Made available in DSpace on 2015-04-20T12:31:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vania capitulos.pdf: 1822618 bytes, checksum: 888509f8a26f1ccfc9848eb7bbe9bab7 (MD5) Previous issue date: 2011-05-11 / Known for the excellence of the flavor of your meat paca (paca Cuniculus L.), suffers from intense hunting pressure in the tropics. This factor combined with a low reproductive rate and habitat destruction in some states of Brazil, poses as regionally threatened species. This study aimed to evaluate the effect of hormonal treatment on fertility, pregnancy characterize and determine the genetic variability of a population of Cuniculus paca L. in captivity as a contribution to the economic management to conserve the species. In the first study, the effect of progestin implants (Norgestomet) associated with two different doses of gonadotropins, in synchronization and induction of the heats in two groups of cavies (G1 and G2), which received 25 and 50 IU of eCGrespectively, and 0.5 ml of prostaglandin, compared with control (G3), which received no hormone treatment. Females in estrus showed G1 day five, seven, 10.11 (a paca / day) and 14 (two cavies) after implant removal. G2 Females had three days in estrus (two cavies), eight, 11 (three cavies). Pregnancy rates for G1, G2 and G3 were 100%, 66% and 50% respectively. In G1 and G3, 100% of the females produced a litter / delivery, while 50% of the G2 females produced two litters per delivery. In the second study, we described the cell types present in vaginal smears at 30, 60 and 90 days of pregnancy, we determined the plasma concentration of progesterone and the measures of cephalic fetuses. The results showed that there was no significant difference (p> 0.05) between the cell types found at 60 and 90 days of pregnancy. There were significant differences (p <0.05) between the navicular and superficial cells at 30 days compared to other groups. Progesterone quantified presented an average of 0.54 ± 0.65 and 0.53 ± 0.77 ng / mL at 60 and 90 days. Cephalic measurements (BPD), and the increase of these measures in 30 days were 1.25 (± 0.16) and 2.34 (± 0.25), 1.09 cm (± 0.30). In the third study, 48 individuals were assessed for variability and genetic structure, using as a molecular marker ISSR (Inter Simple Sequence Repeats). These markers were efficient in the amplification of genomic DNA of cavies, generating 50 polymorphic loci. The greatest genetic distance between populations forming the squad was among the population of Rio Branco - AC and Tarauacá / Envira - AC (0.5280) and lower in Rio Branco - AC and Belém-PA (0.0421). Genetic analysis generated by the software Structure showed a tendency to cluster among individuals belonging to the same geographic region. The results of this work contributes greatly to a better understanding of the species favoring its use and conservation. / Conhecida pela excelência do sabor de sua carne a paca (Cuniculus paca L.), sofre intensa pressão de caça nas regiões tropicais. Este fator associado a uma baixa taxa reprodutiva e a destruição de seus habitats em alguns estados do Brasil a coloca como espécie regionalmente ameaçada. Neste trabalho, objetivou-se avaliar o efeito de tratamentos hormonais sobre a fertilidade, caracterizar a gestação e determinar a variabilidade genética de uma população de Cuniculus paca L. em cativeiro como forma de contribuir com o manejo econômico a conservação desta espécie. No primeiro estudo, verificou-se o efeito de implantes de progestágenos (Norgestomet) associados a duas diferentes dosagens de gonadotrofinas, na sincronização e indução de cios em dois grupos de pacas (G1 e G2), os quais receberam 25 e 50 UI de eCG respectivamente e 0,5 ml de prostaglandina, comparados ao controle (G3), que não recebeu tratamento hormonal. As fêmeas do G1 apresentaram estro nos dias cinco, sete, 10,11 (uma paca /dia) e 14 (duas pacas) após a retirada do implante. As fêmeas do G2 apresentaram estro nos dias três (duas pacas), oito, 11 (três pacas). As taxas de prenhezes para G1, G2 e G3 foram 100%, 66% e 50%, respectivamente. No G1 e G3, 100% das fêmeas produziram uma cria/parto, enquanto 50% das fêmeas do G2 produziram duas crias por parto. No segundo estudo, descreveu-se os tipos celulares presentes nos esfregaços vaginais aos 30, 60 e 90 dias de prenhez, determinou-se a concentração plasmática de progesterona e as medidas cefálicas dos fetos. Os resultados evidenciaram que não houve diferença significativa (p > 0,05) entre os tipos celulares encontrados aos 60 e 90 dias de prenhez. Houve diferença significativa (p < 0,05) entre as células naviculares e superficiais aos 30 dias em relação aos demais grupos. A progesterona quantificada apresentou-se em média de 0,54 ± 0,65 e 0,53 ± 0,77 ng/mL, aos 60 e 90 dias. As medidas cefálicas (DBP), e o incremento destas medidas em 30 dias foram de 1,25 (± 0,16) e 2,34 (± 0,25), 1,09 cm (± 0,30). No terceiro estudo, 48 indivíduos foram avaliados com relação à variabilidade e estrutura genética, utilizando-se como marcador molecular ISSR (Inter Simple Sequence Repeats). Estes marcadores mostraram-se eficientes na amplificação de DNA genômico de pacas, gerando 50 locos polimórficos. A maior distância genética entre as populações formadoras do plantel foi entre a população de Rio Branco - AC e Tarauacá / Envira - AC (0,5280) e a menor entre Rio Branco AC e Belém-PA (0,0421). As análises genéticas geradas pelo software Structure demonstraram a tendência de agrupamento entre indivíduos pertencentes a mesma região geográfica. Os resultados deste trabalho contribuem sobremaneira para um melhor conhecimento da espécie favorecendo seu uso e conservação.