The spread of invasive plant species in natural habitats has become a worldwide problem with negative environmental and economic impacts. An increasing number of invasive organisms are responsible for adverse environmental and economic impacts worldwide, including species extinction, crop failures, reduced water supply, and damage to industrial infrastructures (KERCHER et al., 2007). Phalaris arundinacea L. is widespread throughout the world, except Antarctica and Greenland. Center of diversity of this genus is in the Mediterranean. Members of the genus Phalaris occurs in moist habitats from lower to alpine altitudes (ANDERSON, 1997). Phalaris has a plethora of uses. Its most frequent use is as the root wastewater treatment plants. Phalaris grown as feed for livestock and is also used as an ornamental grass. Phalaris have recently received a lot of attention as a new biomass source for the production of renewable energy in USA. In recent years there has been a massive spread of P. arundinacea across North America (currently occurs in 43 states) and Canada (ZEDLER & KERCHER, 2004). Phalaris represents a significant threat to its original wetland vegetation and is classified as a harmful agens in nine state of U.S. states (LAVERGNE & MOLOFSKY, 2004). It is believed that these aggressive population have European origin.

Genetic analysis of 433 samples of serious crop pest aphid Diuraphis noxia was conducted with the use of 8 microsatellites loci. Statistical analysis revealed sexual reproduction of D. noxia in temperate regions. The linkage disequilibrium was detected because of the excess of heterozygotes. These results support the theory of RNDr. Starý about the invasion of D. noxia to American continent via states of North Africa, Spain and France.

The population structure from the genetic and evolutive view-point tries to quantify the morphologic and quantitative variability existing among the individuals, their reproductive behavior, and gene flow patterns, and the adaptative strategies to the local environment. The present study had as objective to describe the genetic population structure and the genetic variability found in natural populations of Parides agavus Santa Maria region. For the study it was utilized polyacrylamide gel electrophoresis, for isozymes. Eighty-eight P. agavus adult individuals were collected in three localities in Santa Maria. Eleven genic loci were obtained totalizing 26 alleles. The genetic diversity levels presented by the populations of P. agavus, can be considered high if they are compared with other lepidoptera species. The index of fixation for the population set presented positive value suggesting the bias panmixia in the population set. The mean FST was low, indicating little genetic differentiation among the sampling populations suggesting high gene flow or that these ones originated themselves for irradiation of same population in the past. The genetic divergence between the pairs of populations agree with the values found to the genetic distance, these data can be effect of high dispersal specie or from a connexity of the studied areas, in the past. The gene flow estimated is sufficient to maintain the low genetic differentiation among the populations of this species. / A estrutura populacional do ponto de vista genético e evolutivo procura quantificar a variabilidade morfológica e quantitativa existente entre os indivíduos, seu comportamento reprodutivo, os padrões de fluxo gênico, e as estratégias adaptativas aos ambientes locais. O presente estudo teve como objetivo descrever a estrutura genética populacional e a variabilidade genética encontrada em populações naturais de Parides agavus da região de Santa Maria. Para o estudo utilizou-se eletroforese em gel de poliacrilamida para alozimas. Foram coletados 88 indivíduos adultos de P. agavus em três localidades de Santa Maria. Foram obtidos 11 locos gênicos totalizando 26 alelos. Os níveis de diversidade genética apresentados pelas populações de P. agavus, podem ser considerados altos se comparados com outras espécies de lepidópteros. O índice de fixação para o conjunto das populações apresentou valor positivo sugerindo desvio da panmixia no conjunto das populações. O FST médio foi baixo indicando pouca diferenciação genética entre as populações amostradas sugerindo um alto fluxo gênico entre as populações, outra suposição sugere que estas se originaram por radiação de uma mesma população no passado. A divergência genética entre os pares de populações concorda com os valores encontrados para a distância genética, estes dados podem ser efeitos da alta dispersão da espécie, ou de uma conectividade das áreas estudadas, no passado. O fluxo gênico aparente médio estimado é suficiente para manter a baixa diferenciação genética entre as populações desta espécie.