Sisyrinchium (Sisyrinchieae: Iridoideae: Iridaceae) é o maior gênero em número de espécies de Iridaceae. Este gênero ocorre em todo o continente americano, com o centro de origem e distribuição na América do Sul. Aproximadamente 35% das espécies de Sisyrinchium possuem flores com elaióforos que podem produzir óleos lipídicos como recompensa aos polinizadores. Suas espécies apresentam ampla diversidade morfológica intra e inter-populacional tornando a taxonomia de Sisyrinchium extremamente complicada. Classificações morfológicas dividem o gênero em oito seções, no entanto, recentes estudos filogenéticos identificaram nove clados que pouco se assemelham com as classificações taxonômicas prévias. Dentre os clados de Sisyrinchium, é importante destacar o clado V, formado por pelo menos duas seções: Lenitium e Scirpeocaris. Todas as espécies pertencentes a este clado possuem tricomas produtores de óleos florais (elaióforos) localizados na coluna estaminal. Visando contribuir para o conhecimento da biologia e evolução das espécies de Sisyrinchium, este estudo teve por objetivo investigar a evolução e características genéticas e citogenéticas de diferentes espécies de Sisyrinchium pertencentes ao clado V, além de aspectos da biologia reprodutiva para as duas categorias morfológicas de S. sellowianum. Dados de ISSR (Inter Simple Sequence Repeats) foram obtidos para diferentes espécies do clado V de Sisyrinchium para acessar a variação genética, estrutura populacional e fluxo gênico entre espécies. Dados citogenéticos foram utilizados para determinar o número cromossômico destas espécies. Separadamente, S. sellowianum foi classificada em duas categorias morfológicas devido à variação das populações naturais observadas nesta espécie. Dados de ISSR, número cromossômico, morfologia e viabilidade polínica, além de aspectos reprodutivos foram utilizados para caracterizar as categorias morfológicas de S. sellowianum (CM-I e CM-II). Para o estudo de relacionamento filogenético entre as espécies do clado V de Sisyrinchium foi amostrado um número representativo de espécies com as características deste clado e amplificadas duas regiões de DNA, ITS (nuDNA) e trnQ-rps16(cpDNA). Do estudo filogenético, 4,37% dos caracteres foram filogeneticamente informativos, sendo a região ITS1 a mais informativa. As análises suportaram a monofilia das espécies S. commutatum, S. setaceum, S. sellowianum CM-II e S. scariosum. As demais espécies avaliadas não formaram grupos suportados. Os dados de ISSR indicam que as populações das diferentes espécies de Sisyrinchium encontram-se fortemente estruturadas (FST= θB= 0.51) e não apresentam correlação entre distância genética e geográfica. Três níveis de ploidia foram observados entre as espécies deste clado, com populações diploides (2n= 2x= 18), tetraploides (2n= 4x= 36) e hexaploides (2n= 6x= 54), sendo o número básico x = 9. As populações de S. sellowianum mostraram alta diferenciação genética (FST = 0.46, θB= 0.62). Em relação à distribuição da variação genética, foi observada maior variação intra-populacional (69%) que inter-populacional (31%) na CM-I, enquanto em CM-II, 61% da variação foi observada entre as populações e 39% intra-populacional. Também não foi observada correlação entre distância genética e geográfica para as populações de S. sellowianum. No entanto, uma correlação significativa foi observada entre distância genética e categoria morfológica das populações de S. sellowianum. Quanto ao número cromossômico, CM-I apresentou populações diploides (2n= 2x= 18) e tetraploides (2n= 4x= 36), enquanto CM-II apenas populações diploides (2n= 2x= 18). O estudo polínico revelou diferentes morfologias polínicas em cada categoria morfológica, além de correlação entre tamanho dos grãos de pólen e nível de ploidia na CM-I. As categorias morfológicas de S. sellowianum também se diferenciam em relação ao modo reprodutivo, CM-I é alógama, enquanto CM-II é autógama, não havendo formação de frutos em cruzamentos realizados entre as categorias morfológicas. A alta estruturação populacional pode ser explicada pela distância entre as populações, o que possivelmente reduz o fluxo gênico devido ao comportamento dos polinizadores. Os polinizadores descritos para as espécies de Sisyrinchium produtoras de óleos florais são abelhas coletoras de óleos da família Apidae, tribo Tapinotaspidini, as quais geralmente forrageiam áreas restritas. As categorias morfológicas de S. sellowianum são geneticamente e morfologicamente diferenciadas e refletem seus modos reprodutivos. Os resultados obtidos podem auxiliar na delimitação destas duas categorias morfológicas como duas espécies ou subespécies, o que foi fortemente suportado nas análises filogenéticas. A técnica de ISSR não foi capaz de discriminar as diferentes espécies de Sisyrinchium, assim como os dados obtidos de duas sequências de DNA, os quais discriminaram apenas algumas espécies. Estes estudos indicam que dados genéticos sozinhos não são capazes de delimitar as espécies deste clado, tornando necessária a utilização de diferentes técnicas e abordagens para obter dados evolutivos e de relacionamento filogenético mais acurado, como os gerados para as duas categorias morfológicas de