Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2008. / Submitted by Thaíza da Silva Santos (thaiza28@hotmail.com) on 2010-02-27T13:37:00Z No. of bitstreams: 1 2008_LeticiaAraujoMenezesSantAna.pdf: 953556 bytes, checksum: c3e7506e3274ec41213555aecdcc8af3 (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-03-02T02:17:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_LeticiaAraujoMenezesSantAna.pdf: 953556 bytes, checksum: c3e7506e3274ec41213555aecdcc8af3 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-03-02T02:17:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_LeticiaAraujoMenezesSantAna.pdf: 953556 bytes, checksum: c3e7506e3274ec41213555aecdcc8af3 (MD5) Previous issue date: 2008-10-30 / O fungo Paracoccidioides brasiliensis é o agente etiológico da paracoccidioidomicose, a micose sistêmica com maior prevalência na América Latina. A patogenia deste fungo parece estar diretamente ligada ao processo dimórfico. A expressão diferencial de genes é essencial em diversos processos biológicos como resposta ao estresse, diferenciação celular, interação hospedeiro-patógeno, entre outros. P. brasiliensis, é capaz de sobreviver e se replicar no interior dos macrófagos do hospedeiro. Nesse sentido, genes ortólogos a potenciais fatores de virulência de outros microrganismos patogênicos são encontrados em P. brasiliensis. Nesse contexto, esse trabalho analisa a regulação do gene quitina sintase 4 (CHS4), responsável pela polimerização da quitina, um polímero que atua na biosíntese da parede celular. Visando a análise da função promotora do gene CHS4, um fragmento de DNA contendo a região promotora deste gene foi clonado e transformado em A. nidulans utilizando o gene repórter lacZ. Os transformantes foram cultivados em meios contendo diferentes fontes de carbono. Os resultados sugerem que o precursor de quitina, Nacetilglicosamina, ativa o promotor de CHS4. Também foi realizada uma busca por regiões consenso a sítios de ligação para fatores de transcrição. Foram encontrados vários sítios para fatores de transcrição diversos e selecionado uma região que continha um elemento consenso ao sítio de ligação a PacC e dois sítios consenso para STRE. Para essa região foi sintetizado um oligonucleotídeo utilizado como sonda para o experimento de retardo de mobilidade eletroforética (EMSA). Os resultados do EMSA sugerem uma interação DNA-proteína específica em ambas as fases e outra interação micélio específica. Esses resultados nos mostram que a região utilizada como sonda pode estar atuando na regulação transcricional do gene CHS4, mas ainda são dados insuficientes para determinar qual proteína está interagindo com a região promotora deste gene. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The fungus Paracoccidioides brasiliensis is the etiological agent of the paracoccidioidomycosis, the major systematic mycosis prevalent in Latin America. This fungus is able to survive and replicate in the interior of the host macrophages, and its pathogenesis seems to be directly correlated with its dimorphism for which differential gene expression is essential. The differential gene expression is also crucial in different biological processes such as stress-response, cellular differentiation, host-pathogen interactions, and others. Furthermore, orthologs genes to potential virulence factors in other pathological microorganisms are found in P. brasiliensis. In this context, this work analyses the regulation of chitin synthase 4 (CHS4), responsible for the polymerization of chitin - a polymer which acts in the biosynthesis of the cellular wall. In the attempt to analyse the promoter function of the CHS4 gene, a DNA fragment containing the promoter region of this gene was cloned and transformed in Aspergillus nidulans, using lacZ as the gene reporter. The transformants were cultivated in broth containing different sources of carbon. The results from these experiments suggest that the chitin precursor, N-acetylglucosamine, activates the promoter of CHS4 gene. A search for consensus regions to transcriptional factors’ binding sites was also performed and assorted sites for diverse transcriptional factors were found. A region which contained a consensus element to the binding site of PacC and two consensus sites for STRE was selected for further investigation. An oligonucleotide, for this region, was synthesized to be used as a probe for the electro mobility shift assay (EMSA). The results suggest two specific protein- DNA interactions, one in both phases and another peculiar to the mycelium phase. This would suggest the region used as a probe may act in the transcriptional regulation of the CHS4 gene; nevertheless the results so far are insufficient to determine which protein is interacting with the promoter region.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, 2007. / Submitted by mariana castro (nanacastro0107@hotmail.com) on 2010-03-18T18:02:38Z No. of bitstreams: 1 Tese_Ranieri Oliveira 07_02.pdf: 659949 bytes, checksum: c10c20fe8f18ef4bffb2b430517554d7 (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-05-20T19:55:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_Ranieri Oliveira 07_02.pdf: 659949 bytes, checksum: c10c20fe8f18ef4bffb2b430517554d7 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-20T19:55:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Ranieri Oliveira 07_02.pdf: 659949 bytes, checksum: c10c20fe8f18ef4bffb2b430517554d7 (MD5) Previous issue date: 2007 / Introdução: A importância das proteínas citoplasmática na captação, estoque e translocação nuclear dos hormônios tireoideanos ainda é pouco conhecida. Além do mais, a relação da proteína citosólica ligante de T3 de 38kDa (p38CTBP ou simplesmente CTBP) com transporte nuclear de T3 e transcrição gênica T3 mediada é ainda controversa. O objetivo deste estudo foi investigar a função da CTBP na ativação do receptor de hormônio tireoideano (TR) mediada por T3. Métodos: Curvas dose resposta de T3 foram realizadas em células CHO