<p>To investigate mechanisms involved in virus-host interactions, global changes in host gene expression were examined during infection with adenovirus type 2 (Ad2) using cDNA microarray technology. </p><p>In paper I and II, transcriptional changes in HeLa cells were investigated during the early and late phase of infection, respectively. A limited number of genes, mainly implicated in cell growth and antiviral defence, were found to be differentially expressed in the early phase, whereas modulation of host cell gene expression during the late phase was augmented and mainly focused on growth inhibition and cell architecture. </p><p>The experimental set-up was then redesigned to follow transcriptional regulatory events in growth synchronised, human primary lung fibroblasts. The immediate response of the host cell within two hours of infection was investigated in paper III, revealing a transient induction of a small number of cellular alert genes. This was followed by an expanded time course presented in paper IV, which included gene expression profiling at eight consecutive time points throughout the infectious cycle. The results indicated that specific sets of cellular genes were targeted at different stages of the infection, and four distinct periods were identified. </p><p>In summary, the studies presented in this thesis demonstrate that adenovirus interferes with many cellular processes during the progression of infection to optimize the cellular environment for viral replication. These include cell cycle control, cell growth and growth inhibition, as well as DNA, RNA and protein metabolism. However, a transient induction of cellular genes involved in immune response and growth inhibition was observed before the onset of viral gene expression. During the very late stages of infection, the expression of a large number of genes involved in maintaining the cell structure was down-regulated, presumably to facilitate the spread of progeny virus.</p>

To investigate mechanisms involved in virus-host interactions, global changes in host gene expression were examined during infection with adenovirus type 2 (Ad2) using cDNA microarray technology. In paper I and II, transcriptional changes in HeLa cells were investigated during the early and late phase of infection, respectively. A limited number of genes, mainly implicated in cell growth and antiviral defence, were found to be differentially expressed in the early phase, whereas modulation of host cell gene expression during the late phase was augmented and mainly focused on growth inhibition and cell architecture. The experimental set-up was then redesigned to follow transcriptional regulatory events in growth synchronised, human primary lung fibroblasts. The immediate response of the host cell within two hours of infection was investigated in paper III, revealing a transient induction of a small number of cellular alert genes. This was followed by an expanded time course presented in paper IV, which included gene expression profiling at eight consecutive time points throughout the infectious cycle. The results indicated that specific sets of cellular genes were targeted at different stages of the infection, and four distinct periods were identified. In summary, the studies presented in this thesis demonstrate that adenovirus interferes with many cellular processes during the progression of infection to optimize the cellular environment for viral replication. These include cell cycle control, cell growth and growth inhibition, as well as DNA, RNA and protein metabolism. However, a transient induction of cellular genes involved in immune response and growth inhibition was observed before the onset of viral gene expression. During the very late stages of infection, the expression of a large number of genes involved in maintaining the cell structure was down-regulated, presumably to facilitate the spread of progeny virus.

The criteria for the gymnasial course in Biotechnics (BI1209) are analysed and a detailed plan of the course is suggested. Course litterature is evaluated. / I arbetet görs en konkretisering av kursplanen för Bioteknik (BI1209). Alternativ till kurslitteratur analyseras utifrån denna konkretisering.

