Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:35Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-13Bitstream added on 2014-11-10T11:58:15Z : No. of bitstreams: 1 000793815.pdf: 876402 bytes, checksum: 4865e7f3f0216a35f602586bf9959a83 (MD5) / Os métodos baseados em marcadores genéticos para estimar o coeficiente de herdabilidade em populações naturais são importantes, visto que os métodos tradicionais baseados em teste de progênies são impraticáveis para este fim por introduzirem vícios devido às interações genótipo-ambientes, variações no sistema de reprodução e efeitos amostrais. O objetivo deste trabalho foi investigar o controle genético de caracteres de crescimento em populações contínuas e fragmentadas de Araucaria angustifolia. As seguintes questões que foram abordadas são: i) Existem diferenças nos níveis de herdabilidade entre diferentes populações e entre gerações de mesma população? e ii) Quais os níveis de herdabilidade em caracteres de crescimento em populações naturais? O presente estudo foi desenvolvido com duas populações de A. angustifolia, sendo uma delas localizada na Reserva Genética Florestal de Caçador (RGFC), no Planalto Norte do Estado de Santa Catarina, e a outra em um fragmento de floresta de 5,4 ha (população CENI) localizada em uma fazenda no planalto do Estado do Paraná, dentro das bacias do Iguaçu. As estimativas de herdabilidades foram realizadas utilizando-se dados de genótipos de indivíduos regenerantes e juvenis do fragmento CENI e juvenis da população RGFC. Foram utilizados quatro métodos para estimar o parentesco entre os indivíduos e três modelos de estimação do coeficiente de herdabilidade, implementados no programa Mark. As herdabilidades estimadas pela combinação de todos os métodos de estimação de parentesco e modelos de herdabilidade não foram significativamente diferentes de zero, indicando inadequação dos dados aos modelos ou ausência de controle genético. Um novo método para estimar a herdabildiade em populações naturais, baseado na reconstrução do pedigree, derivado de resultados de análise de maternidade e paternidade foi então ... / Marker-based methods for estimating the coefficient of heritability in natural populations are important because traditional methods may be impractical or introduce bias via interaction genotype-environmental effects, mating system variation and sampling effects. Thus, the aim of this study is to investigate the genetic control of growth traits in Araucaria angustifolia population continuous and fragmented. The following questions will be addressed: i) There are differences in the levels of heritability between different populations and between generations of the same population? and ii) What levels of heritability for growth traits in natural populations? This study was carried out using two populations of A. angustifolia, one being located in the Reserve Forest Genetics Caçador (RGFC), on the plateau north of the state of Santa Catarina, and other is in a small forest fragment of 5, 4 ha (CENI) located on a farm in the highlands of the state of Paraná, in the basins of Iguaçu. The estimates of heritability were carried out using data of genotypes of regeneration and juveniles of CENI population and juvenile of RGFC population. We used four methods to estimate the relatedness between pairwise individuals and three models for estimating the heritability coefficient, all implemented in the Mark program. The heritability estimates for the combination of all methods of estimation of relatedness and heritability models were not significant different from zero, indicating the inadequacy of the data to the models. There is a tendency for a higher genetic control in the regeneration than juvenile stage. The CENI fragmented population had generally higher heritability than the RGFC natural population, indicating higher potential to respond to natural selection. The main conclusion of this study is ...

