Orientadores: Luiz Francisco Lembo Duarte, Vera Nisaka Solferini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-15T12:02:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aranha_TiagoPorto_M.pdf: 851406 bytes, checksum: 8a0e698a85700d7b59721c4e8167d63f (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: A quantidade de espécies envolvidas, a amplitude geográfica e a freqüência de ocorrência das invasões biológicas não conhecem precedentes. Atualmente as invasões são consideradas um processo composto de múltiplos estágios, dinâmico no espaço e no tempo. As populações invasoras podem estacionar em determinados estágios e até regredir a estágios anteriores antes de atingir a fase de clímax. As invasões são consideradas uma das grandes causas da extinção de espécies no planeta, desta forma, a compreensão dos mecanismos e fatores que influenciam o sucesso das invasões e o entendimento de seus efeitos em comunidades nativas é fundamental. O objeto de estudo do presente trabalho é o bivalve invasor Isognomon bicolor em costões rochosos do sudeste do Brasil. No capítulo I, padrões de distribuição e dominância de populações localizadas no litoral norte de São Paulo foram documentados. A situação atual da invasão de I. bicolor foi avaliada frente às populações de organismos nativos da área. No capítulo II, padrões de variabilidade e estruturação genética de populações de I. bicolor no litoral sudeste foram descritos e comparados com aqueles para populações do bivalve nativo Brachidontes solisianus. A combinação dessas duas abordagens permitiu uma maior compreensão do processo de invasão de I. bicolor e das conseqüências dessa invasão sobre as espécies nativas. Atualmente I. bicolor apresenta-se amplamente distribuído no litoral norte de São Paulo, entretanto, ao contrário de estudos anteriores, suas populações apresentam baixas porcentagens de cobertura nos costões onde ocorre. Tal fato deve-se a um evento de mortaliade em massa pelo qual a espécie passou recentemente. A alta variabilidade e baixa estruturação genética observada, semelhante à encontrada para o bivalve nativo B. solisianus, são indícios de um processo de invasão costituido por múltiplos episódios de introdução e da grande capacidade de dispersão do invasor. Esses resultados são preocupantes pois sugerem que as populações de I. bicolor estão relativamente estáveis e conectadas entre si, tornando sua exitinção na costa sudeste do Brasil improvável, mesmo após a ocorrência do evento de mortalidade em massa / Abstract: The species number, geographic scale and frequency of biological invasions are unparalleled. Currently, invasions are considered as a several stages process, dynamic in space and time. The invasive populations can remain at some stage or return to earlier stages before reaching the invasion climax. Invasions are considered one of the major causes of species extinction on the planet and thus. Understanding mechanisms and factors that influence invasion success and its effects on native communities is of primary imporatance. The present work studied the invasive Isognomon bicolor populations along the southeastern coast of Brazil. In Chapter I, the distribution and the dominance patterns of I. bicolor were documented along the northern coast of São Paulo. The population attributes of the invasive species I. bicolor were evaluated and compared to the population attributes of native organisms in the sampled area. In Chapter II, the genetic variability and the structure patterns of four I. bicolor populations on southeastern Brazilian Coast were analyzed and compared with those of the native Brachidontes solisianus populations. The combination of these two approaches has enabled a better understanding of I. bicolor invasion process and its consequences for native species. Currently, I. bicolor has become widely distributed in the northern coast of São Paulo, however, unlike previous studies, I.bicolor is not dominant in the rocky shores. This fact may be caused by a recent mass mortality event. The high variability and low genetic structure observed, similar to the genetic attibutes of the native bivalve B. solisianus populations, are evidences of an invasion process with multiple introduction events and of the large invader dispersal ability. These results are concerning as they suggest that I.bicolor populations are relatively stable and connected to each other, making its extinction in the southeastern coast of Brazil unlikely, even after the occurrence of a mass mortality event / Mestrado / Ecologia / Mestre em Ecologia

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-01T19:34:33Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Lliane dos Santos Oliveira.pdf: 1137558 bytes, checksum: 77f41c6e816fd4fd117874c6535aab88 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-10T15:35:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Lliane dos Santos Oliveira.pdf: 1137558 bytes, checksum: 77f41c6e816fd4fd117874c6535aab88 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-10T15:39:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Lliane dos Santos Oliveira.pdf: 1137558 bytes, checksum: 77f41c6e816fd4fd117874c6535aab88 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-10T15:39:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Lliane dos Santos Oliveira.pdf: 1137558 bytes, checksum: 77f41c6e816fd4fd117874c6535aab88 (MD5) Previous issue date: 2012-03-01 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Amazon has valuable reservoir of genetic resources related to species of palms, which we highlight the jauari (Astrocaryum jauari Martius), a non-domesticated specie, verified as high dispersion and is the most common palm in flooded areas of the Rio Negro, in Brazilian Amazon. Specie very explored till 90s for the extraction of palm, which formed the basis of industrial production of palm in Central Amazonia, however, not very studied compared species like peach palm, acaí and tucumã. The high occurrence of natural populations of this palm can be associated with alternatives seeking improvements in quality of life of local populations and community development, but for this is necessary the expansion of basic and applied studies for a better understanding of its diversity, occupation of ecosystem, evolution, adaptation and development of suitable