Submitted by Ricardo Cedraz Duque Moliterno (ricardo.moliterno@uefs.br) on 2017-02-13T21:42:15Z No. of bitstreams: 1 Disserta??o Clisneide 2016.pdf: 1569914 bytes, checksum: 5fb4b229474a974cde160deeeb5bea49 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-13T21:42:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Disserta??o Clisneide 2016.pdf: 1569914 bytes, checksum: 5fb4b229474a974cde160deeeb5bea49 (MD5) Previous issue date: 2016-07-19 / The melon (Cucumis melo L.) production is growing steadily in the last years and it is demanded for the internal as well as the external markets. The melon produced belongs to the botanical group inodorus, yellow type, although the cultivars used present susceptibility to biotic stresses and, therefore, there is a need to search new germplasm in order to give support to melon breeding programs. On the other hand, there are melons cultivated by small farmers in the traditional agriculture of Northeast Brazil and a sample of these melons is stored in the Active Germplasm Bank of Cucurbits for the Northeast Brazil, located in the Semiarid Embrapa, at Petrolina-PE. Thus, the present study aimed at to estimate the genetic variability within and among melon accessions using morphological and molecular markers in order to identify the melon subspecies and their respective botanical groups. In the morphological characterization the parental e S1 generations were used recording quantitative and qualitative descriptors and some accessions were partitioned in subacessios. In the molecular characterization 28 ISSR primers were used. Using the morphological data is was possible to identify the subspecies agrestis with the botanical groupsmakwua and momordica and the subespecies melo with the botanical group cantalupensis. The UPGMA clusters showed great genetic diversity within and among the accessions and subaccessions. There was a reasonable agreement between the clusters based on morphological and molecular data, although the molecular data were more precise in the separation of the clusters. However, there is indication of introgression of traits of different subspecies and their botanical groups in the melon cultivated in the traditional agriculture of Northeast Brazil. / A produ??o do mel?o (Cucumis melo L.) no Brasil vem aumentando significativamente nos ?ltimos anos, sendo apreciado nos mercados internos e externos. O mel?o mais produzido ? do grupo bot?nico inodorus, tipo ?amarelo?, por?m, as cultivares apresentam suscetibilidade a estresses bi?ticos e, portanto, h? necessidade de busca por novo germoplasma para dar suporte aos programas de melhoramento de mel?o. Por outro lado, existem mel?es cultivados por pequenos agricultores e uma boa amostra desses mel?es foi coletada eencontra-se armazenada no BAG de Cucurbit?ceas para o Nordeste brasileiro localizado na Embrapa Semi?rido, Petrolina-PE. Assim, o presente estudo teve como objetivo estudar uma amostra de acessos de mel?o da agricultura tradicional e estimar a variabilidade gen?tica entre e dentro de uma amostra de acessos desses mel?es utilizando descritores morfol?gicos e moleculares, a fim de identificar as subesp?cies e seus respectivos grupos bot?nicos. Na caracteriza??o morfol?gica foram usadasas gera??es parentais e S1 utilizando descritores quantitativos e qualitativos e alguns acessos foram desdobrados em subacessos. Para a caracteriza??o molecular os subacessos foram analisados com 28 primers ISSR. Com os dados morfol?gicos foi poss?vel identificar a subesp?cie agrestis com os grupos bot?nicos makuwa e momordica e a subesp?cie melo com o grupo bot?nico cantalupensis.Os agrupamentos pelo m?todo UPGMA mostraram grande diversidade gen?tica entre e dentro dos acessos e dos subacessos. Houve uma razo?vel concord?ncia entre os dados morfol?gicos e moleculares, embora os dados moleculares foram mais precisos na separa??o dos grupos. Contudo, h? indica??o de que houve introgress?o de caracteres das diferentes subesp?cies e diferentes grupos bot?nicos no material cultivado pelos pequenos agricultores.

