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An Overview Of The Antibiotic Resistance Mechanisms Of Common Gram Positive And Gram Negative Multidrug Resistant Bacteria / En Översikt Över Antibiotikaresistensmekanismerna För Vanliga Grampositiva Och Gramnegativa Multiresistenta BakterierTammi, Elisabeth January 2023 (has links)
Antibiotic resistance in multidrug resistant bacteria cause high mortality rates worldwide, where there has been over 1,000,000 deaths reported as of the year 2019. Antibiotics were thought to be the cure for fighting infectious diseases and preventing further spreading of infection. This became a major problem due to bacteria evolving and developing mechanisms for resistance. The purpose of this review was to see if there are differences in the resistance mechanism of gram negative and gram positive bacteria, focusing mainly on the six most common multidrug resistant pathogenic bacteria; Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Enterococcus faecium, Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae and Streptococcus pneumoniae. The results show that there is a difference in the resistance mechanism between gram positive and gram negative multidrug resistant bacteria. The difference in resistant mechanisms is due to the cell wall compositions of gram negative and gram positive bacteria. The main difference as to why the gram negative bacteria have more resistance is due to the outer membrane. Antibiotics have a hard time to diffuse through and into the cell, that is they can easily decrease their outer membrane permeability. Gram positive bacteria lack an outer membrane which makes them become more susceptible to antibiotics. The most common antibiotic resistance mechanisms in gram negative bacteria are outer membrane mechanisms such as lipid A and lipopolysaccharide modification as well as mutations in porin channels. On the other hand, the most common resistance mechanisms for gram positive bacteria are point mutations especially in penicillin binding proteins as well mutations in the rpoB gene. One important gram positive bacteria is Methicillin resistant Staphylococcus aureus, which developed a new mechanism against antibiotics, a missense mutation and mutation on the promoter region in penicillin binding protein 4. Recently new research has come forward showing that N-chlorotaurine (NCT) inhibits resistance in both gram positive and gram negative multidrug resistant bacteria. The research on NCT is still fairly new and only time will tell if this method of inhibiting resistance will be used in the future. This review highlights the importance and concern of multidrug resistance bacteria, especially due to bacteria being able to rapidly evolve when antibiotics are used incorrectly. It is important to understand the differences in resistance between gram negative and gram positive bacteria and how resistance spreads. This knowledge can be used to develop antibiotics that treat infections. It is however still a challenge to overcome resistance in multidrug resistant bacteria due to evolutionary adaptation especially through horizontal gene transfer, where resistant bacteria can adapt to changing conditions. / Antibiotikaresistens hos multiresistenta gramnegativa och grampositiva bakterier orsakar hög dödlighet över hela världen, där det har rapporterats över 1,000,000 dödsfall för år 2019. Antibiotika ansågs vara botemedlet för att bekämpa infektionssjukdomar och förhindra ytterligare spridning av infektioner. Detta blev ett stort problem på grund av att bakterier utvecklades mekanismer för resistens, vilket gör att de kan överleva när de behandlas med antibiotika. Syftet med denna studien är att se om det finns skillnader i resistensmekanismener för gramnegativa och grampositiva bakterier, med fokus på de sex vanligaste multiresistenta bakterierna; Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Enterococcus faecium, Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae och Streptococcus pneumoniae. Resultaten visar att det finns en skillnad i resistensmekanismen mellan grampositiva och gramnegativa multiresistenta bakterier. Skillnaden i resistenta mekanismer beror på cellväggssammansättningen av gramnegativa och grampositiva bakterier. Den största skillnaden till varför de gramnegativa bakterierna har mer resistens beror på det yttre membranet. Antibiotika har svårt att penetrera genom och in i cellen genom att minska deras yttre membranpermeabilitet. Grampositiva bakterier saknar ett yttre membran som gör att de blir mer mottagliga för antibiotika. De vanligaste antibiotikaresistensmekanismerna hos gramnegativa bakterier är yttre membranmekanismer som lipid A och lipopolysackaridmodifiering samt mutationer i porinkanaler. De vanligaste resistensmekanismerna för grampositiva bakterier är punktmutationer, särskilt i penicillinbindande proteiner samt mutationer i rpoB genen. En viktig grampositiv bakterie är Meticillin-resistent Staphylococcus aureus, som utvecklade en ny mekanism mot antibiotika, en missense-mutation och mutation på promotorregionen i penicillinbindande protein 4. Nyligen har ny forskning kommit fram som visar att N-klorotaurin (NCT) hämmar resistens i både grampositiva och gramnegativa multiresistenta bakterier. Forskningen om NCT är fortfarande ny och bara tiden kommer att utvisa om denna metod för att hämma resistens kommer att användas i framtiden. Den här studien belyser vikten och oron för multidresistena bakterier, särskilt på grund av att bakterier snabbt kan utveckla antibiotikaresistens när antibiotika används på fel sätt. Det är viktigt att förstå skillnaderna i resistens mellan gramnegativa och grampositiva bakterier och hur resistens sprids inom resistenta bakterier. Denna kunskap kan användas för att utveckla antibiotika som behandlar infektioner orsakade av både gramnegativa och grampositiva bakterier. Det är fortfarande en utmaning att övervinna resistens hos multiresistenta bakterier på grund av evolutionär anpassning särskilt genom horisontell genöverföring, där resistenta bakterier kan anpassa sig till förändrande förhållanden.
