Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissAKF.pdf: 1115886 bytes, checksum: 522e86b0776e4eba05d6b4ea1822d056 (MD5) Previous issue date: 2003-08-22 / Financiadora de Estudos e Projetos / The evaluation of genetic relationships among broodstocks is a useful tool for culture management programs. In the present work, the relationships amongst four broodstocks of the marine shrimp Litopenaeus vannamei were established based on sequencing of 16S rRNA and COI regions from mtDNA. Farfantepenaeus subtilis was used as outgoup in mtDNA analysis. No divergence was found when sequences of the 16S rRNA gene were compared, likely due to the conservativeness of such region. Otherwise, at the dendrogram obtained from COI gene sequencing, clustering between Aqua-044 and Aqua-045 broodstocks and between Aqua-046 and Aqua-051 broodstocks was observed. The formation of these groupings may be related to the origin of the broodstocks as well as to the effects of genetic drift suffered by the founder populations. The results obtained in the present work may constitute a very useful tool for the delineation of more appropriate management programs for the analyzed broodstocks. / O estudo das relações genéticas entre estoques constitui-se em uma ferramenta de grande utilidade em programas de cultivo. No presente trabalho foram estabelecidas as relações entre cinco plantéis de reprodutores do camarão marinho Litopenaeus vannamei, com base no seqüenciamento das regiões RNAr 16S e COI do DNAmt. A espécie Farfantepenaeus subtilis foi utilizada como grupo externo. Não foram encontradas divergências genéticas entre as seqüências do gene 16S RNAr, possivelmente, devido ao fato de se tratar de uma região conservada. Já no dendrograma obtido a partir do seqüenciamento do gene COI pôde-se observar a formação de dois agrupamentos, um deles envolvendo os plantéis Aqua-044 e Aqua-045, e o outro, os plantéis Aqua-046 e Aqua-051. A formação desses agrupamentos pode estar relacionada à origem dos plantéis, bem como aos efeitos de deriva genética sofridos pelas populações fundadoras. Os resultados obtidos no presente trabalho podem constituir-se numa ferramenta de grande utilidade para o delineamento de programas de manejo mais adequados para os plantéis estudados.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5229.pdf: 1738509 bytes, checksum: b8b65a962afe9919769ce347ef2365b4 (MD5) Previous issue date: 2013-02-27 / Financiadora de Estudos e Projetos / Metastasis depends on several physiological processes such as cell adhesion, transendothelial cell migration and proliferation. These events are mediated mostly by integrins, which are adhesion receptors present on cell surface and responsible for cellextracellular matrix (ECM) binding. Disintegrins are small proteins from snake venoms, known to inhibit integrin action and therefore metastatic events such as transendothelial cell migration. DisBa-01 is a recombinant RGD disintegrin from Rhinoceraphis alternatus venom gland, with high affinity to the v3 integrin and anti-metastatic activity in vivo. Thereby, the aim of this work was to investigate the effect of v3 integrin in cell transendothelial migration and cell adhesion under flow of MDA-MB- 231 tumor cell line using DisBa-01 as v3 integrin antagonist. The 3 subunit was knockdown by 1uL siRNA/ITGB3 and lipofectamine 2000 (Invitrogen) was used as transfection agent. Additionally cell adhesion under flow, transendothelial migration and time lapse assays were performed using MDA-MB-231 cell line (silenced or not) incubated with 10, 100, 500 and 1000nM of DisBa-01. The 3 integrin knockdown and treatments with DisBa-01 at 500 and 1000nM significantly inhibited cell adhesion as well as the transendothelial migration. The interaction between DisBa-01 and tumor cells was visualized only with 1000nM of disintegrin and not silenced cells. Therefore, it is important using DisBa-01 in different cell lines and in vivo to elucidate more aspects of its effects as anti-metastatic drug. / A metástase depende de uma série de processos celulares tais como adesão celular, a migração transendotelial e proliferação em um novo sítio. Esses eventos são mediados principalmente por integrinas, que são receptores de adesão presentes na superfície celular, responsáveis pela ligação entre a célula e a matriz extracelular. Desintegrinas são pequenas proteínas provenientes de venenos de serpentes, conhecidas por inibir a ação de integrinas e, consequentemente, inibem eventos inerentes à cascata metastática como a migração transendotelial. A DisBa-01 é uma