Submitted by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-08-01T19:59:42Z No. of bitstreams: 1 DissPAAB.pdf: 4100356 bytes, checksum: 348f90d1cf3911093faeec744c33f884 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-08-01T19:59:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissPAAB.pdf: 4100356 bytes, checksum: 348f90d1cf3911093faeec744c33f884 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-08-01T20:00:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissPAAB.pdf: 4100356 bytes, checksum: 348f90d1cf3911093faeec744c33f884 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-01T20:00:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissPAAB.pdf: 4100356 bytes, checksum: 348f90d1cf3911093faeec744c33f884 (MD5) Previous issue date: 2015-06-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / The main goal of any captive breeding program consists is maximizing the conservation of genetic diversity. Groups kept in captivity are particularly susceptible to the loss of genetic diversity, inbreeding depression and adaptation to captivity, due to their small size. The genetic characterization of wild and captive populations is an important tool both to minimize these impacts and for the conservation of these species, since it enables the development of management strategies aimed at maintenance of genetic diversity. In this context, the main objective of the study was to evaluate genetic variability and paternity for animals of black lion tamarin from Centro de Primatología do Rio de Janeiro, Fundacão Parque Zoológico de Sao Paulo, Parque Ecológico de Sao Carlos and 14 specimen belonging to the Durrell Conservation Trust in England using 15 microsatellite loci. The results of the allelic richness and expected heterozygosity showed similar values of alleles numbers and heterozygosity when compared with other species of Callitrichidae. Factorial correspondence analysis (FCA) showed greater homogeneity among captive animals than wild animals from Capão Bonito. The captive groups showed no differentiation among them and high differentiation from the wild Capão Bonito population. The data obtained herein are fundamental to increase the knowledge in genetic aspects of tamarins and support breeding programs to prevent loss of genetic diversity and inbreeding. / Maximizar a conservação da diversidade genética é um dos principais objetivos de qualquer programa de reprodução em cativeiro. Por serem de pequeno tamanho, grupos mantidos em cativeiro são particularmente suscetíveis à perda de diversidade genética, depressão endogâmica e adaptação ao cativeiro. Na tentativa de minimizar tais impactos, a caracterização genética de populações de vida livre e de cativeiro, torna-se uma importante ferramenta para a conservação destas espécies, uma vez que possibilita o desenvolvimento de estratégias de manejo que visem à manutenção de níveis adequados de diversidade genética. Neste contexto o objetivo principal deste trabalho foi avaliar através de 15 loci microssatélites, os níveis de variabilidade genética e paternidade dos animais mantidos em cativeiro no Brasil, no Centro de Primatologia do Rio de Janeiro, Fundação Parque Zoológico de São Paulo, Parque Ecológico de São Carlos e 14 espécimenes que faziam parte do Durrell Conservation Trust na Inglaterra. Os resultados referentes à riqueza alélica e heterozigosidade esperada mostraram que há uma representação similar nos valores de alelos e heterozigosidade quando comparado com outras espécies de Calitriquídeos. A análise de correspondência fatorial (FCA) mostrou que os grupos em cativeiro do Brasil apresentaram maior homogeneidade, quando comparados a um grupo de vida livre proveniente da região de Capão Bonito (São Paulo) e aos 14 indivíduos que representam ao grupo em cativeiro do zoológico de Durrell. O alto grau de parentesco entre os animais em cativeiro evidencia baixa diferenciação entre os grupos pertencentes às diferentes instituições brasileiras estudadas. Os grupos de cativeiro do Brasil, no entanto, mostraram-se divergentes dos animais de Capão Bonito. As informações obtidas neste trabalho são fundamentais para aumentar o conhecimento sob aspectos genéticos dos micos-leões-pretos e subsidiar planos de reprodução assistida que visem minimizar a perda de diversidade genética e a endogamia.