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-06-28Bitstream added on 2014-06-13T18:43:16Z : No. of bitstreams: 1 marchesin_src_dr_sjrp.pdf: 719824 bytes, checksum: 27f6c7b9b1235bdfcec78f2741f543a0 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A proposta do presente trabalho foi analisar as relações de proximidade genética e evolutiva entre espécies de Chiroptera, a partir da utilização da técnica PCR-RFLP para a obtenção de dados moleculares para os genes mitocondrial 12/16S e nuclear RAG2. A variabilidade detectada no presente estudo para as diferentes espécies é extremamente importante e poderá orientar ou subsidiar estudos com diferentes finalidades. A complexidade dos táxons de Chiroptera observada em outras análises, como citogenética e morfológica também foi revelada pela análise de RFLP, reforçando a importância dessa metodologia nos estudos evolutivos do grupo. / The aim of this study was to assess the relationships of genetic and evolutive proximity among Chiroptera species, through the obtention of molecular data through mitochondrial (12/16S) and nuclear (RAG2) genes by PCR-RFLP technique. The variability detected by this study to the different species is extremely important and can direct or subsidize studies with different purposes. The complexity of Chiroptera taxa observed in cytogenetic and morphologic analyses was also revealed by the RFLP technique, reinforcing the importance of this methodology in evolutive studies of the group.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:31Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-09-08Bitstream added on 2014-06-13T20:58:22Z : No. of bitstreams: 1 rodrigues_mgf_me_jabo.pdf: 2027563 bytes, checksum: 9bf55fb6eee6e5b7214af62437c2e701 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A figueira (Ficus carica L.) é uma frutífera de grande importância mundial e, neste sentido, o melhoramento genético se torna uma linha de pesquisa importante para a melhoria da cultura, sendo necessário reunir informações sobre esta espécie, principalmente em relação à sua variabilidade genética, para que projetos de propagação e manejo adequados sejam realizados. O presente trabalho teve como objetivo verificar a existência de variabilidade genética, por marcadores moleculares RAPD e AFLP, de seleções originadas de estacas provenientes de gemas irradiadas com raio gama. O experimento foi conduzido na Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias - UNESP - Campus de Jaboticabal - SP, utilizando-se estacas de cinco seleções de figueira obtidas em trabalho anterior realizado na Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira - UNESP, comparando-as entre si e utilizando a cultivar Roxo-de- Valinhos como parâmetro de comparação. Não há polimorfismo entre os tratamentos, indicando uma possível variação epigenética, devendo ser testada com outras técnicas sensíveis à uma possível metilação do DNA / The fig (Ficus carica L.) is a fruit of great importance worldwide and in this sense, the genetic improvement becomes an important line of research to improve the culture, it is necessary to gather information about this species, especially in relation to their variability gene for propagation projects and handling are carried out. This study aims to determine the existence of genetic variability of selections originated from cuttings from buds irradiated with gamma rays, using the RAPD and AFLP molecular markers. The experiment was conducted at the Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias - UNESP - Jaboticabal - SP, using cuttings from five fig selections obtained in a previous study conducted at the Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira - UNESP, comparing them with each other and using the Roxo-de-Valinhos cultivar for comparison. There was no polymorphism between treatments, indicating a possible epigenetic variation and should be tested with other techniques sensitive to a DNA methylation