Sammanfattning1993 gjordes en studie i hur elever uppfattade olika genetiska och gentekniska begrepp. 2004 följdes denna studie upp. Båda undersökningarna är gjorda på samma skola och 186 elever deltog.Kunskapsmässigt var det inte någon större skillnad mellan de båda undersöknings tillfällena, vilket också visas i TIMMS- utredningen. Men man kan se att eleverna har förändrat sitt sätt att svara mellan de båda undersökningarna. 1993 fanns vardagsnära förklaringar till ord som DNA (Danska National Armen) och mutationer (muta). I de olika frågeställningarna fanns mer av miljörelaterade svar 1993, vid den här tidpunkten var den massmediala bevakningen av miljöproblemen mer grundligt.2004 associeras DNA till en mänsklig identifieringskod vars främsta användningsområde var att användas att spåra upp brottslingar. Ord som kloning (ett ord som inte nämndes 1993) ges nu vardagsnära förklaringar som delning, kopiering. Kunskapen om DNA ökar med åldern och i årskurs nio vet 2/3-delar av eleverna vad DNA är.Mutationer är ett annat genspecifikt ord som eleverna har svårt att tolka korrekt naturvetenskapligt. Cirka 40 % av eleverna i årskurs nio vet vad mutationer är för något. Ca 16% av årskurs nio eleverna hade förstått innebörden av vad kloning går ut på. Hälften av alla eleverna oavsett årskurs tror att delning och kloning är synonymer, detta har sin grund i att uttrycken ofta används som just synonyma uttryck i icke naturvetenskapliga sammanhang. Flickorna har en större kunskap om att generna finns lokaliserade. Redan i årskurs sju visste en tredje del av flickorna i årskurs sju att arvsanlagen fanns i alla cellerna. Medan en tredjedel av pojkarna i årskurs nio hade den felaktiga uppfattningen att arvsanlagen endast fanns i könet. Att generna är orsaken till att vi liknar våra föräldrar till utseendet visste 3/4 av årskurs sju till nio eleverna. Ingen elev hade grepp om att arvsanlagen/generna ständigt är aktiva med t ex protein syntesen under vår livstid. Däremot trodde eleverna att man ibland hade användning för arvsanlagen vid vuxen ålder exempelvis vid reproduktionen, styra åldrandet, ärftliga sjukdomar. Eleverna hade inte förståelsen att mutationer är en av de grundläggande förutsättningarna för att en ny art skall bildas.Eleverna ansåg själva att de i årskurs nio fått sin kunskap i genetik och genteknik från skola TV och föräldrar.

Utformning och innehåll i kursen bioteknik BI1209 i NV3 undersöks genom en enkät besvarad av 26 gymnasier. Arbetsformer, läromedel, laborationer, utvärdering kartläggs.

<p>Small populations are facing a particular risk of extinction due to a lack of appropriate genetic diversity and associated negative effects, factors dealt with in the discipline of conservation genetics. Many orchid species exhibit characteristics that make them a perfect study object in the scope of conservation genetics. The aim with this thesis was to investigate genetic structure at different levels in two orchid species <i>Gymnadenia conopsea</i>, geographically widespread, although diminishing and <i>G. odoratissima</i> with a long history of being rare. Microsatellite markers, developed in and used in studies of <i>G. conopsea</i> were also used in the study of <i>G. odoratissima</i>.</p><p>Populations of <i>G. conopsea</i> expressed high levels of genetic variation and a certain amount of gene flow, although investigated mating pattern in a small population indicated non-random mating among individuals, with the majority of pollen exchange between near neighbours, and noticeable levels of geitonogamous pollinations. Further a pronounced year to year variation in flowering frequency among individuals was found. </p><p>It was also discovered that flowering time variants (early and late) within the species <i>G. conopsea</i> were highly differentiated and seem to have had a more ancient historical separation than the separation between the two different species, <i>G. conopsea</i> and <i>G. odoratissima. </i></p><p>Levels of genetic variation in the rare congener, <i>G. odoratissima</i> differed between island and mainland populations where the more numerous island populations expressed larger levels of genetic variation and were less differentiated compared to the few remaining and genetically depauperated mainland populations.</p><p>Uppsala University Library, Box 510, 75120, Uppsala, Sweden </p>

