O bioma Mata Atlântica contém muitas espécies frutíferas, sendo que o cambuci (Campomanesia phaea) se destaca por ser rico em vitamina C, com propriedades antioxidantes e adstringentes, que combatem radicais livres, além levar ao fortalecimento do sistema imunológico. Apesar do grande potencial de exploração, o cambuci é uma espécie semi-domesticada, e, atualmente, não há informações sobre sua diversidade genética. O conhecimento da variabilidade genética do cambuci é importante para o estabelecimento de estratégias de conservação, além de orientar pesquisas relacionadas a programas de coleta de material genético para bancos de germoplasma, já que a espécie se encontra em áreas prioritárias para conservação no Brasil. Existem diversos tipos de marcadores moleculares, sendo que os marcadores microssatélites têm sido considerados ideais para a caracterização e avaliação da diversidade genética em diversas culturas, por serem altamente polimórficos, de fácil interpretação e serem amplificados via PCR. Assim, buscou-se neste trabalho desenvolver marcadores microssatélites e avaliar a diversidade genética de 145 acessos de cambuci distribuídos em cinco populações, coletadas na vertente da Serra do Mar no Estado de São Paulo - Brasil (Juquitiba, Paraibuna, Mogi das Cruzes, Ribeirão Pires e Salesópolis). A biblioteca genômica enriquecida em microssatélites para cambuci gerou 16 loci microssatélites. Seis loci apresentaram perfis polimórficos, revelando dois a seis alelos em um total de 26 alelos. A partir das frequências alélicas, foram avaliados os parâmetros de diversidade, tais como número médio de alelos por loco (A = 3,83), porcentagem média de loci polimórficos (P = 0,57), heterozigosidade esperada (HE = 0,57) e heterozigosidade observada (HO = 0,54). A análise da estrutura genética permitiu verificar que a maior parte da diversidade genética se encontra dentro das populações (HS = 0,57) enquanto que a diversidade entre as populações foi baixa (GST = 0,19). A análise de agrupamento, baseada na distância genética de Nei, indicou que as cinco populações estão próximas entre si geneticamente, e os dados sustentam a hipótese que a distância genética entre elas pode ser atribuída pela distância geográfica, com exceção da população de Salesópolis à qual não foi possível fazer essa analogia. A partir dos dados obtidos pelos marcadores microssatélites, foi possível separar 18 genótipos distribuídos entre as cinco populações que representa toda diversidade genética das populações para formar uma coleção nuclear. / The Atlantic Forest biome has many fruit species, and cambuci (Campomanesia phaea) stands out due to its high content of vitamin C and its antioxidant and astringent properties, which combat free radicals, besides strengthening the immune system. Despite the great market potential, cambuci is a semi-domesticated species for which there is currently no information about its genetic diversity. The knowledge of the cambuci genetic variability is important for the establishment of conservation strategies, besides giving direction to research actions related to genetic material collection programs for the construction germplasm banks, considering that this species is located in conservation priority areas of Brazil. There are several types of molecular markers, and microsatellite markers have been considered ideal for the characterization and evaluation of genetic diversity in several crops because they are highly polymorphic, easily interpreted, and amplified via PCR. Thus, this work aimed to develop microsatellite markers and to evaluate the genetic diversity in 145 cambuci accesses distributed in five different populations collected at the Serra do Mar slope in the State of São Paulo - Brazil (Juquitiba, Paraibuna, Mogi das Cruzes, Ribeirão Pires and Salesópolis). The genomic library enriched in microsatellites for cambuci generated 16 microsatellite loci. Six loci had polymorphic profiles, revealing two to six alleles in a total of 26 alleles. From the allele frequencies, different diversity parameters were evaluated, such as the average number of alleles per locus (A = 3.83), mean percentage of polymorphic loci (P = 0.57), expected heterozygosity (He = 0.57), and observed heterozygosity (Ho = 0.54). The genetic structure analysis allowed to verified that most of the genetic diversity is found within the populations (Hs = 0.57), while the diversity among the populations was low (GST = 0.19). The cluster analysis, based on the genetic distance of Nei, indicated that the five populations are genetically close to each other, and the data support the hypothesis that the genetic distance among them can be attributed to geographic distance, except for the population of Salesópolis that was not possible to make this analogy. From the data obtained by the microsatellite markers, it was possible to separate 18 genotypes distributed among the five populations that represent all the genetic diversity of the populations to form a core collection.

