La viande de porc est l’un des produits alimentaires les plus consommés au monde. La demande pour des produits de viande salubres et de qualité par les consommateurs ne cesse d’augmenter à mesure que la consommation elle-même augmente. Pour pouvoir répondre à cette demande, la contamination microbienne doit être surveillée et maîtrisée. Il s’agit d’une préoccupation majeure pour les industries œuvrant en agroalimentaire, car la présence de bactéries pathogènes responsables de toxi-infections alimentaires chez les consommateurs est une menace pour la santé publique. De plus, la présence de bactéries d’altération rend la viande impropre à la consommation humaine et diminue la durée de vie des produits, entraînant un gaspillage alimentaire et des pertes économiques. La contamination initiale des carcasses de porc est un processus inévitable et se produit par l’apport continu de bactéries, particulièrement celles composant le microbiote (intestinal, oral) des porcs et de l’environnement de l’abattoir. Le contrôle de la qualité microbiologique et la description des communautés microbiennes retrouvées à la surface des carcasses et des viandes sont réalisés, en cultivant des micro-organismes indicateurs classiques tels que les bactéries aérobies mésophiles totales ou les entérobactéries. Aujourd’hui, de nouvelles approches existent pour caractériser l’ensemble des bactéries constituant un microbiote grâce à des méthodes de séquençage à haut débit dans le but d’en étudier toute sa diversité. Cependant, l’ensemble du microbiote des carcasses et des viandes, ainsi que sa diversité sont très peu connus en production porcine. Par conséquent, il y a un manque général d’information disponible sur la façon dont ce microbiote varie dans des conditions réelles de transformation et d’entreposage de la viande de porc. Ainsi, les principaux objectifs cette thèse étaient de décrire la variabilité du microbiote porcin retrouvé sur la surface des carcasses en fonction de la provenance de la ferme d’origine des animaux et des étapes du procédé d’abattage et celle du microbiote retrouvé sur la surface des viandes emballées sous vide en fonction des conditions d’entreposage, en plus de décrire la variation de ces microbiotes dans le temps. Pour cette thèse, trois échantillonnages ont été effectués dans un abattoir porcin au Québec, Canada. Des échantillons de surface de carcasses ont été prélevés à plusieurs étapes de la chaîne d’abattage et de transformation et ce, pendant plusieurs semaines. Des échantillons de longes de porc emballées sous vides et entreposées à plusieurs températures distinctes pendant 56 jours, pour imiter l’exportation de ces produits frais à l’étranger, ont également été prélevés. Des analyses microbiologiques classiques, à savoir le dénombrement d’indicateurs microbiens et la détection des bactéries pathogènes telles que Salmonella, ainsi que la caractérisation du microbiote via le séquençage de la région V4 de l’ARNr 16S sur la plateforme Illumina Miseq ont été réalisées. Globalement, les résultats ont montré que le microbiote de surface des carcasses de porc était similaire lorsque comparé après l’habillage des carcasse (jusqu’à la douche précèdent le refroidissement), et ce entre les zones basses (correspondant au cou) et hautes (correspondant au jambon), ainsi que selon l’origine des carcasses, provenant de différents élevages, abattues pendant une même journée. Le microbiote semblait être constitué de bactéries provenant du microbiote intestinal ou oral des porcs. À l’inverse, une différence entre les charges microbiennes était observée, avec des comptes bactériens plus élevés pour les indicateurs dans la partie correspondant au cou. Lorsque les microbiotes ont été comparés sur une période de quatre semaines, une plus grande diversité bactérienne a été observée sur les zones correspondant au jambon. La composition et la structure du microbiote à la surface des carcasses apparaissaient différentes selon les journées d’abattage et les différents quarts de production (matin vs après-midi). Après le refroidissement des carcasses, une diminution de la charge bactérienne ainsi que de la diversité ont été observées, telles qu’attendues, malgré le fait que la plupart des genres bactériens présents sur les carcasses avant le refroidissement ont également été détectés après ce même refroidissement. La caractérisation du microbiote de longes de porc emballées sous vide entreposées à des températures de −1,5°C et subissant des fluctuations de la température durant les 56 jours d’entreposage a démontré que la diversité, la composition et la structure du microbiote n’étaient pas impactées. Les communautés bactériennes identifiées sur les carcasses de porc avant et après le refroidissement, tels qu’Escherichia, Shigella et Lactobacillales_unclassified, semblaient contribuer au microbiote des longes tout au long de l’entreposage. Les résultats ont révélé que les microbiotes de longes de porc, similaires en début de l’entreposage, se différenciaient après 56 jours d’entreposage. Dans cette thèse, les faibles prévalences de Salmonella et de Listeria monocytogenes n’ont pas permis de décrire et d’identifier les changements du microbiote potentiellement associés à la présence de ces bactéries. La caractérisation du microbiote a néanmoins permis d’identifier des genres bactériens hébergeant des espèces reconnus pour être pathogènes pour l’humain, comme Campylobacter spp. et Yersinia spp. Les méthodes