Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2016-06-02T17:26:11Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Camila Fernanda Costa - 2013.pdf: 2572672 bytes, checksum: 54a6e93e72c746e4888a6f3583d4f3ac (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2016-06-02T17:49:46Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Camila Fernanda Costa - 2013.pdf: 2572672 bytes, checksum: 54a6e93e72c746e4888a6f3583d4f3ac (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-02T17:49:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Camila Fernanda Costa - 2013.pdf: 2572672 bytes, checksum: 54a6e93e72c746e4888a6f3583d4f3ac (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-03-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Hancornia speciosa (Apocynaceae) is a fruit species which has a wide distribution in areas of Cerrado vegetation type restricted sense. Its flowers have a complex pollination mechanism and unique, co-adapted to pollination by moths and butterflies and their fruits are dispersed by mammals large and medium-sized. It has high economic potential and its use has been conducted in an exploratory way. To implement conservation programs, breeding and enabling the commercial use of species, knowledge about the genetic variability, the spatial genetic structure, the reproductive system and gene flow in natural populations are needed. In this context, in the present study was performed the molecular characterization of the genetic variability in three stages of individuals (adults, juveniles and seedlings) and the assessment of genetic structure spatial (adults and juveniles), of the system of crossing and of the gene flow via pollen in a subpopulation of Hancornia speciosa located in the State Park of Serra de Jaragua, Jaragua-GO. To this end, 113 adults and 100 juveniles were sampled and georeferenced in an area of approximately 2.5ha. Of the total number of adults, 20 trees were selected matrices to obtain seedlings and formation of families of open pollination. Genomic DNA was obtained from the leaves of all individuals (adults, juveniles and seedlings) and was amplified with the use of seven microsatellite loci for obtaining of genotypes. The analyzes of genetic diversity, of spatial structure, rates of cross-fertilization and distance of dispersal of pollen were obtained from these genotypes. The total number of alleles at seven loci evaluated was 125, with an average of 17.8 alleles per locus. For adults the mean allele was 15.8, for the juveniles was 13.5and the seedlings were 11alleles. The average total values of heterozigosidade expected (He) and observed (Ho) were equal to 0.750 and 0.698, respectively. In adults He = 0.750 and Ho =0.714, in juveniles He =0.744 and Ho =0.679 and in seedlings He = 0. 712 and Ho =0. 763. These values indicate that the subpopulation evaluated presents high levels of genetic diversity. The fixation index(f) waspositive and significantforthe generations ofadults(0.052, p <0.05)andjuvenile(0.087, p <0.05), indicating the existence of inbreeding in this subpopulation. The analysis of spatial autocorrelation evidenced that kinship is weakly related to the geographical distance in in bothstagesof lifeevaluated (adults: b= -0.00223, R2 = 0. 000514, p < 0.05 and juveniles: b: - 0.00440, R2 = 0.00148489; p < 0.001).Concomitantly the values of Sp were low and the size of neighborhoods (Nb) were high for the two generations. This result shows that there is no restriction of gene flow via seed and corroborates the hypothesis that the dispersal by animals have high potential to disperse the seeds over long distances.The rates of crossfertilization multilocus (tm= 1.000) and single locus (ts = 0.972 a 1.29) were high and significantly different from zero in all families. The difference in the rate of the crossfertilization multilocus and single locus combined for all families analyzed (tm-ts = 0. 077) was also positive and significant, suggesting that 7% of crossings that occur in this population are between related individuals. The correlation of selfing negative(rs=-0.999), indicates absence of selfing and the correlation of paternity(rp=0.107) not significantly different from zero (SD = 0.135) shows that this subpopulation no full siblings. Every subpopulation resulting outcrossing and individuals are evaluated relatives at least to the 15 level of half-brothers. The paternity analysis assigned pollen donors to 75.2% (64) seedlings, and 24 (37.5%) assignments at a confidence level of 85%, 30 (46.8%) assignments at 95% probability assignments and 10(15.6%) at a confidence level of 99%.This low assignment can be explained by sampling: due to the size of the total area of the population and distribution in aggregate, many individuals may not have been sampled. Moreover, the loci battery used in this analysis could not demonstrated the optimal values for the combined exclusion. Although the maximum distance of pollination has been of 292m and covers the entire area evaluated, most events of pollination (77%) occurred at distances less than 200m. The flowering in mass, the distribution in aggregate and the floral structure are the main responsible for predominance of events of cross-pollination at short distances. / Hancornia speciosa (Apocynaceae) é uma espécie frutífera que apresenta distribuição ampla em áreas de fitofisionomia de Cerrado sentido restrito. Suas flores possuem um mecanismo de polinização complexo e único, adaptado á polinização por mariposas e borboletas. Seus frutos são dispersos por mamíferos de grande e médio porte. Possui alto potencial econômico e sua utilização tem sido realizada de forma exploratória. Para implementar programas de conservação e melhoramento, conhecimentos a cerca da variabilidade genética, da estrutura genética espacial, do sistema reprodutivo e do fluxo gênico nas populações naturais são necessários. Nesse contexto, no presente estudo foi realizada a caracterização molecular da variabilidade genética em três estágios de indivíduos (adultos, juvenis e plântulas) e a avaliação da estrutura genética espacial (adultos e juvenis), do sistema de cruzamento e do fluxo gênico via pólen em uma subpopulação de Hancornia speciosa localizada na região do Parque Estadual da Serra de Jaraguá, Jaraguá-GO. Para tanto, 113 indivíduos adultos e 100 juvenis foram amostrados e georeferenciados em uma área de aproximadamente 2,5 ha. Do total de adultos, 20 árvores matrizes foram selecionadas para obtenção de plântulas e formação das famílias de polinização aberta. O DNA genômico foi obtido a partir das folhas de todos os indivíduos (adultos, juvenis e plântulas) e foi amplificado com o uso de sete locos microssatélites para obtenção dos genótipos. As análises de diversidade genética, de estrutura espacial, taxas de fecundação cruzada e distância de dispersão de pólen foram obtidas a partir desses genótipos. O número total de alelos nos sete locos avaliados foi de 125, com média de 17,8 alelos por loco. Para os indivíduos adultos a média de alelos foi de 15,8, para os juvenis foi de 13,5 e nas plântulas foi de 11 alelos. Os valores totais médios de heterozigosidade esperada (He) e observada (Ho) foram iguais a 0, 750 e 0, 698. Nos adultos He = 0, 750 e Ho =0, 714, nos juvenis He =0, 744 e Ho =0, 679 e nas plântulas He = 0, 712 e Ho =0, 763. Esses valores indicam que a subpopulação avaliada apresenta altos níveis de diversidade genética. O índice de fixação (f) foi positivo e significativo para as gerações de indivíduos adultos (0, 052; p < 0, 05) e juvenis (0, 087; p < 0, 05), indicando a existência de endogamia nessa subpopulação. A análise de autocorrelação espacial evidenciou que o parentesco está fracamente relacionado com a distância geográfica em ambas as gerações de indivíduos avaliadas (adultos: b= -0, 00223, R2 = 0, 000514, p < 0,05 e juvenis: b: - 0, 00440, R2 = 0, 00148489; p < 0, 001). Concomitantemente os valores de Sp foram baixos e o tamanho das vizinhanças (Nb) foram altos para as duas gerações. Esse resultado mostra que não existe restrição ao fluxo gênico via