Estudos genético quantitativos e moleculares são fundamentais para o melhoramento animal e sua realização com a raça Nelore é de grande importância devido a ampla participação dessa no rebanho de corte nacional. A estimação constante dos parâmetros genéticos das características de produção é necessário para a adequada condução do processo de seleção dos animais. A melhoria de características relacionadas à carcaça bovina é essencial para a eficiência e sustentabilidade da atividade e a implementação de métodos de seleção animal baseados em informações moleculares pode revolucionar a produção zootécnica e deve ser profundamente estudado. Sendo assim, os objetivos do presente estudo foram estimar parâmetros genéticos e componentes de variância através de diferentes modelos matemáticos para um total de 14 características fenotípicas (o peso ao nascimento, peso a desmama, peso ao sobreano, ganho de peso entre a desmama e o sobreano ajustado para um intervalo de 345 dias, perímetro escrotal ao sobreano, altura de garupa ao sobreano, escores visuais avaliados ao sobreano de conformação, precocidade, musculosidade, comprimento de umbigo e ossatura, e ainda características de carcaça mensuradas por ultrassonografia realizada após 30 a 45 dias de confinamento como a área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, espessura de gordura na picanha). Foram estimadas correlações entre todas estas características com as de carcaça mensuradas por ultrassonografia. Sob o enfoque molecular, desenvolveu-se um programa para imputação de genótipos faltantes e estudaram-se diferentes métodos de associação de marcadores moleculares do tipo mutação de base nitrogenada única (SNP) a características de produção incluídas no índice de seleção de um programa de melhoramento da raça Nelore, utilizando inferência bayesiana. Todas as características estudadas podem ser selecionadas esperando-se progresso genético na população. Os efeitos maternos foram importantes em algumas características onde normalmente estes efeitos não têm sido considerados atualmente. A quantidade de escores atribuídos a uma característica categórica assim como o número de observações fenotípicas resultam em diferenças nas estimativas quando avaliadas por modelos lineares ou de limiar. Não deverão ser obtidos resultados satisfatórios na melhoria das características de carcaça se a seleção for baseada nas tradicionais avaliações visuais utilizadas no momento. Os métodos utilizados na análise de associação dos marcadores podem originar diferentes resultados. Os marcadores que apresentaram efeitos altamente relevantes (P<0,01) geralmente apresentaram resultados semelhantes, independentemente do método utilizado. Certos marcadores podem ter efeitos positivos para algumas características componentes do índice de seleção e negativos para as demais. A análise em conjunto com todos os SNP\'s e todos os dados fenotípicos disponíveis é viável e parece ser a mais adequada. O método desenvolvido de imputação de genótipos faltantes a partir do parentesco de animais genotipados foi eficiente. / Quantitative and molecular genetic studies are very important for animal breeding and studies with Nellore cattle have great importance due to the large participation of that breed in the Brazilian beef cattle industry (around 80% of the herd). The constant estimation of genetic parameters for traits linked to production is necessary for properly perform selection of animals. The improvement of carcass traits is essential for efficiency and profitability of the activity. The implementation of methods for animal selection based on molecular information could revolutionize animal production and should be deeply studied. Thus, the objectives of this study were to estimate genetic parameters and variance components using different mathematical models for a total of 14 traits, such as birth weight, weaning weight, yearling weight, post-weaning weight gain between weaning and yearling adjusted for 345 days, yearling scrotal circumference, yearling hip height, yearling visual scores like conformation, finishing, muscularity, bone structure and navel length. Ultrasound measurements for carcass traits performed at feedlot (30 to 45 days, at approximate age of 20 months) such as rib-eye area, fat thickness, rump fat thickness were, also, evaluated. Estimate correlations between all these traits with the carcass traits measured by ultrasound were estimated. As concerned to molecular study, an algorithm for imputation of missing genotypes was developed and different methods to analyze molecular marker (single nucleotide polymorphism - SNP) association with traits components of the selection index of a breeding program that is applied to the population studied, using bayesian inference, were used. Genetic progress will be expected for selection of all the traits studied. Maternal effects were important in some traits in which those effects are not usually considered. The amount of scores assigned to a categorical trait and the number of observations could result in different estimates when evaluated by linear or threshold models. The selection for visual scores traditionally used in that population will not improve carcass traits. The methods used to analyze the association of markers may lead to different results. The SNP\'s with association effects of high relevance (P<0.01) generally express their effects regardless of the method used to analyze. Some markers may have positive effects for some traits of selection index, but negative for others. The joint analysis with all SNPs and with all available phenotypes is feasible and appears to be more appropriate. The algorithm developed for imputation of missing genotypes from pedigree information of genotyped animals was efficient.

