O cromossomo X possui características que o tornam um bom marcador em estudos de genética populacional. A formação da população brasileira é resultado de cinco séculos de mistura étnica entre populações de três diferentes populações: europeus, africanos e ameríndios. Sendo assim, a população brasileira atual é considerada tri-híbrida embora as proporções dos três grandes componentes étnicos variem consideravelmente conforme a região geográfica. O objetivo deste trabalho é obter informações sobre a estrutura genética de populações urbanas brasileiras, indígena, remanescentes de quilombos e uma amostra da população africana (Congo). Foram utilizados 20 STRs localizados em três regiões do cromossomo X: Xp21, Xp-q11.1, Xq28. O total de alelos obtidos foi 169. Todas as três regiões apresentaram alelos privados, totalizando 26. A população ameríndia, Tikúna, foi a que apresentou a menor diversidade genética. Além disso, quando comparada com as outras populações, Tikúna foi a que mais se diferenciou. Era esperado que Tikúna fosse a população mais divergente e com menor diversidade, pois esta é uma população pequena e isolada que sofre as consequências da ocorrência de deriva genética. Nas mulheres, as populações mais semelhantes foram Sítio Velho-Teresina, Sítio Velho-Ribeirão Preto e Ribeirão Preto-Teresina, pois tiveram valores de FST não significativos. Nos homens, apenas Mimbó-Sítio Velho são as populações mais semelhantes (FST não significativo). Mimbó e Sítio Velho são os dois remanescentes de quilombos utilizados neste estudo e o histórico de formação destas populações é semelhante, o que justifica a proximidade genética entre elas. Todas as populações foram agrupadas em três clusters, tanto no grupo dos homens quanto no das mulheres. O primeiro cluster é formado, em sua grande maioria, por indivíduos da população Africana, Mimbó e Sítio Velho, representando o componente africano na população brasileira. O segundo cluster foi formado por mais de 90% da população Tikúna, sendo assim indicativo do componente ameríndio. O terceiro cluster agrupou as populações urbanas, Ribeirão Preto e Tikúna, que possuem um maior componente europeu na sua formação. DL ocorreu entre os marcadores de todos os haploblocos (DMD, PC e HEMA). HEMA foi o haplobloco com maior DL. Semelhanças e diferenças entre as populações foram encontradas de acordo com o esperado pelo histórico de formação de cada uma delas. Os três componentes genéticos (africano, ameríndio e europeu) da população brasileira foram claramente identificados nas amostras analisadas. / The X chromosome has characteristics that make it a good marker for studies of population genetics. Brazilian population results from five centuries of admixture of European, Africans and Amerindians. Thus, the current Brazilian population is considered trihybrid although the proportions of the three main ethnic components vary considerably according to the geographical region. The aim of this work was to obtain information about the genetic structure of Brazilian urban populations, Amerindians, quilombo remnants and a sample of African (Congo). We used 20 STRs located in three regions of the X chromosome: Xp21, Xpq11.1 andXq28. The total of alleles obtained was 169. All three chromosomal regions have private alleles, totaling 26. The Amerindian population (Tikúna) had lower genetic diversity and higher FST values, when compared to other populations. This is expected given the genetic isolation and small population size, which make them most sensitive to the effects of genetic drift. In women, by pairs of populations Sítio Velho-Teresina, Sítio Velho-Ribeirão Preto and Ribeirão Preto-Teresina, were similar (FST values not significantly different). In men, only the pair Mimbó-Sítio Velho rendered no significantly different the individuals analyzed were grouped into three clusters, even when considered separately for men and women. One cluster was termed \'African\' to be formed largely by individuals from Congo, quilombo remnants and Sítio Velho. Another cluster termed \'Amerind\' was formed by >90% of Tikúna population. In the third one, were grouped urban populations of Ribeirão Preto and Teresina. In this cluster are observed components African, Amerindian, and European with predominance of the latter. DL occurred between markers of all blocks (DMD, PC e HEMA). HEMA had the highest DL. There were differences between DL in men and women, which may have been caused by sampling problems. The observed similarities and differences between clusters and populations subsets match expectation from the population histories. The results presented bring new elements of analysis to the structure of the Brazilian population.