Entre as doenças que trazem preocupações e podem causar prejuízos no setor canavieiro em todo o Brasil, destaca-se a ferrugem marrom, causada pelo fungo Puccinia melanocephala H. & P. Sydow. Essa doença ocorre em todas as regiões canavieiras do mundo, desde a Ásia e a África, de onde o complexo \"Sacharum spp.\" é originário, até as Américas e Oceania. No Brasil, a ferrugem foi detectada, pela primeira vez em 1986, no município de Capivari-SP e logo em seguida em Pernambuco e Alagoas. Desde o primeiro surgimento no Brasil, a ferrugem tem sido mantida sob controle, com grande parte das cultivares apresentando resistência. O conhecimento acerca da estrutura populacional de P. melanocephala é necessário para desenvolver estratégias satisfatórias no controle desta doença e no desenvolvimento de cultivares resistentes. A variabilidade genética entre isolados pode ser avaliada por meio de marcador molecular microssatélite e os dados podem ser usados para monitorar as populações do patógeno. Este trabalho teve como objetivo avaliar, por meio do desenvolvimento de uma biblioteca enriquecida em locos de microssatélites, a variabilidade genética entre isolados de P. melanocephala bem como avaliar a patogenicidade de isolados de diferentes regiões produtoras de cana-de-açúcar. Primeiramente, os 44 isolados de ferrugem da cana foram identificados por microscopia utilizando estruturas morfológicas dos urediniósporos. Desse total, 34 foram identificadas como P. melanocephala e 10 como Puccinia kuehnni. Por meio da construção da biblioteca enriquecida com locos microssatélites foram desenvolvidos 21 locos para ferrugem marrom, e desse total, 16 apresentaram amplificações satisfatórias e somente quatro foram polimórficos. A variabilidade genética dos isolados de P. melanocephala foi relativamente alta (HT = 0,650). A análise de agrupamento não permitiu a separação dos isolados de P. melanocephala de acordo com sua região de origem. Os índices de diversidade (DST = -0,039) e divergência (GST = -0,061) genética observados sugerem que a variabilidade genética está igualmente distribuída nas regiões estudadas, ocorrendo uma única população heterogênea. As regiões de origem dos isolados utilizadas para avaliação de patogenicidade não apresentaram variações significativas na agressividade. Os resultados obtidos no presente trabalho evidenciam que o melhoramento genético da cana-de-açúcar para resistência a ferrugem marrom deve ser conduzido em locais com clima favorável a ocorrência do patógeno, que possivelmente representam a diversidade genética presente em diferentes regiões de cultivo / Among the diseases that bring concerns and can cause losses in the sugarcane industry in Brazil, stands out the brown rust, caused by the fungus Puccinia melanocephala H. & P. Sydow. This disease occurs in all sugarcane regions of the world, from Asia and Africa, where the complex \"Sacharum spp.\" originates, to the Americas and Oceania. In Brazil, the rust was detected for the first time in 1986 in the region of Capivari-SP and soon after in the Pernambuco and Alagoas. Since the first appearance in Brazil, the rust has been brought under control, with most of the cultivars showing resistance. The knowledge about the population structure of P. melanocephala is necessary to develop suitable strategies to control this disease and the development of resistant cultivars. The genetic variability between isolates can be assessed by means of microsatellite molecular markers and data can be used to monitor populations of the pathogen. The aim of this work was to develop a library enriched for microsatellite loci in P. melanocephala and assessment of pathogenicity of isolates from three different sugarcane regions producing. First, the 44 sugarcane rust isolates were identified by microscopy using morphological structures of urediniospores. Of this total, 34 were identified as P. melanocephala and 10 as P. kuehnni. Through the construction of the library enriched with microsatellite loci were developed 21 loci brown rust of those, 16 had satisfactory PCR amplifications and only four were polymorphic. The genetic variability of isolates of P. melanocephala was relatively high (HT = 0.650). The cluster analysis did not allow the separation of isolates of P. melanocephala according to their region of origin. The index of the genetic diversity (DST = -0.039) and genetic divergence (GST = -0.061) suggest that genetic variability is equally distributed in the regions studied, occurring only a heterogeneous population. The regions of origin of isolates used for pathogenicity assessment did not show significant variations in aggressiveness. The results obtained in this work show that the genetic improvement of sugarcane for resistance to brown rust should be conducted in areas with favorable weather for the occurrence of the pathogen, which may represent the genetic diversity present in different sugarcane regions