de contrôles pour assurer le contrôle de la qualité microbiologique mises en place à l’abattoir ne permettent pas de caractériser toute la contamination microbienne. Par conséquent, la description complète des communautés microbiennes retrouvées à la surface des carcasses et viandes de porc est importante pour déterminer le rôle des conditions de transformation primaire et d’entreposage dans la composition et la diversité du microbiote. Ce projet permet d’ouvrir sur de nouvelles perspectives pour un meilleur contrôle de la qualité microbiologique et une meilleure prévention de la contamination microbienne des carcasses et viandes de porc. / Pork is one of the most consumed food products in the world. Requests for quality safe and high pork meat products is increasing too, as the consumption itself continues to increase. To be able to meet these requests, microbial contamination must be controlled. This is a major concern for the pig industry as the presence of pathogenic bacteria is responsible for human foodborne infections, making it a public health issue, as well as the presence of spoilage bacteria render meat unsuitable for human consumption, leading to food waste and economic losses. During pig meat processing, the initial carcass contamination appears inevitable and bacteria from the digestive tract and from the slaughterhouse environment contribute to the contamination of the carcass surface, both jeopardizing food safety and meat shelf life. The control of microbiological contamination and the description of the microbial communities on the surfaces of pork carcasses and meats are performed using culture-dependent methods, such as counting total aerobic bacteria or Enterobacteriaceae. Currently, new approaches allow to describe and analyze the entire composition of a microbial community using high-throughput sequencing. However, few studies have described the composition and diversity of all bacterial populations on carcass surfaces and fresh pork products during processing. To address this lack of available information on how the microbiota varies under actual processing and storage conditions, this thesis aims to describe the variability of surface microbiota of pig carcasses according to the animal origin, stage of the slaughter process, the variability of surface microbiota of vacuum-packed pork meats according to storage conditions and to study the variations of these microbiota over time. In this thesis, three samplings were carried out in a pig slaughterhouse in the province of Quebec, Canada. Samples from the surface of pig carcasses were collected at several stages during primary processing, as well as samples from the surface of fresh vacuum-packed pork loins stored for 56 days and subjected to different temperature deviations, to mimic overseas exportation. Culture-dependent methods such as enumeration of traditional indicator microorganisms, detection of pathogenic bacteria such as Salmonella, as well as high-throughput sequencing of the V4 region of the 16S rRNA gene on the Illumina platform were performed. Results showed that the microbiota of the carcass surfaces sampled was similar following primary processing (until the final wash that precedes cooling) between samples from the top (ham) and the bottom areas (neck), and between different pig batches slaughtered the same day. Bacteria which seem to come from the gut and oral cavity of pigs mainly contribute to the carcass microbiota composition. Microbial counts were different between areas, higher bacterial counts were observed for the bottom area. However, when the microbiota was compared over a four-week period, a higher bacterial diversity was observed on top areas, and the microbiota composition and diversity found on the pig carcass surface appear different according to different visits and work shifts (morning vs afternoon). After cooling, a decrease in bacterial counts and diversity were observed, even if most bacterial genera present on carcasses before cooling were also detected afterward. The microbiota composition, diversity, and structure of vacuum-packed pork loin stored at −1.5°C (Control) and at different temperature deviations over 56 days were not statistically different. Bacterial communities identified on pig carcasses before and after chilling, such as Escherichia, Shigella and Lactobacillales_unclassified, seemed to contribute to the vacuum-packed pork loin microbiota during storage. Results revealed that the vacuum-packed pork loin microbiota from the eight batches sampled were different after 56 days of storage, even though they appeared similar at the beginning of this storage period. In this thesis, the low prevalence of Salmonella and Listeria monocytogenes did not allow us to describe any potential changes in the microbiota associated with the presence of these bacteria. However, sequencing analysis revealed the frequent presence of known foodborne pathogens like Campylobacter spp. and Yersinia spp. The control methods to ensure microbiological quality control implemented at the slaughterhouse do not allow to characterize all microbial contamination. Therefore, the complete description of the microbial communities from carcass and meat surfaces is important in determining the role of primary processing and storage conditions in the composition and diversity of microbiota. This study is a step forward in the better control and prevention of microbial contamination of meat products.

