Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-07T10:59:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Formighieri_EduardoFernandes_D.pdf: 7946045 bytes, checksum: f2194ed5a131ce1c4510fba4a7bbea5f (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: O genoma mitocondrial (mtDNA) do fungo Moniliophthora perniciosa foi completamente seqüenciado e contém 109103 pb, com 31% de bases GC, porcentagem menor que a encontrada nas seqüências do genoma nuclear (47%). É o maior genoma mitocondrial de fungos descrito até o momento, e seu tamanho é conseqüência de grande espaço intergênico, que contém diversas ORFs com possibilidade de serem confirmadas como novos genes. Análises computacionais indicam a presença de variação no número de mtDNAs/célula nas diferentes bibliotecas, com tendência significativa de menor número de mtDNAs/célula no grupo de bibliotecas proveniente de culturas submetidas a repetidas repicagens. A maioria dos genes típicos (atp6, atp9, nad1-6, nad4L, cox1-3, cob, sendo a exceção o atp8), todos os rRNAS, tRNAS (foi encontrado pelo menos um para cada aminoácido) e genes das ORFs intrônicas estão orientados no sentido horário. Foram identificados também um gene rps3 e um grupo de ORFs com características semelhantes às dos genes típicos. Surpreendentemente o mtDNA apresenta uma região ocupada por uma estrutura de invertron característica de plasmídeos kalilo-like, integrado de maneira estável ao genoma em todas as variedades do biótipo C, e presente nos demais biótipos testados. Esta seqüência está disponível no GenBank através do número de acesso: AY376688. A outra linha de trabalho foi desenvolvida juntamente com outros bioinformatas do Laboratório de Genômica e Expressão. Foram desenvolvidas ferramentas de mineração e anotação de genes para projetos genoma, sendo os maiores destaques o Gene Projects, que permite mineração e anotação de genes durante o processo de seqüenciamento, e a nova interface de anotação, desenvolvida para otimizar a qualidade e a eficiência da anotação de genes / Abstract: The mitochondrial genome (mtDNA) of the fungus Moniliophthora perniciosa was completely sequenced and it contains 109103 bases pair, with 31% of bases GC, smaller percentage than found in the sequences of the nuclear genome (47%). It is the largest mitochondrial genome of fungus described to the moment, and its size is consequence of great intergenic space, with several ORFs who can be confirmed as new genes. Computational analyses show the presence of variation in the number of mtDNAs / cell in different libraries, with significant tendency of smaller mtDNAs / cell number in group of libraries originating from cultures undergoes to repeatedly reply. Most of the typical genes (atp6, atp9, nad1-6, nad4L, cox1-3, cob, being the exception the atp8), all of the rRNAS, tRNAS (it was found at least one for each amino acid) and genes of the intronic ORFs are guided in the hourly sense. Surprisingly the mtDNA presents one region occupied for a structure of invertron, characteristic of plasmids kalilo-like, integrated in stable way to the genome in all of the varieties of the biotype C, and present in other tested biotypes. This sequence is available in the GenBank through the accession number: AY376688. The other work line was developed together with other bioinformatics of the Genomic and Expression Laboratory. Data mining and annotation of genes tools were developed for projects genome, being the largest prominences the Gene Projects, that allows mining and annotation of genes during the sequencing process, and the new annotation interface, developed to optimize the quality and the efficiency of the annotation of genes / Doutorado / Bioquimica / Doutor em Biologia Funcional e Molecular

Orientadores: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira, Johana Rincones Perez / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-22T01:57:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Grassi_MariaCarolinadeBarros_D.pdf: 11791511 bytes, checksum: e41c1f0116c9c3dcfd0795e255f117a9 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: O resumo poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: The abstract is available with the full electronic document / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Sindélia Freitas Azzoni / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-26T11:06:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Crucello_Aline_D.pdf: 3829574 