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-05-19T17:45:53Z No. of bitstreams: 2 Tese - Yanna Andressa Ramos de Lima - 2014.pdf: 3948681 bytes, checksum: 03820f7151617bba515baa141492f753 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-05-20T13:41:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Yanna Andressa Ramos de Lima - 2014.pdf: 3948681 bytes, checksum: 03820f7151617bba515baa141492f753 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-20T13:41:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Yanna Andressa Ramos de Lima - 2014.pdf: 3948681 bytes, checksum: 03820f7151617bba515baa141492f753 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-07-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / HIV-1 mother-to-child-transmission (MTCT) is a multifactorial event associated mainly with maternal viral load. Thus, the molecular epidemiology of HIV-1 and the evaluation of factors associated with MTCT in pregnant women are crucial for epidemic understanding and monitoring in this population. Objectives: To assess the frequency of recent seroconversion cases among newly diagnosed, antiretroviral (ARV) naïve pregnant women and evaluation of pregnancy outcomes and transmitted drug resistance (TDR) in this group; to compare sociodemographical, clinical, genetic diversity of the virus and resistance among young and adult pregnant women. Methods: HIV-1-infected pregnant women (n = 250) were recruited during antenatal care conducted by the Program for the Protection of Pregnant Women from Goias State (PPPW/GO). Recent cases of seroconversion were identified by BED-CEIA among naïve pregnant women and confirmed by ambiguous nucleotide calls. Pol gene (protease/PR and 2/3 of the reverse transcriptase/RT) was sequenced from plasma samples. Resistance mutations were evaluated by Calibrated Population Resistance tool and Stanford HIV-1 and International AIDS Society-USA (IAS-USA) databases. Viral subtypes were assigned by REGA software and phylogenetic analyzes with reference sequences. Results: Cases of recent seroconversion (RS) were identified in 16.6% of 95 newly diagnosed, ARV-naïve pregnant women. Medians of CD4+ cell count and viral load were 530 cells/μL and 8,796.5 copies/mL, respectively. Nine patients with RS probably seroconverted during pregnancy. One case of MTCT was observed among pregnant women with RS. Incident cases presented a predominance of isolates assigned as subtype B. There was no difference regarding the distribution of non-B subtypes. The amont of 250 pregnant women recruited were divided into two distinct age groups: adolescents and young (96/250, 38%) and adult women (154/250, 62%). When compared with the adult group, young women had fewer previous pregnancies and they were diagnosed mainly in the current pregnancy. One case of MTCT was identified in both groups (2/250, 0.8%). The CD4+ cell counts were similar between both groups. Viral load was significantly higher among ARV-naïve pregnant adolescents (15-19 years) when compared with the group of ARV-naïve pregnant adults (>24 years). Young pregnant women previously exposed to ARVs were less likely to have viral load <1,500 copies / mL. The distribution of HIV-1 subtypes was similar in both groups and recombinant subtypes with similar recombination points were identified among both groups. The frequency of transmitted resistance was similar between young and adult women (9.5% and 7.1%, respectively). The frequency of secondary resistance was higher among adult pregnant women compared with younger women (21.8% and 12.8%, respectively). Conclusions: Recent seroconversion during pregnancy associated with moderate levels of transmitted resistance may contribute to vertical transmission of HIV-1. Preventive measures should include adolescents and young women as an attempt to control the vertical transmission of HIV-1 in Central Western region, Brazil. / A transmissão vertical do HIV-1 é um evento multifatorial em que a carga viral materna desempenha importante papel. Assim, a epidemiologia molecular do HIV-1 em gestantes e a avaliação de fatores associados com a transmissão vertical são cruciais para a compreensão e monitoramento da epidemia nessa população. Objetivos: Avaliação da frequência de casos de soroconversão recente entre gestantes recém-diagnosticadas, virgens de tratamento e avaliação dos desfechos da gestação nesse grupo e da frequência de resistência transmitida. Comparação entre os fatores sociodemográficos, clínicos, de diversidade genética do vírus e perfil de resistência entre gestantes jovens e adultas. Métodos: Gestantes infectadas por HIV-1 (n=250) foram recrutadas durante o pré-natal realizado pelo Programa de Proteção à Gestante/GO. Os casos de soroconversão recente em pacientes virgens de tratamento com diagnóstico recente foram identificados pelo teste imunoenzimático BED-CEIA e confirmados pela análise molecular de bases ambíguas em pol. O gene pol (protease/PR e 2/3 da transcriptase reversa/RT) foi sequenciado a partir de amostras de plasma. As mutações de resistência foram avaliadas pela ferramenta Calibrated Population Resistance tool e pelos bancos de dados Stanford HIV-1 Database e International AIDS Society-USA (IAS-USA). Os subtipos virais foram definidos pelo software REGA e análises filogenéticas com sequências de referência. Resultados: Casos de soroconversão recente (SR) foram identificados em 16,6% das 95 gestantes recém-diagnosticadas e virgens de tratamento. A mediana da contagem de células CD4+ foi 530 células/μL e da carga viral foi 8796,5 cópias/mL. Nove pacientes com SR (82%) provavelmente soroconverteram durante a gestação. Um caso de transmissão vertical foi observado entre as gestantes com SR. Os casos incidentes apresentaram predomínio de isolados com subtipo B. Não houve diferença com relação à distribuição dos outros subtipos. As 250 gestantes recrutadas foram divididas em dois grupos etários distintos: adolescentes e jovens (96/250, 38%) e adultas (154/250, 62%). Quando comparadas com as adultas, as gestantes jovens apresentaram menor número de gestações prévias e foram diagnosticadas principalmente na gestação atual. Um caso de transmissão vertical da infecção foi identificado em cada um dos grupos (2/250, 0,8%). A contagem de células CD4+ foi similar entre ambos os grupos. O grupo de gestantes adolescentes (15-19 anos), virgens de tratamento, apresentou carga viral significativamente mais alta que o grupo de gestantes adultas. As gestantes jovens previamente expostas aos ARVs tinham menor probabilidade de apresentar carga viral <1500 cópias/mL. A distribuição de subtipos do HIV-1 foi similar em ambos os grupos e foram identificados subtipos recombinantes com ponto de recombinação similar entre os dois grupos. A frequência de resistência transmitida foi similar entre as gestantes jovens e adultas (9,5% e 7,1%, respectivamente). A frequência de resistência secundária foi maior entre as gestantes adultas quando comparadas com as gestantes jovens (21,8% e 12.8%, respectivamente). Conclusões: A soroconversão recente na gestação associada com níveis moderados de resistência transmitida pode contribuir para a transmissão vertical do HIV-1. Políticas preventivas devem incluir a população de adolescentes e jovens como tentativa de controlar a transmissão vertical do HIV-1, na região Centro-Oeste do Brasil.