desintegrina recombinante com motivo adesivo RGD, proveniente do veneno de Rhinocerophis alternatus, que possui afinidade pela integrina v3 e atividade anti-metastática in vivo. Assim, este trabalho teve como objetivos estudar o efeito da integrina v3 na migração transendotelial e na adesão de células tumorais da linhagem MDA-MB-231 em células endoteliais (HMEC- 1), sob condição de fluxo pela utilização da DisBa-01 como antagonista deste receptor. Foram realizados ensaios de silenciamento gênico com 5nM de siRNA/ITGB3 e lipofectamina 2000 (Invitrogen) como agente transfectante. Também foram realizados ensaios de adesão celular sob condição de fluxo, migração transendotelial e interação através de time lapse com células tumorais da linhagem MDA-MB-231 (silenciadas ou não) tratadas com DisBa-01 nas concentrações de 10, 100, 500 e 1000nM. O silenciamento da integrina 3, assim o tratamento com DisBa-01 nas concentrações de 500 e 1000nM, inibiu a adesão das células MDA-MB-231 às HMEC-1, sob condição de fluxo e a migração transendotelial. A interação entre a DisBa-01 e as células tumorais foi visualizada somente com células não silenciadas e tratadas com 1000nM de desintegrina. Assim, é importante a utilização da DisBa-01 em diferentes linhagens celulares e modelos in vivo para melhor elucidação dos seus efeitos como possível droga anti-metastática.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissGLM.pdf: 715555 bytes, checksum: cffd1931d274122c0ed3ab7660b3b5d3 (MD5) Previous issue date: 2004-06-30 / Universidade Federal de Sao Carlos / Sugarcane rust (Puccinia melanocephala) is a major disease distributed throught the world, causing yield losses of 50% in conducive environments. Resistance is an essential trait to control rust in commercial cultivars requiring routine tests along the selection time in breeding programs. In order to better understand the complexity and to determine the inheritance of rust resistance in brazilian sugarcane cultivars, this work analyzed eight F1 segregating populations involving 10 genotypes as parents. The resistance was polygenic where the segregation of several minor genes in each progeny was responsible for their classification in the different resistance levels from 2 to 9. Besides polygenetic resistance, the presence of major genes segregating 1:1 and 3:1 deviated the individuals to the grade 1, corresponding to complete resistance. It was observed transgressive segregation, generating resistance genotypes from susceptible-susceptible crosses. Therefore, to achieve resistant cultivars it not necessary to chose resistant parent if effective tests are used to screen susceptible genotypes during selection. It was also observed maternal effects in segregation, deviating individuals to rust resistance. / A herança da resistência à ferrugem da cana-de-açúcar (Puccinia melanocephala) foi em estudada 8 progênies F1 com 230, 226, 148, 129, 298, 125, 156, e 238 indivíduos, obtidos dos cruzamentos RB72454 x RB855595 (RxR), RB855595 x RB72454 (RxR), RB72454 x RB835486 (RxS), RB855536 x NA5679 (RxS) RB72454 x SP716163 (RxS), RB855113 x SP701143 (RxS), SP70-1143 x RB825055 (SxS) e RB835867 x SP701143(SxS),. Os cruzamentos biparentais foram realizados na Estação de Floração de Serra do Ouro, Murici-AL. Dez meses após o transplante, as progênies foram fenotipadas estimando-se a porcentagem de área atacada na folha +3, com auxílio de uma escala diagramática e após treinamento no software WinCOMBRO. A fim de testar a hipótese de um gene de efeito maior, cada progênie foi dividida em apenas duas classes: resistentes (nota 1) e suscetíveis (notas 2-9), baseadas na ausência e presença de sintomas e submetidas ao teste do qui quadrado. Dentre as oito progênies F1 analisadas, três apresentaram comportamento condizente com a hipótese, RB72454 x RB855595 (χ2=0,284; P=59,41%), RB72454 x RB835486 (χ2=0,11; P=74,23%) e RB855113 x SP70- 1143 (χ2=0,97; P=35,52%). As progênies dos cruzamentos RB855536 x NA56-79 (R x S) e RB72454 x SP71-6163 (R x S) apresentaram razões inesperadas entre indivíduos resistentes e suscetíveis. Os cruzamentos SP70-1143 x RB825055 e RB835867 x SP701143 envolvendo apenas variedades suscetíveis apresentaram segregação transgressiva, sendo observados 7 e 14 indivíduos resistentes. Para esses cruzamentos, foi testada como hipótese, a ocorrência de segregação de dois genes recessivos e os resultados do teste do qui quadrado (χ2=0,109, P=74,11%; χ2=0,004, P=95%) não se desviaram da hipótese testada. A segunda avaliação foi realizada nos meses de fevereiro e março de 2003, onde o