Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-11T13:36:21Z No. of bitstreams: 2 Tese Sandra Maria dos Santos.pdf: 7087267 bytes, checksum: e79c441f05af02c1637d20869e64d1d4 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-11T13:36:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Sandra Maria dos Santos.pdf: 7087267 bytes, checksum: e79c441f05af02c1637d20869e64d1d4 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014-09-22 / A análise de polimorfismos de DNA como ferramenta de identificação humana é de grande relevância, sendo amplamente utilizada pela Criminalística objetivando a determinação de parentesco biológico e elucidação de crimes. As principais regiões polimórficas do DNA utilizadas na rotina forense são os STRs presentes nos cromossomos autossômicos, todavia, marcadores do cromossomo Y e do cromossomo X devem receber atenção especial por serem muito eficientes quando aplicados em investigações de casos complexos de paternidade, de crimes sexuais e pela capacidade de complementar eficazmente a análise de marcadores autossomos e do DNA mitocondrial. O presente trabalho descreve as frequências alélicas de marcadores de interesse forense presentes em 21 STRs autossômicos (D3S1358, vWA, D16S539, CSF1PO, TPOX, D8S1179, D21S11, D18S51, D2S441, D19S443, TH01, FGA, D22S1045, D5S818, D13S317, D7S820, SE33, D10S1246, D1S1656, D12S391, D2S1338) e as frequências alélicas de 12 X-STRs (DXS7132, DXS7423, DXS8378, DXS10074, DXS10079, DXS10101, DXS10103, DXS10134, DXS10135, DXS10146, DXS10148 e HPRTB), em uma amostragem de 879 indivíduos não relacionados de oito territórios do Estado de Pernambuco, Brasil; além de Fernando de Noronha. Não foram observadas diferenças significativas para quaisquer loci analisados em comparação com outras publicações relativas a diversas regiões do Brasil tanto para as regiões autossômicas quanto para o X-STR. A maioria dos marcadores observados apresentou-se em equilíbrio de Hardy- Weinberg. Os demais parâmetros estatísticos analisados indicam que os marcadores estudados são informativos quando se trata de identificação humana com fins forenses na população pernambucana.

Dissertação de Mestrado em Ecologia Aplicada, área de especialização em Genética Populacional, apresentada à Faculdade de Ciências da Universidade do Porto

Orientador: Fabio Porto-Foresti / Resumo: Dentre os peixes Neotropicais, o gênero Astyanax é caracterizado como um dos mais comuns e diversificados, representado por 147 espécies, das quais pelo menos 12 destas espécies têm demonstrado a presença de elementos adicionais denominados cromossomos B em seu genoma. No entanto, muitas vezes estas informações encontram-se dispersas ou fragmentadas. Assim, no presente estudo reportamos a diversidade de cromossomos B no gênero Astyanax, projetando nichos ecológicos preferenciais entre as espécies e populações B+ e B- do grupo em cenários do passado (Last Glacial Maximum - LGM: 22.000 e Mid-Holoceno - MD: 6.000 anos atrás), presente e futuro (2.060), além de análises populacionais de A. bockmanni a partir do mtDNA D-loop. Os períodos LGM e MH registraram ampla ocorrência de populações B+ e B- em boa parte das regiões Sudeste, Norte, Centro-Oeste e parte da Bahia. No presente observamos áreas favoráveis B+ e B- quase que exclusivamente em parte de SP, MG, PR, RJ, MT e ES. Para 2.060, verificamos áreas preferenciais B+ quase que exclusivamente em parte de MG, RJ e SP. Quando sobrepostos, os cenários indicam um acúmulo das populações B+ em uma mesma área, padrão não observado nas populações B-, sugerindo que a região sobreposta poderia representar uma zona climaticamente estável para populações B+ desde o LGM, já que nenhuma população B- foi mantida nesta região. Análises qPCR indicaram a presença de cromossomos BM em seis populações de A. bockmanni. A partir do mtDNA D-loop em 1... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Among the Neotropical fish, the genus Astyanax is characterized as the most common and diversified, represented by 147 species, of which at least 12 of these species have demonstrated the presence of additional elements denominated B chromosomes in their genome. However, this information is often scattered or fragmented. Thus, in the present study we report the diversity of B chromosomes in the Astyanax genus, projecting preferential ecological niches among the species and B+ and B- populations of the group in scenarios of the past (Last Glacial Maximum - LGM: 22.000 and MidHoloceno - MD: 6.000 years ago), present and e future (2.060), in addition to population analyzes of A. bockmanni from the mtDNA D-loop. The LGM and MH periods recorded a large occurrence of B+ and B- populations in most of the Southeast, North, Central West regions and part of Bahia State. In the present we observed favorable areas B+ and B- almost exclusively in part of SP, MG, PR, RJ, MT and ES. For 2.060, we see B+ preferred areas almost exclusively in part of MG, RJ and SP States. When overlapping, the scenarios indicate an accumulation of B+ populations in the same area, a pattern not observed in B- populations, suggesting that the overlapping region could represent a climatically stable zone for B+ populations since the LGM period, since no B- population was maintained in this region. qPCR analyzes indicated the presence of BM chromosomes in six A. bockmanni