The maternal lineages and origins of the South African goat populations are unknown and hence pose challenges for breed characterization and conservation. This study investigated the maternal lineages of South African goats using complete mtDNA and ascertained the genetic diversity in the growth hormone gene within and between populations. Illumina MiSeq next generation sequencing was used to generate the full length of the mtDNA (16.64 kb) and growth hormone (2.54kb) genes in 50 goats of the commercial South African Boer (n =9), captive feral Tankwa (n =9), and SA village goat populations (n =32). The non-descript village populations were sampled from villages of the four major goat-producing provinces; (i) Hobeni village, Elliotdale municipality and Pechelsdam village, Inxubayethemba municipality in Eastern Cape (n=8), (ii) Coniliva and Ngubo villages in Msinga municipality Kwa-Zulu Natal (n=8), (iii) Mukovhabale village, Mutale municipality and Muila-muumone, Makhado municipality in Limpopo (n=8) and (iv) Pella village (n=6), Moses Kotane municipality North West (n=8) provinces of South Africa. A total of 184 SNPs and 55 AA changes were observed across the complete mtDNA genome. High within-population variation was observed in all the groups, ranging from 98.60 to 99.52%. A low FST (FST = 0.003-0.049) indicated close relatedness and possible gene flow between SA goat populations. Haplotypes and clades observed in the D-loop, COX1 and whole mtDNA network trees demonstrated relationships between South African goat populations. The South African goats clustered with Chinese goats from lineages A and B, suggesting common maternal lineages between the Chinese and South African goat populations. The results also suggested that the bezoar (Capra aegagrus) is a possible ancestor of South African domestic goats. A range of 27 to 58 SNPs per population were observed on the growth hormone gene. Amino acid changes from glycine to serine, tyrosine to cysteine and arginine to glycine were observed at exon 2 and exon 5. Gene diversity ranged from 0.8268 ± 0.0410 to 0.9298 ± 0.0050. Higher within breed diversity (97.37%) was observed within the population category consisting of SA village ecotypes and the Tankwa goats. Highest pairwise FST values ranging from 0.148 to 0.356 were observed between the SA Boer and both the SA village and Tankwa feral goat populations. The maximum likelihood phylogenetic analysis indicated nine genetic clades, which reflected close relationships between the South African populations and the other international breeds. Results imply greater potential for within population selection programs particularly with SA village goats. / Life and Consumer Sciences / M.Sc. (Statistical Genomics)

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:15:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AndreiaA_DISSERT.pdf: 9973385 bytes, checksum: ddb450a1bf74c00e813d10ad0a566740 (MD5) Previous issue date: 2011-02-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The cucurbits are among the main crops present in the family agriculture in the Notheast, especially the pumpkin, indigenous species important for food both for culinary versatility and richness in minerals, vitamins and, in some species, carotenoids. The germplasm currently planted in most areas of the Northeast is devoid of features suitable for cultivation, as well as size, shape, firmness and flavor suitable to trade. Likewise, are not recognized materials with uniform attributes and nutritional properties, such as pro-vitamin A, which enable continuous improvement and secure the health and quality of life of low-income. The aim of this study was to evaluate the quality, the bioactive compounds and antioxidant activity of Cucurbita moschata accessions from the Cucurbits Active Germplasm Bank of Embrapa Tropical Semi-Arid that add quality to the market as well as characters useful for studies in plant breeding programs. Fifteen accessions were characterized: 510, 515, 525, 560, 561, 564, 574, 575, 579, 581, 583, 585, 587, 589 and 592, being from Piauí and Maranhão states. The evaluated characteristics were: weight, length, diameter, smaller, and the median longitudinal internal cavity, thickness of skin and pulp, firmness, lightness, chroma and angle of lesh color, soluble solids, total soluble sugars and starch, acidity, total extractable polyphenols, total carotenoids and β-carotene content, retinol activity equivalent, and the antioxidant activities by β-caroteno/Acid Linoleic and ABTS methods. Access 581 has added a greater number of postharvest desired characteristics and it is indicated for future work on plant breeding, aimed at obtaining higher quality fruit of Cucurbita moschata. Descriptors firmness and angle of flesh color, acidity, soluble sugars, β-carotene content and total antioxidant activity by the method β- caroteno/Acid Linoleic must be entered in future plant breeding work to assess the genetic diversity the species / As cucurbitáceas estão entre as principais culturas presentes na agricultura familiar do Nordeste, com destaque para a abóbora, espécie indígena importante para a alimentação humana tanto pela versatilidade culinária quanto pela riqueza em minerais, vitaminas e, em algumas espécies, carotenóides. O germoplasma