Submitted by Izabel Franco (izabel-franco@ufscar.br) on 2016-09-26T18:53:54Z No. of bitstreams: 1 TeseLS.pdf: 6231137 bytes, checksum: 82ce7c68a05ca7eb79c0ea1da7fe74e9 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-27T19:39:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseLS.pdf: 6231137 bytes, checksum: 82ce7c68a05ca7eb79c0ea1da7fe74e9 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-27T19:39:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseLS.pdf: 6231137 bytes, checksum: 82ce7c68a05ca7eb79c0ea1da7fe74e9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-27T19:40:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseLS.pdf: 6231137 bytes, checksum: 82ce7c68a05ca7eb79c0ea1da7fe74e9 (MD5) Previous issue date: 2015-06-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / The penaeid shrimp (Crustacea, Decapoda, Penaeidae) are the most economically fishing resource of the greatest global importance both for fisheries and the aquaculture industry. Shrimp fishing is one of the pillars of national economy in Mozambique, where they provide around USD 80,000,000 per year in export earnings. In recent years there has been observing a reduction in the shrimp fishery industry probably due the over-exploitation or due the presence of other shrimp species that were not been observed on the coast Mozambique before which may competing for the ecological niche. Despite the great fishing economic importance of penaeid shrimps in Mozambique, there is no genetic scientific literature available thus far on their genetic characteristics. Therefore, this is the first work addressing the genetic diversity of penaeids species of greatest economic value from Mozambique coast F. indicus and M. monoceros, for the first time shrimp from this coast were identified using DNA Barcoding tool. In addition, for the first time sequences of penaeid shrimp from Mozambique coast were deposited in GenBank and Bold system. The objective of this study was to evaluate the genetic diversity and population structure of the species F. indicus and M. monoceros, and identify nine species of penaeids from the Mozambican coast. To assess the genetic diversity and structure of F. indicus and M. monoceros, 160 samples were collected along the Mozambique coast. Three mitochondrial genes (COI, Cyt b, and the control region D-loop) were analyzed. A great genetic diversity was observed, however, the D-loop presented higher values (F. indicus: Hd = 1, h = 13; Hi = 0.0133, M. monoceros Hd = 0,99; H-24; and Hi = 0.0092). D-loop showed unique haplotypes; the Tajima D test and Fu Fs values were negative and significant for the COI and Cyt b genes. The mismatch distribution curves suggested that the two espéceis undergone to a recent population expansion (10.397 to 28.418) years ago F. indicus and M. monoceros respectively. The AMOVA analysis showed that over 99% of the variation occurs within populations. The Fst Pairwise values pointed to a non structured population. The nature of ocean currents along the Mozambique channel as well as the complete absence of physical and / or environmental barriers may be the main factors that influence the non structure of these two species. To identify shrimp penaeids from Mozambique based on DNA barcondig, a total of 69 samples were collected in the Maputo Bay. The genetic distance tree grouped six species into two clades as to the place of origin, suggesting the presence of cryptic species. The intraspecific genetic distance ranged from (0 to 8.636) and interspecific distance from (3.897 to 21.558). The distance distribution analysis 10 of the nearest neighbor ranged from (3.897-18.971). The DNA Barcoding identification tool was efficient to identify the Penaeid species from mozambican coast. However the presence of cryptic species pointed the need for further studies which must be conducted using molecular analyzes; morphological taxonomy and the ecological treats to evaluate each of the sibling species to reach a correct decision of the taxonomic status. / Os camarões peneídeos (Crustacea, Decapoda, Penaeidae) constituem um recurso pesqueiro de grande importância econômica mundial tanto para a indústria pesqueira quanto para a aquicultura. Em Moçambique, a indústria pesqueira constitui uma das bases da sua economia, onde a pesca do camarão chega a render cerca de 80 milhões de dólares anuais. Nos últimos anos, tem-se verificado uma redução na pesca do camarão, provavelmente devido à sobrexplotação e à presença de espécies exóticas. Este é o primeiro estudo genético envolvendo as espécies de maior valor econômico de Moçambique. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade genética e a estrutura populacional das espécies Fenneropeaneus indicus e Metapenaeus monoceros e identificar através do DNA barcoding nove espécies de camarão peneídeo. Para avaliar a diversidade e a estrutura genética de F. indicus e M. monoceros, foram coletadas 160 amostras ao longo da costa de Moçambique e analisados os genes mitocondriais COI (citocromo oxidase subunidade 1), Cyt b (citocromo oxidase subunidade b) e a região controle D-loop. Foi observada uma alta diversidade genética, sendo que o D-loop apresentou os valores mais elevados (F. indicus: Hd=1; h=13; Hi=0,0133; M. monoceros: Hd=0,99; h=24; e Hi=0,0092). O D-loop apresentou haplótipos únicos. Os valores do teste D de Tajima e Fs de Fu foram negativos e significativos para os genes COI e Cyt b. As curvas de distribuição mismatch sugeriram que as duas espécies passaram por uma expansão populacional recente de 10,397 e 28,418 anos para F. indicus e M. monoceros, respectivamente. A AMOVA referente aos genes COI e Cyt b mostrou que mais de 99% da variação ocorre dentro das populações. Os valores de FST par a par indicaram não haver estruturação populacional. A natureza das correntes marinhas ao longo do canal de Moçambique, bem como a ausência completa de barreiras físicas e/ou ambientais podem ser os principais fatores que influenciam a manutenção destas duas espécies como populações únicas. Para a identificação dos peneídeos de Moçambique com base no DNA barcondig, um total de 69 amostras foi coletado na Baía de Maputo. A árvore de distância genética agrupou seis espécies em dois clados com relação ao lugar de origem, sugerindo a presença de duas linhagens. A distância genética intraespecífica variou de 0 a 8,636 e a distância interespecífica variou de 3,897 a 21,558. A análise da distribuição de distância para o vizinho mais próximo variou de 3, 897 a 18,971. A ferramenta de identificação DNA barcoding, foi eficiente na identificação das espécies de peneídeos da costa moçambicana.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 396843 bytes, checksum: 9fd7aac5086c275bb20b53a394a45824 (MD5) Previous issue date: 2010-07-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Species of the complex Ceratocystis fimbriata sensu lato (sl) are important pathogens of a large number of woody plants and herbs, especially the cultivation of eucalyptus. The disease caused by C. fimbriata, called Ceratocystis wilt, is considered an emerging disease and difficult to control because it is a vascular pathogen with wide host range. The main way for disease control is done by planting resistant material, but the possible variability in the pathogen population may affect the selection of resistant genotypes. In this study, we evaluated the agressivity of isolates of C. fimbriata obtained from Eucalyptus spp. in Brazil. Ten isolates were inoculated in ten commercial clones of Eucalyptus spp. The experiment was conducted in a randomized design in factorial composed of two factors (clone X isolate) with four replications. At 60 days after inoculation, we evaluated the length of lesion in the wood in relation to height (% of diseased tissue). The isolates presented pathogenic variability, differing at various levels of aggressiveness. The ANG1 and PT15 isolates were less aggressive, causing infections in just one clone. The isolates RM35 and PT12 were the most aggressive, while the first was able to infect eight of the ten clones inoculated. The remaining isolates had intermediate values and aggression varied according to clone evaluated. Clones 386 and A06 were the most resistant, while 1172 and 1288 the most susceptible. These clones highly resistant and highly susceptible can be used as comparators in controlled experiments and field inoculation. The result of this work shows that there is variability in the population of C. fimbriata in Eucalyptus spp. and that the most aggressive isolates are recommended for artificial inoculations to select disease resistant genotypes. / Espécies