Orientador : Ana Maria Lima de Azeredo-Espin / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-31T15:15:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lessinger_AnaClaudia_D.pdf: 7453771 bytes, checksum: 40294f52141b92e9aa0fda0a4579fe88 (MD5) Previous issue date: 2001 / Doutorado

Orientador : Anete Pereira de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-31T18:49:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Siqueira_SuselyFerraz_D.pdf: 5841222 bytes, checksum: ce87f22a7b14048934c4bb496dc6dcc3 (MD5) Previous issue date: 2001 / Doutorado

Os cloroplastos são organelas exclusivas de plantas e algas fotossintetizantes, e desempenham funções essenciais na fisiologia e metabolismo vegetal, principalmente a fotossíntese e outras rotas biossintéticas. Além do núcleo e das mitocôndrias, os plastídios possuem seu próprio genoma (plastoma), envolvido na coordenação destes três distintos mas interdependentes sistemas genéticos das células vegetais. O DNA cloroplastidial existe como moléculas circulares fechadas de aproximadamente 150 kb (±30), geralmente apresentando sequências repetidas invertidas, separando duas regiões de cópia única. Através da construção de bibliotecas shot-gun a partir do DNA cloroplastidial e do sequenciamento automático de 6266 clones, o plastoma de cana-de-açúcar (híbrido SP 80-3280) foi completamente sequenciado e as regiões codificadoras anotadas por homologia a outros sistemas vegetais. Por análises comparativas entre o plastoma de cana-de-açúcar e os de outras espécies, observou-se que todos os grupos funcionais de genes cloroplastidiais de milho foram localizados no plastoma de cana-de-açúcar, como também ycf's deste plastoma e de outras espécies, embora estas sequências não tenham função conhecida. Verificou-se, ainda, maior identidade entre os plastomas de cana-de-açúcar e milho do que entre cana- de-açúcar e arroz com base na organização estrutural e na regulação da expressão gênica (edição de mRNA). Os resultados sugerem uma evolução comum entre os plastomas das gramíneas C4, gerando novos elementos para a pesquisa deste tipo de fotossíntese e metabolismo dos plastídeos, assim como para a tecnologia de transformação de cloroplastos de cana-de-açúcar. / not available

O trabalho descreve um método para isolamento de núcleos morfologicamente intacto e fisiologicamente ativos, além da caracterização parcial do DNA de Acanthamoeba castellanii (linhagem Neff). O DNA celular total de trofozoitos contém quatro famílias com diferentes velocidades de renaturação. A fração com renaturação mais lenta (DNA \"único\"), corresponde ao DNA nuclear (86% do genoma) e apresenta características cinéticas compatíveis com uma complexidade de sequência igual a 1,46x1011 daltons. O DNA reiterado (14% do genoma), compreende três famílias de sequências de nucleotídeos, denominadas \"rápidas\", \"intermediária\" e \"lenta\", com complexidade cinética respectivamente igual a 1,5x106; 2,1x10<SUP.7 e 2,6x108 daltons, presentes em aproximadamente 3x103, 3x102 e 50 cópias. As famílias de DNA reiterado têm localização predominantemente citoplasmática, sendo que as famílias \"intermediárias\" e \"lentas\" fazem parte do genoma mitocondrial. O comportamento cinético heterogêneo do DNA mitocondrial e sua complexidade assemelham-se aos dados existentes para outros microrganismos eucariotos. A constatação de uma espécie de DNA extramitocondrial pode ser relacionada com a descrição anterior de corpúsculos citoplasmáticos contendo DNA ou com a extrusão de cromatina para o citoplasma, verificada no início do encistamento. O DNA de trofozoitos também foi caracterizado quanto ao padrão de sedimentação em gradientes de densidade, desnaturação térmica e composição de bases. O DNA celular total apresenta dois componentes em gradientes de CsCl, caracterizados por densidade de flutuação iguais a 1,717 g/cm3 (Componente maior) e 1,692 g/cm3 (componente menor). O perfil de fusão do DNA mitocondrial sugere heterogeneidade de composição de bases. / Abstract not available.