A l'hôpital, le bloc opératoire représente un environnement à risque pour le patient. La réalisation d'une chirurgie thyroïdienne demeure une tâche complexe dont le résultat dépend de la combinaison d'une multitude de facteurs qui demeurent mal connus. L'application des méthodes de contrôle qualité développées dans l'industrie peut être utile à leur découverte. Pendant quatre années, nous avons suivi la performance collective et individuelle d'une équipe chirurgicale à l'aide de cartes de contrôle. Des cartes de Shewhart et des cartes CUSUM ont été conçues pour analyser les variations des complications de la thyroïdectomie au cours du temps. Leur mise en place s'est accompagnée d'une réduction immédiate des hypocalcémies postopératoires, puis d'une stabilisation progressive des paralysies récurrentielles. La suractivité chirurgicale a été identifiée comme cause à l'origine d'une dégradation momentanée de la performance de l'équipe. Cette expérience de terrain a montré l'applicabilité des cartes de contrôle à la chirurgie thyroïdienne ainsi que leur intérêt pour aider les chirurgiens à interpréter la variabilité de leurs résultats et à maitriser les facteurs y concourant. Cependant, seules des actions concrètes destinées à améliorer la qualité de la prise en charge peuvent réduire la survenue de complications opératoires. Leur conception implique de mieux comprendre les facteurs influençant la performance du chirurgien et le travail en équipe au bloc opératoire pour garantir la sécurité du patient.

Le microbiote intestinal constitue un réservoir d'activités enzymatiques riche et varié dont l'expression fait partie intégrante de la physiologie de l'organisme et influe sur sa santé. La mise en évidence par méthodes culturales classiques des Archaea méthanogènes est difficile et n'a permis à ce jour que la mise en évidence de 2 Methanobacteriales hydrogénotrophes au sein de ce microbiote : Methanobrevibacter smithii et Methanosphaera stadtmanae. Les travaux de cette thèse ont eu pour but d'apporter une vision moléculaire nouvelle de la diversité des Archaea méthanogènes du microbiote et de rechercher l'influence de l'âge sur ces communautés. Ces travaux ont été menés par analyse d'une partie du cistron mcrA, marqueur moléculaire spécifique de la méthanogenèse, et du gène codant pour l'ARNr 16S. Ces études ont révélé une plus grande diversité des Archea colonisant cet écosystème et ont mis en évidence de nouveaux phylotypes ne pouvant être rattachés à aucun des 5 ordres méthanogènes précédemment décrits. Ils correspondent probablement à d'autres espèces méthanogènes affiliées aux Thermoplasmatales ou cohabitent avec des membres encore inconnus des Thermoplasmatales. Une étude réalisée sur 63 individus répartis en nouveau-nés, adultes et seniors a montré que la fréquence de ces nouveaux phylotypes augmente avec le vieillissement. Ces résultats interrogent à la fois sur l'origine de ces divers organismes et leur présence au sein du mcrobiote intestinal du sujet âgé et soulignent notre relative méconnaissance d'un des trois domaines du vivant.

L'embryologie de la surrénale humaine et la pathogénie de l'hypoplasie congénitale des surrénales sont mal connues et complexes. L'une pouvant expliquer l'autre, nous présentons, à partir de 119 fœtus humains normaux de12 à 36 semaines de développement (SD), une étude cinétique histologique et moléculaire de la surrénale fœtale et nous décrivons 3 cas d'hypoplasie surrénalienne. Après un rappel des mécanismes moléculaires connus, régulant ensemble l'embryologie surrénalienne, gonadique et hypophysaire et ceux de l'hypoplasie surrénale congénitale, nous présentons nos résultats. Dans la corticosurrénale humaine fœtale normale, les cellules du cortex permanent prolifèrent et, dès la 12ème SD, expriment la NCAM, la 3β-HSD et la P450 c21. Elles ont la capacité de synthétiser des minéralocorticoïdes et/ou du cortisol. Les cellules du cortex fœtal ne prolifèrent pas et expriment ni la 3β-HSD, ni la NCAM. La médullosurrénale est formée par des neuroblastes immatures (CgA-, NCAM+) qui migrent et prolifèrent de la périphérie vers le centre de la glande, où ils se différencient en neuroblastes matures (CgA+). Dans les deux cas d'hypoplasie surrénale de type anencéphalique, avec absence de mutation de DAX-1 et de SF-1, la dysembryoplasie surrénalienne est probablement d'origine hypophysaire, par absence de cellules gonadotropes. Dans le 3ème cas, jamais décrit, associant un RCIU, une hypoplasie surrénalienne congénitale, une ambiguïté sexuelle, une absence de différenciation des cellules antéhypophysaires, l'absence de mutation de gènes connus (DAX-1, SF-1, SRY, FGF9, SOX2, SOX3, SOX5 et SOX9) suggère l'existence de nouveaux gènes régulant la différenciation précoce de ces trois glandes endocrines.