semente e corrobora com a hipótese de que a dispersão por animais tem alto potencial para dispersar as sementes a longas distâncias. As taxas de cruzamento multiloco (tm = 1, 000) e uniloco (ts =0, 972 a 1, 29) foram altas e significativamente diferentes de zero em todas as famílias. A diferença da taxa de fecundação cruzada multiloco e uniloco combinada para todas as famílias analisadas (tm-ts = 0, 077) também foi positiva e significativa, sugerindo que 7% dos cruzamentos que ocorrem nessa população são entre indivíduos aparentados. A correlação de autofecundação negativa (rs = -0,999) indica ausência de autofecundação e a correlação de paternidade (rp= 0,107) não significativamente diferente de zero (SD = 0,135) mostra que 13 nessa subpopulação não existem irmãos completos. Toda a subpopulação é resultante de fecundação cruzada e os indivíduos avaliados são parentes no mínimo ao nível de meiosirmãos. A análise de paternidade atribuiu doadores de pólen para 75,2 % (64) plântulas, sendo 24 (37,5 %) atribuições ao nível de confiança de 85%, 30 (46,8%) atribuições ao nível de 95% de probabilidade e 10 atribuições, 15,6% ao nível de confiança de 99%. Essa baixa atribuição pode ser explicada pela amostragem: devido ao tamanho da área total da população e a distribuição em agregado, muitos indivíduos podem não ter sido amostrados. Além disso, a bateria de locos usada nessa análise não apresentou os valores considerados ótimos de probabilidade de exclusão combinada. Embora a distância máxima de polinização tenha sido de 292m e abrange toda a área avaliada, a maior parte dos eventos de polinização (77%) ocorreu a distâncias inferiores a 200m. A floração em massa, a distribuição em agregado e a estrutura floral são os principais responsáveis pelo predomínio de eventos de polinização cruzada a curtas distâncias.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2016-08-02T18:55:39Z No. of bitstreams: 2 Tese - Vilmar de Araújo Pontes Júnior - 2016.pdf: 4792286 bytes, checksum: 307ebf4efabeab209ae1b3ac10686956 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2016-08-02T20:08:41Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Vilmar de Araújo Pontes Júnior - 2016.pdf: 4792286 bytes, checksum: 307ebf4efabeab209ae1b3ac10686956 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-02T20:08:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Vilmar de Araújo Pontes Júnior - 2016.pdf: 4792286 bytes, checksum: 307ebf4efabeab209ae1b3ac10686956 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-02-25 / The assay of VCU (Value of Cutivation and Use), called of final trials, are in network conducted and are systematized in an organized manner which includes the states responsible for over 90% of national production of common bean. The final trials are realized in different locations, seasons and years, aiming of superiors line selection: productive, stable, adapted and with disered agronomic attributes. The genotypes environments interaction (GE) in plant breeding program has implications numberless, mainly in phase of lines final evaluation. In this case, alternatives to minimize the effect of the GE interaction should search. Among them stand out: identification of predictable behaviors of the cultivars, stratification of recommendation regions in homogeneous subregions and decomposition of GE interaction, aiming at identifying of the factors whose interaction is more expressive. The aim of this study was realize environmental stratification of network final trials and decompose the genotypes interactions with environment factors (locations, seasons and years), during ten years of common bean program at Embrapa of grains "carioca" and black, in main three producing regions in brazilian (R1-South-Central, R2-Central, R3-Northeast). In study of environmental stratification also was evaluated representativeness of base locations of this program. Data for grain yield of the conducted trials in random blocks, with three replications, during 2001 until 2012, 670 trials total (292 in R1, 250 R2 and 128 R3). During all period were evaluated 88 genotypes of “carioca” group (76 lines and 12 checks) and evaluated 71 genotypes in black group (58 lines and 13 checks). In all regions the local effect were considered as random and genotypes fixed. Environmental stratification was separately realized in the main crop seasons of each region, utilized factors analysis methodology and ecovalence. For simultaneously utilization were estimated redundance index joint: redundance percentage (RP), redundance fraction (RF) and redundance percentage in season (RPS). The elimination local was established based observing the three index redundancy values (RP ≥ 15%, RF ≥ ½ e RPS ≥ 50%). To R1, Candoi-PR, Palma-SC, Catanduvas-PR, Campos Novos-SC, Laranjeiras do Sul-PR, Roncador-PR e Dois Vizinhos-PR in rainy seasons and Passo Fundo-RS, Prudentópolis-PR e Dourados-MS in dry seasons were considered redundant, should be eliminated of the trials network. The new evaluation network would be formed by 29 municipalities in rainy and twelve municipalities in dry, considered informative at final trials network. In R2, Morrinhos-GO, Inhumas-GO, Urutaí-GO, Santo Antônio de Goiás-GO, Cristalina-GO e Planaltina-GO e Sinop-MT in rainy and Porangatu-GO, Goiatuba-GO, Urutaí-GO, Senador Canedo-GO, Cáceres-MT, Primavera do Leste-MT e Brasília-DF in dry were redundantes and should be eliminated of the network. This region stayed with 12 municipalities available for realization of the rainy season assays and ten in winter season. To R3, should be eliminated of the network Coronel João Sá-BA, Poço Redondo-SE, Nossa Senhora das Dores-SE, Simão Dias-SE, because, no aggregate in informations to evaluation of the lines, it was uninformative. For this region remained 14 municipalities to composition of the network. Can be concluded than evaluation network at Embrapa represented efficient form variation of the cultive with common bean in Brazil and than environments base of the breeding program in regions South-Central and Central, are consistentes and informative, except during in the rainy season in that Santo Antônio de Goiás-GO is not mandatory enter the assays network. Especially, Ponta Grossa and Santo Antonio de Goias-GO, than are evaluation strategic points of the segregation populations and initial lines, of the common bean breeding program genetic at Brazil. To check with which environmental factors (locations, seasons and/or years) of the common bean genotypes interaction was more expressive, the GE interaction was decomposed in genotypes x years, genotypes x seasons and genotypes x locations. Were utilized grain yield of data 501 trials, 207 in R1, 202 in R2 and 92 in R3. For the fisrt two regions the analysis were partially balanced, this is, only utilized trials data of the locations had evaluation at least one season and in two years each cycle. In R3 the joint analyses were balanced, considered just assays data of the locations with evaluation in two years of the each cycle. In all regions genotype effects, local, season and year were considered fixed. To identify importance of the each variation source from joint variance analyse was estimated contribution of each in relation overall variation, used estimated determination coefficient (R2). The contribuition average over years for genotypes effect in all regions, at “carioca” and black group was important less, followed followed year and season. However, local with interaction was more pronounced in all regions. The interaction GxL was more important in the three regions for both groups, compared with intractions GxS and GxY. Thus, in the R1, R2 and R3, priority should be given of locations increment number evaluation, over seasons and years, aiming at more efficient and safe recommendation of new cultivars to the main producer regions common bean of Brazil. / Os ensaios de VCU (Valor de Cultivo e Uso), denominados de ensaios finais, são conduzidos em rede e estão sistematizados de forma organizada que inclui os Estados responsáveis por mais de 90% da