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-17Bitstream added on 2014-11-10T11:58:12Z : No. of bitstreams: 1 000794477.pdf: 939253 bytes, checksum: 0a2e35c225f548f5f46b35af3f42fd58 (MD5) / Os objetivos do presente estudo foram: (i) avaliar as performances genotípicas de 45 genótipos de soja com a finalidade futura de recomendação de cultivares para o Estado de São Paulo, Brasil, (ii) determinar a estabilidade e a adaptabilidade dos 45 genótipos por meio dos métodos de ecovalência de Wricke, AMMI (efeitos principais aditivos e análise da interação multiplicativa), GGE-Biplot e MHPRVG (média harmônica da performance relativa do valore genotípico), (iii) avaliar as correlações fenotípicas, genotípicas e ambientais entre as características de 45 genótipos em três ambientes. A exploração da interação genótipo x ambiente (IGE) permitiu a identificação de 21 genótipos com altos rendimentos de grãos, de diferentes grupos de maturidade relativa e níveis de estabilidade para os ambientes. Esse grupo foi subdividido por ciclo de cultivo, genótipos de ciclos curtos (108 dias - 125 dias) 18, 36, 20, 34 e 33, genótipos de ciclos médios (126 dias - 135 dias) 11, 22, 44 (CD 219), 24, 23, 14, 32, 1, 12, 39, 30, 38, 7 e 26 e genótipos de ciclos tardios (≥ 136 dias) 25 e 37. Interpretações similares foram obtidas dos métodos de ecovalência, AMMI e GGE-Biplot. Enquanto que as interpretações obtidas da análise MHPRVG foram diferentes. Isso foi devido às propriedades do método, que da maior peso à produtividade de grãos e pouco peso aos estatísticos de adaptabilidade e estabilidade. A análise de correlações genéticas e ambientais entre as variáveis dos genótipos e ambientes avaliados reforçou as interpretações da exploração da interação genótipos x ambientes / The objectives of the present study were to: (i) evaluate the genotypic performances of 45 soybean genotypes with the future finality of recommendation of varieties for the State of São Paulo, Brazil; (ii) determine the stability and adaptability of the 45 genotypes utilizing the Wricke’s ecovalence, AMMI (additive main effects and multiplicative interaction analysis), GGE-Biplot and MHPRVG (harmonic mean of the relative performance of genotypic values) methods; (iii) evaluate the phenotypic, genotypic and environmental correlations among the traits of 45 genotypes in three environments. The exploration of genotype-byenvironment interaction (GEI) allowed the identification of 21 genotypes with high mean grain yield, representing different relative maturity groups and stability levels to the environments. This group was subdivided by crop cycle, in which the genotypes 18, 36, 20, 34 and 33 were early cycles (108 days – 125 days), while genotypes 11, 22, 44 (CD 219), 24, 23, 14, 32, 1, 12, 39, 30, 38, 7 and 26 were medium cycles (126 days – 135 days) and genotypes 25 and 37 were late cycles (≥ 136 days). The interpretations obtained from the ecovalence, AMMI and GGE-biplot methods were more similar than the interpretations obtained from the MHPRVG method. This was due to the method’s properties, which give more weight to grain yield and little weight to the adaptability and stability parameters. The genotypic and environmental correlations among traits enhanced the interpretations of the genotype x environmental interactions

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2014-11-10T11:58:40Z : No. of bitstreams: 1 000790123_20151001.pdf: 654061 bytes, checksum: f941c08408e7e596bff4ed3e1de8f138 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-10-01T13:00:48Z: 000790123_20151001.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-01T13:01:36Z : No. of bitstreams: 1 000790123.pdf: 1546349 bytes, checksum: b8146b7ce9d5c4cedeb0e0ecfe746288 (MD5) / A dificuldade maior na identificação dos camarões-rosa Farfantepenaeus brasiliensis e F. paulensis ocorre principalmente na fase juvenil, quando os caracteres sexuais secundários ainda encontram-se em formação e o único modo de discerni-las é por meio da observação do sulco dorsal do sexto somito. Assim, para o presente estudo propôs-se verificar, por meio de técnicas moleculares e morfométricas, a identidade de F. brasiliensis e F. paulensis. Adicionalmente, foram comparados os estoques populacionais das espécies em questão em três diferentes localidades ao longo da costa da região Sudeste, no estado de São Paulo. Foi realizada a extração do DNA genômico, amplificação do gene COI (usado também para o sistema de DNA Barcoding), purificação e sequenciamento. As análises realizadas (rede de haplótipos, análise de distância genética e pelo dendrograma) não mostraram variabilidade genética entre os estoques populacionais. F. brasiliensis e F. paulensis são espécies válidas; o gene COI é eficiente para separar tais espécies; não há variação genética entre as localidades amostradas para as duas espécies e os caracteres tradicionais não permitem a correta identificação dos juvenis das duas espécies. Considerando somente a identidade molecular da espécie, todas as variáveis mensuradas para a morfometria tradicional foram significativas na separação dos grupos analisados. A análise de discriminante demonstrou diferenças estatísticas entre