Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-04-12T11:44:31Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 10511825 bytes, checksum: ff27fb15316ce502d8d27e94ab3c9b16 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-12T11:44:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 10511825 bytes, checksum: ff27fb15316ce502d8d27e94ab3c9b16 (MD5) Previous issue date: 1997-03-25 / A produção de etanol a partir de soro de queijo suplementado com LB ou 0,5% de extrato de Ievedura por Klebsiella oxytoca M5A1, recombinante P2 (Kb.P2), em valores de pH controlado em 6,0; 6,5; 6,9; 7,0; e 7,3, apresentou baixo rendimento, o que indica ineficiência de estirpe Kb.P2 em utilizar a lactose do soro como substrato. A temperatura ótima para produção de enzima β-D-galactosidade foi 30°C. O pH e a temperatura de atividade ótima da enzima β-D-galactosidade foram 7,0 e 45°C, respectivamente. A enzima não apresentou estabilidade em temperatura superior a 35°C. Houve repressão catabólica de enzima, com a adição de glicose 10 minutos após a adição do indutor lPTG. A galactose adicionada em uma cultura paralela, no mesmo tempo, inibiu ligeiramente a produção de enzima. A β-D-galactosidase de Kb.P2 apresentou 37% de atividade em relação à E. coli K12, quando induzida com IPTG, indicando que Kb.P2 possui uma baixa expressão de enzima. As células rompidas com a prensa francesa ou as células permeabilizadas com tolueno apresentaram 1,3 vez mais atividade de β-D-galactosidase 30 minutos após a adição do indutor, comparado a células induzidas e não tratadas, o que indica baixa eficiência na entrada do substrato nas células. Os resultados permitem evidenciar que a fermentação de soro de queijo por Kb.P2 depende, ainda, do conhecimento e da manipulação do sistema da bactéria, visando utilizar lactose. / The fermentation of cheese whey, supplemented with LB or 0.5% yeast extract, by ethanologenic Klebsiella oxyfoca M5A1, recombinant P2 (Kb.P2), in media with the pH controlled at 6.0; 6.5; 6.9; 7.0. and 7.3, resulted in low ethanol yield. These results indicated that Kb.P2 was not expressing the Lac- operon efficiently. The optimum temperature for β-D-galactosidase production was 30°C. The best pH and temperature for β-D-galactosidase activity were 7.0 and 45°C, respectively. However, enzyme stability was reduced at temperatures higher than 35°C. The addition of glucose repressed β-D-galactosidase more than the addition of galactose. When compared to Escherichia coli K12. B-D-galactosidase induction with IPTG in Kb.P2 corresponded to only 37% of the activity observed for K12. This result showed that the expression of Lac-operon genes was weak. Cultures induced for 30 min with IPTG, and, then, treated in a French press or with toluene had 1.3 times more β-D-galactosidase activity than induced cells that were not ruptured, showing inefficient transport of the substrate into the cells. The possibility of Kb.P2 use for cheese whey fermentation depends on a better understanding of Lac-operon.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-06-13T12:35:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 282077 bytes, checksum: 07f64cbb3c928a371466373200ba572e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-13T12:35:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 282077 bytes, checksum: 07f64cbb3c928a371466373200ba572e (MD5) Previous issue date: 2003-01-31 / Secretaria de Educação do Distrito Federal / Avaliou-se o crescimento de Klebsiella pneumoniae estirpe P15 em caldo nutriente adicionado de diferentes fontes de carbono, em dieta enteral comercial nas condições geralmente adotadas durante a estocagem e administração e em dietas com o pH modificado ou adicionadas de prebióticos e nisina + EDTA. Verificou-se que, a adição de adonitol, amido, dulcitol e xilitol ao caldo nutriente, reduziu o crescimento bacteriano em relação ao controle após 11 horas de incubação a 37 0 C. Fontes de carbono como glicose, maltodextrina, maltodextrina mais triglicerídeos de cadeia media e sacarose estimularam o crescimento de K. pneumoniae. A 25 oC foi verificado o crescimento da bactéria nas dietas enterais com pH variando de 4,9 a 7,9 resultando em uma população de 10 7 a 10 9 UFC mL -1 , em 26 horas de incubação o que correspondeu a um aumento de três a cinco ciclos logaritmos na base 10 no número de células. O tempo de geração de K. pneumoniae em dieta enteral a 25 oC, variou de 44,2 a 95,9 minutos com velocidades específicas de crescimento de 0,433 h -1 a 0,941 h -1 . A 15 e 20 oC o crescimento de K. pneumoniae em valores de