Effect of soil moisture potential (?), temperature (T), genotype, seeding depth (SD) and rate (SR) on seedling emergence (SE), emergence velocity (EV), root yield and grades of cut and peel carrots were studied. SE was reduced at –120 kPa and totally inhibited at -156 kPa. EV was the lowest at – 5 kPa and – 90 kPa. SE was delayed by 33 d at 5°C, reduced at 30°C and totally inhibited at 35 and 40 °C. Heat units 99.75 and 159.60°Cd were the lowest to initiate and complete SE respectively while the optimum was 300 – 350 °Cd. There was no interaction effect between ? and T on SE. Honey snax at 85 seeds/ 30 cm showed the best SE whereas, Triton recorded the highest total yield at 2.54 cm SD and Fancy yield at 85 seeds/ 30 cm implying certain crop ecological and management factors can influence SE, root yield and quality.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Sveriges lantbruksuniversitet, 2007. / Härtill 4 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Sveriges lantbruksuniversitet, 2010. / Härtill 4 uppsatser.

Orientador: Ana Silvia Alves Meira Tavares Moura / Banca: Luiz Lehmann Coutinho / Banca: Mônica Corrêa Ledur / Banca: Millor Fernandes do Rosário / Banca: José Roberto Sartori / Resumo: A partir de resultados de um estudo anterior, no qual foram mapeados QTLs para características de peso vivo, peso do coração e pulmões no GGA1, foi definida uma região no intervalo entre os marcadores ADL0234 e LEI0071, abrangendo 82,3 cM. Foram avaliadas três famílias de meios-irmãos paternos que compreendiam sete famílias de irmãos completos, num total de 652 F2 para as características: peso vivo aos 35 e 41 dias de idade, pesos do coração e pulmões e rendimentos de coração e pulmões. Os genótipos de seis marcadores microssatélites foram adicionados aos dez utilizados anteriormente. O mapa de ligação obtido da região compreendeu 110,8 cM com espaçamento médio entre os marcadores de 7,4 cM. Na análise de F2, em um único intervalo (LEI0146-LEI0174), compreendendo 28,8 cM, foram mapeados QTLs para todas as características estudadas, com exceção dos rendimentos de coração e pulmões. Neste intervalo estão localizados o gene IGF1 e o centrômero do cromossomo. A adição de seis marcadores confirmou os QTLs mapeados anteriormente, porém alguns em diferentes posições. A análise de meios-irmãos paternos indicou que os principais QTLs estavam segregando em apenas uma das famílias (7716), na qual cinco QTLs foram mapeados. Na análise de meios-irmãos maternos, duas famílias segregaram QTLs tanto na análise Individual como na Conjunta (7810 e 7971). As diferentes análises permitiram selecionar dois casais F1, que devem ser o alvo dos próximos estudos. Este estudo restringiu a busca por genes candidatos responsáveis pelas características de interesse a uma região de 28,8 cM (9,82 Mb) no GGA1. / Abstract: Based on the results from a previous study, in which QTL for body weight, heart and lungs weights and heart and lungs percentages were mapped to GGA1, a region was defined between markers ADL0234 and LEI0071, spanning 82.3 cM. Three paternal half-sib families, comprising seven full-sib families, totaling 652 F2 were evaluated for body weight at 35 and 41 days of age, heart and lungs weights and heart and lungs yields. Genotypes of six microsatellite markers were added to those of ten previously used. The linkage map of this region spanned 110.8 cM, with average spacing of 7.4 cM between markers. In a single interval (LEI0146-LEI0174), comprising 28.8 cM, QTLs for all traits, except for heart and lungs yields were mapped in the F2 analysis. In this same interval the IGF1 gene, and the chromosome centromere, are located. The use of six additional markers confirmed the same QTLs mapped previously, but some of them, in different positions. The paternal half-sib analysis indicated that the main QTLs were segregating in one of the families only (7716), in which five QTLs were mapped. In the maternal half-sib analysis, two families segregated QTLs both, in the across and within families analyses (7810 and 7971). These analyses allowed the selection of two F1 couples to be the target for future studies. This study restricted the search for candidate genes responsible for the traits of interest to a region of 28.8 cM (9.82 Mb) in GGA1. / Doutor

