The maternal lineages and origins of the South African goat populations are unknown and hence pose challenges for breed characterization and conservation. This study investigated the maternal lineages of South African goats using complete mtDNA and ascertained the genetic diversity in the growth hormone gene within and between populations. Illumina MiSeq next generation sequencing was used to generate the full length of the mtDNA (16.64 kb) and growth hormone (2.54kb) genes in 50 goats of the commercial South African Boer (n =9), captive feral Tankwa (n =9), and SA village goat populations (n =32). The non-descript village populations were sampled from villages of the four major goat-producing provinces; (i) Hobeni village, Elliotdale municipality and Pechelsdam village, Inxubayethemba municipality in Eastern Cape (n=8), (ii) Coniliva and Ngubo villages in Msinga municipality Kwa-Zulu Natal (n=8), (iii) Mukovhabale village, Mutale municipality and Muila-muumone, Makhado municipality in Limpopo (n=8) and (iv) Pella village (n=6), Moses Kotane municipality North West (n=8) provinces of South Africa. A total of 184 SNPs and 55 AA changes were observed across the complete mtDNA genome. High within-population variation was observed in all the groups, ranging from 98.60 to 99.52%. A low FST (FST = 0.003-0.049) indicated close relatedness and possible gene flow between SA goat populations. Haplotypes and clades observed in the D-loop, COX1 and whole mtDNA network trees demonstrated relationships between South African goat populations. The South African goats clustered with Chinese goats from lineages A and B, suggesting common maternal lineages between the Chinese and South African goat populations. The results also suggested that the bezoar (Capra aegagrus) is a possible ancestor of South African domestic goats. A range of 27 to 58 SNPs per population were observed on the growth hormone gene. Amino acid changes from glycine to serine, tyrosine to cysteine and arginine to glycine were observed at exon 2 and exon 5. Gene diversity ranged from 0.8268 ± 0.0410 to 0.9298 ± 0.0050. Higher within breed diversity (97.37%) was observed within the population category consisting of SA village ecotypes and the Tankwa goats. Highest pairwise FST values ranging from 0.148 to 0.356 were observed between the SA Boer and both the SA village and Tankwa feral goat populations. The maximum likelihood phylogenetic analysis indicated nine genetic clades, which reflected close relationships between the South African populations and the other international breeds. Results imply greater potential for within population selection programs particularly with SA village goats. / Life and Consumer Sciences / M.Sc. (Statistical Genomics)

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:15:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AndreiaA_DISSERT.pdf: 9973385 bytes, checksum: ddb450a1bf74c00e813d10ad0a566740 (MD5) Previous issue date: 2011-02-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The cucurbits are among the main crops present in the family agriculture in the Notheast, especially the pumpkin, indigenous species important for food both for culinary versatility and richness in minerals, vitamins and, in some species, carotenoids. The germplasm currently planted in most areas of the Northeast is devoid of features suitable for cultivation, as well as size, shape, firmness and flavor suitable to trade. Likewise, are not recognized materials with uniform attributes and nutritional properties, such as pro-vitamin A, which enable continuous improvement and secure the health and quality of life of low-income. The aim of this study was to evaluate the quality, the bioactive compounds and antioxidant activity of Cucurbita moschata accessions from the Cucurbits Active Germplasm Bank of Embrapa Tropical Semi-Arid that add quality to the market as well as characters useful for studies in plant breeding programs. Fifteen accessions were characterized: 510, 515, 525, 560, 561, 564, 574, 575, 579, 581, 583, 585, 587, 589 and 592, being from Piauí and Maranhão states. The evaluated characteristics were: weight, length, diameter, smaller, and the median longitudinal internal cavity, thickness of skin and pulp, firmness, lightness, chroma and angle of lesh color, soluble solids, total soluble sugars and starch, acidity, total extractable polyphenols, total carotenoids and β-carotene content, retinol activity equivalent, and the antioxidant activities by β-caroteno/Acid Linoleic and ABTS methods. Access 581 has added a greater number of postharvest desired characteristics and it is indicated for future work on plant breeding, aimed at obtaining higher quality fruit of Cucurbita moschata. Descriptors firmness and angle of flesh color, acidity, soluble sugars, β-carotene content and total antioxidant activity by the method β- caroteno/Acid Linoleic must be entered in future plant breeding work to assess the genetic diversity the