Small populations are facing a particular risk of extinction due to a lack of appropriate genetic diversity and associated negative effects, factors dealt with in the discipline of conservation genetics. Many orchid species exhibit characteristics that make them a perfect study object in the scope of conservation genetics. The aim with this thesis was to investigate genetic structure at different levels in two orchid species Gymnadenia conopsea, geographically widespread, although diminishing and G. odoratissima with a long history of being rare. Microsatellite markers, developed in and used in studies of G. conopsea were also used in the study of G. odoratissima. Populations of G. conopsea expressed high levels of genetic variation and a certain amount of gene flow, although investigated mating pattern in a small population indicated non-random mating among individuals, with the majority of pollen exchange between near neighbours, and noticeable levels of geitonogamous pollinations. Further a pronounced year to year variation in flowering frequency among individuals was found. It was also discovered that flowering time variants (early and late) within the species G. conopsea were highly differentiated and seem to have had a more ancient historical separation than the separation between the two different species, G. conopsea and G. odoratissima. Levels of genetic variation in the rare congener, G. odoratissima differed between island and mainland populations where the more numerous island populations expressed larger levels of genetic variation and were less differentiated compared to the few remaining and genetically depauperated mainland populations. Uppsala University Library, Box 510, 75120, Uppsala, Sweden

<p>Sedan andra världskriget har en rad tekniker utvecklats som drastiskt förändrat såväl människors omvärld och livsvillkor som det offentliga samtalet. Gentekniken utgör ett belysande exempel, inte minst genom tillämpningen inom livsmedelsproduktionen. Utvecklingen av den genförändrade maten har dock inte gått obemärkt förbi utan har kommit att bli ett kontroversiellt ämne, kanske ett av de mest framskjutande i den offentliga diskussionen på senare tid. I mitten av det offentliga samtalet kring ett ämne som på samma gång som det är tekniskt komplicerat och forskningsberoende berör oss alla i vår vardag befinner sig medierna. Då deras roll är så central är det av intresse att analysera och kritiskt granska just medias framställning av frågan och se denna som ett utsnitt av en större diskurs på området. </p><p>Det övergripande syftet med studien har därför varit att analysera och kritiskt granska hur frågan om den genförändrade maten framställs och kommuniceras i Sveriges största morgontidning Dagens Nyheter (DN) i vår närtid, närmare bestämt från och med januari 2000 till och med april 2004. Intentionen har varit att på så vis synliggöra och problematisera den diskurs på området som DN medverkar till att producera och reproducera. Med utgångspunkt i diskursanalys som teori och metod har 57 artiklar publicerade i DN analyserats. </p><p>Genom analysen har det framkommit att frågan om den genförändrade maten i många avseenden kan ses som ett uttryck för det risksamhälle vi i dag lever i. Detta karaktäriseras bl a av att vi nu till skillnad från tidigare står inför risker, eller snarare faror, som är resultatet av mänskliga beslut och därmed kan ses som självförvållade. Produktionen av varor och värden går hand i hand med produktionen av risker. Eftersom vi uppenbarligen kan välja om vi vill producera denna nytta och dessa risker är det kanske inte så konstigt att det uppstår meningsskiljaktigheter kring hur vi skall handla. Detta är också vad som sker inom det studerade utsnittet av diskursen för genförändrad mat. Den bild som framträder i Dagens Nyheter är nämligen polariserad. Dessutom är förhållandet mellan olika aktörer och synsätt ojämlikt. Det är i huvudsak två perspektiv på genförändrad mat som diskursen formuleras kring och som ställs mot varandra: förhoppningar och hotbilder. Förhoppningarna, mestadels representerade av forskarna, ledarskribenterna och företagens språkrör, får i Dagens Nyheters framställning större plats än hotbilderna vilka i sin tur representeras av allmänheten, miljöorganisationerna och konsumentföreningarna. Medan de förra ofta får personifiera vetenskapen och förnuftet får de senare stå för de etiska ställningstagandena vilka stundtals mer eller mindre likställs med desinformation. Etik ställs med andra ord mot vetenskap och allmänhet mot forskare vilket aktualiserar för samhället grundläggande frågor om demokrati och teknokrati. Analysen har också visat att missuppfattningar lätt uppstår mellan aktörer på de olika sidorna om konfliktlinjen då dessa stundtals grundar sin argumentation på skilda värden utan att själva inse detta. Medan de som intar en mer restriktiv inställning till den genförändrade maten grundar sin pessimism på såväl osäkerhet och risk som på etiska värden tycks aktörerna som ser positivt på gentekniken endast uppfatta att motståndet beror på de eventuella riskerna gentekniken kan föra med sig och missar därmed helt den del av de negativt inställda aktörerna som grundar argumenten på etik. Missförstånd som detta bådar för att beslut kommer att bygga på felaktiga förutsättningar och att det därför också kan bli svårt att komma fram till en gemensam handlingsväg när det gäller frågan om den genförändrade maten. Det finns dock vissa starka gemensamma värden som står stadigt trots att det annars råder turbulens inom diskursens ramar. Det handlar om människans rätt till valfrihet, att det som är naturligt är gott samt vikten av tillit och genomskinlighet i en tillvaro som genom sin komplexitet blir alltmer oöverskådlig. </p>

