Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-02-18T18:47:44Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseFilogeograficaPopulacional.pdf: 1229494 bytes, checksum: bbdef6a2e0554938f7ac3340147b0bfe (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-02-25T12:31:33Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseFilogeograficaPopulacional.pdf: 1229494 bytes, checksum: bbdef6a2e0554938f7ac3340147b0bfe (MD5) / Made available in DSpace on 2013-02-25T12:31:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseFilogeograficaPopulacional.pdf: 1229494 bytes, checksum: bbdef6a2e0554938f7ac3340147b0bfe (MD5) Previous issue date: 2012 / O gênero Corythopis pertence à família Rhynchocyclidae e agrupa vários táxons sobre cujos limites e validade ainda deixam dúvidas, o que gera incertezas quanto a real quantidade de unidades evolutivas diagnosticáveis dentro do grupo. Esse gênero possui duas espécies reconhecidas: Corythopis delalandi, monotípica e distribuída nos biomas Mata Atlântica e Cerrado; e C. torquatus (endêmica da Amazônia), na qual são reconhecidas três formas, caracterizadas e distinguíveis uma das outras pelo padrão de tons de marrom na cabeça: C. t. torquatus Tschudi, 1844; C. t. anthoides (Pucheran, 1855) e C. t. sarayacuensis Chubb, 1918. O objetivo deste estudo é tentar reconstruir os contextos temporais e espaciais do processo de diversificação das diferentes linhagens evolutivas de Corythopis, possibilitando inferências sobre a história evolutiva e limites inter e intraespecíficos do grupo. Foram realizadas análises filogeográficas (ML e IB) e populacionais com base em um marcador mitocondrial (ND2), além de uma árvore de espécies com dois marcadores nucleares (MUSK e βf5) e um mitocondrial (ND2). De acordo com os resultados observados, existem cinco filogrupos principais em Corythopis, endêmicos das seguintes regiões (áreas de endemismo): 1- Xingu, Tapajós e Rondônia (norte; a leste do rio Jiparaná); 2- Napo; 3- Guiana; 4- Inambari e Rondônia (sul, a oeste do rio Jiparaná) e 5- Mata Atlântica. Os resultados das análises filogenéticas e populacionais indicaram a existência de dois clados reciprocamente monofiléticos sustentados por altos apoios de bootstrap (>80%) e probabilidades posteriores (> 0.95), concordando desse modo com a taxonomia atual para o gênero Corythopis, que reconhece uma espécie biológica na Amazônia (C. torquatus) e outra na Mata Atlântica e Cerrado. A árvore de espécie concorda com as demais análises, mostrando que existem apenas duas linhagens reciprocamente monofiléticas em Corythopis bem apoiadas estatisticamente: C. torquatus (F1, F2, F3 e F4) e C. delalandi (F5), reforçando o seu status como espécies biológicas independentes. O padrão biogeográfico de separação entre os diferentes filogrupos Amazônicos de Corythopis é bem diferente daquele reportado até hoje para diferentes linhagens de aves Amazônicas, onde os eventos iniciais de separação envolveram populações dos escudos brasileiros e das Guianas. / The genus Corythopis, family Rhynchocyclidae, has several taxa whose limits and validity are still doubtful, generating uncertainty about the actual amount of diagnosable evolutionary units within the group. This genus has two species: Corythopis delalandi, monotypic and distributed in the Atlantic Forest and Cerrado biomes, and C. torquatus (endemic to Amazonia), in which three forms are recognized, characterized and distinguished from each other by the pattern of shades of brown on the head: C. t. torquatus Tschudi, 1844; C. t. anthoides (Pucheran, 1855), and C. t. sarayacuensis Chubb, 1918. The objective of this study is to reconstruct the temporal and spatial contexts of the diversification of the genus Corythopis, allowing inferences about the evolutionary history and inter and intraespecific boundaries of the group. We performed phylogeographic (ML and IB) and population genetics analyzes based on a mitochondrial marker (ND2), and estimated a species tree for lineages within Corythopis with two nuclear (MUSK and βf5) and mitochondrial (ND2) markers. According to the results observed, there are five main filogroups of Corythopis endemic to the following regions (neotropical areas of endemism): 1- Xingu, Tapajós e Rondônia (north; east of the Jiparaná); 2- Napo; 3- Guiana; 4- Inambari e Rondônia (south, west of the river Jiparaná) e 5- Mata Atlântica. The results of phylogenetic and population genetics analyzes indicated the existence of two reciprocally monophyletic clades supported by high bootstrap support (>80%) and posterior probabilities (> 0.95), thus agreeing with the current taxonomy of the genus Corythopis, which recognizes an Amazonian (C. torquatus) and an Atlantic Forest / Cerrado biological species. The species tree agrees with the other analyzes showing that there are only two reciprocally monophyletic lineages in Corythopis with high statistical support: C. torquatus (F1, F2, F3 e F4) and C. delalandi (F5), reinforcing their status as independent biological species. The biogeographic pattern of separation between the different filogroups of Corythopis in the Amazon is quite different from that reported to date for different lineages of Amazonian birds, whereby the initial separation events involved populations from the Brazilian and Guianan shields.