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2016-11-11T16:19:16Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ueric José Borges de Souza - 2014.pdf: 1743680 bytes, checksum: 86eb5e29880e6c81a1e92e5690f2ffc4 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2016-11-17T16:14:50Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ueric José Borges de Souza - 2014.pdf: 1743680 bytes, checksum: 86eb5e29880e6c81a1e92e5690f2ffc4 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-17T16:14:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ueric José Borges de Souza - 2014.pdf: 1743680 bytes, checksum: 86eb5e29880e6c81a1e92e5690f2ffc4 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-05-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Cerrado biome of Brazil originally occupied approximately 2 million km2 of the country. It is formed by a heterogeneous mosaic of distinct habitats and has the richest flora of the savanas of the world, with high diversity at level of genera and families. It is also currently classified as a priority for conservation because of its rich biodiversity and simultaneous high level on threat due to the destruction of natural habitats resulting from anthropogenic activities. The advent of molecular biology techniques has allowed direct access to the genetic variability of species and populations and made it possible to infer the genetic variability within and among populations, increasing the interest in studying genetic diversity and structure in plant species population of the Cerrado biome. It was conducted here an exhaustive survey of scientific platforms such as the Web of Science, Scopus, Scielo and Google Scholar, to carry out an analysis of published papers evaluating the genetic variability within and among populations in plant species from the Cerrado biome, and to quantify and describe aspects of scientific production in the field of population genetics to plant species from the Cerrado using a scientometric approach, and using a meta-analytic approach to evaluate genetic variability, it was collected some of the genetic parameters estimated in the studies (observed (HO) and expected (HE) heterozygosities and the F statistics of Wright (FIS; FST or analogs)) to test the effect of this genetic parameters in some life history and ecological traits of the species and in methodological characteristics of the article. It was obtained 176 publications from 45 journals through the period of 1999-2012 and the number of studies published has increased significantly through this period. The journal “Genetics and Molecular Research” published the highest number of papers. Ninety-six species from 32 plant families were studied, with highest numbers from the family Fabaceae. Although the species comprised a wide sample of plants with different characteristics, trees, shrubs and herbs were the main life forms and “Mata de galeria”, “cerrado” and “cerradão” were the main fitofisionomies studied. The molecular markers used included microsatellites, cpDNA, isoenzymes, RAPDs, AFLPs and ISSRs and the Microsatellites were the most popular marker used and also show the highest mean value from the genetic variability within populations when compared across studies. It was observed that population genetics parameters molecular derived from molecular markers are closely associated with some life history traits and ecological traits of the species and with methodological characteristics of the article. The analyses allows a better understanding of the current knowledge on plant population genetics in Cerrado biome and the association with the population genetics parameters and some ecological, life history and methodological traits has considerable importance and may be useful to guide future research programs in this system with potential to produce information with important implications in evolutionary biology and ecology as well as in conservation biology / O bioma Cerrado ocupa aproximadamente 2 milhões km2 do Brasil. É formado por um mosaico heterogêneo de tipos de vegetação e tem a mais rica flora entre as savanas do mundo, com alta diversidade em nível de gêneros e famílias. Atualmente tem sido classificado como prioridade em programas de conservação devido à sua rica biodiversidade e perda de habitats naturais resultantes das atividades antropogênicas. Com o advento de técnicas moleculares, tornou-se possível o acesso direto da variabilidade genética das espécies e do modo como essa variabilidade genética se encontra distribuida dentro e entre populações, aumentando assim o interesse em estudar a diversidade genética e estrutura populacional de espécies de plantas do bioma Cerrado. Foi conduzida uma busca usando as bases de dados “Web of Science”, “Scopus”, “Scielo” e “Google Scholar” com o objetivo de realizar uma análise dos artigos publicados que avaliaram a variabilidade genética dentro e entre populações de espécies de plantas do bioma Cerrado, de modo a quantificar e descrever aspectos da produção científica na área de genética de populacões para espécies de plantas do Cerrado utilizando uma abordagem cienciométrica, e utilizando uma abordagem meta-analítica foi coletado alguns dos parâmetros genéticos estimados nos estudos (heterozigosidade esperada (HE) e observada (HO) e as estatísticas F de Wright (FIS (coeficiente de endogamia); FST ou análogos)) para testar o efeito destes parâmetros genéticos em caracteristicas ecológicas e de história de vida das espécies, bem como para características metodológicas extraídas dos artigos. A busca na base de dados resultou em um total de 176 publicações de 45 periódicos durante o período de 1999-2012 e o número de estudos publicados tem aumentado significativamente durante este período. A revista Genetics and Molecular Research apresentou o maior número de artigos publicados. Noventa e seis espécies, envolvendo 32 famílias botânicas foram estudadas, sendo Fabaceae representada pelo maior número de espécies. Diferentes características entre as espécies estudadas foi observado, sendo árvores, arbusto e ervas as principais forma de vida e mata de galeria, cerrado e cerradão os principais tipos fitofisionômicos das espécies. Diferentes tipos de marcadores moleculares, incluindo microssatélites, cpDNA, isoenzimas, RAPDs, AFLPs e ISSRs foram utilizados, sendo os microssatélites o marcador mais frequentemente usado, e também o com o maior valor médio para os parâmetros de variabilidade genética dentro de populações quando comparados entre os estudos. Foi observado que os parâmetros estimados nos estudos de genética de populações obtidos via marcadores moleculares estão relacionados com características ecológicas e de história de vida das espécies e com características metodologicas das publicações. A análise permitiu uma melhor compreensão atual sobre a genética de populações de plantas do bioma Cerrado e a associação encontrada entre parâmetros genético-populacionais e diferentes características das espécies tem importância no sentido de orientar pesquisas futuras, com potencial para produzir informações com implicações importantes para ecologia, biologia evolutiva e biologia da conservação.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T13:33:35Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Bruna Alicia Rafael de Paiva - 2014.pdf: 5696996 bytes, checksum: 7e1928a13da15787585830bd9a4f4ae1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T13:34:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Bruna Alicia Rafael de Paiva - 2014.pdf: 5696996 bytes, checksum: 7e1928a13da15787585830bd9a4f4ae1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T13:34:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Bruna Alicia Rafael de Paiva - 2014.pdf: 5696996 bytes, checksum: 7e1928a13da15787585830bd9a4f4ae1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Common bacterial blight caused by Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli (Xap) and Xanthomonas fuscans subsp. fuscans (Xff), is one of most important bacterial etiology diseases from the common bean plant. This pathogen causes a great loss in the production, mainly in the “water” harvest, when the environmental conditions are helpful to the development of this disease and to its dissemination. Among the strategies about integrated handling of diseases, the genetic resistance is the main measure of control and, for obtaining some cultivate with lasting resistance and of notorious specter, it is important to the know the genetic pathogen diversity. The present work has the goal of studying the diversity and the genetic structure around and inside the population of Xap and Xff using the markers rep-PCR; to connect the genetic pathogen diversity with its geographical distribution inside Brazilian