Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3186.pdf: 3703923 bytes, checksum: d87900ff0307615395d72a84051c1051 (MD5) Previous issue date: 2010-06-18 / Salminus brasiliensis is a migratory fish which is distributed in all parts of the rio de la Plata Basin. The Dourado is called the king of the river . It´s one of the most sought after fish by amateur and/or professional fishermen. However, in some regions it is considered to be a vulnerable species. Recent reports have shown the existence of some populations of migratory fish that are genetically structured in the same basin. Considering that the evaluation of variability and genetic structure in natural populations is of great importance for conservation of this species, this study has the objective of examining this question in the populations of S. brasilienses in the region of the Pantanal in Mato Grosso by verifying the existence or not of the genetic structure by means of markers of mitochondrial DNA. Later a phylogeographic approach was carried out to investigate the aspect of genetic evolution of this group of fish, its distribution in all the basin and its relation with the history of the formation of the basins- the relation between the Pantanal, the Parana and Uruguay Rivers Basins. The results shown high genetic diversity and absence of genetic structure, suggesting gene flow between populations of north and south of the Pantanal, probably facilitated by the migratory ability of the species and by the structural characteristics of the region. The presence of shared rare haplotypes evidences this pattern even though exclusive variants occur in each river studied. In relation to the phylogeographic aspects of the group in the limits of the basin of the Rio de la Plata, an old historical contact was verified between the sub-basin of the Parana and Upper Paraguay Rivers, probably occurring at the moment of the formation of the Pantanal. However, analyses has disclosed a current genetic distance between the populations of Dourado in these two areas. Genetic structure was only observed in the Parana River Basin. The Uruguay River Basin and the Pantanal demonstrate genetic similarity. However, it is important to continue evaluation and monitoring of genetic diversity of the natural populations of Dourado to confirm if with other molecular markers if the same pattern will occur as the on in the Pantanal and in the other regions that have been analyzed. / Salminus brasiliensis é um peixe migrador distribuído em toda bacia do Prata. Denominado rei do rio , o dourado está entre os mais almejados na pesca esportiva e/ou profissional. Porém, em algumas regiões está sendo considerada uma espécie vulnerável. Relatos recentes demonstraram a existência de algumas populações de peixes migradores geneticamente estruturadas dentro de uma mesma bacia. Considerando que a avaliação da variabilidade e estrutura genética em populações naturais é de grande importância para conservação dessa espécie, este estudo objetivou primeiramente abordar esta questão em populações de S. brasilienses na região do Pantanal Mato-grossense, verificando a existência de estruturação ou não nessa região, por meio de marcadores de DNA mitocondrial. Depois foi realizada uma abordagem filogeográfica para discutir aspectos referentes à genética evolutiva desse grupo de peixes, sua distribuição por toda bacia e sua relação com a história de formação das bacias; uma relação entre o pantanal e a bacia do Paraná e do Uruguai. Os resultados mostraram alta diversidade genética e ausência de estruturação, sugerindo fluxo gênico entre populações das localidades norte e sul do Pantanal, provavelmente facilitada pela habilidade migratória da espécie e pelas características ecológicas da região. A presença de haplótipos raros compartilhados evidencia esse padrão, embora variantes exclusivos ocorram em cada rio estudado. Quanto aos aspectos filogeográficos do grupo nas limitações da bacia do rio da Prata, foi verificado um contato histórico antigo entre a sub-bacia do Paraná e o Alto Paraguai, provavelmente ocorrido no momento da formação do Pantanal. No entanto, análises revelaram um distanciamento genético atual entre as populações de dourado nessas duas áreas. Estruturação genética só foi observada para o Paraná, sendo que Uruguai e Pantanal demonstraram similaridade genética. Entretanto, é importante continuar a avaliação e o monitoramento da diversidade genética das populações naturais do dourado para confirmar se com outros marcadores moleculares ocorrerá o mesmo padrão ora encontrado no Pantanal e nas demais regiões analisadas.

Submitted by Katiane Souza (katyane.souza@gmail.com) on 2016-06-05T13:21:28Z No. of bitstreams: 1 arquivogeral.pdf: 2116290 bytes, checksum: 06e1c61195711fc54f91cf9dd76556c0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-05T13:21:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivogeral.pdf: 2116290 bytes, checksum: 06e1c61195711fc54f91cf9dd76556c0 (MD5) Previous issue date: 2015-09-03 / Capsicum genus presents wide genetic variability and the most used way to determine this variability is through morphological descriptors, essential to obtain information on available diversity, making it possible to better use in breeding programs. Knowledge of this diversity is critical for breeding program of the species one wants to improve, which could be, in the case of pepper plant, cultivar development that are intended for fruit production, for fresh consumption, industries: food of condiments, canned and dyes; pharmaceutical; cosmetics; for use as a rootstock, or more recently as ornamental plant. So the first chapter of this doctoral thesis aimed to characterize and evaluate genetic divergence and heritability of morphoagronomic characteristics in thirteen populations of ornamental pepper plant, being eight populations F3: F21 (P-1), F24 (P-2), F25 (P-3), F27 (P-4), F29 (P-5), F210 (P-6), F211 (P-7) and F231 (P-8), of crossing between the accesses 134 (P-9) and 77.2 (P10), and five additional witnesses: accesses 134 (P9), 77.2 (P10), 10.1 (P11), 10.2 (P-12), and 10.3 (P-13). The P-9 access presents small size, green leaves, white flowers, and cream to red small fruits. The P-10 access is composed of high-sized plants with vein-like leaves, purple flowers and small fruits and lilac to red fruits. P-11, P-12, and P-13 accesses show plants with very similar size characteristics, large and showy fruits, only differing in the color of ripe fruit P-11 (yellow), P-12 (red), and P-13 (orange). The work was conducted in a greenhouse. Fifty plants of each F3 population and ten of each additional witnesses were distributed in a completely randomized experimental design with two factors: Population and Years. Sixteen morphological descriptors were evaluated, being six of plant and ten of fruit. Variance analysis was performed with the data of the five witnesses and used residual mean squared error to conduct the means comparison test. Genotypes were grouped according to Scott-Knott criteria (p ≤ 0.05). The interaction was significant for all