Les poissons arc-en-ciel (Melanotaeniidae) se distribuent entre la Nouvelle-Guinée et l'Australie. Ils sont très recherchés en aquariophilie en raison de leur coloration remarquable. Il en existe un très grand nombre d’espèces, dont certaines figurent sur la liste rouge des espèces menacées. L’espèce Melanotaenia boesemani, l'une des plus populaires au sein de cette famille, est en voie de disparition. L’aquaculture de cette espèce apparaît donc comme une solution prometteuse pour limiter la capture de spécimens sauvages. Pourtant, le nombre de fermes qui élèvent M. boesmani est très faible. Ceci est probablement dû aux problèmes rencontrés par les aquaculteurs, à savoir une proportion plus élevée de femelles par ponte, une perte de la coloration, un taux de croissance et une fécondité plus faibles, ainsi que l’apparition fréquente de malformations. Dans ce contexte, cette thèse visait à produire de nouvelles données génétiques en vue d’améliorer l'aquaculture et la conservation de cette famille. Plus précisément, les objectifs étaient: 1) de développer de nouveaux marqueurs microsatellites à partir d'ADN de M. boesemani, 2) d'évaluer la diversité génétique des populations sauvages de Melanotaenia et d'affiner leur taxonomie, 3) de définir l’origine géographique des souches de M .boesemani élevées en Indonésie, et d'évaluer la pression de consanguinité résultant de cette domestication. Par séquençage haut débit, 12 marqueurs microsatellites ont été développés et validés sur l’espèce M. boesemani. Les loci correspondant se sont tous révélés polymorphe et des expériences de croisement ont montré qu’ils se conformaient aux lois de Mendel. Ces nouveaux marqueurs ont ensuite été mis en œuvre pour évaluer la variabilité génétique de 44 populations sauvages (correspondant à 1152 spécimens de poissons). Les valeurs de Fis multilocus ont révélé que 5 espèces présentaient des écarts significatifs à l’équilibre de Hardy-Weinberg et suggéré la présence possible de sous-populations génétiquement différenciées. Combinés à une analyse phylogénétique effectuée sur le gène de la cytochrome oxydase I (COI) et à l'observation de plusieurs caractères morphologiques diagnostic, les 12 marqueurs microsatellites ont également permis de caractériser 8 nouvelles espèces non-encore décrites. Enfin, ces marqueurs microsatellites ont été appliqués pour analyser et comparer la variabilité génétique d’échantillons de M. boesemani obtenus à partir de 6 fermes aquacoles autour de Jakarta avec celle des deux populations indigènes de cette espèce, à savoir des lacs Ayamaru et Uter (Papouasie occidentale). Les résultats ont indiqué que toutes les souches élevés provenaient du lac Ayamaru. Aucun déficit en hétérozygotes n’a été mis en évidence, suggérant qu'il n'y avait pas de consanguinité majeure dans ces souches d’élevage. L’analyse des génotypes a également suggéré que l’espèce M. boesemani représentait probablement une métapopulation constituée de populations génétiquement différenciées. En définitive, ces résultats indiquaient que les problèmes rencontrés par les aquaculteurs ne proviennent pas d’une éventuelle consanguinité mais sont plus surement liés à d'autres facteurs tels qu’une gestion inappropriée et / ou une mauvaise qualité des eaux d’élevage. En conclusion, ces nouveaux marqueurs microsatellites se sont avérés utiles pour évaluer la structure génétique et la diversité d'un grand nombre d'espèces de poisson arc-en-ciel, dont beaucoup sont en voie de disparition. Les résultats présentés ici sur l'une des espèces les plus menacées (M. boesemani) montrent qu'il est encore possible d'éviter son extinction. Ceci nécessite cependant d'augmenter sa production aquacole afin de soulager rapidement la pression de surpêche. Ceci passe par une meilleure gestion des pratiques d'élevage. / Rainbowfishes (Melanotaeniidae) are widely distributed throughout New Guinea and Australia. They are very famous for ornamental trade because of their vivid coloration. They display amazing species richness and some of them are on the red list of endangered species. The species Melanotaenia boesemani, one of the most popular within this family, is.facing great threats. Rearing of this species in aquaculture setups thus appears as a promising solution to limit capture of wild specimens. Yet, the number of farms that raise M. boesmani is very low. This is probably due to the problems reported by the farmers, i.e. higher proportion of females per spawning, loss of coloration, lower growth rate and fecundity, frequent morphological abnormalities. In this context, this study aimed at gathering new genetic information that would be useful for the aquaculture and conservation of the Melanotaeniidae family. Specifically, the objectives of the research were: 1) to develop new microsatellite DNA markers from the endangered M. boesemani, 2) to evaluate the genetic diversity of wild populations of Melanotaenia and refine their taxonomy, 3) to describe the geographic origins of M. boesemani reared by ornamental fish farmers in Indonesia, and evaluate the inbreeding pressure resulting from this domestication. Using next generation sequencing, 12 microsatellite DNA markers were developed and validated from M. boesemani. All microsatellite loci revealed polymorphic and cross-breeding experiments showed that they followed a Mendelian inheritance pattern. These new markers were subsequently implemented to evaluate the genetic variability of 44 wild populations (corresponding to 1152 fish specimens). Multilocus Fis values revealed that 5 species significantly departed from Hardy-Weinberg expectations and suggested the possible occurrence of genetically differentiated subpopulations. Combined with a phylogenetic analysis performed on the cytochrome oxydase I (COI) gene and with the observation of several diagnostic morphological characters, the 12 microsatellite markers also enabled to characterize 8 new species previously undescribed. Finally, these microsatellite markers were applied to analyze and compare the genetic variability of M. boesemani samples obtained from 6 aquaculture farms around Jakarta with that of the two native populations of this species , i.e. from Ayamaru and Uter Lakes (West Papua). Results indicated that all reared strains originated from Ayamaru Lake. No deficit in heterozygotes was evidenced, suggesting that there was no major inbreeding in these reared populations. Genotype analysis also suggested that M. boesemani species consists of a metapopulation composed of genetically differentiated populations. Altogether, these results indicated that the problems experienced by the farmers are obviously not due to inbreeding depression and are probably caused by other factors such as unsuitable management and/or poor water quality. In conclusion, these new microsatellite markers proved useful to evaluate the genetic structure and diversity of a large number of rainbowfish species, among which many are endangered. The results presented here on one of the most threatened species (M. boesemani) show that it is still possible to prevent its extinction. This, however, implies to increase its aquaculture production in order to quickly alleviate the overfishing pressure. This, in turn, involves a better management of rearing practices.