producing common bean plant regions. There were obtained 42 Xap and Xff isolated and four Xanthomonas isolated not pathogens of to the bean plant, originated in the States of São Paulo, Goiás, Paraná and Rio Grande do Sul. The genetic profiles obtained by primers BOX, ERIC and REP produced 12 haplotipes matched (HC), where the HC 3, specific xff, was more frequent in PR and GO, and was not found in RS. The dendrogram produced through the analysis showed that Xap, Xff and isolated not pathogens are genetically different. In the analysis of genetic structure, the total genetic diversity (Ht), among three populations was 0,2385 revealing that there was variability from a population to the other one. Higher values of the Shannon rate (0,3648) show that Xap population is more different genetically. From a total of 51 locos, 94,12 % are polymorphic, inside Xap population they are all polymorphicand inside Xff, only 18,18 % are polymorphic. The genetic differentiation coefficient (Gst = 0,5194) revealed diversity inside and among the patogenic populations, confirming AMOVA’s result, where 51,98 % of the diversity was among the populations and 48,06 % inside them. Then, the technique helped how to find differences between Xap and Xff and measure the values of genetic diversity among and inside populations. The results of this study give us much information about the pathogens diversity, which is considered useful to identify and to characterize the resistant germoplasm in a more efficient way. / O crestamento bacteriano comum, causado por Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli (Xap) e Xanthomonas fuscans subsp. fuscans (Xff), é uma das doenças de etiologia bacteriana mais importantes do feijoeiro-comum. Este patógeno provoca grandes perdas na produção, principalmente na safra das “águas”, quando as condições ambientais são favoráveis ao desenvolvimento da doença e à disseminação do patógeno. Dentro das estratégias do manejo integrado de doenças, a resistência genética é a principal medida de controle, e para a obtenção de cultivares com resistência duradoura e de amplo espectro é necessário o conhecimento da diversidade genética do patógeno. O presente trabalho teve como objetivos, estudar a diversidade e a estrutura genética entre e dentro das populações de Xap e Xff usando marcadores rep-PCR; relacionar a diversidade genética do patógeno com sua distribuição geográfica dentro das regiões produtoras de feijoeiro-comum no Brasil. Foram obtidos 42 isolados de Xap e Xff, e quatro isolados de Xanthomonas não patogênicas ao feijoeiro, oriundos dos estados de São Paulo, Goiás, Paraná e Rio Grande do Sul. Os perfis genéticos obtidos pelos primers BOX, ERIC e REP geraram 12 haplótipos combinados (HC), em que o HC 3, específico de Xff, foi mais frequente nos estados do PR e GO , porém não foi identificado no RS. O dendrograma gerado através da análise conjunta mostrou que Xap, Xff e isolados não patogênicos foram geneticamente distintos. Na análise de estruturação genética, a diversidade genética total (Ht) entre as populações foi de 0,2385, mostrando que houve variabilidade entre as populações. Valores mais altos do índice de Shannon (0,3648) revelam que a população de Xap é mais diversa geneticamente. De um total de 51 locos em todas populações, 94,12% foram polimórficos, sendo que, dentro de Xap todos foram polimórficos, e dentro de Xff apenas 18,18% foram polimórficos. O coeficiente de diferenciação genética (GST = 0,5194) revelou diversidade tanto dentro como entre as populações patogênicas, confirmando o resultado obtido pela AMOVA, em que 51,98% da diversidade está distribuída entre as populações e 48,06% dentro destas. Portanto, o uso da técnica rep-PCR permitiu diferenciar Xap e Xff e mensurar os valores de diversidade genética entre e dentro de populações. Os resultados deste estudo fornecem informações sobre a diversidade dos patógenos, o que auxiliará para melhor identificar e caracterizar o germoplasma resistente.

A diversidade genética de Crinipellis perniciosa foi avaliada quanto à capacidade adaptativa de diferentes genótipos à dispersão geográfica e à associação preferencial ou diferencial com hospedeiros. Isolados polispóricos de C. perniciosa provenientes de diferentes Estados brasileiros (AM, RO, MG, BA, SP, MT e PA) e diferentes hospedeiros (Theobroma cacao L., Solanum cernuum, Solanum paniculatum, Solanum grandiflorum L., Solanum e lianas), foram analisados pelas técnicas de compatibilidade somática (SCG - Somatic Compatibility Group), através de reações de compatibilidade e/ou incompatibilidade, o uso de gel de eletroforese de proteínas totais, velocidade de crescimento, ELISA e Western Blot. Os diversos isolados foram agrupados com base em conjuntos de dados sobre suas características genéticas, identificando-se agrupamentos de acordo com a dispersão geográfica e hospedeiros de onde foram isolados. Foram construídos dois dendogramas pelo teste de compatibilidade permitindo classificar os isolados em três grupos: i)grupo formado pelos isolados de Rondônia e Pará e ii) grupo formado pelos isolados de Rondônia, Pará e Amazonas e o iii) grupo formado pelo isolado de Mato Grosso; o segundo teste separou os isolados em dois grandes grupos: i) grupo formado pelos isolados da Bahia, Minas Gerais, São Paulo, Mato Grosso e Rondônia e ii) grupo formado pelo isolado do Pará. O dendograma criado pelo perfil protéico permitiu agrupar os isolados em três grupos, de acordo com o hospedeiro e região de origem: (1) grupo formado pelo isolado de Theobroma cacao de Ouro Preto D’Oeste; (2) grupo constituído pelos isolados de Theobroma cacao da Bahia e os diversos isolados de Solanaceae do Estado de Minas Gerais, Bahia e São Paulo e grupo (3) formado pelo isolado de Lianas (cipós). De forma geral, conclui-se que há ampla diversidade genética entre os isolados de C. perniciosa provenientes das diferentes regiões brasileiras e em relação aos hospedeiros, comprovando-se haver elevada capacidade adaptativa caracterizada pela prevalência em ambientes diversos e pela disseminação a longas distâncias geográficas. Há também indicativos de que a velocidade de crescimento do fungo pode ser um dos fatores importantes para assegurar a colonização, já que é correlacionada com a dispersão geográfica, e também, para a seleção de biótipos patogênicos e para a variabilidade genética do fungo. / The genetic diversity of Crinipellis perniciosa was evaluated how much to the capacity of adaptation of different genotypes to the geographic dispersion and the preferential or distinguishing association with hosts. Polisporics isolated of C. perniciosa proceeding from different Brazilian States (AM, RO, MG, BA, SP, MT e PA) and different hosts (Theobroma cacao L., Solanum cernuum, Solanum paniculatum, Solanum grandiflorum L., Solanum and lianas), had been analyzed by the techniques of somatic compatibility (SCG - Somatic Compatibility Group), through reactions of compatibility and/or incompatibility, the gel use of proteins electrophoresis, speed of growth, ELISA and Western Blot. Diverse the isolated ones had been grouped on the basis of different data on its genetic characteristics, identifying to groupings in accordance with the geographic dispersion and hosts of where they had been isolated. Two dendrogramas for the compatibility test had been constructed allowing to classify the isolated ones in three groups: i)group formed by isolated of Rondônia and Pará and ii) group formed for the isolated ones of Rondônia, Pará and Amazonas and iii) group formed for the isolated one of Mato Grosso; as the test separated the isolated ones in two great groups: i) group formed for isolated of the Bahia, the Minas Gerais, São Paulo, Mato Grosso and Rondônia and ii) group formed for the isolated one of Pará. The dendrograma created by the protein profile allowed to group the isolated ones in three groups, in accordance with the host and region of origin: (1) group formed for isolated of Theobroma cacao of Ouro Preto D'Oeste; (2) group consisting of isolated of Theobroma cacao of the Bahia and diverse the isolated ones of Solanaceae of the State of Minas Gerais, Bahia and São Paulo and group (3) formed by the isolated one of Liana. Of general form, it is concluded that it has ample genetic diversity enters the isolated ones of C. perniciosa proceeding from the different Brazilian regions and in relation to the hosts, proving to have high capacity of adaptation characterized by the prevalence in diverse environments and the dissemination the long geographic distances. It has also indicative of that the growth speed can be one of the factors important to assure the correlated settling since with the geographic dispersion, favors new biotypes, important factor for the genetic variability of fungus.