co-transfectadas com os plasmídeos expressando TRβ1, CTBP ou o gene da enzima luciferase controlado pelo promotor do TRH e elementos responsivos ao hormônio tireoideano (DR4, F2, PAL). Ensaios de transporte celular total e nuclear foram realizados em células CHO transfectadas ou não com CTBP. Uma vez que a CTBP pode estar localizada no núcleo, nós também medimos as interações da CTBP com TR e proteínas co-reguladoras tais como SMRT, SRC1. Resultados: A hiper-expressão de CTBP aumentou a captação de [125I]T3, 61,6±9,4 cpm/μg de proteína em células controle para 151,6±23,7 cpm/μg de proteína (p<0,05). Em ensaios de gene repórter, a co-tranfecção de CTBP aumentou a ativação máxima do TR no TRE- PAL em 42%. Além disso, a alta expressão de CTBP em células CHO aumentou o EC50 do T3 no TRE-DR4 em 5,5 vezes. Por outro lado, no TRE-F2 e promotor do TRH, um gene regulado negativamente pelo T3, a co-transfecção da CTBP não alterou a ativação ou repressão mediada por T3, respectivamente. De modo interessante, os ensaios de GST pull-down mostraram que a CTBP interagiu diretamente in vitro com GST-TRβ1 e GST-SMRT, mas não com GST-SRC1 Conclusão: Foi demonstrado neste trabalho que a CTBP aumentou as concentrações intracelulares de T3 e modulou a transcrição gênica mediada por T3 de um modo TRE-específico. Interessantemente, a CTBP interagiu diretamente com TRβ1 e com o co-repressor SMRT, mas não com SCR1. Numa análise geral, estes resultados sugerem que a CTBP pode afetar a ação do T3 não somente alterando níveis intracelulares de T3, mas também interagindo com proteínas nucleares envolvidas na resposta ao T3. _________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Background: The importance of the cytoplasmatic proteins in the uptake, storage and nuclear translocation of thyroid hormone is poorly understood. Moreover, the relation of cytosolic thyroid binding protein 38kDa (p38CTBP or simply CTBP) with nuclear transport of T3 and T3-mediated gene transcription is still controversial. The aim of this work was to investigate the role of CTBP in the T3-mediated thyroid receptor (TR) activation. Methods: T3 dose response curves were performed in CHO cells cotransfected with plasmids expressing TRβ1, CTBP, and thyroid responsive elements driving the luciferase gene (TREs – DR4, F2, PAL and TRH promoter). Whole cell and nuclear [125I]T3 transport assays were performed in CHO cells transfected or not with CTBP. Since CTBP could be localizated in the nucleus, we also measured the interactions of CTBP with TR and coregulator proteins such as SMRT, SRC1 through GST-pull down assays. Results: Overexpression of CTBP increased [125I]T3 uptake from 61.6±9.4 cpm/μg protein in control cells to 151.6±23.7 cpm/μg protein (p<0.05). In reporter gene assays, CTBP cotransfection increased TR maximum activation on TRE-PAL by 42%. Additionally CTBP overexpression in CHO cells increased T3 EC50 on TRE-DR4 by 5.5 fold. On the other hand, on the TRE-F2 and TRH promoter, a T3 negatively regulated gene, the co-transfection of CTPB did not change T3 activation and repression, respectively. Interesting, GST pull-down assays showed that CTBP directly interacted in vitro with GST-TRβ1 and GST-SMRT, but not GST-SRC1. Conclusion: We demonstrated that CTBP increases intracellular T3 concentration and modulates T3-mediated gene transcription and this effect is TRE specific. Furthermore, CTBP directly interacted with TRβ1 and the corepressor SMRT, but not with coactivator GRIP1. Taken together, these results suggest that CTBP may affect T3 action not only by changing T3 intracellular levels, but also interacting with proteins involved in T3 response.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2011. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2012-03-06T14:52:59Z No. of bitstreams: 1 2011_MiguelCampeloMeloFerraz.pdf: 2183258 bytes, checksum: 1c17fabbfdac60368588a51256fe7807 (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2012-03-07T12:35:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_MiguelCampeloMeloFerraz.pdf: 2183258 bytes, checksum: 1c17fabbfdac60368588a51256fe7807 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-03-07T12:35:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_MiguelCampeloMeloFerraz.pdf: 2183258 bytes, checksum: 1c17fabbfdac60368588a51256fe7807 (MD5) / Fonsecaea pedrosoi é um fungo dimórfico, caracterizado pelas formas aprofítica/reprodutiva (micélio/conídio) e infecciosa (corpos escleróticos), pertencente à família Dematiceae. Habita o solo, plantas e matéria orgânica em decomposição. Encontra-se em todos os continentes, mais comumente em regiões tropicais e subtropicais da América, Ásia e África. F. pedrosoi é o principal agente etiológico da cromoblastomicose, uma doença infecciosa crônica da pele e do tecido subcutâneo. No Brasil, essa doença é endêmica na região Amazônica. A infecção ocorre por implantação traumática transcutânea de conídios e fragmentos de hifa do fungo, acometendo principalmente trabalhadores rurais. Poucos são os dados a respeito da biologia molecular de F. pedrosoi disponíveis na literatura científica. Informações a respeito da expressão gênica são essenciais à compreensão do mecanismo de interação patógeno-hospedeiro e para o desenho de novas estratégias terapêuticas e de drogas específicas. Nesse sentido, o objetivo do presente trabalho foi a construção de uma biblioteca de cDNA de F. pedrosoi, seguido do sequenciamento de clones de cDNA dessa biblioteca e da respectiva geração de um banco de sequências expressas (ESTs, Expressed Sequence Tags). Dentre 480 ESTs analisadas, empregando ferramentas convencionais de bioinformática (pipeline disponível on-line: http://helix.biomol.unb.br/phph/index.html), 353 sequências de nucleotídeos distintas foram selecionadas segundo os parâmetros específicos estabelecidos (QV > 20 e extensão > 100 bases). Destas, 139 sequências apresentaram similaridade com sequências depositadas em banco de dados, dentre as quais destacam-se genes de transportadores de íons, transportadores de drogas, enzimas envolvidas na respiração celular, proteínas de parede celular e proteínas de choque térmico. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Fonsecaea pedrosoi is a dimorphic fungus, characterized by saprophytic/reproductive (mycelium/conidia) and infectious forms (sclerotic bodies) belonging to the family Dematiceae. Inhabits soil, plants and decaying organic matter. It is found in all continents, most commonly in tropical and subtropical America, Asia and Africa. F. pedrosoi is the major etiologic agent of chromoblastomycosis, a chronic infectious disease of the skin and subcutaneous tissue. In Brazil, this disease is endemic in the Amazon region. Infection occurs by traumatic transcutaneous implantation of conidia and hyphae fragments of the fungus, affecting mainly rural workers. There are few data regarding the molecular biology of F. pedrosoi available in scientific literature. Information on the gene expression is essential to understanding the mechanism of host-pathogen interaction and for designing new therapeutic strategies and specific drugs. Thus, the purpose of this study was to construct a cDNA library of F. pedrosoi, followed by sequencing of cDNA clones in this library and the generation of a database of expressed sequence tags (ESTs). Of 480 ESTs analyzed, using conventional tools of bioinformatics (pipeline available online: http://helix.biomol.unb.br/phph/index.html), 353 distinct nucleotide sequences were selected according to specific parameters established (QV > 20 and length > 100 bases). Of these, 139 sequences showed similarity to sequences stored in databases, among which stand out genes of ion transporters, drug transporters, enzymes involved in cellular respiration, cell wall proteins and heat shock proteins.

Dissertação (mestrado)— Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2013. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2013-10-29T14:43:25Z No. of bitstreams: 1 2013_RicardoAmoreiraGepp.pdf: 1242435 bytes, checksum: a146601c5b5f73f3b58e6363d9d021af (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-10-30T12:36:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_RicardoAmoreiraGepp.pdf: 1242435 bytes, checksum: a146601c5b5f73f3b58e6363d9d021af (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-30T12:36:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_RicardoAmoreiraGepp.pdf: 1242435 bytes, checksum: a146601c5b5f73f3b58e6363d9d021af (MD5) / Introdução: A RM é o padrão atual de imagem para o diagnóstico de tumores encefálicos, com imagens anatômicas e funcionais. Achados anatômicos por meio da ressonância magnética são insuficientes na avaliação prognóstica dos tumores, sendo necessária a utilização de outros métodos. A análise da metilação do gene promotor do MGMT é outro fator importante no prognóstico de gliomas anaplásicos. Este estudo teve o objetivo de estudar o prognóstico e as relações entre aspectos de perfusão na ressonância magnética e a análise da metilação do gene promtor de MGMT. Métodos: Foram analisados 39 pacientes com gliomas malignos encefálicos. Os pacientes foram submetidos a ressonância magnética com estudo da perfusão e após a cirurgia foi realizada a análise da presença do gene promotor de MGMT. Foi feito a análise estatística e o estudo das curvas de sobrevivências do grupo metilado e não metilado e da perfusão. Resultados:O estudo demonstrou que a sobrevida média dos pacientes negativos para metilação no gene promotor de MGMT foi de 17,9 meses, enquanto que no grupo positivo para metilação a sobrevida foi de 29,2 meses (p<0,05). A curva de Kaplan-Meier demonstrou uma sobrevida maior no grupo com metilação do gene promotor de MGMT (p<0,01 log-rank teste). A curva de sobrevivência da análise da metilação do gene promotor do MGMT com relação a perfusão demonstrou que nos pacientes com presença do gene a variação da perfusão entre alta e baixa não foi significante (p=0,944). Na avaliação dos casos sem a presença do gene, os pacientes com perfusão alta tiveram pior sobrevida (p=0,038). Conclusão: A presença de metilação do gene promotor de MGMT associado a uma perfusão baixa na ressonância magnética são fatores para melhor prognóstico nos gliomas malignos encefálicos. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / BACKGROUND: Magnetic resonance imaging is the current standard in the diagnostic imaging of brain tumors, yielding both anatomical and functional images. Anatomical findings on MRI are insufficient for the prognostic assessment of tumors; thus, other methods are needed. MGMT promoter methylation assessment is another important factor in the prognosis of malignant gliomas. The aim of the present study was to examine prognosis and the relationships between perfusion features on MRI and the presence of MGMT promoter methylation. METHOD: A total of 39 patients with malignant brain gliomas were evaluated. The patients underwent brain MRI and perfusion, and the presence of MGMT promoter methylation was assessed postoperatively. Statistical analysis and a study of the survival curves of the methylated and unmethylated groups were performed, and perfusion was assessed for each group. RESULTS: The mean survival of patients who were negative for MGMT promoter methylation was 17.9 months, while in the methylation-positive group survival was 29.2 months (p<0.05). The Kaplan-Meier curve showed longer survival for the groupwith MGMT promoter methylation (p<0.01 by the log-rank test). The survival curve of MGMT promoter methylation in relation to perfusion showed that variations between high and low perfusion values were not significant (p=0.944) for themethylation-positive patients. In the evaluation of the methylation-negative patients, those who showed high perfusion values had poorer survival (p=0.038). CONCLUSION: Presence of MGMT promoter methylation in conjunction with low perfusion on MRI are factors of better prognosis in malignant brain gliomas.