bytes, checksum: b0eb3f1e3e0030f42a0081e3bf8b5ef8 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: O Brasil é hoje referência mundial na produção de etanol produzido a partir da cana-de-açúcar, cujo consumo tem aumentado significativamente nos últimos anos. Entretanto, a produção atual de etanol a partir do suco da cana-de-açúcar é insuficiente para atender a demanda do mercado nacional e internacional. Nesse contexto, a produção de etanol celulósico (de segunda geração) emergiu como uma alternativa promissora ao bioetanol de primeira geração. O fungo filamentoso Trichoderma harzianum IOC-3844 é uma linhagem brasileira que se destaca pela alta capacidade de produção de enzimas do complexo das celulases e hemicelulases, característica de grande interesse em biocatálise para conversão de biomassa em monômeros de açúcar fermentáveis. Apesar de seu comprovado potencial, há poucos dados de literatura disponíveis a respeito de sua capacidade celulolítica. Desta forma, este projeto teve como objetivo principal contribuir para o conhecimento básico sobre regiões do genoma de T. harzianum IOC-3844 envolvidas na via de hidrólise de compostos celulósicos, através da construção de uma biblioteca genômica de BAC (bacterial artificial chromosome). A biblioteca de BACs conta com 5760 clones, com insertos de DNA de tamanho médio de 90 kb, o que dá uma cobertura de aproximadamente 12 vezes o genoma de T. harzianum. Através da seleção de clones contendo genes de interesse, foram identificadas regiões com altas concentrações de genes relacionados à hidrólise de biomassa. Além disso, a combinação de dados genômicos, obtidos através da biblioteca de BACs, juntamente com dados de transcriptoma possibilitou a identificação de novos potenciais genes regulatórios. Os resultados trazem grande contribuição para a pesquisa associada a T. harzianum e à genômica de fungos relacionada à produção de etanol de segunda geração / Abstract: Brazil is a world reference in sugarcane ethanol production, whose consumption has increased significantly in recent years. However, the current production of ethanol from sugarcane juice is insufficient to meet the demand of national and international market. In this context, the production of cellulosic ethanol (second generation) has emerged as a promising alternative to first-generation bioethanol. The filamentous fungus Trichoderma harzianum IOC-3844 is a Brazilian strain known for its high ability to produce enzymes of cellulosic and hemicellulosic complex, characteristic of great interest in biocatalysis for conversion of biomass into fermentable sugar monomers. Despite its potential, there are few published data available regarding its cellulolytic ability. Thus, this project aimed to contribute to the basic knowledge about regions of the genome of T. harzianum IOC-3844 involved in the hydrolysis of cellulosic compounds pathway, through the construction of a genomic BAC (bacterial artificial chromosome) library. The BAC library comprises 5,760 clones with an average DNA insert size of 90 kb, which represents about 12-fold coverage of the T. harzianum genome. Through the selection of clones containing genes of interest, regions containing high concentrations of genes related to biomass hydrolysis were identified. Furthermore, the combination of genomic data obtained from BAC library together with transcriptome data allowed the identification of novel potential regulatory genes. The results bring great contribution to studies related to T. harzianum and to fungal genomics regarding second generation bioethanol production / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutora em Genética e Biologia Molecular

A citricultura paulista pode ser considerada uma das mais competitivas e importantes atividades agroindustriais do Brasil, gerando aproximadamente 400 mil empregos e adicionando anualmente U$ 1,4 bilhões ao país. Entretanto ainda apresenta uma produtividade inferior àquela encontrada na Flórida, principalmente devido a deficiências nutricionais e hídricas e a doenças que há diversos anos atingem às lavouras. Nos últimos dez anos a clorose variegada dos citros (CVC), conhecida popularmente como a doença do amarelinho, apresenta-se como o principal problema, sendo a bactéria gram-negativa Xylella fastidiosa seu agente causal. Em vista da importância do cultivo da laranja no país, o projeto \"Genoma Xylella fastidiosa\" foi proposto, visando o seqüenciamento total do genoma deste