No description available.

<p>Precise regulation of the complex process of gene expression is essential for all aspects of life, and a large degree of this precision is mediated at the posttranscriptional level. The global and individual mechanisms by which posttranscriptional control is coordinated to maintain or alter levels of gene expression as necessary are not fully understood. Identification of the mRNA target sets of individual RNA binding proteins (RBPs) and characterization of the mechanisms by which RBPs regulate the expression of individual mRNAs provide some insight into the global structure of the posttranscriptional environment. However, few studies have integrated these findings into a global model of posttranscriptional control. We have explored the structure and function of the posttranscriptional regulatory system through a combination of global modeling approaches, global studies of mRNA translation and decay, and mechanistic studies of the function of individual RBPs, specifically HuR and Pum1. </p><p>By combining RBP-mRNA association data and transcription factor (TF) target data from separate global studies in yeast, we developed an integrated model of gene expression regulation. Evaluation of this model indicates that posttranscriptional regulation may be responsible for substantially greater contributions to the overall gene expression program than transcriptional regulation. Further, we identified a self-regulatory feature of the posttranscriptional network that suggests a `regulators of regulators' structure may be a defining feature of the posttranscriptional control of gene expression.</p><p>Additionally, we explored the mechanisms and functional consequences of the dynamic association between an RBP, HuR, and its target RNAs through a combination of modeling and experimental approaches, including polysome profile analysis and global measurement of RNA stability. Our model indicates that changes in total mRNA abundance are insufficient to fully explain the dynamics of association between HuR and its targets, suggesting a role for competition and cooperation with other RBPs. Our findings also indicate that HuR may play a role in inhibition of translation in a dynamic immunological system (T cell activation). </p><p>Finally, we performed a mechanistic analysis of the function of the Pum1 RBP and characterized the role of this protein in the translational regulation of several important target mRNAs through the use of luciferase reporter assays. We also provided the first in vivo evidence of a role for specific regions of the Pum1 protein in the mediation of gene expression. However, we were unable to verify previous in vitro reports of a role for Pum1 in the control of translation elongation of verified in vivo mRNA targets, suggesting that Pum1's regulatory function may be context dependent.</p><p>Ultimately, the approaches and findings in this study will provide a framework for the development of a global integrated model of posttranscriptional control. Through the iterative development of models and experimentation, hypotheses can be generated and, tested in the laboratory, and the results of these experiments will then further improve the development of the models. An integrated approach of this type will be necessary to fully understand the highly complex and interconnected nature of the gene expression regulatory system.</p> / Dissertation

The RNA-binding protein HuR is involved in numerous aspects of the RNA life-cycle. It is known for its ability to stabilize AU-Rich Element (ARE)-containing transcripts in the cytoplasm. The transcript of cIAP1, an important protein involved both in the regulation of apoptosis and NF-κB signaling, contains four such AREs, raising the question of whether HuR can modulate the stability of cIAP1 mRNA. First, using C2C12 cells, we observed a positive correlation between cIAP1 mRNA levels and HuR cytoplasmic localization. We then show that knockdown of HuR in U2OS cells results in a decrease in steady-state cIAP1 mRNA levels through destabilization of the cIAP1 mRNA. Furthermore, we are able to show in vitro that HuR binds directly to the second of the four AREs in the 3’ UTR. The direct link between the binding of HuR to the second ARE and its effect on cIAP1 mRNA stability remains to be shown.

No description available.

HuR est une protéine liant l’ARN, qui contrôle l’expression des gènes au niveau post-transcriptionnel. Dans le cytoplasme, HuR module la stabilité et la capacité de traduction des ARNm sur lesquels elle se fixe. Nos résultats montrent que HuR est surexprimée dans le carcinome hépatocellulaire (CHC) humain et dans des lignées de CHC en culture. HuR est anormalement retrouvée dans le cytoplasme des cellules hépatiques tumorales, et participe à leur prolifération. En combinant l’analyse globale des gènes régulés par l’extinction d’HuR, celle des ARNm liés à HuR et celle du transcriptome des CHC humains, nous avons identifié 2 gènes dont l’expression est régulée par HuR. Ces gènes sont sous-exprimés dans les tissus de CHC et participent à la mise en place du phénotype cancéreux (résistance à l’apoptose, prolifération cellulaire, invasion,...). / HuR is a RNA binding protein that controls gene expression at post-transcriptional level. In the cytoplasm, HuR modulates the stability and capacity of mRNA translation upon which it binds. Our results show that HuR is overexpressed in hepatocellular carcinoma (HCC) and in human HCC cell lines in culture. HuR is abnormally found in the cytoplasm of liver tumor cells, and contribute to their proliferation. By combining the global analysis of genes regulated by the extinction of HuR, the mRNAs associated with HuR and the transcriptome of human HCC, we identified two genes whose expression is regulated by HuR. These genes are under-expressed in HCC tissues and participate in the development of cancerous phenotype (resistance to apoptosis, cell proliferation, invasion ,...).