abstract: The hypothalamus pituitary adrenal (HPA) axis and the human genome are important components of the biological etiology of externalizing disorders. By studying the associations between specific genetic variants, diurnal cortisol, and externalizing symptoms we can begin to unpack this complex etiology. It was hypothesized that genetic variants from the corticotropine releasing hormone receptor 1 (CRHR1), FK506 binding protein 51 (FKBP5), catechol-O-methyl transferase (COMT), and dopamine transporter (DAT1) genes and diurnal cortisol intercepts and slopes would separately predict externalizing symptoms. It was also hypothesized that genetic variants would moderate the association between cortisol and externalizing. Participants were 800 twins (51% boys), 88.5% Caucasian, M=7.93 years (SD=0.87) participating in the Wisconsin Twin Project. Hierarchical Linear Modeling (HLM) was used to separate the variance associated with state and trait cortisol measured across three consecutive days and trait cortisol measures were used. There were no main effects of genes on externalizing symptoms. The evening cortisol intercept, the morning cortisol slope and the evening cortisol slope predicted externalizing, but only in boys, such that boys with higher cortisol and flatter slopes across the day also had more externalizing symptoms. The morning cortisol intercept and CRHR1 rs242924 interacted to predict externalizing in both boys and girls, with GG carriers significantly higher compared to TT carriers at one standard deviation below the mean of morning cortisol. For boys only there was a significant interaction between the DAT1 variable number tandem repeat (VNTR) and the afternoon slope and a significant slope for 9/9 carriers and 9/10 carriers such that when the slope was more steep, boys carrying a nine had fewer externalizing symptoms but when the slope was less steep, they had more. Results confirm a link between diurnal trait cortisol and externalizing in boys, as well as moderation of that association by genetic polymorphisms. This is the first study to empirically examine this association and should encourage further research on the biological etiology of externalizing disorder symptoms. / Dissertation/Thesis / M.A. Psychology 2012

A bactéria Mycoplasma hyopneumoniae é o agente etiológico da pneumonia micoplásmica suína (PMS) e tem sido descrita em diversos países como um dos patógenos mais comumente envolvidos em problemas respiratórios dos suínos, causando importantes perdas econômicas. Os métodos de uso corrente para a identificação de M. hyopneumoniae, sejam eles baseados em técnicas imunológicas, no cultivo e isolamento do agente etiológico ou em métodos moleculares, apresentam diversas limitações. Além disso, as vacinas para PMS oferecem apenas proteção parcial. A identificação e a caracterização imunológica e funcional de proteínas da bactéria, especialmente aquelas preferencial ou exclusivamente expressas em cepas patogênicas, pode trazer avanços importantes no conhecimento da biologia da bactéria e da interação entre patógeno e hospedeiro. Podem também, trazer melhorias para o imunodiagnóstico da PMS, em termos de aumento da especificidade e da sensibilidade dos testes utilizados, e melhorias no aspecto imunoprotetor das vacinas atualmente disponíveis. Com a disponibilização das seqüências do genoma das cepas 232, J e 7448 de M. hyopneumoniae foi possível à realização de uma análise comparativa das seqüências entre a linhagem não-patogênica (J) e os isolados patogênicos (232 e 7448), visando à identificação de genes que codificam proteínas determinantes de patogenicidade e/ou com potencial para utilização em imunodiagnóstico e/ou vacinação. Foram identificadas 118 seqüências codificadores de proteínas (CDSs), entre elas, estão, por exemplo, componentes de membrana com variações evidentes entre as linhagens e prováveis fatores de virulência. Nesta análise, foi também feita a identificação preliminar de 22 repetições nucleotídicas variáveis em tandem (VNTRs) em 12 CDSs correspondentes a lipoproteínas, antígenos, adesinas e outros fatores de virulência das cepas J, 7448 e 232. A análise destas VNTRs no genoma de M. hyopneumoniae foi estendida de modo a incluir duas outras cepas de M. hyopneumoniae (7422 e PMS). O grau de variabilidade entre cepas, o possível significado biológico destas variações e seu potencial para ser utilizado como base em um ensaio de PCR foram investigados. As VNTRs identificadas codificam para proteínas com variações no número de repetições de aminoácidos (VNTARs) que podem determinar variações estruturais, físico-químicas e antigênicas nas proteínas correspondentes, previstas in silico. Um PCR baseado nestas VNTRs foi proposto para identificação de cepas de M. hyopneumoniae a campo. Além disso, como parte de uma estratégia para a produção de reagentes imunodiagnósticos da PMS, clones das CDS p36 e NrdF de M. hyopneumoniae foram expressos e suas proteínas recombinantes purificadas. Dentre os dois soros policlonais monoespecíficos produzidos em coelhos, o soro anti-p36 apresentou uma menor reação inespecífica em ensaios de imuno-histoquímica do que o soro controle utilizado. As proteínas recombinantes purificadas, os anti-soros produzidos, juntamente com novos antígenos, dentre os possíveis identificados neste trabalho, além do VNTR-PCR proposto, poderão ser de valia para o monitoramento sanitário de rebanhos suínos quanto à presença assintomática de M. hyopneumoniae e a identificação mais precisa deste patógeno. / Mycoplasma hyopneumoniae is the etiologic agent of mycoplasmal pneumonia of swines (MPS) and it is one of the most commonly found pathogens in respiratory tract of swines worldwide, causing important economic losses. The diagnostic methods currently available for M. hyopneumoniae identification are based on immunological techniques, culture and isolation of the etiologic agent or molecular methods, all of them presenting peculiar limitations. Regarding control methods, the vaccines currently available for MPS offer only partial protection. The identification and the immunological and functional characterization of mycoplasmal proteins, especially those preferentially expressed in pathogenic strains, can help in the understanding of this bacterium’s biology as well as its host-pathogen interaction. Another important outcome of such studies would be increasing the specificity and sensitivity of the immunodiagnostic tests for MPS and improvements in the immune protection of currently available vaccines. The availability of the complete genome sequences of M. hyopneumoniae strains 232, J and 7448 became feasible a comparative analysis between the non-pathogenic strain (J) and the pathogenic ones (232 and 7448), focusing at the identification of gene products related to pathogenicity and/or presenting a potential for use in immunodiagnostic and/or vaccination. In this work we report the identification of 118 CDSs encoding putative virulence factors, which were based on specific criteria including predicted cell surface location, variations between strains, previous functional studies showing antigenicity or possible involvement in host-pathogen interaction. Using this analysis it was possible to identify 22 variable number of tandem nucleotides repeats (VNTRs) in 12 CDSs corresponding to lipoproteins, antigens, adhesins and other