plantado atualmente na maioria das áreas do Nordeste é desprovido de características adequadas ao cultivo, assim como de tamanho, formato, firmeza da polpa e sabor adequados ao comércio. Da mesma forma, não são reconhecidos materiais com uniformidade de atributos e propriedades nutricionais, a exemplo da pró-vitamina A, que possibilitem melhoria continuada e segura da saúde e da qualidade de vida da população de menor renda. O objetivo desse trabalho foi avaliar a qualidade, os compostos bioativos e a atividade antioxidante de acessos de Cucurbita moschata pertencentes ao Banco Ativo de Germoplasma de Cucurbitáceas da Embrapa Semiárido, que agreguem qualidade para mercado, assim como caracteres úteis para estudos em programas de melhoramento genético vegetal. Quinze acessos foram caracterizados: 510, 515, 525, 560, 561, 564, 574, 575, 579, 581, 583, 585, 587, 589 e 592, sendo provenientes dos estados do Piauí e do Maranhão. As características avaliadas foram: massa; comprimento; diâmetros maior, menor, da cavidade interna longitudinal e mediana; espessuras da casca e da polpa; firmeza da polpa; luminosidade, croma e ângulo de cor da polpa; teores de sólidos solúveis, açúcares solúveis totais e amido; acidez titulável; polifenóis extraíveis totais; teores de carotenóides totais e de β-caroteno; atividade equivalente de retinol; e as atividades antioxidantes pelos métodos β- caroteno/Ácido Linoléico e ABTS. O acesso 581 agregou um número maior de características pós-colheita desejáveis, sendo indicado para futuros trabalhos de melhoramento genético vegetal, voltados para a obtenção de frutos de qualidade superior de Cucurbita moschata. Os descritores firmeza e ângulo de cor da polpa, acidez titulável, açúcares solúveis totais, conteúdo de β-caroteno e atividade antioxidante total pelo método β-caroteno/Ácido Linoléico devem ser inseridos em futuros trabalhos de melhoramento genético vegetal para avaliar a diversidade genética da espécie

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:18:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AndreiaA_DISSERT.pdf: 9973385 bytes, checksum: ddb450a1bf74c00e813d10ad0a566740 (MD5) Previous issue date: 2011-02-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The cucurbits are among the main crops present in the family agriculture in the Notheast, especially the pumpkin, indigenous species important for food both for culinary versatility and richness in minerals, vitamins and, in some species, carotenoids. The germplasm currently planted in most areas of the Northeast is devoid of features suitable for cultivation, as well as size, shape, firmness and flavor suitable to trade. Likewise, are not recognized materials with uniform attributes and nutritional properties, such as pro-vitamin A, which enable continuous improvement and secure the health and quality of life of low-income. The aim of this study was to evaluate the quality, the bioactive compounds and antioxidant activity of Cucurbita moschata accessions from the Cucurbits Active Germplasm Bank of Embrapa Tropical Semi-Arid that add quality to the market as well as characters useful for studies in plant breeding programs. Fifteen accessions were characterized: 510, 515, 525, 560, 561, 564, 574, 575, 579, 581, 583, 585, 587, 589 and 592, being from Piauí and Maranhão states. The evaluated characteristics were: weight, length, diameter, smaller, and the median longitudinal internal cavity, thickness of skin and pulp, firmness, lightness, chroma and angle of lesh color, soluble solids, total soluble sugars and starch, acidity, total extractable polyphenols, total carotenoids and β-carotene content, retinol activity equivalent, and the antioxidant activities by β-caroteno/Acid Linoleic and ABTS methods. Access 581 has added a greater number of postharvest desired characteristics and it is indicated for future work on plant breeding, aimed at obtaining higher quality fruit of Cucurbita moschata. Descriptors firmness and angle of flesh color, acidity, soluble sugars, β-carotene content and total antioxidant activity by the method β- caroteno/Acid Linoleic must be entered in future plant breeding work to assess the genetic diversity the species / As cucurbitáceas estão entre as principais culturas presentes na agricultura familiar do Nordeste, com destaque para a abóbora, espécie indígena importante para a alimentação humana tanto pela versatilidade culinária quanto pela riqueza em minerais, vitaminas e, em algumas espécies, carotenóides. O germoplasma plantado atualmente na maioria das áreas do Nordeste é desprovido de características adequadas ao cultivo, assim como de tamanho, formato, firmeza da polpa e sabor adequados ao comércio. Da mesma forma, não são reconhecidos materiais com uniformidade de atributos e propriedades nutricionais, a exemplo da pró-vitamina A, que possibilitem melhoria continuada e segura da saúde e da qualidade de vida da população de menor renda. O objetivo desse trabalho foi avaliar a qualidade, os compostos bioativos e a atividade antioxidante de acessos de Cucurbita moschata pertencentes ao Banco Ativo de