Clostridium perfringens causa enterite necrótica aviária devido à produção de toxinas que lesam o intestino. Neste estudo, de 94 amostras nove apresentaram C. perfringens, totalizando 22 isolados. Todos exceto um isolado, possuíram os genes nanI (95%) e/ou nanJ (81%), e 19/22, mostraram atividade neuraminidase em hemácias de frango. A atividade hemaglutinante foi observada em poucos isolados (26%). Todos os isolados foram plc positivos (toxina &alpha;), sendo classificados como tipo A. Sete isolados (31,8%) abrigaram o gene tpeL que codifica a toxina TpeL. Isolados tpeL+ mostraram efeito citotóxico característico da ação desta toxina. Alguns isolados mostraram capacidade de aderir e invadir células Vero. A maioria dos isolados foi resistente à sulfaquinoxalina (100%), cefalexina (95%) e eritromicina (95%) e sensíveis (100%) à cefoxitina, amoxicilina, enrofloxacina, amoxicilina-ácido clavulânico, penicilina-estreptomicina, cloranfenicol e metronidazol. Todos os isolados foram agrupados geneticamente em sete clusters, apresentando se como um grupo heterogêneo. / Clostridium perfringens cause avian necrotic enteritis due to production of toxins that damage the intestine. In this study, nine out of 94 samples had C. perfringens, totaling 22 isolates. All the isolates with exception of one, possessed the genes nanI (95 %) and/or nanJ (81 %), and 19/22 showed neuraminidase activity in chicken erythrocytes. The hemagglutinating activity was observed in a few isolates (26 %). All isolates were plc positive (toxin &alpha;) being classified as type A. Seven isolates (31.8%) harbored tpeL gene encoding the toxin TpeL. TpeL + isolates showed characteristic cytotoxic effect of the action of this toxin. Some isolates showed ability to adhere and invade Hep-2 cells. Most of the isolates were resistant sulphaquinoxaline (100%), cephalexin (95%) and erythromycin (95%) and sensitivity (100%) to cefoxitin, amoxicillin, enrofloxacin, amoxicillin - clavulanic acid, penicillin -streptomycin, chloramphenicol and metronidazole. All isolates were genetically grouped into seven clusters, presenting itself as a heterogeneous group.

As abelhas são insetos da ordem Hymenoptera e taxonomicamente estão reunidas na superfamília Apoidea. Os Meliponini, da subfamília Apinae, são popularmente chamados abelhas indígenas sem ferrão e algumas espécies são essenciais para a polinização de plantas selvagens e lavouras. As abelhas Nannotrigona testaceicornis, utilizadas neste trabalho, são pequenas, possuem o tórax marrom escuro e opaco e não são agressivas. No Brasil, elas são encontradas na Bahia, Espírito Santo, Goiás, Minas Gerais, Rio de Janeiro e São Paulo. Assim como muitas espécies de Hymenoptera, elas também podem nidificar em agregações e analisar a variabilidade genética dentro e entre os agregados foi um dos objetivos deste trabalho, além de avaliar os prováveis múltiplos acasalamentos que parecem ocorrer dentro dessa espécie de meliponíneos. Para tanto, foram coletados indivíduos de ninhos de N. testaceicornis no Campus da USP de Ribeirão Preto (SP), Campinas (SP), Bonfim Paulista (SP), Uberlândia (MG) e Caratinga (MG). 302 indivíduos (operárias) de um total de 32 ninhos foram macerados e tiveram seu DNA extraído. Foram utilizados oito loci microssatélites específicos para o estudo da variabilidade genética e múltiplos acasalamentos. Um total de 38 alelos foi observado. A diversidade genética média entre as agregações foi de 35,4%, a heterozigose média esperada foi de 41,4% e a observada foi de 28,3%. O coeficiente de endogamia (Fis) foi estatisticamente significativo para todas as agregações. Também foram observados desvios no equilíbrio de Hardy-Weinberg para todos os loci analisados. A análise do Fst mostrou diferenciação entre as agregações, porém, apesar da indicação pelo AMOVA de uma discreta estruturação entre as agregações, não foi possível agrupá-las. A partir dos dados obtidos foi possível observar que a diversidade genética nestas agregações está baixa, além disso, os desvios do equilíbrio, o valor significativo do Fis, e a heterozigose observada menor do que a esperada em todos os loci demonstrou a ocorrência de cruzamentos endogâmicos resultando em alto nível de homozigose nesta população. Com relação aos múltiplos acasalamentos, dos 32 ninhos estudados, somente 11 (34,4%) apresentaram uma patrilínea. A presença de alelos nulos, a inclusão acidental de machos na amostra, mudanças recentes de rainhas, operárias de outros ninhos e a contínua conexão entre ninho mãe-filho podem ser possibilidades para estes resultados, entretanto, a frequência de mais de uma patrilínea é muito alta para que a poliandria não seja considerada. / Bees are insects belonging to the Hymenoptera order and to the Apoidea superfamily. The Meliponini, from the subfamily Apinae, are popularly known as stingless bees and some species are essential to the pollination of wild and farming plants. Nannotrigona testaceicornis, studied in this work, are small bees presenting a dark brown and opaque thorax, and non-aggressive behavior. In Brazil, they are found at Bahia, Espírito Santo, Goiás, Minas Gerais, Rio de Janeiro and São Paulo states. As well as many other Hymenoptera species, they can nest on aggregations. To analyze the genetic variability within and among the aggregates was one of the objectives of this work, besides to evaluate the possibility of multiple matings which seem to occur in this species. For this purpose, samples of N. testaceicornis were collected from nests found at University of São Paulo Campus at Ribeirão Preto (SP), Campinas (SP), Bonfim Paulista (SP), Uberlândia (MG) and Caratinga (MG). Three hundred and two individuals (workers) from thirty-two sampled nests had their DNA extracted. Eight specific microsatellite loci were used to study the genetic variability and multiple matings. A total of thirty-eight alleles were observed. The mean genetic diversity among the aggregations was 35.4%, the mean expected heterozygosity was 41.4% and the observed was 28.3%. The inbreeding coefficient (Fis) was statistically significant for all the aggregations. Deviations from Hardy-Weinberg Equilibrium were observed in all studied loci. The Fst analysis showed differentiation among the aggregations but, despite the AMOVA indication of structuring among them, it was not possible to group them. From the obtained data we observed that the genetic diversity of the aggregations is low. The significant Fis value and the observed heterozygosity lower than the expected one in all the studied loci, demonstrated inbreeding events resulting in a high level of homozygosis in this population. In relation to the possibility of multiple mating, from the 32 studied nests, only 11 (34.4%) presented one patriline. The presence of null alleles, the accidental inclusion of males in the sample, recent queen changes, workers drifting among nests, continuing connections between mother and daughter nests or multiple matings might be possibilities for these results. However, the frequency of more than one patriline is very high to not consider the polyandry.