principal objetivo foi comprovar o comportamento da variedade RB72454 como progenitora. Nesse ensaio, foram avaliadas quatro populações segregantes (RB72454 x RB855595, RB855595 x RB72454, RB72454 x RB835486 e SP70-1143 x RB825055) com duas repetições, envolvendo os principais perfis de cruzamento, e totalizando 759 indivíduos. As quatro famílias analisadas tiveram comportamento similar ao observado no primeiro experimento. A variância estimada para os parentais variou de zero (nas variedades resistentes) à 0,25 (variedades suscetíveis) e a herdabilidade no sentido amplo para a resistência à ferrugem foi de 0,69. A presença de um gene de efeito maior pode ter sido detectada na variedade RB72454 a qual se comportou como heterozigota para o lócus avaliado, evidenciado pelos resultados nos cruzamentos com as variedades RB855595 (R) e RB835486 (S). Esses cruzamentos serão utilizados para o mapeamento deste possível gene de efeito maior.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissDB.pdf: 1333714 bytes, checksum: 01ac75387f03acb9626e80a5f4529331 (MD5) Previous issue date: 2003-07-29 / Financiadora de Estudos e Projetos / Symphyta is a suborder of Hymenoptera, which presents primitive characters, like absence of constriction at the base of the abdomen. Symphyta larvae are phytophagous and feed gregariously, causing damage to agricultural crops, ornamental plants and forests stands, especially in temperate zones. In this group researches focus mainly on ecological aspects related to pests control. There are few data about population genetic structure, and studies about genetic variability exhibit disagreeable data. This study attempts to elucidate some aspects of the biology of Digelasinus diversipes, a Neotropical Symphyta with active larvae from November until March which host in Eugenia glazioviana (Myrtacea) trees, where cocoon masses can be found. Genetic variability and population structure were measured by allozymic analyses through starch gel electrophoresis. Cocoon masses were collected in 2000 and 2001, in two areas of the Estação Ecológica Jataí (Luiz Antônio, SP 21º25 S, 47º50 W). Field observations evidenced i) Digelasinus diversipes larvae disperse during foraging, among neighboring trees; ii) larvae from different ovipositions associate to cocoon mass communal construction, observation corroborated by the low relatedness coefficient among individuals of cocoon mass; iii) adults are shortlived; males are smaller than females, which emerge with all eggs matured for fecundation and/or oviposition; iv) the secondary sex ratio, measured by individuals emerged at laboratory, are female-biased. Electrophoretic analyses reveal high levels of average heterozigosity (Hobs = 0.094±0.025SE) for this species, contrasting with previous data for other Hymenopteran species. There were no significant levels of inbreeding inside samples, but the population was structured, suggesting low levels of gene flow, a consequence of their low dispersal ability. / Symphyta é uma Subordem de Hymenoptera cujos representantes são caracterizados por apresentarem caracteres primitivos, como a ausência da constrição abdominal. As larvas de Symphyta são fitófagas e se alimentam de forma gregária, o que faz com que algumas espécies, principalmente as de clima temperado, provoquem danos em florestas, agriculturas e plantas ornamentais. Neste grupo, as pesquisas enfocam principalmente os aspectos ecológicos relacionados ao controle de pragas. Pouco se conhece sobre a estrutura genética de suas populações e os estudos sobre variabilidade genética apontam níveis discordantes dentro do grupo. Neste trabalho, foram estudados alguns aspectos da biologia de D. diversipes, um sínfita neotropical com larvas ativas de novembro a março que tem como planta hospedeira Eugenia glazioviana (Myrtaceae), onde os aglomerados de casulos são encontrados. A variabilidade genética e a estrutura populacional foram determinadas por análise alozímica em eletroforese em gel de amido. Os agregados foram coletados na Estação Ecológica Jataí, (Luiz Antônio, SP 21º25 S, 47º50 W) nos anos de 2000 e 2001 em duas áreas da reserva. Observações de campo evidenciaram; i) as larvas de Digelasinus diversipes se dispersam durante a alimentação, migrando entre as árvores vizinhas; ii) larvas de diferentes posturas se associam para a construção comunal dos aglomerados, observação corroborada pelo baixo valor de parentesco entre os indivíduos do agregado. Os adultos são efêmeros; os machos menores que as fêmeas, que nascem com seus ovos prontos para a fecundação e/ou oviposição. A razão sexual secundária, obtida com indivíduos emergidos em laboratório, é enviesada em favor das fêmeas. As análises eletroforéticas demonstraram heterozigosidade média (Hobs = 0,094± 0,025EP) elevada para a espécie, diferentemente do que ocorre para outros himenópteros. Não foram observados níveis significativos de endogamia nas amostras estudadas, mas a população mostrou-se estruturada, sugerindo fluxo gênico reduzido como conseqüência da baixa capacidade de dispersão.