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Laboratório Multidisciplinar de Pesquisa em Doença de Chagas, 2008. / Submitted by Larissa Ferreira dos Angelos (ferreirangelos@gmail.com) on 2009-09-28T18:12:51Z No. of bitstreams: 1 2008_PerlaFdeAraujo.pdf: 1286808 bytes, checksum: 53fc99e52ecaefa2dd3e2e8055632df8 (MD5) / Approved for entry into archive by Gomes Neide(nagomes2005@gmail.com) on 2011-01-04T19:09:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_PerlaFdeAraujo.pdf: 1286808 bytes, checksum: 53fc99e52ecaefa2dd3e2e8055632df8 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-01-04T19:09:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_PerlaFdeAraujo.pdf: 1286808 bytes, checksum: 53fc99e52ecaefa2dd3e2e8055632df8 (MD5) Previous issue date: 2008-07 / O presente trabalho é o primeiro relato de integração de seqüências provenientes de um protozoário para o genoma de células germinativas humanas. Neste estudo, nós documentamos a integração de minicírculos de kDNA de Trypanosoma cruzi no genoma de células germinativas e a transferência vertical dessas mutações para os descendentes. Foram analisadas amostras de esperma de 34 voluntários. Desses, 22 doadores foram agrupados em cinco famílias, cujos progenitores (F0) eram portadores da doença de Chagas. Doze amostras de esperma foram obtidas de indivíduos isolados. Foi possível observar a integração de kDNA de T. cruzi no genoma de todos os 17 chagásicos estudados. A transferência vertical apenas das seqüências de kDNA para as progênies F1 e F2 pôde ser observada em 6 descendentes de chagásicos. As análises das regiões do genoma humano que flanqueavam as seqüências de kDNA mostraram a integração de minicírculos de kDNA preferencialmente em elementos retrotransponíveis do tipo LINE-1, em 72,5% das seqüências quimeras. O encontro do mesmo locus em indivíduos chagásicos e seus descendentes é mais uma evidência mostrando a herança das mutações. Verificamos, também, que as seqüências de minicírculos de kDNA ligaram-se a outros elementos transponíveis (4%), tais como Alu, ERV e MER, e, também, em alguns genes (9%). Nos demais clones (14%), não foi possível determinar os loci de integração do kDNA no genoma devido á ausência de informação em bancos de dados. Os achados deste estudo sugerem que as mutações decorrentes da inserção do kDNA poderiam causar alterações genotípicas e fenotípicas implicadas na auto-imunidade descrita na doença de Chagas. De fato, a incorporação de DNA exógeno na célula humana nos mostra a complexidade das interações do parasito com o hospedeiro humano. A descrição de mutação, recombinação e deriva genética, alterando genótipo e fenótipo do hospedeiro, poderão sugerir a base da auto-imunidade que se associa à patogênese da doença de Chagas. / The present work shows by the first time the integration of Trypanosoma cruzi kDNA minicircle sequences into the human genome. This eukaryote-to-eukaryote lateral transfer of DNA is constantly seen in each patient harbouring the infections. The kDNA mutations are inherited by F1 and F2 progeny and undergo genetic drifts, recombination hitchhiking from primary to secondary chromosomes. We analysed 22 samples of sperm of volunteers from five families whose founders have the active infections. Independently, we further analysed haploid cells DNA from 12 individuals. The vertical transfer of kDNA minicircle sequences was detected in 17 family members. Among these there were 11 with active T. cruzi infections, showing nDNA and kDNA signatures. The remaining six F1 and F2 progenie had the kDNA signatures only. In each of these 17 individuals we showed sequences of minicircles of kDNA from T. cruzi integrated into germ line cells. The main hotspot for the kDNA integration was retrotransposons LINE-1 (72.5%). In 9% of cases the integreations entered coding regions of genes. Besides, kDNA minicircles sequences integrated nonautonomous transposable elements (4%) Alu, ERV and MER, Finally, in (14%), the kDNA mutations entered undetermined sites into the human genome. The presence of the kDNA mutations are in agreement with the findings of lateral transfer of kDNA in somatic cells of same individuals (Hecht, M.M, Thesis, University of Brasilia, 2008). Furthermore, the demonstration of kDNA mutations in haploid cells is brought here in the absence of active T. cruzi infections. Actually, the vertical inheritance could be appreciated in two marriages to which the marriages generated offsprings with kDNA mutations showing sequence alignments similar to the father. In fact, an exogenous DNA incorporation by the human cell let us to see more complex process of parasite-host`s interaction. The evolution of living creatures suggests that lateral transfer of exogenous DNA, mutations and hitchhiking, genetic drifts and social heterosis could be considered ongoin forces leading to genetic diversity and evolution.

