Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-11-30Bitstream added on 2014-06-13T20:16:20Z : No. of bitstreams: 1 nobrega_db_me_botfmvz.pdf: 839809 bytes, checksum: cf66e109eac48d5e6d7140e6607bfbf2 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O presente trabalho objetivou o isolamento de Klebsiella pneumoniae do ambiente de sala de ordenha e do ambiente dos animais, incluindo a sala de pré-ordenha, piquetes e, em algumas propriedades os galpões de free stall, do reto e membros posteriores dos animais, do leite do tanque de refrigeração e do leite dos tetos positivos ao teste do Califórnia Mastitis Test (CMT), pesquisar cepas produtoras de β-lactamases de espectro ampliado (ESβL) e, a partir da identificação clonal, verificar a semelhança entre as cepas. Em 28 (2,14%) amostras de leite coletadas dos animais foi detectada a presença de Klebsiella pneumoniae como patógeno responsável pela infecção intramamária (IMI). A partir de swabs ambientais, da pele dos animais e do leite oriundo do tanque de expansão das dez propriedades, foram isoladas 79 cepas de K. pneumoniae. Os resultados da prova de detecção fenotípica da produção de enzimas do tipo ESβL foram positivos em oito (7,47%) das cepas bacterianas isoladas. No Brasil ainda não há relatos de coliformes produtores destas enzimas oriundos de animais de produção, e no presente estudo uma das cepas foi isolada do tanque de expansão, representando um potencial perigo à saúde pública. Pelo resultado da PFGE, observou-se grande diversidade genética da bactéria dentro da propriedade e entre as propriedades. Demonstrou-se que patógenos ambientais multirresistentes estão presentes em rebanhos bovinos leiteiros, não apenas isolados de quadros de infecção intramamária como também de galpões de free stall, membros posteriores dos animais, sala de ordenha e tanque de expansão. Confirmou-se também, a alta variabilidade genética da K. pneumoniae em rebanhos bovinos leiteiros mesmo dentro de um mesmo rebanho, e a importância da PFGE como recurso na epidemiologia molecular / The present study aimed the isolation of Klebsiella pneumoniae from the milk parlor and the animal’s environment, including the pre milking room, paddocks and, in some properties the free stall, animal’s rectum and hind limbs, bulk tank milk and from all teats positive to the California Mastitis Test (CMT), search for strains producers of extended spectrum β-lactamases (ESβL) and, by the clonal identification, verify if similarities between the strains ocurred. In 2.14% (28) of the milk samples collected from the animals it was detected the presence of Klebsiella pneumoniae as the pathogen responsible for the intramammary infection (IMI). From environmental swabs and bulk milk tank of the ten properties, it was isolated 79 strains of K. pneumoniae. The results of phenotypic detection of the ESβL enzymes production were positive in eight (7.47%) bacterial strains isolated. It is important to know that, in Brazil there are no reports of coliforms producers of these enzymes isolated from livestock animals, and in the present study one of the strains was isolated from the bulk tank milk, representing a potential hazard to public health. The results of PFGE showed high genetic diversity of the bacteria within and between the dairy farms. It was demonstrated that environmental multidrug resistant pathogens are present in dairy herds, isolated from intramammary infections cases, free stall parlors, animal’s hindlimbs, milking parlor and bulk tank milk. This study also confirmed the high genetic diversity of K. pneumoniae in dairy herds within the same herd, and the importance of PFGE as a molecular epidemiology tool. Keywords: environment, extended-spectrum β-lactamases (ESβL), Klebsiella pneumoniae, mastitis, milk, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE)

Orientador: Prof. Dr. Felipe F. Tuon / Co-orientadora: Drª. Sueli M. Nakatani / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Medicina Interna. Defesa : Curitiba, 27/06/2014 / Inclui referências / Área de concentração: Doenças infecciosas / Resumo: A disseminação de micro-organismos resistentes, produtores de KPC (Klebsiella pneumoniae carbapenemase) é um problema de saúde pública emergente. A disseminação rápida e a crescente lista de patógenos em qual o gene blaKPC é devida a presença do gene em um elemento móvel, denominado transposon, Tn4401. Este estudo teve como objetivo avaliar as características dos isolados suspeitos de produção de carbapenemase KPC e realizar a caracterização epidemiológica, fenotípica e genotípica dos isolados enviados de outubro de 2009 a maio de 2012. De um total de 1028 isolados analisados, foram