Os principais caracteres a serem considerados em programas de melhoramento de milho visando tolerância a estresses abióticos são: prolificidade (PRO), intervalo de florescimento (IF), número de ramificações do pendão (NRP) e stay green (SG). Diversos autores sugeriram que esses caracteres podem estar relacionados à estabilidade da produção de grãos. Ademais, apesar da importância da responsividade e estabilidade da produção de grãos para a seleção de cultivares, há poucos relatos sobre a herança desses parâmetros, com resultados controversos. Os objetivos desse estudo foram investigar a relação entre a estabilidade e os caracteres relacionados à tolerância a estresses abióticos e a herança dos parâmetros responsividade e estabilidade da produção de grãos de milho. Foram avaliados dois Grupos de híbridos simples de milho: Grupo I (GI) consituído por 100 híbridos e o Grupo II (GII) por 48 híbridos, os quais foram avaliados respectivamente em 12 e 28 ambientes. Esses híbridos foram avaliados seguindo delineamento látice 10 x 10 e 7 x 7, compreendendo os 100 e 49 híbridos simples, respectivamente, com duas repetições por ambiente. Para completar o delineamento látice no GII, um híbrido simples comercial foi adicionado aos demais híbridos. Utilizando técnicas uni e multivariadas, as correlações entre os caracteres envolvendo tolerância a estresses abióticos, isto é, PRO, IF, NRP e SG, e os parâmetros de estabilidade apresentaram baixas magnitudes e, de forma geral, não diferiram de zero. Esses resultados indicaram que a estabilidade da produção de grãos e os caracteres relacionados à estresses abióticos são provavelmente independentes. Os resultados das análises dialélicas da responsividade e estabilidade mostraram que a contribuição da capacidade específica de combinação foi superior à capacidade geral de combinação para ambos os parâmetros nos dois Grupos de híbridos. Desta forma, os efeitos gênicos não aditivos (dominância e epistasia) foram mais importantes que os efeitos aditivos para a responsividade e estabilidade da produção de grãos. Apesar de os híbridos selecionados apresentarem os caracteres relacionados à tolerância a estresses abióticos de forma desejada e, assim, possivelmente reduzirem as flutuações da produção de grãos devido principalmente às instabilidades de precipitação, esses não possuem relação direta com os parâmetros de estabilidade. De qualquer forma, é importante que esses caracteres estejam inseridos nos programas de melhoramento de milho visando obter cultivares tolerantes a esses tipos de estresses. Também, a maior importância dos efeitos não aditivos em relação aos efeitos aditivos no controle da responsividade e estabilidade possui uma série de implicações para os programas de melhoramento de milho, uma vez que a seleção deverá ser realizada em cruzamentos de linhagens e não nas performances das linhagens per se. / The main traits considered in maize breeding programs aiming tolerance to abiotic stresses are: prolificacy (PRO), anthesis-silking interval (ASI), number of tassel branches (TB) and stay green (SG). Several authors have suggested that these traits would be related to maize grain yield stability. In addition, despite the importance of grain yield responsiveness and stability for the cultivars selection, there are few reports about the inheritance of these parameters, and they usually have controversial results. The objectives of this study were to investigate the relationship between stability and traits related to tolerance to abiotic stresses and the inheritance of maize grain yield responsiveness and stability parameters. Two groups of maize single-crosses were evaluated: Group I (GI) consisted of 100 single-crosses and Group II (GII) of 48 single-crosses, respectively evaluated in 12 and 28 environments. These hybrids were evaluated following a 10 x 10 and a 7 x 7 lattice designs comprising the 100 and 49 single-crosses, respectively, with two replications per environment. To complete the lattice design in GII a commercial single-cross was added to entries. Using univariate and multivariate techniques, the correlations between the traits involving abiotic stress tolerance, i.e., PRO, ASI, TB and SG, and stability parameters presented low magnitudes and, in general, did not differ from zero. These results indicated that grain yield stability and traits related to abiotic stresses tolerance are likely independent. The diallel analyses results of responsiveness and stability showed that the contribution of the specific combining ability was higher than the general combining ability for both parameters in the two Groups of single-crosses. Therefore, the non-additive genetic effects (dominance and epistasis) were more important than the additive effects for the grain yield responsiveness and stability. Although the selected single-crosses have the traits related to abiotic stresses tolerance in a desired way and possibly reduce grain yield fluctuations due mainly to precipitation instabilities, they are not directly related to the stability parameters. However, it is important that these traits be included in maize breeding programs in order to develop cultivars that are tolerant to these types of stresses. Additionally, the greater importance of non-additive effects than additive effects on responsiveness and stability control have several implications for maize breeding programs, since selection should be assessed in crosses of inbred lines and not in lines per se performance.

O HHV-8 (herpesvírus 8 humano) é o agente etiológico do sarcoma de Kaposi (SK). Diferentemente dos outros herpesvírus, o HHV-8 é distribuído de modo não ubíquo ao redor do mundo. São sete os principais genótipos de HHV-8, de acordo com o padrão de variabilidade da ORF K1: A, B, C, D, E, F e Z. Estudos da variabilidade genética do HHV-8 poderão trazer melhores interpretações sobre o potencial patogênico dos genótipos de HHV-8 e das variações genotípicas funcionais. Dados sobre a variabilidade genética do HHV-8 no Brasil, em que o SK é associado ao HIV, permanecem escassos. Pelo nosso conhecimento, esse é o primeiro estudo que compara a variabilidade genética de HHV-8 em indivíduos infectados por HIV com SK e sem SK no Brasil. Objetivo. O estudo visou analisar a variabilidade genética do HHV-8 entre indivíduos infectados por HIV com SK e sem histórico de SK. Métodos. Sequências de DNA de HHV-8 foram investigadas em amostras criopreservadas de células mononucleares do sangue periférico a partir de 37 indivíduos infectados por HIV com SK (grupo 1); e de amostras de saliva de indivíduos sem SK (grupo 2), as quais foram selecionadas por meio da detecção positiva de DNA/ORF73/HHV-8 a partir de um total de 751 indivíduos. Dados demográficos e clínicos do estadio e evolução do SK, assim como parâmetros laboratoriais foram caracterizados. As análises moleculares e reconstruções filogenéticas foram baseadas nas ORFs K1 e K12 do HHV-8. Resultados. Foram obtidas sequências de DNA dos loci K1 e/ou K12 de 75 indivíduos, 34 