Grapevine anthracnose is an important disease, responsible for severe yield losses in humid regions around the world. This study aimed to: i: identify the causal agents of grapevine anthracnose in Brazil; ii: characterize Elsinoë ampelina isolates from Brazil and Australia by means of phylogenetic analyses, morphological features and pathogenicity tests; iii: develop an efficient method for conidial production of E. ampelina; iv: develop and validate a standard area diagram set (SADs) for assessing anthracnose severity on grapevine leaves; and v: study the temporal and spatial progression of anthracnose in a Brazilian vineyard. To identify the causal agents of the disease, leaves, stems and berries with anthracnose symptoms were collected from 38 vineyards in southern and southeastern Brazil and 39 E. ampelina and 13 Colletotrichum spp. isolates were obtained. For E. ampelina isolates, the internal transcribed spacer (ITS), histone H3 (HIS3) and elongation factor 1-&alpha; (TEF) sequences were analysed. HIS3 was the most informative region with 55 polymorphic sites. Seven Colletotrichum species were identified: C. siamense, C. gloeosporioides, C. fructicola, C. viniferum, C. nymphaeae, C. truncatum and C. cliviae. In pathogenicity tests, only E. ampelina isolates caused anthracnose symptoms on Vitis vinifera \'Moscato Giallo\' and Vitis labrusca \'Niagara Rosada\'. To characterize E. ampelina from Brazil and Australia, 35 isolates were analysed. ITS and TEF sequences of all isolates were monomorphic. The haplotype network generated from HIS3 dataset showed four distinct haplotypes. High genetic variability was observed in two Brazilian isolates, haplotype EA4, which may have lost the intron region during species evolution. Colonies showed variable coloration, wrinkled texture, absence of spores and slow growth. Brazilian isolates produced conidia larger than conidia from Australian isolates. To induce the conidial production, mycelial fragments were shake-incubated in rainwater and distilled water for 7 days. Isolates produced different concentrations of conidia and the conidial germination was more than 88.5%. In infectivity tests, conidia caused typical anthracnose symptoms on leaves. The SADs developed comprises six true colour diagrams with severity ranging from 1.1 to 27.4%. The use of the SADs improved the accuracy, precision, agreement and inter-rater reliability of the estimates conducted by 12 raters. The temporal and spatial dynamics of anthracnose was carried out in a \'Niagara Rosada\' vineyard in 2014 and 2015. The incidence of vines with diseased leaves, stems and berries and the severity disease on leaves were recorded. Anthracnose symptoms occurred rapidly after bud break and ontogenic resistance was observed for all organs assessed. The monomolecular model showed the best fit to the incidence progress. Temporal analyses suggest that the progress of anthracnose incidence and severity over time is governed mainly by the primary inoculum due to age-related resistance of the vine organs. Spatial analyses showed a predominantly random spatial pattern of diseased vines. In conclusion, this thesis presents a more in-depth understanding of the aetiology and epidemiology of an important grapevine disease. / Antracnose da videira é uma importante doença, responsável por severas perdas de produtividade em regiões húmidas em diversos locais do planeta. Este estudo objetivou: i: identificar o agente causal da antracnose da videira no Brasil; ii: caracterizar isolados de Elsinoë ampelina do Brasil e Austrália através de análises filogenéticas, morfologia e testes de patogenicidade; iii: desenvolver um método eficiente para produção de conídios de E. ampelina; iv: desenvolver e validar uma escala diagramática para avaliar a severidade de antracnose em folhas; e v: estudar o progresso temporal e espacial da antracnose em um vinhedo brasileiro. Para identificar os agentes causais da doença, folhas, ramos e bagas com sintomas de antracnose foram coletados em 38 vinhedos das regiões sul e sudeste do Brasil e 39 isolados de E. ampelina e 13 isolados de Colletotrichum spp. foram obtidos. Para isolados de E. ampelina, sequências de espaçador interno transcrito (ITS), histona H3 (HIS3) e fator de elongação 1-&alpha; (TEF) foram analisadas. HIS3 foi a região mais informativa com 55 sítios polimórficos. Foram identificadas sete espécies de Colletotrichum: C. siamense, C. gloeosporioides, C. fructicola, C. viniferum, C. nymphaeae, C. truncatum e C. cliviae. Nos testes de patogenicidade, somente isolados de E. ampelina causaram sintomas de antracnose em Vitis vinifera \'Moscato Giallo\' e Vitis labrusca \'Niagara Rosada\'. Para a caracterização de E. ampelina do Brasil e Austrália, 35 isolados foram analisados. Sequências de ITS e TEF de todos os isolados foram monomórficas. A rede de haplótipos gerada a partir de sequências de HIS3 resultou na formação de quatro haplótipos. Alta diversidade genética foi observada em dois isolados brasileiros, haplótipo EA4, sugerindo a perda do intron durante a evolução da espécie. Colônias apresentaram coloração variável, textura enrugada, ausência de esporos e lento crescimento. Isolados brasileiros apresentaram conídios maiores que conídios de isolados australianos. Para induzir a esporulação, fragmentos de micélio foram agitados e incubados em água da chuva e água destilada durante 7 dias. Isolados produziram diferentes concentrações de conídios e a germinação foi superior a 88,5%. Nos testes de infectividade, os conídios causaram sintomas de antracnose em folhas. A escala diagramática desenvolvida compreende seis diagramas em cores reais com severidade variando de 1,1 a 27,4%. O uso da escala diagramática melhorou a acurácia, precisão, concordância e reprodutibilidade das estimativas conduzidas por 12 avaliadores. A dinâmica temporal e espacial da antracnose foi conduzida em vinhedo de \'Niagara Rosada\' em 2014 e 2015. A incidência de videiras com folhas, ramos e bagas sintomáticos e a severidade em folhas foram registradas. Os sintomas de antracnose ocorreram rapidamente após a brotação sendo observada resistência ontogênica em todos os órgãos avaliados. O modelo monomolecular mostrou o melhor ajuste para o progresso da incidência. As análises temporais sugerem que o progresso da incidência e severidade durante o tempo é influenciado principalmente pelo inóculo inicial devido à resistência ontogênica dos órgãos. As análises espaciais mostraram um padrão espacial predominantemente aleatório de videiras sintomáticas. Em conclusão, esta tese apresenta uma compreensão mais aprofundada da etiologia e epidemiologia de uma importante doença da videira.

