A reação em cadeia da polimerase fluorescente quantitativa (QF-PCR) é um método molecular de diagnóstico que se baseia na amplificação de pequenas sequências repetitivas do genoma (Short Tandem Repeats - STRs). Este método pode ser empregado para a detecção de aneuploidias durante a triagem pré-natal, porém, no Brasil, ainda não é utilizado nas instituições públicas. O objetivo do presente estudo foi avaliar a eficácia da QF-PCR em comparação com a citogenética na detecção de aneuploidias. Foram avaliadas 162 amostras de líquido amniótico de gestantes com risco fetal de aneuploidia aumentado. As amostras foram coletadas no Ambulatório de Obstetrícia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. O DNA fetal, para a análise do QF-PCR, foi extraído do líquido amniótico e foram utilizados 24 marcadores moleculares fluorescentes para a amplificação de genes presentes nos cromossomos 13, 18, 21, X e Y. A interpretação foi baseada na análise quantitativa dos fragmentos obtidos na amplificação. A análise citogenética foi realizada segundo metodologia convencional. A QF-PCR foi realizada às cegas, sem o conhecimento do resultado citogenético. A concordância entre os resultados obtidos pela citogenética e pela QF-PCR foi de 93,2% (151/162), com sensibilidade total de 90% e especificidade de 97,2%. Quando analisado apenas os resultados passíveis de detecção pela QF-PCR, sem os rearranjos, a concordância atinge 98,1% com sensibilidade de 98,7% e especificidade de 97,2%. O presente estudo demonstra que a QF-PCR é um método eficiente e confiável para triagem pré-natal de aneuploidias. Para a investigação de alterações cromossômicas estruturais a avaliação citogenética é necessária / Quantitative fluorescence polymerase chain reaction (QF-PCR) is a molecular diagnostic method based on the amplification of short tandem repeats (STRs) present in genome. This method is widely used to detect aneuploidies in prenatal screening, but, in Brazil, it is not used in public services. We investigated the accuracy of QF-PCR for the prenatal recognition of common aneuploidies and compared these results with cytogenetic results in our laboratory. A total of 162 amniotic fluid samples of pregnancies with high risk of fetus aneuploid were collected at the Obstetric Ambulatory of Hospital das Clínicas - Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil. Fetal DNA was extracted and analyzed by multiplex QF-PCR kit, which contains 24 primer pairs located on chromosomes 13, 18, 21, X and Y. Cytogenetic analysis was performed based on conventional method. The results of cytogenetics test was not known while QF-PCR assay was performed. QF-PCR results were consistent with the results of cytogenetic analysis in 93.2% of all samples (151/162), with 90% total sensitivity and 97.2% specificity. When only possible results detected by QF-PCR are analyzed, without rearrangements samples, the agreement between both tests increases to 98.1%, with 98.7% sensitivity and 97.2% specificity. The present study demonstrates that QF-PCR was efficient and reliable for prenatal aneuploidy screening. This study suggests that QF-PCR can be used as a rapid diagnostic method; however, to structural chromosomal abnormalities cytogenetic analysis must be used

A hipótese principal deste trabalho é que as anomalias de precipitação na ZCIT com períodos de 20 a 50 dias e dimensão zonal de 1000 a 1500 km, causadas remotamente por Ondas de Instabilidade Tropical (OITs) e/ou Ondas de Rossby Curtas (ORCs) podem causar anomalias de salinidade da superfície do mar. Para responder à hipótese, o presente trabalho quantifica a influência dos padrões propagantes da temperatura da superfície do mar sobre variáveis atmosféricas na escala das ORCs e OITs. Os coeficientes de regressão do vapor dágua integrado verticalmente e da precipitação revelam que a influência da temperatura superficial na atmosfera se dá remotamente à região de domínio das ondas, alcançando a ZCIT. A distribuição das anomalias do divergente do vento corrobora a ideia de aceleração dos ventos sobre águas quentes e desaceleração sobre águas frias. A carência de correlações estatisticamente significativas entre a precipitação e a salinidade superficial, devido à baixa qualidade dos dados, não permitiu que a hipótese principal fosse avaliada. Entretanto, fica evidente a influência destas ondas em variáveis atmosféricas que alteram o balanço de evaporação e precipitação que tem influência direta na salinidade superficial. Denominamos ORCs as oscilações com período de _49 dias e comprimento de onda de _1500 km e OITs os padrões com _21 dias e _1000 km. A identificação dinâmica destas ondas foi feita através da teoria linear de ondas equatoriais no modelo de águas rasas quase-geostrófico para um oceano invíscido de 1,5 camadas. Os dados de anomalia da altura da superfície do mar revelaram apenas a existência de ORCs, enquanto que a temperatura da superfície do mar apresentou o sinal de ambas as ondas, sendo as OITs dominantes até 6_ do