indivíduos do grupo 1 e 41 do grupo 2. O sistema de primers empregado foi capaz de detectar os genótipos A, B, C, F e amplo perfil de subgenótipos de K1/HHV-8. Os dados não mostraram associação de genótipos de HHV-8 com a presença de SK ou estadio de SK. Todavia, o subgenótipo B1 predominou naqueles em que não houve registro de piora de SK (p=0,04). Os subgenótipos B1 e C3 foram igualmente predominantes em ambos os grupos. As frequências do genótipos A foram de 24% e 12,2% e dos genótipos B e C foram de 34,1 e 35,3%, nos grupos 1 e 2, respectivamente. O genótipo F foi descrito pela primeira no Brasil, um caso de cada grupo. Um amplo perfil de subgenótipos de C no grupo 2 sem SK foi encontrado (C1, C2, C3, C5 e C7). Subgenótipos K1 C5 e C7, exclusivos do grupo 2 (7%), foram confirmados como recombinantes. Não houve variabilidade genotípica de HHV-8 em amostras biológicas diferentes do mesmo indivíduo em oito casos estudados. Sítios polimórficos (6/59) em regiões codificadoras de miRNA do locus K12 foram observados, sendo 70% presentes exclusivamente em sequências de HHV-8 do grupo com SK e protótipos de SK. Conclusão. Embora não houvesse associação entre genótipos de HHV-8 e presença ou estadio de SK, o subgenótipo B1 foi significativamente relacionado ao melhor prognóstico de SK. Alguns recombinantes foram observados no locus K1 de HHV-8 em indivíduos do grupo 2 sem SK. A presença de SNPs em regiões codificadoras de miR12-12 e miR12-10 predominou em sequências de HHV-8 de indivíduos com SK, grupo 1, e protótipos de SK epidêmico, endêmico e clássico. A escoha de primers foi importante para garantir a amplificação de todos os genótipos e amplo perfil de subgenotipos de HHV-8. / HHV-8 (Human Herpes Virus 8) is the etiological agent of Kaposi\'s sarcoma (KS). Unlike other herpesviruses, the distribution of HHV-8 is not so ubiquitous around the world. There are seven major HHV-8 genotypes, according to the variability pattern of the ORF K1: A, B, C, D, E, F and Z. Studies on the genetic variability of HHV-8 may help to better understand the pathogenic potential of HHV-8 genotypes and their functional genotypic variations. Data on the genetic variability of HHV-8 in Brazil, where KS is associated with HIV infected people, remain scarce. To our knowledge, this is the first study comparing the genetic variability of HHV-8 among HIV-infected individuals with KS and without KS in Brazil. Objective. The study aimed to analyze the genetic variability of HHV-8 among HIV-infected individuals with and without KS. Casuistry and Methods. HHV-8 DNA sequences were obtained from samples of cryopreserved peripheral blood mononuclear cells from 37 individuals infected with HIV-KS (group 1); and saliva from individuals without KS (group 2) who were selected by means of detection of positive DNA/ORF73/HHV-8 from a total of 751 individuals. Demographic and clinical data (stage and progression of KS), as well as laboratory parameters were characterized. Molecular analysis and phylogenetic reconstructions were based on sequences of the ORFs K1 and/or K12 of HHV-8. Results. K1 and/or K12 DNA sequences of HHV-8 were obtained from 75 subjects, 34 from group 1 and 41 from group 2. The primer system used was able to detect the genotypes A, B, C, F and a wide profile of HHV- 8 K1 subgenotypes. Data showed no association of genotypes with the occurrence of KS or with visceral KS either. However, subgenotype B1 predominated in individuals who did not report any progression of KS (p=0.04). Subgenotypes B1 and C3 were equally prevalent in both groups. Genotype A frequencies were 24 % and 12.2% and genotypes B and C were 34.1 and 35.3 % in groups 1 and 2, respectively. We also described here for the first time the genotype F of HHV-8 in Brazil. A wide profile of subgenotypes C (C1, C2, C3, C5 and C7) in the group without KS was found. HHV-8 K1 DNA sequences of group 2 (7%) belonging to subgenotypes C5 and C7 were confirmed as recombinants. Our findings did not show virus variability in the same patient in samples collected at different times or from different biological material in the eight cases studied here. There was no statistical difference regarding the presence/absence of a given SNP from locus K12 between groups with and without KS. However, there were a total of 6/59 polymorphic sites in coding regions of miRNA, 70% of which present only in the HHV-8 DNA sequence of group with KS and KS prototypes. Conclusion. Although there was no association between HHV-8 genotypes and the presence of KS and KS clinical stage, subgenotype B1 was significantly related to the absence of progression of KS. Some recombinants in K1/HHV-8 locus were observed in the group without KS. The presence of SNPs in coding regions of miR12-12 and miR12- 10 predominated in sequences of HHV- 8 of SK cases (group 1) and of epidemic, endemic and classic KS prototypes. The choice of primers was essential to ensure amplification of all HHV- 8 genotypes and wide profile de subgenotypes.

No presente modelo em NetLogo, implementou-se um código onde patches genotipicamente homogêneos, reproduzem-se no mapa composto de 64 x 64 células. Buscam parceiros entre si, seguindo algumas orientações. O par reprodutivo deve estar dentro de uma determinada distância genética (G) e espacial (S). Estes parâmetros definem qual a máxima divergência genotípica permitida para a reprodução (G) e qual a distância espacial máxima entre dois possíveis parceiros reprodutivos (S). Além destes, o sliderM determina a probabilidade de ocorrer mutação nos genótipos resultantes das reproduções e A a amplitude, i.e., a quantidade de mudança sofrida pelo genótipo do agente. A princípio, geneticamente homogêneos, todos os indivíduos podem potencialmente formar pares. Contudo, com ocorrência de trocas genéticas e mutações, na formação da prole, aumenta-se a diversidade genética e há isolamento reprodutivo entre indivíduos. Obteu-se especiação dos agentes, ocorrência de corredor de fluxo gênico e mapa robusto de combinação de parâmetros. / In the present model in NetLogo, we implemented a code where genotypically homogeneous patches, reproduce in a map consisting of 64 x 64 cells. Seek partners among themselves by following some guidelines. The breeding pair must be within a certain genetic (G) and spatial (S) distance. These parameters define the maximum genotypic divergence which allowed for reproduction (G) and that maximum spatial distance between two potential reproductive partners (S). In addition, the slider M determines the probability of mutation in resulting genotypes and A the amplitude, i.e., the amount of change experienced by the genotype of the agent. Primarily, genetically homogeneous, all individuals can potentially form pairs. However, with the occurrence of genetic changes and mutations in the offspring formation, the genetic diversity increases and there is reproductive isolation between individuals. There were agents speciation, occurrence of genic flow pathway and robust map of matching parameters.

