Introdução: Os vírus parainfluenza são importante causa de infecções respiratórias. Na população pediátrica a doença característica associada com HPIV-1 e 2 é a laringotraqueobronquite, enquanto que o HPIV-3 está associado com a pneumonia e bronquiolite. Objetivos: Realizar a análise molecular do fragmento do gene da HN. Métodos: Foram analisados aspirados nasofaríngeos coletados entre 1995 a 2005, de crianças com doença respiratória aguda. A detecção dos HPIV 1, 2 e 3 foi realizada por multiplex RT-PCR. Posteriormente, o fragmento de gene HN foi amplificado, sequenciado e, a análise molecular foi realizada. Resultados e discussão: Um total de 6% amostras foram positivas para HPIV, sendo o HPIV-3 o vírus mais prevalente durante todos os anos estudados, o que corresponde a 80% dos casos positivos, seguido por HPIV-1 (15%) e, HPIV-2 (7%). A maioria das mutações observadas foram silênciosas, no entanto, algumas alterações de aminoácidos foram verificadas em áreas conservadas dos HPIV-3 e HPIV-2, e alterações em sítios potencias de N-glicosilação também foram observados. / Introduction: In paediatric population the characteristic illness associated with HPIV-1 and -2 is laryngotracheobronchitis, whereas HPIV-3 is associated with pneumonia and bronchiolitis. There are 5 virus distributed in two distinct genus: Respirovirus (HPIVI-1 and HPIV-3) and Rubulavirus (HPIV-2, HPIVI-4A and HIVI-4B). Objectives: To carry out the molecular analysis of the fragment of the HN gene. Methods: Nasopharyngeal aspirates from infants with acute respiratory illness collected from 1995 to 2005, were analyzed. The detection of HPIV 1, 2 and 3 were performed by multiplex RT-PCR and the fragment of HN gene was amplified, sequenced and, the molecular analysis was carried out. Results and discussion: A total of 6% samples were positive for HPIV. The HPIV-3 was the most prevalent virus during, corresponding to 80% of positive cases, followed by HPIV-1 with 15% and HPIV-2 7%. Most mutations observed were silent in all PIVs, however, some amino acids alterations in conserved areas, verified in PIV-3 and PIV-2, and alterations in N-glicosilation sites were observed.

L’identification des mutations génétiques impliquées dans les maladies rares est un prérequis pour mieux les comprendre, les traiter et accompagner les patients. Pour se faire, des modèles animaux présentant des maladies spontanées homologues aux maladies humaines sont très prometteurs. Le chien développe spontanément des maladies génétiques, rares chez l’Homme, mais fréquentes dans certaines races de chiens, ce qui simplifie les analyses génétiques. Ma thèse a porté sur deux maladies neurologiques : l’épilepsie et la neuropathie. Pour l’épilepsie, l’objectif était d’identifier des variants génétiques à partir de données de génotypage et de séquençage de génomes complets de deux races canines prédisposées. Un locus lié à la maladie a été identifié dans une race et des variants ponctuels et structuraux candidats ont été identifiés dans les deux races et sont en cours de validation par séquençage ciblé. Pour la neuropathie, l’équipe avait identifié une mutation en amont du gène GDNF, responsable d’une neuropathie sensitive chez des chiens de chasse. J’ai participé à la validation fonctionnelle de cette mutation. De plus, GDNF étant un excellent gène candidat pour les neuropathies humaines, j’ai séquencé ce gène chez 111 patients et extrait les variants de GDNF d’une base de données d’exomes et de génomes de plus de 600 patients. J’ai ainsi identifié 21 variants rares ou inconnus et les ai priorisé selon leurs impacts prédits in silico. Ces deux projets, alliant analyses génétiques, génomiques et fonctionnelles, chez l’homme et le chien, montrent le potentiel du chien pour l’identification de gènes candidats dans des maladies rares et/ou complexes chez l’Homme. / The identification of genetic mutations involved in rare diseases is a prerequisite for a better understanding, therapies and care to patients. To this aim, animal models declaring spontaneous diseases, homologous to human diseases are very promising. Dogs spontaneously develop genetic diseases, rare in humans, but frequent in some dog breeds, which simplifies the genetic analyzes. My thesis focused on two neurological diseases: epilepsy and neuropathy. For epilepsy, the goal was to identify genetic variants from genotyping data and sequencing of whole genome of dogs from two predisposed breeds. A disease-related locus has been identified in one breed and candidate point mutations and structural variants were identified in the two breeds and are being validated by targeted sequencing. For neuropathy, the team previously identified a mutation upstream of the GDNF gene, responsible for sensory neuropathy in hunting dogs. I participated to the functional validation of this mutation. In addition, GDNF being an excellent candidate gene for human neuropathies, I sequenced this gene in 111 patients and extracted GDNF variants from a database of exomes and genomes from more than 600 patients. I identified 21 rare or unknown variants and prioritized them according to their in silico predicted impacts. These two projects, combining genetics, genomics and functional analyses, in humans and dogs, show the dog's potential for identifying candidate genes in rare and / or complex diseases in humans.

O Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus é usado como agente de controle biológico da lagarta-da-soja (Anticarsia gemmatalis), e representa o bioinseticida viral mais amplamente utilizado no mundo. Sabendo-se que as populações selvagens de baculovírus são geneticamente heterogêneas, este trabalho avaliou a diversidade genômica de 17 isolados selvagens de AgMNPV, coletados no Brasil, Argentina e Uruguai, entre 1980 e 1990. Os genótipos reconstruídos evidenciam a conservação da colinearidade genômica durante a evolução de AgMNPV, porém, deleções e inserções de uma ou mais bases foram comuns. Um novo gene com possível origem em lepidóptero foi identificado em dois genótipos; e o gene bro-a está ausente em muitos isolados. Análises de diversidade genética apontaram que a maioria dos genes de AgMNPV é pouco variável, e os genes mais diversos estão em loci variáveis específicos. Os resultados obtidos reforçam a percepção de que grandes vírus de DNA evoluem principalmente sob baixas taxas de substituição, e por meio de duplicações, ganhos e perdas gênicas. / The Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus is employed as a biological control agent against velvetbean caterpillar (Anticarsia gemmatalis), and represents the most widely used viral bioinseticide in the world. Since baculovirus wild populations are genetically heterogeneous, this work evaluated the genomic diversity of 17 AgMNPV geographic isolates obtained from 1980 to 1990, in the Brazil, Argentina and Uruguay. The genotypes reconstructed evidenced the highly genomic colinearity conservation during AgMNPV evolutionary history, however, deletions and insertions of one or more bases were common. A new gene with possible lepidopteran origin was identified in two genotypes; and the gene bro-a is absence in many isolates. Genetic diversity analyses pointed that most AgMNPV genes shows little variation, and the highly diverse genes are in specific variable loci. The obtained results reinforce the perception that large DNA virus evolve mainly under low rates of substitution, and through gene duplications, gain and loss.

