Resumo não disponível.

Dentre os vários marcadores genéticos existentes, alguns SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) podem estar associados à determinação de uma série de características fenotípicas (cor de pele, olhos e cabelos, estatura, forma do rosto, espessura do fio de cabelo) tendo sua predição um grande valor nas investigações forenses. Dentre os principais genes conhecidos por controlarem a pigmentação humana, através da produção da melanina, o SLC24A5 (solute carrier family 24, member 5) e o MC1R (melanocortin 1-receptor) apresentam um papel fundamental na melanogênese. O advento do sequenciamento de nova geração permitiu o processamento de várias regiões genômicas e indivíduos simultaneamente, aumentando a disponibilidade e precisão de dados de genomas completos, como alcançado em estudos como o 1000 Genomes Project. Nossas análises preliminares demonstraram que os dados de Fase 3 do 1000 Genomes são muito mais confiáveis do que as versões anteriores. Com esses dados, obtidos para 26 populações globais, foram realizadas análises populacionais (diversidade haplotípica, desequilíbrio de ligação, redes de haplótipo e de variância molecular) para os genes MC1R e SLC24A5 a fim de se compreender melhor seus padrões de diversidade, correlacionando-os à prováveis eventos de seleção natural que tenham moldado sua história evolutiva, como por exemplo a intensidade da radiação UV nas diferentes regiões geográficas. Alguns padrões foram encontradas entre os grupos africano, europeu e asiático, de acordo com a história evolutiva já descrita para estes grupos. Apesar disso, foi observado um padrão claro de varredura seletiva para o SLC24A5 nos resultados obtidos, como o alto desequilíbrio de ligação e baixa diversidade haplotípica. As análises da diversidade do SLC24A5 associadas com as zonas de incidência UV, no entanto, não apresentaram uma correlação clara entre a intensidade da radiação UV e a diversidade haplotípica / Among the various existing genetic markers, some SNPs may be associated with the determination of a series of phenotypic characteristics (skin, eyes and hair color, height, face shape, hair thickness) and its prediction could have a great value in forensic investigations. Among the major genes known to control human pigmentation through melanin production, SLC24A5 (solute carrier family 24, member 5) and MC1R (melanocortin-1 receptor) have a major role in melanogenesis. The advent of next-generation sequencing has enabled processing of several individuals and genomic regions simultaneously while increasing the availability and accuracy of whole genomes data, such as 1000 Genomes Project has achieved. Our preliminary analysis showed that Phase 3 data from the 1000 Genomes are far more reliable than previous versions. Using this data, obtained for 26 global populations, several analyzes were performed (haplotype diversity, linkage disequilibrium, haplotype networks and molecular variance) for MC1R and SLC24A5 in order to better understand their diversity patterns, correlating them to natural selection events which may have shaped their evolutionary history, such as UV radiation intensity in different geographical regions. Some patterns were found between African, European and Asian groups, according to the evolutionary history already described for these groups. Nevertheless, a strong pattern of selective sweep was observed for SLC24A5 in our data, such as high linkage disequilibrium and low haplotype diversity. Analysis of SLC24A5 diversity associated to UV, however, did not show a clear correlation between the UV radiation intensity and haplotype diversity

Na região litorânea de São Paulo, Anopheles cruzii e An. homunculus são, respectivamente, vetores principal e secundário de Plasmodium sp. Essas espécies de anofelinos são de difícil identificação taxonômica, sobretudo as fêmeas. Embora habitem um largo intervalo altitudinal, elas apresentam afinidades diferenciais aos microambientes da mata atlântica. Devido a esse contexto, o objetivo do trabalho foi obter diagnose alar para An. cruzii e An. homunculus além de caracterizar morfológica e geneticamente as populações em perspectiva sazonal, temporal e microambiental. Utilizando a morfometria geométrica alar foi possível distinguir ambas espécies. As comparações temporais tanto em An. cruzii como em An. homunculus mostraram diferenciação morfológica. Houve alta diferenciação genética intrapopulacional em todos os grupos amostrados (79,6% a 99,3%) e a diversidade haplotípica foi acima de 0,97 em todas as populações de An. cruzii, com poucos haplótipos compartilhados entre as amostras sazonais e geográficas. Os resultados sugerem que há regionalismo associado à paisagem em An. cruzii. Há substituição populacional em curto período de tempo, demonstrado pelo alto número de haplótipos diferentes e formato alar entre inverno e verão. / In the coastal region of São Paulo, Anopheles cruzii and An. homunculus are, respectively, the primary and secondary vectors of Plasmodium sp. These species are difficult of taxonomic identification, especially females. These anophelines exhibit differential affinities to the microenvironments of the Atlantic Forest. The aim of this research was to obtain wing diagnosis for An. cruzii and An. homunculus, besides morphological and genetically characterize the populations in seasonal, temporal and microenvironmental perspectives. Using geometric morphometrics was possible to distinguish between both species. The temporal comparisons in both An. cruzii and An. homunculus shown apparent morphological differentiation. There were high values of genetic differentiation within populations sampled in all groups and haplotype diversity was high in all An. cruzii populations analyzed with few shared haplotypes among seasonal and geographical samples. The results suggest that regionalism is associated with the landscape in populations of An. cruzii of hill and plain. There is a significant population replacement in a short period of time, demonstrated by the high number of different haplotypes and wing shape between winter and summer.