As análises biplot que utilizam os modelos de efeitos principais aditivos com inter- ação multiplicativa (AMMI) requerem matrizes de dados completas, mas, frequentemente os ensaios multiambientais apresentam dados faltantes. Nesta tese são propostas novas metodologias de imputação simples e múltipla que podem ser usadas para analisar da- dos desbalanceados em experimentos com interação genótipo por ambiente (G×E). A primeira, é uma nova extensão do método de validação cruzada por autovetor (Bro et al, 2008). A segunda, corresponde a um novo algoritmo não-paramétrico obtido por meio de modificações no método de imputação simples desenvolvido por Yan (2013). Também é incluído um estudo que considera sistemas de imputação recentemente relatados na literatura e os compara com o procedimento clássico recomendado para imputação em ensaios (G×E), ou seja, a combinação do algoritmo de Esperança-Maximização com os modelos AMMI ou EM-AMMI. Por último, são fornecidas generalizações da imputação simples descrita por Arciniegas-Alarcón et al. (2010) que mistura regressão com aproximação de posto inferior de uma matriz. Todas as metodologias têm como base a decomposição por valores singulares (DVS), portanto, são livres de pressuposições distribucionais ou estruturais. Para determinar o desempenho dos novos esquemas de imputação foram realizadas simulações baseadas em conjuntos de dados reais de diferentes espécies, com valores re- tirados aleatoriamente em diferentes porcentagens e a qualidade das imputações avaliada com distintas estatísticas. Concluiu-se que a DVS constitui uma ferramenta útil e flexível na construção de técnicas eficientes que contornem o problema de perda de informação em matrizes experimentais. / The biplot analysis using the additive main effects and multiplicative interaction models (AMMI) require complete data matrix, but often multi-environments trials have missing values. This thesis proposed new methods of single and multiple imputation that can be used to analyze unbalanced data in experiments with genotype by environment interaction (G×E). The first is a new extension of the cross-validation method by eigenvector (Bro et al., 2008). The second, corresponds to a new non-parametric algorithm obtained through modifications of the simple imputation method developed by Yan (2013). Also is included a study that considers imputation systems recently reported in the literature and compares them with the classic procedure recommended for imputation in trials (G×E), it means, the combination of the Expectation-Maximization (EM) algorithm with the additive main effects and multiplicative interaction (AMMI) model or EM-AMMI. Finally, are supplied generalizations of simple imputation described by Arciniegas-Alarcón et al. (2010) that combines regression with lower-rank approximation of a matrix. All methodologies are based on singular value decomposition (SVD), so, are free of any distributional or structural assumptions. In order to determine the performance of the new imputation schemes were performed simulations based on real data set of different species, with values deleted randomly at different percentages and the quality of the imputations was evaluated using different statistics. It was concluded that SVD provides a useful and flexible tool for the construction of efficient techniques that circumvent the problem of missing data in experimental matrices.

O presente estudo teve por objetivo estudar os efeitos da interação genótipo x ambiente sobre as características peso à desmama, peso ao sobreano e ganho de peso da desmama ao sobreano em bovinos da raça Nelore. Foram analisados 58.032 registros de peso à desmama ajustados para 205 dias (PD), 46.032 registros de peso ao sobreano ajustados para 550 dias (PS) e 45.844 registros de ganho de peso da desmama ao sobreano ajustados para 345 dias (GP), originários de três rebanhos distintos. Os dados foram submetidos a dois métodos de análises: no primeiro, processaram-se análises unicaracterísticas para os rebanhos individuais e para o conjunto formado pelos três rebanhos, e análises tri-características para os dados de cada rebanho, em que as mesmas características foram consideradas como variáveis distintas. Foi utilizado o programa GIBBS2F90, sob abordagem bayesiana. As estimativas dadas pelas médias dos coeficientes de herdabilidade para PD, PS e GP variaram de 0,09 a 0,24, 0,24 a 0,44 e 0,09 a 0,31, respectivamente. Nesta mesma ordem, as correlações genéticas das mesmas características nos diferentes ambientes variaram de 0,88 a 0,93, 0,85 a 0,98 e 0,75 a 0,97. As correlações entre as DEPs dos touros nos ambientes variaram de 0,97 a 0,99, 0,69 a 0,95 e 0,77 a 0,98 para PD, PS e GP, respectivamente. No segundo método, utilizou-se um modelo de regressão aleatória para descrever alterações nos valores genéticos dos animais em função do gradiente ambiental, formado pelos grupos contemporâneos. As análises foram feitas pelo programa INTERGEN, também sob enfoque bayesiano. As estimativas dos coeficientes de herdabilidade para PD, PS e GP variaram de 0,06 a 0,44, 0,19 a 0,63 e 0,20 a 0,40, respectivamente. As correlações genéticas entre intercepto e inclinação das normas de reação foram de 0,75, para PD, 0,76 para PS e 0,34 para GP. As correlações entre os valores genéticos dos touros nos ambientes variaram de -0,38 a 0,99, 0,79 a 1,00 e 0,68 a 0,99 para PD, PS e GP, respectivamente. Os resultados de ambos os métodos apontaram efeito da interação genótipo x ambiente sobre as características nos rebanhos incluídos neste estudo, especialmente sobre a classificação dos touros. / The objective of the present study was to evaluate the genotype by environment interaction effect on weaning weight, post-weaning weight and post-weaning weight gain in Nellore cattle. It were analyzed 58,032 records of weaning weight adjusted for 205 days (PD), 46,032 records of post-weaning weight adjusted for 550 days (PS) and 45,844 records of post-weaning weight gain adjusted for 345 days (GP), originated from three distinct herds. Those data were analyzed applying two different methods: in the first proceeding, the data set of the three herds separately and the data set composed by all herds in one was submitted to single-trait analysis, while a three-trait analysis considered the same trait as a distinct variables in different herds. The variance components were estimated by GIBBS2F90, under bayesian inference. The estimates given by the means of heritability coefficients for PD, PS and GP ranged