O melhoramento genético vegetal visa a obtenção de novos genótipos que representem algum tipo de ganho comparado aos genótipos em uso pelos agricultores. Para verificar se este objetivo está sendo alcançado, é necessário avaliar o desempenho do programa de melhoramento. Visando quantificar o progresso genético do programa da Embrapa para melhoramento de algodoeiro (Gossypium hirsutum L.) para as condições do estado de Mato Grosso, foram avaliados os dados de 12 anos de pesquisa para os caracteres produtividade de caroço (Kg/ha) e rendimento de fibra (%). Foram utilizadas três metodologias, sendo uma baseada em contrastes entre genótipos comuns em anos consecutivos (metodologia de Vencovsky et al., 1986) (VE), e duas baseadas em regressão linear de médias ajustadas (metodologias de Breseguello, 1998 e de Fonseca Júnior, 1997, respectivamente BR e FJ). Apenas as metodologias de regressão apresentaram estimativas significativas para o progresso genético. Para produtividade (Kg/ha), o progresso genético médio anual obtido pelas metodologias BR e FJ foram respectivamente 3,93% e 3,63%. Já para o caráter rendimento de fibra (%), o progresso genético médio anual para as mesmas metodologias foi respectivamente 0,96% e 1,03%. Os genótipos que apresentaram maior contribuição ao progresso genético para produtividade e rendimento de fibra foram respectivamente a linhagem FMTB 99-03 e a cultivar BRS Cedro. A taxa de substituição de genótipos calculada foi de 55,92%. Com base nos dados obtidos nesta pesquisa, pode-se concluir que após 12 anos de pesquisa no estado de Mato Grosso, o melhoramento genético da Embrapa algodão produziu resultados positivos e significativos, refletido nas estimativas de ganho genético médio. / The main objective of a breeding program is the development of new cultivars, with presents some genetic gain when compared with obsoletes cultivars, allowing farmers to increase their net income. In order to evaluate the performance of genotypes developed by EMBRAPA Cotton Breeding Program carried out in Mato Grosso State, the genetic gain was estimated for yield and lint percent based on 12 years of data set. Three methods were considered for estimation of genetic gain, one based on contrasts among common genotypes (Vencovsky et al., 1986) (VE); and two based on regression of adjusted mean {Breseguello et al., 1998 (BR) and Fonseca Júnior, 1997 (FJ)}. Estimates of genetic gain were positive and significant for the two methods based on regression. The average genetic gain estimated to yield by BR and FJ methods were respectively 3.93% and 3.63%. For lint percent, the average genetic gain estimated by the same methods were 0.96% and 1.03%, respectively. The Genotypes FMTB 99-03 and BRS CEDRO provided the maximum contribution to yield and lint percent, respectively. From the results above and after 12 years of research, it was concluded that Embrapa cotton breeding program in Mato Grosso State achieved positive and significant results which were reflected in a high average of genetic gain estimates.

Introdução e objetivos: A infecção crônica pelo VHC é considerada um grave problema de saúde pública mundial. O perfil epidemiológico vem mudando desde 1992 com a obrigatoriedade da pesquisa sorológica em doadores de sangue. Atualmente o uso de drogas ilícitas injetáveis é o fator de risco mais importante. Em muitos casos o mecanismo de contaminação não é identificado sendo definido como forma esporádica. O presente trabalho avaliou aspectos demográficos e epidemiológicos de pacientes com infecção crônica pelo VHC, em acompanhamento no ambulatório de Hepatologia do Serviço de Gastroenterologia da Divisão de Clínica Médica II do Hospital das Clínicas da FMUSP. Pacientes e métodos: Foram entrevistados 700 de um total de 1.112 pacientes adultos, no período de outubro de 2001 a novembro de 2003 (49% homens, 51% mulheres). Após a assinatura do termo de consentimento esclarecido, todos os pacientes foram submetidos à entrevista com questionário elaborado para este estudo, abrangendo aspectos demográficos, fatores de risco e uso de bebida alcoólica. O diagnóstico da infecção pelo VHC foi realizado através de teste sorológico Elisa de terceira geração e pesquisa do RNA viral através da reação em cadeia da polimerase. A determinação do genótipo do VHC foi realizada em 540 amostras de soro através do sequenciamento da região 5\' UTR. A biópsia hepática foi analisada em 470 pacientes e estadiada segundo critérios das Sociedades Brasileiras de Patologia e Hepatologia. Resultados: Não houve diferença significante entre a média de idade de homens e mulheres (49 ± 12,2 anos e 51 ± 12,5, respectivamente). 60% cursaram até o ensino fundamental, 19,7% o ensino médio e 12,4% o superior. 1% dos pacientes tem ocupações ligadas ao setor primário da economia, 8% ao setor secundário e 52% ao setor terciário. 62% foram classificados como brancos e 67% como católicos. 60% referiram relacionamento estável monogâmico. Em 68,5% dos casos o diagnóstico foi estabelecido através de exames de rotina e em 19,4% durante doação de sangue. O principal fator de risco para infecção foi a realização de hemotransfusão antes de 1993 (46,4%). 