O gene SHOX (short stature homeobox containing gene), expresso em altos níveis nas células osteogênicas, é fundamental para o desenvolvimento ósseo e para a determinação da altura. Haploinsuficiência do SHOX é responsável por vários fenótipos que envolvem a baixa estatura, como a síndrome de Turner, a discondrosteose de Léri-Weill e a baixa estatura idiopática. Cerca de dois terços das haploinsuficiências são causados por deleções. Neste trabalho, foi realizada uma comparação entre três técnicas para detecção de deleções do SHOX: a hibridação in situ com fluorescência (FISH), o estudo de microssatélites e o multiplex ligationdependent probe amplification (MLPA). Nos pacientes sem deleção do SHOX, foi realizado um rastreamento para identificação de mutações de ponto no gene que levassem à sua haploinsuficiência. Foram analisados seis pacientes com discondrosteose de Léri-Weill (DLW) e 20 com baixa estatura desproporcionada (BED). Na técnica de FISH, os cromossomos metafásicos obtidos a partir de cultura de linfócitos foram hibridados com o cosmídio LLNOYCO3M34F5. DNA genômico extraído a partir de leucócitos de sangue periférico foi submetido à análise de microssatélites e MLPA. Foram amplificados seis marcadores de microssatélites (repetições CA, DYS290, DXYS10093, DXYS10096, DXYS233 e DXYS234) e o MLPA foi realizado de acordo com as instruções dos kits SALSA MLPA P018-C1 e P018-D1 SHOX. Estes kits contêm oito sondas específicas para o gene SHOX e 13 para a área do SHOX, localizada a jusante do gene. O seqüenciamento direto da região codificadora do gene foi realizado nos pacientes sem deleção. Todos os pacientes com DLW apresentaram deleções envolvendo todo o gene. Entre os pacientes com BED, apenas um (5,0%) apresentou uma deleção intragênica envolvendo os exons 4, 5 e 6a. Os resultados das três metodologias foram concordantes na maioria dos casos, exceto em dois casos. No primeiro caso, inicialmente o FISH não identificou uma deleção envolvendo todos os éxons em um paciente com DLW. No segundo, uma deleção envolvendo os exons 4, 5 e 6a, identificada em uma paciente com BED, foi detectada apenas pelo MLPA. Ainda entre os pacientes com BED, três (15%) apresentaram deleção da região do marcador DXYS10096, a 3 do gene. Outros três (15%) pacientes apresentaram mutações de ponto identificadas pelo seqüenciamento direto: a mutação p.Tyr35X, que resulta na substituição de uma tirosina por um códon de parada prematuro; a p.Arg147His localizada na região do homeodomínio e a NM_000451:c.1236 -10T>C que se encontra a 10 nucleotídeos antes do início do éxon 5. Em uma comparação das três metodologias, o FISH foi considerado a técnica mais trabalhosa e com menor sensibilidade, levando até oito dias para sua realização. A análise por microssatélites requer o estudo dos progenitores, além de um grande número de marcadores para a análise de regiões extensas. O MLPA detectou todas as deleções, sendo considerada a metodologia mais sensível. Ele apresentou também menor custo e tempo de execução, além de possibilitar a estimativa do tamanho da deleção. Desta forma, o MLPA foi considerado a melhor metodologia para investigação inicial dos pacientes com DLW e BED. / The SHOX gene (short stature homeobox containing gene), expressed at high levels in osteogenic cells, is essential for bone development and growth process. SHOX haploinsufficiency is responsible for several phenotypes involving short stature, such as Turner syndrome, Léri-Weill dyschondrosteosis (LWD) and idiopathic short stature. Deletions are responsible for 2/3 of SHOX haploinsufficiency. In this study, a comparison among three techniques for detection of SHOX deletions: fluorescence in situ hybridization (FISH), microsatellites analysis and multiplex ligationdependent probe amplification (MLPA) was performed. A screening for point mutations that could lead to haploinsufficiency was performed in patients without SHOX deletion. Six patients with Léri-Weill dyschondrosteosis (LWD) and 20 with disproportionate short stature (DSS) were analyzed. FISH analysis was performed using the cosmid LLNOYCO3\"M\"34F5 and metaphase spreads obtained from lymphocytes culture. Genomic DNA extracted from peripheral blood leukocytes was used to microsatellite and MLPA analysis. Six microsatellite markers (CA repeats, DYS290, DXYS10093, DXYS10096, DXYS233 and DXYS234) were amplified by PCR and MLPA was performed according to the manufacturers instructions for SALSA MLPA P018 and P018-C1-D1 SHOX kits. These kits contain 8 specific probes for SHOX gene and 13 for \"SHOX area, which is located downstream of the gene. The direct sequencing of entire encoding region was performed in patients with no SHOX deletions. All patients with LWD presented deletions involving the entire gene. One (5.0%) patient with DSS, presented an intragenic deletion involving exons 4, 5 and 6a. The results of the three methods were concordant in most cases, except in two cases. In the first case, a patient with DLW, the FISH did not identify a deletion involving all SHOX exons. In the second case, a deletion of exons 4, 5 and 6a in a patient with BED was identified only by MLPA. Other 3 (15%) DSS patients had deletion in SHOX area, in the DXYS10096 marker. Other three (15%) patients presented a point mutation identified by direct sequencing: p.Tyr35X, which replaces a tyrosine for a premature stop codon, p.Arg147His located in the homeodomain region and NM_000451: c.1236-10T> C which is 10 nucleotides before the exon 5. In a comparison of three methods, the FISH technique was considered the more laborious and less sensitive, taking until eight days to obtain the results. The microsatellite analysis requires the parents DNA study. In addition, several markers are essential for the analysis of extensive regions. The MLPA was considered the most sensitive methodology since it detected all deletions. It also presented lower cost and execution time, and allowed the estimation of the size of the deletion. Thus, the MLPA was considered the best approach for initial investigation of LWD and DSS patients.