from 0.09 to 0.24, 0.24 to 0.44 and 0.09 to 0.31, respectively. In the same sequence, the genetic correlation among the same traits in different environments varied from 0.88 to 0.93, 0.85 to 0.98 and 0.75 to 0.97. The correlation between sire\'s EPDs in the environments ranged from 0.97 to 0.99, 0.69 a 0.95 and 0.77 to 0.98 for PD, PS and GP, respectively. In the second method, a random regression model was performed in order to describe changes in breeding values as a function of the gradient environment, arranged by contemporary groups. The analyses were performed by INTERGEN, also under bayesian inference. The estimates of heritability coefficients for PD, PS and GP ranged 0.06 to 0.44, 0.19 to 0.63 and 0.20 to 0.40, respectively. The genetic correlation between level and slope of reaction norms were 0.75 for PD, 0.76 for PS and 0.34 for GP. The correlation between sire\'s breeding values in the environments ranged from - 0.38 to 0.99, 0.79 to 1.00 and 0.68 to 0.99 for PD, PS and GP, respectively. The results of both methods shown effect of genotype by environment interaction over the traits in herds included in this study, especially over the ranking of sires.

A produtividade de grãos em milho é um caráter altamente complexo e muito dependente das condições ambientais. Neste trabalho de pesquisa, buscouse identificar regiões cromossômicas relacionadas à produtividade de grãos em milho por meio de análises de regressão múltipla stepwise, em vários ambientes. Os dados genotípicos advém da genotipagem de linhagens S2 por 163 locos RFLP, enquanto os dados fenotípicos foram obtidos de experimentos com repetições instalados em 11 locais distintos, nos quais foram avaliados os topcrosses das linhagens com quatro testadores diferentes. Foram selecionadas marcas associadas ao caráter nos diferentes ambientes, posteriormente comparadas a fim de verificar a consistência na expressão de genes das regiões detectadas. De maneira geral, observou-se que a maioria delas é ambiente-específica. Após a seleção das marcas, foi aplicado um índice de seleção de linhagens, baseado nos valores bj da regressão múltipla. O índice é composto pelo valor próprio das linhagens em topcrosses e por uma medida da complementaridade genotípica entre linhagens. As melhores linhagens, segundo o índice de seleção, foram agrupadas por testador e verificouse que a coincidência de linhagens entre locais variou de 48,5% a 80,0%. O emprego de marcadores permitiu verificar que a interação genótipo x ambiente foi devida à alta inconsistência na manifestação das regiões cromossômicas responsáveis pela produtividade de grãos em milho ao longo dos locais. Porém, a coincidência entre as linhagens indica que, mesmo na presença de interação, foi possível selecionar linhagens generalistas. / Grain yield in maize is a complex trait, highly dependent on environmental conditions. Identification of consistent chromosomal regions across environments related to this trait is desirable in the context of marker assisted selection. This work was aimed at identifying regions associated with maize grain yield by stepwise multiple regression analysis in several environments. Maize S2 lines were genotyped by 163 RFLP loci and topcrossed to four different testers. These top crosses were evaluated in 11 locations. Grain yield associated markers were identified for each environment and the consistency of expression of associated genes was verified. Most of the chromosome regions were environment specific. After marker identification for each environment, a selection index was applied, which was composed by the performance of a line in topcross and a measure of genetic complementarity. The best lines were grouped by tester across locations and the coincidence of superior lines varied from 48.5% to 80.0%. The use of molecular markers showed that genotype x environment interaction was due to a high expression inconsistency of chromosome regions related to grain yield in maize across environment. Nonetheless, the coincidence between superior lines indicated the possibility to selecting lines with good performance along environments, even in the presence of genotype x environment interaction.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-21T14:42:34Z No. of bitstreams: 1 Pedro Henrique Neves de Souza.pdf: 639543 bytes, checksum: c4f4efdf9da82b1b9d2aa60d34c8085f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T14:42:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pedro Henrique Neves de Souza.pdf: 639543 bytes, checksum: c4f4efdf9da82b1b9d2aa60d34c8085f (MD5) Previous issue date: 2011-09-19 / Brazil is of the most traditional producers of cane sugar, whose culture is deployed in various soil types and under the influence of different climates, resulting in various types of environments with which it interacts. As for the agronomy, the culture of sugar cane has an excellent development, a result of the timing between the technology involved in growing and favorable climatic conditions. Through the methodology, this work aimed to study the micro-center of the state of Pernambuco, the behavior of clones and varieties of cane sugar in the breeding program of the Federal Rural University of Pernambuco - UFRPE / RIDESA analyzing aspects agro-industrial productivity, as well as assessing genotype x environment interactions, estimating the magnitude of some genetic parameters and based on the analysis of economic return, prepare a recommendation for use of superior materials. The experiment was conducted at the microregion area of Pernambuco Center, Plant Petribú premises, located in the municipality of Lagoa de Itaenga - PE during the agricultural years 2005/2006, 2006/2007 and 2007/2008. We used randomized complete block design with four replications, using 11 varieties and 15 clones have already been exploited commercially. Agrotechnological variables were evaluated tons of cane per hectare (TCH), tons of sugar per hectare (TPH), pol% corrected (PCC), fiber (FIB), purity (PZA), soluble solids (Brix) and total sugar recoverable (ATR). Analysis were performed by cutting individual and joint of the three cuts (plant cane, first ratoon crop and second ratoon crop) to the beginning, middle and end of harvest, also some estimating genetic parameters and their averages grouped by Scott & Knott test (1974). Finally were performed to analyze the economic return of the materials under study. / O Brasil é um dos mais tradicionais produtores de cana-de-açúcar, cuja cultura é implantada em vários