do complexo Ceratocystis fimbriata sensu lato (s.l.) são importantes patógenos de um grande número de plantas arbóreas e herbáceas, com destaque para a cultura do eucalipto. A doença causada por C. fimbriata, denominada murcha-de-ceratocystis, é considerada emergente e de difícil controle por se tratar de um patógeno vascular e com ampla gama de hospedeiros. A principal forma de controle da doença é feita pelo plantio de material resistente, mas a possível variabilidade na população do patógeno pode comprometer a seleção de genótipos resistentes. Neste trabalho, avaliou-se a variabilidade patogênica de isolados de C. fimbriata obtidos de plantas de Eucalyptus spp. no Brasil. Foram inoculados dez isolados do fungo em dez clones comercias de Eucalyptus spp. O experimento foi realizado em delineamento inteiramente casualizado, em esquema fatorial composto de dois fatores (clone X isolado), com quatro repetições. Aos 60 dias após a inoculação, avaliou-se o comprimento de lesão no lenho em relação a altura da planta (% de tecido doente). Os isolados apresentaram variabilidade patogênica, diferenciando em vários níveis de agressividade. Os isolados ANG1 e PT15 foram os menos agressivos, causando infecções em apenas um clone. Os isolados RM35 e PT12 foram os mais agressivos, sendo que o primeiro foi capaz de infectar oito dos dez clones inoculados. Os demais isolados tiveram valores intermediários e variaram a agressividade de acordo com o clone avaliado. Os clones 386 e A06 foram os mais resistentes, enquanto 1172 e 1288 os mais suscetíveis. Esses clones altamente resistentes e altamente suscetíveis podem ser utilizados como comparadores nos experimentos de inoculação controlada e no campo. O resultado do presente trabalho permite concluir que existe variabilidade patogênica na população de C. fimbriata de Eucalyptus spp. e que os isolados mais agressivos são recomendados para as inoculações artificiais visando a seleção de genótipos resistentes à doença.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 370964 bytes, checksum: 4fbb1985432d879bf053fe1416468899 (MD5) Previous issue date: 2008-10-06 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / B chromosomes, called supernumerary or accessory too, has been founded in fungi, plants and animals. This chromosomes have a rate of no mendelian segregation and he can occurs, since one to many copies by individual. In the gender Partamona, of six citogenetic characterazed species nowadays, only P. helleri owned B chromosome. RAPD mark has been identified as associated to this chromosome in a colony from Viçosa City-MG. After this, it has been cloned, sequenciated and transformated in a SCAR mark. This same mark has been identified in P. cupira, P. criptica and P. rustica, what suggested this species have B chromosome, too. Moreover, this same mark has been identified in a colony of Salvador City-BA. whose individuals have a big heterochromatic B chromosome. How it's possible that there is a association between the presence of B chromosomes, this work had as aim detect the presence of B chromosome in P. cupira and verified a possible association between them and the presence of SCAR mark described above. Another object was the sequenciation of SCAR fragment from P. cupira, P. criptica, P. rustica and P. helleri (Salvador City-BA), with the aim of comparer the level of identity between the SCAR sequences. As resulted, the four colony at all from P. cupira analised, only two ownied the chromosomic number 2n=34, otherwise the other two colonies ownied same individuals that demonstrated have the presence of a great B chromosome (GUI 1 E GUI 11). Another observation was CMA3 mark in the short arm of this supernumerary chromosomes, what suggest that them may have owned ribossomal DNA sequeces. Moreover, it has been verified a clear association between the presence of SCAR mark and B chromosomes in the individuals from colonies GUI 1 E GUI 11. It's considered that sequences compared at all, have been only same gaps and almost none variable site, between them, what suggests that the level of identity between sequences is extremely high. It's suggests some kind of importance in relation to the adaptation of chromosome B, nowadays unknown, or the born of B, throw interspecific mating no detected yet. Future studies will analyze the different hypothesis