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dayane Molin.pdf: 2944692 bytes, checksum: a8d299024aefbd42062cb84bd7720a9d (MD5) Previous issue date: 2012-02-23 / Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico do Paraná / The wide variability in corn is due to the numerous landraces, important genotypes for breeding programs, because they constitute a source of genetic variability in the exploration of new genes of economic interest. The objectives were to analyze the genetic diversity between landraces from Rio Grande do Sul and Paraná through the analysis of polymorphism generated by RAPD, microsatellite (SSR) and AFLP markers; cluster these genotypes through estimates of genetic similarity and establish possible relationships between genetic similarity and the sampling sites of the landraces. PCR reactions for each marker were optimized through specific protocols being used: 30 RAPD primers, 47 SSR primers pairs and 25 combinations of primers for the EcoRI + MseI for the AFLP marker. The amplified fragments (RAPD and SSR) were visualized in agarose gel at 2 and 3 %, respectively, through horizontal electrophoresis run for approximately 4 h at 80 V. The AFLP amplification products were resolved on a polyacrylamide gel (6 %) submitted to a vertical electrophoresis run for 3 h 30 min at 80 W (1500 V). Genotyping of the varieties of corn with the RAPD marker amplified 409 fragments with a polymorphism average rate of 81.9 %. The SSR generated 134 fragments with 78.3 % of polymorphism. On the other hand, the AFLP amplified 1889 fragments with a polymorphism average rate of only 40.3 %. The polymorphic fragments were submitted to analysis of genetic similarity using the Jaccard coefficient and UPGMA clustering method individually and jointly for all markers. The coefficient mean of similarity was 57 % for RAPD, 56 % for SSR, 74 % for the AFLP and 69 % for the joint analysis. The dendrograms obtained from RAPD and SSR showed 8 different groups, while the dendrogram obtained from AFLP and the joint analysis formed six and seven groups, respectively. In general, the correlations between the similarity matrices were low, but between the AFLP and combined analysis was 96 %. Results revealed a wide genetic variability among landraces. The RAPD and SSR had the highest average rates of polymorphism and AFLP showed the highest rates of genetic similarity among landraces. In general, the markers used were effective tools for sampling the genetic diversity and cluster varieties according to the sampling sites, although they have differential capacity to reveal polymorphism as well as to cluster the landraces. / A ampla variabilidade existente em milho deve-se às inúmeras variedades crioulas, genótipos importantes para o melhoramento, pois constituem fonte de variabilidade genética na prospecção de novos genes de interesse econômico. Os objetivos deste trabalho foram analisar a diversidade genética existente entre acessos de milho crioulo oriundos do Rio Grande do Sul e do Paraná a partir da análise do polimorfismo gerado pelos marcadores RAPD, microssatélite (SSR) e AFLP; realizar o agrupamento destes genótipos através das estimativas da similaridade genética e estabelecer possíveis relações entre a similaridade genética e os locais de coleta das variedades crioulas. As reações de PCR para cada marcador foram otimizadas através de protocolos específicos, sendo utilizados: 30 primers RAPD, 47 pares de primers SSR e 25 combinações de primers EcoRI + MseI para o marcador AFLP. Os fragmentos amplificados (RAPD e SSR) foram visualizados em gel de agarose a 2 e 3 %, respectivamente, através de corrida eletroforética horizontal por aproximadamente 4 h a 80 V. Os produtos da amplificação do AFLP foram resolvidos em gel de poliacrilamida (6 %) submetidos à corrida eletroforética vertical por 3 h e 30 minutos a 80 W (1500 V). A genotipagem das variedades de milho com o marcador RAPD amplificou 409 fragmentos com índice médio de polimorfismo de 81,9 %. O SSR gerou 134 fragmentos com 78,3 % de polimorfismo. Por outro lado, o AFLP amplificou 1889 fragmentos com índice médio de polimorfismo de apenas 40,3 %. Os fragmentos polimórficos foram submetidos às análises de similaridade genética através do coeficiente de Jaccard e de agrupamento pelo método UPGMA individualmente e conjuntamente para os marcadores. O coeficiente médio de similaridade foi de 57 % para o RAPD; 56 % para o SSR; 74 % para o AFLP e 69 % para a análise conjunta. Os dendogramas obtidos a partir do RAPD e SSR mostraram 8 grupos distintos, enquanto que o dendograma obtido a partir do AFLP e da análise conjunta formaram 6 e 7 grupos, respectivamente. De maneira geral, as correlações entre as matrizes de similaridade foram baixas, porém entre o AFLP e a análise conjunta foi de 96 %. Os resultados revelaram ampla variabilidade genética entre os acessos de milho crioulo. Os marcadores RAPD e SSR apresentaram os maiores índices médios de polimorfismo e o AFLP demonstrou maiores índices de similaridade genética entre os acessos crioulos. De maneira geral, os marcadores utilizados foram ferramentas eficientes para amostrar a diversidade genética e agrupar as variedades de acordo com os locais de coleta, embora possuam capacidade diferencial de revelar polimorfismo bem como para agrupar os acessos crioulos de milho.