O gênero Dioscorea possui o maior número de representantes da família Dioscoreaceae e possui uma ampla variedade de espécies de importância econômica, por seu aspecto comestível e medicinal. Este estudo tem por objetivo caracterizar, por marcadores microssatélites, a diversidade genética de 42 acessos de Dioscorea bulbifera pertencentes ao banco de germoplasma ex situ da ESALQ/USP, originários de roças de agricultura tradicional dos Estados São Paulo, Minas Gerais, Pernambuco, Piauí, Mato Grosso e Goiás. Para esta caracterização foi desenvolvida uma biblioteca genômica enriquecida para D. bulbifera, visto que não havia iniciadores específicos para esta espécie. Foram também utilizados iniciadores heterólogos, desenvolvidos para outras espécies de Dioscorea por meio de transferibilidade. Esta biblioteca resultou em sete iniciadores, sendo seis deles polimórficos. Já a amplificação heteróloga resultou em amplificação positiva para 10 iniciadores testados, todos polimórficos. A análise genética foi realizada, portanto, com um total de 17 iniciadores. Os dados foram analisados como dados binários (presença e ausência de bandas), por tratar-se de uma espécie poliplóide. Foi observado um total de 63 alelos (bandas), com média de 3,7 alelos por loco. O índice de Shannon variou entre 0,18 e 0,68, o poder de discriminação (D) entre 0,70 e 0,97 e a heterozigosidade esperada entre 0,08 a 0,49. Ambas as análises de coordenadas principais e de agrupamento, esta última utilizando o índice de Jaccard, não indicaram a separação dos acessos de acordo com seu local de origem. Apesar de não se mostrar estruturada no espaço os dados apresentados neste estudo demonstram que existe grande variabilidade genética em D. bulbifera mantida por agricultores tradicionais de diversas regiões do Brasil, o que provavelmente se deve ao intercâmbio de materiais entre agricultores. / Dioscorea is the largest genus of Dioscoreaceae family and has a wide variety of species of economic interesting, for their edible and medicinal properties. This study aimed to characterize, by microsatellite markers, the genetic diversity of 42 local varieties obtained from the ex situ germplasm collection belonging do ESALQ/USP, originating from São Paulo, Minas Gerais, Pernambuco, Piauí, Mato Grosso and Goiás. For this characterization we developed an enriched genomic library for D. bulbifera, since there were no primers specific for this species. We also tested 17 heterologous primers, developed for other Dioscorea species for cross-amplification. This enriched genomic library resulted in seven primers, six of them polymorphic. The cross-amplification resulted in 10 positive amplifications, all polymorphic primers. Therefore, the genetic analysis was conducted with a total of 17 primers. Data was analyzed as binary data (presence and absence of bands), being a polyploidy species. A total of 63 alleles (bands) were found, with an average of 3.7 alleles per locus. The Shannon index ranged between 0.18 and 0.68, the discrimination power (D) between 0.70 and 0.97, and the expected heterozygosity from 0.08 to 0.49. Both principal coordinate and cluster analysis, using the Jaccard index, indicated no separation among the accessions according to their origin. Although no spatial structure was observed among the accessions, this study demonstrated high genetic diversity in D. bulbifera maintained by traditional farmers in Brazil, which probably can be explained by the exchanging of materials among farmers.

Jatropha curcas L., também conhecida no Brasil como pinhão-manso, é uma oleaginosa que atraiu a atenção do mundo para bioenergia dado a qualidade e o alto conteúdo de óleo na semente. Contudo, a espécie necessita de programas de melhoramento genético para fixar características de interesse em bancos de germoplasma. Este trabalho objetivou identificar e analisar a diversidade alélica, metabólica e físico-química relacionada à síntese de óleo e ésteres de forbol em uma amostra de 22 genótipos do BAG do Instituto Agronômico de Campinas para seleção de genótipos elite. Os genes MFP2, KASIII e 3-N-D, envolvidos na biossíntese de óleo e de taxol, foram selecionados a partir de Gomes et al. (2010). Os resultados mostraram que há baixa diversidade alélica para os genes KAS III e MFP2, por outro lado, a expressão desses mesmos genes e a composição de ácidos graxos foi bastante variável entre os genótipos e ao longo do desenvolvimento da semente de J. curcas indicando uma provável regulação diferenciada da via de óleo. O estudo realizado permite combinar a diversidade alélica, expressão dos genes, conteúdo metabólico e poder calorífico para a seleção de genótipos e identificação de parentais direcionando cruzamentos no quadro do programa de melhoramento do IAC. / Jatropha curcas L., also know in Brazil as physic nut, is an oilseed that call world´s attention to bioenergy due to quality and high oilseed content. However, this species needs of breeding programs so that interest traits may to be fixed in germplasm banks. This study aimed to identify and analyze allelic, metabolic and physicochemical diversity related to oil and phorbol esters synthesis in a 22 genotypes sample from Instituto Agronômico de Campinas-BAG for elite genotypes selection. The MFP2, KASIII and 3-ND genes involved in oil and taxol biosynthesis were selected from Gomes et al. (2010). The results showed that there is low allelic diversity for KAS III and MFP2 genes, on the other hand, the expression of these same genes and fatty acid composition was quite variable between genotypes through J. curcas seed development indicating a putative differential regulation in oil pathway. This study allows combining allelic diversity, gene expression, metabolic content and calorific values for parental genotypes identification and selection driving crosses within IAC breeding program.

