Made available in DSpace on 2016-12-23T14:37:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ester Ujiie Nogueira.pdf: 3545005 bytes, checksum: 2db256790931531682ed472eaae73bb4 (MD5) Previous issue date: 2010-03-31 / Os marcadores moleculares RAPD são úteis para a análise da diversidade genética possibilitando uma amostragem mais ampla de genomas desconhecidos. Os marcadores SSR e ISSR também são utilizados para esse fim, mas ainda existem poucos desenvolvidos para Bromeliaceae, o que implica na validação da sua transferibilidade entre espécies dessa família. O objetivo deste trabalho foi estudar a variabilidade genética de P. flammea utilizando marcadores RAPD e testar a transposição de marcadores SSR e ISSR para esta espécie. Foram utilizados 8 primers RAPD no estudo de diversidade e para a validação da transferibilidade de marcadores moleculares foram usados 4 primers ISSR e 1 SSR. Os 8 primers RAPD geraram um total de 55 bandas, sendo 41 polimórficas. Do total da variância genética molecular encontrada, 69.18% se devem às diferenças entre indivíduos dentro de cada local de coleta e 30,82% é atribuída às divergências entre os três locais amostrados. A variação genética entre populações, Gst=0,2340, indicou grande proximidade genética. As populações pertencentes aos locais de coleta mais próximos geograficamente apresentaram menor distância genética entre si (0,04) refletindo em maior identidade genética (0,9714). A maior variação genética foi observada entre os indivíduos amostrados no Local de coleta III, portanto a população existente nesta localidade pode ser considerada prioritária em trabalhos de conservação. Nos ensaios de transposição, foram obtidas 17 bandas com os marcadores ISSR, sendo 6 polimórficas. Para o marcador SSR, foi produzida 1 banda monomórfica. Os marcadores RAPD foram eficientes para analisar a diversidade genética de P.flammea intra e interpopulacional e a transferibilidade dos marcadores SSR e ISSR foi validada em P. flammea / RAPD molecular markers are useful for analyzing genetic diversity, enabling a broader sampling of unknown genomes. SSR and ISSR markers are also used for this purpose, but still only a few are developed to Bromeliaceae, which implies the validation of their transferability among species of this family. This study aims at studying the genetic variability of P. flammea by means of RAPD markers and testing the transposition of SSR and ISSR markers for this species. 8 RAPD primers were used in the study of diversity, and 4 ISSR primers and 1 SSR primer were used to validate the transferability of molecular markers. The 8 RAPD primers generated a total of 55 bands, 41 of which polymorphic. From the total molecular genetic variance found, 69.18% are due to the differences between individuals within each collection site, and 30.82% are due to differences between the three sites sampled. The genetic variation among populations, Gst=0.2340, has indicated great genetic proximity. The populations belonging to the geographically closest collection sites presented a smaller genetic distance between them (0.04), reflecting a greater genetic identity (0.9714). The greatest genetic variation was observed among the individuals sampled in the Collection Site III, so the existing population in this site may be considered a priority in conservation works. In the tests of transposition, 17 bands were obtained with ISSR markers, 6 of which being polymorphic. For the SSR marker, 1 monomorphic band was produced. RAPD markers were efficient for analyzing the intra and inter populational genetic diversity of P. flammea, and the transferability of SSR and ISSR markers was validated in P. flammea

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Cacilda Borges do Valle / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T19:56:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cancado_LeticiaJungmann_D.pdf: 2473309 bytes, checksum: ab9e0a498f29fb6c76b2ae1bb9583bc5 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Brachiaria é um gênero de gramíneas composto por cerca de 100 espécies. Nas últimas décadas, algumas destas espécies vêm sendo amplamente usadas como forrageiras nas regiões tropicais. Uma importante coleção de germoplasma, que preserva 443 acessos e amostra 14 espécies diferentes, foi introduzida no Brasil na década de 1980 e está estabelecida na Embrapa Gado de Corte, Campo Grande/MS. Esta coleção vem sendo usada no Programa de Melhoramento Genético de Forrageiras Tropicais da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária. São cinco as espécies de maior valor para este programa de melhoramento: B. brizantha, B. decumbens, B. dictyoneura, B. humidicola e B. ruziziensis. Este trabalho visou ao desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatélites para B. brizantha e B. humidicola e a caracterização da diversidade genética existente em acessos e cultivares destas cinco espécies. Foi desenvolvido um total de 28 microssatélites polimórficos para B. brizantha e 27 para B. humidicola. Vinte microssatélites desenvolvidos para B. brizantha foram usados na caracterização da diversidade genética intra-específica em 160 acessos e cinco cultivares desta espécie. Dentre estes 20 locos, sete foram usados para caracterizar a variabilidade interespecífica entre estes 165 genótipos de B. brizantha e 13 acessos de B. decumbens, sete de B. dictyoneura, 42 de B. humidicola e 16 de B. ruziziensis. Os 