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<b>Characterization of the </b><b>β </b><b>-barrel assembly machinery in </b><b><i>Fusobacterium nucleatum </i></b>Claire Overly Cottom (18403473) 19 April 2024 (has links)
<p dir="ltr">The Centers for Disease Control and Prevention’s 2019 Antibiotic Resistance Threats Report highlights more than 2.8 million antibiotic infections each year, with at least 35,000 deaths per annum attributed to antibiotic resistance. The CDC’s 2022 COVID-19 Impact Report emphasizes a 15% increase in hospital-acquired resistant infections between 2019 and 2020, many which are caused by Gram-negative bacteria, bacteria characterized by two encapsulating membranes. The limited treatment options for Gram-negative bacterial infections underscore the critical need for new strategies to combat these pathogens. The β-barrel assembly machinery complex (BAM) is a protein complex located in the outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria, facilitating the folding and insertion of β-barrel outer membrane proteins (OMPs) into the OM. Inhibiting the function of this complex is lethal for Gram-negative bacteria, making BAM a significant and promising drug target.</p><p dir="ltr"><i>Fusobacterium nucleatum</i> is a Gram-negative pathogen that functions in the oral microbiome, interacting with multiple levels of biofilm colonizers. <i>F. nucleatum</i> causes oral infections and is linked to colorectal cancer, impacting treatment response and disease recurrence. The pathogenicity of <i>F. nucleatum</i> in both biofilm formation and in cancer involves OMPs whose biogenesis relies on BAM; however, BAM has not been characterized in this organism. The goal of our study here is to better understand the composition, structure, and function of BAM and its potential as a drug target for <i>F. nucleatum</i>. We first used bioinformatics analysis and proteomics to investigate the putative composition of the BAM complex in <i>F. nucleatum</i>. While the core component BamA was identified, there was a notable absence of other typical accessory proteins in this organism's genome. Therefore, we postulate that unlike other bacteria such as <i>E. coli</i> and <i>A. baumannii</i>, the biogenesis of OMPs in <i>F. nucleatum</i> is mediated solely by BamA without the need of accessory components.</p><p dir="ltr">To investigate how BamA can accomplish OMP biogenesis itself, we employed biophysical techniques to analyze the structure of <i>Fn</i>BamA. We resolved the cryo-EM structure of <i>Fn</i>BamA in complex with several Fabs which showed novel structural features not previously observed in bacteria. In these structures, <i>Fn</i>BamA was found to contain four N-terminal POTRA domains arranged in a J-shaped conformation, rather than elongated. The Fab was found to bind primarily along POTRA 3 which likely stabilizes the unique conformation of the POTRA domains. The C-terminal 16-stranded b-barrel domain was observed as an inverted dimer, with the dimer interface mediated by direct interaction of the b1 strands along the lateral seam of both barrel domains. Additionally, we determined the X-ray crystal structure of the barrel domain alone which was found as a monomer. Measurements of the barrel domain of <i>Fn</i>BamA reveal it has a different shape and size than is found in other BamA structures such as in <i>E. coli</i>. Together, these structural differences provide clues to how <i>Fn</i>BamA alone may accomplish OMP biogenesis when additional components are required in other bacteria. Our ongoing studies aim to further characterize the molecular structure and function of <i>Fn</i>BamA in conjunction with promising antibiotics and other putative BAM components if discovered.</p>
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Modelagem Matemática e otimização da produção de exopolissacarídeo de Haemophilus influenzae tipo b. / Mathematical modelling and optimization of the production of exopolysaccharide from Haemophilus influenzae type b.Cintra, Felipe de Oliveira 05 March 2015 (has links)
Haemophilus influenzae tipo b (Hib) é uma patógeno causador de doenças como meningite. O polissacarídeo capsular (PRP) é usado como antígeno vacinal. O alto custo da vacina provém da instabilidade do PRP. Este trabalho tem por finalidade otimizar o processo de produção do PRP. Primeiro, foi escolhido um modelo matemático para a descrição da cinética de Hib. Em seguida, foi realizado um desenho experimental para avaliar os efeitos de pH e temperatura sobre a cinética. Tanto a produtividade de PRP quanto sua massa molecular foram máximas em pH 7,1, porém em temperaturas mais altas a produtividade foi maior e a massa molecular menor. As condições otimizadas foram definidas como pH 7,1 e 30 °C. Nestas condições, a massa molecular foi cerca de 78 % maior que nas condições da literatura de 37°C e pH 7,5, com uma produção de PRP equivalente. Isto resultou em maior recuperação na primeira etapa de purificação, comprovando que a condição de cultivo otimizada pode contribuir em melhores rendimentos durante o processo e assim impactar na redução do custo final da vacina. / Haemophilus influenzae type b (Hib) is a pathogen responsible for deseases like meningitis. The capsular polysaccharide (PRP) is used as antigen in vaccines. The high cost of the vaccine is due to instability of PRP. The goal of this work is to optimize the production of PRP. First, a mathematical model was selected to describe Hib kinetics. Then, an experimental design was carried out to evaluate the effects of pH and temperature. Both PRP productivity and molecular mass were optimal in pH 7.1, but at higher temperature productivity increased and molecular mass decreased. The optimal conditions were set at pH 7.1 and 30 °C. In these conditions, the molecular mass was 78 % higher, with the same amount of PRP produced. This resulted in higher recovery at the first step of purification, ensuring that the improved conditions may contribute with processes efficiency and enable reduction of the final cost of the vaccine.
