A mamona (Ricinus communis) é uma cultura de clima tropical de importância social e econômica no Brasil e no mundo. As sementes contém um óleo com excelentes propriedades para o uso industrial. Esse óleo é o mais indicado para a produção de biodiesel, pois é o único solúvel em álcool e requer menos calor que os outros óleos vegetais para a produção de combustível. A grande diversidade genética observada no germoplasma de mamoneira possibilita a seleção de genótipos superiores a partir do material base, no entanto não existem informações sobre a caracterização molecular desses acessos, representando um sério risco quanto a perda de diversidade genética. O sucesso dos programas de melhoramento depende do conhecimento sobre a diversidade genética do banco ativo de germoplasma. Os microssatélites são ferramentas moleculares muito úteis em estudos de diversidade. Desta forma uma biblioteca genômica foi construída para a seleção dos fragmentos contendo marcadores moleculares microssatélites (SSR), a serem utilizados para estimar a diversidade genética dos acessos do banco de germoplasma da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA), do Instituto Agronômico de Campinas (IAC) e da UNESP - Botucatu. A partir dos 41 locos analisados, 26 apresentaram polimorfismo, revelando 111 alelos (4,27 por loco). Destes, 37 alelos foram considerados raros devido à frequência genética menor do que 5%. 41 alelos foram privados, sendo observados em somente uma das três populações (germoplasma) analisadas. O valor da riqueza alélica média foi 2,554. A heterozigosidade média esperada (HE=0,473) foi muito maior do que a observada (HO = 0,054), indicando taxa relativamente alta de endogamia nos genótipos estudados, confirmada através do alto valor médio de GIS (0,845). O valor obtido de GST\' (0,364) foi superior a 0,25, indicando que existem fortes indícios de estruturação na amostra. Os 26 locos apresentaram desvios na proporção do Equilíbrio de Hardy-Weinberg (P<5%) depois da correção de Bonferroni. Os resultados obtidos indicam a formação de dois grupos geneticamente distintos, um grupo é composto pelos acessos da EMBRAPA e o outro grupo é composto pelos acessos do IAC e pelos genótipos da UNESP - Botucatu. Esse fato indica que a diversidade genética da mamona está bem representada nesses bancos de germoplasma. Estas informações serão de extrema importância para os programas de melhoramento da mamoneira. O conhecimento gerado nesse estudo sobre a diversidade genética da mamona pode ser utilizado para uma melhor eficiência na conservação dessa diversidade, no manejo do germoplasma, guiando programas de melhoramento genético no desenvolvimento de novos genótipos. / The castor bean (Ricinus communis L.) is an oil plant with a high economic and social value in Brazil and over the world. The seeds contain oil with excellent properties for industrial uses. It is the only vegetable oil soluble in alcohol, presenting high viscosity and requiring less heating than other oils during the production of biodiesel. Castor diversity is well represented in Brazilian germplasm collections, but there is little information on the molecular characterization of the accessions, and diversity loss is a serious risk. The success in a breeding program depends on the knowledge about the genetic diversity of the available germplasm. Microsattelite is an important tool for estimating the Genetic diversity, This study aims to develop microsatellite markers from an enriched microsatellite DNA library for castor and characterize in genotypes accessions from the castor germplasm of the Brazilian Agricultural Research Company (EMBRAPA), castor germplasm of the Agronomic Institute at Campinas (IAC) and genotypes from State University of São Paulo (UNESP) - Botucatu. From the 41 loci microsatellites analyzed, 26 showed polymorphism revealing 111 alleles independent (4,27 alleles by loco). 37 alleles have presented an inferior frequency 5%, being considered as rare alleles. 41 alleles are particular, being observed in only one of the three analyzed populations. The average allelic richness was 2,554. The average HO=0,054 was smaller than the average HE=0,473, evidencing a heterozygote deficit (average GIS=0,845). The samples has shown a strong structure with a significant differentiation (GST\'= 0.364). The Twenty six loci differ significantly from Hardy Weinberg Equilibrium (P<5%) after Bonferroni correction. The Results of STRUCTURE graphic, main component analysis and dendrograms shows the formation of two genetically distinct groups, a group is composed by the accesses of the EMBRAPA and the other group is composed by the accesses of the IAC and the genotypes of UNESP - Botucatu. This fact indicates that the genetic diversity of castor is well represented. Knowledge on the genetic diversity of castor can be used to gain a better understanding on genetic diversity conservation, and germplasm management, guiding breeding programs and conservation strategies.