species / As cucurbitáceas estão entre as principais culturas presentes na agricultura familiar do Nordeste, com destaque para a abóbora, espécie indígena importante para a alimentação humana tanto pela versatilidade culinária quanto pela riqueza em minerais, vitaminas e, em algumas espécies, carotenóides. O germoplasma plantado atualmente na maioria das áreas do Nordeste é desprovido de características adequadas ao cultivo, assim como de tamanho, formato, firmeza da polpa e sabor adequados ao comércio. Da mesma forma, não são reconhecidos materiais com uniformidade de atributos e propriedades nutricionais, a exemplo da pró-vitamina A, que possibilitem melhoria continuada e segura da saúde e da qualidade de vida da população de menor renda. O objetivo desse trabalho foi avaliar a qualidade, os compostos bioativos e a atividade antioxidante de acessos de Cucurbita moschata pertencentes ao Banco Ativo de Germoplasma de Cucurbitáceas da Embrapa Semiárido, que agreguem qualidade para mercado, assim como caracteres úteis para estudos em programas de melhoramento genético vegetal. Quinze acessos foram caracterizados: 510, 515, 525, 560, 561, 564, 574, 575, 579, 581, 583, 585, 587, 589 e 592, sendo provenientes dos estados do Piauí e do Maranhão. As características avaliadas foram: massa; comprimento; diâmetros maior, menor, da cavidade interna longitudinal e mediana; espessuras da casca e da polpa; firmeza da polpa; luminosidade, croma e ângulo de cor da polpa; teores de sólidos solúveis, açúcares solúveis totais e amido; acidez titulável; polifenóis extraíveis totais; teores de carotenóides totais e de β-caroteno; atividade equivalente de retinol; e as atividades antioxidantes pelos métodos β- caroteno/Ácido Linoléico e ABTS. O acesso 581 agregou um número maior de características pós-colheita desejáveis, sendo indicado para futuros trabalhos de melhoramento genético vegetal, voltados para a obtenção de frutos de qualidade superior de Cucurbita moschata. Os descritores firmeza e ângulo de cor da polpa, acidez titulável, açúcares solúveis totais, conteúdo de β-caroteno e atividade antioxidante total pelo método β-caroteno/Ácido Linoléico devem ser inseridos em futuros trabalhos de melhoramento genético vegetal para avaliar a diversidade genética da espécie

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:18:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AndreiaA_DISSERT.pdf: 9973385 bytes, checksum: ddb450a1bf74c00e813d10ad0a566740 (MD5) Previous issue date: 2011-02-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The cucurbits are among the main crops present in the family agriculture in the Notheast, especially the pumpkin, indigenous species important for food both for culinary versatility and richness in minerals, vitamins and, in some species, carotenoids. The germplasm currently planted in most areas of the Northeast is devoid of features suitable for cultivation, as well as size, shape, firmness and flavor suitable to trade. Likewise, are not recognized materials with uniform attributes and nutritional properties, such as pro-vitamin A, which enable continuous improvement and secure the health and quality of life of low-income. The aim of this study was to evaluate the quality, the bioactive compounds and antioxidant activity of Cucurbita moschata accessions from the Cucurbits Active Germplasm Bank of Embrapa Tropical Semi-Arid that add quality to the market as well as characters useful for studies in plant breeding programs. Fifteen accessions were characterized: 510, 515, 525, 560, 561, 564, 574, 575, 579, 581, 583, 585, 587, 589 and 592, being from Piauí and Maranhão states. The evaluated characteristics were: weight, length, diameter, smaller, and the median longitudinal internal cavity, thickness of skin and pulp, firmness, lightness, chroma and angle of lesh color, soluble solids, total soluble sugars and starch, acidity, total extractable polyphenols, total carotenoids and β-carotene content, retinol activity equivalent, and the antioxidant activities by β-caroteno/Acid Linoleic and ABTS methods. Access 581 has added a greater number of postharvest desired characteristics and it is indicated for future work on plant breeding, aimed at obtaining higher quality fruit of Cucurbita moschata. Descriptors firmness and angle of flesh color, acidity, soluble sugars, β-carotene content and total antioxidant activity by the method β- caroteno/Acid Linoleic must be entered in future plant breeding work to assess the genetic diversity the species / As cucurbitáceas estão entre as principais culturas presentes na agricultura familiar do Nordeste, com destaque para a abóbora, espécie indígena importante para a alimentação humana tanto pela versatilidade culinária quanto pela riqueza em minerais, vitaminas e, em algumas espécies, carotenóides. O germoplasma plantado atualmente na maioria das áreas do Nordeste é desprovido de características adequadas ao cultivo, assim como de