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-11-14T18:04:01Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_AnaliseVariabilidadeGenetica.pdf: 2627012 bytes, checksum: fd75489ced5f9383da4e35f9ccb22954 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-11-18T17:24:13Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_AnaliseVariabilidadeGenetica.pdf: 2627012 bytes, checksum: fd75489ced5f9383da4e35f9ccb22954 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-11-18T17:24:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_AnaliseVariabilidadeGenetica.pdf: 2627012 bytes, checksum: fd75489ced5f9383da4e35f9ccb22954 (MD5) Previous issue date: 2010 / O Soldadinho-do-araripe – Antilophia bokermanni (Passeriformes, Pipridae) é atualmente o membro mais ameaçado de extinção de sua família, sendo classificado como “criticamente em perigo”. Com uma população estimada em somente 800 indivíduos, está espécie é endêmica de uma pequena área (aproximadamente 30 km²) de floresta úmida de encosta da Chapada do Araripe no nordeste do Brasil. A urgente necessidade de implementação de um programa de conservação efetivo para o Soldadinho-do-araripe tem estimulado muitas pesquisas com diversos aspectos de sua biologia. No presente estudo, nós examinamos variações nas seqüências de segmentos do mtDNA e ncDNA em representantes de A. bokermanni e A. galeata. As análises mostraram nenhuma evidência para subestruturamento populacional e também de história de expansão populacional para A. bokermanni. Sua variabilidade genética é ligeiramente menor quando comparada com a sua espécie-irmã, mas suas similaridades indicam um recente processo de separação, indicado pela retenção de polimorfismo ancestral (separação incompleta de linhagens) em todos os marcadores. Nós também não encontramos nenhuma associação entre variação de plumagem e variações nucleotídicas do gene MC1R no gênero Antilophia. Este estudo representa uma contribuição da genética para o Plano de Conservação do Soldadinho-do-araripe (Antilophia bokermanni). / The Araripe Manakin Antilophia bokermanni (Passeriformes, Pipridae) is the most threatened member of this family, and is classified as “critically endangered”. With an estimated population of only 800 individuals, this species is endemic to a small area (approximately 30 km²) of forest on the slopes of the Araripe Plateau in northeastern Brazil. The urgent need for the implementation of an effective conservation program for the Araripe Manakin has stimulated intensive research into various aspects of its biology. In the present study, we examined sequence variation in segments of the mtDNA and ncDNA in specimens of A. bokermanni and A. galeata. The current analysis provides no evidence for population substructuring nor for a history of population expansion of A. bokermanni. The genetic variability is slightly reduced in comparison with its sister species, but their similarity indicates a relatively recent process of separation, indicated by retention of ancestral polymorphisms (incomplete lineage sorting) all markers. We also did not detect any association between plumage variation and nucleotide variation at MC1R in genus Antilophia. This study represents a contribution of genetics to the Conservation Plan of Araripe Manakin (Antilophia bokermanni).

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-11-14T18:06:50Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_EstudosCromossomicosAnuros.pdf: 2376687 bytes, checksum: 47c08d5fecec451c4a49b4ad47ae4e09 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-11-22T14:29:43Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_EstudosCromossomicosAnuros.pdf: 2376687 bytes, checksum: 47c08d5fecec451c4a49b4ad47ae4e09 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-11-22T14:29:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_EstudosCromossomicosAnuros.pdf: 2376687 bytes, checksum: 47c08d5fecec451c4a49b4ad47ae4e09 (MD5) Previous issue date: 2010 / Embora exista uma grande diversidade de complementos cromossômicos em Leptodactylidae (2n = 18 a 2n = 26) e Hylidae (2n = 20 a 2n = 32), a elevada fragmentação de dados limita o acesso a informações sobre as origens e os mecanismos responsáveis por esta diversidade. Isto provavelmente tem influenciado que os dados citogenéticos tenham sido principalmente utilizados na caracterização do status de espécies mais do que incluídos amplamente em análises filogenéticas. Este trabalho aborda, por meio de dados citogenéticos, aspectos evolutivos de três grandes grupos de anuros de ampla distribuição na região Neotropical. O gênero Leptodactylus é agrupado com Hydrolaetare, Paratelmatobius e Scythrophrys na família Leptodactylidae. Os antecedentes cromossômicos neste gênero indicam variações nos números diplóides de 2n = 18 a 2n = 26, assim como variações nos números fundamentais (número de braços autossômicos, NF) e nas posições das Regiões Organizadoras do Nucléolo (NOR). Os resultados das análises de 26 espécies de Leptodactylus empregando diversas técnicas representa, provavelmente, a análise citogenética mais inclusiva realizada no gênero Leptodactylus até o momento, e os resultados constituem um marco para a proposição de hipóteses consistentes de evolução cromossômica no gênero. A tribo Lophyiohylini agrupa atualmente 81 espécies distribuídas em 10 gêneros. A informação citogenética é escassa e restrita apenas a 12 espécies. São aqui apresentados comparativamente dados citogenéticos em espécies dos gêneros Argenteohyla, Itapotihyla, Phyllodytes, Trachycephalus e Osteocephalus. Os resultados indicam que, com exceção de O. buckleyi (2n = 26; NF = 50) e P. edelmoi (2n = 22; NF = 44), todas as demais espécies analisadas coincidem com os dados citogenéticos disponíveis, que indicam um 2n = 24 (NF = 48) na maioria das espécies cariotipadas, com NOR e constrições secundarias (CS) localizadas no par 11. Entretanto, em Phyllodytes edelmoi e Argentohyla siemersi pederseni, essas regiões localizam-se nos pares 