traits, except for the height of the first fork and number of seeds per fruit. The heritability ranged from 91.18% (stem diameter) to 99.97% (greater fruit diameter), for the first year of evaluation, and 85.75% (dry matter content) to 99.65% (higher fruit diameter), for the second year. The relation between genetic variation coefficient and environmental variation coefficient presented values higher than 1 for all traits, except for stem diameter, fruit length / diameter ratio and dry matter content. P3 population was the one with the lowest average for plant height and canopy diameter, thus, being the most recommended for selection of ornamental size. In the second chapter, the objective was to evaluate the genetic divergence between thirteen populations of ornamental pepper plants, using multivariate techniques and determine which morphological characteristics contributed more for genetic divergence. Genetic divergence between populations of ornamental pepper plants was determined by clustering analysis and canonical variables. Multivariate analysis revealed that there is interaction between the studied factors (p <0.01). There was agreement between the multivariate techniques used. Fruit characteristics were those that most contributed for genetic divergence, separating the populations P11, P12 and P13 from other populations. These results were repeated in the two years of evaluation. The third chapter aimed to characterize and estimate genetic divergence within pre-established groups of populations F3 of ornamental pepper plants. Eight F3 populations were evaluated in a completely randomized design with two factors (Populations and Years). Quantitative and qualitative descriptors were used. Dissimilarity matrices were estimated between genotypes within the populations, using Gower dissimilarity coefficient. Ggenotypic divergence explained by dissimilarity matrices were analyzed via non-metric multidimensional scaling (nMDS). Internal consistency presented by populations P4, P6, P7, P5, and P8, indicates that the genotypes of these populations present capability for use in future ornamental pepper plant breeding programs. On the other hand, populations P1, P2, and P3 presented the highest visual dispersion, allowing selection, aiming advancement of future generations. / O gênero Capsicum apresenta ampla variabilidade genética e a maneira mais utilizada de determinar essa variabilidade é através dos descritores morfológicos, essenciais para se obter informações sobre a diversidade disponível, possibilitando sua melhor utilização em programas de melhoramento. O conhecimento dessa diversidade é fundamental para o programa de melhoramento genético da espécie que se deseja melhorar, a qual poderá ser, no caso de pimenteiras, o desenvolvimento de cultivares que se destinem a produção de frutos, para consumo in natura, indústrias: alimentícias de condimentos, conservas e corantes; farmacêutica; cosmética; para serem utilizadas como porta-enxerto ou, mais recentemente, como planta ornamental. Assim, o primeiro capítulo desta tese de doutoramento, teve como objetivo caracterizar e avaliar a divergência genética e a herdabilidade das características morfoagronômicas em treze populações de pimenteiras ornamentais, sendo oito populações F3: F21 (P-1), F24 (P-2), F25 (P-3), F27 (P-4), F29 (P-5), F210 (P-6), F211 (P-7) e F231 (P-8), originárias do cruzamento entre os acessos 134 (P-9) e 77.2 (P10), e cinco testemunhas adicionais os acessos 134 (P9), 77.2 (P10), 10.1 (P11), 10.2 (P-12) e 10.3 (P-13). O acesso P-9 apresenta porte baixo, folhas verdes, flores brancas frutos pequenos de coloração creme para vermelho. O acesso P-10 são plantas de porte alto com folhas jaspeadas, flores lilás e frutos pequenos e coloração de lilás para vermelho. Já os acessos P-11, P-12 e P-13 plantas com características de porte muito similares, frutos grandes e vistosos diferindo apenas na coloração do fruto maduro P-11(amarelo), P-12 (vermelho) e P-13 (laranja). O trabalho foi conduzido em casa de vegetação. Cinquenta plantas de cada população F3 e dez de cada testemunha adicional foram distribuídas em delineamento experimental inteiramente casualizado com dois fatores: Populações e Anos. Foram avaliados 16 descritores morfológicos, sendo seis referentes a planta e dez ao fruto. A análise de variância foi realizada com os dados das cinco testemunhas e utilizou-se o quadrado médio do resíduo para se realizar o teste de comparação de médias. Os genótipos foram agrupados de acordo com os critérios de Scott-Knott (P≤0,05). A interação foi significativa para todas as características, exceto para a altura da primeira bifurcação e número de sementes por fruto. A herdabilidade variou de 91,18% (diâmetro do caule) a 99,97% (maior diâmetro do fruto), para o primeiro ano de avaliação, e 85,75% (teor de matéria seca) a 99,65% (maior diâmetro do fruto), para o segundo ano. A relação entre o coeficiente de variação genética e o coeficiente de variação ambiental apresentou valores superiores a 1 para todas as características, com exceção para diâmetro do caule, relação comprimento /diâmetro do fruto e teor de matéria seca. A população P3 foi a que apresentou as menores médias para a altura da planta e diâmetro da copa, sendo consequentemente a mais recomendada para seleção dentro visando porte ornamental. No segundo capítulo, o objetivo foi avaliar a divergência genética entre treze populações de pimenteiras ornamentais, usando técnicas multivariadas, e determinar quais as características morfológicas que contribuíram mais para a divergência genética. A divergência genética entre as populações de pimenteiras ornamentais foi determinada por análise de agrupamento e de variáveis canônicas. A análise multivariada revelou que existe interação entre os fatores estudados (p < 0,01). Observou-se concordância entre as técnicas multivariadas utilizadas. As características de fruto foram as que mais contribuíram para a divergência genética, separando as populações P11, P12 e P13 das demais populações. Esses resultados se repetiram nos dois anos de avaliação. O terceiro capítulo, teve como objetivos caracterizar e estimar a divergência genética dentro de grupos pré-estabelecidos de populações F3 de pimenteiras ornamentais. Oito populações F3 foram avaliadas, em delineamento inteiramente casualizado, com dois fatores (Populações e Anos). Foram utilizados descritores quantitativos e qualitativos. Foram estimadas matrizes de dissimilaridade entre genótipos dentro das populações utilizando o coeficiente de dissimilaridade de Gower. A divergência genotípica, explicada pelas matrizes de dissimilaridade, foram analisadas via escalonamento multidimensional não-métrico (nMDS). A uniformidade interna apresentada pelas populações P4, P6, P7, P5 e P8, é indicativo de que os genótipos destas populações apresentam aptidão para serem utilizados em futuros programas de melhoramento de pimenteiras ornamentais. Por outro lado, as populações P1, P2 e P3 apresentaram a maior dispersão visual, possibilitando seleção, visando avanço de gerações futuras.