tamanho, formato, firmeza da polpa e sabor adequados ao comércio. Da mesma forma, não são reconhecidos materiais com uniformidade de atributos e propriedades nutricionais, a exemplo da pró-vitamina A, que possibilitem melhoria continuada e segura da saúde e da qualidade de vida da população de menor renda. O objetivo desse trabalho foi avaliar a qualidade, os compostos bioativos e a atividade antioxidante de acessos de Cucurbita moschata pertencentes ao Banco Ativo de Germoplasma de Cucurbitáceas da Embrapa Semiárido, que agreguem qualidade para mercado, assim como caracteres úteis para estudos em programas de melhoramento genético vegetal. Quinze acessos foram caracterizados: 510, 515, 525, 560, 561, 564, 574, 575, 579, 581, 583, 585, 587, 589 e 592, sendo provenientes dos estados do Piauí e do Maranhão. As características avaliadas foram: massa; comprimento; diâmetros maior, menor, da cavidade interna longitudinal e mediana; espessuras da casca e da polpa; firmeza da polpa; luminosidade, croma e ângulo de cor da polpa; teores de sólidos solúveis, açúcares solúveis totais e amido; acidez titulável; polifenóis extraíveis totais; teores de carotenóides totais e de β-caroteno; atividade equivalente de retinol; e as atividades antioxidantes pelos métodos β- caroteno/Ácido Linoléico e ABTS. O acesso 581 agregou um número maior de características pós-colheita desejáveis, sendo indicado para futuros trabalhos de melhoramento genético vegetal, voltados para a obtenção de frutos de qualidade superior de Cucurbita moschata. Os descritores firmeza e ângulo de cor da polpa, acidez titulável, açúcares solúveis totais, conteúdo de β-caroteno e atividade antioxidante total pelo método β-caroteno/Ácido Linoléico devem ser inseridos em futuros trabalhos de melhoramento genético vegetal para avaliar a diversidade genética da espécie

L’étude de stratégies visant à diminuer la taille du reservoir viral, et notamment l’impact des traitements antirétroviraux, permettront peut-être de s’approcher des objectifs de guérison de l’infection à VIH. Nous avons analysé la dynamique de ce réservoir chez des personnes vivant avec le VIH débutant un traitement comprenant du dolutegravir (TCD) à différents stades de l’infection. L’étude DRONE a inclus des personnes débutant et répondant à un TCD et suivies pendant 48 semaines. L’ADN-VIH dans les cellules mononucléées du sang périophérique (CMSP), l’ADN-VIH dans les sous-populations lymphocytaires TCD4+ (Effecteur mémoire, TEM; Transitionnel mémoire, TTM; Central mémoire, TCM and Naïf, TN), le séquençage à haut débit de l’ADN-VIH et des marqueurs inflammatoires (CD14s, CD163s, IL-6us and IP- 10) ont été analysés. Au total, 169 participants ont été inclus dans différents groupes: infections aiguës (AI, n=20), infections chroniques (CI, n=21), en succès virologique sous traitement (VS, n=116) et dans un contexte d’échec virologique à l’initiation du TCD (VF, n=12). L’ADN-VIH dans les CMSP et les sous-populations lymphocytaires, et les marqueurs inflammatoires ont diminué sous TCD dans les groupes AI, CI et VF mais pas dans le groupe VS. La diminution la plus prononcée a été observée dans le groupe AI. La diversité génétique du reservoir viral a, quant à elle, été modifiée rapidement après l’initiation du TCD dans tous les groupes. Un TCD efficace permet une diminution rapide du réservoir viral chez des personnes naïves de traitement mais aussi en cas d’échec virologique. L’effet du dolutegravir sur la latence virale devrait être étudié plus avant. / Strategies aimed at reducing the latent HIV reservoir size, including combined antiretroviral therapy, may enhance the probability of a possible cure. Here, we assessed the dynamics of HIV reservoir among HIV-infected adults initiating a dolutegravir-based regimen (DBR) at different stages of HIV infection. The DRONE trial enrolled individuals starting and responding to a DBR on a 48 weeks follow-up. HIV-DNA in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs), HIV-DNA in sorted CD4+ T cell subsets (Effector memory, TEM; Transitional memory, TTM; Central memory, TCM and Naive, TN), HIV-DNA ultra-deep sequencing and serum immune activation biomarkers (sCD14, sCD163, IL-6us and IP-10) were assessed. Overall, 169 participants were allocated to different groups: acute infections (AI, n=20), chronic infections (CI, n=21), individuals in virological success on treatment (VS, n=116), and in the aftermath of virological failures at baseline (VF, n=12). HIV-DNA in PBMCs and in sorted CD4+ T cell subsets, and immune activation markers decreased on DBR in the AI, CI and VF groups but not in the VS group. Participants from the AI group experienced the most dramatic decline. Genetic diversity of the viral reservoir was also affected shortly after DBR initiation in all groups of individuals. Successful DBR produced a rapid decline in the viral reservoir in treatment-naive but also in treatment-failing individuals. More studies on the effect of dolutegravir on viral latency are needed.