2 e 5, respectivamente. Blocos heterocromáticos foram associados às CS adicionais (sítios frágeis) em Osteocephalus, mas não em Trachycephalus. Dados citogenéticos nos gêneros Nyctimantis e Tepuihyla, assim como técnicas com maior poder de resolução e estudos mais inclusivos, são necessários para compreender melhor a evolução cromossômica da tribo. A tribo Dendropsophini atualmente agrupa os gêneros Scinax, Pseudis, Scarthyla, Sphaenorhynchus, Xenohyla e Dendropsophus. Os dados citogenéticos registrados em todos os gêneros revelaram uma elevada diversidade cariotípica com grandes variações nos números diplóides (2n = 22 em Scarthyla; 2n = 24 em Scinax e Xenohyla; 2n = 24, 24 +1-2B e 26 em Sphaenorhynchus; 2n = 24 e 28 em Pseudis; e, 2n = 30 em Dendropsophus). O 2n = 24 observado em X. truncata indica que o 2n = 30constitui uma sinapomorfia do gênero Dendropsophus. A localização das NOR no par 7 é uma característica compartilhada por espécies dos gêneros Scarthyla, Xenohyla, Pseudis e Sphaenorhynchus, com algumas exceções nos dois últimos (P. caraya e S. carneus). Entretanto, o gênero Dendropsophus exibe uma interessante diversidade em relação a número e localização das NOR. Por outro lado, a distribuição de heterocromatina apresentou padrões variáveis, particularmente gênero Pseudis. Embora exista uma excepcional variação cromossômica neste grupo, a informação fragmentária em alguns gêneros dificulta a formulação de hipóteses consistentes sobre o papel dos cromossomos na evolução do grupo. / Although there exists a large variety of chromosomal complements in Leptodactylidae (2n = 18 to 2n = 26) and Hylidae (2n = 20 to 2n = 32), the high fragmentation of data limits the access to the information about the origins and underlying mechanisms of its diversity. This, probably, had influence on the use of cytogenetic data on the characterization of species status more than been widely included in phylogenetic analyses. This work approaches, through cytogenetic data, some evolutionary aspects of three maior groups of anurans widely distributed in the Neotropical region. The genus Leptodactylus is clustered with Hydrolaetare, Paratelmatobius and Scythrophrys in the family Leptodactylidae. The chromosomal background in the genus indicates variation of the diploid numbers from 2n = 18 to 2n = 26, as well as, variation on the fundamental numbers (number of autosomic arms, FN) and on the position of Nucleolus Organizer Regions (NOR). Results of the analysis of 26 species of Leptodactylus, using several techniques, probably represents the most inclusive cytogenetic analyses on the genus Leptodactylus until now and its results provides appropriate bases to establish consistent relationships of chromosomal evolution on the genus Leptodactylus. Actually the Lophyiohylini tribe cluster 81 species distributed in 10 genera. The cytogenetic information is scarce and restrict to only 12 species. In the present study, are presented, comparatively, cytogenetic data of species from Argenteohyla, Itapotihyla, Phyllodytes, Trachycephalus and Osteocephalus genera. With exception of O. buckleyi (2n = 26; NF = 50) and P. edelmoi (2n = 22; NF = 44), the results indicate that all the others analyzed species coincide with cytogenetic data available, that indicates 2n = 24 (NF = 48) on the majority of karyotyped species, with NOR and secondary constrictions (SC) located on the 11 pair. However, in Phyllodytes edelmoi and Argentohyla siemersi pederseni, these regions are located on pairs 2 and 5, respectively. Heterochromatic blocks were associated to additional SC (fragile sites) in Osteocephalus, but not in Trachycephalus. Cytogenetic data on the Nyctimantis and Tepuihyla genera, techniques with techniques with higher resolution and more inclusive studies are necessary to better comprehend the chromosomal evolution of the tribe. The Dendropsophini tribe actually clusters the Scinax, Pseudis, Scarthyla, Sphaenorhynchus, Xenohyla and Dendropsophus genera. The registered cytogenetic data of all the genera revealed high karyotype diversity with great variation on the diploid numbers (2n = 22 in Scarthyla; 2n = 24 in Scinax and Xenohyla; 2n = 24, 24 +1- 2B e 26 in Sphaenorhynchus; 2n = 24 and 28 in Pseudis; and, 2n = 30 in Dendropsophus). The 2n=24 observed in X. truncata indicates that 2n=30 constitute a synapomorphy of the Dendropsophus genus. The NOR localization on the pair 7 is a characteristic shared by species of Scarthyla, Xenohyla, Pseudis and Sphenorhynchus, with some exceptions in the last two genera (P. caraya and S. carneus). However, the Dendropsophus genus displays an interesting diversity related to the number and its localization. On the other hand, the heterochromatin distribution presented standard variables, particularly on genus Pseudis. Although there is an exceptional chromosome variation in this group, fragmentary information in some genera made difficult to formulate consistent hypotheses about the role of chromosomes in the evolution of the group.