produção nacional de feijoeiro-comum. Os ensaios finais são realizados em diferentes locais, épocas e anos, visando a seleção de linhagens superiores: produtivas, estáveis, adaptadas e com atributos agronômicos desejáveis. A interação de genótipos com ambientes (GxA) tem inúmeras implicações no programa de melhoramento de plantas, principalmente, na fase de avaliação final das linhagens. Em virtude disso, alternativas para minimizar o efeito da interação GxA devem ser procuradas. Entre elas destacam-se: a identificação de cultivares de comportamentos previsíveis, a estratificação das regiões de recomendação em sub-regiões homogêneas e a decomposição da interação GxA, visando a identificação dos fatores cuja interação é mais expressiva. O objetivo do presente trabalho foi realizar a estratificação ambiental da rede de ensaios finais e decompor as interações de genótipos com os fatores ambientais (locais, épocas e anos), durante dez anos do programa de melhoramento do feijoeiro-comum da Embrapa de grãos carioca e preto, nas três principais regiões produtoras no Brasil (R1-Centro-Sul, R2- Central, R3-Nordeste). No estudo de estratificação ambiental também foi avaliada a representatividade dos locais base desse programa. Foram utilizados dados de produtividade de grãos, provenientes dos ensaios conduzidos em blocos casualizados, com três repetições, no período de 2001 a 2012, totalizando 670 ensaios (292 na R1, 250 na R2 e 128 na R3). Durante todo período foram avaliados 88 genótipos do grupo carioca (76 linhagens e 12 testemunhas) e 71 genótipos avaliados no grupo preto (58 linhagens e 13 testemunhas). Em todas as regiões os efeito de local foi considerado como aleatório e o de genótipo como fixo. A estratificação ambiental foi realizada separadamente nas principais épocas de cultivo de cada região, utilizando-se as metodologias da análise de fatores e de ecovalência. Para utilização das metodologias simultaneamente foram estimados os índices de redundância conjunta: porcentagem de redundância (PR), fração de redundância (FR) e porcentagem de redundância na safra (PRS). A eliminação de um local foi estabelecida com base no critério observando os valores dos três índices de redundância (PR ≥ 15%, FR ≥ 1/2 e PRS ≥ 50%), em que o local para ser eliminado precisava atingir pelo menos dois destes valores. Para a R1, Candoi-PR, Palma-SC, Catanduvas-PR, Campos Novos-SC, Laranjeiras do Sul-PR, Roncador-PR e Dois Vizinhos-PR nas águas e Passo Fundo-RS, Prudentópolis-PR e Dourados-MS na seca foram redundantes, podendo ser eliminados da rede de ensaios. A nova rede de avaliação seria formada por 29 municípios nas águas e doze na seca, considerados informativos para a rede de ensaios finais. Na R2, MorrinhosGO, Inhumas-GO, Urutaí-GO, Santo Antônio de Goiás-GO, Cristalina-GO e PlanaltinaGO e Sinop-MT nas águas e Porangatu-GO, Goiatuba-GO, Urutaí-GO, Senador CanedoGO, Cáceres-MT, Primavera do Leste-MT e Brasília-DF no inverno foram redundantes e podem ser eliminados da rede. Essa região ficou com dez municípios para realização de ensaios nas águas e nove no inverno. Para a R3, Coronel João Sá-BA, Poço Redondo-SE, Nossa Senhora das Dores-SE, Simão Dias-SE podem ser eliminados da rede, pois, não agregaram informação à rede de avaliação de linhagens, sendo pouco informativos. Para essa região restaram 14 municípios para a composição da rede. Pode-se concluir que a rede de avaliação da Embrapa representa de forma eficiente as variações de cultivo do feijoeirocomum no Brasil e que os ambientes que são bases de melhoramento nas regiões CentroSul e Central, encontram-se consistentes e informativos, exceto Santo Antônio de GoiásGO na época das águas não é obrigatória a sua presença na rede de ensaios finais. Com destaque para aos municípios de Ponta Grossa-PR e Santo Antônio de Goiás-GO, que são pontos estratégicos para a avaliação das populações segregantes e de linhagens iniciais do programa de melhoramento genético de feijoeiro-comum no Brasil. Para verificar com qual dos fatores ambientais (locais, épocas ou anos) a interação de genótipos de feijoeirocomum foi a mais expressiva, a interação GxA foi decomposta em genótipos x anos, genótipos x épocas e genótipos x locais. Foram utilizados dados de produtividade de grãos de 501 ensaios, sendo 207 na R1, 202 na R2 e 92 na R3. Para as duas primeiras regiões as análises foram parcialmente balanceadas, isto é, utilizando apenas os dados dos ensaios realizados nos locais com avaliação em pelo menos uma época em dois anos distintos de cada ciclo. Na R3 as análises conjuntas foram balanceadas, utilizando apenas os dados dos ensaios nos locais com avaliação nos dois anos de cada ciclo. Em todas as regiões os efeitos de genótipo, local, época e ano foram considerados fixos. Para a identificação da importância de cada fonte de variação da análise conjunta estimou-se a contribuição de cada uma em relação a variação total, utilizando-se a estimativa do coeficiente de determinação (R2). A média das contribuições ao longo dos anos para o efeito de genótipos em todas as regiões, para os grupos carioca e preto foi a de menor importância, seguida de ano e de época. Porém, a interação com local foi mais pronunciada em todas as regiões. A interação GxL foi a mais importante nas três regiões para ambos os grupos, comparada com as interações GxE e GxA. Assim, nas R1, R2 e R3, deve-se priorizar o aumento do número de locais de avaliação, em detrimento de épocas e anos, visando a recomendação mais eficiente e segura de novas cultivares para as principais regiões produtoras de feijão do Brasil.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-09-21T11:32:31Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Luciano Medina Macedo - 2009.pdf: 2515834 bytes, checksum: e30a9d4d1538ea85e265eedf8a8e2396 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-09-21T11:32:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Luciano Medina Macedo - 2009.pdf: 2515834 bytes, checksum: e30a9d4d1538ea85e265eedf8a8e2396 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-21T11:32:53Z (GMT). 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Among the 76 loci appraised in multiplex system, 14 presented significant distortion of segregation in χ2 test using "Criterion of Bonferroni" with 5% of significance, and they were excluded of mapping analyses. Using LOD 3 and recombination fraction of 0.40, 12 linkage groups compatible with described in other mapping works in Eucalyptus were identified. An integrated genetic map was obtained with total length of 1240 cM and medium distance among marks of 22 cM, It provides a covering genomic of approximately 75% in relation to genome size of Eucalyptus gender. A part of density appraised by pilodyn apparatus, all others characters showed QTL association through variance analysis (single marks analysis). For growth characters, four loci were associated to seven QTL and 19% for genotypic variation of diameter, 18% for height and 10% for volume these QTL were capable to explain. Among wood quality characters evaluated by NIRS, three QTL were capable to explain 17% of genotypic variance for density, while for yield cellulose, four QTL together were capable to explain 7,5% of this variance. For the characters related with lignin properties also evaluated by NIRS, were identified three QTL capable to explain 9% of genotypic variation for lignin quantity, and two QTL were capable to explain 6% of genotypic variation for siringil/guaiacil relationship. Most of identified QTL for different characters appraised in this work coincided with linkage groups and as well the amount of variance of QTL detected by other authors, which carried out QTL mapping for these same characters. Although comparatively the SAM showed inferior efficiency in relation to fenotypic selection, it can be useful for optimization of futures field experiments into progenies which QTL mapping already was accomplished, where only best genotypes can be stablished in field instead to whole progeny. The application of SAM in forest breeding programs is possible to be used