Sítios arqueológicos, polimorfismos genéticos clássicos e marcadores moleculares (estes em menor quantidade) foram empregados nos últimos anos para o desenvolvimento de modelos de povoamento e investigação de rotas migratórias percorridas pelos primeiros habitantes do continente sul-americano. Apesar destes esforços, muitas incertezas relacionadas aos movimentos populacionais realizados pelos ancestrais dos índios contemporâneos na América do Sul ainda permanecem. Com o objetivo de estudar a estrutura populacional dos indígenas da Amazônia e contribuir para o melhor entendimento do povoamento deste continente, polimorfismos que definem os haplogrupos fundadores do DNA mitocondrial nativo-americano foram analisados em 308 indígenas pertencentes a 16 aldeias de 7 tribos da região central da Amazônia. A posição central ocupada por estas tribos no continente sul-americano faz com que sejam relevantes nas tentativas de reconstrução dos movimentos populacionais sul-americanos. Nesta região, existe particular interesse pela estrutura genética da tribo Tikúna, inicialmente tida como enigmática por se preservar como uma das únicas grandes tribos pouco miscigenadas da Amazônia central, e do grupo lingüístico Pano, que embora se distribua por grande extensão territorial, apresenta homogeneidades étnica, lingüística e cultural notáveis, razão pela qual as populações (tribos) deste grupo são consideradas como parte de uma mesma tribo. Oito aldeias Tikúna e seis aldeias de quatro tribos Pano (Katukina, Kaxináwa, Marúbo e Yaminawa) fazem parte deste estudo. Os resultados indicam que constituem populações realmente pouco miscigenadas, sendo a mistura inter-étnica feminina praticamente desprezível (0,32%). Foi encontrada heterogeneidade entre aldeias Tikúna, sendo observados dois grupos altamente homogêneos que diferem consideravelmente entre si. Em relação aos Pano, a homogeneidade lingüística e cultural deste grupo não se reflete em sua estrutura genética, visto que os níveis de heterogeneidade entre populações Pano são equivalentes ou até mesmo superiores aos observados entre populações de afiliação lingüística distintas. No geral, as mulheres indígenas da região central da Amazônia se apresentaram mais heterogêneas do que os homens, o que pode ser interpretado como maiores taxas migratórias femininas. Por meio de análises continentais foi observado que tanto a afiliação lingüística quanto a geografia exercem forte influência no padrão de variabilidade genética nas Américas. Quando apenas populações ameríndias são consideradas, a heterogeneidade é maior entre populações sul-americanas do que norte-americanas, o que estaria relacionado com maior atuação da deriva genética neste continente. Os dados corroboram a hipótese de que uma onda migratória principal seria responsável pelo povoamento das Américas. Ao longo deste movimento migratório, múltiplos efeitos do fundador teriam ocorrido até alcançar a América do Sul. Ao entrar na América do Sul, tal onda teria assumido rotas distintas direcionadas ao norte (acompanhando a costa Atlântica em direção ao leste do continente), ao sul (acompanhando a costa do Oceano Pacífico) e, possivelmente, em direção ao centro da Amazônia. Visto que as principais rotas migratórias foram necessariamente percorridas por membros de ambos os sexos, a análise de marcadores patrilineares seria pertinente para se testar esta rota em direção ao centro da Amazônia, bem como as duas rotas clássicas anteriormente propostas e aqui corroboradas. / Archeological sites, classical polymorphisms and molecular markers (in smaller amount) were employed during the last years to develop models regarding peopling and to investigate the routes followed by the first inhabitants of South America. In spite of these efforts, a great amount of uncertainties related to the populational movements performed by the ancestors of current Amerindians from South America still remains. Aiming to study the population structure of the indigenous people from Amazon and to contribute to a better understanding regarding South America peopling, polymorphisms defining the mitochondrial DNA founder haplogroups of Native-Americans were studied in 308 Amerindians pertaining to 16 villages of seven tribes from the central part of Amazon. The central position occupied by these tribes in South-American geography renders them special interest for attempts to reCOJ:\'lstruct the populational movements in this continent. In this central region, there is particular interest in the genetic structure of the Tikuna tribe, initially considered as an enigmatic tribe due to their preservation as one ofthe very few large and relatively pure tribes of Central Amazon. There is also interest in the Pano (linguistic) group that, in spite of being distributed through a really large area, still presents notable ethnic, Jinguistic and cultural homogeneities, which is the reason why the various populations (tribes) are considered as samples of a single tribe. Eight Tikuna villages along with six villages from four Pano tribes (Katukina, Kaxinawa, Marubo e Yaminawa) are part of this research. The results obtained indicate that the populations analyzed are actually weakly admixed, with an almost negligible female inter-ethnic admixture (0.32%). Heterogeneity was found among the Tikuna villages, identified in the form of two highly homogeneous groups that are remarkably different from each other. Regarding the Pano, the linguistic and cultural homogeneity is not reflected in this group\'s genetic structure, as can be seen by the high levels of heterogeneity found between the Pano populations, equal to or greater than the observed between other populations belonging to different languages. Overall, indigenous women from central Amazon are more structured than man, which can be interpreted as a higher female migration rate. Continental analysis revealed that both language and geography exert strong influence over the genetic diversity pattern found in America. When only Am~rindian populations are considered, it can be observed a higher level of heterogeneity in South America than in North America, which could be related to an increase in genetic drift in the former. Presented data corroborate the hypothesis of one major migration being responsible for America peopling. Multiple founder effects could have occurred along with this migratory movement until reaching South America. Following the entrance in this continent, such wave could have been split into different routes pointing to the north of part of South America (following the Atlantic Coast to the f\'astern part of the continent), to the south (along with the Pacific Coast) and possibly to the central part of Amazon. As long as the major migratory routes were essentially followed by members of both genders, the analysis of patrilinear markers would be pertinent to confirm or not such route pointing to the Central Amazon, as well as the two classical routes here corroborated.