encontrados 770 positivos para KPC (75%) e 258 foram negativas (25%). A maioria das amostras recebidas foram de swab de vigilância 334 (32%), seguidas de amostras de urina 232 (22%), amostras respiratórias 134 (13%), sangue 99 (10%) dentre outras menos prevalentes. Para a determinação dos perfis clonais foi utilizada a técnica do repPCR e para a determinação da variante KPC foi realizado sequenciamento do gene da enzima. Foi avaliado também o valor da técnica fenotípica do teste de Hodge modificado em comparação com o padrão ouro PCR em tempo real. A tipagem molecular da enzima KPC foi compatível com a variante KPC-2, uma variante frequentemente reportada nas Américas. A análise dos perfis clonais pelo Diversilab mostrou 8 perfis clonais com 2 predominantes para o micro-organismo Klebsiella pneumoniae, 7 perfis clonais para Enterobacter spp com um predominante. Não foi observada clonalidade para os isolados de Escherichia coli, sugerindo que esta pode ter recebido o transposon Tn4401 por conjugação. A sensibilidade e especificidade do teste de Hodge modificado para a detecção de KPC utilizando ertapenem e meropenem como substratos foram 99,61% e 97,83% respectivamente. Este estudo mostrou que a técnica do teste de Hodge é sensível e específica e pode ser utilizada para a detecção de KPC quando esta enzima é endêmica e outras carbapenemases não são prevalentes por ser acessível a qualquer laboratório e de fácil realização pelos laboratórios clínicos. Palavras chave: KPC, carbapenêmicos, epidemiologia. / Abstract: The spread of carbapenem-resistant microorganisms harboring KPC (Klebsiella pneumoniae carbapenemase) carbapenemase is an emerging public health threat. The rapid spread and growing list of pathogens in which gene blaKPC is reported is due to its carriage in a mobile element, a transposon, called Tn4401. This study aims to evaluate the characteristics of isolates suspected of harboring KPC carbapenemase and perform molecular and phenotypic characterization of these bacterial isolates. The period of analysis was from October 2009 to May 2012.An amount of 1028 isolates analyzed, 770 were KPC producing (75%) and 258 were not KPC producing (25%). Isolates was recovered mostly of vigilance swabs 334 (32%), followed by urinary samples 232 (22%), respiratory tract 134 (13%) and blood 99 (10%) among others less prevalent. We used repPCR for determination of clonal profiles, sequence the enzyme gene for detection of KPC's variant. We also evaluate the value of phenotypic technique modified Hodge test by comparing it to the gold standard technique PCR. Molecular typing of KPC enzyme was compatible with KPC-2 gene, a variant frequently reported in Americas. Cluster analysis from Diversilab fingerprints showed 8 clonal profiles with 2 predominant for Klebsiella pneumoniae, 7 clonal profiles for Enterobacter spp with one predominant. No clonal similarity was observed in Escherichia coli, suggesting that it may have received transposon Tn4401 through conjugation. The sensitivity and specificity of modified Hodge test for the detection of KPC, when using ertapenem and meropenem, were respectively 99.61% and 97.83%. This study showed that MHT technique is highly sensitive for detecting KPC producers when this enzyme is endemic, and has its value for being affordable and easy to perform by clinical laboratories. Keywords: KPC, carbapenem, epidemiology

Base Teórica: Bacteremias causadas por Klebsiella pneumoniae produtoras de carbapenemase são infecções ameaçadoras da vida e com elevadas taxas de mortalidade. As Enterobacteriaceae são as principais reponsáveis por bacteremias nos hospitais brasileiros. Há limitadas opções terapêuticas e o melhor tratamento para essas infecções ainda não está definido. O racional teórico para a terapia combinada nesse cenário seria o aumento da ação bactericida e a diminuição da indução de resistência. A terapia combinada com colistina parece estar relacionada com maior sobrevida. Com relação a terapia combinada com polimixina B, no entanto, as evidências são exíguas. Objetivo: Avaliar a mortalidade em 30 dias de pacientes com bacteremias por KPC-KP com enfoque na terapia combinada.Métodos: Trata-se de um estudo de coorte retrospectivo e unicêntrico que incluiu pacientes maiores de 18 anos com diagnóstico de bacteremia por KPC-KP. O desfecho primário avaliado foi mortalidade em 30 dias. Bacteremia por KPC-KP foi definida como uma ou mais hemoculturas positivas para esse microorganismo. A identificação bacteriana e os testes de susceptibilidade foram realizados utilizando o sistema automatizado Vitek 2 (bioMérieux, France). A terapia antimicrobiana foi caracterizada como empírica (iniciada nas primeiras 48 horas) e definitiva (esquemas iniciados ou mantidos após 48 horas) e avaliada da seguinte forma: nenhuma droga ativa, monoterapia (apenas um agente ativo), terapia combinada entre uma droga ativa e uma ou mais drogas inativas e terapia combinada com duas ou mais drogas ativas A análise estatística foi realizada com o software SPSS para Windows, versão 18.0. As análises de sobrevivência foram realizadas com curvas de Kaplan-Meier e as diferenças foram avaliadas utilizando o log-rank test. Todos os testes foram bicaudais considerando um nível de significância de 95%. Um modelo de regressão de Cox foi realizado para identificar fatores independentemente relacionados com a mortalidade em 30 dias. Resultados: Foram incluídas 105 bacteremias por KPC-KP. A mortalidade em 30 dias foi de 63 (60%) pacientes. O tempo médio de sobrevida foi de 24 dias (95% IQR, 17-21 dias). A taxa de mortalidade em pacientes tratados com terapia combinada foi significativamente menor (16,5/1000 pacientes-dia) comparada com os pacientes recebendo outros regimes terapêuticos (57,5/1000 pacientes-dia). Terapia combinada (Hazard Ratio [HR]; 0,32; 95% IC, 0,18-0.57; p<0,01) e bacteremia urinária (HR; 0,29; 95% IC, 0,09- 0,95; p=0,04) foram independentemente associados com a sobrevida em 30 dias. Em contrapartida, neoplasias (HR; 1,98; 95% IC, 1,18-3,32; p=0,01), admissão por patologia clínica (HR; 2,91; 95% IC, 1,56-5,42; p<0.01) e necessidade de tratamento com droga vasoativa (HR; 2,94; 95% IC, 1,59- 5,29; p<0,01) foram independentemente associados com o desfecho primário. Conclusão: O presente estudo demonstrou uma mortalidade em 30 dias de 60% nas bacteremias por KPC-KP. A terapia combinada com pelo menos dois agentes ativos in vitro foi consistentemente associada com sobrevida em 30 dias. / Background: BSI for KPC-KP is a life-threatening disease and compared to other sites of infection related to higher mortality rates. Enterobacteriaceae are the leading cause of BSI in Brazilian hospitals. There are limited treatment options and the best available treatment is still unknown. Rationale for combination therapy in this setting would be increasing bactericidal action and decreasing resistance induction. Combination therapy regimens with colistin seemed to be related with higher rates of survival. Polymyxin B combinations were studied only in a few studies. Objective: In this study we aim to evaluate 30-day mortality in KPC-KP bacteremia with particular emphasis on combination therapy. Methods: This is a single center retrospective cohort study that included patients older than 18 years diagnosed with KPC-KP BSI. The primary outcome was 30-day mortality after BSI. KPC-KP BSI was defined as one or more positive blood cultures with recovery of KPC-KP. Bacterial identification and antimicrobial susceptibility tests were performed using Vitek 2 (bioMérieux, France) automatized system. Antimicrobial therapy was defined as empirical (started on first 48 hours) and definitive (schemes initiated or maintained after 48 hours) and evaluated as follows: no active agents, monotherapy (only one active agents), combination therapy between one active agent plus one or more non-active agents and combination with two or more in vitro active agents Statistical analysis was performed using SPSS for Windows, version 18.0. Kaplan-Meier survival estimates were calculated and the difference was evaluated using the log-rank test. All tests were two-tailed and a p value < 0.05 were considered statistically significant. A Cox regression model were performed to identify independent factors related to 30-day mortality. Results: A total of 105 bloodstream infections caused by KPC-KP were included. A total of 63 (60%) patients died in the first 30 days after BSI. Median time to death was 24 days (95% IQR, 17-21 days). The mortality rate in patients treated with the combination of two antibiotics with in vitro activity was significantly lower (16.5/1000 patients-day) compared with that patients receiving other regimens (57.5/1000 patients-day). Combination therapy (Hazard Ratio [HR]; 0.32; 95% CI, 0.18-0.57; p<0.01) and urinary BSI (HR; 0.29; 95% CI, 0.09- 10 0.95; p=0.04) were independently associated to 30-day survival. On the other hand, having Cancer (HR; 1.98; 95% CI, 1.18-3.32; p=0.01), non-surgical admission (HR; 2.91; 95% CI, 1.56-5.42; p<0.01) and requirement of vasoactive drugs (HR; 2.94; 95% CI, 1.59-5.29; p<0.01) were independently associated to 30-day mortality. Conclusion: This study showed a 60% 30-day mortality in KPC-KP BSI. Combination therapy with two in vitro active agents was independently associated with 30-day survival.