27 microssatélites desenvolvidos para B. humidicola foram usados na caracterização da diversidade genética existente nos 58 acessos desta espécie, conservados nesta coleção, além de duas cultivares. A diversidade interespecífica acessada através de similaridades genéticas mostrou que os marcadores utilizados foram capazes de distinguir as cinco espécies estudadas, sendo que B. brizantha, B. decumbens e B. ruziziensis revelaram-se mais similares entre si e mais dissimilares em relação a B. dictyoneura e B. humidicola. Apesar disso, uma análise Bayesiana revelou que B. brizantha e B. decumbens compartilham pools alélicos entre si, não compartilhados pelas outras espécies. Do mesmo modo, B. dictyoneura e B. ruziziensis compartilham um pool gênico entre si, enquanto que B. humidicola apresenta um pool gênico distinto. Estes resultados combinados estão discutidos. A análise de diversidade intraespecífica em B. brizantha mostrou que os genótipos avaliados foram posicionados em três grupos principais de diversidade, sendo que esta diversidade não está fortemente estruturada. A análise intraespecífica em B. humidicola mostrou uma clara distinção do único acesso sexual desta coleção em relação aos demais, todos apomíticos, e revelou que a diversidade genética nesta coleção está mais bem estruturada que a encontrada em B. brizantha. x / Abstract: Brachiaria is a genus that comprises about 100 species. In the last decades, some of its species have been widely used as forages in the Tropics. A germplasm collection with 14 species represented by 443 accessions was introduced to Brazil in the decade of 1980 and is maintained at Embrapa Beef Cattle, Campo Grande, central Brazil. This collection has been used in the Tropical Forages Breeding Program of the Brazilian Agricultural Research Corporation. The most valuable species, considering agronomical aspects, are: B. brizantha, B. decumbens, B. dictyoneura, B. humidicola and B. ruziziensis. The main goal of this work was the development of microsatellite markers for B. brizantha and B. humidicola and the characterization of the genetic diversity found within these species in both inter- and intraspecific approaches. A total of 28 polymorphic microsatellites is described for B. brizantha, while for B. humidicola we present 27 polymorphic loci. Twenty microsatellites of B. brizantha were used for assessing the genetic variability in 160 accessions and five cultivars of this species. Out of these twenty loci, seven were used to evaluate the 165 genotypes of B. brizantha and 13 accessions of B. decumbens, 7 of B. dictyoneura, 42 of B. humidicola and 16 of B ruziziensis. Twenty seven loci reported for B. humidicola were used in the intraspecific characterization of the genetic diversity of the whole collection of this species (58 accessions) and two cultivars. The interspecific genetic diversity revealed through similarities showed that the markers used were able to distinguish the five species studied. B. brizantha, B. decumbens and B. ruziziensis were the most similar, while B. humidicola and B. dictyoneura were closer to each other. Besides, a Bayesian analysis showed that B. brizantha and B. decumbens share exclusive allelic pools not present in the other species. Likewise, B. dictyoneura e B. ruziziensis share another allelic pool, while B. humidicola did not share genic pools with any other species. The intraspecific genetic diversity survey in B. brizantha revealed that genotypes were positioned within three major groups, but the genetic variability does not seem to be very structured. The intraspecific survey in B. humidicola showed a clear distinction between the one sexual accession of this species and all the other apomictic accessions, and unveiled that the genetic diversity within this species is more strongly structured than in B. brizantha. / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Made available in DSpace on 2014-07-29T14:42:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Raquel dos Santos.pdf: 904848 bytes, checksum: 74f190158b8b3da599b4a0be0d32b13e (MD5) Previous issue date: 2011-04-11 / The knowledge of the genetic variability of the bushy cashew is important to maximize the use of its genetic resources to future programs of improvement and conservation of the species. In this report, the genetic variability of 122 accesses of A. humile coming from 11 cities (provenances) from Cerrado was quantified through RAPD markers. The primers with bigger expression were OPA11 and 08. The ten primers used generated 157 bands, being 156 polymorphic (99%), with an average of 15,6 bands/ primer. It was detected a great variability in the towns, being the polymorphism higher than 90%, except the ones original from Jataí-GO. The accessions of Caiapônia-GO and Santo Antônio do Descoberto-GO were the most distant genetically. The total dissimilarity between accesses ranged from 0,103 to 0,796, with averages of 0,390. The accesses 87 and 114 from Serranópolis-GO and Santo Antônio do Descoberto-GO, respectively, were the most distant genetically, showing the importance of these prevenances in the enrichment of the germoplasm bank of the specie. The cajuzinho-do-cerrado presents a high rate of genetic variability is considered a potential species in conservation programs in sit u and ex situ and in breeding programs is that most of this is within their populations. / O conhecimento da