As leishmanioses são um conjunto de doenças causadas por parasitos de diferentes espécies do gênero Leishmania, sendo a leishmaniose visceral a causa de grande morbidade e mortalidade, principalmente, em países em desenvolvimento como o Brasil. Apesar dos inúmeros estudos focados na participação dos sistemas imunes inato e adaptativo na proteção ou desenvolvimento da doença, pouco se conhece das alterações que ocorrem na célula hospedeira no início da infecção. Ao mesmo tempo em que as células suscitam respostas que levam à eliminação do parasito, esse pode induzir alterações nos processos celulares para sua evasão, sobrevivência e proliferação. Para o entendimento desses processos propomos identificar as vias biológicas moduladas na infecção de células THP-1 por Leishmania infantum. Para isso, células monocíticas humanas THP-1 foram infectadas ou não por Leishmania infantum por 6, 10, 24, 48 e 72 h. A partir do RNA total dessas células, bibliotecas de cDNA foram obtidas e submetidas ao sequenciamento pela técnica de RNA-seq. Posteriormente, o número total de sequências por gene foi obtido por meio do alinhamento das sequências de DNA ao genoma humano de referência GRCh37 (hg19) empregando o programa CLC Genomics Workbench 7.1. Esses dados foram então utilizados na composição da matriz de dados de expressão gênica global das amostras, que serviu como base para obtenção de duas redes de co-expressão gênica utilizando o programa Weighted Gene Co-expression Network Analysis (WGCNA). As redes foram compostas pelos dados de expressão gênica global das amostras controle e infectadas dos períodos 6 h e 10 h (Rede 1) e 24 h, 48 h e 72 h (Rede 2). A partir da análise dessas redes foi possível selecionar módulos altamente correlacionados às amostras controle e infectadas nos diferentes períodos, realizar o enriquecimento funcional dos genes contidos nos módulos, como também identificar genes HGS-hub (genes hub diferencialmente expressos). O enriquecimento funcional dos genes contidos nos módulos altamente correlacionados com as amostras mostrou que as maiores mudanças no perfil de expressão gênica das células infectadas, em relação às células não infectadas, ocorreram nas primeiras 10 h de infecção e que muitos dos genes relacionados com a resposta imune são expressos nas primeiras 6 h de infecção. Já a partir de 24 h de infecção, pequenas alterações no perfil de expressão entre as células não infectadas e infectadas foram observadas. A determinação dos genes HGS-hub mostrou que dentre os processos biológicos alterados por Leishmania infantum nas células THP-1, o metabolismo de lipídios foi o que mais apresentou genes diferencialmente expressos, além da resposta imune. Esses resultados sugerem que além do sistema imune, a Leishmania infantum também é capaz de modular o metabolismo de lipídios das células THP-1 infectadas. / Leishmaniasis is a group of diseases caused by parasites of different species of the genus Leishmania, with visceral leishmaniasis being the cause of great morbidity and mortality, especially in developing countries such as Brazil. Despite the numerous studies focused on the participation of innate and adaptive immune systems in the protection or development of the disease, little is known about the changes that occur in the host cell at the beginning of the infection. At the same time as the cells elicit responses that lead to the elimination of the parasite, it can induce changes in the cellular processes for their evasion, survival and proliferation. To understanding these processes, we aim to identify the biological pathways modulated in THP-1 cell infected by Leishmania infantum. For this, THP-1 human monocytic cells were infected or not by Leishmania infantum for 6, 10, 24, 48 and 72 h. Using total RNA extracted from these cells, cDNA libraries were obtained and submitted to RNA sequencing. Subsequently, the total number of sequences per gene was obtained by aligning the DNA sequences to the reference human genome GRCh37 (hg19) using CLC Genomics Workbench 7.1 software. These data were then used to compose the samples\' global gene expression data matrix, which was employed to obtain two gene co-expression networks using the Weighted Gene Co-expression Network Analysis (WGCNA) program. The networks were composed by the global gene expression data from the control and infected samples at 6 h and 10 h (Network 1) and at 24 h, 48 h and 72 h (Network 2). Analysis of these networks allowed the selection of modules highly correlated to the control and infected samples in different periods, as well as the identification of HGS-hub genes (differentially expressed hub genes). The functional enrichment of the genes showed that the major changes in the infected cells gene expression profile compared to uninfected cells occurred within 10 h of infection and the genes of the biological pathway related to the immune response are expressed in the first 6 h of infection. Starting at 24 h of infection, small changes in the gene expression profile between uninfected and infected cells were observed. The HGS-hub genes analysis showed that among the biological processes altered by Leishmania infantum in THP-1 cells, lipid metabolism was the one that presented a great number of differentially expressed genes, besides the immune response. These results suggest that in addition to the immune system, Leishmania infantum is also able to modulate THP-1 macrophages\' lipid metabolism.

