. Genetic evaluations were always performed for weight at 550 days without single genes included in the model and with 20, 10, 5 and 2 single genes included as fixed effects. Each analysis were carried out in presence and absence of pre-selection on weaning weight. The criteria used to evaluate the technique were: genetic gains and bias. The results showed, in general, that including of the information of the identified genes as fixed effects in the genetic evaluation model did not contribute to reduce the bias due to selection. In some generations, the selection bias was larger when identified genes were used in the genetic evaluation. This situation occured in the setting which 20 and 10 identified genes were included as fixed effects in the model, not being observed in the cases which included 5 and 2 identified genes. Considering the two former cases, it was not ob- served significantly effect of including of the genetic information for nearly all generations. / Tese importada do Alexandria

Passiflora actinia Hook. (Passifloraceae) é uma liana típica da Floresta Atlântica, que cresce geralmente no interior ou eventualmente na borda de florestas até seus ramos atingirem a parte mais alta e exposta à luz do dossel. A espécie possui uma ampla distribuição, desde a encosta Atlântica até a borda oriental do Planalto Brasileiro, não avançando muito em direção a oeste. A Floresta Atlântica está entre os biomas mais ricos em biodiversidade do mundo, especialmente em termos de endemismos. Devido a grande utilização de seus recursos e ao desmatamento para cultivo agrícola, pastoril e ocupação imobiliária, a fragmentação da floresta aumenta constantemente, trazendo consigo os efeitos prejudiciais à biodiversidade. Estudos filogenéticos e filogeográficos envolvendo P. actinia determinaram seu posicionamento próximo de P. elegans Mast. e demonstraram uma estruturação da variabilidade genética no sentido norte-sul da distribuição. Com o intuito de avaliar os padrões de variabilidade genética de populações de P. actinia ao longo de sua distribuição geográfica, através da análise de marcadores moleculares nucleares e plastidiais e determinar os efeitos climáticos sobre a distribuição desta diversidade, nós aplicamos métodos filogeográficos e de modelagem climática para o passado, presente e futuro. Os tempos de diversidade encontrados para P. actinia datam do Pleistoceno e os resultados indicam uma forte influência das mudanças climáticas deste período na estruturação da diversidade genética desta espécie. Os resultados de modelagem climática indicaram a manutenção de áreas adequadas para a espécie em localidades de maior altitude e sua redução em áreas de baixa altitude, especialmente para cenários com maiores concentrações de carbono. O risco maior para a manutenção desta espécie é a destruição de seu habitat por desflorestamento. Sendo assim, a espécie P. actinia pode ser considerada um excelente parâmetro para descrever os acontecimentos históricos que levaram à formação da Floresta Atlântica e um indicador das transformações futuras. Seu monitoramento poderá auxiliar no controle da ação antrópica sobre a Floresta Atlântica e na preservação da biodiversidade nesta região considerada como hotspot de diversidade. / Passiflora actinia Hook. (Passifloraceae) is a vine species typical from the Atlantic Forest. Usually, it grows inside or on the edge of forests where the branches reach the highest part and exposed to light in the canopy. The species has a wide distribution from the Atlantic slope to the eastern edge of the Brazilian Plateau, not much moving toward the west. The Atlantic Forest is among the richest in biodiversity biomes in the world, especially in terms of endemism. Due to the great use of its resources and deforestation for agricultural farming, pastoral, and property occupation, forest fragmentation constantly increases, bringing the effects harmful to biodiversity. Phylogenetic and phylogeographic studies involving P. actinia determined its position close to P. elegans Mast. and demonstrated a genetic structuring the variability in the north-south distribution sense. In order to assess the genetic variability patterns of P. actinia, we analyzed populations throughout its geographical distribution based on nuclear and plastid molecular markers employing phylogeographic methods and climate modelling analyses to past, present, and future implementing an ensemble forecasting framework. The diversification age in P. actinia was compatible to Pleistocene period indicating strong influence of climate changes over genetic diversity distribution to this species. Our results predicted the persistence of suitable regions to P. actinia located in highlands and forecast a reduction in lowlands, especially for the scenario with higher greenhouse gas concentration. Most preserving efforts must be focused over localities carrying unique genetic units and distributed areas with more climatic instability. Habitat loss due to deforestation in Atlantic Forest constitutes the major risk to this species maintenance that comprises only few populations and low diversity indices. Thus, P. actinia can be considered an excellent parameter describing historical events that led to the formation of Atlantic Forest and an indicator of future changes. Monitoring this species may be helpful to control anthropic effect on the Atlantic Forest and to preserve the biodiversity in this region considered as a hotspot of diversity.

