Submitted by ALINE MEIRA BONFIM MANTELLATTO null (alinemeira22@hotmail.com) on 2016-10-26T12:27:30Z No. of bitstreams: 1 Tese_Aline_Meira_Bonfim_Mantellatto.pdf: 3628073 bytes, checksum: fb09b14fa5d50ef174174cbe54e46f70 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-11-01T15:24:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 mantellato_amb_dr_jabo.pdf: 3628073 bytes, checksum: fb09b14fa5d50ef174174cbe54e46f70 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-01T15:24:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 mantellato_amb_dr_jabo.pdf: 3628073 bytes, checksum: fb09b14fa5d50ef174174cbe54e46f70 (MD5) Previous issue date: 2016-10-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Considerada a espécie de cervídeo brasileira mais ameaçada de extinção, Mazama bororo, foi recentemente descrita em 1996. Devido a isso, aspectos básicos de sua biologia ainda são desconhecidos. Dessa maneira, o presente trabalho teve como objetivo utilizar DNA extraído de espécimes recentes e de museus para descrever a sua distribuição histórica, investigar a existência de padrões filogeográficos, avaliar a taxonomia da espécie e os erros de identificação no material analisado pertencente aos acervos científicos de museus. Para tanto, foi realizada a extração de DNA de 200 amostras de ossos turbinais obtidos em museus de história natural e 78 destes espécimes foram identificados a partir de iniciadores do gene citocromo b (224bp). O total de 22 espécimes identificados como pertencentes à espécie Mazama bororo permitiu conhecer áreas inéditas da distribuição histórica e, possivelmente atuais, da espécie, como os estados de Rio Grande do Sul, Minas Gerais, Goiás, Espírito Santo e Bahia. Além disso, a comparação entre o DNA dos holótipos de Mazama bororo e de Mazama americana jucunda indica que a espécie M. bororo corresponde à subespécie M. americana jucunda, descrita em 1913, demonstrando a necessidade de elevar essa subespécie à categoria de espécie. Análises filogeográficas da espécie demonstram que M. bororo não apresenta uma estruturação populacional histórica e que diversidade genética é baixa quando comparada a outras espécies, um indicativo de que políticas de manutenção e conservação dessa espécie são essenciais a sua permanência. Comparando-se as identificações morfológicas presentes nos museus com as identificações obtidas a partir do marcador molecular utilizado observa-se que a taxa de erro decorrente da classificação baseada em caracteres morfológicos foi de 26%. Entretanto, espera-se que, com o auxílio do DNA de coleções científicas, a seleção de caracteres morfológicos não convergentes para este grupo seja possível, permitindo assim a realização de identificações morfológicas corretamente. / Mazama bororo was recently described in 1996 and is considered the most threatened species of Brazilian deer. Due to this, basic aspects of its biology are still unknown. Thus, this research project aims to use DNA extracted from recent specimens and from natural history collections to review the taxonomy, to describe historical distribution and to investigate the existence of phylogeographic patterns on M. bororo. For this purpose, we extracted DNA from 200 samples of turbinate bones obtained from natural history collections and 78 of these were identified from cytochrome b initiator (224bp). We obtained a total of 22 specimens identified as M. bororo. This result allowed identify unpublished areas on historical and perhaps current distribution of M. bororo in states such as Rio Grande do Sul, Minas Gerais, Goiás, Espírito Santo and Bahia. Moreover, the comparison among the DNA from holotype of M. bororo and Mazama americana jucunda indicates that M. bororo corresponds to the subspecies M. americana jucunda, described in 1913, highlighting the need to raise this subspecies to full species status. Our results also demonstrates that M. bororo did not show a genetic structuration of their populations and that their genetic diversity is lower than other species, highlighting the need to increase conservation and environment policy efforts to maintenance of this species. Finally, when we compare the morphological identification available on natural history collections with the identification obtained from molecular markers we found that the error rate resulting from the classification based on morphological characters was 26%. Nevertheless, we expect with the help of DNA from natural history collections will be possible to select non-convergent morphological characters for this group, allowing thus correct morphological identifications. / FAPESP: 2013/05944-7

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:17:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RodrigoFS_DISSERT.pdf: 1032742 bytes, checksum: 297b239b5ca1673f55e18c42d7327117 (MD5) Previous issue date: 2014-03-28 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Copernicia prunifera (Arecaceae), popularmente conhecida como carna?ba, ? nativa da regi?o nordeste do Brasil, com ocorr?ncia ao longo das margens de rios e ?reas alagadi?as. Por ser vers?til em rela??o ?s formas de usos, essa palmeira ficou conhecida como ?rvore da vida , sendo o p? cer?fero o principal produto extra?do da C. prunifera. Este estudo teve como objetivos investigar aspectos etnoecol?gicos e etnobot?nicos da C. prunifera em uma comunidade extrativista, selecionar primers ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) para estudos de gen?tica de popula??es, e estudar a diversidade e a estrutura gen?tica de uma popula??o natural no Estado do Rio Grande do Norte, Brasil. Foram entrevistados 11 moradores considerados informantes-chaves na regi?o de Ipangua?u/RN, onde 73% dos informantes relataram a ocorr?ncia de um morfotipo diferente de carna?ba, conhecida como carna?ba branca . Dos entrevistados, 82% afirmaram que a esp?cie possui dispers?o realizada por morcegos. Na etnobot?nica, o p? cer?fero foi citado por todos como o produto mais importante extra?do da C. prunifera e a folha a parte mais usada (45%), seguida dos frutos (29%), caule e raiz (ambas com 13%). Na