Submitted by Ramon Santana (ramon.souza@ufpe.br) on 2015-03-11T19:15:47Z No. of bitstreams: 2 TESE Dyana Leal Veras.pdf: 6559035 bytes, checksum: 43988c4ed7fb791a6e593067fb17b1eb (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-11T19:15:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE Dyana Leal Veras.pdf: 6559035 bytes, checksum: 43988c4ed7fb791a6e593067fb17b1eb (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014-02-24 / O objetivo deste trabalho foi determinar a ação in vitro de antibióticos β-lactâmicos em isolados de Klebsiella pneumoniae portadores dos genes blaKPC, blaSHV, blaTEM ou blaCTX-M, desenvolvendo embasamento teórico para futura proposição de novas combinações terapêuticas. Sete isolados de K. pneumoniae foram utilizados, sendo 3 clínicos, 2 de comunidade e 2 de microbiota. Os isolados clínicos e de comunidade são portadores de genes codificantes de ESBL ou KPC e os de microbiota de -lactamases clássicas. Os genes de resistência foram identificados por PCR e seqüenciados utilizando primers específicos. A primeira fase deste estudo identificou os efeitos ultra-estruturais causados por -lactâmicos in vitro nos isolados clínicos e de microbiota de K. pneumoniae. Os isolados clínicos foram submetidos a concentrações clinicamente relevantes de ceftazidima, cefotaxima, aztreonam e/ou imipenem e os isolados de microbiota a ampicilina e amoxicilina, para análise pela Microscopia Eletrônica de Transmissão (MET) e Varredura (MEV). Diferentes alterações morfológicas e ultra-estruturais foram identificadas, como filamentação celular, perda de material citoplasmático e deformação dos septos de divisão, após submissão aos antibióticos, tanto nos isolados clínicos de K. pneumoniae como nos obtidos de microbiota. A segunda fase deste estudo determinou a influência destes antibióticos na produção de cápsula polissacarídica (CPS) nos isolados clínicos e de comunidade de K. pneumoniae. Os isolados foram submetidos a concentrações clinicamente relevantes de cefotaxima, ceftazidima, aztreonam e/ou imipenem para analise pela MET, utilizando citoquímica de carboidratos. Todos os isolados tiveram confirmação da presença da região promotora do operon envolvido na produção de CPS, identificado através de PCR e sequenciamento. A ceftazidima e o aztreonam foram capazes de inibir a produção de CPS nos isolados de K. pneumoniae produtores de ESBLs mas não no isolado produtor de KPC, o qual teve sua síntese fortemente inibida apenas pelo imipenem. A cefotaxima não interferiu na produção de CPS em nenhum dos isolados analisados. Nossos resultados demonstraram que antibióticos -lactâmicos possuem ação residual in vitro nos isolados analisados, sugerindo que a produção de ESBL e KPC por isolados de K. pneumoniae não são capazes de evitar completamente a interação de antibióticos β-lactâmicos com as PBPs bacterianas. Podemos concluir ainda que a ceftazidima, o aztreonam e o imipenem, podem ser capazes de inibir a produção de CPS em isolados clínicos e de comunidade de K. pneumoniae, contribuindo para diminuir a expressão do fator de virulência mais importante desta espécie bacteriana.