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6107.pdf: 3362635 bytes, checksum: dd378e99448da9f0b3d512a1c20f46f7 (MD5) Previous issue date: 2014-02-21 / Financiadora de Estudos e Projetos / The genus Leontopithecus consists of primate species with the largest size within the family Callitrichidae and their distribution is restricted to the remaining Brazilian Atlantic Forest. The black lion tamarin (Leontopithecus chrysopygus) is an endemic primate from the Atlantic Forest in the São Paulo state, and currently is critically endangered since his habitat has been significantly reduced to small areas of native forest. The destruction and fragmentation of its natural habitat and the reduction of food resources may increase the isolation among fragments and substantially raise the risk of species extinction due to loss of genetic variability and consequent reduction of its adaptive/evolutionary potential. It is of paramount importance to have an estimation of the current population minimum size, especially if a species is classified as endangered. Information about the abovementioned subject associated with genetic information could be used for the development of conservation strategies of the species. Therefore, we traversed all areas of potential habitat for the species within the Floresta Nacional de Capão Bonito-SP using a playback, counting the number of groups and of individuals per group in order to conduct a census in the area. It was identified 35 individuals at the end of the census, which were divided into seven groups. These animals were successfully capture 10 animals representing two groups of individuals, of which samples were taken for genetic studies. For genetic analysis microsatellite markers were used. Genetic diversity was low, revealing an average of 2.42 alleles. Kinship revealed that individuals in a group have no relation to another group. Although the absolute number of genetically analyzed is low, the results may be representative of the population of Floresta Nacional de Capão Bonito, considering the total population census. Thus, this work brings together information that contribute to increase the knowledge about genetic and ecological aspects of the black lion tamarin, which coupled with other studies can provide important information for the conservation of the species. / O gênero Leontopithecus é constituído pelas espécies de primatas de maior porte dentro da família Callitrichidae e sua distribuição está restrita aos remanescentes de Mata Atlântica brasileira. O mico-leão-preto (Leontopithecus chrysopygus) é um primata endêmico da Mata Atlântica do estado de São Paulo, e que se encontra criticamente ameaçado de extinção, uma vez que seu habitat vem sendo significativamente reduzido a pequenas áreas de mata nativa. A destruição e fragmentação do seu habitat natural pode aumentar o isolamento entre os fragmentos e elevar substancialmente os riscos de extinção da espécie devido à perda da variabilidade genética e consequente redução do seu potencial adaptativo/evolutivo. É importante ter uma ideia do número mínimo populacional existente, principalmente em se tratar de uma espécie ameaçada de extinção. Informações dessa categoria juntamente com as informações genéticas poderão servir para a elaboração de estratégias conservacionistas para a espécie. Para isso foi realizado um esforço amostral de cinco campanhas, com duração de 1 mês por campanha, percorrendo todas as áreas em potencial habitat para a espécie dentro da Floresta Nacional de Capão Bonito-SP, com auxilio de um playback, contanto os grupos e o número de indivíduos por grupo a fim de realizar um censo populacional da área. Identificamos ao final do censo 35 indivíduos, distribuídos em sete grupos. Desses animais obtivemos sucesso de captura de 10 animais, representando dois grupos de indivíduos, dos quais foram extraídas amostras para os estudos genéticos. Para as análises genéticas foram utilizados 20 loci de marcadores moleculares microssatélites. A diversidade genética encontrada foi baixa, revelando um número de alelos médio de 2,42. O parentesco revelou que os indivíduos de um grupo não tem relação com o outro grupo. Embora o número absoluto de animais geneticamente analisados seja baixo, os resultados podem ser representativos da população da Floresta Nacional de Capão Bonito, considerando o censo populacional. Dessa forma, este trabalho reúne informações que colaboram com o aumento do conhecimento sobre aspectos genéticos e ecológicos do mico-leãopreto, e que juntamente com outros trabalhos pode fornecer dados importantes para a conservação da espécie.