Equador. A principal contribuição deste trabalho é a confirmação da hipótese de que OITs e ORCs coexistem, são distinguíveis e geram alterações no vento por mecanismos similares. Até o presente momento, desconhecemos outro estudo que alie a separação teórica dos padrões oceânicos propagantes obtidos por satélites à quantificação da variabilidade atmosférica associada às anomalias de TSM em bandas do espectro zonal-temporal características de ondas dinamicamente distintas / We hypothesize that rainfall anomalies with 2050 days and 10001500 km on the Intertropical Convergence Zone (ITCZ) can induce sea surface salinity anomalies. We argue that these precipitation anomalies are remotely caused by Tropical Instability Waves (TIWs) and Short RossbyWaves (SRWs). We have quantified the sea surface temperature influence on atmospheric fields at the TIWs and SRWs spectral bands through regression analysis. In that, wind anomalies are larger over temperature anomalies. Winds tend to accelerate over positive temperature anomalies and slow down over negative anomalies. Changes on water vapor and rainfall occur predominantly on the ITCZ, far from the strongest temperature anomalies near the equator. However, we couldnt address the main hypothesis due to the lack of significant correlation between rainfall and sea surface salinity anomalies. We speculate that this is a consequence of the low quality of the salinity data used in this study. We have identified TIWs as the waves with _21 days and _1000 km and SRWs as the oscillations with _49 days and _1500 km. The identification of the dynamics was made according to equatorial long waves theory based on a linear, quasi-geostrophic, 1.5 layers, inviscid ocean model. Sea surface height anomalies could only reveal SRWs. Sea surface temperature anomalies show both type of waves, with TIWs dominating within 6_ from the equator. Our main contribution was to show that TIWs and SRWs coexist, can be isolated and change wind field through similar mechanisms. We do not know any other study that linked theoretical identification of dynamically different oceanic waves to the atmospheric variability in a quantitative fashion

O câncer de mama é a neoplasia com maior mortalidade entre as mulheres. O emprego de agentes alquilantes no tratamento desta neoplasia pode ocasionar o surgimento de instabilidades genômicas. Tais instabilidades podem estar associadas ao desenvolvimento de neoplasias secundárias como, por exemplo, leucemias. A presente tese avaliou a instabilidade de microssatélites em amostras de sangue, sedimento urinário e plasma de pacientes portadoras de carcinoma mamário ao diagnóstico, 3 e 6 meses após o início do tratamento quimioterápico. Também foi avaliada a concentração do DNA plasmático livre como possível marcador tumoral junto aos marcadores séricos CEA e CA15.3, empregados no acompanhamento do câncer de mama. Foram avaliadas as regiões de microssatélites: Tp53-ALU, Tp53.PCR15.1, BAT 40, BAT26, FMR2 e APC. Entre as 40 pacientes incluídas no presente estudo 88,57% apresentaram instabilidade de microssatélites na fração mononuclear do sangue periférico, 85,8% nas amostras de sedimento urinário e 62,5% no DNA plasmático livre. Não houve concordância significativa entre as instabilidades encontradas nos três tipos de amostra. A concentração de DNA plasmático livre das pacientes quando comparada às doadoras sadias apresentou correlação estatisticamente significativa (p>0,0001), e em paciente em regimes neoadjuvantes que responderam objetivamente à quimioterapia (p=0,02) e não houve correlação com os marcadores séricos CEA e CA15.3. / Breast cancer has the major mortality in women among all kind of cancer. The use of alkylating agents at the treatment of this disease is associated with genomic instability. This instability could be associated with the development of secondary cancer, for example, leukemia. The present thesis evaluated microsatellite instability in blood, pellet cells urinary and plasma in patients with breast cancer at diagnosis, 3 and 6 months after the beginning of chemotherapy. There were evaluated also Free Plasmatic DNA concentration as a possible tumoral marker with the serum markers CEA and CA15.3 used in breast cancer follow up. The microsatellites regions assayed were: Tp53-ALU,Tp53.PCR15.1, BAT 40, BAT26, FMR2 e APC. Among the 40 patients included at the present study 88,57% showed microsallite instability in peripheral mononuclear blood cells, 85,8% in urinary pellet cells samples and 62,5% in Free Plasmatic DNA. There werent statistical significant relationship for the instability found at the three kind of samples assayed. The Free Plasmatic DNA concentration of the patients when compared with healthy donors, showed a statistical significant relationship (p<0,0001). And among patients in neoadjuvant chemotherapy regime who reacted positively by treatment (p=0,02). And there werent statistical significant relationship between Free Plasmatic DNA and serum markers CEA and CA15.3.