in early selection starting from second breeding generation, using QTL information of crosses mapped in these breeding programs. However, QTL used for SAM should be robust in progenies where they were mapped, like as QTL identified in linkage group 9 for character DAP in this dissertation, that beside consistence datas in progeny DG x GL2, were capable to explain the same amount of variability for QTL mapped by Kirst et al. (2007) (12%), which used different genetic markers and techniques for QTL mapping. These results prove that application of SAM is viable in breeding programs, and apart of peculiarities in each crossing, certain linkage groups are stable among different progenies for a same character. / Neste trabalho foi construído um mapa genético e realizado o mapeamento de QTL para caracteres de crescimento e qualidade da madeira em uma progênie de híbridos interespecíficos de Eucalyptus. Foram isoladas amostras de DNA genômico de 200 indivíduos pertencentes a uma progênie de híbridos interespecíficos. A partir de 300 pares de primers microssatélites (SSR), foram selecionados com base na presença de polimorfismo válido para o mapeamento de QTL e na qualidade de amplificação de seus alelos, 76 locos para compor 19 combinações tetraplex. Dentre os 76 locos avaliados em sistema multiplex, 14 apresentaram distorção de segregação significativa no teste χ2 perante o “Critério de Bonferroni” com nível de significância de 5% e foram excluídos das análises de mapeamento. Utilizando LOD 3 e fração de recombinação de 0,40, foram identificados 12 grupos de ligação compatíveis com os descritos em outros trabalhos de mapeamento em Eucalyptus. Foi obtido um mapa genético integrado com comprimento total de 1240 cM e distância média entre marcas de 22 cM, que proporciona uma cobertura genômica de aproximadamente 75% em relação ao tamanho do genoma deste gênero. Com exceção da densidade avaliada por pilodyn, todos os outros caracteres avaliados apresentaram associação a QTL por análise de variância (análise de marcas simples). Para os caracteres de crescimento, quatro locos estiveram associados a sete QTL, sendo que o montante da variação genotípica que estes QTL foram capazes de explicar foi de 19% para diâmetro, 18% para altura e 10% para volume. Dentre os caracteres de qualidade da madeira avaliados por NIRS, três QTL foram capazes de explicar 17% da variância genotípica para densidade, enquanto para o rendimento de celulose quatro QTL foram capazes de explicar juntos 7,5% desta variância. Para os caracteres relacionados com as propriedades da lignina também avaliados por NIRS, foram identificados três QTL capazes de explicar 9% da variação genotípica do caráter teor de lignina, e dois QTL capazes de explicar 6% da variação genotípica para a relação siringil/guaiacil. A maioria dos QTL identificados para os diferentes caracteres avaliados neste trabalho coincidiram com os grupos de ligação e o montante da variância representada com QTL identificados nos trabalhos de outros autores que realizaram mapeamento de QTL para os mesmos caracteres avaliados. Embora comparativamente a seleção assistida por marcadores moleculares tenha apresentado eficiência inferior em relação à seleção fenotípica, ela pode ser muito útil na otimização de futuros experimentos de campo de progênies para as quais já foi realizado o mapeamento de QTL, onde somente os genótipos com desempenho superior poderão ser avaliados em campo ao invés de toda a progênie. A aplicação de SAM em programas de melhoramento genético florestal é possível para a seleção precoce a partir da segunda geração de melhoramento, sempre que forem utilizadas informações de QTL mapeados nos cruzamentos realizados por estes programas de melhoramento. No entanto, estes QTL que serão utilizados para SAM, devem ser robustos nas progênies onde eles foram mapeados, tal como os QTL identificados nesta dissertação no grupo de ligação 9 para o caráter DAP, que além da consistência dos dados da progênie DG x GL2, foram capaz de explicar o mesmo montante da variabilidade com QTL mapeados para este caráter (12%) por Kirst et al. (2007), que utilizaram diferentes marcadores genéticos e técnicas de mapeamento de QTL. Estes dados comprovam que a aplicação da SAM é viável em programas de melhoramento, e que apesar das peculiaridades únicas de cada cruzamento, determinados grupos de ligação apresentam estabilidade de QTL entre diferente progênies para um mesmo caráter.

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2016-12-07T16:22:53Z No. of bitstreams: 2 Tese - Rodrigo Soares de Castro - 2016.pdf: 5776299 bytes, checksum: 5c221af09289c691e9ae2d0146748a62 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2016-12-13T15:38:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Rodrigo Soares de Castro - 2016.pdf: 5776299 bytes, checksum: 5c221af09289c691e9ae2d0146748a62 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-13T15:38:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Rodrigo Soares de Castro - 2016.pdf: 5776299 bytes, checksum: 5c221af09289c691e9ae2d0146748a62 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-05-30 / This study aimed to analyze the quantitative genetic variation within and between natural subpopulations of Hymenaea stigonocarpa (Mart. Ex Hayne), fruit tree from the Cerrado region. Six mother trees were sampled in each of the 25 subpopulations from the states of Goiás, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Minas Gerais and Bahia, covering a large area of the Cerrado biome. In each tree they were collected twenty fruits, which served for evaluation of biometric data of fruits and seeds. Twenty seeds of each mother tree were sown in a nursery, with five seeds per plot in four randomized blocks, constituting a test of provenances and progenies of half sibs. Analysis of variance were performed using the hierarchical model for the characters of initial development. With the produced seedlings it was planted a germplasm collection in vivo in Escola de Agronomia of Universidade Federal de Goias.The major phenotypic variation coefficients in fruits and seeds were found in the characters number of seed (47,87%) weight of the pulp (47.74%) and fruit weight (44.06%). The analysis of variance of the physical characteristics of the fruits and seeds revealed the existence of significant variation for all characters in all levels analyzed: among subpopulations, between mother trees within subpopulations and between fruit within mother tree. Of the ten characters analyzed in six the greatest variation was found between fruit within mother tree. Significant variability was found between subpopulations and between progenies within subpopulations for most quantitative traits studied, showing a great genetic variability of the sampled material, which is important for sustainability of the species and future breeding program. The heritability estimates of traits were also high, indicating success in the selection of desirable traits in a breeding program for the species. The comparative analysis between the estimated value of the QST and FST index showed no significant difference for eight of ten characters analyzed, demonstrating that there is no evidence of the action of natural selection in the differentiation between the studied subpopulations and that the differentiation found can be explained by the action of genetic drift combined with gene flow restriction between subpopulations. The value of correlation coefficient between phenotypic and geographical matrix was 0.164 (p <0.05) by Mantel test, indicating a weak correlation between the phenotypic subpopulations means and the distances between them. / O trabalho teve o objetivo de analisar a variação genética quantitativa entre e dentro de subpopulações naturais de Hymenaea stigonocarpa (Mart. ex Hayne), árvore frutífera da região do Cerrado conhecida como jatobá, jatobá do cerrado ou jatobá do campo. Foram amostradas seis árvores matrizes em cada uma das 25 subpopulações distribuídas pelos estados de Goiás, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Minas