tipos de solos e sob influência de diferentes climas, o que resulta em diversos tipos de ambientes com as quais ela interage. Quanto ao aspecto agronômico, a cultura da cana-de-açúcar apresenta um desenvolvimento excelente, resultado do sincronismo entre a tecnologia aplicada no cultivo e as condições climáticas favoráveis. Através da metodologia aplicada, este trabalho teve como objetivo estudar na microrregião Centro do Estado de Pernambuco, o comportamento de clones e variedades de cana-de-açúcar no programa de melhoramento genético da Universidade Federal Rural de Pernambuco – UFRPE / RIDESA, analisando aspectos relacionados à produtividade agroindustrial, bem como as interações genótipo x ambiente, estimando a magnitude de alguns parâmetros genéticos e com base na análise de retorno econômico, eleger materiais superiores. O experimento foi conduzido na zona canavieira da microrregião Centro de Pernambuco, na área agrícola da Usina Petribú, localizada no município de Lagoa de Itaenga - PE, durante os anos agrícolas 2005/2006, 2006/2007 e 2007/2008. Foi utilizado o delineamento em blocos casualizados completos com quatro repetições, utilizando 11 clones e 15 variedades comercialmente já exploradas. Foram avaliadas as variáveis toneladas de cana por hectare (TCH), toneladas de açúcar por hectare (TPH), pol % corrigido (PCC), fibra (FIB), pureza (PZA), teor de sólidos solúveis (BRIX) e açúcar total recuperável (ATR). Foram realizadas análises individuais por corte e conjunta dos três cortes (cana planta, soca e ressoca) para o início, meio e final de colheita, estimando também alguns parâmetros genéticos e suas médias agrupadas através do teste Scott & Knott (1974). Por fim foram realizadas análises de retorno econômico dos materiais em estudo.

Com a finalidade de avaliar o programa de melhoramento da cana-de-açúcar, este trabalho teve como objetivos: determinar o grau da interação famílias x ambientes (FA); comparar métodos de seleção na etapa inicial em termos de resposta esperada à seleção; e propor o método de seleção sequencial modificado. Para isso, foram avaliados 4752 'seedlings' pertencentes a 33 famílias (irmãs germanas e meia irmãs), em dois locais do Estado de São Paulo, Piracicaba e Jaú. Os caracteres estimados foram altura e diâmetro dos colmos, número de perfilhos, Brix % caldo da cana, toneladas de cana por hectare (TCH) e toneladas de Brix por hectare (TBH). Para validar a resposta esperada à seleção sequencial modificada, 40 famílias foram selecionadas por este método e os clones foram multiplicados até a etapa III do programa de melhoramento, a fim de fornecer a resposta realizada à seleção. Os resultados mostraram interação FA significativa para todos os caracteres avaliados. A opção por uma seleção específica implicou em aumentos de ganhos de 4,1% e 5,8% para TBH, para Piracicaba e Jaú, respectivamente, em relação à seleção de famílias generalistas, ou seja, baseada na média dos dois locais. A seleção sequencial modificada, proposta neste trabalho e a seleção combinada através de índices apresentaram pouca vantagem em relação à seleção massal, na condição de seleção direta (sem avaliação visual). Nessas mesmas condições, a seleção sequencial tradicional e a australiana foram inferiores à seleção massal, em termos de progresso esperado, para todos os caracteres. Incluindo a seleção indireta (com avaliação visual) o método sequencial modificado foi sempre superior à seleção massal, para os principais caracteres avaliados (TCH e TBH). Para os métodos australiano e tradicional, houve vantagem apenas quando a correlação genética entre a avaliação visual e o caráter principal foi igual ou inferior a 0,7. Dessa forma, e devido à dificuldade prática de utilizar índices (seleção combinada), concluiu-se que o método proposto de seleção sequencial modificada é perfeitamente viável, sendo, portanto, recomendado. Na comparação entre as respostas estimada e a realizada com a seleção sequencial modificada, houve concordância dos resultados, na condição de correlação genética igual a 0,62. Isso veio reforçar a confiabilidade das estimativas obtidas no trabalho, bem como assegurar as vantagens do método proposto sobre os demais aqui apresentados. Se considerada uma correlação genética entre o critério de avaliação visual e o caráter principal variando entre 0,5 a 0,7, a superioridade do método proposto em relação ao massal é da ordem de 3% a 5%, em termos de ganho esperado para TCH, em um ciclo de seleção. Para alcançar estes mesmos ganhos com a seleção massal, ter-se-ia que aumentar a população inicial entre 36% a 100%. Alternativamente, mantendo os mesmos tamanhos populacionais, o número provável de clones no final do processo seletivo seria aumentado em 85% a 150%, apenas com a substituição do método de seleção massal pelo sequencial modificado na etapa inicial. / Aiming at the evaluation of the sugarcane breeding program, this study had the following objectives: to determine the degree of the family x environments interaction (FE); to compare selection methods in the initial phase, in terms of expected response to selection, and to propose the modified sequential selection method. For this, 4752 seedlings, originated from 33 families (full-sibs and half-sibs), were evaluated in two sites of the State of São Paulo: Piracicaba and Jaú. The traits evaluated were stalk height and diameter, number of stalks, Brix % cane juice, tons of cane per hectare (TCH) and tons of brix per hectare (TBH). To validate the expected response to the modified sequential selection, 40 families were selected by this method and the clones were multiplied until phase III of the breeding program and the realized gains in selection measured. The results showed significant FE interaction for all evaluated traits. The option for a site specific selection would increase gains by 4.1% and 5.8% for TBH in Piracicaba and Jau, respectively, in relation to the generalized family selections, that is, based on the average of the two sites. The proposed modified sequential selection and the combined selection using indices showed little advantage over the mass selection using direct selection (without visual selection). In these conditions, the traditional sequential selection and the Australian one were inferior to the mass selection, in terms of expected progress, for all traits. Allowing for the indirect selection (with visual selection) the modified sequential method was always superior to the mass for the main traits evaluated (TCH and TBH). The