fitopatógeno bem como o treinamento de pessoal capacitado na utilização das modernas técnicas de biologia molecular. Segmentos de DNA provenientes de 7 cosmídeos e diversos clones provenientes de bibliotecas de \"shotgun\" genômico foram seqüenciados em nosso laboratório, totalizando 271.220 pb do genoma da bactéria. Em seguida foi feita a anotação das orfs preditas por programa GLIMMER, sendo que em nosso laboratório foram anotadas aproximadamente 290 ORFs. Seqüenciamentos diretamente do genoma e de clones das bibliotecas de RDA foram também realizados, complementando as metodologias de primer walking e construção de bibliotecas de fago utilizadas em outros laboratórios do projeto para o fechamento de \"gaps\". Todos os resultados obtidos em nosso laboratório, somados às contribuições de todos os grupos do projeto, serão base para a melhor compreensão dos mecanismos utilizados pela bactéria, podendo favorecer o desenvolvimento de novas estratégias para o combate desta praga. / The São Paulo\'s citriculture can be considered one of the most competitive and important agroindustrial activity from Brazil. It provides aproximately 400,000 jobs and adds US$ 1,4000,000,000 for the country\'s economy. This activity, however, still shows less productivity than the one from Florida, mainly due to nutritional and hydric deficiencies and plagues that are already present for a long time. In the last ten years, the citrus variegated chlorosis (CVC), also known as little yellow disease, constitutes the main problem for the orange farmers. This disease is caused by gram-negative bacterium Xylella fastidiosa. Due to the importance of the orange cultive in the country, the project called Xylella fastidiosa\'s Genome was proposed. The main goals of this project are to sequence the entire genome of this phytopathogen and the trainning of specialized people in the use of modern techniques of molecular biology. DNA fragments cloned in 7 cosrnids and also form genomic shotgun libraries were sequenced in our laboratory. A total of 271,220 bp of bacteria genome were obtained. The next step was the annotation of the open reading frames (ORFs). This was made using the GLIMMER computer program which generates, in our laboratory, aproximately 290 ORFs. Direct sequencing of the genome and clones of RDA libraries were also done for obtaining nucleotide sequences form gaps. These methodologies complement the primer walking and phage library construction used by other laboratories included in the project. All results, obtained either by our laboratory or the other groups from the project, will be used for a better understanding of the mechanisms used by the bacteria, Altogether, they can be favor the development of new strategies in the plague combact.

O objetivo deste trabalho foi desenvolver uma metodologia para identificação de regiões promotoras funcionais a partir de segmentos de um genoma qualquer. O genoma da cana-de-açúcar foi escolhido para o desenvolvimento desta estratégia na qual envolve a obtenção de fragmentos de DNA os quais foram clonados em vetores de expressão. A triagem destes fragmentos foi realizada através de biobalística e resultou no isolamento de quatro clones. Um ensaio de transformação permanente em arroz com três clones gerou 12 plantas. Foi detectada expressão do marcador GUS em calos, folhas e raízes, comprovando sua funcionalidade. Desta maneira, o presente trabalho permitiu estabelecer uma metodologia de recuperação de sequências regulatórias funcionais com ampla possibilidade de serem explorados biotecnologicamente. / The aim of this work is develop a strategy to identify functional promoter regions from any genome. The modern sugarcane genome was chosen as a model for the development of this strategy that involves the generation of fragments of DNA and cloning them into expression vectors. These fragments were then screened by a transient expression assay using biolistic particle delivery resulting in the isolation of four clones. Three clones were permanently transformed in rice, and 12 plants were obtained. GUS expression was detected in the callus, leaves and roots of the rice plants thus confirming the functionality of sequences in these clones. The present work has established a strategy to identify and extract functional regulatory sequences containing functional regulatory regions which show great potential of being useful in both the biotechnology field and in the field of basic science.