populations. From the D-loop mtDNA in 16 ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2015-11-18T13:19:30Z (GMT). No. of bitstreams: 2 rafael_piergiorge_ioc_mest_2013.pdf: 1065627 bytes, checksum: 76cbdb2a4d850d707ebf2b5a419be9ee (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Xiphopenaeus kroyeri (Heller, 1862) é uma das espécies brasileiras mais importantes comercialmente, sendo explotada em toda a costa, principalmente nas regiões Sul e Sudeste. A partir da década de 60 sua explotação apresentou um grande crescimento, com oscilações até a década de 80. No entanto, após a década de 80 ocorreu um grande declínio na captura e, no período de 1990-1994, estão registrados os mais baixos valores das últimas décadas. Desde então o recurso encontra-se no limite de sustentabilidade. Em 2006, foram identificadas duas espécies crípticas em Xiphopenaeus no Atlântico. Entretanto, os órgãos responsáveis desconsideram essa informação, o que provavelmente acarretará consequências graves para uma ou ambas as espécies. O presente trabalho teve como objetivo: (1) ajustar as condições de amplificação de loci EPIC e caracterizar populações das duas espécies; (2) realizar análise populacional e demográfica histórica de Xiphopenaeus sp. I, em dez pontos ao longo da costa, através de polimorfismos do gene COI; e (3) ajustar as condições de amplificação de loci microssatélites e analisar quatro populações do Brasil. Apesar de resultarem em amplificações, os marcadores EPIC foram monofórmicos nas duas espécies. Em relação ao marcador COI, oito novos haplótipos foram observados para Xiphopenaeus sp. I e cinco para Xiphopenaeus sp. II, totalizando quinze e oito haplótipos descritos, respectivamente. Apesar da identificação de novos haplótipos, o sistema de identificação molecular descrito para a identificação das espécies, continua válido As análises de \0444 apontaram que a população de Caracas (Venezuela) é geneticamente diferenciada das localidades brasileiras, enquanto que, no Brasil, Poças é diferente de Ubatuba, Santos e Cananéia. Por meio de análises de variância, confirmou-se a existência de uma separação pela ressurgência próxima de Cabo Frio. Foi verificado também que Xiphopenaeus sp. I sofreu expansão há 99,57 mil anos, provavelmente na última glaciação. Com microssatélites, apenas as análises de variância resultaram em valores significativos. Ao fim do estudo, os dados obtidos foram agrupados com informações prévias e foi construída uma distribuição consensual para a espécie. Todos esses resultados trazem importantes contribuições para o manejo de Xiphopenaeus spp, pois, além da existência de duas espécies, Xiphopenaeus sp. I é constituída por pelo menos oito estoques geneticamente diferenciados. Este é o primeiro trabalho a realizar uma amostragem tão ampla em um estudo populacional da espécie. Além disso, os dados produzidos servirão como parâmetro de comparação para outros estudos de organismos marinhos da região / Xiphopenaeus kroyeri (Heller, 1862), is one of Brazil's most important c ommercial species being exploited across the coast mostly in the South and Southeast. From the 60's its exploitation showed large growth, with fluctuations up to the 80, but after the 80's there was a huge decline in the catch and in the period 1990-1994, are recorded the lowest values of decades. Since then t he resource is within the limits of sustainability. In 2006 were identified two cryptic species in Xiphopenaeus in the Atlantic. However, the agencies responsible disrega rd this information, which probably will result in consequences for one or bot h species. This study focus to: (1) optimize the amplification conditions of EPIC loci and characterize populations of the two species, (2) perform analysis of historical dem ographic and population Xiphopenaeus sp. I, in ten points along the coast, through COI gene polymorphisms, and (3) standardize the amplification conditions of microsatellite loci and analyze four populations of Brazil. Despite the amplifications, EPIC markers were monomorphic in both species. In COI marker, eight new haplotypes w ere observed for Xiphopenaeus sp. I and five Xiphopenaeus sp. II, totaling three eight haplotypes. Even with the identification of new haplotypes, the identificatio n system described for molecular identification of species remains valid. The Φ analysis showed that Venezuela is differentiated from Brazilian localities, while in Brazil Poças is different from Ubatuba, Santos and Cananéia. Through variance analysis was confirmed the existence of a separation next of the upwelling in Cabo Frio. We a lso noticed that Xiphopenaeus sp. I expanded on 99,570 years ago, probably in the las t glaciation. Using microsatellites markers, the variance analysis was the only with si gnificants values. At the end of this study, the data were clustered with previous i nformations and the consensus distribution was constructed for the species. All t hese results supply contributions to management of Xiphopenaeus spp., because beyond the existence of two species, Xiphopenaeus sp. I consists of at least eight genetically diffe rent stocks. This is the first work to perform as wide a sampling in a study population of the species. In addition, the data produced will serve as a point o f reference for other studies of marine organisms in the region.