La tomographie de cohérence optique (OCT) est une technique d'imagerie non invasive, fondée sur le principe de I'interférométrie. Elle est maintenant un examen classique pour le dépistage et le suivi des affections rétiniennes, notamment des dégénérescences maculaires. C'est dans ce cadre que s'inscrit le premier objectif de ces travaux de thèse, où nous proposons une nouvelle méthode de segmentation des images OCT de sujets sains. Les principales difficultés sont liées au bruit des images, à la variabilité de la morphologie d'un patient à l'autre et aux interfaces mal définies entre les différentes couches. Notre nouvelle approche est fondée sur des algorithmes de segmentation plus globaux. Ainsi. huit couches rétiniennes peuvent étre détectées, y compris les segments internes (IS) des photorécepteurs. L'évolution lente des maladies rétiniennes pose le problème de l'évaluation de ces thérapeutiques. C'est dans ce cadre que s'inscrit le second objectif de cette thèse, où nous étendons le champ d'application des méthodes développées pour les sujets sains aux sujets atteints de rétinopathie pigmentaire. Nous avons ainsi développé un nouveau modèle paramétrique déformable qui intègre les informations a priori en ajoutant une contrainte de parallélisme. Dans les cas sains et pathologiques, nous avons réalisé une évaluation exhaustive qualitative et quantitative. Les résultats de segmentation automatique ont été comparés avec les segmentations manuelles réalisées par différents experts.Ces évaluations montrent une très bonne concordance et une forte corrélation entre les segmentations automatiques et les segmentations faites manuellement par un expert.

Le but de ce travail est de déterminer les liens éventuels existant entre la force et l'équilibre agoniste / antagoniste des muscles rotateurs médiaux et latéraux de l'articulation scapulohumérale, et la stabilité scapulo-humérale. La première partie de ce travail est un rappel d'anatomie fonctionnelle, de physiologie articulaire et de biomécanique de l'articulation scapulo-humérale, ainsi que des aspects pathologiques en rapport avec la problématique de sa stabilité et de son exploration. La deuxième partie propose une analyse critique de la technique d'exploration de la force musculaire par dynamométrie isocinétique, afin de déterminer un protocole d'évaluation fiable et reproductible. Ainsi, nous choisissons d'utiliser la position d'évaluation la plus reproductible et la plus adaptée pour l'évaluation de sujets pathologiques : la position assise avec 45° d'abduction dans le plan de la scapula avec correction de la gravité. La troisième partie a pour objet de rechercher, à partir d'études cliniques originales, les liens existant entre la force musculaire des rotateurs médiaux et latéraux de l'épaule et l'instabilité antérieure chronique post-traumatique d'une part, et les adaptations de cette force avec certaines sollicitations sportives d'autre part. Bien qu'un déficit de la force musculaire des rotateurs médiaux et latéraux soit associé à l'instabilité antérieure chronique, nos études ne rapportent pas d'association entre le déséquilibre agoniste/antagoniste et l'instabilité antérieure chronique. Dans le cadre de la pratique de sports sollicitant les membres supérieurs, les adaptations de la force, avec une augmentation de la force des muscles rotateurs médiaux et latéraux du côté dominant, sont inconstantes, et surtout, nos résultats ne rapportent aucun déséquilibre agoniste/antagoniste induit par la pratique sportive. En conclusion, notre travail de thèse met en évidence des adaptations de la force musculaire sans perturbation de l'équilibre agoniste/antagoniste des rotateurs médiaux et latéraux de l'articulation scapulo-humérale, associées à l'instabilité scapulo-humérale ou induites par la pratique de sports sollicitant cette articulation. Prenant en compte les limites de notre expérimentation, on peut faire l'hypothèse que les adaptations physiologiques induites par la pratique sportive n'interviendraient pas comme un mécanisme de désadaptation, ou un facteur de risque prédisposant, à l'origine des pathologies de l'articulation scapulo-humérale. Ainsi, notre conclusion serait que l'équilibre agoniste / antagoniste aurait un rôle protecteur de la stabilité articulaire ; la survenue d'un déséquilibre musculaire agoniste / antagoniste serait alors secondaire à une lésion anatomique et marquerait le signe de son évolution longue et/ou péjorative