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:30:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3544_1.pdf: 1186230 bytes, checksum: 16504522cb56cdc3bce40429245fb4fd (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / O objetivo do presente trabalho foi verificar se isolados de K. pneumoniae provenientes de Recife-PE, Brasil, estão agrupados em diferentes grupos filogenéticos e se esses grupos estão relacionados com origem de isolamento e perfil fenotípico de resistência a antimicrobianos. Portanto, foram analisados 94 isolados de K. pneumoniae, provenientes de infecções hospitalares e comunitárias e da microbiota normal de crianças saudáveis, pelo método de difusão de disco para detecção de susceptibilidade a agentes antimicrobianos, pelo teste de sinergia do disco duplo para detecção de ESBLs e pela fermentação do adonitol. Também foi realizada a PCR com primers específicos para amplificação do gene gyrA e o produto de amplificação foi digerido com as enzimas de restrição TaqI e HaeIII para identificação dos grupos filogenéticos (KpI, KpII, KpIII), como foi descrito para esta espécie em outros países. A PCR-RFLP também mostrou uma maior ocorrência do grupo KpI nos isolados hospitalares e comunitários. Por outro lado, os grupos KpII e KpIII foram encontrados principalmente em isolados da microbiota normal e em menor proporção em isolados patogênicos. A resistência às cefalosporinas de 3ª geração, aztreonam, imipenem, amoxicilina/ácido clavulânico e estreptomicina somente foi observada em isolados do grupo KpI. Os maiores percentuais de resistência foram encontrados no grupo KpI, seguido dos grupos KpII e KpIII. As diferenças na distribuição, freqüência, origem e resistência dos grupos filogenéticos de K. pneumoniae observadas neste estudo sugerem características patogênicas e epidemiológicas distintas entre os três grupos, o que pode ser relevante para o controle de infecções causadas por K. pneumoniae

Base Teórica: Bacteremias causadas por Klebsiella pneumoniae produtoras de carbapenemase são infecções ameaçadoras da vida e com elevadas taxas de mortalidade. As Enterobacteriaceae são as principais reponsáveis por bacteremias nos hospitais brasileiros. Há limitadas opções terapêuticas e o melhor tratamento para essas infecções ainda não está definido. O racional teórico para a terapia combinada nesse cenário seria o aumento da ação bactericida e a diminuição da indução de resistência. A terapia combinada com colistina parece estar relacionada com maior sobrevida. Com relação a terapia combinada com polimixina B, no entanto, as evidências são exíguas. Objetivo: Avaliar a mortalidade em 30 dias de pacientes com bacteremias por KPC-KP com enfoque na terapia combinada.Métodos: Trata-se de um estudo de coorte retrospectivo e unicêntrico que incluiu pacientes maiores de 18 anos com diagnóstico de bacteremia por KPC-KP. O desfecho primário avaliado foi mortalidade em 30 dias. Bacteremia por KPC-KP foi definida como uma ou mais hemoculturas positivas para esse microorganismo. A identificação bacteriana e os testes de susceptibilidade foram realizados utilizando o sistema automatizado Vitek 2 (bioMérieux, France). A terapia antimicrobiana foi caracterizada como empírica (iniciada nas primeiras 48 horas) e definitiva (esquemas iniciados ou mantidos após 48 horas) e avaliada da seguinte forma: nenhuma droga ativa, monoterapia (apenas um agente ativo), terapia combinada entre uma droga ativa e uma ou mais drogas inativas e terapia combinada com duas ou mais drogas ativas A análise estatística foi realizada com o software SPSS para Windows, versão 18.0. As análises de sobrevivência foram realizadas com curvas de Kaplan-Meier e as diferenças foram avaliadas utilizando o log-rank test. Todos os testes foram bicaudais considerando um nível de significância de 95%. Um modelo de regressão de Cox foi realizado para identificar fatores independentemente relacionados com a mortalidade em 30 dias. Resultados: Foram incluídas 105 bacteremias por KPC-KP. A mortalidade em 30 dias foi de 63 (60%) pacientes. O tempo médio de sobrevida foi de 24 dias (95% IQR, 17-21 dias). A taxa de mortalidade em pacientes tratados com terapia combinada foi significativamente menor (16,5/1000 