Gerias e Bahia, abrangendo uma grande área do bioma Cerrado. Em cada árvore foram coletados vinte frutos, que serviram para avaliação dos dados biométricos de frutos e sementes. Vinte sementes de cada matriz foram semeadas em uma área telada, sendo cinco sementes por parcela em quatro blocos ao acaso, constituindo um teste de progênies de meio irmãos hierarquizado. Foram feitas análises de variância e seus componentes pelo modelo hierárquico para os caracteres de desenvolvimento inicial das plântulas. Com as mudas produzidas foi plantado um banco de germoplasma in vivo na Escola de Agronomia da Universidade Federal de Goiás. Os maiores coeficientes de variação fenotípica dos frutos e sementes foram encontrados nos caracteres número de sementes (47,87%), peso da polpa (47,74%) e peso do fruto (44,06%). A análise de variância dos caracteres físicos dos frutos e sementes revelou a existência de variação significativa para todos os caracteres em todos os níveis hierárquicos analisados: entre subpopulações, entre matrizes dentro de subpopulações e entre frutos dentro de matrizes. Dos dez caracteres analisados, em seis a maior variação foi encontrada entre frutos dentro de matrizes. Foram constatadas variabilidades significativas entre subpopulações e entre progênies dentro das subpopulações para a maioria dos caracteres quantitativos de desenvolvimento inicial de plântulas estudadas. Tal resultado denota variabilidade genética do material amostrado, que é importante para a preservação da espécie e também para um futuro programa de melhoramento visando o seu aproveitamento econômico. As estimativas de herdabilidade encontradas nos caracteres estudados também foram altas e adequadas para o sucesso na seleção de caracteres desejáveis em um programa de melhoramento para a espécie. A análise comparativa entre os valores estimados dos índices QST e FST não diferiram significativamente em oito dos dez caracteres analisados, demonstrando que não existe forte evidência da ação da seleção natural na diferenciação entre as subpopulações estudadas e que a diferenciação encontrada pode ser explicada pela ação da deriva genética combinado com a restrição de fluxo gênico entre as subpopulações. O valor encontrado no teste de mantel feito entre as matrizes fenotípica e geográfica foi de 0,164 (p<0,05), denotando uma fraca correlação entre os dados fenotípicos das subpopulações avaliadas e as distâncias entre elas. Pelo correlograma de mantel verificou-se que a correlação entre as matrizes embora fraca, ela diminui constantemente através das classes de distância, chegando a zero por volta dos 500 km. Tal diminuição constante da influência da distância na diferença fenotípica entre as subpopulações caracteriza um padrão clinal.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T13:50:59Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Flávio Pereira dos Santos - 2017.pdf: 4123017 bytes, checksum: 3f5d1dc9faa05160c24e891d9367a220 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T13:51:22Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Flávio Pereira dos Santos - 2017.pdf: 4123017 bytes, checksum: 3f5d1dc9faa05160c24e891d9367a220 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T13:51:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Flávio Pereira dos Santos - 2017.pdf: 4123017 bytes, checksum: 3f5d1dc9faa05160c24e891d9367a220 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-02-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Common bean (Phaseolus vulgaris L.) is widely cultivated in Brazil, which is the first biggest producer and consumer in the world. The knowledge about the genetic divergence across landraces is very useful for breeders, once it allows them to organize the genetic resources and explore the genetic variability available. The genetic analysis can be done predicting similarities or dissimilarities coefficients that are estimated by morphological differences between accessions. The objective of this study was to identify the diversity across the accessions of common bean that were collected in Goiás State (Brazil), available in Embrapa Rice and Beans’ germplasm bank, through morphological descriptors and agronomic information. The experimental material was composed by 156 common bean accessions. Two experiments were performed, one of them in a greenhouse (morphologic characterization) and the other one in the field (yield evaluation). The experiment in the greenhouse was conducted using two vases with three seeds each one per accessio), without experimental design. The experiment conducted in the field was done under Federer’s Augmented Blocks design, with four blocks of 43 plots (39 accessions + 4 checks). The accessions were characterized by 39 morpho-agronomic qualitative descriptors and ten quantitative descriptors. The quantitative variables were converted in multicategorical variables. The 39 morpho-agronomic qualitative and the ten quantitative descriptors were transformed in binary variables by creating 236 fictitious variables. Though, the similarity matrix was built, using the model proposed by Harrison, which was converted in a dissimilarity matrix. Then the cluster analysis was performed by UPGMA method. The accessions 101 (Rosinha) x 145 (Pintado)) and 120 (Dobra morro) x 152 (Doidão ou bonitão), were the most divergent, because they showed the lowest similarities value, 0,11. The biggest divergences were observed in accession 152, with the similarity coefficients between 0,11 and 0,52. No redundant accessions were found. The pair 86 (Paraná) x 103 (Amarelinho). showed the biggest similarity (0,84). The accessions were clustered in 17 groups, with cophenetic correlation coefficient equal to 0,75, that was significat by Mantel’s test (P < 0,001).The number of accession per group varied from 43 to one. Four groups with only one accessions were formed, which showed the lowest similarities coefficients. No significance was observed for grain yield a mong the accessions, nor between the accession and the commercial checks. / O feijão (Phaseolus vulgaris L.) é uma cultura amplamente difundida no Brasil, que é o maior produtor e consumidor mundial. O conhecimento da diversidade genética entre as cultivares tradicionais é útil aos melhoristas, por permitir melhor organização dos recursos genéticos e maior aproveitamento da diversidade genética disponível. A análise de divergência genética pode se dar por métodos preditivos, quantificada por medidas de similaridade ou dissimilaridade estimadas com base em diferenças morfológicas. O objetivo deste trabalho foi identificar a existência de diversidade entre os acessos de feijoeiro comum coletados no Estado de Goiás, pertencentes ao Banco de Germoplasma da Embrapa Arroz e Feijão, por meio de descritores morfológicos e informações agronômicas. O material experimental foi formado por 156 acesso de feijoeiro comum coletados no Estado de Goiás. Foram montados dois experimentos um e casa de vegetação (caracterização morfológica) e um em campo (avaliação de produção). No ensaio em casa de vegetação foram utilizados dois vasos com três sementes por acesso, sem delineamento experimental. O experimento em campo foi conduzido em delineamento experimental em blocos aumentados de Federer com 4 blocos, cada um contendo 43 parcelas (39 acessos + 4 testemunhas). Os acessos foram caracterizados com base em 39 descritores morfoagronômicos qualitativos e dez quantitativos. As variáveis quantitativas foram convertidas em variáveis multicategóricas. Tanto os 39 descritores morfoagronômicos qualitativos, quanto os dez quantitativos foram transformados em variáveis binárias resultando em 236 variáveis fictícias. Então foi obtida uma matriz de similaridade, utilizando o modelo de Harrison, que foi convertida em matriz de dissimilaridade; em seguida aplicou-se a análise de agrupamento pelo método UPGMA. Os acessos mais divergentes foram os 101 (Rosinha) x 145 (Pintado) e 120 (Dobra morro) x 152 (Doidão ou bonitão), que apresentaram o menor valor de similaridades 0,11. As maiores divergências foram observadas no acesso 152, com similaridades variando de 0,11 a 0,52. Não foram encontrados acessos redundantes. A maior similaridade foi de 0,84 entre o par de acessos 86 (Paraná) x 103 (Amarelinho). Pela análise de agrupamento os acessos foram agrupados em dezessete grupos, com coeficiente de correlação cofenética (CCC) de 0,75, significativo pelo teste de Mantel (P < 0,001). O número de acessos por grupo variou de 43 a um. Verificou-se a formação de quatro agrupamentos constituídos por apenas um acesso, que apresentaram os menores coeficientes de similaridade. Para produtividade não foi detectada diferença significativa entre acessos e nem entre estes e as testemunhas comerciais.