virulence factors of strains J, 7448 and 232. The analysis of these VNTRs from M. hyopneumoniae genome was further extended, including two others M. hyopneumoniae strains (7422 and PMS). The degree of variability between strains, the possible biological meaning of these variations and their potential to be used as VNTR-based PCR had been investigated. The identified VNTRs codes for proteins with variations in the number of amino acid repeats (VNTARs) that determine structural, physicochemical and antigenic variations in the corresponding proteins, as predicted in silico. As part of a strategy for the production of immunodiagnostic reagents for MPS, recombinant clones of p36 and NrdF CDSs were expressed, the correspondent proteins purified and polyclonal sera were produced in rabbits. The anti-p36 protein sera presented a low background in an immunohistochemistry assay when compared to the control sera. In conclusion, taken together the recombinant proteins and anti-sera that were produced, the new putative antigens that were identified and the development of a VNTR-PCR, could be of value for the sanitary monitoring of swine herds, specialy for the identification of asymptomatic carriers of M. hyopneumoniae and in the establishment of more efficient, specific and sensitive MPS diagnostic methods.

Um dos principais avanços da era pós-genômica consiste na possibilidade da análise da expressão global de genes pela tecnologia de microarranjos de DNA, a qual permite a investigação simultânea do perfil de transcrição de milhares de genes. Com os microarranjos, tornou-se possível comparar os padrões de expressão entre indivíduos de diferentes espécies, de diferentes órgãos/tecidos dentro de uma mesma espécie ou diferentes tecidos submetidos a várias situações e tratamentos e, ainda, analisar os genes de proteínas potencialmente reguladoras da transcrição, os fatores de transcrição. Uma etapa fundamental após a análise dos resultados dos microarranjos consiste na validação experimental dos dados de expressão gênica. Esta validação é realizada pela utilização da técnica de qRT-PCR (“Real Time Quantitative RT-PCR”) um método que, atualmente, apresenta maior sensibilidade e especificidade na análise de transcritos. A qRT-PCR necessita, entretanto, de normalização para uma leitura adequada dos dados. Essa normalização tornou-se bastante específica já que depende da disponibilidade de genes que apresentem transcritos com expressão uniforme em todas as células do organismo ou entre as espécies que estão sendo analisadas, bem como durante várias fases do desenvolvimento e sob diferentes condições ambientais. São os chamados genes-referência ou housekeeping. Entretanto, alguns trabalhos vêm constatando que os genes-referência utilizados na era prégenômica não apresentam expressão estável entre tecidos e genótipos e, por este motivo, não são adequados como controles em qRT-PCR. O objetivo desse trabalho foi investigar a estabilidade de expressão de genes constitutivos freqüentemente utilizados como controles internos em estudos de expressão gênica e selecionar novos genes-referência para Eucalyptus por meio de experimentos de qRT-PCR para a sua utilização na validação de experimentos de microarranjos do Projeto Genolyptus. Como resultados das análises de qRT-PCR, foi possível observar que para xilemas de E. globulus e xilemas e folhas maduras de E. grandis, os genes EuC12, At2g28390, EuC10, Histona H2B, Gliceraldeído- 3-fosfato-desidrogenase (GAPDH), EuC06 e EuC09 foram os que demonstraram, respectivamente, menor variação em suas expressões, caracterizando-se como constitutivos para estes tecidos. De acordo com os resultados encontrados nas análises com cDNAs derivados de folhas e xilemas de E. grandis, somente EuC12 e At2g28390 demonstraram invariabilidade de expressões entre os tecidos. Dois tradicionais genes constitutivos, Histona H2B e GAPDH, apresentaram uma variação considerável nas suas expressões entre os tecidos. Os genes selecionados, servirão como controles internos em todas as qRTPCRs subseqüentes nas avaliações de dados gerados pelos microarranjos de DNA para todos os demais genes sob análise no Projeto Genolyptus, e demais linhas de investigação de Eucalyptus. Paralelamente realizou-se, ainda, a seleção e análise de treze genes com expressão diferencial significativa entre tecidos vasculares das espécies de E. grandis e E. globulus. Estes foram selecionados com base nos resultados de microarranjos do Genolyptus e terão seus padrões de expressão analisados por qRT-PCR. / One of the most important advances of post-genomic era is the possibility of global gene expression analysis by DNA microarray technology, which allow verifying transcription profile for thousand genes simultaneously. Microarray allows comparing expression patterns among individuals from distinct species, from distinct organs/tissues within of the same specie or distinct tissues submitted across a wide range of developmental and environmental conditions, beyond genes of proteins mighty involved in transcriptional regulation, the transcription factors. A basic stage of microarray analysis is the experimental validation from gene expression data. This validation is carried out by the use of qRT-PCR (“Real Time Quantitative RT-PCR”) technique witch is the method that currently presents greater sensitivity and specificity in transcript analysis. However, qRTPCR needs normalization for an accurate data interpretation. This data normalization is specific since it depends on the availability of a gene which displays highly uniform expression in all organism cells, between species under analysis, during various phases of development and under different environmental conditions. They are known as reference or housekeeping genes. However, some studies come evidencing that reference genes normally used in pre-genomic era doesn’t show steady expression between tissues and genotypes and, for this reason, are not suitable as controls in qRT-PCR. The objective of this work was to investigate the expression stability of housekeeping genes often used as internal controls in genetic expression studies and select novel genes for Eucalyptus by qRT-PCR for its use in the validation of Genolyptus Project microarray experiments. As results it was possible to identified histone, EuC06, EuC09, EuC10, EuC12, At2g28390 and GAPDH as the most stably expressed genes between E. globulus xylems and E. grandis xylems and mature leafs, as well pointing them out as control genes for these tissues. In accordance with the results found in the analysis with cDNAs derived from E. grandis leaves and xylems, only EuC12 and At2g28390 had demonstrated expression invariability between tissues. We found out that two traditional housekeeping genes, Histone and GAPDH, shown a considerable expression variation between those tissues. According to our analysis the selected genes will serve as internal controls in all subsequent qRT-PCRs, in microarray data evaluation to other genes under investigation in Genolyptus Project as well as another research lines in Eucalyptus. At the same time, we selected and analyzed thirteen genes with significant differential expression between E. grandis and E. globulus vascular tissues. These had been selected on the basis of the results of Genolyptus microarrays. Their expression patterns will be analyzed by qRTPCR.