Submitted by Claudia Rocha (claudia.rocha@udesc.br) on 2018-02-28T15:12:17Z No. of bitstreams: 1 PGPV16MA213.pdf: 884034 bytes, checksum: 7cc478a7cc0d8b7316468ee785e7565f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-28T15:12:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGPV16MA213.pdf: 884034 bytes, checksum: 7cc478a7cc0d8b7316468ee785e7565f (MD5) Previous issue date: 2016-08-26 / Microsatellites or simple sequence repeats (SSR) are co-dominant and highly polymorphic genetic markers used for population genetic studies. Mimosa scabrella Benth., popularly known as ‘‘bracatinga’’, is a pioneer and endemic species of Brazil, occurring in Mixed Ombrophilous Forest associated to Brazilian Atlantic Rainforest biome. It is a fast-growing tree of Fabaceae family which facilitates the dynamics of ecological succession. SSR development when there is no sequence is time and labor intensive, there are no molecular markers for Mimosa scabrella Benth. Due to reduced time, the use of second generation sequencing is a powerful tool for microsatellite development for population genetic studies. This current project proposed to develop and validate the first microsatellite markers for the species, evaluating mother trees and progenies. Using Second Generation Sequencing of Illumina platform, this project identified 290 SSR loci e 211 primer pairs. A subset of 11 primer pairs was synthetized with fluorescence in the Forward primer for PCR and capillary electrophoresis validation with leaf DNA of 33 adult and 411 progeny individuals. Polymorphic loci percentage was 36, four in 11 loci, 3 chloroplast SSR and one nuclear SSR. Allele number of polymorphic loci ranged from two to 11 alleles considering all sampling. Second-generation sequencing has enabled a large number of microsatellite loci identification for bracatinga, resulting in SSR markers development for the species. The assessed and validated SSR markers are suitable and useful for analysis and population genetic studies. Other SSR markers were identified, but still need to be synthesized and evaluated for polymorphism and consistency between mother trees and progenies for validation / Microssatélites ou simple sequence repeats (SSR) são marcadores genéticos codominantes e altamente polimórficos usados para estudos de genética de populações. Mimosa scabrella Benth., popularmente conhecida como bracatinga, é uma espécie pioneira e endêmica do Brasil, ocorrendo na Floresta Ombrófila Mista, associado ao bioma Mata Atlântica. É uma espécie arbórea da família Fabaceae, de rápido crescimento, que facilita a dinâmica de sucessão ecológica. O desenvolvimento de SSR quando não há sequências é demorado e laborioso, e não há marcadores moleculares desenvolvidos para Mimosa scabrella Benth. Devido ao tempo reduzido, o uso de sequenciamento de segunda geração é uma ferramenta poderosa para o desenvolvimento de microssatélites nos estudos de genética de populações. O presente trabalho se propôs a desenvolver e validar os primeiros marcadores microssatélites para a espécie, avaliando matrizes e progênies. Usando o sequenciamento de segunda geração pela plataforma Illumina, este trabalho identificou 290 locos SSR e 211 pares de primers. Um subconjunto de 11 pares de primers foi sintetizado com fluorescência no primer forward para validação por PCR e eletroforese capilar a partir do DNA de folhas de 33 adultos e 411 progênies. A porcentagem de locos polimórficos foi de 36, quatro locos em 11, três SSR cloroplastidiais e um SSR nuclear. O número de alelos por loco polimórfico variou de 2 a 11 considerando toda a amostragem. O sequenciamento de segunda geração possibilitou a identificação de um grande número de locos microssatélites para a bracatinga, resultando no desenvolvimento de marcadores SSR para a espécie. Os marcadores SSR avaliados e validados são aptos e úteis para análises e estudos de genética de populações. Outros marcadores SSR foram identificados, mas ainda precisam ser sintetizados e avaliados quanto ao polimorfismo e consistência entre matrizes e progênies para validação

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1309318 bytes, checksum: 2bf5ec79170b4c80eee708ade23f9897 (MD5) Previous issue date: 2010-06-11 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The grapevine is a perennial fruit of greater economic importance worldwide. Although not among the world's largest producer, Brazil has been showing a growing development in the industry, and production area has increased markedly with the renovation of the vineyards and new plantings. For the deployment and renewal of vineyards wine growers in Brazil have faced serious problems related to lack of plantlets with the genetic and phytossanitari quality tested by national especialisaded companies. Thus, the lack of a private or official certification program of plants, in order to prevent the spread of propagation material of dubious genetic and sanitary quality, has hindered the development of the national viticulture. The aim of this work was (I) the genetic caracterization (DNA fingerprinting) and the analysis of the genetic diversity of 27 grape varieties cultivated in Minas Gerais, Brazil, using SSR molecular markers; and (II) to identify and map the occurrence of viruses in the grapevine Core collection of EPAMIG Grape and Wine, which are used for production of grafted plants, and analyzing the evolution of viral titer of infected plants along the grape phenological cycle by means of DASELISA serological method. Among the 27 cultivars analyzed, 26 different SSR profiles were detected. In this work were identified 101 alleles in 7 loci analyzed with average of 14.43 alleles per locus, confirming the high power of these markers for genetic polymorphism detection. The expected heterozigosity ranged from 0.832 to 0.9205 with average 0.8873 while the observed heterozigosity ranged from 0.7692 to 1.000 with average of 0.8943. The high number of heterozygous individuals might be due the breeding selection followed by genotype maintenance through vegetative propagation. Grapes are known to be very sensitive to inbreeding depression and the higher performance is mainly observed in heterozygous individuals. The loci with highest polymorphisms content (PIC) were VVS2 (0.92), VVMD27 (0.918) and VrZAG62 (0.918) while the loci with lowest values of PIC were VVMD25 (0.832) and VrZAG79 (0.845). Considering the 7 loci analyzed the PI accumulation was very low (1.27 x 10-12) indicating the high efficiency of these loci for grapevine genotypes differentiation. The dendrogram showed four main groups and they were in agreement with the genetic similarity (pedigree) of these varieties. In the principal coordinate analysis, the group formed for 4 Americans varieties showed the highest level of genetic structuration. Despite no clear division was observed between vinifers and rootstocks groups during the structuration, the results indicates a tendency of clustering among the varieties belonging to the same group. Regarding the study of viruses plants of six canopy varieties ('Syrah', 'Chardonnay', 'Cabernet Sauvignon', 'Merlot', 'Bordo' and 'Niagara Rosada'), four rootstock varieties ('Traviú', '1103 Paulsen, 'I'AC 572' and 'IAC 766') and nine combinations of seedlings produced from grafted plants. Twelve 'Bordo' clones belonging to a clonal selection breeding program based of EPAMIG were also analyzed. The plants were tested for the following viruses: GLRaV-1, GLRaV-2, GLRaV-3, GLRaV-6, GVA, GFkV and GFLV. Bordo clones had a high rate of infection with GLRaV-2, which was detected in 91.66% of samples. The GLRaV-1 were detected in two clones (3 and 17), whereas the GLRaV-3 were also detected in two clones (3 and 07). Analyzing mother plants and seedlings produced from them, from a set of 7 seven virus studied, only GLRaV-3 was detected, being present in Niagara Rosada mother plants and in