as duas espécies estudadas (p<0,05). As análises de morfometria geométrica na forma da carapaça dos indivíduos de F. brasiliensis e F. paulensis resultaram em 16 relative warps e 2 componentes uniformes. Não foram encontradas diferenças visíveis na forma da carapaça entre as duas espécies analisadas, tanto para machos quanto para fêmeas. Ao contrário do esperado, as estruturas apontadas pelas morfometrias (tradicional e geométrica) como ... / The greatest difficulty in identifying the pink shrimps Farfantepenaeus brasiliensis and F. paulensis occurs mainly in the juvenile stage, when secondary sexual characters are still in formation and the only way to separate them is by observing the dorsal furrow of the sixth somite. In this way, the present study aimed to verify the identity of F. brasiliensis and F. paulensis, using molecular and morphometric techniques. Additionally, it was also compared the population stocks of these species at three different regions along the coast of the Southeastern region, at São Paulo State. Extraction of genomic DNA, amplification of the COI gene (also used for DNA Barcoding system ), purification and sequencing were performed . The analyzes (haplotype network , analysis of genetic distance and dendrogram ) showed no genetic variability among the population stocks. F. brasiliensis and F. paulensis are valid species, the COI gene is efficient to separate such species, there is no genetic variation among the sampled sites for both species and the traditional characters do not allow the correct identification of both species juveniles. Considering only the molecular identity of the species, all variables measured for the traditional morphometry were significant in separating the groups analyzed. The discriminant analysis showed significant differences between the two species studied (p < 0.05). The geometric morphometric analysis of the carapace shape of individuals of F. brasiliensis and F. paulensis resulted in 16 relative warps and 2 uniform components. There were no differences in the shape of the carapace between the two species analyzed, both for males and females. Contrary to the expected, the structures identified by morphometric (traditional and geometrics) as significantly different among individuals were very subjective and they were not reliable for the identification of F. brasiliensis and F. paulensis. However, when analyzing the ...

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2014-11-10T11:57:53Z : No. of bitstreams: 1 000791427.pdf: 858212 bytes, checksum: 73468dc580b32c2569a024a91ace55d2 (MD5) / O objetivo do presente trabalho foi avaliar a acurácia de predição dos valores genéticos genômicos para características de diferentes herdabilidades, em populações simuladas de aves com diferentes níveis de endogamia. Os dados fenotípicos e genotípicos foram simulados com base na estrutura populacional de uma população experimental de aves poedeiras. Foram simulados os fenótipos e os genótipos de aves para características de taxa de postura total de ovos (PTO) e peso dos ovos as 32 semanas de idade (PO), com herdabilidades de 0,15 e 0,37 respectivamente. Foi simulada uma população histórica a fim de gerar desequilíbrio de ligação na população e esta deu origem as populações recentes em que foram simulados três cenários populacionais, visando maximizar (REC1), minimizar (REC2) e aleatorizar (REC3) os acasalamentos endogâmicos. Ao longo de 10 gerações recentes, os animais foram selecionados com base nos maiores valores genéticos preditos (VGP), utilizando o BLUP (best linear unbiased prediction) tradicional. O genoma das aves foi simulado ao longo dos 958 Mb do genoma Gallus gallus 4.0 com 3.747 QTL (loci de caracteres quantitativos) aleatoriamente distribuídos e 49.978 marcadores SNP uniformemente distribuídos. A fim de alterar as frequências alélicas e gerar variabilidade genética ao longo das gerações, foram simulados eventos de deriva genética, taxa de recombinação e mutação recorrente. Para avaliar os efeitos da endogamia nas populações recentes, foram calculados os desequilíbrios de ligação (DL), o tamanho efetivo da população (Ne) e as tendências genéticas em todos os cenários de populações recentes em ambas as características simuladas. Para predizer os valores genéticos genômicos preditos (VGGP), as populações recentes foram subdivididas em populações de treinamento e validação. Nas subpopulações de treinamento, os 960 animais ... / The objective of this study was to evaluate the prediction accuracy of genomic breeding values for traits of different heritability in simulated populations with different inbreeding. Phenotypic and genotypic data were simulated based on the population structure of an experimental population of White Leghorn hens at Embrapa Suínos e Aves. The phenotypes and genotypes were simulated for the rate of total egg production (PTO) and egg weight to 32 weeks of age (PO) with heritability of 0.15 and 0.37, respectively. The historical population was simulated to generate linkage disequilibrium in the population. Three scenarios in recent populations were simulated for each trait: REC1, REC2 and REC3 to maximize inbreeding, minimize inbreeding and random