Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-06-22Bitstream added on 2014-06-13T20:43:08Z : No. of bitstreams: 1 solferini_ob_dr_jabo.pdf: 831219 bytes, checksum: 8fb75851e0b99135423762906da0a577 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As correlações entre os componentes das dimensões do grão e do embrião, corn o caráter alto óleo, no grão de milho, foram obtidas a partir de 250 linhagens de milho com diferentes teores de óleo, tendo como objetivo encontrar a melhor variável para seleção indireta e com a maior resposta correlacionada para o caráter porcentagem de óleo no grão de milho. As correlações genotípicas entre os caráters foram desdobrados em efeitos diretos e indiretos, via análise de trilha. Os caracteres com as maiores correlações foram os componentes da dimensäo do embrião e, dentre estes, o comprimento do embrião foi o que obteve a maior correlação direta e indireta e forneceu a resposta correlacionada mais próxima da seleção direta no caráter porcentagem de óleo no grão. As 315 linhagens irmãs de milho com diferentes teores de óleo no grão, produzidas pela técnica de duplo haplóides, foram testadas em sete ensaios avaliados dentro de seis ambientes no Brasil Central de forma balanceada e não balanceada. Foram avaliadas três metodologias para a estimativa dos parâmetros genéticos, a metodologia tradicional, a metodologia REML/BLUP com variância homogênea (BLUP Homo), a metodologia RML/BLUP com variância heterogênea (BLUP Hetero). A metodologia BLUP Homo estimou os mesmos valores das variâncias genética, da interação genótipo por ambiente, do erro e da herdabilidade que a metodologia tradicional quando os dados foram balanceados. BLUP Hetero apresentou menor estimativa da variância da interação genótipo por ambiente, maior estimativa da variância genética e maior estimativa da herdabilidade. As metodologias BLUP Homo e BLUP Hetero mostraram maior poder de discriminação das estimativas da porcentagem de óleo nos grãos. A metodologia BLUP Hetero apresentou as menores estimativas do desvio... / The feed and oil industries have a very high expectation towards High Oil Corn. Corn breeding programs focused in developing high oil varieties have improved primarily in temperate regions. There is a lack of information about high oil corn in tropical areas and with tropical germplasm. Three hundred and fifteen inbred lines developed from a cross between two contrasting inbred lines for percentage of oil in the grain were tested as top-crosses in seven trials evaluated inside six environments in Central Brazil in a balanced and non balanced situation as the trials were planted in four locations. Three methodologies were evaluated to estimate the genetic parameters, the traditional methodology, the REML/BLUP methodology with homogeneous variance, and the REML/BLUP with heterogeneous variance. The REML/BLUP with homogeneous variance had estimated the same values for genetic variance, genotype by environments interaction variance, error variance and the heritability estimate when compared with traditional methodology with balanced data. The REML/BLUP with heterogeneous variance have shown small estimate of the genotype x environment variance, higher estimative of the genetic variance and a higher estimate of heritability. The REML/BLUP with homogeneous variance and REML/BLUP with heterogeneous variance have shown higher power in discriminating the estimate. The REML/BLUP with heterogeneous variance has shown the lowest standard deviation indicating a higher power in separating the estimate when compared with the others methods tested. The replacement of the selected genotypes by the traditional methodology of genotypes selected by the methodologies REML/BLUP with homogeneous and heterogeneous variance have been due to the lower estimative of the error variance inside and in between... (Complete abstract click electronic access below)

Orientadora : Profª. Drª. Lupe Furtado-Alle / Coorientadora : Drª Luciane Viater Tureck / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 31/03/2017 / Inclui referências : f. 85-88 / Resumo: A maioria dos casos de obesidade e de dislipidemias possui origem complexa, pois é resultante da interação entre fatores genéticos e ambientais. Diversos genes têm sido relacionados com a susceptibilidade a estas doenças, incluindo variantes alélicas dos genes FTO, ABCA1, ABCA7 e ABCG1. Desse modo, o objetivo deste trabalho foi verificar se há influência de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) destes genes em variáveis relacionadas à obesidade e ao perfil lipídico em mulheres obesas e avaliar o efeito destes SNPs na mudança destas variáveis em resposta a uma dieta de restrição calórica. Para isso, foi coletado sangue de 211 mulheres obesas para análises bioquímicas (níveis de triglicerídeos - TG, colesterol