Les protéines solubles sont généralement faiblement immunogènes, ce qui constitue unelimite pour le développement de vaccins sous unitaires à base de protéines. Mes travaux de thèseont eu pour objectif de décrypter certains mécanismes moléculaires et cellulaires qui contribuent àl'immunogénicité et d'en tirer partie pour développer des approches originales permettantd'améliorer la capacité des protéines à déclencher la réponse immunitaire. Pour cela, j'aiprincipalement utilisé le transactivateur transcriptionnel (Tat) du VIH-1. J'ai montré quel'oligomérisation de Tat permet à un mécanisme de collaboration B-TH-2 d'induire la réponseimmunitaire en absence d'adjuvant. J'ai identifié le déterminant minimal responsable de l'effet etmontré qu'il confère la propriété adjuvante à d'autres antigènes. J'ai ensuite montré que laprésentation aux cellules T restreinte aux CMH I et CMH II est accrue lorsque les protéines sontdotées de la capacité à lier des sucres sulfatés d'expression ubiquitaire: les héparanes sulfate. Cestravaux ont permis de définir de nouvelles approches pour améliorer l'immunogénicité de protéinessusceptibles d'être intégrées dans des préparations vaccinales.

La prise répétée de cocaïne entraine la mise en place d'une addiction durable. Cette maladie neuropsychiatrique est un problème de santé public majeur en France et dans le monde. Les effets aigus de la cocaïne sont maintenant bien connus mais il est encore difficile d'établir un consensus des conséquences d'une administration répétée de ce psychostimulant au niveau central. En effet, les résultats rapportés dans la littérature actuelle présentent de nombreuses disparités. Nous pensons que cela pourrait être dû aux différences de protocole d'administration utilisés par chaque laboratoire. Nous émettons l'hypothèse que si à l'heure actuelle il n'existe pas de traitement efficace pour traiter les cocaïnomanes, c'est que les thérapies ne prennent pas en compte les différentes modifications neurobiologiques induites par les différents profils de consommation. Afin de tester cette hypothèse, nous avons comparé deux profils d'administration différents de cocaïne chez le rat. Nous nous sommes intéressés aux conséquences comportementales, neurochimiques et cellulaires après un sevrage court et un sevrage long. Nous avons mis en évidence que les adaptations comportementales (activité locomotrice et exploratoire), neurochimiques (dopamine extracellulaire) et cellulaires (récepteurs dopaminergiques) basales et en réponse à une dose de rappel, sont différentes selon le profil d'administration de cocaïne. Nous avons également mis en évidence une anticipation neurochimique dopaminergique et locomotrice, exactement à l'heure habituelle d'injection et qui varie selon le profil d'administration. Dans un deuxième temps, nous avons montré que le BDNF (Brain Derived Neurotrophic Factor), qui est une neurotrophine du système catécholaminergique, varie à la fois au niveau central et au niveau périphérique, de façon spécifique pour chaque profil d'administration de cocaïne. L'utilisation en clinique de ce biomarqueur périphérique (BDNF), permettrait d'évaluer les variations neurobiologiques centrales chez les patients cocaïnomanes et d'établir un traitement thérapeutique approprié à leur profil de consommation. L'ensemble des résultats obtenus au cours de cette thèse, ont permis de montrer que le profil d'administration a une grande importance sur les conséquences neurobiologiques de la cocaïne