Made available in DSpace on 2016-12-23T13:23:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Welington Braida Marre -capa.pdf: 12115 bytes, checksum: 57bfb703610f55f86bfd85423038c9c5 (MD5) Previous issue date: 2012-05-25 / O conhecimento de aspectos fenológicos nutricionais é fundamental na melhoria da qualidade e produtividade do cafeeiro. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi determinar o crescimento sazonal e o acúmulo de nutrientes pelo cafeeiro Conilon (Coffea canephora Pierre), com estágios de maturação distintas e o crescimento de grupos de ramos ortotrópicos e plagiotrópicos com diferentes idades, relacionandoos com os fatores climáticos. O experimento foi conduzido de 14/08/2010 a 08/10/2011 em uma lavoura a campo no município de Nova Venécia-ES. O delineamento experimental empregado foi inteiramente ao acaso, com cinco repetições. Foram utilizadas plantas com três anos de idade, cultivadas sob condição de pleno sol, no espaçamento de três metros entre fileiras e um metro entre plantas. A taxa de crescimento dos ramos ortotrópicos e plagiotrópicos do C canephora é diferente entre os genótipos e sofre variação sazonal durante todo o período do ano, influenciada principalmente pelas variações de temperatura do ar. Sob temperaturas mínimas do ar, abaixo de 17,2 ºC, a taxa de crescimento dos ramos de C. canephora é bastante reduzida para maioria dos genótipos estudados. Os ramos plagiotrópicos, com o passar dos meses (especialmente aqueles com café) apresentam menor crescimento vegetativo, quando comparados a ramos mais novos. Genótipos com ciclo de maturação distintos também apresentaram particularidades em cada nutriente absorvido, variando de acordo o período, podendo sugerir que cada genótipo demanda uma quantidade variável de nutriente no mesmo período. Genótipos com ciclo de maturação dos frutos mais prolongados demandam mais nutrientes, com melhor distribuição no ciclo. Sugere-se que o período, em que a maioria dos genótipos de café Conilon demanda mais nutrientes para o crescimento, é entre meado de setembro e a segunda semana de maio. Sugere-se também que as adubações devem ser realizadas em datas diferenciadas para cada tipo de maturação, de acordo com a necessidade do nutriente na formação do fruto / The nutrients phenological aspects knowledge is primordial for a better quality and productivity of the coffee. So, the goal of this project was to determinate the seasonable growth and nutrients accumulation by Conilon coffee (Coffea canephora Pierre), along with different periods of maturation and with the orthotropic and plagiotropic branch growth in distinct ages, as well as relate them to climate factors. The experiment was lead between 08/14/2010 and 10/08/2011 in a agriculture rural field, situated on Nova Venécia, Espírito Santo. The principal set lead used in the experiment was completely random, repeated five times. Plants of three years old were utilized, cultivated under full sunshine conditions, with therr meters between lines and one meter between each plant. The growth rate of orthotropic and plagiotropic branches of C canephora are different between distinct kinds of genotypes and they suffer of a seasonable climate variation during the whole year, influenced especially by air temperature variation. Plagiontropic branches along some months and especially with the fruit (coffee) presented lower vegetative growth, compared to newer branches. Distinct genotypes maturation cycle also presented singularities in each absorbed nutrient, varying according to a certain period of time, suggesting, maybe, that each genotype demand a variable quantity of nutrient at the same period. Longer fruit maturation cycles genotypes demand more nutrients and better redistribute them along the cycle. It is suggested that most of Conilon coffee genotypes demand more growth nutrients between mid-September to the second week of May. It is also suggested that fertilizations must be performed in different periods during the year for each kind of maturation cycle, according to nutrient demand for generating the fruit