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6401.pdf: 2400183 bytes, checksum: f8f38d926205e1c1f6dbaba3918ee3b0 (MD5) Previous issue date: 2014-02-04 / Financiadora de Estudos e Projetos / Reactive oxygen species (ROS) are produced by the organism under various circumstances, such as the incomplete reduction of oxygen during cell respiration and also by exogenous factors. Have certain roles in the body, however, when in excess are harmful causing lipid peroxidation, DNA damage, cell organelles and even death. So, cells have developed antioxidant systems to maintained ROS at an appropriate level. Participating in this system the antioxidant enzymes such as superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), glutathione peroxidase and peroxiredoxins (PRDX). The latter stands out for its great abundance and reactivity with substrates, in humans six PRDX were described and are located in different cellular compartments, developing important roles in cell signaling and protecting cells from oxidative damage. In erythrocytes, this protein is so abundant that only lost in concentration for the globins, indicating a probable key role in this cell type as the erythrocytes are true targets of damage caused by ROS. However, little attention has been given to the antioxidant role of peroxiredoxins in erythrocytes and there are few studies in the literature relating to some of these proteins with erythrocyte various diseases, especially in relation to haemolytic anemia, which are part dehydrogenase deficiency Glucose-6-phosphate (G6PD) deficiency whose production of NADPH appears to interfere with the catalytic cycle of peroxiredoxins, however the relationship of these proteins in G6PD deficiency and SC hemoglobinopathy has not been explored. Literature data show that the erythrocytes in patients with sickle cell disease are under constant stress, in the case of individuals with SC hemoglobinopathy seems to be a greater rate of autoxidation of hemoglobin due to instability of the hemoglobin in this disease, leading to increased ROS. Then, this study evaluated the role of PRDXs in reticulocyte of patients with diseases described above, compared with reticulocytes of healthy individuals, using real-time PCR and Western blot. The results showed that no significantly statistical difference between the gene expression of PRDX in control and in patients in the two diseases studied. As for protein expression apparently there was also no significant difference. However, when assessing the redox profile at the major PRDX found in erythrocytes, PRDX 2, along with PRDX 1, we found that these patients were more oxidized state in patients than in controls. This suggests that there is a deficiency in the recycling of these proteins due to low activity of thioredoxin reductase, also due to increased ROS in these patients. And as patients do not present a severe hemolytic anemia there may be an increased expression and/or activity of other antioxidant proteins such as glutathione peroxidase and catalase. / As espécies reativas de oxigênio (EROs) são produzidas pelo organismo sob diversas circunstâncias, como por exemplo, pela redução incompleta do oxigênio durante a respiração celular e ainda por fatores exógenos. Apresentam algumas funções no organismo, porém, quando em excesso são prejudiciais causando peroxidação de lipídios, danos ao DNA, organelas e até morte celular. Então, para que as EROs sejam mantidas em um nível adequado as células desenvolveram sistemas antioxidantes. Participam desse sistema as enzimas antioxidantes, como superóxido dismutase (Sod), catalase (Cat), glutationa peroxidase e as peroxirredoxinas (Prdx). Esta última se destaca pela abundância e grande reatividade com os substratos, nos seres humanos, seis Prdx foram descritas e estão localizadas em diferentes compartimentos celulares, desenvolvendo funções importantes na sinalização célular e protegendo as células dos danos oxidativos. Nos eritrócitos, esta proteína é tão abundante que só perde em concentração para