pH 5,9 a 7,9 também resultou em um aumento de três a cinco ciclos logaritmos na população. O ajuste do pH da dieta para 4,9 resultou em um crescimento menor do que um ciclo logaritmo. Não foi observado o crescimento de K. pneumoniae em dietas com pH 3,9. A 15 e 20 oC constatou-se a redução substancial dos parâmetros cinéticos de crescimento bacteriano avaliados com valores de tempo de geração entre 98,83 e 419,24 minutos e velocidade específica de crescimento entre 0,099 h -1 e 0,420 h -1 . O efeito estimulador do frutooligossacarídeo e de inulina no crescimento de K. pneumoniae, observado em caldo nutriente, não foi constatado quando estes prebióticos foram adicionados em dietas enterais com o pH ajustado para 5,0 e 5,5. A adição de 3,0 mg L -1 do antimicrobiano nisina juntamente com o agente quelante EDTA não promoveu a inibição do crescimento de K. pneumoniae. A baixa concentração de nisina adicionada e provavelmente, a abundância de minerais encontrada na composição de dietas enterais, pode ter contribuído para a ineficácia da nisina sobre a K. pneumoniae. A presença de cápsula foi verificada em células de K. pneumoniae cultivadas em caldo nutriente adicionado de glicose, maltodextrina, maltodextrina + TCM e sacarose e em dietas enterais com pH ajustado entre 3,9 e 6,9. A presença de cápsula não foi observada nas células de K. pneumoniae cultivadas em caldo nutriente adicionado de fontes de carbono como adonitol, amido, dulcitol, xilitol e em dietas incorporadas de frutooligossacarídeo, inulina ou nisina + EDTA em pH 5,0. A acidez titulável expressa em ácido lático da dieta comercial variou, inicialmente, entre 0,94 a 1,22% e após o crescimento de K. pneumoniae foram encontrados valores de 0,80 % após a incubação por 48 horas a 15 oC, 0,76 % a 20 oC e 0,66 % a 25 oC. / Growth of Klebsiella pneumoniae strain P15 in nutrient broth supplemented with different carbon sources, in commercial enteral formula under typical storage and administration conditions and in formula with modified pH or supplemented with prebiotics or nisin A + EDTA was evaluated. Addition of adonitol, starch, dulcitol and xylitol to nutrient broth reduced bacterial growth in relation to the control after 11 hours incubation at 37 o C. Carbon sources such as glucose, maltodextrin, maltodextrin + medium chain triglycerides and sucrose stimulated growth of K. pneumoniae and resulted in populations of greater cellular mass. At 25 o C, bacterial growth was found in formula at pH of 4.9 to 7.9, and reached 10 7 to 10 9 CFU mL -1 after 26 hours incubation, corresponding to an increase of three to five log cycles. Generation time of K. pneumoniae in enteral formula at 25 o C varied from 44.2 to 95.9 minutes, resulting in specific growth rates of 0.433 to 0.941 h -1 . At 15 and 20 o C and pH 5.9 to 7.9, growth of K. pneumoniae also increased three to five log cycles. Adjusting the formula pH to 4.9 resulted in less than one log cycle of growth. No K. pneumoniae growth was observed in formula at pH 3.9. At 15 and 20 o C, a substantial reduction in the bacterial kinetic growth parameters evaluated was observed, with generation times varying from 98.83 to 419.24 minutes and specific growth rates from 0.099 to 0.420 h -1 . The stimulating effect of fructo-oligosaccharides and inulin on K. xipneumoniae growth that was observed in nutrient broth was not found when these prebiotics were added to the enteral formula at pH 5.0-5.5. Addition of 3.0 mg L -1 of the antimicrobial agent nisin together with the chelant EDTA did not inhibit growth of K. pneumoniae. The low nisin concentration and, probably, the abundance of minerals in the enteral formula may have affected EDTA’s chelating action, and thus interfered with nisin’s action. Capsules were present when K. pneumoniae cells were cultivated at pH 3.9 to 6.9 in nutrient broth supplemented with glucose, maltodextrin, maltodextrin + medium chain triglycerides and sucrose. Capsules were not observed when K. pneumoniae cells were cultivated at pH 5.0 in nutrient broth supplemented with adonitol, starch, dulcitol and xylitol or in enteral formula supplemented with fructo-oligosaccharide, inulin or nisin + EDTA. Titratable acidity in commercial enteral formula initially varied between 0.94 and 1.22 %, expressed as equivalent lactic acid. Upon growth of K. pneumoniae, 0.80 % acidity was found at 15 o C, 0.76 % at 20 o C and 0.66 % at 25 o C, after 48 hours of incubation.