Submitted by RODRIGO RODRIGUES DOMINGUES null (domingues.pesca@gmail.com) on 2017-08-28T17:49:43Z No. of bitstreams: 1 Tese_oficial_RRD.pdf: 3652152 bytes, checksum: 7829d2bf7f40c3cd6cea708b1393c8b6 (MD5) / Rejected by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: Inserir o número do processo de financiamento FAPESP nos agradecimentos da tese/dissertação. Corrija estas informações e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-08-29T17:54:16Z (GMT) / Submitted by RODRIGO RODRIGUES DOMINGUES null (domingues.pesca@gmail.com) on 2017-08-29T18:18:52Z No. of bitstreams: 1 Tese_oficial_RRD11.pdf: 4159931 bytes, checksum: 86d6e3025ba2ccaaf1d477c04d4ffd3e (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-08-29T18:52:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 domingues_rr_dr_rcla.pdf: 4159931 bytes, checksum: 86d6e3025ba2ccaaf1d477c04d4ffd3e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-29T18:52:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 domingues_rr_dr_rcla.pdf: 4159931 bytes, checksum: 86d6e3025ba2ccaaf1d477c04d4ffd3e (MD5) Previous issue date: 2016-12-12 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As espécies Carcharhinus falciformis e Carcharhinus signatus, são tubarões oceânicopelágicos, caracterizados por habitarem o ambiente epipelágico de águas quentes e temperados de todo o mundo. Devido ao alto valor da suas nadadeiras, estas espécies são demasiadamente capturadas pela pesca de espinhel pelágico, direcionado para a captura de atuns e espadarte. Em decorrência dessa severa pressão pesqueira, estima-se que estas espécies tiveram reduções populacionais em torno de 75%, e estão atualmente listadas como próximo de ameaçada (C. falciformis) e vulnerável (C. signatus) na lista vermelha da Internation union for Conservation of Nature (IUCN). Por serem espécies migratórias e por habitarem águas internacionais, as ações de conservação exigem esforços conjuntos de vários países, tarefa que no Oceano Atlântico compete à International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas – ICCAT. A presente tese avaliou os aspectos genéticos populacionais e filogeográficos de ambas espécies, utilizando marcadores moleculares mitocondriais (C. falciformis e C. signatus) e microssatélites (C. signatus). Especificamente, foram avaliados os níveis de diversidade genética, testada a hipótese nula de panmixia e inferidos os cenários filogeográficos responsáveis pelas relações filogenéticas intraespecíficas, e aspectos demográficos populacionais. Além disso, a diversidade genética da subclasse elasmobrânquios foi avaliada e discutida a sua utilização nas avaliações do estado de conservação de espécies e políticas afins. A diversidade genética total para ambas as espécies, utilizando a região controle do DNA mitocondrial foi alta (h = 0,88±0,012 e π = 0,005±0,003 – C. falciformis; h = 0,74±0,027 e π = 0,0034±0,0019 – C. signatus), No entanto, C. signatus apresentou baixos valores para o Atlântico Sul Ocidental (h = 0,545±0,077 e π = 0,0013±0,0009) e para 9 loci microssatélites (Ho = 0,40). A hipótese nula de panmixia foi rejeitada para C. falciformis (ΦST 0.058, P < 0.0001) e C. signatus, ambas espécies apresentando estrutura genética populacional entre localidades do Hemisfério norte e Hemisfério sul. Carcharhinus signatus apresentou uma dispersão baseada em sexo, com machos panmíticos e fêmeas estruturadas (ΦST = 0,443; P < 0,01), um típico padrão de filopatria reprodutiva, corroborado pelo isolamento-por-distância (r = 0,65, p = 0,03). Duas linhagens matrilineais foram verificadas para ambas espécies, formadas há 485, 571 Kya (C. falciformis) e 166, 598 Kya (C. signatus), correspondendo ao Pleistoceno. A hipótese de expansão populacional não pode ser rejeitada para ambas espécies, iniciando durante o último máximo glacial – UMG para C. falciformis, enquanto que C. signatus passou por um efeito gargalo no UMG, seguido de uma expansão populacional no Holoceno. Uma exaustiva revisão bibliográfica, revelou um aumento considerável nos últimos anos dos estudos genéticos populacionais que descrevem a diversidade genética de tubarões e raias. Além disso, as métricas de diversidade genética revelaram que, em geral, os elasmobrânquios possuem baixa variabilidade genética, sobretudo para os marcadores mitocondriais. Por fim, foi discutida a inclusão dessas métricas nas avaliações do estado de conservação de espécies e políticas afins. / The shark species, Carcharhinus falciformis and Carcharhinus signatus, are oceanic-pelagic species that inhabit tropical, subtropical and temperate waters worldwide. The high value of their fins associated with the by-catch these species by longline fisheries, which targeting tuna and swordfish, has led to a population reduction around 75%. Currently, these species are listed on the IUCN Red list as Near Threatened (C. falciformis) and Vulnerable (C. signatus). Due to their high vagility and migratory behavior, inhabiting internation waters, management and conservation plans require joint efforts from the many country, a task that in the Atlantic Ocean is entrusted to the International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas – ICCAT. This Thesis assessed the main aspects of population genetics and phylogeography in both species. Using mitochondrial marker (C. falciformis and C. signatus) and nine loci microsatellites (C. signatus). Especifically, the levels of genetic diversity were assessed, panmixia null hypothesis was tested and the phylogeography scenarios responsible for intraspecific phylogenetic relationships and populations demography were inferred. Furthermore, the genetic diversity of subclass Elamosbranchii and its usefullness to assess conservation policies were discussed. The overall genetic diversity at CR mtDNA in both species was high (h = 0.88±0.012 and π = 0.005±0.003 – C. falciformis; h = 0.74±0.027 and π = 0.0034±0.0019 – C. signatus). However, C. signatus showed low genetic diversity values in the Southwestern Atlantic (h = 0.545±0.077 and π = 0.0013±0.0009) and at 9 loci microsatellites (Ho = 0.40). The null hypothesis of panmixia was rejected for C. falciformis (ΦST 0.058, P < 0.0001) and C. signatus, with both species showing population structured along the western Atlantic Ocean. Carcharhinus signatus showed sex-based dispersion, with male roving and female no roving (ΦST = 0.443; P < 0.01), indicating reproductive phylopatry, supported by isolation-by-distance (r = 0.65, P = 0,03). The Maximum likelihood and Bayesian tree presented two matrilineal lineages to both species, with split started 485, 571 Kya (C. falciformis) and 166, 598 Kya (C. signatus), corresponding to Pleistocene. The hypothesis of population expansion cannot be rejected to both species, starting during the last glacial maximum – LGM for C. falciformis, whereas C. signatus passed through a bottleneck effect, followed of population expansion in the Holecene. An exhaustive bibliography revision revelead a considerable increase of genetic population studies of sharks and rays. Moreover, metanalysis of genetic diversity metrics revealed that shark and rays, in general, have low genetic diversity, mainly for mitochondrial markers. Finally, the inclusion of genetic diversity metrics in species assessent and conservation policies was discussed. / FAPESP: 2013/08675-7

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000437736-Texto+Completo-0.pdf: 1457817 bytes, checksum: bdde27fe7d092198d722bf49a1924aa8 (MD5) Previous issue date: 2011 / Franciscana (Pontoporia blainvillei) is the only extant representative of the Pontoporiidae family. This species occurs along the Atlantic coast of South America from Itaunas, Espirito Santo in Brazil to Golfo Nuevo, Valdes Peninsula in Argentina. The most important threat to the species is the accidental by-catch that in some places reached the number of 1000 related events per year. In recent years an increasingly number of studies had revealed the existence of considerable genetic variation along the geographical distribution of P. blainvillei. In this study, looking to collaborate towards a better comprehension of such existing structure, we analyzed new molecular data, including the sequencing of mitochondrial DNA control region and 11 microsatellite loci from 253 individuals along the Brazilian, Uruguayan and Argentine coast. For the mitochondrial DNA analysis, we added sequences previously deposited in GenBank, totalizing 512 sequences. Results obtained based on the two molecular markers revealed a clear differentiation of the species in three main groups: (1) Rio de Janeiro / Espirito Santo, (2) Sao Paulo and north of Santa Catarina, and (3) south of Santa Catarina, Rio Grande do Sul, Uruguay and Argentina. The study also shows alarming estimates in reference to the effective size of some populations, mainly from Rio de Janeiro/Espirito Santo which will probably reflect on its conservation status. These results supports the definition of the four management areas (Franciscana Management Area - FMAs) previously suggested by Secchi and associates in 2003, and point out the importance of this definition to the conservation of the genetic diversity of the species. / A toninha, Pontoporia blainvillei é o único representante atual da família de odontocetáceos Pontoporiidae. Esta espécie ocorre ao longo da costa atlântica da América do Sul, entre Itaúnas, Espírito Santo e o Golfo Nuevo, Península Valdés, Argentina. A principal ameaça à espécie são as capturas acidentais em redes de pesca, que em algumas localidades chegaram a atingir o número de 1000 capturas anuais. Nos últimos anos, um número crescente de estudos tem revelado a existência de variações genéticas consideráveis ao longo da distribuição geográfica de P. blainvillei. Visando colaborar para uma melhor compreensão dessa estruturação existente, novas informações moleculares foram analisadas, incluindo o sequenciamento da região controladora do DNA mitocondrial e 11 loci de microssatélites de 253 indivíduos ao longo da costa brasileira, uruguaia e argentina. Para as análises do DNA mitocondrial foram incluidas sequências previamente depositadas no GenBank, totalizando 512 sequências. Os resultados obtidos a partir dos dois marcadores moleculares revelam uma clara diferenciação da espécie em três grupos principais: 1) Rio de Janeiro/Espírito Santo, 2) São Paulo/Paraná e norte de Santa Catarina, e 3) Sul de Santa Catarina, Rio Grande do Sul, Uruguai e Argentina. O estudo também apontou estimativas preocupantes no que se refere ao tamanho efetivo de algumas populações, em especial à do Rio de Janeiro/Espirito Santo e consequentemente ao seu status de conservação. Os resultados corroboram a definição das quatro áreas de manejo (Franciscana Management Areas – FMAs) previamente sugeridas por Secchi e colaboradores em 2003, e ressaltam a importância desta definição para a Conservação da diversidade genética da espécie.