Germoplasma de Cucurbitáceas da Embrapa Semiárido, que agreguem qualidade para mercado, assim como caracteres úteis para estudos em programas de melhoramento genético vegetal. Quinze acessos foram caracterizados: 510, 515, 525, 560, 561, 564, 574, 575, 579, 581, 583, 585, 587, 589 e 592, sendo provenientes dos estados do Piauí e do Maranhão. As características avaliadas foram: massa; comprimento; diâmetros maior, menor, da cavidade interna longitudinal e mediana; espessuras da casca e da polpa; firmeza da polpa; luminosidade, croma e ângulo de cor da polpa; teores de sólidos solúveis, açúcares solúveis totais e amido; acidez titulável; polifenóis extraíveis totais; teores de carotenóides totais e de β-caroteno; atividade equivalente de retinol; e as atividades antioxidantes pelos métodos β- caroteno/Ácido Linoléico e ABTS. O acesso 581 agregou um número maior de características pós-colheita desejáveis, sendo indicado para futuros trabalhos de melhoramento genético vegetal, voltados para a obtenção de frutos de qualidade superior de Cucurbita moschata. Os descritores firmeza e ângulo de cor da polpa, acidez titulável, açúcares solúveis totais, conteúdo de β-caroteno e atividade antioxidante total pelo método β-caroteno/Ácido Linoléico devem ser inseridos em futuros trabalhos de melhoramento genético vegetal para avaliar a diversidade genética da espécie

L’étude de stratégies visant à diminuer la taille du reservoir viral, et notamment l’impact des traitements antirétroviraux, permettront peut-être de s’approcher des objectifs de guérison de l’infection à VIH. Nous avons analysé la dynamique de ce réservoir chez des personnes vivant avec le VIH débutant un traitement comprenant du dolutegravir (TCD) à différents stades de l’infection. L’étude DRONE a inclus des personnes débutant et répondant à un TCD et suivies pendant 48 semaines. L’ADN-VIH dans les cellules mononucléées du sang périophérique (CMSP), l’ADN-VIH dans les sous-populations lymphocytaires TCD4+ (Effecteur mémoire, TEM; Transitionnel mémoire, TTM; Central mémoire, TCM and Naïf, TN), le séquençage à haut débit de l’ADN-VIH et des marqueurs inflammatoires (CD14s, CD163s, IL-6us and IP- 10) ont été analysés. Au total, 169 participants ont été inclus dans différents groupes: infections aiguës (AI, n=20), infections chroniques (CI, n=21), en succès virologique sous traitement (VS, n=116) et dans un contexte d’échec virologique à l’initiation du TCD (VF, n=12). L’ADN-VIH dans les CMSP et les sous-populations lymphocytaires, et les marqueurs inflammatoires ont diminué sous TCD dans les groupes AI, CI et VF mais pas dans le groupe VS. La diminution la plus prononcée a été observée dans le groupe AI. La diversité génétique du reservoir viral a, quant à elle, été modifiée rapidement après l’initiation du TCD dans tous les groupes. Un TCD efficace permet une diminution rapide du réservoir viral chez des personnes naïves de traitement mais aussi en cas d’échec virologique. L’effet du dolutegravir sur la latence virale devrait être étudié plus avant. / Strategies aimed at reducing the latent HIV reservoir size, including combined antiretroviral therapy, may enhance the probability of a possible cure. Here, we assessed the dynamics of HIV reservoir among HIV-infected adults initiating a dolutegravir-based regimen (DBR) at different stages of HIV infection. The DRONE trial enrolled individuals starting and responding to a DBR on a 48 weeks follow-up. HIV-DNA in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs), HIV-DNA in sorted CD4+ T cell subsets (Effector memory, TEM; Transitional memory, TTM; Central memory, TCM and Naive, TN), HIV-DNA ultra-deep sequencing and serum immune activation biomarkers (sCD14, sCD163, IL-6us and IP-10) were assessed. Overall, 169 participants were allocated to different groups: acute infections (AI, n=20), chronic infections (CI, n=21), individuals in virological success on treatment (VS, n=116), and in the aftermath of virological failures at baseline (VF, n=12). HIV-DNA in PBMCs and in sorted CD4+ T cell subsets, and immune activation markers decreased on DBR in the AI, CI and VF groups but not in the VS group. Participants from the AI group experienced the most dramatic decline. Genetic diversity of the viral reservoir was also affected shortly after DBR initiation in all groups of individuals. Successful DBR produced a rapid decline in the viral reservoir in treatment-naive but also in treatment-failing individuals. More studies on the effect of dolutegravir on viral latency are needed.