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-06-13T19:52:28Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 900033 bytes, checksum: 926dd6909a489ebf5e20a47f5be2e8be (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-13T19:52:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 900033 bytes, checksum: 926dd6909a489ebf5e20a47f5be2e8be (MD5) Previous issue date: 2004-02-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O presente trabalho teve como objetivo estudar o efeito da admi- nistração de frutooligossacarídeos (FOS) e inulina adicionados a dietas enterais na translocação de Klebsiella em camundongos. Foram utilizados camundongos albinos suíços, com 5 a 6 semanas de vida, divididos em nove tratamentos, contendo diferentes combinações entre FOS, inulina, antibiótico e corticóide, e ausência ou presença de Klebsiella. Nos períodos equivalentes a 1, 2, 4, 6 e 8 dias após a administração da dieta contaminada com Klebsiella via oral, os animais foram sacrificados e seus órgãos: baço, coração, fígado, pulmão e rins, foram coletados, pesados e armazenados em sacos plásticos estéreis, a 4 o C por 24 horas para análise da presença de colônias típicas de Kebsiella. Fragmentos desses órgãos foram mantidos em solução fixadora para estudos histológicos. Com o objetivo de identificar a translocação do intestino para os órgãos analisados, foi feita comparação, com base em marcadores moleculares RAPD, entre a estirpe de Klebsiella inoculada na dieta e aquelas isoladas dos órgãos. Os resultados indicaram que os animais dos tratamentos III, V, VII e VIII, que receberam droga imunodepressora associada ou não com a dieta contaminada apresentaram estabilização ou perda de peso; enquanto aqueles que receberam a dieta com ou sem prebióticos, sem medicação imunodepressora ou presença de Klebsiella na mesma, apresentaram ganho de peso, assim como o grupo controle, alimentado com dieta AIN-93G. A adição de FOS e inulina na dieta, na concentração de 15,3 mg 100 g -1 por dia) resultou em translocação por um período menor de tempo quando comparado aos animais que não receberam prebióticos na dieta. No entanto, essa dose de prebióticos não resultou em aumento do peso do ceco desses animais. Análise do perfil genético das colônias isoladas dos órgãos, demonstraram translo- cação da Klebsiella endógena do animal. Análises histológicas demonstraram características mais intensas de inflamação nos animais imunodeprimidos que receberam a dieta contaminada sem prebióticos, onde foi detectada maior contagem de UFC g -1 típicas de Klebsiella em relação aos animais imunode- primidos que receberam dieta enteral contaminada com prebióticos. / This work aimed to study the effect of the fructooligossaccharide addition (FOS) and inulin in enteral diets in the Klebsiella translocation in mice. Alb swiss mice was used, with 4 to 6 weeks, divided in nine treatments contening different combinations among FOS, inulin, antibiotic and corticoid, and contaminant lack or presence. In the period equivalent to 1, 2, 4, 6, and 8 days after the oral administration of Klebsiella, the animals were sacrificed and its organs: spleen, heart, liver, lung and kidneys were collected, heavy and stored in sterile plastic bags at 4 o C during 24 hours for presence of typical colonies of Klebsiella analysis. Small fragments of those organs were maintained in fixed solution for histologic studies. Aiming to identify which the isolated ones that translocated from the intestine to the analyzed organs, it was made comparison, based in molecular markers RAPD, between the inoculated Klebsiella strain and those ones isolated. The results indicated that the animals that received immunosuppressive chemotherapeutic agent, associated or not with contaminated diet (treatments II, V, VII and VIII), presented stabilization or weight loss. Those animals that received the diet with or without prebiotics, ixwithout immunosuppressive agent or contaminat presence, presented weight gain, as well as the control group, food with AIN-93G diet. The FOS and inulina addition in the diet (15,3 mg 100 g -1 a day) resulted in translocation for a smaller period of time when compared to the animals that didn't receive prebiotics in the diet. However, that prebiotics dose didn't result in increase of the weight of the animals caecum. Analysis of the isolated colonies genetic profile of the tissues suggests Klebsiella endogenous translocation in the animal. Histologic analyses demonstrated more intense characteristic of inflammation in the immunodepressed animals that received the diet without prebiotics and contamined, in relation to the immunodepressed animals that received contaminated diet and with prebiotics.