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The soybean crop is among the crops that are most affected by the presence of nematodes, it is observed large losses in productivity each year. In view of this problem, this study aimed characterize and identify populations of nematodes present in soybean crops in the North, Northwest and South of the Rio Grande do Sul, with greater emphasis on Meloidogyne and Helicotylenchus genres, and evaluate the reaction of soybean cultivars to M. javanica, M. arenaria and M. morocciensis. The populations of Meloidogyne spp. obtained were characterized chemically by esterase (Est), and populations Helicotylenchus spp. were identified by morphometry. Subsequently, evaluated in a greenhouse the reaction of six soybean cultivars to three populations of M. javanica, M. arenaria and M. morocciensis. They identified six nematode genera associated with culture, Meloidogyne, Helicotylenchus, Tylenchus, Aphelenchus, Paratylenchus and Pratylenchus, it is identified 19 populations of Meloidogyne, comprising three species, M. javanica Est J3 (59%), M. arenaria Est A2 (12,5%) and M. morocciensis Est A3 (6,2%), and nineteen populations Helicotylenchus, comprising species H. dihystera (78%), H. multicinctus (11%) and H. pseudorobustus (11%). In assessing the reaction of soybean cultivars, BMX Ponta, BMX Potência RR, FPS Urano RR, BMX Turbo RR, TEC 6029 IPRO and Fundacep 58 RR, the populations of Meloidogyne it was found that the vegetative parameters plant height, number of branches, number of vegetables, chlorophyll content and fresh weight and shoot dry were not affected by the nematode presence. Among the cultivars tested most it was susceptible to nematode galls, regardless of the population of origin, as presented reproduction factor greater than 1 and galls index greater than 2. The cultivars BMX Ponta, BMX Potência RR, FPS Urano RR, TEC 6029 IPRO and Fundacep 58 RR were susceptible to all populations tested. The cultivar BMX Turbo RR showed resistance reaction ace populations of M. arenaria and M. morocciensis being, but susceptible populations of M. javanica. / A cultura da soja está entre as culturas que mais são afetadas pela presença de fitonematoides, sendo observadas grandes perdas em produtividade a cada ano. Tendo em vista este problema, o presente trabalho teve por objetivo caracterizar e identificar as populações de nematoides presentes nas lavouras de soja das regiões Norte, Noroeste e Sul do Rio Grande do Sul, com maior ênfase nos gêneros Meloidogyne e Helicotylenchus, e, avaliar a reação de cultivares de soja a M. javanica, M. arenaria e M. morocciensis. As populações de Meloidogyne spp. obtidas foram caracterizadas bioquimicamente através da isoenzima esterase (Est), e, as populações de Helicotylenchus spp. foram identificadas através de morfometria. Posteriormente, avaliou-se em casa de vegetação a reação de seis cultivares de soja a três populações de M. javanica, uma de M. arenaria e uma de M. morocciensis. Foram identificados seis gêneros de fitonematoides associados à cultura, Meloidogyne, Helicotylenchus, Tylenchus, Aphelenchus, Paratylenchus e Pratylenchus, sendo identificadas 19 populações de Meloidogyne, compreendendo três espécies, M. javanica Est J3 (59%), M. arenaria Est A2 (12,5%) e M. morocciensis Est A3 (6,2%), e dezenove populações de Helicotylenchus, compreendendo as espécies H. dihystera (78%), H. multicinctus (11%) e H. pseudorobustus (11%). Na avaliação da reação das cultivares de soja, BMX Ponta, BMX Potência RR, FPS Urano RR, BMX Turbo RR, TEC 6029 IPRO e Fundacep 58 RR, às populações de Meloidogyne, verificou-se que os parâmetros vegetativos altura de planta, numero de ramificações, numero de legumes, teor de clorofila e massa fresca e seca da parte aérea não foram alterados pela presença do nematoide. Dentre os cultivares testados a maioria foi suscetível ao nematoide de galhas, independente da origem da população, pois apresentaram fator de reprodução maior que 1 e índice de galhas maior que 2. As cultivares BMX Ponta, BMX Potência RR, FPS Urano RR, TEC 6029 IPRO e Fundacep 58 RR foram suscetíveis a todas as populações testadas. A cultivar BMX Turbo RR demonstrou reação de resistência ás populações de M. arenaria e M. morocciensis, sendo, porém suscetível ás populações de M. javanica.