S. sellowianum. / Sisyrinchium (Sisyrinchieae: Iridoideae: Iridaceae) is the largest in number of species of Iridaceae. This genus occurs throughout the American continent, with the center of origin and distribution in South America. Approximately 35% of Sisyrinchium species have flowers with elaiophores that can produce lipid oils as a reward to pollinators. Its species have a wide morphological diversity within and among populations making the taxonomy of Sisyrinchium extremely complicated. Morphological classifications proposed eigth sections to genus, however, recent phylogenetic studies identified nine clades do not correspond to the previous taxonomic classifications. Among the clades of Sisyrinchium, it is important to highlight the clade V, formed by at least two sections: Lenitium and Scirpeocaris. All species belonging to this clade possess trichomes producers of floral oils (elaiophores) located in the staminal column. Aiming to contribute for the understanding of the biology and evolution of Sisyrinchium species, this study investigated the evolution and genetic plus cytogenetic traits of different species belonging to the clade V, and aspects of reproductive biology for the two morphological categories of S. sellowianum. ISSR data were obtained for the different species of Sisyrinchium clade V in order to assess genetic variation, population structure and gene flow among species. Cytogenetic data were used to determine the chromosome number of these species. Separately, S. sellowianum was classified into two categories due to morphological variation in natural populations observed in this species. ISSR data, chromosome number, morphology and viability pollen plus reproductive parameters were used to characterize the morphological categories of S. sellowianum (MC-I and MC-II). To evidence the phylogenetic relationships among species of Sisyrinchium of clade V a representative number of species was sampled with the characteristics of this clade and amplified two DNA regions, ITS (nuDNA) and trnQ-rps16 (cpDNA). Concerning the phylogenetic study, 4.37% of the characters were phylogenetically informative, with the ITS1 the most informative. The analysis supported the monophyly of the species S. commutatum, S. setaceum, S. sellowianum MC-II and S. scariosum. The other species did not form supported groups. ISSR data indicate that populations of different species of Sisyrinchium are strongly structured (FST= θB= 0.51) and no correlation between genetic and geographic distances. Three ploidy levels were observed among species of this clade, with diploid (2n= 2x= 18), tetraploid (2n= 4x= 36) and hexaploid (2n= 6x= 54) populations, with the basic number x = 9. The populations of S. sellowianum showed high genetic differentiation (FST = 0.46, θB= 0.62). Regarding the distribution of genetic variation, greater intra-population variation (69%) that inter-population (31%) was observed in MC-I, while the MC-II, 61% of the variation was observed among populations and 39% intra-population. Also no correlation between genetic and geographic distance was observed for the populations of S. sellowianum. However, a significant correlation between genetic distance and morphological category of the populations of S. sellowianum was observed. Regarding the chromosome number, MC-I showed diploid (2n= 2x= 18) and tetraploid (2n= 4x= 36) populations, while MC-II only diploid (2n= 2x= 18) populations. The pollen study revealed different pollen morphologies in each morphological category, and correlation between pollen pollen size and ploidy level in MC-I. Morphological categories of S. sellowianum also differ in relation to the reproductive mode, MC-I is alogamous, while MC-II is autogamous, with no fruit development in crosses made between morphological categories. The high population structure can be explained by distance among populations, which possibly reduces gene flow due to the behavior of pollinators. Pollinators described for the species of Sisyrinchium producing floral oils are oil-bees of the family Apidae, tribe Tapinotaspidini, which generally restricted foraging areas. Morphological categories of S. sellowianum are genetically and morphologically differentiated and reflect their mating systems. The results can assist in the delimitation of two morphological categories such as two species or subspecies, which was supported highly in phylogenetic analysis. The ISSR technique was not able to discriminate different species of Sisyrinchium, as well as the data obtained by the two DNA sequences, which discriminate only a few species. These studies suggest that genetic data alone are not able to delimit species of this clade, making necessary the use of different techniques and approaches to obtain evolutionary and phylogenetic relationship more accurate, as those generated for the two morphological categories of S. sellowianum.