Esta tese busca fazer um levantamento das principais linhas de força na constituição das Poéticas que norteiam a trajetória do escritor italiano contemporâneo Alessandro Baricco, não só como ficcionista, mas também como ensaísta e intelectual, atilado com seu tempo. Constatamos que, a partir do corpus dos romances e ensaios que aqui escolhemos analisar, o autor privilegia a instabilidade do narrar e do ver, refletida, nitidamente, nos diversos diálogos intertextuais que leva a efeito. Daí por que a intertextualidade, enquanto um de seus procedimentos ficcionais tal como concebida e transfigurada pelo autor esteja intimamente relacionada a uma concepção de mundo que elege o afastamento das certezas, o elogio da oralidade e da narrativa (fontes inesgotáveis de vida), a multiplicidade de pontos de vista, a exaltação de tipos à margem dos sistemas, o heroísmo da derrota, a apologia da queda e da renúncia. No intuito de demonstrar como isso se opera, nosso estudo se orienta, basicamente, a partir dos seguintes tópicos: a) a gênese da intertextualidade em Baricco; b) as relações intertextuais propriamente ditas e eventuais aproximações de leitura entre algumas de suas obras e as de outros autores com os quais dialoga (tais como Herman Melville, Joseph Conrad, Rainer Maria Rilke, José Saramago e Paul Auster); c) as tendências pósmodernas sobre as quais ele se debruça, sobretudo, em sua atuação ensaística. / This thesis proposes a survey of the main forces determining the constitution of the Poetics that guide the trajectory of the contemporary Italian writer Alessandro Baricco, as a novelist, an essayist and a sagacious intellectual in our century. We note that, from the corpus of novels and essays chosen to analyze here, the author emphasizes the instability of narrating and perceiving, reflected clearly in the various intertextual dialogues that he creates. Therefore the intertextuality, as one of his fictional procedures conceived and transfigured by the author, is closely linked to a conception of the world that promotes the removal of certainties, the praise of orality and narrative (inexhaustible sources of life) the multiplicity of points of view, the exaltation of the marginalized characters, the heroism of defeat, the emphasis of the fall and the resignation. In order to demonstrate how it works, our study guides are basically from the following topics: a) the genesis of intertextuality in Baricco b) the intertextual relations and possible approaches between some of his works as well as dialogues with other authors (such as Herman Melville, Joseph Conrad, Rainer Maria Rilke, José Saramago and Paul Auster), c) the post-modern tendency, emphasized mainly on his essays.

Introdução: O câncer gástrico (CG) foi recentemente categorizado em subtipos moleculares, os quais incluem os tumores Epstein-Barr (EBV)-positivo e com instabilidade de microssatélites (MSI). Esta distinção pode nos fornecer informações prognósticas e identificar alvos terapêuticos, tais como o PD-L1. Objetivo: O objetivo desse estudo foi avaliar a presença de EBV, MSI e expressão de PD-L1 no CG e suas associações com características clinicopatológicas e prognósticas. Métodos: Foram avaliados retrospectivamente 287 pacientes com CG submetidos à gastrectomia D2 com intenção curativa entre 2009 e 2016, através da técnica de tissue microarray. As proteínas de reparo do DNA (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2) e o PD-L1 foram avaliados por imuno-histoquímica. O EBV foi avaliado por hibridação in situ. Resultados: Identificou-se a presença de EBV e MSI em 10,5% e 27% dos CGs, respectivamente. A maioria dos CGs com MSI apresentou perda simultânea da expressão de MLH1 e PMS2 (60%). O CG EBV-positivo associou-se ao sexo masculino (p=0,032), localização proximal (p < 0,001), tipo indeterminado de Lauren (p < 0,001), histologia pouco diferenciada (p=0,043) e infiltrado inflamatório acentuado (p < 0,001). Os tumores com MSI foram associados à idade mais avançada (p=0,002), gastrectomia subtotal (p=0,004), pN0 (p=0,024) e ao estágio pTNM menos avançado (p=0,020). Observou-se a imunoexpressão de PD-L1 em 8,8% dos casos, com expressão predominante no CG EBV-positivo (p < 0,001). O CG com MSI apresentou melhor sobrevida livre de doença (p=0,006) e sobrevida global (p=0,049) comparado ao EBV-negativo/microssatélite estável (MSS). Na análise multivariada, o status MSI/MSS permaneceu como fator de risco independente associado à recidiva da doença. Conclusão: O CG EBV-positivo apresentou aumento da expressão de PD-L1, enquanto o CG com MSI relacionou-se à melhor sobrevida. Ambos os subgrupos representam entidades distintas de CG e sua identificação é viável por técnicas diagnósticas convencionais. A caracterização destes subtipos de CG possibilita a aplicação de terapias direcionadas e permite ampliar o poder prognóstico dos atuais sistemas de classificação e estadiamento / Introduction: Gastric cancer (GC) has recently been categorized in molecular subtypes, which include Epstein-Barr (EBV)-positive and microsatellite instable (MSI) tumors. This distinction provides prognostic information and identifies therapeutic targets, such as PD-L1. Objective: The aim of this study was to evaluate the presence of EBV, MSI and PD-L1 expression in GC and their associations with clinicopathological