methods for the management and use of this potential. The objective of this study was to characterize the genetic variability of populations of jauari in Amazon, using microsatellite markers. Thirty samples were collected from leaves of jauari of three populations (Santa Luzia do Buiuçuzinho, Matrinxã and Nossa Senhora das Graças) and analyzed using nine microsatellite loci (Aac03, Aac04, Aac05, Aac06, Aac07, Aac10, Aac12, and Aac13 Aac14) developed for tucumã (Astrocaryum aculeatum) and transferred successfully to jauari. It was detected 47 alleles with an average of 5.2 alleles per locus being lower in Aac03, Aac05, Aac10 Aac13 and (3 alleles) and higher in Aac04 (9 alleles), confirming the high information content of this kind of genetic marker for genetic studies of palms. The alleles were classified according to their frequency and distribution among populations. A total of thirteen alleles was classified as rare (frequency <0.05), nineteen alleles as intermediaries (often between 0.05 and 0.2), and fifteen common (> 0.2). Eight private alleles were detected, four of these were found in population Nossa Senhora das Graças; nine sporadic alleles (present in two populations) and 30 broadcast (present in all three populations). The observed heterozygosity (Ho) were higher than the expected heterozygosity (He) in 89% of loci. The average of observed heterozygosity was higher in Santa Luzia do Buiuçuzinho (Ho = 0.77) and lowest in Matrinxã (Ho = 0.70). Moderate genetic divergence was observed among populations (Fst = 0.12). The analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that the populations studied jauari have greater genetic variability within populations (87.75%), and a lower variability among populations (12.25%). The dendrogram based on SSR markers revealed the formation of two groups, showing that the populations of Santa Luzia do Buiuçuzinho and Matrinxã are more genetically similar. The results showed that genetic distances are not correlated with geographic distance. However, it was found high intrapopulation genetic diversity that can be used in breeding programs. Keywords: Genetic / A Amazônia possui valioso reservatório de recursos genéticos relacionados à espécies de palmeiras, entre elas, podemos destacar o jauari (Astrocaryum jauari Martius), uma espécie não domesticada, verificada como de alta dispersão, sendo a palmeira mais frequente nos igapós do Rio Negro, na Amazônia brasileira. Espécie muito explorada até a década de 90 para extração de palmito, que constituiu a base da produção industrial de palmito na Amazônia Central, porém, pouco estudada quando comparada as espécies como pupunha, açaí e tucumã. A alta ocorrência de populações naturais dessa palmeira pode ser associada a alternativas visando buscar melhorias na qualidade de vida das populações locais e desenvolvimento comunitário, mas para isto torna-se necessária a ampliação dos estudos básicos e aplicados para um melhor conhecimento de sua diversidade, ocupação no ecossistema, evolução, adaptação e desenvolvimento de métodos adequados para o manejo e utilização de seu potencial. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a variabilidade genética de populações de jauari na Amazônia, utilizando marcadores microssatélites. Foram coletadas trinta amostras de folhas de jauari de três populações (Santa Luzia do Buiuçuzinho, Matrinxã e Nossa senhora das Graças) e analisadas utilizando nove loci microssatélites (Aac03, Aac04, Aac05, Aac06, Aac07, Aac10, Aac12, Aac13 e Aac14) desenvolvidos para tucumã (Astrocaryum aculeatum) e transferidos com sucesso para jauari. Foram detectados 47 alelos com média de 5,2 alelos por loco, sendo menor em Aac03, Aac05, Aac10 e Aac13 (3 alelos) e maior em Aac04 (9 alelos), confirmando o alto conteúdo de informação genética deste tipo de marcador para estudos genéticos em palmeiras. Os alelos foram classificados de acordo com suas frequências e distribuição entre as populações. Um total de treze alelos foi classificado como raros (freqüência < 0,05), dezenove alelos como intermediários (frequência entre 0,05 e 0,2), e quinze comum (>0,2). Foram detectados oito alelos privados destes, quatro encontrados na população Nossa Senhora das Graças, nove alelos esporádicos (presentes em duas populações) e 30 difundidos (presente nas três populações). As heterozigosidades observadas (Ho) foram superiores a heterozigosidade esperada (He) em 89% dos loci. A heterozigosidade média observada foi maior em Santa Luzia do Buiuçuzinho (Ho=0,77) e menor em Matrinxã (Ho=0,70). Divergência genética moderada foi observada entre as populações (Fst=0,12). A análise da variância molecular (AMOVA) revelou que as populações estudadas de jauari apresentam maior variabilidade genética dentro das populações (87,75%), e uma variabilidade menor entre as populações (12,25%). O dendrograma construído com base nos marcadores SSR revelou a formação de dois grupos, mostrando que as populações de Santa Luzia do Buiuçuzinho e Matrinxã são as mais semelhantes geneticamente. Os resultados obtidos mostraram que as distâncias genéticas não estão correlacionadas com a distância geográfica. No entanto, foi encontrada alta diversidade genética intrapopulacional que poderá ser utilizada em programas de melhoramento.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-07T10:21:28Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kássia Marques Corrêa - 2014.pdf: 1360942 bytes, checksum: 2661f2b710c853ee68f2abbfbdbcad2a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-07T10:24:10Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kássia Marques Corrêa - 2014.pdf: 1360942 bytes, checksum: 2661f2b710c853ee68f2abbfbdbcad2a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-07T10:24:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kássia Marques Corrêa - 2014.pdf: 1360942 bytes, checksum: 2661f2b710c853ee68f2abbfbdbcad2a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Mauritia flexuosa is a large palm tree, commonly known as buriti that has wide distribution in the Cerrado, especially in association with fountains of waters and wetlands in formations known as palm swamps. The genetic variability of a species allows to elucidate the role of evolutionary processes in populations, contributing to the definition of efficient strategies for their use and conservation. Microsatellite markers are useful to quantify the level of variability among and within subpopulations. This study aimed to evaluate the genetic variability of six subpopulations of Mauritia flexuosa located in conserved and disturbed state of Goiás paths, based on microsatellite markers. 