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T14:03:13Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Gabriella Queiroz de Almeida - 2015.pdf: 4102376 bytes, checksum: bb3f5b9209a4e57ae49a1ae2383e6652 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T14:03:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Gabriella Queiroz de Almeida - 2015.pdf: 4102376 bytes, checksum: bb3f5b9209a4e57ae49a1ae2383e6652 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T14:03:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Gabriella Queiroz de Almeida - 2015.pdf: 4102376 bytes, checksum: bb3f5b9209a4e57ae49a1ae2383e6652 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-08-28 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / This study aimed to characterize the Mangaba (Hancornia speciosa Gomes) Germplasm Collection owned by the Universidade Federal de Goiás, by measuring 40 morpho-agronomic characters. The collection was designed in randomized blocks with 57 treatments (progenies) and four replications, totaling 192 individual accesses, which represent 29 natural populations and four botanical varieties. The variance components estimation was done using random model, and REML procedure, considering the effects of botanical varieties, populations within varieties, progenies within populations and individuals within progenies. Considering 40 morpho-agronomic characters, it was observed that there is significant genetic variability in seven characters among the progenies, 24 characters among the populations and 18 characters among botanical varieties. In addition, individual heritability was higher than 50% in 21 of them. The highest percentual individual selection gain was estimated for the character number of fruits produced by each plant. Significant correlation in some biometric characters between young and adult plants was noticed, including their productivity, which suggests the possibility of early selection. Among the 55 genetic correlations among the agronomic characters, 25 were significative. The fruit production peak occurred between June and October, H. speciosa var. cuyabensis being the most productive one. Multivariate analyses results showed that H. speciosa var. speciosa is the most genetically different in comparison with the others. The characters suggested as minimum quantitative descriptors for the Mangaba tree were: leaf length and width, petiole length and diameter, length between the knot, corolla diameter, flower peduncle diameter, fruit length and diameter, number of fruits, plant height and first branching height / Objetivou-se neste estudo caracterizar a Coleção de Germoplasma de Mangabeira (Hancornia speciosa Gomes) da Universidade Federal de Goiás, mediante medições de 40 caracteres morfoagronômicos. A coleção está implantada em delineamento em blocos casualizados com 57 tratamentos (progênies), com quatro repetições, totalizando 192 acessos individuais, que representam 29 populações naturais e quatro variedades botânicas. A estimativa dos componentes de variância foi realizada utilizando modelo aleatório pelo método REML, considerando os efeitos de variedades botânicas, populações dentro de variedades, progênies dentro de populações e indivíduos dentro de progênies. Dos 40 caracteres morfoagronômicos avaliados constatou-se que existe variabilidade genética significativa entre progênies para sete destes caracteres, para 24 caracteres entre populações e 18 caracteres entre variedades botânicas. Foi detectada herdabilidade individual acima de 50% para 21 dos caracteres avaliados. O maior ganho de seleção percentual em nível de indivíduos foi estimado para o número de frutos por planta. Foi constatada correlação significativa para alguns caracteres biométricos de plantas jovens com as plantas adultas, como a produção, sugerindo a possibilidade de seleção precoce. Das 55 correlações genéticas entre os caracteres agronômicos, 25 foram significativas. A maior produção de frutos ocorreu de junho a outubro, com destaque para a H. speciosa var. cuyabensis. Os resultados de análises multivariadas demonstraram que H. speciosa var. speciosa é a que mais se distancia das demais. Os caracteres sugeridos como descritores quantitativos mínimos foram: comprimento e largura foliar, comprimento e diâmetro do pecíolo, comprimento do entre nó, diâmetro da corola, diâmetro do pedúnculo floral, comprimento e diâmetro do fruto, número de frutos, altura da planta e altura da primeira ramificação.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T14:51:47Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Priscilla Neves de Santana - 2013.pdf: 2803001 bytes, checksum: 043adc84ee5ca3c6457e5e2475cee9c5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T14:52:14Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Priscilla Neves de Santana - 2013.pdf: 2803001 bytes, checksum: 043adc84ee5ca3c6457e5e2475cee9c5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T14:52:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Priscilla Neves de Santana - 2013.pdf: 2803001 bytes, checksum: 043adc84ee5ca3c6457e5e2475cee9c5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2013-08-28 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / An adequate choice of genitors to be crossed to generate genetic variability is essential to increase the efficiency of sugarcane breeding program. The combining ability of genotypes in crosses constitutes a good measure of genetic potential in future crosses. The aim of this study was to evaluate the genetic potential of sugarcane genotypes based on biparental crosses of sugarcane breeding programs from the Interuniversity Network for the Development of Sugarcane Trade (PMGCA / RIDESA). The basic variable used was the rate of selection of each cross population (full sib family) in the initial phase of the program (T1), resulting from the selection practiced evaluating variables of primary importance for the species. The average selection rate of each family was predicted using BLUP methodology. Data analysis was performed using Method IV proposed by Griffing (1956), adapted to the set of crosses available, detailing the effects of General Combining Ability (GCA) and Specific Combining Ability (SCA). The predicted effects of SCA were correlated with genetic similarity estimates obtained using the Dice coefficient from SSR markers and the Malécot coancestry coefficient. It was detected significant effects of GCA, showing the possibility of selection of parents based on this parameter. Although not statistically tested, SCA showed determination coefficient higher than CGC. The genetic similarity obtained by coancestry coefficient showed a significant correlation with SCA, although of low magnitude. There was no significance for the correlation between genetic distance based on SSR marker and SCA. It was concluded that the rate of selection is efficient to select potentially promising parents in the first stage of selection in sugarcane. / A escolha adequada de genitores a serem cruzados para gerar variabilidade genética é condição essencial para aumentar a eficiência de um programa de melhoramento de cana-de-açúcar. A capacidade de combinação de genótipos em cruzamentos realizados constitui uma boa medida do potencial genético em cruzamentos futuros. O objetivo deste trabalho foi avaliar o potencial genético de genitores de cana-de-açúcar