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Sheep milk is produced in Brazil mainly in the South and Southeast regions and, because it has a higher content of solids than cow milk, it is usually processed into dairy products, especially cheese and yogurt. In this sense, the reduced number of studies in the area, associated to the lack of scientific information related to dairy products from ovine culture, stimulated the creation of the present study that aims to evaluate the physicochemical composition and to determine and analyze the content of mineral elements and the profile of fatty acids of sheep milk, related to the period of lactation. Two treatments were used: treatment 1 with milk of ½ Laucane blood sheep and treatment 2 with milk of Ile de France x Texel crossbred sheep, which were milked from the 1st to the 10th week of lactation. The progress in the lactation period of ½ blood and crossbred sheep showed an increase in fat content, with 7.37 and 6.47% in the first week passing to 7.54 and 7.62% in the last week, respectively. The values of protein were 4.75% for ½ Laucane blood sheep and 4.97% for Ile de France x Texel crossbred sheep in the beginning of the lactation reaching the tenth week with values of 4.67 and 4.61%, respectively. There is a higher concentration of saturated fatty acids for the Ile de France x Texel crossbred sheep with values oscillating between 67.09 and 74.65%. Regarding the concentrations of mono and polyunsaturated fatty acids, a superiority for ½ Laucane blood sheep was observed, with values of monounsaturated fatty acids ranging from 22.50 to 28.50% and polyunsaturated from 4.52 to 5.20%. The mineral elements Ca, S, P, Mg, K and Na present in ovine milk did not show a pattern of variation during the evaluated lactation period for both genetic groups. The Ca content was higher for the milk of ½ Laucane blood sheep, demonstrating a variation between 131.63 and 218.49 mg/100 mL. The amount of P obtained in ovine milk was lower than that of Ca, where ½ Laucane blood sheep showed higher values, presenting the same behavior that the element Ca. The Na and K content was higher in the milk of ½ Laucane blood sheep, not differing significantly in the fourth and fifth weeks for the two genetic groups evaluated, in the same way that K did not differ in the third week of lactation either. Similar to the other minerals, S and Mg content was lower for Ile de France x Texel crossbred sheep. / O leite de ovelha é produzido no Brasil principalmente nas regiões Sul e Sudeste e, por apresentar maior teor de sólidos do que o leite de vaca, geralmente é processado em derivados lácteos, especialmente queijos e iogurtes. Neste sentido, o reduzido número de trabalhos realizados na área, associado à carência de informações científicas relacionadas aos produtos lácteos oriundos da ovinocultura estimularam a realização do presente trabalho com o objetivo de avaliar a composição físico-química e, determinar e analisar o teor dos elementos minerais e o perfil de ácidos graxos do leite de ovelhas, em relação ao período de lactação. Foram utilizados dois tratamentos, leite de ovelhas ½ sangue Lacaune e o leite de ovelhas cruza Ile de France x Texel, sendo estas ordenhadas da 1ª a 10ª semana de lactação. Com avanço no período de lactação, ovelhas ½ sangue e cruza apresentaram aumento no teor de gordura, com 7,37 e 6,47 % na primeira semana passando a 7,54 e 7,62 % na última semana, respectivamente. Os valores encontrados de proteína foram de 4,75 % para as ovelhas ½ sangue Lacaune e 4,97 % para as cruzas Ile de France x Texel no início da lactação chegando a décima semana com valores de 4,67 e 4,61 %, respectivamente. Há maior concentração de ácidos graxos saturados para as ovelhas cruza Ile de France x Texel com valores oscilando entre 67,09 e 74,65 %. Com relação às concentrações de ácidos graxos mono e poliinsaturados observa-se superioridade para ovelhas ½ sangue Lacaune, com valores de ácidos graxos monoinsaturados variando entre 22,50 a 28,59 % e poliinsaturados de 4,57 a 5,20%. Os elementos minerais Ca, S, P, Mg, K e Na presentes no leite ovino, não apresentaram um padrão de variação durante o período de lactação avaliado para ambos grupos genéticos. O teor de cálcio foi superior para o leite das ovelhas ½ sangue Lacaune, demonstrando uma variação entre 131,63 a 218,49 mg/100mL. A quantidade de P obtida no leite ovino foi menor que a de Ca, onde ovelhas ½ sangue Lacaune apresentaram valores superiores, apresentando o mesmo comportamento que o elemento Ca. O teor de Na e K apresentou-se mais elevado no leite das ovelhas ½ sangue Lacaune, não diferindo significativamente na quarta e quinta semana para os dois grupos genéticos avaliados, da mesma forma que o potássio também não diferiu na terceira semana de lactação. De forma semelhante aos demais minerais, os teores de S e Mg foram menores para as ovelhas cruza Ile de France x Texel.