variabilidade genética do cajuzinho-do-cerrado é importante para maximizar o uso dos seus recursos genéticos para futuros programas de melhoramento e de conservação da espécie. No presente trabalho, a variabilidade genética de 122 acessos de A. humile procedentes de 11 municípios (procedências) do Cerrado, foi quantificada por meio de marcadores RAPD. Os primers com maior expressão foram OPA11 e 08. Os dez primers utilizados geraram 157 bandas, sendo 156 polimórficas (99%), com média de 15,6 bandas/primer. Grande variabilidade dentro de municípios foi detectada, sendo o polimorfismo superior a 90 %, exceto da procedência Jataí-GO. Os acessos de Caiapônia-GO e Santo Antônio do Descoberto-GO foram os mais distantes geneticamente. A dissimilaridade total entre acessos variou de 0,103 a 0,796, com médias de 0,390. Os acessos 87 e 114 de Serranópolis-GO e Santo Antônio do Descoberto-GO, respectivamente, foram os mais distantes geneticamente, demonstrando a importância dessas procedências no enriquecendo do banco de germoplasma da espécie. O cajuzinho-do-cerrado apresenta alta taxa de variabilidade genética sendo considerada uma espécie potencial em programas de conservação in situ e ex situ e em programas de melhoramento genético sendo que a maior parte desta está dentro de suas populações.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O camu-camu (Myrciaria dubia (Kunth). Mc. Vaugh), fruteira nativa da bacia Amazônica, chama a atenção pelo seu alto teor de vitamina C em seus frutos que pode superar 4000 mg em 100 g de polpa integral. Seu potencial econômico está nos mercados de fármacos, cosmético e nutricional, principalmente no Peru e Brasil. Como a maioria dos programas de melhoramento de espécies nativas, apresenta grande limitação pela pouca atenção que recebem e escassas experiências de pesquisas, a prospecção, coleção e conservação da espécie através dos Bancos de Germoplasma são uma garantia para realizar trabalhos de seleção entre e dentro das progênies, baseado nas características de ideótipos para a utilização comercial dessa fruteira. Neste sentido, objetivou-se com o presente trabalho a caracterização intraespecífica da variabilidade agronômica de populações nativas de camu-camu, prospectados no estado de Roraima. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado, onde foram avaliados 247 acessos provenientes de 16 populações com três repetições e 10 frutos por repetição em cada acesso. Os frutos foram avaliados individualmente, quanto a altura de fruto, diâmetro de fruto, massa média do fruto, rendimento de polpa, rendimento de casca, rendimento de semente, teor de sólidos solúveis (expressos em Brix), número médio sementes por fruto e o teor de ácido ascórbico. As análises estatísticas foram auxiliadas mediante a técnica multivariada de componentes principais e análise de agrupamento. As análises multivariadas, de componentes principais e de agrupamento, permitiram determinar quais as variáveis de maior importância e as que aportaram à maior variabilidade intraespecífica nas características avaliadas. As análises sugerem que a massa total de frutos, rendimento de polpa, teor de sólidos solúveis e ácido ascórbico apresentam os caracteres com maior capacidade discriminatória para a seleção intraespecífica de camu-camu. As populações oriundas da região do baixo rio Branco apresentaram os maiores teores de ácido ascórbico, representando uma grande potencialidade na obtenção de acessos promissores para este caráter. / The camu-camu (Myrciaria dubia (Kunth). Mc. Vaugh), fruit native to the Amazon basin, draws attention for its high content of vitamin C that can exceed 4000 mg in 100 g of pulp. Its economic potential is in the markets of pharmaceuticals, cosmetics and nutrition, primarily in Peru and Brazil. The case of camu-camu, as in most breeding programs for native species, presents the major limitation that receive little attention and scant research experiences. The exploration, collection and conservation of the species through the Gene bank are a guarantee for performing selection among and within progenies, based on the characteristics of ideotypes for the commercial use of this fruit. In this sense, the aim of the present work the characterization of intraspecific variability of agronomic native populations of camu-camu prospected in the state of Roraima. The experimental design was randomized, were evaluated in 247 accessions from 16 populations with three replications of 10 fruits per replicate at each access. Fruits were evaluated individually height fruit, fruit diameter, average fruit weight, pulp yiel, Yield bark, seed yield, content solid solubility (expressing am Brix) Average number seeds per fruit and the content of ascorbic acid. Statistical analyzes were aided by multivariate technique of principal components and cluster analysis. Multivariate analyzes of components and major grouping, which allowed them to determine the most important variables and that landed the largest intraspecific variability in the characteristics evaluated. The analyzes suggest that the variable total fruit mass, pulp yield, content solid solubility , and ascorbic acid have the greatest discriminating characters for selection of intraspecific camu-camu. The populations from the region of the lower Rio Branco showed the highest levels of ascorbic acid, representing a large potential in obtaining access to this promising character.