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:32:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissVOL.pdf: 4015822 bytes, checksum: 3a905b388ed5ecaf8a04b7f8125d7002 (MD5) Previous issue date: 2004-05-07 / Universidade Federal de Sao Carlos / Conopophaga melanops is an endemic Atlantic forest bird species that had its habitat drastically fragmented by the historical process of massive deforestation. Today, its populations have survived isolated in small fragments and a few continuous forests, compromising the potential of the species to overcome natural and anthropic disturbances. The aim of this study was to estimate genetic differentiation among and within three populations of C. melanops in the major protected continuum of an Atlantic forest reminiscent using RAPD-PCR, to provide a better understanding of the geographical patterns of genetic variation of the species in fine scale and original context. The genetic molecular analyses showed a statistically significant genetic divergence among the three C. melanops populations in a continuum transect of 250 km. Primarily, this could be explained by the assumed sedentarism of the species and by the geographical barriers to gene flow. Pleistocene refuges and recent human impact could be adictional factors to explain the current genetic diferentiation. / Conopophaga melanops é uma espécie de pássaro endêmica da Mata Atlântica que teve seu habitat altamente alterado pelo processo histórico de intenso desmatamento. Atualmente, suas populações sobrevivem isoladas em muitos fragmentos pequenos e em poucas áreas contínuas. O objetivo deste trabalho foi estimar a diferenciação genética dentro e entre três populações de C. melanops localizadas dentro do maior trecho contínuo protegido da Mata Atlântica remanescente, utilizando a técnica molecular RAPD-PCR, a fim de fornecer uma melhor compreensão dos padrões geográficos da variação genética da espécie em um contexto original em escala fina. As análises moleculares revelaram divergência genética significativa entre as três populações em um transecto contínuo de 250 km. Este resultado poderia ser explicado primariamente pelo suposto sedentarismo da espécie e pelas barreiras geográficas ao fluxo gênico. Isolamentos em refúgios florestais durante o Pleistoceno e os impactos antrópicos recentes dentro da região analisada poderiam ser fatores adicionais para explicar a diferenciação encontrada.

Entre as doenças causadas por bactérias do gênero Mycobacterium, a tuberculose por M. tuberculosis é a mais conhecida. O diagnóstico da doença é feito utilizando-se um conjunto de exames que possibilitam a identificação da mesma (WATT, 2000). Contudo, sabe-se que o diagnóstico combinado de microscopia direta e com o posterior isolamento em meio de cultivo é o “padrão-ouro”. A principal desvantagem desse método é que tal bactéria possui um crescimento lento (cerca de 8 semanas). Recentemente, a detecção de doenças através da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) tem proporcionado avanços significativos no diagnóstico. O uso da amplificação específica de genes, para identificar a M. tuberculosis, tais como rDNA 16S, IS6110 ou a região intergênica senX3-regX3, tem apresentado algumas restrições, ao nível de confiabilidade e sensibilidade, para a aplicação da técnica de PCR. O presente estudo mostra a construção e a aplicação de um novo alvo para a aplicação da PCR no diagnóstico da tuberculose, baseado no ensaio da diferença de organização gênica do operon plcA, B e C diferenciando a M. tuberculosis das demais micobactérias. Neste trabalho, foram examinadas 273 amostras de pacientes com suspeita de tuberculose, sendo estas submetidas ao estudo comparativo da técnica de PCR versus cultivo (padrão ouro). A PCR amplificou fragmentos de 439pb. Os resultados mostram 93,7% de acurácia para PCR/Cultivo (p<000,1), 93,1% de sensibilidade com intervalo de confiança de 88,7-96,0 e especificidade de 96,4% com intervalo de confiança de 96,4-99,4. O valor da estatística Kappa (k) foi de 0,82 com erro padrão de 0,041, demonstrando um alinhamento quase perfeito para a verificação do grau de concordância entre os testes. Desta forma, o uso desta nova região para a amplificação da PCR se mostra uma importante e confiável ferramenta no diagnóstico específico da tuberculose. Outra região que compreende parte dos genes mbaA e inhA foi utilizada para diferenciar o Complexo tuberculosis do Complexo avium. Porém, novos experimentos serão necessários para o emprego desta região como uma ferramenta de diagnóstico.