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-10-15Bitstream added on 2014-06-13T20:33:51Z : No. of bitstreams: 1 silva_pvc_me_jabo.pdf: 474489 bytes, checksum: 1d66e81d39696776d2b564803c77e0a8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A ocorrência de híbridos entre javalis e suínos, tanto na natureza como em cativeiro, é bastante comum. Assim, tem-se detectado polimorfismo em javalis, variando o número de cromossomos de 36 a 38. Nesse sentido, objetivou-se, com este trabalho, caracterizar geneticamente javalis (Sus scrofa scrofa) puros e híbridos criados no Brasil, por meio de loci de microssatélites (STRs) do suíno doméstico (Sus scrofa domestica). Para efeito de classificação, os animais foram agrupados, segundo análise de pedigree e número diplóide (2n), em 5 grupos genéticos: grupo I, constituído de 59 suínos domésticos; grupo II, formado por 46 javalis puros de origem; grupo III, constituído de 3 híbridos, com 2n=36, provenientes de acasalamentos entre híbridos e retrocruzamentos; grupo IV, representando 30 híbridos com suíno doméstico de ploidia igual a 37 cromossomos; e grupo V, constituídos de 10 híbridos também com o doméstico, porém com 2n=38, conhecidos popularmente como Javaporcos, devido à similaridade cariotípica e fenotípica com o suíno doméstico. O DNA genômico foi extraído e, posteriormente, amplificou-se, pela técnica de PCR, os fragmentos desses microssatélites - IGF1, ACTG2, TNFB -, os quais foram desenvolvidos para a subespécie Sus scrofa domestica. As condições de amplificação foram padronizadas para as amostras de javali realizadas em um termociclador, com as temperaturas de anelamento variando para cada primer. Ao final das amplificações, os produtos dos microssatélites foram colocados em um seqüenciador capilar modelo ABI 3100 Avant (Applied Biosystems). A partir dos resultados obtidos no presente trabalho, concluiu-se que os microssatélites IGF1, ACTG2 e TNFB, usados em suínos, são eficiente na amplificação heteróloga e podem ser aplicados em javali. Os javalis puros se diferenciam geneticamente dos suínos e dos híbridos... / The occurrence of crossbred animals between wild boar and pigs, both in nature and in captivity, is quite common. Thus, polymorphism has been detected among wild boar, varying chromosomes from 36 to 38. Considering this, the objective of the present work was to perform a genetic characterization of wild boar and crossbred boars raised in Brazil, through. the microsatellites loci (STRs) of the domestic pig (Sus scrofa domestica). For classification purposes, the animals were grouped according to pedigree analysis and diploid number (2n) into 5 genetic groups: group I, composed of 59 domestic pigs with 2n = 38; group II, composed of 46 wild boar with 2n = 36 imported from France in 1997; group III, composed of 3 crossbred animals with 2n = 36 from the crossing between crossbred and backcrossing animals; group IV, composed of 30 crossbred animals with domestic pig with ploidy equal to 37 chromosomes and group V, composed of 10 crossbred animals also with domestic pig, but with 2n = 38, popularly known as “Boarpigs” due to their karyotypic and phenotypic similarity with the domestic pig. The genomic DNA was extracted and, after that, the fragments of these microsatellites - IGF1, ACTG2, TNFB - were amplified through the PCR technique, which were developed for the Sus scrofa domestica species. The amplification conditions were standardized for wild boar samples and performed in a thermocycler with the annealing temperatures varying for each primer. At the end of amplifications, the products of microsatellites were placed in a genetic analyzer model ABI 3100 Avant (Applied Biosystems). Considering the results of this research, the microsatellites IGF1, ACTG2 and TNFB used for pigs, were considered to be efficient on the heterologous amplifications and can also be applied on wild boar. The wild boar differs genetically from pigs and crossbreds... (Complete abstract, click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-07-15Bitstream added on 2014-06-13T20:33:53Z : No. of bitstreams: 1 ivani_sa_me_jabo.pdf: 806885 bytes, checksum: 46ae5805f566147f2c05b8acbfd80a9e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O objetivo do presente trabalho foi estudar a divergência genética por meio de caracteres morfológicos de frutos, diásporos, ráquilas e plântulas, entre palmeiras matrizes de Oenocarpus bacaba Mart., em três populações naturais do Amapá, Comunidade Lontra da Pedreira, Parque Zoobotânico em Macapá e Município de Porto Grande. A divergência genética foi avaliada pela análise de agrupamento, através do algaritmo de Tocher e do método do Ward, obtido a partir da matriz de dissimilaridade pela Distância Euclidiana. A técnica dos componentes principais foi utilizada para identificar a importância relativa de cada variável para a divergência genética. Houve certa concordância nos dois métodos de agrupamento. Dos 