characteristics and prognosis. Methods: We retrospectively evaluated 287 patients with GC who underwent D2-gastrectomy with curative intent from 2009 to 2016 through tissue microarray technique. DNA mismatch repair proteins (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2) and PD-L1 were assessed by immunohistochemistry. EBV was detected by in situ hybridization. Results: The presence of EBV and MSI was identified in 10.5% and 27% of GCs, respectively. Most MSI GCs showed simultaneous loss of MLH1 and PMS2 expression (60%). EBV positivity was related to male (p=0.032), proximal location (p < 0.001), undetermined Lauren type (p < 0.001), poorly differentiated histology (p=0.043) and intense inflammatory infiltrate (p < 0.001). MSI-tumors were associated with older age (p=0.002), subtotal gastrectomy (p=0.004), pN0 (p=0.024) and more initial pTNM stage (p=0.020). PD-L1 immunoexpression was observed in 8.8% of cases, with predominant expression in EBV-positive GC (p < 0.001). MSI correlated with better disease-free survival (p=0.006) and overall survival (p=0.049) compared to the EBV-negative/microsatellite stable (MSS). In the multivariate analysis, the MSI/MSS status remained as independent risk factor associated with disease recurrence. Conclusion: EBV-positive GCs had increased PD-L1 expression, while MSI GC had better survival outcome. Both subgroups are distinct GC entities and their recognition is feasible by conventional diagnostic techniques. The characterization of these GC subtypes enables the application of targeted therapies and allows to extend the prognostic power of current classification and staging systems

A reação em cadeia da polimerase fluorescente quantitativa (QF-PCR) é um método molecular de diagnóstico que se baseia na amplificação de pequenas sequências repetitivas do genoma (Short Tandem Repeats - STRs). Este método pode ser empregado para a detecção de aneuploidias durante a triagem pré-natal, porém, no Brasil, ainda não é utilizado nas instituições públicas. O objetivo do presente estudo foi avaliar a eficácia da QF-PCR em comparação com a citogenética na detecção de aneuploidias. Foram avaliadas 162 amostras de líquido amniótico de gestantes com risco fetal de aneuploidia aumentado. As amostras foram coletadas no Ambulatório de Obstetrícia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. O DNA fetal, para a análise do QF-PCR, foi extraído do líquido amniótico e foram utilizados 24 marcadores moleculares fluorescentes para a amplificação de genes presentes nos cromossomos 13, 18, 21, X e Y. A interpretação foi baseada na análise quantitativa dos fragmentos obtidos na amplificação. A análise citogenética foi realizada segundo metodologia convencional. A QF-PCR foi realizada às cegas, sem o conhecimento do resultado citogenético. A concordância entre os resultados obtidos pela citogenética e pela QF-PCR foi de 93,2% (151/162), com sensibilidade total de 90% e especificidade de 97,2%. Quando analisado apenas os resultados passíveis de detecção pela QF-PCR, sem os rearranjos, a concordância atinge 98,1% com sensibilidade de 98,7% e especificidade de 97,2%. O presente estudo demonstra que a QF-PCR é um método eficiente e confiável para triagem pré-natal de aneuploidias. Para a investigação de alterações cromossômicas estruturais a avaliação citogenética é necessária / Quantitative fluorescence polymerase chain reaction (QF-PCR) is a molecular diagnostic method based on the amplification of short tandem repeats (STRs) present in genome. This method is widely used to detect aneuploidies in prenatal screening, but, in Brazil, it is not used in public services. We investigated the accuracy of QF-PCR for the prenatal recognition of common aneuploidies and compared these results with cytogenetic results in our laboratory. A total of 162 amniotic fluid samples of pregnancies with high risk of fetus aneuploid were collected at the Obstetric Ambulatory of Hospital das Clínicas - Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil. Fetal DNA was extracted and analyzed by multiplex QF-PCR kit, which contains 24 primer pairs located on chromosomes 13, 18, 21, X and Y. Cytogenetic analysis was performed based on conventional method. The results of cytogenetics test was not known while QF-PCR assay was performed. QF-PCR results were consistent with the results of cytogenetic analysis in 93.2% of all samples (151/162), with 90% total sensitivity and 97.2% specificity. When only possible results detected by QF-PCR are analyzed, without rearrangements samples, the agreement between both tests increases to 98.1%, with 98.7% sensitivity and 97.2% specificity. The present study demonstrates that QF-PCR was efficient and reliable for prenatal aneuploidy screening. This study suggests that QF-PCR can be used as a rapid diagnostic method; however, to structural chromosomal abnormalities cytogenetic analysis must be used