Verbenoxylum (Verbenaceae – Lamiales) é um gênero monotípico de hábito arbóreo restrito ao limite sul da Mata Atlântica. Apesar da presença de um estudo filogenético sobre a classificação da família Verbenaceae empregando marcadores moleculares, o posicionamento de Verbenoxylum reitzii permanece incerto. Através de estudos filogenéticos moleculares é possível investigar o relacionamento entre os organismos e processos evolutivos que possam ter tido papel importante na diferenciação e distribuição dos mesmos. Análises de diversidade genética com marcadores moleculares que tenham histórias evolutivas distintas podem promover um entendimento mais profundo de eventos históricos e recentes que possam ter influenciado na distribuição da variabilidade genética atual. Estudos genéticos populacionais e de modelagem de nicho ecológico (ENM; combina distribuição geográfica e variáveis ambientais) em espécies vegetais da Mata Atlântica podem auxiliar a desvendar a influência das mudanças climáticas geradas pelos ciclos glaciais/interglaciais na composição desta floresta. Este trabalho teve por objetivo contribuir para o entendimento da história evolutiva de V. reitzii através de análises filogenéticas e de diversidade genética populacional. Foram realizados quatro trabalhos que correspondem aos capítulos desta tese. No primeiro capítulo, foi inferido o posicionamento de V. reitzii em Verbenaceae com base nos marcadores moleculares trnL-trnF e ndhF. Os resulatdos mostraram que esta espécie está incluída na tribo Duranteae, sendo grupo-irmão de Recordia Moldenke (gênero monotípico endêmico da Bolívia). Foi proposta uma nova combinação para V. reitzii que foi incluída em Recordia. No segundo capítulo, foram desenvolvidos 11 marcadores variáveis do tipo SSRs para V. reitzii e foi testada a transferabilidade destes nos gêneros relacionados Recordia e Duranta. Dez loci de SSRs amplificaram em Recordia e nenhum em Duranta. No terceiro capítulo, foram utilizados dez loci de SSRs (desenvolvidos no capítulo 2) junto com regiões do cpDNA para caracterizar a variabilidade intraespecífica de V. reitzii. Além disto, foram realizadas análises de ENMs e testes de hipóteses de divergência e conservatismo de nicho para V. reitzii e R. boliviana. Os resultados apontaram uma diversidade genética baixa para V. reitzii, que pode ser associada com a sua distribuição restrita, pequeno tamanho populacional e efeito fundador. As ENMs indicaram que a distribuição atual de Verbenoxylum e Recordia deve ter sido influenciada por mudanças climáticas do passado e os testes de divergência e conservatismo de nicho mostraram a importânica de variáveis ambientais na divergência e distribuição das duas espécies. Por fim, no quarto capítulo, foram analisadas as relações evolutivas dentro da tribo Duranteae, a qual Verbenoxylum pertence, utilizando marcadores do cpDNA e nucleares de sequência. / Verbenoxylum (Verbenaceae – Lamiales) is a monotypic tree genus restricted to the southern limit of the Brazilian Atlantic Forest. Despite of the presence of a phylogenetic study on the classification of the Verbenaceae family using molecular markers, the placement of Verbenoxylum reitzii remains uncertain. Using molecular phylogenetic studies it is possible to investigate the relationship between organisms and the evolutionary processes that might have had an important role on their differentiation and distribution. Genetic diversity analyses with molecular markers that present distinct evolutionary histories may provide a deeper understanding of historical and recent events that might have influenced on the present distribution of genetic variability. Population genetic studies and ecological niche modeling (ENM; combines geographic distribution and environmental variables) for plant species from the Atlantic forest might help to reveal the influence of environmental changes generated as consequences of the glacial/interglacial cycles in the composition of this forest. The aim of the present project was to contribute for the understanding of V. reitzii evolutionary history through phylogenetic and population genetic diversity analyses. Four studies were developed which correspond to the chapters of the present thesis. In the first chapter, the position of V. reitzii within the Verbenaceae was inferred based on the molecular markers trnL-trnF e ndhF. The results showed that this species is included in the tribe Duranteae, sister to Recordia Moldenke (monotypic genus endemic to Bolivia). A new combination for V. reitzii was