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-10-15Bitstream added on 2014-06-13T20:33:51Z : No. of bitstreams: 1 silva_pvc_me_jabo.pdf: 474489 bytes, checksum: 1d66e81d39696776d2b564803c77e0a8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A ocorrência de híbridos entre javalis e suínos, tanto na natureza como em cativeiro, é bastante comum. Assim, tem-se detectado polimorfismo em javalis, variando o número de cromossomos de 36 a 38. Nesse sentido, objetivou-se, com este trabalho, caracterizar geneticamente javalis (Sus scrofa scrofa) puros e híbridos criados no Brasil, por meio de loci de microssatélites (STRs) do suíno doméstico (Sus scrofa domestica). Para efeito de classificação, os animais foram agrupados, segundo análise de pedigree e número diplóide (2n), em 5 grupos genéticos: grupo I, constituído de 59 suínos domésticos; grupo II, formado por 46 javalis puros de origem; grupo III, constituído de 3 híbridos, com 2n=36, provenientes de acasalamentos entre híbridos e retrocruzamentos; grupo IV, representando 30 híbridos com suíno doméstico de ploidia igual a 37 cromossomos; e grupo V, constituídos de 10 híbridos também com o doméstico, porém com 2n=38, conhecidos popularmente como Javaporcos, devido à similaridade cariotípica e fenotípica com o suíno doméstico. O DNA genômico foi extraído e, posteriormente, amplificou-se, pela técnica de PCR, os fragmentos desses microssatélites - IGF1, ACTG2, TNFB -, os quais foram desenvolvidos para a subespécie Sus scrofa domestica. As condições de amplificação foram padronizadas para as amostras de javali realizadas em um termociclador, com as temperaturas de anelamento variando para cada primer. Ao final das amplificações, os produtos dos microssatélites foram colocados em um seqüenciador capilar modelo ABI 3100 Avant (Applied Biosystems). A partir dos resultados obtidos no presente trabalho, concluiu-se que os microssatélites IGF1, ACTG2 e TNFB, usados em suínos, são eficiente na amplificação heteróloga e podem ser aplicados em javali. Os javalis puros se diferenciam geneticamente dos suínos e dos híbridos... / The occurrence of crossbred animals between wild boar and pigs, both in nature and in captivity, is quite common. Thus, polymorphism has been detected among wild boar, varying chromosomes from 36 to 38. Considering this, the objective of the present work was to perform a genetic characterization of wild boar and crossbred boars raised in Brazil, through. the microsatellites loci (STRs) of the domestic pig (Sus scrofa domestica). For classification purposes, the animals were grouped according to pedigree analysis and diploid number (2n) into 5 genetic groups: group I, composed of 59 domestic pigs with 2n = 38; group II, composed of 46 wild boar with 2n = 36 imported from France in 1997; group III, composed of 3 crossbred animals with 2n = 36 from the crossing between crossbred and backcrossing animals; group IV, composed of 30 crossbred animals with domestic pig with ploidy equal to 37 chromosomes and group V, composed of 10 crossbred animals also with domestic pig, but with 2n = 38, popularly known as “Boarpigs” due to their karyotypic and phenotypic similarity with the domestic pig. The genomic DNA was extracted and, after that, the fragments of these microsatellites - IGF1, ACTG2, TNFB - were amplified through the PCR technique, which were developed for the Sus scrofa domestica species. The amplification conditions were standardized for wild boar samples and performed in a thermocycler with the annealing temperatures varying for each primer. At the end of amplifications, the products of microsatellites were placed in a genetic analyzer model ABI 3100 Avant (Applied Biosystems). Considering the results of this research, the microsatellites IGF1, ACTG2 and TNFB used for pigs, were considered to be efficient on the heterologous amplifications and can also be applied on wild boar. The wild boar differs genetically from pigs and crossbreds... (Complete abstract, click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-07-15Bitstream added on 2014-06-13T20:33:53Z : No. of bitstreams: 1 ivani_sa_me_jabo.pdf: 806885 bytes, checksum: 46ae5805f566147f2c05b8acbfd80a9e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O objetivo do presente trabalho foi estudar a divergência genética por meio de caracteres morfológicos de frutos, diásporos, ráquilas e plântulas, entre palmeiras matrizes de Oenocarpus bacaba Mart., em três populações naturais do Amapá, Comunidade Lontra da Pedreira, Parque Zoobotânico em Macapá e Município de Porto Grande. A divergência genética foi avaliada pela análise de agrupamento, através do algaritmo de Tocher e do método do Ward, obtido a partir da matriz de dissimilaridade pela Distância Euclidiana. A técnica dos componentes principais foi utilizada para identificar a importância relativa de cada variável para a divergência genética. Houve certa concordância nos dois métodos de agrupamento. Dos 17 caracteres avaliados 10 deles (60%) são passíveis de descarte nas três áreas de estudo / The objective of this work was to study the genetic divergence for morphological characters of fruits, disseminules, rachilles and seedlings, among matrices of Oenocarpus bacaba Mart. palm, in three natural populations of Amapa city, Lontra da Pedreira community, Park Zoobotany in Macapa and Porto Grande municipality. The genetic divergence was assessed by clusters analysis by the Tocher algaritmo and Ward's method, obtained from the matrix of dissimilarity of the Euclidian distance. The technique of principal components was used to identify the relative importance of each variable for genetic divergence. There was some agreement among the two groups The twenty characters evaluated, 10 of them (60%) are likely to discard of the three areas of study