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L'objectif de la thèse est d'étudier la variation temporelle de la qualité des liens dans les réseaux de capteurs sans fil à grande échelle, de concevoir des estimateurs permettant la différenciation, à court terme et long terme, entre liens de qualité hétérogène. Tout d'abord, nous étudions les caractéristiques de deux paramètres de la couche physique: RSSI (l'indicateur de puissance du signal reçu) et LQI (l'indicateur de la qualité de liaison) sur SensLab, une plateforme expérimentale de réseau de capteurs à grande échelle situé à l'intérieur de bâtiments. Nous observons que le RSSI et le LQI permettent de discriminer des liens de différentes qualités. Ensuite, pour obtenir un estimateur de PRR, nous avons approximé le diagramme de dispersion de la moyenne et de l'écart-type du LQI et RSSI par une fonction Fermi-Dirac. La fonction nous permet de trouver le PRR à partir d'un niveau donné de LQI. Nous avons évalué l'estimateur en calculant le PRR sur des fenêtres de tailles variables et en le comparant aux valeurs obtenues avec l'estimateur. Par ailleurs, nous montrons en utilisant le modèle de Gilbert-Elliot (chaîne de Markov à deux états) que la corrélation des pertes de paquets dépend de la catégorie de lien. Le modèle permet de distinguer avec précision les différentes qualités des liens, en se basant sur les probabilités de transition dérivées de la moyenne et de l'écart-type du LQI. Enfin, nous proposons un modèle de routage basé sur la qualité de lien déduite de la fonction de Fermi-Dirac approximant le PRR et du modèle Markov Gilbert-Elliot à deux états. Notre modèle est capable de distinguer avec précision les différentes catégories de liens ainsi que les liens fortement variables. / The goal of the thesis is to investigate the issues related to the temporal link quality variation in large scale WSN environments, to design energy efficient link quality estimators able to distinguish among links with different quality on a short and a long term. First, we investigate the characteristics of two physical layer metrics: RSSI (Received Signal Strength Indication) and LQI (Link Quality Indication) on SensLAB, an indoor large scale wireless sensor network testbed. We observe that RSSI and LQI have distinct values that can discriminate the quality of links. Second, to obtain an estimator of PRR, we have fitted a Fermi-Dirac function to the scatter diagram of the average and standard variation of LQI and RSSI. The function enables us to find PRR for a given level of LQI. We evaluate the estimator by computing PRR over a varying size window of transmissions and comparing with the estimator. Furthermore, we show using the Gilbert-Elliot two-state Markov model that the correlation of packet losses and successful receptions depend on the link category. The model allows to accurately distinguish among strongly varying intermediate links based on transition probabilities derived from the average and the standard variation of LQI. Finally, we propose a link quality routing model driven from the F-D fitting functions and the Markov model able to discriminate accurately link categories as well as high variable links.