INTRODUÇÃO: A Leucemia/Linfoma de células T do adulto (ATL) é uma doença linfoproliferativa crônica com transformação clonal predominantemente de linfócitos TCD4+, causada pelo vírus linfotrópico T humano do tipo I (HTLV-I). A ATL se desenvolve em 3-5% dos portadores do vírus HTLV-I, após longo período de latência clínica, acompanhado de expansão clonal dos linfócitos infectados. As células da ATL apresentam várias anormalidades cromossômicas, semelhantes àquelas resultantes de disfunção telomérica e a instabilidade genômica contribui para o desenvolvimento da ATL. Para entender o papel do encurtamento telomérico na oncogênese da ATL, avaliamos o comprimento dos telômeros de linfócitos TCD4 e TCD8 em portadores do vírus HTLV-I e em portadores de ATL. RESULTADOS: Não foi evidenciada diferença significativa no comprimento de telômero dos subtipos linfocitários TCD4+ e TCD8+ entre portadores do vírus HTLV-I e indivíduos saudáveis, assim como, entre portadores de ATL e indivíduos saudáveis. Entretanto, quando incluímos na análise a variável idade, evidenciamos redução significativa do comprimento do telômero com a idade em portadores do vírus HTLV-I e maior perda telomérica nos portadores do vírus HTLV-I e portadores de ATL em relação aos indivíduos saudáveis de mesma idade, embora a diferença entre os grupos não atinja o nível de significância estatística. Estes resultados podem ser explicados pelo fato de que as células dos indivíduos infectados pelo vírus HTLV-I apresentam maior taxa proliferativa devido à ação viral, mesmo em estado de latência clínica. A perda telomérica em função da idade nos portadores de ATL não demostrou-se significativa devido ao pequeno número de casos analisados em decorrência da raridade da doença. Entretanto, quando analisamos o comprimento telomérico nos subtipos linfocitários de portadores de ATL, evidenciamos acentuada perda telomérica na célula maligna e valores próximos ao limite superior esperado para a idade no subtipo linfocitário não transformado, demonstrando que a disfunção telomérica deve estar associada à transformação celular. Estabelecemos valores de referência de comprimento telomérico dos subtipos linfocitários TCD4+ e TCD8+ de indivíduos saudáveis, definidos por faixa etária. CONCLUSÃO: Nossos resultados demonstram que portadores do vírus HTLV-I apresentam maior perda telomérica em função da idade que indivíduos saudáveis, mas, sem refletir significância estatística e clínica. Entretanto, portadores de ATL apresentam perda acentuada de comprimento de telômero na célula maligna, demonstrando que a determinação do comprimento de telômero pode auxiliar futuramente o monitoramento dos indivíduos infectados pelo HTLV-I, indicando conversão à doença / INTRODUCTION: Adult T-cell Leukemia/Lymphoma (ATL) is a chronic lymphproliferative disease with clonal transformation predominantly of the TCD4+ lymphocytes, caused by the Human T lymphotropic virus type-I (HTLV-I). ATL develops itself in 3-5% of HTLV-I carriers after a long period of clinical latency accompanied by clonal expansion of the infected lymphocytes. The ATL cells present several chromosomic abnormalities, similar to those resulting from telomere dysfunction and the genomic instability contributes to the development of ATL. In order to understanding the role of telomeric shortening in the ATL oncogenesis, we assessed the length of telomeres of lymphocytes TCD4 and TCD8 in HTLV-I carriers and in ATL carriers. RESULTS: No significant difference was evidentiated in the telomere length of lymphocytary subtypes TCD4+ and TCD8+ between HTLV-I carriers and healthy subjects, as well as, between ATL carriers and healthy subjects. However, when the age variable was included in the analysis, we observed significant decrease of telomeric length with age progression in HTLV-I carriers and higher telomeric loss in HTLV-I carriers and ATL carriers when compared to healthy subjects of the same age, although the difference between groups does not reach the level of statistic relevance. These results may be explained by the fact that the cells of HTLV-I infected subjects present higher proliferative rate due to the viral action, even during clinical latency. Age-related telomeric loss in ATL carriers did not manifest itself as significant due to the small number of analyzed cases as a consequence of the diseases rareness. However, when the telomere length on the lymphocytary subtypes of ATL carriers was analyzed, we evidentiated accentuated telomeric loss in the malignant cell and values close to the age-expected upper limit in the nontransformed lymphocytary subtype, demonstrating that the telomere dysfunction may be associated to the cellular transformation. We have determined reference values of telomere length for lymphocytary subtypes TCD4+ and TCD8+ on healthy subjects, defined by age range. CONCLUSION: Our results demonstrate that HTLV-I carriers present higher telomeric loss due to age than healthy subjects, however, with no reflection in clinical and statistical significance. Nevertheless, ATL carriers present accentuated loss of telomere length in the malignant cell, demonstrating that the telomere length determination may, in the future, assist in the monitoring of HTLV-I infected subjects, indicating conversion to the disease