Os marcadores microssatélites por serem de natureza codominante e multialélica tornam-se ideais para a caracterização, mapeamento e seleção assistida. Os locos microssatélites disponíveis têm sido utilizados efetivamente na caracterização de acessos de bananeira (Musa), porém muitos deles têm se mostrado com baixa eficiência de amplificação. Neste sentido, os objetivos deste trabalho foram: desenvolver novos locos de microssatélites, caracterizar 224 acessos de bananeira do banco de germoplasma da Embrapa em relação à ploidia e constituição genômica empregando abordagens moleculares e estabelecer relações genéticas entre eles. Foram desenvolvidos 50 novos locos de microssatélites dos quais 44 foram polimórficos entre os acessos analisados. Para a caracterização da ploidia dos acessos foi utilizado a citometria de fluxo, e para a definição da composição genômica foram empregados polimorfismo nos genes ribossomiais nucleares (rDNA) e 16 locos microssatélites, que também serviram para estabelecer as relações genéticas entre os acessos. Além disso, foram sequenciados regiões do rDNA de 17 acessos de bananeira para identificação de polimorfismo de base única (SNP) associados ao genoma A e B. A constituição genômica e/ou ploidia determinada por abordagens moleculares confirmou a classificação previamente estabelecida por descritores morfológicos, com exceção dos acessos Marmelo, Pitogo e Pisang Nangka. As regiões do rDNA sequenciadas permitiram identificar 17 SNPs específicos para M. balbisiana, que poderão ser utilizados para classificar acessos quanto a constituição genômica. A análise de agrupamento derivada da genotipagem dos acessos com 16 locos de microssatélites subdividiu os genótipos de acordo com a ploidia, constituição genômica e subgrupos de bananeira, enquanto que a abordagem empregando o modelo bayesiano corroborou de forma geral com essa categorização. Foi detectada uma ampla heterogeneidade nos acessos diplóides, onde poucos acessos triplóides tiveram sua ancestralidade definida nos grupos dos acessos diplóides. / Microsatellite markers are co-dominant and multiallelic, and the method of choice for genetic characterization, mapping, and assisted selection breeeding. Microsatellite loci have been effectively used to characterize banana (Musa) accessions, but in some cases they have shown low amplification efficiency. Thus, the objectives of this work were to develop new microsatellite loci; to characterize 224 accessions from the Embrapa germplasm collection of banana for ploidy and genomic constitution, as well as to establish genetic relationships among the accessions. Fifty new microsatellite loci were developed, from which 44 were polimorphic. Flow citometry was employed to characterize ploidy, while genomic constitution was determined by polymorphism at the nuclear ribosomal gene (rDNA) and 16 microsatellite loci, also used to establish the genetic relationship among the accessions. Additionally, rDNA regions were sequenced from 17 banana accessions to identify specific single nucleotide polymorphism (SNP) associated with the A or B genome. The genomic constitution and/or ploidy determined by various molecular approaches confirmed the previous classification established by morphological descriptors, except for Marmelo, Pitogo and Pisang Nangka. The sequenced rDNA regions allowed to identify 17 SNPs specific for M. balbisiana, which could be used to classify accessions according to genomic composition. Clustering analysis derived from accession genotyping using 16 microsatellite loci subdivided genotypes according to ploidy, genomic composition and banana subgroups, while the approach using a Bayesian model corroborated in general terms this categorization. A large heterogeneity of the diploid accessions was detected, which restrict the definition of ancestrality of triploid accessions in the diploid accession groups.

Diversos estudos afirmam ser bastante restrita a base genética da soja cultivada, o que gera problemas como falta de variabilidade, fragilidade das cultivares e alcance de um limite de produtividade. O desafio é selecionar dentre o germoplasma quais acessos utilizar em um programa de melhoramento. Este trabalho objetivou analisar a diversidade genética de 79 acessos de soja de diferentes regiões do mundo. Para tanto, foram utilizados marcadores microssatélites genômicos, funcionais e caracteres agromorfológicos. Vinte caracteres agromorfológicos foram avaliados em campo e submetidos a análises multivariadas para a estimação da diversidade genética. A dissimilaridade genética entre os acessos foi calculada pela distância generalizada de Mahalanobis, utilizando-se, a seguir, o algoritmo de otimização de Tocher para o agrupamento dos acessos. A análise de agrupamento resultou em 16 grupos, com cinco deles contendo um só acesso. PIs de mesma origem geográfica foram alocadas no mesmo grupo, com exceções. A primeira variável canônica absorveu 76,99% da variação observada, sendo as características com maior contribuição número de dias para a maturidade e início da granação. A segunda variável canônica absorveu 13,66% e os caracteres de maior peso foram massa de cem sementes e altura de inserção da primeira vagem. A terceira variável canônica absorveu 2,80% da variação, e as características de maior peso foram produtividade de grãos e número de vagens por planta. Isto demonstra que os caracteres ciclo, início da granação e massa de cem sementes são indicados para a análise da diversidade genética em acessos de soja. Todos os 30 locos analisados na genotipagem dos acessos foram polimórficos, sendo encontrados 259 alelos. O número de alelos por loco variou de 2 a 21, com uma média de 8,63. Os acessos analisados possuem uma quantidade bastante significativa de alelos raros, sendo os genótipos 19, 35, 63 e 65 os que apresentaram maior número de alelos exclusivos. A heterozigosidade esperada teve seu maior valor no loco Sat_001 (0,935) e seu menor valor no loco PHYA1 (0,182). A heterozigozidade observada variou de zero a 0,130 (loco Satt308 e loco Satt102, respectivamente). Os acessos 75 e 79, PI 281911 e PI 281907, respectivamente, são os mais similares (0,189) e os acessos 31 (PI 212606 ) e 35 (PI 229358), assim como o 40 (PI 265497) e 78 (438503A) são os mais distintos (0,965). Os dendrogramas oriundos de dados de SSRs, EST-SSRs e caracteres agromorfológicos resultaram em diferenças nos agrupamentos, sendo encontrada baixa correlação por testes de Mantel, mostrando que cada tipo de abordagem acessa diferentemente a variabilidade existente em germoplasma de soja. / Many studies have shown that cultivated soybean has a very narrow genetic basis, which generates some problems such as lack of genetic variability, cultivars vulnerability and achievement of a productivity plateau. The challenge is to select within the germplasm which accessions to use in a breeding program. This study aimed to analyze the genetic diversity of 79 soybean accessions from different regions of the world. For this purpose, genomic and functional microsatellites markers, as well as agromorphological traits, were used. Twenty agromorphological traits were evaluated in field and submitted to the multivariate analyses. The genetic dissimilarity between the accessions was calculated by the generalized distance of Mahalanobis, followed by Tochers algorithm optimization for the grouping of the accessions. The grouping analysis resulted in 16 groups, with five of them containing only one accession. PIs of same geographic origin were placed in the same group, with exceptions. The first canonic variable absorbed 76.99% of the observed variation, being the characteristics with greater contribution number of days to maturity and beginning of grain filling. The second canonic variable absorbed 13.66% and the characters of heavier weight had been mass of one hundred seeds and height of insertion of the first string bean. The third canonic variable absorbed 2.80% of the variation, and the characteristics of heavier weight had been grain productivity and number of string beans per plant. This demonstrates that the characters cycle, beginning of the grain filling and mass of one hundred seeds are indicated for the analysis of the genetic diversity in soybean accessions. All the 30 locus analyzed in the genotyping of the accessions were polymorphic, containing 259 alleles. The number of alleles per locus varied from 2 to 21, with a average of 8,63. The analyzed accessions possess a significant amount of rare alleles, being genotypes 19, 35, 63 and 65 the ones that had presented greater numbers of exclusive alleles. The expected heterozygosity had its highest value in Sat_001 (0,935) and its lowest value in PHYA1 (0,182). The observed heterozygosity varied from zero to 0,130 (Satt308 and Satt102, respectively). Accessions 75 and 79, PI 281911 and PI 281907, respectively, are the most similar (0,189) and accessions 31 (PI 212606) and 35 (PI 229358), as well as accessions 40 (PI 265497) and 78 (438503A) are the most distinct ones (0,9921). The deriving dendrograms from SSRs data, EST-SSRs and agromorphological traits resulted in differences in the groupings, being found low correlation for Mantel tests, showing that each type of approach accesses differently the existing variability in soybean germplasm.