about the origin of B chromosomes in the genera Partamona and the association between fragments from SCAR primers with the presence of Bs in P. criptica, P. rustica e P. helleri (Salvador City-BA). / Cromossomos B, também chamados de cromossomos extra- numerários ou acessórios ocorrem em fungos, plantas e animais. Estes cromossomos possuem um padrão de segregação não mendeliano, podendo existir de uma a várias cópias por indivíduo. No gênero Partamona, de seis espécies caracterizadas citogeneticamente até então, somente P. helleri apresentou cromossomo B. Um marcador RAPD foi identificado como associado a esse cromossomo em uma colônia oriunda de Viçosa-MG, sendo posteriormente clonado, sequenciado e transformado em marcador SCAR. Este mesmo marcador foi identificado em P. cupira, P. criptica e P. rustica, o que sugere que estas espécies também possuem cromossomos B. Além disso, esse mesmo marcador foi detectado em indivíduos de um ninho de P. helleri de Salvador - BA, cujos indivíduos possuíam um grande cromossomo B heterocromático. Podendo haver uma ligação entre a presença do marcador SCAR nestas espécies e a presença de cromossomos Bs, este trabalho teve como objetivo detectar a presença de cromossomos B em P. cupira e verificar se existe uma associação entre ele e a presença do marcador SCAR descrito acima. Um outro objetivo foi o sequenciamento dos fragmentos SCARs de P. cupira, P. criptica, P. rustica e P. helleri de Salvador-BA, com o propósito de comparar o nível de identidade entre as sequencias de SCAR. Como resultado, das 4 colônias de P. cupira analisadas, duas apresentaram o número de 2n=34, ao passo que as outras duas apresentaram em alguns indivíduos um cromossomo B de grande tamanho (colônias GUI 1 e GUI 11). Observou-se ainda, uma marcação de CMA3 no braço curto destes cromossomos extranumerários, o que sugere que o mesmo pode conter sequencias de genes de DNA ribossomal nesta espécie. Verificou-se também uma clara associação entre a presença do marcador SCAR e a de cromossomos B, nos indivíduos das colônias GUI 1 e GUI 11. Levando em conta que as sequências, comparadas em conjunto possuíam apenas alguns gaps e quase nenhum sítio variável entre elas, pode-se dizer que o nível de identidade entre elas é extremamente alto, o que sugere algum tipo importância adaptativa em relação ao cromossomo B, ainda desconhecida, ou o surgimento deste último, através de cruzamentos interespecíficos, ainda não detectados entre as espécies do gênero. Estudos futuros deverão analisar as diferentes hipóteses levantadas sobre a origem dos cromossomos B no gênero Partamona, bem como a associação dos fragmentos oriundos dos primers SCAR de P. helleri com a presença destes cromossomos em P. criptica, P. rustica e P. helleri de Salvador BA.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4429983 bytes, checksum: c49a9f8f2fc37366c75c7b1f5cbbeaba (MD5) Previous issue date: 2013-02-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Since 2000, field soybean plants in the states of Bahia, Goiás, Maranhão, Mato Grosso, Minas Gerais, Paraná and Tocantins have been described with symptoms of soybean stem necrosis disease. The symptoms are varied, some milder other severe. The disease has been associated with Cowpea mild mottle virus (CPMMV, family Betaflexiviridae, genus Carlavirus). This study is aimed at the biological characterization and molecular and genetic analyses of genetic variability of isolates of CPMMV that cause symptoms of stem necrosis in soybean fields of different producing Brazil states. The study was conducted with samples collected in the states of Bahia, Goiás, Maranhão, Mato Grosso, Minas Gerais and Pará. The isolates caused a variety of symptoms in soybean cv. CD206, and mild and severe isolates were observed. The complete genomes of six isolates were sequenced and additionally the partial sequence of another 12 isolates was also determined (ORF2- 3'end). No Brazilian CPMMV isolate, from any host, had been entirely sequenced until now. Biological and molecular characterization showed that the six Brazilian isolates, whose genomes have been completely determined, belong to a new CPMMV strain distinct from that which belongs to the only isolated CPMMV previously sequenced from Ghana in Africa. The ORF1 (RdRp) of these six Brazilian isolates showed values of sequence identity (60-61% to 58-69% for nt and aa), less than that set by the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), when they were compared with a Ghanaian CPMMV isolate. ORF5 (CP), however, showed identity values (79% to 95-96% for nt and aa) greater than those established by the ICTV when they were compared with the Ghanaian isolate. Both proteins are used to classify isolates of the genus Carlavirus in the same species. Pairwise comparisons and phylogenetic analysis showed that Brazilian isolates are highly related to each other and distinct from isolates of other species of the genus Carlavirus. The phylogenetic trees constructed with partial sequences of the genomes did not show groupings based on geographic region or collection year, but groupings based on symptoms were observed for trees constructed with partial sequences (ORF2-3'end), ORF2 (TGB1), ORF5 (CP) and ORF6 (NABP). Besides the relationship between isolates CPMMV demonstrated by partial sequencing, there are variations between the Brazilian isolates. Evidence of two possible CPMMV strains were found in Brazil with biological and molecular variations between isolates of both strains. Recombination events were identified in genome of the isolates, and they occurred mainly in the ORF1 region of the polymerase, less frequently in other regions of the genome. With this study it was found that the taxonomic criteria, which define the genus Carlavirus may fail in cases where only a partial sequence is determined: if only the ORF1 had been determined during the study we could propose that our isolates belong to a new species of the genus Carlavirus. In addition, there is clearly the need to determine the occurrence of seed transmission in Brazilian CPMMV isolates, since the transmission by seed and/or whitefly Bemisia tabaci, with high dispersibility may have contributed to the spread of the virus in different soybean producing states. These facts justify the nongrouping of isolates based on geographic region or collection year. / A partir do ano 2000 plantas de soja nos campos dos estados da Bahia, Goiás, Maranhão, Mato Grosso, Minas Gerais, Paraná e Tocantins foram descritasapresentando sintomas da doença da necrose da haste da soja. Os sintomas eram variados, alguns mais suaves outros mais severos. A doença foi associada ao Cowpea mild mottle virus (CPMMV, família Betaflexiviridae, gênero Carlavirus). Nesse estudo foi proposta a realização da caracterização biológica, molecular e análise da variabilidade genética de isolados de CPMMV, causando sintomas da necrose da haste em soja nos campos de diferentes estados produtores do Brasil. O estudo foi realizado com amostras coletadas nos estados da Bahia, Goiás, Maranhão, Mato Grosso, Minas Gerais e Pará. Os isolados causaram uma variedade de sintomas em soja cv. CD206, isolados brandos e severos foram observados. O genoma completo de 6 isolados foi sequenciado e adicionalmente a sequencia parcial de outros 12 isolados foi também determinada (ORF2-3 terminal). Nenhum isolado brasileiro de CPMMV, independente do hospedeiro, havia sido totalmente sequenciado até esse trabalho. As caracterizações biológica e molecular mostraram que os seis isolados brasileiros, cujos genomas foram completamente determinados, pertencem a uma nova estirpe de CPMMV, distinta daquela à qual pertence o único isolado de CPMMV previamente sequenciado, oriundo de Gana na Àfrica. A ORF1 (RdRp) desses seis isolados brasileiros apresentou valores de identidade de sequencia (60- 61% para nt e 58-69% para aa), inferiores ao estabelecido pelo Comitê Internacional de Taxonomia de Vírus (ICTV), quando foram comparados com o isolado Gana de CPMMV. A ORF5 (CP), no entanto, apresentou valores de identidade (79% para nt e 95-96% para aa) superiores ao estabelecido pelo ICTV quando foram comparados com o isolado Gana. Ambas as proteínas são utilizadas para classificar isolados do gênero Carlavirus em uma mesma espécie. As comparações par-a-par e análises filogenéticas mostraram que os isolados brasileiros são altamente relacionados entre si e distintos de isolados de outras espécies do gênero Carlavirus. As árvores filogenéticas construídas com as sequencias parciais dos genomas não mostraram agrupamentos com base em região geográfica ou ano de coleta, porém agrupamentos com base nos sintomas foram observados para as árvores