mating, respectively. The animals were selected based on the largest breeding values along 10 generations. The genome of the birds was simulated with eight macro-chromosomes and 19 micro-chromosomes with 3.747 QTL randomly distributed and 49.978 SNPs markers evenly spaced along the 958 cM. Recombination, random drift and recurrent mutation were simulated in order to generate genetic variability. The linkage disequilibrium (LD), effective population (Ne) and genetic trends were calculated for all scenarios. Each recent population was divided in training and validation sets In order to predict the genomic breeding values. The training set included the genotypes and phenotypes of 960 animals, which had higher breeding values’ accuracy. The validation set had 1120 animals of the last generation of the recent population. The average inbreeding ranged from 0.06 ± 0.30 to 0.22 ± 0.12 for PTO and 0.05 ± 0.03 to 0.20 ± 0.12 for PO. The REC1 populations had higher inbreeding along generations compared, both for PTO and PO, compared to REC2 and REC 3, and consequently higher level of LD. The highest accuracy for PTO and PO were ...

Made available in DSpace on 2014-12-02T11:16:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-05-07Bitstream added on 2014-12-02T11:20:54Z : No. of bitstreams: 1 000798361.pdf: 1439083 bytes, checksum: f7859cb61ffe83a68ba25940fa2cd6f7 (MD5) / Araucaria angustifolia é uma árvore conífera, dióica, polinizada pelo vento e economicamente importante na região sudeste e Sul do Brasil. No século passado, a espécie foi intensamente explorada pelo regime de corte raso, sendo que hoje existem menos de 3% de suas florestas originais. Recentemente, levantou-se a hipotese de voltar a explorar as florestas remanescentes de A. angustifolia, utilizando-se o corte seletivo, com base para planos de manejo de baixo impacto. Este trabalho tem por objetivo investigar como o corte seletivo de árvores de A. angustifolia afeta no longo prazo a demografia, produção de madeira e a diversidade genética de suas populações e quais são os cenários de corte seletivo que garantam a sustentabilidade na produção de madeira e não afete drasticamente a diversidade genética das populações exploradas utilizando o modelo Ecogene. O estudo foi conduzido com dados de locos microssatélites, demográficos, dendrométricos e ecológicos de uma população pequena e fragmentada de A. Angustifolia. Foram estudados diferentes cenários de corte seletivo, que representam combinações de diferentes diâmetro minimo de corte (DMC), intensidade de exploração (IE) e ciclo de corte (CC). Com base nos resultados, o corte seletivo mostrou dois principais efeitos sobre as populações: (a) redução no número total de indivíduos reprodutivos e da área basal (AB); (b) aumento na distância genética entre a população original e após os ciclos de corte e no número de genótipos unilocos. A população controle, sem exploração manteve seu tamanho estável em relação à população inicial durante todo períodos de simulações. O número médio de indivíduos (N) para o cenário controle após 122 anos foi de 515. Para DMC de 50 cm e IE de 20, 40 e 90%, após quatro ciclos de corte e ano do quinto corte, o N foi de 476 (-7,7%), 441 (-14,4%) e 415 (-19,5%), respectivamente. Para ... / Araucaria angustifolia is a conifer, dioecious and wind pollinated tree economically important in the southeastern and southern Brazil. In the past century, the species was heavily exploited by the regime of clear-cutting, and today there are less than 3% of its original forests. Furthermore, recently, rose the chance to re-explore the remaining forests of A. angustifolia, using reduced impact logging (RIL) procurements. The Eco-gene model was used to investigate the long-term impacts of logging on the demography and genetic diversity of A. angustifolia populations and to determine what are the scenarios of selective logging that ensure sustainable production of wood and not drastically affect the genetic diversity of exploited populations. The study was conducted with data from microsatellite loci, demographic, ecological and dendrometric of a small fragmented population of A. angustifolia. In this research, different scenarios of selective cutting, which represent combinations of different minimum cutting diameter (MCD), intensity of exploitation (IE) and cutting cycle (CC) were studied. Based on the results, selective logging showed two main effects on the populations: (a) reduction in the total number of reproductive individuals (N), b) increase in genetic distance between the original population and after cycles court and the number of unilocus genotypes. The average number of individuals (N) for scenario control after 122 years was 515. For DMC of 50 cm and IE 20, 40 and 90%, after four cycles of cutting and the year of the fifth cutting, the N was 476 (-7.7%), 441 (-14.4%) and 415 (-19.5% ), respectively. For the DMC 75 cm, N was reduced for the three IE from 9.0 to 10.4% and for DMC and 100 cm, from 4.8 to 5.8%. Therefore, smaller IE, result in fewer individuals being explored and less difference compared to a situation without selective logging (control). For DMC of 50 cm and IE 20, 40 and 90%, ...