A infecção por Mycoplasma (M.) hyopneumoniae é responsável por perdas econômicas significativas na suinocultura, causando uma pneumonia crônica que normalmente afeta clinicamente suínos de crescimento e terminação. Considerando-se a importância das matrizes de menor ordem de parto na transmissão de M. hyopneumoniae e que uma grande quantidade de leitoas é introduzida nos planteis anualmente, este projeto teve como objetivo compreender aspectos pouco conhecidos da dinâmica de infecção de M. hyopneumoniae em leitoas de reposição. O primeiro estudo avaliou a dinâmica e persistência da infecção por M. hyopneumoniae em leitoas em condições naturais de campo. Quarenta e quatro leitoas foram selecionadas aos 20 dias de idade (ddi) e a detecção de M. hyopneumoniae por PCR foi avaliada mensalmente por suabe de laringe, resultando em um total de 12 coletas. Além disso, 220 leitões filhos dessas matrizes foram amostrados um dia antes do desmame para avaliação da transmissão vertical. Os resultados deste estudo demonstraram que o início da detecção ocorreu aos 110 ddi e um aumento significativo foi observado aos 140 ddi (p<0,05). Ao desmame, apenas 2,3% das fêmeas foi positiva e não foram detectados leitões desmamados positivos. Adicionalmente, 77,2% das leitoas foi detectada positiva por um a três meses, 4,6% por quatro a cinco meses e 18,2% nunca foi detectada positiva, indicando a presença de subpopulações de animais negativos em granjas positivas. Em um segundo estudo, avaliou-se a detecção de M. hyopneumoniae por PCR em leitoas de reposição interna e a variabilidade genética entre granjas foi avaliada por MLVA (Multiple Locus Variable-number tandem repeats Analysis). Um total de 298 leitoas provenientes de três multiplicadoras positivas foram selecionadas e coletadas uma vez para realização de ELISA e duas a três vezes para PCR em um estudo longitudinal. Ainda, a transmissão vertical foi avaliada em 425 leitões pré-desmame. Aos 150 ddi, 47 a 67,4% das leitoas foi detectada positiva por PCR, decréscimos foram observados até a última amostragem nas três granjas avaliadas (p<0,05), e nenhum leitão foi positivo pré-desmame. Ainda, 30,7% das leitoas não foi detectada positiva em nenhuma nas amostragens e os resultados de MLVA indicaram um ampla variabilidade genética de M. hyopneumoniae em leitoas aos 150 ddi. No terceiro estudo, 210 leitoas de reposição negativas para M. hyopneumoniae introduzidas em três granjas positivas foram selecionadas e avaliadas longitudinalmente por PCR e ELISA com o objetivo de comparar dois tipos de fluxo de aclimatação (all-in all-out ou fluxo contínuo). Ainda, a variabilidade genética foi analisada por MLVA. Observou-se um aumento significativo (p<0,05) nas prevalências de leitoas positivas para M. hyopneumoniae por PCR na segunda coleta e um decréscimo ao longo do tempo independentemente do tipo de fluxo de aclimatação utilizado. Os resultados de ELISA revelaram que as três granjas avaliadas tiveram um aumento significativo na prevalência de leitoas positivas da primeira para a segunda coleta (p<0,05), que se manteve alta até o fim do experimento. Ainda, baixa variabilidade genética de M. hyopneumoniae foi observada por MLVA. Um quarto estudo também foi conduzido com o objetivo de avaliar a absorção e detecção de M. hyopneumoniae utilizando-se suabes de nylon flocados e de ponta de rayon. Os resultados deste experimento indicaram uma maior absorção e uma maior detecção de M. hyopneumoniae por PCR (p<0,05) utilizando-se suabes de nylon flocados. / Mycoplasma (M.) hyopneumoniae infection is responsible for important economic losses to pig production, causing a chronic pneumonia that usually affects growing and finishing pigs. Regarding the importance of low parity dams on M. hyopneumoniae transmission and that a high proportion of gilts is introduced in the farms every year, this project aimed to better understand unknown aspects about the infection dynamics of M. hyopneumoniae in replacement gilts. The first study assessed the dynamics and persistence of M. hyopneumoniae infection in gilts in natural conditions. Forty-four gilts were selected at 20 days of age (doa) and M. hyopneumoniae detection was evaluated using laryngeal swabs for PCR testing every month, resulting in 12 samplings. Additionally, 220 piglets born from the selected dams were sampled one day prior to weaning to evaluate vertical transmission. The results of this study showed that the first detection occurred at 110 doa and a significant increase was observed at 140 doa (p<0.05). A small proportion (2.3%) of positive gilts was detected one day prior to weaning and no piglets were detected positive at the same sampling moment. Moreover, 77.2% of the gilts was detected positive for one to three months, 4.6% for four to five months, and a lack of detection was observed in 18.2% of the gilts, indicating the presence of negative subpopulations in positive farms. A second study assessed the M. hyopneumoniae detection in self-replacement gilts longitudinally. A total of 298 gilts from three positive multiplier farms were selected and sampled once for ELISA testing and two or three times for PCR. Moreover, vertical transmission was evaluated in 425 piglets one day prior to weaning, and the genetic variability within farms was assessed in gilts by MLVA (Multiple Locus Variablenumber tandem repeats Analysis). The prevalence of positive gilts at 150 doa ranged from 47 to 67.4% within farms by PCR, decreases were observed up to the last sampling in all farms (p<0.05), and no positive piglets were detected prior to weaning. A lack of detection was observed in 30.7% of the gilts during the study, and high genetic variability was detected within farms. In the third study, 210 M. hyopneumoniae negative purchased gilts were introduced in three farms with two types of acclimation flow (all-in all-out or continuous flow). The gilts were selected for ELISA and PCR testing in a longitudinal study, which aimed to compare the infection dynamics regarding the type of flow. Also, genetic variability was assessed by MLVA. The results showed a significant increase (p<0.05) in the prevalence of M. hyopneumoniae positive gilts by PCR in the second sampling, and a decrease over time regardless the type of flow. The ELISA results revealed a significant increase in the prevalence of positive gilts in the three farms (p<0.05) from the first to the second sampling, which remained high up to the completion of the study. Moreover, limited genetic variability of M. hyopneumoniae was observed by MLVA testing. A fourth study was also performed, which aimed to assess the absorption and detection of M. hyopneumoniae using two types of swabs (nylon-flocked and rayon-bud). The results indicated a higher absorption and M. hyopneumoniae detection by PCR using nylon-flocked swabs (p<0.05).