sele??o de primers ISSR, dos 17 que foram testados, 12 amplificaram o DNA e, destes, sete foram selecionados para caracterizar a estrutura gen?tica de 37 indiv?duos remanescentes. O primer que obteve a maior porcentagem de locos polim?rficos (LP%) foi UBC 841 (16,36%), j? o primer que teve a menor LP% foi UBC 827 (8,18%). No estudo de diversidade e estrutura gen?tica dos indiv?duos de uma popula??o natural (regenerantes = 62, jovens = 20, adultos = 19) foram utilizados sete iniciadores ISSR que permitiram a visualiza??o de 93 locos, com 100% de polimorfismo. Os regenerantes foram os que mais se destacaram em rela??o ? diversidade gen?tica (He = 0,411 e Ho = 0,599), seguido pelos jovens (He = 0,394 e Ho = 0,579) e adultos (He = 0,267 e Ho = 0,427). A AMOVA mostrou que a maior varia??o gen?tica ocorre dentro dos est?gios de vida (93,42%) quando comparado entre eles (6,58%). O dendograma (UPGMA), com base na identidade gen?tica de Nei, mostrou maior semelhan?a genot?pica entre os jovens e regenerantes (0,979). No teste de hip?tese para o gargalo gen?tico (bottleneck) foi observado elevado n?mero de locos com excesso de heterozigosidade para os dois modelos utilizados (IAM = 92 e SMM = 91), indicando redu??o do tamanho efetivo populacional. Todos os est?gios de desenvolvimento apresentaram estrutura??o gen?tica espacial (EGE), com valores de coancestrias positivos e significativos, sendo os valores de Sp de 0,04 para os regenerantes, 0,093 para os jovens, 0,15 para os adultos e 0,53 para a popula??o geral. Essa EGE ocorre, provavelmente, devido ? dispers?o restrita de sementes

Resumo: O presente trabalho teve por objetivo geral o estudo de populações de Ocimum selloi Benth. sob o ponto de vista da biologia reprodutiva, da variabilidade genética e química dos óleos essenciais, visando fornecer informações para seu uso inequívoco como planta medicinal e aromática em estudos futuros de melhoramento genético vegetal, cultivo e preservação da espécie. O material vegetal utilizado foi coletado na região de Piquete e Apiaí, estado de São Paulo, em Colombo, estado do Paraná e em Camanducaia, estado de Minas Gerais. O estudo da variabilidade populacional foi realizado pela análise de polimorfismo do DNA do tipo RAPD e a química por meio da análise da composição química dos óleos essenciais das folhas das populações naturais e cultivadas por cromatografia gasosa acoplada a espectrometria de massas. Os resultados revelaram uma forte estrutura genética entre as populações avaliadas, que também pôde ser verificada pelas diferenças observadas nos perfis químicos das plantas. O estudo da biologia reprodutiva revelou a existência predominante de autopolinização explicando o fato das análises da variabilidade genética das quatro populações (Apiaí/SP; Piquete/SP; Colombo/SP e Camanducaia/MG), demonstrarem que a diversidade está localizada entre as populações (variabilidade interpopulacional). A composição química dos óleos essenciais revelou divergências na proporção relativa das substâncias mais abundantes, onde para a população nativa de Piquete/SP, a substância mais abundante foi o germacreno D (26,22%), enquanto que plantas da mesma região cultivadas em Campinas/SP apresentaram elemicina (38,70%, 35,46% e 26,22%) na 1ª, 3ª e 4ª colheita, respectivamente, e transbergamoteno (21,13%) na 2ª colheita como principal composto. Para a população nativa de Apiaí/SP e para as plantas cultivadas em Campinas/SP ...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The general goal of the present study was to investigate Ocimum selloi Benth. populations from the standpoints of reproductive biology, genetic and essential oil chemical variability; in order to provide information for its safe use as medicinal and aromatic plant, for future breeding studies, the species cultivation and its preservation. Plant material was collected from the regions of Piquete and Apiaí, in the state of São Paulo; Colombo, state of Paraná and Camanducaia, state of Minas Gerais. The population variabiliy was studied by DNA polymorphism analysis using RAPD markers and the chemical diversity was investigated through composition analyses of the essential oils from leaves of natural and theis corresponding cultivated populations, using gas chromatography-mass spectrometry. The results revealed a strong genetic structure among the populations, so that it agrees with the differences in the chemical profile of the plants. Reproductive biology studies revealed the predominance of self-pollination, in accordance to the genetic variation data from the four populations (Apiaí/SP; Piquete/SP; Colombo/SP e Camanducaia/MG); therefore demonstrating that the diversity is among the populations (interpopulation variability). The chemical composition of the essential oils was divergent in the relative proportion of the major compounds; the native population in Piquete/SP exhibited germacrene D (26.22%) as the most abundant component, whereas its corresponding individuals grown in Campinas/SP presented elemicine (38.70%, 35.46% and 26.22%) at the 1st, 3rd and 4th harvesting season and trans- - bergamotene (21.13%) at the 2nd harvesting season as main compounds. The native population from Apiaí/SP and its corresponding cultivated plants in Campinas/SP presented elemicine (22.68%, 28.70% and 32.90%, respectively) as the ...(Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Márcia Ortiz Mayo Marques / Coorientador: Carlos Augusto Colombo / Banca: Carmen Silvia Fernandes Boaro / Banca: Vera Maria Quecini / Banca: Maria Imaculada Zucchi / Banca: Maria das Graças Cardoso / Doutor