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Manifiesta que la Pasteurella multocida es considerada uno de los principales agentes causales de cuadros infecciosos neumónicos en alpacas y este es una de las principales causas de muertes en crías de alpacas. Con la reciente secuenciación del genoma de P. multocida UNMSM aislado de alpaca con neumonía y la disponibilidad de los genomas completos P. mutocida 3480 y Pm70 ha sido posible realizar un análisis genómico comparativo. Se llevó a cabo en primer lugar la caracterización del genoma P. multocida UNMSM conformado por un cromosoma circular de 2, 420,516 pb del cual fueron predichos 2396 CDSs, de estas 2062 son asignadas a una función. P. multocida UNMSM es una cepa toxigénica de serotipo A ya que se identificó la toxina PMT y el gen hyaD. El 94% del genoma P. multocida UNMSM esta compartido con las cepas P. multocida 3480 y Pm70. P. multocida UNMSM presenta una región específica de 156.3 kb con 215 secuencias codificantes con un gran número de proteínas hipotéticas y proteínas relacionadas a fago que procederían de otros microorganismos asociados a neumonía y que aún estarían por elucidar su función en la patogénesis. Dentro de los genes core se identificaron proteínas de membrana externa consideradas proteínas inmunogénicas, entre estos plpE, PfhB2, OmpA, TbpA, HgbA, Pcp y P6; se identificó además el clúster de genes de la biosíntesis de la cápsula hexABCD y el clúster de genes requeridos para la biosíntesis del core interno de la cápsula de lipopolisacáridos waaA, opsX, kdkA y kdtX. Además se sugiere que la proteína de membrana externa, OmpH estaría sometido a un proceso de diversificación debido a su interacción con el sistema inmune del huésped. / Tesis

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-04-12T17:02:04Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2714432 bytes, checksum: b2433146284f70c56705fc1be093c259 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-12T17:02:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2714432 bytes, checksum: b2433146284f70c56705fc1be093c259 (MD5) Previous issue date: 2016-02-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Actinobacillus pleuropneumoniae é o agente etiológico da pleuropneumonia suína, uma doença respiratória severa que resulta em significantes perdas econômicas no setor da suinocultura. Atualmente, A. pleuropneumoniae é classificado em 16 sorotipos diferentes que podem causar a doença com virulência distinta entre eles. Em Minas Gerais, Brasil, A. pleuropneumoniae é encontrado nas granjas e a maior distribuição é do sorotipo 8, sendo este até pouco tempo negligenciado em estudos de epidemiologia devido a problemas de identificação. Da mesma forma, atualmente é aceito que este sorotipo é também o de maior distribuição nos Estados Unidos, Canadá, Reino Unido além do Brasil. Até recentemente, não havia disponibilidade de genomas de A. pleuropneumoniae sorotipo 8 em banco de dados, por isso não existem informações genômicas específicas para este sorotipo, especialmente provenientes de isolados clínicos recentemente circulantes nas granjas. Neste contexto, somente a partir de 2015 os primeiros genomas foram disponibilizados para serem analisados, sendo assim sete genomas de isolados clínicos de A. pleuropneumoniae sorotipo 8 estão hoje disponíveis e estes foram analisados neste estudo. A partir das sequências genômicas dos isolados clínicos de A. pleuropneumoniae sorotipo 8 foi proposto um modelo de proteoma referência desse sorotipo com um total de 2.396 proteínas categorizadas nas diferentes classes de grupos de ortólogos. Na análise comparativa realizada entre genomas de A. pleuropneumoniae sorotipo 8 e demais sorotipos foi observado um padrão de conservação na organização do genoma entre esses. No entanto, foram identificadas algumas diferenças pontuais e dois segmentos genômicos diferenciais entre os genomas analisados com rearranjos e /ou inversões de 42,2 Kb e 59,6 Kb. O primeiro segmento foi encontrado nos genomas dos sorotipos 5 (L20), 7 (AP76) e