INTRODUÇÃO: A deleção do cromossomo 9p tem sido encontrada em 14 a 36% dos pacientes com carcinoma renal tipo células claras (CRCC) e está associado a tumores de alto grau, estágio avançado, presença de metástases linfonodais e sistêmicas. OBJETIVOS: Avaliar se a deleção do cromossomo 9p é fator preditor independente de pior sobrevida livre de recorrência e câncer-específica em pacientes com CRCC localizado. MÉTODOS: Neste estudo de coorte retrospectivo, amostras tumorais de 94 pacientes com CRCC NX-0 M0, submetidos à nefrectomia radical ou cirurgia renal conservadora, foram analisadas através das técnicas de microarranjo tecidual e hibridização in situ com fluorescência. RESULTADOS: O tempo de seguimento médio foi de 11,6 anos e a deleção do 9p foi encontrada em cerca de 15% dos casos. A sobrevida câncer específica estimada em 5 e 10 anos foi respectivamente de 99% e 96% nos pacientes sem a referida perda cromossômica e de 71% e 57% naqueles com perda do 9p (p < 0,001). A deleção do cromossomo 9p foi fator prognóstico independente na análise multivariada, aumentando o risco de morte pela doença em 28x (IC 95% 5-155, p < 0,001). Tal deleção foi o preditor mais importante de mortalidade câncer específica, superior a qualquer fator patológico analisado, inclusive ao tamanho tumoral. Em pacientes com baixo risco de progressão, isto é, baixo escore SSIGN (0-2), baixo risco segundo a UISS e baixo risco segundo a Tríade Patológica da USP, tumores deletados do 9p estão significativamente associados com pior sobrevida câncer-específica em 10 anos: respectivamente 70%, 67% e 67% versus 98%, 97% e 98% naqueles sem a perda do 9p. CONCLUSÃO: A deleção do cromossomo 9p estabelece independentemente um pior prognóstico para pacientes com CRCC localizado, fornece informação clínica relevante adicional e pode aperfeiçoar a habilidade preditora dos principais sistemas prognósticos atuais / INTRODUCTION: Deletion of chromosome 9p has been found in 14-36% of patients with clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) and is associated with high grade tumors, advanced tumor stage, presence of lymph node involvement and metastases. OBJECTIVES: To assess whether deletion of chromosome 9p is an independent predictor of worse recurrence-free and cancer-specific survival in patients with localized ccRCC. METHODS: In this retrospective cohort study, tumor samples of 94 patients with NX-0 M0 ccRCC undergoing radical nephrectomy or renal conservative surgery, were analyzed using tissue microarray and fluorescence in situ hybridization. RESULTS: Mean follow-up was 11.6 years and 9p deletion was found in near 15% of cases. Estimated cancer-specific survival at 5 and 10 years was, respectively, 99% and 96% in patients without such chromosomal loss and 71% and 57% in those with 9p loss (p < 0.001). Deletion of chromosome 9p is an independent prognostic factor in multivariate analysis, increasing the risk of disease-specific death in 28x (95% CI 5-155, p < 0.001). This deletion was the strongest predictor of cancer-specific mortality, superior to any analysed pathological factor, including tumor size. In patients at low risk of progression, namely low score (0-2) SSIGN, low risk UISS and low risk USP Pathological Triad, 9p-deleted tumors were associated with worse 10 years cancer-specific survival: respectively 70%, 67% and 67% versus 98%, 97% and 98% in those with no 9p loss. CONCLUSIONS: Deletion of chromosome 9p independently establishes a worse prognosis for patients with localized ccRCC, provides relevant additional clinical information and can improve the predictive ability of the main current prognostic models

O Sarcoma Sinovial revela consistentemente t(X;18) resultando em SS18- SSX1, SS18-SSX2 e raramente SS18-SSX4. Dos 328 casos incluídos neste estudo, Sarcoma Sinovial foi considerado a primeira possibilidade diagnóstica ou um importante diagnóstico diferencial em 134 casos: destes, cDNA de qualidade foi obtido em 131. A fusão SS18-SSX foi identificada em 126 (96%) casos (74 SS18-SSX1, 52 SS18-SSX2) através de qRT-PCR e 120 (92%) por RT-PCR convencional. 101 casos no array de tecidos, analisados por FISH, revelaram que 87 (86%) mostraram rearranjo do SS18. Quatro casos positivos por RT-PCR mostraram perda de um sinal spectrum green e 15 casos revelaram cópias múltiplas de SS18: ambos os achados são potencialmente problemáticos na interpretação de resultados. Um dos 3 casos não analisados por RT-PCR por não ter gerado cDNA de qualidade, foi positivo por FISH. A fusão SS18-SSX1 foi demonstrada em 56 SS monofásicos e 18 SS bifásicos. SS18-SSX2 foi detectada em 41 monofásicos e 11 bifásicos. Áreas pouco diferenciadas foram identificadas em 44 casos (31%). Não houve correlação estatisticamente significante entre os subtipos bifásico, monofásico e o tipo de fusão. Cinco casos foram negativos através dos três métodos utilizados, três de localização pleural. Após correlação clínica, o diagnóstico de mesotelioma foi favorecido em um caso, tumor fibroso solitário em outro e o diagnóstico de sarcoma sem outras especificações no terceiro. A possibilidade do diagnóstico de TMBNP não pode ser excluída nos outros dois casos. Nós concluímos que os métodos moleculares são ferramentas auxiliares importantes para o diagnóstico de SS com 95% de sensibilidade e 100% de especificidade, mas os resultados devem ser interpretados à luz de características clínicas e dados imunohistoquímicos. / Synovial Sarcoma consistently harbors t(X;18) resulting in SS18-SSX1, SS18-SSX2 and rarely SS18-SSX4 fusion transcripts. Of 