Orientador: Ana Maria Soares Pereira / Banca: João Domingos Rodrigues / Banca: Fernando Broetto / Banca: José Eduardo Brasil Pereira Pinto / Banca: Suzelei de Castro França / Resumo: O bioma Cerrado e uma das regioes mais ricas do Brasil no tocante a diversidade de plantas medicinais, sendo atualmente, considerado uma area ghotspotsh devido o alto grau de endemismo das especies e a velocidade de degradacao que vem sofrendo. Anemopaegma arvense, Mandevilla illustris e Mandevilla velutina, sao plantas medicinais endemicas do cerrado, muito utilizadas na medicina popular devido suas propriedades terapeuticas. A coleta indiscriminada realizada pela populacao, como tambem por laboratorios farmaceuticos para a fabricacao de medicamentos, tem colocado essas especies em risco de extincao. Ferramentas biotecnologicas como a tecnica da micropropagacao e biologia molecular para analise do DNA, tem sido amplamente usadas para a producao, conservacao e analise da diversidade genetica de especies nativas. Neste contexto, o presente trabalho teve como objetivos estudar a variabilidade genetica em diferentes populacoes de M. velutina por meio do marcador molecular RAPD e estabelecer a conservacao em bancos de germoplasma in vitro; desenvolver protocolos eficientes de enraizamento in vitro para A. arvense, M. illustris e M. velutina; verificar a ocorrencia e identificar especies de micorrizas, avaliando a colonizacao em raizes de plantas de diferentes populacoes e variedades de A. arvense. Para os estudos de enraizamento in vitro, as brotacoes foram submetidas a acao de diferentes substancias que apresentam efeito sobre a formacao de raizes adventicias, sob variadas condicoes. Para a analise da diversidade genetica, utilizou-se a tecnica de Polimosfirmo de DNA Amplificado ao Acaso (RAPD) e para os estudos micorrizicos, realizou-se a avaliacao da infeccao micorrizica nas raizes e a identificacao de especies de fungos micorrizicos extraidos do solo. As especies comportaram-se de maneira diferente quanto a inducao de raizes adventicias in vitro, mostrando a influencia direta do genotipo no processo de enraizamento. Para as especies M. illustris / Abstract: The Bioma Cerrado is one of the richest regions in Brazil due to the variety of native medicinal plants, and nowadays it is considered a hotspot area because of the high degree of endemism of the species and the speed of degradation that it has been submitted. Anemopaegma arvense, Mandevilla illustris and Mandevilla velutina, are medicinal plants endemic of Cerrado very used in the popular medicine due to their therapeutic properties. The indiscriminate collection accomplished by the population, as well by pharmaceutical laboratories for the formulation of medicines, has put those species in risk of extinction. Biotechnological tools as the technique of micropropagation and molecular biology for the analysis of the DNA, have been widely used for the production, conservation and analysis of the genetic diversity of native species. In this context, the current work was investigate the genetic variability in different populations of M. velutina by means of molecular marker RAPD and to establish a protocol for in vitro conservation in germplasm bank; to develop efficient protocol of in vitro rooting for A. arvense, M. illustris and M. velutina; to verify the occurrence and to identify species of mycorrhiza, colonizing plant roots of different populations and varieties of A. arvense. For the studies of in vitro rooting, the plantlets were exposed to the action of different exogenous substances that a effect the formation of adventious roots, under several conditions. For the analysis of genetic diversity, it was used the technique of Random Amplified Polymorphic DNA at (RAPD) and for the studies on influence of mycorrhizal infection on root development and identification of species of fungi present in the soil. The species behaved in a different ways of induction of adventious roots in vitro. For the species M. illustris and A. arvense, 73,3% e 50% of plantlets rooted after fifteen days in treatment with 1 and 2 mg.L-1 of NAA, respectively. For M. / Doutor

Orientador: Eliana Morielle Versute / Banca: Fabrício Rodrigues dos Santos / Banca: Luciana Bolsoni Lourenço / Banca: Cláudia Marcia Aparecida Carareto / Banca: Lilian Ricco Medeiros / Resumo: A destruição e a modificação do hábitat são aceitas, entre os biólogos conservacionistas, como as causas primárias da perda da biodiversidade, e a situação para os anfíbios não é exceção. Diversos processos antropogênicos contribuem para a deterioração das paisagens, podendo afetar negativamente as populações de anfíbios, por alterar fisicamente os ambientes aquáticos e terrestres, reduzindo a conectividade dos hábitats e estruturando as populações. Contudo, poucos dados existem sobre os efeitos do cultivo agrícola para as populações de anfíbios. Os programas de preservação atuam na recuperação de populações ameaçadas e, em geral, estão baseados na manutenção da máxima quantidade de diversidade genética, de tal forma que, a primeira etapa de um programa conservacionista, consiste na avaliação da variabilidade genética e distribuição desta entre as populações. A estruturação gênica populacional dos organismos, estimada a partir de técnicas de biologia molecular é um aspecto fundamental na caracterização da aptidão das espécies aos ambientes. Particularmente os marcadores moleculares do tipo microssatélite tem acessado com êxito a variabilidade gênica das populações. Assim, foram desenvolvidos loci microssatélites polimórficos para as espécies Hypsiboas raniceps, Leptodactylus chaquensis e Rhinella schneideri e avaliada a variabilidade genética de populações provenientes de hábitats com diferentes tipos de perturbação antrópica (práticas agrícolas, pastagem), com o intuito de relacionar o impacto de diferentes matrizes sobre a diversidade genética. A espécie generalista R. schneideri exibiu um estoque uniforme de variabilidade genética, baixa estruturação e reduzido nível de endogamia em todas as populações, sugerindo um elevado potencial de dispersão, responsável pela homogeneização das populações... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The destruction and modification of habitat are accepted between conservation biologists as the primary causes of biodiversity loss, and the situation for amphibians is no exception. Several anthropogenic processes contribute to the deterioration in the landscape, which can adversely affect amphibian populations by physically altering the aquatic and terrestrial environments, reducing the connectivity of habitats and structuring populations. However, few data exist on the effects of the crop for the populations of amphibians. The conservation programs act in the recovery of threatened populations, and generally are based on maintaining the maximum amount of genetic diversity, therefore, the first step in a conservationist program, is to assess the genetic variability and distribution of this among the populations. Population structure of organisms, estimated from molecular biology techniques is fundamental to characterize the fitness of species to environments. Particularly the molecular markers microsatellite has successfully accessed the genetic variability of populations. Therefore, we developed polymorphic microsatellite loci in the Hypsiboas raniceps, Leptodactylus chaquensis and Rhinella schneideri species and evaluated the genetic variability of populations from habitats with different types of anthropogenic disturbance (agricultural practices, pasture), in order to relate the impact of different matrix on genetic diversity. R. schneideri generalist species showed an even amount of genetic variability, low structure and low level of inbreeding in all populations, suggesting a high potential for dispersal, responsible for the homogenization of populations. However, in L. chaquensis and H. raniceps, the populations located in regions with strong agricultural impact (Tietê Batalha) showed genetically depauperate and strong population structure. It can be concluded... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Alexandre Magno Sebbenn / Banca: Mario Luiz Teixeira de Moraes / Banca: Pedro Cesar dos Santos / Banca: Rinaldo César de Paula / Banca: Edwin Camacho Palomino / Resumo: Os objetivos deste estudo foram investigar por locos microssatélites, a diversidade genética, o sistema de reprodução, a distribuição espacial de genótipos, a distância e os padrões de dispersão de pólen e sementes, e a dinâmica da endogamia entre gerações, em uma população fragmentada da espécie arbórea dióica Myracrodruon urundeuva (F.F. & M.F. Allemão). O estudo foi conduzido na Estação Ecológica de Paulo de Faria (435,73 ha), onde a população da espécie em estudo ocupa uma área aproximada de 142 ha. Todas as 467 árvores adultas encontradas foram amostradas, tiveram o diâmetro à altura do peito (DAP a 1,3 m) medido e foram mapeadas. Adicionalmente amostraram-se 149 regenerantes e 514 progênies de polinização aberta, coletadas de 30 árvores matrizes da população. Sobre a amostra total de cinco locos em 1130 genótipos (adultos + regeneração + progênies) foram observados 60 alelos, o que sugere um nível de polimorfismo relativamente alto. O número de alelos por loco variou de 7 a 25, com média de 12 alelos por loco. A heterozigosidade esperada média em equilíbrio de Hardy-Weinberg foi de 0,662, enquanto que a heterozigosidade observada foi de 0,713. O índice de fixação variou de -0,348 a 0,215 entre locos, com média de -0,076, sugerindo excesso de heterozigotos. A análise da distribuição espacial dos genótipos indicou a presença de estrutura genética espacial (EGE) na população adulta até aproximadamente 40 m e nos regenerantes até aproximadamente 30 m. Foram detectados cruzamentos entre parentes, pela diferença entre a unidade e a taxa de cruzamento uniloco (st1=0,019, P<0,05). A estimativa da correlação de paternidade ()(mpr) indicou que as progênies são compostas por misturas de meios-irmãos e irmãos-completos, embora estes últimos em menor proporção (média de 0,158) O coeficiente de coancestria (Θxy) dentro das progênies... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aims of this study were to investigate for microsatellites loci the genetic diversity, mating system, the intrapopulational spatial genetic structure, the distance and patterns of pollen dispersal, and the dynamics of inbreeding among generations, in a fragmented population of the dioicious tropical tree Myracrodruon urundeuva (F.F. & M.F. Allemão). The study was carried out in the Paulo de Faria Ecological Station (435.73 ha), where the studied population occupies about 142 ha. All 467 adult trees found in the stand were sampled, have the diameter at breast height (D.B.H of 1.3 m) measured and were mapped. Additionally 149 juveniles and 514 open-pollinated offspring from 30 seed-trees were sampled in the population. On the total of five loci sampled in 1135 genotypes (adults + juveniles + offspring), 60 alelos were detected, suggesting a relative high level of polimorphis. The number of alleles per locus ranged from 7 to 25 alleles, with average of 12 alleles. The average expected heterozygositys in Hardy-Weinberg equilibrium was of 0.662, were the average observed heterozygosity was of 0.713. The fixation index ranged among locus from -0.348 to 0.215, with average of -0.076, suggesting excess of heterozygous. The analysis of the intra-population spatial genetic structure (SGS) detected the presence of SGS in adults until about 40 m and in juveniles until about 30 m. Mating among relatives were also detected by the difference between the unit and the single-locus outcrossing rate ( s t 1 =0.019; P<0.5). The paternity correlation ( p (m ) r ) indicated that the offspring were composed by mixtures of half-sibs and full-sibs, where the last one occurred in low frequency (average of 0.158). The coancestry coefficient (Θxy) within families was larger than expected in half-sibs (Θxy=0.125), with population average of 0.150. The variance effective population size (eN) within... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The Euglossini bees has a wide distribution in the Neotropical region, occurring in different types of vegetation formation. The Cerrado biome is composed of different physiognomies, such as savanna and forest. Among Cerrado humid forest physiognomies, we can mention the seasonal semideciduous forest (SSF) and gallery forest (GF), which present different flora and microclimatic conditions. Recent studies in SSF of Cerrado showed the occurrence of a low abundance of individuals compared with surveys in SSF in the Atlantic Forest biome, despite a similar richness. The overall objective was (i) to estimate the diversity of bees and population size of the most frequent species of Euglossini in SSF fragments of Cerrado; (ii) to assess the genetic diversity of Euglossa pleosticta; and (iii) to evaluate the influence of vegetation types (SSF/GF) and seasonality on Euglossini community. For population and genetic analyzes, samplings was carried out between October 2012 and April 2013 in five fragments of SSF in five consecutive days, using seven aromatic baits.The marking of individuals was performed by removing the pre-tarsus and one of tarsomeres (PTT) according to the day of collection. The PTT was used for subsequent genetic analysis of Euglossa pleostica using heterologous molecular markers. In order to study the influence of phytophysiognomies and season in the bee community, monthly samplings from October 2012 to September 2013 were performed in another fragment of SSF and one of MG. A total of 256 males of euglossine, distributed in 12 species were captured and marked. We estimated a population size of Euglossa imperialis in one of the fragments (1222 ± 162.6 individuals) and in another fragment Euglossa cordata (44 ± 9.4). Using the concept of ecological guild (orchid bees), it was possible to estimate the populations of those three fragments which were: 3772 ± 436.2, 376 ± 62.3 to 1424 ± 242.2 individuals. For Eg. pleosticta three loci presented an allele with a dominant frequency over others in the same loco. The estimated gene flow indicated a higher percentage of non-migrant individuals in both populations. In the experiment about influence of phytophysignomies on the euglossini bee communities, it was not observed difference in species diversity between fragments, but there was an interaction between phytophysignomies and season, with the FES presenting the highest abundance in the wet season. We conclude that euglossini bees have small populations in the sampled fragments,there is a limited gene flow among populations Eg. pleosticta and that species diversity is similar in the different phytophysignomies, despite the significant interaction between vegetation type and season on the bees abundance. / A tribo Euglossini possui ampla distribuição nos neotrópicos, com ocorrência reconhecida para diferentes tipos de formações vegetais. O bioma Cerrado é formado por diferentes fitofisionomias, tanto savânicas quanto florestais. Dentre as fitofisionomias florestais mais úmidas do Cerrado, podemos citar a Floresta Estacional Semidecidual (FES) e a Mata de Galeria (MG), as quais apresentam flora e condições microclimáticas diferentes. Estudos mais recentes nas FES do Cerrado têm evidenciado a ocorrência de uma baixa abundância de indivíduos, quando comparadas com as FES inseridas no bioma da Mata Atlântica, apesar das semelhanças quanto a riqueza. Os objetivos gerais do trabalho foram: (i) estimar a diversidade de abelhas e tamanho populacional das espécies mais frequentes de Euglossini em fragmentos de FES do Cerrado; (ii) avaliar a diversidade genética de Euglossa pleosticta; e (iii) verificar a influência de fitofisionomias (FES/MG) e estação do ano na comunidade de abelhas Euglossini. Para as análises populacionais e genéticas, as coletas foram realizadas entre outubro/2012 e abril/2013 em cinco fragmentos de FES durante cinco dias consecutivos, utilizando-se sete iscas aromáticas.A marcação dos indivíduos foi realizada com a remoção do pré-tarso e um dos tarsômeros (PTT), de acordo com o dia de coleta, sendo que o PTT foi utilizado para as análises genéticas de Eg. pleostica, por meio de marcadores moleculares heterólogos. Para estudo da influência da fitofisionomia e estação do ano nas comunidades, coletas mensais foram realizadas entre outubro/2012 e setembro/ 2013 em outro fragmento de FES e um de MG. Foi capturado e marcado um total de 256 machos de Euglossini, distribuídos em 12 espécies. Foi estimado o tamanho populacional de Euglossa imperialis em um dos fragmentos (1222 ± 162,6 indivíduos) e Euglossa cordata em outro (44 ± 9,4). Utilizando o conceito ecológico de guilda (abelhas das orquídeas), foi possível estimar as populações de três fragmentos sendo estas: 3772 ± 436,2, 376 ± 62,3 e 1424 ± 242,2 indivíduos. Para Eg. pleosticta, três locos apresentaram um alelo com uma freqüência dominante sobre os outros do mesmo loco. O fluxo gênico estimado indicou uma maior porcentagem de indivíduos não migrantes para as duas populações. No experimento sobre influência das fitofisionomias nas comunidades, não foi verificado diferença na diversidade de espécies entre os fragmentos, mas houve interação entre as fitofisionomia e estação do ano, sendo a FES responsável pela maior abundância de indivíduos na estação úmida. Conclui-se que as abelhas apresentam pequenas populações nos fragmentos amostrados, que existe um fluxo gênico limitado entre as populações de Eg. pleosticta e que a diversidade de espécies é semelhante nas diferentes fitofisionomias, apesar da interação significativa entre fitofisionomia/estação do ano sobre a abundância das abelhas. / Mestre em Ecologia e Conservação de Recursos Naturais

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-27Bitstream added on 2014-06-13T19:39:04Z : No. of bitstreams: 1 alves_pf_me_ilha.pdf: 1156996 bytes, checksum: b15b4fc65711b183e64e0ad1b0e86836 (MD5) / O Eucalyptus camaldulensis destaca-se pelo potencial de utilização de sua madeira, como também pela sua plasticidade de adaptação a diferentes condições ambientais brasileiras. Dessa forma, se utilizou duas metodologias, para avaliar uma população base de E. camaldulensis, originária da Austrália, e instalada em Selvíria-MS em abril de 1986. A primeira procurou avaliar a variação genética para os caracteres silviculturais: altura total, altura comercial, altura da primeira bifurcação, diâmetro a altura do peito e volume; como também da qualidade da madeira como a resistência à penetração e a densidade básica da madeira. Para tanto, utilizou-se um delineamento em blocos casualizados com 25 progênies, 4 repetições e 1 planta por parcela. As estimativas de