Australian method and the Traditional one, were advantageous in relation to the mass selection only when the genetic correlation between visual selection and the main trait was equal or inferior to 0.7. For this reason, and given the practical difficulty of applying indices (combined selection), it was concluded that the proposed method of modified sequential is perfectly viable and was reccommended. Comparing the estimated and realized response of the modified sequential selection, there was correspondence of results, given rG equals to 0.62. This result confirmed the reliance of the estimates obtained in this study, and assured the advantages of the proposed method over those compared. Considering a genetic correlation (rG), between the visual selection criterion and the main character, varying from 0.5 to 0.7, the superiority of the proposed method over the mass one, varies from 3 to 5%, in terms of expected gain, for TCH in one selection cycle. To obtain these same gains with mass selection, one would have to increase the initial population between 36% and 100%. Alternatively, keeping the same population sizes, the likely number in the end of the selection process would be increased in 85% to 150%, just with the substitution of the method of mass selection by the modified sequential one, in the initial phase.

Au Sahel, la répartition des pluies irrégulière dans le temps et dans l’espace engendre une forte interaction variété x année et variété x lieu. Pour déterminer les variétés les plus productives en espérance en fonction des lieux, il faudrait de nombreuses années d’expérimentation en chaque lieu, ce qui prendrait beaucoup de temps.Une alternative est de maximiser la production prédite à l’aide d’un modèle de culture décrivant la croissance et le développement de cultures en interaction avec leurs conditions agro-environnementales.La production à maximiser est moyenne sur une distribution de probabilitéd’entrées environnementales, spécifique du lieu, alors que les paramètres variétaux qui maximisent cette production définissent un but de sélection que l’on appelle idéotype.Dans ce travail, nous voulons déterminer une carte d’idéotypes de sorgho. Nous sommes donc confrontés à un problème d’optimisation d’un modèle complexe. Une méthode classiquement utilisée dans ce contexte est la méthode Efficient Global Optimization (EGO), fondée sur un métamodèle de krigeage. Ici, une telle approche n'est pas adaptée. En effet, la distribution des entrées météorologiques suit un modèle stochastiquedont les paramètres varient continûment dans l’espace en suivant un gradient Nord-Sud. L’optimisation des paramètres variétaux est alors conditionnelle à ces paramètres de climat. D’autre part, la fonction à maximiser n’est connue que par un nombre limité de simulations, donc à une erreur près.Notre cadre de travail concerne donc l'optimisation conditionnelle d'une fonction bruitée. Les extensions existantes de l'algorithe $EGO$ ne prennent pas en charge ce cadre. Dans cette thèse, un nouveau critère pour l'optimisation conditionnelle d'une fonction bruitée est proposée et étudié. Une métaphore de l'optimisation conditionnelle est la recherche d'une ligne de crête. A partir de simulations sur des fonctions test, une étude des performances de ce nouveau critère est proposée, de même qu'une comparaison avec le critère habituellement utilisé pour la recherche de ligne de crête. Les résultats de cette étude montrent l'intérêt de notre critère.L'application à la cartographie d'idéotypes de sorgho a été testée sur l'espace couvert par le Sénégal, le sud du Mali et le Burkina Faso. Elle a consisté à maximiser le rendement espéré en fonction de 4 paramètres du modèle Samara : la longueur de la phase végétative, la longueur maximale des racines, le potentiel de réserve des tiges, et la mortalité des feuilles. Les résultats de cette optimisation recoupent en partie l'analyse de sensibilité menée sur ces mêmes paramètres. / In the Sahel region, the irregular rainfall distribution in time and space generates variety x year and variety x location interactions. Therefore, determining variety with the best expected yield would take many years of experimentation in each location.Alternatively, the best variety could be identified by maximizing the predicted yield using a crop simulation model that describes growth and development of a crop in interaction with agro-environmental conditions.The average yield depends on the probability distribution of environmental inputs, which is location specific, while the cultivar parameters that maximizethis yield define the ideotype, i.e. the selection target.In this work, we want to draw the map of sorghum ideotypes in Sub Saharan Africa. To face the problem of optimizing a complex model, an algorithm conventionally used in this context is the Efficient Global Optimization method (EGO), based on kriging as a surrogate model. Here, the distribution of meteorological inputs follows a stochastic model whose parameters varycontinuously in space along a North-South gradient. Consequently, the optimization of varietal parameters is conditional on these climate parameters. Moreover, the function to maximize is noisy, because expectation and quantilesare merely estimated with a limited number of simulations. We aimed at adapting the EGO algorithm to the conditional optimization of a noisy function. Extensions exist either for the optimization of noisy functions or for the conditional optimization of deterministic functions, ie the search for the values of a subset of parameters that optimize the function conditionally to the values taken by another subset, which are fixed. A metaphor for conditional optimization is the search for a crest line. No method has yet been developed for the conditional optimization of noisy functions: this is what we propose in this thesis. Testing this new method on test functions shows that, in case of a high level of noise on the function, the PEQI criterion that we propose is better than the PEI criterion usually implemented in such a situation.The application of this new optimization method sorghum ideotypes parameters mapping has been tested in the area covered by Senegal, southern Mali and Burkina Faso. It consisted in maximizing the expected yield with respect to 4 parameters of Samara model: vegetative phase length, maximum root length, stem reserve potential, and leaf mortality. The results of this optimization partly coincide with the sensitivity analysis conducted on these same parameters.