175 individuals were evaluated from six subpopulations. Genomic DNA was extracted from leaf tissue and subsequently quantified and diluted for performing polymerase chain reactions, using ten microsatellite loci. It was used an ABI3500 automatic sequencer, which acts through a capillary electrophoresis system, from which the genotypes were obtained. The array of genotypes obtained was used to estimate genetic diversity parameters among and within subpopulções. The analyzes were performed using GDA software. The average number of alleles per locus in subpopulations was 6,2, ranging from 5,6 to 7,0. The values of expected (He) and observed (Ho) heterozygosity were equal to 0,645 and 0,659, respectively, showing Ho value close to that expected by Hardy-Weinberg equilibrium. The analysis of population genetic structure revealed that subpopulations of M. flexuosa are moderately structured with θ = 0,099. The estimated value for f was not significant, as expected for dioecious species. The total fixation index considering all subpopulations was F = 0,08 , very close to the value of θ. This suggests that the genetic structure observed in these subpopulations is related to an effect of drifting associated with some restriction to gene flow between subpopulations. The limitation of gene flow between M. flexuosa subpopulations can be associated with the environment in which they occur, because the palm swamps have disjunct distributions and areas of dry land around them can act as barriers to gene flow. Another factor that could be related to this restriction to gene flow is the dispersion of seeds by zoochory, which becomes 13 difficult in fragmented environments and impracticable if it is kept in place unfavorable for seed germination. It was concluded that the sampled subpopulations showed a low level of inbreeding, and a relatively high genetic diversity. There is significant genetic structure, probably due to a slight isolation between subpopulations associated with the effects of genetic drift within subpopulations. / Mauritia flexuosa é uma palmeira de grande porte, conhecida vulgarmente como buriti que possui ampla distribuição no Cerrado, principalmente em associações com nascentes de águas e áreas alagadas, em formações conhecidas como veredas. Conhecer a variabilidade genética de uma espécie permite elucidar a atuação dos processos evolutivos nas populações, o que contribui para a definição de estratégias eficientes de seu uso e conservação. Os marcadores microssatélites são bastante úteis para quantificar o nível de variabilidade existente entre e dentro das subpopulações. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a variabilidade genética de seis subpopulações de Mauritia flexuosa localizadas em veredas conservadas e antropizadas do Estado de Goiás, com base em marcadores microssatélites. Foram avaliados 175 indivíduos provenientes de seis subpopulações, localizadas no estado de Goiás. O DNA genômico foi extraído a partir de tecido foliar, posteriormente foi quantificado e diluído para a realização de reações em cadeia de polimerase, utilizando dez locos microssatélites. Foi utilizado sequenciador automático ABI3500, que funciona por meio de um sistema de eletroforese capilar, pelo qual se obtiveram os genótipos. A matriz de genótipos obtida foi utilizada para estimar parâmetros de diversidade genética entre e dentro de subpopulções. Estas análises foram realizadas no software GDA. O número médio de alelos por loco nas subpopulações foi de 6,2, variando entre 5,6 e 7,0. Os valores da heterozigosidade esperada (He) e observada (Ho) foram iguais a 0,645 e 0,659, respectivamente, estando o valor de Ho próximo ao esperado pelo Equilíbrio de Hardy-Weinberg. A análise de estrutura genética populacional revelou que as subpopulações de M. flexuosa estão moderadamente estruturadas, com θ = 0,099. O valor estimado para o f não foi significativo, como é esperado para espécies dioicas, como é o caso do buriti. A estimativa do índice de fixação total, considerando todas as subpopulações, revelou um valor de F = 0,08, ou seja, muito próximo ao valor de θ. Isto sugere que a estruturação genética observada nestas subpopulações de buriti deve estar mais relacionada a um efeito de deriva associada a certa restrição ao fluxo gênico 11 entre as subpopulações amostradas. A limitação ao fluxo gênico entre as subpopulações de buriti pode estar associada ao ambiente em que estão inseridas, pois as veredas possuem distribuição disjunta e as áreas de terra seca que as rodeiam podem funcionar como barreiras ao fluxo gênico. Outro fator que pode estar relacionado a esta restrição ao fluxo gênico é a dispersão de sementes por zoocoria, que se torna difícil em ambientes fragmentados, além de inviável caso esta seja depositada em lugar desfavorável a germinação. Assim conclui-se que para as subpopulações amostradas há um baixo nível de endogamia e uma diversidade genética relativamente alta. Há estrutura genética significativa, provavelmente em decorrência de um leve isolamento entre as subpopulações associado aos efeitos de deriva genética dentro das subpopulações.