Resumo não disponível.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2007. / Submitted by Debora Freitas de Sousa (deborahera@gmail.com) on 2009-08-06T13:44:20Z No. of bitstreams: 1 Tese_WellingtonSantosSilva.pdf: 1216826 bytes, checksum: 415fcca55058632547f794078e964aa3 (MD5) / Approved for entry into archive by Tania Milca Carvalho Malheiros(tania@bce.unb.br) on 2009-08-07T13:11:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_WellingtonSantosSilva.pdf: 1216826 bytes, checksum: 415fcca55058632547f794078e964aa3 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-08-07T13:11:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_WellingtonSantosSilva.pdf: 1216826 bytes, checksum: 415fcca55058632547f794078e964aa3 (MD5) Previous issue date: 2007 / Um complexo de genes localizado no braço curto do cromossomo 11 (11p15.5) conhecido como complexo de genes da β-globina apresenta um elevado número de polimorfismos. A combinação de determinado número de polimorfismos é denominada haplótipo. Seis polimorfismos de restrição no complexo de genes da β-globina (HincII-5’ε, HindIII-Gγ, HindIII-Aγ, HincII-ψβ1, HincII-3’ψβ1 e HinfI 5’β) foram analisados em três populações do Recôncavo Baiano, sendo duas da zona urbana nos municípios de Cachoeira e Maragojipe e um quilombo na zona rural do município de Cachoeira totalizando 114 indivíduos. O estudo baseou-se principalmente na distribuição de haplótipos constituídos por cinco sítios de restrição situados a 5’do gene δ. O número de haplótipos diferentes encontrados nas populações variou de dez a treze, apresentando valores da diversidade haplotípica maiores do que o observado nas populações parentais. Os haplótipos 2 (+- - - -), 3 (- - - - +), 4 (- +- - +) e 6 (- + + - +) ligados aos cromossomos βA foram os mais comuns, e dois haplótipos privados foram encontrados na população de Maragojipe, os haplótipos 9 (- + + + +) e 14 (+ + - - +). Os Outros haplótipos identificados (1, 5, 9, 11, 12, 13, 14 e 16) apresentaram freqüências menores. Tanto a análise dos sítios de restrição quanto dos haplótipos deles derivados demonstrou homogeneidade entre as populações. Os níveis de endogamia para os haplótipos foram superiores aos dos sítios de restrição. Um grupo de trinta e dois pacientes com hemoglobinopatias foi também analisado (17 Hb.SS, 12 Hb.SC e 03 Hb.CC). Os resultados clínicos do grupo revelaram crises álgicas como a caraterística predominante, colelitíase, eosinofilia, asplenia funcional em adultos falcêmicos, trombose retiniana e úlcera cutânea de maléolo. Quarenta e cinco porcento dos pacientes Hb.SC apresentaram hepatomegalia e houve diferença siginficativa nos níveis de lactato sangüíneo entre os pacientes Hb.SC e Hb.SS, sendo maior no último grupo. A distribuição haplotípica entre as amostras e o grupo de pacientes revelou uma associação não aleatória entre os dois grupos. Os haplótipos βS predominantes foram o BEN e o CAR com freqüências de 52,9 e 32,5%, respectivamente, nos pacientes Hb.SS. Nos cromossomos βC foram observados os haplótipos tipos I e II com freqüências de 55,5 e 44,5%, respectivamente. A freqüência maior do haplótipo BEN está de acordo com os registros históricos para a população do estado da Bahia, mas difere da população de Salvador que apresentou freqüências semelhantes para os haplótipos CAR e BEN provavelmente devido a migrações internas de afro descendentes oriundos de outras regiões do País. ____________________________________________________________________________________ ABSTRACT / A cluster of globin genes is located on chromosome 11 near the β-globin gene. This region is referred to β-globin cluster region. DNA markers in the β-globin cluster region are highly variable. The combination of DNA markers observed on a particular chromosome form what is called a haplotype. Six restriction site polymorphisms in the β-globin gene cluster (HincII-5’ε, HindIII-Gγ, HindIII-Aγ, HincII-ψβ1, HincII-3’ψβ1 e HinfI 5’β) were analyzed in three populations from the Recôncavo region of Bahia, totalizing 114 individuals. Two populations were from urban zones in the cities of Cachoeira and Maragojipe and the third was an afro-descendent population from the rural zone of the city of Cachoeira. The investigation was primarily based on the analysis of haplotypes generated by five restriction sites located in the 5’region of the δ-globin