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:37:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8345_Dissertação Final Natália Grancieri.pdf: 1587951 bytes, checksum: de5a69ba2e9743cb811840a468680f3b (MD5) Previous issue date: 2015-02-24 / A utilização de plantas com fins medicinais é uma das mais antigas formas de prática medicinal da humanidade. No Brasil, o consumo de plantas para fins medicinais e de medicamentos à base de plantas vem aumentando em todas as classes sociais e tem recebido vários incentivos. Para otimizar o uso das plantas medicinais tornam-se importantes estudos sobre a variabilidade genética, como tem feito os programas de genética e melhoramento buscando selecionar genótipos superiores. Para isso é preciso realizar a sua caracterização utilizando descritores, como os agronômicos, morfológicos, bioquímicos e moleculares. Um dos interesses é pela produção uniforme de metabólitos secundários e entender os fatores que podem influenciá-la. Dentre as várias espécies de plantas medicinais conhecidas no Brasil, encontra-se a Varronia curassavica, que apesar de seu potencial farmacológico e econômico, ainda pouco se sabe sobre sua diversidade genética de populações naturais. Dessa forma, este trabalho teve como objetivo caracterizar genótipos de diferentes populações nativas do Sul do Estado do Espírito Santo, com variações de altitude, e assim compará-los com materiais pré-melhorados adquiridos na Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Foram coletados de cada planta, ramos para ser realizada a propagação vegetativa. As mudas foram cultivadas em casa de vegetação e então realizadas análises moleculares, fisiológicas, morfofisiológicas e fitoquímicas. Verificou-se que no experimento houve baixa precisão experimental. De acordo com a estimativa do índice de variação (IV), há variáveis que podem ser usadas na seleção de genótipo. A herdabilidade da maioria das variáveis foram de média a alta. Nos agrupamentos as variáveis de maior contribuição relativa foram: AFT, AFE, IAF, FLA, CLT, CAB, A, gs, A/gs. Foi realizado um novo agrupamento com base nas nove variáveis de maior contribuição relativa e assim foram formados três grupos, sendo a AFT, AFE e FLA as que tiveram maior contribuição para a divergência genética. Quando comparado esse agrupamento ao agrupamento realizado pelos marcadores moleculares, não houve grupos idênticos ou parecidos. Nos agrupamentos, os genótipos não se agruparam com base em locais de coletas próximos ou com altitudes semelhantes.

O transtorno do espectro autista (TEA) é uma alteração do desenvolvimento neuropsiquiátrico que afeta três grandes áreas: interesse social, dificuldade de comunicação e comportamentos restritos. O TEA pode estar presente em algumas síndromes já bem descritas, como a Síndrome do X frágil (SXF), que é a mais frequente causa de retardo mental herdável, e também está associada a transtornos de desenvolvimento. O gene MTHFR faz parte do metabolismo do ácido fólico e está associado a síntese de nucleotídeos e metilação do DNA. O polimorfismos C677T deste gene, está relacionado a hipometilação quando na presença do alelo T, levando a alterações na expressão gênica. O objetivo deste trabalho foi investigar a ocorrência da síndrome do X-frágil e de variantes polimórficas no gene MTHFR em uma amostra de pacientes do sexo masculino e feminino com TEA. Analisamos uma amostra de 154 crianças diagnosticadas com TEA idiopático, sendo que 136 destas foram testadas para a SXF (97 meninos e 39 meninas). Todas as análises moleculares foram feitas a partir da técnica de PCR. Uma vez que a triagem fosse positiva para SXF, o DNA do paciente foi encaminhado para confirmação por Southern Blotting. Nossa análise molecular identificou três (3,1%) meninos com mutação completa, e para a maioria das meninas o resultado se mostrou inconclusivo (71,8%). Para o teste de associação do polimorfismo C677T do gene MTHFR e a susceptibilidade a TEA, analisamos 151 crianças com TEA idiopático e 100 crianças controles. Não foram observadas diferenças significativas na distribuição alélica (T=0,38 casos e T=0,35 controle) nem na distribuição genotípica (p=0,72) entre os dois grupos. Nenhuma associação foi encontrada entre a presença do alelo T e comportamentos autistas selecionados: evitação do olhar, movimentos corporais complexos e auto-agressão. Estes resultados mostram que a SXF representa uma fração importante dos casos de autismo idiopático pois nem sempre a expressão clinica da doença é identificada pela equipe medica. Além disto, ao contrario de outros trabalhos prévios, na nossa população, polimorfismos no gene MHTFR não representam papel na suscetibilidade aos transtornos do espectro autista. / Autism spectrum disorder (ASD) is a neurodevelopmental disorder that acts in three areas: social interests, communication difficulties and restrict behaviors. ASD can be present in Fragile X Syndrome (FXS) that is the most frequent cause of inherited mental retardation and it is also associated a developmental disorders. The MTHFR gene plays in acid folic pathway and it is associated with the nucleotide synthesis and DNA methylation. The C677T MTHFR polymorphism is related with hypomethylation when T allele is present, leading to genic expression alterations. We analyzed a sample of 154 children with idiopatic TEA, being 136 tested for XFS through PCR technique (97 males and 39 females). All molecular analysis were made from PCR technique. Once the screening was positive for FXS, the patient DNA was referred for confirmation by