two rootstocks ( IAC 572 and IAC 766 ). The variation in viral titer along the phenological cycle showed an increase in the concentration of viral particles of the three viruses analyzed (GLRaV-1, GLRaV-2, and GLRaV-3). / A videira é a frutífera perene de maior importância econômica a nível mundial. Apesar de não figurar entre os maiores produtores mundiais, o Brasil vem apresentando um crescente desenvolvimento no setor, e a área de produção tem aumentado acentuadamente com a renovação dos vinhedos e novos plantios. Para a implantação e renovação dos vinhedos, os viticultores brasileiros têm enfrentado sérios problemas relacionados à falta de mudas com qualidade genética e fitossanitária testadas por empresas nacionais especializadas. Assim, a inexistência de um sistema público ou privado de certificação de mudas, com a finalidade de impedir a difusão de material propagativo de qualidade genética e fitossanitária duvidosas, dificulta o desenvolvimento da viticultura nacional. Os objetivos desse trabalho foram (I) a identificação genética ( DNA fingerprinting ) e estudo da diversidade genética de variedades copa e de porta-enxerto de videira cultivados no estado de Minas Gerais, utilizando marcadores moleculares do tipo SSR, para dar suporte ao programa de certificação genética de mudas de videira da EPAMIG; e (II) identificar e mapear a ocorrência de viroses na coleção de plantas matrizes de videira do Núcleo Tecnológico EPAMIG Uva e Vinho, que são utilizadas para produção de mudas enxertadas e analisar a evolução da carga viral de plantas infectadas ao longo do ciclo produtivo das plantas. Os sete marcadores microssatélites utilizados permitiram a diferenciação de 26 genótipos entre as 27 variedades estudadas. Foram identificados 101 alelos com uma média de 14,43 alelos por locus, confirmando a eficiência dos marcadores para a detecção de polimorfismos genéticos. A heterozigosidade esperada variou de 0,832 a 0,9205, com média 0,8873, enquanto a heterozigosidade observada variou de 0,7692 a 1,000, com média 0,8943. O excesso de heterozigotos se explica pelo fato da seleção de indivíduos superiores para qualidade e produtividade em videira ter sido realizada precocemente durante o processo de melhoramento da cultura e perpetuado pela multiplicação vegetativa. Além disso, a videira é sensível à depressão endogâmica sendo as melhores performances obtidas com indivíduos heterozigotos. Os loci que apresentaram os maiores valores de conteúdo de informação polimórfica (PIC) foram VVS2 (0,92), VVMD27 (0,918) e VrZAG62 (0,918). Já os que apresentaram os menores valores foram o VVMD25 (0,832) e o VrZAG79 (0,845). Considerando os 7 loci analisados, a probabilidade de identidade atingiu um valor relativamente baixo (1,27 x 10-12), demonstrando uma grande eficiência dos loci utilizados para a diferenciação das variedades. A análise agrupou corretamente a maioria das variedades de acordo com o pedigree. Na análise das coordenadas principais, o grupo formado pelas 4 variedades copa americanas apresentou o maior nível de estruturação. Apesar de não ter ocorrido uma clara estruturação em relação aos grupos das viníferas e dos porta-enxertos, foi possível notar uma tendência de agrupamento das variedades pertencentes ao mesmo grupo. Em relação ao estudo das viroses, foram analisadas plantas matrizes de seis variedades copa, ( Syrah , Chardonnay , Cabernet Sauvignon , Merlot , Bordô e Niágara Rosada ), quatro variedades de porta-enxertos ( Traviú , 1103 Paulsen , I AC 572 e IAC 766 ) e 9 combinações de mudas enxertadas produzidas a partir das plantas matrizes. Foram também analisados 12 clones da variedade Bordô pertencentes a um programa de seleção clonal desenvolvido na EPAMIG. As plantas foram testadas para os seguintes vírus: GLRaV-1, GLRaV-2, GLRaV-3, GLRaV-6, GVA, GFkV e GFLV. Os clones Bordô apresentaram uma alta taxa de infecção pelo GLRaV-2, que foi detectado em 91,66 % das amostras avaliadas. O GLRaV-1 foi detectado nos clones 3 e 17 e o GLRaV-3 nos clones 3 e 7. Analisando plantas matrizes e as mudas produzidas a partir delas, apenas o GLRaV-3 foi detectado, estando presente nas matrizes de Niágara Rosada, nos portaenxertos IAC 572 e IAC 766, e nas mudas Niágara Rosada/IAC 766 e Niágara Rosada/IAC 572. A análise da variação da carga viral ao longo do ciclo vegetativo evidenciou um aumento da concentração de partículas virais ao longo do ciclo vegetativo da videira para os 3 vírus analisados (GLRaV-1, GLRaV-2 e GLRaV-3).

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1575667 bytes, checksum: fbca9c4148432b4272c4c5d8c7e2eeb1 (MD5) Previous issue date: 2013-03-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Growing peppers in pots as ornamental plant has increased considerably across the planet. In addition to commercial prominence, the great diversity of Capsicum has fostered the breeding programs, allowing its use in these programs. In recent years, emphasis was given to obtaining hybrids because, for most traits, hybrids show up, in general, more stable and more productive than the open pollinated cultivars. Therefore, this study aimed to characterize, evaluate the conduct and estimate the heterosis in intraspecific and interspecific hybrids of ornamental pepper, for selection purposes continuing the breeding program Capsicum University Federal of Paraiba and the University Federal of Viçosa. For this the nine genotypes belonging to the germplasm bank of vegetables (UFPB / UFV) were used. These were crossed yielding fifteen intraspecific hybrids among these six hybrids, a hybrid double and triple eight hybrids and seven interspecific hybrids. We evaluated twenty-seven characteristics being used completely randomized design. Quantitative data were subjected to analysis of variance with subsequent grouping of means by Skott-Knott method to 1% probability. For analysis of genetic divergence, was used clustering method Tocher based on Mahalanobis distance. In addition, we calculated the relative importance of those characteristics. For intraspecific hybrids, was also calculated the gain selection based on the selection index of 20%, heterosis and heterosis. We observed high variability for the characters qualitative analysis. Accessions were identified compact plants, with varied coloration of flowers, fruits and that stand erect with the foliage of fruit over that pass through various colors during maturation and can be used in breeding programs with ornamental purpose. For intraspecific hybrids gains selection varied according to the trait under study. It was observed gains from 0,10% to 33,13% to the characteristics for pericarp thickness and dry matter content of the fruit respectively. Estimated values of heterosis and heterosis were significant positive and negative for all traits. In the analysis of the average performance of the parents and hybrid types was evident genetic variability found in the three categories of hybrids. Thus being able to assert that, it is not possible to generalize the hybrid recommendation type. Comments should be selected according to the interest for each trait in the study. The triple hybrids were superior to some characteristics of size, inflorescence, precocity and fruit quality. Since the hybrids are recommended for the characteristics of the fruit dimensions. In the analysis of interspecific hybrids also observed variability despite the extreme difficulty in obtaining good as the hybrid character of great importance, such as plant height, crown diameter, corolla length, fruit size, yield, earliness, vitamin C, and who has also performed well as other agronomically important traits and combinations evaluated responded to these requirements. / O cultivo de pimentas em vaso tem aumentado consideravelmente em todo o planeta. Além do destaque comercial, a grande diversidade existente no gênero Capsicum tem fomentado o comércio como plantas ornamentais. Porém