A leptospirose é uma zoonose causada por bactérias patogênicas do gênero Leptospira. No mundo, aproximadamente 500.000 casos são reportados a cada ano, com 10% de taxa de mortalidade. Atualmente, vacinas contra leptospirose são compostas por células inativadas e são ineficazes em diferentes aspectos. Após analise do genoma, os genes LIC11121, LIC11087, LIC11228 e LIC11084 foram escolhidos para caracterização da imunogenicidade de suas respectivas proteínas. Esses genes foram clonados no vetor de expressão pAE e as proteínas recombinantes foram purificadas. Os resultados sugerem que essas proteínas podem estar localizadas na membrana externa, são imunogênicas, possivelmente expressas durante a infecção e que podem ter envolvimento em mecanismos de evasão do sistema imune e de patogenicidade da bactéria. Além disso, em um de dois experimentos, a proteína rLIC11084 induziu imunidade protetora parcial em hamsters imunizados frente desafio letal. / Leptospirosis is a zoonotic disease caused by pathogenic bacteria of genus Leptospira. In the world, nearly 500,000 cases are reported each year, with 10% of mortality rate. Currently, vaccines against leptospirosis are composed by inactivated cells that are ineffective in many aspects. After genome analysis, the genes LIC11121, LIC11087, LIC11228 e LIC11084 were chosen for immunogenicity characterization of their respective proteins. These genes were cloned in the pAE expression vector and the proteins encoded by LIC11087, LIC11228 and LIC11084 were purified. The results suggest the localization of these proteins in the bacterial outer membrane, are immunogenic, are possibly expressed during infection and may have involvement in mechanisms of immune system evasion and pathogenicity. Moreover, in one of two experiments, the rLIC11084 protein induced partial protective immunity of immunized hamsters against lethal challenge.

O sequenciamento genômico da L. interrogans sorovar Copenhageni e ferramentas de bioinformática nos permitiram selecionar 15 genes que codificam proteínas hipotéticas conservadas preditas de superfície. A conservação foi confirmada por PCR em seis dos sorovares mais predominantes de L. interrogans. As proteínas recombinantes foram clonadas em vetor de expressão de E. coli em fusão com seis resíduos de histidina, que permite a purificação por cromatografia de afinidade a metal. Seis proteínas apresentaram reatividade com anticorpos presentes em soros de pacientes com leptospirose. Através de um ensaio de adesão por ELISA, identificamos uma nova adesina de leptospira, Lsa21, que interage fortemente com laminina, colágeno IV e fibronectina plasmática. Usando a metodologia de Western blotting, identificamos mais nove possíveis adesinas. Nossos ensaios de desafio demonstraram que as proteínas rLIC12730 conferiu proteção contra infecção letal de L. interrogans em hamsters. Nossos dados sugerem que seja um promissor candidato na prevenção da leptospirose. / The whole-genome sequences of L. interrogans serovar Copenhageni and the bioinformatic tools allow us to choose fifteen genes encoding for conserved hypothetical proteins predicted to be exported to the membrane. The chosen genes were amplified by PCR from six predominant pathogenic serovars, the DNA cloned in an E. coli vector, the recombinant proteins expressed in fusion with 6xHis-tag at N-terminus and purified by metal affinity chromatography. Six proteins were recognized by antibodies present in sera from human patients diagnosed with leptospirosis. By ELISA-attachment assay, we have identified a novel adhesion, named Lsa21, that binds strongly to laminin, collagen IV, and plasma fibronectin. By western blotting assay, we have further identified nine novel probable adhesions. The immunization/challenge assays showed that the recombinant protein rLIC12730 afforded protection against lethal leptospiral inoculation in hamsters. Our data suggest that it is a promising candidate for prevention of leptospirosis.