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-07T10:43:43Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Vanessa Bernardes - 2014.pdf: 2035312 bytes, checksum: 8b960a119417d6138d7c9fbbdf6c6ad0 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-07T10:46:22Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Vanessa Bernardes - 2014.pdf: 2035312 bytes, checksum: 8b960a119417d6138d7c9fbbdf6c6ad0 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-07T10:46:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Vanessa Bernardes - 2014.pdf: 2035312 bytes, checksum: 8b960a119417d6138d7c9fbbdf6c6ad0 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-03-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Molecular markers are identifiable DNA sequences found at specific sites in the genome and transmitted by the standard laws of inheritance from one generation to the next. Markers known as microsatellite are indicated for genetic population analysis; due they are widely distributed in the genome and their high polymorphic information content per locus. To support different management practices, genebanks, conservation studies is important to perform the analysis of genetic variability in natural populations of the species of interest. In the biome Cerrado there are inumerous medicinal and fruit trees that are used in a extractive way, among them are those of the gender Byrsonima sp. popularly known as murici, belonging to the family Malpighiaceae. In Brazil presents about 70 species with wide distribution in the Cerrado. The murici is a multi- potential plant and although not be domesticated, its economic exploitation can be viable. In this context, the objective was to develop a set of microsatellite markers for species Byrsonima cydoniifolia A. JUSS. and test the potential transferability of this set of markers for species Byrsonima crassifolia L. Kunth. The microsatellite regions were isolated using genomic libraries enriched for repetitive regions and then they were used for primer design. Using the primers designed temociclagem conditions were tested and the products were characterized using the DNA of 90 individuals of B. cydoniifolia and 24 indivuduals of B. crassifolia. Of these, 14 loci were polymorphic and 3 monomorphic in three populations of B. cydoniifolia. The number of alleles ranged from 3 to 17, with an average of 10.45 alleles per locus. The observed heterozygosity was similar to the expected heterozygosity, the values ranged from 0.20 to 0.92 and 0.43 to 0.92; respectively. 39 private alleles were identified. This set of markers showed high combined probability of paternity exclusion (Q) equal to 0.999 and combined probability of identity (I) equal to I=7.84x10-1. The global values for the fixation index (FIS) were not significant (P<0.05), whereas the values of FST=0,082 and FIT=0,143 were significant. For Byrsonima crassifolia species, nine pairs of primers produced good patterns of cross amplification in the study population, with a mean of 7.56 alleles per locus. The observed heterozygosity ranged from 0.250 to 0.958, which was higher than the expected heterozygosity ranging from 0.223 to 0.905. The combined probability of paternity exclusion (Q) was equal to 0.99847 and high combined probability of identity equal to 6.42x10-9. The strategy of development of microsatellite markers from the genomic library enriched methodology was efficient to generate a panel with eleven polymorphic microsatellite markers for B. cydoniifolia and nine polymorphic microsatellite markers successfully transferred to B. crassifolia, providing a useful tool for population genetic studies not only for the species B. cydoniifolia and B. crassifolia, but possibly for other related species evolutionarily. / Marcadores moleculares são sequências de DNA identificáveis, encontrados em locais específicos do genoma e transmitidos pelas leis padrão de herança de uma geração para a seguinte. Os marcadores moleculares conhecidos como microssatélites são indicados para análises genético-populacionais, por serem amplamente distribuídos no genoma e apresentarem alto conteúdo de informação polimórfica por loco. Para subsidiar diferentes práticas de manejo, bancos de germoplasma e estudos de conservação é importante realizar a análise da variabilidade genética nas populações naturais das espécies de interesse. No bioma Cerrado encontram-se inúmeras espécies medicinais e frutíferas que são utilizadas de forma extrativista, dentre elas estão as do gênero Byrsonima sp., conhecidas popularmente como murici, que são pertencentes à família Malpighiaceae. No Brasil, existem cerca de 70 espécies com ampla distribuição no Cerrado. O murici é uma planta de múltiplas potencialidades e apesar de não ser domesticada, a sua exploração econômica apresenta potencial. Nesse contexto, o objetivo do trabalho foi desenvolver um conjunto de marcadores microssatélites para a espécie Byrsonima cydoniifolia A. JUSS. e testar o potencial de transferibilidade deste conjunto de marcadores para a espécie Byrsonima crassifolia L. Kunth. As regiões microssatélites foram isoladas utilizando bibliotecas genômicas enriquecida para regiões repetitivas e, posteriormente, as mesmas foram utilizadas para o desenho de primers. A partir dos primers desenvolvidos foram testadas condições de temociclagem e seus produtos foram caracterizados utilizando o DNA de 90 indivíduos de B. cydoniifolia e 24 indivíduos de B. crassifolia. Das 60 sequências obtidas, foi possível identificar 22 regiões microssatélites e desenhar pares de primers para 17. Destes, 14 locos apresentaram polimorfismo e três foram monomórficos em três populações de B. cydoniifolia. O número de alelos variou de 3 a 17, com uma média de 10,45 alelos por loco. A heterozigosidade observada foi semelhante à heterozigosidade esperada, com os valores variando de 0,20 a 0,92 e 0,43 a 0,92, respectivamente. Foram identificados 39 alelos privados. Este conjunto de marcadores apresentou alta probabilidade combinada de exclusão de paternidade (Q) igual a 0,999 e probabilidade de identidade combinada (I) igual a I=7,84x10-1. Os valores globais obtidos para o índice de fixação (FIS) não foram significativos (P<0,05), enquanto que os valores de FST=0,082 e FIT=0,143 foram significativos. Para a espécie Byrsonima crassifolia, nove pares de primers produziram bons padrões de amplificação cruzada na população avaliada, apresentando uma média de 7,56 alelos por loco. A heterozigosidade observada variou de 0,250 a 0,958, maior do que a heterozigosidade esperada, que variou de 0,223 a 0,905. A probabilidade combinada de exclusão de paternidade (Q) foi alta igual a 0,998 e a probabilidade combinada de identidade igual a 6,42x10-9. A estratégia de desenvolvimento de marcadores microssatélites a partir da metodologia de biblioteca genômica enriquecida foi eficiente para gerar um painel com onze marcadores microssatélites polimórficos para B. cydoniifolia e nove marcadores microssatélites polimórficos transferidos com sucesso para B. crassifolia, disponibilizando uma ferramenta útil para estudos genético-populacionais não só para as espécies B. cydoniifolia e B. crassifolia, mas possivelmente para outras espécies próximas evolutivamente.