em quatro dos isolados clínicos do sorotipo 8 investigados, sendo eles MV518, MV780, MV1022 e MV5651 contendo sequências de profago. O segundo segmento diferencial foi identificado apenas no genoma de A. pleuropneumoniae sorotipo 7 (AP76) e contém sequências como transposases caracterizando a presença de uma sequência de inserção no segmento. De acordo com a análise dos códons preferenciais de todos os sorotipos investigados, não foram observadas diferenças marcantes entre eles. Na análise comparativa dos proteomas, a maioria das sequências do proteoma referência de A. pleuropneumoniae sorotipo 8 que apresentaram baixa similaridade com os demais sorotipos foram caracterizadas como hipotéticas, não tendo sua função conhecida. Nessa porção diferencial específica foram relatadas sequências codificadoras relacionadas à plasmídeos o que caracteriza possíveis eventos de transferência horizontal de genes (THG) ao longo da história evolutiva do genoma e fatores de resistência a antibióticos como cloranfenicol, sulfonamida e tetraciclina. Na análise de similaridade entre os proteomas houve maior similaridade das proteínas do proteoma referência do sorotipo 8 com as proteínas do sorotipo 6, o que pode estar associado à dificuldade em separar esses sorotipos nas técnicas de sorotipagem. Com as análises comparativas e a caracterização das diferenças entre os sorotipos e isolados será possível compreender os mecanismos de virulência dos isolados de A. pleuropneumoniae e identificar potenciais candidatos vacinais mais eficientes. / Actinobacillus pleurapneumoniae is the causative agent of porcine pleuropneumonia, a severe respiratory illness that it results in significant economic losses in the swine industry. Currently, A. pleuropneumoniae is classified into 16 different serotypes that it can cause disease with distinct virulence between them. In Minas Gerais, Brazil, A. pleuropneumoniae is found on the farms and the largest distribution is of serotype 8, which, until shortly time, it was neglected in epidemiological studies because of the identification problems. Similarly, it is currently accepted that this serotype is also the most widely distributed in the United States of America, Canada, the United Kingdom as well as Brazil. Until recently, there was no availability of genomes of A. pleuropneumoniae serotype 8 in the database, because of this, there are no specific genomic information for this serotype, especially from of the clinical isolates that, recently, it are circulating on the farms. In this context, only from 2015, the first genomes were available to be analysed, so, today there are seven genomes of clinical isolates of A. pleuropneumoniae serotype 8 available and these were analyzed in this study. From the genomic sequences of clinical isolates of A. pleuropneumoniae serotype 8 was proposed a model of proteome which it is reference for this serotype with a total of 2.396 proteins categorized into different classes of orthologous groups. In a comparative analysis of genomes of A. pleuropneumoniae serotype 8 and other serotypes, it was observed a pattern of conservation in the organization of the genome between these. However, it were identified some specific differences and two genomic segments differentials between the genomes analyzed with rearrangements and/or reversals of 42.2 Kb and 59.6 Kb. The first segment was found in the genome of the serotype 5 (L20), 7 (AP76) and in four of the clinical isolates of serotype 8 that it were investigated: MV518, MV780, MV1022 and MV5651, which it containing prophage sequences. The second differential segment was identified only in the genome of A. pleuropneumoniae serotype 7 (AP76) and it contains sequences as transposases that it characterizes the presence of an insertion sequence in the segment. Regarding the use and the preference of codons between the serotypes investigated, there were no significant differences among them. In the comparative analysis of proteomes, the sequences of the reference proteome of A. pleuropneumoniae serotype 