gene. The number of different haplotypes found in the populations varied between ten and thirteen, which represented higher diversity values than that observed in the parental populations. The haplotypes 2 (+- - - -), 3 (- - - - +), 4 (- +- - +) and 6 (- + + - +) on the chromosomes βA were the most common and two exclusive haplotypes, 9 (- + + + +) e 14 (+ + - - +) were found in the Maragojipe’s population. The other haplotypes (1, 5, 9, 11, 12, 13, 14 e 16) presented lower frequencies. Restriction site analyses and the haplotypes derived thereafter demonstrated homogeneity between populations. The endogamy levels for haplotypes were higher than restriction sites. Additionally, a group of thirty two patients with hemoglobinopathies (17 sickle cell disease, 12 Hb.SC disease and 03 Hb.CC disease) was also analyzed. Clinical assessment of these patients demonstrated that pain crisis was the predominant trait, followed by colelitiasis, eosinophily, dysfunctional spleen in adults with sickle cell disease, retinal thrombosis and cutaneous ulcer of ankle. Forty-five percent of the patients with Hb.SC disease presented hepatomegaly and statistically significant lower levels of sanguine lactate when compared with patients with sickle cell disease. Haplotype frequencies were significantly different between the samples and the group of patients. In the sickle cell subgroup, the predominant haplotypes were BEN and CAR with frequencies of 52,9 and 32,5%, respectively. From the anthropological viewpoint it is interesting to note that the high frequency of the BEN haplotype is in accordance with the historical record for the population of the state of the Bahia. However, it differs from the population of Salvador (capital of that state), where similar frequencies for the CAR and BEN haplotypes are found, probably as a consequence of domestic slave trade and subsequent internal migrations of other regions of the Country.

O MHC (Major Histocompatibility Complex) é um sistema genético importante para a manutenção de espécies ameaçadas, uma vez que baixa variabilidade para locos MHC tem sido associada a uma menor capacidade de resposta a doenças e diminuição do sucesso reprodutivo. Deste modo, pesquisas sobre a variabilidade genética do MHC têm demonstrado ser bastante informativas em estudos populacionais voltados para aspectos referentes à conservação. No presente trabalho foi investigada a variabilidade genética do MHC para três espécies de mamíferos marinhos (toninha, baleia franca austral e lobo marinho sul-americano) do sul do Brasil, com intensa mortalidade provocada por atividades humanas atuais ou passadas. As amostras foram coletadas de animais mortos encalhados na costa, de animais capturados acidentalmente por barcos pesqueiros, e também através de um sistema de biópsia. A região variável do exon 2 do gene DQB do MHC foi amplificada por PCR (Polymerase Chain Reaction) em 109 amostras de toninhas (Rio de Janeiro n=32, Rio Grande do Sul n=52, Argentina n=25), 35 amostras de lobo marinho sul-americano e 30 amostras de baleia franca austral, utilizando-se um par de primers heterólogos. O fragmento resultante de 172 pares de bases foi analisado quanto ao polimorfismo de seqüência através da técnica de SSCP (Polimorfismo de Conformação de Fita Simples) em todas as amostras de toninha e de lobo marinho sul-americano e 14 amostras de baleia franca austral. Dificuldades associadas à amplificação resultaram em padrões de SSCP pouco informativos para as amostras de lobo marinho sul-americano e baleia franca austral Todas as amostras de toninha apresentaram um padrão de pelo menos 4 bandas por indivíduo. As 4 bandas de um único indivíduo do Rio Grande do Sul foram seqüenciadas, tendo sido possível verificar que 2 seqüências relacionadas ao genes DQB estão sendo amplificadas com estes primers. Pelas análises de SSCP foi possível detectar ausência de variabilidade para as amostras de toninha provenientes do Rio de Janeiro e diferenciá-las da população da Argentina, que é polimórfica. A população do Rio Grande do Sul parece apresentar níveis intermediários de variação em relação aos extremos da distribuição da espécie. Analisando as três populações amostradas, conclui-se que a espécie apresenta baixos níveis de variabilidade para o loco DQB, a exemplo do que é reportado para os genes de MHC de outros mamíferos marinhos.