La chimiorésistance des cancers est caractérisée par une résistance pléïotropique à de multiples médicaments. Ce mécanisme est en partie causé par la surexpression des transporteurs à "ATP binding cassette" (Pgp, MRP1, BCRP...). Les inhibiteurs connus de ces transporteurs comme la cyclosporine A, le vérapamil et le RU486 sont toxiques à doses élevées. Dans cette étude, de nombreux dérivés stéroïdiens synthétisés au laboratoire à base de progestérone ou d'acides biliaires ont été évalués pour leur capacité à inhiber les transporteurs ABC et plus spécifiquement les fonctions de transport par la Pgp ou la BCRP. Plusieurs de ces dérivés synthétisés se sont avérés capables de restaurer complètement la sensibilité des cellules résistantes d'une manière plus importante que la cyclosporine A in vitro. De plus, le meilleur des nos dérivés testés s'est avéré capable in vivo de diminuer significativement la progression tumorale de xénogreffe sur les souris et d'augmenter la durée de survie des souris. Cette étude a ainsi permis d'ouvrir la voie au développement de nouveaux dérivés stéroïdiens peu toxiques ayant la capacité d'inhiber le phénotype MDR et de restaurer la sensibilité des cellules cancéreuses vis-à-vis des agents chimiothérapeutiques utilisés, avec un perspective d'application clinique

La surveillance de la listériose en France s'est construite par étapes depuis les années 1980 sur deux piliers, la microbiologie et l'épidémiologie. Grâce à la création du Centre National de Référence des Listeria et à la mise au point de techniques de typage performantes, l'Institut Pasteur assure une surveillance microbiologique depuis 1987. Une surveillance épidémiologique initiée entre 1984 et 1992 par le Laboratoire National de la Santé, a été développée par le Réseau National de Santé Publique de 1993 à 1999, puis amplifiée par l'Institut de Veille Sanitaire à partir de 2000. Le premier objectif de cette thèse est de décrire les différentes phases de la construction de cette surveillance afin d'analyser leurs contributions respectives au cours de ces 30 dernières années. Cette construction s'est faite en 4 phases : 1. L'étape fondatrice de 1982 à 1992 a été la reconnaissance et la prise en compte du rôle des aliments dans la transmission de la maladie et dans la survenue d'épidémies. 2. La deuxième phase de 1993 à 2000 a été l'édification d'un système de surveillance opérationnel pour détecter et investiguer les épidémies en France. 3. La troisième phase de 2000 à 2005 a permis de consolider le système de surveillance et de le perfectionner en ajoutant un volet complémentaire avec des prélèvements alimentaires.4. Depuis 2005, nous sommes dans la quatrième phase avec comme objectif l'optimisation du système. Cette optimisation repose sur l'adaptation des outils de surveillance et d'alerte aux connaissances. Ainsi, après avoir montré que la durée d'incubation de la maladie varie selon la forme clinique de la maladie, nous avons proposé d'intégrer cette variation pour déterminer la période d'évaluation des expositions alimentaires à risque. L'analyse des performances du système a permis à deux reprises de proposer de nouveaux seuils de signalement plus spécifiques afin d'optimiser cette surveillance tout en réduisant son coût. Le deuxième objectif de cette thèse est de montrer la contribution des données de surveillance à une politique de santé publique. Un premier travail a consisté à mettre en perspective les variations temporelles d'incidence observées avec les différentes sources de données disponibles afin d'en analyser les déterminants. La phase de décroissance de 1987 à 1997 a été concomitante des mesures de contrôles prises par l'industrie agro-alimentaire et de la réduction de la contamination des aliments. La phase d'augmentation en 2006-2007 semble multifactorielle. L'augmentation de la prescription de traitements de réduction de l'acidité gastrique par des inhibiteurs de la pompe à protons pourrait être l'un des déterminants majeurs de cette augmentation.Dans une deuxième analyse, nous avons hiérarchisé les groupes à risque de listériose sur la base de l'estimation du taux d'incidence de listériose et de sa mortalité dans ces groupes. Cela a permis d'identifier les groupes les plus vulnérables : hémopathies, certains cancers (digestifs, cérébral et pulmonaire), maladie de Horton, cirrhose hépatique, les dialysés rénaux, les greffés, et les femmes enceintes. Une analyse épidémiologique des listérioses materno-néonatales (MN) a montré une association entre les régions avec une incidence plus faible de listérioses materno-néonatales et les régions où la séroprévalence toxoplasmique des femmes enceintes est la plus faible, ce qui suggère un effet positif des recommandations contre la toxoplasmose pour la prévention de la listériose MN.