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000438925-Texto+Completo-0.pdf: 2580010 bytes, checksum: 0e9447a94974bf6d2f3258aa956986f9 (MD5) Previous issue date: 2012 / The autochthonous transmission of schistosomiasis in Rio Grande do Sul was confirmed for the first time in 1998, establishing the southernmost focus in Americas. Although no morphological differences were detected in a previous study, the investigation of biological characteristics of the parasite in the current study showed some peculiarities that may be relevant for a better understanding of transmission dynamics in the Esteio focus and adequacy of control measures. The epidemiological study of this focus led to the development of a diagnostic method, Helmintex, more sensitive than the traditional methods for detecting small number of eggs shed in the patients’ feces. In this method eggs are isolated through magnetic interaction with paramagnetic beads and this mechanism could be related to the presence of iron in the eggshell. Schistosoma mansoni worms ingest large amounts of blood and requires specialized metabolic pathway for iron elimination. When analyzed by energy dispersive spectroscopy iron and small crystal structures probably magnetite were identified in the eggshell.The presence of structures with potentially magnetizing properties led to the magnetic characterization of Schistosoma eggs and demonstration of ferromagnetic and paramagnetic behavior. Eggs were also analyzed to see if other helminth eggs compositional differences were related to different taxonomic groups and habitat types. These findings stimulate further research on the metabolic pathway involving iron, development of new treatment modalities and diagnostic tools. / A transmissão autóctone da esquistossomose no município de Esteio, Rio Grande do Sul foi confirmada pela primeira vez em 1998, constituindo o foco mais meridional das Américas. Embora não tenham sido detectadas diferenças morfológicas do parasito em estudo prévio, a abordagem das características biológicas neste trabalho evidenciou algumas peculiaridades, tais como a baixa infectividade do miracídios e a alta taxa de infecção unissexual por machos, que podem ter importância para uma melhor compreensão da dinâmica de transmissão no foco de Esteio e adequação das medidas de controle. O estudo epidemiológico do foco conduziu ao desenvolvimento de um método de diagnóstico, Helmintex, mais sensível que os métodos coprológicos clássicos para detectar o baixo número de ovos eliminados nas fezes dos pacientes. O método utiliza a interação magnética com microesferas paramagnéticas para o isolamento dos ovos. O mecanismo de interação dos ovos com o campo magnético poderia estar relacionado com a presença de ferro na casca do ovo. O Schistosoma mansoni ingere grande quantidade de sangue e necessita de rota metabólica especializada para eliminação do ferro. O objetivo do trabalho foi investigar a presença de ferro na casca do ovo por análise por espectroscopia por dispersão de energia.Os resultados possibilitaram a identificação do elemento químico ferro presente no ovo, além de pequenas estruturas cristalinas, provavelmente magnetita. A presença de estruturas com propriedades magnéticas suscetíveis de magnetização foram motivo para caracterização magnética dos ovos de Schistosoma com o encontro de comportamento ferromagnético e paramagnético. Também foram analisados ovos de outros helmintos para verificar se diferenças composicionais dos ovos estavam associadas a diferentes grupos taxonômicos e tipos de habitat. Os achados estimulam novas investigações sobre a rota metabólica envolvendo o ferro, desenvolvimento de novas modalidades de tratamento e recursos diagnósticos.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-04-18T14:08:25Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Joiciane G. Farias.pdf: 6110953 bytes, checksum: c700b4d47375da6b657a9ab6100cda46 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-04-18T14:08:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Joiciane G. Farias.pdf: 6110953 bytes, checksum: c700b4d47375da6b657a9ab6100cda46 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-04-18T14:08:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Joiciane G. Farias.pdf: 6110953 bytes, checksum: c700b4d47375da6b657a9ab6100cda46 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-18T14:09:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Joiciane G. Farias.pdf: 6110953 bytes, checksum: c700b4d47375da6b657a9ab6100cda46 (MD5) Previous issue date: 2015-06-12 