Genome-wide associations studies (GWASs) have identified hundreds of loci that are strongly associated with coronary artery disease and its risk factors. However, the causal variants and genes remain unknown for the vast majority of the identified loci. Zebrafish model systems coupled with clustered regularly interspaced short palindromic repeats-C–associated 9 (CRISPR Cas-9) mutagenesis have enabled the possibility to systematically characterize candidate genes in GWAS-identified loci. In this thesis, canonical correlation analysis (CCA) was used to identify putative causal genes in multiplexed genetic screens for atherogenic traits in zebrafish larvae in an efficient manner. The two datasets used in this thesis contained genes and phenotypes obtained through sequencing and high-throughput imaging of fish larvae. Dataset 1 contained (7 genes, 11 phenotypes, n = 384) and dataset 2 (4 genes, 11 phenotypes, n = 384). CCA’s multiple genes vs. multiple phenotype analysis in dataset 1 identified the genes met, pepd, timd4 and vegfa to have an association with the total cholesterol, triglycerides, glucose, corrected lipid disposition, as well as co- localization of (macrophage and lipid deposition,) (neutrophils and lipid deposition) and (macrophage and neutrophils). In dataset 2, CCA found previously reported correlation of genes apobb1 and apoea with total cholesterol, low-density lipoprotein and triglycerides as well as co localization of neutrophils and lipids. In comparison with hierarchical linear model, CCA represents a powerful and promising tool to identify causal genes for cardiovascular diseases in data from zebrafish model systems.

Um total de 8.961 amostras fecais coletadas de pacientes com diarréia aguda, no período de 1996 a 2006, no Estado de São Paulo foi testado para rotavírus por EIE. Destas, 20,0% foram positivas e posteriormente realizadas a caracterização dos rotavírus em genótipos G e P por nested RT-PCR. O genótipo G1 de rotavírus foi o mais freqüente, detectado em 35,2% das amostras, seguidos dos tipos G9, G2, G3, G4, infecção mista e G12. A associação mais freqüente foi a P[8]G1 e P[8]G9. Foi realizada a sequencia nucleotídica do gene 9 (VP7) de 38 rotavirus genótipo G1. Duas cepas foram analisadas dos anos de 1997, 1998, 2001 e 2002, três cepas dos anos 1996, 1999 e 2003, quatro cepas em 2000, sete cepas em 2004 e 2005, e cinco em 2006. Os 38 rotavírus G1 foram classificados em duas linhagens distintas, linhagem G1-I e linhagem G1-II. A linhagem G1-I foi detectada durante seis anos, 1996-1997, 2001-2002 e 2004-2006, e a linhagem G1-II foi detectada durante os anos de 1998-2001, e 2003-2005. Análises preliminares mostraram que Rotarix ® foi eficiente contra estas linhagens G1. / Rotavirus (RV) infections are recognized as a major cause of severe gastroenteritis in children worldwide. In March 2006, a monovalente P[8]G1, human RV vaccine (Rotarix® GlaxoSmithKline Biologicals) was introduced in Brazil into the routine childhood immunization schedule. Therefore, the study of genetic diversity among rotavirus strains before and after the introduction of this vaccine may be important for the development of vaccination strategies. A total of 8,961 fecal samples collected from patients with acute diarrhea, during the 11-year period surveillance in São Paulo State (1996 to 2006) were tested for rotavirus by ELISA. One thousand seven hundred eighty- four (1,784, 20.0%) were positive, and the characterization of the G and P genotypes was performed on 1,300 rotavirus samples by nested RT-PCR. The G1 type was the most prevalent rotavirus strain (35.2%). The second most prevalente was the G9 type (31.2%), followed by G2 (4.0%), G3 (3.5%), G4 (2.2%), mix infection (1.8%) and G12 (0.5%). The more frequent association was P[8]G1 and P[8]G9. We performed a sequence analysis of 38 P[8]G1 rotavirus strains, selected from a total of 341 P[8]G1.Two strains from 1997, 1998, 2001, and 2002 were analyzed; three strains from 1996, 1999, and 2003; four strains from 2000; seven strains from 2004, and 2005; and five strains from 2006. All 38 rotavirus G1 sequence in this study were found to be classified into two distinct lineages, lineage I with 44.7% (17/38) and lineage II with 55.3% (21/38). The G1I lineages were detected during six rotavirus seasons 1996-1997, 2001- 2002, and 2004-2006 whereas and lineage G1- II was detected during 1998-2001, and 2003-2005. Preliminary analyses 4 demonstrated that Rotarix® has been efficacious against these G1 lineages.