Submitted by Mendes Eduardo (dasilva@ufba.br) on 2013-08-05T19:19:27Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Final ZAFIRA pdf.pdf: 692134 bytes, checksum: b4494b39d68a80325cc5987e4daa2f93 (MD5) / Approved for entry into archive by Vilma Conceição(vilmagc@ufba.br) on 2013-08-08T14:11:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação Final ZAFIRA pdf.pdf: 692134 bytes, checksum: b4494b39d68a80325cc5987e4daa2f93 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-08-08T14:11:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação Final ZAFIRA pdf.pdf: 692134 bytes, checksum: b4494b39d68a80325cc5987e4daa2f93 (MD5) / Fapesb, Plantações Michelin da Bahia / 1. As abelhas sem ferrão A tribo Meliponini pertence à família Apidae (Apoidea, Hymenoptera) que se destaca como a mais diversificada e com distribuição mais ampla no mundo (Silveira et al., 2002). Das 19 tribos da sub-família Apinae, Meliponini e Apini agrupam as abelhas com comportamento eusocial, o mais alto nível de organização social (Michener, 2000). As abelhas Meliponini apresentam ampla distribuição nos trópicos de todo o mundo (Michener, 2000). A região neotropical contém o maior número de espécies de meliponíneos apresentando 32 gêneros exclusivos (Camargo e Pedro, 2007) do total de 56 gêneros da tribo distribuídos no mundo (Costa et al., 2003). Essas abelhas são visitantes florais numericamente dominantes em várias formações vegetais, destacando-se particularmente nas florestas tropicais pluviais. Na Mata Atlântica, os meliponíneos aparecem associados especialmente às floradas maciças (mass-flowerings), desempenhando papel central na biologia reprodutiva de árvores do dossel (Ramalho, 2004; Monteiro e Ramalho, 2009). Nos meliponíneos, a reprodução e fundação de uma nova colônia perene são feitas por um conjunto de abelhas (rainha e operárias) e ocorre através de um processo de enxameagem progressiva, com longo período de contato entre colônia mãe e filha, ao contrário da ruptura abrupta observada em Apis (Nogueira-Neto, 1997; Velthuis et al., 1997). As operárias nascidas na colônia mãe passam vários dias abastecendo o novo ninho com materiais de construção (cerúmen) e alimento (Nogueira-Neto, 1997). Esta característica pode limitar a formação de novas colônias aos sítios de nidificação mais próximos ao ninho materno (Batista et al., 2003). Apesar dos meliponíneos apresentarem ampla diversidade de substrato de nidificação a maioria das espécies necessitam de cavidades pré-existentes em ocos de árvores (Roubik, 1989; Michener, 2000; Batista et al., 2003). Por isso, as espécies deste grupo de abelhas podem ser bastante suscetíveis à fragmentação da floresta. A manutenção das abelhas sociais sem ferrão para a conservação da Mata Atlântica se deve à importância dessas abelhas como agentes polinizadores de árvores nativas. A redução brusca dos meliponíneos ocasionadas por desmatamentos ou por ação predatória pode gerar redução na diversidade de espécies destes indivíduos e, consequentemente redução de espécies de plantas dependente destas abelhas (Roubik, 1993). 2. A espécie Tetragonisca angustula A espécie Tetragonisca angustula (Latreille, 1811) é uma das abelhas mais comuns com uma ampla distribuição geográfica na América Tropical (Moure, 2007), apresentando um importante papel na polinização da flora nativa (Oliveira et al., 2004). T. angustula é uma espécie generalista na ocupação dos habitats e também no uso de fontes florais e locais de nidificação (Batista et al., 2003). Adapta-se bem a diversos substratos de nidificação, ocupando cavidades pré existentes em troncos de árvores vivas ou mortas, construções humanas, solo, etc. Ao contrário de espécies de Meliponini mais estreitamente associadas à floresta, T. angustula comporta-se como generalista, ocupando vários hábitats em ambientes modificados, incluindo áreas urbanas (Batista et al., 2003; Ramalho e Batista 2005). 3. Fragmentação do habitat A fragmentação de habitats naturais tem sido uma das causas mais importantes para o decréscimo populacional local e perda de biodiversidade regional. Os fragmentos naturais geralmente formam paisagens em mosaico, onde a dinâmica das populações agora também em mosaico e os processos ecológicos podem estar sob forte pressão de fatores dependentes da escala espacial e das características das matrizes modificadas (Andren, 1994; Wiens, 1995). A Mata Atlântica foi reduzida em mais de 90% da sua extensão original e os fragmentos florestados remanescentes estão pulverizados na ampla área de distribuição (Guedes et al., 2005), de modo que a conectividade funcional se tornou uma variável chave para preservação da