Une meilleure utilisation des ressources infirmières représente une avenue prometteuse dans l’amélioration de la performance des services de première ligne. La mesure de la performance des services infirmiers constitue une composante centrale à l’amélioration de leur organisation et à la qualité des soins dispensés dans ce secteur d’activités. Le but de cette recherche était de mesurer et de valider des indicateurs de performance des services infirmiers en première ligne à partir d’un cas traceur en soins de plaies ainsi que d’évaluer la fiabilité des données clinico-administratives utilisées pour mesurer les indicateurs à partir des dossiers cliniques. Cette étude a adopté un devis longitudinal corrélationnel. Les données ont été collectées sur une période d’une année dans un service de soins courants d’un Centre local de services communautaires (CLSC) à partir de données clinico-administratives contenues dans le système informatique I-CLSC. L’épisode de soins constituait l’unité d’analyse. Huit indicateurs ont été mesurés, dont cinq indicateurs de processus : 1) le suivi infirmier; 2) la continuité relationnelle; 3) l’enseignement; 4) l’évaluation initiale; et 5) la rencontre avec une infirmière spécialisée en soins de plaies, et trois indicateurs de résultats : 1) la fréquence; 2) la durée; et 3) l’intensité du suivi. Les objectifs de mesure et de validation ont été réalisés à partir d’un échantillon de 482 épisodes de soins de plaies d’une durée supérieure à sept jours. L’étude de fiabilité a été réalisée à partir d’un sous-échantillon de 107 épisodes. Des analyses descriptives et corrélationnelles ont été réalisées. Les résultats de validation ont démontré des associations fortes statistiquement significatives entre les indicateurs de suivi infirmier et de continuité et les trois indicateurs de résultats. Les résultats de fiabilité ont démontré un haut taux de concordance entre les données contenues dans les dossiers cliniques et les données clinico-administratives pour six des huit indicateurs à l’étude. En conclusion, des indicateurs de processus valides et pertinents dans la pratique infirmière de première ligne peuvent être mesurés de façon régulière par les gestionnaires à partir de données clinico-administratives fiables et facilement accessibles. / Better use of nursing resources is a promising avenue for improving the performance of primary care services. Measuring the performance of nursing services is a central component in improving their organization and the quality of care delivered in this sector. The aim of this study was to measure and validate primary care nursing performance indicators from a tracer case in wound care and to assess the reliability of clinical-administrative data used to measure indicators from clinical records. This study adopted a correlational longitudinal design. Data were collected over a one-year period in a Local community services centre (CLSC) using clinical-administrative data contained in the I-CLSC electronic database. The episode of care was the unit of analysis. Eight indicators were measured, including five process indicators: 1) nursing follow-up; 2) relational continuity; 3) teaching; 4) initial assessment; and 5) consultation with a specialized nurse, and three outcome indicators: 1) frequency; 2) duration; and 3) intensity. Measurement and validation objectives were performed using a sample of 482 episodes of wound care lasting more than seven days. The reliability study was based on a sub-sample of 107 episodes. Descriptive and correlational analyzes were performed. Validation results demonstrated very strong associations between nursing follow-up and continuity indicators and the three outcome indicators. Reliability results demonstrated a high concordance between clinical records and clinical-administrative data for six of the eight indicators. In conclusion, valid and relevant process indicators in primary care nursing can be measured on a regular basis by managers using reliable and easily accessible clinical-administrative data.

Cette thèse étudie théoriquement et empiriquement les interrelations entre la santé de la population, la dégradation de l'environnement et le développement économique, ses conséquences pour les pays en développement, et fournit certaines réponses en termes de politique économique. Elle est subdivisée en deux parties. La première partie s'intéresse à la relation entre l'environnement, la santé, et les inégalités. Elle analyse dans un premier temps l'hypothèse selon laquelle la dégradation de l'environnement pourrait être considérée comme un canal supplémentaire par lequel les inégalités de revenu affectent les taux de mortalité infantile et juvénile (chapitre 2). Nos travaux théoriques et empiriques montrent que les inégalités de revenu affectent négativement la qualité de l'air et de l'eau, et cela à son tour dégrade la santé de la population. Par conséquent, la dégradation de l'environnement peut être considérée comme un canal non négligeable à travers lequel les inégalités de revenu influence l'état de santé. Il est ensuite démontré que les émissions de dioxyde de soufre (SO2) et celles des micro-particules (PM10) sont en partie responsables des grandes disparités dans la mortalité infantile et juvénile au sein des pays pauvres (chapitre 3). En outre, nos résultats soutiennent l'idée selon laquelle les institutions démocratiques jouent un rôle de protection sociale en atténuant cet effet pour les classes de revenu les plus pauvres et ainsi réduisent les inégalités de santé provoquées par la pollution. La deuxième partie évalue le lien entre la santé, l'environnement et la croissance économique. Le Chapitre 4 évalue l'effet de la santé (charge globale de la maladie, maladies transmissibles et paludisme) sur la croissance économique. Ce chapitre montre que les indicateurs de santé, lorsqu'ils sont correctement mesurés par l'écart entre l'état de santé actuel et une situation de santé idéal où toute la population vit à un âge avancé, indemne de maladie et d'invalidité, et lorsqu'ils sont convenablement instrumentés, ont un impact négatif significatif sur la performance économique. Les conséquences de ces interactions sur la convergence économique des pays pauvres vers leur état régulier, sont théoriquement et empiriquement analysées dans le dernier chapitre. Il en ressort que la dégradation de l'environnement réduit la capacité des pays pauvres d'atteindre leur état régulier, renforçant ainsi notre argument théorique selon lequel l'amélioration de la qualité de l'environnement joue un rôle considérable dans le processus de convergence économique. En outre, la dégradation de la qualité de l'air et de l'eau affecte négativement la performance économique, et l'état de santé demeure un canal important par lequel la dégradation de l'environnement agit sur la croissance économique même si elle n'est pas le seul. L'hypothèse de la courbe environnementale de Kuznets (EKC) est également vérifiée.