As tartarugas marinhas são répteis de vida longa que realizam extensas migrações entre áreas de alimentação e desova, resultando em estágios sucessivos de mistura e isolamento de estoques genéticos, espacial e temporalmente. A tartaruga-verde (Chelonia mydas) está ameaçada de extinção, e é fundamental entender sua dinâmica populacional e distribuição para o manejo e conservação da espécie. O objetivo deste estudo foi analisar a diversidade genética, estrutura populacional, origens dos indivíduos e história demográfica de C. mydas em três locais do Oceano Atlântico (estado do Rio de Janeiro, Brasil - área de alimentação; Guadalupe e Guiana Francesa - áreas de desova), com base em sequências da região controle do DNA mitocondrial (mtDNA) e 10 loci de microssatélites. As análises de mtDNA demonstraram que a área amostrada no Brasil tem perfil genético semelhante às outras áreas de alimentação da costa brasileira. De maneira semelhante, o perfil genético das duas áreas de desova é bastante similar ao de outros sítios reprodutivos na região do Caribe. As análises de estoque misto revelaram que os indivíduos juvenis no Brasil são provenientes principalmente da Ilha Ascensão, Guiana Francesa e Guiné Bissau. Os microssatélites detectaram estrutura genética entre as três populações, apesar de haver um fluxo de migrantes entre elas, especialmente de indivíduos da Guiana Francesa em direção ao Brasil e Guadalupe. Guiana Francesa, Guadalupe e Brasil apresentaram declínio populacional severo, detectado pelos microssatélites. Apesar da distribuição global, as populações de tartarugas-verdes estão sujeitas a diferentes pressões nos habitats que ocupam, e é importante entender quais populações estão ameaçadas. Este estudo enfatiza a importância da conectividade entre áreas de alimentação e desova que podem estar amplamente distribuídas de acordo com oportunidades ou restrições ecológicas, adicionando informações a respeito da dispersão e a dinâmica de tartarugas-verdes que frequentam o Oceano Atlântico / Sea turtles are reptiles with a long lifespan that undertake wide-ranging migrations through feeding and nesting sites, resulting in successive stages of mixing and isolating genetic stocks, both spatially and temporally. The green sea turtle (Chelonia mydas) is threatened with extinction, and it is essential to understand its population dynamics and distribution in order to manage and preserve the species. The aim of this study was to analyze the genetic diversity, population structure, natal origins and demographic history of C. mydas in three sites in the Atlantic Ocean (Rio de Janeiro state, Brazil - feeding ground; Guadeloupe and French Guiana - nesting sites), based on sequences of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region and 10 microsatellites loci. The mtDNA analyses demonstrated that Brazilian samples have the same genetic profile of others collected in feeding grounds in the Brazilian coast. Similarly, the genetic profile of the nesting sites has resemblances to others in the Caribbean region. The mixed stock analyses revealed that most of the juveniles in Rio de Janeiro state come from Ascension Island, French Guiana and Guinea Bissau. Microsatellites detected genetic structure among the three populations, even with migration flows, especially in individuals from French Guiana to Brazil and Guadeloupe. French Guiana, Guadeloupe and Brazil presented a severe population decline, detected by the microsatellites analyses. Despite the worldwide distribution, green sea turtle populations undergo different pressures at the habitats they occupy, and it is important to understand which populations are threatened. This study emphasizes the importance of connecting nesting and feeding areas that can be widely distributed according to ecological opportunities or constraints, adding information on dispersion and population dynamics of green sea turtles on Atlantic Ocean

Submitted by Ana Paula Macedo (ensino@ioc.fiocruz.br) on 2013-10-01T00:42:06Z No. of bitstreams: 1 Karla Bitencourth Garcia.pdf: 2108170 bytes, checksum: dc08fd06fd5448e7cada7447c8cb384a (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-01T00:42:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Karla Bitencourth Garcia.pdf: 2108170 bytes, checksum: dc08fd06fd5448e7cada7447c8cb384a (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / No Brasil, a principal doença em humanos na qual o carrapato atua como vetor é a Febre Maculosa Brasileira (FMB). No Rio de Janeiro (RJ), Amblyomma cajennense é uma das principais espécies vetoras de um dos bioagentes da FMB, e responsável pelo ciclo epidêmico da doença. A baixa especificidade parasitária de A. cajennense, resistência às adversidades climáticas, ampla distribuição geográfica, variação intra-específica, comportamento trioxêno e antropofílico enfatizam o importante papel dessa espécie na transmissão de patógenos para animais, estabelecendo ou mantendo ciclos enzoóticos, epizoóticos e epidêmicos. Apesar do seu impacto na saúde pública, é incipiente o conhecimento sobre os fatores que influenciam seu potencial patogênico e de transmissão de micro-organismos. Os objetivos foram: a) determinar sequências de DNA dos genes mitocondriais Dloop, Citocromo Oxidase II e 12SrDNA de A. cajennense de diferentes regiões do RJ; b) realizar análises filogeográficas e de estrutura de populações das sequências obtidas de cada gene; c) analisar, estatisticamente, se há associação entre a diversidade genética de A. cajennense e os casos de FMB no RJ. Foram processadas 314 amostras de A. cajennense, provenientes de 19 municípios de sete regiões fisiográficas do RJ. Todas as amostras foram submetidas à extração de DNA e amplificação, por PCR, dos três genes. Amostras positivas na PCR foram sequenciadas. As sequências de cada gene foram submetidas a análises filogeográficas e de estrutura de populações. Para verificar a associação entre os haplótipos de A. cajennense, sequências genéticas e a influência sobre o número de casos confirmados de FMB no RJ, foram realizados os cálculos do coeficiente de correlação por postos de Kendall e coeficiente de correlação parcial por postos de Kendall. As análises revelaram que há expressiva diversidade de A. cajennense no RJ, com o foco da diversidade genética nas regiões Serrana e Centro Sul. Entretanto, não há estruturação populacional dessa espécie de acordo com cada região do Estado. Porém, há indícios de estruturação populacional de A. cajennense entre grupos de regiões do RJ. As análises estatísticas revelaram que há associação entre o número de sequências analisadas e diversidade intra-específica. E ainda, quanto maior a diversidade dessa espécie, maior é a probabilidade de ocorrência de casos confirmados de FMB no RJ. / In Brazil, the most important tick-borne disease is Brazilian Spotted Fever (BSF). In Rio de Janeiro (RJ), Amblyomma cajennense is the major vector species of one of BSF bioagents, and responsible for the disease epidemic cycle. The A. cajennense low host specificity, resistance to adverse weather, wide geographic distribution, intraspecific variation, anthropophilic behavior and being a three host tick emphasizes the important role of these species in pathogens transmission to animals, establishing or maintaining enzootic, epizootic and epidemic cycles. Despite its impact on public health, the knowledge about factors that influence its pathogenic potential and transmission of micro-organisms are incipient. The objectives were: a) determine DNA sequences of mitochondrial genes Dloop, Cytochrome Oxidase II and 12SrDNA of A. cajennense from differents regions of RJ; b) perform phylogeographics and population’s structure analysis of sequences obtained for each gene; c) analyze, statistically, if there is an association between A. cajennense genetic diversity and cases of BSF in RJ. 314 samples of A. cajennense, coming from 19 municipalities of seven RJ physiographics regions, were processed. All samples were subjected to DNA extraction and amplification, by PCR, of the three genes. PCR positive samples were sequenced. The sequences of each gene were submitted to phylogeographics and population’s structure analysis. To investigate the association between A. cajennense haplotypes, genetic sequences and the influence on BSF confirmed cases in RJ, were performed calculation of the Kendall posts correlation coefficient and Kendall posts partial correlation coefficient. The analysis revealed that there is substantial diversity of A. cajennense in RJ, with the focus of genetic diversity in South Center and Highland regions. However, there is no population structure of these species according to each region of the State. But, there is evidence of A. cajennense population structure when analyzes are performed considering groups of RJ regions. Statistical analyzes revealed that there is association between the number of sequences analyzed and intraspecific diversity. Also, the greater is the diversity of these species, higher is the probability of BSF confirmed cases occurrence in RJ.