Os recursos genéticos vegetais apresentam um valor real e potencial para a agricultura em razão da sua importância em programas de melhoramento e conservação. Este estudo teve como objetivo principal caracterizar a diversidade genética e química do germoplasma de gengibre do Departamento de Genética da ESALQ/USP, por meio de 18 descritores fenotípicos, 13 combinações de marcadores AFLP e análise da composição química do óleo essencial. O germoplasma foi formado por acessos procedentes de distintos estados brasileiros, além de algúns acessos introduzidos da Colômbia. Durante as coletas, foram entrevistados 34 agricultores de três estados: São Paulo (SP), Espírito Santo (ES) e Paraná (PR), constatando-se que esta espécie é cultivada principalmente por agricultores familiares cuja fonte principal de renda é a agricultura. Na análise da composição química, um total de 61 compostos foram identificados, sendo que os acessos apresentaram variabilidade química segundo a análise de variância. O óleo essencial foi rico em monoterpenos (82,35%), destacando-se geranial (20,41%) e neral (13,36%) como os compostos mais abundantes. Os compostos α-zingibereno, 1,8-cineol, linalol e β-felandreno, foram importantes na análise da diversidade química e, portanto, determinantes no agrupamento baseado no método de ligação completa (LC-VD) que classificou o germoplasma em dois grupos de acessos: cultivares e cultivares locais. Na caracterização agromorfológica, pouca variação foi observada para variáveis qualitativas, enquanto que para variáveis quantitativas houve moderada a baixa variabilidade, embora alguns acessos divergentes foram identificados. A análise de componentes principais explicou 82% da variação total nos primeiros três componentes, sendo que a distribuição dos acessos no gráfico de dispersão foi congruente com os agrupamentos formados pelo método de otimização de Tocher, destacando-se os acessos Gen-18, Gen-24, Gen-65 e Gen-42 como os mais divergentes do germoplasma fenotípicamente. Na caracterização molecular, 13 combinações de primers AFLP geraram, em média, 113,5 locos polimórficos, com uma proporção de 96,85% de polimorfísmo na coleção global. As estimativas de diversidade genética de Nei (Hj), índice de Shannon (I) e número efetivo de alelos (ne), foram superiores nos acessos colombianos (0,501; 0,396 e 1,508, respectivamente), em relação aos acessos brasileiros. A AMOVA mostrou que a maior parte da variação (63%) ocorreu entre os dois países e o índice FST=0,153 corroborou este resultado, indicando alta diferenciação genética entre eles. Os agrupamentos fornecidos pelo Structure e o dendrograma baseado no complemento do coeficiente de Jaccard, foram consistentes entre si e demonstraram que a maioria dos acessos brasileiros são altamente similares, sendo que não há influência da procedência geográfica no padrão dos agrupamentos químicos, fenotípicos e moleculares. A introdução de novos materiais genéticos no Brasil, certamente contribuirá para uma base genética mais ampla deste cultivo. / Plant genetic resources exhibit a true and potential value for agriculture due to their importance in breeding and conservation programs. This study aimed to characterize the genetic and chemistry diversity of ginger germplasm of Genetics Department of the ESALQ/USP, through 18 phenotypic descriptors, 13 AFLP markers combinations and chemical composition analysis of essential oil. The germplasm was combined by accessions coming from diferent Brazilian states, along with some accessions introduced from Colombia. During the collection, 34 farmers were interviewed in three states: São Paulo (SP), Espírito Santo (ES) and Paraná (PR). Ginger is mainly cultivated by small farmers whose main income source is agriculture. In the chemical composition analysis, a total of 61 compounds were identified. The accessions presented chemical variability according to the analysis of variance. The essential oil was rich in monoterpenes (82.35%), being the geranial (20.41%) and the neral (13.36%), both referred to as citral, the most abundant compounds. The α-zingiberene, 1,8-cineole, linalool and β-phellandrene compounds were relevant in the chemical diversity analysis of the accessions, while the dendrogram based on the complete linkage method (LC-VD) classified the germplasm into two groups: landraces and cultivars accessions. In the agro-morphologic characterization, qualitative traits showed little variation, while moderate to low variability was observed for quantitative traits, although some divergent accessions were identified. The principal component analysis explained 82% of the total variation in the first three components, wherein the accessions distribution on the scatter plot was consistent with the groups formed by the Tocher method, with the Gen-18, Gen -24, Gen-65 and Gen-42 accessions as the most divergent ones from the phenotypically germplasm. In the molecular characterization, 13 AFLP markers combinations generated an average of 113.5 polymorphic loci, with a ratio of 96.85% of polymorphism in the overall collection. Estimates of Nei genetic diversity (Hj), Shannon index (I) and alleles effective number (ne) were higher in Colombian accessions (0.501; 0.396 and 1.508, respectively). The AMOVA showed that most of the variation (63%) occurs between the two countries and the FST=0.153 index suportted this result, indicating high genetic differentiation between Brazilian and Colombian accessions. The groupings provided by Structure and the dendrogram based on Jaccard coefficient complement were consistent with each other and showed that Brazilian accessions are genetically similar. In general, there is no influence of the accesses geographic origin in the chemical, phenotypic and molecular grouping pattern. The introduction of new genetic materials in Brazil, will certainly contribute to a broader genetic basis of this species.