La difficulté à comprendre la désertification dans les zones arides tunisiennes se manifeste dans les interactions complexes entre les dynamiques socioéconomiques et biophysiques à différentes échelles spatiales et temporelles. L’apport de ce travail réside tant dans les avancées sur la compréhension des causes et processus, que dans la proposition d’approches systémiques (climat-homme-espace-ressources : système CHER), géographiques (paysage) et multi-acteurs, associées à des méthodes (modèles et outils) reproductibles, pour l’évaluation et le suivi (indicateurs) des risques de désertification, en lien avec leurs déterminants interactifs, à une échelle territoriale. Le paysage, en tant que source d’information et instrument, est au cœur de ce travail. Ce dernier a conduit à i) la construction des modèles explicatifs CHER déclinés par type paysager (issue d’une lecture multidisciplinaire et de la caractérisation des paysages), ii) l’élaboration des indices de risque de désertification (par intégration spatiale des fonctionnements biophysiques et socioéconomiques et à travers la modélisation), iii) la compréhension et la comparaison entre types paysagers des risques et de la part respective prise par les causes socioéconomiques et biophysiques, et iv) la proposition de trois nouvelles approches/méthodes/outils visant à mieux évaluer les actions de lutte déjà mises en œuvre, cibler les futures actions et suivre la désertification. Les résultats ont tous été élaborés dans l’interdisciplinarité et avec la mobilisation des acteurs/décideurs de la gestion durable des territoires pour augmenter leur utilité dans les programmes de lutte contre la désertification, pour valoriser les observatoires de l’environnement et leur donner un rôle d’appui aux politiques publiques. / The difficulty in understanding desertification in the Tunisian arid zones manifested in the complex interactions between socioeconomic and biophysical dynamics at different spatial and temporal scales. This work contribute on advanced understanding of the causes and processes and propose a systemic (climate-human-space-resource: CHER), geographical (landscape) and multi-actors approaches associated with methods (models and tools) reproducible for the assessment and monitoring (indicators) of risk of desertification, according to its interactive determinants on a territory scale. The landscape, as a source of information and the tool, is at the core of this work which led to i) the construction of explanatory models broken down by type of landscape (based on multidisciplinary characterization of landscapes), ii) the development of indexes of desertification risk (based on spatial integration of biophysical and socio-economic functioning through modeling), iii) the understanding and comparison of risks and their respective causes in the landscape types, and iv) the proposal of three new approaches / methods / tools to better assess the actions already implemented to combat desertification, to better target future actions and to better monitor desertification. The results have all been developed in interdisciplinarity and involve the mobilization of actors / decision makers in the sustainable management of territories to increase their usefulness in programs to combat desertification, to value environmental observatories and give them a role to support public policies.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Aux Antilles, dans les plantations de bananes en monoculture mécanisée, l'un des principaux problèmes à résoudre est le contrôle des populations de nématodes phytoparasites. Dans cette thèse, les effets d'apports de différentes matières organiques (MO), brutes ou compostées, sur la régulation biologique des nématodes ont été étudiés, cet effet suppresseur ayant déjà été montré sur d'autres cultures. L'analyse de la littérature sur le sujet montre que les effets d'un apport de MO sur les populations de nématodes phytoparasites et sur leurs dégâts sont complexes et varient fortement en fonction de la nature biochimique du produit et de l'espèce de nématode. Ainsi, les matières organiques qui libèrent beaucoup d'azote minéral en se décomposant favorisent la croissance des racines, ce qui peut augmenter la ressource alimentaire des nématodes phytoparasites et/ou la tolérance des plantes à leurs attaques. La décomposition des matières apportées peut libérer des composés nématotoxiques. Enfin, l'apport de carbone peut entrainer une diversification des communautés de nématodes, une complexification des réseaux trophiques et, par la suite, favoriser la régulation biologique des nématodes phytoparasites par les espèces appartenant aux niveaux trophiques supérieurs et par la microflore. Nous avons, par une étude fine de la structure des communautés de nématodes et le suivi de la croissance des jeunes plants de bananier, cherché à évaluer l'induction de la régulation biologique des nématodes parasites du bananier dans