proposed, including the species in Recordia. In the second chapter, 11 variable SSRs markers were developed for V. reitzii and cross-amplification was tested in the related genera Recordia and Duranta. Ten loci amplified in Recordia and all failed in Duranta. In the third chapter, ten SSR loci (developed in chapter 2) were used along with cpDNA regions to evaluate the intraspecific variability in V. reitzii. Besides, ENMs and tests of hypotheses of niche divergence and conservatism were performed for V. reitzii and R. boliviana. The results indicated that V. reitzii has a low genetic diversity, which may be related to its narrow distribution, small population size, and founder effect. The ENMs pointed that the present distribution of Verbenoxylum and Recordia may have been influenced by past climatic changes and the tests of niche divergence and conservatism showed the importance of environmental variables on the diversification and distribution of the two species. Lastly, in the fourth chapter, evolutionary relationships within Duranteae, the tribe where Verbenoxylum belongs, were analyzed using plastidial and nuclear markers.

Mycoplasma hyopneumoniae é o agente causador da pneumonia enzoótica suína, uma enfermidade de distribuição mundial responsável por consideráveis perdas econômicas. Em organismos procariotos, a organização das ORFs em UTs e os mecanismos de regulação da expressão gênica são bem caracterizados. No entanto, no gênero Mycoplasma existem poucas informações relacionadas a transcrição gênica. Em M. hyopneumoniae, mesmo com os dados de sequenciamento de três genomas completos, poucos são os estudos englobando transcrição, bem como organização das unidades transcricionais. Este trabalho teve como objetivo caracterizar a distribuição e organização gênica em M. hyopneumoniae através da análise in silico e determinação experimental, pela técnica de RT-PCR, das unidades de transcrição. As análises in silico das UTs foram realizadas utilizando dois critérios: inicialmente, foi estabelecido como distância intergênica máxima, um tamanho de até 100 pb; posteriormente, foi utilizado o critério de genes organizados na mesma fita de DNA, independente das distâncias entre eles. Primers localizados entre a região 3´ de uma ORF e a região 5´ da ORF adjacente foram empregados, na técnica de RT-PCR, para demonstrar a co-transcrição de ORFs. As análises in silico determinaram a presença de 112 UTs, sendo que 21 destas UTs foram confirmadas experimentalmente. O tamanho e a composição das UTs são extremamente variáveis, assim como, as distâncias das regiões intergênicas entre as ORFs e os produtos codificados por elas. A partir dos resultados deste trabalho é possível sugerir que, em M. hyopneumoniae, a transcrição ocorre de forma contínua na mesma fita de DNA, formando assim, extensas UTs, as quais são interrompidas quando da presença de UTs ou ORFs individuais na orientação oposta. / Mycoplasma hyopneumoniae is the agent of enzootic pneumonia, a chronic respiratory disease present in the majority of swine herds throughout the world being considered an important pathogen in the swine industry. In prokaryotic organisms the ORFs arrangement in UTs and the gene expression regulation are well characterized. However, in the Mycoplasma genus there is little information related to gene transcription. Three complete genomes of M. hyopneumoniae were sequenced, but there are few studies encompassing transcription and organization of UTs. This work aims to characterize the distribution and gene organization in M. hyopneumoniae genome by in silico and experimental analyze of the UTs. The in silico analysis of the UTs were performed using two criteria: first, was established up to 100 bp as a maximum size of the intergenic distance and, later we used the criterion of genes arranged in the same DNA strand, regardless of the distances between them. To demonstrate the co-transcription of two ORFs the RT-PCR technic was used with primers located between the 3' region of an ORF and the 5' region of the adjacent ORF. The in silico analysis showed 112 UTs. Twenty-one UTs were experimentally confirmed by RT-PCR. The size and composition of the UTs are extremely variable, as well as the distances of the intergenic regions between the ORFs, and the products encoded by them. The findings of this study can suggest that in M. hyopneumoniae transcription occurs continuously in the same DNA strand, thus forming large UTs, which are disrupted in the presence of UTs or individual ORFs in the opposite orientation.