328 cases included in our study, synovial sarcoma was either the primary diagnosis or was very high in the differential diagnosis in 134 cases: of these, amplifiable cDNA was obtained from 131. SS18-SSX fusion products were found in 126 (96%) cases, (74 SS18-SSX1, 52 SS18-SSX2), using quantitative and 120 by conventional RT-PCR. 101 cases in a tissue microarray, analyzed by FISH, revealed that 87 (86%) showed SS18 rearrangement: 4 reverse transcriptase polymerase chain reaction positive cases, reported as negative for FISH, showed loss of one spectrum green signal, and 15 cases had multiple copies of the SS18 gene: both findings are potentially problematic when interpreting results. One of 3 cases, not analyzed by RT PCR due to poor quality RNA, was positive by FISH. SS18-SSX1 was present in 56 monophasic and 18 biphasic synovial sarcoma: SS18-SSX2 was detected in 41 monophasic and 11 biphasic synovial sarcoma. Poorly differentiated areas were identified in 44 cases (31%). There was no statistically significant association between biphasic, monophasic and fusion type. Five cases were negative for SS18 rearrangement by all methods, 3 of which were pleural-sited neoplasms. Following clinical input, a diagnosis of mesothelioma was favored in one case, a sarcoma, not-otherwise specified in another and a solitary fibrous tumor in the third case. The possibility of a malignant peripheral nerve sheath tumor could not be excluded in the other 2 cases. We concluded that the employment of a combination of molecular approaches is a powerful aid to diagnosing synovial sarcoma giving at least 96% sensitivity and 100% specificity but results must be interpreted in the light of other modalities such as clinical findings and immunohistochemical data.

O Sarcoma Sinovial revela consistentemente t(X;18) resultando em SS18- SSX1, SS18-SSX2 e raramente SS18-SSX4. Dos 328 casos incluídos neste estudo, Sarcoma Sinovial foi considerado a primeira possibilidade diagnóstica ou um importante diagnóstico diferencial em 134 casos: destes, cDNA de qualidade foi obtido em 131. A fusão SS18-SSX foi identificada em 126 (96%) casos (74 SS18-SSX1, 52 SS18-SSX2) através de qRT-PCR e 120 (92%) por RT-PCR convencional. 101 casos no array de tecidos, analisados por FISH, revelaram que 87 (86%) mostraram rearranjo do SS18. Quatro casos positivos por RT-PCR mostraram perda de um sinal spectrum green e 15 casos revelaram cópias múltiplas de SS18: ambos os achados são potencialmente problemáticos na interpretação de resultados. Um dos 3 casos não analisados por RT-PCR por não ter gerado cDNA de qualidade, foi positivo por FISH. A fusão SS18-SSX1 foi demonstrada em 56 SS monofásicos e 18 SS bifásicos. SS18-SSX2 foi detectada em 41 monofásicos e 11 bifásicos. Áreas pouco diferenciadas foram identificadas em 44 casos (31%). Não houve correlação estatisticamente significante entre os subtipos bifásico, monofásico e o tipo de fusão. Cinco casos foram negativos através dos três métodos utilizados, três de localização pleural. Após correlação clínica, o diagnóstico de mesotelioma foi favorecido em um caso, tumor fibroso solitário em outro e o diagnóstico de sarcoma sem outras especificações no terceiro. A possibilidade do diagnóstico de TMBNP não pode ser excluída nos outros dois casos. Nós concluímos que os métodos moleculares são ferramentas auxiliares importantes para o diagnóstico de SS com 95% de sensibilidade e 100% de especificidade, mas os resultados devem ser interpretados à luz de características clínicas e dados imunohistoquímicos. / Synovial Sarcoma consistently harbors t(X;18) resulting in SS18-SSX1, SS18-SSX2 and rarely SS18-SSX4 fusion transcripts. Of 328 cases included in our study, synovial sarcoma was either the primary diagnosis or was very high in the differential diagnosis in 134 cases: of these, amplifiable cDNA was obtained from 131. SS18-SSX fusion products were found in 126 (96%) cases, (74 SS18-SSX1, 52 SS18-SSX2), using quantitative and 120 by conventional RT-PCR. 101 cases in a tissue microarray, analyzed by FISH, revealed that 87 (86%) showed SS18 rearrangement: 4 reverse transcriptase polymerase chain reaction positive cases, reported as negative for FISH, showed loss of one spectrum green signal, and 15 cases had multiple copies of the SS18 gene: both findings are potentially problematic when interpreting results. One of 3 cases, not analyzed by RT PCR due to poor quality RNA, was positive by FISH. SS18-SSX1 was present in 56 monophasic and 18 biphasic synovial sarcoma: SS18-SSX2 was detected in 41 monophasic and 11 biphasic synovial sarcoma. Poorly differentiated areas were identified in 44 cases (31%). There was no statistically significant association between biphasic, monophasic and fusion type. Five cases were negative for SS18 rearrangement by all methods, 3 of which were pleural-sited neoplasms. Following clinical input, a diagnosis of mesothelioma was favored in one case, a sarcoma, not-otherwise specified in another and a solitary fibrous tumor in the third case. The possibility of a malignant peripheral nerve sheath tumor could not be excluded in the other 2 cases. We concluded that the employment of a combination of molecular approaches is a powerful aid to diagnosing synovial sarcoma giving at least 96% sensitivity and 100% specificity but results must be interpreted in the light of other modalities such as clinical findings and immunohistochemical data.