Submitted by Diogo Misoguti (diogo.misoguti@gmail.com) on 2016-08-08T18:42:52Z No. of bitstreams: 1 Publico-20160808.pdf: 1416606 bytes, checksum: 61ffaff6596a702eeebabe55ae7c3578 (MD5) / Approved for entry into archive by Diogo Misoguti (diogo.misoguti@gmail.com) on 2016-08-08T18:43:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Publico-20160808.pdf: 1416606 bytes, checksum: 61ffaff6596a702eeebabe55ae7c3578 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-08T18:43:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Publico-20160808.pdf: 1416606 bytes, checksum: 61ffaff6596a702eeebabe55ae7c3578 (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Objetivos: Avaliar (i) o perfil de sensibilidade aos antimicrobianos e caracterizar os tipos de β-lactamases de espectro ampliado, entre isolados clínicos de Klebsiella spp. (KSP); (ii) os mecanismos de resistência em isolados clínicos de Klebsiella pneumoniae (KPN) que apresentaram diminuição de sensibilidade aos carbapenens; (iii) a acurácia do teste de Hodge para detecção de carbapenemases Material e Métodos: Foram avaliadas 167 amostras de KSP isoladas do primeiro episódio de infecção de corrente sanguínea (ICS) de pacientes hospitalizados em 15 centros médicos de diferentes regiões do país, participantes do programa de vigilância SCOPE Brasil, entre junho de 2007 e dezembro de 2008. Todas as amostras foram submetidas a re-identificação e teste de sensibilidade pelo sistema automatizado BD Phoenix. As amostras foram classificadas em dois grupos de acordo com a sensibilidade in vitro aos agentes β-lactâmicos e detecção de ESβL: (i) KSP produtora de ESβL e (ii) KSP não produtora de ESβL. As amostras representativas do grupo KSP produtora de ESβL foram submetidas a testes fenotípicos e moleculares. Os principais tipos de β-lactamases foram caracterizados pela reação em cadeia da polimerase (PCR), seguido pelo sequenciamento dos produtos amplificados. Testes adicionais foram realizados para o subgrupo KPN produtora de ESβL e resistente a ertapenem (KPN-ESβL-RE). Resultados: As espécies mais comuns foram K. pneumoniae (n=158), seguida por K. oxytoca (n=8) e K. ozaenae (n=1). Altas taxas de resistência aos antimicrobianos foram constatadas, sendo que 56,3% das amostras foram classificadas como produtoras de ESβL. As ESβL mais frequentes foram CTXM-2, CTX-M-15, SHV-5 e SHV-12. Isolados clínicos contendo concomitantemente dois tipos de ESβL (CTX e SHV) foram detectados somente nas regiões Nordeste e Sudeste. O mecanismo de resistência detectado nas amostras KPN-ESβL-RE foi a produção de cefotaximase, associada à alteração das porinas OmpK35 e/ou OmpK36. O teste de Hodge apresentou baixa acurácia nessas amostras. Conclusões: Evidenciamos a disseminação de CTX-M-2 e a emergência de CTX-M-15, associada a alterações nas porinas OmpK35 e OmpK36 em amostras de KSP isoladas de ICS em hospitais brasileiros. Nenhuma carbapenemase foi detectada / Objectives: To evaluate (i) the antimicrobial susceptibility profile of Klebsiella spp. (KSP) clinical isolates and characterize the extended spectrum β-lactamases. (ii) the resistance mechanisms in Klebsiella spp. clinical isolates that showed decrease of carbapenem susceptibility. (iii) the accuracy of the Hodge Test for carbapenemase activity detection. Material and Methods: 167 KPS strains were evaluated in this study. The strains were isolated from the first bloodstream infection episode of patients hospitalized at 15 medical centers from different regions of the country participating of SCOPE Brazillian surveillance program, between June, 2007 and December, 2008. The isolates were re-identified and susceptibility tested by the automated system BD Phoenix and classified in two groups according antimicrobial susceptibility profile and ESβL detection: (i) KSP ESβL-producing and (ii) KSP ESβL-non-producing. KSP ESβL-producing were submitted to phenotypic and molecular tests. The β-lactamase types were characterized by PCR, followed by DNA sequencing. Additional tests were performed for ertapenem resistant K. pneumoniae ESβL-producing (KPN-ESβL-ER). Results: The most common species were K. pneumoniae (n=158), followed by K. oxytoca (n=8) and K. ozaenae (n=1). High rates of antimicrobial resistance were observed and 56.3% of isolates were classified as ESβL-producing. The most frequent ESβL were CTX-M-2, CTX-M-15, SHV-5 and SHV-12. Clinical isolates with two ESβL types (CTX and SHV) were only detected in the northeast and southeast regions. The resistance mechanism detected in the KPN-ESβL-ER isolates was the cefotaximase production associated with OmpK35 and/or OmpK36 porin alteration. The Hodge test showed low accuracy in these isolates. Conclusions: We showed the dissemination of CTX-M-2 and emergence of CTX-M-15, associated with OmpK35 and OmpK36 porin modification, in KSP strains isolated from bloodstream infection in Brazilian hospitals. No carbapenemase was detected. / FAPESP: 2006/57700-0