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-02-07T12:52:48Z No. of bitstreams: 1 Ana Patricia Souza de Lima.pdf: 977295 bytes, checksum: 33939fc8bb3c79d0da66b07e710666b5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-07T12:52:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ana Patricia Souza de Lima.pdf: 977295 bytes, checksum: 33939fc8bb3c79d0da66b07e710666b5 (MD5) Previous issue date: 2007-02-07 / Although Brazil has an an important position in the world shrimp farming industry scenario, information on the genetic basis of the most important species, the exotic Litopenaeus vannamei, still scarce. The Brazilian shrimp industry has been facing difficulties, such as US antidumping action against shrimp products, unfavorable currency exchange rate impacts and viruses outbreaks. Shrimp resistant to viral diseases, as well as with better growth rates are wanted in breeding programs for this species in Brazil. A Federal Normative Instruction, instituted in 1997, prohibited shrimp importation into Brazil as a sanitary precaution to prevent the spread of shrimp diseases, and since then, all shrimp broodstock rely on the domesticated stocks. This fact raises questions about the success of a breeding program on this species, because one can not know if the genetic variability is enough to guarantee selection response. The objective of this study was to genetically characterize the broodstock of two shrimp hatcheries and to monitor the genetic variability of one of them after three consecutive broodstock replacements in the state of Pernambuco, Northeast Brazil. Genetic characterization of the two hatcheries was carried out using 5 microsatellite loci and pleopods tissue samples taken from 100 shrimp (50 of each broodstock). For the monitoring 3 microsatellite loci were used in 150 shrimp samples (50 of each broodstock replacement). Our results showed that there is sufficient genetic variability in both hatcheries based on the alleles frequency, inbreeding coefficient, FIS (Larv. A = 0,380 e Larv. B = 0,250), and observed and expected heterozygosities ranging from Ho= 0,190 to 0,810 and He= 0,460 to 0,870,respectively. The monitoring results showed that in closed systems, broodstock replacement does not interfer in the genetic variability, based on the alleles frequency, observed and expected heterozygosities (Ho= 0,460 and He= 0,660 in first sample collection, Ho= 0,420 and He= 0,620 in the second sample collection and Ho= 0,600 and He= 0,660 in the third sample collection), inbreeding coefficient, FIS (0,37 for the 1st, 0,39 for the 2nd and 0,13 for the 3rd sample collection). Our results suggested that genetic variability is high, thus reflecting the history of the shrimp activity in Brazil, where broodstock from different origins were introduced in the country up to 1997. / Desde 1997 a introdução de novos reprodutores de Litopenaeus vannamei está proibida pelo o Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (IBAMA), Portaria de nº. 119, o que levanta questões sobre a viabilidade de programas de melhoramento no Brasil, uma vez que não há mais renovação dos plantéis. O objetivo do presente trabalho foi caracterizar geneticamente duas larviculturas de Litopenaues vannamei e monitorar a variabilidade genética de uma das larviculturas, com reposição de matrizes, em três períodos sucessivos, ambas, localizadas no estado de Pernambuco, Nordeste do Brasil. A caracterização genética foi feita usando 5 loci de microssatélites e um total de 100 amostras teciduais de reprodutores, para o monitoramento foram utilizados 3 loci de microssatélites e um total de 150 amostras teciduais de reprodutores. Foi evidenciado que há variabilidade genética suficiente nas duas larviculturas, para subsidiar programas de melhoramento genético, baseado na freqüência dos alelos, nos coeficientes de endogamia FIS (Larv. A = 0,380 e Larv. B = 0,250) e heterozigosidades que variaram de Ho= 0,190 a 0,810 e He= 0,460 a 0,870, respectivamente. Os resultados do monitoramento mostraram que a reposição de matrizes no sistema de ciclo fechado não interferiu na variabilidade genética desta larvicultura, o que pode ser evidenciado através da freqüência dos alelos, nas heterozigosidades obtidas que foram de Ho= 0,460 e He= 0,660 na primeira coleta, de Ho= 0,420 e He= 0,620 na segunda coleta e de Ho= 0,600 e He= 0,660 na terceira coleta, e nos valores do coeficiente de endogamia FIS (0,37 para a primeira coleta, 0,39 para a segunda coleta e 0,13 para a terceira coleta) encontrados. Os resultados aqui relatados podem ser considerados bons, refletindo a história da atividade no Brasil que se destacou pela introdução de reprodutores de diversas origens.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-02-13T14:39:22Z No. of bitstreams: 1 Hozane Leite Dantas.pdf: 728024 bytes, checksum: e578bad7a4f79d4fe9d1abd9c3ccc3d9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-13T14:39:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Hozane Leite Dantas.pdf: 728024 bytes, checksum: e578bad7a4f79d4fe9d1abd9c3ccc3d9 (MD5) Previous issue date: 2010-02-09 / The São Francisco River is 2700 km long, draining areas of the States of Minas Gerais, Goias, Bahia, Pernambuco, Alagoas, and Sergipe, as well as part of the Federal District. Before the construction of Paulo Afonso Hydroeletric Power Plant, waterfalls of Paulo Afonso (north-eastern Brazil) and its respective lakes already constituted a natural obstacle to fish migration. Nowadays, the construction of hydroelectric dams between medium and submedium São Francisco River associated flooding along rivers, pollution and the introduction of exotic species can alter ecosystems and pose serious threats to native aquatic species, especially those that perform migration for reproduction. One of the most threatened fish migratory species is the Pseudoplatystoma corruscans, a catfish species, locally named surubim. The surubim is the first predator of São Francisco River and it is considered the most appreciated freshwater fish on the north-eastern Brazil. The conservation of freshwater fish species has traditionally been done thought restocking programs. Genetic variability is essential to maintain the capability of restocked fish to adapt to a changing environment. Therefore, if long term persistence of species is the goal that conservation biology is intending to achieve, genetic variability is of the utmost importance to preserve. One approach that have been successfully used in uncovering cryptic population structure in freshwater is microsatellite markers. Samples from three populations were analyzed for six different microsatellite markers. PCR products were separated by agarose gel electrophoresis and stained with silver nitrate. The results showed a wide diversity of alleles for all populations, where a total of 47 alleles were found. The expected heterozygosities showed an average of 0.7498 for the population of Remanso, 0.7142 for the population of Três Marias and 0.7372 for the population of Bom Jesus da Lapa. The average observed heterozygosity were 0.7170, 0.6643 and 0.7132 for the populations of Remanso, Três Marias and Bom Jesus da Lapa respectively. All populations showed loci in deviation from Hardy-Weinberg, but locus Pcor2 was the only one who showed deviation in all populations. The average values of FIS was 0.0348 in Remanso, 0.0583 in Três Marias and 0.0160 in Bom Jesus da Lapa. The fixation index FST obtained was 0.0246, indicating a small degree of