total - CT, HDL-c, LDL-c e VLDL) e genotípicas, além de medidas antropométricas (índice de massa corporal - IMC, circunferência da cintura - CC, e circunferência abdominal - CA), antes e depois de uma dieta com redução de 600Kcal por dia. As amostras foram genotipadas por ensaio de discriminação alélica TaqMan® e posteriormente foram feitas análises estatísticas. Como resultado, as mulheres portadoras do alelo A do SNP rs9939609 (FTO) apresentaram uma menor redução de CA e maior redução dos níveis de HDL-c em resposta à dieta. As portadoras do alelo A do SNP rs1800977 (ABCA1) perderam menos IMC após a intervenção do que as não portadoras. As portadoras do genótipo TT do SNP rs2230806 (ABCA1) reduziram mais seus níveis de CT em resposta a dieta do que as portadoras do genótipo GG. Além disso, o alelo T foi mais frequente que o alelo C no grupo de mulheres com níveis de HDL-c maiores e níveis de LDL-c menores. As portadoras do genótipo GG do SNP rs2279796 (ABCA7) apresentaram níveis de CT e LDL-c maiores. Além disso, o alelo G foi mais frequente no grupo de mulheres com nível de CT e LDL-c maiores. Na resposta a intervenção dietética, as portadoras do genótipo GG aumentaram os níveis de TG e VLDL. As portadoras do alelo G do SNP rs692383 (ABCG1) apresentaram IMC maior, menor redução da CA em resposta a dieta e, em contrapartida, níveis de TG e VLDL menores e uma redução menor nos níveis de HDL-c. As portadoras do alelo A do SNP rs3827225 (ABCG1) tiveram uma maior redução de CA que as não portadoras, porém apresentaram um aumento maior nos níveis de LDL-c após a intervenção dietética. Esses resultados são indicativos de que possivelmente o alelo T do SNP rs2230806 (ABCA1) está associado com o efeito de proteção contra doenças cardiovasculares, pelos seus efeitos nos níveis de lipídeos séricos. Outrossim, o alelo G do SNP rs2279796 (ABCA7) pode estar conferindo um risco para doenças cardiovasculares, assim como o alelo A do SNP rs9939609 (FTO) sobre uma maior dificuldade em reduzir a CA e pela maior perda de HDL-c. Palavras-chave: Obesidade. Mulheres obesas. Intervenção dietética. Perfil lipídico. Gene FTO. Transportadores ABC. Estudo de associação. / Abstract: Obesity and dyslipidemias, in the majority of cases, have complex origin, as they result from the interaction between genetic and environmental factors. Many genes have been related to the susceptibility for these diseases, including FTO, ABCA1, ABCA7 and ABCG1 gene variants. Thus, the aim of this study was to verify if single nucleotide polymorphisms (SNPs) of these genes influence variables related to obesity and lipid profile in obese women and evaluate the effect of these SNPs in the variation of the variables in response to a calorie restriction diet. Thereunto, blood of 211 obese women was collected for biochemical (triglycerides - TG, total cholesterol - TC, HDL-c, LDL-c and VLDL levels) and genotypic analyses, besides anthropometric measures (body mass index - BMI, waist circumference - WC and abdominal circumference - AC), before and after a dietetic intervention with reduction of 600kcal per day. The samples were genotyped by allelic discrimination assay TaqMan® and analyzed statistically. As result, women carrying rs9939609 SNP (FTO) allele A had a lower AC reduction and a greater reduction of HDL-c levels in response to diet. A allele carriers of rs1800977 SNP (ABCA1) lost less BMI after intervention than non-carriers. TT genotype carriers of rs2230806 SNP (ABCA1) reduced more their TC levels than GG genotype carriers in response to diet. In addition, the T allele was more frequent than C allele in the group of women with higher HDL-c levels and lower LDL-c levels. GG genotype carriers of rs2279796 SNP (ABCA7) had higher TC and LDL-c levels. In addition, the G allele was more frequent in the group of women with higher TC and LDL-c levels. In response to dietary intervention, GG genotype carriers increased TG and VLDL levels. G allele carriers of rs692383 SNP (ABCG1) had higher BMI and lower AC reduction in response to diet but, on the other hand, lower TG and VLDL levels and a lower reduction in HDL-c levels. A allele carriers of SNP rs3827225 SNP (ABCG1) had a greater reduction in AC than non-carriers, but they had a higher increase in LDL-c levels after dietary intervention. These results are indicative that possibly T allele of rs2230806 SNP (ABCA1) is associated with the protective effect against cardiovascular diseases by their effects on serum lipid levels. In addition, the G allele of rs2279796 SNP (ABCA7) possibly is conferring a risk for cardiovascular diseases, as well as the A allele of rs9939609 SNP (FTO) on a greater difficulty in reducing AC and the greater loss of HDL-c. Keywords: Obesity. Obese women. Dietetic intervention. Lipid profile. FTO gene. ABC transporters. Association study.