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-08-15Bitstream added on 2014-06-13T19:03:07Z : No. of bitstreams: 1 souza_av_dr_botfca.pdf: 1549773 bytes, checksum: 84b4a67f035a5e2a2ded161bbf59589c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Outra / O bioma Cerrado e uma das regioes mais ricas do Brasil no tocante a diversidade de plantas medicinais, sendo atualmente, considerado uma area ghotspots h devido o alto grau de endemismo das especies e a velocidade de degradacao que vem sofrendo. Anemopaegma arvense, Mandevilla illustris e Mandevilla velutina, sao plantas medicinais endemicas do cerrado, muito utilizadas na medicina popular devido suas propriedades terapeuticas. A coleta indiscriminada realizada pela populacao, como tambem por laboratorios farmaceuticos para a fabricacao de medicamentos, tem colocado essas especies em risco de extincao. Ferramentas biotecnologicas como a tecnica da micropropagacao e biologia molecular para analise do DNA, tem sido amplamente usadas para a producao, conservacao e analise da diversidade genetica de especies nativas. Neste contexto, o presente trabalho teve como objetivos estudar a variabilidade genetica em diferentes populacoes de M. velutina por meio do marcador molecular RAPD e estabelecer a conservacao em bancos de germoplasma in vitro; desenvolver protocolos eficientes de enraizamento in vitro para A. arvense, M. illustris e M. velutina; verificar a ocorrencia e identificar especies de micorrizas, avaliando a colonizacao em raizes de plantas de diferentes populacoes e variedades de A. arvense. Para os estudos de enraizamento in vitro, as brotacoes foram submetidas a acao de diferentes substancias que apresentam efeito sobre a formacao de raizes adventicias, sob variadas condicoes. Para a analise da diversidade genetica, utilizou-se a tecnica de Polimosfirmo de DNA Amplificado ao Acaso (RAPD) e para os estudos micorrizicos, realizou-se a avaliacao da infeccao micorrizica nas raizes e a identificacao de especies de fungos micorrizicos extraidos do solo. As especies comportaram-se de maneira diferente quanto a inducao de raizes adventicias in vitro, mostrando a influencia direta do genotipo no processo de enraizamento. Para as especies M. illustris / The Bioma Cerrado is one of the richest regions in Brazil due to the variety of native medicinal plants, and nowadays it is considered a hotspot area because of the high degree of endemism of the species and the speed of degradation that it has been submitted. Anemopaegma arvense, Mandevilla illustris and Mandevilla velutina, are medicinal plants endemic of Cerrado very used in the popular medicine due to their therapeutic properties. The indiscriminate collection accomplished by the population, as well by pharmaceutical laboratories for the formulation of medicines, has put those species in risk of extinction. Biotechnological tools as the technique of micropropagation and molecular biology for the analysis of the DNA, have been widely used for the production, conservation and analysis of the genetic diversity of native species. In this context, the current work was investigate the genetic variability in different populations of M. velutina by means of molecular marker RAPD and to establish a protocol for in vitro conservation in germplasm bank; to develop efficient protocol of in vitro rooting for A. arvense, M. illustris and M. velutina; to verify the occurrence and to identify species of mycorrhiza, colonizing plant roots of different populations and varieties of A. arvense. For the studies of in vitro rooting, the plantlets were exposed to the action of different exogenous substances that a effect the formation of adventious roots, under several conditions. For the analysis of genetic diversity, it was used the technique of Random Amplified Polymorphic DNA at (RAPD) and for the studies on influence of mycorrhizal infection on root development and identification of species of fungi present in the soil. The species behaved in a different ways of induction of adventious roots in vitro. For the species M. illustris and A. arvense, 73,3% e 50% of plantlets rooted after fifteen days in treatment with 1 and 2 mg.L-1 of NAA, respectively. For M.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3856.pdf: 2448632 bytes, checksum: 1a20c453c771b7c694d6da5ae1f87f86 (MD5) Previous issue date: 2011-05-27 / Financiadora de Estudos e Projetos / Cerrado is one of the brazilian biomes with the highest concentration of species and endemism, and is considered a hotspot of global biodiversity. Only 20% of its original area remains intact in the country and has been permanently transformed by human actions, which makes this biome a priority area for conservation. Due to the great loss of habitat and biodiversity, it is necessary to increase knowledge of basic characteristics of the existing species. Conservation genetics makes use of the genetic variation to infer the taxonomic status and life history of a species, making possible the study of