10% dos pacientes referiram uso de drogas injetáveis e 3%, apresentavam ambos os fatores. Em 42% dos casos o mecanismo de infecção foi considerado como forma esporádica. O genótipo 1 foi responsável por 70% das infecções seguidas pelo genótipo 3 (25%). Grau leve de fibrose classificado como 0 ou 1 foi encontrado em 48,7% dos pacientes, estádio 2 em 18,5%, estádio 3 em 12,3% e estádio 4 (cirrose) em 20,4% dos casos. A análise multivariada mostrou que os fatores de risco para desenvolvimento de cirrose foram: uso de álcool(> 60g/dia, odds ratio 2.01), raça branca (odds ratio 2,2) e idade acima de 55,8 anos (odds ratio 2,2). Conclusões: A infecção crônica pelo VHC foi caracterizada por alta freqüência de formas esporádicas e predominância dos genótipos 1 e 3. Na maioria dos casos o diagnóstico da infecção foi realizado através de exames de rotina. Consumo de álcool acima de 60 g/dia, raça branca e idade acima de 55,8 anos foram fatores de risco para a progressão para a cirrose / Background and aims: Hepatitis C virus infection is considered a world-wide serious public health problem. Since 1992, the epidemiological profile of the infection has changed with the systematic serological testing in blood donors. Nowadays the use of illicit intravenous drugs remains one of the most important risk factor. Nevertheless, in a variable percentage of cases, the mechanisms of contamination can not be identified and those cases are referred as sporadic forms. The current work was aimed at evaluating the demographic and epidemiological profile of HCV infection in outpatients attending the Hepatology branch of the Division of Gastroenterology of University of São Paulo School of Medicine teaching hospital. Patients and methods: From October 2001 and November 2003, 700 out of 1.112 adult patients were enrolled in this study (49% men, 51% women). After the written informed consent was obtained, all patients were interviewed, using standardized questionnaire for collecting data about demographic data, risk factors and alcohol use. Routine serological testing for HCV was performed using third-generation ELISA assays and circulating HCV-RNA was detected by polymerase chain reaction. HCV genotyping was performed in 540 subjects by sequencing of the 5\' UTR region. Liver biopsy slides from 470 patients were available for the assessment of the degree of fibrosis, which was performed according to the criteria of the Brazilian Societies of Pathology and Hepatology Results: There was no significant difference between the mean age of men and women (49 ± 12.2 years and 51 ± 12.5, respectively). 60% had completed no more than basic education, 19.7% had finished high school and 12.4% had graduated from university. 1% worked in activities of the primary sector of economy, 8% in the secondary and 52% in the tertiary one. 62% were caucasian descendants. 67% were catholic. 70% were born in the Southeastern region of Brazil and 97% lived in the State of São Paulo. 60% declared to have a monogamic relationship in the last 6 months. In 68.5% the diagnosis of HCV infection was established by routine check-up tests and in 19.4% during blood donation. The major risk factor for HCV infection was blood transfusion before 1993 (46.4%). 10% of the patients were intravenous drug users, and 3% had both risk factors. In 42% of the cases, the mechanism of infection was considered sporadic. Genotype 1 was found in 70% of the cases, followed by genotype 3 (25%) and genotype 2 (2.7%). Liver fibrosis stage 0 or 1 was found in 48.7%, stage 2 in 18.5%, stage 3 in 12.3% and stage 4 (liver cirrhosis) in 20.4% of cases. Linear regression multivariate analysis showed that risk factors for developing liver cirrhosis were: alcohol abuse (> 60g/day, odds ratio 2.01), caucasian origin (OR 2.2) and age > 55.8 year old (OR 2.2). Conclusions: HCV infection profile in this cohort was characterized by a high frequency of sporadic forms and predominance of genotypes 1 and 3. The infection was diagnosed in most of the cases by routine check-up tests. Heavy alcohol use, caucasian origin and older age were risk factors for progression to cirrhosis

Os métodos sorológicos para determinar o fenótipo Vel- requerem o uso de antissoros humanos raros e não permitem o rastreamento de muitas amostras ao mesmo tempo, limitando sua aplicação como ferramenta para busca de doadores raros. Neste estudo, desenvolvemos uma estratégia de triagem molecular de baixo custo, usando PCR em tempo real e reciclagem do DNA extraído de pools de plasma da rotina viral NAT (Teste de Ácido Nucleico) para identificar doadores Vel- e Vel+W. Um total de 25.322 doadores de sangue do Sudeste Brasileiro foram genotipados por PCR em tempo real para detectar a deleção de 17nt (c.64_80del17) no gene SMIM1, que determina o fenótipo Vel-, utilizando DNA extraído de pools de plasma de seis doadores rotineiramente descartados após a liberação dos resultados NAT para HBV, HCV e HIV. Cento e oitenta e oito (188) de 4.220 pools foram reativos para deleção. A deleção SMIM1*64_80del17 estava presente em 210 doadores sendo em 208 (0,4%) em heterozigose e em apenas dois (0,008%), em homozigose. A estratégia de genotipagem de pools de DNA, usando o ensaio de PCR em tempo real, desenhado para a identificação da deleção de 17 nucleotídeos no gene SMIM1, mostrou-se eficaz e acurada na identificação de doadores com fenótipo Vel- e Vel+W. A reciclagem do DNA da rotina NAT a torna uma técnica economicamente atrativa e definitivamente superior às técnicas sorológicas para o rastreamento deste fenótipo raro. / Serologic methods to determine the Vel- phenotype require the use of rare human antisera and do not allow for many samples to be tested simultaneously, which limits their application as a tool to search for rare donors. This study developed a low-cost molecular screening strategy using the real-time polymerase chain reaction (PCR) with