componentes de variância e parâmetros genéticos foram obtidas pelo método da máxima verossimilhança restrita e melhor predição linear não viciada (REML/BLUP). Verificou-se que: i) não se detectou variação genética para os caracteres silviculturais e da qualidade da madeira; ii) o caráter mais indicado para a seleção foi à altura comercial (HC) em função dos maiores coeficientes de variação relativa ( = 0,32), herdabilidade (rCV2mhˆ = 0,28) e da acurácia ( = 0,54) encontrados; iii) a população de E. camaldulensis apresenta bom desenvolvimento silvicultural (HT = 25,36m) na região do bolsão sul-matogrossense; iv) a alta densidade básica da madeira (DBM = 0,74) desta população de E. camaldulensis indica este material para uso em serraria e energia (carvão e lenha). A segunda metodologia procurou avaliar a diversidade genética e o sistema reprodutivo desta população, por meio de marcador microssatélite. Para tanto, foram amostrados tecidos foliares em 100 árvores de uma população de E. camaldulensis localizada na Fazenda de Ensino e Pesquisa da UNESP de Ilha Solteira, situada... / The Eucalyptus camaldulensis is distinguished for the potential of use of its wood, as well as for its plasticity of adaptation the different Brazilian ambient conditions. Of this form, if it used two methodologies, to evaluate a population base of E. camaldulensis, originary of Australia, and installed in Selvíria-MS in April of 1986. The first one looked for to evaluate the genetic variation for the silvicultural traits: total height, commercial height, height of the first bifurcation, breast height diameter and volume; as well as of the wood quality as the resistance to the penetration and the wood density. The experimental design utilized was a randomized block with 25 progenies, four replications and one plant for plot was used. The genetic estimates of variance components and parameters had been gotten by the method of the restricted maximum likelihood and best linear unbiased prediction (REML/BLUP). It was verified that: i) did not detect genetic variation for the silvicultural traits and of the quality of the wood; ii) the indicated trait more for the election was to the commercial height (HC) in function of the biggest coefficients of relative variation ( = 0,32), heritability (rCV2mhˆ = 0,28) and of the accuracy ( = 0,54) found; iii) the population of E. camaldulensis presents good aarˆsilvicultural development (HT = 25,36m) in the region of the south-matogrossense; iv) the high wood density (DBM = 0,74) of this population of E. camaldulensis indicates this material for use in would saw and energy (coal and firewood). The second methodology looked for to evaluate the genetic diversity and the mating system of this population, by means of marking microsatellite. For in such a way, they had been showed leaves in 100 E. camaldulensis trees of a population located in the Farm of Education and Research of the UNESP in Selvíria-MS. It was observed that the nine evaluated locos... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by Franciele Moreira (francielemoreyra@gmail.com) on 2018-10-08T13:14:30Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ludivina Lima Rodrigues - 2018.pdf: 2293271 bytes, checksum: c682aa890844c16d17542816e5049521 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-10-09T10:44:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ludivina Lima Rodrigues - 2018.pdf: 2293271 bytes, checksum: c682aa890844c16d17542816e5049521 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-09T10:44:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ludivina Lima Rodrigues - 2018.pdf: 2293271 bytes, checksum: c682aa890844c16d17542816e5049521 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-02-27 / The darkening of bean grains (Phaseolus vulgaris L.) occurs after harvest and leads to loss of commercial value of the product. This trait is controlled by one gene, in which the dominant allele confers the normal grain darkening of the carioca and pinto type. In the pinto type, this gene was denominated Sd (Slow darkening). However, there are no reports that the gene identified in pinto is the same as in the carioca type. Molecular markers linked to the Sd gene have been identified and validated in carioca type populations: Pvsd-1158 (SSR) and PvbHLHp12804 (SNP). Thus, this study aimed to verify if the gene that controls the darkening of the grains in different genotypes is the same; evaluate the efficiency of the markers Pvsd-1158 and PvbHLHp12804 in a group of genotypes with carioca and mulatinho (cream) grains; and estimate the genetic divergence among these genotypes. For this, 17 bean genotypes were used, which were grown in two experiments in greenhouse. The harvested grains were stored for 135 days and phenotypically evaluated for darkening. In parallel, these genotypes were evaluated genotypically with the markers Pvsd-1158 and PvbHLHp12804 and also with a panel of 24 microsatellite markers for estimation of genetic diversity. Crossings were also performed between genotypes 1533-15, AN512666-0 and BRSMG Madrepérola, which present slow darkening of the grains, to confirm if the gene responsible for the slow darkening is the same. For this, progenies F2:3 were evaluated by segregation tests from the data obtained from the phenotypic evaluation of the darkening. Considering the 17 lines,, 13 lines showed slow darkening, three presented normal darkening and one presented no darkening. The Pvsd-1158 and PvbHLHp12804 markers presented the expected alleles according to the phenotypic evaluation in 14 of the 16 genotypes that presented some darkening, representing 87.5% coincidence with the phenotypic data, indicating that the Sd gene is responsible for the darkening the grains in these genotypes. The line CNFM11940, with grains mulatinho (cream) and the cultivar TAA Dama, with carioca grains presented slow darkening and alleles linked to normal darkening for the two markers. This indicates that there were recombination in this genomic region, taunting the separation between the markers and the Sd gene, or that there is another