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-07-24T14:03:31Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoGeneticaAvestruzes.pdf: 973425 bytes, checksum: f8295a545bb4133ddc9fab65006ac292 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-09-10T14:51:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoGeneticaAvestruzes.pdf: 973425 bytes, checksum: f8295a545bb4133ddc9fab65006ac292 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-10T14:51:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoGeneticaAvestruzes.pdf: 973425 bytes, checksum: f8295a545bb4133ddc9fab65006ac292 (MD5) Previous issue date: 2007 / O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de populações de avestruzes (Struthio camelus) por meio de marcadores RAPD (Polimorfismos de DNA amplificado ao acaso). Foram coletadas 121 amostras de indivíduos procedentes dos estados do Pará, Maranhão, Tocantins e Minas Gerais. O DNA genômico foi extraído a partir de sangue total. A triagem de iniciadores permitiu a seleção de 15 entre os 60 analisados que foram amplificados pelo método PCR. Os produtos da PCR foram visualizados em gel de agarose 1,5% e foi gerada uma matriz binária para os fragmentos amplificados com presença (1) e ausência (0) de banda. Para a verificação do número ótimo de bandas polimórficas foi realizada a análise de bootstrap por meio do software GQMOL. Para a análise dos dados foi utilizado o programa NTSYS-pc (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis Sistem), versão 2.02. A similaridade entre as amostras foi analisada através do coeficiente de Jaccard. Foi gerada uma matriz de distância cofenética, usando o módulo Sahncof, do programa NTSYS 2.2. Para realização da estruturação gênica o procedimento empregado foi a análise de variância molecular (AMOVA), processada no software Arlequin 2.0 (Schneider et al., 2000). Os 15 iniciadores geraram um total de 109 bandas polimórficas. A análise de bootstrap mostrou que a partir de 100 bandas o trabalho já se torna mais confiável, uma vez que a magnitude da correlação foi bem próxima do valor máximo (r=0,99), como também a soma de quadrados dos desvios (SQd) atingiu valor baixo 1,25 e o valor do estresse (E) foi de 0,05. Na análise entre pares de grupos, foi verificado que a maior e menor similaridade estão em torno, respectivamente, de 0,86 e 0,00. No que diz respeito à distribuição de freqüência das similaridades obtidas entre os 5.644 pares formados na matriz genética, pode-se verificar que 32,69 % dos pares ficaram incluídos nas classes com similaridades variando de 0,01 a 0,10. Nota-se que a maior porcentagem (85,59%) dos pares ficou distribuídos nas três primeiras classes das extremidades e que a minoria deles (14,41%) apresentou similaridades variando de 0,21 a 1,00. O teste de Mantel mostrou correlação de 0,81 e o dendrograma gerou 67 grupos delimitados pela Sm que foi de 0,49. A maior similaridade foi de 0,86 e a menor de 0,06. Os dados relativos à análise de variância molecular mostraram que a porcentagem de variação genética entre procedências foi baixa e significativa (24,03%, p < 0,0001), evidenciando que grande parte da variação encontra-se dentro das populações (75,97 %). Os marcadores RAPD foram eficientes na caracterização da similaridade genética. / The objective of this work was to evaluate the genetic variability of ostrich populations (Struthio camelus) through RAPD markers (Random Amplified Polymorphic DNA). 121 samples of individuals were used from Pará, Maranhão, Tocantins and Minas Gerais States. The genomic DNA was extracted from total blood. Fifteen primers were selected among the 60. The products of the PCR were visualized in agarose gel 1.5% and, a binary matrix was generated considering the presence (1) of a amplified fragment and its absence (0). The ideal number of polymorphic bands was estimated through the bootstrap analysis using the GQMOL software. The genetic similarity was estimated through the Jaccard coefficient using the NTSYS-PC (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System) software, version 2.02. The origin of the genetic diversity was quantified by the analysis of molecular variance (AMOVA) using the Arlequin 2,0 software. The 15 primers generated a total of 109 polymorphic bands and the bootstrap analysis showed that at least 100 bands is the ideal number for sampling the genetic diversity, as determined by the high value of correlation (r=0,99), the low value of the squared deviation sum (1,25), and the low stress (0,05). The results suggest that the studied populations are from the same origin. Management measures must be adopted in these breeding, even using other molecular markers in the way to amplify the genetic variability and the conservation of this important genetic resource. RAPD.The bootstrap analysis showed that from 100 bands the work already becomes more trustworthy, a time that the magnitude of the correlation was well next to the maximum value (r=0,99), as also the addition of squares of shunting lines (SQd) reached low value 1,25 and the value of it estresse (e) was of 0,05. In the analysis between pairs of groups, it was verified that the greater and minor similarity are in lathe, respectively, of 0,86 and 0,00. In that it says respect to the distribution of frequency of the similarities gotten between the 5,644 pairs formed in the genetic matrix, it can be verified that 32,69 % of the pairs had been enclosed in the classrooms with similarities varying of 0,01 the 0,10. One notices that the biggest percentage (85,59%) of the pairs was distributed in the three first classrooms of the extremities and that the minority of them (14,41%) presented similarities varying of 0,21 the 1,00. The test of Mantel showed correlation of 0,81 and the dendrograma generated 67 groups delimited for the Sm that was of 0,49. The biggest 0,86 similarity was of and the minor of 0,06. The relative data to the analysis of molecular variance had shown that the percentage of genetic variation between origins was low and significant (24,03%, p < 0,0001), evidencing that great part of the variation meets inside of the populations (75,97 %). markers RAPD they had been efficient in the characterization of the genetic similarity.