Parasitas protozoários do gênero Eimeria causam doenças entéricas na galinha doméstica. Nosso grupo gerou 15.000 sequências ORESTES para cada uma das três mais importantes espécies: E. tenella, E. maxima e E. acervulina. Nesse trabalho relatamos o desenvolvimento de alguns componentes da plataforma EGene (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) e sua aplicação na anotação funcional de transcritos reconstruídos de Eimeria spp. Análises de ortologia identificaram genes conservados em diferentes parasitas apicomplexas, bem como genes restritos ao gênero Eimeria. Perfis de expressão digital obtidos de contagens de leituras de transcritos montados foram submetidos a análises de agrupamento. Os perfis foram inequivocamente associados com os distintos estágios de desenvolvimento e mostraram uma forte correlação com a ordem desses estágios no clico de vida dos parasitas. Todos os dados de sequenciamento, anotação e análise comparativa foram disponibilizados no portal público The Eimeria Transcript Database (http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb). / Protozoan parasites of the genus Eimeria cause enteric diseases in the domestic fowl. Our group has generated 15,000 ORESTES sequences for each one of the three most important species: E. tenella, E. maxima and E. acervulina. In the present work, we report the development of some components for EGene platform (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) and their application in the functional annotation of reconstructed transcripts of Eimeria spp. Orthology analyses have identified genes conserved across different apicomplexan parasites, as well as genes restricted to the genus Eimeria. Digital expression profiles obtained from read countings of the assembled transcripts were submitted to clustering analyses. The profiles were unambiguously associated with the distinct developmental stages and strongly correlated with the order of the stages in the parasite life cycle. All sequencing data, annotation and comparative analysis were made available at The Eimeria Transcript Database (http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb), a public web resource.

Os Influenzavirus podem ser classificados de acordo com suas glicoproteínas externas hemaglutinina (HA) e neuraminidase (NA), ambas apresentando alta variabilidade genética e antigênica. No presente estudo foi realizada análise molecular do gene HA, do vírus influenza A (IA) em amostras colhidas de crianças e lactentes com sintomatologia respiratória atendidas no Hospital Universitário da Universidade de São Paulo (USP), durante os anos de 1995 a 2006. Um total de 3.009 amostras foram analisadas por duplex RT-PCR e 4,38% (n=132) foram positivas, sendo 12,1% (n=16) Influenza B e 87,9% (n=116) IA, das quais 9% (n=9) eram H1N1, 91% (n=91) eram H3N2 e 13,8% (n=16) não foram subtipadas. A região HA1 do gene HA de 39 amostras foi sequenciada e as sequências comparadas com as cepas vacinais e circulantes dos respectivos anos. A região de ligação ao receptor foi conservada em todas as amostras e foram verificadas alterações de aminoácidos principalmente nos sítios antigênicos e arredores. No geral, as cepas vacinais foram compatíveis com as circulantes em São Paulo. / The Influenzavirus can be classified according to their external glycoproteins hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA), both showing high genetic and antigenic variability. In the present study was carried out molecular analysis of the HA gene of influenza A (IA) in samples harvested from children and infants, with respiratory symptoms attended at University Hospital, University of Sao Paulo (USP), during the years 1995 to 2006. A total of 3,009 samples were analyzed by duplex RT-PCR and 4.38% (n = 132) were positive, being 12.1% (n = 16) Influenza B and 87.9% (n = 116) IA, where which 9% (n = 9) were H1N1 and 91% (n = 91) were H3N2 and 13.8% (n = 16) did not subtyped. The HA1 region of HA gene of 39 samples were sequenced and the sequences compared with vaccine strains and circulating strains in those years. The receptor-binding region was conserved in all samples and aminoacid changes were observed mainly in the antigenic sites and surroundings. Overall, the vaccine strains were consistent with those circulating in Sao Paulo.