Submitted by Isaac Francisco de Souza Dias (isaac.souzadias@ufpe.br) on 2016-07-19T17:59:27Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese Helder Completo 2016 (2).pdf: 6015507 bytes, checksum: b7445aab5f66311e88c1785a5425bc2e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-19T17:59:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese Helder Completo 2016 (2).pdf: 6015507 bytes, checksum: b7445aab5f66311e88c1785a5425bc2e (MD5) Previous issue date: 2013-07-05 / FACEPE / Numa ectomicorriza, a fase pré-simbiótica é um período crucial na determinação da compatibilidade entre o fungo e o seu hospedeiro vegetal para o sucesso e estabelecimento da simbiose. Embora a associação tenha sido amplamente documentada do ponto de vista funcional/ecológico, informações acerca dos genes/proteínas envolvidos no início da interação ainda são escassas. O gene PtSRP é sobrexpresso entre 6-12h do pré-contato entre Pisolithus tinctorius-Castanea sativa e estudos in silico demonstraram que sua proteína apresenta região inicial hidrofóbica transmembranar em alfa-hélice seguida de seis fitas-beta intercaladas por loops. Por essas características foi especulado que esse peptídeo (127 a.a e 13,969 kDa) poderia estar relacionado à sinalização/controle das fases iniciais de formação/desenvolvimento da simbiose. Este trabalho objetivou a clonagem da ORF, expressão e purificação da PtSRP e a produção de anticorpos policlonais anti-PtSRP para serem usados na imunolocalização da proteína em P. tinctorius. A ORF mais provável do PtSRP foi amplificada por PCR com o uso de iniciadores adicionados de sítios de restrição para EcoR1 e Xho1. Os fragmentos foram clonados em vetor comercial pJET1.2 e a ORF subclonada em vetor de expressão pET21D(+), previamente tratado com as respectivas enzimas. Essa nova construção do vetor foi utilizada para transformar bactérias de expressão BL-21 Star. A PtSRP foi então expressa em larga escala sob ação do indutor IPTG a 0,1 mM e purificada com e sem o uso de ureia. As proteínas purificadas foram utilizadas na produção de anticorpos anti-PtSRP, em coelhos Oryctolagus curiculus, imunizados com quatro pulsos de 150μg da PtSRP. Após a sangria total, o soro foi coletado, os anticorpos purificados e testados quanto à sensibilidade e especificidade no reconhecimento da PtSRP por western blot. A partir do microcultivo em lâmina de P. tinctorius, o micélio foi submetido aos testes de imunolocalização com uso de anticorpos primários conformacionais anti-PtSRP obtidos nos ensaios anteriores e os anticorpos secundários Alexa Fluor 488 nm Goat anti-rabbit IgG. Para o controle negativo o micélio foi incubado na ausência do anticorpo primário anti-PtRSP. Na imunofluorescência convencional, o micélio foi observado em microscópio Leica DMI 4000B/objetiva 63x e os campos analisados foram escolhidos de acordo com a dispersão/morfologia das hifas, sendo as imagens capturadas e digitalizadas pelo acoplamento de um computador à câmera digital do microscópio. Na microscopia confocal as imagens foram adquiridas com objetiva de 63x/laser 488nm/ óleo de imersão, sendo capturadas e digitalizadas através do acoplamento de computador à câmera digital do microscópio Leica TCS SP2. Os resultados de expressão em sistema procarioto demonstraram que o peptídeo possui massa de 16 kDa o que confirmou as análises de predição anteriores. Na microscopia de fluorescência convencional houve forte marcação da PtSRP ao longo de toda a hifa, especialmente na região correspondente à membrana. A microscopia confocal identificou a marcação da PtSRP principalmente na periferia da hifa, mais especificamente na região correspondente à parede celular/membrana, inclusive no grampo de conexão (estrutura típica dos Basidiomycota). Esses achados coincidem com propriedades de outras proteínas fúngicas envolvidas na formação e reconhecimento das ectomicorrizas (SRAPs e hidrofobinas) que têm localização membranar. Estudos adicionais como nocaute gênico ou utilização de RNAs de interferência serão fundamentais para melhor compreensão do papel fisiológico da PtSRP na simbiose ectomicorrízica. / In ectomycorrhiza, the pre-symbiotic period is crucial to determine the compatibility between the fungus and its host plant for the success and establishment of symbiosis. Although the association is widely documented, information about the genes/proteins involved in the early period interaction are still missing. The PtSRP gene is overexpressed 6-12h of pre-contact between Pisolithus tinctorius-Castanea sativa and in silico studies have shown that PtSRP protein present a initial region hydrophobic transmembrane in alpha-helix followed by a six-sheet interspersed by loops . For these characteristics it has been speculated that this peptide (127 aa and 13,969 kDa) could be related to signaling/control of the early stages of symbiosis development. This work aimed to clone the ORF, to express and purify the PtSRP as well the polyclonal anti-PtSRP production for use in P. tinctorius protein immunolocalization. The most PtSRP ORF was amplified by PCR using primers with restriction sites (Xho1 and EcoR1). The amplified fragments were cloned into pJET1.2 vector and the ORF was subcloned into pET21D (+)expression vector previously treated with these respective enzymes. This new vector was used to transform BL-21 Star bacterial expression. The PtSRP was then expressed in large scale under the action of inductor 0.1 mM IPTG and purified with and without the use of urea. The purified proteins were used to produce antibodies PtSRP, in Oryctolagus curiculus rabbits immunized with four pulses of 150μg PtSRP. After