une sole bananière par un apport de MO, au moyen de deux expérimentations en pots conduites pendant 13 semaines. Les MO testées étaient quatre MO brutes et quatre MO compostées. L'expérience sur les MO brutes a montré que trois des quatre MO (bagasse, écumes de sucrerie et déchets verts) ont entrainé une diminution des populations de nématodes parasites dans les racines du bananier, l'intensité de cette régulation dépendant de l'espèce. En revanche, le quatrième type de MO, des boues de station d'épuration, n'a pas permis de diminuer la pression parasitaire. Les différences de croissance des systèmes racinaires n'ont pas été un facteur explicatif des régulations observées et les meilleures conditions de croissance observées n'ont pas réduit les impacts des nématodes phytoparasites sur les racines. Seules les écumes de sucrerie ont entrainé un impact positif global sur la plante, en diminuant la pression parasitaire tout en augmentant sa croissance. La bagasse et les déchets verts, principalement composés de lignines et de cellulose, ont entrainé une modification significative de la structure des communautés de nématodes, avec un fort accroissement des populations de nématodes fongivores et, avec la bagasse, de nématodes carnivores. L'expérience en pot sur les MO compostées a montré que les trois composts commerciaux produits par SITA VERDE (Biogwa, Ecogwa B, Ecogwa D) et l'amendement organique commercial Vegethumus (de Phallipou-Frayssinet) avaient engendré une diminution du parasitisme et que ce contrôle dépendait de l'espèce de nématodes phytoparasites. Dans cet essai, le contrôle des nématodes parasites du bananier est apparu lié à la biomasse racinaire totale des bananiers. L'apport des composts Ecogwa D et Vegethumus a augmenté la taille des populations de nématodes microbivores, mais seul Vegethumus a accru la voie de décomposition fongique. [...] Suite et fin du résumé dans la thèse. / In French West Indies, banana crops are generally managed as an intensive mechanized monoculture, and one of main problems to solve is the control of plant-parasitic nematodes. In this study, the effects of the input of different organic materials, gross or composted, on the biological control of nematodes were investigated. The analyze of the literature showed that the effects of an organic material input on plant-parasitic nematode populations and on their damage on the plant are complex and vary highly according to the biochemical characteristics of the products and the plant-parasitic nematode species. Thus, organic materials that release great amounts of mineral nitrogen during their decomposition promote root growth, which increases the feeding resource for plant-parasitic nematodes and/or plant tolerance to their attacks. Organic material decomposition can also release nematotoxic chemical compounds. Lastly, carbon input can lead to nematode community diversification, soil food web complexification, and, as a result, favoring the biological control of plant-parasitic nematodes by top predators or microflora. We evaluated the induction of the biological control of banana parasitic nematodes by an organic input, using soil nematofauna analyses and measuring the growth of young banana plants. We thus conducted two pot experimentations during 13 weeks. The organic materials tested were four raw and four composted organic materials that were locally available. The raw organic materials trial showed that three amongst the four amendments (sugarcane bagasse, sugarcane refinery sludge and plant residues) led to a decrease of parasitic nematode populations within banana roots, the control efficiency depending on nematode species. In contrast, the fourth type of organic material, sewage sludge, did not induce the decrease of the parasitic pressure. Changes in root growth were not an explanatory factor and the better soil conditions for plant growth did not reduce the impact of plant-parasitic nematode. Only sugarcane refinery sludge engendered overall positive effect on the banana plant, decreasing parasitic pressure and enhancing plant growth. Sugarcane bagasse and plant residues, mainly composed of lignins and cellulose, led to significant changes in nematode community structure, increasing fungivorous nematode populations and, only after bagasse supply, those of carnivorous nematodes. The compost trial showedndment that the three commercial composts produced by SITA Verde (Biogwa, Ecogwa B, Ecogwa D) and the commercial organic amendment Vegethumus (Phallipou-Frayssinet) induced a decrease of plant-parasitic nematode populations and that this control depended on banana parasitic nematode species. In this trial, the control of banana parasitic nematodes was linked to overall biomass of banana root system. The input of Ecogwa D and Vegethumus composts boosted microbivorous nematode populations, but only Vegethumus favored the fungal decomposition pathway. Last and final summary in the thesis.