O nitrogênio é o quinto elemento mais abundante em nosso sistema solar, é essencial para a síntese de ácidos nucleicos e proteínas, os dois polímeros mais importantes da vida. Apesar da importância do nitrogênio e sua abundância na atmosfera, o N2 é praticamente inerte; assim, as formas de nitrogênio inorgânico fixados mais comuns são os íons nitrato e amônio que muitas vezes limitam a produtividade primária nos ecossistemas marinhos e terrestres. Uma biosfera ativa requer a incorporação do nitrogênio em moléculas biológicas por meio da fixação de nitrogênio, um processo no qual os domínios em procarióticos Bacteria e Archaea reduzem gás nitrogênio em amônia. Porém, a maioria dos organismos não pode fixar nitrogênio, mas sim obtê-lo na forma de nitrogênio orgânico a partir do ambiente, ou a partir da redução do nitrato. O amônio é retornado para o ambiente quando os organismos morrem e isto depende da presença do oxigênio nestes locais. Na presença do oxigênio, o amônio é oxidado em nitrato, numa via conhecida como nitrificação. Na ausência de oxigênio, o nitrato é utilizado por muitos microrganismos como um receptor de elétrons, como na redução dissimilatória de nitrato a amônia (DNRA), acoplada à oxidação anaeróbica de carbono orgânico; o nitrato pode ser convertido em gás dinitrogênio pela desnitrificação, ou ainda uma via alternativa pode transformar o nitrogênio fixado em N2, realizada por um grupo de bactérias conhecido como planctomycetes, onde a oxidação do amônio é acoplada a redução de nitrato, no processo chamado anammox. Neste trabalho de tese foi realizada a avaliação do ciclo do nitrogênio, buscando entendimento de três vias de transformação deste elemento. Neste sentido, estas vias foram avaliadas quanto as suas taxas de ocorrência, com uso incubações do sedimento de manguezais e nitrogênio marcado, como também por meio da identificação de genes funcionais envolvidos nestes três processos, por meio de pirosequenciamento. O grupo Planctomycetes ainda pode ser estudado utilizando a hibridização com sonda fluorescente in situ FISH. Os resultados indicam a presença marcante de genes identificados como parte da via desnitrificação, assim como as taxas de incubação observadas para esta via foram muito expressivas quando comparadas com as taxas obtidas para o processo anammox e DNRA. Os resultados obtidos com as análises metagenômicas e com a técnica FISH sustentam os resultados obtidos com as incubações. Pode-se observar que a filogenia sugere a tendência do agrupamento com organismos planctomycetes não descritos como responsáveis pelo processo anammox. Por meio da técnica FISH pode-se confirmar a detecção destas bactérias e visualizar sua menor presença nos manguezais amostrados, quando comparadas às bactérias totais encontradas nestas amostras. / Nitrogen is the fifth most abundant element in our solar system, essential for the synthesis of nucleic acids and proteins, one of the most important polymers of life. Despite the importance of nitrogen and its overwhelming abundance in the atmosphere, N2 is practically inert, so the most commom forms of inorganic nitrogen fixed are nitrate and ammonium ions, which often limit primary productivity in marine and terrestrial ecosystems. An active biosphere requires the incorporation of nitrogen in biological molecules through nitrogen fixation, a process in which domains Archaea and Bacteria reduce nitrogen gas into ammonia. The most organisms can\'t fix nitrogen, but they can get it in inorganic nitrogen form from the environment or from the reduction of nitrate. The ammonia is returned to environment when organisms die and it depends on the presence of oxygen at these sites. In the presence of oxygen, ammonia is oxidized to nitrate, in a way known as nitrification, and in the absence of oxygen, the nitrate being used by many microbes as an electron acceptor, such as dissimilatory nitrate reduction to ammonia (DNRA), coupled to anaerobic oxidation of organic carbon. The nitrate can be converted to dinitrogen gas by denitrification, or an alternative route can turn fixed nitrogen in N2, performed by a bacteria group known as Planctomycetes, where oxidation is coupled to the ammonium nitrate reduction, in a process called anammox. In this work, with mangrove sediments from Bertioga city, State of São Paulo, the evaluation of these three pathways of nitrogen transformation was performed as their rates of occurrence, with incubations with labeled nitrogen, as well as through the identification of functional genes involved in these three cases, by pyrosequencing. The group Planctomycetes can also be studied using the hybridization probe FISH fluorescence in situ. The results show the strong presence of genes identified as part of the denitrification pathway, as well as the rates observed for incubation of this pathway were very significant when compared with the rates obtained for the process anammox and DNRA. The results obtained from the metagenomic analyze and the FISH technique support the results obtained with incubations. It can be observed that the trend suggests the phylogeny of the organisms group with Planctomycetes not described as responsible for anammox process. Through the FISH technique, it was possible to confirm the detection of these bacteria and view its reduced presence in mangrove sampled compared to total bacteria found in these samples.