INTRODUÇÃO: A Leucemia/Linfoma de células T do adulto (ATL) é uma doença linfoproliferativa crônica com transformação clonal predominantemente de linfócitos TCD4+, causada pelo vírus linfotrópico T humano do tipo I (HTLV-I). A ATL se desenvolve em 3-5% dos portadores do vírus HTLV-I, após longo período de latência clínica, acompanhado de expansão clonal dos linfócitos infectados. As células da ATL apresentam várias anormalidades cromossômicas, semelhantes àquelas resultantes de disfunção telomérica e a instabilidade genômica contribui para o desenvolvimento da ATL. Para entender o papel do encurtamento telomérico na oncogênese da ATL, avaliamos o comprimento dos telômeros de linfócitos TCD4 e TCD8 em portadores do vírus HTLV-I e em portadores de ATL. RESULTADOS: Não foi evidenciada diferença significativa no comprimento de telômero dos subtipos linfocitários TCD4+ e TCD8+ entre portadores do vírus HTLV-I e indivíduos saudáveis, assim como, entre portadores de ATL e indivíduos saudáveis. Entretanto, quando incluímos na análise a variável idade, evidenciamos redução significativa do comprimento do telômero com a idade em portadores do vírus HTLV-I e maior perda telomérica nos portadores do vírus HTLV-I e portadores de ATL em relação aos indivíduos saudáveis de mesma idade, embora a diferença entre os grupos não atinja o nível de significância estatística. Estes resultados podem ser explicados pelo fato de que as células dos indivíduos infectados pelo vírus HTLV-I apresentam maior taxa proliferativa devido à ação viral, mesmo em estado de latência clínica. A perda telomérica em função da idade nos portadores de ATL não demostrou-se significativa devido ao pequeno número de casos analisados em decorrência da raridade da doença. Entretanto, quando analisamos o comprimento telomérico nos subtipos linfocitários de portadores de ATL, evidenciamos acentuada perda telomérica na célula maligna e valores próximos ao limite superior esperado para a idade no subtipo linfocitário não transformado, demonstrando que a disfunção telomérica deve estar associada à transformação celular. Estabelecemos valores de referência de comprimento telomérico dos subtipos linfocitários TCD4+ e TCD8+ de indivíduos saudáveis, definidos por faixa etária. CONCLUSÃO: Nossos resultados demonstram que portadores do vírus HTLV-I apresentam maior perda telomérica em função da idade que indivíduos saudáveis, mas, sem refletir significância estatística e clínica. Entretanto, portadores de ATL apresentam perda acentuada de comprimento de telômero na célula maligna, demonstrando que a determinação do comprimento de telômero pode auxiliar futuramente o monitoramento dos indivíduos infectados pelo HTLV-I, indicando conversão à doença / INTRODUCTION: Adult T-cell Leukemia/Lymphoma (ATL) is a chronic lymphproliferative disease with clonal transformation predominantly of the TCD4+ lymphocytes, caused by the Human T lymphotropic virus type-I (HTLV-I). ATL develops itself in 3-5% of HTLV-I carriers after a long period of clinical latency accompanied by clonal expansion of the infected lymphocytes. The ATL cells present several chromosomic abnormalities, similar to those resulting from telomere dysfunction and the genomic instability contributes to the development of ATL. In order to understanding the role of telomeric shortening in the ATL oncogenesis, we assessed the length of telomeres of lymphocytes TCD4 and TCD8 in HTLV-I carriers and in ATL carriers. RESULTS: No significant difference was evidentiated in the telomere length of lymphocytary subtypes TCD4+ and TCD8+ between HTLV-I carriers and healthy subjects, as well as, between ATL carriers and healthy subjects. However, when the age variable was included in the analysis, we observed significant decrease of telomeric length with age progression in HTLV-I carriers and higher telomeric loss in HTLV-I carriers and ATL carriers when compared to healthy subjects of the same age, although the difference between groups does not reach the level of statistic relevance. These results may be explained by the fact that the cells of HTLV-I infected subjects present higher proliferative rate due to the viral action, even during clinical latency. Age-related telomeric loss in ATL carriers did not manifest itself as significant due to the small number of analyzed cases as a consequence of the diseases rareness. However, when the telomere length on the lymphocytary subtypes of ATL carriers was analyzed, we evidentiated accentuated telomeric loss in the malignant cell and values close to the age-expected upper limit in the nontransformed lymphocytary subtype, demonstrating that the telomere dysfunction may be associated to the cellular transformation. We have determined reference values of telomere length for lymphocytary subtypes TCD4+ and TCD8+ on healthy subjects, defined by age range. CONCLUSION: Our results demonstrate that HTLV-I carriers present higher telomeric loss due to age than healthy subjects, however, with no reflection in clinical and statistical significance. Nevertheless, ATL carriers present accentuated loss of telomere length in the malignant cell, demonstrating that the telomere length determination may, in the future, assist in the monitoring of HTLV-I infected subjects, indicating conversion to the disease