Linha de pesquisa: Melhoramento animal. / Submitted by Jos? Henrique Henrique (jose.neves@ufvjm.edu.br) on 2017-09-29T00:35:26Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) diego_coimbra_alcantara.pdf: 1887370 bytes, checksum: 3b18dc6adcb9630901b41a57c4a4a351 (MD5) / Approved for entry into archive by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2017-10-09T14:23:40Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) diego_coimbra_alcantara.pdf: 1887370 bytes, checksum: 3b18dc6adcb9630901b41a57c4a4a351 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-09T14:23:40Z (GMT). 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A ra??o fornecida no per?odo de crescimento, nascimento aos 21 dias de idade, continha uma rela??o de 0,20% de triptofano:lisina, e no per?odo final do crescimento, 22 a 35 dias, as codornas foram separadas em 5 tratamentos com as rela??es: 0,15; 0,20; 0,25; 0,30; 0,35% de triptofano:lisina. As aves foram pesadas aos 28 e 35 dias e abatidas aos 35 dias de idade. As caracter?sticas avaliadas foram os pesos pr?-abate, peso 28, peso 35, peso e rendimentos da carca?a, peito, coxa+sobrecoxa e as caracter?sticas de qualidade da carne. As an?lises foram realizadas utilizando modelos de regress?o aleat?ria considerando efeito fixo de sexo e o efeito aleat?rio gen?tico aditivo direto como fun??es das rela??es triptofano:lisina da dieta, admitindo-se homogeneidade de vari?ncia residual. Os resultados para desempenho, caracter?sticas de carca?a e caracter?sticas de qualidade da carne indicam que o coeficiente de regress?o do intercepto (b0), foi maior que o coeficiente de regress?o aleat?rio (b1). A herdabilidade e a vari?ncia gen?tica aditiva foram influenciadas pelas diferentes rela??es triptofano:lisina da dieta. Houve intera??o gen?tipo x ambiente para as caracter?sticas rendimento de carca?a, rendimento de peito e rendimento de coxa+sobrecoxa. As caracter?sticas de qualidade da carne CRA, b*, c* e H* (LF1) e CRA, PPC, L* e H* (LF2) apresentaram intera??o gen?tipo x ambiente. A intera??o gen?tipo x ambiente observada para as caracteristicas de rendimento e qualidade da carne indicam que a sele??o seja feita na rela??o triptofano:lisina em que as codornas ser?o criadas. / Disserta??o (Mestrado) ? Programa de P?s-Gradua??o em Zootecnia, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2016. / We animed of this experiment was to characterize the genotype x environment interaction in the production of meat quails, fed diets containing different tryptophan:lysine ratios, via reaction standards. Two lines of cutting quails, LF1 and LF2, were used to perform the experiment. The feed provided in the growing period, from birth to 21 days, contained a 0.20% tryptophan:lysine ratio and in the final growth period, from 22 to 35 days of age, quails were separated into 5 treatments containing the Ratios of 0.15; 0.20; 0.25; 0.30; 0.35% tryptophan: lysine. The birds were weighed at 28 and 35 days of age and slaughtered at 35 days of age. The evaluated characteristics were the pre-slaughter weights, weight 28, weight 35, weight and yields of the carcass, breast, thigh + sobrecoxa and the quality traitsof the meat. The analyzes were performed using random regression models considering fixed sex effect and direct additive genetic random effect as functions of the tryptophan:lysine ratios of the diet, assuming homogeneity of residual variance. The results for performance, carcass traitsand meat quality traitsindicate that the regression coefficient of the intercept (b0) was higher than the random regression coefficient (b1). Heritability and additive genetic variance were influenced by the different tryptophan:lysine ratios of the diet. There was no genotype x environment interaction for the traitsof carcass yield, yield of breast and yield of thigh + overcoat. The quality traits of the meat CRA, b *, c * and H * (LF1) and CRA, PPC, L * and H * (LF2) presented genotype x environment interaction. It is possible to conclude that for yield traitsthe selection can be made in the lowest tryptophan: diet lysine ratios. For meat quality traitsthe sensitivity of the values indicates that the selection must be made in the tryptophan:lysine ratio in which the quails will be created.