Southern Blotting. In our molecular analyse, we identified three (3.1%) boys with full mutation, and for the girls, 71.8% was inconclusive. By analysing the MTHFR C677T polymorphism association and the susceptibility for TEA, we analyzed 151 children with idiopatic TEA and 100 controls children. There were any significant differences in allelic distribution (T=0.38 cases and T=0.35 controls) or genotypic distribution (p=0.72) between the groups. No association was found between the presence of T allele and autistic behaviors selected: averted gaze, complex body movements and self-injury behavior. These results show that FXS presents a significant part of idiopatic autism cases because is not always the expression of clinical disease is identified by the medical team. Moreover, unlike other previous studies, in our population, polymorphisms in the gene MHTFR do not represent role in susceptibility to autism spectrum disorders.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-07-29Bitstream added on 2014-06-13T20:53:56Z : No. of bitstreams: 1 fantinatti_bea_me_botib.pdf: 10865336 bytes, checksum: 6b1be1a9d33dbab03cbbf2f59492397e (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Cromossomos B são elementos adicionais encontrados em vários grupos de eucariotos, incluindo plantas, fungos e animais. Apesar de terem sido amplamente estudados, seus mecanismos de origem, evolução e possível função ainda são pouco compreendidos. Para avançar no conhecimento da biologia dos cromossomos B, análises morfológicas e de citogenética clássica e molecular foram conduzidas no peixe ciclideo africano Haplochromis obliquidens, portador de 1 a 2 cromossomos B. As análises de citogenética molecular envolveram a aplicação de hidridação in situ fluorescente (FISH) utilizando como sondas elementos transponíveis, fração genômica contendo DNA altamente repetitivo (СoŁ-1 DNA), genoma total (comparative genomic hybridization - CGH) e cromossomos artificiais bacterianos (BACs) contendo genes/segmentos de DNA da tilápia do Nilo, Oreochromis niloticus. Os resultados obtidos pelas análises morfológicas mostraram que os animais com cromossomo B apresentam niveis menores de variação em comparação aos animais sem cromossomo B, sugerindo uma possível vantagem adaptativa aos portadores de tais elementos visto que a escolha dos machos pelas fêmeas é de caráter visual. O mapeamento das várias sondas contendo DNA repetitivo evidenciou similaridades entre o cromossomo B e o primeiro par cromossômico, sugerindo sua possível origem a partir deste cromossomo do complemento A. No entanto, uma atenção especial é necessária em relação a esta abordagem, frente ao alto dinamismo evolutivo que governa as regiões cromossômicas ricas em DNAs repetitivos, o que pode gerar interpretações de falsa homologia entre cromossomos / B chromosomes are additional chromosomal elements found in a diversity of eukaryote groups from fungi to animais. Despite B chromosomes have been widely studied, their mechanisms of origin, evolution and possible function are still remaining to be clearly understood. To advance in the knowledge of B chromosome biology, morphological analysis, classical and molecular cytogenetic analysis based on fluorescent in situ hybridization (FISH) with transposable elements, repeated DNA genomic fraction (Cot-1 DNA), whole genome probes (comparative genomic hybridization - CGH) and BAC clones from Oreochromis niloticus were conducted in the cichlid fish Haplochromis obliquidens which harbor 1 to 2 B chromosomes. The results obtained evidences that the 1B animals present less morphological variation compared to the OB animals the mapping of several probes containing repeated DNAs evidence similarities between the B chromosome and the 1st chromosome pair suggesting its possible origin from this A chromosome. On the other hand, a special attention must be exercised because the high evolutionary dynamism that rules the chromosomal regions harboring repeatede DNA clusters may generate a false idea of homology between chromosomes

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-12-09Bitstream added on 2014-06-13T18:29:20Z : No. of bitstreams: 1 coelho_mm_me_botib.pdf: 1279286 bytes, checksum: c9db6d651dfd0584937d8d5948869e47 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os tumores de glândulas salivares (TGS) são lesões raras que apresentam heterogeneidade morfológica e sobreposição histológica entre os vários subtipos de tumores. Neste estudo foi utilizada a técnica de hibridação genômica comparativa de alta resolução (HR-CGH) em 64 amostras de TGS, incluindo: 27 adenomas pleomórficos (AP); 11 tumores de Warthin (TW); seis carcinomas ex-adenomas pleomórficos (CXAP); seis carcinomas adenóides císticos (CAC); quatro carcinomas mucoepidermóides (CME); três carcinomas ductais salivares (CDS); três adenocarcinomas (ACAR); dois oncocitomas (ON) e dois carcinomas epiteliaismioepiteliais (CEM). Destas, 47 amostras eram provenientes de tecidos fixados em formalina e em blocos de parafina (FFEP) e 17 de tecidos a fresco. Após a microdissecção, o DNA genômico foi amplificado e marcado por técnica baseada na PCR (SCOMP) e por nick translation, respectivamente. Os cromossomos foram