OBJETIVOS: Caracterizar o perfil de imunoexpressão de MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2 em adenocarcinomas gástricos, explorando seu desempenho na identificação de características clínicas e patológicas, bem como sua influência prognóstica isolada e em relação aos demais parâmetros. MÉTODOS: Cento e trinta e três casos de adenocarcinomas gástricos esporádicos localmente avançados (pT2a ou mais) operados no Hospital das Clínicas/FMUSP foram incluídos pela ausência de metástases a distância ao diagnóstico (M0) e caracterizados clínica (idade, sexo e sobrevida) e patologicamente (tamanho, local, tipo de Borrmann, tipo histológico, infiltração vascular, perineural e variáveis de estadiamento locorregional). Amostras de 1,0 mm foram dispostas em micromatrizes teciduais (TMA) para pesquisa imuno-histoquímica das enzimas MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2, com detecção por sistema de polímeros curtos conjugados a peroxidase. Casos com resultados negativos ou incertos nas amostras de TMA tiveram repetidas as reações em secções convencionais. A associação entre o estado de expressão dos marcadores com variáveis clínicopatológicas foi avaliada através do teste do qui-quadrado ou exato de Fisher. O impacto dos parâmetros clínico-patológicos e estado de expressão das enzimas na sobrevida foi explorado em modelos uni e multivariados de Cox, com construção de curvas de Kaplan-Meyer. Todas as análises estatísticas foram consideradas significativas ao nível de p<0,05. RESULTADOS: Quarenta e cinco casos (33,6%) exibiram perda de expressão de ao menos uma enzima, sendo frequente a perda de duas (9/45: 20%), três (14/45:31,2%) ou quatro enzimas (7/45:15,5%). Anormalidade mais frequente ocorreu com o MLH1 (26,7%), seguida de MSH6 (23%), PMS2 (21%) e MSH2 (20,8%). Quando avaliadas em conjunto, houve correlação entre o estado de expressão de todos os possíveis pares, com destaque para MLH1/PMS2 (rho=0,467, p<0,001) e MSH2/MSH6 (rho=0,666, p<0,001). Perda de MLH1 associou-se a tipos I/II de Borrmann (p<0,001), fenótipo intestinal de Lauren (p=0,005), tubular/túbulo-papilífero (p=0,009), expansivo de Ming (p=0,027) e infiltração em muscular própria (p=0,011). Com relação a perda de MSH2, tipos I/II de Borrmann (p<0,001), padrões tubular/túbulo-papilífero (p=0,008), intestinal (p=0,001), expansivo (p=0,001), infiltração da muscular própria (p=0,025), reação desmoplásica ausente a discreta (p=0,021) e ausência de infiltração perineural (p=0,016) foram mais frequentes. Perda de MSH6 associou-se aos tipos macroscópicos de Borrmann e histológicos de Lauren, OMS e Ming (p<0,001) e ausência de infiltração perineural (p=0,036). Idade mais avançada (p=0,046), tipos I/II de Borrmann (p=0,002), padrão intestinal de Lauren (p=0,021) e menos frequente infiltração perineural (p=0,035) foram identificados nos casos com perda de PMS2. A co-negatividade para os pares MLH1/PMS2 e MSH2/MSH6, além de reproduzir as associações mencionadas, identificou infiltrado linfoplasmocitário intra/peritumoral acentuado (p=0,011 e p=0,013), reação estromal desmoplásica ausente a leve para MSH2/MSH6 (p=0,037) e tamanho maior do tumor primário para MLH1/PMS2 (p=0,021). Pior sobrevida associou-se ao sexo masculino (LogRank: 5,11, p=0,024), tamanho do tumor (3,98, p=0,046), tipos III/IV de Borrmann (4,75, p=0,029), histologia mucinosa/anel-de-sinete da OMS (8,61, p=0,003) e difuso (11,62, p=0,003), infiltração perineural (12,62, p<0,001), metástase linfonodal (23,25, p<0,001) e estadio TNM (35,60, p<0,001) em análises univariadas. Melhor sobrevida associou-se a perda de MLH1, MSH6 e PMS2 isoladamente (5,46, p=0,019; 6,08, p=0,014; 7,46, p=0,006) e dos pares MLH1/PMS2 (7,89, p=0,005) e MSH2/MSH6 (5,29, p=0,021). Em modelos multivariados compostos pelos parâmetros clínicopatológicos, apenas o sexo masculino (HR=2,42, p=0,047), tipo histológico difuso (4,94, p=0,037) e estadios II, IIIA e IV (2,23, p=0,088; 3,12, p=0,022; 33,24, p=0,005), constituíram variáveis independentes de determinação prognóstica. Nas análises multivariadas incluindo o estado de expressão das enzimas, evidenciou-se que as perdas de PMS2 e do par MLH1/PMS2 associaram-se significativamente a maior sobrevida (3,84, p=0,029 e 9,82, p=0,028).CONCLUSÕES: O presente estudo demonstra o valor da imunohistoquímica na identificação de alterações na expressão de enzimas MMR, sendo a mais frequentemente negativa a MLH1. A frequente co-negatividade aponta para a importância da dimerização na funcionalidade do sistema de reparo. A perda isolada destes marcadores, e especialmente do par MLH1/PMS2, define perfil clínico-patológico característico, permitindo avanços no conhecimento previamente atribuído a fenótipo microssatélite instável conforme determinado em métodos moleculares. Em análises multivariadas, o estado de expressão de PMS2 isoladamente ou do par MLH1/PMS2 constitui fator independente de determinação prognóstica / OBJECTIVES: To characterize immunoexpression profile of MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2 in gastric adenocarcinomas, exploring its performance to identify distinctive clinico-pathological features, as well as their prognostic implications in univariate and multivariate analyses. METHODS: A hundred and thirty three cases of locally advanced (pT2a or higher) sporadic gastric adenocarcinomas operated on Hospital das Clínicas/FMUSP were included due to absence of distant metastases at diagnosis (M0). Clinical (age, gender and survival) and pathological features (size, local, Borrmann´s type, histological type, vascular and perineural infiltration and locorregional staging parameters) were characterized. One millimeter samples were placed on tissue microarray blocks (TMA) and immunohistochemical detection of MLH1, MSH2, MSH6 and PMS2 performed on obtained sections, with revelation developed by peroxidase conjugated short-polymer based reagents. Negative or equivocal results obtained with TMA samples were repeated on conventional sections. Association between expression status for these markers and clinico-pathological features were evaluated by chisquare or Fisher´s exact test when appropriate. Impact of clinico-pathological features and expression status on disease specific survival were explored by Cox uni and multivariate models, with Kaplan-Meyer curves being fitted to illustrate these. All statistical results were considered significant at p<0,05. RESULTS: Forty five cases (33.6%) showed loss of at least one mismatchrepair enzyme, being frequent loss of two (9/45: 20%), three (14/45:31.2%) or even the four evaluated enzymes (7/45:15.5%). The most frequent abnormality addressed MLH1 (26.7%), followed by MSH6 (23%), PMS2 (21%) and MSH2 (20.8%). When analyses were performed in conjunction, correlation was identified for the expression status of all possible pairs, mainly the functional heterodimers MLH1/PMS2 (rho=0.467, p<0.001) and MSH2/MSH6 (rho=0.666, p<0.001). MLH1 loss was associated to Borrmann´s types I/I (p<0.001), Lauren´s intestinal phenotype (p=0.005), tubular/tubulo-papillary architecture (p=0.009), Ming´s expansile type (p=0.027) and infiltration limited by muscular propria (p=0.011). Among cases showing MSH2 loss, Borrmann´s I/I (p<0.001), tubular/tubulo-papillary (p=0.008), intestinal (p=0.001), expansile (p=0.001), muscular propria infiltration (p=0.025), absent to mild stromal desmoplasia (p=0.021) and absent perineural infiltration (p=0.016) were more frequent. MSH6 loss was associated to Borrmann´s gross type and Lauren, WHO and Ming´s histological types (p<0.001), as well as absent perineural infiltration (p=0.036). More advanced age (p=0.046), Borrmann´s types I/I (p=0.002), Lauren´s intestinal morphology (p=0.021) and less frequent perineural infiltration (p=0.035) were identified as associated to PMS2 loss. Conegativity for MLH1/PMS2 and MSH2/MSH6 pairs resumed all the above mentioned associations and additionally identified heavy lymphoplasmacytic infiltrate (p=0.011 e p=0.013), absent to mild stromal desmoplasia for MSH2/MSH6 (p=0.037) and increased primary tumor size for MLH1/PMS2 (p=0.021). In univariate analyses, decreased disease-specific survival was associated to male gender (LogRank: 5.11, p=0.024), tumor size (3.98, p=0.046), Borrmann´s types III/IV (4.75, p=0.029), mucinous/signet-ring cell morphology according to WHO (8.61, p=0.003) and Lauren´s diffuse morphology (11.62, p=0.003), perineural infiltration (12.62, p<0.001), lymph node metastases (23.25, p<0.001) and TNM staging (35.60, p<0.001). Better survival was seen in cases showing loss of MLH1, MSH6 and PMS2 when individually analyzed (5.46, p=0.019; 6.08, p=0.014; 7.46, p=0.006), as well as MLH1/PMS2 (7.89, p=0.005) and MSH2/MSH6 heterodimeric pairs (5.29, p=0.021). In multivariate models addressing clinico-pathological features, only male gender (HR=2.42, p=0.047), diffuse histological type (4.94, p=0.037) and stages II, IIIA and IV (2.23, p=0.088; 3.12, p=0.022; 33.24, p=0.005, respectively) were independent prognostic features. Multivariate analyses including status of MMR enzymes and the most significant clinicopathological features disclosed that PMS2 and MLH1/PMS2 losses were independent predictors of increased disease-specific survival (3.84, p=0.029 e 9.82, p=0.028). CONCLUSIONS: The present study demonstrates immunohistochemical detection of mismatch-repair enzymes as a tool to identify losses of these markers, being the most frequently negative MLH1. The frequently observed co-negativity points toward the importance of heterodimerization of these proteins in functional activity of mismatch-repair system. Losses of these markers, mainly MLH1/PMS2 pair, define a distinctive clinico-pathological profile and add knowledge to the previously reported associations with microsatellite instability as defined by molecular approach. In multivariate analyses, expression status of PMS2, as well as MLH1/PMS2 pair, revealed independent prognostic impact on diseasespecific survival

We use four current meter mooring records and quasi-synoptic hydrographic observations in conjunction with a one-dimensional quasi-geostrophic (QG) linear stability model to investigate the downstream changes in the Brazil Current (BC) System off the southeast Brazil (22°S-28°S) as well as its implications. The dataset depicts the downstream thickening of the BC: Its vertical extension increases from 350 m at 22.7°S to 800 m at 27.9°S. Most of this deepening occurs between 25.5°S and 27.9°S, and it is likely linked to the Santos bifurcation. To the south of that bifurcation, the BC transport is increased by at least 5 Sv. Moreover, the analysis of the water column average kinetic energy (IKE) and its barotropic/baroclinic partition show that the Santos bifurcation is associated with a substantial increase in the barotropic component of the BC System: The IKE is, on average, 70 % baroclinic to the north and becomes 63 % barotropic to the south of that bifurcation. The water column average eddy kinetic energy (IEKE) and its ratio to the IKE