La famille des Venus Kinase Receptors (VKR) est une nouvelle famille de Récepteurs Tyrosine Kinase découverte au laboratoire chez le ver parasite Schistosoma mansoni (SmVKR1), puis chez 14 autres organismes invertébrés, principalement des insectes. Les études réalisées au laboratoire ont montré la présence des transcrits vkr dans les organes reproducteurs des organismes adultes mais aussi dans les stades larvaires suggérant un rôle dans le développement et/ou la reproduction de ces organismes. Ma thèse concerne la caractérisation structurale, biochimique et fonctionnelle des VKRs de deux organismes d'intérêt sanitaire majeur : le schistosome, parasite responsable de la bilharziose qui représente la seconde endémie parasitaire mondiale et l'anophèle, vecteur principal du paludisme en Afrique. Dans une première partie nous avons mis en évidence la présence d'un second VKR chez le schistosome, nommé SmVKR2. Nous avons montré que ses transcrits sont exprimés à tous les stades du cycle parasitaire et principalement dans les organes génitaux de la femelle au niveau des ovocytes immatures et de l'ootype. Nous avons exprimé SmVKR1 et SmVKR2 et montré qu'ils sont tous deux des récepteurs à activité tyrosine kinase, activables respectivement par la L-Arginine et par le calcium. Des expériences complémentaires semblent indiquer qu'un ligand naturel de SmVKR1 pourrait se trouver dans le canal gynécophore des vers appariés. Parallèlement, nous avons entrepris l'identification des partenaires cytosoliques de SmVKR1 et SmVKR2 grâce au criblage d'une banque d'ADNc de vers adultes par la technique de double hybride en levure en utilisant les domaines intracellulaires (DIC) des récepteurs comme appâts. L'analyse partielle des résultats obtenus montre que les DIC de SmVKR1 et SmVKR2 interagissent en autres avec des protéines du cytosquelette et avec des protéines cytoplasmiques pourvues de domaines d'interaction protéine-protéine SH2, acteurs de voies de signalisation classique des RTKs. Nous avons montré par ARNi que la diminution des transcrits SmVKR1 et SmVKR2 a un impact majeur sur la morphologie des organes génitaux de la femelle. Les sporocystes interférés pour les deux récepteurs présentent une diminution significative de leur taille comparée aux témoins.La deuxième partie de mes travaux de thèse a été centrée sur l'étude d'AgVKR, le récepteur d'Anopheles gambiae. En utilisant deux systèmes d'expression hétérologue, nous avons pu établir que ce récepteur était lui aussi catalytiquement actif et activable par la L-arg comme SmVKR1. L'étude de la fonction d'AgVKR a été abordée grâce à la découverte récente de son expression constitutive dans une lignée de cellules d'A. gambiae nommées SuA5B et de type hémocytaire. Des expériences d'ARNi ont été mises au point dans le but de visualiser l'impact d'une diminution de transcrits sur la physiologie des cellules. Dans leur ensemble, les résultats de ces travaux participent à la compréhension des mécanismes de régulation et de la fonction des VKRs, des récepteurs qui semblent d'une grande importance pour le développement et la reproduction des organismes.