com base em cruzamentos biparentais utilizados nos programas de melhoramento genético de cana-deaçúcar da Rede Interuniversitária para o Desenvolvimento do Setor Sucroenergético (PMGCA/RIDESA). A variável básica usada para avaliação foi a taxa de seleção de cada cruzamento na fase inicial do programa (T1), resultante da seleção praticada avaliando variáveis primárias de importância para a espécie. A taxa de seleção média de cada cruzamento foi predita utilizando a metodologia BLUP. A análise dos dados foi realizada utilizando o método IV proposto por Griffing (1956), adaptado para o conjunto de cruzamentos disponível, detalhando os efeitos de Capacidade Geral de Combinação (CGC) e Capacidade Específica de Combinação (CEC). Os efeitos preditos de CEC foram correlacionados com estimativas de similaridade genética obtidas usando o coeficiente de Dice a partir de marcadores SSR e com o coeficiente de parentesco de Malècot. Foi detectada significância dos efeitos de CGC, mostrando a possibilidade de seleção de genitores com base neste parâmetro. Embora não testada estatisticamente, a CEC mostrou coeficiente de determinação superior à CGC. A similaridade genética obtida pelo coeficiente de parentesco mostrou uma correlação significativa, porém de baixa magnitude com CEC. Não houve significância para a correlação entre a distância genética estimada por marcadores e CEC. Concluiu-se que a taxa de seleção é eficiente para selecionar genitores potencialmente promissores na primeira fase de seleção de cana-de-açúcar.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-26T13:43:05Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ilítia Ganaê de Oliveira Costa - 2016.pdf: 5422422 bytes, checksum: da6f13721ce50902b9fe7d9ac3713ab5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-26T13:43:28Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ilítia Ganaê de Oliveira Costa - 2016.pdf: 5422422 bytes, checksum: da6f13721ce50902b9fe7d9ac3713ab5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-26T13:43:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ilítia Ganaê de Oliveira Costa - 2016.pdf: 5422422 bytes, checksum: da6f13721ce50902b9fe7d9ac3713ab5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-08-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / In the last decades the search for new renewable energy sources have increased and one of the emerged technologies was the production of ethanol from lignocellulosic biomass (second generation ethanol). For obtaining fermentable sugars from biomass, a complex of enzymes and proteins that acts on polysaccharides of the plant cell wall is required. Expansins are proteins that can help enzymes in the degradation process, promoting the loosening of the cell wall of plants by breaking hydrogen bonds between cellulose fibers and hemicellulose. The superfamily of expansins has been described mainly in plants, although they are also found in fungi and bacteria. Four families are described to this superfamily: α-expansins, β-expansins, expansins-like A and expansins-like B. The α-expansins are present in most eudicots, whereas the β-expansins are involved in cellular expansion process of the monocots family Poaceae. To analyze the sequence and to verify the functional activity of a β-expansin on filter paper, in this work a gene of β-expansin (expb11) of sugarcane was isolated, cloned and expressed in the yeast Pichia pastoris. Nucleotide sequences of expansin genes from sugarcane were initially obtained from the public SUCEST database using reference sequences of expansins from sorghum, maize and rice as query. A total of 227 ESTs were identified. These ESTs were submitted to clustering and 30 contigs and 92 singletons were obtained. Specific oligos were designed and used to capture the genomic fragment corresponding to the expb11 gene by PCR. The coding DNA fragment of expb11 was obtained by RT-PCR from the total RNA extracted from stalks of the RB867515 sugarcane cultivar. This fragment was cloned into the pGEM-T Easy vector and subcloned into the pPIC9 vector. Genomic and cDNA fragments were sequenced. The expression cassette generated by subcloning into the pPIC9 expression vector was integrated into the P. pastoris strain GS115 genome, but it has not been possible to detect a functional activity of expansin. The expb11 gene comprises 1367 bp, containing 3 introns, and its cDNA is 801 bp long, with an ORF of 776 bp. The alignment of sugarcane and sorghum sequences of expb11 showed that the two species share a 95% sequence identity along these genes and that the gene structure is highly conserved in these species. The in silico analysis of the putative EXPB11 amino acid sequence allowed the detection of two conserved domains, one similar to the GH45 family, and the other to the carbohydrate binding module (CBM). The putative EXPB11 protein has a predicted molecular weight of approximately 26.4 kDa, an isoelectric point (pI) of 4.88, and contains two glycosylation sites. Our results confirmed that the isolated and cloned expb11 gene corresponds to a β-expansin gene from sugarcane, paving the way to the expression, isolation and use of recombinant EXPB11 in the mix of enzymes and proteins for lignocellulosic biomass degradation. / Nos últimos anos tem crescido a busca por novas fontes de energia renováveis, e uma das tecnologias utilizadas é a produção de etanol a partir da biomassa lignocelulósica (etanol de segunda geração). Para a obtenção de açúcares fermentáveis a partir dessa biomassa, é necessário um complexo de enzimas e proteínas que atuarão sobre os polissacarídeos da parede celular vegetal. As expansinas são proteínas que podem auxiliar as enzimas no processo de degradação, promovendo o afrouxamento da parede celular das plantas pelo rompimento de ligações de hidrogênio entre fibras de celulose e hemicelulose. A superfamília das expansinas foi descrita principalmente em plantas, entretanto, há relatos em fungos e bactérias. São descritas 4 famílias de expansinas: α-expansinas, β-expansinas, expansinas like-A e expansinas like-B. As α e β-expansinas já são caracterizadas, desempenhando importante função no crescimento vegetal. As α-expansinas são mais presentes em plantas dicotiledôneas, enquanto que as β-expansinas estão envolvidas no processo de expansão celular de monocotiledôneas da família Poaceae. Para analisar a sequência e verificar a atividade funcional de uma β-expansina sobre bagaço de cana-de-açúcar, neste trabalho foi isolado, clonado e expresso um gene de β-expansina (expb11) de cana-de-açúcar na levedura Pichia pastoris. A sequência de nucleotídeos do gene de β-expansina da cana-de-açúcar foi obtida a partir da biblioteca de cDNA de cana-de-açúcar do projeto SUCEST. Sequências de referências de expansinas de sorgo, milho e arroz foram utilizadas para identificar ESTs de expansinas no banco de dados SUCEST. Foram identificadas 227 ESTs. Essas ESTs foram submetidas à clusterização e foram obtidos 30 contigs e 92 singletons. Após o desenho de oligonucleotídeos, o fragmento genômico correspondente ao gene expb11 foi amplificado por PCR. A região codante do gene expb11 foi obtida por RT-PCR a partir de RNA total obtido de colmo da cultivar RB867515. Esse material foi clonado no vetor pGEM-T Easy e subclonado no vetor pPIC9. Os fragmentos genômico e cDNA obtidos foram analisados por sequenciamento. O cassete de expressão gerado pela subclonagem em vetor de expressão pPIC9 foi integrado no genoma de P. pastoris linhagem GS115, mas não foi possível detectar atividade funcional da expansina. O gene expb11 possui 1367 pb, contendo 3 íntrons, enquanto o cDNA 801 pb. Pelo alinhamento das sequências genômicas do gene expb11 obtidas de cana-de-açúcar e de sorgo, foi possível se observar que estes genes possuem 95 % de identidade, e estrutura de íntrons/éxons semelhantes. Pela análise in silico da sequência de aminoácidos da proteína EXPB11 foi possível verificar que ela possui dois domínios, um similar ao da família GH45, e outro similar ao módulo de ligação ao carboidrato (CBM). A proteína EXPB11 possui peso molecular de aproximadamente 26,4 kDa, pI 4,88, e contém dois sítios de glicosilação. Os resultados obtidos através das análises in silico mostraram que o gene expb11, isolado e clonado, corresponde a um gene de β-expansina de cana-de-açúcar, e ao ser produzida, a EXPB11 recombinante poderá integrar o mix de enzimas e proteínas para a degradação de biomassa lignocelulósica.