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-07-28T14:30:41Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_InteracaoGenotipoAmbiente.pdf: 443190 bytes, checksum: 24232ac740728637fa3fdd2bc5de73d0 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-09-11T13:34:41Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_InteracaoGenotipoAmbiente.pdf: 443190 bytes, checksum: 24232ac740728637fa3fdd2bc5de73d0 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-11T13:34:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_InteracaoGenotipoAmbiente.pdf: 443190 bytes, checksum: 24232ac740728637fa3fdd2bc5de73d0 (MD5) Previous issue date: 2005 / Com o objetivo de verificar a existência da interação genótipo x ambiente, sob a forma de heterogeneidade de variâncias para a produção de leite na espécie bubalina e o seu impacto na avaliação genética dos animais, utilizando a inferência Bayesiana por meio de Amostrador de Gibbs, foram utilizados 5.484 registros de produção de leite referentes à produções de 2.994 búfalas predominantemente Murrah, filhas de 150 reprodutores, acasalados com 1130 matrizes, cujos partos ocorreram entre os anos de 1974 e 2004. Os registros foram provenientes do Programa de Melhoramento Genético dos Bubalinos (PROMEBUL) com a adição de registros provenientes do rebanho da EMBRAPA Amazônia Oriental -EAO, localizada em Belém, Pará. Foram estabelecidas classes de rebanho-ano de parto e de acordo com o desvio padrão de cada classe, os registros de produção de leite foram classificados em classes de alto e baixo desvio-padrão fenotípico. Posteriormente, os dados foram analisados desconsiderando e considerando as classes de desvio-padrão. O modelo utilizado empregou os efeitos fixos referentes às classes de rebanho-ano, mês de parto e covariáveis idade da fêmea ao parto e duração da lactação, além do efeito aleatório de animal, ambiente permanente e ambiente temporário. Para os efeitos fixos, foi assumido distribuição à priori uniforme e para os componentes de (co)variâncias foram assumidas distribuições priori qui-quadrado inversa e Wishart invertida. As médias observadas e desvio-padrão para produção de leite nas classes de alto e baixo desvio-padrão e em análise geral, foram iguais a 1870,21±758,78, 1900,50±587,76 e 1885,48±677,98, respectivamente. As médias posteriores para os componentes de variâncias foram maiores na classe de alto desvio-padrão. A herdabilidade obtida na classe de alto desvio-padrão foi próxima do valor observado na análise geral e inferior ao valor encontrado na classe de baixo desvio-padrão fenotípico. A correlação genética para produção de leite entre as classes de desvio-padrão foi igual a 0,58. As correlações de Spearman entre os valores genéticos para a produção de leite obtidos em análise geral com os valores obtidos nas classes de alto e baixo desvio padrão foram iguais a 0,94 e 0,93, respectivamente, para todos os reprodutores. Para uma amostra dos 10 melhores reprodutores, as mesmas correlações foram iguais a 0,94 e 0,47, respectivamente. Tais resultados revelam presença de heterogeneidade de variâncias entre rebanhos e esta heterogeneidade de variâncias é resultante de fatores ambientais, que podem levar a uma classificação errônea dos melhores reprodutores geneticamente para a produção leite. / With the objective to verify the existence of the interaction genotype X enviroment, under the form of heterogenity of variances for the milk production in buffaloes and its impact in the genetic evaluation of the animals, using the Bayesiana inference by means of Gibbs Sampler, form used 5,484 registers of referring milk production to the productions of 2.994 females predominantly Murrah, calves of 150 sires, mateds with 1130 matrices, whose birth had occurred between the years of 1974 and 2004. The records had been proceeding from the Programa de Melhoramento Genético de Bubalinos (PROMEBUL) with the addition of records proceeding from the flock of the EMBRAPA Amazônia Oriental - EAO, located in Belém, Pará, State. Class of herd-year of birth had been established and in accordance with the standard deviation of milk production of each class had been classified in class of high and low phenotypic standard deviation. Later the data had been analyzed disrespecting and considering the standard deviations class. The used model used the referring fixed effect to the herd-year class, month of parity and covariable age of the female to the birth and length of the lactation, beyond the random effect of animal, permanent environment and temporary environment effects. For the fixed effect uniform was assumed distribution to priori and for the components of (co)variances, had been assumed distributions priori inverse qui-square and inverted Wishart. The observed averages and shunting line-standard for milk production in the class of high, low standard deviation and in general analysis, had been equal 1870,21±758,78, 1900,50±587,76 and 1885,48±677,98, respectively. The posterior averages for the components of variances had been bigger in the classroom of high standard deviation. The genetic correlation for milk production between standard deviation classes was equal the 0,58. The correlations of Spearman between the breeding values for the milk production obtained in general analysis with the values in the class of high and low standard deviation were 0,94 and 0,93 , respectively, for all the sires. For one it shows of the 10 better sires, the same correlations had been equal 0,94 and 0,47, respectively. Such results disclose presences of heterogenity of variances between herds and this heterogenity of variances is resultant of environmental factors, that can take to a wrong classification of the breeding value to best sires for the production milk.