CDKs são proteínas responsáveis pela ativação e progressão do ciclo celular e também apresentam função na ativação e alongamento na transcrição. Dentre elas, CDK7 atua em ambas as funções, fosforilando as CDKs do ciclo celular e fazendo parte do fator geral de transcrição TFIIH como subunidade catalítica. A partir de uma biblioteca de ESTs de glândula salivar, construído com mRNAs presentes durante o período em que ocorre o início do último ciclo replicativo da politenização e início da amplificação gênica, foram encontradas poucas mensagens relacionadas diretamente com o ciclo celular, correspondendo a 3.11% do ESTs. Dentre elas, foram encontradas as mensagens de Cdc2-like e Cdk7; portanto, foi realizada a caracterização do gene Cdk7 e a análise de sua atuação durante o desenvolvimento larval de Rhynchosciara americana. O gene Cdk7 apresenta 4 éxons, mais que em vertebrados. A sequência completa do mRNA foi obtida a partir de RACE, apresentando 1230 bases e uma ORF de 1020 bases. Perfis de expressão foram determinados por RT-PCR e Western blots. Modificações pós-traducionais foram analisadas por imunoblots em 2D. Seu perfil de expressão de mRNA e proteína apresentam variações durante o ciclo celular e entre os tecidos analisados; os imunoblots mostram a presença de uma fosforilação e possíveis modificações na cadeia lateral de alguns aminoácidos. O estudo de proteínas relacionadas ao ciclo celular nesse modelo é importante para um melhor entendimento dos ciclos celulares incomuns presentes em diferentes tecidos de insetos. / CDKs are proteins responsible for activation and progression of cell cycle and also work on the activation and elongation of transcription. Among them, CDK7 acts in both functions, phosphorylating cell cycle CDKs and as a part of general transcription factor TFIIH as its catalytic subunit. From an EST library of salivary gland, constructed with mRNAs present during the period when the beginning of the last polyteny replicative cycle occurs, it was found only few messages directly related to cell cycle, corresponding to 3.11% of the ESTs. Among them, it was found Cdc2-like and Cdk7; therefore, it was performed the characterisation of Cdk7 gene and the analysis of its role during the larval development of Rhynchosciara americana. Cdk7 gene presents 4 exons, more than in vertebrates. Complete mRNA sequence was obtained via RACE, presenting 1230 bases and an 1020 bases ORF. Expression profiles were determined by RT-PCR and Western blots. Posttranslational modifications were analysed by 2D immunoblots. Its mRNA and protein expression profiles presented variations during cell cycle and between the studied tissues; immunoblots showed the presence of one phosphorylation and possible modifications on the side chain of some amino acids. The study of proteins related to cell cycle in this model is important for a better understanding of uncommon cell cycles in different insect tissues.