Klebsiella pneumoniae (KP) pertence à família Enterobacteriaceae e é frequentemente isolada em infecções nosocomiais, reportada globalmente como uma das mais importantes causas de bacteremias. O seu tratamento usual com β-lactâmicos foi posto a prova na década de 80, com o surgimento de cepas produtoras de β-lactamases de espectro estendido (ESBLs), e posteriormente com as carbapenemases, como sua principal representante Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC), capazes de hidrolisar todos os β-lactâmicos. Apesar das limitadas opções, em geral as Klebsiella pneumoniae produtoras de KPC (KP-KPC) apresentam susceptibilidade às polimixinas, aminoglicosídeos e tigeciclina, que são comumente aplicadas em regimes terapêuticos combinados, dependente dos perfis de sensibilidade ou resistência a estas drogas, mas dos quais ainda não há informações suficientes para a definição do tratamento mais adequado. A escassez de opções terapêuticas é um dos fatores que contribuem para os altos índices de mortalidade das infecções por K. pneumoniae, de cerca de 40%. Assim, se fazem necessárias avaliações dos perfis fenotípicos de isolados de KP-KPC e a caracterização da disseminação deste mecanismo de resistência, avaliando a presença de perfis clonais relacionados dentro da população. A partir deste cenário, os objetivos deste trabalho foram determinar as concentrações inibitórias mínimas (CIMs) frente à polimixina B (PMB), meropenem (MEM) e tigeciclina (TGC), os perfis de sensibilidade frente a outras drogas comumente utilizadas no tratamento destas infecções, assim como caracterizar molecularmente as amostras resistentes à PMB. Para a determinação das CIMs e dos perfis de susceptibilidade foram utilizadas as técnicas de microdiluição em caldo e disco-difusão, respectivamente, e o perfil molecular foi analisado através de técnica de macrorestrição de DNA seguida por PFGE. Foram incluídas neste estudo 158 amostras isoladas de corrente sanguínea, de quatro hospitais terciários de Porto Alegre. Destas 158 amostras, nenhuma foi sensível a MEM de acordo com o Clinical and Laboratory Standard Institute (CLSI), 118 (74,7%) a PMB utilizando a recomendação do European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST), e 94 (59.5%) à TGC considerando EUCAST ou 137 (86.7%) de acordo com o Food and Drug Administration (FDA). Um total de 48 (30.4%), 28 (17.7%) e 16 (10.1%) isolados foram considerados sensíveis à amicacina (AMK) de acordo com CLSI, EUCAST e USCAST, respectivamente, e 11 (7.0%), 9 (5.7%) e 9 (5.7%) reportados como sensíveis à gentamicina (GEN) de acordo com CLSI, EUCAST e USCAST, respectivamente. Doxiciclina foi o antimicrobiano mais ativo (24, 60.0%) frente aos 40 (25,3%) isolados resistentes a PMB. Destes 40 isolados, 29(72.5%) foram caracterizados molecularmente sendo encontrados 18 clones, dos quais cinco perfis clonais foram identificados em mais de um hospital. Neste estudo, pudemos demonstrar um importante aumento nos níveis de resistência às polimixinas, acompanhado por um desafiador perfil de susceptibilidade frente as outras opções terapêuticas disponíveis, ainda que os índices de sensibilidade destas drogas variem de acordo com os pontos de corte de cada comitê. Quanto à caracterização molecular, a detecção de dezoito clones diferentes e a presença do mesmo perfil em mais de um hospital provavelmente estão associadas à emergência de resistência mediada por mutações, assim como a um processo de disseminação horizontal. / Klebsiella pneumoniae (KP) belongs to the family Enterobacteriaceae and is frequently isolated in nosocomial infections, reported globally as one of the most important causes of bacteremia. Its usual β-lactam treatment was challenged in the 1980s with the emergence of extended-spectrum β-lactamase producing (ESBLs) strains, and later with carbapenemases, as its main representative Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC), capable of hydrolyze all β-lactam. Despite the limited options, KPC-producing Klebsiella pneumoniae (KPC-KP) are generally susceptible to polymyxins, aminoglycosides and tigecycline, which are commonly applied in combination therapy regimens depending on levels of sensitivity or resistance to these drugs, but of which there is still insufficient information to define the most appropriate treatment. The scarcity of therapeutic options is one of the factors that contribute to the high mortality rates of K. pneumoniae infections, of around 40%. Thus, it is necessary to evaluate the phenotypic profiles of KPC-KP isolates and the characterization of the dissemination of this resistance mechanism, evaluating the presence of related clonal profiles within the population. From this scenario, the objectives of this study were to determine the minimum inhibitory concentrations (MICs) against polymyxin B (PMB), meropenem (MEM) and tigecycline (TGC) by broth microdilution and the susceptibility profiles to aminoglycosides and other drugs by