há poucas variedades comerciais para ornamentação, o que requer o desenvolvimento de programas de melhoramento. Nos últimos anos, tem se dado ênfase à obtenção de híbridos, em Capsicum, pois, para a maioria das características estudadas, os híbridos mostram-se, de maneira geral, mais estáveis e mais produtivos que as cultivares de polinização aberta. Dessa forma, esse trabalho teve como objetivo, caracterizar, avaliar o comportamento e estimar a heterose em híbridos intra e interespecíficos de pimenteiras ornamentais, para fins de seleção dando continuidade ao programa de melhoramento de Capsicum da Universidade Federal da Paraíba e da Universidade Federal de Viçosa. Para tanto, nove genótipos pertencentes ao banco de germoplasma de hortaliças (UFPB/UFV) foram utilizados. Estes foram cruzados obtendo-se quinze híbridos intraespecíficos, dentre estes, seis híbridos simples, um híbrido duplo e oito híbridos triplos, além de sete híbridos interespecíficos. Foram avaliadas vinte e sete características, sendo utilizado o delineamento inteiramente casualizado. Os dados quantitativos foram submetidos à análise de variância com posterior agrupamento de médias pelo método de Skott-Knott, a 1% de probabilidade. Para análise de divergência genética foi utilizado o método de agrupamento de Tocher com base na distância generalizada de Mahalanobis. Além disso, foi calculada a importância relativa das características avaliadas. Para os híbridos intraespecíficos calculou-se também o ganho de seleção com base no índice de seleção de 20%, a heterose e a heterobeltiose. Observou-se grande variabilidade para os caracteres qualitativos analisados. Foram identificados acessos de plantas compactas, com coloração variada de flores, frutos eretos e que se destacam com a folhagem, além de frutos que passam por diversas cores durante o processo de maturação, com finalidade ornamental. Para os híbridos intraespecíficos, os ganhos de seleção variaram conforme a característica em estudo. Observaram-se ganhos entre 0,14% a 33,13% para as características espessura do pericarpo e teor de matéria seca do fruto. Foram obtidos valores de heterose e heterobeltiose significativos positivos e negativos para todas as características. Na análise do desempenho médio dos genitores e dos tipos híbridos ficou evidente a variabilidade genética encontrada nas três categorias de híbridos. Dessa forma pode-se afirmar que não é possível generalizar na recomendação do tipo de híbrido. Devendo os mesmos, serem selecionados de acordo com o interesse para cada característica em estudo. Os híbridos triplos foram superiores para algumas características de porte, inflorescência, precocidade e qualidade dos frutos. Já os híbridos simples são recomendados para as características de dimensões do fruto. Na análise dos híbridos interespecíficos também houve variabilidade, apesar da extrema dificuldade na obtenção de bons híbridos quanto a caracteres de grande importância, como altura da planta, diâmetro da copa, comprimento da corola, tamanho de frutos, produção, precocidade, vitamina C, e que possua também bom desempenho quanto a outros caracteres de interesse agronômico tendo as combinações avaliadas, correspondido a tais requisitos.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 550423 bytes, checksum: 038e82245fcf06c56e234826a321a4a6 (MD5) Previous issue date: 2006-09-11 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Ninety seven bacteria from the rumen and eighty seven ones from the feces were isolated from three dairy cows, feeding ration (24% protein) and corn ensilage. The resistance of the isolates to antibiotics were evaluated by using the agar dilution procedure for the following antimicrobials: nalidixic acid (NAL), ampicillin (AMP), chloramphenicol (CHL), erythromycin (ERY), streptomycin (STR), penicillin (PEN) and tetracycline (TET). The genetic diversity of 29 isolates from the rumen and 28 isolates from the feces were evaluated by Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Approximately fifty seven percent isolates were obtained from animal one, thirteen percent from animal two, and twenty nine percent from animal three. The percent isolates obtained from feces were 62.1; 10.3; 27.6 for animal one, two and three, respectively. Considering all rumen isolates, the percent isolates resistant to the antimicrobial under test were: NAL 100 %; AMP 59.8 %; CHL 3.1 %; ERY 21.6 %; SRT 10.3 %; PEN 97.9 %; and TET 78.3 %. The overall resistance of the isolates from the feces were: NAL 100 %; AMP 54.0 %; ERY 20.7 %; STR 2.3 %; PEN 96.5 %; and TET 32.2 %. No isolates from the rumen or feces were simultaneously resistant to all antibiotics. The rumen isolates presenting the highest number of resistance marks were simultaneously resistant to six antibiotics, whereas the feces isolates were simultaneously resistant to five antibiotics. Among the rumen isolates showing six or five marks, neither one was resistant to chloramphenicol. Most isolates showing four marks were simultaneously resistant to the nalidixic acid, ampicillin, penicillin and tetracycline, whereas most isolates showing three marks were resistant to the nalidixic acid, ampicillin and penicillin. Those data suggest the profile resistant of the isolates from the rumen to be related to the resistance pattern of the isolates from the feces, relative to nalidixic acid, ampicillin, erythromycin, penicillin and tetracycline. The values of the genetic distance for rumen isolates ranged from 58% to 100%, therefore indicating high genetic diversity among those isolates. The values of the genetic distance among the feces isolates ranged from 16% to 96%, so indicating a high genetic diversity among isolates, as being those values lower, compared to rumen isolates. / Neste trabalho, foram isoladas 97 bactérias do rúmen e 87 bactérias das fezes de três bovinos, alimentados com ração (24% proteína) e silagem de milho. A resistência dos isolados bacterianos aos antibióticos foi avaliada, por meio do método de diluição em agar, utilizando-se os seguintes antimicrobianos: ácido nalidíxico (NAL), ampicilina (AMP), cloranfenicol (CHL), eritromicina (ERY), estreptomicina (STR), penicilina (PEN) e tetraciclina (TET). A diversidade genética de 29 isolados do rúmen e 28 isolados das fezes foi avaliada, por meio da técnica de polimorfismo de DNA amplificado ao acaso (RAPD). Dentre as bactérias isoladas do rúmen, aproximadamente cinqüenta e sete por cento foram obtidas do animal 1, treze por cento obtidas do animal 2 e vinte e nove por cento foram obtidas do animal 3.Os percentuais de isolados, obtidos das fezes, foram 62,1, 10,3 e 27,6 para os animais 1, 2 e 3, respectivamente. Considerando todos os isolados do rúmen, os percentuais de isolados resistentes aos antibióticos foram: NAL 100 %, AMP 59,8 %, CHL 3,1 %, ERY 21,6 %, STR 10,3 %, PEN 97,9 % e TET 78,3 %. Para todos os isolados das fezes, os percentuais de isolados resistentes foram: NAL 100 %, AMP 54,0 %, ERY 20,7 %, STR 2,3 %, PEN 96,5 % e TET 32,2 %. Nenhum isolado do rúmen ou das fezes foi, simultaneamente, resistente aos sete antibióticos. Os isolados do rúmen, que apresentaram maior número de marcas de resistência, foram simultaneamente resistentes a seis antibióticos, enquanto os obtidos das fezes foram simultaneamente resistentes a cinco antibióticos. Entre os isolados do rúmen, que apresentaram resistência a cinco ou seis antibióticos, nenhum foi resistente ao cloranfenicol. A maioria dos isolados, que apresentaram quatro marcas, foram simultaneamente resistentes ao ácido nalidíxico, à ampicilina, à penicilina e à tetraciclina, enquanto a maioria dos isolados que apresentaram três marcas de resistência foram resistentes ao ácido nalidíxico, à ampicilina e à penicilina. Os dados obtidos indicam uma provável relação entre o perfil de resistência das bactérias do rúmen e perfil de resistência das bactérias das fezes, quanto aos antibióticos: ácido nalidíxico, ampicilina, eritromicina, penicilina e tetraciclina. Os valores de distância genética para os isolados do rúmen variaram de 58% a 100 %, indicando grande diversidade genética entre esses isolados. Os valores de distância genética entre os isolados das fezes variaram de 16 % a 96 %, indicando grande diversidade genética entre os isolados, sendo estes valores menores em comparação com os isolados do rúmen.