O presente estudo realizou o sequenciamento de nova geração do vírus da hepatite C genótipo 1, incluindo os subtipos 1a (n=51) e 1b (n=49), e identificou variantes associadas com resistência (RAV) aos antivirais de ação direta em pacientes sem tratamento prévio. No subtipo 1a, foram encontradas RAV para as regiões NS3-4A, NS5A e NS5B em 10%, 22% e 8% dos pacientes, respectivamente. RAV detectadas foram: T54S (2%), V55A (2%), Q80K (4%) e R155K (2%) na protease NS3-4A; Q30H (4%), H58P (10%) e Q30H/R+Y93C/H/N (8%) na região NS5A; e A421V (8%) na polimerase NS5B. As frequências das RAV para o subtipo 1b foram 12%, 53% e 31% para as regiões NS3-4A, NS5A e NS5B, respectivamente. Foram encontradas as RAV F43I (2%), T54S (4%), Q80H (2%), D168E (2%) e M175L (2%) na região NS3-4A; L28M (2%), R30Q (2%), L31M (2%), Q54H (27%), A92T (2%), Y93H (4%), Q54H+A92T (6%), Q54H+Y93H (6%) e A92T+Y93H (2%) na região NS5A e, L159F (2%), C316N (4%), A421V (7%), L159F+C316N (9%) e S556G (9%) na polimerase. Utilizando esta metodologia, um recombinante inter-subtipo 1a/1b foi identificado. / This study performed the next-generation sequencing of the hepatitis C virus genotype 1, including subtypes 1a (n = 51) and 1b (n = 49), and identified resistance-associated variants (RAVs) to direct-acting antivirals in previously untreated patients. In subtype 1a, RAVs were found for NS3-4A, NS5A, and NS5B regions in 10%, 22% and 8% of patients, respectively. RAVs detected were: T54S (2%), V55A (2%), Q80K (4%) and R155K (2%) in NS3-4A protease; Q30H (4%), H58P (10%) and Q30H/R+Y93C/H/N (8%) in NS5A region; and A421V (8%) in NS5B polymerase. Frequencies of RAV for subtype 1b were 12%, 53% and 31% for NS3-4A, NS5A and NS5B regions, respectively. RAVs F43I (2%), T54S (4%), Q80H (2%), D168E (2%) and M175L (2%) were found in NS3-4a region; L28M (2%), R30Q (2%), L31M (2%), Q54H (27%), A92T (2%), Y93H (4%), Q54H+A92T (6%), Q54H+Y93H (6%) and A92T+Y93H (2%) in NS5A region and, L159F (2%), C316N (4%), A421V (7%), L159F+C316N (9%) and S556G (9%) in polymerase. By using this methodology, a recombinant inter-subtype 1a/1b was identified.

Coccídios Sarcocystidae são importantes agentes transmissíveis na interface homem-animais. Seu diagnóstico é dificultado pela disponibilidade de amostras, sem agredir a população natural de animais. Avaliou-se pela amplificação do ITS-1 a frequência destes coccídios, em amostras teciduais dos roedores Cavia spp., Ctenomys spp. e Myocastor coypus, depositados em museus do Rio Grande do Sul. Dos 75 roedores amostrados, DNA da subfamília Toxoplasmatinae foi obtido na musculatura esquelética (3/69) de M. coypus e Cavia spp. e cérebro de Cavia spp. (1/30) sendo identificado como Toxoplasma gondii; adicionalmente, Hammondia triffittae foi detectado no diafragma de M. coypus. A subfamília Sarcocystidae foi confirmada no músculo esquelético de Ctenomys spp. (Sarcocystis felis-like) e no M. coypus (Sarcocystis spp.). A detecção molecular de T. gondii, H. triffittae, Sarcocystis spp. e S. felis-like nas três espécies de roedores silvestres brasileiros de vida livre estudados, demonstram sua participação no ciclo silvestre e potencial transmissão ao homem e outros animais. / Coccidia Sarcocystidae are important transmissible agents in human-animal interface. Its diagnosis is difficult due to the availability of samples, without harming the wildlife animals populations. We evaluated, by amplification of ITS-1 the frequency of those coccidia in tissue samples of rodents Cavia spp., Ctenomys spp. Myocastor coypus deposited in museums in Rio Grande do Sul. Of the 75 sampled rodents, DNA of Toxoplasmatinae subfamily was obtained in skeletal muscle (3/69) of M. coypus and Cavia spp. and brain of Cavia spp. (1/30) identified as Toxoplasma gondii. Additionally, Hammondia triffittae was detected in the diaphragm of a M. coypus. The subfamily Sarcocystidae was confirmed in skeletal muscle of Ctenomys spp. (Sarcocystis felis-like) and M. coypus (Sarcocystis spp.). Molecular detection of T. gondii, H. triffittae, Sarcocystis spp. and S. felis-like in three species of Brazilian wild rodents free-living demonstrate their participation in the sylvatic cycle, and potential transmission to humans and other animals.