disk-diffusion method, as well as to evaluate the molecular profile of KPC-KP isolates from four tertiary hospitals in Porto Alegre. A total of 158 samples were included in this study, where none were sensitive to MEM according to the Clinical and Laboratory Standard Institute (CLSI), 118 (74.7%) to PMB using the recommendation of the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST), and 94 (59.5%) to TGC considering EUCAST or 137 (86.7% %) according to Food and Drug Administration (FDA). A total of 48 (30.4%), 28 (17.7%) and 16 (10.1%) isolates were considered susceptible to amikacin (AMK) according to CLSI, EUCAST and USCAST, respectively, and 11 (7.0%), 9 %) and 9 (5.7%) reported as sensitive to gentamicin (GEN) according to CLSI, EUCAST and USCAST, respectively. Doxycycline was also the most active antimicrobial (24, 60.0%) against 40 (25.3%) PMB resistant isolates. Of these 40 isolates, 29 (72.5%) were clonally related, resulting in 18 clones, where five profiles were identified in more than one hospital. In this study, we could demonstrate an important increase in the levels of resistance to polymyxins, accompanied by a challenging profile of susceptibility to other drugs, although the sensitivity indexes of the latter vary significantly according to the breakpoints of each committee. As for molecular characterization, the detection of eighteen different clones and the presence of the same profile in more than one hospital are probably associated with the emergence of resistance mediated by mutations, as well as a process of horizontal dissemination.

Resumo não disponível.

Sepsis is defined as a life-threatening organ dysfunction caused by a dysregulated host response system and can occur when the immune system over- or under- reacts to an infection. Klebsiella spp. has been found to be one of the leading causes of sepsis, and the increasing occurrence of antibiotic resistance observed has become a major concern in clinical care. To study the genome and increase knowledge of the biodiversity of K. pneumoniae, K. variicola, and K. oxytoca, bacterial isolates were collected from blood, urine, nasopharynx, and wounds of patients with suspected sepsis. Next-generation sequencing was performed, and the presence of antibiotic resistance genes and plasmids were studied. Furthermore, a prediction of traits for each phylogroup was performed and the results from whole-genome sequencing were compared to phenotypic results. Among the K. pneumoniae isolates obtained, almost half had been misidentified by standard phenotypic methods and were found to be K. variicola, K. quasipneumoniae, and K. quasivariicola. A significant difference in the number of antibiotic resistance genes were observed between K. pneumoniae and K. variicola compared to K. oxytoca, however no significant difference was observed between K. pneumoniae and K. variicola, suggesting the underestimated pathogenicity of K. variicola. A genetic agreement was observed between the type of beta-lactamase harboured and presence or absence of nitrogen-fixation genes to the phylogroup, providing a way of species identification. Further studies should be conducted on the pathogenicity and virulence of K. variicola and K. quasipneumoniae to avoid misidentification, find organism-specific treatments, and narrow down the antibiotic prescription. / Biodiversitet vid Sepsis

Klebsiella pneumoniae (KP) pertence à família Enterobacteriaceae e é frequentemente isolada em infecções nosocomiais, reportada globalmente como uma das mais importantes causas de bacteremias. O seu tratamento usual com β-lactâmicos foi posto a prova na década de 80, com o surgimento de cepas produtoras de β-lactamases de espectro estendido (ESBLs), e posteriormente com as carbapenemases, como sua principal representante Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC), capazes de hidrolisar todos os β-lactâmicos. Apesar das limitadas opções, em geral as Klebsiella pneumoniae produtoras de KPC (KP-KPC) apresentam susceptibilidade às polimixinas, aminoglicosídeos e tigeciclina, que são comumente aplicadas em regimes terapêuticos combinados, dependente dos perfis de sensibilidade ou resistência a estas drogas, mas dos quais ainda não há informações suficientes para a definição do tratamento mais adequado. A escassez de opções terapêuticas é um dos fatores que contribuem para os altos índices de mortalidade das infecções por K. pneumoniae, de cerca de 40%. Assim, se fazem necessárias avaliações dos perfis fenotípicos de isolados de KP-KPC e a caracterização da disseminação deste mecanismo de resistência, avaliando a presença de perfis clonais relacionados dentro da população. A partir deste cenário, os objetivos deste trabalho foram determinar as concentrações inibitórias mínimas (CIMs) frente à polimixina B (PMB), meropenem (MEM) e tigeciclina (TGC), os perfis de sensibilidade frente a outras drogas comumente utilizadas no tratamento destas infecções, assim como