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Análises genômica e transcriptômica de Methylobacterium mesophilicum SR1.6/6 em interação com a planta hospedeira / Genomic and transcriptomic analyses of Methylobacterium mesophilicum SR1.6/6 in interaction with host plantAndreote, Francisco Dini 04 April 2011 (has links)
Methylobacterium mesophilicum SR1.6/6 é uma bactéria endofítica isolada de ramo de citros previamente esterilizado superficialmente. Esta bactéria possui a capacidade de associar-se com uma ampla variedade de espécies e tecidos de plantas, principalmente nas raízes, mediado pela formação de biofilme e superfícies do hipocótilo de plântulas in vitro. Este trabalho teve como objetivo o desenvolvimento e a aplicação de um modelo para o estudo in vitro da associação entre esta bactéria e plântulas de soja. Metodologias de genômica e transcriptômica foram aplicadas para a obtenção do draft genômico desta bactéria e de um amplo perfil de sequências expressas, obtidas em dois tratamentos distintos; i) células de biofilme células bacterianas aderidas às raízes das plântulas removidas por sonicação, e ii) células planctônicas células bacterianas em suspensão (i.e. interagindo somente com exsudados radiculares). Os dados genômicos obtidos por 454-pirosequenciamento resultaram em uma cobertura de 37 vezes o tamanho do genoma e geraram 242 contigs. Entre estes, 187 contigs grandes representaram 96% do genoma (tamanho estimado de 6.8 Mb), com um conteúdo GC de 69.5%. Considerando a análise da expressão gênica, um procedimento para monitorar a aderência das células bacterianas às raízes das plântulas foi realizado por meio de microscopia eletrônica de varredura de amostras de raízes coletadas durante o experimento (i.e. 24, 48 e 72h após a inoculação). As células bacterianas obtidas em cada tratamento foram inicialmente submetidas à extração de RNA total, seguida de um processo de enriquecimento de mRNA e sequenciamento por meio da tecnologia de 454-pirosequenciamento (RNA-Seq). O amplo perfil de expressão gênica obtido foi mapeado no draft genômico, resultando em um total de 1.930 clusters gênicos. Posteriormente, estes clusters foram filtrados de acordo com sua abundância e ocorrência diferencial em cada tratamento, resultando em 280 genes diferencialmente expressos. Funções relacionadas ao metabolismo de etanol/metanol, divisão celular, resposta ao estresse oxidativo, produção de sideróforos, biossíntese de peptidoglicanos e hopanóides foram induzidas nas células bacterianas aderidas às raízes das plântulas, enquanto que genes relacionados ao metabolismo essencial das células foram observados principalmente nos tratamentos controle e planctônico. Estes dados fornecem uma base para estudos relacionados a mecanismos moduladores da interação bactériaplanta, distinguindo significativamente os tratamentos biofilme e planctônico, mostrando assim que o contato físico é essencial para o sucesso da interação em estudo. Por fim, estas análises permitiram uma ampla visualização de perfis de expressão gênica desta bactéria, utilizando o draft genômico primeiramente obtido como base para o estudo desta interação com a planta hospedeira. Estudos futuros podem ser desenvolvidos visando caracterizar os mecanismos adaptativos desta bactéria, como seu metabolismo metilotrófico e outros metabolismos específicos, os quais podem dar suporte ao comportamento endofítico deste organismo. / Methylobacterium mesophilicum strain SR1.6/6 is an endophytic bacterium, which has originally been isolated from surface-sterilized healthy citrus branch. This bacterium is able to associate with a range of plant species, rather in the roots, mediated by a biofilm structure, and in hypocotyl surfaces of in vitro seedlings. The aim of the present study was the development and application of a model to study in vitro the association between this bacterium and soybean seedlings. Genomic and transcriptomic approaches were applied resulting a draft of this bacterium genome and a broad profile of mapped mRNA sequences obtained in two different treatments; i) biofilm cells root adhered bacterial cells were removed by sonication, and ii) planktonic cells bacteria cells in suspension (i.e. interacting only with root exudates). Genomic