17 caracteres avaliados 10 deles (60%) são passíveis de descarte nas três áreas de estudo / The objective of this work was to study the genetic divergence for morphological characters of fruits, disseminules, rachilles and seedlings, among matrices of Oenocarpus bacaba Mart. palm, in three natural populations of Amapa city, Lontra da Pedreira community, Park Zoobotany in Macapa and Porto Grande municipality. The genetic divergence was assessed by clusters analysis by the Tocher algaritmo and Ward's method, obtained from the matrix of dissimilarity of the Euclidian distance. The technique of principal components was used to identify the relative importance of each variable for genetic divergence. There was some agreement among the two groups The twenty characters evaluated, 10 of them (60%) are likely to discard of the three areas of study

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-08-15Bitstream added on 2014-06-13T19:03:07Z : No. of bitstreams: 1 souza_av_dr_botfca.pdf: 1549773 bytes, checksum: 84b4a67f035a5e2a2ded161bbf59589c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Outra / O bioma Cerrado e uma das regioes mais ricas do Brasil no tocante a diversidade de plantas medicinais, sendo atualmente, considerado uma area ghotspots h devido o alto grau de endemismo das especies e a velocidade de degradacao que vem sofrendo. Anemopaegma arvense, Mandevilla illustris e Mandevilla velutina, sao plantas medicinais endemicas do cerrado, muito utilizadas na medicina popular devido suas propriedades terapeuticas. A coleta indiscriminada realizada pela populacao, como tambem por laboratorios farmaceuticos para a fabricacao de medicamentos, tem colocado essas especies em risco de extincao. Ferramentas biotecnologicas como a tecnica da micropropagacao e biologia molecular para analise do DNA, tem sido amplamente usadas para a producao, conservacao e analise da diversidade genetica de especies nativas. Neste contexto, o presente trabalho teve como objetivos estudar a variabilidade genetica em diferentes populacoes de M. velutina por meio do marcador molecular RAPD e estabelecer a conservacao em bancos de germoplasma in vitro; desenvolver protocolos eficientes de enraizamento in vitro para A. arvense, M. illustris e M. velutina; verificar a ocorrencia e identificar especies de micorrizas, avaliando a colonizacao em raizes de plantas de diferentes populacoes e variedades de A. arvense. Para os estudos de enraizamento in vitro, as brotacoes foram submetidas a acao de diferentes substancias que apresentam efeito sobre a formacao de raizes adventicias, sob variadas condicoes. Para a analise da diversidade genetica, utilizou-se a tecnica de Polimosfirmo de DNA Amplificado ao Acaso (RAPD) e para os estudos micorrizicos, realizou-se a avaliacao da infeccao micorrizica nas raizes e a identificacao de especies de fungos micorrizicos extraidos do solo. As especies comportaram-se de maneira diferente quanto a inducao de raizes adventicias in vitro, mostrando a influencia direta do genotipo no processo de enraizamento. Para as especies M. illustris / The Bioma Cerrado is one of the richest regions in Brazil due to the variety of native medicinal plants, and nowadays it is considered a hotspot area because of the high degree of endemism of the species and the speed of degradation that it has been submitted. Anemopaegma arvense, Mandevilla illustris and Mandevilla velutina, are medicinal plants endemic of Cerrado very used in the popular medicine due to their therapeutic properties. The indiscriminate collection accomplished by the population, as well by pharmaceutical laboratories for the formulation of medicines, has put those species in risk of extinction. Biotechnological tools as the technique of micropropagation and molecular biology for the analysis of the DNA, have been widely used for the production, conservation and analysis of the genetic diversity of native species. In this context, the current work was investigate the genetic variability in different populations of M. velutina by means of molecular marker RAPD and to establish a protocol for in vitro conservation in germplasm bank; to develop efficient protocol of in vitro rooting for A. arvense, M. illustris and M. velutina; to verify the occurrence and to identify species of mycorrhiza, colonizing plant roots of different populations and varieties of A. arvense. For the studies of in vitro rooting, the plantlets were exposed to the action of different exogenous substances that a effect the formation of adventious roots, under several conditions. For the analysis of genetic diversity, it was used the technique of Random Amplified Polymorphic DNA at (RAPD) and for the studies on influence of mycorrhizal infection on root development and identification of species of fungi present in the soil. The species behaved in a different ways of induction of adventious roots in vitro. For the species M. illustris and A. arvense, 73,3% e 50% of plantlets rooted after fifteen days in treatment with 1 and 2 mg.L-1 of NAA, respectively. For M.