caracterizar molecularmente as amostras resistentes à PMB. Para a determinação das CIMs e dos perfis de susceptibilidade foram utilizadas as técnicas de microdiluição em caldo e disco-difusão, respectivamente, e o perfil molecular foi analisado através de técnica de macrorestrição de DNA seguida por PFGE. Foram incluídas neste estudo 158 amostras isoladas de corrente sanguínea, de quatro hospitais terciários de Porto Alegre. Destas 158 amostras, nenhuma foi sensível a MEM de acordo com o Clinical and Laboratory Standard Institute (CLSI), 118 (74,7%) a PMB utilizando a recomendação do European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST), e 94 (59.5%) à TGC considerando EUCAST ou 137 (86.7%) de acordo com o Food and Drug Administration (FDA). Um total de 48 (30.4%), 28 (17.7%) e 16 (10.1%) isolados foram considerados sensíveis à amicacina (AMK) de acordo com CLSI, EUCAST e USCAST, respectivamente, e 11 (7.0%), 9 (5.7%) e 9 (5.7%) reportados como sensíveis à gentamicina (GEN) de acordo com CLSI, EUCAST e USCAST, respectivamente. Doxiciclina foi o antimicrobiano mais ativo (24, 60.0%) frente aos 40 (25,3%) isolados resistentes a PMB. Destes 40 isolados, 29(72.5%) foram caracterizados molecularmente sendo encontrados 18 clones, dos quais cinco perfis clonais foram identificados em mais de um hospital. Neste estudo, pudemos demonstrar um importante aumento nos níveis de resistência às polimixinas, acompanhado por um desafiador perfil de susceptibilidade frente as outras opções terapêuticas disponíveis, ainda que os índices de sensibilidade destas drogas variem de acordo com os pontos de corte de cada comitê. Quanto à caracterização molecular, a detecção de dezoito clones diferentes e a presença do mesmo perfil em mais de um hospital provavelmente estão associadas à emergência de resistência mediada por mutações, assim como a um processo de disseminação horizontal. / Klebsiella pneumoniae (KP) belongs to the family Enterobacteriaceae and is frequently isolated in nosocomial infections, reported globally as one of the most important causes of bacteremia. Its usual β-lactam treatment was challenged in the 1980s with the emergence of extended-spectrum β-lactamase producing (ESBLs) strains, and later with carbapenemases, as its main representative Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC), capable of hydrolyze all β-lactam. Despite the limited options, KPC-producing Klebsiella pneumoniae (KPC-KP) are generally susceptible to polymyxins, aminoglycosides and tigecycline, which are commonly applied in combination therapy regimens depending on levels of sensitivity or resistance to these drugs, but of which there is still insufficient information to define the most appropriate treatment. The scarcity of therapeutic options is one of the factors that contribute to the high mortality rates of K. pneumoniae infections, of around 40%. Thus, it is necessary to evaluate the phenotypic profiles of KPC-KP isolates and the characterization of the dissemination of this resistance mechanism, evaluating the presence of related clonal profiles within the population. From this scenario, the objectives of this study were to determine the minimum inhibitory concentrations (MICs) against polymyxin B (PMB), meropenem (MEM) and tigecycline (TGC) by broth microdilution and the susceptibility profiles to aminoglycosides and other drugs by disk-diffusion method, as well as to evaluate the molecular profile of KPC-KP isolates from four tertiary hospitals in Porto Alegre. A total of 158 samples were included in this study, where none were sensitive to MEM according to the Clinical and Laboratory Standard Institute (CLSI), 118 (74.7%) to PMB using the recommendation of the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST), and 94 (59.5%) to TGC considering EUCAST or 137 (86.7% %) according to Food and Drug Administration (FDA). A total of 48 (30.4%), 28 (17.7%) and 16 (10.1%) isolates were considered susceptible to amikacin (AMK) according to CLSI, EUCAST and USCAST, respectively, and 11 (7.0%), 9 %) and 9 (5.7%) reported as sensitive to gentamicin (GEN) according to CLSI, EUCAST and USCAST, respectively. Doxycycline was also the most active antimicrobial (24, 60.0%) against 40 (25.3%) PMB resistant isolates. Of these 40 isolates, 29 (72.5%) were clonally related, resulting in 18 clones, where five profiles were identified in more than one hospital. In this study, we could demonstrate an important increase in the levels of resistance to polymyxins, accompanied by a challenging profile of susceptibility to other drugs, although the sensitivity indexes of the latter vary significantly according to the breakpoints of each committee. As for molecular characterization, the detection of eighteen different clones and the presence of the same profile in more than one hospital are probably associated with the emergence of resistance mediated by mutations, as well as a process of horizontal dissemination.