A mamona (Ricinus communis) é uma cultura de clima tropical de importância social e econômica no Brasil e no mundo. As sementes contém um óleo com excelentes propriedades para o uso industrial. Esse óleo é o mais indicado para a produção de biodiesel, pois é o único solúvel em álcool e requer menos calor que os outros óleos vegetais para a produção de combustível. A grande diversidade genética observada no germoplasma de mamoneira possibilita a seleção de genótipos superiores a partir do material base, no entanto não existem informações sobre a caracterização molecular desses acessos, representando um sério risco quanto a perda de diversidade genética. O sucesso dos programas de melhoramento depende do conhecimento sobre a diversidade genética do banco ativo de germoplasma. Os microssatélites são ferramentas moleculares muito úteis em estudos de diversidade. Desta forma uma biblioteca genômica foi construída para a seleção dos fragmentos contendo marcadores moleculares microssatélites (SSR), a serem utilizados para estimar a diversidade genética dos acessos do banco de germoplasma da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA), do Instituto Agronômico de Campinas (IAC) e da UNESP - Botucatu. A partir dos 41 locos analisados, 26 apresentaram polimorfismo, revelando 111 alelos (4,27 por loco). Destes, 37 alelos foram considerados raros devido à frequência genética menor do que 5%. 41 alelos foram privados, sendo observados em somente uma das três populações (germoplasma) analisadas. O valor da riqueza alélica média foi 2,554. A heterozigosidade média esperada (HE=0,473) foi muito maior do que a observada (HO = 0,054), indicando taxa relativamente alta de endogamia nos genótipos estudados, confirmada através do alto valor médio de GIS (0,845). O valor obtido de GST\' (0,364) foi superior a 0,25, indicando que existem fortes indícios de estruturação na amostra. Os 26 locos apresentaram desvios na proporção do Equilíbrio de Hardy-Weinberg (P<5%) depois da correção de Bonferroni. Os resultados obtidos indicam a formação de dois grupos geneticamente distintos, um grupo é composto pelos acessos da EMBRAPA e o outro grupo é composto pelos acessos do IAC e pelos genótipos da UNESP - Botucatu. Esse fato indica que a diversidade genética da mamona está bem representada nesses bancos de germoplasma. Estas informações serão de extrema importância para os programas de melhoramento da mamoneira. O conhecimento gerado nesse estudo sobre a diversidade genética da mamona pode ser utilizado para uma melhor eficiência na conservação dessa diversidade, no manejo do germoplasma, guiando programas de melhoramento genético no desenvolvimento de novos genótipos. / The castor bean (Ricinus communis L.) is an oil plant with a high economic and social value in Brazil and over the world. The seeds contain oil with excellent properties for industrial uses. It is the only vegetable oil soluble in alcohol, presenting high viscosity and requiring less heating than other oils during the production of biodiesel. Castor diversity is well represented in Brazilian germplasm collections, but there is little information on the molecular characterization of the accessions, and diversity loss is a serious risk. The success in a breeding program depends on the knowledge about the genetic diversity of the available germplasm. Microsattelite is an important tool for estimating the Genetic diversity, This study aims to develop microsatellite markers from an enriched microsatellite DNA library for castor and characterize in genotypes accessions from the castor germplasm of the Brazilian Agricultural Research Company (EMBRAPA), castor germplasm of the Agronomic Institute at Campinas (IAC) and genotypes from State University of São Paulo (UNESP) - Botucatu. From the 41 loci microsatellites analyzed, 26 showed polymorphism revealing 111 alleles independent (4,27 alleles by loco). 37 alleles have presented an inferior frequency 5%, being considered as rare alleles. 41 alleles are particular, being observed in only one of the three analyzed populations. The average allelic richness was 2,554. The average HO=0,054 was smaller than the average HE=0,473, evidencing a heterozygote deficit (average GIS=0,845). The samples has shown a strong structure with a significant differentiation (GST\'= 0.364). The Twenty six loci differ significantly from Hardy Weinberg Equilibrium (P<5%) after Bonferroni correction. The Results of STRUCTURE graphic, main component analysis and dendrograms shows the formation of two genetically distinct groups, a group is composed by the accesses of the EMBRAPA and the other group is composed by the accesses of the IAC and the genotypes of UNESP - Botucatu. This fact indicates that the genetic diversity of castor is well represented. Knowledge on the genetic diversity of castor can be used to gain a better understanding on genetic diversity conservation, and germplasm management, guiding breeding programs and conservation strategies.

Os marcadores microssatélites por serem de natureza codominante e multialélica tornam-se ideais para a caracterização, mapeamento e seleção assistida. Os locos microssatélites disponíveis têm sido utilizados efetivamente na caracterização de acessos de bananeira (Musa), porém muitos deles têm se mostrado com baixa eficiência de amplificação. Neste sentido, os objetivos deste trabalho foram: desenvolver novos locos de microssatélites, caracterizar 224 acessos de bananeira do banco de germoplasma da Embrapa em relação à ploidia e constituição genômica empregando abordagens moleculares e estabelecer relações genéticas entre eles. Foram desenvolvidos 50 novos locos de microssatélites dos quais 44 foram polimórficos entre os acessos analisados. Para a caracterização da ploidia dos acessos foi utilizado a citometria de fluxo, e para a definição da composição genômica foram empregados polimorfismo nos genes ribossomiais nucleares (rDNA) e 16 locos microssatélites, que também serviram para estabelecer as relações genéticas entre os acessos. Além disso, foram sequenciados regiões do rDNA de 17 acessos de bananeira para identificação de polimorfismo de base única (SNP) associados ao genoma A e B. A constituição genômica e/ou ploidia determinada por abordagens moleculares confirmou a classificação previamente estabelecida por descritores morfológicos, com exceção dos acessos Marmelo, Pitogo e Pisang Nangka. As regiões do rDNA sequenciadas permitiram identificar 17 SNPs específicos para M. balbisiana, que poderão ser utilizados para classificar acessos quanto a constituição genômica. A análise de agrupamento derivada da genotipagem dos acessos com 16 locos de microssatélites subdividiu os genótipos de acordo com a ploidia, constituição genômica e subgrupos de bananeira, enquanto que a abordagem empregando o modelo bayesiano corroborou de forma geral com essa categorização. Foi detectada uma ampla heterogeneidade nos acessos diplóides, onde poucos acessos triplóides tiveram sua ancestralidade definida nos grupos dos acessos diplóides. / Microsatellite markers are co-dominant and multiallelic, and the method of choice for genetic characterization, mapping, and assisted selection breeeding. Microsatellite loci have been effectively used to characterize banana (Musa) accessions, but in some cases they have shown low amplification efficiency. Thus, the objectives of this work were to develop new microsatellite loci; to characterize 224 accessions from the Embrapa germplasm collection of banana for ploidy and genomic constitution, as well as to establish genetic relationships among the accessions. Fifty new microsatellite loci were developed, from which 44 were polimorphic. Flow citometry was employed to characterize ploidy, while genomic constitution was determined by polymorphism at the nuclear ribosomal gene (rDNA) and 16 microsatellite loci, also used to establish the genetic relationship among the accessions. Additionally, rDNA regions were sequenced from 17 banana accessions to identify specific single nucleotide polymorphism (SNP) associated with the A or B genome. The genomic constitution and/or ploidy determined by various molecular approaches confirmed the previous classification established by morphological descriptors, except for Marmelo, Pitogo and Pisang Nangka. The sequenced rDNA regions allowed to identify 17 SNPs specific for M. balbisiana, which could be used to classify accessions according to genomic composition. Clustering analysis derived from accession genotyping using 16 microsatellite loci subdivided genotypes according to ploidy, genomic composition and banana subgroups, while the approach using a Bayesian model corroborated in general terms this categorization. A large heterogeneity of the diploid accessions was detected, which restrict the definition of ancestrality of triploid accessions in the diploid accession groups.