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The study of adaptability and yield stability allows to identify cultivars adapted to specific conditions and wide, stable and with high grain yield, and can be realized as the different methodologies employed. Thus, the aim of this study was to investigate the association between adaptability and stability methods for grain yield in common bean cultivars and identify the most promising for cultivation in State of Rio Grande do Sul. For this, were used the Eberhart and Russell (1966), the Cruz et al. (1989), the additive main effects and multiplicative interaction analysis (AMMI), the Lin and Binns (1988) modified and the Annicchiarico (1992) methods, and, in the first three methods, the average grain yield was considered as a parameter of stability and adaptability. The competition trials of common bean cultivars were conducted in randomized block experimental design with three replications, during the growing seasons from 2000 to 2008, in ten different places of Rio Grande do Sul State, in different crop cultivation and harvesting period, totaling 24 experiments. We evaluated 12 common bean cultivars of different commercial groups (black, carioca and cranberry): Diamante Negro, Guapo Brilhante, Guateian 6662, IAPAR 44, Macanudo, Macotaço, Minuano, Tio Tibagi, TPS Nobre, Carioca, Pérola and Iraí. Significative cultivars x environments interaction were observed for grain yield. The TPS Nobre cultivar was the one closest to praised as ideal behavior, except for the AMMI analysis. While the Iraí cultivar was unstable and had low grain yield in Rio Grande do Sul State. Significative correlation was observed among Eberhart and Russell (1966), Cruz et al. (1989), AMMI, Lin and Binns (1988) modified and Annicchiarico (1992) methods, demonstrating that they are associated. Lin and Binns (1988) modified (rs = 0.95) and Annicchiarico (1992) (rs = 0.97) methodologies were highly correlated with the average grain yield and allowed the identification of stable and adapted cultivars among the most productive. Thus, in analysis of adaptability and stability for common bean crop, when the average grain yield is considered as a parameter of adaptability and stability, not recommended to use together of Eberhart and Russell (1966), Cruz et al. (1989), AMMI, Lin and Binns (1988) modified and Annicchiarico (1992) methods. Choosing the most appropriate method is at the discretion of the researcher. / O estudo da adaptabilidade e da estabilidade para produtividade de grãos permite a identificação de cultivares adaptadas às condições específicas ou amplas, estáveis e de elevada produtividade de grãos e pode ser realizado com o emprego de diferentes metodologias. Assim, o objetivo deste trabalho foi verificar a associação entre métodos de adaptabilidade e de estabilidade para a produtividade de grãos em feijão e identificar cultivares mais promissoras para o cultivo no Estado do Rio Grande do Sul. Para tanto, foram utilizados os métodos de Eberhart e Russell (1966), de Cruz et al. (1989), da análise dos efeitos principais aditivos e da interação multiplicativa (AMMI), de Lin e Binns (1988) modificado e de Annicchiarico (1992), sendo que, nas três primeiras metodologias, a média de produtividade de grãos foi considerada como um parâmetro de adaptabilidade e estabilidade. Os experimentos de competição de cultivares de feijão foram realizados no delineamento experimental de blocos ao acaso, com três repetições, durante os anos agrícolas de 2000 a 2008, em nove municípios do Estado do Rio Grande do Sul, em cultivo de safra e de safrinha, totalizando 24 experimentos. Foram avaliadas 12 cultivares de feijão de diferentes grupos comerciais (preto, carioca e manteigão): Diamante Negro, Guapo Brilhante, Guateian 6662, IAPAR 44, Macanudo, Macotaço, Minuano, Tio Tibagi, TPS Nobre, Carioca, Pérola e Iraí. Houve interação cultivares com ambientes significativa para a produtividade de grãos. A cultivar TPS Nobre foi a que mais se aproximou do comportamento preconizado como ideal, exceto pela análise AMMI. Já a cultivar Iraí foi instável e apresentou baixa produtividade de grãos no Estado do Rio Grande do Sul. Correlação significativa foi observada entres os métodos de Eberhart e Russell (1966), de Cruz et al. (1989), AMMI, de Lin e Binns (1988) modificado e de Annicchiarico (1992), demonstrando que estes estão associados. As metodologias de Lin e Binns (1988) modificado (rs = 0,95) e de Annicchiarico (1992) (rs = 0,97) foram altamente correlacionadas com as médias de produtividade de grãos e permitiram a identificação de cultivares estáveis e adaptadas entre as mais produtivas. Deste modo, em análise de adaptabilidade e de estabilidade na cultura do feijão, quando a média da produtividade de grãos é considerada como um parâmetro de adaptabilidade e de estabilidade, não se recomenda o uso conjunto dos métodos de Eberhart e Russell (1966), de Cruz et al. (1989), AMMI, de Lin e Binns (1988) modificado e de Annicchiarico (1992). A escolha do método mais adequado fica a critério do pesquisador.