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3856.pdf: 2448632 bytes, checksum: 1a20c453c771b7c694d6da5ae1f87f86 (MD5) Previous issue date: 2011-05-27 / Financiadora de Estudos e Projetos / Cerrado is one of the brazilian biomes with the highest concentration of species and endemism, and is considered a hotspot of global biodiversity. Only 20% of its original area remains intact in the country and has been permanently transformed by human actions, which makes this biome a priority area for conservation. Due to the great loss of habitat and biodiversity, it is necessary to increase knowledge of basic characteristics of the existing species. Conservation genetics makes use of the genetic variation to infer the taxonomic status and life history of a species, making possible the study of characteristics such as the pattern of social structure and dispersion. Thus, basic data from species to which we have difficult assess can be accessed and better conservation strategies can be adopted. Mitochondrial and nuclear markers are important tools for studies of genetic and social structure in animals. In this study we assessed the taxonomic status of Clyomys bishopi, a colonial and semi-fossorial rodent inhabiting the Cerrado of São Paulo, and also the social and spatial genetic structure of individuals collected in the Estação Ecológica de Itirapina- SP. To evaluate C. bishopi taxonomic status we analyzed the cytochrome b gene of 21 individuals belonging to the genus and from various localities of its distribution. Phylogenetic methods based on Bayesian Inference, Maximum Parsimony and Neighbor-Joining showed high values of branch support separating individuals from São Paulo with respect to the rest of the samples, and genetic distance of about 4% between these groups, suggesting a significant genetic separation between them. For population analysis, ten microsatellite loci were isolated and characterized within C. bishopi. Through the analysis of 40 individuals sampled at three areas within EE de Itirapina, we verified high levels of genetic diversity (NA = 10, average HO = 0,76 and averaged HE = 0,90). Nine microsatellite loci and the control region of the mitochondrial DNA were used to assess the spatial and social genetic structure of the EE de Itirapina population. The Bayesian clustering analysis indicated no genetic structure, suggesting the occurrence of gene flow between sampled areas. Relatedness analyses indicated, in general, low relatedness indices between analyzed individuals (0.05), with slightly larger values when only individuals in a small geographic scale are considered. The average relatedness by sex indicated no significant differences, suggesting similar dispersion between males and females. Results suggest that colonies of Clyomys bishopi are composed largely by unrelated individuals, and present genetic structure compatible to that showed by species with solitary habits. / O Cerrado é um dos biomas brasileiros com maior concentração de espécies e endemismo, sendo considerado um hotspot de biodiversidade mundial. Apenas 20% da sua área original continua intacta no país e tem sido continuamente transformada pelas ações humanas, o que faz deste bioma uma área prioritária para conservação. Devido à grande perda de habitat e biodiversidade, faz-se necessário a ampliação do conhecimento de características básicas das espécies existentes. A genética da conservação faz uso da variação genética para inferir sobre o status taxonômico e a história de vida de uma espécie, tornando possível a investigação de características como o padrão de estruturação social e de dispersão. Assim, dados básicos de espécies de difícil avaliação direta podem ser acessados e melhores estratégias de conservação podem ser adotadas. Os marcadores moleculares dos tipos mitocondriais e nucleares são importantes ferramentas para estudos de estrutura genética populacional e social em animais. Neste estudo, avaliamos o status taxonômico de Clyomys bishopi, um roedor colonial e semi-fossorial que habita fisionomias do Cerrado do estado de São Paulo, e ainda a estrutura genética espacial e social de indivíduos coletados na Estação Ecológica de Itirapina-SP. Para a avaliação do status taxonômico, analisamos o gene citocromo b de 21 indivíduos do gênero provenientes de várias localidades distribuídas por quase toda a sua área de ocorrência. Métodos filogenéticos baseados em Inferência Bayesiana, Máxima Parcimônia e Neighbor-Joining mostraram altos valores de suporte de ramos na separação dos indivíduos de São Paulo em relação ao restante das amostras, e uma distância genética de aproximadamente 4% entre esses grupos, indicando separação genética significativa entre eles. Para a realização das análises populacionais, dez locos microssatélites foram isolados e caracterizados para Clyomys bishopi. Analisando-se 40 indivíduos coletados