Ainda que os fatores genéticos relacionados à gemelaridade na espécie humana tenham sido bastante investigados, há um grande desconhecimento sobre genes específicos influenciando este processo. Neste estudo foram analisados dois genes, IGF-I e IGFBP-3, que sintetizam proteínas que formam um complexo, onde o gene IGFBP-3 codifica a proteína 3 de ligação ao fator de crescimento semelhante à insulina, que é responsável por carregar 90% da proteína sintetizada pelo gene IGF-I (fator de crescimento semelhante à insulina). A proteína sintetizada pelo gene IGF-I atua nas células da granulosa promovendo o aumento no número de receptores de FSH e LH, retardando o processo de atresia folicular, promovendo assim a foliculogênese, ovulação, fertilização, implantação e subsequente desenvolvimento do embrião. O gene IGF-I apresenta o polimorfismo de (CA)n, onde o número de repetições de citosina e adenina é variável. O gene IGFBP-3 possui um SNP na posição – 202 em sua região promotora, no qual pode ocorrer troca de adenina para citosina (A/C). Há evidências de que estes loci influenciem os níveis IGF-I e de IGFBP-3 em mulheres jovens. A amostra foi obtida na cidade de Candido Godoi (CG) no Rio Grande do Sul, Brasil, conhecida por ter uma alta prevalencia de nascimentos gemelares independente de praticas de fertilização assistida. Foi desenvolvido um estudo do tipo caso – controle. Foram estudadas um total de 39 casos (mães de gêmeos naturais de CG) e 214 controles, sendo destes 97 mulheres residentes em CG e 117 em Porto Alegre, que tiveram apenas gestações únicas. Foi realizada extração de DNA a partir de sangue e genotipagem através da metodologia TaqMan SNP Genotyping Assay (Applied Biosystems, USA). As análises indicaram que o alelo 198 (CA22) do gene IGF-1 está em maior frequência no grupo de mães de gêmeos, tanto quando comparado com controles de CG (p= 0,01), odds ratio de 95% de confiança, quando com controles de PA (p= 0,001). Os três grupos estudados não possuem diferenças significativas nas frequências dos alelos do polimorfismo do gene IGFBP-3-202-A/C. Este estudo aponta o polimorfismo 198 do gene IGF-I como um fator envolvido na gemelaridade. Isto está de acordo com observações anteriores, que quanto maior o número de repetições e CA, maior os níveis de IGF-I circulantes, que por sua vez induzem maior número de receptores FSH e LH, promovendo a foliculogênese, ovulação, fertilização e também desenvolvimento do embrião. / Although genetic factors related to twin births in humans have been largely investigated, there is great unknowledge about specific genes influencing this process. On this study two genes were analyzed, IGF-I and IGFBP-3, which synthesize proteins that form a complex, where the gene IGFBP-3 codify the connecting protein 3 to the growth factor similar to insulin, which is responsible for carrying 90% of the protein synthesized by the IGF-I gene (insulin-like growth factor). The protein synthesized by the IGF-I gene acts in granulosa cells promoting an increase in the number of receptors for FSH and LH, delaying the process of follicular atresia, promoting folliculogenesis, ovulation, fertilization, implantation and subsequent development of the embryo. IGF-I (CA)n polymorphism, where the number of repetitions of cytosine and adenine is variable. The IGFBP-3 gene has a SNP at position - 202 in its promoter region, in which can occur an exchange of cytosine to adenine (A/C). There are evidences that this lociis significantly a genetic factor of influence in the levels of IGFBP-3 and IGF-I in young women. A study type case - control was developed. It was studied a total of 39 cases (mothers of twins from CG) and 214 controls, being 97 women who reside in CG (controls (CG)) and 117 in Porto Alegre, who had only single pregnancies (controls (PA)). DNA extraction was performed from blood and genotyping through the methodology TaqMan SNP Genotyping Assay (Applied Biosystems, USA). The analysis indicated that allele 198 (CA22) of gene IGF-1 is more frequently in the group of mothers of twins, when compared with controls CG (p = 0.01) and with controls PA (p = 0.001 ). The three studied groups do not have significant differences in the alleles' frequencies of the polymorphism of gene IGFBP-3-202-A / C. This study indicates polymorphism 198 of gene IGF-I as a factor involved in twinning. This is in agreement with previous observations that, the greater the number of repetitions and CA, the higher the levels of circulating IGF-I. These are directly involved with the larger number of FSH and LH receptors, promoting folliculogenesis, ovulation, fertilization and also embryo development.