Made available in DSpace on 2016-04-04T12:47:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 amanda_cavalcanti_ioc_dout_2014.pdf: 8125448 bytes, checksum: a21804f13675939416a209e2c1250af8 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A Leishmaniose Visceral causada pela Leishmania infantum é uma doença zoonótica no Novo Mundo em que o cão é o principal hospedeiro doméstico. O conhecimento prévio dos mecanismos imunopatogênicos associados à infecção por L. infantum é necessário para o desenvolvimento de vacinas e outras estratégias de controle. O objetivo geral desta tese foi correlacionar a expressão clínica, a carga parasitária, a resposta imunológica do hospedeiro e a diversidade genética dos parasitos em cães naturalmente infectados por L. infantum. O presente estudo é uma avaliação transversal de noventa e dois cães naturalmente infectados por L. infantum provenientes do estado do Mato Grosso. A infecção dos animais incluídos no estudo foi confirmada por sorologia, cultura e /ou PCR. O diagnóstico etiológico foi realizado por PCR-RFLP para o gene hsp70 e por eletroforese de enzimas nos parasitos isolados. Foram ainda analisados os sinais clínicos, a resposta imune pela expressão gênica de citocinas, a carga parasitária por qPCR, as alterações histológicas no baço e fígado e a as populações e genótipos de L. infantum circulantes por meio da análise do polimorfismo de microssatélites. Foram definidos grupos de acordo com a carga parasitária esplênica e hepática. Os animais com alta carga parasitária apresentaram altos títulos de anticorpos específicos anti-Leishmania e mais sinais clínicos da doença A carga parasitária no baço foi maior do que no fígado e houve correlação com o rompimento da arquitetura esplênica, caracterizado principalmente pela desorganização da polpa branca. No fígado, a carga parasitária foi correlacionada positivamente à ocorrência de granulomas, à degeneração dos hepatócitos bem como à intensidade do infiltrado inflamatório. Mostramos que a maior carga parasitária promoveu menor expressão gênica de IL-12, IFN\03B3, TNF, IL-6, TGF\03B2 e IL-10 no baço e maior expressão de CCL2, CXCL8 e MAP4K4 no fígado. A análise genética dos parasitos é indicativa de que há infecção policlonal e tropismo tissular de alguns clones, mais evidente na análise das amostras pareadas (tecidos e isolados do tecido). Foi observada baixa variabilidade genética em que a maioria (96%, 49/51) das amostras foi caracterizada como pertencente a POP2, dentre as populações circulantes no Brasil previamente descritas pelo nosso grupo. Não houve associação entre a variabilidade genética dos parasitos e os parâmetros clínicos, parasitológicos ou imunológicos. Apesar disso, os dados gerados pelos ensaios in vitro com as cepas de diferentes populações sugerem que há sim diferenças na infectividade entre cepas com genótipos de microssatélites distintos. Foi reunida uma série de dados que, em conjunto, mostram que na região estudada a Leishmanise Canina é causada por população geneticamente homogênea não tendo sido observada nenhuma correlação entre genótipos específicos e o fenótipo da infecção canina / Visceral leishmaniasis is a zoonotic disease in the New World and the domestic dog is the main host of Leishmania infantum . Prior knowledge of the immunopathogenic mechanisms associated with infection by L. infantum is required for the development of vaccines and other control strategies. The overall aim of this thesis was to compare the clinical expression, parasite load, the host immune response and genetic diversity of parasites in dogs naturally infected with L. infantum . This study is a cross - sect ional assessment of ninety - two dogs naturally infected by L. infantum . Infection was confirmed by serology, parasite culture and / or PCR. The etiology was assessed by hsp70 PCR - RFLP and MLEE . We further analyzed clinical signs , immune response by cytokine gene expression, molecular parasite load by qPCR, histological changes in sple nic and hepatic compartments and also L. infantum populations and genotypes through microsatellite analysis. Groups according to the spleen and liver parasite load were defined. Animals with high parasite load had high titers of anti - Leishmania antibodies and more clinical signs. The paras ite load in the spleen was higher than in liver and correlated with disruption of splenic architecture, mainly characterized by white pulp diso rganization. Liver parasite load was correlated with the occurrence of granulomas, degeneration and intensity of the inflammatory infiltrate. We show that the higher parasite load promoted lower gene expression o f IL - 12, IFNγ, TNF, IL - 6, IL - 10 and TGFβ in the spleen and increased expression of CCL2, CXCL8 MAP4K4 in the liver. Genetic analysis of parasites is indicative of polyclonal infection and tissue tropism of some clones, more evident in the analysis of paire d samples ( strain isolated and tissue). We also found l ow genetic variability , in which the majority (96%, 49/51) of the samples was characterized as belonging to POP2, among tree populations previously described by our group. There was no association betw een the genetic variability of the parasites and the clinical, parasitological and immunological parameters. Nevertheless, the data generated by in vitro assays with strains from different populations suggest that there are differences in infectivity betwe en strains with distinct m icrosatellite genotypes. Taken together, these results show that in the region studied Canine Leishmaniasis is caused by genetically homogeneous population without any correlation between specific genotypes and the phenotype of ca nine infection .