cariotipados usando a imagem DAPI invertido e a intensidade do sinal de hibridação foi determinada ao longo de cada cromossomo. Uma biblioteca com amostras de DNA normais foi construída para selecionar os limites superiores e inferiores para perdas e ganhos cromossômicos. Em todos os casos, as perdas genômicas foram observadas mais freqüentemente do que os ganhos. Na análise comparativa das regiões mínimas comuns detectadas pela HR-CGH envolvendo todos os tipos tumorais, foram observadas alterações genômicas comuns aos diversos tipos, como também exclusivas para os diferentes tipos histológicos. As regiões genômicas consistentemente alteradas nos dois subgrupos tumorais com maior número amostral (adenomas pleomórficos e tumores de Warthin) foram investigadas em bancos de dados para a seleção de genes candidatos que pudessem estar relacionados com a etiologia destes tumores. Os genes NEDD9 (6p24-p25), PPARG (3p25) e c-MYC (8q24.21) foram... / Salivary gland tumors (SGT) are uncommon lesions showing morphologic heterogeneity and histologic overlap among various tumoral subtypes. In the present study, high resolutioncomparative genomic hybridization (HR-CGH) method was performed in 64 SGT samples, including 27 pleomorphic adenomas (PA), 11 Warthin’s tumors (WT), six carcinoma ex pleomorphic adenoma (CXPA), six cystic adenocarcinomas (CAC), four mucoepidermoid carcinomas (MEC), three salivary ductal carcinomas (SDC), three adenocarcinomas (ACAR), two oncocitomas (ON), and two epithelium-myoepithelium carcinomas (EMC). Among these samples, 47 were formalin-fixed and paraffin embedded tissues and 17 were fresh tissues. After laser capture microdissection (LCM), the DNA samples were amplified and labeled by PCR-based methods (SCOMP) and nick translation reaction, respectively. Chromosomes were karyotyped based on their inverted DAPI image and the relative hybridization signal intensity was determined along each chromosome. A library with differentially labeled normal samples was built to select the superior and inferior limits for chromosomal gains and losses. Genomic losses were more frequently observed than gains. The comparison among all tumor samples showed common chromosomal imbalances and also exclusive genomic alterations related to the different histological tumor types. Non-random genomic regions involved in pleomorphic adenomas and Warthin´s tumors were investigated in databases in order to select candidate genes that could be related to the etiology of these tumors. The NEDD9 (6p24-p25), PPARG (3p25) and c-MYC (8q24.21) genes were selected and the gene transcript levels were evaluated by quantitative real time PCR (qRT-PCR) in PA samples. In accordance to the HR-CGH results, it was observed high transcript levels of NEDD9 in 17 out of 37 PA; low levels of PPARG was detected in 11 out of 36 samples; and high levels... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-21Bitstream added on 2014-06-13T19:54:00Z : No. of bitstreams: 1 moraes_ce_me_botib_parcial.pdf: 160847 bytes, checksum: e1fbd72efec3c35b64a2af0a0589e554 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-05-28T14:25:06Z: moraes_ce_me_botib_parcial.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-05-28T14:26:11Z : No. of bitstreams: 1 000695380.pdf: 531611 bytes, checksum: 33724e2ee839154fda10d1a7a97cea49 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Na maioria dos eucariotos, proteínas que ligam aos telomeros, tais como POT1 e TRF2 apresentam papéis cruciais na biologia dos telômeros, interagindo com vários outros reguladores dos telômeros para garantir a manutenção adequada dos mesmos e ainda formam complexos de ordem maior, conhecido como telosome ou shelterin. Os telômeros de Leishmania spp. são compostos por repetições conservadas TTAGGG e são mantidos pela telomerase. A base do complexo de proteínas teloméricas de Leishmania é formado pelas proteínas LaRPA-1 e LaRbp38, que ligam vitro e in vivo, com alta afinidade a DNA telomérico simples fita rico em G, e por proteínas que interagem com a região de DNA telemérico dupla fita, como a proteína recentemente descrita, homólogo de TRF. O genoma de Leishmania spp., como outros tripanossomatídeos, não tem muitas das proteínas conservadas que ligam a simplesfita teloméricos encontrada em eucariontes, tais como os homólogos da proteína CDC13 e POT1. Portanto, nós especulamos que o homólogo de RPA-1 de Leishmania pode desempenhar as mesmas funções como POT1/CDC13 nos telômeros do parasita, embora possa se ligar ao DNA telomérico simples fita com alta afinidade e de forma independente de seqüência. LaRPA-1, juntamente com a proteína multifuncional LaRbp38, que também interage com uma ampla gama de seqüências rico em GT, incluindo os telômeros, parece fazer parte de um complexo telomérico parasita que se assemelha ao complexo CST recentemente descrito. O complexo CST está sendo considerado um segundo modo de proteger os telômeros presentes em umavariedade de espécies, com exceção de leveduras de brotamento, e é constituído principalmente por proteínas RPA-like. Neste estudo, nós usamos diferentes abordagens para demonstrar que LaRPA-1 interage com o LaRbp38 e com a... / In most eukaryotes, telomere binding proteins