INTRODUÇÃO: A deleção do cromossomo 9p tem sido encontrada em 14 a 36% dos pacientes com carcinoma renal tipo células claras (CRCC) e está associado a tumores de alto grau, estágio avançado, presença de metástases linfonodais e sistêmicas. OBJETIVOS: Avaliar se a deleção do cromossomo 9p é fator preditor independente de pior sobrevida livre de recorrência e câncer-específica em pacientes com CRCC localizado. MÉTODOS: Neste estudo de coorte retrospectivo, amostras tumorais de 94 pacientes com CRCC NX-0 M0, submetidos à nefrectomia radical ou cirurgia renal conservadora, foram analisadas através das técnicas de microarranjo tecidual e hibridização in situ com fluorescência. RESULTADOS: O tempo de seguimento médio foi de 11,6 anos e a deleção do 9p foi encontrada em cerca de 15% dos casos. A sobrevida câncer específica estimada em 5 e 10 anos foi respectivamente de 99% e 96% nos pacientes sem a referida perda cromossômica e de 71% e 57% naqueles com perda do 9p (p < 0,001). A deleção do cromossomo 9p foi fator prognóstico independente na análise multivariada, aumentando o risco de morte pela doença em 28x (IC 95% 5-155, p < 0,001). Tal deleção foi o preditor mais importante de mortalidade câncer específica, superior a qualquer fator patológico analisado, inclusive ao tamanho tumoral. Em pacientes com baixo risco de progressão, isto é, baixo escore SSIGN (0-2), baixo risco segundo a UISS e baixo risco segundo a Tríade Patológica da USP, tumores deletados do 9p estão significativamente associados com pior sobrevida câncer-específica em 10 anos: respectivamente 70%, 67% e 67% versus 98%, 97% e 98% naqueles sem a perda do 9p. CONCLUSÃO: A deleção do cromossomo 9p estabelece independentemente um pior prognóstico para pacientes com CRCC localizado, fornece informação clínica relevante adicional e pode aperfeiçoar a habilidade preditora dos principais sistemas prognósticos atuais / INTRODUCTION: Deletion of chromosome 9p has been found in 14-36% of patients with clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) and is associated with high grade tumors, advanced tumor stage, presence of lymph node involvement and metastases. OBJECTIVES: To assess whether deletion of chromosome 9p is an independent predictor of worse recurrence-free and cancer-specific survival in patients with localized ccRCC. METHODS: In this retrospective cohort study, tumor samples of 94 patients with NX-0 M0 ccRCC undergoing radical nephrectomy or renal conservative surgery, were analyzed using tissue microarray and fluorescence in situ hybridization. RESULTS: Mean follow-up was 11.6 years and 9p deletion was found in near 15% of cases. Estimated cancer-specific survival at 5 and 10 years was, respectively, 99% and 96% in patients without such chromosomal loss and 71% and 57% in those with 9p loss (p < 0.001). Deletion of chromosome 9p is an independent prognostic factor in multivariate analysis, increasing the risk of disease-specific death in 28x (95% CI 5-155, p < 0.001). This deletion was the strongest predictor of cancer-specific mortality, superior to any analysed pathological factor, including tumor size. In patients at low risk of progression, namely low score (0-2) SSIGN, low risk UISS and low risk USP Pathological Triad, 9p-deleted tumors were associated with worse 10 years cancer-specific survival: respectively 70%, 67% and 67% versus 98%, 97% and 98% in those with no 9p loss. CONCLUSIONS: Deletion of chromosome 9p independently establishes a worse prognosis for patients with localized ccRCC, provides relevant additional clinical information and can improve the predictive ability of the main current prognostic models

No / During development, multipotent progenitor cells establish tissue-specific programs of gene expression. In this paper, we show that p63 transcription factor, a master regulator of epidermal morphogenesis, executes its function in part by directly regulating expression of the genome organizer Satb1 in progenitor cells. p63 binds to a proximal regulatory region of the Satb1 gene, and p63 ablation results in marked reduction in the Satb1 expression levels in the epidermis. Satb1(-/-) mice show impaired epidermal morphology. In Satb1-null epidermis, chromatin architecture of the epidermal differentiation complex locus containing genes associated with epidermal differentiation is altered primarily at its central domain, where Satb1 binding was confirmed by chromatin immunoprecipitation-on-chip analysis. Furthermore, genes within this domain fail to be properly activated upon terminal differentiation. Satb1 expression in p63(+/-) skin explants treated with p63 small interfering ribonucleic acid partially restored the epidermal phenotype of p63-deficient mice. These data provide a novel mechanism by which Satb1, a direct downstream target of p63, contributes in epidermal morphogenesis via establishing tissue-specific chromatin organization and gene expression in epidermal progenitor cells.