differentiation between the populations studied. The universe of alleles shared among populations associated with the low value of FST indicates that this is a panmitic population. These results indicated that breeders can be São Francisco River basin, saving time in restocking programs in terms of growing fish. Hence, this study can now be used as a parameter for the construction of the founder stock to be used in restocking programs or in evaluating the genetic structure of existing stocks founders, as well as monitoring offspring from these programs. / O rio São Francisco apresenta 2700 km de extensão, percorre cinco estados brasileiros e é conhecido como “rio da integração nacional”. Construção de hidrelétricas associadas a outros fatores comprometem os peixes nesse ambiente, principalmente aqueles que efetuam piracema. Dentre esses se destaca o Pseudoplatystoma corruscans, conhecido como surubim ou pintado em algumas regiões, que vêm sofrendo com as problemáticas existentes nesta bacia comprometendo seriamente seus estoques naturais, especialmente na região do Submédio São Francisco. Diante disto se faz necessário investimentos em programas de propagação artificial para a recuperação deste recurso que mantenham a diversidade genética local. O presente trabalho objetivou avaliar a estrutura genética de populações selvagens de surubim do rio São Francisco, através da utilização de marcadores moleculares de microssatélite. Amostras de três populações foram analisadas para seis diferentes marcadores de microssatélite. Os produtos de PCR foram separados por eletroforese em gel de poliacrilamida e corados com nitrato de prata. Os resultados mostraram uma ampla diversidade de alelos para todas as populações sendo encontrados 47 alelos no total. As heterozigosidades esperadas apresentaram média de 0,7498 para a população de Remanso, 0,7142 para a população de Três Marias e 0,7372 para a população de Bom Jesus da Lapa. As médias da heterozigosidade observada foram 0,7170, 0,6643 e 0,7132 para as populações de Remanso, Três Marias e Bom Jesus da Lapa respectivamente. Todas as populações apresentaram loci em desvio do Equilíbrio de Hardy-Weinberg. Os valores médios de FIS encontrados foram 0,0348 para Remanso, 0,0583 para Três Marias e 0,0160 para Bom Jesus da Lapa. O índice de fixação FST obtido foi de 0,0246, indicando um pequeno grau de diferenciação entre as populações estudadas. O universo de alelos compartilhados entre as populações estudadas associados ao baixo valor do FST indicam que se trata de uma população panmítica. Com esse resultado, reprodutores poderiam ser capturados ao longo de toda a extensão do São Francisco reduzindo o tempo de manejo em programas de repovoamento. Este trabalho caracterizou as populações selvagens quanto a sua variabilidade genética, podendo agora ser utilizado como paramêtro para a construção do estoque fundador que será utilizado em programas de repovoamento ou na validação de estoques fundadores já existentes, bem como no monitoramento das progênies desses advindos desses programas.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-20T17:53:07Z No. of bitstreams: 1 Maria da Conceicao Martiniano de Souza.pdf: 1639350 bytes, checksum: 3a120f3ded9338ab0be766edfe082cfe (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-20T17:53:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Maria da Conceicao Martiniano de Souza.pdf: 1639350 bytes, checksum: 3a120f3ded9338ab0be766edfe082cfe (MD5) Previous issue date: 2006-02-20 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The objective of this work was to estimate the genetic variability and the correlations between agronomic characters in thirteen progenies F7 of lettuce, and in the genitors: Verdinha, Regina and Tinto, and in the cultivars Luisa and Baba de Verão. The experiment was conducted in Vitória de Santo Antão – PE, in the period from September to December of 2005. The experimental design was random blocks, with three replicates. The following characteristics were evaluated: number of leaves – NF, plant fresh weight – PFP, plant diameter – DP, leaves fresh weight - PFF, stem length – CC and bolting PEND. The analysis of variance was highly significant (p <0, 01), by the F test, for all studied characteristics showing that the treatments significantly differed between themselves. In the grouping of the averages by the Scott-Knott test at 5% probability, for all characteristics evaluated, the treatments were united into two distinct groups, with the exception of DP, where the cv. Tinto was situated alone in a third group. The genetic variance was higher for all characteristics evaluated and the heritability higher than 50% shows that there was influence of the environment for all the characters. All the variables showed values ofgenetic and environmental variation coefficients (CVG/CVE) near or higher than unity, except for the character PFF, whose value was 0,78. When bolting was correlated to the other characteristics, the results obtained were significant and positive for most of the combinations, considering the genetic correlations. Under the experimental conditions of this experiment, the progeny 76 had better performance, which, although showing a commercial performance slightly lower than the control, to the genitors and even from other progenies, it stood out in relation to the limiting factors such as stem length and bolting. The genetic variances of all variables were superior to the environmental variances for the evaluated characters. / O objetivo deste trabalho foi estimar a variabilidade genética e as correlações entre caracteres agronômicos em 13 progênies F7 de alface, e nos genitores: Verdinha, Regina e Tinto, e nas cultivares Luisa e Babá de Verão. O experimento foi conduzido em Vitória de Santo Antão – PE, no período de setembro a dezembro de 2005. O delineamento experimental foi o de blocos ao acaso, com três repetições. Foram avaliadas as seguintes características: número de folhas - NF, peso fresco da planta – PFP, diâmetro da planta - DP, peso fresco das folhas – PFF, comprimento do caule - CC e pendoamento – PEND. A análise de variância foi altamente significativa (p < 0,01), pelo teste F, para todas as características estudadas, demonstrando que os tratamentos diferiram significativamente entre si. No agrupamento das médias pelo teste de Scott-Knott a 5% de probabilidade, para todas as características avaliadas, os tratamentos foram reunidos em dois grupos distintos, exceto para DP, onde a cv. Tinto se posicionou isoladamente em um terceiro grupo. A variância genética foi superior para todas as características avaliadas e a herdabilidade acima de 50% mostra que houve influência do ambiente para todos os caracteres. Todas as variáveis apresentaram valores de coeficientes de variação genética e ambiental (CVG/CVE) próximos ou superiores à unidade, exceto para o caráter PFF, cujo valor foi de 0,78. Quando se correlacionou pendoamento com as demais características, os resultados obtidos foram significativos e positivos para a maioria das combinações, considerando-se as correlações genéticas. Nas condições desse ensaio, destacou-se a progênie 76, que embora tenha apresentado uma performance comercial levemente inferior às testemunhas, aos genitores e até mesmo a outras progênies, destacou-se no tocante aos fatores limitantes como comprimento de caule e pendoamento. As variâncias genéticas de todas as variáveis foram superiores às variâncias ambientais, para os caracteres avaliados.