biodiversidade. Em áreas como o litoral da Bahia, na porção norte, a maioria dos remanescentes florestados tem menos de 100 ha, e a conectividade funcional é o problema central que atinge as populações de meliponíneos (Ramalho e Batista, 2005). A preservação da biodiversidade em longo prazo na região demanda medidas de maior escala espacial, como os corredores ecológicos (Zaú, 1998). Operacionalmente os corredores estão associados à idéia de conectividade física - ou melhor, da matriz interveniente entre os fragmentos - mas o aspecto relevante é o nível de conectividade funcional alcançada: ou seja, de que forma a estrutura de populações de organismos focais e processos ecológicos associados são afetados nestas escalas espaciais. 4. Marcadores Moleculares O estudo de polimorfismos até a década de 60 foi baseado em variações fenotípicas. Essas eram pouco perceptíveis e limitavam a percepção de diferenças significativas entre as populações (Futuyma, 1992) ou suas respostas sutis às variações espaciais. Ensaios subseqüentes com marcadores moleculares evidenciaram locos polimórficos que não seriam identificados com observações fenotípicas. A primeira técnica utilizada foi a eletroforese de proteínas, desenvolvida por Harris (1966) e Hubby e Lewotin (1966). Os marcadores isoenzimáticos foram muito usadas em estudos de dispersão de espécies e na análise de filogenia e sua difusão ocorreu a partir do desenvolvimento de métodos eficientes de visualização do produto enzimático (Ferreira e Gratapaglia, 1998). As isoenzimas foram utilizadas em estudos com abelhas inclusive com T. angustula (Castanheira e Contel (1995 e 2005). Em 1968 foram descobertas as enzimas de restrição houve um desenvolvimento da técnica de RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism). Esta técnica oferecia vantagens em relação à anterior e podia ser utilizada em estudos populacionais. Atualmente existem vários tipos descritos de marcadores moleculares que podem ser utilizados em estudos populacionais comportamentais e filogenéticos. O marcador é escolhido de acordo com o problema a ser analisado e com a disponibilidade de recursos (Avise, 1989). Os marcadores co-dominantes são mais indicados para estudos populacionais, pois, nesses casos, oferece maior precisão e vantagens técnicas do que os marcadores dominantes (Sunnucks, 2000; Arias et al., 2006). Entre as características que tornam os marcadores co-dominantes mais versáteis e precisos, destacam-se: i) grande abundância e distribuição uniforme por todo o genoma; ii) são multi-alélicos e, portanto, maior conteúdo informativo por loco (Ferreira e Gratapaglia, 1998). Os microssatélites são marcadores moleculares, que permitem acessar uma ampla gama de diferenciações e abordar os processos ecológicos e evolutivos subjacentes, sendo por isso adequados para estudos populacionais (Arias et at., 2006). 3.1 Microssatélites Os marcadores microssatélites também são denominados SSRs (Simple Sequence Repeats) ou STRs (Short Tandem Repeats). Inicialmente, o termo microssatélite foi utilizado apenas para designar repetições CA (ou CG) (Brito 2005 apud Litt; Luty, 1989) e os termos “Simple Sequence Repeats” ou “Short Tandem Reapeats” eram utilizados para as outras repetições. Atualmente o termo microssatélite é utilizado para quaisquer repetições que envolvam um pequeno número de pares de bases (Oliveira et al., 2006). Assim, os microssatélites constituem uma curta seqüência repetida em tandem (em “fila”), com um tamanho de 1-6 nucleotídeos, distribuídos aleatoriamente pelo genoma da maioria dos organismos. Essas seqüências podem se repetir por até algumas dezenas de vezes e, freqüentemente, exibem polimorfismo multi-alélico (Ferreira e Gratapaglia 1998). Para visualizar o polimorfismo nos microssatélites é realizada a amplificação das sequências repetidas pela reação em cadeia da polimerase (PCR), que utiliza pequenas seqüências de nucleotídeos como primers (Farah, 2000). Para isso, é mais indicado a seleção de primers específicos ou a transferência de primers heterólogos previamente testados (Francisco et al. 2006). 