Made available in DSpace on 2015-04-13T12:17:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lucyanna Moura Coelho.pdf: 2600977 bytes, checksum: c3fa95709cf87a2f64ab8f2ec5822112 (MD5) Previous issue date: 2013-09-02 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Brazil nuts (Bertholletia excelsa H.B.K.) is a symbol tree of the Amazon, which provides a great social, ecological and economic development for the region. In the first four months of 2012, total exports of Brazil nuts reached 4,940 tons, generating revenues of US$ 6.5 million, a figure 65.6% higher than in the same period of 2011. Despite high values of production and export of Brazil Nuts, and the extreme importance it has in the economy, studies show that excessive collection in forests jeopardizes the future of the species. It is through the genetic diversity that species are maintained over time, allowing the evolutionary adaptation of the species as a result of environmental changes. The objective of this work was to study the genetic diversity among and within populations of Brazil nuts by AFLP markers. One hundred and fifty subjects were evaluated, two populations from Aruanã Farm, one from Parintins and two from Manaus. The DNA of these individuals was extracted by CTAB method, based on the protocol of Doyle and Doyle (1987), with some adaptations and quantified. In analyzes, we used four primer combinations (E + ATC / M + CCA + E AGC / M + CAT, E + AGC / M + CCA E + ACA / M + CAC) that generated 306 polymorphic bands (93.3%). Genetic differentiation within and among populations was tested by analysis of molecular variance (AMOVA), using the Genes software (Cruz, 2006a). The genetic distances of Jaccard were used in a cluster analysis of UPGMA type (Unweighted Pair-Group Method by Arithmetic Averages), using the Genes program, and bootstrap test was conducted with 5,000 permutations. Results indicated that the presence of genetic divergence is greater within populations (51.88%) than among populations (48.11%). The Fst value was equal to 0.48. Two groups were formed in interpopulational grouping: the first consisted of individuals from Aruanã Carolina, Aruanã Brastor and Manaus IFAM (planted), and the second presented individuals from Parintins and Manaus Airport (natural). AFLP markers were efficient in the characterization of natural populations and cultured Brazil nuts. / A castanheira-do-Brasil (Bertholletia excelsa H.B.K.) é uma das árvores-símbolo da Amazônia, apresentando um grande valor social, ecológico e econômico para a região. Nos quatro primeiros meses de 2012, o volume total das exportações de castanha-do-Brasil atingiu 4.940 toneladas, gerando uma receita de U$S 6,5 milhões, valor 65,6% superior ao observado no mesmo período de 2011. A coleta excessiva em castanhais nas florestas tem se intensificado e compromete o futuro da espécie. A diversidade genética dentro de uma espécie facilita a adaptação evolutiva em decorrência das mudanças ambientais e precisa ser preservada para que sua perpetuação ocorra. O objetivo deste trabalho foi estudar a diversidade e genética entre e dentro de populações de castanheira-do-Brasil por meio de marcadores moleculares AFLP. Foram avaliadas cinco populações no Estado do Amazonas com 30 indivíduos cada, duas populações da Fazenda Aruanã (Aruanã Carolina e Aruanã Brastor), uma de Parintins e duas de Manaus (Manaus IFAM e Manaus Aeroporto). A extração de DNA foi realizada pelo método CTAB, baseado no protocolo de Doyle e Doyle (1987), com adaptações. Foram utilizados quatro combinações de oligonucleotídeos (E+ATC/M+CCA; E+AGC/M+CAT; E+AGC/M+CCA; E+ACA/M+CAC) na genotipagem dos 150 indivíduos e obtidas 306 bandas polimórficas (93,3%). A diferenciação genética dentro e entre populações foi testada pela análise de variância molecular (AMOVA) utilizando o programa Genes. As distâncias genéticas de Jaccard foram utilizadas em uma análise de agrupamento do tipo UPGMA (Unweighted Pair-Group Method by Arithimetic Averages) e o teste de bootstrap foi realizado com 5.000 reamostragens. Os resultados indicaram que a presença de divergência genética é maior dentro de populações (51.88%) do que entre populações (48.11%). O valor de Fst foi igual a 0,48. Dois grupos foram formados no agrupamento interpopulacional: o primeiro constituiu-se de populações oriundas de plantios, Aruanã Carolina, Aruanã Brastor e Manaus IFAM e o segundo de populações naturais, Parintins e Manaus Aeroporto. Os marcadores AFLP foram eficientes na caracterização de populações naturais e cultivadas de castanheira-do-Brasil.