as globinas, evidenciando um provável papel fundamental neste tipo celular já que os eritrócitos são verdadeiros alvos de danos causados pelas EROs. Porém, pouca atenção tem sido dada ao papel antioxidante das peroxirredoxinas nos eritrócitos e existem poucos trabalhos na literatura relacionando algumas destas proteínas com as diversas doenças eritrocitárias, principalmente em relação às anemias hemolíticas, as quais fazem parte a deficiência de glicose-6-fosfato desidrogenase (G6PD) cuja deficiência de produção de NADPH parece interferir no ciclo catalítico das peroxirredoxinas, entretanto a relação destas proteínas na deficiência de G6PD e na hemoglobinopatia SC ainda não foi explorada. Dados de literatura mostram que os eritrócitos de pacientes com anemia falciforme estão sob constante estresse, no caso dos indivíduos com hemoglobinopatia SC parece haver maior taxa de autooxidação da hemoglobina devido a instabilidade da hemoglobina nesta doença, levando a um aumento de EROs. Este estudo avaliou o papel das PRDXs em reticulócitos de pacientes com as doenças descritas acima, comparando com reticulócitos de indivíduos sadios, utilizando PCR em tempo real e Western blot. Os resultados mostraram que não há diferença significamente estatística entre a expressão gênica das PRDX em controle e nos pacientes nas duas doenças estudadas. Quanto a expressão protéica aparentemente também não houve uma diferença considerável. No entanto, ao avaliarmos o perfil redox da principal PRDX encontrada no eritrócito, PRDX 2, juntamente com a PRDX 1, verificamos que estas apresentavam-se em um estado de oxidação maior nos pacientes do que nos controles. Isso sugere que há uma deficiência na reciclagem dessas proteínas devido a baixa atividade da tiorredoxina redutase também devido ao aumento de EROs nesses pacientes. E como os pacientes não apresentam quadro grave de anemia hemolítica, pode estar havendo um aumento da expressão e / ou a atividade de outras proteínas anti-oxidantes, tais como a glutationa peroxidase e catalase.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissSAS.pdf: 3906877 bytes, checksum: 3cd2a799eac951c41dcb2ed83da21691 (MD5) Previous issue date: 2002-11-22 / Phosphoribosylpyrophosphate synthetase (PRS - EC: 2.7.6.1) is an enzyme of central importance in several metabolic pathways in all cells. So far the plant PRS enzymes have not been investigated in great detail. However, accumulated evidences indicate that those enzymes form a complex family of isoenzymes with subcellular localization (mitochondria, cytoplasm and nucleus) and different phosphate dependence characteristics. The prs gene was cloned and had the sequence determined from a sugarcane cDNA library clone identified by the plant genome effort (SUCEST). The sugarcane prs gene contains a 984 bp open reading frame that encodes 328 amino acids protein with a calculated molecular weight of 36.6 kDa. The predicted amino acid sequence has 77 and 78% amino acid identity to the PRS4 of Arabidopsis thaliana and Spinacia oleracea respectively. The phylogenetic reconstruction of selected PRS homologues indicates that this enzyme may be a phosphate-independent PRS isoenzyme. The PRS protein was expressed in Escherichia coli, purified to homogeneity and found to retain secondary structure elements and quaternary arrangement consistent with the known PRS homologues. The availability of the PRS enzyme from another plant and the possibility of expressing the protein in large quantities should provide the basis for a functional and structural analysis of this important enzyme. / Fosforribosilpirofosfato sintetase (PRS EC: 2.7.6.1) é uma enzima de central importância em muitas vias metabólicas em todas as células. A PRS de plantas não tem sido investigada em grandes detalhes. Entretanto, as evidências acumuladas indicam que estas enzimas formam uma família complexa de isoenzimas com localização subcelular (mitocôndria, citoplasma e núcleo) e diferentes características de dependência a fosfato. O gene prs foi clonado e a seqüência determinada a partir de uma biblioteca de cDNA da cana-de-açúcar identificadas por um genoma de planta (SUCEST). O gene prs da cana-de-açúcar contem uma fase aberta de leitura de 984 pb que codifica uma proteína de 328 aminoácidos com massa molecular de 36,6 kDa. A seqüência de aminoácidos deduzida tem 77 e 78% de identidade coma PRS4 de Arabidopsis thaliana e Spinacia oleracea. A reconstrução filogenética de PRS homólogas selecionadas indica que esta enzima pode ser uma PRS indepentente de fosfato. Uma proteína foi expressa em Escherichia coli, purificada e encontrado os elementos de estrutura secundária e arranjos quaternários, consistentes com PRS homólogas conhecidas. A disponibilidade da enzima PRS a partir de uma outra planta e a possibilidade de expressar a proteína em larga escala pode fornecer a base para análises funcionais e estruturais desta importante enzima.