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 394576 bytes, checksum: 898e35068e7693fec9532c9e3ba448f0 (MD5) Previous issue date: 2008-02-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The aim of this work was to study the genotype x environment interaction for the carotenoids corn grain composition, its consequence, in addition to the adaptability and stability, using ten maize cultivars grown in five different environments, in the 2004/2005 agricultural year. The experimental design was a randomized complete block with two replications. The chemical analyses were conducted in the Grains Quality and Fodder Laboratory of the Embrapa National Research Centre for Maize and Sorghum, located in Sete Lagoas, Brazil. Total carotenois (CT), lutein, zeaxanthin, &#946;-cryptoxanthin, &#945;-carotene, &#946;-carotene, total of carotenoids with provitamin A activity (Pro VA), expressed on &#956;g g-1, grain yield (kg ha-1) and CT and Pro VA (g ha-1) were quantified and expressed in dry basis. For the adaptability and stability study it were used Eberhart and Russell (1966), Lin and Bins (1988) and Rocha et al. (2005) methodologies. The genotype x environment interaction was significant (p < 0.01) for all variables, except productivity (kg ha-1) and CT (g ha- 1) (p > 0.05) and the environmental variation coefficients were between 3.42 and 16.60%. CT, &#946;-carotene and Pro VA means (&#956;g g-1) in cultivars evaluated were lower to those quantified in lines and elite lines of maize breeding programs, as well as Brazilians Maize Germplasm Bank access. Grain yield mean, 8 ton ha-1, was higher than national average, of 4 ton ha-1. It were obtained high and significant correlations between CT (&#956;g g-1) and zeaxanthin, &#946;-cryptoxanthin, &#946;- carotene and Pro VA (&#956;g g-1), and between grain yield (kg ha-1) and CT and Pro VA (g ha-1). The linear regression model proposed by Eberhart and Russell (1966), has not provided satisfactory adjustment based on the lutein, &#946;- cryptoxanthin, &#945;-carotene and Pro VA (&#956;g g-1) on evaluated cultivars grain content. However, considering the levels of CT and zeaxanthin (&#956;g g-1), all the three different adaptability and stability methodologies used were unanimous in ranking the BRS 2020 hybrid as ideal genotype of general adaptability. / O objetivo deste trabalho foi estudar a interação genótipos x ambientes para a composição de carotenóides em grãos, sua conseqüência, além da adaptabilidade e estabilidade, em dez cultivares de milho cultivados em cinco ambientes distintos, no ano agrícola de 2004/2005. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados com duas repetições. As análises químicas foram conduzidas no Laboratório de Qualidade de Grãos e Forragens do Centro Nacional de Pesquisa de Milho e Sorgo da Embrapa, localizado em Sete Lagoas, MG. Foram quantificados os teores de carotenóides totais (CT), luteína, zeaxantina, &#946;-criptoxantina, &#945;-caroteno, &#946;-caroteno, total de carotenóides com atividade próvitamínica A (Pro VA), expressos em base seca (&#956;g g-1), produtividade de grãos (kg ha-1) e CT e Pro VA, expressos em g ha-1. Para o estudo de adaptabilidade e estabilidade utilizaram-se as metodologias propostas por Eberhart e Russell (1966), Lin e Bins (1988) e Rocha et al. (2005). A interação genótipos x ambientes foi significativa (p < 0,01) para todas as variáveis analisadas, exceto produtividade (kg ha-1) e CT (g ha-1) (p > 0,05), sendo os coeficientes de variação ambiental entre 3,42 e 16,60 %. As médias de CT, &#946;-caroteno e Pro VA nos cultivares avaliados foram inferiores àquelas reportadas para linhagens e linhagens elite de programas de melhoramento de milho, bem como em acessos do Banco de Germoplasma de Milho brasileiros. Observou-se média de produtividade de grãos de 8 ton ha-1, superior à média nacional, de 4 ton ha- 1. Foram obtidas correlações positivas elevadas e significativas entre CT (&#956;g g-1) e as variáveis zeaxantina, &#946;- criptoxantina, &#946;-caroteno (&#956;g g-1) e Pro VA (&#956;g g-1) bem como entre produtividade de grãos e as variáveis CT e Pro VA, expressas em g ha-1. Em geral, o modelo de regressão linear proposto por Eberhart e Russell (1966), não proporcionou ajuste satisfatório considerando-se o teor de luteína, &#946;-criptoxantina (&#956;g g-1), &#945;-caroteno (&#956;g g-1) e Pro VA (&#956;g g-1) para os cultivares avaliados. Porém, considerando os teores de CT e zeaxantina (&#956;g g-1), as três diferentes metodologias de estudo de adaptabilidade e estabilidade foram unânimes em classificar o híbrido duplo BRS 2020 como genótipo ideal, ou seja, de adaptabilidade geral.