Resumo não disponível.

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Diante da vulnerabilidade destes pacientes e da crescente incidência de patógenos multidroga resistentes (MDR), o presente trabalho teve por objetivo realiza um estudo epidemiológico e molecular de infecções ocasionadas por P. aeruginosa, Klebsiella spp. e Acinetobacter spp. em pacientes com neoplasias sólidas, internados em um hospital de Recife-PE. Para tal, foi realizado um estudo descritivo de corte transversal dos dados clínicos, microbiológicos e hospitalares e os genes de resistência blaSPM-1, blaIMP, blaVIM, blaKPC, blaTEM e blaCTX-M, foram investigados por meio da reação em cadeia da polimerase. Também foi realizada tipagem molecular dos isolados MDR utilizando a técnica Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus-based PCR (ERIC-PCR). Entre 2012 e 2014, foram obtidos 169 isolados, sendo 58 P. aeruginosa, 36 Acinetobacter spp. e 75 Klebsiella spp.. A frequência de patógenos MDR (69,6%, IC95% 61,5% - 76,9%) foi significativamente maior que os isolados não MDR (30,4%, IC95% 23,1% - 38,5%). Dentre as bactérias resistentes aos carbapenêmicos, o gene blaSPM-1 foi detectado em P. aeruginosa (35,5%) e Acinetobacter spp. (3,8%), e o gene blaKPC detectado apenas em P. aeruginosa (25,8%). Já entre os isolados resistentes às cefalosporinas de terceira e quarta geração, o gene blaTEM estava presente em Acinetobacter spp. (25,9%) e Klebsiella spp. (30,6%) e o gene blaCTX-M em 58,3% das Klebsiella spp.. Também foi observado que o câncer de pulmão e os pacientes do sexo masculino foram predominantes na amostra e que o uso prévio de antimicrobianos durante o internamento e até três meses antes do isolamento do patógeno descrito neste estudo, apresentaram associação com o desenvolvimento de infecções por patógenos MDR. Assim, os resultados encontrados podem contribuir com epidemiologia molecular dos genes de resistência presentes no ambiente hospitalar, além de ressaltar a importância da monitorização contínua das IRAS em pacientes com câncer internados por longos períodos, a fim de melhorar os cuidados prestados a estes pacientes. / Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella spp. and Acinetobacter spp. are among the five leading causes of Healthcare-associated Infections (HAI) in cancer patients, and those associated with a high mortality rate. Because of the vulnerability of patients and the increasing incidence of multidrug-resistant pathogens (MDR), this study aimed to realize an epidemiological and molecular study of infections caused by P. aeruginosa, Klebsiella spp. and Acinetobacter spp. in patients with solid tumors, admitted to a Recife-PE hospital. Therefore, we conducted a descriptive cross-sectional study of clinical, microbiological and hospital, and the resistance genes blaSPM-1, blaIMP, blaVIM, blaKPC, blaTEM and blaCTX-M, were investigated by polymerase chain reaction. It was also performed molecular typing of MDR isolates using Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus-based PCR (ERIC-PCR). Between 2012 and 2014, were obtained 169 isolates, 58 P. aeruginosa, 36 Acinetobacter spp. and 75 Klebsiella spp.. The frequency of MDR pathogens (69.6% 95% 61.5% - 76.9%) was significantly higher than non-MDR isolates (30.4% 95% 23.1% - 38.5%). Among the carbapenem-resistant bacteria, the blaSPM-1 gene was detected in P. aeruginosa (35.5%) and Acinetobacter spp. (3.8%), and blaKPC gene detected only in P. aeruginosa (25.8%). Among the resistant isolates to the third and fourth generation cephalosporins, the blaTEM gene was present in Acinetobacter spp. (25.9%) and Klebsiella spp. (30.6%) and blaCTX-M gene in 58.3% of the Klebsiella spp.. It was also noted that lung cancer and male patients were predominant in the sample and the previous use of antimicrobials during hospitalization and antibiotic use up to three months before the pathogen isolation described in this study were associated with the development of pathogen infections MDR. Thus, the results can contribute to molecular epidemiology of resistance genes present in the hospital, and underline the importance of continuous monitoring of HAI in cancer patients hospitalized for long periods aiming improve the care provided to these patients.