Made available in DSpace on 2015-04-11T13:38:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Conceicao.pdf: 3479286 bytes, checksum: e423419bc970a5fbce6d4829446d589e (MD5) Previous issue date: 2010-09-24 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The floodplain ecosystem shelters and supports most of the fish stocks of commercial importance, such as the tambaqui, Colossoma macropomum, which is considered a key species of this ecosystem. This fish is the largest characin of the Amazon and it is highly appreciated as food by the local population. Currently the tambaqui represents 70% of the regional pisciculture, but despite increasing aquiculture output, wild populations have been experiencing severe over-exploitation. To manage natural stocks of tambaqui it is necessary to access a range of information from diverse areas of knowledge, including genetics. It is thus of fundamental importance to access levels of genetic variability and how this variability is distributed throughout the Amazon region where the species occurs. This information is necessary to guide management strategies and conservation of this species. To obtain such information, mitochondrial (control region and ATPase gene) and nuclear (microsatellites) molecular markers were used. In this study 14 highly polymorphic microsatellite loci for the tambaqui were developed. These molecular markers were successfully transferred to other species of serrasalmids. For the genetic characterization of the tambaqui, 21 localities in the Amazon basin were sampled. We sequenced 1561pb (control region + ATPase gene) from 539 individuals finding 444 haplotypes, of which 440 were unique. The haplotype diversity was high and relatively homogeneous among all localities, however diversity was smallest in Porto Velho. Data from 12 microsatellite loci were collected from 604 individuals, showing an average of 21,4 alleles per locus. Total HE was 0,78 and heterozygosity levels were homogeneous among sampled localities. Porto Velho and Guaporé showed lower values of HE. These results suggest high levels of genetic variability in the tambaqui. AMOVA and other tests to detect population structure based on both markers indicated that within the Brazilian Amazon basin, the tambaqui comprises a single large population, supported by high gene flow between localities. These results indicate that species management in this area can be unified. Considering the entire sampling scheme, the data suggest a metapopulation scenario between the Brazilian and Bolivian basins, with low genetic differentiation between the basins and restricted gene flow due to isolation by distance. The rapids of the Tapajós and Madeira Rivers are not barriers to gene flow among population samples of tambaqui. A demographically stable population was detected in the Bolivian basin and a historical demographic expansion in the Amazon basin, supported by the large number of haplotypes and the presence of unique alleles in Brazilian localities. The migration rates were higher from white water tributaries to the main channel, while the opposite was true for the clear waters of Tapajós River. The effective population size (Ne) was greater in the channel, and in Jacareacanga and Boca do Acre. Genetic effects of over-exploitation were not detected in the tambaqui due to the high genetic diversity found. However, these findings are showing the historical status compatible with a large effective population size of the species in the past since the time of over-exploitation is still be short to be registered genetically. / O ecossistema de várzea amazônica abriga e sustenta a maior parte dos estoques de peixes de importância comercial, como o tambaqui Colossoma macropomum. Este peixe é o maior caracídeo da Amazônia e é muito apreciado como alimento pela população local. Atualmente corresponde com 70% da piscicultura regional, mas apesar da crescente produtividade cultivada, esta espécie na natureza vem experimentando uma intensa sobre-exploração. Para gerenciar os estoques naturais de tambaqui é necessário acessar um conjunto de informações de diversas áreas do conhecimento e, concernente à genética, é de fundamental importância acessar a variabilidade genética e a forma como esta variabilidade está distribuída ao longo da região Amazônica. Estas informações são importantes para direcionar estratégias de manejo e conservação para espécie. Para obter tais informações, foram utilizados marcadores moleculares mitocondriais (região controle e gene da ATPase) e nucleares (microssatélites). No presente estudo foram isolados 14 locos de microssatélites altamente polimórficos para tambaqui. Estes marcadores moleculares foram transferidos com sucesso para outras espécies de serrasalmídeos. Para a caracterização genética do tambaqui, 21 localidades foram amostradas na bacia Amazônica, e 1561 pb (região controle + gene da ATPase) foram seqüenciados em 539 indivíduos. Foram encontrados 444 haplótipos, sendo que 440 foram únicos. A diversidade haplotípica foi alta e relativamente homogênea para todas as localidades, mas foi menor em Porto Velho. Para dados de microssatélites foram utilizados 12 locos em 604 indivíduos, sendo encontrada uma média de 21,4 alelos por loco. A HE total foi de 0,78, sendo em geral, homogênea para as localidades amostrada. Para Porto Velho e Guaporé a HE apresentou os menores valores. Estes resultados sugerem altos níveis de variabilidade genética em tambaqui. AMOVA e as demais análises para detectar estrutura populacional, com base em ambos marcadores, indicaram que dentro da bacia Amazônica brasileira o tambaqui forma uma única e grande população, suportado por um intenso fluxo gênico entre as localidades. Estes resultados indicam que o manejo da espécie nesta área pode ser unificado. Considerando toda a amostragem do estudo, evidenciou-se um cenário de metapopulação entre as bacias hidrográficas brasileiras e bolivianas. As corredeiras presentes nos rios Tapajós e Madeira não representam uma barreira ao fluxo gênico entre as amostras populacionais de tambaqui. Uma estabilidade populacional foi detectada para a bacia Boliviana e uma expansão para a bacia Amazônica, suportado pelo grande número de haplótipos únicos e a presença de alelos exclusivos nas localidades brasileiras. As taxas de migração foram maiores das localidades dos tributários de água branca para a calha principal, e desta para o rio Tapajós. Os dados genéticos podem estar configurando a migração reprodutiva ou uma dinâmica nos movimentos da espécie. O tamanho efetivo populacional (Ne) foi maior na calha principal, no rio Tapajós e no rio Purus. Não foram detectados sinais de sobreexploração devido à alta diversidade genética encontrada. No entanto estes achados podem estar mostrando um status histórico da espécie compatível a um enorme tamanho efetivo populacional no passado ou que o tempo de sobreexploração pode ainda ser curto para um registro genético.