Orientadora : Profª. Drª. Chirlei Glienke / Coorientadora : Prof. Dr. Holger Bruno Deising / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 30/05/2017 / Inclui referências e anexos / Bibliografia: f. 91-100 / Resumo: O Brasil destaca-se por ser o terceiro maior produtor mundial de milho, entretanto, apesar desta alta produtividade, esta cultura é afetada por um grande número de doenças. Estas doenças acarretam em perdas na produção, sendo a antracnose uma das doenças fúngicas com maior relevância, de distribuição mundial. O fungo responsável pela antracnose é o Colletotrichum graminicola. Em estudos funcionais de genes associados a virulência e patogenicidade nesta espécie, foi demonstrado que o processo de penetração na planta é atenuado em transformantes com mutação ou deleção dos genes allantoicase e/ou urease (MÜNCH et al, 2011, GLIENKE et al, 2015). Com base nesses trabalhos sugere-se que as enzimas allantoicase e urease são importantes para os estágios iniciais do processo de infecção no hospedeiro por C. graminicola. A fim de determinar em que estágio do desenvolvimento do fungo e onde essas enzimas celulares atuam neste fitopatógeno, foram obtidos e analisados mutantes de C. graminicola para os genes urease e allantoicase (ALA1:eGFP e URE1:eGFP), os quais apresentam fusão dos genes alvo com o gene repórter eGFP. Os mutantes foram caracterizados, sendo selecionados somente aqueles que apresentavam cópia única do cassete inserido no local correto e fluorescência em microscopia. Todos os mutantes apresentando essas características, assim como três ectópicos referentes a cada transformação foram avaliados quanto aos sintomas produzidos em folhas de milho destacadas, localização subcelular através do gene repórter, quanto ao crescimento em meio de cultura com restrição de nitrogênio, bem como a atividade das enzimas urease e allantoicase. Com base nos resultados de microscopia de fluorescência, sugere-se que as enzimas urease e allantoicase estão presentes principalmente no citoplasma de esporos de C. graminicola antes da germinação e formação de apressório, sendo que a fluorescência é fortemente reduzida nos estágios iniciais do processo de infecção, ou seja, em tubos germinativos, em hifas de penetração e biotróficas. Nenhuma fluorescência foi observada em hifas necrotróficas do fungo. Palavras-chave: Zea mays, Colletotrichum graminicola, eGFP, urease, allantoicase. / Abstract: Brazil is the third largest producer of maize in the world, however despite this productivity, the culture is affected by a large number of diseases, which lead to losses in production. Anthracnose is one of the main fungal diseases and has a worldwide distribution. The fungus responsible for the anthracnose disease is Colletotrichum graminicola. In functional studies of genes associated with virulence and pathogenicity processes in this specie, it has been shown that the plant penetration process is attenuated in transformants with mutation or deletion of allantoicase and/or urease genes (GLIENKE et al, 2015; MÜNCH et al, 2011). Based on these studies, it is suggested that the enzymes allantoicase and urease are important to the initial penetration stages for C. graminicola. To determine the development stage and the cellular location these enzymes act in this pathogen, the objective was to obtain and analyze C. graminicola mutants (ALA1:eGFP and URE1:eGFP) with fusion of the target genes, allantoicase and urease, with the reporter gene eGFP. The mutants were characterized and only those which presented a single copy of the construct in the right position and fluorescence in microscopy were selected. All the selected mutants and three ectopics for each gene were evaluated by produced symptoms in detached maize leaves, cellular localization through the reporter gene, ability to grow in nitrogen limitation medium, as well as the enzymes activity for urease and allantoicase gene. Based on the results, we conclude that the enzymes urease and allantoicase are present mainly in the cytoplasm of the C. graminicola conidia before germination and appressoria formation, the fluorescence is severely reduced in the initial stage of infection, i.e. in germ tube and biotrophic and penetration hyphae. No fluorescence was observed in necrotrophic hyphae of C. graminicola. Keywordse: Zea mays, Colletotrichum graminicola, eGFP, urease, allantoicase.

Orientador : Prof. Dr. Ricardo L. R. de Souza / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 21/07/2017 / Inclui referências : f. 50-61 / Resumo: A doença de Alzheimer (DA) e a forma de demência mais comum, afetando cerca de 44 milhões de pessoas em todo o mundo. A DA e uma doença neurodegenerativa, caracterizada por deposição extracelular do peptídeo ?- amiloide e a formação intracelular de emaranhados neurofibrilares. Recentemente, a neuroinflamação surgiu como um componente importante da patologia da DA e diversos genes inflamatórios já foram associados a DA. Níveis elevados de citocinas e interleucínas inflamatorias foram encontrados em pacientes com DA. A supereexpressão desses mediadores e critica para o inicio do processo inflamatório e medeia a expressão de genes vários genes inflamatórios. O principal objetivo do estudo foi analisar associação entre polimorfismos dos genes TLR6, TLR2, NEK7, IL- 18, IL-1B, NLRP10 e COL4A1, e susceptibilidade a DA, e associação com outras variáveis cognitivas da DA, atraves estudo de associação caso-controle. Um total de 152 pacientes com DA e 120 controles foram incluídos no estudo. Todos os polimorfismos foram genotipados usando a plataforma Sequenom MassARRAY iPLEX. Foram encontradas associações entre o polimorfismo rs6531669 (TLR6) e susceptibilidade a DA, idade de inicio e MMSE; o polimorfismo rs13105517 (TLR2) encontrou-se associado com susceptibilidade a DA, e MMSE; rs9919613 (NLRP10) foi associado com a susceptibilidade a DA, idade de