Submitted by DANILO FAUSTINO BRAGANHOLI null (danilobraganholi@hotmail.com) on 2016-02-26T18:28:02Z No. of bitstreams: 1 TESE DOUTORADO DANILO FINAL.pdf: 5854320 bytes, checksum: 574fd8d3f97ad7193fe8490f98829058 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-02-29T13:48:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 braganholi_df_dr_araiq.pdf: 5854320 bytes, checksum: 574fd8d3f97ad7193fe8490f98829058 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-29T13:48:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 braganholi_df_dr_araiq.pdf: 5854320 bytes, checksum: 574fd8d3f97ad7193fe8490f98829058 (MD5) Previous issue date: 2016-02-17 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Os marcadores STR são os mais utilizados na rotina de identificação humana e genética forense, entretanto, os marcadores INDELs vem chamando a atenção dos pesquisadores desta área, pois sua análise pode ser uma ferramenta interessante por serem analisados com um fragmento menor que os STR e apresentarem baixa taxa de mutação, podendo ser utilizados na identificação de indivíduos e na avaliação de ancestralidade. Neste trabalho, caracterizamos as populações brasileiras dos estados de São Paulo e Espírito Santo pela análise de marcadores INDEL através de dois sistemas: 38 HID-INDELs, verificando a eficiência forense nas duas populações e comparando os dados com os de STRs rotineiramente utilizados na população de São Paulo; e 46 AIM-INDELs, avaliando as proporções de ancestralidade nas duas populações, e comparando os dados com os de marcadores uniparentais na população do Espírito Santo. Ambos os métodos foram eficientes para suas respectivas finalidades, sendo que o sistema 38 HID-INDELs apresentou alto poder de discriminação, para Espírito Santo (PD = 0,9999999999999990) e para São Paulo (PD = 0,999999999999994); e o sistema 46 AIM-INDELs confirmou a miscigenação das populações estudadas, e neste caso, com maior ancestralidade genética de europeus, em comparação a africanos e nativo-americanos. Além disso, inserimos o marcador amelogenina no sistema multiplex 38 HID-INDELs como uma ferramenta complementar para identificação de sexo de amostras degradadas. / The STR markers are the most used in routine of human identification and forensic genetics, however, INDEL markers has attracted the attention of those researchers in this area, because their analysis can be an interesting tool to be analyzed with a smaller fragment that STR and to present low mutation rate, may be used to identify individuals and evaluating ancestry. In this work, we characterized the Brazilian populations of the states of São Paulo and Espírito Santo by INDEL markers analysis through two systems: 38 HID-INDELs, checking the forensic efficiency in this two populations and comparing the data with STRs routinely used in São Paulo population; and 46 AIM-INDELs, assessing the proportions of ancestry in this two populations, and comparing the data with uniparental markers in Espírito Santo population. Both methods were effective for their respective purposes, the 38 HID- INDELs system showed high discrimination power to Espírito Santo (PD = 0.9999999999999990) and to São Paulo (PD = 0.999999999999994); and the 46 AIM- INDELs system confirmed the mixing of the populations studied, and in this case , with greater genetic ancestry of europeans, compared to africans and native americans. In addition, we insert the amelogenin marker in the 38 HID-INDELs multiplex system as a complementary tool to identificate the sex of degraded samples.