quantitatively reveal the conspicuous mesoscale activity associated to the BC off the southeast Brazil; accordingly, the IEKE accounts for (30-60)% of the IKE. The linear stability model predicts southwestward-propagating fastest-growing waves [~(180-190) km] within 25.5°S-27.9°S and quasi-standing most-unstable waves (~230 km) at 22.7°S, roughly consistent with observations and previous work. We also assess the ability of the QG modes and surface QG (SQG) solutions to represent the vertical structure of the sub-inertial time-varying flow in the southwestern Atlantic. At two moorings, which present a sharp near-surface decay in the vertical structure of the 1st empirical orthogonal function (EOF) of current meter time series, the SQG solutions are consistent with the data, accounting for up to 85 % of the 1st EOF variance. The SQG solutions are nonetheless indistinguishable from a four QG mode representation. In contrast, at a third mooring that do not present such sharp-decay, the vertical structure of the 1st EOF is fairly well-captured by the traditional barotropic/1st baroclinic mode combination, which accounts for 91 % of its variance. We argue that such vertical structures may be associated with the type of instability experimented by the mean flow in each region. \"Charney-like\" or surface-intensified \"Phillips-like\" instabilities may rationalize the observed SQG-like vertical structures depicted at two moorings. Mid-depthintensified \"Phillips-like\" instabilities are consistent with a two QG mode representation at a third mooring. / Séries temporais correntográficas, observações hidrográficas quase-sinóticas e um modelo linear quase-geostrófico (QG) são combinados com o propósito de investigar as transformações no Sistema Corrente do Brasil (CB) ao largo da costa sudeste (22°S-28°S) e suas implicações. O conjunto de dados revela o espessamento vertical da CB, que ocupa os 350 m superiores da coluna de água em 22,7°S e atinge 800 m em 27,9°S. Parte significativa deste espessamento ocorre entre 25,5°S e 27,9°S, provavelmente relacionado à Bifurcação de Santos. Ao sul desta bifurcação, o transporte da CB é pelo menos 5 Sv superior. Ademais, a análise da energia cinética média na coluna de água (ECM) e sua partição entre componentes barotrópica e baroclínica revela que a Bifurcação de Santos está associada ao aumento significativo da componente barotrópica do Sistema CB. A ECM é, em média, 70% baroclínica ao norte da bifurcação, tornando-se 63% barotrópica ao sul desta. A análise da energia cinética turbulenta média na coluna de água (ECTM) corrobora o importante papel da atividade de mesoescala do Sistema CB ao largo do sudeste do Brasil: A ECTM é responsável por (30-60)% da ECM. O modelo de estabilidade linear prevê ondas com maiores taxas de crescimento [~(180-190) km] que se propagam para sudoeste entre 25,5°S-27,9°S. Em 22,7°S, as ondas mais instáveis (~230 km) crescem essencialmente sem propagação, consistente com as observações e também com informações presentes na literatura. A habilidade dos modos QG e das soluções QG superficiais (QGS) em representar a variabilidade subinercial no Atlântico Sudoeste também é investigada. Em dois fundeios, a estrutura vertical da 1ª função empírica ortogonal (FOE) apresenta um decaimento agudo. Este decaimento é consistente com soluções QGS, que contêm até 85% da variância da 1ª FOE. No entanto, estas soluções convergem para uma representação por quatro modos QG. Por outro lado, a estrutura vertical da 1ª FOE em um terceiro fundeio não apresenta tal decaimento marcante. Consequentemente, a 1ª FOE é bem representada pela tradicional combinação dos modos barotrópico/1o baroclínico. Argumentamos que estas estruturas podem estar associadas ao tipo de instabilidade experimentada pelo escoamento médio em cada região. Instabilidades tipo \"Charney\" ou \"Phillips\" (intensificadas em superfície) são consistentes com estruturas verticais tipo QGS presentes em dois fundeios. Instabilidades tipo \"Phillips\" (intensificadas em meia água) são consistentes com a representação por dois modos QG em um terceiro fundeio

A instabilidade genômica tem sido amplamente usada para caracterizar células cancerosas. Alterações genéticas em queratose actínica (QA) e carcinoma espinocelular (CEC) foram investigadas pelo método de random amplified polymorphic DNA (RAPD) e análise de microssatélites com o objetivo de encontrar marcadores moleculares para auxiliar o prognóstico e o diagnóstico médico. O DNA foi obtido de pacientes brasileiros cirurgiados e tratados no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, totalizando oito QAs, 24 CECs, e tecidos normais e/ou leucócitos correspondentes. Os microssatélites estudados foram D6S251, D6S252, D9S15, D9S50, D9S52, D9S180, D9S196, D9S280 e D9S287, tendo em vista a detecção de instabilidade genômica representada por perda de heterozigosidade (LOH) e instabilidade de microssatélites (MSI). Os \"primers\" usados para comparar os padrões de RAPD foram OPA-2, OPA-7, OPA-13, OPA-17, OPB-8, OPB-13, OPB-17 e OPB-19. Foi obtida correlação significativa na progressão de QA (1/8) para CEC (5/22) referente ao microssatélite D6S251. As diferenças nos padrões de DNA obtidos pelo método RAPD comparados aos controles foram maiores em lesões com maior grau de severidade segundo critério