O meloeiro é uma cultura de relevância econômica no Brasil, principalmente na região Nordeste, onde grande parte da produção é exportada. Entre os fatores limitantes da cultura está o oídio, que pode ser controlado através do uso de variedades resistentes. No entanto, para que isto seja possível, é necessário que se tenha conhecimento sobre qual é o agente causal em ocorrência na região de produção e quais são as fontes de inóculo desta doença. O presente trabalho teve como objetivos o levantamento das espécies e raças de oídio com ênfase na região Nordeste, a verificação da patogenicidade de isolados provenientes de outras cucurbitáceas em relação ao meloeiro, a avaliação de germoplasma de meloeiro para resistência a P. xanthii raça 2 (francesa), a proposição de um sistema de cultivares de meloeiro para caracterização de raças de P. xanthii e a otimização de um protocolo de extração de DNA de P. xanthii. No total de 65 isolados analisados, observou-se que Podosphaera xanthii foi a única espécie encontrada entre as amostras. Dentre estas, as raças 1 e 2 foram as prevalentes. Também foram observadas as raças 0, 3, 4 e 5 em menor freqüência. As culturas de abóbora, abobrinha, melancia e pepino apresentaram-se como fontes de inóculo de oídio para o meloeiro, uma vez que todos os isolados provenientes destas culturas colonizaram discos foliares de meloeiro. Em geral, os genótipos de melão cultivados comercialmente no Brasil apresentaram-se resistentes a raça 2 (francesa) de P. xanthii. A partir da observação das raças ocorrentes no país e de dados da literatura, propôs-se um sistema de cultivares de meloeiro diferenciadoras para raças de P. xanthii a ser empregado em monitoramentos do patógeno. Um protocolo para extração de DNA de P. xanthii também foi obtido com a finalidade de facilitar estudos genéticos sobre o patógeno com base em marcadores moleculares. / Melon is an economically important crop in Brazil, mainly in the north-east region, where most of the production is exported. Among the limiting factors of the crop is powdery mildew, which can be controled by using resistant varieties. However, to make it possible, it is necessary to know the causal agent in occurrence in the production region and what are the inoculum sources of this disease. The present work had as objectives the survey of the powdery mildew species and races with emphasis in the north-east region; the verification of the strains pathogenicity deriving from others cucurbits in melon; the evaluation of melon germplasm to Podosphaera xanthii race 2 (french) resistance; the proposition of a system of melon cultivars to characterize the P. xanthii races and the optimization of a protocol to P. xanthii DNA extraction. Over all of the 65 strains analysed, it was observed that P. xanthii was the unique specie encountered between the samples. Within that, the races 1 and 2 were prevalents. Also were observed the races 0, 3, 4 and 5 at low frequency. Squash, zucchini, watermelon and cucumber crops showed up like inoculum sources of powdery mildew to melon. Usually, the melon genotypes commercially cultivated in Brazil showed up resistant to P. xanthii race 2 (french). After the observation of races in occurrence and datas from literature, a system of melon cultivars was proposed to differentiate P. xanthii races to be used in surveys of the pathogen. A protocol to extraction P. xanthii DNA also was proposed with the purpose to facility genetics studies about the pathogen basis on molecular markers.