Sítios arqueológicos, polimorfismos genéticos clássicos e marcadores moleculares (estes em menor quantidade) foram empregados nos últimos anos para o desenvolvimento de modelos de povoamento e investigação de rotas migratórias percorridas pelos primeiros habitantes do continente sul-americano. Apesar destes esforços, muitas incertezas relacionadas aos movimentos populacionais realizados pelos ancestrais dos índios contemporâneos na América do Sul ainda permanecem. Com o objetivo de estudar a estrutura populacional dos indígenas da Amazônia e contribuir para o melhor entendimento do povoamento deste continente, polimorfismos que definem os haplogrupos fundadores do DNA mitocondrial nativo-americano foram analisados em 308 indígenas pertencentes a 16 aldeias de 7 tribos da região central da Amazônia. A posição central ocupada por estas tribos no continente sul-americano faz com que sejam relevantes nas tentativas de reconstrução dos movimentos populacionais sul-americanos. Nesta região, existe particular interesse pela estrutura genética da tribo Tikúna, inicialmente tida como enigmática por se preservar como uma das únicas grandes tribos pouco miscigenadas da Amazônia central, e do grupo lingüístico Pano, que embora se distribua por grande extensão territorial, apresenta homogeneidades étnica, lingüística e cultural notáveis, razão pela qual as populações (tribos) deste grupo são consideradas como parte de uma mesma tribo. Oito aldeias Tikúna e seis aldeias de quatro tribos Pano (Katukina, Kaxináwa, Marúbo e Yaminawa) fazem parte deste estudo. Os resultados indicam que constituem populações realmente pouco miscigenadas, sendo a mistura inter-étnica feminina praticamente desprezível (0,32%). Foi encontrada heterogeneidade entre aldeias Tikúna, sendo observados dois grupos altamente homogêneos que diferem consideravelmente entre si. Em relação aos Pano, a homogeneidade lingüística e cultural deste grupo não se reflete em sua estrutura genética, visto que os níveis de heterogeneidade entre populações Pano são equivalentes ou até mesmo superiores aos observados entre populações de afiliação lingüística distintas. No geral, as mulheres indígenas da região central da Amazônia se apresentaram mais heterogêneas do que os homens, o que pode ser interpretado como maiores taxas migratórias femininas. Por meio de análises continentais foi observado que tanto a afiliação lingüística quanto a geografia exercem forte influência no padrão de variabilidade genética nas Américas. Quando apenas populações ameríndias são consideradas, a heterogeneidade é maior entre populações sul-americanas do que norte-americanas, o que estaria relacionado com maior atuação da deriva genética neste continente. Os dados corroboram a hipótese de que uma onda migratória principal seria responsável pelo povoamento das Américas. Ao longo deste movimento migratório, múltiplos efeitos do fundador teriam ocorrido até alcançar a América do Sul. Ao entrar na América do Sul, tal onda teria assumido rotas distintas direcionadas ao norte (acompanhando a costa Atlântica em direção ao leste do continente), ao sul (acompanhando a costa do Oceano Pacífico) e, possivelmente, em direção ao centro da Amazônia. Visto que as principais rotas migratórias foram necessariamente percorridas por membros de ambos os sexos, a análise de marcadores patrilineares seria pertinente para se testar esta rota em direção ao centro da Amazônia, bem como as duas rotas clássicas anteriormente propostas e aqui corroboradas. / Archeological sites, classical polymorphisms and molecular markers (in smaller amount) were employed during the last years to develop models regarding peopling and to investigate the routes followed by the first inhabitants of South America. In spite of these efforts, a great amount of uncertainties related to the populational movements performed by the ancestors of current Amerindians from South America still remains. Aiming to study the population structure of the indigenous people from Amazon and to contribute to a better understanding regarding South America peopling, polymorphisms defining the mitochondrial DNA founder haplogroups of Native-Americans were studied in 308 Amerindians pertaining to 16 villages of seven tribes from the central part of Amazon. The central position occupied by these tribes in South-American geography renders them special interest for attempts to reCOJ:\'lstruct the populational movements in this continent. In this central region, there is particular interest in the genetic structure of the Tikuna tribe, initially considered as an enigmatic tribe due to their preservation as one ofthe very few large and relatively pure tribes of Central Amazon. There is also interest in the Pano (linguistic) group that, in spite of being distributed through a really large area, still presents notable ethnic, Jinguistic and cultural homogeneities, which is the reason why the various populations (tribes) are considered as samples of a single tribe. Eight Tikuna villages along with six villages from four Pano tribes (Katukina, Kaxinawa, Marubo e Yaminawa) are part of this research. The results obtained indicate that the populations analyzed are actually weakly admixed, with an almost negligible female inter-ethnic admixture (0.32%). Heterogeneity was found among the Tikuna villages, identified in the form of two highly homogeneous groups that are remarkably different from each other. Regarding the Pano, the linguistic and cultural homogeneity is not reflected in this group\'s genetic structure, as can be seen by the high levels of heterogeneity found between the Pano populations, equal to or greater than the observed between other populations belonging to different languages. Overall, indigenous women from central Amazon are more structured than man, which can be interpreted as a higher female migration rate. Continental analysis revealed that both language and geography exert strong influence over the genetic diversity pattern found in America. When only Am~rindian populations are considered, it can be observed a higher level of heterogeneity in South America than in North America, which could be related to an increase in genetic drift in the former. Presented data corroborate the hypothesis of one major migration being responsible for America peopling. Multiple founder effects could have occurred along with this migratory movement until reaching South America. Following the entrance in this continent, such wave could have been split into different routes pointing to the north of part of South America (following the Atlantic Coast to the f\'astern part of the continent), to the south (along with the Pacific Coast) and possibly to the central part of Amazon. As long as the major migratory routes were essentially followed by members of both genders, the analysis of patrilinear markers would be pertinent to confirm or not such route pointing to the Central Amazon, as well as the two classical routes here corroborated.