total bleeding, the serum was collected, and purified antibodies tested for their sensitivity and specificity in recognition of PtSRP by western blot. From the P. tinctorius microculture, the mycelium was submited to immunolocalization tests using primary conformational-antibodies anti- PtSRP obtained in previous trials and the secondary antibodies Alexa Fluor 488 nm goat anti-rabbit IgG. For the negative control the mycelium was incubated in the absence of primary anti-PtRSP. In conventional immunofluorescence, the mycelium was observed in a 4000B/objetiva 63x Leica DMI and the analyzed fields were chosen according to the morphology of hyphae, and the images were captured and digitized by coupling a computer to a microscope digital camera. In confocal microscopy images were acquired with the objective 63x/laser 488nm / immersion oil being captured and digitized by coupling a computer to a Leica TCS SP2 microscop digital camera. The results in the prokaryotic expression system showed that the peptide has a mass of 16 kDa which confirm earlier prediction analyzes. In conventional fluorescence microscopy there was a strong marking PtSRP throughout the hyphae, especially in the membrane region. Confocal microscopy identified marking PtSRP mainly in the periphery of hyphae, and more specifically the region corresponding to the cell wall / membrane, including the clamp connection (typical structure of Basidiomycota). These findings are consistent with properties of other fungal proteins involved in the formation and recognition of ectomycorrhizal (SRAPs and hydrophobins) that have membrane localization. Additional studies such as gene knockout or use of interfering RNAs are essential for better understanding of the physiological role of PtSRP in ectomycorrhizal symbiosis.

Submitted by Fernanda Rodrigues de Lima (fernanda.rlima@ufpe.br) on 2018-07-12T20:00:24Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Mariana Barros Souto Souza.pdf: 2334625 bytes, checksum: a0fef77124581c4602c777533df38447 (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-07-18T17:19:44Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Mariana Barros Souto Souza.pdf: 2334625 bytes, checksum: a0fef77124581c4602c777533df38447 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-18T17:19:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Mariana Barros Souto Souza.pdf: 2334625 bytes, checksum: a0fef77124581c4602c777533df38447 (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / CNPQ / A osteonecrose é uma complicação crônica e progressiva da doença falciforme (DF) e ocorre devido à vaso-oclusão na microcirculação óssea, com infarto das superfícies articulares. Sabendo que a ocorrência da osteonecrose possui uma base multifatorial, polimorfismos de diversos genes, dentre eles o BMP6 e o VDR, têm sido bastante estudados. Pois participam diretamente do metabolismo ósseo. Assim o objetivo do nosso trabalho foi avaliar se existe associação entre polimorfismos nos genes BMP6 e VDR com o desenvolvimento da osteonecrose nos pacientes com DF. O estudo foi conduzido por comparação de grupos numa amostra de 303 pacientes com DF, divididos em 105 casos (83 HbSS, 11 HbSC, 11 HbSβ), os pacientes com osteonecrose e 198 controles (114 HbSS, 51 HbSC e 33 HbSβ) pacientes acima de 18 anos e que não apresentaram manifestações clínicas. Foram selecionados seis polimorfismos do BMP6 (rs3812163, rs270393, rs1225934, rs449853, rs267196, rs267201) e dois do VDR (FokI e Cdx2). A genotipagem dos polimorfismos foi realizada por PCR em tempo real utilizando sondas TaqMan®. Apenas os rs3812163 (T>A) e rs267201 (A>G) do BMP6 mostraram-se associados ao desenvolvimento de osteonecrose (P<0,0001). Juntamente com o FokI (P= 0,024) e com o Cdx2 (P= 0,046), aparecem como fatores de proteção contra o desenvolvimento da osteonecrose. A compreensão desses fatores de risco genéticos para o desenvolvimento da osteonecrose torna-se necessária para fornecer novos conhecimentos sobre a patogênese desta doença e, oferecer oportunidades para seu tratamento, que atualmente é limitado. / Osteonecrosis is a chronic and progressive complication of sickle cell disease (SCD) and occurs due to vaso-occlusion in the bone microcirculation, with infarction of the articular surfaces. Knowing that the occurrence of osteonecrosis has a multifactorial basis, polymorphisms of several genes, among them BMP6 and VDR, have been well studied. Because they participate directly in bone metabolism. Thus the objective of our study was to evaluate if there is an association between polymorphisms in BMP6 and VDR genes with the development of osteonecrosis in patients with SCD. The study was conducted by comparing a sample group of 303 patients with SCD divided in 105 cases (83 HBSS 11 HbSC, 11 HbSβ), patients with osteonecrosis and 198 controls (114 HBSS HbSC 51 and 33 HbSβ), patients over 18 years of age and who did not present clinical manifestations. Six BMP6 polymorphisms (rs3812163, rs270393, rs1225934, rs449853, rs267196, rs267201) and two within VDR (FokI and Cdx2) were selected. Polymorphism genotyping was performed by real-time PCR using TaqMan®. Only rs3812163 (T> A) and rs267201 (A> G) of BMP6 were shown to be associated with the development of osteonecrosis (P <0.0001). Together with FokI (P = 0.024) and Cdx2 (P = 0.046), they appear as protective factors against the development of osteonecrosis. Understanding these genetic risk factors for the development of osteonecrosis becomes necessary to provide new insights into the pathogenesis of this disease and provide opportunities for its treatment, which is currently limited.