gene conferring the slow darkening in these genotypes. Estimation of genetic divergence among the genotypes provided additional information for comparison of the genotypes. Additionally, all the progenies F2:3 originating from the three populations showed slow darkening and, therefore, there was no segregation. Thus, the gene that controls the darkening of the grains in beans pinto and carioca is the Sd gene. / O escurecimento dos grãos de feijão (Phaseolus vulgaris L.) ocorre após a colheita e gera perda no valor comercial do produto. Esse caráter é controlado por um gene com dominância do alelo que confere o escurecimento normal em feijões do tipo carioca e pinto. Em feijões do tipo pinto esse gene foi denominado Sd (Slow darkening). Entretanto, não existem relatos de que o gene identificado no tipo pinto é o mesmo do tipo carioca. Existem marcadores moleculares identificados como ligados ao gene Sd e validados em populações de feijão carioca: Pvsd-1158 (SSR) e PvbHLHp12804 (SNP). Assim, esse estudo objetivou verificar se o gene que controla o escurecimento dos grãos em diferentes genótipos de feijão com diferentes origens é o mesmo; avaliar a eficiência dos marcadores Pvsd-1158 e PvbHLHp12804 em um grupo de genótipos com grãos carioca e mulatinho; e estimar a divergência genética entre esses genótipos. Para isso, foram utilizados 17 genótipos de feijão, cultivados em dois experimentos em telado. Os grãos colhidos foram armazenados por 135 dias e avaliados fenotipicamente quanto ao escurecimento. Paralelamente, esses genótipos foram avaliados genotipicamente com os marcadores Pvsd-1158 e PvbHLHp12804 e também com um painel de 24 marcadores microssatélites para estimação da diversidade genética. Também foram realizados cruzamentos entre os genótipos 1533-15, AN512666-0 e BRSMG Madrepérola, que apresentam escurecimento lento dos grãos, para confirmar se o gene responsável pelo escurecimento nesses genótipos é o mesmo. Para isso, foram avaliadas progênies F2:3 por meio de testes de segregação a partir dos dados obtidos da avaliação fenotípica do escurecimento. Considerando as 17 linhagens, 13 apresentaram escurecimento lento, três apresentaram escurecimento normal e uma não apresentou escurecimento. Os marcadores Pvsd-1158 e PvbHLHp12804 apresentaram os alelos esperados de acordo com a avaliação fenotípica em 14 dos 16 genótipos que apresentaram algum escurecimento, representando 87,5% de coincidência com os dados fenotípicos e indicando que o gene Sd é o responsável pelo escurecimento dos grãos nesses genótipos. A linhagem CNFM11940, com grãos mulatinho e a cultivar TAA Dama, com grãos carioca apresentaram escurecimento lento e alelos relativos ao escurecimento normal para os dois marcadores. Isso indica que houve recombinação nessa região genômica, provocando a separação entre os marcadores e o gene Sd, ou que existe outro gene conferindo o escurecimento lento nesses genótipos. As estimativas de divergência genética entre os genótipos forneceram informações adicionais para comparação dos genótipos. Adicionalmente, todas as progênies F2:3 oriundas das três populações, apresentaram escurecimento lento e, portanto, não houve segregação. Assim, o gene que controla o escurecimento dos grãos em feijão pinto e carioca é o gene Sd.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-11-14T11:45:49Z No. of bitstreams: 2 Tese - Tatianne Piza Ferrari Abreu Jardim - 2018.pdf: 6203462 bytes, checksum: da8fd40f0daa85798ef8b9933080b8f5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-11-14T12:59:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Tatianne Piza Ferrari Abreu Jardim - 2018.pdf: 6203462 bytes, checksum: da8fd40f0daa85798ef8b9933080b8f5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-14T12:59:52Z (GMT). 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As in the past, future changes inclimate can modify the landscape causing changes in the geographical distribution of species. In addition, predicted global warming may lead to a decline in genetic diversity as well as lead to extinction due to species' low ability to adapt to drastic and quick changes. In this thesis two regions of mitochondrial DNA (Cytb and 12S) and one nuclear (RAG-1) were used together with coalescing simulations, and ecological niche modelling to access the evolutionary history of a Scinax squalirostris (Lutz, 1925), a species associated to the South American grasslands. In the first chapter, we sought to understand how Neogene and Quaternary geological or climatic events, respectively, may have shaped the current disjunct distribution and the genetic diversity pattern of S. squalirostris. The populations of S. squalirostris were found to have high genetic diversity, with no sign of current gene flow, a high genetic differentiation, and a stable demographic history over time with scattered origin in southern Brazil. Coalescence events date from Pliocene-Pleistocene, with haplotype sharing among geographically distant populations, which indicates incomplete lineage sorting. The paleodistribution models suggests that S. squalirostris lineages were widely distributed during the last glacial maximum (LGM) but afterwards contracting and changing their area of occurrence. These results indicate that the current geographic distribution and genetic diversity of S. squalirostris is due to the contraction of an area widely distributed in the past, generated by the dynamics of retraction of grasslands in warmer periods due to the loss of areas suitable for their occurrence. In the second chapter, we tested the hypothesis that the current populations of S. squalirostris could represent distinct lineages with candidate species not previously described, due to the current disjunct distribution. Using molecular and morphometric data the formation of two groups was rescued. One of them consists in a candidate species to be described, which is a lineage restricted to the Central-West region of Brazil. The other one comprises of populations from the South and Southeast Brazil, Paraguay, Uruguay and Argentina. In the third chapter, ecological niche