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-08-29T19:18:02Z No. of bitstreams: 1 Rozana Oliveira Goncalves. Estudo de alterações cromossomicas estruturais e numerica em trabalhadores com intoxicação cronica por Benzeno.pdf: 857162 bytes, checksum: a051f023d195baaada8a03ce020674b3 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-29T19:18:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rozana Oliveira Goncalves. Estudo de alterações cromossomicas estruturais e numerica em trabalhadores com intoxicação cronica por Benzeno.pdf: 857162 bytes, checksum: a051f023d195baaada8a03ce020674b3 (MD5) Previous issue date: 2008 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / Os sinais clínicos da intoxicação crônica por benzeno não são bem definidos e as alterações cromossômicas (AC) em linfócitos de sangue periférico têm se mostrado um biomarcador precoce e sensível dos efeitos. Com o intuito de investigar a associação entre efeito genotóxico e exposição ocupacional a benzeno, foi realizado um estudo caso-controle em 20 pacientes com benzenismo, afastados da exposição entre três e treze anos e 16 controles. Os pacientes com benzenismo foram selecionados do arquivo do Ambulatório de Doenças do Trabalho (CESAT) registrados no período de 1988 a 1999. Os controles foram selecionados do mesmo arquivo de onde os casos provieram, sem alterações hematológicas, com diagnóstico de outras doenças ocupacionais. O efeito genotóxico foi avaliado através do estudo de quebras, “gaps” e aneuploidias em culturas de 54h e 72h, empregando as técnicas de coloração convencional e banda G, respectivamente. A diferença das frequências de gaps foi estatisticamente significante em culturas de 54h (2,13 ± 2,86 e 0,97 ± 1,27, p= 0,001). As quebras mostraram significância estatística em culturas de 72h (0,21 ± 0,58 e 0,12 ± 0,4, p= 0,0002). Os resultados não mostraram diferenças quando comparadas as freqüências de aneuploidias entre casos e controles, tanto em culturas de 54h (0,031 ± 0,18 e 0,027 ± 0,17, p= 0,614, respectivamente), quanto em culturas de 72h (0,19 ± 0,13 e 0,02 ± 0,14 p= 0,868). Não se observou diferença entre os grupos quanto ao índice mitótico, tanto em culturas de 54h (12,41 e 12,05) quanto naquelas de 72h (12,16 e 15,36) em casos e controles respectivamente. Esses resultados não permitem concluir de forma definitiva sobre a existência de efeitos genotóxicos em indivíduos com diagnóstico de intoxicação crônica por benzeno quando comparados a indivíduos controles, sendo recomendada a realização de estudos em células mais específicas com técnicas mais sensíveis. / The clinical signs of chronic benzene poisoning (CBP) are not well defined and the CA in peripheral blood lymphocytes has been used as a biomarker sensitive early of the effects. In order to investigate the association between genotoxic effect and occupational exposure to benzene, a case-control study was conducted in 20 patients with CBP, away from exposure between three and thirteen years, and 16 controls. The CBP patients were in the Ambulatory of Occupational Diseases (CESAT), registered in the period from 1988 to 1999. The controls were selected from the same file from which the cases came, without haematological disorders, diagnosed with other occupational diseases. The genotoxic effect was evaluated through the study of breaks, gaps and aneuploidy in cultures of 54h and 72h, employing the techniques of conventional color and G band, respectively. The difference of the frequencies of gaps was statistically significant in cultures of 54h (2.13 ± 2.86 and 0.97 ± 1.27, p = 0001). The breaks showed statistical significance in cultures of 72h (0.21 ± 0.58 and 0.12 ± 0.4, p = 0.0002). The results showed no statistical differences when compared the frequencies of aneuploidy between cases and controls in both cultures of 54h (0.031 ± 0.18 and 0.027 ± 0.17, p = 0.614, respectively), as in cultures of 72h (0. 19 ± 0.13 and 0.02 ± 0.14, p = 0.868). No difference was observed between the groups on the mitotic index in both cultures, 54 h (12.41 and 12.05) as those of 72h (12.16 and 15.36) in cases and controls, respectively. These results no permit to conclude of definitive forms about the existence of genotoxic effects in individuals with diagnostic of CBP when compared the controls. Future studies should analyze more specific cells and use more sensible techniques.