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-24Bitstream added on 2015-01-26T13:30:41Z : No. of bitstreams: 1 000798810.pdf: 329287 bytes, checksum: 3e99adb1cba11dc2c94f724555c20b94 (MD5) / O estresse oxidativo, é reconhecido como característica fundamental no choque séptico. Além disso, em pacientes com resposta inflamatória sistêmica, a concentração de selênio no plasma diminui independentemente do seu estado nutricional. No entanto, o papel fisiopatológico da concentração de selênio em pacientes com choque séptico permanece desconhecido. Portanto, o objetivo deste estudo foi avaliar a associação da concentração de selênio no plasma e eritrócito com a atividade da glutationa peroxidase (GPx1), o polimorfismo Pro198Leu da GPx1 e a mortalidade na unidade de terapia intensiva (UTI) e hospitalar em pacientes com choque séptico. Trata-se de um estudo clínico observacional e prospectivo realizado em três unidades de terapia intensiva em um hospital universitário. Foram avaliados 110 pacientes consecutivos, maiores de 18 anos (57,6 ± 15,9 anos; 63,6% homens), com choque séptico na admissão ou durante sua internação na UTI, entre Janeiro a Agosto de 2012. No momento da coleta dos pacientes, foram registrados os dados demográficos. Amostras de sangue foram coletadas nas primeiras 72 horas após a admissão do paciente ou dentro de 72 horas do diagnóstico de choque séptico para determinação do estado nutricional de selênio, concentração de grupos carbonila, atividade da GPx1 e a genotipagem do polimorfismo Pro198Leu. Em relação ao estado nutricional de selênio, somente a concentração de selênio no eritrócito foi menor nos pacientes que evoluíram ao óbito durante a internação na UTI e hospitalar. A frequência dos genótipos para o polimorfismo Pro198Leu foram 55%, 38% e 7% para os alelos Pro/Pro, Pro/Leu e Leu/Leu, respectivamente. A atividade da GPx1 foi diferente entre os grupos e maior no genótipo Leu/Leu. No modelo de regressão de Cox, a concentração de selênio no eritrócito foi associada com a mortalidade na UTI (HR:0,965; 95%CI:0,943-0,988; p: 0,002) e hospitalar ... / The oxidative stress is recognized as a key feature of septic shock. In addition, in patients with systemic inflammatory response, plasma selenium concentration falls independently of selenium status. However, the pathophysiologic role of selenium concentration in patients with septic shock remains unknown. Therefore, the objective of this study was to evaluate the association of erythrocyte and plasma selenium concentration with glutathione peroxidase (GPx1) activity, GPx1 polymorphisms and with intensive care unit (ICU) and hospital mortality in septic shock patients. This is an prospective, observational clinical study held in three intensive care units in a university hospital. A total of 110 consecutive patients older than 18 y (57,6 ± 15,9 y; 63,6% males) with septic shock on admission or septic shock during their ICU stay who were admitted to the ICU between January and August 2012 were evaluated. At the time of the patients’ enrollment, demographic information was recorded. Blood samples were taken within the first 72 h of the patient’s admission or within 72 h of the septic shock diagnosis for determination of selenium status, protein carbonyl concentration, GPx1 activity and GPx1 Pro198Leu polymorphism genotyping. Regarding selenium status, only erythrocyte selenium concentration was lower in septic patients who died in ICU and hospital. The genotype frequencies for GPx1 Pro198Leu polymorphism were 55%, 38% and 7% for Pro/Pro, Pro/Leu and Leu/Leu, respectively. GPx1 activity was different between groups and was higher in the Leu/Leu genotype. In the Cox regression models, erythrocyte selenium concentration was associated with ICU (HR:0.965; 95%CI:0.943-0.988; p: 0.002) and hospital mortality (HR: 0.968; 95%CI: 0.948-0.989; p: 0.003) in patients with septic shock even after adjustment for age, gender and APACHE II. Erythrocyte selenium concentration was a predictor of ICU and hospital mortality in patients with septic ...