L'Apprentissage Par Projet (APP) est une méthode d'enseignement orientée apprenant, qui leur permet de réaliser des projets sous forme d'enquêtes approfondies. L'APP offre aux apprenants la possibilité de planifier leur projet, de collaborer avec leurs pairs et de rechercher les ressources pour atteindre les objectifs du projet. Cependant, l'APP est difficile à mettre en œuvre avec succès du fait que les apprenants manquent souvent des compétences d'autorégulation pour suivre, réfléchir, gérer et évaluer les activités durant le projet. L'apprentissage autorégulé peut aider les apprenants à acquérir ces compétences. Cependant, la plupart des environnements d'apprentissage utilisés en APP proposent surtout des matériaux d'apprentissage riches aux apprenants, et rarement les moyens de suivre et analyser leurs processus de gestion de projet et d'apprentissage. L'objectif principal de cette thèse est de soutenir l'apprentissage autorégulé en apprentisage par projet. Nous proposons une architecture générale de système de gestion des apprentissage par projet (PBLMS) qui aide les apprenants à comprendre comment réguler leurs activités d'apprentissage au cours d'un projet. Cette architecture générale intègre un système existant de gestion des apprentissages (LMS) et deux outils que nous proposons: un outil de reporting et un tableau de bord dynamique. L'outil de reporting supporte les processus de réflexion des apprenants en les amenant à décrire leurs activités non instrumentées, leurs réflexions et leurs évaluations sur les activités menées durant le projet à l'aide de phrases semi-structurées. Le système enregistre automatiquement les traces des interactions des utilisateurs avec le LMS, l'outil de reporting et le tableau de bord. Ces traces d'activité sont fusionnées avec les données autodéclarées afin que les indicateurs puissent être calculés sur la base de ces deux types d'informations. Le tableau de bord dynamique permet aux apprenants de créer des indicateurs personnalisables. Les apprenants peuvent spécifier les données à prendre en compte, le calcul et les modes de visualisation. Nous avons implémenté cette proposition théorique avec le développement de la plate-forme DDART (tableau de bord dynamique basé sur les traces d'activité et déclarées) qui intègre l'outil de reporting et le tableau de bord dynamique. Pour évaluer notre proposition, nous avons tout d'abord testé la capacité de DDART à créer un large échantillon d'indicateurs qui sont proposés dans les recherches existantes sur l'analyse des activités, la cognition, les émotions et les réseaux sociaux. De plus, une expérience a été menée afin d'évaluer l'utilisabilité et l'utilité perçue de DDART. Selon les résultats de cette expérience, nous avons constaté que DDART supporte les réflexions des apprenants sur la façon dont ils mènent leur projet et leur fournit les moyens de suivre leurs activités et apprentissages, même si la création d'indicateurs apparait difficile pour les novices. / Project-based Learning (PBL) is a learner-oriented instructional method, which enables learners to carry out challenging and authentic projects by thorough investigations. PBL affords learners the opportunities to organize and plan the project, to collaborate with peers and to look for the resources and guidance to achieve the project goals. However, PBL is difficult to implement successfully because learners often lack of the self-regulation skills required to monitor, reflect, manage and assess their project activities and learning. Self-Regulated Learning (SRL) can train learners to gain these skills. However, most learning systems used in PBL focus on providing rich learning materials to the learners but rarely offer possibilities to monitor and analyze their project and learning processes. The main goal of this thesis is to support SRL during PBL situations. We propose a general architecture of Project-based Learning Management System (PBLMS), which help learners to understand how to regulate their learning activities during the projects. This general architecture integrates an existing Learning Management System (LMS) and two tools we propose: a reporting tool and a dynamic dashboard. The reporting tool enhances learners' reflective processes by leading them to describe their non-instrumented activities, their reflections and assessments on the project activities based on semi-structured sentences. The system can record automatically the activity traces of the users' interactions