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:01Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-18Bitstream added on 2014-06-13T19:03:57Z : No. of bitstreams: 1 jeremias_f_dr_arafo.pdf: 1118443 bytes, checksum: e7afcb1665a0dcd5f4b05868de303e04 (MD5) / Distúrbios genéticos durante o desenvolvimento dentário influenciam na variação do número e formada dentição. Este é o primeiro estudo a avaliar se a variação genética nos genes da formação do esmalte dentário está associada com a Hipomineralização Molar-Incisivo (HMI), levando também em consideração, a experiência de cárie. Amostras de DNA de 71 casos (com HMI) e 89 controles (não afetados) de Araraquara/SP (Brasil) foram analisadas. Onze marcadores em cinco genes [ameloblastina (AMBN), amelogenina (AMELX), enamelina (ENAM), tuftelina (TUFT1), e proteína 11 interagindo com tuftelina (TFIP11)] foram genotipados pelo método TaqMan. O teste Qui-quadrado foi utilizado para comparar as frequências alélicas e genotípicas entre os grupos caso e controle. A experiência de cárie no grupo HMI também foi avaliada para a associação com a variação genética nos genes da formação do esmalte. Os marcadores rs3796704 (ENAM), rs4694075 (AMBN); rs5997096/rs134136 (TFIP11), foram associados com a HMI (p<0.05). Associações dos marcadores rs5997096/rs134136(TFIP11), rs12640848/rs3796704 (ENAM) e rs17878486 (AMELX) (p<0.05) com a cárie dentária foram observadas. O presente estudo sugere possibilidade de associação entre o esmalte hipomineralizado e variação genética nos genes da formação do esmalte dentário / Genetic disturbances during dental development influence variation of number and shape of the dentition. This is the first study that tested if genetic variation in enamel formation genes is associated with molar-incisor hypomineralization (MIH), also taking into consideration caries experience. DNA samples from 71 cases with MIH and 89 unaffected controls from Araraquara/SP (Brazil) were studied. Eleven markers in five genes [ameloblastin (AMBN), amelogenin (AMELX), enamelin (ENAM), tuftelin (TUFT1), and tuftelin-interacting protein 11 (TFIP11)] were genotyped by the TaqMan method. Chi-square was used to compare allele and genotype frequencies between cases with MIH and controls. Distinct caries experience within the MIH group was also tested for association with genetic variation in enamel formation genes. The markers, rs3796704 (ENAM), rs4694075 (AMBN); rs5997096/rs134136 (TFIP11), were associated with MIH (p<0.05). Associations between rs5997096/rs134136 (TFIP11), rs12640848/rs3796704 (ENAM) e rs17878486 (AMELX) (p<0.05) markers could be seen with caries. This study suggests a possible association between hypomineralized enamel and genetic variation in the genes of the enamel formation

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-03-01Bitstream added on 2014-06-13T19:26:38Z : No. of bitstreams: 1 prado_rp_dr_botfm.pdf: 1768816 bytes, checksum: 9cf30006e86899d47a461a8d33e92140 (MD5) / É crescente o número de estudos que demonstram a importância de micronutrientes e compostos bioativos presentes nos alimentos na prevenção de diversas doenças degenerativas crônicas. Entretanto vários estudos moleculares epidemiológicos têm demonstrado que além de fatores ambientais, como a dieta, essas doenças degenerativas podem ser modulada por genes envolvidos no biometabolismo de xenobióticos, metabolismo do carbono e no reparo de DNA. Portanto, o presente estudo avaliou a possível influência do padrão alimentar e dos polimorfismos dos genes GSTP1, CYP1A1, XRCC1 e MTHFR sobre os níveis de danos oxidativos no DNA, uracilas incorporadas no DNA e eficiência do sistema de reparo de DNA em dois grupos de indivíduos residentes em Botucatu com diferentes padrões alimentares. Grupo I (GI): 87 indivíduos com alimentação rica em produtos orgânicos, grãos integrais, frutas e vegetais, e baixa ingestão de produtos industrializados; Grupo II (GII): 97 indivíduos com alimentação rica em produtos industrializados e pobres em frutas e vegetais. A quantificação do nível de danos oxidativos no DNA, uracilas incorporadas ao DNA e a eficiência do sistema reparo de DNA em linfócitos de sangue periférico, foi analisada utilizando-se o Teste do Ensaio Cometa. Os polimorfismos dos genes GSTP1, CYP1A1, XRCC1 e MTHFR foram analisados por realtime PCR. Também foi realizada a análise dos níveis de luteína, criptoxantina, -caroteno, -caroteno, licopeno, retinol e -tocoferol no plasma, pela técnica de cromatografia líquida de alta pressão (HPLC). Os indivíduos do GI apresentaram menores níveis de danos oxidativos no DNA e menores níveis de dano no DNA induzidos pela H2O2 quando comparados aos indivíduos do GII. Quanto aos subgrupos de micronutrientes: Indivíduos do subgrupo percentil 75 para todos os micronutrientes tiveram maior nível de danos no DNA do que os indivíduos... / Not available