Os recursos genéticos vegetais apresentam um valor real e potencial para a agricultura em razão da sua importância em programas de melhoramento e conservação. Este estudo teve como objetivo principal caracterizar a diversidade genética e química do germoplasma de gengibre do Departamento de Genética da ESALQ/USP, por meio de 18 descritores fenotípicos, 13 combinações de marcadores AFLP e análise da composição química do óleo essencial. O germoplasma foi formado por acessos procedentes de distintos estados brasileiros, além de algúns acessos introduzidos da Colômbia. Durante as coletas, foram entrevistados 34 agricultores de três estados: São Paulo (SP), Espírito Santo (ES) e Paraná (PR), constatando-se que esta espécie é cultivada principalmente por agricultores familiares cuja fonte principal de renda é a agricultura. Na análise da composição química, um total de 61 compostos foram identificados, sendo que os acessos apresentaram variabilidade química segundo a análise de variância. O óleo essencial foi rico em monoterpenos (82,35%), destacando-se geranial (20,41%) e neral (13,36%) como os compostos mais abundantes. Os compostos &alpha;-zingibereno, 1,8-cineol, linalol e &beta;-felandreno, foram importantes na análise da diversidade química e, portanto, determinantes no agrupamento baseado no método de ligação completa (LC-VD) que classificou o germoplasma em dois grupos de acessos: cultivares e cultivares locais. Na caracterização agromorfológica, pouca variação foi observada para variáveis qualitativas, enquanto que para variáveis quantitativas houve moderada a baixa variabilidade, embora alguns acessos divergentes foram identificados. A análise de componentes principais explicou 82% da variação total nos primeiros três componentes, sendo que a distribuição dos acessos no gráfico de dispersão foi congruente com os agrupamentos formados pelo método de otimização de Tocher, destacando-se os acessos Gen-18, Gen-24, Gen-65 e Gen-42 como os mais divergentes do germoplasma fenotípicamente. Na caracterização molecular, 13 combinações de primers AFLP geraram, em média, 113,5 locos polimórficos, com uma proporção de 96,85% de polimorfísmo na coleção global. As estimativas de diversidade genética de Nei (Hj), índice de Shannon (I) e número efetivo de alelos (ne), foram superiores nos acessos colombianos (0,501; 0,396 e 1,508, respectivamente), em relação aos acessos brasileiros. A AMOVA mostrou que a maior parte da variação (63%) ocorreu entre os dois países e o índice FST=0,153 corroborou este resultado, indicando alta diferenciação genética entre eles. Os agrupamentos fornecidos pelo Structure e o dendrograma baseado no complemento do coeficiente de Jaccard, foram consistentes entre si e demonstraram que a maioria dos acessos brasileiros são altamente similares, sendo que não há influência da procedência geográfica no padrão dos agrupamentos químicos, fenotípicos e moleculares. A introdução de novos materiais genéticos no Brasil, certamente contribuirá para uma base genética mais ampla deste cultivo. / Plant genetic resources exhibit a true and potential value for agriculture due to their importance in breeding and conservation programs. This study aimed to characterize the genetic and chemistry diversity of ginger germplasm of Genetics Department of the ESALQ/USP, through 18 phenotypic descriptors, 13 AFLP markers combinations and chemical composition analysis of essential oil. The germplasm was combined by accessions coming from diferent Brazilian states, along with some accessions introduced from Colombia. During the collection, 34 farmers were interviewed in three states: São Paulo (SP), Espírito Santo (ES) and Paraná (PR). Ginger is mainly cultivated by small farmers whose main income source is agriculture. In the chemical composition analysis, a total of 61 compounds were identified. The accessions presented chemical variability according to the analysis of variance. The essential oil was rich in monoterpenes (82.35%), being the geranial (20.41%) and the neral (13.36%), both referred to as citral, the most abundant compounds. The &alpha;-zingiberene, 1,8-cineole, linalool and &beta;-phellandrene compounds were relevant in the chemical diversity analysis of the accessions, while the dendrogram based on the complete linkage method (LC-VD) classified the germplasm into two groups: landraces and cultivars accessions. In the agro-morphologic characterization, qualitative traits showed little variation, while moderate to low variability was observed for quantitative traits, although some divergent accessions were identified. The principal component analysis explained 82% of the total variation in the first three components, wherein the accessions distribution on the scatter plot was consistent with the groups formed by the Tocher method, with the Gen-18, Gen -24, Gen-65 and Gen-42 accessions as the most divergent ones from the phenotypically germplasm. In the molecular characterization, 13 AFLP markers combinations generated an average of 113.5 polymorphic loci, with a ratio of 96.85% of polymorphism in the overall collection. Estimates of Nei genetic diversity (Hj), Shannon index (I) and alleles effective number (ne) were higher in Colombian accessions (0.501; 0.396 and 1.508, respectively). The AMOVA showed that most of the variation (63%) occurs between the two countries and the FST=0.153 index suportted this result, indicating high genetic differentiation between Brazilian and Colombian accessions. The groupings provided by Structure and the dendrogram based on Jaccard coefficient complement were consistent with each other and showed that Brazilian accessions are genetically similar. In general, there is no influence of the accesses geographic origin in the chemical, phenotypic and molecular grouping pattern. The introduction of new genetic materials in Brazil, will certainly contribute to a broader genetic basis of this species.