Uma espécie relevante como fonte alimentícia para a população mundial, principalmente para os países subdesenvolvidos e emergentes, é a mandioca (Manihot esculenta Crantz). Primariamente, a mandioca é fornecedora de energia a partir do amido acumulado em suas raízes, mas é importante destacar também a presença dos carotenoides com atividade pró-vitamínica A. Nesse contexto, o objetivo deste estudo foi caracterizar a diversidade agronômica, bioquímica e molecular de acessos de mandioca coletados nas regiões Amazônica, Centro-Oeste, Sudeste e Sul do Brasil, selecionados a partir da coloração de suas raízes. A caracterização foi realizada a partir de 81 genótipos (33 da região Amazônica, 24 da Centro-Oeste, 18 da Sudeste, quatro da Sul e duas variedade comerciais) utilizando 16 caracteres agronômicos, cinco bioquímicos e 17 locos microssatélites. Para os caracteres agronômicos e bioquímicos foram realizadas análises de variância, teste de Tukey e distância de Mahalanobis considerando a região de origem dos genótipos. Para os marcadores microssatélites foram estimados os índices de diversidade genética, tais como o número de alelos por loco (A), porcentagem de locos polimórficos (P), heterozigosidades observada (Ho) e esperada (He), bem como a estruturação da diversidade entre e dentro de regiões (HS, HT, DST e GST). Foram também obtidas a análise de agrupamento a partir da distância de Nei e método de Neighbor-Joining, e a estruturação dos genótipos a partir da análise Bayesiana. Além disso, as distâncias genéticas obtidas para os caracteres avaliados foram correlacionadas entre si pelo teste de Mantel. Os resultados obtidos apontam uma alta variabilidade para todos os caracteres avaliados. Para a maioria dos caracteres agronômicos houve variação significativa entre e dentro de regiões. Todos os caracteres bioquímicos apresentaram variação altamente significativa entre e dentro de regiões. Levando-se em consideração os caracteres agronômicos ocorreu uma tendência de agrupamento dos genótipos da Amazônia, sendo que as características que mais determinaram a distribuição dos genótipos foram a altura total da planta, a altura da primeira ramificação, a relação entre essas duas características e o índice de colheita. Para os caracteres bioquímicos ocorreu um agrupamento dos genótipos amazônicos em função da alta concentração de compostos cianogênicos e carotenoides totais. Os marcadores moleculares indicaram alta variabilidade genética (A = 3,58; P = 100%; Ho = 0,535; He = 0,642), sendo que a maior parte da diversidade (HT = 0,651) encontra-se distribuída dentro de regiões (HS = 0,643). A partir da análise de agrupamento foi verificada uma tendência de estruturação genética, com o agrupamento da maioria dos genótipos coletados na região Amazônica. A análise Bayesiana indicou a formação de dois grupos, sendo que um dos grupos englobou a maior parte dos genótipos da Amazônia, em concordância com a análise de agrupamento. As correlações entre as distâncias obtidas para todos os caracteres não foram significativas. Considerando o teor de compostos cianogênicos dos genótipos e a distância entre eles a partir dos marcadores microssatélites, foi constada uma tendência de separação entre os genótipos considerados bravos e os mansos. A partir dos resultados obtidos verificou-se que os genótipos da região Amazônica possuem características específicas que permitem o seu agrupamento. Essa tendência de agrupamento ocorre possivelmente devido a um processo de seleção diferenciado a que estes genótipos foram submetidos durante o processo de domesticação da espécie. / A relevant species as food source for the world population, especially for the underdeveloped and emerging countries, is cassava (Manihot esculenta Crantz). Primarily, cassava is a provider of energy from starch accumulated in its roots, but the presence of carotenoids with pro-vitamin A activity is also important. In this context, the objective of this study was to characterize the agronomic, biochemical and molecular diversity of cassava accessions selected for the color of their roots, collected in the Amazon, Central-West, Southeast and South regions in Brazil. The characterization was performed from 81 genotypes (33 from the Amazon region, 24 from Central-West, 18 from Southeast, four from the South and two commercial varieties) using 16 agronomic traits, five biochemical characters and 17 microsatellite loci. For biochemical and agronomic traits analyses of variance, Tukey test and Mahalanobis distances were obtained considering the region of origin of the genotypes. For microsatellite markers, indices of genetic diversity were estimated, such as number of alleles per locus (A), percentage of polymorphic loci (P), observed (Ho) and expected (He) heterozygosities, as well as the structuring of diversity between and within groups (HS, HT, DST and GST). Also, a cluster analysis was obtained using the Neighbor-Joining method and Nei´s genetic distance, as well as a Bayesian analysis. Moreover, the distances obtained for all characters were correlated using the Mantel test. Results indicate high variability for all characters evaluated. For most of agronomic traits there was significant variation between and within regions. All biochemical characters showed highly significant variation between and within regions. Taking into account the agronomic characters, there was a tendency for the Amazon genotypes to be grouped together, where the characteristics total plant height, height of the first branch, relationship between these characteristics and harvest index were those that mostly determined the genotypes distribution. For the biochemical characters, the Amazon genotypes were also grouped due to the high concentration of cyanogenic compounds and total carotenoids. Molecular markers indicated high genetic variability (A = 3.58; P = 100%; Ho = 0.535; He = 0.642), while most of total diversity (HT = 0.651) was found within regions (HS = 0.643). In the cluster analysis a tendency was observed towards a structured genetic variability, with the grouping of most genotypes collected in the Amazon region. The Bayesian analysis separated the genotypes in two groups, with one of the groups including most of the Amazon genotypes, in accordance with the cluster analysis. The correlations between the distances obtained for all characters were not significant. Considering the genotypes content of cyanogenic compounds and the distance between them from the microsatellite markers, a tendency was revealed for the separation between bitter and sweet genotypes. From the results obtained we may conclude that the Amazon genotypes have specific characteristics that allow its separate grouping. This tendency occurs possibly because of a differentiated selection process that these genotypes were submitted during the domestication of the species process.