inicio e gravidade da doença; foram encontradas associações entre o polimorfismo rs1143643 (Il-1B) e idade de inicio e gravidade da doença; o polimorfismo rs613430 (COL4A1) encontrou-se associado a gravidade da doença. Em conclusão, o nosso estudo sugere que o TLR6, TLR2 e NLRP10 são genes candidatos para a patogênese da DA, e que esses genes e os genes IL-1B e COL4A1, estão associados a idade de inicio e outras variáveis cognitivas da doença. Palavras-chave: Doença de Alzheimer, inflamação, TLR2, TLR6, IL-1B, NLRP10, COL4A1. / Abstract: Alzheimer's disease (AD) is the world's most common form of dementia, affecting over 44 million people worldwide. AD is a neurodegenerative disease, characterized by extracellular deposition of amyloid-? peptide and the intracellular formation of neurofibrillary tangles. During the last few years, neuroinflammation has been pointed out as an important component of AD pathology and several inflammation-related genes have already been associated with AD. Elevated levels of inflammatory cytokines and interleukins have been found in AD patients. Overexpression of these mediators is critical for the onset of the inflammatory process and mediates the expression of inflammation-related genes. Here we performed a case-control association study to evaluate the association between TLR6, TLR2, NEK7, IL-18, IL-1B, NLRP10, and COL4A1 genetic polymorphisms, and AD susceptibility, and association with other AD cognitive variables. A total of 152 AD patients and 120 controls were included in the study. All the polymorphisms were genotyped using the Sequenom MassARRAY iPLEX Platform. rs6531669 (TLR6) was found to be associated with AD susceptibility, age of onset, and MMSE; rs13105517 (TLR2) was found to be associated with AD susceptibility, and MMSE; rs9919613 (NLRP10) was found to be associated with AD susceptibility, age of onset, and disease severity; rs1143643 (Il-1B) was found to be associated with age of onset, and disease severity; rs613430 (COL4A1) was found to be associated with disease severity. In conclusion, our study suggests that TLR6, TLR2 and NLRP10 are candidate genes for AD pathogenesis, and that these genes and IL-1B and COL4A1 are associated with AD onset and other cognitive variables. Key-words: Alzheimer's disease, inflammation, TLR2, TLR6, IL-1B, NLRP10, COL4A1.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2012-05-24T13:53:15Z No. of bitstreams: 1 2012_JoseRenatoChagasBarbosa.pdf: 1277812 bytes, checksum: b47707cefadd08242dc4dbfa65ab7096 (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2012-05-25T11:33:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_JoseRenatoChagasBarbosa.pdf: 1277812 bytes, checksum: b47707cefadd08242dc4dbfa65ab7096 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-05-25T11:33:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_JoseRenatoChagasBarbosa.pdf: 1277812 bytes, checksum: b47707cefadd08242dc4dbfa65ab7096 (MD5) / Os térmitas apresentam indivíduos morfologicamente distintos, as castas, que realizam atividades específicas na colônia. Os padrões de diferenciação de castas variam entre famílias, gêneros e até entre espécies. Esse trabalho teve como objetivo determinar o padrão de diferenciação de castas da espécie Serritermes serrifer (Isoptera: Serritermitidae). Foram coletadas quatro colônias em 2010 e 2011, sendo os indivíduos submetidos a uma análise morfométrica, onde foram utilizadas 11 medidas. Foi realizada, posteriormente, a análise dos componentes principais, de acordo com esses parâmetros. Para a sexagem, os indivíduos foram corados com carmin clorídrico. A espécie apresentou dois ínstares larvais, três ínstares de pseudergates, pré-soldado e soldado. Na formação dos alados, foram encontrados dois ínstares de ninfas. Não foram encontrados indivíduos em muda, não sendo possível determinar a partir de qual ínstar de pseudergate são formados os soldados e as ninfas. A variável comprimento da cabeça (CC) foi a que mais respondeu pelas variações na formação dos soldados, enquanto que as larguras do mesonoto (LMS) e do metanoto (LMT) foram mais importantes na separação das ninfas. Foi observada uma proporção maior de indivíduos do sexo masculino, porém não foi verificado dimorfismo sexual em nenhum dos ínstares analisados. O padrão de castas da espécie S. serrifer corrobora o padrão de Glossotermes oculatus, mesclando características primitivas e derivadas, sendo semelhante ao descrito para algumas espécies de Rhinotermitidae. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Termites show morphologically distinct individuals which perform specific activities within the colony. The patterns of caste differentiation vary among families, genera and even between species. This study aimed to describe the process of caste differentiation in Serritermes serrifer species (Isoptera: Serritermitidae). Four colonies were collected between 2010 and 2011, subjects underwent a morphometric analysis, where 11 measures were used. A principal component analysis was performed to all the parameters. For sexing, individuals were stained with carmine chloride. The colonies presented two larval instars, three instars of pseudergates, pre-soldiers and soldiers. Two instars of nymphs were found in the formation of the alates. No individuals molting were found and it was not possible to determine from which ínstar pseudergate soldiers and nymphs came from. The variable head length responded to most of the variations in soldier formation, while the mesonotum and metanotum widths were more important in the separation of nymphs. A higher proportion of males were observed, but sexual dimorphism was not observed in any of the instars analyzed. The standard varieties of the species S. serrifer corroborates the pattern of Glossotermes oculatus, mixing primitive and derived features, similar to that described for some species of Rhinotermitidae.