8, which it showed low similarity with the remaining serotypes, it were identified as hypothetical, it does not having its known function. In this specific differential portion, coding sequences associated to plasmids were described, that it characterize possible events by horizontal transfers of genes (HTG) throughout the evolutionary history of the genome and antibiotic resistance factors, such as chloramphenicol, tetracycline and sulfonamide. In the similarity analysis between the proteomes, there was greater similarity of the proteome reference of serotype 8 with the proteins of the serotype 6, which it may be associated on difficulty to separate these serotypes in the serotyping techniques. With the comparative analysis and the characterization of the differences between the serotypes and the isolates, it will be possible to understand the virulence mechanisms of the isolates of A. pleuropneumoniae and to identify vaccine candidate potential more effective.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. / Made available in DSpace on 2013-07-15T23:40:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 213571.pdf: 3165886 bytes, checksum: 023dbff8900bec900d8d6b2eea6e15b6 (MD5) / O Trypanosoma vivax é um hemoparasita causador de tripanosomose em

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:35Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-28Bitstream added on 2015-03-03T12:06:25Z : No. of bitstreams: 1 000807323_20160228.pdf: 863780 bytes, checksum: f9edab5c1d353f33385731e8fc06aa46 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-02-29T12:16:26Z: 000807323_20160228.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-29T12:17:25Z : No. of bitstreams: 1 000807323.pdf: 3263368 bytes, checksum: e50d8228791f0d071b3e2c640b0eefa9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Os retrotransposons com LTR (long terminal repeats) (LTR-RTEs) são os componentes mais abundantes nos genomas vegetais. Eles são divididos em duas superfamílias, Copia e Gypsy, de acordo com a ordem dos domínios internos e com a similaridade das sequências. São conhecidos pela sua natureza ubíqua e plasticidade, o que os leva a serem explorados como ferramentas para o desenvolvimento de marcadores moleculares, utilizando-se assim o padrão de inserção dos LTR-RTEs para geraçã o de polimorfismos. As famílias de LTR-RTEs apresentam número de cópias variável dentro de um mesmo genoma, mas a amplificação de poucas famílias pode contribuir com grandes diferenças de tamanho entre genomas próximos. Em plantas do gênero Eucalyptus existem poucos estudos relacionados aos LTR-RTEs, que geralmente limitam-se a análises em bancos de dados privados. Este trabalho tem como objetivo a caracterização de LTR-RTEs transcricionalmente ativos pertencentes as superfamílias Copia e Gypsy, encontrados no genoma de eucalipto. A partir de análises preliminares de bioinformática, um total de nove famílias de LTR-RTEs foram identificadas; os elementos da superfamília Copia foram classificadas em cinco linhagens e elementos da superfamília Gypsy foram divididos em três linhagens. As análises in silico no genoma draft de Eucalyptus grandis identificaram que as famílias caracterizadas possuem entre 38 e 290 cópias. Os LTR-RTEs foram utilizados para o desenvolvimento de marcadores moleculares IRAP, REMAP e RBIP, que foram avaliados em cinco espécies de eucalipto. Dezesseis primers IRAP foram avaliados e um total de 1521 fragmentos foram gerados, com 321 fragmentos polimórficos, em um intervalo de 250 a 2500 bp e uma média de 19,01 fragmentos amplificados por primer. Vinte e oito combinações de primers REMAP foram avaliadas e geraram 1910 fragmentos, dos quais 492 são polimórficos, em um intervalo de 200 a 1250 bp, com uma média de ... / Long Terminal Repeat Retrotransposons (LTR-RTEs) are the most abundant component of plant genomes. They are divided into two superfamilies, Copia and Gypsy, based on coding domain order and sequence similarity. As dynamic and ubiquitous entities in plant genomes, marker systems based in