RODRIGUES, D. S. Estrutura populacional de um rebanho morada nova variedade branca no estado do Ceará. 2009. 46 f. Dissertação (Mestrado em Zootecnia) - Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2009. / Submitted by Daniel Eduardo Alencar da Silva (dealencar.silva@gmail.com) on 2014-12-05T21:00:43Z No. of bitstreams: 1 2009_dis_dsrodrigues.pdf: 427309 bytes, checksum: e9adf67ba3f756188bb23fbd88e8285f (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2015-12-07T17:26:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_dis_dsrodrigues.pdf: 427309 bytes, checksum: e9adf67ba3f756188bb23fbd88e8285f (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-07T17:26:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_dis_dsrodrigues.pdf: 427309 bytes, checksum: e9adf67ba3f756188bb23fbd88e8285f (MD5) Previous issue date: 2009 / The present work has the purpose of evaluating the structure of a population of Morada Nova sheep breed from State of Ceará. Data were collected from the file to control the breeding of Sheep Improvement Project for the Morada Nova Breed white variety, of the Department of Animal Science in the period from 1970 to 1987 for records of 2,403 animals, (922 males and 1,481 females). The effective size (Ne), coefficient of consanguinity (F) and average relatedness coefficient (AR) individuals, effective size of founders and ancestors (fa and fe), generation interval (IEG), integrity of pedigrees and Wright’s F statistics have been estimated. We could observe the occurrence of loss of original genetic material and the intensive use of related animals among the sheep. The obtained generation interval average for males was satisfactory, although for females the averages had lower magnitudes. The estimated AR medium rates had few variations in population, except for the first five years of record. We could observe subdivision in population due to the more intense use of some breeding animals causing genetic isolation among flock. Therefore, we came to the conclusion that this flock was in a critical situation during the period of this study, and it needs a focused administration in preservation and conservation / O presente trabalho teve como objetivo avaliar a estrutura de uma população de ovinos da raça Morada Nova variedade branca no Estado do Ceará. Os dados foram provenientes do fichário de controle zootécnico do Projeto de Melhoramento de Ovinos da Raça Morada Nova variedade branca, do Departamento de Zootecnia, no período de 1970 a 1987, referentes a registros de 2403 animais, sendo 922 machos e 1481 fêmeas. Foram estimados o tamanho efetivo (Ne), coeficiente de consanguinidade (F) e parentesco médio (AR) dos indivíduos, tamanho efetivo de fundadores e de ancestrais (fa e fe), intervalo de gerações (IEG), integridade dos pedigrees e estatísticas F de Wright. Os resultados obtidos evidenciaram que houve ocorrência de perdas do material genético de origem e o uso intensivo de animais aparentados dentro do rebanho no período estudado. Para os machos, a média estimada do intervalo de geração foi satisfatória e, para as fêmeas, apresentou média inferior. Já, os valores médios estimados de AR sofreram pequenas variações na população, com exceção dos primeiros cinco anos de registro. Também, observou-se subdivisão na população, devido ao uso mais intenso de alguns reprodutores, proporcionando, assim, isolamento genético no rebanho. Portanto, concluiu-se que este rebanho de ovinos da raça Morada Nova variedade branca encontrava-se em estado crítico no período estudado, necessitando de gestão que possibilitasse a sua preservação e conservação