with the LMS, the reporting tool and the dashboard. These activity traces are merged with the self-reporting data so that indicators can be calculated basing on this entire information. The dynamic dashboard supports learners in creating customizable indicators. Learners can specify the data to take into account, the calculation and the visualization modes. We implemented this theoretical proposition with the development of the DDART (Dynamic Dashboard based on Activity and self-Reporting Traces) platform that integrates the reporting tool and the dynamic dashboard. To evaluate the proposition, we firstly test the ability of DDART to recreate a large sample of indicators that are proposed in existing researches about the analysis of activities, cognition, emotion and social network. Furthermore, an experiment was conducted to evaluate the usability and perceived utility of DDART. According to the results of this experiment, we found that DDART supports learners' reflections on the way they carry out the project and provides them with the opportunities to monitor their activities and learning, even if the indicator creation could be difficult for the novices.

Les travaux de recherche exposés dans ce mémoire se positionnent dans le domaine de la conception sécuritaire. Cette thèse s’intéresse plus particulièrement à rendre opérationnelle la méthode IRAD (Innovative Risk Assessment Design), qui intègre la sécurité de manière systématique tout au long du processus de conception. Dans cet objectif, nous proposons dans un premier temps de formaliser un type de retour d’expérience (les rapports d’accident) qui détaille les faits liés aux éléments d’une situation de travail et à des événements qui ont mené à un accident. Ensuite, nous proposons deux démarches complémentaires de reconception sécuritaire: une démarche d’ingénierie inverse fonctionnelle pour la sécurité (FRES) et une démarche de réingénierie fonctionnelle pour la sécurité (FR2ES). FRES permet d’extraire les connaissances à la fois sur l’accident et sur la conception du système impliqué dans l’accident. Elle permet ensuite d’évaluer le niveau de sécurité du système par l’estimation d’un indicateur de sécurité dépendant notamment du type de risque identifié. Cet indicateur est utilisé comme paramètre d’aide à la décision lors de la phase de reconception du système. La deuxième démarche, FR2ES, permet de définir les objectifs de sécurité liés à chaque phase de la conception dans le but d’éliminer ou de réduire un risque donné. Les solutions les plus sécuritaires possibles sont ensuite obtenues d’une part en intégrant ces objectifs de sécurité dans le processus de reconception et d’autre part à l’aide de l’indicateur de sécurité appliqué aux solutions proposées. Enfin, l’applicabilité de ces démarches a été démontrée sur deux types de liaisons tracteurs-outils, l’arbre de transmission à cardans et la liaison trois points - systèmes permettant d’atteler les outils aux tracteurs et de les motoriser. / The research presented in this thesis is positioned in the field of design for safety. This thesis is particularly interested in operationalizing the IRAD (Innovative Risk Assessment Design) method, which integrates safety systematically throughout the design process. For this purpose, in first step, we propose to formalize a type of experience feedback (accident reports) detailing the facts relating to the elements of a working situation and the events that led to an accident. In the next step, we propose two complementary approaches to redesign for safety: functional reverse engineering for safety (FRES) and functional re-engineering for safety (FR2ES). FRES is used to extract knowledge on both the accident and the design of the system involved in the accident. This approach allows assessing the safety level of the system by estimating a safety indicator depending on the type of identified risk. This indicator is used as a parameter for decision support during the redesign of the system. FR2ES defines the safety objectives related to each phase of the design in order to eliminate or reduce a given risk. The safest solutions are then obtained, on the one hand, by incorporating these safety objectives in the redesign process and, on the other hand, by using the safety indicator applied to the proposed solutions. Finally, the applicability of these approaches is demonstrated on two types of tractor-implement hitches: the power take off shaft and the three point hitch systems.