Dissertação (Mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, 2012. / Submitted by Sabrina Silva de Macedo (sabrinamacedo@bce.unb.br) on 2012-06-12T15:30:34Z No. of bitstreams: 1 2012_AnaCarolinaArcanjoSilva.pdf: 25358632 bytes, checksum: 230ef8eeebdc5f8ecac4c74b6c329a72 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-06-12T15:31:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_AnaCarolinaArcanjoSilva.pdf: 25358632 bytes, checksum: 230ef8eeebdc5f8ecac4c74b6c329a72 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-12T15:31:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_AnaCarolinaArcanjoSilva.pdf: 25358632 bytes, checksum: 230ef8eeebdc5f8ecac4c74b6c329a72 (MD5) / Teoricamente, regiões genômicas com grande importância funcional, como genes e regiões regulatórias, são as mais afetadas pela seleção natural. O MHC humano (6p23.1) é uma dessas regiões pois contém a maioria dos genes relacionados à regulação e ação do sistema imune em humanos. Neste trabalho foram escolhidos marcadores genéticos localizados no MHC humano de dois tipos – STRs, que apresentam alta taxa de mutação, e inserções Alu, com baixa taxa de mutação. Foram analisados165 indivíduos de duas populações, uma urbana com alto grau de miscigenação (Brasília, 105 indivíduos) e uma comunidade afroderivada remanescente de quilombo (Kalunga, 60 indivíduos). Estes foram genotipados em relação aos marcadores AluMICB, AluTF, AluHJ AluHG e AluHF (no MHC de Classe I), bem como para os microssatélites TNFa, TNFb, TNFc, TNFd, TNFe (no MHC de Classe III). Os fragmentos foram amplificados por meio de PCR e genotipados em gel de poliacrilamida a 6% (todos os Alu), gel de poliacrilamida desnaturante a 12% (TNFc) e eletroforese capilar em sequenciador automático ABI3130 (TNFa-e). Os dados obtidos foram analisados em três grupos: haplótipos Alu, haplótipos microssatélites e haplótipos contendo todos os 10 marcadores estudados, cujas inferências foram feitas com o algoritmo PHASE. Os marcadores TNFa e TNFd se mostraram fora do Equilíbrio de Hardy-Weinberg em ambas populações estudadas, mesmo após Correção de Bonferroni. Brasília e Kalunga apresentaram déficit global de heterozigotos. Em Kalunga o marcador AluHG apresentou excesso de heterozigotos mesmo sem estar fora do EHW, o que pode indicar ação de mecanismo evolutivo devido à sua proximidade com o gene HLA-G. Mesmo fora do EHW em Kalunga, o marcador TNFd não mostrou déficit ou excesso de heterozigotos, o que também pode indicar atuação de mecanismo evolutivo. Os haplótipos analisados mostraram diferenças de comportamento entre os tipos de marcadores moleculares. Conforme as análises feitas com base nos haplótipos Alu, as populações são similares e apresentam pouca diferenciação populacional, além de compartilharem os haplótipos mais frequentes. Para os haplótipos TNF, entretanto, as populações se mostram moderadamente diferentes e compartilham apenas 21 dos 190 haplótipos possíveis. O Teste de Neutralidade de Ewens-Watterson indicou desvio do esperado em condições de neutralidade para os loci TNFa, TNFb e TNFd isoladamente, mas não indicou desvio da neutralidade para nenhum dos conjuntos haplotípicos estudados. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Genetic markers are used in population genetics to address different questions, like genetic counseling or the understanding of evolutionary mechanisms. Especially, genetic markers located in important genomic regions, such as genes or regulatory sequences, are most commonly affected by natural selection. The human MHC (6p23.1) is a region of great importance due to the presence of genes related to action and regulation of the human immune system, thus, several studies have reported that natural selection might be acting in such region. In this work, two types of genetic markers were selected in the MHC region, one of them being Alu insertions, which have low rates of mutation; and the other being STRs, which have rather high mutation rates. 165 samples from two distinct populations, an urban admixed population (Brasília, 105 samples) and an afro-derived rural population (Kalunga, 60 individuals) were studied for the loci AluMICB, AluTF, AluHJ AluHG e AluHF (Class I MHC) and TNFa, TNFb, TNFc, TNFd, TNFe (Class III MHC). The fragments were amplified by PCR and genotyped in 6% polyacrylamide gel (Alu insertions), 12% denaturing polyacrylamide gel (TNFc) and capillary electrophoresis in an ABI3130 automatic sequencer (TNFa-e). Data were analyzed in three groups: Alu haplotypes, microsatellite haplotypes and haplotypes containing all loci here studied. The haplotypes were inferred with the PHASE algorithm. Both TNFa and TNFd loci departed from Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) in both populations, even after Bonferroni's Correction. Brasília and Kalunga showed global heterozigote deficit. AluHG showed heterozigote excess even in accordance with HWE, which may indicate influence of evolutionary mechanisms due to its proximity to HLA-G gene. Aside being apart of HWE in Kalunga, TNFd locus did not show excess or deficit of heterozigotes. The analyzed haplotypes showed behavioral differences among the two sets of markers. In the analysis based on the Alu haplotypes, both populations are similar and show little populational divergence. For the TNF haplotypes, however, both populations showed moderate differences and share only 21 of the 190 possible haplotypes. The Ewens-Watterson Neutrality test indicated that the TNFa, TNFb and TNFd loci do not behave neutrally when analyzed separately, but did not show departure of neutrality for any of the haplotypes analyzed.