Diversos estudos afirmam ser bastante restrita a base genética da soja cultivada, o que gera problemas como falta de variabilidade, fragilidade das cultivares e alcance de um limite de produtividade. O desafio é selecionar dentre o germoplasma quais acessos utilizar em um programa de melhoramento. Este trabalho objetivou analisar a diversidade genética de 79 acessos de soja de diferentes regiões do mundo. Para tanto, foram utilizados marcadores microssatélites genômicos, funcionais e caracteres agromorfológicos. Vinte caracteres agromorfológicos foram avaliados em campo e submetidos a análises multivariadas para a estimação da diversidade genética. A dissimilaridade genética entre os acessos foi calculada pela distância generalizada de Mahalanobis, utilizando-se, a seguir, o algoritmo de otimização de Tocher para o agrupamento dos acessos. A análise de agrupamento resultou em 16 grupos, com cinco deles contendo um só acesso. PIs de mesma origem geográfica foram alocadas no mesmo grupo, com exceções. A primeira variável canônica absorveu 76,99% da variação observada, sendo as características com maior contribuição número de dias para a maturidade e início da granação. A segunda variável canônica absorveu 13,66% e os caracteres de maior peso foram massa de cem sementes e altura de inserção da primeira vagem. A terceira variável canônica absorveu 2,80% da variação, e as características de maior peso foram produtividade de grãos e número de vagens por planta. Isto demonstra que os caracteres ciclo, início da granação e massa de cem sementes são indicados para a análise da diversidade genética em acessos de soja. Todos os 30 locos analisados na genotipagem dos acessos foram polimórficos, sendo encontrados 259 alelos. O número de alelos por loco variou de 2 a 21, com uma média de 8,63. Os acessos analisados possuem uma quantidade bastante significativa de alelos raros, sendo os genótipos 19, 35, 63 e 65 os que apresentaram maior número de alelos exclusivos. A heterozigosidade esperada teve seu maior valor no loco Sat_001 (0,935) e seu menor valor no loco PHYA1 (0,182). A heterozigozidade observada variou de zero a 0,130 (loco Satt308 e loco Satt102, respectivamente). Os acessos 75 e 79, PI 281911 e PI 281907, respectivamente, são os mais similares (0,189) e os acessos 31 (PI 212606 ) e 35 (PI 229358), assim como o 40 (PI 265497) e 78 (438503A) são os mais distintos (0,965). Os dendrogramas oriundos de dados de SSRs, EST-SSRs e caracteres agromorfológicos resultaram em diferenças nos agrupamentos, sendo encontrada baixa correlação por testes de Mantel, mostrando que cada tipo de abordagem acessa diferentemente a variabilidade existente em germoplasma de soja. / Many studies have shown that cultivated soybean has a very narrow genetic basis, which generates some problems such as lack of genetic variability, cultivars vulnerability and achievement of a productivity plateau. The challenge is to select within the germplasm which accessions to use in a breeding program. This study aimed to analyze the genetic diversity of 79 soybean accessions from different regions of the world. For this purpose, genomic and functional microsatellites markers, as well as agromorphological traits, were used. Twenty agromorphological traits were evaluated in field and submitted to the multivariate analyses. The genetic dissimilarity between the accessions was calculated by the generalized distance of Mahalanobis, followed by Tochers algorithm optimization for the grouping of the accessions. The grouping analysis resulted in 16 groups, with five of them containing only one accession. PIs of same geographic origin were placed in the same group, with exceptions. The first canonic variable absorbed 76.99% of the observed variation, being the characteristics with greater contribution number of days to maturity and beginning of grain filling. The second canonic variable absorbed 13.66% and the characters of heavier weight had been mass of one hundred seeds and height of insertion of the first string bean. The third canonic variable absorbed 2.80% of the variation, and the characteristics of heavier weight had been grain productivity and number of string beans per plant. This demonstrates that the characters cycle, beginning of the grain filling and mass of one hundred seeds are indicated for the analysis of the genetic diversity in soybean accessions. All the 30 locus analyzed in the genotyping of the accessions were polymorphic, containing 259 alleles. The number of alleles per locus varied from 2 to 21, with a average of 8,63. The analyzed accessions possess a significant amount of rare alleles, being genotypes 19, 35, 63 and 65 the ones that had presented greater numbers of exclusive alleles. The expected heterozygosity had its highest value in Sat_001 (0,935) and its lowest value in PHYA1 (0,182). The observed heterozygosity varied from zero to 0,130 (Satt308 and Satt102, respectively). Accessions 75 and 79, PI 281911 and PI 281907, respectively, are the most similar (0,189) and accessions 31 (PI 212606) and 35 (PI 229358), as well as accessions 40 (PI 265497) and 78 (438503A) are the most distinct ones (0,9921). The deriving dendrograms from SSRs data, EST-SSRs and agromorphological traits resulted in differences in the groupings, being found low correlation for Mantel tests, showing that each type of approach accesses differently the existing variability in soybean germplasm.