Made available in DSpace on 2017-07-10T17:37:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Hamilton Santana.pdf: 702139 bytes, checksum: d0ac4361cec105b090cd85a79db56ad3 (MD5) Previous issue date: 2007-08-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Cyst Nematode is one of the main soybean crop pathogens in the world levels. In Brazil, such nematode is spread throughout Brazilian regions in which soybean is grown and its damage for soybean crops is dependent on the infestation level on the field. In Paraná State, this species is widely distributed, and it has been reported in 11 counties in the western region. The physiological race determination in such species is fundamentally important for the recommendation of resistant soybean cultivars to H. glycines. This work aimed to study the genetic variability in H. glycines polycystic populations collected from infested areas, through the identification of physiological races in monocystic populations by tests in soybean differential plants. It was also aimed at testing the reaction of soybean commercial cultivars to H. glycines to race 3. Field population and monocystic isolates from H. glycines, collected in Cruz Alta (RS), Porto Mendes (PR) and Novo Horizonte (PR), were developed in CD 202 soybean plants. Soybean differentials and soybean commercial cultivars were seeded in tubes, inoculated in the V1 stage with 5.000 eggs and J2 and kept in a greenhouse under temperature ranging from 28 to 30oC. The greenhouse essays followed a completely randomized design with seven replications. The physiological race identification was carried out with two field populations and nine monocystic isolates whereas the resistance test was developed on 18 commercial cultivars. The evaluation procedure was accomplished at 28 days apart the inoculation and based on the Parasitism Index (PI). The PI was calculated on the number of females and cysts found on the differentials and the cultivars tested in relation to the check cultivar LEE . The tests in differential plants with monocystic isolates revealed the presence of the races 2, 5 and 6 to Porto Mendes, 3 and 6 to Cruz Alta and 5 and 6 to Novo Horizonte. Field populations showed the presence of race 6 in Porto Mendes and race 3 in Cruz Alta. Most of commercial cultivars tested were resistant to H. glycines race 3 while the cv. Liderança and the CD 217 presented susceptibility. The results showed that the race identification from monocystic isolates assists in the identification of genetic variability in field populations of H. glycines, what is not possible according to the race scheme based in polycystic populations extracted from the soybean crop fields / O nematóide de cisto é um dos principais patógenos da cultura da soja a nível mundial. No Brasil, este nematóide encontra-se disseminado em praticamente todas as regiões produtoras de soja, sendo responsável por perdas de produtividade variáveis, dependendo do nível de infestação a campo. No Paraná, esta espécie encontra-se amplamente distribuída, tendo sido relatada em 11 municípios somente da região oeste do estado. A determinação de raças fisiológicas de H. Glycines é de fundamental importância para a recomendação de cultivares de soja resistentes a este patógeno. Objetivou-se com o presente trabalho, estudar a variabilidade genética presente em populações policísticas de H. glycines coletadas a campo, através da identificação de raças fisiológicas de populações monocísticas, a partir de testes em plantas hospedeiro-diferenciadoras. Objetivou-se também testar a reação de cultivares comerciais de soja à raça 3 de H. glycines. Populações de campo e isolados monocísticos de H. glycines, provenientes dos municípios de Cruz Alta (RS), Porto Mendes (PR) e Novo Horizonte (PR), foram multiplicados em plantas de soja CD 202 . Plantas hospedeiro-diferenciadoras e cultivares comerciais de soja foram semeados em tubetes, inoculados no estádio V1 com 5.000 ovos e J2 e mantidos em casa-de-vegetação com temperatura variando de 28 a 30 oC. Os testes em casa-de-vegetação seguiram o delineamento inteiramente casualizados com sete repetições. A identificação de raças fisiológicas foi realizada em duas populações de campo e nove isolados monocísticos e o teste de resistência em 18 cultivares. comerciais. As avaliações foram feitas aos 28 dias após a inoculação com base no Índice de Parasitismo (IP). O IP foi calculado em função do número de fêmeas e cistos encontrados nas diferenciadoras e cultivares testados em relação ao padrão de suscetibilidade e multiplicado por 100. Os testes em plantas diferenciadoras com isolados monocísticos revelou a presença das raças 2, 5 e 6 para Porto Mendes, 3 e 6 para Cruz Alta e 5 e 6 para Novo Horizonte. Populações de campo revelaram a presença da raça 6 para Porto Mendes e da raça 3 para Cruz Alta. A maioria dos cultivares comerciais testados foram resistentes à H. glycines raça 3, enquanto que a cv. Liderança e a CD 217 apresentaram-se suscetíveis. Os resultados mostraram que a identificação de raças a partir de isolados monocísticos de H. glycines auxilia na identificação da variabilidade genética presente em populações de campo, o que não é possível mediante a determinação de raças com base em populações policísticas obtidas a campo

Elucidation of mechanisms that generate and maintain population-level phenotypic variability provides insight into processes that influence within-species genetic divergence. Historically, color pattern polymorphisms were used to infer population-level genetic variability, but recent approaches directly capture genetic variability using molecular markers. Here, I clarify the relationship between genetic variability and color pattern polymorphism within and among populations using the Australian common froglet, Crinia signifera. To illustrate genetic variability in C. signifera, I used phylogenetic analysis of mitochondrial DNA and uncovered three ancient geographically restricted lineages whose distributions are consistent with other southeastern Australian species. Additional phylogeographic structure was identified within the three ancient lineages and was consistent with geographic variation in male advertisement calls. Natural selection imposed by predators has been hypothesized to act on black-and-white ventral polymorphisms in C. signifera, specifically through mimicry of another Australian frog, Pseudophryne. I used clay replicas of C. signifera to test whether predators avoid black-and-white coloration. In fact, black-and-white replicas were preferentially avoided by predators in some habitats, but not in others, indicating that differential selection among habitats plays a role in maintaining color pattern polymorphism. When black-and-white color patterns in a sample of C. signifera populations were compared with those in sympatric Pseudophryne, several color pattern characteristics were correlated between the species. Furthermore, where C. signifera and Pseudophryne are sympatric, color patterns are more similar compared to those in allopatry. Extensive phylogenetic variability suggests that phylogenetic history and genetic drift may also influence C. signifera color pattern. Fine-scale phylogenetic analysis uncovered additional genetic diversity within lineages and low levels of introgression among previously identified clades. Measures of color pattern displayed low levels of phylogenetic signal, indicating that relationships among individuals only slightly influence color patterns. Finally, simulations of trait evolution under Brownian motion illustrated that the phylogeny alone cannot generate the pattern of variation observed in C. signifera color pattern. Therefore, this indicates a minimal role for genetic drift, but instead supports either the role of stabilizing selection due to mimicry, or diversifying selection due to habitat differences, in color pattern variation in C. signifera. / text