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The river dolphins of the genus Inia belong to the family Iniidae. This family has three species distributed in different hydrographic regions: Inia boliviensis (Bolivian sub-basin); I. araguaiaensis (Tocantins/Araguaia basin); and I. geoffrensis (Amazon and Orinoco basins). The last one is represented for two subspecies whose the taxonomy is controversy: Inia geoffrensis geoffrensis (Amazon basin) and I. g. humboldtiana (Orinoco basin). These species have adaptations that enable them to explore flooded areas, common in several regions in Central Amazon and Orinoco Llanos. The Amazon and Orinoco basin are connected by the Casiquiare Channel, that connects the upper Orinoco River to the upper Negro River. This channel has been acting as well a corridor as a barrier to aquatic fauna shared by these two basins. The aims of this study were: I) to test if Inia geoffrensis humboldtiana represents an independent evolutionary unit; II) to understand the geographic patterns of the population structure of the Inia geoffrensis from the Negro River basin and the Branco River sub-basin. To reach aim I), we performed Bayesian and Maximum Parsimony analysis on sequencies of Inia individuals from the type localities: 108 individuals for control region, 122 for citochrome b and 129 for 10 loci microsatelitis. The results showed four lineages, corresponding to the Inia species and subspecies. A fifth lineage was observed for the individuals from the upper Orinoco basin. The two lineages of the Orinoco basin has different estimated time of divergence. The estimated divergence of the upper Orinoco lineage from its Inia Central Amazon sister lineage is 0.354 million years ago. This clade is sister to Inia from lower/middle Orinoco with an estimated time of divergence of 1.66 mya. Our evidences suggest that Inia from the lower/middle Orinoco basin is a different species, and we called it Inia humboldtiana stat nov. (Pilleri & Gihr, 1977). Furthermore, the data analysed are not yet enough to evaluate the taxonomic status of the upper Orinoco Inia lineage. To reach aim II), we perform Bayesian and Maximum Likelihood analysis on 131 individuals for the control region, 127 individuals for the citochrome b, and 143 individuals for 10 loci microsatelities. The individuals were sampled from the Orinoco basin, and from the Negro, Branco, Madeira and Solimões rivers. The results for the individuals from the Orinoco basin was the same as that obtained to reach the aim I. To the other individuals, different patterns of genetic differentiation were observed as marker used. For nuclear DNA was observed a low degree of population subdivision (FST = 0.04762, P<0.001) and an high gene flow index; and for mitochondrial DNA was observed an opposite situation (ФST = 0.75490, P<0.001). From these results subpopulations were determined whose the genetic diversity levels were relatively high. The genetic differentiations of the subpopulations seem to correspond to the rivers evolution. Furthermore, we observed female philopatry. The rapids of São Gabriel da Cachoeira (Negro River) and Bem Querer (Branco River) are not barrier for the dolphins, both female as male. Thus, the construction of dams designed for these areas, will fragment that subpopulations, both demographically as genetically. / Os golfinhos de água doce do gênero Inia pertencem a família Iniidae e possuem três espécies descritas para diferentes regiões hidrográficas: Inia boliviensis (sub-bacia Boliviana); I. araguaiaensis (bacia Tocantins/Araguaia); e I. geoffrensis (bacias Amazônica e do Orinoco). Esta última é representada por duas subespécies, cuja taxonomia é controversa: Inia geoffrensis geoffrensis (bacia Amazônia) e I. g. humboldtiana (bacia do Orinoco). As adaptações adquiridas pelas espécies deste gênero permitiram-lhes explorar ambientes de áreas alagáveis, comuns em várias regiões da Amazônia Central e nos Llanos da bacia do Orinoco. Essas duas bacias são conectadas atualmente pelo Canal Casiquiare, que liga o alto Rio Negro ao alto Rio Orinoco, e tem atuado tanto como corredor, quanto como barreira à fauna aquática compartilhada por ambas bacias. Este estudo teve como objetivos: I) testar se Inia geoffrensis humboldtiana representa uma unidade evolutiva independente das demais espécies e subespécie de Inia; II) entender os padrões geográficos da estrutura populacional de Inia geoffrensis na bacia do rio Negro e sub-bacia do rio Branco. Para atender ao objetivo I) foram realizadas análises Bayeisianas e de Máxima Parsimônia com sequências da região controle para 108 indivíduos, do citocromo b para 122 e de 10 loci microssatélites para 129, provenientes das regiões tipo das espécies de Inia. Os resultados mostraram quatro linhagens, correspondendo às espécies e subespécies de Inia. Uma quinta linhagem, correspondendo aos indivíduos do alto/médio Orinoco, foi observada somente para os dados do mtDNA. As duas linhagens da bacia do Orinoco apresentam distintos tempos de divergência. O clado com a linhagem do alto/médio Orinoco e sua espécie irmã, Inia da Amazônia Central, divergiu há 354 mil anos. A linhagem do médio/baixo