histológico. O mesmo padrão RAPD foi observado no controle e no tumor em 27% QA, 24% CEC I, 9% CEC II e 0% CEC III. Estes resultados mostram que o microssatélite D6S251 e o método de RAPD são informativos, podendo ser potenciais candidatos para auxílio no diagnóstico e prognóstico de QA e CEC. / Genomic instability has been widely used to characterize cancer cells. Genetic alterations in human actinic keratosis (AK) and squamous cell carcinomas (SCC) were investigated by the random amplified polymorphic DNA (RAPD) method, and microsatellite analysis. DNA was obtained from Brazilian patients diagnosed and treated in the School of Medicine of University of Sao Paulo out Clinics Hospital. Eight AKs, 24 SCCs, and 4 BCCs, matched to normal skin tissue and/or leukocytes were studied. Microsatellite patterns were obtained with primers specific to amplify D6S251, D6S252, D9S15, D9S50, D9S52, D9S180, D9S196, D9S280, and D9S287, in search of detection Loss of heterozygosity (LOH) and Microsatellite instability (MSI). The RAPD primers were: OPA-2, OPA-7, OPA-13, OPA-17, OPB-8, OPB-13, OPB-17, and OPB-19. A significant correlation was obtained regarding the progress of AK (1/8) to SCC (5/22) detected with the D6S251 microsatellite. DNA fingerprint obtained with RAPD primers were altered in increasing number of samples, according to their histological degree of differentiation. Similar RAPD patterns were observed in tumor and control in 27% AK, 24% SCC I, 9% SCC II, and zero SCC III. These results suggest microsatellite D6S251 and RAPD method to be potential tools in diagnosis and prognosis of AK and SCC.

As aplicações aeroespaciais estão frequentemente associadas a escoamentos compressíveis com altíssimos números de Reynolds. No entanto, existem no contexto aeroespacial importantes aplicações que envolvem escoamentos compressíveis a Reynolds relativamente baixos. Entre eles se destacam o escoamento em pás de turbina a gás e ao redor de dispositivos de alta sustentação como eslates e flapes em grandes ângulos de ataque. Pode-se destacar também o processo de combustão supersônica que está intimamente ligado e é fortemente beneficiado pelo presente estudo. Nas aplicações aerodinâmicas em baixos números de Reynolds frequentemente uma parcela significativa do escoamento se apresenta no regime de transição para turbulência, ou nos estágios iniciais do escoamento turbulento. O objetivo do presente projeto é a simulação numérica direta de escoamentos compressíveis transicionais com desenvolvimento de um código para simulação em três dimensões de escoamentos alto subsônicos. O escoamento a ser estudado no projeto é a evolução linear e não linear de trens de onda e pacotes de onda em uma camada de mistura compressível. A solução das equações de Navier-Stokes é obtida através do método das diferenças finitas. As derivadas espaciais são resolvidas através de um método compacto de sexta ordem, enquanto que as derivadas temporais são resolvidas através do método de Runge-Kutta de quarta ordem. Os métodos de aproximação foram modificados para trabalhar com malhas não uniformes visando refinar a malha em pontos em que o fenômeno ocorre e, consequentemente, reduzir o custo computacional. A investigação numérica inicia-se com a análise da taxa de amplificação dos trens de ondas fortemente modulados em regime linear. Os resultados obtidos foram comparados favoravelmente com a teoria linear. Os testes foram estendidos para a análise não linear, e consequentemente, foi possível reproduzir os fenômenos clássicos de instabilidade hidrodinâmica através da evolução dos trens de ondas oblíquos. / Aerospace applications are frequently associated with compressible flows at relatively high Reynolds number. Nevertheless important applications involve compressible flows at relatively low Reynolds number in the aerospace context. Among them, the flow on gas turbine blades and high lift devices such as slats and flaps at high angle of attack are particulary important. Besides, progress in aeroespace research is dependent on developing more efficient propulsion systems. In aerodynamic applications at low Reynolds number, often a substancial portion of the flow is in the transition regime, or in the initial stages of a turbulent flow. The objective of the present study is the Direct Numerical Simulation of three-dimensional transition of compressible flows in a mixing layer. Inspired on the worked devoted to modulated waves, the current work investigates the linear and nonlinear temporal evolution of wavetrains in this phenomenon. The Navier-Stokes equations were solved with a sixth-order compact finite-difference schemes. The time integration was performed by a fourth-order Runge-Kutta scheme. Moreover, the methods to solve the spatial derivatives were modified to work with non-uniform grids. This technique was implemented with the objective to improve the resolution of the grid where the phenomenon occurs and to reduce the computational cost. The numerical investigation starts with an analysis of the growth rate of the wavetrains in linear regime to verify the numerical code. The results compared favourably with linear theory. Tests were also performed in the nonlinear regime to simulate the oblique wavetrains and it was possible to reproduce the classical hydrodynamic instability phenomena.