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2015-09-24T16:54:43Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_VariacaoGeograficaSchizodon.pdf: 4700041 bytes, checksum: 634a606fe5d77c1b66654705cbb10b96 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-10-06T13:11:28Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_VariacaoGeograficaSchizodon.pdf: 4700041 bytes, checksum: 634a606fe5d77c1b66654705cbb10b96 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-06T13:11:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_VariacaoGeograficaSchizodon.pdf: 4700041 bytes, checksum: 634a606fe5d77c1b66654705cbb10b96 (MD5) Previous issue date: 2013 / Através da análise dos espécimes de Schizodon dissimilis depositados em coleções científicas registramos a ocorrência desta espécie nas bacias dos rios Pindaré-Mearim, Itapecuru, Turiaçu e Tocantins (trecho baixo), ampliando a área de distribuição da espécie que, até o momento, estava restrita à bacia do Rio Parnaíba. As análises realizadas demonstram uma tendência a separação das populações dessas bacias, onde as populações do rio Tocantins podem ser separadas das demais populações, assim como, as populações dos rios Turiaçu e Pindaré-Mearim, podem ser consideradas próximas. Provavelmente essas caracterizações são definidas por eventos geológicos ocorridos nessas áreas ou apenas por pressão seletiva. Porém, tais resultados não podem evidenciar uma separação definitiva entre essas populações em espécies distintas.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-05-15T11:39:38Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoPolimorfismoGenes.PDF: 342909 bytes, checksum: 36dbb22fd1eae45470757116ee9a046f (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-05-16T19:52:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoPolimorfismoGenes.PDF: 342909 bytes, checksum: 36dbb22fd1eae45470757116ee9a046f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-16T19:52:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoPolimorfismoGenes.PDF: 342909 bytes, checksum: 36dbb22fd1eae45470757116ee9a046f (MD5) Previous issue date: 2014-03-11 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os búfalos são animais domésticos pertencentes ao gênero Bubalus, família Bovidae da ordem Artiodactyla. Fornecem carne, leite e força de trabalho. São bastante adaptados as condições climáticas do estado do Pará, produzindo muito bem nessas condições. No entanto, os produtores ainda carecem de animais testados para características produtivas. Sendo assim utilizamos a técnica de SSCP (Polimorfismo de conformação de fita simples) e marcadores SNP (Polimorfismo de nucleotídeo único), com a finalidade de caracterizar os 83 animais das raças murrah e mediterrâneo. Para o DGAT1 encontramos as frequências alélicas de 0,741 para o alelo A, 0,253 para o alelo B e de 0,01 para o alelo C. As frequências genotípicas foram de 0,54 para o genótipo AA, 0,39 para o genótipo AB, 0,06 para o genótipo BB e de 0,01 para o genótipo AC. Para o gene GH encontrou-se apenas um genótipo. O gene DGAT1, mostrou considerável variação genética e detectou-se a presença de SNPs. / The Buffaloes are domestic animals belonging to Bubalus genus, Bovidae family and Artiodactyla order. Provide meat, milk and workforce. Are quite adapted to the climatic conditions of the state of Pará, producing well in those conditions. However, producers still need tested animals for production characteristics. There were used the technique of SSCP (single-strand conformation polymorphism) and SNP markers (single nucleotideo polymorphism), in order to characterize the 83 buffaloes from murrah and Mediterranean breeds. For the DGAT1, occured allelic frequency of 0.741 for the allele A, 0.253 for the allele B and 0.01 for the allele C. The genotypic frequencies were 0.54 for the AA genotype, 0.39 for the AB genotype, 0.06 for the BB genotype and 0.01 for the AC genotype. For the GH gene was found only one genotype. The DGAT1 gene showed considerable genetic variation and detects the presence of SNPs.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Panulirus argus (Latreille, 1804) é uma das principais espécies de lagosta no Atlântico, sendo um dos maiores recursos pesqueiros do Atlântico Ocidental, onde apresenta um alto valor comercial. A forte explotação da espécie resulta em uma grande pressão sobre suas populações. Recentemente, foi descoberto que sob o binômio P. argus estão contidas duas espécies crípticas que ocorrem em alopatria, uma na região do Caribe e outra na costa brasileira. Esta tese tem como objetivo estudar como se estruturam geneticamente as populações dessas duas espécies, com o propósito de fornecer mais informações para a determinação de estoques e um correto manejo das espécies, e analisar os processos históricos evolutivos que moldaram suas histórias demográficas. Para tal, foram estudados dois marcadores mitocondriais (região controle e o gene da Citocromo Oxidase I) e loci de microssatélites de indivíduos de 7 regiões do Caribe (Florida, Bahamas, Turks e Caicos, Porto Rico, Cuba, Colômbia e Venezuela) e 11 estados do Brasil (Pará, Maranhão, Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Pernambuco, Alagoas, Bahia, Espírito Santo, Rio de Janeiro e São Paulo). Dentro de cada espécie foram observadas duas linhagens mitocondriais diferentes, que co-ocorriam, de maneira homogênea, ao longo de suas distribuições. Hipotetiso que essas linhagens foram formadas a partir de um evento de vicariância com contato secundário ou como consequência de um efeito gargalo seguido de expansão. As