such as POT1 and TRF2 play crucial roles in telomere biology by interacting with several other telomere regulators to ensure proper telomere maintenance and to form high order complexes known as telosome or shelterin. Leishmania spp. telomeres are composed by the conserved TTAGGG repeats which are maintained by telomerase. The basic Leishmania telomeric protein complex is formed by the proteins LaRPA-1 and LaRbp38, which bind in vitro and in vivo, with high affinity, to the G-rich single-stranded DNA, and by proteins that interact with the double-stranded region of telomeres such as the recently described TRF homologue. The Leishmania spp. genome, like other trypanosomatid, lacks many of the conserved single-stranded telomeric proteins found in other eukaryotes, such as the CDC13 and POT1 protein homologues. Thus, we speculate that the Leishmania RPA-1 homologue may play the same roles as POT1/CDC13 at parasite telomeres, although it can also bind to other single-stranded DNA with high affinity and in a sequence-independent manner. LaRPA-1 together with the multifunctional LaRbp38 protein, which also interacts with a wide range of GT-rich sequences, including telomeres, seems to form part of a parasite telomeric complex that resembles the recently described CST complex. The CST complex is being considered a second telomere capping mode occurring in a broad variety of species, except budding yeast, and is mainly formed by RPA-like proteins. In this report we used different approaches to show that LaRPA-1 interacts with both LaRbp38 and with telomerase, and that these protein:protein interactions seem to occur in a cell-cycle independent manner. In addition, LaRPA-1 partially co-localizes with both proteins, probably... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-06-05Bitstream added on 2014-06-13T19:21:40Z : No. of bitstreams: 1 ferreira_dc_dr_botib.pdf: 7342126 bytes, checksum: f60231df4de70ed801aa7a9d087f9671 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Uma grande fração do genoma dos eucariotos é constituída de sequências repetitivas, que estão divididas em duas classes. Na primeira classe estão as sequências repetidas em cadeia, (satélites, minissatélites e microssatélites) e na segunda estão as sequências repetidas dispersas, que podem ser divididas em transposons e retrotransposons. Poucos estudos têm sido realizados acerca dessas sequências para elucidar sua função no genoma, que até pouco tempo eram conhecidas como DNA egoísta ou lixo. Porém, estudos recentes tem revelado que essas sequências estão envolvidas na diferenciação cromossômicas sexuais e na organização funcional e estrutural do genoma, além dessas sequências repetitivas constituírem bons marcadores cromossômicos. A subfamília Hypoptopomatina é caracterizada citogeneticamente por apresentar-se conservada quando ao número diplóide, que é de 2n=54 cromossomos para a maioria das espécies analisadas e uma distribuição da hetecocromatina bastante heterogênea, o que torna as espécies dessa subfamília bastante interessantes para os estudos das sequências repetidas, uma vez que essas sequências se localizam preferencialmente em regiões heterocromáticas. No presente trabalho foi estudada a localização de sequências repetidas dispersas Rex1, Rex3 via PCR em quatorze espécies da subfamília Hypoptopomatinae e do elemento disperso HLBa isolado do genoma de Hisonotus leucofrenatus por digestão enzimática. Os elementos Rex1 e Rex3 apresentaram-se conservados no genoma da subfamília Hypoptopomatinae, bem como em espécies distantes filogeneticamente. Tanto Rex1 e Rex3 quanto HLBam se encontram dispersos no genoma, porém este forma blocos em regiões heterocromáticas. Além disso, foi isolado o satélite PTHind do genoma de Pseudotocinclus tientensis, que encontra-se exclusivamente no genoma da espécie isolada, constituindo... / A great fraction of eukaryotic genomic is based on repeated sequences, which are divided in two classes. The first are in tandem (satellites , minisatellites and micro satellites and in the second class are diverse repeated sequences, that can be divided in transposons and retrotransposons. Only few studies had been conducted with these sequences to bring into the light its genomic function, known by the moment as selfish DNA or junk DNA. However, the few researches conducted may indicate that these sequences are related to sexual chromosome deferential and functional and structural genomic organization. In addition, repeated sequences can be used as effective chromosome markers. The subfamily Hypoptopomatinae's cytogenetic characteristics are the conservation of diploid number, which are 2n=54 chromosomes and heterogenic heterochromatic distribution. Based on that, the species of this subfamily became very interesting for analyze and study repeated sequences and also by the fact of these sequences are mostly located in heterochromatic regions. In the present study, Rex1 and Rex3 dispersed repeated sequences were isolated by PCR in fourteen species of Hypoptomatinae subfamily and the dispersed HLBam element was isolated in Hisonotus leucofrenatus genomic by enzymatic digestion. The Rex1 and Rex3 elements are conserved in Hypoptopomatinae subfamily genomic, likewise in phylogenetic distant species. Either Rex1, Rex3 or HLBam are dispersed in genomic, however, in block form inside heterochromatic regions. Moreover, the PTHind satellite was isolated from Pseudotocinclus tientensis genomic, which is exclusively encountered in the genomic of this isolate specie and may be a good marker for the specie. Additionally, sex-specific sequences were isolated by the AFLP technique from the genomic of Hisonotus leucofrenatus females. In Hypoptopomatinae subfamily the major part of current... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-06-22Bitstream added on 2014-06-13T18:43:17Z : No. of bitstreams: 1 cirilo_pdr_dr_botib.pdf: 2873503 bytes, checksum: 06b74e385e7fd210048df1e8507c7dda (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os Leiomiomas Uterinos (LU) são os tumores benignos mais comuns do trato genital feminino afetando entre 25-30% das mulheres em idade reprodutiva. Embora com etiologia pouca conhecida, estes tumores constituem um importante problema de saúde pública, sendo a principal indicação para histerectomia. Aproximadamente 40- 50% dos LU apresentam anormalidades citogenéticas não randômicas, portanto, a outra metade pode conter alterações submicroscópicas, como as alterações no número de cópias de DNA (CNVs). Estudos de expressão gênica globais têm revelado o envolvimento de genes que participam das vias de proliferação e ciclo celular, do ácido retinóico, sinalização TGF-beta e IGF-1 em resposta ao estrógeno e a progesterona. Entretanto, poucos genes mapeados em regiões de CNVs foram diretamente associados com o desenvolvimento dos LU. O objetivo deste estudo foi investigar alterações no número de cópias de DNA em pacientes com LU múltiplos e únicos. Utilizando a técnica de CGH array, foram avaliadas 80 amostras de LU obtidas de 56 pacientes. O perfil de expressão gênica global foi investigado em 51 amostras com o objetivo de identificar genes diferencialmente expressos em relação ao miométrio adjacente (MM). Posteriormente, os dados genômicos e transcriptômicos foram integrados com o objetivo de identificar CNVs funcionais que possam estar associadas ao fenótipo tumoral, sendo esta análise importante para a descrição de novos marcadores moleculares e possíveis alvos terapêuticos. Amostras de DNA e RNA foram obtidas dos LU e MM de pacientes nas fases proliferativa e secretora do ciclo menstrual. As 80 amostras de DNA tumoral e DNA referência universal foram digeridas, marcadas e hibridadas em lâminas Agilent Human 4x44K CGH Microarrays. Os dados foram... / Uterine leiomyomas (UL) are the most common benign tumors affecting between 25- 30% of women in reproductive age. Although little is known about its etiology, these tumors represent a major problem in public health being the main indication for hysterectomy. About 40-50% have nonrandom cytogenetic abnormalities, thus half of these tumors may have submicroscopic alterations, as well as copy number variations (CNVs). Global gene expression studies have shown genes that act in proliferation and cell cycle process, retinoic acid, TGF-beta and IGF-1 signaling in response to estrogen and progesterone. However, few genes mapped at CNVs regions were directly associated with the UL development. The aim of this study was to investigate DNA copy number alterations in patients with multiple and unique UL. For this, the CGH array technique was employed in 80 samples obtained from 56 patients. The global gene expression profile was investigated in 51 samples to identify differentially expressed genes in relation to adjacent myometrium (MM). In order to identify functional CNVs that might be associated with tumor phenotype, the genomic and transcriptomic data were evaluated using integrative analysis, which is crucial to describe new molecular markers and putative therapeutic targets. DNA and RNA samples were obtained from UL and MM of patients in the proliferative and secretory menstrual cycle phases. Eighty DNA samples and reference DNA were digested, labeled and hybridized in Agilent Human CGH Microarrays 4x44K slides. Data were analyzed by Nexus v5.0 with the Rank Segmentation algorithm and 1.00 E-4 threshold. The classification of nonrandom CNVs (P ≤ 0.05) was the presence in more than 10% cases and exclusion of CNVs detected in more than 5% of the population... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-03-01Bitstream added on 2014-06-13T21:03:47Z : No. of bitstreams: 1 pereirajunior_hrj_dr_botib.pdf: 1684166 bytes, checksum: 2f23cdb28a2397afd8b1cdb49d47d88e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A Ordem Xenarthra é uma ordem de mamíferos placentários composta por três formas viventes: tamanduás, tatus e preguiças arborícolas. É originária da América Sul e tem como distribuição geográfica o centro sul da América do Norte até o extremo sul da América do Sul. A Ordem possui trinta espécies viventes divididas em quatro famílias: Dasypodidae formada pelos tatus, com vinte e uma espécies, Myrmecophagidae (tamanduás) com quatro espécies, Bradypodidae (preguiças de três dedos) com quatro espécies e Megalonychidae (preguiças de dois dedos) com duas espécies. As espécies Priodontes maximus (tatu-canastra), Tolypeutes