Made available in DSpace on 2015-04-13T12:17:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Magna Aragao Magalhaes.pdf: 1371588 bytes, checksum: 4836de8a968e092dbf235d5be3ea0cd6 (MD5) Previous issue date: 2013-09-02 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The yellow mombin (Spondias mombin L.) is a fruit which belongs to the family Anacardiaceae and it has a wide geographical distribution. It presents economic and social importance and it is widely used by the industry for making juices, popsicles, ice cream, jams and liqueurs. This study aimed to characterize the genetic diversity within and among populations of S. mombin. The analysis was performed with molecular markers AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) in three populations located in the city of Manaus, Amazonas State: Federal University of Amazonas (UFAM), Vila Buriti (VLB) and the Executive Committee of the Cocoa crop Plan (CEPLAC). 10 combinations of oligonucleotides were tested, and four selected for this analysis: E + AAC / M + CAT, E + AGT / M + CTC, E + AAC / M + CTC, E + AGT / M + CAT. The oligonucleotides revealed 283 polymorphic loci, ranging from 97.2% to 63% among populations. The Fst (genetic differentiation between populations) figured was 0.52, showing a high level of genetic differentiation among the populations. The result of Analysis of Molecular Variance attributed 52.8% and 47.1% of the variation among and within populations, respectively. The dendrogram based on AFLP markers revealed the formation of two groups, the natural, UFAM and VLB, and CEPLAC group, which is a population enriched with planting. The AFLP markers are efficient to detect genetic diversity in S. mombin and differentiate populations of different constitutions. Most of the genetic variability occurs between populations. / O taperebazeiro (Spondias mombin L.) é uma fruteira pertencente à família Anacardiaceae e tem uma distribuição geográfica ampla. Apresenta importância econômica e social e é bastante utilizado pela indústria para confecção de sucos, picolés, sorvetes, geleias e licores. Este estudo teve como objetivo principal caracterizar a diversidade genética entre e dentro de populações de S. mombin L. A análise foi realizada por meio de marcadores moleculares AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) em três populações localizadas na cidade de Manaus, Estado do Amazonas: Universidade Federal do Amazonas (UFAM), Vila Buriti (VLB) e Comissão Executiva do Plano da Lavoura Cacaueira (CEPLAC). Foram testadas 10 combinações de oligonucleotídios, e selecionadas quatro para essa análise: E+AAC/M+CAT, E+AGT/M+CTC, E+AAC/M+CTC, E+AGT/M+CAT. Os oligonucleotídios revelaram 283 locos polimórficos, variando de 63% a 97,2% entre as populações. O Fst (diferenciação genética entre as populações) calculado foi de 0,52, revelando um alto nível de diferenciação genética entre as populações. O resultado da Análise Molecular de Variância atribuiu 52,8% e 47,1% da variação entre e dentro das populações, respectivamente. O dendrograma construído com base nos marcadores AFLP revelou a formação de dois grupos, o das populações naturais, UFAM e VLB, e o grupo da CEPLAC, que é de uma população enriquecida com plantio. Os marcadores moleculares AFLP são eficientes para detectar diversidade genética em S. mombin e diferenciar populações de constituições distintas. A maior parte da variabilidade genética ocorre entre as populações.

Made available in DSpace on 2015-04-13T12:17:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao- Liene Rocha Picanco Gomes.pdf: 3666319 bytes, checksum: bf6507167f5648d00336ce3bd2560c85 (MD5) Previous issue date: 2009-06-05 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Buriti (Mauritia flexuosa L. f.) is a palm from the Arecaceae family with a large geographic distribution all around the Amazon region and restrict to South America. It represents economic importance, having almost every part used. It is used as food and medicaments. The aim of this work was to characterize the genetic diversity of buriti s natural populatation through molecular mark AFLP. It were analyzed four population located beyond Gasoduto Coari-Manaus. For its analysis four combinations of primers were used (E-AAC/M-CAC, E-AAC/M-CGC, E-ACA/m-CGC e E-ATC/M-CCA). The primers reveled 339 focus with polymorphism, going from 81,1% to 91.1% among the population. The Fst calculated was 0.23 and the Variety Molecular Analysis s result (AMOVA) was 77,18% of varieties in populations. The reveled dendogram base on AFLP mark showed the formation of two groups, resulting that Bom Jesus and Lauro Sodré population are the most genetically alike. The result gained showed that the genetic distance are not related to the geographic distance. / O buriti (Mauriti flexuosa L. f.) é uma palmeira da família Arecaceae com ampla distribuição geográfica por toda a região Amazônica e restrita a América do Sul. Apresenta importância econômica, tendo praticamente todas as suas partes aproveitadas. Seu uso vai desde a alimentação até o uso medicinal. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade genética de populações naturais de buriti por meio de marcadores moleculares AFLP. Foram analisadas quatro populações localizadas ao longo do Gasoduto Coari-Manaus. Para esta analise foram usadas quatro combinações de primers (EAAC/M-CAC, E-AAC/M-CGC, E-ACA/M-CGC e E-ATC/M-CCA). Os primers revelaram 339 locos com polimorfismo variando de 81,1% a 91.1% entre as populações. O Fst calculado foi de 0.23, e o resultado da Análise Molecular de Variância (AMOVA) atribuiu 77,18% da variação dentro das populações. O dendrograma construído com base nos marcadores AFLP revelou a formação de dois grupos, mostrando que as populações de Bom Jesus e Lauro Sodré são as mais semelhantes geneticamente. Os resultados obtidos mostraram que as distâncias genéticas não estão correlacionadas com a distância geográfica.