O pinhão-manso (Jatropha curcas) é uma espécie arbórea de ampla distribuição geográfica e com qualidades que a tornam importante do ponto de vista natural, ecológico e principalmente sócio-econômico, pois seus frutos são uma valiosa fonte de óleo vegetal com potencial para produção de biodiesel, proporcionando vantagens ambientais, econômicas e sociais. Este trabalho teve como objetivo avaliar a diversidade genética no germoplasma de pinhão-manso e para isto foram utilizados marcadores moleculares microssatélites e ISSR. A partir de uma biblioteca enriquecida com locos microssatélites foram desenvolvidos 18 pares de primers para a espécie, sendo estes utilizados, juntamente com 30 pares de primers SSR desenvolvidos no CBMEG, visando à caracterização e estudo da estrutura genética populacional. Os acessos dos bancos de germoplasma do CPQBA (Centro Pluridisciplinar de Pesquisas Químicas, Biológicas e Agrícolas) da UNICAMP e da UFS (Universidade Federal de Sergipe) foram avaliados. O germoplasma pertencente ao CPQBA está organizado em 12 populações e o da UFS representado por 17 acessos únicos. Não foi observado polimorfismo entre as populações inviabilizando o estudo populacional. A caracterização dos grupos formados pelos acessos dos bancos de germoplasma foi realizada utilizando 14 marcadores ISSR, revelando que 86,64% da variação genética encontram-se dentro dos grupos e 13,36% entre eles. O número médio total de alelos (na) foi de 1,99 alelos por loco e o número efetivo de alelos (ne) foi de 1,42 alelos por loco. A diversidade genética de Nei (1973) indicou uma baixa diversidade genética dentro dos grupos (0,26), assim como o Índice de Shannon (I) para os acessos (0,41), considerado um baixo valor de diversidade genética. A análise bayesiana alocou todos os acessos avaliados em quatro grupos, todos os acessos apresentaram Q > 0,8. Os grupos formados não apresentaram nenhuma relação com a origem dos acessos. O índice médio de similaridade de Jaccard indicou que existem 30% de similaridade entre os grupos e a amplitude de similaridade variou de 0,23 a 0,94. O dendrograma formou os mesmos quatro grupos de acessos que o formado pela análise bayesiana, tornando ainda mais consistente os resultados obtidos na presente análise. O estudo revela a necessidade e importância de reunir o maior número possível de acessos de diferentes regiões e países para formar o banco de germoplasma da espécie viabilizando a conservação e programas de melhoramento da espécie, haja vista seu promissor potencial para produção de bicombustível. / Physic nut (Jatropha curcas) is a geographically widespread perennial plant species. It is ecologically important in natural communities and economically due to the oil extracted from its fruits that exhibit high potential for biodiesel production, thus, providing environmental, economical and social advantages. The current work aimed to evaluate the genetic diversity in physic nut germplasm using microsatellites and ISSR molecular markers. From a microsatelliteenriched library, 18 primer pairs were developed for the species and were used along with 30 SSR primer pairs developed at CBMEG to characterize and study the population genetic structure. Acessions from the germplasm banks at CPQBA (Centro Pluridisciplinar de Pesquisas Químicas, Biológicas e Agrícolas) from UNICAMP and from UFS (Universidade Federal de Sergipe) were evaluated. The germplasm from CPQBA is organized in 12 populations whereas the accessions from UFS represent 17 soloist accessions. The polymorphism observed between the populations does not impair population genetic studies. The clusters of accessions from the germplasm Banks were characterized using 14 ISSR markers, revealing 86.64% of the genetic diversity are found within the clusters whereas between them, it corresponds to 13.36%. The total average number of alleles per locus (na) corresponded to 1.99 and the effective number of alleles (ne) was of 1.42 alleles per locus. The genetic diversity, investigated as in Nei (1973), indicated a low genetic diversity within the groups (0.26). Shannon index (I) for the accessions evidenced a low value of genetic diversity (0.41). Bayesian analyses of all investigated accessions in four groups demonstrated that all the accessions exhibit Q > 0.8. The clustering patterns did not indicated origin relationships among the accessions. Jaccard average index indicated 30% of similarity between the groups and the amplitude of similarity ranged from 0.23 to 0.94. The dendrogram analysis grouped the four clusters generated by the Bayesian analysis, confirming the consistency of the results. The current study reveals the necessity and importance of gathering as many germplasm accession as possible for the species in order to allow the establishment of conservation and breeding program strategies, considering the potential of the species for biofuel production.