O genoma humano é composto por diversos tipos de variações estruturais, como por exemplo, as variações no número de cópias (CNVs), que, mesmo sendo muito pequenas, podem gerar diversas alterações clínicas específicas, como as malformações congênitas e o atraso do desenvolvimento neuropsicomotor (MC/ADNPM). Para a detecção destas alterações existem diferentes técnicas citogenômicas dentre elas a FISH (Fluorescent in situ Hibridization) e a MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification), que investigam um número limitado de regiões do genoma, como as regiões envolvidas nas síndromes de microdeleções/microduplicações mais comuns e as regiões subteloméricas. Outros métodos como a cariotipagem clássica e o array genômico possibilitam uma análise completa do DNA em uma única reação, aumentando a taxa de detecção de desequilíbrios complexos. Alcançar um diagnóstico inequívoco é fundamental para entender a natureza da doença, fornecendo respostas sobre o prognóstico, sobre os riscos de recorrência e direcionando o paciente à terapia específica, o que pode minimizar o custo financeiro dessas doenças e até mesmo possibilitar a inclusão desses indivíduos na sociedade. O projeto teve como objetivo comparar a capacidade diagnóstica destas tecnologias (FISH, MLPA e array) para a elucidação etiológica de pacientes sindrômicos encaminhados para a unidade de genética. A casuística deste trabalho foi composta pela análise dos resultados das técnicas de FISH e/ou MLPA e array, utilizadas no diagnóstico de 78 pacientes com MC/ADNPM. Na técnica de FISH, empregada na análise genômica de 22 pacientes, foram utilizadas sondas locus específicas para as regiões das principais síndromes de microdeleção/microduplicação e para as regiões subteloméricas de cromossomos específicos. Por meio desta metodologia, foram identificados ~18,2% dos pacientes com diferentes alterações. Já a técnica de MLPA, utilizada no diagnóstico dos 78 pacientes, por meio dos kits para as principais síndromes de microdeleção/microduplicação e para as regiões subteloméricas, detectou ~34,6% de pacientes com diversas alterações. A técnica de array, realizada em todos os pacientes utilizando diferentes plataformas (Agilent, Affymetrix ou Illumina) apresentou uma taxa de ~42,3% de detecção de pacientes com pelo menos uma alteração patogênica e ~38,5% de pacientes com alterações benignas ou de significado clínico incerto. Ao avaliar as três técnicas concomitantemente foi verificada uma taxa de ~93,6% de concordância, apesar dos resultados não serem iguais em todos os casos e da técnica de MLPA não detectar ~66,2% das alterações em relação ao array. Os resultados obtidos corroboraram com dados da literatura, mas no geral a taxa de detecção foi superior às taxas descritas, o em que em parte pode ser devido ao critério de seleção dos pacientes, sugerindo fortemente que a hipótese clínica adequada é crucial para o sucesso da detecção de alteração. Embora o array seja a ferramenta mais eficiente para o diagnóstico de pacientes com malformações, seu uso como primeiro teste diagnóstico nem sempre é o mais apropriado devido ao seu custo elevado ou sua limitação em detectar inversões e translocações balanceadas. Portanto todas as técnicas estudadas têm suas vantagens e desvantagens, e poderão ser aplicadas em conjunto para que o diagnóstico molecular seja concluído. Dessa forma, são necessárias uma interação clínico-laboratorial e uma equipe técnica multiprofissional especializada para o direcionamento do diagnóstico molecular mais eficaz em relação ao custo-benefício / The human genome is composed of several types of structural variations, such as copy number variation (CNVs) which, although very small, can generate several specific clinical abnormalities, such as congenital malformations and developmental delay (CM/DD). To detect these changes there are different cytogenomics techniques, among them, FISH (Fluorescent in situ Hybridization) and MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) that can investigate a limited number of genomic regions for example the most common microdeletion/microduplications syndromes and subtelomeric regions. Other methods such as classical karyotyping and array provide a complete DNA analysis in a single reaction, increasing the detection rate of complex imbalances. Acquire an unequivocal diagnosis is critical to understand the nature of the disease, providing answers about the prognosis, risks of recurrence and directing the patients to specific therapy, which can minimize the cost of these diseases and even allow the inclusion of these individuals in society. The objective of this project was to compare the diagnostic ability of these technologies (FISH, MLPA and array) for the etiologic diagnosis of syndromic patients referred to the clinical unit of genetics. The casuistry was composed by the results of analysis of 78 patients with CM/DD using FISH and/or MLPA and array. The FISH technique was utilized in genomic analysis for 22 patients and locus specific probes were used for regions of the microdeletion/microduplication syndromes and the subtelomeric regions of specific chromosomes. By this methodology ~18.2% of the patients were identified with different genomic changes. The MLPA technique was used in the diagnosis of 78 patients, with microdeletion/microduplication syndrome and subtelomeric regions, and detected ~34.6% of patients with several changes. The array technique was performed in all patients using different platforms (Agilent, Illumina or Affymetrix) and shows a rate of ~42.3% of detection at least one pathogenic change and ~38.5% of patients with benign or uncertain clinical significance changes. In assessment of the three techniques concomitantly was observed a rate of ~93.6% of concordance, although the results are not the same in all cases and the MLPA technique to detect ~ 66.2% of the changes in relation to the array. The results obtained corroborated with literature data, but the overall detection rate was higher than the rates described in the literature, due in part to the criteria selection of patients. Our results strongly suggesting that appropriate clinical hypothesis is crucial for successful change detection. Although the array is the most efficient tool for the diagnosis of patients with abnormalities, using this test as a first diagnostic approach is not always the most suitable tool because of the high cost or the limitation to detect inversions and balanced translocations. Therefore, all techniques studied have their advantages and disadvantages, and could be applied together for the completed molecular diagnosis. Thus, a clinical laboratory interaction and multidisciplinary skilled technicians is required for targeting the most effective molecular diagnosis in relation to cost-benefit