Submitted by Gabriela Lopes (gmachadolopesufpel@gmail.com) on 2017-07-07T16:39:21Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese Tângela Denise Perleberg.pdf: 2356216 bytes, checksum: 2747b9d603113f3a0a969935a0a20be1 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2017-07-17T19:57:34Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese Tângela Denise Perleberg.pdf: 2356216 bytes, checksum: 2747b9d603113f3a0a969935a0a20be1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-17T19:57:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Tângela Denise Perleberg.pdf: 2356216 bytes, checksum: 2747b9d603113f3a0a969935a0a20be1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-06-09 / A espinheira-santa (Maytenus ilicifolia Mart. ex Reissek) é uma planta medicinal nativa do Brasil utilizada no tratamento de gastrites e úlceras gástricas. Para conservar a variabilidade genética dessa espécie, 129 acessos provenientes de 15 municípios do Rio Grande do Sul são mantidos no Banco Ativo de Germoplasma de Espinheira-Santa da Embrapa Clima Temperado em parceria com o Instituto Federal Sul-rio-grandense. Essa Tese teve como objetivo contribuir para o avanço do conhecimento relacionado à biologia reprodutiva de M. ilicifolia. Foram feitas avaliações da biologia floral, da fenologia reprodutiva, do sistema reprodutivo e dos polinizadores e dispersores de sementes. As fenofases de botão floral, antese floral, fruto maduro e imaturo foram avaliadas mensalmente. Os visitantes florais foram observados no período de floração e classificados em polinizadores ou pilhadores de néctar. As aves que consumiram os frutos foram registradas no período de maturação, sendo consideradas dispersoras de sementes as que engoliram os diásporos (arilo e sementes) inteiros. Foi verificado que as flores têm antese diurna, são morfologicamente hermafroditas, semelhantes no tamanho, formato e coloração, mas apresentam comportamento de flores funcionalmente femininas (produzem frutos) ou flores funcionalmente masculinas (produzem pólen), raramente hermafroditas. As flores funcionalmente femininas e masculinas produzem óvulos e pólen, e o estigma é receptivo. O ovário das flores funcionalmente masculinas não forma frutos. O pólen é fértil em ambos os morfotipos florais. Todavia, nas flores funcionalmente femininas não ocorre pólen em 37% das anteras e nas demais foi registrado apenas quatro grãos, em média. As flores funcionalmente masculinas e funcionalmente femininas ocorrem em diferentes plantas, caracterizando a espécie como funcionalmente dioica. Somente flores funcionalmente femininas e hermafroditas originaram frutos por polinização cruzada e geitonogamia, caracterizando autoincompatibilidade na espinheira-santa. O período reprodutivo ocorreu de junho, com a emissão dos botões florais, até fevereiro, com a maturação dos frutos. Os polinizadores são as moscas, com destaque para Lucilia eximia e Limnophora sp., e as vespas, com destaque para Brachygastra melifica, Polistes canadensis e uma espécie da família Tiphiidae. Oito espécies de aves consumiram diásporos, atuando como dispersoras, com destaque para Tangara sayaca, Elaenia sp. e Pipraeidea bonariensis. M. ilicifolia é uma espécie alógama, apresentando morfologia floral compatível com a polinização entomófila e generalista. As fenofases reprodutivas estão correlacionadas com a temperatura e o comprimento do dia, e o início da floração depende da latitude. Esta tese contribui para o avanço do conhecimento sobre a biologia reprodutiva de espinheira-santa, apresentando informações relevantes para a conservação e uso deste importante recurso genético. / Espinheira-santa (Maytenus ilicifolia) is a medicinal plant native in Brazil. It is used in the treatment of gastritis and gastric ulcers. To conserve the genetic variability of this species, 129 accessions from 15 municipalities of Rio Grande do Sul State, Brazil, are conserved in the Active Germplasm Bank of Espinheira-Santa by Embrapa Clima Temperado in partnership with the Instituto Federal Sul-rio-grandense. This thesis had the objective to contribute to the advancement of knowledge related to the reproductive biology of M. ilicifolia. Evaluations were made of floral biology, reproductive phenology, reproductive system, pollinators and seed dispersers. The phenophases of flower bud, floral anthesis, ripe and immature fruit were evaluated monthly. Floral visitors were observed in the period of flowering and were classified in pollinators or nectar scavengers. The birds consuming fruit were registered at the time of ripening, and those that swallowed the whole diasporas (aril and seeds) were considered dispersors of seeds. The flowers have diurnal anthesis, are morphologically hermaphrodites, they are similar in size, shape and coloration, but exhibit behavior of functionally female flowers (producing fruit), or functionally male flowers (producing pollen), rarely hermaphrodites. Both floral morphotypes produce ovules and pollen, and the stigma is receptive. The ovary of the functionally male flowers does not produce fruit. Pollen is fertile in both floral morphotypes. However, pollen was not present in 37% of the anthers in functionally female flowers, and only four grains were recorded on the other flowers.The functionally male and female flowers occur on different plants, characterizing this species as functionally dioecious. Only functionally female flowers pollinated with pollen from other flowers set fruit bycross-pollination and geitonogamy, characterizing autoincompatibility in espinheira-santa. The reproductive period occurred from June, with the emission of flower buds, until February, with the maturation of the fruit. The pollinators are the flies, mainly Lucilia eximia and Limnophora sp., and wasps, especially Brachygastra melifica, Polistes canadensis and a species of Tiphiidae family. Eight species of birds consumed diaspores, acting as dispersors, standing out the Tangara sayaca, Elaenia sp. and the Pipraeidea bonariensis. M. ilicifolia is an allogamous species, showing floral morphology compatible with entomophilous and generalist pollination. The reproductive phenophases are correlated with temperature and length of the day, and the beginning of bloom depends on the latitude. This thesis contributes to the advancement of knowledge of the reproductive biology of espinheira-santa, featuring relevant information to the conservation and use of this important genetic resource.