data, obtained by 454-pyrosequencing have had an average depth of 37-fold coverage of the genome and yielded 242 contigs. Among these, 187 large contigs represented 96% of the genome sequence (estimate size of 6.8 Mb) with a GC content of 69.5%. Concerning the gene expression survey, the process to monitor the adherence of bacteria cells to the roots was performed by scanning electron microscopy of roots collected along the experiment (i.e. 24, 48 and 72 hours after inoculation). Bacterial cells obtained in each treatment were firstly submitted to RNA extraction, followed by mRNA enrichment and RNA-Seq using 454-pyrosequencing technology. The broad gene expression profile obtained was mapped into the drafted genome, resulting in a total of 1.930 gene clusters. After that, these clusters were filtered according to their abundance and differential occurrence in each treatment resulting in 280 differential expressed genes. Functions related to methanol/etanol metabolism, cell division, oxidative stress response, siderophore production, peptidoglycan and hopanoid biosynthesis were induced in bacterial cells adhered to plant roots, while genes related to essential cell metabolism were observed mostly in control and planktonic treatment. Also, these data provide insights into the mechanisms modulating plant microbe-interaction, significantly distinguishing biofilm and planktonic treatment, showing that the physical contact is a crucial step on plant-microbe interactions. In conclusion, results allowed a strongly supported analysis of gene expression, based on the genome draft of an endophytic bacterium interacting with the host plant. Further studies should focus on the adaptive mechanisms present in this bacterium, like the methylotrophic lifestyle and other specific metabolisms which might support its behavior as an endophytic bacterium.
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Ocorrência e diversidade de bactérias gram-negativas multirresistentes em ambientes aquáticos públicos no estado de São Paulo. / Ocurrence and diversity of multidrug-resistant gram-negative bactéria in public aquatic environments in southeastern Brazil.Nascimento, Tatiane 25 May 2015 (has links)
Atividades antropogênicas relacionadas ao uso massivo de antibacterianos tem favorecido para que ambientes aquáticos sejam importantes locais para seleção e/ou disseminação de bactérias multirresistentes (MR). O objetivo do estudo foi monitorar a ocorrência de bactérias MRs em ambientes aquáticos públicos no estado de SP, caracterizando genótipos de resistência adquirida. Foram analisados 50 isolados de bactérias gram-negativas, recuperadas de amostras de água, sendo que 70% dos isolados apresentaram perfil de MR, identificando-se os genes blaCTX-M-2 (n= 5), blaCTX-M-9 (n= 1), blaCTX-M-15 (n= 2), blaKPC-2 (n= 3), qnrB (n= 1), oqxA (n= 3), oqxB (n= 3) e, aac(6)1b-cr (n= 7). Destaca-se a primeira detecção de A. calcoaceticus produtora de KPC-2. Ambientes aquáticos de acesso público podem ser importantes fontes para a disseminação e/ou transmissão de uma ampla variedade de espécies bacterianas MRs tanto para seres humanos como para ecossistemas associados, sendo que a presença de genótipos endêmicos sugere contaminação por esgoto doméstico e/ou hospitalar. / Anthropogenic activities related to the massive use of antibacterial has contributed to the selection and spread of multidrug-resistant (MDR) into the aquatic environment. This study aimed to monitor the occurrence of MDR bacteria in public aquatic environments, in the state of São Paulo, characterizing genotypes of acquired resistance. Of the 50 gram-negative isolates, recovered of water samples, 70% exhibited a MDR profile. Indeed, blaCTX-M-2 (n= 5), blaCTX-M-9 (n= 1), blaCTX-M-15 (n= 2)-, blaKPC-2 (n= 3)-, qnrB (n= 1)-, oqxA (n= 3)-, oqxB (n= 3)- and aac(6)-1b-cr (n = 7) genes were identified. Noteworthy is the first the detection of KPC-2-producing Acinetobacter calcoaceticus. Aquatic environments, with public access, may be important sources for the dissemination and/or transmission of a wide variety of MDR bacterial species to both humans and associated ecosystems. Moreover, the presence of endemic genotypes suggests contamination by domestic and/or hospital sewage.