duas linhagens são evidentes nas sequências da região controle mitocondrial, mas no gene da COI foram evidentes apenas em P. cf. argus do Caribe. As linhagens do Brasil se separaram há aproximadamente 233 - 288 mil anos e cada uma sofreu expansão em tempos diferentes, a primeira se expandiu há 100 mil anos e a segunda linhagem há 50 mil anos. As linhagens do Caribe se separaram cerca de 1 milhão de anos atrás e possuem o mesmo tempo de expansão, 50 mil anos. Os microssatélites não revelaram subdivisão populacional para nenhuma das duas espécies, porém os marcadores, juntos, sugeriram um fluxo gênico diferenciado entre localidades expostas a diferentes correntes marítimas. Considerando que essas lagostas são intensamente explotadas, é importante ser cuidadoso no momento de definir estoques pesqueiros. Para a espécie do Brasil, dois estoques pesqueiros foram sugeridos, o primeiro do Pará à Bahia e o segundo do sul da Bahia a São Paulo. Para a espécie do Caribe, foi mantida e reforçada a hipótese de quatro estoques sugerida pela FAO (Norte, Sul, Centro-Norte e Centro-Sul). / Panulirus argus (Latreille, 1804) is one of the main lobster species in the Atlantic, and one of the largest fisheries in the western Atlantic, with a high commercial value. The heavy exploitation of the species results in much pressure on its populations. Recently, it was discovered that under the name P. argus there are two cryptic species that occur in allopatry, one in the Caribbean and the other on the coast of Brazil. This thesis studies the population genetic structure of those two species with the purpose of providing more information to delimitate stocks for fisheries management, and for understanding the historical processes that have shaped their evolutionary demographic histories. For this, we analysed two mitochondrial markers (control region and the Cytochrome Oxidase I gene) and microsatellite markers of individuals from 7 localities in the Caribbean (Florida, Bahamas, Turks and Caicos, Puerto Rico, Cuba, Colombia, and Venezuela) and 11 States of Brazil (Pará, Maranhão, Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Pernambuco, Alagoas, Bahia, Espírito Santo, Rio de Janeiro, and São Paulo). Within each species two different mitochondrial lineages were observed. They occurred throughout their distributions, and it is hypothesized that they were formed from a vicariance event with secondary contact or are the result of a genetic bottleneck followed by expansion. The lineages of P. cf. argus from Brazil were only observed in the mitochondrial control region and were separated approximately 233-288 thousand years ago, and each lineage underwent expansion at different times: the first expanded 100,000 years ago and the second 50,000 years ago. The lineages of the Caribbean species were found for the two mitochondrial markers. They were separated about 1 million years ago and have had the same expansion time, 50,000 years. Microsatellites revealed no population subdivision for either species, but the molecular markers together suggest a differential gene flow between localities exposed to different currents. Since these lobsters are heavily exploited, it is important to be conservative when defining their fishing stocks. For the species from Brazil, two fishing stocks are suggested, the first from Pará to Bahia States and the second from Southern Bahia to São Paulo State. For the species of the Caribbean, our data give support to the four stocks suggested by FAO (North, South, North Central and South Central).

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-08-05Bitstream added on 2014-06-13T18:29:24Z : No. of bitstreams: 1 guerra_al_me_sjrp.pdf: 4594193 bytes, checksum: 441ad838c49d255aeb995cc415bbc92e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os camarões do gênero Macrobrachium pertencem à família Palaemonidae. Habitam as proximidades do litoral e, também, ambientes de água doce. Com mais de cem espécies amplamente distribuídas pelas regiões tropicais e subtropicais do mundo, os palemonídeos possuem hábitos crípticos e noturnos. Particularmente na região noroeste do Estado de São Paulo, podemos encontrar várias espécies com importância econômica e ecológica consideráveis. Entretanto, existem poucos estudos na literatura relacionados ao conhecimento da biologia desses crustáceos. Assim, o presente trabalho objetivou analisar a variabilidade genética intra e interpopulacional, de amostras de duas espécies de camarões palemonídeos do gênero Macrobrachium (M. amazonicum e M. jelskii), coletadas em diferentes localidades, utilizando-se a análise das seqüências dos genes mitocondriais COI e rRNA 16S e, ainda, devido à problemática taxonômica existente entre essas duas espécies, também foi analisada a variabilidade genética interespecífica, utilizando-se os mesmos genes.. O cálculo dos índices de divergência genética intrapopulacionais apresentou valores baixos, refletindo uma provável estruturação genética destas populações. Apenas as populações de MjME e do CAUNESP apresentaram valores de divergência genética mais elevados, sugerindo um desequilíbrio na estruturação genética das mesmas, provavelmente causado por interferência antrópica e situação de cativeiro, respectivamente. Nas comparações interpopulacionais, envolvendo M. amazonicum, as taxas de divergência genética apresentaram uma ampla variação, também com média elevada. Os valores elevados nas comparações envolvendo a população do CAUNESP, permitiram descartar a hipótese da provável origem comum das populações de Macrobrachium, a partir de espécimes trazidos do Pará. Da mesma forma, as comparações... / The