tricinctus (tatu-bola da caatinga), Bradypus torquatus (preguiça de coleira) e Myrmecophaga tridactyla (tamanduá-bandeira) estão classificadas como vulneráveis pela IUCN (International Union of Conservation), sendo a preguiça de coleira e o tatubola da caatinga endêmicos do Brasil. A maioria dos xenartros possui uma constituição cariotípica que varia de 48 até 65 cromossomos, exceto a espécie Tolypeutes matacus com 2n=38 cromossomos. Das trinta espécies conhecidas atualmente, apenas dezenove tiveram seu cariótipo descrito ou relatado. Os xenartros apresentam uma ampla gama de eventos cromossômicos, como fusão / fissão entre as espécies do gênero Cabassous, Choloepus e Bradypus e na família Myrmecophagidae, eventos de rearranjos cromossômico no gênero Dasypus e a combinação de ambos no gênero Chaetophractus. A presente tese está dividida em quatro capítulos: 1 revisão bibliográfica sobre os dados cromossômicos na Ordem Xenarthra; 2 descrição do cariótipo da espécie Cabassous unicinctus; 3 descrição uma nova espécie do gênero Tamandua; 4 análise da evolução cromossômica da Ordem Xenarthra, utilizando abordagem filogenética. / Not available.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-08-29Bitstream added on 2014-06-13T20:43:01Z : No. of bitstreams: 1 costa_faa_dr_botib.pdf: 1521814 bytes, checksum: c9fb42a6157ca06307697af663f256e9 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O presente estudo teve o intuito de isolar e caracterizar transcritos diferencialmente expressos em espécies de peixes, visando contribuir com novos dados genéticos acerca deste grupo basal de vertebrados. Desta forma, diferentes análises foram realizadas em Leporinus macrocephalus (piauçu) (Characiformes, Anostomidae), espécie de peixe que representa um importante recurso alimentar que tem sido intensamente explorado na aqüicultura subtropical e que apresenta um sistema de determinação sexual ZZ/ZW, e também em Danio rerio (zebrafish) (Cypriniformes, Cyprinidae), um organismo modelo já bem estabelecido em diferentes áreas da pesquisa científica. Os resultados indicaram que: (1) As α-actinas esqueléticas de tecido muscular branco e vermelho parecem ser genética e funcionalmente distintas não somente em L. macrocephalus como também em outras espécies de peixes, característica que, até o momento, não foi encontrada em outro grupo de vertebrados. Além disso, as características de cada tipo de actina podem ser relacionadas às demandas energéticas dos tecidos musculares branco e vermelho; (2) Um expressão dimórfica entre machos e fêmeas ocorre em tecido cerebral de L. macrocephalus, relacionada ao gene que codifica a proteína APBA2 (amyloid beta (A4) precursor protein-binding, family A, member 2), que está associada à produção da proteína β-amilóide a qual, por sua vez, é relacionada à doença de Alzheimer; (3) A estrutura do gene fabp6 (fatty acid-binding protein 6) de D. rerio é similar à maioria dos outros membros da família multigênica fabp de outros vertebrados, e sua distribuição tecidual em embriões, larvas e adultos da espécie também é similar à encontrada em outros organismos, especialmente mamíferos; (4) Os genes que codificam a proteína p300 (E1A binding protein p300) e a proteína ADCY2 (adenilato ciclase 2) representam dois... / The present study intent to isolate and characterize differentially expressed transcripts in fish species in order to contribute to new genetic data on this basal vertebrate group. Therefore, different analyses were performed in Leporinus macrocephalus (piauçu) (Characiformes, Anostomidae), a fish species that represents an important food resource that has been intensively exploited in the subtropical aquaculture and that presents a ZZ/ZW sex determination system, and also in Danio rerio (zebrafish) (Cypriniformes, Cyprinidae), a well-established model organism in different areas of scientific research. The results indicated that: (1) The α-skeletal actins from white and red muscle tissues appear to be somewhat genetically and functionally distinguishable not only in L. macrocephalus but also in other fish species, a feature that was not found in other vertebrate groups so far. Moreover, the characteristics of each actin type could be related to the energetic demands of white and red muscle tissues; (2) A sexually dimorphic gene expression occurs in brain tissue of males and females of L. macrocephalus related to the gene that codes for the protein APBA2 (amyloid beta (A4) precursor protein-binding, family A, member 2), that is associated to the production of the β- amyloid protein which, in turns, is related to the Alzheimer disease; (3) The fabp6 (fatty acid-binding protein 6) gene structure of D. rerio is similar to most of the other members of the multigenic fabp family of other vertebrates, and its tissue distribution in embryos, larvae, and adults of the species is also similar to the one found in other organisms, specially mammals; (4) The genes that code for the protein p300 (E1A binding protein p300) and for the ADCY2 protein (adenylate cyclase 2) represent two candidate differentially expressed genes among nontransgenic and growth hormone (GH)-transgenic homozygote... (Complete abstract click electronic access below)