Uma espécie relevante como fonte alimentícia para a população mundial, principalmente para os países subdesenvolvidos e emergentes, é a mandioca (Manihot esculenta Crantz). Primariamente, a mandioca é fornecedora de energia a partir do amido acumulado em suas raízes, mas é importante destacar também a presença dos carotenoides com atividade pró-vitamínica A. Nesse contexto, o objetivo deste estudo foi caracterizar a diversidade agronômica, bioquímica e molecular de acessos de mandioca coletados nas regiões Amazônica, Centro-Oeste, Sudeste e Sul do Brasil, selecionados a partir da coloração de suas raízes. A caracterização foi realizada a partir de 81 genótipos (33 da região Amazônica, 24 da Centro-Oeste, 18 da Sudeste, quatro da Sul e duas variedade comerciais) utilizando 16 caracteres agronômicos, cinco bioquímicos e 17 locos microssatélites. Para os caracteres agronômicos e bioquímicos foram realizadas análises de variância, teste de Tukey e distância de Mahalanobis considerando a região de origem dos genótipos. Para os marcadores microssatélites foram estimados os índices de diversidade genética, tais como o número de alelos por loco (A), porcentagem de locos polimórficos (P), heterozigosidades observada (Ho) e esperada (He), bem como a estruturação da diversidade entre e dentro de regiões (HS, HT, DST e GST). Foram também obtidas a análise de agrupamento a partir da distância de Nei e método de Neighbor-Joining, e a estruturação dos genótipos a partir da análise Bayesiana. Além disso, as distâncias genéticas obtidas para os caracteres avaliados foram correlacionadas entre si pelo teste de Mantel. Os resultados obtidos apontam uma alta variabilidade para todos os caracteres avaliados. Para a maioria dos caracteres agronômicos houve variação significativa entre e dentro de regiões. Todos os caracteres bioquímicos apresentaram variação altamente significativa entre e dentro de regiões. Levando-se em consideração os caracteres agronômicos ocorreu uma tendência de agrupamento dos genótipos da Amazônia, sendo que as características que mais determinaram a distribuição dos genótipos foram a altura total da planta, a altura da primeira ramificação, a relação entre essas duas características e o índice de colheita. Para os caracteres bioquímicos ocorreu um agrupamento dos genótipos amazônicos em função da alta concentração de compostos cianogênicos e carotenoides totais. Os marcadores moleculares indicaram alta variabilidade genética (A = 3,58; P = 100%; Ho = 0,535; He = 0,642), sendo que a maior parte da diversidade (HT = 0,651) encontra-se distribuída dentro de regiões (HS = 0,643). A partir da análise de agrupamento foi verificada uma tendência de estruturação genética, com o agrupamento da maioria dos genótipos coletados na região Amazônica. A análise Bayesiana indicou a formação de dois grupos, sendo que um dos grupos englobou a maior parte dos genótipos da Amazônia, em concordância com a análise de agrupamento. As correlações entre as distâncias obtidas para todos os caracteres não foram significativas. Considerando o teor de compostos cianogênicos dos genótipos e a distância entre eles a partir dos marcadores microssatélites, foi constada uma tendência de separação entre os genótipos considerados bravos e os mansos. A partir dos resultados obtidos verificou-se que os genótipos da região Amazônica possuem características específicas que permitem o seu agrupamento. Essa tendência de agrupamento ocorre possivelmente devido a um processo de seleção diferenciado a que estes genótipos foram submetidos durante o processo de domesticação da espécie. / A relevant species as food source for the world population, especially for the underdeveloped and emerging countries, is cassava (Manihot esculenta Crantz). Primarily, cassava is a provider of energy from starch accumulated in its roots, but the presence of carotenoids with pro-vitamin A activity is also important. In this context, the objective of this study was to characterize the agronomic, biochemical and molecular diversity of cassava accessions selected for the color of their roots, collected in the Amazon, Central-West, Southeast and South regions in Brazil. The characterization was performed from 81 genotypes (33 from the Amazon region, 24 from Central-West, 18 from Southeast, four from the South and two commercial varieties) using 16 agronomic traits, five biochemical characters and 17 microsatellite loci. For biochemical and agronomic traits analyses of variance, Tukey test and Mahalanobis distances were obtained considering the region of origin of the genotypes. For microsatellite markers, indices of genetic diversity were estimated, such as number of alleles per locus (A), percentage of polymorphic loci (P), observed (Ho) and expected (He) heterozygosities, as well as the structuring of diversity between and within groups (HS, HT, DST and GST). Also, a cluster analysis was obtained using the Neighbor-Joining method and Nei´s genetic distance, as well as a Bayesian analysis. Moreover, the distances obtained for all characters were correlated using the Mantel test. Results indicate high variability for all characters evaluated. For most of agronomic traits there was significant variation between and within regions. All biochemical characters showed highly significant variation between and within regions. Taking into account the agronomic characters, there was a tendency for the Amazon genotypes to be grouped together, where the characteristics total plant height, height of the first branch, relationship between these characteristics and harvest index were those that mostly determined the genotypes distribution. For the biochemical characters, the Amazon genotypes were also grouped due to the high concentration of cyanogenic compounds and total carotenoids. Molecular markers indicated high genetic variability (A = 3.58; P = 100%; Ho = 0.535; He = 0.642), while most of total diversity (HT = 0.651) was found within regions (HS = 0.643). In the cluster analysis a tendency was observed towards a structured genetic variability, with the grouping of most genotypes collected in the Amazon region. The Bayesian analysis separated the genotypes in two groups, with one of the groups including most of the Amazon genotypes, in accordance with the cluster analysis. The correlations between the distances obtained for all characters were not significant. Considering the genotypes content of cyanogenic compounds and the distance between them from the microsatellite markers, a tendency was revealed for the separation between bitter and sweet genotypes. From the results obtained we may conclude that the Amazon genotypes have specific characteristics that allow its separate grouping. This tendency occurs possibly because of a differentiated selection process that these genotypes were submitted during the domestication of the species process.