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Taxonomia do gênero Stenotrophomonas através de Multi Locus Sequence Analysis (MLSA). / Taxonomy of Stenotrophomonas genus by means of Multi Locus Sequence Analysis (MLSA).Ramos, Patrícia Locosque 31 October 2007 (has links)
As Stenotrophomonas são comumente encontradas no trato respiratório de pacientes com doenças pulmonares crônicas e também na rizosfera de plantas. Esse gênero apresenta resistência a diversos antibióticos, promove o crescimento de plantas e algumas espécies apresentam a capacidade de fixar o nitrogênio atmosférico. O Multi Locus Sequence Analysis (MLSA) é uma metodologia baseada em genes constitutivos para definição e alocação taxonômica de novas espécies. O objetivo geral do presente trabalho foi caracterizar taxonomicamente uma coleção ampla de Stenotrophomonas composta por isolados endófitos, linhagens-tipo e de referência. Para tanto, foi estabelecido um sistema de classificação e identificação de Stenotrophomonas por meio de MLSA. Foi possível através da metodologia de MLSA definir 9 novas espécies, detectar a presença de um novo gênero e estabelecer um sistema online de taxonomia para Stenotrophomonas. / The genus Stenotrophomonas is found in the respiratory treatment of patients with chronic pulmonary and also in the rizhosfera of plants. It presents resistance to several antibiotics, promotes the growth of plants and some species present the ability to fix atmospheric nitrogen. The Multi Locus Sequence Analysis (MLSA) is a methodology based on constitutive genes for definition and taxonomic allocation of new species. The general objective of the present work was to characterize a wide collection constituted by Stenotrophomonas from isolated endophytic, type and reference strains. In such a way, a system of classification and identification of Stenotrophomonas by means of MLSA was established. It was possible through the MLSA methodology to define 9 new species, to detect the presence of a new genus and to establish an online system for Stenotrophomonas taxonomy.
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Osteomielite por bacilos Gram-negativos: estudo comparativo das características clínico-microbiológicas e fatores de risco com as infecções por Staphylococcus aureus / Gram-negative bacilli osteomyelitis: comparative study of clinical-microbiological features and risk factors with Staphylococcus aureus infectionsCarvalho, Vladimir Cordeiro de 18 June 2013 (has links)
INTRODUÇÃO: As infecções osteoarticulares permanecem como um grande desafio para os profissionais de saúde envolvidos no seu manejo, a despeito do sucesso obtido com a introdução dos antimicrobianos para o tratamento das doenças infectocontagiosas no final da década de 1930. O Staphylococcus aureus (S. aureus) é o agente mais frequentemente encontrado nestas infecções e também é o agente mais estudado, porém possuímos poucas informações disponíveis na literatura médica a respeito das osteomielites por bacilos Gram-negativos (BGN). OBJETIVOS: A caracterização clínica e microbiológica dos episódios de osteomielite causadas por bacilos Gram-negativos. A determinação das diferenças evolutivas e dos fatores de risco para a ocorrência de osteomielite por bacilos Gram-negativos, quando comparadas à osteomielite causada por S. aureus. MÉTODOS: Análise retrospectiva dos casos de osteomielite causadas por bacilos Gram-negativos atendidos no Instituto de Ortopedia e Traumatologia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo no período de janeiro de 2007 a janeiro de 2009. Apenas amostras de osso ou aspirado de canal medular foram consideradas válidas. RESULTADOS: Foram incluídos 89 pacientes no grupo S. aureus e 101 pacientes no grupo BGN. Os pacientes do grupo BGN eram predominantemente do sexo masculino (63%), com mediana de 42 anos de idade. Apresentaram-se com osteomielite crônica (43%) e osteomielite aguda associada à fratura exposta (32%), nos membros inferiores (71%), cuja principal sintomatologia inicial foi a fistulização (69%). Quando comparado ao grupo S. aureus, o grupo BGN estava estatisticamente associado com o antecedente de fratura exposta (35% vs. 18%; p=0,0064), apresentando ainda um maior tempo de internação hospitalar (mediana 41 vs. 24 dias; p=0,0114), maior tempo para a obtenção da primeira cultura positiva (mediana 10 vs. 6,5 dias; p=0,0042), antibioticoterapia mais prolongada (mediana 40 vs. 24 dias; p=0,0329), maior número de procedimentos cirúrgicos (média 3,41 vs. 2,47; p=0,0173) e maior uso de reparo do revestimento cutâneo (31% vs. 9%; p=0,0005). O grupo S. aureus estava estatisticamente associado com as osteomielites da coluna vertebral (23,6% vs. 6,9%; p=0,0008). Foram isolados 121 agentes Gram-negativos de 101 amostras clínicas e os agentes mais frequentes foram Enterobacter spp. (24,7%), Acinetobacter baumannii (21,4%), Pseudomonas aeruginosa (19,8%) e Klebsiella