20 Os microssatélites podem ser separados em quatro classes: (i) perfeito, quando as seqüências são repetidas sem interrupção (GTGTGTGTGT); (ii) imperfeito, quando uma ou outra repetição apresenta uma base que não pertence à repetição (GTGTCGTGT); (iii) interrompido, quando há a inserção de um pequeno número de pares de bases entre as seqüências repetidas (GTGTGTAAAGTGT); e (iv) composto: quando dois ou mais microssatélites estão justapostos (CACACAGTGTGT) (Oliveira et al., 2006). Estas interrupções do tipo “ii, iii e iv” parecem estabilizar os microssatélites, visto que se observa menor incidência de erros durante a replicação nesses casos (Weber, 1990). Os microssatélites têm sido extremamente úteis em estudos populacionais, principalmente no que se refere às análises de relações de parentesco, variações espaciais intra-específicas e filogeografia (Sunnucks, 2000; Moritriz e Hills, 1996; Avise, 1989). A transferência de primers heterólogos de microssatélites é uma alternativa para a redução de tempo e de custos de seleção de primers específicos. Esta transferência se torna possível pela conservação de regiões que flanqueiam os microssatélites em espécies taxonomicamente próximas (Ferreira e Grattapaglia, 1998), mas há riscos de insucesso, sobretudo na detecção de alelos polimórficos. Atualmente há um grande número de estudos com microssatélites, incluindo vários com abelhas Meliponini (Chung et al., 1993; Butcher et al., 2001; Paxton et al., 2003; Peters, 2003; Jean-Chistophe et al., 2005; Francisco et al., 2006; Carvalho-Zilse e Kerr, 2006; Steiner et al., 2006; Thorén et al., 2007; Souza et al., 2007). Em muitos casos a transferência de primers entre espécies gerou resultados satisfatórios. Chung et al.(1993) transferiu com sucesso primers de bovinos para caprinos; Francisco et al. (2006) ressaltou que a transferência de primers heterólogos para Plebeia remota foi eficiente, apesar de revelar poucos alelos por loco; Carvalho-Zilse e Kerr (2006) utilizaram primers heterólogos entre espécies do gênero Melipona e o resultado foi satisfatório. 3.2 Estudos Populacionais Envolvendo Microssatélites Recentemente, a utilização dos microssatélites como marcadores moleculares em estudos populacionais e evolutivos tem sido bem sucedida em diversos organismos (Simonsen et al., 1998, Haavi et al., 2000, Clémencet et al., 2005). Arias et al. (2006) descreveram vários exemplos em que microssatélites e DNA mitocondrial (DNAmt) foram aplicados ao estudo de espécies de abelhas sociais. Os resultados obtidos já permitem formular hipóteses a cerca da filogenia, dinâmica populacional e evolução dos grupos de abelhas. Widmer et al. (1998) puderam constatar que populações de abelhas Bombus (Bombini) das ilhas Canárias (Bombus canariensis) e Madeira (Bombus maderensis) apresentavam grandes diferenças de afinidade com populações do continente próximo (Bombus terrestres), usando microssatélites e um loco do DNA mitocondrial do citocromo b. Com uso de microsatélites. Widmer e Schmid-Hempel (1999) detectaram diferenças consistentes entre 16 populações de Bombus pascuorum, que sustentavam o argumento de isolamento por processo de vicariância, causado pelo soerguimento dos Alpes. Em Meliponini, Francisco (2002) fez análises de DNAmt e microssatélites em Plebeia remota para estudos populacionais. O trabalho identificou diferenças genéticas entre amostras de populações de diferentes estados brasileiros (São Paulo, Paraná e Santa Catarina). Entretanto, mostrou que houve um baixo polimorfirmo na transferência de primers entre espécies. Werneck (2008) avaliou a influência de alelos nulos no sucesso sobre a transferência de sete primers para Melipona mandacaia, desenvolvidos para Melipona bicolor. Em estudos de populações de Partamona mulata e Partamona helleri (Meliponini), Brito (2005) observou baixa variabilidade genética nos locos de microssatélites de ambas as espécies e discreta estruturação genética dentro das populações locais. Segundo a autora, este último aspecto poderia ser conseqüência da fragmentação dos habitats de floresta ou de cerrados, áreas de distribuição das espécies. Em síntese, os microssatélites são muito úteis no estudo de diferenciações nas populações em grande escala ou escala geográfica e, provavelmente, também podem ser aplicados com sucesso na análise de estrutura de populações em menor escala espacial (populações locais ou em mosaico). No entanto, nos estudos com abelhas Meliponini tem sido observado baixo polimorfismo com a utilização de primers heterólogos, o que pode demandar maior esforço de caracterização de marcadores específicos em número adequado para análises robustas de estrutura espacial de populações. / Salvador, Bahia