em três áreas no interior da EE de Itirapina, verificamos elevados índices de diversidade genética (NA = 10, HO média = 0,76 e HE média = 0,90). Nove desses locos, mais a região controle do DNA mitocondrial, foram utilizados para avaliar a estrutura genética espacial e a estrutura social na população analisada. A análise bayesiana de agrupamento não indicou estruturação genética espacial, sugerindo a ocorrência de fluxo gênico entre as áreas analisadas. As avaliações de parentesco indicaram, em geral, baixos coeficientes de parentesco entre os indivíduos analisados (0,05), com valores levemente maiores quando se considera indivíduos amostrados em uma pequena escala geográfica. O parentesco médio por sexo não indicou diferenças significativas, o que sugere a existência de dispersão similar entre machos e fêmeas. Os resultados obtidos sugerem que as colônias de Clyomys bishopi são formadas por indivíduos em sua maioria não aparentados, apresentando estrutura genética compatível com a de espécies que apresentam hábitos solitários.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3889.pdf: 1235045 bytes, checksum: 2746983be0ebda15a37ceeb2635ac9c2 (MD5) Previous issue date: 2011-08-19 / Universidade Federal de Sao Carlos / The Cattle Egret (Bubulcus ibis) is a median sized bird, of African origin, considered as an invasive and exotic species in the American continent. In Brazil, first record was in the north, in 1964. The species have been maintaining a pattern of constant population growth, endangering the reproduction and survivorship of native species, as observed in the archipelago of Fernando de Noronha. The purposes of this work were the isolation of microsatellite loci for the species in question and to genetically characterize Brazilian populations, as a starting point in a study that contributes for the comprehension of the colonization process occurred in the country. Thereafter, two partially enriched genomic libraries were obtained, in which the generated fragments were posteriorly sequenced and analyzed for the presence of microsatellite sequences; being the cloning efficacy of 15.74%. Thirty-two microsatellite loci were selected for the analysis, of which eleven proved to be polymorphic. Content of polymorphic information for these loci varied between 0.079 and 0.453. Fragments of expected size were amplified in the eleven polymorphic loci in other six species from the same family as the Cattle Egret. Six populations from different latitudes in the country were genotyped in seven polymorphic loci. A low variability was found, with mean values of expected heterozigosity in the populations varying between 0.408 and 0.562. The population holding the higher diversity was the northern one, closest to the point of the first historic record of the species in the country. Low genetic structuring by AMOVA was detected, and some values of pairwise Fst and Rst proved to be significant when the pair contained populations from South and North of the country. Effective size (Ne) of the Brazilian population was 6.6 individuals (95% CL: 5.7-7.7). Diversity indices and population parameters analyzed did not show evidence that the dispersion of individuals occurred in a north-south axis, occurring more in an opportunistic and erratic manner. Fernando de Noronha s population, which have been managed by a population control program since 2007, presented diversity levels and population parameters comparable to the mainland populations, what indicates that the species will not be easily eliminated from this area. / A garça-vaqueira (Bubulcus ibis) é uma ave de médio porte, de origem africana, considerada espécie exótica invasora no continente americano. No Brasil, o primeiro registro foi na região norte, em 1964. A espécie vem mantendo um padrão de crescimento populacional constante, ameaçando a reprodução e sobrevivência de outras espécies nativas, como observado no arquipélago de Fernando de Noronha. Os objetivos desse trabalho foram isolar locos de microssatélites específicos para a espécie e caracterizar geneticamente as populações brasileiras, iniciando um estudo que contribui para a compreensão do processo de colonização ocorrido no país. Com esse intuito, foram construídas duas bibliotecas genômicas parciais enriquecidas, cujos fragmentos gerados foram posteriormente sequenciados e analisados quanto à presença de sequências de microssatélites, sendo de 15,74% a eficiência de clonagem. Foram selecionados 32 locos de microssatélites para as análises, dos quais 11 mostraram-se polimórficos. O conteúdo de informação polimórfica para esses locos variou de 0,079 à 0,453. Fragmentos de tamanho esperado foram amplificados nos onze locos polimórficos em outras seis espécies da mesma família. Seis populações de diferentes latitudes do país foram genotipadas em sete locos polimórficos. Uma baixa variabilidade foi encontrada, com valores médios de heterozigosidade esperada variando de 0,408 à 0,562 nas populações. A