Det gåratt patentera gener och delsekvenser av gener i Sverige. Reglerna som rör patentering av gener finns i EG:s bioteknikdirektiv, i den svenska patentlagen och i patentkungörelsen. Ett patent på en gen innebär att patenthavaren får en ensamrätt till att kommersiellt använda genen, eller delsekvensen av genen, den produkt den kodar för, eller förfarandet för att få fram och tillverka produkten. Det finns begränsningar för vilka gener, delsekvenser av gener och genetiska förfarande som får patenteras. Uppsatsen behandlar vidare frågan om skillnader mellan klassiska patent och patent på gener, och delsekvenser av gener. Liksom för klassiska patent gäller att endast uppfinningar kan patenteras. Denna måste sedan uppfylla de sedvanliga tre patentkraven; nyhetskravet, kravet på uppfinningshöjd och kravet på industriell tillämpbarhet. Kravet på industriell tillämpbarhet i samband med genteknik är viktigt och har särskilt betonats i direktivet. Andra frågor som är specifika för biotekniska patent hör samman med deras möjlighet att reproducera sig själva. Det är t.ex. osäkert hur mycket en reproducerad produkt får avvika från den patenterade uppfinningen innan patentskyddet upphör. Förmågan att reproducera sig själva gör att vissa av de patenterade uppfinningarna kan förflytta sig, själva eller med naturens hjälp. Det finns dock inga regler om hur patentintrång skall bedömas när den patenterade uppfinningen har förflyttat sig själv.

Over the last few years, genome-wide association studies (GWAS) have been used to identify numerous obesity associated SNPs in the human genome. By using linkage studies, candidate obesity genes have been identified. When SNPs in the first intron of FTO were found to be associated to BMI, it became the first gene to be linked to common obesity. In order to look for causative explanations behind the associated SNPs, a re-sequencing of FTO had been performed on the SOLiD sequencing platform. In-house candidate gene, SLCX, was also sequenced in order to evaluate a potential obesity association. The purpose of this project was to analyse the sequences and also to evaluate the quality of the SOLiD sequencing. A part of the project consisted in performing PCRs and selecting genomic regions for future sequencing projects. I developed and implemented a sequence analysis strategy to identify obesity associated SNPs. I found 39 obesity-linked SNPs in FTO, a majority of which were located in introns 1 and 8. I also identified 3 associated intronic SNPs in SLCX. I found that the SOLiD sequencing coverage varies between non-repetitive and repetitive genomic regions, and that it is highest near amplicon ends. Interestingly, coverage varies significantly between different amplicons even after repetitive sequences have been removed, which indicates that it is affected by features inherent to the sequence. Still, the observed allele frequencies for known SNPs were highly correlated with the SNP frequencies documented in HapMap. In conclusion, I verify that SNPs in FTO are associated with obesity and also identify a previously unassociated gene, SLCX, as a potential obesity gene. Re-sequencing of genomic regions on the SOLiD platform was proven to be successful for SNP identification, although the difference in sequencing coverage might be problematic.