LTR-RTEs were developed to exploit LTR-RTEs insertion pattern polymorphism. In most angiosperm genomes, LTR-RTEs families have a wide range of copy number, but the amplification of a few families individually contribute to a large fraction of the genome. LTR-RTEs were scarcely studied in the Eucalyptus genus, with most findings derived from global analyses of private genomic databases. The aim of this work is to characterize transcriptionally active Copia and Gypsy LTR-RTEs in Eucalyptus sp genomes. After preliminary bioinformatics analyses, a total of 9 full-length LTR-RTEs families were classified into five Copia and three Gypsy lineages. BLAT analysis in Eucalyptus grandis draft genome identified that these elements have between 38 and 290 copies. These LTR-RTEs were used to develop IRAP, REMAP and RBIP markers, which were evaluated in five Eucalyptus species (Eucalyptus brassiana, E. grandis, Eucalyptus saligna, Eucalyptus tereticornis and Eucalyptus urophylla). Sixteen IRAP primers produced 321 polymorphic fragments from a total of 1521 bands, ranging from 250 to 2500 bp, with an average of 19.01 bands amplified per IRAP primer. Twenty-eight REMAP primer combinations produced 1910 bands. 492 of them were polymorphic, ranging from 200 to 1250 bp. An average of 13.64 REMAP bands was scored per primer. Our results showed that the genetic similarity assessed by both IRAP and REMAP markers did not reflect molecular phylogenetic analysis. Nonetheless, these markers are useful for the assessment of genetic diversity the individual level and population analysis. We developed RBIP markers for three site-specific ...

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2010. / Submitted by Amanda Esteves Silva (amandasilva@bce.unb.br) on 2015-10-06T16:56:42Z No. of bitstreams: 1 2007_AparecidaVelascodoNascimentoSouza.PDF: 907069 bytes, checksum: 7f322522eda53720a79477809c15c864 (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2015-10-07T13:43:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_AparecidaVelascodoNascimentoSouza.PDF: 907069 bytes, checksum: 7f322522eda53720a79477809c15c864 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-07T13:43:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_AparecidaVelascodoNascimentoSouza.PDF: 907069 bytes, checksum: 7f322522eda53720a79477809c15c864 (MD5) / Neste trabalho, propusemos e implementamos um método de aprendizagem por reforço no sistema BioAgents, que tem a finalidade de auxiliar os biólogos na fase de anotação manual de sequências biológicas em projetos de sequenciamento de genomas. O sistema foi reimplementado de modo a permitir a incorporação do mecanismo de aprendizagem, por meio de uma camada adicional no BioAgents. Para validar o método e a implementação, realizamos dois experimentos, com dados reais dos Projetos Genoma do fungo Paracoccidioides brasiliensis e da planta Paullinia cupana. Utilizamos genomas de referência para validar as anotações sugeridas, atribuindo recompensas aos bancos de dados e as ferramentas utilizadas pelos agentes. Os resultados obtidos com a camada de aprendizagem, quando comparados com o sistema sem o método proposto, mostram uma melhora de desempenho. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / In this work, we proposed and implemented a reiforcement learning method at the BioAgents system which has the objective of assisting biologists in the process of manual annotation of biological sequences in genome sequencing projects. The system was reimplemented to allow the incorporation of a learning mechanism, based in an additional layer in BioAgents. To validate the method and implementation, we conducted two experiments, with real data of the Projeto Genoma of fungus Paracoccidioides brasiliensis and of plant Paullinia cupana. We used reference genomes to validate the suggested annotations, giving rewards to the databases and tools handled by the agents. The results obtained with the learning layer, when compared with the system without the proposed method, showed a performance improvement.