população detentora de maior diversidade foi a da região norte, mais próxima do ponto do local do primeiro registro histórico da espécie no país. Foi detectada baixa estruturação genética pela AMOVA e alguns valores de Fst e Rst par-a-par se mostraram significativos quando o par incluía populações da região sul e norte do país. O tamanho efetivo (Ne) da população brasileira foi de 6,6 indivíduos (95% CL:5,7-7,7). Os índices de diversidade e os parâmetros populacionais analisados não mostraram evidências de que a dispersão dos indivíduos tenha ocorrido segundo um eixo- norte-sul, mas sim de maneira oportunista e errática. A população de Fernando de Noronha, que vem sendo manejada por um programa de controle populacional desde 2007, apresentou níveis de diversidade e parâmetros populacionais comparáveis às populações do continente, o que indica que a espécie não será facilmente exterminada nessa área.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-10-30Bitstream added on 2014-06-13T20:06:58Z : No. of bitstreams: 1 gaino_apsc_dr_ilha.pdf: 1851631 bytes, checksum: 30c3df7caf28f5a913484aa675c16225 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os objetivos deste estudo foram investigar por locos microssatélites, a diversidade genética, o sistema de reprodução, a distribuição espacial de genótipos, a distância e os padrões de dispersão de pólen e sementes, e a dinâmica da endogamia entre gerações, em uma população fragmentada da espécie arbórea dióica Myracrodruon urundeuva (F.F. & M.F. Allemão). O estudo foi conduzido na Estação Ecológica de Paulo de Faria (435,73 ha), onde a população da espécie em estudo ocupa uma área aproximada de 142 ha. Todas as 467 árvores adultas encontradas foram amostradas, tiveram o diâmetro à altura do peito (DAP a 1,3 m) medido e foram mapeadas. Adicionalmente amostraram-se 149 regenerantes e 514 progênies de polinização aberta, coletadas de 30 árvores matrizes da população. Sobre a amostra total de cinco locos em 1130 genótipos (adultos + regeneração + progênies) foram observados 60 alelos, o que sugere um nível de polimorfismo relativamente alto. O número de alelos por loco variou de 7 a 25, com média de 12 alelos por loco. A heterozigosidade esperada média em equilíbrio de Hardy-Weinberg foi de 0,662, enquanto que a heterozigosidade observada foi de 0,713. O índice de fixação variou de -0,348 a 0,215 entre locos, com média de -0,076, sugerindo excesso de heterozigotos. A análise da distribuição espacial dos genótipos indicou a presença de estrutura genética espacial (EGE) na população adulta até aproximadamente 40 m e nos regenerantes até aproximadamente 30 m. Foram detectados cruzamentos entre parentes, pela diferença entre a unidade e a taxa de cruzamento uniloco (st1=0,019, P<0,05). A estimativa da correlação de paternidade ()(mpr) indicou que as progênies são compostas por misturas de meios-irmãos e irmãos-completos, embora estes últimos em menor proporção (média de 0,158) O coeficiente de coancestria (Θxy) dentro das progênies... / The aims of this study were to investigate for microsatellites loci the genetic diversity, mating system, the intrapopulational spatial genetic structure, the distance and patterns of pollen dispersal, and the dynamics of inbreeding among generations, in a fragmented population of the dioicious tropical tree Myracrodruon urundeuva (F.F. & M.F. Allemão). The study was carried out in the Paulo de Faria Ecological Station (435.73 ha), where the studied population occupies about 142 ha. All 467 adult trees found in the stand were sampled, have the diameter at breast height (D.B.H of 1.3 m) measured and were mapped. Additionally 149 juveniles and 514 open-pollinated offspring from 30 seed-trees were sampled in the population. On the total of five loci sampled in 1135 genotypes (adults + juveniles + offspring), 60 alelos were detected, suggesting a relative high level of polimorphis. The number of alleles per locus ranged from 7 to 25 alleles, with average of 12 alleles. The average expected heterozygositys in Hardy-Weinberg equilibrium was of 0.662, were the average observed heterozygosity was of 0.713. The fixation index ranged among locus from -0.348 to 0.215, with average of -0.076, suggesting excess of heterozygous. The analysis of the intra-population spatial genetic structure (SGS) detected the presence of SGS in adults until about 40 m and in juveniles until about 30 m. Mating among relatives were also detected by the difference between the unit and the single-locus outcrossing rate ( s t 1 =0.019; P<0.5). The paternity correlation ( p (m ) r ) indicated that the offspring were composed by mixtures of half-sibs and full-sibs, where the last one occurred in low frequency (average of 0.158). The coancestry coefficient (Θxy) within families was larger than expected in half-sibs (Θxy=0.125), with population average of 0.150. The variance effective population size (eN) within... (Complete abstract click electronic access below)