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:54:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1599543 bytes, checksum: a46bc51dcb3cebc37a269bed333e6b65 (MD5) Previous issue date: 2009-02-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The goats were introduced in Brazil by the Portuguese colonizers. Today it is difficult to accurately identify the origin of the Brazilian domestic animals and it is unknown the entire extent of its diversity. The conservation and breeding of domestic animals depend on diversity in the species concerned. Theobjectives of this study were 1. compare different multivariate techniques in the study of genetic diversity among and inside goats populations through morphometric characters; 2. phenotypically characterize the goats populations; 3. establish groups according to racial or geographical affiliation of individuals, for conservation or genetic improvement programs; 4. identify the most suitable crossbreeding for formation of compounds; 5. markers indicate the most discriminant. The biometric markers were used: shoulder height (AC), chest height (AP) ear length (CO), thorax depth (AC-AP) and indexes with two bodily measures. The morphological characteristics of known genetic inheritance were used for the presence or absence of reduced ears, horns, long hair, wattles, beard, roan color, brown eumelanin and eumelanic standard pigmentation. Biometric characters were sampled for 796 Brazilian and Moroccan goats. For phenotypic traits it was showed 21 different populations (n = 2938) goats in Brazil, Africa, Continental Europe, Mediterranean islands. The results for the morphological traits allowed grouped populations for its phenotypic similarities that for its history. The genetic distance for alelleque morphogical traits, applying the method developed by Nei (1972), was: least between goats from Saanen and Marota (0,0014), Boer and Azul (0,0069); and greatest between populations Sardinia and Nambi (0.5458). The SRD of Ceará and Piauí are similar to each other (D = 0,0532). In the dendrogram was the emergence of four branches. A composed exclusively of Nambi, the other goats in Sardinia and Malta. The third class was composed (83% of bootstrap) by exotic dairy breeds and the other ecotypes of Piauí. The fourth branch was formed by types Moroccan and other Mediterranean populations. The results (using the biometric measures) are in agreement with the historical and the geographical distribution of the populations. The junctions obtained in the dendrograms from the average Euclidean distance and e Mahalanobis of distance, is indicative of high similarity among dairy breeds of European and Drâa (Moroccan population). The cluster the Moroccan populations Zagora and Rhâali in the dendrograms denote that the geographical proximity of the two was more important than the relationship supposed between Drâa and Zagora populations. The goats Azul and SRD first grouped with the Zagora and Rhâali, and all those with the Anglo-Nubian and Boer. Nambi and Marota are types the part, Azul and SRD are next between itself . The inclusion of other genetic groups for comparative analysis, the use of more number markers and individuals will give greater accuracy in the study of genetic diversity. Through the analysis of principal components showed that the groups were partially consistent with the origin and history of populations. The spatial distribution of individuals, the main components, the genetic groups identified the most similar / dissimilar. Allowed, also show the degree of uniformity / imbalance between individuals within each population, therefore the type showed lower Blue standardization among the populations considered. / Os caprinos foram introduzidos no Brasil pelos colonizadores portugueses. Hoje é difícil identificar com exatidão a origem dos animais domésticos brasileiros, bem como se desconhece toda a extensão de sua diversidade. A conservação e o melhoramento genético de animais domésticos dependem da diversidade na espécie considerada. Os objetivos deste trabalho foram 1. comparar diferentes técnicas multivariadas no estudo da diversidade genética nter e intra as populações caprinas através de caracteres morfométricos; 2. caracterizar fenotipicamente as populações caprinas; 3. estabelecer agrupamentos segundo a filiação racial ou geográfica dos indivíduos, para programas de conservação ou melhoramento genético; 4. identificar os cruzamentos mais indicados para formação de compostos; 5. indicar os marcadores os mais discriminantes. Os marcadores biométricos utilizados foram: altura de cernelha (AC), altura da maçã do peito ao chão (AP), comprimento de orelha (CO), profundidade torácica (calculada pela diferença entre AC e AP) e índices entre duas medidas corporais. Os caracteres morfológicos de herança genética conhecida utilizados foram para a presença ou ausência de orelhas reduzidas, chifres, pêlos longos, brincos, barba, pelagem ruão, eumelanina marrom e padrão pigmentar eumelânico. Para caracteres biométricos foram amostradas 796 cabras brasileiras e marroquinas. Já para traços morfológicos amostrou-se 21 diferentes populações (n=2938) caprinas no Brasil, África, Europa continental e ilhas mediterrâneas. Os resultados para os traços morfológicos permitiram agrupar populações mais por suas similaridades fenotípicas que por seus históricos. As distâncias genéticas para freqüências alélicas de caracteres morfológicos segundo o método de Nei (1972) foram: as menores entre as cabras Saanen e Marota (0,0014); e Boer e Azul (0,0069); as maiores distâncias entre as populações Sardenha e Nambi (0,5458). As SRD do Ceará e Piauí são similares entre si (D=0,0532). No dendrograma houve o surgimento de quatro ramos. Um composto exclusivamente de Nambi, outro de cabras da Sardenha e Malta. O terceiro ramo foi composto (83% de bootstrap) pelas raças exóticas leiteiras e os demais ecótipos do Piauí. O quarto ramo foi formado pelos demais tipos marroquinos e demais populações mediterrâneas. Já os resultados com base nas medidas biométricas estão parcialmente de acordo com o histórico e a distribuição geográfica das populações. Com as junções obtidas nos dendrogramas a partir da distância Euclidiana média e da distância de Mahalanobis, há indicativos de alta similaridade entre as populações européias leiteiras e a população marroquina Drâa. O agrupamento das populações marroquinas Zagora e Rhâali nos dendrogramas denota que a proximidade geográfica de ambas foi mais importante que a suposta relação de parentesco entre as populações Zagora e Drâa. As cabras Azul e SRD agruparam primeiramente com as populações marroquinas Zagora e Rhâali e depois com as raças Anglo-nubiana e Boer. Nambi e Marota são tipos a parte, e Azul e SRD são as mais próximas entre si. A inclusão de outros grupos genéticos para análise comparativa, o emprego de maior número de marcadores e de indivíduos darão maior acurácia no estudo da diversidade genética. Por meio da análise de componentes principais observou-se que os agrupamentos foram parcialmente coerentes com a origem e histórico das populações. A distribuição espacial dos indivíduos, pelos componentes principais, permitiram identificar os grupos genéticos os mais similares/ dissimilares. Permitiu, ainda, visualizar o grau de uniformidade/ desuniformidade entre indivíduos dentro de cada população, portanto, o tipo Azul apresentou menor padronização dentre as populações consideradas.