Resumo: O presente trabalho foi desenvolvido com a finalidade de avaliar a variabilidade morfoagronômica de Passiflora cincinnata Mast., distribuída em diferentes regiões agroecológicas do Nordeste brasileiro. Foram utilizadas 32 características obtidas em experimento conduzido na Embrapa Semi-Árido, em Petrolina-PE, em delineamento de blocos ao acaso com quatro repetições. O desempenho dos acessos foi avaliado pela análise univariada e os estudos relativos à divergência genética foram realizados com base nos procedimentos multivariados, utilizando-se a distância generalizada de Mahalanobis (D2) e a técnica de agrupamento por variáveis canônicas. A dispersão gráfica dos acessos teve como eixos as primeiras variáveis canônicas. A estratégia de coleta de acessos de P. cincinnata mostrou-se efetiva porque os acessos coletados apresentaram variabilidade genética para todos os descritores utilizados na avaliação. Os caracteres mais importantes para discriminação entre acessos foram: diâmetro das hastes (DH), número de glândulas foliares (NGF), número de glândulas por bráctea (NGB), viabilidade de pólen (VP), massa do fruto (PF), massa da semente (MS) e massa total de frutos (MTF). Contudo, por serem caracteres influenciados pelo ambiente, os acessos devem ser avaliados em mais de um ambiente. O agrupamento dos acessos com base em suas variabilidades genéticas não foi correlacionado com sua origem geográfica. Foram obtidos acessos que, pela alta produtividade de frutos, podem ser recomendados para cultivos experimentais em áreas de produtores. / Abstract: The present work was developed aiming at evaluating the morphoagronomic variability of Passiflora cincinnata Mast., which is distributed in different agroecological regions in Northeast Brazil. Data from 32 characters were used in experiments, carried out at Embrapa Tropical Semi-Arid, Petrolina-PE, Brazil, in a randomized complete block design with four replications. The behaviour of accesses was evaluated by univariate analysis and the studies related to the genetic diversity were done based on the multivariate procedures, using the general distance of Mahalanobis (Dø) and the grouping technique by canonic variables. The graphic dispersion of the accesses used the first canonic variables as axis. The strategies for collecting the accesses of P. cincinnata proved to be effective because the collected accesses showed genetic variability for all the descriptors used in the evaluation. The most important characters for the discrimination among accesses were: stem diameter (SD), number of leaf glands (NLG), number of glands per bract (NGB), pollen viability (PV), fruit mass (FM), seed mass (SM) and total fruit mass (TFM). However, as the environment influences the characters, the accesses must be evaluated in more than one environment. Grouping of accesses based on their genetic variability was not correlated with their geographic origin. Since some accesses showed high fruit productivity, they can be recommended to farmers for experimental growing. / Orientador: Norberto da Silva / Coorientador: Manoel Abilio de Queiróz / Banca: Rumy Goto / Banca: João Domingos Rodrigues / Banca: Grécia Cavalcanti da Silva / Banca: Natoniel Franklin de Melo / Doutor

A cultura da batata (Solanum tuberosum L) está se tornando cada vez mais importante, tanto do ponto de vista dos produtores, dos pesquisadores e dos consumidores, por ser um dos alimentos protéicos mais consumidos em todo o mundo, entretanto, o Brasil depende de variedades importadas, originárias de clima temperado o que não condiz com as nossas condições, refletindo assim em valores inferiores de produtividade e de qualidade. Apesar da grande evolução que esta cultura apresentou em todos estes anos de cultivo se faz necessário a busca por materiais mais produtivos, adaptados e resistentes. Os programas de melhoramento convencionais são extremamente importantes para a seleção de novos progenitores, entretanto o tempo gasto para desenvolver e lançar uma variedade é bastante longo. Diante deste cenário, novas metodologias estão sendo cada vez mais utilizadas no processo de identificação de bancos de germoplasma e cultivares mais promissoras. O objetivo deste trabalho foi avaliar, por meio de marcadores microssatélites, 108 acessos de batata de cinco coleções contendo variedades comerciais, clones para programas de melhoramento e cultivo orgânico, visando a caracterização genética, a identificação de duplicatas e de possíveis parentais para uso nos programas de melhoramento. Para a caracterização molecular foram utilizados 10 iniciadores específicos (primers), gerando-se um total de 50 alelos (bandas) os quais foram analisados como dados binários, sendo que a partir destes dados foi obtida uma matriz de similaridade utilizando o coeficiente de similaridade de Jaccard. Com este coeficiente e com o método aglomerativo UPGMA, foram realizadas análises de agrupamento utilizando o software NTSYSpc e um método de reamostragens (bootstraps), gerando dendrogramas que permitiram a distinção genética entre os acessos. O conteúdo de informação de polimorfismo (PIC) e a heterogozidade esperada (He) foram significativos, sendo que os maiores valores foram 0,8594 e 0,8725, respectivamente, para o primer STM0019a. Em média, o número de alelos por loco foi cinco, variando de dois alelos para os primers STM 1053 e STM 1104 até 13 alelos por loco para o primer STM0019a. Para facilitar a visualização dos resultados, além de serem avaliados como um todo os 108 acessos foram divididos em grupos de acordo com as coleções (variedades comerciais, clones e cultivo orgânico), sendo que a maior variação pelo coeficiente de Jaccard foi de 0,39 a 0,93 para 57 acessos das coleções de cultivares orgânicos e comerciais. Ao se avaliar os 108 acessos juntos, o coeficiente de Jaccard variou de 0,42 a 0,93, mostrando a grande variabilidade genética entre os acessos das cinco coleções. Foram observadas seis possíveis duplicatas [ATLANTIC (Canadá) e ATLANTIC (Chile); 67-2 e 17-10 (clones CNPH1); COLORADO e ÁGATA (EPAMIG); 253 E 266 (clones CNPH2); MELODY e APTA 21-54 (cultivo orgânico); e 387-1 (E1) e VOYAGER], identificando-se também os acessos mais distantes geneticamente [clone 383-19 (EmbrapaCNPH1) e a cultivar comercial HPC-7B], permitindo desta forma a identificação de possíveis parentais para os programas de melhoramento. Os altos níveis de polimorfismo observados paraSolanum tuberosum sugerem que os marcadores microssatélites podem ser uma ferramenta útil para detectar as diferenças genéticas entre cultivares de batata. / The cultivation of potato (Solanum tuberosum L) is becoming increasingly important from the point of view of producers, researchers and consumers, for representing one of the food protein mostly consumed in the world. However, Brazil depends on imported varieties, originated from temperate climate which does not complies with our conditions, thus reflecting in lower productivity and quality. Despite the great progress that this crop presented in all these years of cultivation, it is necessary to search for more productive, adapted and resistant materials. The conventional breeding programs are important for the selection of new parents, but the time spent to develop and launch a new variety is quite long. In this scenario, new approaches are being increasingly used in the identification of germplasm banks and most promising cultivars. The objective of this study was to evaluate, using microsatellite markers, 108 accessions of five potato collections containing commercial varieties, clones for breeding programs and organic farming varieties, aiming at the genetic characterization, identification of duplicates and possible parents to be used in potato breeding programs. For the molecular characterization, 10 specific primers were used, generating a total of 50 alleles (bands) which were analyzed as binary data, and from this data a similarity matrix was obtained using the Jaccard coefficient of similarity. With this coefficient and the UPGMA method, cluster analysis were carried out using the NTSYSpc software and bootstraps analyses, generating dendrograms which allowed the genetic distinction between accessions. The polymorphism information content (PIC) and expected heterozygosity (He) were both significant, with the highest values (0.8594 and 0.8725, respectively) obtained for primer STM0019a. On average, the number of alleles per locus was five, ranging from two alleles for primers STM 1053 and STM 1104 to 13 alleles per locus for primer STM0019a. To facilitate the visualization of the results, in addition to being evaluated as a whole, the 108 accessions were divided into groups according to the collections (commercial varieties, clones and organic farming), where the highest variation for the Jaccard coefficient (0.39 - 0.93) was found for the 57 accessions of organic and commercial cultivars collections. When assessing the 108 accessions together, the Jaccard coefficient ranged from 0.42 to 0.93, showing a high genetic variability between accessions of the five collections. Six possible duplicates were found [\'ATLANTIC (Canada) and ATLANTIC (Chile); 67-2 and 17-10 (clones CNPH1); Color and AGATE (EPAMIG); 253 E 266 (clones CNPH2); MELODY and APTA 21-54 (organic farming); and 387-1 (E1) and VOYAGER], and also the more genetically distant accessions [clone 383-19 (EmbrapaCNPH1) and the commercial cultivar HPC- 7B] were identified, thereby enabling the identification of potential parents for breeding programs. High levels of polymorphism observed for Solanum tuberosum suggest that microsatellite markers can be a useful tool to detect the genetic differences between potato cultivars.