Made available in DSpace on 2014-07-29T16:21:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissertacaoGabriela.pdf: 473769 bytes, checksum: 219e474c58da96099318c3d153e6e00d (MD5) Previous issue date: 2008-02-01 / Rapid urban development, due to population and economic growth, results in largescale changes in landscape. As a consequence, there is a massive extinction of species. That s why identifying networks of important areas for conserving biodiversity is important and should provide a better currency for biodiversity conservation than just keep species in isolated areas. Until recently, the methods for identifying networks for biodiversity conservation have not deal explicitly and directly with the goal of evolutionary persistence of species. Trying to achieve the adaptative diversity of each specie, data about the genetic variation of species has been incorporated into the broadscale reserve network model. Populational genetic structure and geographic range size of multiple species data were used in a reserve network plan and compared with a reserve plan that uses only ecological data such as geographic range size. The genetic variation was determined based on papers found at Institute for Scientific Information (ISI). It has been shown that when used, genetic variability data, change the location of the spatial configuration of important areas for biodiversity conservation. Concluding that genetic information is important and relevant when associated with geographical distribution, what can improve species evolutionary persistence / A perda de espécies tem alta e acelerada taxa em todos os continentes, causada, por alguns fatores, como intensificação da agricultura e o crescimento das cidades. A principal conseqüência disso é a redução da paisagem, resultando na fragmentação de habitats e gerando grandes impactos negativos para a biodiversidade. Por isso a priorização de áreas para a conservação da biodiversidade se faz essencial. A seleção destas áreas deve ser elaborada de maneira eficiente, protegendo todos os alvos de conservação com o menor custo possível. Com intuito de direcionar o foco da conservação na persistência evolutiva dos alvos, dados sobre variação genética das espécies foram utilizados de modo a tentar capturar a diversidade adaptativa de cada espécie. Para tal, dados da estrutura genética populacional de 70 espécies de mamíferos carnívoros terrestres do Novo Mundo foram incorporados à base de dados de distribuição geográfica destas mesmas espécies. Os dados da estrutura genética destas populações foram obtidos através de revisão bibliográfica. Através do site Thomson Institute ou Institute for Scientific Information foram encontrados 703 artigos referentes à estrutura genética da população das 70 espécies consideradas para o estudo. Porém apenas 24 artigos continham dados relevantes para a subdivisão genética de acordo com a variação gênica das populações das espécies. Com estes dados, foram gerados mapas de insubstituibilidade, e estes analisados de acordo com a localização espacial das células insubstituíveis. Os resultados obtidos demonstraram que, quando utilizados, os dados de variabilidade genética, mudam a configuração espacial e localização das áreas prioritárias. O que leva a concluir que são de fato importantes e relevantes quando associados aos dados de distribuição geográfica. Demonstra-se que a incorporação de dados sobre diversidade genética pode melhorar a representação da biodiversidade, e sob certos pressupostos, aumentar a persistência evolutiva dos alvos de conservação

O estudo de 135 acessos de batata-doce (Ipomoea batatas L. Lam), do Banco de Germoplasma da Embrapa-CNPH, constituída com materiais oriundos de todas as regiões brasileiras, materiais do CIP-Peru e materiais dos Estados Unidos, Japão e Peru, com marcadores microssatélites e descritores morfoagronômicos, permitiu obter informações sobre a diversidade genética e a distribuição desta diversidade dentro e entre regiões geográficas. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade genética destes 135 acessos de batata-doce, a partir de oito locos de microssatélites, de 21 descritores morfológicos, que totalizaram 124 caracteres diferentes entre parte aérea e raiz tuberosa, e de caracteres agronômicos através da porcentagem de matéria seca, porcentagem de umidade e produtividade por planta. Podemos ressaltar que mesmo com o elevado número de acessos (135) e o elevado número de caracteres morfológicos (97) para a parte aérea avaliados neste trabalho, houve a expressão de 77% e dos (69) caracteres morfológicos da raiz, houve a expressão de 80% desses caracteres. A ausência de 23% e 20% dos caracteres avaliados para parte aérea e raiz, respectivamente, pode ser decorrente da sua não ocorrência no material avaliado, e em parte pela dificuldade de identificá-los na planta, por ser subjetivo ou qualitativo, uma vez que o resultado varia com o avaliador, principalmente para as características relacionadas à cor e forma. O grau de similaridade morfológica foi de 0,13 a 0,83, e o grau de similaridade molecular foi de 0,23 a 1,0 obtidos pelo coeficiente de Jaccard (J). Conclui-se que os materiais da Coleção do Banco de Germoplasma do CIP-Peru e dos demais países (Estados Unidos, Japão e Peru) não são geneticamente distintos dos materiais do Brasil, ou seja, não foram agrupados separadamente. Existe alta variabilidade entre os materiais estudados, que se verifica pelo coeficiente de similaridade de Jaccard para ambos os dados moleculares e morfológicos. Para ambos os marcadores, morfológicos e moleculares, a maior parte da variação ocorre dentro das regiões. / The study of 135 accessions of sweet potato (Ipomoea batatas L. Lam), from the Germplasm Bank of Embrapa-CNPH, constituted by materials from all Brazilian regions, from CIP-Peru and from the United States, Japan and Peru, with microsatellite markers and morphoagronomic descriptors, provided information about the genetic diversity and distribution of this diversity within and among geographic regions. The objective of this study was to characterize the genetic diversity of 135 accessions of sweet potato with eight microsatellite loci, 21 morphological descriptors, which totaled 124 different characters among the aerial vegetative and tuberous roots traits, and agronomic characters such as the dry matter percentage, moisture percentage and plant yield. We emphasize that even with the high number of accessions (135) and the large number of morphological characters (97) among to aerial vegetative traits assessed in this study, 77% of these traits were expressed and of the tuberous roots (69) morphological traits, 80% of these were expressed. The absence of 23% and 20% of the characters evaluated for aerial vegetative and tuberous roots traits, respectively, may be due to their non-occurrence in the material evaluated, and in part by the difficulty of their identification in the plants, considering that due to the fact of being subjective or qualitative, the results vary with the evaluator, especially for the characteristics related to color and shape. The degree of morphological similarity varied from 0.13 to 0.83, and the degree of molecular similarity varied from 0.23 to 1.0, both obtained by the Jaccards coefficient. It is concluded that the materials from the Germplasm Bank of CIP-Peru and other countries (United States, Japan and Peru) are not genetically distinct from the materials from Brazil, or were not grouped separately. There is high variability among the studied materials, verified by the Jaccards similarity coefficient for both molecular and morphological data. Also, for both markers, morphological and molecular, most of the variation occurs within regions.