O cromossomo X possui características que o tornam um bom marcador em estudos de genética populacional. A formação da população brasileira é resultado de cinco séculos de mistura étnica entre populações de três diferentes populações: europeus, africanos e ameríndios. Sendo assim, a população brasileira atual é considerada tri-híbrida embora as proporções dos três grandes componentes étnicos variem consideravelmente conforme a região geográfica. O objetivo deste trabalho é obter informações sobre a estrutura genética de populações urbanas brasileiras, indígena, remanescentes de quilombos e uma amostra da população africana (Congo). Foram utilizados 20 STRs localizados em três regiões do cromossomo X: Xp21, Xp-q11.1, Xq28. O total de alelos obtidos foi 169. Todas as três regiões apresentaram alelos privados, totalizando 26. A população ameríndia, Tikúna, foi a que apresentou a menor diversidade genética. Além disso, quando comparada com as outras populações, Tikúna foi a que mais se diferenciou. Era esperado que Tikúna fosse a população mais divergente e com menor diversidade, pois esta é uma população pequena e isolada que sofre as consequências da ocorrência de deriva genética. Nas mulheres, as populações mais semelhantes foram Sítio Velho-Teresina, Sítio Velho-Ribeirão Preto e Ribeirão Preto-Teresina, pois tiveram valores de FST não significativos. Nos homens, apenas Mimbó-Sítio Velho são as populações mais semelhantes (FST não significativo). Mimbó e Sítio Velho são os dois remanescentes de quilombos utilizados neste estudo e o histórico de formação destas populações é semelhante, o que justifica a proximidade genética entre elas. Todas as populações foram agrupadas em três clusters, tanto no grupo dos homens quanto no das mulheres. O primeiro cluster é formado, em sua grande maioria, por indivíduos da população Africana, Mimbó e Sítio Velho, representando o componente africano na população brasileira. O segundo cluster foi formado por mais de 90% da população Tikúna, sendo assim indicativo do componente ameríndio. O terceiro cluster agrupou as populações urbanas, Ribeirão Preto e Tikúna, que possuem um maior componente europeu na sua formação. DL ocorreu entre os marcadores de todos os haploblocos (DMD, PC e HEMA). HEMA foi o haplobloco com maior DL. Semelhanças e diferenças entre as populações foram encontradas de acordo com o esperado pelo histórico de formação de cada uma delas. Os três componentes genéticos (africano, ameríndio e europeu) da população brasileira foram claramente identificados nas amostras analisadas. / The X chromosome has characteristics that make it a good marker for studies of population genetics. Brazilian population results from five centuries of admixture of European, Africans and Amerindians. Thus, the current Brazilian population is considered trihybrid although the proportions of the three main ethnic components vary considerably according to the geographical region. The aim of this work was to obtain information about the genetic structure of Brazilian urban populations, Amerindians, quilombo remnants and a sample of African (Congo). We used 20 STRs located in three regions of the X chromosome: Xp21, Xpq11.1 andXq28. The total of alleles obtained was 169. All three chromosomal regions have private alleles, totaling 26. The Amerindian population (Tikúna) had lower genetic diversity and higher FST values, when compared to other populations. This is expected given the genetic isolation and small population size, which make them most sensitive to the effects of genetic drift. In women, by pairs of populations Sítio Velho-Teresina, Sítio Velho-Ribeirão Preto and Ribeirão Preto-Teresina, were similar (FST values not significantly different). In men, only the pair Mimbó-Sítio Velho rendered no significantly different the individuals analyzed were grouped into three clusters, even when considered separately for men and women. One cluster was termed \'African\' to be formed largely by individuals from Congo, quilombo remnants and Sítio Velho. Another cluster termed \'Amerind\' was formed by >90% of Tikúna population. In the third one, were grouped urban populations of Ribeirão Preto and Teresina. In this cluster are observed components African, Amerindian, and European with predominance of the latter. DL occurred between markers of all blocks (DMD, PC e HEMA). HEMA had the highest DL. There were differences between DL in men and women, which may have been caused by sampling problems. The observed similarities and differences between clusters and populations subsets match expectation from the population histories. The results presented bring new elements of analysis to the structure of the Brazilian population.

O Brasil é o país mais rico do mundo em espécies de psitacídeos (cerca de 74), sendo 17 delas ameaçadas de extinção. Entre elas está a arara-azul (Anodorhynchus hyacinthinus) que é considerada vulnerável e pode se tornar ameaçada num futuro próximo, em conseqüência do intenso tráfico ilegal e perda do seu habitat. No presente estudo estimamos os níveis de variabilidade e caracterizamos a estrutura genética de populações naturais de A. hyacinthinus. Analisamos 10 locos de microssatélites de 98 indivíduos e seqüências concatenadas de genes mitocondriais (ND5, citocromo-b e ND2; 2123 pb total) de 80 indivíduos. O índice de diversidade genética foi considerado baixo em relação a outras espécies de psitacídeos. Além disso, os índices RST e a análise bayesiana dos dados de microssatélites indicaram moderada estruturação genética entre indivíduos de quatro regiões geográficas (Pantanal norte, Pantanal sul, norte e nordeste), mas os índices de FST indicaram diferenciação somente entre três regiões (norte e nordeste sem diferenciação). A estruturação entre essas três regiões foi congruente com a forte estruturação genética apontada pelos índices de FST e pela rede de haplótipos das seqüências mitocondriais. Baseado nos dados mitocondriais o tempo de divergência entre os grupos genéticos de A. hyacinthinus foi estimado em 16 a 42 mil anos atrás, o que corresponde ao final do Pleistoceno. Ainda, os resultados apontaram para uma população demograficamente estável ao longo do tempo, o que pode indicar que a baixa variabilidade pode ser uma característica da espécie. Entretanto, a rede de haplótipos apresenta forma em estrela com alguns haplótipos de baixa freqüência, o que pode indicar expansão recente, principalmente para região nordeste. Baseado nos dados de estruturação genética populacional, foi possivel indicar a possível origem de indivíduos apreendidos e sem procedência conhecida, o que é importante para realizar ações preventivas de repressão e fiscalização. Adicionalmente, foram analisados sete locos de microssatélites de filhotes amostrados no mesmo ninho (mesma estação reprodutiva, estações reprodutivas consecutivas e estações alternadas) em duas regiões do Pantanal. Os resultados sugerem que a espécie é predominantemente monogâmica estrita, mas há pelo menos 12,5% de paternidade extra-par e 6,5% de parasitismo de ninho. Além disso, foram