pacientes-dia) comparada com os pacientes recebendo outros regimes terapêuticos (57,5/1000 pacientes-dia). Terapia combinada (Hazard Ratio [HR]; 0,32; 95% IC, 0,18-0.57; p<0,01) e bacteremia urinária (HR; 0,29; 95% IC, 0,09- 0,95; p=0,04) foram independentemente associados com a sobrevida em 30 dias. Em contrapartida, neoplasias (HR; 1,98; 95% IC, 1,18-3,32; p=0,01), admissão por patologia clínica (HR; 2,91; 95% IC, 1,56-5,42; p<0.01) e necessidade de tratamento com droga vasoativa (HR; 2,94; 95% IC, 1,59- 5,29; p<0,01) foram independentemente associados com o desfecho primário. Conclusão: O presente estudo demonstrou uma mortalidade em 30 dias de 60% nas bacteremias por KPC-KP. A terapia combinada com pelo menos dois agentes ativos in vitro foi consistentemente associada com sobrevida em 30 dias. / Background: BSI for KPC-KP is a life-threatening disease and compared to other sites of infection related to higher mortality rates. Enterobacteriaceae are the leading cause of BSI in Brazilian hospitals. There are limited treatment options and the best available treatment is still unknown. Rationale for combination therapy in this setting would be increasing bactericidal action and decreasing resistance induction. Combination therapy regimens with colistin seemed to be related with higher rates of survival. Polymyxin B combinations were studied only in a few studies. Objective: In this study we aim to evaluate 30-day mortality in KPC-KP bacteremia with particular emphasis on combination therapy. Methods: This is a single center retrospective cohort study that included patients older than 18 years diagnosed with KPC-KP BSI. The primary outcome was 30-day mortality after BSI. KPC-KP BSI was defined as one or more positive blood cultures with recovery of KPC-KP. Bacterial identification and antimicrobial susceptibility tests were performed using Vitek 2 (bioMérieux, France) automatized system. Antimicrobial therapy was defined as empirical (started on first 48 hours) and definitive (schemes initiated or maintained after 48 hours) and evaluated as follows: no active agents, monotherapy (only one active agents), combination therapy between one active agent plus one or more non-active agents and combination with two or more in vitro active agents Statistical analysis was performed using SPSS for Windows, version 18.0. Kaplan-Meier survival estimates were calculated and the difference was evaluated using the log-rank test. All tests were two-tailed and a p value < 0.05 were considered statistically significant. A Cox regression model were performed to identify independent factors related to 30-day mortality. Results: A total of 105 bloodstream infections caused by KPC-KP were included. A total of 63 (60%) patients died in the first 30 days after BSI. Median time to death was 24 days (95% IQR, 17-21 days). The mortality rate in patients treated with the combination of two antibiotics with in vitro activity was significantly lower (16.5/1000 patients-day) compared with that patients receiving other regimens (57.5/1000 patients-day). Combination therapy (Hazard Ratio [HR]; 0.32; 95% CI, 0.18-0.57; p<0.01) and urinary BSI (HR; 0.29; 95% CI, 0.09- 10 0.95; p=0.04) were independently associated to 30-day survival. On the other hand, having Cancer (HR; 1.98; 95% CI, 1.18-3.32; p=0.01), non-surgical admission (HR; 2.91; 95% CI, 1.56-5.42; p<0.01) and requirement of vasoactive drugs (HR; 2.94; 95% CI, 1.59-5.29; p<0.01) were independently associated to 30-day mortality. Conclusion: This study showed a 60% 30-day mortality in KPC-KP BSI. Combination therapy with two in vitro active agents was independently associated with 30-day survival.