As enzimas lipolíticas vêm atraindo atenção no mercado global devido ao enorme potencial biotecnológico, como: na formulação de detergentes; na indústria de couro; produção de cosméticos, fármacos, aromas, biodiesel, etc. O objetivo deste trabalho foi prospectar genes codificadores de enzimas lipolíticas em biblioteca metagenômica de um consórcio microbiano degradador de óleo diesel. A seleção foi feita pela atividade lipolítica através do cultivo dos clones em placa de petri e a avaliação foi pela observação de halo ao redor da colônia, sendo positiva para 30 clones dentre os quais dois se destacaram. Estes dois clones foram selecionados e subclonados. Os DNAs das sub-bibliotecas foram sequenciados, gerando um contig completo para cada clone. Através do ORF Finder foi identificado cinco ORFs de esterase/lipase, dentre as quais uma alcançou 58% de identidade com uma bactéria não cultivável. As árvores filogenéticas indicam que duas ORFs são similares à família IV das enzimas lipolíticas, enquanto que as outras três ORFs à família V. / Lipolytic enzymes have been attracting global market attention because they show enormous biotechnological potential. The present work was done as an attempt to find genes which codify lipolytic enzymes in a metagenomic library composed of diesel oil degradation microbe consortia. Clones were selected according to lipolytic activity and were then evaluated after cultivation in Petri dishes by observation of halo formation around the colonies. 30 clones produced halo formations and were identified as positives, two of which showed prominent results. These two were then selected and sub cloned. DNA from the sub libraries was sequenced, generating a complete contig for each clone. Using the ORF Finder five esterase/lipase ORFs were identified, with one of these attaining 58% of identity to a non cultivatable bacteria species. Assessment of the cladograms showed that two ORFs were similar to lipolytic enzyme family IV, while the other three ORFs were similar to family V.

A avicultura brasileira tem alcançado altos índices de desempenho na produção de carne e ovos, como resultado da atualização constante de tecnologias no setor. A biotecnologia vem contribuindo nesse sentido, atuando especialmente em programas de seleção de animais com maior potencial de desenvolvimento e crescimento. Como toda a fisiologia animal é controlada direta e/ou indiretamente pela hipófise e hipotálamo, este trabalho propôs identificar e analisar genes expressos nestas estruturas de galinhas de duas linhagens divergentes quanto ao potencial de crescimento e avaliar a expressão dos genes correspondentes a transcritos cuja identidade não pôde ser revelada (sem similar nos bacos de dados), uma vez que estes podem representar possíveis genes novos. Para isto, foram construídas e analisadas bibliotecas a partir da hipófise e hipotálamo de aves de 21 dias de idade de uma linha macho de corte (TT) e uma linhagem de postura (CC), provenientes da Embrapa Suínos e Aves. Um total de 4.286 ESTs válidas foi obtido (no mínimo150 pb com qualidade PHRED acima de 20), correspondendo a 2.133 ESTs da biblioteca da linhagem TT e 2.153 ESTs da biblioteca da linhagem CC. O exercício de montagem, via programa Cap3, revelou 3.074 seqüências únicas, sendo 1.643 da biblioteca da linhagem TT e 1.649 da CC. Estas seqüências únicas foram automaticamente classificadas, de acordo com as categorias do GeneOntology, sendo que as seqüências de ambas as bibliotecas apresentaram uma distribuição similar entre os termos. Após montagem das ESTs e análise do padrão de expressão digital das seqüências constituintes, dos 389 contigs obtidos, 194 foram compostos por seqüências diferencialmente expressas entre as bibliotecas. Foram detectados 28 contigs contendo SNPs linhagem específicos, sendo 52 SNPs TT específicos e 25 CC específicos. Um total de 146 ESTs não pôde ter sua identidade revelada, porém destas, 133 puderam ser localizadas no genoma da galinha e apresentaram pelo menos uma fase de leitura aberta (ORF). Após análise de expressão gênica, os genes correspondentes a 78 destas ESTs sem identidade apresentaram-se