COÊLHO, M. das G. L. Susceptibilidade do camarão-rosa Farfantepenaeus subtilis (Perez-Farfante, 1967) ao vírus da infecção hipodermal e necrose hematopoiética (IHHNV). 2006. 38f Dissertação (mestrado em Ciências Marinhas Tropicias) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2006. / Submitted by Nadsa Cid (nadsa@ufc.br) on 2015-04-16T18:44:25Z No. of bitstreams: 1 2006_dis_mdasglcoelho.pdf: 981620 bytes, checksum: 259d13d394c652d446132bce3bc27a5f (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid(nadsa@ufc.br) on 2015-04-16T18:44:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_dis_mdasglcoelho.pdf: 981620 bytes, checksum: 259d13d394c652d446132bce3bc27a5f (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-16T18:44:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_dis_mdasglcoelho.pdf: 981620 bytes, checksum: 259d13d394c652d446132bce3bc27a5f (MD5) Previous issue date: 2006 / Diseases are the main biological factor that can limit and discourage the shrimp culture worldwide. Virus infection is the main cause of impact and economic losses registered in this sector. The Infectious Hypodermal and Hematopoietic Necrosis Virus (IHHNV) occurs in both wild and cultured shrimp, mainly in the juvenile and sub-adult phases, although it does not cause harm to human health. This pathogen is considered a low impact virus to Litopenaeus vannamei, causing a chronic disease called "Runt Deformity Syndrome" (RDS), which compromises the product quality and can have economic implications to shrimp industry. This study aimed at verifying response of the native species Farfantepenaeus subtilis in presence of the IHHN virus. The experiment utilized 200 healthy young shrimp weighing 2.56 ± 0.44g (mean ± standard deviation), kept in single 5.5L tanks, under monitored conditions similar to those found in shrimp culture farms. The animals have been challenged in two ways: “per os” and by intramuscular injection, each one with its control group. After three days of exposition to the virus, the animals were fed with a commercial food two times a day, when were observed behavior, mortality, moulting and the signs for the characteristic symptoms in species susceptible to this disease. The experiment was conducted during 30 days. The shrimp were sample randomly for total hemocytes counting, histological and molecular analyses. This study showed that the native species F. subtilis caught in Pacoti River Estuary (Eusébio - Ceará - Brazil) is susceptible to IHHNV infection. / As doenças são consideradas como o principal fator biológico capaz de limitar e desestimular a carcinicultura no mundo. As viroses são, invariavelmente, as que causam maior impacto e, por conseguinte, maiores prejuízos econômicos registrados no setor. O vírus da Infecção Hipodermal e Necrose Hematopoiética – IHHNV acomete os camarões silvestres e cultivados nas fases jovens e sub-adulta, mas não causa danos à saúde humana. Para a espécie Litopenaeus vannamei é considerado de baixo impacto, levando a uma enfermidade crônica denominada “síndrome da deformidade e do nanismo” (RDS), que compromete a qualidade do produto com implicações econômicas para a indústria camaroneira. O presente estudo teve por objetivo realizar testes de desafio com a espécie nativa do camarão Farfantepenaeus subtilis para verificar o comportamento da mesma frente ao vírus da IHHN. Foram utilizados 200 camarões jovens saudáveis com peso corporal de 2,56 ± 0,44g (média ± desvio padrão; n = 200) mantidos em tanques individuais de 5,5L, em condições monitoradas que reproduziram os parâmetros ambientais de cultivo. Os animais foram desafiados de duas maneiras: um grupo por ingestão de tecido contaminado per os e outro por injeção intramuscular do extrato contendo o vírus, cada qual com seu grupo controle. Os grupos controles tiveram tratamentos semelhantes, porém um grupo ingeriu músculo de camarão IHHNV negativo e outro recebeu extrato de músculo de camarão livre de IHHNV. Após três dias de exposição ao IHHNV, os animais foram alimentados com ração comercial duas vezes ao dia e observados quanto ao comportamento, mortalidade, muda e sintomas já conhecidos em espécies susceptíveis à doença. O experimento teve duração de 30 dias, quando foram colhidas aleatoriamente amostras de material biológico para contagem total de hemócitos, análise histológica e molecular. O estudo demonstrou que a espécie nativa Farfantepenaeus subtilis capturada no Estuário do Rio Pacoti no município de Eusébio, Estado do Ceará é susceptível à infecção pelo vírus da IHHN.