O genoma humano é composto por diversos tipos de variações estruturais, como por exemplo, as variações no número de cópias (CNVs), que, mesmo sendo muito pequenas, podem gerar diversas alterações clínicas específicas, como as malformações congênitas e o atraso do desenvolvimento neuropsicomotor (MC/ADNPM). Para a detecção destas alterações existem diferentes técnicas citogenômicas dentre elas a FISH (Fluorescent in situ Hibridization) e a MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification), que investigam um número limitado de regiões do genoma, como as regiões envolvidas nas síndromes de microdeleções/microduplicações mais comuns e as regiões subteloméricas. Outros métodos como a cariotipagem clássica e o array genômico possibilitam uma análise completa do DNA em uma única reação, aumentando a taxa de detecção de desequilíbrios complexos. Alcançar um diagnóstico inequívoco é fundamental para entender a natureza da doença, fornecendo respostas sobre o prognóstico, sobre os riscos de recorrência e direcionando o paciente à terapia específica, o que pode minimizar o custo financeiro dessas doenças e até mesmo possibilitar a inclusão desses indivíduos na sociedade. O projeto teve como objetivo comparar a capacidade diagnóstica destas tecnologias (FISH, MLPA e array) para a elucidação etiológica de pacientes sindrômicos encaminhados para a unidade de genética. A casuística deste trabalho foi composta pela análise dos resultados das técnicas de FISH e/ou MLPA e array, utilizadas no diagnóstico de 78 pacientes com MC/ADNPM. Na técnica de FISH, empregada na análise genômica de 22 pacientes, foram utilizadas sondas locus específicas para as regiões das principais síndromes de microdeleção/microduplicação e para as regiões subteloméricas de cromossomos específicos. Por meio desta metodologia, foram identificados ~18,2% dos pacientes com diferentes alterações. Já a técnica de MLPA, utilizada no diagnóstico dos 78 pacientes, por meio dos kits para as principais síndromes de microdeleção/microduplicação e para as regiões subteloméricas, detectou ~34,6% de pacientes com diversas alterações. A técnica de array, realizada em todos os pacientes utilizando diferentes plataformas (Agilent, Affymetrix ou Illumina) apresentou uma taxa de ~42,3% de detecção de pacientes com pelo menos uma alteração patogênica e ~38,5% de pacientes com alterações benignas ou de significado clínico incerto. Ao avaliar as três técnicas concomitantemente foi verificada uma taxa de ~93,6% de concordância, apesar dos resultados não serem iguais em todos os casos e da técnica de MLPA não detectar ~66,2% das alterações em relação ao array. Os resultados obtidos corroboraram com dados da literatura, mas no geral a taxa de detecção foi superior às taxas descritas, o em que em parte pode ser devido ao critério de seleção dos pacientes, sugerindo fortemente que a hipótese clínica adequada é crucial para o sucesso da detecção de alteração. Embora o array seja a ferramenta mais eficiente para o diagnóstico de pacientes com malformações, seu uso como primeiro teste diagnóstico nem sempre é o mais apropriado devido ao seu custo elevado ou sua limitação em detectar inversões e translocações balanceadas. Portanto todas as técnicas estudadas têm suas vantagens e desvantagens, e poderão ser aplicadas em conjunto para que o diagnóstico molecular seja concluído. Dessa forma, são necessárias uma interação clínico-laboratorial e uma equipe técnica multiprofissional especializada para o direcionamento do diagnóstico molecular mais eficaz em relação ao custo-benefício / The human genome is composed of several types of structural variations, such as copy number variation (CNVs) which, although very small, can generate several specific clinical abnormalities, such as congenital malformations and developmental delay (CM/DD). To detect these changes there are different cytogenomics techniques, among them, FISH (Fluorescent in situ Hybridization) and MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) that can investigate a limited number of genomic regions for example the most common microdeletion/microduplications syndromes and subtelomeric regions. Other methods such as classical karyotyping and array provide a complete DNA analysis in a single reaction, increasing the detection rate of complex imbalances. Acquire an unequivocal diagnosis is critical to understand the nature of the disease, providing answers about the prognosis, risks of recurrence and directing the patients to specific therapy, which can minimize the cost of these diseases and even allow the inclusion of these individuals in society. The objective of this project was to compare the diagnostic ability of these technologies (FISH, MLPA and array) for the etiologic diagnosis of syndromic patients referred to the clinical unit of genetics. The casuistry was composed by the results of analysis of 78 patients with CM/DD using FISH and/or MLPA and array. The FISH technique was utilized in genomic analysis for 22 patients and locus specific probes were used for regions of the microdeletion/microduplication syndromes and the subtelomeric regions of specific chromosomes. By this methodology ~18.2% of the patients were identified with different genomic changes. The MLPA technique was used in the diagnosis of 78 patients, with microdeletion/microduplication syndrome and subtelomeric regions, and detected ~34.6% of patients with several changes. The array technique was performed in all patients using different platforms (Agilent, Illumina or Affymetrix) and shows a rate of ~42.3% of detection at least one pathogenic change and ~38.5% of patients with benign or uncertain clinical significance changes. In assessment of the three techniques concomitantly was observed a rate of ~93.6% of concordance, although the results are not the same in all cases and the MLPA technique to detect ~ 66.2% of the changes in relation to the array. The results obtained corroborated with literature data, but the overall detection rate was higher than the rates described in the literature, due in part to the criteria selection of patients. Our results strongly suggesting that appropriate clinical hypothesis is crucial for successful change detection. Although the array is the most efficient tool for the diagnosis of patients with abnormalities, using this test as a first diagnostic approach is not always the most suitable tool because of the high cost or the limitation to detect inversions and balanced translocations. Therefore, all techniques studied have their advantages and disadvantages, and could be applied together for the completed molecular diagnosis. Thus, a clinical laboratory interaction and multidisciplinary skilled technicians is required for targeting the most effective molecular diagnosis in relation to cost-benefit