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2012. / Submitted by Luiza Silva Almeida (luizaalmeida@bce.unb.br) on 2013-07-25T17:29:21Z No. of bitstreams: 1 2012_CarolinaCelsoMeloPinheirodeVasconcelos.pdf: 1487786 bytes, checksum: 0dea6503a8dfda33313d5b662ef883c4 (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Maia(luanna@bce.unb.br) on 2013-07-26T13:39:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_CarolinaCelsoMeloPinheirodeVasconcelos.pdf: 1487786 bytes, checksum: 0dea6503a8dfda33313d5b662ef883c4 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-07-26T13:39:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_CarolinaCelsoMeloPinheirodeVasconcelos.pdf: 1487786 bytes, checksum: 0dea6503a8dfda33313d5b662ef883c4 (MD5) / A conservação dos recursos genéticos locais de ovinos é estratégica para contribuir na segurança alimentar da população de um país, seja na forma do fornecimento de produtos especializados com indicações de origem e/ou procedência geográfica seja na contribuição de combinações alélicas alternativas que poderão auxiliar programas de melhoramento e produção desenvolvidos para grupos genéticos especializados. Para isto, as informações sobre a genealogia dos rebanhos são críticas para se explorar o melhor potencial de cada raça e evitar problemas como aumento da endogamia e a erosão genética. Porém, como nem sempre essas informações estão disponíveis em parte do rebanho nacional, as ferramentas baseadas em marcadores moleculares podem ter papel fundamental para gerenciar programas de melhoramento ou conservação onde os registros genealógicos são escassos. Assim, o objetivo do presente trabalho foi desenvolver e testar um conjunto de marcadores de Base Única (Single Nucleotide Polymorphism – SNPs) para realizar testes de paternidade em ovelhas. Amostras de animais de três raças brasileiras de ovinos localmente adaptadas foram genotipadas com o chip contendo aproximadamente 50.000 marcadores SNP (SheepSNP50 Bead Chip, Illumina Inc., San Diego, CA) e, deste banco de dados, um painel de baixa densidade contendo 123 SNPs foi selecionado. Deste painel, 71 SNPs foram validados em uma amostra composta por 71 animais do Núcleo de Conservação da raça Crioula da Embrapa Pecuária Sul. Foi observado que 53 SNPs tiveram sucesso nas genotipagens e demonstraram níveis significativos de polimorfismo de forma que as probabilidades de exclusão combinadas obtidas apresentaram valores entre 88,8% a 99,9%. A partir do conjunto de SNPs genotipados, quatro sub-painéis foram definidos e testados e o sucesso na atribuição de paternidade, de acordo com informações de genealogia dos animais, variou entre 76 - 79%. Apesar do claro potencial dos marcadores selecionados, notou-se a necessidade de se aumentar o número de marcadores deste painel para elevar o poder de resolução nas análises. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The conservation of local sheep genetic resources is strategic to ensure food security through the offer of specialized products with geographic indication or certificate of origin as well as maintenance of alternatives for allelic combinations in relation to specialized genetic groups. Thus, information about the genealogy of the flocks is critical to exploit the potential of each breed and avoid problems such as inbreeding and genetic erosion. However, as the genealogical records are not always available, tools based on molecular markers can play a fundamental role in management of breeding programs. The objective of this study was to test a set of SNP markers (Single Nucleotide Polymorphism) to conduct paternity tests on sheep. Samples from three locally adapted Brazilian sheep breeds were genotyped ith a chip containing approximately 50.000 SNP markers (SheepSNP50 Bead Chip, Illumina Inc., San Diego, CA) and from this data bank a low density panel containing 123 SNPs was selected. Of these, 71 were validated on 71 Crioula sheep from the Conservation Nucleus, and 53 were successfully genotyped and showed significant levels of polymorphism. The combined probability of exclusion obtained showed values between 88.8% and 99.9% for paternity exclusion. From the set of SNPs genotyped, four sub-panels were defined based on analyzes of linkage disequilibrium (LD) and deviations from Hardy-Weinberg equilibrium. According to genealogy information, the success in paternity assignments by SNP ranged between 76 and 79% according to the panel used. Despite the potential, there was noted the need for increasing the number of selected markers, thus elevating the power of the analysis.