A murcha bacteriana, causada por Ralstonia solanacearum, afeta principalmente as solanáceas, destacando-se as culturas da batata, berinjela, jiló, pimentão e tomate. No presente trabalho foi conduzida a caracterização molecular de isolados de R. solanacearum e sua possível relação com características relacionadas à morfologia, bioquímica, patogenicidade, agressividade e distribuição geográfica. Foram utilizados 51 isolados pertencentes à biovar 2, sendo 9 provenientes de berinjela e 42 de batata, coletados em diversas regiões brasileiras. A análise molecular permitiu separar os isolados em quatro grupos distintos de padrões de bandas para os iniciadores BOX e ERIC, e em cinco para o iniciador REP. Não foi encontrada relação dos grupos de isolados caracterizados molecularmente com tamanho de colônias, ocorrência de mutantes, produção de melanina, capacidade de colonização do sistema radicular e resistência a antibióticos/fungicidas. A identificação de isolados de batata, como biovar 2-A, e de berinjela, como biovar 2-T, com base em teste bioquímico do uso de trealose, foi confirmadas pela análise molecular. Não houve variação de agressividade entre os isolados inoculados em batata e berinjela, exceção feita ao isolado avirulento CNPH-65. Portanto, isolados das biovares 2-A e 2-T podem infectar estas duas hospedeiras com a mesma intensidade sob altas temperaturas. Para todos os isolados, o desenvolvimento da população bacteriana foi significativamente maior no sistema radicular de plantas das cultivares suscetíveis, tanto para batata como para berinjela. No entanto, dentro de cada cultivar, os isolados se comportaram de maneira semelhante, não sendo possível fazer distinção entre os mesmos. A tentativa de se associar grupos de isolados caracterizados molecularmente com os locais de origem revelou alguns aspectos interessantes. O grupo I agregou somente isolados do Paraná. No grupo II ficaram isolados da Bahia, Distrito Federal e do Paraná. No Grupo III, foram reunidos todos os isolados de berinjela e um único de batata, sendo todos procedentes do Distrito Federal. O grupo IV, de forma semelhante ao grupo II, reuniu isolados de locais diversos como Paraná, Goiás, Rio Grande do Sul e Distrito Federal. Portanto, nos grupos I e III parece haver uma tendência de relação entre grupamento molecular e local de origem, enquanto que para os grupos II e IV, isolados de características genéticas similares são provenientes de locais distintos, apontando considerável diversidade genética do patógeno. / The bacterial wilt disease caused by Ralstonia solonacearum affects mainly the solanaceous species, specially potato, eggplant, peppers, tomato and brazilian gilo (Solanum gilo). This work reports the molecular characterization of R. solanacearum biovar 2 isolates and the possible relationship of this molecular data with other characteristics related to morphology, biochemistry, pathogenicity, aggressiveness and geographical distribution. Fifty-one biovar 2 isolates were studied, 9 isolated from eggplant and 42 from potato, all of them collected from different regions of Brazil. According to the molecular analysis, the isolates were clustered in four different groups, with distinct band patterns to the primers BOX and ERIC, and five groups to the primers REP. There was no relationship between the groups clustered through molecular analyses and phenotypic characteristics, such as colony size, presence of mutants, melanin presence, capability of root system colonization and antibiotic/fungicide resistance. The identification of potato isolates as the biovar 2-A, and the eggplant isolates as biovar 2-T, based on biochemical tests using trealose were confirmed with the molecular analyses. There was no variation of aggressiveness in the isolates inoculated on potato an eggplant, except the avirulent isolate CNPH-65. Consequently, isolates of biovars 2-A and 2-T are able to infect both hosts with the same aggressiveness under high temperatures. The population of all isolates developed in significant levels at the root system of susceptible cultivars of both hosts, potato and eggplant. However, considering each cultivar tested, there was no difference between isolates. Interesting results were observed when the isolates clustered based on molecular data were associated with the geographical region of their collection. The group I clustered only the isolates collected in Paraná. The group II clustered the isolates collected in Bahia, Federal District and some in Paraná. The group III clustered all isolates from eggplant and only one of potato, all of them collected in the Federal District. The group IV, as the group II, clustered isolates from different regions, like Paraná, Goiás, Rio Grande do Sul and Federal District. These results suggest a relationship between the isolates clustered through molecular analysis in the groups II and III and their geographical region of collection. The isolates clustered in the same way, with similar genetic background in the groups II and IV, were however collected in different regions, showing the great genetic variation of this pathogen.