Orinoco divergiu deste clado a 1.66 milhões de anos. Nossas evidências sugerem que Inia do médio/baixo Orinoco é uma espécie distinta das demais, e a designamos Inia humboldtiana stat nov. (Pilleri e Gihr, 1977). Igualmente, os dados obtidos ainda são insuficientes para avaliar o real status taxonômico da segunda linhagem de Inia da bacia do Orinoco (alto/médio Orinoco). Para atender ao objetivo II) foram realizadas análises Bayeisianas e de Máxima Verossimilhança com sequências da região controle para 131 indivíduos, do citocromo b para 127 e de 10 loci microssatélites para 143, provenientes dos rios Negro, Branco, Solimões, baixo Rio Madeira e da bacia do Orinoco. Para os indivíduos da bacia do Orinoco observamos um resultado semelhante ao cumprir o objetivo I. Para os indivíduos das demais localidades, diferentes padrões de diferenciação genética foram observados conforme marcador utilizado, sendo um baixo grau de subdivisão populacional (FST = 0.04762, P<0.001) e altos índices de fluxo gênico para o nuDNA; e o oposto (ФST = 0.75490, P<0.001) para o mtDNA. Foram determinadas subpopulações, cujos níveis de diversidade foram relativamente altos. Essas diferenciações genéticas em nível de subpopulação parecem corresponder a história evolutiva das áreas, apesar de ter sido constatada filopatria por fêmeas. Tanto para estas quanto para os machos, as corredeiras de São Gabriel da Cachoeira (Rio Negro) e do Bem Querer (Rio Branco) não podem ser consideradas como barreira física/geográfica. Sendo assim, a construção das hidrelétricas projetadas para essas áreas, proporcionarão, sem dúvida, fragmentação demografica e genética nas subpopulações de botos observadas.

Orientador: Otto Bismarck Fazzano Gadig / Resumo: As espécies Carcharhinus falciformis e Carcharhinus signatus, são tubarões oceânicopelágicos, caracterizados por habitarem o ambiente epipelágico de águas quentes e temperados de todo o mundo. Devido ao alto valor da suas nadadeiras, estas espécies são demasiadamente capturadas pela pesca de espinhel pelágico, direcionado para a captura de atuns e espadarte. Em decorrência dessa severa pressão pesqueira, estima-se que estas espécies tiveram reduções populacionais em torno de 75%, e estão atualmente listadas como próximo de ameaçada (C. falciformis) e vulnerável (C. signatus) na lista vermelha da Internation union for Conservation of Nature (IUCN). Por serem espécies migratórias e por habitarem águas internacionais, as ações de conservação exigem esforços conjuntos de vários países, tarefa que no Oceano Atlântico compete à International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas – ICCAT. A presente tese avaliou os aspectos genéticos populacionais e filogeográficos de ambas espécies, utilizando marcadores moleculares mitocondriais (C. falciformis e C. signatus) e microssatélites (C. signatus). Especificamente, foram avaliados os níveis de diversidade genética, testada a hipótese nula de panmixia e inferidos os cenários filogeográficos responsáveis pelas relações filogenéticas intraespecíficas, e aspectos demográficos populacionais. Além disso, a diversidade genética da subclasse elasmobrânquios foi avaliada e discutida a sua utilização nas avaliações do ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The shark species, Carcharhinus falciformis and Carcharhinus signatus, are oceanic-pelagic species that inhabit tropical, subtropical and temperate waters worldwide. The high value of their fins associated with the by-catch these species by longline fisheries, which targeting tuna and swordfish, has led to a population reduction around 75%. Currently, these species are listed on the IUCN Red list as Near Threatened (C. falciformis) and Vulnerable (C. signatus). Due to their high vagility and migratory behavior, inhabiting internation waters, management and conservation plans require joint efforts from the many country, a task that in the Atlantic Ocean is entrusted to the International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas – ICCAT. This Thesis assessed the main aspects of population genetics and phylogeography in both species. Using mitochondrial marker (C. falciformis and C. signatus) and nine loci microsatellites (C. signatus). Especifically, the levels of genetic diversity were assessed, panmixia null hypothesis was tested and the phylogeography scenarios responsible for intraspecific phylogenetic relationships and populations demography were inferred. Furthermore, the genetic diversity of subclass Elamosbranchii and its usefullness to assess conservation policies were discussed. The overall genetic diversity at CR mtDNA in both species was high (h = 0.88±0.012 and π = 0.005±0.003 – C. falciformis; h = 0.74±0.027 and π = 0.0034±0.0019 – C. signatus). However, C... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