Submitted by Maximiliano Kawahata Pagliarini null (max.pagliarini@gmail.com) on 2016-07-19T18:22:23Z No. of bitstreams: 1 Tese_Maximiliano_Pagliarini_PPGAgronomia_UNESP.pdf: 2759397 bytes, checksum: 252905ebd212e708c5070c9c9f59d79a (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-07-20T18:24:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 pagliarini_mk_dr_ilha.pdf: 2759397 bytes, checksum: 252905ebd212e708c5070c9c9f59d79a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-20T18:24:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 pagliarini_mk_dr_ilha.pdf: 2759397 bytes, checksum: 252905ebd212e708c5070c9c9f59d79a (MD5) Previous issue date: 2016-05-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Espécies exóticas de Pinus foram introduzidas no Brasil para promoverem o crescimento socioeconômico do país e ajudar na redução da pressão causada pelo uso de florestas nativas Com a crescente demanda por essas espécies, pesquisas em melhoramento genético tem aumentado na busca de novos germoplasma mais produtivos em menor tempo. Duas espécies foram utilizadas no presente trabalho: Pinus elliottii Engelm. var. elliottii e Pinus radiata D. Don. A primeira parte do trabalho teve a finalidade de identificar a estabilidade, a adaptabilidade, a produtividade e os parâmetros genéticos, além do ganho de seleção e diversidade genética em progênies de polinização aberta de segunda geração de P. elliottii var. elliottii considerando os caracteres fenotípicos. Foram estabelecidos dois testes, um em Ponta Grossa-PR com 24 progênies e outro em Ribeirão Branco-SP com 44 progênies visando identificar os genótipos mais produtivos para áreas de plantio comercial em ambos locais. Foi observada variação significativa (p<0,01) entre as progênies para os caracteres de crescimento e alguns caracteres de forma. Os altos coeficientes de variação genética para volume de madeira (14,31% a 16,24% - Ribeirão Branco e 31,78% a 33,77% - Ponta Grossa) e herdabilidade (0,10 a 0,15 – Ribeirão Branco e 0,36 a 0,48 – Ponta Grossa) mostraram baixa influência do ambiente na variação fenotípica, o que é importante para a predição do ganho genético mediante a seleção e confirmam potencial genético em ambos os locais, especialmente Ponta Grossa. O efeito da interação genótipo x ambiente é simples. As progênies plantadas em um local poderão também ser plantadas no outro. Dentre essas as C-197, C-189-1, C-084-2 e C-032-2 são indicadas para plantações tanto na região estudada do estado de São Paulo quanto do Paraná. Apesar de um número maior de progênies em Ribeirão Branco, constatou-se o mesmo número de agrupamentos de progênies pelo método UPGMA e de otimização de Tocher em ambos os testes. Existe diversidade genética entre as progênies de P. elliottii. Para programas de melhoramento, recomenda-se o cruzamento entre progênies de grupos divergentes para aumentar a variação genética, e consequentemente, o ganho genético nas gerações subsequentes, sem esquecer de se levar em consideração a performance do caráter de interesse. O objetivo do trabalho em P. radiata foi relacionar os resultados de características da madeira obtidas a partir de dois métodos Pilodyn e SilviScan visando validar uma metodologia eficiente para fenotipagem de um maior número de amostras. Um teste com 30 progênies de P. radiata foi estabelecido em Flynn na Austrália. As características avaliadas foram densidade da madeira, o ângulo microfibrilar e o módulo de elasticidade. A correlação genética e fenotípica entre os caracteres da madeira obtidas a partir dos dois métodos e a herdabilidade individual no sentido restrito foram estimadas. Os dados de Pilodyn apresentaram alta herdabilidade e alta correlação genética e fenotípica entre densidade de madeira e moderada com ângulo microfibrilar e módulo de elasticidade. Os resultados confirmam que o Pylodyn é um efetivo método indireto e rápido para avaliação de parâmetros genéticos para caracteres de qualidade madeira em P. radiata. / Exotic forest species have been introduced in Brazil in order to promote improvements in socioeconomic development and help to reduce the pressure caused to native forests. With growing demand for these species, research on genetic improvement has increased to find new, more productive germplasm and preferably in less time. Two species were used in the study: slash pine (Pinus elliottii Engelm. var. elliottii) and radiata pine (Pinus radiata D. Don). The first part of the study had the purpose to identify the stability, adaptability, productivity and genetic parameters, in addition to selection gain and genetic divergence in slash pine open pollinated second generation progenies considering phenotypic trait. Two tests were established, one in Ponta Grossa-PR with 24 progenies and one in Ribeirão Branco-SP with 44 progenies, both in Brazil, to identify the most productive genotypes for commercial planting areas in both sites. There was significant variation (p<0.01) among progenies for growth and form traits. The high coefficients of genetic variation for wood volume (14.31% to 16.24% - Ribeirão Branco-SP and 31.78% to 33.77% - Ponta Grossa-PR) and heritability (0.10 to 0.15 – Ribeirão Branco-SP and 0.36 to 0.48 – Ponta Grossa-PR) have shown low environmental influence on phenotypic variation, which is important for the prediction of genetic gain by selecting and confirming genetic potential in both places, especially Ponta Grossa. The effect of genotype x environment interaction is simple. Progenies planted in one site can also be planted in the other. Among these C-197, C-189-1, C-084-2 and C-032-2 progenies are suitable for plantations in both studied region of São Paulo and Paraná. Although larger number of progenies in Ribeirão Branco, it was found the same number of clusters through UPGMA and Tocher methods in both tests. There is genetic diversity among slash pine progenies. For breeding programs, it is recommended to cross progenies between different groups to increase genetic variation, and consequently the genetic gain in subsequent generations, not forgetting to take into account the performance of interest trait. The objective of the study in Radiata pine was relate wood quality traits obtained from two methods Pilodyn and SilviScan to validate an efficient phenotyping methodology for a greater number of samples. A test with 30 progenies of Radiata pine was established in Flynn Australia. The evaluated traits were wood density, microfibril ange and modulus of elasticity. Genetic and phenotypic correlation between traits of wood quality obtained from two methods and narrow-sense individual heritability were estimated. The Pilodyn data showed high heritability and high genetic and phenotypic correlation between wood density and moderate with microfibril angle and modulus of elasticity. The results confirm that the Pylodyn is an effective indirect and rapid method for evaluation of genetic parameters for wood quality traits in Radiata pine.