DNA extracted from plasma pools used for viral nucleic acid test (NAT) screening, to identify Vel- and Vel+W donors. A total of 25,322 blood donors from the Brazilian southeast region were genotyped through real-time PCR targeting the 17-nucleotide (c.64_80del17) deletion in the SMIM1 gene, which determines the Vel- phenotype, by using leftover nucleic acid from plasma pools of six donors, routinely discarded after the release of viral NAT results. One hundred and eighty eight from 4,220 pools tested were reactive. The SMIM1*64_80del17 deletion was present in 210 donors, 208 (0.4%) in heterozygosity and only 2 in homozygosis (0.008%). The DNA pool genotyping strategy using real-time PCR designed to detect the deletion in the SMIM1 gene proved effective and accurate in identifying donors with the Vel- and Vel+W phenotypes. The fact that residual nucleic acid from routine viral NAT screening was successfully employed renders this technique economically attractive and definitely superior to the serologic techniques available to search for this rare phenotype

Para avaliar a circulação e freqüência dos genótipos de eritrovírus na região amazônica, foi analisado um total de 487 amostras de soros/plasmas colhidas de pacientes apresentando sintomas e sinais clínicos sugestivos de infecção pelos eritrovírus. O ensaio imunoenzimático foi utilizado para detecção de anticorpos específicos para B19, das classes IgM/IgG, e a reação em cadeia da polimerase/semi-nested PCR para detecção do DNA. Das 487 amostras examinadas, 117 (24%) mostraram a presença do DNA dos eritrovírus, sendo todas as 117 foram posteriormente seqüenciadas e genotipadas. A maioria dos isolamentos foi classificada como genótipo 1 (91% das amostras) e 3b (9% ). Também observamos três diferentes grupos dentro do genótipo 1 (A1, A2, B). Conseqüentemente, estas linhagens de B19 introduzidas em Belém apresentaram uma elevada taxa de mudanças dos aminoácidos, decorrência da pressão seletiva, gerando reinfecções consecutivas em uma pequena rede de transmissão, metaforicamente comparada a uma \"panela de pressão evolutiva\". / To assess the circulation and relative frequency of erythrovirus genotypes in clinical samples from patients living in the Amazon region we screened a total of 487 samples from patients suffering from different clinical manifestations suggestive of erythrovirus infections. Enzyme-linked immunosorbent assay was used to detect B19-specific IgM/IgG antibodies and polymerase chain reaction/ semi-nested PCR for viral DNA detection. Of the 487 samples 117 (24%) were positive for the erythrovirus DNA and all 117 isolates were sequenced and genotyped analyzing a fragment of 476 bp of VP1 and VP2 gene sequences of the erythrovirus. The majority of isolates was classified as genotype 1 (91% of the samples) and 3b (9% of the samples). We also reported three different clusters (A1, A2, B) within genotype 1. Our analysis revealed a strikingly different pattern of evolutionary change for those viral lineages introduced in Belém, which exhibited a higher rate of nonsynonymous substitutions compared to those viruses sampled from other locations.

Introdução: A infecção crônica pelo vírus da hepatite C (HCV) é considerada uma doença sistêmica com numerosas manifestações extra-hepáticas. Comprometimento do sistema nervoso periférico e alterações neuropsiquiátricas são relatadas em algumas séries, com certa heterogeneidade entre elas. Embora alterações cognitivas tenham sido descritas, alguns estudos não comprovaram esta associação. Poucos estudos sobre o tema foram realizados no Brasil. Objetivo: estudar alterações do sistema nervoso periférico e alterações neuropsiquiátricas nos pacientes com infecção pelo HCV e verificar se têm relação com genótipo viral, grau de fibrose hepática e presença de autoanticorpos. Método: 76 pacientes adultos (40 mulheres) com 18 anos ou mais de idade portadores de infecção crônica por HCV, virgens de tratamento, sem sinais de encefalopatia hepática franca, não portadores do vírus da Hepatite B (HBV), vírus da imunodeficiência adquirida (HIV) ou sífilis foram avaliados no período de agosto de 2009 a fevereiro de 2016 e comparados com grupo controle composto por 76 indivíduos não portadores de HCV, HBV, HIV ou sífilis (43 mulheres) com distribuição semelhante quanto ao gênero, faixas etárias e graus de escolaridade. Pacientes e controles foram submetidos a avaliação clínica, avaliação cognitiva breve [Miniexame do Estado Mental (MEEM), teste do desenho do relógio (TDR), teste de fluência verbal (FV) semântica, teste dos dígitos em ordem direta e indireta (WAIS-III)] e avaliação do humor, ansiedade e desesperança (Inventário de Beck). Os pacientes com hepatite C foram submetidos a extensa bateria de exames laboratoriais, determinação do genótipo, dosagem de insulina, gamaglobulinas, crioglobulinas (CGs), fator reumatoide (FR), frações do complemento e pesquisa de autoanticorpos. Resultados de biópsias hepáticas realizadas em menos de 18 meses da avaliação inicial no estudo foram considerados para análise. Além de exames para inclusão no estudo, os controles foram submetidos a avaliação laboratorial. O programa SPSS 20 (Statistical Package for the Social Sciences) foi utilizado para análise estatística. Resultados: Neuropatias periféricas (NP) foram encontradas em 29 pacientes (38,1%) e 14 controles (18,3%) [p=0,007]. Dos pacientes portadores de HCV com NP, 12 (41,4%) apresentavam mononeuropatias (MN) ou mononeuropatias múltiplas (MNM), 7 (24,1%) polineuropatias (PNP) sensitivas ou sensitivomotoras, 5 (17,2%) PNP com MN ou MNM sobrepostas, 4 (13,8%) radiculopatias e 1 (3,4%) neuropatia motora pura (1/29). Dos 14 portadores de NP no grupo controle, 8 (57,1%) apresentavam neuropatia uni ou bilateral do nervo mediano, 4 (28,6%) radiculopatias e 3 (21,4%) PNP. Parestesias/dores neuropáticas nos membros sem sinais objetivos de NP foram relatadas por 26,3% dos pacientes e por 7,9% dos controles (p < 0,0001). Não houve diferença significativa na prevalência de diabetes melito (DM) entre pacientes e controles (6,6% vs 9,2%). Dezessete pacientes (22,4%) tinham intolerância à glicose. CGs foram detectadas no soro de 9,2% (6/65) dos pacientes e foram positivas no soro de 13,8% dos pacientes portadores de HCV com NP. Teor aumentado de gamaglobulinas séricas foi encontrado em 46,2% (30/64) dos pacientes, positividade do FR em 26,7% (16/60), níveis baixos de C4 em 19,3% (16/60), anticorpos (AC) antimúsculo liso em 26,2% (18/65), AC antitireoperoxidade em 22,9% (8/35) e AC anticardiolipinas IgM em 20,7% (12/58). Houve diferença estatística significativa entre pacientes com hepatite C com e sem NP em relação à presença de AC anti-SSA/RO e antitirosina fosfatase (p=0,028 e p=0,038, respectivamente). Nos pacientes com hepatite C, NP se correlacionou com idade (p < 0,05), grau de fibrose à biópsia hepática (p < 0,05) e alteração do metabolismo da glicose (p < 0,05) e no grupo controle com o diagnóstico de DM (p < 0,01). Não foram verificadas diferenças estatísticas significativas entre pacientes e controles em relação aos escores totais no MEEM, FV semântica, TDR e testes dos dígitos em ordem direta e indireta. A memória de evocação mostrou diferença significativa entre os grupos (p=0,009). Mais pacientes que controles tinham escores <= 23 no MEEM (p=0,025). Resultados semelhantes foram obtidos na comparação entre sujeitos com escolaridade > 4 anos. Não foi verificada diferença estatística entre pacientes e controles em relação ao grau de depressão, ansiedade e desesperança. Os genótipos do HCV não se correlacionaram com nenhuma variável estudada. Conclusão: 38,1% dos pacientes e 18,3% dos controles apresentavam NP. MN ou MNM representaram 41,3%, as PNP 24,1% e as PNP com MN ou MNM sobrepostas 17,2%. Nos pacientes com hepatite C as NP mostraram correlação com AC anti-SSA/RO e antitirosina fosfatase. Foi verificada diferença significativa entre os grupos na memória de evocação e no número de sujeitos que obtiveram escores <= 23 no MEEM, mas não quanto aos sintomas de depressão, ansiedade e desesperança / Background: Chronic hepatitis C virus (HCV) infection is increasingly considered a systemic disease with numerous extrahepatic manifestations. Peripheral neuropathies (PN) and neuropsychiatric disorders are reported in some series of patients, with a certain heterogeneity between them. Although cognitive dysfunction has been described, some studies failed to prove this association. Few studies on the subject were conducted in Brazil. Objectives: identify disorders in peripheral nerve function and neuropsychiatric dysfunction in treatment-naïve patients with chronic HCV infection without overt hepatic encephalopathy and verify whether there is a relationship with viral genotype, liver fibrosis grade and presence of autoantibodies. Methods: a cohort of 76 adult patients with chronic HCV infection aged 18 years and older (40 women), treatment naïve, not coinfected with hepatitis B virus (HBV), acquired immunodeficiency virus (HIV) or syphilis was evaluated from August 2009 to February 2016 and compared with a control group of 76 individuals (43 women) with a negative screening for HCV, HBV, HIV or syphilis, with similar gender, age and educational level distribution. Patients and controls were clinically evaluated and submitted to a brief cognitive screening (Minimental State Examination (MMSE), clock drawing test (CDT), semantic verbal fluency test (VF) and digit span test (WAIS-III) in direct and inverse order and assessment of mood, anxiety and hopelessness through the Beck Inventory. Hepatitis C patients underwent extensive battery of laboratory tests, genotype determination, insulin dosage, and gammaglobulins, cryoglobulins (CGs), rheumatoid factor (RF), complement fractions, and autoantibody screening. Anatomopathological studies of the liver performed within less than 18 months of the initial study interview were considered for analysis. The Statistical Package for the Social Sciences was used to carry out appropriate tests. Results: PN was found in 29 patients with HCV infection (38.1%) and 14 controls (18.3%) [p = 0.007]. Of the HCV patients with PN, 12 (41.4%) presented MN or MNM, 7 (24.1%) sensory or sensoriomotor PNP, 5 (17.2%) PNP with MN or MNM overlap, 4 (13.8%) radiculopathies and 1 (3.4%) pure motor neuropathy. Of the 14 control subjects with PN, 8 (57,1%) had uni or bilateral medial nerve neuropathy, 4 (28.6%) radiculopathy and 3 (21.4%) PNP. Paresthesias / neuropathic limb pain without objective signs of PN were reported by 26.3% of patients and 7.9% of controls (p < 0.0001). There was no significant difference in the prevalence of diabetes mellitus (DM) between patients and controls (6,6% vs 9,2%). Glucose intolerance was found in 17 (22.4%) HCV patients. Serum CGs were detected in 9.2% (6/65) of the HCV patients and were positive in 13.8% of HCV patients with PN. High serum gamma globulins levels were found in 46.2% (30/64) of the patients, FR in 26.7% (16/60), low C4 levels in 19.3% (16/60), smooth muscle antibodies in 