pneumoniae (8,2%). CONCLUSÕES: Os 101 pacientes portadores de osteomielite por BGN eram na sua maioria jovens, do sexo masculino, vítimas de traumas nos membros inferiores e que desenvolveram osteomielite aguda e crônica associadas a fraturas expostas. Os pacientes do grupo BGN necessitaram de um número maior de procedimentos cirúrgicos, maior uso de reparo do revestimento cutâneo, permaneceram internados por mais tempo, necessitaram de um número de dias maior para o isolamento do agente infeccioso e utilizaram antibioticoterapia mais prolongada, quando comparados aos pacientes do grupo S. aureus. O antecedente de fratura exposta foi o principal fator de risco para o desenvolvimento de osteomielite por um BGN, quando comparado ao grupo S. aureus / INTRODUCTION: Bone and joint infection remains a serious therapeutic challenge, despite the high success rate observed with antibiotic therapy in most bacterial disease since the end of 1930 decade. Staphylococcus aureus (S. aureus) is the most studied and the most frequently isolated pathogen, but there is insufficient information in medical literature regarding Gram- negative bacilli (GNB) osteomyelitis. OBJECTIVES: Describe clinical and microbiological characteristics of Gram-negative bacilli osteomyelitis. Establish evolving differences and risk factors for the occurrence of GNB osteomyelitis, compared to S. aureus osteomyelitis. METHODS: Retrospective analysis of all patients with GNB osteomyelitis treated at Institute of Orthopedics and Traumatology, Hospital das Clínicas - School of Medicine, Universidade de São Paulo from january 2007 to january 2009. Only bone or bone marrow aspirate samples were included. RESULTS: 89 patients were included in S. aureus group and 101 patients were included in GNB group. Patients in GNB group were mostly male (63%), with median age of 42 years. At presentation, they had chronic osteomyelitis (43%) and acute open-fracture associated osteomyelitis (32%), in the lower limbs (71%), with a discharging sinus as the main clinical sign (69%). When compared to S. aureus group, GNB group was statistically associated with a previous history of open-fracture (35% vs. 18%; p=0.0064), showed a longer length of hospital stay (median 41 vs. 24 days; p=0.0114), a higher number of days to isolate the infective bacteria (median 10 vs. 6,5 days; p=0.0042), a longer use of antibiotics (median 40 vs. 24 days; p=0.0329), a higher number of surgical procedures (mean 3,41 vs. 2,47; p=0.0173) and a higher rate of soft- tissue reconstruction (31% vs. 9%; p=0.0005). S. aureus group was statistically associated with spine osteomyelitis (23,6% vs. 6.9%; p=0.0008). 121 Gram-negative pathogens were isolated from 101 clinical samples and the most frequent agents were Enterobacter spp. (24.7%), Acinetobacter baumannii (21.4%), Pseudomonas aeruginosa (19.8%) and Klebsiella pneumoniae (8.2%). CONCLUSIONS: Patients with GNB osteomyelitis were mainly young, male, with lower limb trauma and developed chronic and open- fracture associated osteomyelitis. Patients in GNB group had a higher number of surgical procedures, a higher rate of soft-tissue reconstruction, a longer length of hospitalization, a longer time to isolate the infective bacteria and a prolonged use of antibiotics, when compared to patients in S. aureus group. A previous history of open-fracture was the main risk factor to development of GNB osteomyelitis, compared to S. aureus group
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Prevalência de microorganismos gram-negativos em indivíduos com HIV/aids internados num hospital escola do interior paulista / Prevalence of gram-negative microorganisms in individuals with HIV/AIDS hospitalized at a teaching hospital in the interior of São Paulo stateLopes, Ana Elisa Ricci 23 September 2013 (has links)
Introdução: a infecção hospitalar tem se tornado um problema de saúde pública, no Brasil e na maioria dos países do mundo, sobretudo devido ao aumento gradativo da resistência dos microrganismos aos antimicrobianos. Nos pacientes que apresentam deficiências no sistema imunológigo como os indivíduos que vivem com o vírus da imunodeficiência humana (HIV) ou com a síndrome da imunodeficiência adquirida (aids) o quadro clínico dessas infecções pode se tornar extremamente grave, aumentando a morbimortalidade. Objetivo: determinar a prevalência de microorganismos gram-negativos em indivíduos com HIV/aids internados num hospital escola do interior paulista. Material e Método: trata-se de um estudo de corte transversal, aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa da Escola de Enfermagem de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo. No período de 01 agosto de 2011 a 28 de fevereiro de 2013, foram abordados 365 indivíduos internados em duas unidades especializadas de um hospital escola público do interior paulista, sendo a população do presente estudo composta por 220 