O método do retrocruzamento é bastante utilizado no melhoramento de plantas para transferir um ou mais caracteres qualitativos de um genitor doador para um genitor recorrente, que usualmente é um cultivar, sendo assim um método de substituição alélica. Entretanto, existem poucas informações sobre o uso do método do retrocruzamento para o melhoramento de caracteres quantitativos. As informações teóricas baseados no modelo de um loco com dois alelos indicam que uma geração de retrocruzamento para o genitor mais produtivo acarreta um aumento na média da população, mas uma redução na variância genética, o que limita o uso deste método para o melhoramento de caracteres quantitativos. Por outro lado, diversos trabalhos relatam a ocorrência de um aumento da variância genética em seguida a um ou mais retrocruzamentos. Neste sentido, este trabalho foi conduzido para avaliar a eficiência de uma geração de retrocruzamento para o desenvolvimento de linhas puras superiores em soja, em uma população derivada de um cruzamento biparental entre os cultivares BRS-134 e EMGOPA-315, onde este último foi utilizado como genitor recorrente, por ser mais produtivo. Vinte progênies F2:5 e 20 progênies RC1F4 foram selecionadas para produção de grãos a partir de duas populações básicas (F2:4 e RC1F3) compostas de 100 progênies cada, previamente avaliadas para produção de grãos e caracteres agronômicos em três ambientes. A avaliação experimental das progênies selecionadas foi realizada no ano agrícola de 2011/12 na Estação Experimental de Anhumas, pertencente ao Departamento de Genética da ESALQ/USP, em Piracicaba, SP. As progênies de cada população foram avaliadas em um experimento em blocos ao acaso com 20 repetições e parcelas lineares de 2 m, separadas por 0,5 m, contendo 30 plantas após o desbaste. Os seguintes caracteres foram avaliados: Produção de grãos (PG), número de dias para maturação (DM), altura das plantas na maturação (AM) e acamamento (AC). Os resultados mostraram que a população derivada de um retrocruzamento gerou um maior número de progênies mais produtivas e, portanto, uma geração de retrocruzamento para o genitor mais produtivo pode ser uma boa estratégia para melhorar a eficiência da seleção para produção de grãos em soja. / The backcross method is commonly used in plant breeding to transfer one or more qualitative traits from a donor parent to a recurrent parent, which is usually a cultivar. Therefore is a method of allelic substitution. However, there is limited information on using the backcross method for the improvement of quantitative traits. Theoretical information, based on a one-locus two-allele model, indicates that one generation of backcrossing for the higher yielding parent increases the population mean but decreases the genetic variance. The latter could limit the use of backcross method for the improvement of quantitative traits. On the other hand, several reports have shown a genetic variance increase following one or more backcrossing. This work was carried out to evaluate the efficiency of one generation of backcrossing for the development of superior soybean lines, in a population derived from a two-way cross between BRS-134 and EMGOPA-315 cultivars, where the latter one was used as recurrent parent for being higher yielding. Twenty F2:5 and 20 RC1F4 higher yielding progenies were selected from two base populations (F2:4 and RC1F3) previously evaluated for grain yield and agronomic traits in three environments. Evaluation trials of the selected progenies were carried out in 2011/12 growing season at Anhumas Experimental Station, belonging to the Department of Genetics, ESALQ/USP, in Piracicaba, state of São Paulo, Brazil. A randomized complete block design with 20 replications and plots of 2 m rows spaced by 0.5 meter with 30 plants after thinning, was used for each population. The following traits were recorded: grain yield (PG) number of days to maturity (DM), plant height at maturity (AM), and lodging (AC). General results have shown that the backcross population generates a higher number of more yielding progenies, and therefore one generation of backcrossing for the higher yielding parent could be a good strategy to improve the efficiency of selection for grain yield in soybeans.