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-04-22Bitstream added on 2015-01-26T13:30:32Z : No. of bitstreams: 1 000797010.pdf: 1250816 bytes, checksum: 1af36177fcc1dfc25a11c59958a55c25 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A subfamília Corydoradinae possui um total de 183 espécies válidas, incluindo os gêneros Aspidoras, Brochis, Scleromystax e Corydoras, o maior entre os Siluriformes e muito conhecido em aquariofilia. Os Callichthyidae apresentam uma ampla distribuição geográfica, ocorrendo desde rios da vertente do Pacífico, no Panamá, até a bacia do rio da Prata, no leste da Argentina e, além disto, ocorrem em vários ambientes, incluindo grandes rios de água rápida e bem oxigenada até pequenos riachos de água quase parada e estagnada, e mesmo poças de água ácida no interior de florestas. Considerando o uso promissor do DNA barcode para a identificação de espécies, o presente trabalho testou a hipótese de que é possível identificar molecularmente as espécies de um grupo especioso de peixes, no caso a subfamília Corydoradinae, utilizando a técnica de DNA barcoding e, os dados gerados foram disponibilizados ao banco de dados internacional. Sequências parciais do COI foram obtidas para 610 espécimes, representando 94 espécies. Um total de 80 espécies (85%) foi discriminado corretamente com o DNA barcoding, sendo que a maioria das espécies exibiu baixas distâncias genéticas intraespecíficas, cerca de 30 vezes menor que a distância entre espécies congenéricas. Sete pares de espécies apresentaram divergência menor que 2% entre elas, o que pode estar relacionado com à grande similaridade morfológica e, portanto a difícil identificação em nível de espécie. Este estudo evidenciou que as espécies da subfamília Corydoradinae analisadas, puderam ser identificadas de forma eficiente através da utilização do barcode gerando dados que podem fornecer subsídios para estudos posteriores desta fauna / The subfamily Corydoradinae with a total of 183 valid species, and includes, among Aspidoras, Brochis and Scleromystax, the genus Corydoras, the largest among the Siluriformes and very well known in the aquarium hobby. Callichthyidae have a wide geographical distribution, occurring from rivers of the Pacific slope, in Panama, to the basin of the La Plata River in eastern Argentina. Considering the promising use of DNA barcode to species identification, the present study aimed to test the hypothesis that it is possible to molecularly identify the species of Corydoradinae, using the technique of DNA barcoding and with the data generated to create a database to allow molecular identification of the specimens studied. Partial sequences of COI were obtained for 610 specimens, representing 94 species. A total of 80 species (85%) were discriminated correctly with DNA barcoding, and most species exhibited low intra-specific genetic distances, approximately 30 times smaller than the distance between congeneric species. Seven pairs of species showed less than 2% divergence between them, due to a relevant morphological similarity and therefore difficult to identify to species level. This study showed that the species of the subfamily Corydoradinae analyzed, could be identified efficiently by using barcode generating data that can provide information for further studies of this fauna

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-04-23Bitstream added on 2015-01-26T13:30:32Z : No. of bitstreams: 1 000797009.pdf: 866532 bytes, checksum: b5f097eddd5228ec546977ffbbc583aa (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Populações pequenas são mais susceptíveis aos efeitos causados por deriva genética e endocruzamento o que, geralmente, está associado à perda de variabilidade genética. Baixos níveis de diversidade genética podem resultar em drásticas consequências nos indivíduos, como alterações nas taxas de fertilidade e capacidade de se adaptar a mudanças ambientais. Embora estes fatores possam elevar o risco de extinção, o fluxo gênico pode balancear estes efeitos, mantendo a variabilidade genética e diminuindo a divergência entre populações. Deste modo, conhecer as características genéticas intra e interpopulacionais é essencial quando se trata da conservação de espécies ameaçadas. Marcadores moleculares, como microssatélites e SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), são importantes ferramentas para acessar níveis de variabilidade genética e padrões de fluxo gênico em populações e vêm sendo amplamente utilizados em espécies alvo de programas de conservação. O bicudinho-do-brejo-paulista (Formicivora paludicola) é uma pequena ave restrita a brejos da Mata Atlântica que foi recentemente descrita na região metropolitana da cidade de São Paulo. Ocorre em 15 localidades isoladas situadas nas bacias do Alto Tietê