O gene fator regulador de interferon 4 (IRF4), localizado na região cromossômica 6p25- p23, é um membro da família de fatores reguladores de interferon (IRF), um grupo de fatores de transcrição de ligação ao DNA, sendo IRF4 primariamente associado ao desenvolvimento e resposta imune e expresso exclusivamente em células do sistema imunológico e em linhagens melanocíticas. Embora muitos estudos tenham associado IRF4 a diversas condições, como melanoma e leucemia linfocítica crônica, um recente Genome-Wide Association Study (GWAS) identificou que alelos do SNP rs12203592 (intron 4) estão associados com variação fenotípica em relação à presença de sardas, pigmentação da pele, cabelos e olhos. Estudos funcionais realizados em células melanocíticas humanas e de camundongos revelaram que este SNP está diretamente envolvido na regulação da expressão de IRF4, sugerindo uma clara função na pigmentação do melanócito. Apesar destes achados, a diversidade das regiões regulatórias e codificadora de IRF4 não foi até o momento analisada em populações miscigenadas. A fim de avaliar se outros sítios de variação ao longo do gene IRF4 podem estar associados à pigmentação humana, as regiões regulatórias (promotora e 3´UTR) e codificadora (9 exons e regiões intrônicas flanqueadoras, incluindo o SNP rs12203592) foram analisadas por sequenciamento de nova geração em uma amostra miscigenada da população brasileira. A amostra populacional foi composta por 228 indivíduos não aparentados de Ribeirão Preto, estado de São Paulo, Brasil, os quais foram estratificados de acordo com a pigmentação da pele (clara, média e escura), olhos (azul, verde, castanho-claros e castanho-escuros), cabelo (ruivo, loiro-claro, loiroescuro, castanho-claro, castanho-escuro e preto) bem como em relação à presença de sardas e intensidade de cabelos grisalhos. Bibliotecas de DNA foram preparadas utilizando o Sistema de Enriquecimento de Alvo Haloplex (Agilent Technologies) e sequenciadas na plataforma MiSeq (Illumina). Os pacotes de software CutAdapt, BWA and GATK foram utilizados, respectivamente, para trimagem das sequências dos adaptadores, alinhamento e identificação de variantes. Haplótipos e alelos não identificados foram inferidos pelo método PHASE, embora a fase conhecida entre os sítios de variação (obtida pelo GATK) tenha sido levada em consideração. Um total de 105 sítios de variação foram identificados. Apenas dois deles apresentaram frequências genotípicas que não atendem ao esperado pelo equilíbrio de Hardy-Weinberg (EHW). Dezoito destes SNPs apresentaram forte associação a pelo menos uma característica de pigmentação. Entretanto, se a conservadora correção de Bonferroni para múltiplos testes for levada em consideração, apenas duas associações, ambas envolvendo o SNP rs12203592, permanecem significativas: a associação do alelo T com pele clara e olhos azuis. Este resultado está de acordo com estudos prévios, que reportam que o alelo rs12203592*T leva a uma menor ativação de IRF4 e a uma expressão reduzida da tirosinase, resultando em sensibilidade ao sol e olhos azuis. Foi inferido um total de 101 haplótipos, estando a distribuição destes de acordo com o esperado pelo EHW. Quando os haplótipos foram divididos em haplótipos da promotora, codificadora e 3´UTR foram observadas, respectivamente, 17, 29 e 37 diferentes combinações haplotípicas. Várias associações foram identificadas, particularmente envolvendo o haplótipo mais frequente da promotora, os dois haplótipos mais frequentes da codificadora e o haplótipo mais frequente da 3´UTR, todos associados com pele clara, olhos azuis, cabelos castanhos e cabelos grisalhos. Estes resultados sugerem que outras variantes além de rs12203592, quando consideradas em um contexto haplotípico, são associadas com a pigmentação humana. / The Interferon Regulatory Factor 4 (IRF4) gene, located at chromosomal region 6p25- p23, is a member of the interferon regulatory factor (IRF) family, a group of DNAbinding transcription factors, with the IRF4 primarily associated with immune system development and response and expressed exclusively in immune system cells and melanocytic lineages. Although many studies have shown that IRF4 is associated with many human conditions, such as melanoma and chronic lymphocytic leukemia, a recent Genome-Wide Association Study (GWAS) identified that alleles from the SNP rs12203592 (intron 4) is also associated with phenotypic variation regarding presence of freckles, hair, eye and skin pigmentation. Functional studies in human and mice melanin-containing cells revealed that such SNP is directly involved in the regulation of IRF4 expression, suggesting a clear role in melanocyte pigmentation. In spite of these findings, the regulatory and coding IRF4 diversities in admixed populations have not been evaluated so far. In order to verify if other variation sites spread across the IRF4 gene may be associated with human pigmentation, the regulatory (promoter and 3\'UTR regions) and coding (9 exons and flanking intronic regions, including the SNP rs12203592) regions were analyzed by next-generation sequencing procedures in a Brazilian admixed population sample. The population sample was composed of 228 unrelated individuals from the Ribeirão Preto area, São Paulo State, Brazil, which were stratified according to eye (blue, green, hazel, light-brown, and dark-brown), hair (red, blond, dark-blond, light-brown, dark-brown and black) and skin (light, intermediate and dark) pigmentation, as well as regarding the presence of freckles and intensity of hair greying. DNA libraries were prepared using the Haloplex Target Enrichment System (Agilent Technologies) and sequenced at the MiSeq platform (Illumina). CutAdapt, BWA and GATK software packages were used for trimming adaptor sequences, alignment and genotype calling, respectively. Missing alleles and haplotypes were inferred by using the PHASE method, although the known phase between variable sites (obtained by GATK) was taken into account. A total of 105 variation sites were identified. Only two of them presented genotype frequencies that did not fit Hardy- Weinberg equilibrium (HWE) expectations. Eighteen of these SNPs presented strong association with at least one pigmentation feature. However, if the conservative Bonferroni correction for multiple tests is taken into account, only two associations, both of them involving the rs12203592 SNP, remain significant: allele T associated with light skin and blue eyes. This result is in agreement with previous reports that the rs12203592*T allele leads to reduced IRF4 activation and reduced tyrosinase expression, leading to sun sensitivity and blue eyes. A total of 101 different haplotypes were inferred, and haplotype distribution was in agreement to HWE expectations. When haplotypes were subdivided in promoter, coding and 3\'UTR haplotypes, 17, 29 and 37 different haplotypes were observed, respectively. Various associations were identified, particularly involving the most frequent promoter haplotype, the two most frequent coding (only one of them with allele rs12203592*T), and the most frequent 3\'UTR, all of them with light skin, blue eyes, brown hair and hair greying. These results suggest that other variation sites besides rs12203592, when considered in a haplotypic background, are associated with human pigmentation.