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2013. / Submitted by Tania Milca Carvalho Malheiros (tania@bce.unb.br) on 2013-07-29T13:08:16Z No. of bitstreams: 1 2013_CatiaValderesSantosFariaLustosa_Parcial.pdf: 3115952 bytes, checksum: 57e3839be1f01cc4531234cdbb46186a (MD5) / Rejected by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br), reason: Tânia, Por favor, trocar o arquivo. Obrigada! Jacqueline on 2013-08-01T15:58:31Z (GMT) / Submitted by Tania Milca Carvalho Malheiros (tania@bce.unb.br) on 2013-08-06T13:44:14Z No. of bitstreams: 1 2013_CatiaValderesSantosFariaLustosa_Parcial.pdf: 3117212 bytes, checksum: b27339620776f31f8a6030cb8dbf3488 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-08-16T14:33:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_CatiaValderesSantosFariaLustosa_Parcial.pdf: 3117212 bytes, checksum: b27339620776f31f8a6030cb8dbf3488 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-08-16T14:33:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_CatiaValderesSantosFariaLustosa_Parcial.pdf: 3117212 bytes, checksum: b27339620776f31f8a6030cb8dbf3488 (MD5) / A vulnerabilidade de neurônios dopaminérgicos a insultos químicos continua sendo uma questão relevante na neuropatologia. Estudos anteriores revelam aumento dos níveis de interferon gama (IFN- ) e da enzima óxido nítrico sintase neuronal (nNOS) durante a injúria de células neuronais. Entretanto, até o momento, nenhum trabalho avaliou se a nNOS afeta a viabilidade de neurônios dopaminérgicos expostos ao IFN- . Para avaliar o papel da nNOS nas respostas celulares ao IFN- , o presente estudo realizou silenciamento gênico da enzima nNOS via interferência de RNA (RNAi) no modelo de neurodegeneração de células SH-SY5Y. Primeiro, analisou-se o conteúdo de RNAm de nNOS através de PCR em tempo real. Três RNAs interferentes sintéticos curtos foram testados nos tempos de 8h e 24h, em doses de 18,75nM e 37,5nM. Testou-se também um vetor de expressão de grampos curtos de RNA, denominado pnNOS_hum_4400 para o silenciamento da enzima. Os efeitos do silenciamento de nNOS sobre a viabilidade das células SH-SY5Y lesadas foram medidas via ensaio de 3-(4,5)-dimethylthiazol-2-y1)-2,5-diphenyltetrazolium bromide (MTT). O melhor efeito de silenciamento de nNOS ocorreu no tempo de 24h pós-transfecção para siRNAnNOShum_3987 e siRNAnNOShum_4400, com diminuição de 0,46 e 0,66 vezes. SiRNAnNOShum_4400 e o vetor pnNOS_hum_4400 aumentaram a viabilidade das células lesadas por IFN-y em 5,0 % e 15,8%, respectivamente. Conclui-se que a enzima nNOS participa de eventos celulares ligados à injúria de células SH-SY5Y causada pelo IFN- y. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The vulnerability of dopaminergic neurons to chemical insults remains a relevant issue in neuropathology. Previous studies found increased levels of interferon gamma (IFN- ) and the neuronal nitric oxide synthase enzyme (nNOS) during neuronal injury. No previous work, however, has evaluated whether nNOS affects the viability of dopaminergic neurons exposed to IFN- . To gain more insight into the role of nNOS in cell responses to IFN- , the present study carried out the enzyme gene silencing by RNA interference (RNAi) in the neuron-like SH-SY5Y model of neurodegeneration. We first analyzed the nNOS mRNA knocking down by using a reverse transcription real-time quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR). Three small interfering RNAs were tested at 8h and 24h in doses of 18.75nM and 37.5nM. We also tested a short-hairpin RNA expression vector named pnNOS_hum_4400 to improve enzyme knocking-down. nNOS silencing effects on the viability of injured SH-SY5Y cells were measured by the 3-(4,5)-dimethylthiazol-2-y1)-2,5-diphenyltetrazolium bromide (MTT) assay. The highest knocking down in nNOS mRNA content occurred at 24h post-transfection for siRNAnNOShum_3987 and siRNAnNOShum_4400, with 0.46 and 0.66 fold decrease. SiRNAnNOShum_4400 and the vector pnNOS_hum_4400 ameliorate the viability of cells injured by IFN- 5,0 % 15,8 % ely. We concluded that nNOS enzyme plays at least a partial role in SH-SY5Y cell degeneration caused by IFN-y .

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2012. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2013-08-12T15:27:09Z No. of bitstreams: 1 2012_ThaisMouraCipriano.pdf: 1150410 bytes, checksum: c573e438ea0d422e47bfb59e0a8a2761 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-08-13T10:49:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_ThaisMouraCipriano.pdf: 1150410 bytes, checksum: c573e438ea0d422e47bfb59e0a8a2761 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-08-13T10:49:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_ThaisMouraCipriano.pdf: 1150410 bytes, checksum: c573e438ea0d422e47bfb59e0a8a2761 (MD5) / Os fatores de transcrição (TF) chamados de DREB pertencem à grande família AP2/ERF e tem envolvimento em interações proteína-proteína e ligação com o DNA. As proteínas AP2/ERF têm funções importantes na regulação da transcrição de genes de uma grande variedade de processos biológicos relacionados com o crescimento e desenvolvimento, bem como várias respostas a estímulos ambientais, regulando a expressão de genes vegetais que respondem a estresses bióticos e abióticos. Neste estudo, um fator de transcrição AP2/ERF (chamado de RcDREB1) foi isolado de mamona (Ricinus communis L.) e sua a expressão foi analisada em sementes em desenvolvimento, folhas, caules e flores (sépalas, anteras e ovários) de plantas cultivadas sob condições de campo. Os transcritos foram detectados em grãos de pólen, com um pico durante a antese. A sequência de aminoácidos do RcDREB1 foi comparada com outras proteínas AP2/ERF TF e apresentou identidade de 38-78%. A análise filogenética resultou na classificação desse gene como um membro da subfamília CBF/DREB, sendo enraizado juntamente com genes do subgrupo A-5. O promotor RcDREB1 foi fusionado com o gene repórter gus e utilizado para transformar tabaco (Nicotiana tabacum L.) por Agrobacterium tumefaciens. As plantas transgênicas foram submetidas a vários tratamentos de estresse abiótico (temperaturas baixas e elevadas, seca, salinidade e ABA exógeno) e nenhuma expressão de GUS foi detectada, sugerindo que o promotor RcDREB1 não é ativo nas condições testadas. As análises in silico revelaram a presença de três cópias do elemento regulador pólen-específico (AGAAA) na região 5' do RcDREB1. A expressão de GUS foi observada somente em grãos de pólen, começando durante a abertura da flor e permanecendo no início do processo de senescência, no qual, grãos de pólen maduros são liberados das anteras. Além disso, os grãos de pólen desidratados também expressaram o gene gus. Este é o primeiro estudo sobre um gene DREB apresentando expressão pólen-específica. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / DREB transcription factors (TF) belong to the superfamily of AP2/ERF and their involvement in protein-protein interactions and DNA binding has been proposed. AP2/ERF proteins have important functions in the transcriptional regulation of a variety of biological processes related to growth and development, as well as various responses to environmental stimuli, regulating expression of plant biotic and abiotic stress-responsive genes. In this study an transcription factor AP2/ERF (named RcDREB1) was isolated from castor bean (Ricinus communis L.) and its expression was analyzed in developing seeds, leaves, stems and flowers (sepals, anthers and ovaries) of plants cultivated under field conditions. Transcripts were only observed in pollen grains, peaking during anthesis. The RcDREB1 deduced amino acid sequence was compared to other AP2/ERF TF proteins and presented 38–78% identity. Phylogenetic analysis classified it as a member of the CBF/DREB subfamily, rooting with the subgroup A-5. The RcDREB1 promoter was fused to the gus reporter gene and used to transform tobacco (Nicotiana tabacum L.) using Agrobacterium tumefaciens. Transgenic plants were exposed to various abiotic stress treatments (low and high temperatures, drought, salinity and exogenous ABA) and no detectable GUS expression was observed, suggesting that the RcDREB1 promoter is not active under tested conditions. In silico analyses revealed the presence of three copies of the regulatory late pollen-specific element (AGAAA) in the RcDREB1 5´-region. GUS expression was only observed in pollen grains, starting when the flower opened and initiating the senescence process; at this point, desiccated mature pollen grains are released from anthers. In addition, dehydrated developing pollen grains also expressed the gus gene. This is the first study on a DREB gene presenting pollen-specific expression.

Orientador: Fernando Fernandes Mendonça / Resumo: O tubarão mako, ou anequim-preto Isurus paucus, é uma espécie oceânica-pelágica que habita regiões tropicais e temperadas em todo mundo. Suas características biológicas, como fecundidade tardia e baixa taxa de natalidade, aliadas à forte pressão pesqueira, têm contribuído para o aumento de desequilíbrios em sua dinâmica populacional. Isurus paucus é comumente capturado por embarcações atuneiras e, no entanto, os registros disponíveis são esporádicos e mesmo sua distribuição geográfica completa ainda não está clara. Atualmente, I. paucus está classificada como “Vulnerável” na Lista Vermelha da União Internacional para a Conservação da Natureza e dos Recursos Naturais (IUCN), porém, há poucos estudos relacionados à sua biologia, dinâmica pesqueira, além da falta de dados relacionados ao status populacional da espécie. Assim, utilizando a região controladora do DNA mitocondrial, o presente estudo buscou caracterizar a variabilidade genética, sua distribuição e estrutura populacional na região equatorial do Oceano Atlântico. No presente estudo foram caracterizaram apenas 11 haplótipos com baixos índices de diversidade nucleotídica (π=0.00224 ± 0.00017) e moderada diversidade haplotípica (h=0.790 ± 0.020), além da ausência de estruturação populacional (ΦST= -0.02123), com alto fluxo gênico nas porções leste e oeste do Atlântico. Tais resultados contribuem para o conhecimento sobre esta espécie e contribuir no aperfeiçoamento de estratégias de manejo das pescas e conservação no Atl... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The mako shark, or black angora Isurus paucus, is an oceanic-pelagic species that inhabits tropical and temperate regions around the world. Its biological characteristics, such as late fertility and low birth rate, coupled with strong fishing pressure, have contributed to the increase of imbalances in its population dynamics. Isurus paucus is commonly caught by tuna vessels and yet the records available are sporadic and even its full geographical distribution is still unclear. Currently, I. paucus is classified as "Vulnerable" in the IUCN Red List, but there are few studies related to its biology, fishing dynamics, and the lack of data related to the IUCN. population status of the species. Thus, using the mitochondrial DNA control region, the present study aimed to characterize the genetic variability, its distribution and population structure in the equatorial region of the Atlantic Ocean. In the present study, only 11 haplotypes with low levels of nucleotide diversity (π = 0.00224 ± 0.00017) and moderate haplotypic diversity (h = 0.790 ± 0.020) were characterized, as well as the absence of population structure (ΦST = -0.02123), with high gene flow in the eastern and western portions of the Atlantic. These results contribute to the knowledge about this species and contribute to the improvement of strategies for fisheries management and conservation in the Atlantic. / Mestre