Submitted by Ana Paula Macedo (ensino@ioc.fiocruz.br) on 2013-10-01T00:42:06Z No. of bitstreams: 1 Karla Bitencourth Garcia.pdf: 2108170 bytes, checksum: dc08fd06fd5448e7cada7447c8cb384a (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-01T00:42:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Karla Bitencourth Garcia.pdf: 2108170 bytes, checksum: dc08fd06fd5448e7cada7447c8cb384a (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / No Brasil, a principal doença em humanos na qual o carrapato atua como vetor é a Febre Maculosa Brasileira (FMB). No Rio de Janeiro (RJ), Amblyomma cajennense é uma das principais espécies vetoras de um dos bioagentes da FMB, e responsável pelo ciclo epidêmico da doença. A baixa especificidade parasitária de A. cajennense, resistência às adversidades climáticas, ampla distribuição geográfica, variação intra-específica, comportamento trioxêno e antropofílico enfatizam o importante papel dessa espécie na transmissão de patógenos para animais, estabelecendo ou mantendo ciclos enzoóticos, epizoóticos e epidêmicos. Apesar do seu impacto na saúde pública, é incipiente o conhecimento sobre os fatores que influenciam seu potencial patogênico e de transmissão de micro-organismos. Os objetivos foram: a) determinar sequências de DNA dos genes mitocondriais Dloop, Citocromo Oxidase II e 12SrDNA de A. cajennense de diferentes regiões do RJ; b) realizar análises filogeográficas e de estrutura de populações das sequências obtidas de cada gene; c) analisar, estatisticamente, se há associação entre a diversidade genética de A. cajennense e os casos de FMB no RJ. Foram processadas 314 amostras de A. cajennense, provenientes de 19 municípios de sete regiões fisiográficas do RJ. Todas as amostras foram submetidas à extração de DNA e amplificação, por PCR, dos três genes. Amostras positivas na PCR foram sequenciadas. As sequências de cada gene foram submetidas a análises filogeográficas e de estrutura de populações. Para verificar a associação entre os haplótipos de A. cajennense, sequências genéticas e a influência sobre o número de casos confirmados de FMB no RJ, foram realizados os cálculos do coeficiente de correlação por postos de Kendall e coeficiente de correlação parcial por postos de Kendall. As análises revelaram que há expressiva diversidade de A. cajennense no RJ, com o foco da diversidade genética nas regiões Serrana e Centro Sul. Entretanto, não há estruturação populacional dessa espécie de acordo com cada região do Estado. Porém, há indícios de estruturação populacional de A. cajennense entre grupos de regiões do RJ. As análises estatísticas revelaram que há associação entre o número de sequências analisadas e diversidade intra-específica. E ainda, quanto maior a diversidade dessa espécie, maior é a probabilidade de ocorrência de casos confirmados de FMB no RJ. / In Brazil, the most important tick-borne disease is Brazilian Spotted Fever (BSF). In Rio de Janeiro (RJ), Amblyomma cajennense is the major vector species of one of BSF bioagents, and responsible for the disease epidemic cycle. The A. cajennense low host specificity, resistance to adverse weather, wide geographic distribution, intraspecific variation, anthropophilic behavior and being a three host tick emphasizes the important role of these species in pathogens transmission to animals, establishing or maintaining enzootic, epizootic and epidemic cycles. Despite its impact on public health, the knowledge about factors that influence its pathogenic potential and transmission of micro-organisms are incipient. The objectives were: a) determine DNA sequences of mitochondrial genes Dloop, Cytochrome Oxidase II and 12SrDNA of A. cajennense from differents regions of RJ; b) perform phylogeographics and population’s structure analysis of sequences obtained for each gene; c) analyze, statistically, if there is an association between A. cajennense genetic diversity and cases of BSF in RJ. 314 samples of A. cajennense, coming from 19 municipalities of seven RJ physiographics regions, were processed. All samples were subjected to DNA extraction and amplification, by PCR, of the three genes. PCR positive samples were sequenced. The sequences of each gene were submitted to phylogeographics and population’s structure analysis. To investigate the association between A. cajennense haplotypes, genetic sequences and the influence on BSF confirmed cases in RJ, were performed calculation of the Kendall posts correlation coefficient and Kendall posts partial correlation coefficient. The analysis revealed that there is substantial diversity of A. cajennense in RJ, with the focus of genetic diversity in South Center and Highland regions. However, there is no population structure of these species according to each region of the State. But, there is evidence of A. cajennense population structure when analyzes are performed considering groups of RJ regions. Statistical analyzes revealed that there is association between the number of sequences analyzed and intraspecific diversity. Also, the greater is the diversity of these species, higher is the probability of BSF confirmed cases occurrence in RJ.