Microorganisms, particularly bacteria, can associate together to form complex communities called biofilms. These communities are embedded in extracellular polymeric substances and can form on numerous surfaces such as implanted devices (catheters, central lines, joint replacement) in patients. These biofilms cause bloodstream and systemic infections that are difficult to treat and increase the chances of sepsis. Previously, our laboratory has identified a protein secreted by Klebsiella that has inhibitory effects on other members of the Enterobacteriacea bacterial family, namely Citrobacter and Enterobacter. Our current interest lies in the ability of the protein to potentially inhibit this bacterial family from establishing biofilms. In the present study, we wanted to explore: (1) if it is possible to form Citrobacter and Enterobacter biofilms in 6-well plates and on microscope coverslips; (2) if treating these biofilms with the secreted protein shows inhibition similar to previous planktonic cultures; (3) if these biofilms and inhibition could be visualized by a variety of staining techniques. To determine if it is possible to create Citrobacter and Enterobacter biofilms, bacteria were inoculated into 6-well plates, grown under static conditions in a 37°C incubator for 24 hours, and stained with crystal violet. Images showed that robust biofilms grew in the 6-well control plates while wells treated with the Klebsiella protein displayed reduced biofilms. To determine if it was possible to see Citrobacter and Enterobacter biofilms at a microscopic level, microscope slides were placed into 6-well plates, treated as above, and the slides were Gram stained. Images show thick biofilms consisting of Gram negative rods on control slides, while slides treated with the Klebsiella molecule become sparse and poorly grown. To determine if Citrobacter and Enterobacter biofilms could be fluorescently labeled for visualization, the same process was employed as above, but stained with a LIVE/DEAD cell viability kit where live cells fluoresce green and dead cells fluoresce red. Control slides showed bright thick green fluorescing biofilms while slides treated with the Klebsiella molecule had fewer green fluorescing cells and some red cells. From these observations, it is our conclusion that: (1) it is possible to grow Citrobacter and Enterobacter biofilms on both 6-well plates and microscope slides; (2) Citrobacter and Enterobacter biofilms can be visualized both by simple staining and fluorescent staining; (3) Citrobacter and Enterobacter biofilms are inhibited by Klebsiella secreted proteins. Currently, the identity of this protein is unknown. However, it is possible that this unknown protein could be of future use in the treatment of bacterial biofilms one identified.

Nitrogenase-catalyzed nitrogen fixation is a biochemically and genetically complex process requiring the participation of a number of different nif (nitrogen fixation) gene products. The nifF (electron transport), nifA (nif gene regulation) and nifE (FeMo-cofactor biosynthesis) genes from <i>Azotobacter vinelandii</i> were genetically analyzed. The nucleotide sequence of the nifF gene, which encodes a flavodoxin, was determined. Specific mutation strains indicated that in <i>A vinelandii</i> flavodoxin is not the unique physiological electron donor to nitrogenase. The nifF gene appears to be constitutively expressed but under nitrogen fixing conditions nifF gene expression is stimulated. / Master of Science

Under vissa omständigheter kan bakterier kan ta sig in i blodbanan där de kan orsaka allvarliga infektioner (bakteriemi). Metoden som används för identifiering och resistensbestämning av bakterier i blododlingar kräver minst 16 timmars inkubation. Fram tills en resistensbestämning utförts kan empirisk antibiotikabehandling användas, men med ökande resistensutbredning blir det alltmer osäkert om denna behandling är verksam. Nyligen har en lappdiffusionsmetod för resistensbestämning direkt från blododling validerats, som kan läsas av efter 4, 6 och/eller 8 timmars inkubation. Det finns även publicerade arbeten där flödescytometriassisterad resistensbestämning används, men då krävs att bakterierna finns i tillräckligt hög koncentration, befinner sig i tillväxtfas och finns som renkultur. Syftet med examensarbetet var att optimera hantering av blododlingsflaskor så att bakterier från blododlingsflaskorna kunde isoleras med tillräcklig kvalitet och koncentration för att kunna utföra resistensbestämning med flödescytometri. Upprening av bakterierna utfördes med olika tvättbuffertar och sedan utfördes resistensbestämning med flödescytometri och  referensmetoden buljongspädning. Resultaten från uppreningen visade att sterilt vatten och Tween20 gynnade bakteriernas återhämtningsförmåga mest. Resistensbestämning utfördes med Klebsiella pneumoniae ATCC700603,  K. pneumoniae CCUG56233 och K. pneumoniae ATCC13882, som tvättats med sterilt vatten och Tween20. För CCUG56233 skiljde 1 spädningssteg i koncentrationsskalan mellan metoderna. ATCC-isolaten erhöll likartade MIC-värden (minimum inhibitory concentration) vid alla analyser men där fanns en skillnad på 2 spädningssteg mellan buljongspädning och analys med flödescytometri. Detta kan förklaras av skillnaden i inkubationstid mellan metoderna. Slutsatsen som kan dras är därför att resultaten från de två metoderna vid resistensbestämning är likartade och att sterilt vatten är mest lämpligt att använda vid upprening av bakterier. Fler undersökningar bör dock utföras.