genus Macrobrachium (Bate, 1868) belongs to the Palaemonidae family. Their species are widely distributed in lakes, floodplains and rivers in tropical and subtropical regions of South America, having cryptic and nights habits. This genus presents nearly 210 known species with ecological and economic importance. Particulary in the northwestern state of São Paulo, we can find several species with considerable importance. However, there are few studies related to knowledge of the biology of these crustaceans. The aim this work was to analyze the genetic variability interpopulation, and interspecific of two Macrobrachium species (M. amazonicum and M. jelskii), using the mitochondrial gene sequence COI and 16S rRNA. Also, due to taxonomic problems between these two species we analyzed interspecific genetic variability, using the same genes. The intrapopulation rates of genetic divergence values were low, reflecting a probable genetic structure of these populations. Only populations MjME and CAUNESP showed higher divergence values, suggesting changes in their genetic structure of the same, probably caused by human interference and situation of captivity, respectively. In comparisons inferences involving M. amazonicum, rates of genetic divergence showed a wide range, also with high average. High values in comparisons involving the population of CAUNESP, allowed to reject the hypothesis of a probable common origin of populations the Macrobrachium specimens brought from State of Para. Interpopulation comparisons involving M. jelskii also showed high values of divergence, especially for the population collected from the Mendonça dam, whose genetic alteration in population structure was attributed to the frequent introduction of exotic specimens. The values of interspecific genetic divergence in the samples collected in the same geographic location were low for populations Adolfo (0.3%) ...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-29Bitstream added on 2014-06-13T18:53:57Z : No. of bitstreams: 1 venancio_lpr_me_sjrp.pdf: 1068047 bytes, checksum: d85b41abf589322ab5174b5d9c2b731e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Nsf - Nacional Science Foundation / O Brasil é o país com o maior rebanho de búfalo de rio, Bubalus bubalis, no continente americano e também o maior produtor deste animal fora do continente asiático. A produção de leite e derivados vem aumentando devido à potencialidade dessa espécie em produzir leite com baixos custos e elevado rendimento industrial. Apesar das características economicamente importantes inerentes ao búfalo, as pesquisas científicas são limitadas em muitos países onde o búfalo é economicamente importante e como conseqüência a pesquisa genômica encontrase defasada quando comparado com outras espécies de interesse econômico. Marcadores moleculares são essenciais para avaliar informações qualitativas e quantitativas da diversidade molecular com o objetivo de aperfeiçoar a utilização e conservação da variabilidade genética e o relacionamento entre vários rebanhos. Microssatélites diferem dos outros tipos de seqüências de DNA por seu extenso polimorfismo dentro e entre populações, sendo considerados excelentes tipos de marcadores moleculares. O presente estudo teve como objetivos construir bibliotecas genômicas parciais enriquecidas com microssatélites, isolar e caracterizar os microssatélites obtidos, além de determinar as condições de amplificação por PCR para alguns dos locos isolados da biblioteca. Foram desenvolvidas 6 bibliotecas genômicas parciais – (CA)15 , (CT)15 , (AGG)8 , (GATA)8 , (GAAA)8, (AAAAC)8. O processo de clonagem gerou um total de 1.824 clones recombinantes, sendo que 954 foram seqüenciados para identificação de microssatélites. Cento e treze microssatélites foram encontrados. Desses, foram identificados 96 com unidade de repetição dinucleotídica (84,95%), 10 repetições trinucleotídicas (8,85%), 6 repetições tetranucleotídicas (5,3%) e 1 repetição pentanucleotídica (0,89%). As seqüências de microssatélites... / Brazil is the largest river buffalo (Bubalus bubalis) breeding center outside the Asian continent, the origin of the domestic buffalo. All buffalo breeds have a strong milk/meat attributes. Their extensive use in agriculture world wide, and especially in developing countries, begs for genetic resources to evaluate and improve traits important to local and regional economies. Among the different types of DNA markers, microsatellites are useful for studying genetic variability within and between populations due its high heterozygosity. The goal of this study was to construct partial genomic libraries enriched with repeated sequences to isolate and characterize microsatellites for river buffalo. The cloning process generated a total of 1824 recombinant clones, from which 954 were sequenced for the microsatellites search. One hundred and thirteen new microsatellites were isolated, containing the following type of repeats: dinucleotide repeats (96 sequences - 84.95%), trinucleotide repeats (10 sequences - 8.85%), tetranucleotide repeats (6 sequences – 5.3%) and pentanucleotide repeats (1 sequence - 0.89%). The new microsatellites were structurally categorized into 3 categories: pure repeats (90 sequences - 79.64%), pure interrupted (21 sequences - 18.59%) and compound interrupted repeats (2 sequence – 1.77%). PCR primer pairs were designed for ten microsatellites, from which four had the PCR conditions optimized. The microsatellites isolated in this study will be used to evaluate the genetic variability of Brazilian populations of river buffalo and to the gene mapping program established for this specie.