e do rio Paraíba do Sul e, especialmente devido à destruição do seu hábitat, já está classificada como “Criticamente em Perigo” no estado de São Paulo. Ações prioritárias para a conservação da espécie incluem estudos genéticos para estabelecer o monitoramento e o manejo das populações naturais. Visto isso, o presente trabalho teve como objetivo avaliar os níveis de variabilidade genética e os padrões de fluxo gênico de duas populações de bicudinho-do-brejo-paulista, visando fornecer subsídios para futuras estratégias de conservação a serem desenvolvidas para a espécie. Para tanto, foram analisados 9 loci de microssatélites espécie-específicos e ... / Small populations are more susceptible to genetic drift and inbreeding effects which, generally, can be associated to loss of genetic variability. Low levels of genetic diversity can result in severe effects in the individuals, as fertility alterations and capability of adaption to environmental changes. Although these factors can, in turn, increase the risk of extinction, gene flow may balance these effects, maintaining the genetic variability and reducing genetic divergences among populations. Therefore, it is essential to understand intra and inter population genetic data, in order to conserve threatened species. Molecular markers, such as microsatellites and SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), are reliable tools for assessing levels of genetic variability and patterns of gene flow in populations and have been widely used to analyze target species on conservation programs. The São Paulo marsh antwren (Formicivora paludicola) is a small bird restricted to marshes of Atlantic Forest that was recently described in the metropolitan region of São Paulo city. It occurs in 15 isolated localities spread on High Tietê and Paraíba do Sul River basins and, especially due to its habitat destruction, it is already considered as Critically Endangered in São Paulo State. Priorities actions for this species' conservation include genetic studies to establish the monitoring and management of natural populations. Therefore, the present study aimed to evaluate the genetic variability levels and the gene flow patterns of two populations of F. paludicola in order to support future conservation strategies for the species. As so, we analyzed 9 species-specific microsatellite loci and 8 additional heterologous loci, and also 1.227 SNPs loci that were developed by a RAD-seq (Restriction-site Associated DNA sequencing) approach. A total of 44 animals were collected in two marsh areas near Mogi das Cruzes city (MC) (N = 26) and Salesópolis city (SL) ... / FAPESP: 12/09105-7

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:27Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-03-14Bitstream added on 2015-01-26T13:30:26Z : No. of bitstreams: 1 000802273.pdf: 4739745 bytes, checksum: 0f14dee44c31c9ea615ec67fb83b9e7b (MD5) / O cultivo da pitaya pode ser uma fonte de diversificação da atividade agrícola e são espécies promissoras, pois agrega rusticidade de cultivo e beleza dos frutos aliada a uma composição rica em compostos funcionais, trazendo benefícios a quem a consome. Visando contribuir com informações sobre a cultura, este trabalho objetivou selecionar materiais possíveis para utilização em programas de melhoramento, ou para lançamento como variedade, de forma a diversificar o produto oferecido, e discutir técnicas de produção e manejo de mudas. A partir de cruzamentos manuais controlados utilizando-se a espécie Hylocereus undatus como planta mãe e pólen das espécies H. polyrhizus e H. setaceus, foram obtidos 45 híbridos potenciais, que apresentaram maior vigor, com características distintas entre si, comparados a partir de descritores morfológicos. Destes, 13 mostraram-se promissores para serem posteriormente avaliados quanto à qualidade de frutos e usados em programa de melhoramento. Um segundo experimento visou verificar a possibilidade de enxertia de H. megalanthus sobre H. undatus, avaliando-se diferentes métodos e material de enxertia. Os resultados mostram ser possível t a realização tanto da enxertia convencional como a enxertia de mesa, com pegamento superior a 80% quando utilizado fenda cheia ou inglês simples, e que o material utilizado influencia no sucesso da propagação. No terceiro experimento avaliou-se o tamanho da estaca utilizada para estaquia para quatro espécies de pitaya (H. undatus, H. polyrhizus, H. setaceus e H. megalanthus). Há diferenças em relação à resposta ao enraizamento em virtude da espécie e do tamanho da estaca, sendo que estacas de 20 cm foram as que proporcionaram melhores resultados para todas as espécies estudadas. O quarto experimento visou avaliar a utilização de substratos alternativos compostos a partir de resíduo da indústria ...