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-08-22T19:16:20Z No. of bitstreams: 1 2014 - Aur?lio Ludovico de Almeida Martinez.pdf: 2604129 bytes, checksum: d6ebe0ec048ae2a4b877b584b5f65e6f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-22T19:16:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014 - Aur?lio Ludovico de Almeida Martinez.pdf: 2604129 bytes, checksum: d6ebe0ec048ae2a4b877b584b5f65e6f (MD5) Previous issue date: 2014-07-28 / CAPES / Originating from Americas, with Brazil as an important center of diversity, Capsicum occupies an important position among greenery. This study aimed to 1) to assess the genetic similarity and presence of duplicates; 2) to evaluate the resistance to anthracnose disease 3) screening viruses resistance in Capsicum baccatum accessions from Instituto Federal Goiano - Campus Ceres genebank. The genetic similarity was determined by molecular characterization at Embrapa Recursos Gen?ticos e Biotecnologia through RAPD and ISSR markers and morphological descriptors defined for Capsicum spp. According to the molecular and morphological characterization it was confirm the genetic diversity among C. baccatum accessions and the lack of duplicates. The anthracnose resistance was evaluated at 50 and 120 days after the dispersion of pepper powder prepared from infected peppers, considering incidence (presence or absence of lesions in fruits) and disease severity (surface damage percentage to the surface total of fruit) through images processing of diseased fruits. The essay was carried out under field conditions, using augmented randomized complete block design with fifteen plants per plot and three commercial varieties as control. Significant difference was observed especially in disease severity between treatments in both periods observed. The viruses incidence was evaluated in two field experiments in the periods between June-December 2012 and January-June 2013. DAS-ELISA test was performed with absorbance reading at 405 nm on a plate reader, all symptomatic and four asymptomatic plants in all plots was sampled, at 180 days after transplanting in the first experiment, and 160 days after transplanting in second one. The Viruses evaluated were tobamovirus Pepper mild motle virus (PMMoV), the cucumovirus Cucumber mosaic virus (CMV), the tospovirus Groundnut ring spot virus (GRSV), Tomato spot wilt virus (TSWV) and Tomato chlorotic spot virus (TCSV) and potyvirus Potato virus Y (PVY) and Pepper yellow mosaic virus (PepYMV). The percentage of incidence in the first and second period evaluated, were 30% e 7% PMMoV, 6% e 27% CMV, 8% e 12% PVY, 25% e 22% PepYMV, 10% e 2% GRSV, 11% e 0% TCSV, 0% e 11% TSWV. Virus were not detected several accessions studied and are potential sources of virus resistance that should be confirmed on resistance testing under controlled conditions. / Origin?rias das Am?ricas e tendo o Brasil como importante centro de diversidade, as pimentas do g?nero Capsicum ocupam posi??o de destaque entre as hortali?as. O presente trabalho teve como objetivos: 1) verificar a similaridade gen?tica e a presen?a de duplicatas; 2) avaliar a resist?ncia ? Colletotrichum spp.; e 3) avaliar a incid?ncia de viroses em acessos de Capsicum baccatum da cole??o de germoplasma do Instituto Federal Goiano - Campus Ceres. A similaridade gen?tica foi determinada pela caracteriza??o molecular realizada na Embrapa Recursos Gen?ticos e Biotecnologia, por meio de marcadores ISSR e RAPD e descritores morfol?gicos definidos para Capsicum spp. De acordo com a caracteriza??o molecular e morfol?gica p?de-se verificar diversidade gen?tica entre os acessos C. baccatum e a inexist?ncia de duplicatas na cole??o. A resist?ncia ? antracnose foi avaliada aos 50 e 120 dias ap?s a dispers?o de p? de pimenta preparado a partir de frutos infectados, considerando incid?ncia (presen?a e aus?ncia de les?es no fruto) e severidade de doen?a (percentual de superf?cie de les?o em rela??o ? superf?cie total do fruto), a partir do processamento de imagens dos frutos doentes. A avalia??o foi realizada em condi??es de campo, utilizando desenho experimental em blocos completos casualizados aumentados com quinze plantas por parcela e tr?s variedades comerciais como testemunhas. Foi observada diferen?a significativa entre os tratamentos, especialmente na severidade da doen?a, nos dois per?odos observados. A incid?ncia de viroses foi avaliada em dois experimentos conduzidos em campo, nos per?odos entre junho a dezembro 2012 e janeiro a junho de 2013. Foi realizado teste DAS-Elisa, com leitura de absorb?ncia a 405 nm em leitora de placas, em amostras das plantas sintom?ticas e quatro plantas assintom?ticas em todas as parcelas. Os v?rus avaliados foram o tobamovirus Pepper mild motle virus (PMMoV), o cucumovirus Cucumber mosaic virus (CMV), os tospovirus Groundnut ring spot virus (GRSV), Tomato spot wilt virus (TSWV) e Tomato chlorotic spot virus (TCSV) e os potyvirus Potato virus Y (PVY) e Pepper yelow mosaic virus (PepYMV). No per?odo de junho a dezembro de 2012, os v?rus detectados e respectivo percentual de incid?ncia foram PMMoV 30%, CMV 6%, PVY 8%, PepYMV 25%, GRSV 10%, TCSV 11%, TSWV 0%. J? no per?odo de janeiro a junho de 2013, o percentual de incid?ncia dos respectivos v?rus foram: PMMoV 7%, CMV 27%, PVY 12%, PepYMV 22%, GRSV 2%, TCSV 0% e TSWV 11%. Para todos os v?rus estudados, houveram acessos nos quais n?o foi detectada a presen?a do v?rus, com destaque para IFET 64 (n?o detectado PMMoV, CMV, PepYMV e PVY), IFET 273, (n?o detectados PMMoV, PVY, TSWV, TCSV e GRSV, IFET 19 (n?o detectado CMV, PVY, TSWV, TCSV e GRSV).