diferencialmente expressos entre pelo menos dois dos tecidos de aves de uma linhagem comercial de corte de 21 dias de idade estudados: hipófise, hipotálamo, cérebro, fígado e músculo. Os resultados apresentados são promissores e merecem ser investigados em estudos futuros com o objetivo de identificar marcadores moleculares para programas de seleção e melhoramento animal. / The brazilian aviculture has reached a high development level in both meat and egg production as a result of constant technological atualization in the sector. Biotechnology can contribute in this way acting in selection programs of animals that show higher growth and development potential. The global animal physiology is direct or indirectly controlled by pituitary and hypothalamus. The aim of this work was to identify and analyse genes expressed in these structures of two divergent line chickens according to growth potential and evaluate the gene expression of corresponding transcripts classified as "no hit", once these ESTs could represent new genes. In this way, two pituitary and hypothalamus libraries of 21 days broiler (TT) and a layer (CC) chickens supplied by Embrapa Swine and Poultry National Research Center were constructed and analysed. A total of 4,286 valid ESTs was obtained (showing at least 150 bp with PHRED quality above 20) corresponding to 2,133 ESTs of TT line library and 2,153 ESTs of CC line library. The clustering process by Cap3 resulted in 3,074 unique sequences corresponding to 1,643 TT library sequences and 1,649 of CC sequences. These unique sequences were automatically annotated according GeneOntology categories and both library sequences showed a similar distribution between the terms. After ESTs clustering and northern digital analysis, 389 contigs were obtained – 194 of them showed differentially expressed sequences between the libraries. A total of 28 contigs showed line specific SNPs, corresponding to 52 TT specific SNPs and 25 CC specific SNPs. 146 ESTs were classified as "no hit" but 133 of these sequences were localized in chicken genome and showed open reading frame (ORF). After gene expression analysis, the genes of 78 "no hit" ESTs showed different expression level between the five tissues of commercial broilers with 21 days old: pituitary, hypothalamus, brain, liver and muscle. These results are promising and must be more investigated in future studies to identify molecular markers for use in animal selection and improvement programs.

Este estudo teve por objetivo mapear QTLs para características de desempenho e de carcaça em Gallus gallus . Foram estudadas 350 aves F2 oriundas de um cruzamento, na primeira geração, de machos de corte da linhagem TT com fêmeas de postura da linhagem CC. O peso vivo com 1, 35 e 42 dias de idade; o ganho de peso, o consumo de ração e a conversão alimentar de 35 a 41 dias de idade; os pesos dos pulmões, fígado, coração, moela, peito, coxas (peso de coxas e sobre-coxas), carcaça (sem vísceras, pés e cabeça), carcaça residual (peso da carcaça sem peito, asas e coxas), asas, cabeça, pés e gordura abdominal; o comprimento do intestino e o percentual de hematócrito, foram os fenótipos analisados. Foram utilizados 79 marcadores microssatélites, os quais cobriram 1510,7 cM dos cromossomos 1, 2, 3, 4, 5, 8, 11 e 13. Primeiramente, foram realizadas análises isoladas de cada fenótipo original e de variáveis canônicas obtidas por análise de componentes principais dos fenótipos. O teste razão de verossimilhanças (LRT) entre um modelo incompleto (apenas com efeitos fixos de sexo, incubação e o efeito aleatório de valor genético infinitesimal) e um completo (todos os efeitos anteriores mais os efeitos de QTL) foi o procedimento utilizado nas análises, exceto para testar modelos com interações epistáticas, onde a metodologia de quadrados mínimos foi utilizada. Modelos com interação QTL x sexo também foram testados. Posteriormente, foram feitas análises de múltiplos fenótipos simultaneamente, onde foi possível testar a hipótese de QTL pleiotrópico x QTLs ligados, além dos testes descritos acima, com exceção de efeitos epistáticos. As análises