O alho situa-se encontra entre as principais olericulturas do Brasil, sendo cultivada em praticamente todas as regiões. Apesar de ser uma planta de sistema de reprodução assexuada, o alho cultivado tem apresentado considerável variabilidade, devido à seleção de mutações espontâneas expressas em caracteres de interesse. Coleções de germoplasma dessa espécie têm sido constituídas em vários países, inclusive no Brasil. As avaliações fenotípicas da diversidade genética dos bancos de germoplasma devem ser as mais completas possíveis. Assim, este trabalho teve por objetivo avaliar a divergência genética, através da análise multivariada, de 63 acessos da coleção de germoplasma do Instituto Agronômico de Campinas e Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, com base em dois grupos de variáveis: quantitativas e qualitativas. Os dados foram obtidos de dez variáveis quantitavivas e 18 qualitativas em experimentos conduzidos a campo em 2007, em dois municípios do Estado de São Paulo: Monte Alegre do Sul e Piracicaba, no delineamento de blocos casualizados com cinco repetições. A distância de Mahalanobis (D2) e o complemento aritmético de Jaccard foram utilizados como medidas de divergência para as variáveis quantitativas e qualitativas, respectivamente. Foram aplicadas as técnicas de análise agrupamento do método de otimização de Tocher e UPGMA e correlação entre as matrizes pelo teste de Mantel. Verificou-se que as medidas de divergência foi mais influenciada pelo tipo de variável do que pelo ambiente. Avaliações fidedignas de acessos dessa cultura requerem escolha criteriosa das variáveis ou descritores e dos locais de avaliações. / Garlic is among the main vegetable crop in Brazil, being cultivated through out the country. Despite its asexual reproduction system, cultivated garlic exhibits considerable morphological variation of important traits as result of spontaneous mutations. In Brazil and several others countries germplasm collections are available. The use of accessions in breeding programs requires an adequate evaluation and characterization of the genetic materials. The objective of this work was to evaluate the diversity among 63 accessions of the germplasm collection of the Instituto Agronômico de Campinas and Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz. Multivariate analysis was used considering quantitative as well as qualitative variable, measured in two locations (Monte Alegre do Sul and Piracicaba, São Paulo State, Brazil). Randomized complete blocks were set up in both locations, with five replications, in 2007. Ten quantitative and 18 qualitative variables were considered, with divergence between accession measures using Mahalanobis (D2) distances and the complement of Jaccards similarity, respectively. Grouping was made using Tochers procedure and the UPGMA method. Correlation of distance between matrices were tested with Mantels procedure. It could be seen that nature of the variable affected measures of distance more strongly than the environment. The correlation of distances between types of variables was low as for the compared of locations. This indicates that for evaluating accessions of this crops ca careful choice of variables and also environments is necessary for obtaining reliable results.

A utilização intensiva de germoplasma melhorado de arroz reduziu a variabilidade genética necessária no processo de seleção causando a estagnação dos níveis de produtividade. Visando aumentar a base genética das variedades comerciais ocorre uma busca por genes nos BAG´s. Para este fim, a avaliação de 144 acessos de arroz filipino provenientes do banco da ESALQ/USP foi realizada através de dezenove caracteres agromorfológicos e 15 marcadores microssatélite. As análises de agrupamento com base nos dados moleculares discriminaram um total de 3 grupos. Todos os 15 locos analisados na genotipagem dos acessos foram polimórficos, sendo encontrados 156 alelos. O número de alelos por loco variou de 3 a 20, com uma média de 10,4. Os acessos analisados possuem uma quantidade bastante significativa de alelos raros (70), sendo os genótipos 84 (Mum 1), 106 (Khao Phe Do), 68 (Khao Khane), 132 (Ku-79-1), 112 (E-Boot), 64 (Bikyat), 146 (BRS-Sertaneja), 121 (Puntas Claras), 85 (Khao Phe Py), 138 (Maraja), 133 (Unnamed), 105 (Os-6), 107 (Ba Ke Gonh) e 47 (Khao Mack Fay Khao) os que apresentaram alelos exclusivos. A heterozigosidade esperada teve seu maior valor no loco RM 257 (0,934) e seu menor valor no loco RM 277 (0,542). Os caracteres agromorfológicos foram submetidos a análises univariadas e multivariadas para a estimação da diversidade genética. Com base no teste F, diferenças significativas a 1% foram observadas em 12 das 14 variáveis quantitativas usadas no estudo. Aquelas que não apresentaram tais diferenças foram: comprimento de folha bandeira (CFB) e produtividade de grãos (PG). As duas primeiras variáveis canônicas explicaram cerca de 99,71% da variação total. Para a primeira variável as características mais importantes e de maior contribuição para a divergência foram: altura de planta na maturidade (APM) e comprimento de colmo (CC); para a segunda foram: comprimento de espigueta (CE) e número de dias para o florescimento (NDF). A análise de agrupamento reunindo dados moleculares e agromorfológicos discriminou um total de 26 grupos, dos quais os 6 primeiros foram atribuídos como os principais por abranger 69% dos acessos. Desta forma, pode-se observar a presença de maior estruturação de grupos (26), em comparação aos outros agrupamentos envolvendo apenas dados agromorfológicos (10), referentes ao primeiro ano agrícola do estudo, e dados moleculares (3). Tal fato sugere o uso da maior quantidade de dados disponíveis, os quais proporcionarão resultados mais confiáveis e completos, em termos reais. / The improved rice germplasm´s intense use, with related genitors, reduced genetic variability in breeding programs. This intense use causes stagnation of productivity. Intending to enhance genetic bases in commercial cultivars, a search for genes occurs in germplasm. This study aimed to analyze 144 philippine rice accessions, from ESALQ-USP germplasm, across using nineteen agromorphological traits and fifteen microsatellite markers. The grouping analyses, based on molecular data, found an overall of three groups. All the fifteen markers analyzed in the genotyping of the accessions were polymorphic, and 156 alleles were found. The number of alleles per locus varied from three to 20, with an average of 10,4. The analyzed accessions possess a significant amount of rare alleles (70), being genotypes 84 (Mum 1), 106 (Khao Phe Do), 68 (Khao Khane), 132 (Ku-79-1), 112 (E-Boot), 64 (Bikyat), 146 (BRSSertaneja), 121 (Puntas Claras), 85 (Khao Phe Py), 138 (Maraja), 133 (Unnamed), 105 (Os-6), 107 (Ba Ke Gonh) and 47 (Khao Mack Fay Khao), the ones that had presented exclusive alleles. The expected heterozygosity had its highest value in RM 257 (0,934) and its lowest