Submitted by ALINE MEIRA BONFIM MANTELLATTO null (alinemeira22@hotmail.com) on 2016-10-26T12:27:30Z No. of bitstreams: 1 Tese_Aline_Meira_Bonfim_Mantellatto.pdf: 3628073 bytes, checksum: fb09b14fa5d50ef174174cbe54e46f70 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-11-01T15:24:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 mantellato_amb_dr_jabo.pdf: 3628073 bytes, checksum: fb09b14fa5d50ef174174cbe54e46f70 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-01T15:24:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 mantellato_amb_dr_jabo.pdf: 3628073 bytes, checksum: fb09b14fa5d50ef174174cbe54e46f70 (MD5) Previous issue date: 2016-10-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Considerada a espécie de cervídeo brasileira mais ameaçada de extinção, Mazama bororo, foi recentemente descrita em 1996. Devido a isso, aspectos básicos de sua biologia ainda são desconhecidos. Dessa maneira, o presente trabalho teve como objetivo utilizar DNA extraído de espécimes recentes e de museus para descrever a sua distribuição histórica, investigar a existência de padrões filogeográficos, avaliar a taxonomia da espécie e os erros de identificação no material analisado pertencente aos acervos científicos de museus. Para tanto, foi realizada a extração de DNA de 200 amostras de ossos turbinais obtidos em museus de história natural e 78 destes espécimes foram identificados a partir de iniciadores do gene citocromo b (224bp). O total de 22 espécimes identificados como pertencentes à espécie Mazama bororo permitiu conhecer áreas inéditas da distribuição histórica e, possivelmente atuais, da espécie, como os estados de Rio Grande do Sul, Minas Gerais, Goiás, Espírito Santo e Bahia. Além disso, a comparação entre o DNA dos holótipos de Mazama bororo e de Mazama americana jucunda indica que a espécie M. bororo corresponde à subespécie M. americana jucunda, descrita em 1913, demonstrando a necessidade de elevar essa subespécie à categoria de espécie. Análises filogeográficas da espécie demonstram que M. bororo não apresenta uma estruturação populacional histórica e que diversidade genética é baixa quando comparada a outras espécies, um indicativo de que políticas de manutenção e conservação dessa espécie são essenciais a sua permanência. Comparando-se as identificações morfológicas presentes nos museus com as identificações obtidas a partir do marcador molecular utilizado observa-se que a taxa de erro decorrente da classificação baseada em caracteres morfológicos foi de 26%. Entretanto, espera-se que, com o auxílio do DNA de coleções científicas, a seleção de caracteres morfológicos não convergentes para este grupo seja possível, permitindo assim a realização de identificações morfológicas corretamente. / Mazama bororo was recently described in 1996 and is considered the most threatened species of Brazilian deer. Due to this, basic aspects of its biology are still unknown. Thus, this research project aims to use DNA extracted from recent specimens and from natural history collections to review the taxonomy, to describe historical distribution and to investigate the existence of phylogeographic patterns on M. bororo. For this purpose, we extracted DNA from 200 samples of turbinate bones obtained from natural history collections and 78 of these were identified from cytochrome b initiator (224bp). We obtained a total of 22 specimens identified as M. bororo. This result allowed identify unpublished areas on historical and perhaps current distribution of M. bororo in states such as Rio Grande do Sul, Minas Gerais, Goiás, Espírito Santo and Bahia. Moreover, the comparison among the DNA from holotype of M. bororo and Mazama americana jucunda indicates that M. bororo corresponds to the subspecies M. americana jucunda, described in 1913, highlighting the need to raise this subspecies to full species status. Our results also demonstrates that M. bororo did not show a genetic structuration of their populations and that their genetic diversity is lower than other species, highlighting the need to increase conservation and environment policy efforts to maintenance of this species. Finally, when we compare the morphological identification available on natural history collections with the identification obtained from molecular markers we found that the error rate resulting from the classification based on morphological characters was 26%. Nevertheless, we expect with the help of DNA from natural history collections will be possible to select non-convergent morphological characters for this group, allowing thus correct morphological identifications. / FAPESP: 2013/05944-7

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:17:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RodrigoFS_DISSERT.pdf: 1032742 bytes, checksum: 297b239b5ca1673f55e18c42d7327117 (MD5) Previous issue date: 2014-03-28 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Copernicia prunifera (Arecaceae), popularmente conhecida como carna?ba, ? nativa da regi?o nordeste do Brasil, com ocorr?ncia ao longo das margens de rios e ?reas alagadi?as. Por ser vers?til em rela??o ?s formas de usos, essa palmeira ficou conhecida como ?rvore da vida , sendo o p? cer?fero o principal produto extra?do da C. prunifera. Este estudo teve como objetivos investigar aspectos etnoecol?gicos e etnobot?nicos da C. prunifera em uma comunidade extrativista, selecionar primers ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) para estudos de gen?tica de popula??es, e estudar a diversidade e a estrutura gen?tica de uma popula??o natural no Estado do Rio Grande do Norte, Brasil. Foram entrevistados 11 moradores considerados informantes-chaves na regi?o de Ipangua?u/RN, onde 73% dos informantes relataram a ocorr?ncia de um morfotipo diferente de carna?ba, conhecida como carna?ba branca . Dos entrevistados, 82% afirmaram que a esp?cie possui dispers?o realizada por morcegos. Na etnobot?nica, o p? cer?fero foi citado por todos como o produto mais importante extra?do da C. prunifera e a folha a parte mais usada (45%), seguida dos frutos (29%), caule e raiz (ambas com 13%). Na sele??o de primers ISSR, dos 17 que foram testados, 12 amplificaram o DNA e, destes, sete foram selecionados para caracterizar a estrutura gen?tica de 37 indiv?duos remanescentes. O primer que obteve a maior porcentagem de locos polim?rficos (LP%) foi UBC 841 (16,36%), j? o primer que teve a menor LP% foi UBC 827 (8,18%). No estudo de diversidade e estrutura gen?tica dos indiv?duos de uma popula??o natural (regenerantes = 62, jovens = 20, adultos = 19) foram utilizados sete iniciadores ISSR que permitiram a visualiza??o de 93 locos, com 100% de polimorfismo. Os regenerantes foram os que mais se destacaram em rela??o ? diversidade gen?tica (He = 0,411 e Ho = 0,599), seguido pelos jovens (He = 0,394 e Ho = 0,579) e adultos (He = 0,267 e Ho = 0,427). A AMOVA mostrou que a maior varia??o gen?tica ocorre dentro dos est?gios de vida (93,42%) quando comparado entre eles (6,58%). O dendograma (UPGMA), com base na identidade gen?tica de Nei, mostrou maior semelhan?a genot?pica entre os jovens e regenerantes (0,979). No teste de hip?tese para o gargalo gen?tico (bottleneck) foi observado elevado n?mero de locos com excesso de heterozigosidade para os dois modelos utilizados (IAM = 92 e SMM = 91), indicando redu??o do tamanho efetivo populacional. Todos os est?gios de desenvolvimento apresentaram estrutura??o gen?tica espacial (EGE), com valores de coancestrias positivos e significativos, sendo os valores de Sp de 0,04 para os regenerantes, 0,093 para os jovens, 0,15 para os adultos e 0,53 para a popula??o geral. Essa EGE ocorre, provavelmente, devido ? dispers?o restrita de sementes