O Brasil é o país mais rico do mundo em espécies de psitacídeos (cerca de 74), sendo 17 delas ameaçadas de extinção. Entre elas está a arara-azul (Anodorhynchus hyacinthinus) que é considerada vulnerável e pode se tornar ameaçada num futuro próximo, em conseqüência do intenso tráfico ilegal e perda do seu habitat. No presente estudo estimamos os níveis de variabilidade e caracterizamos a estrutura genética de populações naturais de A. hyacinthinus. Analisamos 10 locos de microssatélites de 98 indivíduos e seqüências concatenadas de genes mitocondriais (ND5, citocromo-b e ND2; 2123 pb total) de 80 indivíduos. O índice de diversidade genética foi considerado baixo em relação a outras espécies de psitacídeos. Além disso, os índices RST e a análise bayesiana dos dados de microssatélites indicaram moderada estruturação genética entre indivíduos de quatro regiões geográficas (Pantanal norte, Pantanal sul, norte e nordeste), mas os índices de FST indicaram diferenciação somente entre três regiões (norte e nordeste sem diferenciação). A estruturação entre essas três regiões foi congruente com a forte estruturação genética apontada pelos índices de FST e pela rede de haplótipos das seqüências mitocondriais. Baseado nos dados mitocondriais o tempo de divergência entre os grupos genéticos de A. hyacinthinus foi estimado em 16 a 42 mil anos atrás, o que corresponde ao final do Pleistoceno. Ainda, os resultados apontaram para uma população demograficamente estável ao longo do tempo, o que pode indicar que a baixa variabilidade pode ser uma característica da espécie. Entretanto, a rede de haplótipos apresenta forma em estrela com alguns haplótipos de baixa freqüência, o que pode indicar expansão recente, principalmente para região nordeste. Baseado nos dados de estruturação genética populacional, foi possivel indicar a possível origem de indivíduos apreendidos e sem procedência conhecida, o que é importante para realizar ações preventivas de repressão e fiscalização. Adicionalmente, foram analisados sete locos de microssatélites de filhotes amostrados no mesmo ninho (mesma estação reprodutiva, estações reprodutivas consecutivas e estações alternadas) em duas regiões do Pantanal. Os resultados sugerem que a espécie é predominantemente monogâmica estrita, mas há pelo menos 12,5% de paternidade extra-par e 6,5% de parasitismo de ninho. Além disso, foram confirmados dados obtidos em campo de que muitos casais utilizam o mesmo ninho em anos consecutivos e alternados. Finalmente, padronizamos a sexagem molecular de amostras de penas de muda. Concluindo, os resultados genéticos obtidos nesse trabalho trazem informações sobre os processos envolvidos na história evolutiva dessa espécie, além de contribuir com informações sobre o comportamento reprodutivo das araras-azuis proporcionando mais subsídios para elaboração de programas de conservação. / Brazil has the highest number of parrot species in the world (about 74), 17 of them endangered. Among them is the hyacinth macaw (Anodorhynchus hyacinthinus), which is considered vulnerable and could become endangered in the near future, due to the intense illegal traffic and loss of habitat. In this study we estimated levels of variability and characterized the genetic structure of natural populations of hyacinth macaws. We analyzed 10 microsatellite loci from 98 individuals and concatenated sequences of mitochondrial genes (ND5, cytochrome b and ND2, 2,123 bp total) from 80 individuals. The genetic diversity index was low compared to those from other species of parrots. In addition, RST indeces and Bayesian analysis of microsatellite data showed moderate genetic structure among individuals of four regions in Brazil (north Pantanal, south Pantanal, north and northeast), but FST indeces indicate differentiation only between three regions (north and northeast without differentiation). This is in accordance with the strong genetic structure indicated by FST indeces and haplotype network based on mitochondrial sequences. Based on the mitochondrial data, the time of divergence of the genetic groups of hyacinth macaws was estimated to have occurred 16 to 42 thousand years ago, which corresponds to the late Pleistocene. Still, the results suggest that the population has been demographically stable over time, which may indicate that the low variability levels may be a characteristic of the species. However, the haplotype network presents a star shape, which indicate recent expansion, specially in the northeast. Additionally, given the population genetic structure data, it was possible to identify the most probable region of origin of apprehended individuals, this information is important to plan preventive and repressive control. Additionally, we analyzed seven microsatellite loci of chicks sampled in the same nest (same breeding season, alternate breeding seasons and consecutive seasons) in two regions of the Pantanal. The results suggest that the species is predominantly monogamous, but there is at least 12.5% of extra-pair paternity and 6.5% of brood parasitism. Furthermore, the genetic data is congruent with field observations that suggest that many couples return to the same nest in consecutive and alternative breeding seasons. Finally, we standardized for a molecular sexing protocol for molten feathers. In conclusion, the genetic results obtained in this study provide information about the processes involved in the evolutionary history and the reproductive behavior of hyacinth macaws that may help plan conservation actions.