Orientadores: Lucia Elvira Alvares, Jose Xavier Neto / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T10:17:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sobreira_DeboraRodrigues_M.pdf: 2481929 bytes, checksum: 2cb1105ccc78322b5f11f4528108d2fc (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Splicing Alternativo é um mecanismo importante para expandir a diversidade protéica em eucariotos. Este processo permite a produção de diferentes mRNAs a partir de uma mesma molécula de pré-RNA e é freqüentemente utilizado pelos genes envolvidos no desenvolvimento embrionário. O gene Oapper1 (Opr1) é um importante modulador da via de sinalização Wnt, atuando em diversos processos como especificação do tecido neural, morfogênese cefálica e desenvolvimento do coração e olho. Entre seus parceiros estão as '1lOléculas Dishevelled, o fator de transcrição TCF-3 (ambas as moléculas envolvidas na sinalização Wnt) e Dbf-4 (regulador do ciclo celular). Considerando que Dpr1 possui uma estrutura modular e interage com diferentes parceiros moleculares através de diferentes domínios estruturais, esta molécula poderia utilizar a maquinaria de Splicing Alternativo para combinar diferentes domínios e conseqüentemente ampliar suas funções biológicas. Neste estudo, descrevemos uma nova Variante do gene Opr1, identificada inicialmente no transcriptoma de camundongo utilizando ferramentas de Bioinformática. Esta nova Variante é maior em 111 pb em relação à codificada pela seqüência referência de RNAm para Dpr1 RefSeq, as quais são denominadas, respectivamente, como Variante A e Variante B. Estes transcritos variantes são gerados por dois sítios aceptores de Splicing distintos presentes no início do exon 4. O segmento exclusivo da Variante A codifica 37 aminoácidos localizados na região onde Opr1 se associa ao fator transcricional TCF-3. Uma análise comparativa do lócus de Opr1 entre diversos vertebrados (peixe, anfíbio, galinha, camundongo e humano) revelou que ambos os sítios aceptores de Splicing são conservados nos tetrápodas, enquanto que em peixe apenas um sítio é encontrado. Ensaios de RT-PCR confirmaram nossos resultados obtidos em Bioinformática. Além disso, demonstramos que ambas as Variantes são co-expressas ao longo do desenvolvimento de galinha, sugerindo que a concentração relativa dessas moléculas pode ser importante para a sua função. Finalmente, análises de pressão seletiva foram realizadas para a molécula de Dpr1. Apesar de não se confirmar a presença de seleção positiva ao longo da proteína Dpr1, o exon 4 parece estar sob pressão seletiva mais relaxada quando comparado aos outros exons. Nossos resultados são consistentes com a hipótese de que o mecanismo de Splicing Alternativo atua acelerando a evolução, reduzindo a seleção negativa. / Abstract: Alternative splicing is an important mechanism to expand protein diversity in eukaryotes. This process allows the production of different mRNAs from a single coding sequence and is frequentfy used by genes involved in development. Oapper 1 (Opr1) is an important rnodulator of Wnt signalling, working in several developmental processes, such as neural tissue specification, head morphogenesis, heart and eye development. While its interaction with Oishevelled is known to modulate Wnt signalling both in vivo and in vitre, the interaction wrth other molecules is required to mediate its multiple biological functions. Considering that Dpr1 has a modular structure that mediates its interaction with different partners through different structural domains, this molecule could greatly benefit from alternative splicing in order to combine different domains and consequently amplify its biological functions. In the present study we describe a new Opr1 isoform that was initially identified in the mouse transcriptome using bioinformatic tools. This isoform is 111 pb longer than the one encoded by the RefSeq mRNA for Opr1, here named O and E isoforms, respectively. The variant transcripts are generated through two distinct acceptor splice sites in exon 4. The segment exclusive of the O isoform is in frame and encodes 37 residues located in a variable region of Oprl exon 4, known to be necessary for the interaction with the transcriptional factor Tcf3. comparative analysis of the Opr1 locus among fish, frog, chicken, mouse and human revealed that in tetrapods two acceptor splice sites are conserved in the beginning of the exon 4, while in fish a single acceptor splice site is found. RT-PCR using species-specific primers confirmed the expression of the O and E isoforms in tetrapods while in fish only the O isoform was detected. In addition, we showed that the Opr1 isoforms are coexpressed throughout chicken development, suggesting that the relative concentration of these molecules may be important for their functionality. Finally, even though no evidence of positive selection was detected for the entire Dpr1 protein, exon 4 seems to be under more relaxed selective pressure than the other exons. These results are consistent with the notion that alternative splicing can act as a mechanism for opening accelerated paths of evolution by reducing negative selection pressure. / Mestrado / Histologia / Mestre em Biologia Celular e Estrutural