value in RM 277 (0,542). The agromorphological traits were submitted to univariate and multivariate analyses to estimate genetic diversity. Based on F test, 1% significant difference was observed in 12 of 14 quantitative traits used on the study. The traits that didn`t present significant statistical differences were: flag leaf length (FLL) and grain productivity (GP). The first and the second canonical variables absorbed together 99,71% of the observed variation. The most important traits for the first canonical variable, which had most contributed for genetic difference, were: plant height in maturity (PHM) and culm length (CL). For the second canonical variable, grain length (GL) and number of days for flourishing (NDF), were the most important. Grouping analyzes, that brought together molecular data and agromorphological traits, found an overall of 26 groups. The main groups were the six first ones, responsible for 69% of the accessions. Using both, molecular data and agromorphological traits, it´s noticed more structural patterns grouping (26) than in any other grouping connected with the agromorphological traits from the first harvest (10) and molecular data (3). The results suggest, as much as possible, the use of available data, which offers the most completed and trustable results.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-05-09T11:58:38Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1604827 bytes, checksum: df8ba7a8a56ddaa2ff7ce5bb4491e896 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-09T11:58:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1604827 bytes, checksum: df8ba7a8a56ddaa2ff7ce5bb4491e896 (MD5) Previous issue date: 2003-10-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A caracterização e a avaliação dos acessos de abóbora conservados nos Bancos de Germoplasma devem ser prioritárias na estratégia de manejo dos recursos genéticos, pois proporcionam melhor conhecimento do germoplasma disponível, essencial para seu uso em etapas subseqüentes. Dentro deste contexto, o estudo teve como objetivos: (a) Avaliar parte da coleção dos acessos de abóbora pertencentes ao Banco de Germoplasma de Hortaliças da Universidade Federal de Viçosa (MG) e do Banco Ativo de Germoplasma de Cucurbitáceas da Embrapa Semi-Árido (PE) para identificar fontes de resistência ao Zucchini yellow mosaic virus; (b) Obter estimativas da divergência genética entre acessos e híbridos comerciais de abóbora, para promover o seu agrupamento, e (c) Caracterizar os ambientes de coleta de uma amostra de acessos de abóbora do BGH da UFV e do BAG de Cucurbitáceas para o Nordeste brasileiro aplicando descritores ecogeográficos. Cem acessos de abóbora foram inoculados, com o vírus ZYMV, na fase cotiledonar. As plantas que persistiram sem sintomas, após um período de 30 dias após a primeira inoculação, foram testadas para a presença do ZYMV por ELISA indireto. Para obtenção da estimativa da divergência genética entre 16 acessos de abóbora foram utilizados 17 descritores morfoagronômicos e um nutricional (teor de caroteno total). As plantas foram cultivadas em condições de campo na Universidade Federal de Viçosa (MG), utilizando-se o delineamento experimental em blocos ao acaso com três repetições. O desempenho dos acessos foi avaliado pela análise univariada e a divergência estimada mediante a análise multivariada, utilizando-se a distância generalizada de Mahalanobis (D 2 ) e o método Tocher como técnica de agrupamento. Para o levantamento exploratório da distribuição espacial de abóbora, fez-se a análise ecogeográfica com os mapas ambientais no Sistema de Informação Geográfica (SIG), cujos descritores ecogeográficos utilizados foram os mapas do Brasil, prontos para processamento em ambiente de SIG. Dentre os acessos avaliados, três mostraram-se imunes ao ZYMV (BGH-1943, BGH-1934 e BGH-1937) quando inoculados no mês de janeiro. Em relação ao estudo da divergência genética entre os acessos de abóbora houve considerável variabilidade em relação aos descritores qualitativos e quantitativos avaliados; por meio da análise univariada e multivariada, foi constatada a existência de variabilidade genética entre os acessos estudados. Todos os descritores avaliados contribuíram para a determinação da divergência genética entre os acessos, em maior ou menor proporção. Houve formação de um banco de dados digitalizados da coleção de germoplasma de abóbora pertencentes ao BGH-UFV e de 148 acessos do BAG-Embrapa Semi-Árido, como também a caracterização ecogeográfica dos acessos, permitindo assim, a intensificação do uso de recursos genéticos. / The characterization and evaluation of the accessions preserved by germplasm banks must be a priority in strategies of genetic resources management since they provide a better understanding of the germplasm available. Within this context, this study aimed to: (a) evaluate part of the Cucurbita moschata collections owned by the UFV Vegetable Germplasm Bank and the Embrapa SemiArido Germplasm Active Bank of Cucurbitaceae, to identify sources of resistance to the Zucchini Yellow Mosaic Virus (ZYMV); (b) obtain estimates of genetic divergence among accessions and commercial hybrids of Cucurbita moschata to promote its grouping, and (c) characterize the collection environments of 368 accessions from the UFV’ BAG and Embrapa BAG in Northeastern Brazil by applying ecogeographic descriptors. A total of 100 pumpkin accessions were inoculated with the ZYMV at the cotyledon phase. The plants which remained without symptoms for 30 days after the first inoculation were tested for ZYMV by indirect ELISA. To obtain genetic divergence estimate among 16 accessions, 22 morph agronomic descriptors and a nutritional one (total carotene content) were used. The plants were cultivated under field conditions at the Universidade Federal de Viçosa (MG), using an experimental randomized performance was design evaluated by with three univariate repetitions. analysis and Access divergence estimated by means of multivariate analysis, using the Mahalanobis (D 2 ) distance and the Tocher method as grouping technique. For the exploratory assessment of Cucurbita moschata special distribution, an eco- geographic analysis was performed using the Geographic Information System (GIS), with maps of Brazil as ecogeographic descriptors, ready to be processed under GIS. Among the accessions evaluated, three were found to be immune to ZYMV (BGH-1934, BGH-1937 and BGH-1943), when inoculated in January. Considerable variability was found in the qualitative and quantitative descriptors evaluated, regarding the study of genetic divergence among the pumpkin accessions; univariate and multivariate analyses confirmed the existence of genetic variability among the accessions studied. All the descriptors evaluated contributed for determining genetic divergence among the accessions, at a higher or lower proportion. A computerized data bank of the Cucurbita moschata germplasm collection owned by BAG-UFV and of 148 accessions owned by BAG-Embrapa was created, and an eco-geographic characterization of the accessions was made leading to an intensified use of the genetic resources. / Não foi localizado o cpf do autor