Submitted by Maximiliano Kawahata Pagliarini null (max.pagliarini@gmail.com) on 2016-07-19T18:22:23Z No. of bitstreams: 1 Tese_Maximiliano_Pagliarini_PPGAgronomia_UNESP.pdf: 2759397 bytes, checksum: 252905ebd212e708c5070c9c9f59d79a (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-07-20T18:24:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 pagliarini_mk_dr_ilha.pdf: 2759397 bytes, checksum: 252905ebd212e708c5070c9c9f59d79a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-20T18:24:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 pagliarini_mk_dr_ilha.pdf: 2759397 bytes, checksum: 252905ebd212e708c5070c9c9f59d79a (MD5) Previous issue date: 2016-05-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Espécies exóticas de Pinus foram introduzidas no Brasil para promoverem o crescimento socioeconômico do país e ajudar na redução da pressão causada pelo uso de florestas nativas Com a crescente demanda por essas espécies, pesquisas em melhoramento genético tem aumentado na busca de novos germoplasma mais produtivos em menor tempo. Duas espécies foram utilizadas no presente trabalho: Pinus elliottii Engelm. var. elliottii e Pinus radiata D. Don. A primeira parte do trabalho teve a finalidade de identificar a estabilidade, a adaptabilidade, a produtividade e os parâmetros genéticos, além do ganho de seleção e diversidade genética em progênies de polinização aberta de segunda geração de P. elliottii var. elliottii considerando os caracteres fenotípicos. Foram estabelecidos dois testes, um em Ponta Grossa-PR com 24 progênies e outro em Ribeirão Branco-SP com 44 progênies visando identificar os genótipos mais produtivos para áreas de plantio comercial em ambos locais. Foi observada variação significativa (p<0,01) entre as progênies para os caracteres de crescimento e alguns caracteres de forma. Os altos coeficientes de variação genética para volume de madeira (14,31% a 16,24% - Ribeirão Branco e 31,78% a 33,77% - Ponta Grossa) e herdabilidade (0,10 a 0,15 – Ribeirão Branco e 0,36 a 0,48 – Ponta Grossa) mostraram baixa influência do ambiente na variação fenotípica, o que é importante para a predição do ganho genético mediante a seleção e confirmam potencial genético em ambos os locais, especialmente Ponta Grossa. O efeito da interação genótipo x ambiente é simples. As progênies plantadas em um local poderão também ser plantadas no outro. Dentre essas as C-197, C-189-1, C-084-2 e C-032-2 são indicadas para plantações tanto na região estudada do estado de São Paulo quanto do Paraná. Apesar de um número maior de progênies em Ribeirão Branco, constatou-se o mesmo número de agrupamentos de progênies pelo método UPGMA e de otimização de Tocher em ambos os testes. Existe diversidade genética entre as progênies de P. elliottii. Para programas de melhoramento, recomenda-se o cruzamento entre progênies de grupos divergentes para aumentar a variação genética, e consequentemente, o ganho genético nas gerações subsequentes, sem esquecer de se levar em consideração a performance do caráter de interesse. O objetivo do trabalho em P. radiata foi relacionar os resultados de características da madeira obtidas a partir de dois métodos Pilodyn e SilviScan visando validar uma metodologia eficiente para fenotipagem de um maior número de amostras. Um teste com 30 progênies de P. radiata foi estabelecido em Flynn na Austrália. As características avaliadas foram densidade da madeira, o ângulo microfibrilar e o módulo de elasticidade. A correlação genética e fenotípica entre os caracteres da madeira obtidas a partir dos dois métodos e a herdabilidade individual no sentido restrito foram estimadas. Os dados de Pilodyn apresentaram alta herdabilidade e alta correlação genética e fenotípica entre densidade de madeira e moderada com ângulo microfibrilar e módulo de elasticidade. Os resultados confirmam que o Pylodyn é um efetivo método indireto e rápido para avaliação de parâmetros genéticos para caracteres de qualidade madeira em P. radiata. / Exotic forest species have been introduced in Brazil in order to promote improvements in socioeconomic development and help to reduce the pressure caused to native forests. With growing demand for these species, research on genetic improvement has increased to find new, more productive germplasm and preferably in less time. Two species were used in the study: slash pine (Pinus elliottii Engelm. var. elliottii) and radiata pine (Pinus radiata D. Don). The first part of the study had the purpose to identify the stability, adaptability, productivity and genetic parameters, in addition to selection gain and genetic divergence in slash pine open pollinated second generation progenies considering phenotypic trait. Two tests were established, one in Ponta Grossa-PR with 24 progenies and one in Ribeirão Branco-SP with 44 progenies, both in Brazil, to identify the most productive genotypes for commercial planting areas in both sites. There was significant variation (p<0.01) among progenies for growth and form traits. The high coefficients of genetic variation for wood volume (14.31% to 16.24% - Ribeirão Branco-SP and 31.78% to 33.77% - Ponta Grossa-PR) and heritability (0.10 to 0.15 – Ribeirão Branco-SP and 0.36 to 0.48 – Ponta Grossa-PR) have shown low environmental influence on phenotypic variation, which is important for the prediction of genetic gain by selecting and confirming genetic potential in both places, especially Ponta Grossa. The effect of genotype x environment interaction is simple. Progenies planted in one site can also be planted in the other. Among these C-197, C-189-1, C-084-2 and C-032-2 progenies are suitable for plantations in both studied region of São Paulo and Paraná. Although larger number of progenies in Ribeirão Branco, it was found the same number of clusters through UPGMA and Tocher methods in both tests. There is genetic diversity among slash pine progenies. For breeding programs, it is recommended to cross progenies between different groups to increase genetic variation, and consequently the genetic gain in subsequent generations, not forgetting to take into account the performance of interest trait. The objective of the study in Radiata pine was relate wood quality traits obtained from two methods Pilodyn and SilviScan to validate an efficient phenotyping methodology for a greater number of samples. A test with 30 progenies of Radiata pine was established in Flynn Australia. The evaluated traits were wood density, microfibril ange and modulus of elasticity. Genetic and phenotypic correlation between traits of wood quality obtained from two methods and narrow-sense individual heritability were estimated. The Pilodyn data showed high heritability and high genetic and phenotypic correlation between wood density and moderate with microfibril angle and modulus of elasticity. The results confirm that the Pylodyn is an effective indirect and rapid method for evaluation of genetic parameters for wood quality traits in Radiata pine.