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-06Bitstream added on 2014-06-13T18:46:30Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_cs_dr_jabo.pdf: 1211579 bytes, checksum: 2f19bde4e0f7fbfd3f2aae7f084ceea1 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Modificações pós-translacionais de histonas são importantes componentes do código epigenético, e contribuem para o controle da transcrição gênica de cada célula. O presente trabalho descreve a participação de duas modificações de histonas no desenvolvimento embrionário pré-implantacional: a acetilação de lisinas e a citrulinização de argininas. No capítulo 1, avaliamos a presença de duas modificações de histona H3, K9ac (permissiva) e K27me3 (repressiva) em embriões bovinos no ciclo de ativação do genoma embrionário (AGE), por imunofluorescência. Ambas as marcas estão presentes e apresentam alto coeficiente de correlação, e dois perfis de embriões (com alta e baixa variação dos níveis das modificações entre blastômeros) foram descritos. A acetilação de histonas está relacionada à ativação da expressão gênica, portanto no capítulo 2 hipotetizamos que a manipulação de seus níveis em embriões bovinos poderia influenciar a ativação do genoma embrionário, o desenvolvimento de blastocistos e a inativação do cromossomo X em fêmeas. Foram testadas concentrações do inibidor das histona desacetilases tricostatina A variando de 5 a 50nM, aplicadas por 12 a 144h, iniciando 70h após a FIV. Três protocolos foram selecionados: 5nM 48h, 5nM 144h e 15nM 48h. Após, foi utilizado sêmen sexado para estudar os efeitos da TSA sobre embriões fêmeas e machos separadamente. Por imunofluorescência para H3K9ac, foi observado aumento na acetilação de histonas em ambas as concentrações (5 e 15nM), sendo 5nM mais eficaz em fêmeas do que machos. O tratamento com 15nM 48h reduziu a produção de blastocistos em machos e fêmeas, e 5nM 144h em machos. A taxa de apoptose, avaliada pelo ensaio TUNEL, foi elevada em embriões fêmeas (grupos 5nM144h e 15nM48h), e em machos (grupo 15nM48h), mas tal aumento... / Histone post translational modifications are important components of the epigenetic code, and contribute to the control of gene transcription in each cell. This work describes the participation of two histone modifications in embryonic preimplantation development: acetylation of lysines and citrullination of arginines. In chapter 1, we evaluated the presence of two modifications of histone H3, K9ac (permissive) and K27me3 (repressive) in bovine embryos in the cycle of embryonic genome activation (EGA), by immunofluorescence. Both marks are present and show a high correlation coefficient, and two profiles of embryos were described, displaying high and low variation of modifications level between blastomeres. The acetylation of histones is related to gene expression activation, so in Chapter 2 we hypothesized that the manipulation of acetylation levels in bovine embryos could influence embryonic genome activation, blastocyst development and X chromosome inactivation in females. Five concentrations of the histone deacetylase inhibitor trichostatin A (TSA), ranging from 5 to 50nM beginning 70 hours after FIV were applied per 12 to 144h. Three protocols were selected: 5nM 48h, 5nM 144h and 15nm 48h. After, sexed semen was used to study the effects of TSA on male and female embryos separately. Immunofluorescence of H3K9ac showed increased histone acetylation at both concentrations (5 and 15nM). 5nM TSA was more effective in females than in males. Treatment with 15nM 48h reduced male and female blastocyst yield, and 5nM 144h reduced male blastocyst yield. Apoptosis rate was measured by the TUNEL assay. Female 5nM144h and 15nM48h groups, and male 15nM48h group displayed higher apoptosis levels, but this increase was not observed in low quality embryos. In female embryos, TSA did not affect... (Complete abstract click electronic access below)