La protéine liant les ARNs HuR/ELAVL1 est impliquée dans la stabilisation d’ARNm dont la région 3’UTR présente des motifs riches en A et U (« AU-rich element », ARE). Ces ARNm codent majoritairement des protéines dont la dérégulation favorise l’émergence de cancers (oncogènes, cyclines, facteurs de croissance…). Notamment, HuR est surexprimée dans le carcinome hépatocellulaire (CHC) humain et dans des lignées de CHC en culture et est anormalement retrouvée dans le cytoplasme des cellules hépatiques tumorales participant à leur prolifération. De plus, les modifications post-traductionnelles des protéines liant les ARNs modulent leur localisation subcellulaire ainsi que leur capacité à lier et contrôler le devenir de leurs cibles. Plusieurs serine/thréonine kinases identifiées sont capables de moduler la fonction de l’AUBP (« AU-binding protein ») HuR. Via des études in vitro, nous avons identifié la Y200 comme étant une cible (probablement la seule) de la « tyrosine kinase non-récepteur » Abelson sur HuR. Cette tyrosine kinase est également surexprimée dans le CHC humain et dans des lignées de CHC en culture (comme les cellules HuH7). L’inhibition d’Abl par le Nilotinib influence le profil acido-basique de la protéine HuR, en gel bidimensionnel, dans les cellules HuH7, suggérant un rôle d’Abl dans les fonctions d’HuR sur ses cibles ARNm. / The RNA binding proteins (RBPs) HuR/ELAVL1 is involved in the stabilization of mRNAs whose 3'UTR contains motifs enriched in A and U (« AU-rich element », ARE). These mRNAs encode mainly proteins whose deregulation promotes the emergence of cancer (oncogenes, cyclins, growth factors...). In particular, HuR is overexpressed in hepatocellular carcinoma (HCC) and in human HCC cell lines in culture and is abnormally found in the cytoplasm of liver tumor cells contributing to their proliferation. Furthermore, the Posttranslational modifications of RNA binding proteins (RBPs) modulate their subcellular localization and their ability to bind and control the fate of their targeted mRNAs. Some sérine/thréonine identified kinase are capable of modulating the function of the AUBP (« AU-binding protein ») HuR. By in vitro studies, we identified Y200 as a target (probably the only one) of the « non-receptor tyrosine kinase » Abelson on HuR. This kinase is also overexpressed in hepatocellular carcinoma (HCC) and in human HCC cell lines in culture (as cells HuH7). The inhibition of Abl by Nilotinib (one inhibitor) influences the acido-basic profile of the protein HuR, on Gel 2D, in cells HuH7, suggesting a role of Abl in the functions of HuR on its targets ARNm.

Utomhuspedagogik är något som diskuteras på ett positivt sätt i olika sammanhang och med olika utgångspunkt, inom både förskolan och andra typer av skolverksamheter och även till exempel media. Syftet med den här uppsatsen är att undersöka förskolors arbete med utomhuspedagogik. Följande frågeställningar avses att belysas: Hur använder sig förskolor av rummet utomhus som resurs för barns lärande? Vems intresse styr vad förskolor gör i rummet utomhus? Är det några skillnader på vad förskolor planerar för aktiviteter inomhus respektive utomhus? Uppsatsen tar sin utgångspunkt i Deweys tankar om praktiskt arbete och hur det kan kopplas till förskolors arbete med utomhuspedagogik. Metoden som använts i den här studien är enkäter som skickats ut till fem olika förskolor i olika kommuner inom sydsverige, totalt har 35 enkäter skickats ut och 11 enkäter från tre av de olika förskolorna har returnerats ifyllda. Det resultat som framkommit visar på att pedagoger inom förskolan är positiva till arbete med utomhuspedagogik, men pedagogerna önskar mer fortbildning inom utomhuspedagogik än vad kommuner och arbetsgivare erbjuder. Det som bland annat kommer fram i undersökningen är att pedagoger nyttjar rummet utomhus till arbete med språklig inlärning, matematik och naturvetenskap. Tiden som används till utomhuspedagogik är varierande och påverkar valet av aktiviteter.