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The coconut palm (Cocos nucifera L.) is a perennial fruit with great economic importance in the Brazilian Northeast and is expanding to other regions. However, this culture is susceptible to various diseases, such as “lixagrande”, “lixapequena” and leaf blight. Although they are of great economic importance, are diseases difficult to control, especially for the high size of the plants. Through this study aimed to describe the relationship between the intensity of the complex sanding and leaf blight (CLQ) in dwarf coconut accession and evaluate the cyproconazole fungicide efficiency to control CLQ in green dwarf coconut tree under different modes (axillary and injection) dosages (0.3, 0.6 and 1.0 g a.i.) and frequency of application (bi-monthly and six-monthly). To test the control efficiency of cyproconazole front of the CLQ. Axillary application was made by the application in the axil of the leaf number 9 of the product diluted and injected by opening a hole in the stem to 20 cm from the ground with a mechanical drill and introduction of pure product in the above doses with a syringe. Was evaluated the incidence and severity in addition to the first leaf with leaf blight (PFQ). The temporal variation in the incidence and severity of disease during the study period was determined by the ratio of the values of the last evaluation (225 d) on the first (0 d). For chemical control with cyproconazole, the use of tree regression resulted in a model where a tree four terminal nodes explained 49% of the total variability of the data. This variability was explained by two factors selected for analysis, dose and mode of application, which contributed respectively with 35.5% and 13.5% of the total variability. It was found that there was a difference for all treatments in relation to control. The application modes differ, where injectable application obtained the best controls with lower levels of incidence and severity and higher levels of PFQ. Doses of 0.6 and 1.0 g a.i. were the most efficient independent of the frequency of application to the axillary and injection modes, respectively. There was no significant effect of frequency of application. In the second experiment were evaluated six dwarf coconut accessions conserved in active germplasm bank (BAG) of Embrapa-CPATC being: AAG (Dwarf Yellow-of the-Brazil-of-Gramame), AAM (Dwarf Yellow-of- Malaysia), stroke (Dwarf-Red-of-Cameroon), AVG (Dwarf-Red-of the-Brazil-of-Gramame, AVBJ (Dwarf-Green-of the-Brazil-of-Jiqui), and AVM (Dwarf-Red-of-Malaysia). the design was randomized blocks with six treatments (accessions) and five repetitions. Was carried out 11 monthly evaluationsfrom June 2015 to May 2016. Ofeach disease was evaluated incidence and severity. With the evaluation of BAG accesses a graphical representation expressed 95% of the variability of the data, and of this total, 72% associated with the axis 1 and 23% to the axis 2. the intensity of CLQ damage stroke access and AVBJ presented an intermediate behavior in relation the other accesses. AVG access followed by AVM tended to greater intensity of great sandpaper and the burning of leaves. A group of AAG and AAM tended to greater intensity of small sandpaper. Regarding the environment the intensity of great sandpaper was positively influenced by the temperature and the incidence of leaf burn negatively by rainfall. The small sandpaper was influenced by the relative humidity. / O coqueiro (Cocos nucifera L.) é uma frutífera perene com grande importância econômica no Nordeste brasileiro, e que vem se expandindo para outras regiões. Entretanto, esta cultura é suscetível a diversas doenças, como lixa grande, lixa pequena e queima das folhas. Embora sejam de grande importância econômica, são doenças de difícil controle, principalmente pelo porte alto das plantas. Por meio deste estudo objetivou-se descrever a relação entre a intensidade do complexo lixa e queima das folhas (CLQ) emacessos de coqueiro-anão e avaliar a eficiência do fungicida cyproconazole no controle do CLQ em coqueiro anão verde, sob diferentes modos (axilar e injetável), doses (0,3; 0,6 e 1,0 g i.a.) e frequência de aplicação (bimestral e semestral. A aplicação axilar foi realizada pela aplicação na axila da folha 9 do cyproconazole, e a injetável pela abertura de um furo no estipe a 20 cm do solo com uma furadeira mecânica e introdução do produto puro nas doses supracitadas com uma seringa. Também foram avaliadas incidência e severidade das doenças foliares, alémda primeira folha com queima (PFQ). A variação temporal na incidência e severidade das doenças no período avaliado foi determinada pela razão dos valores da última avaliação (225 d) em relação à primeira (0 d). Para o controle químico com cyproconazole, o uso da técnica de regressão em árvore resultou em um modelo, onde, uma árvore de quatro nós terminais explicou 49% da variabilidade total dos dados. Esta variabilidade foi explicada por dois fatores selecionados pela análise, dose e modo de aplicação, que contribuíram, respectivamente, com 35,5% e 13,5% da variabilidade total. Foi constatado que houve diferença para todos os tratamentos em relação às testemunhas. Os modos de aplicação diferiram, onde a aplicação injetável obteve os melhores controles com menores níveis de incidência e severidade e maiores níveis de PFQ. As doses de 0,6 e 1,0 g i.a. foram as mais eficientes independente da frequência de aplicação para os modos axilar e injetável, respectivamente. Não houve efeito significativo da frequência de aplicação.No segundo experimento foram avaliados seis acessos de coqueiro-anão conservados no banco ativo de germoplasma (BAG) da Embrapa-CPATC, sendo: AAG (Anão-Amarelo-do-Brasil-de-Gramame), AAM (Anão-Amarelo-da-Malásia), AVC (Anão-Vermelho-de-Camarões), AVG (Anão-Vermelho-do-Brasil-de-Gramame, AVBJ (Anão-Verde-do-Brasil-de-Jiqui), e AVM (Anão-Vermelho-da-Malásia). O delineamento foi em blocos casualizados com seis tratamentos (acessos) e cinco repetições. Foram realizadas 11 avaliações mensais de Junho de 2015 a Maio de 2016. De cada doença avaliada, foi avaliado incidência e severidade.Com a avaliação dos acessos do BAG uma representação gráficaexpressou 95% da variabilidade dos dados, sendo, deste total, 72% associados ao eixo 1 e 23%, ao eixo 2. A intensidade de danos do CLQ do acesso AVC e do AVBJ apresentou comportamento intermediário em relação aos demais acessos. O acesso AVG seguido pelo AVM apresentou tendência a maior intensidade da lixa grande e da queima das folhas. Um grupo composto por AAG e AAM apresentou tendência a maior intensidade da lixa pequena. Com relação ao ambiente a intensidade da lixa grande foi influenciada positivamente pela temperatura e a incidência da queima das folhas negativamente pela pluviosidade. A lixa pequena foi influenciada pela umidade relativa do ar. / São Cristóvão, SE