Entre as ß-lactamases, as enzimas CTX-M têm despertado atenção especial pela alta incidência e grande capacidade de propagação. Eventos como recombinação gênica, transferência plasmideal e multirresistência podem ser a razão da manutenção e da ampla disseminação dos genes blaCTX-M. Este é um trabalho retrospectivo que teve como objetivo caracterizar genes blaCTX-M presentes em Klebsiella spp. Foram estudadas 27 linhagens de Klebsiella pneumoniae e 8 linhagens de Klebsiella oxytoca, produtoras de ?-lactamase de espectro estendido, isoladas de pacientes hospitalizados no período de janeiro a junho de 2000. A detecção e identificação dos genes blaCTX-M, assim como dos elementos relacionados com a mobilização destes genes, foi realizada por PCR e seqüenciamento. A localização genética e a mobilidade dos genes blaCTX-M foram pesquisadas por análise plasmideal e hibridação e por conjugação. Os perfis de sensibilidade das linhagens estudadas e das linhagens transconjugantes foram comparados pela determinação da concentração inibitória mínima de antibióticos das classes das cefalosporinas, cefamicinas, aminoglicosídeos e quinolonas. Foram encontrados genes blaCTX-M em plasmídeos conjugativos em 13 (37%) linhagens estudadas: blaCTX-M-9 em 4 K. oxytoca, e blaCTX-M-2 em 9 K. pneumoniae. Os genes blaCTX-M-9 estavam associados ao elemento de inserção ISEcp1, enquanto os genes blaCTX-M-2 estavam associados a integrons de classe I contendo ISCR1. O genes blaCTX-M-2, carreado por plasmídeo, pode estar relacionado com disseminação horizontal entre vários clones de K. pneumoniae, enquanto o gene blaCTX-M-9 foi encontrado sendo carreado por um único clone de K. oxytoca. Este estudo determinou a incidência e a diversidade de enzimas CTX-M no período estudado, além de fornecer dados epidemiológicos que podem explicar a sua prevalência no mundo e contribuir para o entendimento e controle da disseminação deste tipo de resistência. / CTX-M enzymes, the world\'s most prevalent ß-lactamases disseminate very easily. Genetic recombination, plasmid transference and multiresistance could be responsible for the wide spread of blaCTM-X genes. This retrospective study aims to characterize blaCTX-M genes found in Klebsiella spp. The strains were isolated in hospital patients from January to June 2000 and consisted of 27 ESBL-producing Klebsiella pneumoniae and 8 ESBL-producing Klebsiella oxytoca. PCR and sequencing were used in the detection and identification of blaCTX-M genes and genetic elements associated with their mobilization. Determination of genetic localization and mobility of blaCTX-M genes was by plasmid analyses, hybridization and transfer assays. The minimal inhibitory concentrations (MICs) of cephalosporins, cefamicins, aminoglycosides and quinolone antimicrobials evaluated the antibiotic susceptibility profile of transconjugants and strains in the study. The blaCTX-M genes were found in 13 strains (37%): blaCTX-M-9 in 4 K. oxytoca and blaCTX-M-2 in 9 K. pneumoniae. The insertion sequence ISEcp1 was associated with blaCTX-M-9 and blaCTX-M-2 was found in a class I integron bearing ISCR1. Plasmid blaCTX-M-2 genes dissemination was due to horizontal transfer among many K. pneumoniae clones, while blaCTX-M-9 dissemination was associated with a particular clone of K. oxytoca. The study characterized incidence and diversity of CTX-M enzymes during the period studied. Moreover it showed epidemiological data, which may explain CTX-M prevalence worldwide and contribute for the understanding and control of the resistance spread.