Spinal muscular atrophy (SMA) is a debilitating neuromuscular disorder characterized by insufficient SMN protein, resulting in motoneuron death. Initially, it was thought that motoneuronal death is followed by muscle atrophy; however, recent research is beginning to reveal possible muscle intrinsic defects, independent of motoneuron defects, in SMA. Previous studies have elucidated the cooperative involvement of CARM1, HuD and SMN in motoneurons, revealing HuD as a possible key player in the SMA phenotype. In this study, we focus on HuR, a ubiquitous family member of HuD, and the possibility that it plays a similar key role with CARM1 and SMN in skeletal muscle. Through the use of an shCARM1 stable line of C2C12s, we show that CARM1 is necessary for HuR functionality during differentiation. We further show that the methylation of HuR is necessary for its capability to translocate cytoplasmically during differentiation. We confirm an interaction between HuR and SMN, suggestive of a similar mechanism as was shown previously with HuD. In light of these findings, we next progressed to determine whether HuR is misregulated in an SMA mouse model. We report increased CARM1 levels in skeletal muscles of these mice. We further discovered that a deficiency in SMN protein impairs HuR upregulation and cytoplasmic translocation in response to HuR activation through sciatic nerve denervation. These findings were correlated with aberrant mRNA expression of HuR targets upon denervation. Taken together, these results show that HuR methylation is essential for proper myogenesis, and that the mechanism by which it acts likely requires sufficient SMN protein levels. In a deficiency of SMN, HuR shows signs of misregulation that may play a role in the inability to maintain or repair muscle in SMA.

<p>Detta examensarbete har vägletts av följande syfte och frågeställning: Genom att undersöka hur lärare i tre F-6 skolor uppfattar arbetsmaterialet MultiMatte, syftar studien att söka spegla lärares uppfattningar om arbetsmaterialet ”MultiMatte” ur ett didaktiskt perspektiv.</p><p>Kvalitativa intervjuer har sedan genomförts med sex stycken lärare. Inspirerade av den reflexiva intervjun har vi analyserat och tolkat lärarnas uppfattningar om MultiMatte och på så vis uppmärksammat deras åsikter. Lärarnas uppfattningar har sedan analyserats, först med hjälp av den lodräta analysen och därefter den vågräta analysen. Svaren har sedan kategoriserats in i tre områden som beskrivits och rubricerats som: utmärkande drag hos MultiMatte enligt de intervjuade lärarna, vilka följder får det för lärare som använder sig av MultiMatte i sitt arbete och vilka följder får det för elever som arbetar med MultiMatte. Det kom bland annat fram i intervjuundersökningen att lärarna anser att MultiMatte tränar eleverna i att tänka, prata och förklara matematik. Det framkommer även att det är svårt för vikarier att hoppa in i klassen för de är inte insatta i MultiMattes sätt att fungera. I diskussionen har slutligen resultatet från undersökningen relaterats till vår bakgrund. Vi har använt oss av de didaktiska frågorna vad, hur och varför som ett verktyg, för att tydliggöra och organisera vår diskussion, i den framträder även reflektioner från oss. Vi har bland annat reflekterat över att något som kan påverka detta material tämligen snart är de organisatoriska ramar som finns i skolan. Genom att vi att problematiserat de didaktiska frågorna i relation till lärarnas uppfattningar och arbetsmaterialet MultiMatte menar vi, att det går att motivera användandet av MultiMatte i sin undervisning, men att ramarna i skolan inte alltid tillåter det.</p>

Detta examensarbete har vägletts av följande syfte och frågeställning: Genom att undersöka hur lärare i tre F-6 skolor uppfattar arbetsmaterialet MultiMatte, syftar studien att söka spegla lärares uppfattningar om arbetsmaterialet ”MultiMatte” ur ett didaktiskt perspektiv. Kvalitativa intervjuer har sedan genomförts med sex stycken lärare. Inspirerade av den reflexiva intervjun har vi analyserat och tolkat lärarnas uppfattningar om MultiMatte och på så vis uppmärksammat deras åsikter. Lärarnas uppfattningar har sedan analyserats, först med hjälp av den lodräta analysen och därefter den vågräta analysen. Svaren har sedan kategoriserats in i tre områden som beskrivits och rubricerats som: utmärkande drag hos MultiMatte enligt de intervjuade lärarna, vilka följder får det för lärare som använder sig av MultiMatte i sitt arbete och vilka följder får det för elever som arbetar med MultiMatte. Det kom bland annat fram i intervjuundersökningen att lärarna anser att MultiMatte tränar eleverna i att tänka, prata och förklara matematik. Det framkommer även att det är svårt för vikarier att hoppa in i klassen för de är inte insatta i MultiMattes sätt att fungera. I diskussionen har slutligen resultatet från undersökningen relaterats till vår bakgrund. Vi har använt oss av de didaktiska frågorna vad, hur och varför som ett verktyg, för att tydliggöra och organisera vår diskussion, i den framträder även reflektioner från oss. Vi har bland annat reflekterat över att något som kan påverka detta material tämligen snart är de organisatoriska ramar som finns i skolan. Genom att vi att problematiserat de didaktiska frågorna i relation till lärarnas uppfattningar och arbetsmaterialet MultiMatte menar vi, att det går att motivera användandet av MultiMatte i sin undervisning, men att ramarna i skolan inte alltid tillåter det.