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:15:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AnaCAD_DISSERT.pdf: 992908 bytes, checksum: 8c8ed25d36c890fc913b87012539bb33 (MD5) Previous issue date: 2011-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The melon plant is distributed worldwide and is the kind that has the highest phenotypic variability of the genus, especially observed in its fruit. There is great variability which consists an important source of germplasm for genetic improvement programs. Therefore, the knowledge of the genetic variability of vegetable species and how it distributes itself, provides the rational and sustainable use of genetic resources. The objective of the present study was to do a morphological and molecular characterization of accessions of melon plant collected in brazilian northeastern. Were evaluated 40 accesses and three commercial cultivars in a trial conducted in randomized complete block with two repetitions in Mossoró-RN. The morphological characterization was performed through 17 descriptors, one of the seed, fourteen of fruit and two of the inflorescence. The molecular characterization was performed by RAPD markers using 18 primers and by microsatellite (SSR) with 15 primers synthesized for Cucumis melo. It was verified that the morphological markers, RAPD and SSR were satisfactory to allow the detection of polymorphism among the genotypes evaluated. The grouping methods of Tocher and the hierarchical partially agreed on morphological and molecular characterizations. The RAPD marker was more discriminating in relation to microsatellite by the fact of cluster the accesses in most groups. The germplasm bank of UFERSA has high genetic variability among the accessions. / O meloeiro está distribuído em todo o mundo, e é a espécie que possui a maior variabilidade fenotípica do gênero, observada principalmente nos seus frutos. Existe grande variabilidade que consiste em importante fonte de germoplasma para programas de melhoramento. Portanto, o conhecimento da variabilidade genética de espécies vegetais e como ela se distribui, proporciona o uso racional e sustentável dos recursos genéticos. O objetivo do presente trabalho foi realizar a caracterização morfológica e molecular de acessos de meloeiro coletados no Nordeste brasileiro. Foram avaliados 40 acessos e três cultivares comerciais em um experimento conduzido em blocos completos casualizados com duas repetições no município de Mossoró-RN. A caracterização morfológica foi feita através de 17 descritores, sendo um da semente, quatorze de frutos e dois da inflorescência. A caracterização molecular foi realizada pelos marcadores RAPD utilizando 18 primers e por microssatélites (SSR) com 15 primers sintetizados para Cucumis melo. Verificou-se que os marcadores morfológicos, RAPD e SSR foram satisfatórios em permitir a detecção de polimorfismo entre os genótipos avaliados. Os métodos de agrupamento de Tocher e o hierárquico concordaram parcialmente nas caracterizações morfológicas e moleculares. O marcador RAPD foi mais discriminante em relação ao microssatélite pelo fato de agrupar os acessos em mais grupos. O banco de germoplasma da UFERSA possui alta variabilidade genética entre os acessos.

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:18:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AnaCAD_DISSERT.pdf: 992908 bytes, checksum: 8c8ed25d36c890fc913b87012539bb33 (MD5) Previous issue date: 2011-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The melon plant is distributed worldwide and is the kind that has the highest phenotypic variability of the genus, especially observed in its fruit. There is great variability which consists an important source of germplasm for genetic improvement programs. Therefore, the knowledge of the genetic variability of vegetable species and how it distributes itself, provides the rational and sustainable use of genetic resources. The objective of the present study was to do a morphological and molecular characterization of accessions of melon plant collected in brazilian northeastern. Were evaluated 40 accesses and three commercial cultivars in a trial conducted in randomized complete block with two repetitions in Mossoró-RN. The morphological characterization was performed through 17 descriptors, one of the seed, fourteen of fruit and two of the inflorescence. The molecular characterization was performed by RAPD markers using 18 primers and by microsatellite (SSR) with 15 primers synthesized for Cucumis melo. It was verified that the morphological markers, RAPD and SSR were satisfactory to allow the detection of polymorphism among the genotypes evaluated. The grouping methods of Tocher and the hierarchical partially agreed on morphological and molecular characterizations. The RAPD marker was more discriminating in relation to microsatellite by the fact of cluster the accesses in most groups. The germplasm bank of UFERSA has high genetic variability among the accessions. / O meloeiro está distribuído em todo o mundo, e é a espécie que possui a maior variabilidade fenotípica do gênero, observada principalmente nos seus frutos. Existe grande variabilidade que consiste em importante fonte de germoplasma para programas de melhoramento. Portanto, o conhecimento da variabilidade genética de espécies vegetais e como ela se distribui, proporciona o uso racional e sustentável dos recursos genéticos. O objetivo do presente trabalho foi realizar a caracterização morfológica e molecular de acessos de meloeiro coletados no Nordeste brasileiro. Foram avaliados 40 acessos e três cultivares comerciais em um experimento conduzido em blocos completos casualizados com duas repetições no município de Mossoró-RN. A caracterização morfológica foi feita através de 17 descritores, sendo um da semente, quatorze de frutos e dois da inflorescência. A caracterização molecular foi realizada pelos marcadores RAPD utilizando 18 primers e por microssatélites (SSR) com 15 primers sintetizados para Cucumis melo. Verificou-se que os marcadores morfológicos, RAPD e SSR foram satisfatórios em permitir a detecção de polimorfismo entre os genótipos avaliados. Os métodos de agrupamento de Tocher e o hierárquico concordaram parcialmente nas caracterizações morfológicas e moleculares. O marcador RAPD foi mais discriminante em relação ao microssatélite pelo fato de agrupar os acessos em mais grupos. O banco de germoplasma da UFERSA possui alta variabilidade genética entre os acessos.