construídas com a sequência parcial (ORF2-3 terminal), ORF2 (TGB1), ORF5 (CP) e ORF6 (NABP). Além do relacionamento entre os isolados de CPMMV, foi demonstrado através do sequenciamento parcial, que existem variações entre os isolados brasileiros. Evidencias de duas possíveis estirpes de CPMMV no Brasil foram encontradas, com variações moleculares e biológicas entre os isolados de ambas as estirpes. Eventos de recombinação foram identificados ao longo do genoma dos isolados, e eles ocorreram principalmente na ORF1, região da polimerase, e com menor frequência em outras regiões genoma. Com esse trabalho foi verificado que o critério taxonômico, que define as espécies do gênero Carlavirus, pode ser falho em casos em que apenas a sequencia parcial é determinada, se apenas a ORF1 tivesse sido determinada durante o estudo poderíamos propor que os nossos isolados pertencem à uma nova espécie do gênero Carlavirus. Além disso, ficou clara a necessidade de se determinar a ocorrência de transmissão por semente dos isolados de CPMMV brasileiros, pois a transmissão por sementes e/ou a alta capacidade de dispersão e voo da mosca branca Bemisia tabaci podem ter contribuído para a dispersão do vírus nos diferentes estados produtores de soja. Esses fatos justificam o não agrupamento dos isolados com base em região geográfica ou ano de coleta.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 556442 bytes, checksum: 83f1236169675934d178ce9bc6f855fb (MD5) Previous issue date: 2007-03-13 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The genetic variability of 66 colonies of Partamona helleri collected in five locations of Minas Gerais state was estimated using ten microsatellites loci. Low levels of polymorphism were detected, getting 40% of polymorphic loci and 1,5 alleles/Iocus. The expected average heterozygosity for all the analyzed colonies was 0.180 and the observed average heterozygosity was 0.107. The analyzed subpopulations were well structured, with significant genetic variation (FST = 0.552). The analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that 81.23% of the total genetic variability is explained by variation among populations, what confirms the structure observed. The grouping analysis of the colonies, did not reveal the formation of groups corresponding to their geographic origin. However, when grouping colonies according to localities, it was verified that the population of Viçosa was more genetically different from the others, and that populations of São Miguel do Anta, Teixeiras and Porto Firme were closer to that collected in Rio Vermelho, than to population of Viçosa, although Rio Vermelho was geographically more distant. More detailed studies, analyzing a larger number of colonies and using microsatellites primers specific for P. helleri, must be carried out in order to supply more conclusive information about the genetic variability of these bees. / A variabilidade genética de 66 colônias de Partamona helleri coletadas em cinco localidades do Estado de Minas Gerais foi estimada utilizando dez locos microssatélites. Baixos níveis de polimorfismos foram detectados, obtendo-se 40% de locos polimórficos e 1,5 alelos/loco. A heterozigosidade média esperada para todas as colônias analisadas foi 0,180 e a heterozigosidade média observada foi de 0,107. As subpopulações analisadas apresentaram forte estruturação, com significativa diferenciação genética (FST = 0,552). A análise de variância molecular (AMOVA) revelou que 81,23% da variabilidade genética total é explicada pela variação existente entre as populações, o que confirma a forte estruturação detectada. A análise de agrupamento de todas as colônias em conjunto, não revelou a formação de grupos correspondentes à origem geográfica das mesmas. Porém, ao agrupar as colônias por localidade, verificou-se que a população de Viçosa mostrou-se mais geneticamente diferente das demais, e que as populações de São Miguel do Anta, Teixeiras e Porto Firme mostraram-se geneticamente mais próximas daquela coletada em Rio Vermelho, do que da população de Viçosa, apesar de ser geograficamente mais distante. Estudos mais detalhados, analisando um maior número de colônias e utilizando primers microssatélites específicos para P. helleri, devem ser realizados a fim de fornecerem dados mais conclusivos sobre a variabilidade genética destas abelhas.