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2015-01-26T13:30:19Z : No. of bitstreams: 1 000799160.pdf: 880064 bytes, checksum: 14ae5d673f01845508368f93f576c2fa (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Níveis de diversidade e estruturação genética, assim como a investigação de eventos de hibridação interespecífica ou introgressiva em populações selvagens, estão entre as principais análises a serem consideradas em projetos de conservação. A hibridação entre espécies nativas de peixes, principalmente quando decorrente de ações humanas, tem levado a taxas crescentes de cruzamentos não naturais entre diferentes taxa, o que pode ocasionar impactos ecológicos e genéticos. As espécies de bagres Neotropicais, Pseudoplatystoma reticulatum e Pseudoplatystoma corruscans, têm sido afetadas pela produção induzida de híbridos na aquicultura e pelo contato destes híbridos com suas populações. Neste estudo foram desenvolvidos diferentes marcadores genéticos (genes e microssatélites) com o intuito de identificar a ocorrência de hibridação e introgressão em rios da América do Sul e para acessar a diversidade genética intra e interpopulacional destas espécies. Marcadores dos genes nucleares EF1 e 18S foram completamente diagnósticos na identificação das espécies e seus híbridos. Através de um pirosequenciamento Roche 454, foram desenvolvidos e caracterizados 16 microssatélites para P. reticulatum, os quais apresentaram 100% de transferabilidade em P. corruscans e alto polimorfismo para a maioria dos loci estudados. As análises populacionais utilizando estes microssatélites revelaram alta variabilidade para ambas espécies em todos os rios das bacias hidrográficas do Paraguai e Paraná. A diferenciação genética interpopulacional destas espécies dentro da bacia do Paraguai foi baixa ou inexistente, revelando um alto fluxo gênico e a possível existência de uma população panmítica resultante da migração e reprodução entre indivíduos de rios próximos. Porém, diferenças genéticas significativas foram observadas entre rios distantes geograficamente e entre bacias hidrográficas ... / Levels of genetic diversity and structure, as well as the investigation of interspecific and introgressive hybridization events in wild populations, are amongst the major analyzes to be considered in conservation projects. Hybridization between native fish species, especially when caused by human actions, has led to increasing rates of non natural crosses between different taxa, which may cause ecological and genetic impacts. The Neotropical catfish species, Pseudoplatystoma reticulatum and Pseudoplatystoma corruscans, have been affected by the induced production of hybrids in aquaculture and by the contact of these hybrids with their populations. In this study, different genetic markers were developed (genes and microsatellites), in order to identify the occurrence of hybridization and introgression in South American rivers and to access the intra and inter populational genetic diversity of these species. EF1 and 18S nuclear gene markers were completely diagnostics in the identification of the species and their hybrids. Through a Roche 454 pyrosequencing, were developed and characterized 16 microsatellite loci for P. reticulatum, which presented 100% of transferability in P. corruscans and high polymorphism for the majority of the loci. Population analysis using these microsatellites revealed high variability for the both species in all rivers from Paraguay and Paraná hydrographic basins. The interpopulational genetic differentiation of these species within the Paraguay basin was low or absent, revealing a high gene flow and the possible existence of a panmitic population, resulting from the migration and reproduction of individuals from closely rivers. However, significant genetic differences were observed between geographically distant rivers and distinct hydrographic basins. In P. reticulatum, genetic differentiation was found between the Cuiabá and Miranda Rivers (Paraguai basin), and between Paraguay and Lower Paraná ... / FAPESP: 09/18326-4