modelling, molecular techniques and simulations of genetic groups were used to verify how future climate changes could alter the genetic diversity and distribution of S. squalirostris. Through two climatic scenarios with different temperature changes to 2100 (scenario 4.5 RCP increases 1.8 ° C and stabilizes, and scenario 8.5 increases 3.7 ° C and continues to increase), ecological niche modelling analysis indicated a decrease of suitable areas in the Central-West and Southeast regions, with a displacement towards the South of Brazil entering the central region of Argentina towards more anthropized areas. Most of the Central West and Northern Southeast populations may be extinct due to the absence of climatic suitable areas for their occurrence and low genetic diversity. In addition, it was observed that Protections Areas (PAs) currently harbors a large part of the genetic diversity of S. squalirostris. Thus, PAs in areas that will be ideal for the occurrence of S. squalirostris will be able to maintain their high levels of genetic diversity, but with losses of genetic diversity in the Midwest and Southeast regions. This work indicates that future climate changes will negatively affect this species, since the appropriate areas for its occurrence will be reduced and displaced. The loss and changes in genetic clusters may lead to a possible loss of the evolutionary potential of S. squalirostris populations in responding to future climate changes, which could result in the extinction of some populations. / Diferentes eventos, como geológicos do Neógeno e climáticos do Quaternário, tiveram um papel importante com alterações da paisagem e do clima na América do Sul, influenciando diretamente a história evolutiva dos organismos da região nos últimos milhões de anos. Essas mudanças levaram à alternância entre períodos quentes e úmidos com frios e secos, e essa alternância iniciou a dinâmica de retração e expansão de paisagens abertas e florestais. Espécies associadas a essesambientes evoluíram seguindo essa dinâmica, levando a alteração na conformação genética, diferenciação de linhagens e até a especiação. Assim como no passado, mudanças climáticas futuras podem alterar a paisagem causando mudanças na distribuição geográfica das espécies. Além disso, o aquecimento global previsto pode levar a diminuição da diversidade genética e ocasionar a extinção devido à baixa capacidade das espécies de se adaptarem as mudanças drásticas tão rapidamente. Nesta tese utilizou-se duas regiões do DNA mitocondrial (Cytb e 12S) e uma nuclear (RAG-1) juntamente com simulações coalescentes, e de Modelagem de Nicho Ecológico para acessar a história evolutiva de uma espécie de perereca Scinax squalirostris (Lutz, 1925) associada aos Campos (grasslands) Sul-Americanos. No primeiro capítulo buscou-se entender como eventos geológicos do Neógeno e climáticos do Quaternário podem ter moldado a atual distribuição disjunta e o padrão de diversidade genética de S. squalirostris. Encontrou-se que as populações de S. squalirostris possuem alta diversidade genética, com nenhum sinal de fluxo gênico atual, uma alta diferenciação genética e história demográfica estável ao longo do tempo com origem de dispersão no Sul do Brasil. Eventos de coalescência dataram do Plioceno- Pleistoceno, com compartilhamento de haplótipos entre as populações geograficamente distantes, indicando um arranjo incompleto de linhagens. A modelagem de paleodistribuição sugere que as linhagens de S. squalirostris tinham uma ocorrência de ampla distribuição no último máximo glacial (LGM) com contração e mudança de área no período pós-LGM. Tais resultados indicam que a atual distribuição geográfica e diversidade genética de S. squalirostris é devido a contração de uma área amplamente distribuída no passado, gerada pela dinâmica de retração de grasslands nos períodos mais quentes devido à perda de áreas adequadas para sua ocorrência. No segundo capítulo testou-se a hipótese de que as populações atuais de S. squalirostris poderiam representar linhagens distintas, com potencial (is) espécie(s) candidata(s) não descrita(s), devido a atual distribuição disjunta. Com a utilização de dados moleculares e dados morfométricos resgatou-se a formação de dois grupos, sendo um destes com uma espécie a ser descrita, um grupo restrito a região Centro-Oeste do Brasil, e outro grupo abrangendo populações do Sul e Sudeste do Brasil, Paraguai, Uruguai e Argentina. No terceiro capítulo utilizou-se a modelagem de nicho ecológico, juntamente com as análises moleculares e as simulações de agrupamentos genéticos para verificar o quanto as mudanças climáticas futuras poderão alterar a diversidade genética e a distribuição de S. squalirostris. Através de dois cenários climáticos com diferentes alterações na temperatura para 2100 (cenário 4.5 RCP aumenta 1.8oC e estabiliza, e o cenário 8.5 aumenta 3.7°C e continua aumentando), a análise de modelagem de nicho indicou uma diminuição de áreas adequadas na região Centro-Oeste e Sudeste, com um deslocamento em direção ao Sul do Brasil adentrando até a região central da Argentina em direção a áreas mais antropizadas. A maioria das populações do Centro-Oeste e norte da região Sudeste poderão ser extintas devido à ausência de áreas climáticas adequadas para a sua ocorrência e sua baixa diversidade genética. Além disso, foi observado que as Unidades de Conservação (UCs) detêm, atualmente, grande parte da diversidade genética de S. squalirostris. Com as mudanças climáticas previstas, as UCs em áreas que serão ideais para a ocorrência de S. squalirostris conseguirão manter altos níveis de diversidade genética, porém com perdas de diversidade na região Centro-Oeste e Sudeste. Este trabalho indica que as mudanças climáticas futuras afetarão negativamente essa espécie, pois as áreas adequadas para sua ocorrência serão reduzidas e deslocadas. A perda e as alterações nos agrupamentos genéticos, podem levar a uma possível perda do potencial evolutivo das populações de S. squalirostris em responder às mudanças climáticas futuras, o que poderia resultar na extinção de algumas populações.