Made available in DSpace on 2016-12-23T14:37:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pablo Diego Silva Cabral.pdf: 1590375 bytes, checksum: 450ea2f7d825ff599531fe2d9aff4e11 (MD5) Previous issue date: 2010-02-22 / O feijoeiro (Phaseolous vulgaris L.) é uma cultura importante no aspecto socioeconômico, pois é fonte de proteínas e emprega em seu cultivo mão de obra da agricultura familiar. O Brasil é o maior produtor de grãos de feijão e no estado do Espírito Santo essa cultura assume o terceiro lugar em importância. A produtividade da cultura ainda é baixa, mas pode ser aumentada, corrigindo-se o manejo inadequado ainda adotado e utilizando sementes comerciais adaptadas a cada região. Nesse sentido, torna-se necessário conhecer a diversidade genética existente entre as cultivares selvagens e comerciais para subsidiar programas de melhoramento da cultura adaptada às condições climáticas de regiões específicas. Com objetivo de estimar a divergência genética entre 57 genótipos de feijoeiro foram realizados três experimentos, sendo um no ano agrícola de 2008/09 e dois no de 2009/2010. Do total de genótipos utilizados, 31 foram resgatados na localidade de Fortaleza, 20 fornecidos pela EMBRAPA e seis cultivares comerciais. Para estimar a diversidade genética foram utilizadas análises morfoagronômicas e moleculares. As análises morfoagronômicas foram feitas, utilizando 19 caracteres quantitativos e 27 qualitativos, por sua vez, nas moleculares, foram utilizados 16 primers de marcadores moleculares SSR e 11 primers ISSR. Os caracteres qualitativos, quantitativos e moleculares mostraram-se eficientes na diferenciação dos genótipos, comprovados pelo valor do coeficiente de correlação cofenética (CCC), sendo que todos foram significativos, a 1% de probabilidade pelo teste t . O maior e o menor CCC foram observados, respectivamente, nas análises por SSR (0,923) e ISSR (0,833). Não foi observada concordância entre os agrupamentos feitos pelos três tipos de caracteres. Nas análises por marcadores SSR, observaram-se 14 grupos, pelas ISSR, 11 e pela combinação dos marcadores, 14. Já pelas análises dos caracteres quantitativos, observou-se a formação de 4 grupos e pelos qualitativos, 11. Sendo essa discordância no número de grupos formados esperada, devido à diferença de avaliação de cada caracter. Verificou-se ampla variabilidade entre os genótipos de feijoeiro estudados. Nos genótipos provenientes da comunidade Fortaleza (locais) foi observada uma significativa diversidade genética, mas entre os genótipos provenientes da EMBRAPA, a diversidade foi estreita. As análises por caracteres quantitativos mostraram que nas cultivares comerciais estudadas houve pequena dissimilaridade com menor valor (24,96), entre as cultivares Iapar 81 e Iapar 44, representando 1,08%. Não houve a identificação de duplicatas genéticas e a correlação de apenas 0,22 entre as matrizes de dissimilaridade, obtida pelos marcadores SSR e ISSR demonstram que a utilização desses marcadores em conjunto reflete na melhor eficiência no poder discriminatório dos genótipos. A combinação dos marcadores foi mais eficiente na separação dos genótipos, discriminando diferença entre os mesmos, por outro lado, as análises separadas classificaram esses genótipos como iguais geneticamente. A correlação moderada / alta (0,57) entre os marcadores SSR e os caracteres quantitativos demonstra que a dissimilaridade por meio de marcadores SSR ligados a características de interesse agronômico pode substituir as análises por caracteres quantitativos, já que as análises por esses marcadores não são afetadas pelo ambiente, pois são fáceis, rápidas e requerem menor quantidade de mão de obra e espaço físico / The bean (Phaseolous vulgaris L.) is an important crop in the socioeconomic aspect, it is a source of proteins and employed its cultivation, labor of family farming. The Brazil is the largest producer of beans and in the state, of the Espírito Santo that culture takes third place in importance. The yield is still low, but can be increased by correcting the improper management has adopted and using commercial seed adapted to each region. In this sense, it is necessary to know the genetic diversity between wild and commercial cultivars to support programs to improve the culture adapted to the conditions of specific regions. To estimate the genetic differences among 57 bean genotypes were performed three experiments, one in the agricultural year of 2008/09 and two in 2009/2010. Of the genotypes, 31 were rescued in the town of Fortaleza, 20 supplied by EMBRAPA and six cultivars. To estimate the genetic diversity were used morphological and molecular analysis. The morphological analysis were made using 19 quantitative characters and 27 qualitative, in turn, the molecular primers were used 16 primers of molecular markers SSR and 11 ISSR primers. The characters qualitative, quantitative and molecular techniques were effective in differentiating the genotypes, as evidenced by the value of cophenetic correlation coefficient (CCC), all of which were significant, at 1% probability by t test. The highest and lowest CCC were observed, respectively, the analysis by SSR (0.923) and ISSR (0.833). There wasn t correlation between the groupings made by the three types of characters. In the analysis by SSR markers, there were 14 groups, the ISSR, 11 and the combination of markers, 14. In the analysis of quantitative characters, we observed the formation of 4 groups and the qualitative, 11. This discrepancy in the number of groups formed expected, due to the difference in valuation of each character. There was wide variation among bean genotypes studied. In the genotypes from community Fortaleza (local) was a significant genetic diversity, but among the genotypes from EMBRAPA, the diversity was narrow. The analysis of quantitative traits showed that the cultivars studied was small dissimilarity with lower value (24.96) among the cultivars Iapar 81 and lapar 44, representing 1.08%. There wasn t identification of duplicates and genetic correlation of only 0.22 between the dissimilarity matrices obtained by SSR and ISSR markers show that these markers together reflected in greater efficiency in discriminating power of the genotypes. The combination of markers was more efficient in the separation of the genotypes, distinguishing difference between them, on the other, the separate analysis classified the genotypes as genetically identical. The correlation moderate / high (0.57) between the SSR markers and quantitative traits shows that the dissimilarity using SSR markers linked to desirable agronomic characteristics can replace the analysis of quantitative traits, since the analysis for these markers aren t affected by the environment as they are easy, fast and require less amount of manpower and physical space