characteristics such as the pattern of social structure and dispersion. Thus, basic data from species to which we have difficult assess can be accessed and better conservation strategies can be adopted. Mitochondrial and nuclear markers are important tools for studies of genetic and social structure in animals. In this study we assessed the taxonomic status of Clyomys bishopi, a colonial and semi-fossorial rodent inhabiting the Cerrado of São Paulo, and also the social and spatial genetic structure of individuals collected in the Estação Ecológica de Itirapina- SP. To evaluate C. bishopi taxonomic status we analyzed the cytochrome b gene of 21 individuals belonging to the genus and from various localities of its distribution. Phylogenetic methods based on Bayesian Inference, Maximum Parsimony and Neighbor-Joining showed high values of branch support separating individuals from São Paulo with respect to the rest of the samples, and genetic distance of about 4% between these groups, suggesting a significant genetic separation between them. For population analysis, ten microsatellite loci were isolated and characterized within C. bishopi. Through the analysis of 40 individuals sampled at three areas within EE de Itirapina, we verified high levels of genetic diversity (NA = 10, average HO = 0,76 and averaged HE = 0,90). Nine microsatellite loci and the control region of the mitochondrial DNA were used to assess the spatial and social genetic structure of the EE de Itirapina population. The Bayesian clustering analysis indicated no genetic structure, suggesting the occurrence of gene flow between sampled areas. Relatedness analyses indicated, in general, low relatedness indices between analyzed individuals (0.05), with slightly larger values when only individuals in a small geographic scale are considered. The average relatedness by sex indicated no significant differences, suggesting similar dispersion between males and females. Results suggest that colonies of Clyomys bishopi are composed largely by unrelated individuals, and present genetic structure compatible to that showed by species with solitary habits. / O Cerrado é um dos biomas brasileiros com maior concentração de espécies e endemismo, sendo considerado um hotspot de biodiversidade mundial. Apenas 20% da sua área original continua intacta no país e tem sido continuamente transformada pelas ações humanas, o que faz deste bioma uma área prioritária para conservação. Devido à grande perda de habitat e biodiversidade, faz-se necessário a ampliação do conhecimento de características básicas das espécies existentes. A genética da conservação faz uso da variação genética para inferir sobre o status taxonômico e a história de vida de uma espécie, tornando possível a investigação de características como o padrão de estruturação social e de dispersão. Assim, dados básicos de espécies de difícil avaliação direta podem ser acessados e melhores estratégias de conservação podem ser adotadas. Os marcadores moleculares dos tipos mitocondriais e nucleares são importantes ferramentas para estudos de estrutura genética populacional e social em animais. Neste estudo, avaliamos o status taxonômico de Clyomys bishopi, um roedor colonial e semi-fossorial que habita fisionomias do Cerrado do estado de São Paulo, e ainda a estrutura genética espacial e social de indivíduos coletados na Estação Ecológica de Itirapina-SP. Para a avaliação do status taxonômico, analisamos o gene citocromo b de 21 indivíduos do gênero provenientes de várias localidades distribuídas por quase toda a sua área de ocorrência. Métodos filogenéticos baseados em Inferência Bayesiana, Máxima Parcimônia e Neighbor-Joining mostraram altos valores de suporte de ramos na separação dos indivíduos de São Paulo em relação ao restante das amostras, e uma distância genética de aproximadamente 4% entre esses grupos, indicando separação genética significativa entre eles. Para a realização das análises populacionais, dez locos microssatélites foram isolados e caracterizados para Clyomys bishopi. Analisando-se 40 indivíduos coletados em três áreas no interior da EE de Itirapina, verificamos elevados índices de diversidade genética (NA = 10, HO média = 0,76 e HE média = 0,90). Nove desses locos, mais a região controle do DNA mitocondrial, foram utilizados para avaliar a estrutura genética espacial e a estrutura social na população analisada. A análise bayesiana de agrupamento não indicou estruturação genética espacial, sugerindo a ocorrência de fluxo gênico entre as áreas analisadas. As avaliações de parentesco indicaram, em geral, baixos coeficientes de parentesco entre os indivíduos analisados (0,05), com valores levemente maiores quando se considera indivíduos amostrados em uma pequena escala geográfica. O parentesco médio por sexo não indicou diferenças significativas, o que sugere a existência de dispersão similar entre machos e fêmeas. Os resultados obtidos sugerem que as colônias de Clyomys bishopi são formadas por indivíduos em sua maioria não aparentados, apresentando estrutura genética compatível com a de espécies que apresentam hábitos solitários.