FAUSTINO, Symonara Karina Medeiros. Prevalência dos subtipos do vírus da imunodeficiência humana do tipo 1 (HIV-1) no Estado do Piauí - Brasil e o perfil de resistência das cepas identificadas. 2011. 124 f. Dissertação (Mestrado em Farmacologia) - Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2011. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2012-05-15T16:29:40Z No. of bitstreams: 1 2011_dis_skmfaustino.pdf: 1675532 bytes, checksum: 7046ea7c86ed7c0ae4844ab2a29e06bb (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-05-15T16:29:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_dis_skmfaustino.pdf: 1675532 bytes, checksum: 7046ea7c86ed7c0ae4844ab2a29e06bb (MD5) / Made available in DSpace on 2012-05-15T16:29:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_dis_skmfaustino.pdf: 1675532 bytes, checksum: 7046ea7c86ed7c0ae4844ab2a29e06bb (MD5) Previous issue date: 2010 / HIV-1 genetic variability is a wellkown problem that makes diagnosis and treatment difficult to manage. Also, this variability is a problem for trasmission, disease progression and for the development of vaccines, being important to know the subtypes presented in each population worldwilde and in Brazil to provide more effective treatment. The present study have the aim to describe the subtype prevalent in Piauí state, the resistance profile of thouse to antiviral treatment, laboratory exams and the epidemiologic point of view of HIV-1 in Piauí. Samples of blood from 60 patients (HIV-1 positive) were colect at Central Public Laboratory in Teresina/PI, from maio to april 2009. Proviral DNA were isolated and Nested PCR were performed for two genomic regions (pro e tr), being sequenced 37 samples. Analysis to the segment for gene pro, 32 (86,5%) were subtype B and 2 (5,4%) subtype D. For tr segment all samples were subtype B (20). Statistics analysis found a significant association between vírus subtype and drug users, blood transfusion and STD (p < 0,05). Furthermore, the study reveal that even with two subtypes of HIV-1 detected (B e D), a low prevalence of drug resistance was observed to the protease inhibitors (PI) (2,9%; 1/34), nucleosidic reverse transcriptase inhibitor (NRTI) (15%; 3/20) and non nucleosidic (NNRTI) (10%; 2/20). / A variabilidade genética do HIV-1 é reconhecida como um problema em potencial para o diagnóstico e tratamento do HIV/AIDS, assim como para a transmissão, progressão da doença e desenvolvimento de vacinas globalmente efetivas, o que torna importante o monitoramento da distribuição global dos diferentes subtipos de HIV-1 e formas recombinantes circulantes (CRFs) no Brasil. O presente trabalho teve como objetivo descrever a prevalência dos subtipos do HIV-1 circulantes no Estado do Piauí e o perfil de resistência das cepas identificadas aos ARV, assim como verificar possíveis associações entre os subtipos virais e as informações epidemiológicas e laboratoriais da população estudada. As amostras de sangue de 60 pacientes portadores do HIV-1/AIDS foram coletadas no Laboratório Central de Saúde Pública da cidade de Teresina/PI, no período de maio a abril de 2009. Após a extração do DNA proviral, foi realizada a técnica de Nested PCR, para amplificação de duas regiões genômicas (pro e tr), sendo 37 amostras seqüenciadas posteriormente. Em relação à análise do segmento do gene pro, 32 (86,5%) foram do subtipo B e 2 (5,4%) do subtipo D, já em relação ao segmento do gene da tr, todas amostras pertenceram ao subtipo B (20). Na análise estatística foram encontradas associações significantes (p < 0,05) entre os subtipos virais com usuários de drogas endovenosas, transfusão sanguínea e DST. Além disso, verificou-se uma baixa prevalência de cepas com mutações resistentes aos inibidores de protease (IP) (2,9%; 1/34), inibidores de transcriptase reversa nucleosídicos (ITRN) (15%; 3/20) e não nucleosídicos (ITRNN) (10%; 2/20), sugerindo que há baixa circulação de cepas do HIV-1 resistentes aos ARV no estado do Piauí.