descritivas e de componentes principais foram obtidas no SAS, enquanto o mapeamento de QTL foi realizado no programa QxPak, exceto para análise de efeitos epistáticos, em que um código em Fortran 90 foi empregado. O modelo univariado, sem interações, permitiu mapear oito QTLs altamente significativos (cinco no GGA1 para PV35, PV42, gordura abdominal, comprimento do intestino e peso da cabeça; dois QTLs no GGA2 para PV35 e PV42; e um QTL no GGA3 para gordura abdominal) seis significativos (dois no GGA1 para conversão alimentar e ganho de peso; dois no GGA3 para peso das asas e das coxas; um no GGA4 para peso da cabeça; e um no GGA8 para peso da moela), além de 13 ligações sugestivas para diversas características. Dez QTLs apresentaram interação com sexo, sendo cinco específicos para machos. O modelo com busca simultânea de dois QTLs mapeou seis QTLs anteriormente perdidos (cinco para PV35 e PV42; e um para peso da cabeça). Interações epistáticas foram observadas para PV35 e PV42 entre um QTL em 69 cM do GGA1 com QTLs em 333 cM do GGA1, 272 cM do GGA3 e 77 cM do GGA5. Dois QTLs e seis ligações sugestivas foram mapeados na análise de variáveis canônicas, os quais não haviam sido mapeados com as variáveis originais. Com o procedimento de múltiplas características foi possível mapear nove QTLs pleiotrópicos e o aumento de poder do teste foi evidenciado, principalmente, no GGA2. / This study aim to map QTL for performance and carcass traits in (Gallus gallus) . There were used 350 F2 chickens developed by crossing a broiler male line (TT) with a layer line (CC). The body weight with 1, 35 and 42 days of age, weight gain, feed intake and feed conversion from 35 to 41 days, weights of lung, liver, heart, gizzard, breast, drums and thighs, carcass (without giblets, feet and head), residual carcass (weight of carcass without breast, drums, thighs, and wings), wings, head, feet, and abdominal fat, intestine length and hematócrito value were the phenotypes analyzed. Seventy nine microssatellite markers were used, which covered 1510.7 cM of chromosomes 1, 2, 3, 4, 5, 8, 11, and 13. Firstly, QTL analysis was carried out for each original trait and for canonical variables, obtained from principal components analysis of the phenotypes. The likelihood ratio test (LRT) between a reduced model (only fixed effects of sex, hatch and random effect of infinitesimal genetic value) and a full model (all anterior effects and QTL effects) was applied to map QTL, but mean square approach was used for mapping QTL with epistatic effect. Besides, models with QTL by sex interaction were also tested. Finally, multi-trait analysis was used to test the hypothesis of pleiotropic x linkage QTLs, besides of the tests previously described, except models with epistatic effects. For descriptive and principal components analysis the SAS software was used. QTL mapping was carried out with QxPak software and a fortran 90 source code to test models with epistatic effect. The univariate model, without interactions, allowed to map eight highly significant QTLs (five in the GGA1, for PV35, PV42, abdominal fat, intestine length, and head weight; two QTLs in the GGA2, for PV35 and PV42; and one QTL in the GGA3 for abdominal fat), six significant QTLs (two in the GGA1 for feed conversion and weight gain; two in the GGA3 for wings and drums and thighs weights; one in the GGA4 for head weight; and one in the GGA8 for gizzard weight), besides 13 suggestive linkages for several traits. Ten QTLs interacted with sex, being five of them male specific QTLs. The model with simultaneous search for two QTLs was important to map six QTLs previously lost (five for body weight at 35 and 42 days; and one for head weight). Epistatic Interactions were observed for body weight among a QTL in 69 cM of GGA1 with QTLs in 333 cM of GGA1, 272 cM of GGA3 and 77 cM of GGA5. Two QTLs and six suggestive linkages were mapped with the analysis on canonical variables, which have not been mapped with the original variables. With the multi-trait approach nine pleiotropic QTLs were mapped and an increase in the test power was observed mainly in the GGA2 chromosome.