26.2% (18/65), anti-thyroperoxidase antibodies in 22.9% (8/35) and IgM anticardiolipin antibodies in 20.7% (12/58). Anti-SSA / RO and anti-tyrosine phosphatase antibodies were significantly different between HCV patients with and without PN (p = 0.028 and p = 0.038, respectively). PN in HCV patients was correlated with age (p < 0.05), grade of liver fibrosis (p < 0.05) and altered glucose metabolism (p < 0.05) and in the control group with DM (p < 0.01). No statistically significant differences between patients and controls were found in the total scores of MMSE, semantic VF, TDR and digit tests in direct and indirect order. Recall memory showed a significant difference between the groups (p = 0.009). More patients than controls had scores <= 23 in the MMSE (p = 0.025). Similar results were obtained in the comparison between subjects with > 4 years of schooling. No statistical difference was found between patients and controls regarding the degree of depression, anxiety and hopelessness. HCV genotypes did not correlate with any of the studied variables. Conclusion: 38.1% of the patients and 18.3% of the controls had NP. In HCV patients with PN, MN or MMN represented 41.3%, PNP 24.1% and PNP with MN or MMN superimposed 17.2%. Anti-SSA/RO and antityrosine phosphatase antibodies showed a significant difference between HCV patients with and without PN. There was a significant difference between the groups in recall memory and in the number of subjects who obtained scores <= 23 in the MMSE, but not in the symptoms of depression, anxiety and hopelessness

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:38:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MICHELLE CHRISTINE CARLOS RODRIGUES.pdf: 555304 bytes, checksum: 013acceaa7a318df34a1985d5405b098 (MD5) Previous issue date: 2011-09-16 / HIV-infected women are more likely to be infected with high-risk HPV genotypes that have the potential for progressing to cervical cancer. To Know the prevalence of type-specific human papillomavirus (HPV) infections in HIV-infected women is necessary in order to plan effective screening and preventive strategies in such population. Here, we compare the prevalence of infections with multiple HPV types and cytological abnormalities in two groups of women, HIV-positive and HIVnegative, in the city of Goiânia-GO, Brazil. Cervical smears obtained from 57 HIVpositive and 57 HIV-negative women were collected in a preservative medium and submitted to DNA extraction. HPV-DNA detection and genotyping were performed by using the Linear Array HPV Genotyping Test according to the manual provided by the manufacturer. Both groups were similar in regard to social aspects, demographics and behavioral characteristics. HPV DNA was significantly more prevalent in HIV-positive women, compared to HIV-negative women (56.7% vs. 28.3%, p = 0.003). Coinfections with HPV multiple genotypes was also more prevalent in the HIV-positive group (88.2% vs. 58.8%, p = 0.028). HPV16 was the most prevalent in both groups. Cytological abnormalities were observed in 5.3% of HIV-negative women and in 29.8% HIV-positive women. The presence of HPV was significantly associated with cytological abnormalities only in HIV-negative women. Our results demonstrated a greater prevalence of HPV infection in the HIV-positive group of women, with a greater prevalence of infection with multiple genotypes. We here emphasize the need of frequent monitoring of HIV-infected women, in order to allow early detection and efficient treatment for cervical intraepithelial neoplasia (CIN) in this high-risk group. / Mulheres infectadas pelo HIV são mais susceptíveis à infecção por HPVs de alto risco oncogênico, que apresentam um potencial para a progressão para o câncer cervical. Conhecer a prevalência dos tipos específicos do papilomavirus humano nas mulheres HIV infectadas é necessário para planejar um rastreamento eficaz e estabelecer estratégias preventivas em tal população. Aqui, pudemos comparar a prevalência de infecções por múltiplos genótipos de HPV e de alterações citológicas em dois grupos de mulheres, HIV-positivas e HIV-negativas, da cidade de Goiânia- GO, Brasil. Esfregaços cervicais obtidos de 57 mulheres HIV-positivas e 57 mulheres HIV-negativas foram colhidos em meio conservante e enviadas para extração de DNA. A detecção de DNA e genotipagem do HPV foram realizadas usando o Kit Linear Array HPV Genotyping Test, de acordo com o manual fornecido pelo fabricante. Ambos os grupos foram semelhantes no que diz respeito à demografia, aos aspectos sociais e comportamentais. A detecção do DNA de HPV foi significativamente mais prevalente em mulheres HIV positivas, em comparação com as mulheres HIV-negativas (56,7% vs. 28,3%, p = 0,003). Coinfecção por vários genótipos de HPV também foi mais prevalente no grupo de HIV-positivas (88,2% vs. 58,8%, p = 0,028). O HPV16 foi o genótipo mais prevalente em ambos. Anormalidades citológicas foram observadas em 5,3% das mulheres HIV-negativas e 29,8% das mulheres HIV-positivas. A presença de HPV foi significativamente associada com anormalidades citológicas somente nas mulheres HIV-negativas Nossos resultados demonstraram uma maior prevalência de infecção por HPV no grupo de mulheres HIV-positivas, com um elevado número de casos de infecção por vários genótipos. Enfatizamos aqui a necessidade de monitoramento frequente de mulheres infectadas pelo HIV, de modo a permitir o diagnóstico precoce e tratamento eficaz para neoplasia intra-epitelial cervical (NIC) neste grupo de alto risco.