sujeitos. Os dados sociodemográficos, clínicos e hábitos de saúde foram obtidos por meio de entrevista individual e consulta aos prontuários. Coletou-se também amostras de saliva e swab nasal nas primeiras 24 horas de internação, as quais foram processadas pelo Laboratório de Microbiologia do referido hospital. Os dados foram inicialmente digitados em planilha do Microsoft Office Excel for Windows 2011, realizada dupla digitação e validação dos dados, a fim de identificar possíveis erros de digitação. Posteriormente, a planilha definitva foi transportada para o programa Statistical Package for the Social Science (SPSS), versão 17.0 for Windows, onde foi estruturado o banco de dados e realizada análise estatística. Resultados: a prevalência de microorganismos gram negativos nos indivíduos com HIV/aids foi de 15,4% independente do sítio onde foi isolado. Pseudomonas aeruginosa foi o micoorganismo mais frequentemente isolado tanto na saliva (50%), quanto no swab nasal (37,5%), seguida por Klebsiella pneumoniae (30,7%) isolada somente na saliva. Em relação aos aspectos clínicos 29,4% dos indivíduos com amostras positivas para microorganismos gram negativos tinham carga viral acima de 1000.000 cópias,ml, CD4 menor que 200 céluas/mm3 (50%), tiveram internações prévias (52,9%), estavam em uso de antimicrobiano (64,7%), não usavam antirretrovirais (52,9%) e tinham algum procedimento invasivo no momento da coleta (67,6%). Nenhum microorganismo apresentou resistência aos antimicrobianos. Conclusão: a prevalência de microorganismos gram-negativos foi maior na saliva (11,8%) que no swab nasal (3,6%), indicando que coletar amostras de mais de um sítio pode favorecer a identificação de indivíduos colonizados e ou infectados / Introduction: the hospital infection has become a public health problem in Brazil and in most countries of the world, mainly due to the gradual increase of resistance of microorganisms to antibiotics. In patients who have deficiencies in the immune system such as individuals living with human immunodeficiency virus (HIV) or acquired immunodeficiency syndrome (AIDS), the clinical picture of these infections can become very serious, increasing morbidity and mortality. Objective: to determine the prevalence of gram-negative microorganisms in individuals with HIV/AIDS hospitalized at a teaching hospital in the interior of São Paulo state. Material and Method: this is a cross-sectional study, approved by the Ethics Research Committee of the University of São Paulo at Ribeirão Preto College of Nursing. In the period from August 01, 2011 to February 28, 2013, 365 individuals hospitalized in two specialized units of a public teaching hospital in the interior of São Paulo state were approached, and the study population was comprised of 220 subjects. The sociodemographic and clinical data and health habits were obtained through individual interviews and medical records. Saliva samples and nasal swabs were collected in the first 24 hours of admission, which were processed by the Microbiology Laboratory of the hospital. The instrument variables were coded and cataloged in a dictionary (codebook). The data were initially recorded in a Microsoft Office Excel spreadsheet for Windows 2011, performed a double entry and data validation in order to identify possible typing errors. Subsequently, the final worksheet was transported to the Statistical Package for Social Science (SPSS), version 17.0 for Windows, in which database was structured and statistical analysis was performed. Results: the prevalence of gram-negative microorganisms in individuals with HIV/AIDS was 15.4% regardless of where it was isolated. Pseudomonas aeruginosa is the most frequently isolated microorganisms both in saliva (50%) and in nasal swabs (37.5%), followed by Klebsiella pneumoniae (30.7%) isolated only in saliva. In regard to clinical aspects, 29.4% of individuals with positive samples for gram-negative microorganisms had viral load above 1000,000 copies/ml, CD4 less than 200 cells/mm3 (50%), had previous hospitalizations (52.9%), were using antimicrobials (64.7%), did not use antiretroviral drugs (52.9%) and had some invasive procedure at the time of collection (67.6%). No microorganism was resistant to antimicrobials. Conclusion: the prevalence of gram-negative microorganisms was higher in saliva (11.8%) than in nasal swabs (3.6%), indicating that collecting samples from more than one location may facilitate the identification of individuals colonized and/or infected
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Análise da evolução da multirressistência de bactérias gram negativas no Hospital de Base de São José do Rio Preto no Período de 1999 a 2008 / Gram Negative Bacteria; Multidrug-Resistance; Trends; Tertiary HospitalOliveira, Viviane Decicera Colombo 02 May 2011 (has links)