Submitted by Jadson Francisco de Jesus SILVA (jadson@uefs.br) on 2018-02-22T21:50:40Z No. of bitstreams: 1 PREDI??O DE PAR?METROS GEN?TICOS E INCREMENTO DA QUALIDADE DEFINITIVO.pdf: 1627949 bytes, checksum: 31c34b863f924737f87f81fa9f625403 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-22T21:50:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PREDI??O DE PAR?METROS GEN?TICOS E INCREMENTO DA QUALIDADE DEFINITIVO.pdf: 1627949 bytes, checksum: 31c34b863f924737f87f81fa9f625403 (MD5) Previous issue date: 2017-03-17 / The study aimed to estimate genetic parameters and genetic variability, as well as to determine the correlations among fruit variables associated with production and pulp quality attributes in pumpkin progenies. In 2013, the parameters and prediction of progeny gains allowed the ranking of the best individuals in 10 progenies from self pollination. In 2015 the divergence was determined, selecting genotypes for qualitative and quantitative characteristics, and studying the correlations among fruit variables associated with production and pulp quality attributes in 11 evaluated genotypes. In 2013, the REML/BLUP analysis allowed the ranking considering all variables evaluated indicating the individuals 10/1/1, 10/2/12 and 6/1/3 as more promising, being the first two of ?piriform? format, and the third of "moranga" format. In 2015, it was found great variability in the progenies evaluated and similarity among progenies C. moschata 1, C. moschata 3, C. moschata 4 and C. moschata 8. The promising progenies for fruit mass and ?-carotene were C. Moschata 4 and C. moschata 7 for advances aiming to increase of production and the nutritional characteristics of the fruit. Estimates of carotenoid contents generated by the Hue angle are only valid for contrasting genotypes due to the grouping of genotypes with carotenoid content four times higher than ?Jacarezinho? cultivar. The variables explained 98% of the variation in the basic variable in the path analysis and four variables can be used for direct selection aiming to increase of fruit mass. / O estudo objetivou obter estimativas de par?metros gen?ticos e de variabilidade gen?tica, bem como determinar as correla??es entre vari?veis do fruto associadas ? produ??o e atributos de qualidade da polpa em prog?nies de ab?bora. Em 2013, os par?metros e a predi??o de ganhos gen?ticos permitiram o ranqueamento dos melhores indiv?duos em 10 prog?nies provenientes de autofecunda??es. Em 2015 determinou-se a diverg?ncia, sendo feita a sele??o de gen?tipos para caracteres qualitativos e quantitativos, al?m de estudar as correla??es entre vari?veis do fruto associadas ? produ??o e atributos de qualidade da polpa em 11 gen?tipos avaliados. Em 2013, a an?lise via REML/BLUP possibilitou o ranqueamento considerando todas as vari?veis avaliadas indicando os indiv?duos 10/1/1, 10/2/12 e 6/1/3 como mais promissores, sendo os dois primeiros de formato ?piriforme? e o terceiro de formato ?moranga?. Em 2015, constatou-se grande variabilidade nas prog?nies avaliadas e similaridade entre as prog?nies C. moschata 1, C. moschata 3, C. moschata 4 e C. moschata 8. As prog?nies promissoras para massa do fruto e ?-caroteno foram C. moschata 4 e C. moschata 7 para avan?os visando aumento da produ??o e das caracter?sticas nutricionais do fruto. As estimativas dos teores de carotenoides geradas pelo ?ngulo Hue somente s?o v?lidas para gen?tipos contrastantes devido ao agrupamento de gen?tipos com teores de carotenoides quatro vezes maiores em rela??o a cultivar Jacarezinho. As vari?veis explicaram 98% da varia??o ocorrida na vari?vel b?sica na an?lise de trilha e quatro vari?veis podem ser utilizadas para a sele??o direta visando aumento da massa do fruto.

Submitted by Verena Pereira (verenagoncalves@uefs.br) on 2018-07-12T21:21:51Z No. of bitstreams: 1 DISSERTA??O- POTENCIAL NUTRICIONAL E ATIVIDADE ANTIOXIDANTE (IN VITRO) DE FRUTOS SILVESTRES DO ESTADO DA BAHIA-VALDENI DI~1.pdf: 1484144 bytes, checksum: 520f0ad25aaf65ce9fff95db0ad63eca (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-12T21:21:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTA??O- POTENCIAL NUTRICIONAL E ATIVIDADE ANTIOXIDANTE (IN VITRO) DE FRUTOS SILVESTRES DO ESTADO DA BAHIA-VALDENI DI~1.pdf: 1484144 bytes, checksum: 520f0ad25aaf65ce9fff95db0ad63eca (MD5) Previous issue date: 2017-12-04 / Studies conducted with the Brazilian population show the prevalence of overweight and obesity in the country. They also show changes in lifestyle, such as increased consumption of fruits and vegetables, as important sources of bioactive compounds that play an antioxidant role and help prevent chronic diseases. The existence of still unexplored Bahian flora genera, such as Myrcia, provides a perspective of the use of these fruits in human food and for commercial purposes. The objective of this work was to evaluate the nutritional value and antioxidant activity of Myrcia guianensis (Aubl.) DC fruits.andMyrcia splendens (S.w.) DC. collected in the municipality of Alagoinhas-BA. The chemical and physicochemical characteristics were determined from the analysis of the whole fruits and the bioactive compounds and antioxidant activity from the crude lyophilized extract of the pulp and peel. The nutritional value of both species studied equates to the composition of the fruits in general. The amount of phenols ((M. guianensis: 56,41 ?g/mL e 42,60 ?g/mL / M. splendens:160,42 ?g/mL e 94,82 ?g/mL), flanovonoids (M. guianensis: 9,10 ?g/mL e 3,22 ?g/mL / M. splendens:15,71 ?g/mL e 3,76 ?g/mL), total anthocyanins (M. guianensis: 1957,37 mg/mL e 2757,34 mg/mL / M. splendens:943,10 mg/mL) and monomeric anthocyanins (M. guianensis: 1668,50 mg/mL e 2035,14 mg/mL / M. splendens:587,14 mg/mL were higher than the data available in the literature. The results obtained are directed to the use of fruits in low calorie diets due to low energetic value and to the production of natural dyes and / or antioxidants by nutraceutical and pharmaceutical industries / Estudos realizados com a popula??o brasileira mostram a preval?ncia de sobrepeso e obesidade no pa?s. Evidenciam tamb?m mudan?as no estilo de vida, a exemplo da eleva??o do consumo de frutas e hortali?as, por serem fontes importantes de compostos bioativos os quais desempenham fun??o antioxidante e ajudam na preven??o de doen?as cr?nicas. A exist?ncia de g?neros da flora baiana ainda pouco exploradas, a exemplo da Myrcia, traz uma perspectiva de utiliza??o destes frutos na alimenta??o humana e para fins comerciais. O objetivo do trabalho foi avaliar o valor nutricional e a atividade antioxidante de frutos deMyrcia guianensis (Aubl.) DC. eMyrcia splendens (S.w.)DC.coletadosno munic?pio de Alagoinhas-BA. As caracter?sticas qu?micas e f?sico-qu?micas foram determinadas a partir da an?lise dos frutos inteiros e os compostos bioativos e atividade antioxidante a partir do extrato bruto liofilizado da polpa e casca. O valor nutricional de ambas as esp?cies estudadas equipara-se ? composi??o das frutas em geral. O quantitativo de fen?is (M. guianensis: 56,41 ?g/mL e 42,60 ?g/mL / M. splendens:160,42 ?g/mL e 94,82 ?g/mL), flanovonoides (M. guianensis:9,10 ?g/mL e 3,22 ?g/mL / M. splendens:15,71 ?g/mL e 3,76 ?g/mL), antocianinas totais (M. guianensis:1957,37mg/mL e 2757,34mg/mL / M. splendens:943,10mg/mL)e antocianinas monom?ricas (M. guianensis:1668,50mg/mL e 2035,14mg/mL / M. splendens:587,14mg/mL) foram superiores a dados dispon?veis na literatura . Os resultados obtidos direcionam para a utiliza??o dos frutos em dietas hipocal?ricas pelo reduzido valor energ?tico e para produ??o de corantes e/ou antioxidantes naturais por ind?strias de nutrac?uticos e farmac?uticos