confirmados dados obtidos em campo de que muitos casais utilizam o mesmo ninho em anos consecutivos e alternados. Finalmente, padronizamos a sexagem molecular de amostras de penas de muda. Concluindo, os resultados genéticos obtidos nesse trabalho trazem informações sobre os processos envolvidos na história evolutiva dessa espécie, além de contribuir com informações sobre o comportamento reprodutivo das araras-azuis proporcionando mais subsídios para elaboração de programas de conservação. / Brazil has the highest number of parrot species in the world (about 74), 17 of them endangered. Among them is the hyacinth macaw (Anodorhynchus hyacinthinus), which is considered vulnerable and could become endangered in the near future, due to the intense illegal traffic and loss of habitat. In this study we estimated levels of variability and characterized the genetic structure of natural populations of hyacinth macaws. We analyzed 10 microsatellite loci from 98 individuals and concatenated sequences of mitochondrial genes (ND5, cytochrome b and ND2, 2,123 bp total) from 80 individuals. The genetic diversity index was low compared to those from other species of parrots. In addition, RST indeces and Bayesian analysis of microsatellite data showed moderate genetic structure among individuals of four regions in Brazil (north Pantanal, south Pantanal, north and northeast), but FST indeces indicate differentiation only between three regions (north and northeast without differentiation). This is in accordance with the strong genetic structure indicated by FST indeces and haplotype network based on mitochondrial sequences. Based on the mitochondrial data, the time of divergence of the genetic groups of hyacinth macaws was estimated to have occurred 16 to 42 thousand years ago, which corresponds to the late Pleistocene. Still, the results suggest that the population has been demographically stable over time, which may indicate that the low variability levels may be a characteristic of the species. However, the haplotype network presents a star shape, which indicate recent expansion, specially in the northeast. Additionally, given the population genetic structure data, it was possible to identify the most probable region of origin of apprehended individuals, this information is important to plan preventive and repressive control. Additionally, we analyzed seven microsatellite loci of chicks sampled in the same nest (same breeding season, alternate breeding seasons and consecutive seasons) in two regions of the Pantanal. The results suggest that the species is predominantly monogamous, but there is at least 12.5% of extra-pair paternity and 6.5% of brood parasitism. Furthermore, the genetic data is congruent with field observations that suggest that many couples return to the same nest in consecutive and alternative breeding seasons. Finally, we standardized for a molecular sexing protocol for molten feathers. In conclusion, the genetic results obtained in this study provide information about the processes involved in the evolutionary history and the reproductive behavior of hyacinth macaws that may help plan conservation actions.

As tartarugas marinhas são répteis de vida longa que realizam extensas migrações entre áreas de alimentação e desova, resultando em estágios sucessivos de mistura e isolamento de estoques genéticos, espacial e temporalmente. A tartaruga-verde (Chelonia mydas) está ameaçada de extinção, e é fundamental entender sua dinâmica populacional e distribuição para o manejo e conservação da espécie. O objetivo deste estudo foi analisar a diversidade genética, estrutura populacional, origens dos indivíduos e história demográfica de C. mydas em três locais do Oceano Atlântico (estado do Rio de Janeiro, Brasil - área de alimentação; Guadalupe e Guiana Francesa - áreas de desova), com base em sequências da região controle do DNA mitocondrial (mtDNA) e 10 loci de microssatélites. As análises de mtDNA demonstraram que a área amostrada no Brasil tem perfil genético semelhante às outras áreas de alimentação da costa brasileira. De maneira semelhante, o perfil genético das duas áreas de desova é bastante similar ao de outros sítios reprodutivos na região do Caribe. As análises de estoque misto revelaram que os indivíduos juvenis no Brasil são provenientes principalmente da Ilha Ascensão, Guiana Francesa e Guiné Bissau. Os microssatélites detectaram estrutura genética entre as três populações, apesar de haver um fluxo de migrantes entre elas, especialmente de indivíduos da Guiana Francesa em direção ao Brasil e Guadalupe. Guiana Francesa, Guadalupe e Brasil apresentaram declínio populacional severo, detectado pelos microssatélites. Apesar da distribuição global, as populações de tartarugas-verdes estão sujeitas a diferentes pressões nos habitats que ocupam, e é importante entender quais populações estão ameaçadas. Este estudo enfatiza a importância da conectividade entre áreas de alimentação e desova que podem estar amplamente distribuídas de acordo com oportunidades ou restrições ecológicas, adicionando informações a respeito da dispersão e a dinâmica de tartarugas-verdes que frequentam o Oceano Atlântico / Sea turtles are reptiles with a long lifespan that undertake wide-ranging migrations through feeding and nesting sites, resulting in successive stages of mixing and isolating genetic stocks, both spatially and temporally. The green sea turtle (Chelonia mydas) is threatened with extinction, and it is essential to understand its population dynamics and distribution in order to manage and preserve the species. The aim of this study was to analyze the genetic diversity, population structure, natal origins and demographic history of C. mydas in three sites in the Atlantic Ocean (Rio de Janeiro state, Brazil - feeding ground; Guadeloupe and French Guiana - nesting sites), based on sequences of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region and 10 microsatellites loci. The mtDNA analyses demonstrated that Brazilian samples have the same genetic profile of others collected in feeding grounds in the Brazilian coast. Similarly, the genetic profile of the nesting sites has resemblances to others in the Caribbean region. The mixed stock analyses revealed that most of the juveniles in Rio de Janeiro state come from Ascension Island, French Guiana and Guinea Bissau. Microsatellites detected genetic structure among the three populations, even with migration flows, especially in individuals from French Guiana to Brazil and Guadeloupe. French Guiana, Guadeloupe and Brazil presented a severe population decline, detected by the microsatellites analyses. Despite the worldwide distribution, green sea turtle populations undergo different pressures at the habitats they occupy, and it is important to understand which populations are threatened. This study emphasizes the importance of connecting nesting and feeding areas that can be widely distributed according to ecological opportunities or constraints, adding information on dispersion and population dynamics of green sea turtles on Atlantic Ocean