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Previous issue date: 2011-05-02 / Hospital bacterial resistance to multiple antibiotics is a great concern worldwide. This study objective was to know the multidrug-resistantance (MDR) agents, clinical materials, origin, trends, and to correlate them with the bacterial sensitivity and antimicrobial consumption. A total of 53,316 nosocomial bacteria were assessed in a tertiary hospital during the period from 1999 to 2008. MDR was defined for gram negative bacteria (GNB) when it presented resistance to two or more classes/groups of antibiotics. GNB were predominant (66.1%). GNB MDR had a global increase of 3.7 times in the end of the period. Acinetobacter baumannii was the most prevalent (36.2%). The most frequent materials were urinary and respiratory. A significant increase occurred during the period of 4.8 and 14.6 times of the A. baumannii and K. pneumoniae, respectively. Sixty-seven percent of GNB MDR was from the Intensive Care Units. A. baumannii resistance to carbapenemics increased from 7.4% to 57.5% during the period, concomitant to the consumption increase. The resistance of K. pneumoniae to the cephalosporins had a high increase during the decade. P. aeruginosa decreased in these last two years with a recovery of the sensitivity. / A resistência bacteriana hospitalar a múltiplos antibióticos é uma grande preocupação mundial. O objetivo deste estudo foi conhecer os agentes multidroga-resistentes (MDR), materiais clínicos, origem, evolução e correlacionar com a sensibilidade bacteriana e consumo de antimicrobianos. Foram avaliadas 53.316 bactérias de origem nosocomial, num hospital terciário, durante o período de 1999 a 2008. Foi definida a MDR para as bactérias gram negativas (BGN) quando apresentava resistência a duas ou mais classes/grupos de antibióticos. As BGN foram predominantes (66,1%). As BGN MDR tiveram um aumento global de 3,7 vezes no final do período. O Acinetobacter baumannii foi o mais prevalente (36,2%). Os materiais mais freqüentes foram urinário e respiratório. Ocorreu um aumento significativo durante o período de 4,8 e 14,6 vezes do A. baumannii e K. pneumoniae, respectivamente. Sessenta e sete por cento das BGN MDR foram das UTIs. A resistência do A. baumannii aos carbapenêmicos aumentou de 7,4% para 57,5% durante o período, concomitante ao aumento do consumo. A resistência da K. pneumoniae às cefalosporinas teve um grande aumento durante a década. Houve diminuição da P. aeruginosa nos últimos dois anos com uma recuperação da sensibilidade.
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Ocorrência e diversidade de bactérias gram-negativas multirresistentes em ambientes aquáticos públicos no estado de São Paulo. / Ocurrence and diversity of multidrug-resistant gram-negative bactéria in public aquatic environments in southeastern Brazil.Tatiane Nascimento 25 May 2015 (has links)
Atividades antropogênicas relacionadas ao uso massivo de antibacterianos tem favorecido para que ambientes aquáticos sejam importantes locais para seleção e/ou disseminação de bactérias multirresistentes (MR). O objetivo do estudo foi monitorar a ocorrência de bactérias MRs em ambientes aquáticos públicos no estado de SP, caracterizando genótipos de resistência adquirida. Foram analisados 50 isolados de bactérias gram-negativas, recuperadas de amostras de água, sendo que 70% dos isolados apresentaram perfil de MR, identificando-se os genes blaCTX-M-2 (n= 5), blaCTX-M-9 (n= 1), blaCTX-M-15 (n= 2), blaKPC-2 (n= 3), qnrB (n= 1), oqxA (n= 3), oqxB (n= 3) e, aac(6)1b-cr (n= 7). Destaca-se a primeira detecção de A. calcoaceticus produtora de KPC-2. Ambientes aquáticos de acesso público podem ser importantes fontes para a disseminação e/ou transmissão de uma ampla variedade de espécies bacterianas MRs tanto para seres humanos como para ecossistemas associados, sendo que a presença de genótipos endêmicos sugere contaminação por esgoto doméstico e/ou hospitalar. / Anthropogenic activities related to the massive use of antibacterial has contributed to the selection and spread of multidrug-resistant (MDR) into the aquatic environment. This study aimed to monitor the occurrence of MDR bacteria in public aquatic environments, in the state of São Paulo, characterizing genotypes of acquired resistance. Of the 50 gram-negative isolates, recovered of water samples, 70% exhibited a MDR profile. Indeed, blaCTX-M-2 (n= 5), blaCTX-M-9 (n= 1), blaCTX-M-15 (n= 2)-, blaKPC-2 (n= 3)-, qnrB (n= 1)-, oqxA (n= 3)-, oqxB (n= 3)- and aac(6)-1b-cr (n = 7) genes were identified. Noteworthy is the first the detection of KPC-2-producing Acinetobacter calcoaceticus. Aquatic environments, with public access, may be important sources for the dissemination and/or transmission of a wide variety of MDR bacterial species to both humans and associated ecosystems. Moreover, the presence of endemic genotypes suggests contamination by domestic and/or hospital sewage.
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